RASOLOFONIAINA Herizoa Jonia

FIEVRE DE LA VALLEE DU RIFT : SITUATION EPIDEMIOLOGIQUE ET FACTEURS DE RISQUE A MADAGASCAR

Thèse de Doctorat en Médecine Vétérinaire

UNIVERSITE D’ANTANANARIVO FACULTE DE MEDECINE DEPARTEMENT D’ENSEIGNEMENT DES SCIENCES ET DE MEDECINE VETERINAIRES

ANNEE : 2013 N°092

FIEVRE DE LA VALLEE DU RIFT : SITUATION EPIDEMIOLOGIQUE ET FACTEURS DE RISQUE A MADAGASCAR

THESE

Présentée et soutenue publiquement le 14 Août 2013 à Antananarivo Par Monsieur RASOLOFONIAINA Herizoa Jonia Né le 30 Décembre 1985 à Ambatondrazaka Pour obtenir le grade de DOCTEUR EN MEDECINE VETERINAIRE (Diplôme d’Etat)

Directeur : Professeur RATSIMBAZAFIMAHEFA RAHANTALALAO Henriette

MEMBRES DU JURY

Président : Professeur RATSIMBAZAFIMAHEFA RAHANTALALAO Henriette Juges : Professeur RASAMBAINARIVO John Henri Professeur RAKOTOMANGA Jean de Dieu Marie Rapporteur : Docteur RAKOTONIRINA EL-C Julio

MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE ------UNIVERSITE D’ANTANANARIVO ------FACULTE DE MEDECINE ------
/Fax : 22 277 04 -  : BP. 375 Antananarivo E-mail : [email protected]

I. CONSEIL DE DIRECTION

A. DOYEN Pr. ANDRIAMANARIVO Mamy Lalatiana B. VICE-DOYENS Médecine Humaine - Troisième Cycle Long (Internat Qualifiant, Pr. RANDRIAMAROTIA Harilalaina Willy Franck Clinicat: Agrégation et Formations Pr. RANTOMALALA Hariniaina Yoël Honora Professionalisantes. - Scolarité * 1er et 2 nd Cycles et communication Pr. RAHARIVELO Adeline Pr. VOLOLONTIANA Hanta Marie Danielle * 3ème Cycle court (Stage interné. examen Pr. ROBINSON Annick Lalaina de clinique et thèses) - Téléenseignement, LMD et projets Pr. SOLOFOMALALA Gaëtan Duval - Recherche Pr. RAVELOSON Nasolotsiry Enintsoa

Pharmacie Pr. SAMISON Luc Hervé Médecine Vétérinaire Pr. RATSIMBAZAFIMAHEFA RAHANTALALAO Henriette C. SECRETAIRE PRINCIPAL - Administration. Finances et Sécurité au Mme. RASOARIMANALINARIVO Sahondra H. travail II. CONSEIL D’ETABLISSEMENT

PRESIDENT Pr. RATSIMBAZAFIMAHEFA RAHANTALALAO Henriette

III. CHEFS DE DEPARTEMENT

- Biologie Pr. RAKOTO ALSON Aimée Olivat - Chirurgie Pr. RANTOMALALA Hariniaina Yoël Honora - Médecine Pr. RABEARIVONY Nirina - Mère et Enfant Pr. ANDRIANAMPANALINARIVO Hery Rakotovao - Pharmacie Dr. RAOELISON Guy Emmanuel - Santé Publique Pr. RAKOTOMANGA Jean de Dieu Marie - Sciences Fondamentales et Mixtes Pr. AHMAD Ahmad - Tête et Cou Pr. RAZAFINDRABE John Alberto Bam - Vétérinaire Pr. RAFATRO Henintsoa

IV. CONSEIL SCIENTIFIQUE

- PRESIDENT Pr. ANDRIAMANARIVO Mamy Lalatiana

V. COLLEGE DES ENSEIGNANTS

A. PRESIDENT Pr. RAJAONARISON Bertille Hortense

B. ENSEIGNANTS PERMANENTS

B.1. PROFESSEURS TITULAIRES D'ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE RECHERCHE

DEPARTEMENT BIOLOGIE

- Immunologie Pr. RASAMINDRAKOTROKA Andry

DEPARTEMENT MEDECINE ET SPECIALITES MEDICALES - Dermatologie Pr. RAPELANORO RABENJA Fahafahantsoa - Endocrinologie et Métabolisme Pr. RAMAHANDRIDONA Georges - Néphrologie Pr. RAJAONARIVELO Paul Pr. RABENATOANDRO Rakotomanantsoa - Neurologie Pr. TEHINDRAZANARIVELO Djacoba Alain

DEPARTEMENT MERE ET ENFANT - Pédiatrie Pr. RAVELOMANANA RAZAFIARIVAO Noëline

DEPARTEMENT SANTE PUBLIQUE - Administration et Gestion Sanitaire Pr. RATSIMBAZAFIMAHEFA RAHANTALALAO Henriette - Education pour la santé Pr. ANDRIAMANALINA Nirina Razafindrakoto - Santé Communautaire Pr. RANDRIANARIMANANA Dieudonné - Santé Familiale Pr. RANJALAHY RASOLOFOMANANA Justin - Statistique et Epidémiologie Pr. RAKOTOMANGA Jean de Dieu Marie

DEPARTEMENT SCIENCES FONDAMENTALES ET MIXTES

- Anatomie Pathologique Pr. RANDRIANJAFISAMINDRAKOTROKA Nantenaina Soa

DEPARTEMENT TETE ET COU

- Ophtalmologie Pr. ANDRIANTSOA RASOAVELONORO Violette Pr. BERNARDIN Prisca

B.2. PROFESSEURS D’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE RECHERCHE DEPARTEMENT BIOLOGIE - Hématologie Biologique Pr. RAKOTO ALSON Aimée Olivat - Parasitologie Pr. RAZANAKOLONA Lala Rasoamialy Soa DEPARTEMENT CHIRURGIE - Chirurgie Cardio-Vasculaire Pr. RAVALISOA Marie Lydia Agnès - Chirurgie Générale Pr. RAKOTO-RATSIMBA Hery Nirina - Chirurgie Pédiatrique Pr. ANDRIAMANARIVO Mamy Lalatiana Pr. HUNALD Francis Allen - Chirurgie Thoracique Pr. RAKOTOVAO Hanitrala Jean Louis - Chirurgie Viscérale Pr. SAMISON Luc Hervé Pr. RAKOTOARIJAONA Armand Herinirina - Orthopédie Traumatologie Pr. RAZAFIMAHANDRY Henri Jean Claude Pr. SOLOFOMALALA Gaëtan Duval - Urologie Andrologie Pr. RANTOMALALA Harinirina Yoël Honora Pr. RAKOTOTIANA Auberlin Felantsoa

