DOCSLIB.ORG

Manuscrit De Thèse T. Lacombe 2012

Total Page：16

File Type：pdf, Size：1020Kb

Download full-text PDF Read full-text
Manuscrit De Thèse T. Lacombe 2012 Montpellier SupAgro Centre International d’Etudes Supérieures en Sciences Agronomiques THESE présentée pour obtenir le grade de Docteur du Centre International d’Etudes Supérieures en Sciences Agronomiques Ecole Doctorale : Systèmes Intégrés en Biologie, Agronomie, Géosciences, Hydrosciences et Environnement Spécialité : Evolution, Ecologie, Ressources Génétiques et Paléontologie Contribution à l’étude de l’histoire évolutive de la vigne cultivée (Vitis vinifera L.) par l’analyse de la diversité génétique neutre et de gènes d’intérêt soutenue publiquement par Thierry LACOMBE le 18 décembre 2012 devant le jury composé de : Mme. Catherine BASTIEN, Directrice de Recherche, INRA Orléans Rapportrice Mme. Frédérique PELSY, Chargée de Recherche, INRA Colmar Rapportrice Mme. Maria MANZANARES-DAULEUX, Professeur AGROCAMPUS OUEST, Rennes Examinatrice M. Jean-Louis PHAM, Chargé de Recherche, IRD Montpellier Examinateur M. Michel PITRAT, Directeur de Recherche, INRA Avignon Président du jury M. Patrice THIS, Directeur de Recherche, INRA Montpellier Directeur de thèse M. Jean-Michel BOURSIQUOT, Maître de Conférences, Montpellier SUPAGRO co-Directeur de thèse M. Jean-Pierre PEROS, Chargé de Recherche, INRA Montpellier Invité Contribution à l’étude de l’histoire évolutive de la vigne cultivée (Vitis vinifera L.) par l’analyse de la diversité génétique neutre et de gènes d’intérêt Résumé : Vitis vinifera L. est l’une des premières espèces fruitières à avoir été domestiquées. Sous l’effet de la sélection humaine, cette espèce a suivi une évolution agro-morphologique conduisant à une importante diversité répartie en deux morphotypes principaux selon l’usage des raisins (cuve vs table). L’objectif de cette thèse a été de mieux comprendre la structuration et l’origine de la diversité génétique de la vigne domestique au travers de l’étude de marqueurs moléculaires neutres (nucléaires et chloroplastiques) et de gènes codant pour des caractères d’intérêt agronomique (couleur des baies et architecture des grappes). Une meilleure connaissance des ressources génétiques de la vigne est en effet nécessaire pour leur gestion optimisée et leur utilisation appropriée dans de nouveaux programmes d’amélioration. Une étude de parenté basée sur l’analyse de 20 microsatellites nucléaires a d’abord été menée sur 2344 cultivars de la collection INRA du Domaine de Vassal. Elle a permis de préciser l’ascendance directe de plus de 800 cultivars et de révéler les géniteurs clés. A l’aide de ces mêmes marqueurs, une étude de la structuration génétique du compartiment cultivé a ensuite mis en évidence quatre grands groupes de diversité reliés à l’usage des fruits, la géographie et l’histoire de la viticulture. Ces premiers résultats ont été utilisés pour constituer un échantillon de travail de 595 génotypes comprenant i) des cultivars (subsp. vinifera, syn. sativa) représentatifs de la diversité neutre et de catégories historiques préalablement définies et ii) des représentants du compartiment sauvage (subsp. sylvestris). Les résultats de l’étude de la diversité de l’ADN chloroplastique sont compatibles avec l’existence d’un centre primaire de domestication oriental et de centres secondaires répartis sur le pourtour méditerranéen. Le polymorphisme de séquence (SNP et INDEL) a ensuite été exploré pour trois gènes associés à des caractères d’intérêt agronomique. L’analyse de la diversité des gènes VvMybA1 et VvMybA3, associés à la couleur des baies, a permis de préciser l’histoire de ce trait et sa diversification sous l’effet de la sélection artificielle. L’analyse du polymorphisme du gène VvTFL1A, associé à l’architecture des grappes, a montré une structuration différente