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Virus De La Maladie De Newcastle (Apmv-1) Circulant Dans Le District De Fandriana

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Virus De La Maladie De Newcastle (Apmv-1) Circulant Dans Le District De Fandriana UNIVERSITE D’ANTANANARIVO FACULTE DES SCIENCES ----- ----- ----- ----- ----- DEPARTEMENT DE BIOCHIMIE FONDAMENTALE ET APPLIQUEE ----- ----- ----- ----- ----- MEMOIRE DE RECHERCHE POUR L’OBTENTION DU DIPLOME D’ETUDES APPROFONDIES EN SCIENCES DE LA VIE ----- ----- ----- ----- ----- Option: BIOCHIMIE APPLIQUEE AUX SCIENCES MEDICALES VIRUS DE LA MALADIE DE NEWCASTLE (APMV-1) CIRCULANT DANS LE DISTRICT DE FANDRIANA Présentée par RAZAFINDRAFARA Mirantsoa Suzanne Maître ès Sciences Le 30 avril 2015 Devant le jury composé de : Président : Pr RAHERIMANDIMBY Marson Rapporteurs : Pr ANDRIANTSIMAHAVANDY Abel Dr MAMINIAINA Olivier Fridolin Examinateurs : Dr RANDRIANARIVO Hanitra Ranjàna Dr TSIRINIRINDRAVO Herisetra Lalaina DEDICACES A dieu qui m’a donné sa grâce, son amour et son aide. Que toute louange et gloire te revienne Seigneur. A ma très chère mère, pour tout le sacrifice que tu ne cesse de faire pour nous tes enfants. Tu n’as pas ménagé tes efforts depuis toutes nos enfances jusqu’à aujourd’hui. J’espère que tu trouveras dans ce travail le couronnement de toutes ces années d’efforts et de sacrifice. A ma sœur et sa famille qui a toujours montré son aide et sa gentillesse envers moi. A mes deux frères Menja et Santatra. A mes nièces Angelina et Larissa. A toute ma famille. Vos prières, votre aide et vos soutiens durant la réalisation de ce travail sont très importante pour moi. Que dieu vous bénisse tous et vous récompense tous ce que vous avez faits pour moi. b REMERCIEMENTS Le présent travail est effectué dans le laboratoire de FOFIFA/DRZV : Centre Nationale de la Recherche et du Développement Rural/Département de la Recherche Zootechnique et Vétérinaire. Mon premier remerciement s’adresse au Seigneur Tout Puissant qui m’a donné la force et le courage d’accomplir ce travail. Louange et gloire à Notre Seigneur. Je tiens à exprimer ma profonde reconnaissance au Professeur RAHERIMANDIMBY Marson d’avoir accepté la présidence de ce mémoire malgré ces innombrables occupations. Mes plus sincères remerciements au Docteur RANDRIANARIVO Hanitra Ranjàna et au Docteur TSIRINIRINDRAVO Herisetra Lalaina qui ont bien voulu accepter de juger ce travail et de figurer parmi les membres du jury. J’adresse ma profonde reconnaissance et ma sincère gratitude au Professeur ANDRIANTSIMAHAVANDY Abel. Vous n’avez pas épargné ni votre temps ni vos conseils à la réalisation de ce travail malgré vos lourdes tâches. J’adresse mes vifs remerciements et mon profond respect au Docteur MAMINIAINA Olivier Fridolin, pour la confiance que vous m’avez faite en proposant ce sujet de mémoire et en acceptant l’encadrement de ce mémoire. Je vous remercie pour toutes les connaissances que vous m’avez transmises et pour vos nombreux conseils durant la réalisation de ce travail. Veuillez trouver ici l’expression de notre profonde gratitude. Je tiens à remercier vivement : Le Docteur Ando Lalaniaina RANDRIANIERENANA, pour toutes les connaissances et la formation dont vous m’avez fait part durant mes études universitaires. Le Professeur Victor JEANNODA, pour toutes les connaissances et les valeurs morales que vous m’avez transmises. Le Docteur RALINIAINA Modestine, Chef de Département de Recherche Zootechnique et Vétérinaire pour m'avoir accueillie dans son laboratoire. Je remercie également tous les enseignants de la Faculté des Sciences de l’Université d’Antananarivo pour les connaissances qu’ils m’ont transmises durant mon cursus universitaire. Mes chaleureux remerciements s’adressent également à ma famille pour leur soutien moral et leurs encouragements permanents. Pour terminer, je remercie très vivement toutes les personnes qui, de près ou de loin, ont contribué à la réalisation de ce mémoire. GLOSSAIRE ............................................................................................................................... i LISTE DES SIGLES ET ABREVIATIONS ............................................................................ iii LISTE DES FIGURES ............................................................................................................... v LISTE DES TABLEAUX ........................................................................................................ vii Chapitre. 1 INTRODUCTION ET SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE ............................... 1 I INTRODUCTION .......................................................................................................... 1 II SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE .............................................................................. 3 II.1 Généralités sur la maladie de Newcastle ................................................................. 