DEPARTEMENT MEDECINE ET SPECIALITES MEDICALES

- Cardiologie Pr. RABEARIVONY Nirina Pr. RAKOTOARIMANANA Solofonirina - Dermatologie Vénérologie Pr. RAMAROZATOVO Lala Soavina - Hépato-Gastro-Entérologie Pr. RAMANAMPAMONJY Rado Manitrala - Maladies Infectieuses Pr. RANDRIA Mamy Jean de Dieu Pr. RANDRIANASOLO Rado Lazasoa - Médecine Interne Pr . VOLOLOHANTA Hanta Marie Danielle - Néphrologie Pr. RANDRIAMAROTIA Harilalaina Willy Franck Pr. RANDRIAMANATSOA Lova Narindra - Psychiatrie Pr. RAHARIVELO Adéline Pr. RAJAONARISON Bertille Hortense - Radiothérapie-Oncologie Médicale Pr. RAFARAMINO RAZAKANDRAINA Florine DEPARTEMENT MERE ET ENFANT - Gynécologie Obstétrique Pr. ANDRIANAMPANALINARIVO HERY Rakotovao Pr. RANDRIAMBELOMANANA Joseph Anderson - Pédiatrie Pr. RAOBIJAONA Solofoniaina Honoré Pr. ROBINSON Annick Lalaina DEPARTEMENT SCIENCES FONDAMENTALES ET MIXTES - Radiodiagnostic et Imagerie Médicale Pr. AHMAD Ahmad

- Anésthésie Réanimation Pr. RAVELOSON Nasolotsiry Enintsoa - Physiologie Pr. RAKOTOAMBININA Andriamahery Benjamin

- DEPARTEMENT TETE ET COU - Neuro-Chirurgie Pr. ANDRIAMAMONJY Clément Pr. RABARIJAONA Mamiarisoa - Stomatologie et Chirurgie Maxillo-Faciale Pr. RAZAFINDRABE John Alberto Bam

DEPARTEMENT VETERINAIRE - Pharmacologie Pr. RAFATRO Henintsoa B.3. MAITRES DE CONFERENCES DEPARTEMENT SANTE PUBLIQUE - Santé publique Dr. RANDRIAMANJAKA Jean Remi Dr. RATSIMBASOA Claude Arsène DEPARTEMENT VETERINAIRE - Sciences Ecologiques, Vétérinaires Dr. RAHARISON Fidiniaina Sahondra Agronomiques et Bioingenieries DEPARTEMENT PHARMACIE - Pharmacologie Générale Dr. RAMANITRAHASIMBOLA David - Pharmacognosie Dr. RAOELISON Emmanuel Guy - Biochimie Toxicologie Dr. RAJEMIARIMOELISOA Clara - Chimie Organique et Analytique Dr. RAKOTONDRAMANANA Andriamahavola Dina Louisino

DEPARTEMENT SCIENCES FONDAMENTALES ET MIXTES - Biophysique Dr. RASATA Ravelo Andriamparany

B.4. ASSISTANTS DEPARTEMENT VETERINAIRE - Virologie Dr. KOKO - Technologie Mme RAHARIMALALA Edwige Marie Julie DEPARTEMENT PHARMACIE - Procédés de Production. Contrôle et Qualité Dr. RAVELOJAONA RATSIMBAZAFIMAHEFA des Produits de Santé Hanitra Myriam

C. ENSEIGNANTS NON PERMANENTS C.1. PROFESSEURS EMERITES Pr. ANDRIAMBAO Damasy Pr. RAKOTOMANGA Samuel Pr. ANDRIANANDRASANA Athur Pr. RAKOTO-RATSIMAMANGA S.U Pr. ANDRIANJATOVO Joseph Pr. RAKOTOVAO Joseph Dieudonné Pr. AUBRY Pierre Pr. RAKOTOZAFY Georges Pr. FIDISON Augustin Pr. RAMAKAVELO Maurice Philippe Pr. KAPISY Jules Flaubert Pr. RAMONJA Jean Marie Pr. RABARIOELINA Lala Pr. RANDRIAMAMPANDRY Pr. RABENATOANDRO Casimir Pr. RANDRIARIMANGA Ratsiatery Honoré Blaise Pr. RABETALIANA Désiré Pr. RASOLOFONDRAIBE Aimé Pr. RADESA François de Sales Pr. RATSIVALAKA Razafy Pr. RAHARIJAONA Vincent Marie Pr. RAZANAMPARANY Marcel Pr. RAJAONA Hyacinthe Pr. ZAFY Albert Pr. RAKOTOMANGA Robert Pr. RANDRIANASOLO Jean Baptiste Olivier

C.2. CHARGE D’ENSEIGNEMENT DEPARTEMENT CHIRURGIE - Chirurgie Générale Pr. RAVELOSON Jean Roger DEPARTEMENT TETE ET COU - ORL et Chirurgie Cervico-Faciale Pr. RAKOTO Fanomezantsoa Andriamparany

VI. SERVICES ADMINISTRATIFS

SECRETAIRE PRINCIPAL Mme. RASOARIMANALINARIVO Sahondra H.

CHEFS DE SERVICES

TROISIEME CYCLE LONG Mme. RANIRISOA Voahangy

SCOLARITE Mme. SOLOFOSAONA R. Sahondranirina

AFFAIRES GENERALES M. RANDRIANJAFIARIMANANA Charles Bruno ET RESSOURCES HUMAINES

VII. IN MEMORIAN

Pr. RAMAHANDRIARIVELO Johnson Pr. RANDRIANARISOLO Raymond Pr. RAJAONERA Fréderic Dr. RABEDASY Henri Pr. ANDRIAMASOMANANA Veloson Pr. MAHAZOASY Ernest Pr. RAKOTOSON Lucette Pr. RATSIFANDRIHAMANANA Bernard Pr. ANDRIANJATOVO RARISOA Jeannette Pr. RAZAFINTSALAMANA Charles Dr. RAMAROKOTO Razafindramboa Pr. RANAIVOARISON Milson Jérôme Pr. RAKOTOBE Alfred Pr. RASOLONJATOVO Andriananja Pierre Pr. ANDRIAMIANDRA Aristide Pr. MANAMBELONA Justin Dr. RAKOTONANAHARY Pr. RAZAKASOA Armand Emile Pr. ANDRIANTSEHENO Raphaël Pr. RAMIALIHARISOA Angéline Pr. RANDRIAMBOLOLONA Robin Pr. RAKOTOBE Pascal Pr. RAMANANIRINA Clarisse Pr. RANAIVOZANANY Andrianady Pr. RALANTOARITSIMBA Zhouder Pr. RANDRIANARIVO Pr. RANIVOALISON Denys Pr. RAKOTOARIMANANA Denis Roland Pr. RAKOTOVAO Rivo Andriamiadana Pr. ANDRIAMANANTSARA Lambosoa Pr. RAVELOJAONA Hubert Pr. RAHAROLAHY Dhels Pr. ANDRIAMAMPIHANTONA Emmanuel Pr. ANDRIANJATOVO Jean José Pr. RANDRIANONIMANDIMBY Jérôme Pr. ANDRIANAIVO Paul Armand Pr. RAKOTONIAINA Patrice Pr. RANDRIAMBOLOLONA RASOAZANANY Aimée Pr. RAKOTO-RATSIMAMANGA Albert Pr. GIZY Ratiambahoaka Daniel Pr. RATOVO Fortunat

DEDICACES ET REMERCIEMENTS

DEDICACES

« Mon âme, bénis l'Eternel, et n'oublie aucun de ses bienfaits ».