principalement en relation avec l’usage des fruits. L’ensemble des résultats a permis de mettre en évidence certaines variétés ou groupes de variétés occupant une position originale dans l’histoire de la vigne cultivée depuis sa domestication. Mots-clés : Vitis vinifera ; histoire évolutive ; diversité génétique neutre ; caractère d’intérêt agronomique ; polymorphisme de séquence INRA, UMR AGAP, Equipe Diversité et Adaptation de la Vigne et des Espèces Méditerranéennes 2, place Pierre Viala, F-34060 Montpellier cedex 1. Contribution to the study of grapevine (Vitis vinifera L.) evolutionary history through the analysis of genetic diversity of neutral markers and genes of interest Abstract: Vitis vinifera L. is one of the first fruit species ever domesticated. Under human selection, this species underwent a morphological and agronomical evolution leading to an extensive diversity and to two distinct morphotypes according to the use of grapes (wine vs. table). The objective of this PhD thesis was to better understand the structure and origin of cultivated grapevine genetic diversity studying neutral (nuclear and chloroplastidial) molecular markers and genes encoding traits of agronomic interest (berry colour and bunch architecture). A better knowledge of grapevine genetic resources is indeed needed for their optimized management and appropriate use in new breeding programmes. A parentage study based on 20 nuclear microsatellites markers was first performed on 2344 cultivars held in the INRA “Domaine de Vassal” repository. This work allowed us to reveal the direct ascent of more than 800 cultivars and to uncover key genitors. Then, a study of the cultivated pool genetic structure was performed using the same markers. The four diversity groups found are related to use of fruits, geography and viticulture history. These first results were used to build a working sample of 595 genotypes that included i) cultivars (subsp. vinifera, syn. sativa) representative of both neutral markers diversity and previously defined historical categories and ii) representatives of the wild compartment (subsp. sylvestris). The results of chloroplastidial DNA diversity study are consistent with the existence of an eastern primary domestication centre with secondary centres distributed on the periphery of the Mediterranean sea. Sequence polymorphism (SNP and INDEL) was then explored in three genes associated with traits of agronomic interest. Diversity analysis of VvMybA1 and VvMybA3 genes associated with berry colour allowed us to better understand the diversification of this trait under artificial selection. Analysis of VvTFAL1A polymorphism, associated to bunch architecture, showed a different structuration mainly related to the use of fruits. All these results highlighted specific cultivars or groups of cultivars which hold an original position in the history of cultivated grapevine since its domestication. Keywords: Vitis vinifera; evolutionary history; neutral genetic diversity; traits of agronomic interest; sequence polymorphism INRA, UMR AGAP, Equipe Diversité et Adaptation de la Vigne et des Espèces Méditerranéennes 2, place Pierre Viala, F-34060 Montpellier cedex 1. Remerciements Nombreuses sont les personnes qui m'ont apporté leur aide directe ou indirecte durant ces trois années et je leur en suis redevable. Je mesure pleinement ma chance d'avoir pu mener à bien ce projet à leur côté et au sein de l’Institut National de la Recherche Agronomique. Je remercie tout d'abord les membres du jury de m'avoir fait l'honneur d'évaluer mon travail. Merci également à Stéphanie Mariette, Jacques David, Bouchaib Kadari, Jean-Louis Noyer et Yves Vigouroux pour leur participation aux comités de suivi de thèse et leurs conseils avisés, ainsi qu’à Martine Barraud. Mes remerciements vont naturellement à Patrice This, directeur