3 II.2 Virus de la maladie de Newcastle (APMV-1) .......................................................... 4 II.2.1 Classification ............................................................................................................ 4 II.2.2 Pathogénicité ............................................................................................................ 5 II.2.3 Structure ................................................................................................................... 6 II.2.4 Cycle de multiplication .......................................................................................... 11 II.2.5 Génotype ................................................................................................................ 13 Chapitre. 2 MATERIELS ET METHODES ......................................................................... 15 I Site d‟étude ................................................................................................................... 15 II Enquêtes ....................................................................................................................... 17 III Prélèvement .................................................................................................................. 17 IV Mesures de sécurité ...................................................................................................... 17 V Préparation de l‟inoculum ............................................................................................ 18 VI Extraction d‟acide nucléique ........................................................................................ 18 VII Criblage par reverse transcriptase PCR en temps réel ............................................... 21 VIII Isolement viral ........................................................................................................... 24 IX Amplification et séquençage ........................................................................................ 26 X Simulation des séquences ............................................................................................. 31 XI Analyse phylogénétique ............................................................................................... 31 Chapitre. 3 RESULTATS ET INTERPRETATION ............................................................ 34 I Enquêtes sur terrain ...................................................................................................... 34 I.1 Importance de l’aviculture dans le district de Fandriana ..................................... 34 I.2 Connaissance de la MN par les villageois ............................................................. 35 I.3 Symptômes de la maladie ....................................................................................... 36 I.4 Incidence de la maladie ......................................................................................... 36 II Diagnostic de la présence d‟APMV-1 .......................................................................... 37 II.1 Reverse transcriptase PCR en temps réel .............................................................. 37 II.2 Isolement viral ....................................................................................................... 39 II.3 PCR conventionnelle .............................................................................................. 41 III Résultats de la simulation ............................................................................................. 42 Chapitre. 4 DISCUSSION, CONCLUSION ET PERSPECTIVES ..................................... 46 REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES ................................................................................. 46 REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES ................................................................................. 50 ANNEXES .................................................................................................................................. I ANNEXE 1 : Localisation et description des lésions de la maladie de Newcastle ................. I ANNEXE 2 : Vaccins anti-Newcastle commercialisés à Madagascar. .................................. I ANNEXE 3 : Préparation de mélange d'antibiotiques .......................................................... II ANNEXE 4 : Préparation des réactifs de l‟extraction. ......................................................... III ANNEXE 5 : Protocole d‟inoculation du virus sur œuf embryonné. ................................... III ANNEXE 6 : Génotypes des APMV-1 utilisés pour la construction des arbres phylogénétiques. ................................................................................................................... IV ANNEXE 7 : Identification des échantillon ......................................................................... IV ANNEXE 8 : Schéma du format FASTA des séquences. ....................................................
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