Psaumes.103.2

Cette thèse est dédiée,

A mes parents,

Pour tous les sacrifices que vous avez consentis à notre éducation. Votre soutien moral et vos encouragements nous ont beaucoup aidés à réussir nos études. Que Dieu vous aide davantage et vous accorde santé et longue vie.

A mes frères, mes sœurs, tout le reste de la famille,

Pour leur présence et leur soutien constant.

A tous mes amis,

A la promotion MIARO,

Pour tous ces moments inoubliables passés ensemble.

A NOTRE MAITRE DIRECTEUR ET PRESIDENT DE THESE Madame le Docteur RATSIMBAZAFIMAHEFA RAHANTALALAO Henriette Professeur Titulaire d’Enseignement Supérieur et de Recherche en Santé Publique, Administration et gestion du système de santé à la Faculté de Médecine d’Antananarivo Vice-doyenne chargée de la Médecine vétérinaire

Qui nous a fait l’honneur de présider notre jury de thèse Hommages respectueux

A NOS MAITRES ET HONORABLES JUGES DE THESE Monsieur le Docteur RASAMBAINARIVO Jhon Henri Professeur au sein du Département d’Enseignement des Sciences et de Médecine Vétérinaire Directeur de recherche

Monsieur le Docteur RAKOTOMANGA Jean de Dieu Marie Professeur Titulaire d’Enseignement Supérieur et de Recherche en Santé Publique à la Faculté de Médecine d’Antananarivo Chef de Département Santé Publique

Qui ont eu la gentillesse d’accepter de participer à notre jury de thèse afin de porter un regard critique sur notre travail. Sincères remerciements

A NOTRE MAITRE ET RAPPORTEUR DE THESE Monsieur le Docteur RAKOTONIRINA El- C Julio Ancien chef de Travaux en Epidémiologie Directeur de l’Etablissement Universitaire de Soins et de Santé Publique Analakely

Qui nous a fait l’honneur d’accepter d’encadrer ce travail de thèse, nous a conseillé et guidé tout au long de sa rédaction. Vous nous avez fait l’honneur de diriger et de rapporter cette thèse malgré toutes vos occupations. Remerciements chaleureux

A NOTRE MAITRE ET DOYEN DE LA FACULTE DE MEDECINE D’ANTANANARIVO Monsieur le Professeur ANDRIAMANARIVO Mamy Lalatiana

Nos respectueuses considérations.

A NOTRE CHEF DE DEPARTEMENT DE LA DESMV Monsieur le Professeur RAFATRO Henintsoa

Notre reconnaissance profonde pour ses précieux conseils et orientations pendant notre formation.

A TOUS NOS MAITRES ET PROFESSEURS DE LA FACULTE DE MEDECINE-DEPARTEMENT D’ENSEIGNEMENT DES SCIENCES ET DE MEDECINE VETERINAIRES

Nos vives reconnaissances pour tout l’enseignement et la formation que nous avons reçus.

A TOUT LE PERSONNEL ADMINISTRATIF ET TECHNIQUE DE LA FACULTE MEDECINE D’ANTANANARIVO

Merci pour les services et l’accueil durant nos études.

A NOS MAITRES ENCADREURS Monsieur le Professeur Cardinale Eric Responsable Santé Animale et Santé Publique Vétérinaire au Centre de recherche et de veille sur les maladies émergentes de l'Océan Indien (CRVOI)

Monsieur le Docteur RAKOTOHARINOME Vincent Michel Responsable d’études et d’orientation technique à la Direction des Services Vétérinaires, Ministère de l’Elevage.

Pour nous avoir suivi attentivement dans ce travail et l’avoir enrichi de ses observations. Qu’ils trouvent ici le témoignage de notre vive reconnaissance.

Madame le Docteur Olive Marie-Marie

Pour m’avoir fait partager ses connaissances et tous ces bons moments passés ensemble. Qu’elle trouve ici l’expression de mon amitié sincère.

REMERCIEMENTS

Notre sincère gratitude à tous ceux qui ont œuvré par leurs conseils ou par leur soutien matériel et financier à la réalisation de ce modeste travail.

Je voudrais adresser mes sincères remerciements au Professeur CARDINALE Eric, chef du projet AnimalRisk-OI au CIRAD/CRVOI, pour son aide précieuse dans la réalisation de ce travail, pour ses nombreux conseils et pour sa grande disponibilité.

Je suis profondément reconnaissant au Docteur RAKOTOHARINOME Vincent Michel, point focal du Programme de Coopération Scientifique sur les Maladies Animales Emergentes (PCS-MAE) à Madagascar, pour m’avoir offert l’opportunité d’intégrer dans ce projet, pour sa confiance et sa positivité, pour les conseils sur la vie professionnelle et pour les discussions que nous avons pu avoir.

J’adresse ma profonde gratitude au Docteur OLIVE Marie-Marie, coordinatrice du projet AnimalRisk-OI à Madagascar, pour l’aide et l’encadrement qu’elle m’a fourni tout au long du terrain et dans la rédaction de ce manuel.

Mes plus vifs remerciements s’adressent également :

- Aux autorités locales de Mampikony, au Chef de District, aux Maires de Mampikony I, Mampikony II et Bekoratsaka et aux Chefs Fokontany sans qui ce travail n’a pas pu être réalisé. - A tous les éleveurs sans qui rien n’aurait été possible et en particulier ceux qui ont participé à la contention des animaux pour leurs bonnes humeurs, leurs dynamismes et leurs énergies. - A toute l’équipe entomologiste de l’Institut Pasteur de Madagascar pour leurs collaborations. - A tous les confrères et consœurs vétérinaires dont les Dr Nomena, Tsiry, Adria, Nambinina, Holy, Fetra, Ny Aina pour leurs précieuses aides. - A tous ceux qui de près ou de loin ont contribué à la réalisation de ce travail.