de thèse, qui de longue date m'a incité à m’engager dans cette direction. Sans la confiance qu’il m’a témoignée au moment de l’inscription en thèse, je n’aurais peut-être pas sauté le pas. Il m'a aussi aidé à concevoir ce projet et à le mener à terme, en m’offrant l’autonomie et les moyens nécessaires à son déroulement, au sein de l'équipe dont il a la responsabilité. Je le remercie enfin pour le temps précieux qu'il a ensuite pu consacrer au suivi de mon travail. Jean-Michel Boursiquot m’a appris mon métier. Il a aussi assuré la co-direction de cette thèse avec constance et attention, continuant ainsi à me faire bénéficier de son expertise irremplaçable en matière d’ampélographie et, plus largement, de diversité génétique. Sa capacité de synthèse et l’acuité de ses raisonnements m’ont été très bénéfiques. De plus, son aide indirecte a été déterminante dans plusieurs dossiers étrangers à la thèse et auxquels il a fallu malgré tout faire face. Pour tout cela, je lui exprime aujourd’hui ma plus profonde reconnaissance. Dès le début du projet, Jean-Pierre Péros a assuré une part importante de l'encadrement scientifique de ce doctorat. Son aide fut cruciale, tant par sa qualité que par sa proximité. Il s’est notamment rendu disponible pour me guider dans les analyses de données et pour m’orienter dans la jungle logicielle. Ses conseils méthodologiques avisés et ses encouragements m’ont aussi aidé à surmonter quelques inévitables moments de doute. Pour cette implication sans faille, je tiens à lui exprimer ici ma sincère gratitude. Amandine Launay et Valérie Laucou ont produit la plupart des données moléculaires utilisées dans cette thèse. L’implication d’Amandine dans les travaux de séquençage, son sérieux et son dynamisme ont représenté une véritable chance pour la réalisation de mon projet et je lui adresse mes plus vifs remerciements. Valérie m’a toujours fait bénéficier de ses compétences en biologie moléculaire et a répondu avec efficacité à toutes mes sollicitations. Pour cela et pour les précédentes années
Load more

Recommended publications
  • European Project Grapegen 06 - Grapevine Genetic Resources - Version 18 March 2011 P
    European Project GrapeGen 06 - Grapevine Genetic Resources European Grapevine Catalogue: Towards a Comprehensive List T. Lacombe, L. Audeguin, M. Boselli, B. Bucchetti, F. Cabello, M. Crespan, C. D’Onofrio, J. Eiras Dias, S. Ercisli, M. Gardiman, MS. Grando, S. Imazio, O. Jandurova, A. Jung, E. Kiss, P. Kozma, E. Maul, D. Maghradze, C. Martinez, G. Muñoz, J-K. Pátková, I. Pejic, E. Peterlunger, D. Pitsoli, D. Preiner, S. Raimondi, F. Regner, G. Savin, S. Savvides, A. Schneider, J-L. Spring, A. Szoke, A. Veres, J-M. Boursiquot, R. Bacilieri and P. This Annex 1 A: List of the grape varieties registered in the Member States of the European Union Legend : in bold, common prime name of the variety according to VIVC database when referenced, # identification number of the variety, species, sex (H = hermaphrodite, F = female, M = male), colour of berry skin (B = yellow-green, N = blue-black, Rg = red, Rs = rose, G = grey). In normal characters, name of the variety as registered in the country and its registered synonyms, country, year of the national catalogue's last update available, utilization allowed in the country (W = wine grape, T = table grape, ROOT = rootstock). Synonyms marked with an * are used under condition (see national regulations). 4 444-6 (# PRT482 no correspondance in VIVC database) - - 444-6 (syn. ¤) : PRT - 2010 - ROOT A ABBUOTO (# 7 ) vinifera - - N Abbuoto N. (syn. ¤) : ITA - 2010 - W ABONDANT (# 24 ) vinifera - H - B Abondant B (syn. ¤) : FRA - 2010 - W ABOURIOU (# 34 ) vinifera - H - N Abouriou N (syn. ¤) : FRA - 2010 - W ABRUSCO (# 32 ) vinifera - - N Abrusco N. (syn. ¤) : ITA - 2010 - W ACCENT (# 20540 ) interspecific cross - - N Accent (syn.
