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Document 562949.Pdf UNIVERSITE D’ANTANANARIVO FACULTE DES SCIENCES DEPARTEMENT DE BIOCHIMIE FONDAMENTALE ET APPLIQUEE Thèse de Doctorat en Sciences de la vie Option : Biochimie Appliquée aux Sciences Médicales Caractérisation des virus de la maladie de Newcastle (APMV-1), circulant sur les hautes terres de Madagascar Présentée par: MAMINIAINA Olivier Fridolin Titulaire de DEA de Biochimie Appliquée aux Sciences Médicales Soutenue publiquement le 10 Octobre 2011 devant les membres de jury : Président de jury : Pr JEANNODA Victor Directeur de thèse : Pr ANDRIANTSIMAHAVANDY Abel A. Co-Directeur de thèse : Dr ALBINA Emmanuel Rapporteur interne : Pr RAHERIMANDIMBY Marson Rapporteur externe : Dr CARDINALE Eric Examinateurs : Pr RAZANAMPARANY Julia Louisette : Pr RAKOTOZANDRINDRAINY Raphaël Membre invité : Dr SERVAN De ALMEIDA Renata AVANT-PROPOS Ce travail a été réalisé au sein de l’’UMR 15 CIRAD/INRA "Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes" (Montpellier-France) et du FOFIFA-DRZV (Antananarivo- Madagascar) dans le cadre du Projet FSP GRIPAVI, sous la direction de: - Monsieur A. Abel ANDRIANTSIMAHAVANDY: Président de l’Université d’Antananarivo et Professeur Titulaire, au Département de Biochimie Appliquée (Faculté des Sciences, Université d’Antananarivo, Madagascar) ; - Monsieur Emmanuel ALBINA: Directeur de Recherche (HDR) à l’UMR15 CIRAD-INRA (Montpellier-France), - Monsieur RAKOTONDRAVAO, Directeur de Recherche, Chef du Département FOFIFA- DRZV et Responsable du Projet FSP GRIPAVI au sein du FOFIFA-DRZV (Antananarivo- Madagascar), Encadré par : - Madame SERVAN De ALMEIDA Renata, Docteur vétérinaire, Maître de recherche et Responsable du Projet FSP GRIPAVI au sein à l’UMR15 CIRAD-INRA (Montpellier- France) - Madame GIL Patricia à l’UMR15 CIRAD-INRA (Montpellier-France) Le travail a été soutenu financièrement par : o SCAC-Ambassade de France o Appui aux Doctorants (DESI) o FOFIFA-DRZV et matériellement par : o Projet Mesure d’urgence o Projet FSP GRIPAVI o FCR CIRAD o FOFIFA-DRZV auxquels nous exprimons ici notre profonde reconnaissance. i DEDICACES Je dédie cette thèse : A ma femme Docteur Victorine RASOARISOA et mes quatre garçons : Anjara, Notahiana, Nekena et le petit poucet Sitraka, pour avoir accepté de consentir un si lourd sacrifice à gérer moralement mon absence ! A mes parents. «Mama a! Papa a! ity no valim-babena ho atolotro anareo ». Enfin, et non les moindre, à mes frères, à mes sœurs, à mes neveux, à mes nièces, à toute ma belle famille, à mes amis et les Montpelliérains (les troupes Zanety !) qui m’ont toujours supporté moralement et matériellement. ii REMERCIEMENTS Je tiens à saluer ici les personnes qui, de près ou de loin, ont contribué à la concrétisation de ce travail de thèse de doctorat. Ces remerciements sont rédigés dans un moment de doux relâchement intellectuel, sans véritable rigueur ni souci taxinomique. J'ai laissé au hasard de ma mémoire, plus impressionnée par les événements récents, répétés, ou chargés d'émotions, le soin de retrouver ces personnes. Dans un autre état d'esprit, ces remerciements auraient certainement été tout autre, et j'aurais peut-être oublié un des noms qui suivent. Mais j'ai choisi ce moment précis pour les écrire. Mes remerciements s'adressent à: Monsieur JEANNODA Victor, Professeur au Département de Biochimie Fondamentale et Appliquée, Faculté des Sciences, Université d’ANTANANARIVO, Responsable de la formation doctorale, pour l’honneur qu’il me fait en acceptant de présider le jury de cette thèse malgré ses responsabilités. Monsieur RAHERIMANDIMBY Marson, Professeur au Département de Biochimie Fondamentale et Appliquée, Faculté des Sciences, Université d’ANTANANARIVO, Rapporteur interne, et Monsieur CARDINALE Eric, Directeur de Recherche/HDR au CRVOI ou Centre de Recherche et de Veille sur les Maladies Emergentes La Réunion, Rapporteur externe, qui ont bien voulu porter un intérêt et consacrer une partie de leur précieux temps pour apporter leurs compétences respectives dans ce travail. Madame RAZANAMPARANY J. Louisette, Professeur au Département de Biochimie Fondamentale et Appliquée, Faculté des Sciences, Université d’ANTANANARIVO et Monsieur RAKOTOZANDRINDRAINY Raphael, Professeur à l’Ecole d’Enseignement Supérieur des Sciences Agronomiques, Université d’ANTANANARIVO, d’avoir aimablement accepté d’examiner mon travail et faire partie du jury malgré leurs lourdes occupations. Mes Directeurs de thèse, Monsieur ANDRIANTSIMAHAVANDY Abel A., Professeur au Département de Biochimie Fondamentale et Appliquée, Faculté des Sciences, Université d’ANTANANARIVO, Président de l’Université d’Antananarivo et Monsieur ALBINA Emmanuel, Directeur de Recherche/HDR, à l’Unité Mixte de Recherche 15 (UMR15)- Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes Montpellier. Je ne serais