SOMMAIRE

SOMMAIRE

Pages

INTRODUCTION ...... 1

PREMIERE PARTIE : REVUE DE LA LITTERATURE SUR LA FIEVRE DE LA VALLEE DU RIFT ...... 3

I. Définition ...... 3

II. Epidémiologie ...... 3 II.1. Espèces réceptives ...... 3 II.2. Matières virulentes ...... 4 II.3. Modes et cycle de transmission ...... 4 II.3.1. Transmission vectorielle ...... 5 II.3.2. Transmission trans-ovarienne chez certains moustiques ...... 5 II.3.3. Transmission directe par contact ...... 6 II.3.4. Cycle de transmission ...... 6 II.4. Facteurs de risque influençant la survenue de la FVR...... 7 II.4.1. Influence des phénomènes climatiques en Afrique de l’Est ...... 7 II.4.2. Influence des mouvements d’animaux ...... 8

III. Symptomatologie ...... 9 III.1. Chez les bovins, les ovins et les caprins ...... 9 III.2. Chez les camélidés ...... 10 III.3. Chez les autres animaux domestiques ...... 10 III.4. Chez l’Homme ...... 10

IV. Diagnostic ...... 10

V. Historique et répartition de la FVR ...... 11 V.1. Situation de la FVR dans le monde ...... 11 V.2. Situation de la FVR à Madagascar ...... 14 V.2.1. Isolement du virus de la FVR en 1979 ...... 14 V.2.2. Première épizootie de 1990-1991 ...... 14 V.2.3. Seconde épizootie de 2008-2009 ...... 15

VI. Importance ...... 17 VI.1. Economique ...... 17 VI.2. Sanitaire ...... 17

VII. Traitement ...... 18 VII.1. Curatif ...... 18 VII.2. Préventif ...... 18

DEUXIEME PARTIE : METHODOLOGIE ET RESULTATS ...... 20

METHODOLOGIE ...... 20

I. Présentation des zones d’étude ...... 20 I.1. Localisation géographique ...... 20 I.2. Données physiques et climatiques ...... 21

II. Types d’étude ...... 22

III. Périodes d’étude ...... 22

IV. Population étudiée ...... 23

V. Echantillonnage ...... 23

VI. Critères d’inclusion et d’exclusion ...... 24 VI.1. Etude de cohorte ...... 25 VI.2. Etude transversale ...... 25

VII. Paramètres à évaluer ...... 25 VII.1. Séroprévalence de la FVR ...... 25 VII.2. Incidence sérologique...... 26 VII.3. Facteurs de risques ...... 27

VIII. Collecte de données ...... 27 VIII.1. Considérations éthiques ...... 27 VIII.2. Conception des questionnaires ...... 28 VIII.3. Pré-test des questionnaires ...... 28 VIII.4. Enquêtes ...... 28 VIII.5. Prélèvements sanguins ...... 29

VIII.5.1. Matériels biologiques ...... 29 VIII.5.2. Matériels de prélèvement ...... 29 VIII.5.3. Réalisation ...... 30 VIII.6. Exploitation des bases de données disponibles ...... 32 VIII.6.1. Données entomologiques ...... 32 VIII.6.2. Données pluviométriques ...... 32

IX. Traitement et analyses des données ...... 33 IX.1. Analyses en laboratoire ...... 33 IX.2. Analyse statistique ...... 35

RESULTATS ...... 37

I. Description de la population suivie ...... 37

II. Circulation du virus de la FVR ...... 41 II.1. Séroprévalence de la FVR ...... 41 II.1.1. Chez les bovins adultes ...... 41 II.1.2. Chez les jeunes bovins recrutés ...... 42 II.2. Incidence sérologique ...... 43 II.2.1. Vue générale ...... 43 II.2.2. Sites des séroconversions ...... 46 II.2.3. Variation saisonnière de l’incidence sérologique ...... 49

III. Facteurs de risques associés à la FVR ...... 52 III.1. Pratiques d’élevages ...... 52 III.1.1. Caractéristiques des pratiques ...... 52 III.1.2. Facteurs de risques liés aux pratiques d’élevage ...... 54 III.2. Facteurs environnementaux influençant la dynamique vectorielle ...... 55 III.2.1. Accès à la forêt des troupeaux ...... 55 III.2.2. Types de points d’eau ...... 56 III.2.3. Pluviométrie ...... 57 III.3. Arthropodes vecteurs ...... 59 III.3.1. Espèces identifiées sur les sites de capture...... 59 III.3.2. Vecteurs identifiés en corrélation à la FVR ...... 60

TROISIEME PARTIE : DISCUSSION ET SUGGESTIONS ...... 62

DISCUSSION ...... 62

I. Estimation de la séroprévalence ...... 62

II. Estimation de l’incidence sérologique ...... 64

III. Analyses des facteurs de risque associés à la FVR ...... 65 III.1. Pratiques d’élevage ...... 65 III.2. Arthropodes vecteurs ...... 66 III.3. Facteurs environnementaux ...... 67 III.3.1. Accès à la forêt ...... 67 III.3.2. Types de points d’eau ...... 67 III.3.3. Corrélation entre la pluviométrie et l’incidence sérologique ...... 69

SUGGESTIONS ...... 71

I. A l’endroit des éleveurs ...... 71

II. A l’endroit des professionnels de la santé animale ...... 71

III. A l’endroit des professionnels de la santé humaine ...... 72

IV. A l’endroit des Instituts de recherche et laboratoires ...... 72

V. A l’endroit des autorités compétentes ...... 73

CONCLUSION ...... 74

ANNEXES

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

LISTE DES TABLEAUX

Pages

Tableau I : Susceptibilité et sensibilité des espèces au virus de la FVR...... 4 Tableau II : Tendance de morbidité et mortalité de FVR chez les êtres humains pendant les différentes épidémies……………….....… 18 Tableau III : Répartition des jeunes bovins par site et par période de recrutement…………...………………...………………...……. 37 Tableau IV : Vue générale de la population des jeunes recrutés par site et par sexe………….……………………………………………... 38 Tableau V : Description de la population des jeunes recrutés par site et par tranche d’âge……………………………………………...….. 38 Tableau VI : Répartition des jeunes recrutés de Mampikony par Commune et par sexe………………………………………...………..…... 39 Tableau VII : Répartition des jeunes recrutés de Tuléar II par Commune et par sexe………………………………………...…...………..… 39 Tableau VIII : Nombre d’animaux recrutés par site et par troupeau………….. 40 Tableau IX : Séroprévalence en IgM et en IgG dans les 2 sites d’étude…..… 41 Tableau X : Statut des jeunes recrutés observé au premier test sérologique…………………………………………………..… 42 Tableau XI : Répartition par site et par sexe de la séroprévalence chez les jeunes………………………..………………….…...……...... 42 Tableau XII : Localisation des animaux recrutés positifs au premier test sérologique……………………………………………..…..….. 43 Tableau XIII : Répartition des jeunes pour le suivi d'incidence selon leur statut par site…………………………………………..……... 44 Tableau XIV : Répartition de statut des jeunes suivis en fonction de sexe….. 45 Tableau XV : Classification des sujets positifs selon l’âge……………...... 45 Tableau XVI : Répartition de nombre de séroconversions à Mampikony …... 46 Tableau XVII : Répartition de nombre de séroconversions à Tuléar II …..….. 46 Tableau XVIII : Localisation des séroconversions par troupeau et par site…… 48