    [Show full text]
  • WINE Talk: October 2016
    Licence No 58292 30 Salamanca Square, Hobart GPO Box 2160, Hobart Tasmania, 7001 Australia Telephone +61 3 6224 1236 [email protected] www.livingwines.com.au WINE Talk: October 2016 The newsletter of Living Wines: Edition 65 Since the last newsletter we have travelled to Melbourne and Geelong to conduct wine tastings and also to Sydney to attend the high-energy Mental Notes event which, this year, was held at the Paddington Town Hall – an excellent venue for an event of this type. We also joined with a number of our other colleagues from this event to hold a trade tasting at The Bentley Bar and Restaurant on the Monday following Mental Notes. We are now gearing up for the other two major events on the natural wine calendar – Rootstock in Sydney and Soul For Wine in Melbourne. We are delighted that both Tony and Philippe Bornard will be attending Rootstock this year. To celebrate their visit we will be holding two very special events. The first will be a late lunch in Hobart at Franklin Restaurant and the second will be a dinner at the wonderful Bar Brosé in Sydney which will be cooked by Analeise Gregory as described below. And now to the special packs. We have a rather long story on the Côte de Beaune and a 6 pack of wines selected from that region of Burgundy. We have a special dozen comprised of wines that include very rare grape varieties that we like to seek out from the hidden corners of France. There is a pack of wines from our winemaker of the month, namely Domaine les Grandes Vignes from the Loire Valley.
    [Show full text]
  • Carta Dei Vini
    Carta dei Vini aggiornata al 17 / 10 / 2018 I vini contrassegnati dalla coccinella corrispondono a prodotti ottenuti da una agricoltura sostenibile, che ammette in vigna il solo utilizzo di zolfo e rame, poltiglia bordolese, sovesci e composti organici ed in cantina fermentazione spontanee, bassissime o nulle solfitazioni, talvolta assenza di temperature controllate, filtrazioni e coadiuvanti enologici. The wines marked with the Ladybug correspond to products obtained from sustainable agriculture, which allows in the vineyard only the use of: sulfur, copper, bordeaux mixture, green manure and organic compounds; all of it inside spontaneous fermentation cellars,very low or no solfitations, sometimes lack of controlled temperatures, filtration, oenological filtration and adjuvants. Vini al Calice Bollicine Vini bianchi italiani Vini rosati italiani Vini rossi italiani Vini dal mondo Vini al Calice Bollicine Metodo Classico non dosato Brut Dryas Fiano - Campania 13% 10 euro Extra Brut Premier Cru Hugues Godmé 60% Chardonnay, 30% pinot meunier , 10% pinot nero · 12% 15 euro Vini Bianchi Falanghina Campanelle 2016 Casa Setaro Falanghina 12,5% Campania 10 euro Greco di Tufo 2012 Calafè Greco · 13,5% Campania 15 euro Fiano di Avellino Ventidue 2009 Villa Raiano Fiano · 13,5% 15 euro Fiorduva Costa d’Amalfi 2015 Marisa Cuomo Fenile, ripoli, ginestra 14% Campania 20 euro Turbiana 2016 Filippi Turbiana 12,5% Veneto 12 euro Les Calcinaires blanc 2016 Domaine Gauby Muscat, macabeu, chardonnayo ·12% 13 euro Vini al Calice Vini Rosati Tauma 2015 Azienda
    [Show full text]
  • Determining the Classification of Vine Varieties Has Become Difficult to Understand Because of the Large Whereas Article 31
    31 . 12 . 81 Official Journal of the European Communities No L 381 / 1 I (Acts whose publication is obligatory) COMMISSION REGULATION ( EEC) No 3800/81 of 16 December 1981 determining the classification of vine varieties THE COMMISSION OF THE EUROPEAN COMMUNITIES, Whereas Commission Regulation ( EEC) No 2005/ 70 ( 4), as last amended by Regulation ( EEC) No 591 /80 ( 5), sets out the classification of vine varieties ; Having regard to the Treaty establishing the European Economic Community, Whereas the classification of vine varieties should be substantially altered for a large number of administrative units, on the basis of experience and of studies concerning suitability for cultivation; . Having regard to Council Regulation ( EEC) No 337/79 of 5 February 