Ministerio del Instituto de Investigaciones PERÚ Ambiente de la Amazonía Peruana

Uso de marcadores SNP para diferenciar las especies de Dipteryx en Sudamérica

Eurídice Honorio Instituto de Investigaciones de la Amazonía Peruana – IIAP

Contribuciones: Carmen & Dennis (IIAP), Céline & Bernd (Thünen Inst.), Niklas & Valerie (INRA), Alexandre & Barbara (IFSP), Kathelyn (UAGRM) Contenido

 Introducción: Dipteryx en el sector forestal  Metodología para la selección de marcadores SNP  Resultados  Conclusiones Introducción: Dipteryx en sector forestal

 Nombres comerciales: «Shihuahuaco» «cumarú» «Brazilian teak»  Producción Perú: 275,048 m3 (2015) y 214,205 m3 (2014)  Exportaciones a China, Europa y USA. MINAGRI (2014) http://www.bozovich.com/superficies/

Producción de madera rolliza, aserrada y parquet Especies estudiadas

Dipteryx odorata (FABACEAE)

Brasil: Tapajós (Domingos Cardoso 4018-16)

Brasil: Anavilhanas (Barbara Venâncio IMG 589) Dipteryx punctata Dipteryx cf. ferrea

Dipteryx micrantha

FG: Paracou BR: Tapajos N. Tysklind GF38 B. Venâncio IMG 1562

Dipteryx alata

Dipteryx charapilla

BO: Concepción BO: Concepción K. Paredes 12DO26 K. Paredes 12DO1 Aldana et al., 2016 Folia Amazonica Trabajo de campo

Población de 20-40 individuos. 200 m entre individuos.

100 km entre poblaciones. voucher

madera cambium Colección de referencia

GUYANA FRANCESA

BRASIL

PERÚ 4 países 6 Dipteryx spp.

BOLIVIA 37 sitios 878 muestras Metodología para la selección de marcadores SNP

RAD sequencing: 3 muestras Selección loci (315) Mejores loci (100) Colección de MassARRAY MassARRAY referencia para Pre-Screening: Screening: origen 73 muestras 878 muestras geográfico

MiSeq/ Skimming: 4 muestras Bioinformática - Selección de 315 SNP

Reference Resultados: Pre-Screening

Genotipado de 73 individuos 292 SNPs (total = 315 SNPs)

DIODO DIPUN

DIMIC DIFER DIALA

Grupos genéticos - STRUCTURE

DIMIC DIFER DIALA Registro de los individuos Registro de las especies Resultados: Pre-Screening

Distribución de los grupos genéticos

73 individuos Resultados: Pre-Screening

Promedio grupos genéticos Nuclear SNP Plastid SNP Amplificación (%) 97.52 99.11 Diferenciación genética 0.19 0.23 (Gregorius´delta) Correlación (dist geo y gen) 0.14 0.17 Resultados: Selección de 100 SNP loci

 Alto % amplificación.  Alta diferenciación genética entre grupos.  Alta correlación entre distancia genética y distancia geográfica.  Frecuencia de alelos de los grupos genéticos.

Locus Alelos DIODO DIPUN DIMIC DIFER DIALA dio0002223 2 1 0 0 0 0 dio0002223 4 0 1 1 1 1 dio0000003 1 1 0 1 1 1 dio0000003 3 0 1 0 0 0 dio0002066 3 0.565 0 0.944 0 0 dio0002066 4 0.435 1 0.056 1 1 dioCp22_2012 2 1 1 1 0 1 dioCp22_2012 3 0 0 0 1 0 dio0002568 2 0 0.063 0 0 1 dio0002568 4 1 0.938 1 1 0 Resultados: Screening

Genotipado de 878 individuos 100 SNPs

% missing data 37 sitios

100 Loci Resultados: DAPC

72 SNP 745 individuos Discriminant analysis of principal components

DIPUN

DIMIC

DIALA&DICHA

DIFER DIODO Resultados: Structure Mean nSNP pSNP Amplificación (%) 91.05 97.72 Genotipado de 878 individuos Diff. genética 0.22 0.41 (Gregorius´delta) 100 SNPs Correl. dist. geo y gen 0.38 0.25 DIPUN DICHA

DIODO K1 K3 K2 K4 K5

DIFER DIMIC DIALA K4.3 K4.1 K4.2 K5.1 K5.2 Resultados: Grupos genéticos - Structure

878 individuos 878 individuos Resultados: Grupos genéticos – Structure

D. odorata Conclusión

Hemos seleccionado un set de SNPs para la discriminación genética de las especies de Dipteyx.

Los 100 SNP presentan alto porcentaje de amplificación y alta diferenciación entre grupos genéticos que corresponden a diferentes especies del género Dipteryx. Proyecto a gran escala sobre la verificación genética de la madera

Aplicación de marcadores moleculares para la caracterización, identificación y determinación de origen geográfico en la comercialización de la caoba y el shihuahuaco en la Amazonía peruana

Gracias!