Tableau XIX : Composition des troupeaux des éleveurs participants au suivi d’animaux…………...... 52 Tableau XX : Composition de troupeau de bovins par sexe, tranche d’âge et par site………………………………………………..………. 52 Tableau XXI : Pratiques sanitaires des éleveurs observés à Mampikony et à Tuléar II……………………………………………...…...…... 53 Tableau XXII : Relation entre le renouvellement des animaux dans un troupeau et la survenue de la FVR…………...…...………….. 54 Tableau XXIII : Relation entre la pratique d’un élevage mixte et la survenue de la FVR…………………...... 55 Tableau XXIV : Relation entre le groupement de troupeau et la survenue de la FVR………………………………..………………………… 55 Tableau XXV : Relation entre l’accès à la forêt et la survenue de la FVR…... 56 Tableau XXVI : Relation entre la survenue de la FVR et les types de points d’eau………………………………..………………………… 56 Tableau XXVII : Principaux vecteurs retrouvés dans les sites de captures de Mampikony………………………………..…………………. 60 Tableau XXVIII : Principaux vecteurs retrouvés dans les sites de captures de Tuléar II……………………………..……………………….. 61

LISTE DES FIGURES

Pages

Figure 1 : Cycle épidémiologique de la FVR……………...…………………. 7 Figure 2 : Avorton d’un buffle africain……………...………...... 9 Figure 3 : Distribution géographique de la FVR chez l’animal et chez l’Homme de 2002 à 2012……………………...... 16 Figure 4 : Carte de Madagascar montrant la localisation des deux zones d’étude……………………...... 20 Figure 5 : Diagramme montrant le mode d’échantillonnage des populations étudiées……………...... 24 Figure 6 : Prise de sang d’un jeune bovin au niveau de la veine jugulaire…… 30 Figure 7 : Prise de sang d’un bovin adulte au niveau de la veine caudale……. 30 Figure 8 : Organisation de prélèvements pour le suivi d'élevage…………….. 31 Figure 9 : Arbre de décision pour le statut positif de l'animal vis à vis de la FVR………………...... 34 Figure 10 : Localisation de sites des séroconversions à Mampikony………...... 47 Figure 11 : Localisation de sites des séroconversions à Tuléar II…………...… 47 Figure 12 Variation des séroconversions en fonction de séries de prélèvements à Mampikony ……………...…..………………….... 49 Figure 13 : Variation des séroconversions en fonction de séries de prélèvements à Tuléar II…………………………………………… 50 Figure 14 : Incidence cumulée à Mampikony pendant le suivi sérologique…... 51 Figure 15 : Incidence cumulée à Tuléar II pendant le suivi sérologique….....… 51 Figure 16 : Corrélation entre l'incidence sérologique et la pluviométrie observée à Mampikony……………………………...... 57 Figure 17 : Corrélation entre l'incidence sérologique et la pluviométrie observée à Tuléar II…………………...... 58 Figure 18 : Distribution des trois principales espèces retrouvées dans les sites d’étude……………………………...... 59

LISTE DES ABBREVIATIONS ET DES SIGLES

AFSSA : Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments

CDC : Centers for Disease Control and Prevention CIRAD : Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement CRVOI : Centre de Recherche et de Veille sur les maladies émergentes dans l’Océan Indien EDTA : Ethylen-Diamin-Tetracetic Acid EFSA : European Food Safety Authority ELISA : Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay EMPRES : Emergency Prevention System ENSO : El Niño/ Southern Oscillation FAO : Food and Agriculture Organization of the United Nations FTM : Foibe Taon-tsarintanin’i Madagasikara FVR : Fièvre de la Vallée du Rift IC : Intervalle de Confiance IgG : Immunoglobuline G IgM : Immunoglobuline M IPM : Institut Pasteur de Madagascar MEWS : Malaria Early Warning System OIE : Organisation Mondiale de la santé animale (ex-Office International des Epizooties) OMS/WHO : Organisation Mondiale de la Santé /World Health Organization PCS-MAE : Programme de Coopération Scientifique sur les Maladies Animales Emergentes RT-PCR : Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction SN : Test de Séroneutralisation SST : Sea Surface Temperature VFVR : Virus de la Fièvre de la Vallée du Rift

LISTE DES ANNEXES

ANNEXE I : Questionnaire pour la pratique d’élevage

ANNEXE II : Questionnaire pour l’identification de l’animal

ANNEXE III : Questionnaire pour le suivi d’élevage

INTRODUCTION

1

INTRODUCTION

La Fièvre de la Vallée du Rift (FVR) est une arbovirose zoonotique touchant essentiellement les petits ruminants et les bovins (1, 2). Elle provoque des avortements chez les femelles gravides et une forte mortalité chez les jeunes (3). L’Homme n’est infecté qu’occasionnellement et l’infection se manifeste par un syndrome grippal, caractérisé par des symptômes hémorragiques mortels (4). Le virus de la FVR (VFVR) a circulé dans de nombreux pays d’Afrique et a émergé dans le Moyen-Orient en 2000 (5). Outre le fait qu’elle peut engendrer de considérables pertes animales et des risques sérieux sur le plan socioéconomique et de la santé publique, la FVR représente une contrainte majeure au développement de l’élevage et au commerce international du bétail. En Afrique du Sud en 2010, 14.342 animaux ont été affectés dont 8.877 sont morts (6). Les embargos sur l’exportation des ruminants imposés par les pays Arabes ont coûté 435 millions US$ à l’économie de la Somalie (7).

La FVR était connue à Madagascar depuis que le virus a été isolé de moustiques appartenant aux genres Anopheles , Culex et Mansonia en 1979 dont la première manifestation épizootique n’a été rapportée qu’en 1990-1991 (8-10). La réémergence de la maladie en 2008-2009 associée à des cas humains mortels a suscité de nombreuses questions sur son épidémiologie pour devenir une réelle préoccupation à la santé publique et animale (11). Des éléments de réponse ont été apportés par différentes études effectuées chez l’homme, les ruminants et les moustiques afin d’expliquer cette réémergence (11-14).

Ce travail de thèse s’inscrit dans le cadre du Programme de Coopération Scientifique sur les Maladies Animales Emergentes (PCS-MAE) AnimalRisk-OI coordonné par le centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD).

L’orientation de la présente étude se fonde sur l’hypothèse selon laquelle la circulation « à bas bruit » du VFVR au sein de troupeaux de bovins pourrait être liée (i) aux pratiques d’élevage ; (ii) à la présence des vecteurs réservoirs et (iii) aux facteurs environnementaux influençant la dynamique vectorielle. 2

L’objectif global de ce travail est donc d’obtenir les connaissances actualisées relatives à l’épidémiologie de la FVR dans deux districts de Madagascar dont le but, dans un avenir proche, est la mise en place de mesures de prévention et de lutte véritablement efficaces.