1979 on the common organization of the Whereas the provisions of Regulation ( EEC) market in wine C1), as last amended by Regulation No 2005/70 have been amended several times since its ( EEC) No 3577/81 ( 2), and in particular Article 31 ( 4) thereof, adoption ; whereas the wording of the said Regulation has become difficult to understand because of the large number of amendments ; whereas account must be taken of the consolidation of Regulations ( EEC) No Whereas Article 31 of Regulation ( EEC) No 337/79 816/70 ( 6) and ( EEC) No 1388/70 ( 7) in Regulations provides for the classification of vine varieties approved ( EEC) No 337/79 and ( EEC) No 347/79 ; whereas, in for cultivation in the Community ; whereas those vine view of this situation, Regulation ( EEC) No 2005/70 varieties
    [Show full text]
  • Torino DOC 2012-2013
    cover2012OK.qxp 21-12-2011 16:08 Pagina 1 2012 2013 In collaborazione con TORINO DOC ® con il supporto di TORINO DOC • 2012 TORINO Selezione enologica della Camera di commercio di Torino Oenological selection of the Torino Chamber of commerce Sélection oenologique de la Chambre de commerce de Torino ISBN 978-88-903705 - 8 -8 163_184.qxp 18-01-2012 11:24 Pagina 184 002_018 - noPag1.qxp 17-01-2012 14:30 Pagina 1 TORINO DOC Selezione enologica della Camera di commercio di Torino Oenological selection of the Torino Chamber of commerce Sélection oenologique de la Chambre de commerce de Torino 2012 2013 ® In collaborazione con con il supporto di 002_018 - noPag1.qxp 17-01-2012 14:30 Pagina 2 Introduzione 4 IL PIACERE DEL VINO 33 I vini DOC e DOCG della provincia di Torino 68 Foreword DOC and DOCG wines from the Introduction The pleasure of wine province of Torino Le plasir du vin Les vins DOC et DOCG de la province de Torino LA SELEZIONE ENOLOGICA 7 Piccoli accorgimenti per gustare al meglio il vino! 34 Enoteca Regionale dei Vini A few tips to bring out the best from wine! della Provincia di Torino 69 The Oenological Selection Quelques petites astuces pour mieux apprécier le vin! The Regional wine cellar of the Wines La sélection oenologique Conservazione 35 of the Province of Torino L’Oenothèque Régionale des Vins Le aziende e la guida Conservation de la Province de Torino sul proprio cellulare 15 Conservation The wineries and the guide Preparazione, servizio e degustazione 36 Strada Reale dei Vini Torinesi 72 on your cell phone Preparation,
    [Show full text]
  • Climate Change Adaptation in the Champagne Region
    CLIMATE CHANGE ADAPTATION IN THE CHAMPAGNE REGION PRESS PACK – JUNE 2019 Contents P. 3 THE CHALLENGE POSED BY CLIMATE CHANGE IN CHAMPAGNE P. 4 CHAMPAGNE’S CARBON FOOTPRINT P. 7 A PROGRAMME TO DEVELOP NEW GRAPE VARIETIES P. 10 VINE TRAINING P. 11 OENOLOGICAL PRACTICES P. 13 A REGION COMMITTED TO SUSTAINABLE DEVELOPMENT P. 14 SUSTAINABLE VITICULTURE CERTIFICATION IN CHAMPAGNE THE CHALLENGE POSED BY CLIMATE CHANGE IN CHAMPAGNE GLOBAL WARMING IS A FACT. THE GLOBAL AVERAGE TEMPERATURE HAS INCREASED BY 0.8°C SINCE PRE-INDUSTRIAL TIMES. THE IMPACT CAN ALREADY BE SEEN IN CHAMPAGNE. CLIMATE CHANGE A REALITY IN THE REGION Over the past 30 years, the three key uni- versal bioclimatic indexes used to monitor Water balance local winegrowing conditions have evolved slightly down as follows: Huglin index rose from 1,565 to 1,800 Cool nights index rose from 9.8°C to 10.4°C Compared with the 30-year baseline average (1961-1990), the temperature has risen by 1.1°C ON AVERAGE. Average rainfall is still 700mm/year. Damage caused by spring frosts has slightly increased despite a drop in the number of frosty nights due to earlier bud burst. The consequences are already visible and are indeed positive for the quality of the musts: Over the past 30 years: - 1,3 g H2SO4/l total acidity Earlier harvests starting 18 days earlier + 0,7 % vol natural alcoholic strength by volume These beneficial effects may well continue if global warming is limited to a 2°C rise. However, the Champagne Region is now exploring ideas that would enable the inherent characteristics of its wines to be preserved in less optimistic climate change scenarios.