pas arrivé jusque là sans l’aide du Pr ANDRIANTSIMAHAVANDY Abel qui m’a suivi depuis mon DEA et pour la qualité de ses conseils. Docteur ALBINA Emmanuel, ce sujet de thèse que vous m’avez proposé me convient. Je suis bien accueilli et bien suivi dans votre laboratoire à Montpellier Mes encadreurs SERVAN De ALMEIDA Renata et Madame GIL Patricia, qui m'ont suivi tout au long de ces années d'étude à Montpellier ou de loin à Madagascar. A travers nos discussions et les critiques, vous m'avez apporté une iii compréhension plus approfondie des divers aspects du sujet. Grâce à vous, je suis bien lancé en bioinformatique. Et j’espère ne pas vous avoir trop déçu. Messieurs RAJAONARISON Jean. J. et KOKO qui n’ont jamais cessé de me pousser à goutter l’univers de la recherche en virologie et immunologie. Madame RABENATOANDRO Yvonne, Directeur Scientifique du FOFIFA et, à toute l’équipe du FOFIFA-DRZV, en particulier RAKOTONDRAVAO, Chef du Département, RAVAOMANANA Julie et RALINIAINA Modestine, collègues de travail qui m’ont donné une nouvelle chance de continuer dans la recherche et me donner un nouvel espace de travail humainement. Monsieur GRANDMONTAGNE Claude, ex-Assistant Technique au FOFIFA/DRZV, Secrétaire Général de VET 2011, qui a fait tout pour que cette thèse commence en 2007. Sans votre aide, je ne serais pas arrivé jusque là!! Monsieur MARTINEZ Dominique, Directeur de l’Unité Mixte de Recherche 15 (UMR15)- Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes Montpellier, de m’avoir proposé ce sujet de thèse et de m’avoir accueilli dans son laboratoire à Montpellier. L’équipe du laboratoire de Virologie de l’IMVAVET, notamment Monsieur RAZAFINDRAKOTO (dit Gilbert) et Monsieur RAKOTONDRAVONY Fidison. Vous m’avez beaucoup aidé ! Sincères remerciements ! Tous les membres de l’UMR15 ainsi que les stagiaires, en particulier Denise B, Geneviève L, Cecile M, Cathérine C, Vincent M, Samia G, Habib S, Martin D, Holtz C et Olivier K pour leur aide spontanée pendant mes séjours à Montpellier. Grand merci ! Tous les Enseignants au CEG Radama 1 er Toamasina, au Lycée Moramanga et à la Faculté des Sciences de l’Université d’Antananarivo - filière Sciences Naturelles ; sans qui, je ne serai pas à ce niveau. Merci de m’avoir donné vos connaissances. Merci ! iv TABLE DES MATIERES AVANT-PROPOS……….………………………………………………………………………………………………………………………………………….i DEDICACES……………………….………………………………………………………………………………………………………………………………..ii REMERCIEMENTS………….…………………………………………………………………………………………………………………………………..iii TABLE DES MATIERES………………………………………………………………………………………………………………………………….…….vii GLOSSAIRES……………………………………………………………………………………………………………………………….………………..…..viii LISTE DES ABREVIATIONS…………………………………………………………………………………………………………………………………..ix LISTE DES FIGURES……………………………………………………………………………………………………………………………………….….xiii LISTE DES TABLEAUX…………………………………………………………………………………………………………………………….………….xvi LISTE DES ANNEXES…………………………………………………………………………………………………………………………………..……xviii LES AUTRES PUBLICATIONS, CONFERENCES ET POSTERS EN RELATION AVEC LE SUJET……………………….……….….xix CHAPITRE I: INTRODUCTION GENERALE ................................................................................................................................ 1 CHAPITRE II: REVUE BIBLIOGRAPHIQUE ET CONTEXTE SUR LA MALADIE DE NEWCASTLE A MADAGASCAR ..................... 4 A. Revue bibliographique sur la maladie de Newcastle ......................................................................................................................... 4 1. Historique ..................................................................................................................................................................................... 4 2. Etiologie et classification .............................................................................................................................................................. 5 3. Structure et organisation du virion ............................................................................................................................................... 7 4. Cycle viral ................................................................................................................................................................................... 19 5. Evolution et épidémiologie moléculaire des souches d’APMV-1 ................................................................................................. 23 1. Distribution des souches et les panzooties ................................................................................................................................. 29 2. Epidémiologie ............................................................................................................................................................................
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