De manière spécifique, cette étude vise à :

(1) évaluer le niveau de la circulation du VFVR par une estimation de la séroprévalence et de l’incidence au Nord et au Sud de la Grande Ile ; (2) identifier les facteurs de risque majeurs favorables à la circulation permanente du VFVR dans les zones étudiées.

Cette étude comprendra trois grandes parties dont la première rappellera la revue de la littérature sur la FVR. En second lieu seront présentés la méthodologie adoptée et les résultats. Enfin, la troisième partie sera consacrée à la discussion et aux suggestions.

PREMIERE PARTIE : REVUE DE LA LITTERATURE SUR LA FIEVRE DE LA VALLEE DU RIFT

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FIEVRE DE LA VALLEE DU RIFT

I. Définition La Fièvre de la Vallée du Rift (FVR) est une arbovirose anthropozoonotique transmise par différents arthropodes hématophages notamment les moustiques, touchant les animaux et occasionnellement les êtres humains (1, 15, 16). Le virus de la FVR (VFVR) appartient à la famille des Bunyaviridae de genre Phlebovirus (1, 17). La FVR apparait en épizootie chez les animaux domestiques tels que bovins et moutons par une vague d’avortements et de mortalités des jeunes (18). Elle peut être endémique et/ou épidémique, selon les caractéristiques climatiques et écologiques des différentes régions géographiques (19). Chez l’homme, la FVR est souvent bénigne mais des complications sont possibles telles que des symptômes de types grippaux dits « influenza-like » et des atteintes oculaires dans certains cas (20). Les décès suite à une fièvre hémorragique et/ou méningo-encéphalite peuvent survenir comme l’on a rapporté dans certaines épidémies en Afrique et à Madagascar (20, 21).

II. Epidémiologie

II.1. Espèces réceptives Une large gamme d’espèces animales est susceptible d’affecter par la FVR (tableau I). Parmi les animaux domestiques, les ovins sont les plus sensibles, suivis dans l’ordre par les caprins, les bovins, les chameaux et les buffles domestiques (22-24). Les races autochtones sont plus résistantes à la maladie que les races importées (18). Par exemple, les races indigènes d’ovins, de caprins et de bovins, principalement Bos indicus en Afrique, présentent un niveau élevé de résistance à la FVR (22). Les animaux en bas-âge (agneaux, chevreaux, veaux) et les femelles gestantes sont les plus sensibles au VFVR (25). Les carnivores peuvent affecter le plus souvent de façon inapparente mais les jeunes (chiots et chatons âgés de moins d’une semaine) sont très sensibles (2, 26). Par ailleurs, des sérologies positives de la FVR ont été observées chez certaines espèces sauvages à savoir le buffle sauvage, l’antilope, les suidés, les chauves-souris et certains rongeurs (26). Les volailles et les oiseaux sauvages sont réfractaires à la FVR (1, 18). Les êtres humains peuvent aussi infecter par la FVR soit par contact direct avec des tissus ou animaux infectés soit par piqûre des moustiques infectés soit par inhalation d’aérosol ou soit par consommation de lait cru (1, 2, 5, 20, 26-28). 4

Tableau I : Susceptibilité et sensibilité des espèces au virus de la FVR

Maladie grave Mortalité Mortalité Production avec mortalité Réfractaires >70% 10-70% d’anticorps <10% Agneaux Ovins Humains Dromadaires Oiseaux Chevreaux Veaux Bovins Chevaux Reptiles Chiots Certains Caprins Anes Amphibiens Chatons Buffles africains Lapins Souris Buffles Porcs Rat asiatiquSinges es Chats Chiens Source : Chevalier et al , 2010 (29)

II.2. Matières virulentes Les tissus où l’on retrouve le plus de virus sont le foie, la rate, l’encéphale, le fœtus, les avortons et les produits d’avortement (enveloppes fœtales, placenta) (22, 30). Le sang et la viande des animaux infectés sont virulents et plus particulièrement pendant la phase d’expression des signes cliniques de la maladie (26).

Les sécrétions nasales constituent la source la plus virulente avec des taux d’autant plus élevés qu’il y a épistaxis (31). Le VFVR peut aussi être retrouvé dans les sécrétions vaginales et oculaires (32). Il est également excrété dans le lait pendant la phase de virémie et pourrait se transmettre par voie digestive lors de la consommation de lait cru non pasteurisé provenant des animaux infectés (1, 29, 33, 34). Toutefois, le lait ne correspondrait pas à un produit de consommation très virulent, mais présenterait un facteur de risque (20, 26, 29, 35, 36).

II.3. Modes et cycle de transmission L’épidémiologie de la FVR est rendue complexe par l’existence de trois modes différents de transmission.

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II.3.1. Transmission vectorielle Le VFVR peut être transmis biologiquement par une trentaine d’espèces de moustiques vecteurs anthropophiles lors de repas sanguins sur l’animal ou l’homme infecté (29, 37). Actuellement le genre Aedes et Culex sont les vecteurs du VFVR les plus connus responsable de majeures épizooties en Afrique et dans la Péninsule Arabique (18, 20, 24, 29, 38). Par ailleurs, d’autres genres sont capables de multiplier et de transmettre le virus et peuvent s’infecter et jouer au moins un rôle de réservoir, tels que Anopheles, Eretmapodites Mansonia, Ochlerotatus et Coquillettidia dont leurs populations se multiplient en faveur des conditions climatiques ou environnementales (16, 26, 29, 39, 40). Enfin, les tiques, les insectes piqueurs tels que les Culicoïdes , les simulies et les stomoxes peuvent aussi transmettre mécaniquement le VFVR (18, 39).

II.3.2. Transmission trans-ovarienne chez certains moustiques La transmission trans-ovarienne est la possibilité pour une femelle infectée de transmettre l’infection à sa progéniture. La plupart des espèces de moustiques acquièrent l’infection par la piqûre qu’elles exercent sur des animaux vertébrés infectés, mais certains, spécifiquement l’Aedes spp ., transmettent le virus de manière trans- ovarienne (41, 42). En Afrique de l’Est, le virus se maintient dans les œufs quiescents de moustiques du genre Aedes (26). L’apparition des épizooties a été très vite reliée à la survenue de pluies surabondantes et ce, en particulier lorsqu’elles succèdent à des périodes de sécheresse prolongées (43). Les œufs pondus jouent le rôle de réservoirs de virus, jusqu’à la prochaine inondation, lors de laquelle ils émergent en nombre et relancent la circulation virale, avant que d’autres espèces ( Culex, Anopheles …) n’amplifient la transmission (1, 41).