    [Show full text]
  • European Commission
    29.9.2020 EN Offi cial Jour nal of the European Union C 321/47 OTHER ACTS EUROPEAN COMMISSION Publication of a communication of approval of a standard amendment to the product specification for a name in the wine sector referred to in Article 17(2) and (3) of Commission Delegated Regulation (EU) 2019/33 (2020/C 321/09) This notice is published in accordance with Article 17(5) of Commission Delegated Regulation (EU) 2019/33 (1). COMMUNICATION OF A STANDARD AMENDMENT TO THE SINGLE DOCUMENT ‘VAUCLUSE’ PGI-FR-A1209-AM01 Submitted on: 2.7.2020 DESCRIPTION OF AND REASONS FOR THE APPROVED AMENDMENT 1. Description of the wine(s) Additional information on the colour of wines has been inserted in point 3.3 ‘Evaluation of the products' organoleptic characteristics’ in order to add detail to the description of the various products. The details in question have also been added to the Single Document under the heading ‘Description of the wine(s)’. 2. Geographical area Point 4.1 of Chapter I of the specification has been updated with a formal amendment to the description of the geographical area. It now specifies the year of the Geographic Code (the national reference stating municipalities per department) in listing the municipalities included in each additional geographical designation. The relevant Geographic Code is the one published in 2019. The names of some municipalities have been corrected but there has been no change to the composition of the geographical area. This amendment does not affect the Single Document. 3. Vine varieties In Chapter I(5) of the specification, the following 16 varieties have been added to those listed for the production of wines eligible for the ‘Vaucluse’ PGI: ‘Artaban N, Assyrtiko B, Cabernet Blanc B, Cabernet Cortis N, Floreal B, Monarch N, Muscaris B, Nebbiolo N, Pinotage N, Prior N, Soreli B, Souvignier Gris G, Verdejo B, Vidoc N, Voltis B and Xinomavro N.’ (1) OJ L 9, 11.1.2019, p.
    [Show full text]
  • Šlechtění Révy Vinné – Historie a Vývoj Bakalářská Práce
    Mendelova univerzita v Brně Zahradnická fakulta v Lednici Mendeleum - ústav genetiky Šlechtění révy vinné – historie a vývoj Bakalářská práce Vedoucí práce: Vypracovala: Ing. Miroslav Vachůn, Ph.D. Kristýna Oherová Lednice 2015 Čestné prohlášení Prohlašuji, že jsem práci: Šlechtění révy vinné - historie a vývoj vypracoval/a samostatně a veškeré použité prameny a informace uvádím v seznamu použité literatury. Souhlasím, aby moje práce byla zveřejněna v souladu s § 47b zákona č. 111/1998 Sb., o vysokých školách ve znění pozdějších předpisů a v souladu s platnou Směrnicí o zveřejňování vysokoškolských závěrečných prací. Jsem si vědom/a, že se na moji práci vztahuje zákon č. 121/2000 Sb., autorský zákon, a že Mendelova univerzita v Brně má právo na uzavření licenční smlouvy a užití této práce jako školního díla podle § 60 odst. 1 autorského zákona. Dále se zavazuji, že před sepsáním licenční smlouvy o využití díla jinou osobou (subjektem) si vyžádám písemné stanovisko univerzity, že předmětná licenční smlouva není v rozporu s oprávněnými zájmy univerzity, a zavazuji se uhradit případný příspěvek na úhradu nákladů spojených se vznikem díla, a to až do jejich skutečné výše. V Brně dne: …………………………………………………….. podpis Poděkování Mé poděkování patří Ing. Miroslavu Vachůnovi, Ph.D. za odborné vedení práce, vstřícnost při konzultacích a cenné rady, které mi pomohly tuto práci zkompletovat. Obsah 1 ÚVOD .......................................................................................................................... 6 2 CÍL PRÁCE ................................................................................................................