a) Ecologie des Aedes Les œufs d’Aedes sont capables de résister plusieurs mois, voire plusieurs années, à la dessiccation, assurant ainsi la survie de l'espèce, même dans les régions les plus arides ou les plus froides. Les larves et les nymphes colonisent des gîtes très variés depuis les bords des étangs saumâtres jusqu'aux creux d'arbre. L’ Aedes aegypti se rencontre aussi bien en milieu urbain qu’en milieu rural. L’espèce colonise autant les gîtes artificiels (boîtes de conserves, pneus, fûts métalliques etc.) que les gîtes naturels (trous d’arbre, trous de rochers, noix de coco etc.) (27, 44). L ’Aedes albopictus a la 6

même écologie que l’Aedes aegypti . Les larves se développent dans les gîtes péri- domestiques situés habituellement à l'ombre. En agglomération, ces gîtes sont constitués par les divers récipients abandonnés, les pneus usagés etc... qui se trouvent à proximité des habitations. En milieu rural, ils sont représentés par les trous d'arbre, notamment les creux de caféiers, les bambous coupés servant de clôture, ou les fûts ou bidons utilisés pour recueillir les eaux de pluie (44).

b) Ecologie des Culex Les Culex se développent dans les canaux de zones irriguées et dans des mares permanentes ou temporaires. Le Culex tritaeniorhynchus possède une très large répartition géographique et couvre toute la région Afro-tropicale, le Moyen Orient, l’Inde et le sud de la Russie (45). Les larves de Culex tritaeniorhynchus se développent en eau douce mais peuvent supporter une certaine quantité de sel. Les gîtes les plus fréquents sont : les rizières, les mares, les prairies inondées, les canaux d'irrigation.

II.3.3. Transmission directe par contact C’est le principal mode de contraction de l’infection chez les êtres humains via des animaux et organes infectés (24). Il a été observé au cours des épidémies de FVR en Afrique et dans la Péninsule Arabique lors de la manipulation ou du contact avec les tissus, le sang ou d’autres liquides biologiques du bétail malade et de carcasses ou d’avortons d’animaux infectés (10, 16, 22, 26, 41, 46). La transmission du virus se fait par inhalation d’aérosols de sang virémique (26, 47-49). Ainsi, les personnes les plus exposées sont potentiellement celles qui sont en contact direct avec des animaux infectés, vivants ou morts : les éleveurs, les vétérinaires, les bouchers, les équarrisseurs et les personnels d’abattoir (1, 26, 50). Toutefois, la transmission interhumaine n’a pas encore vérifié (2, 21, 26, 37, 51).

II.3.4. Cycle de transmission Dans le cycle de transmission de la FVR fait intervenir les ruminants domestiques, les vecteurs et l’Homme. Les vecteurs zoophiles, en particulier le moustique, s’infectent pendant un repas sanguin sur un animal virémique. Ils vont ensuite infecter un animal indemne lors d’un repas sanguin ultérieur. Selon les régions, ce cycle peut présenter des typologies différentes (26). De nombreuses autres espèces 7

sauvages sont également réceptives mais l’existence d’un réservoir sauvage n’est pas confirmée (2). La figure 1 suivante montre le cycle épidémiologique de la FVR.

Homme

Ruminant

Culex et autres espèces Certaines espèces d’Aedes de moustiques

Ruminant

Œufs de moustiques infectés Hôtes vertébrés sauvages ??? Transmission vectorielle

Transmiss ion direc te

Transmiss ion verticale Source : Chevalier et al , 2010 (29)

Figure 1 : Cycle épidémiologique de la FVR

II.4. Facteurs de risque influençant la survenue de la FVR

II.4.1. Influence des phénomènes climatiques en Afrique de l’Est L’apparition de la FVR est liée au phénomène de changement climatique ( 52- 54). Les épidémies successives de la FVR en Afrique de l’Est sont coïncidées à des fortes précipitations inhabituelles associées au phénom ène « El Niño-Southern 8

Oscillation » (ENSO) dans l’Océan Indien et « Sea Surface Temperature » (SST) dans l’Océan Pacifique (15, 19, 52, 54). Les précipitations élevées, qui engendrent la formation d’une végétation verte luxuriante abondante, constituent un facteur déterminant au développement des arthropodes, vecteurs de la FVR. Le phénomène ENSO est manifesté par des épisodes anormaux de réchauffement et refroidissement de la température de surface des océans, relié à un cycle de variation de la pression atmosphérique entre l’est et l’ouest de l’Océan Pacifique (55). L’émergence de la FVR sous la forme épizootique succède majoritairement à des épisodes de fortes pluies précédés d’une période de sécheresse. Les pluies anormalement élevées favorisent l’apparition de lieux propices pour l’éclosion des œufs des moustiques, en dormance, vecteurs de types Aedes et Culex pondus l’année précédente (49). Ce phénomène permet donc l’amplification de l’activité des moustiques et par conséquent, leur capacité vectorielle en présence du virus qui circule à bas bruit (18). De plus, certaines épidémies/épizooties ont eu lieu aussi après un travail d’aménagements de système d’irrigation qui provoquent la pullulation des moustiques vecteurs (19). La mise en eau du barrage d’Assouan, en Egypte, en 1971, a entraîné l’inondation de la vallée du Nil et la formation d’un lac artificiel à rôle de réservoir : le lac Nasser, entre Abri (au Soudan) et Assouan favorisant ainsi la multiplication des moustiques, notamment Culex pipiens (56). Au Kenya, l’épidémiologie de la FVR est liée à des particularités écologiques, les dambos (46) . Ce sont des dépressions peu profondes, ressemblant un peu à des marais, souvent situées près des cours d’eau, qui forment un système de drainage naturel. Ils se remplissent d’eau stagnante après des pluies particulièrement abondantes et/ou prolongées, formant ainsi un réservoir hydrique. Le remplissage des dambos permet l’éclosion d’un nombre maximal d’œufs infectés d’ Aedes mais également la multiplication et le maintien des gîtes larvaires de Culex et d’Anopheles (20, 57).

II.4.2. Influence des mouvements d’animaux Le mouvement d’animaux (par prêt, échange ou introduction) pourrait être à la fois un risque d’introduction et un risque de diffusion d’une maladie dans une exploitation voire une région toute entière. Dans la région d'Afrique de l'Est, l'activité du VFVR est encore élevée et pourrait se disséminer facilement dans la région à travers le mouvement d'animaux (58). C’était le cas au Yémen et en Arabie saoudite, où il a été 9

introduit en 2000 à la faveur de la commercialisation de petits ruminants en provenance de la corne de l’Afrique lors du pèlerinage de la Mecque (15, 48). Les principaux flux commerciaux du bétail identifiés dans la région sont les 2 axes : Soudan-Arabie Saoudite et Somalie-Yémen (58).