    [Show full text]
  • A Molecular Marker Set Combining a Retrotransposon Insertion and SSR Polymorphisms Is Useful for Assessing Diversity in Vitis
    Received: 17 August 2020 y Accepted: 11 May 2021 y Published: 25 June 2021 DOI:10.20870/oeno-one.2021.55.2.4473 A molecular marker set combining a retrotransposon insertion and SSR polymorphisms is useful for assessing diversity in Vitis Frédérique Pelsy, Lucie Bevilacqua, Sophie Blanc and Didier Merdinoglu Université de Strasbourg, INRAE, SVQV UMR-A 1131, F-68000 Colmar, France *corresponding author: [email protected] Associate editor: Laurent Jean-Marie Torregrosa ABSTRACT Molecular markers, based on DNA polymorphisms, are useful tools for identifying individuals, establishing phylogenetic relationships, managing collections of genetic material or assisting breeding. In the present study, we developed a marker set to differentiate Vitis species, grapevine varieties or clones belonging to the same variety. This novel marker set combines, in four PCR amplifications, the presence/absence of a remarkable retrotransposon, Tvv1-Δ3460, inserted at its single locus and the SSR polymorphism present within its two LTRs. By studying a collection of Vitaceae accessions, we showed the prevalence of two allelic forms of Tvv1-Δ3460 - one of which was partially truncated - in Vitis species. Out of the twenty-five studiedVitis species, the insertion of a Tvv1-Δ3460 element was detected in twenty, including Vitis vinifera. The homozygous vs heterozygous state of the element insertion was determined by amplifying the empty site. Additionally, each Tvv1-Δ3460 LTRs included a microsatellite sequence useful for designing markers based on LTR length. The LTR-SSR markers distinguished most of the fifty-two cultivars and revealed polymorphism within five of the seven varieties studied. KEYWORDS molecular markers, grapevine, retrotransposon, SSR OENO One 2021, 2, 403-414 © 2021 International Viticulture and Enology Society - IVES 403 Fréderique Pelsy et al.
    [Show full text]
  • Journal Officiel Des Communautés Européennes
    Journal officiel des Communautés européennes 13e année n° L 224 10 octobre 1970 Edition de langue française Législation Sommaire I Actes dont la publication est une condition de leur applicabilité Règlement ( CEE) n° 2005/70 de la Commission, du 6 octobre 1970, relatif au classement des variétés de vigne 1 Règlement ( CEE) n° 2028/70 de la Commission, du 9 octobre 1970, fixant les prélèvements applicables aux céréales, aux farines et aux gruaux et semoules de froment ou de seigle 53 Règlement ( CEE) n° 2029/70 de la Commission, du 9 octobre 1970, fixant les primes s'ajoutant aux prélèvements pour les céréales et le malt 55 Règlement (CEE) n° 2030/70 de la Commission, du 9 octobre 1970, modifiant le correctif applicable à la restitution pour les céréales 57 Règlement (CEE) n° 2031/70 de la Commission, du 9 octobre 1970, fixant les prélèvements à l'importation pour le sucre blanc et le sucre brut 58 Règlement ( CEE) n° 2032/70 de la Commission, du 9 octobre 1970, fixant les prélèvements dans le secteur de l'huile d'olive 59 Règlement (CEE) n° 2033/70 de la Commission, du 9 octobre 1970, fixant le montant de l'aide dans le secteur des graines oléagineuses 61 8 10 . 10 . 70 Journal officiel des Communautés européennes N° L 224/ 1 I (Actes dont la publication est une condition de leur applicabilité) RÈGLEMENT ( CEE ) N° 2005/70 DE LA COMMISSION du 6 octobre 1970 relatif au classement des variétés de vigne LA COMMISSION DES COMMUNAUTÉS 816/70 , ne peut être vin de table que le vin prove­ EUROPÉENNES , nant de cépages figurant au classement
    [Show full text]
  • Continental Atmospheric Circulation Over Europe During the Little Ice Age Inferred from Harvest Dates
    Continental atmospheric circulation over Europe during the Little Ice Age inferred from harvest dates Supplementary Information P. Yiou (1), I. García de Cortázar-Atauri (2,*), I. Chuine (2), V. Daux (1), E. Garnier (1,3), N. Viovy (1), C. van Leeuwen (4), A. K. Parker (4,**), J.-M. Boursiquot (5,6) 1. Laboratoire des Sciences du Climat et de l’Environnement, UMR CEA-CNRS-UVSQ, CE Saclay l’Orme des Merisiers, 91191 Gif-sur-Yvette, France 2. Equipe BIOFLUX, Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive, CNRS, 1919 route de Mende, 34293 Montpellier cedex 05, France 3. Centre de Recherche en Histoire Quantitative, UMR Université de Caen – CNRS, Esplanade de la Paix, 14032 Caen cedex 5 4. ENITA, Université de Bordeaux, UMR EGFV, ISVV, 1 Cours du Général de Gaulle, CS 40201, 33175, Gradignan-cedex, France. 5. Montpellier SupAgro – INRA, UMR DIAPC 1097, Equipe Génétique Vigne, 2 place Viala, F-34060 Montpellier, France. 6. INRA Unité Expérimentale du Domaine de Vassal, route de Sète, F-34340 Marseillan Plage, France (*) present address: European Commission JRC-IPSC-MARS-Agri4cast action, via E. Fermi 2749 - TP483, I-21027 Ispra (VA), Italy. (**) present address: Lincoln University, P.O. Box 84, Lincoln 7647, New Zealand Supplementary Tables Table 1. Main characteristics of the 9 composites series of grapevine harvest dates used in this study. $ mean temperature over March 15th to August 31st. * Important varieties identified in the region which are not used in our study because of insufficient data to calibrate the model. **Mean GHD is in day
    [Show full text]
  • Pinot Pedigree Diagram
    PINOT PEDIGREE DIAGRAM No fewer than 156 western European grape varieties make up this huge pedigree of natural crosses, with savagnin, gouais blanc and pinot playing the major roles. Given the number of varieties that are currently unknown (?), this pedigree is just one of the possible interpretations of all direct parent–offspring relationships that have been discovered by DNA parentage analyses (Pinot and teroldego, which have a grandparent–grandchild relationship, are included to illustrate the unexpected link between Pinot and syrah). It strongly challenges the commonly assumed independent origins of western European varieties and argues in favour of a small core set of founder varieties that have given birth through natural crosses to the significant biodiversity we know today. For the sake of clarity, trebbiano toscano and folle blanche appear twice in the diagram. Gatefold_Pinot.indd 1 23/07/2012 15:10 ? Gänsfüsser ? Chatus ? César ? ? ? Pougnet Sérénèze Furmint ? Pinot Verdelho de Voreppe Béquignol Noir Hárslevelu Plantscher ? Petit St Georgener ? Manseng ? Savagnin Grüner Räuschling Aubin Petit Teinturier Velt liner Blanc Meslier Gouais Blanc Various ? ? Gros ? Manseng Österreichisch Weiss Duras Petit Verdot ? ? Mondeuse ? Noire Tressot Genouillet Mondeuse ? Blanche Dureza Te r o l d e g o ? Trousseau Roter Silvaner Velt liner ? Viognier Syrah ? Magdeleine Lagrein Abouriou Sauvignon Rotgipfler Zierfandler Neuburger Frühroter Noire des Cabernet Charentes Blanc Velt liner ? Franc ? Bermestia ? Prunelard Bianca Cabernet Chenin
    [Show full text]