III. Symptomatologie

III.1. Chez les bovins, les ovins et les caprins Parmi ces espèces, les jeunes sont beaucoup plus sensibles à la FVR où elle pourrait prendre une forme suraigüe et un taux de mortalité élevé. Les moutons font des formes graves, mortelles pour 100% des agneaux et 30% des adultes, alors que chèvres font souvent des infections inapparentes et peuvent être des porteurs sains de virus (1). Les bovins ont une sensibilité intermédiaire où la mortalité est moins sévère que chez les ovins avec un taux situant entre 10 à 70% (1, 26). L’avortement est le point commun pour les adultes (figure 2).

Source : OIE, 2009 (59)

Figure 2 : Avorton d’un buffle africain 10

III.2. Chez les camélidés La FVR est souvent inapparente (1). Cependant, des signes cliniques tels que fièvre et avortement avoisinant 10% des femelles gravides, ont été observés chez les dromadaires pendant l’épizootie de 2006-2007 au Kenya (60). Les chameaux sont suspectés à jouer un rôle majeur dans la propagation de la FVR du Nord soudanais au Sud égyptien en 1977 (22, 61, 62).

III.3. Chez les autres animaux domestiques Les chiens, les chats et les chevaux domestiques peuvent également s’infecter sur de courtes périodes, sans présenter de signes (26). Les porcs sont résistants, ils présentent une virémie sans signes cliniques (1, 26).

III.4. Chez l’Homme La FVR est une des arboviroses zoonotiques responsables des fièvres hémorragiques virales dont la présentation clinique est la plus variable (34). Elle se présente sous 2 formes (bénigne et grave), mais dans la majorité des cas humains, elle étant relativement bénigne et de courte durée (63). Chez l’homme, environ 50% des infections sont asymptomatiques (2, 26). L'incubation varie entre 2 à 6 jours (1). La virémie persiste 10 jours après le début des signes (26). La majorité des cas symptomatiques (96 à 97%) sont non compliquées (2). La FVR est caractérisée par un syndrome grippal avec une fièvre, des maux de tête, des maux de dos et douleurs musculaires qui durent environ quatre jours (26). Des complications d’ordre rétinien, neurologique ou une hépatite hémorragique peuvent entraîner la mort de l’individu (63).

IV. Diagnostic L’arrivée simultanée de nombreux cas d’avortement et de mortalité de jeunes chez les ruminants, associés à des cas humains et à des modifications écologiques et météorologiques telles que pluies abondantes et prolongées ou présence des plans d’irrigation, ont été évoqués comme caractéristique de la FVR (64). Chez l’animal, la FVR doit être différenciée lors des suspicions à des maladies suivantes : la maladie de Wesselsbron, la fièvre catarrhale ovine, la fièvre aphteuse, la péri-pneumonie contagieuse bovine et la péri-pneumonie contagieuse caprine 11

l’entérotoxémie, la maladie de Nairobi, l’hépatotoxine, la peste bovine et la peste des petits ruminants (65). Chez l'homme, la FVR doit être différenciée des autres arboviroses telles que la fièvre hémorragique de Crimée-Congo, la fièvre jaune, la Dengue et également du paludisme et de la grippe (18). Enfin, tous ces symptômes peuvent être révélateurs de maladies très variées, que seul le recours au laboratoire permet d'identifier la vraie FVR. Le diagnostic de laboratoire peut être réalisé avec différentes techniques telles que l’isolement du VFVR, la détection des antigènes, de matériel génétique viral et des anticorps spécifiques IgM et IgG (20, 66). L’analyse du sérum permet à la fois d’isoler le virus mais aussi de révéler la présence des IgM et des IgG, permettant de mettre en évidence une infection, ou un contact avec le virus, récent, c’est le cas des IgM ou plusieurs mois, voire années, auparavant, c’est le cas des IgG (67).

V. Historique et répartition de la FVR Découverte en 1930 dans la vallée du Rift au Kenya, la FVR a progressivement colonisé le continent africain au cours du siècle dernier ainsi que la péninsule arabique. Nous pouvons décrire son historique dans le temps et dans l’espace de la façon suivante.

V.1. Situation de la FVR dans le monde 1912-1913 : Une maladie similaire à l’actuelle FVR surnommé « hépatite enzootique » décimant les troupeaux a été décrite pour la première fois dans une ferme d’Etat et d’autres fermes près du lac Naivasha au Kenya (49, 68). Elle fut caractérisée par une flambée d’avortements et de mortinatalités chez les moutons (68).

1930-1931 : Près du lac Naivasha, 3.500 décès d’agneaux et 1.200 de brebis ont été rapportés. Ce fut lors de cet épisode que le VFVR a été découvert (1, 25, 26). L’appellation « Fièvre de la Vallée du Rift » a été attribuée alternativement à l’hépatite enzootique lorsque des hépatites nécrosantes virales, des avortements ainsi qu’une ressemblance de cas humain à la fièvre jaune ont été observée dans la vallée du Rift au Kenya (25, 68). 12

1950-1951: L’Afrique australe a connu ses premiers épisodes. Ainsi, en Afrique du Sud, une épizootie majeure a provoqué une grosse perte animale d’environ 100.000 morts et 500.000 avortements chez des ovins (1, 22, 26).

De 1973 à 1985, la FVR a parcouru la partie septentrionale et australe de l’Afrique. Au Soudan, en 1973, des foyers de la FVR se sont déclarés dans les zones d’irrigation, accompagnés des cas d’avortements de chèvres et de mortalité de chevreaux (18, 22, 30). Un taux de mortalité élevée a été rapporté dans les élevages de mouton, de caprin et de bovin (62). En 1975, un épisode épizootique réapparait en Afrique du Sud, caractérisée par des vagues d’avortements dont les taux se situaient entre 40% et 100% (26). En 1977-1978, le premier épisode de FVR hors d’Afrique subsaharienne a été signalé en Egypte (26). Les autorités sanitaires égyptiennes ont estimé à plus d’un million le nombre de personnes touchées dont près de 200.000 suspicions cliniques et 598 décès dus à des complications hémorragiques associées à une hépatite aigue, tandis que les autres ont développé d’encéphalite et de rétinite (1, 37, 39). Des épidémies de FVR de fortes ampleurs se sont succédées en Afrique de l’Est, notamment au Kenya, en Afrique du Sud, au Zimbabwe, en Zambie et à Madagascar (3, 39). En 1985, une épizootie de FVR a été rapportée en Zambie (62, 69).

En 1987, la FVR a touché la partie Ouest de l’Afrique dans le bassin du fleuve Sénégal au sud de la Mauritanie et au nord du Sénégal (22, 49). En Mauritanie, la productivité de l’élevage des ruminants a été gravement affectée par de nombreux avortements et des mortalités élevées chez les jeunes et plusieurs centaines de personnes sont mortes suite à l’infection par le virus (70).

1993 : Des foyers de la FVR se sont de nouveau déclarés en Egypte (39). On a estimé à 600 à 1.500 le nombre de personnes infectées dans la région d’Assouan et 41 cas d’atteintes oculaires graves ont été enregistrés (62). Des avortements ont été observés chez les bovins et les anticorps anti-FVR étaient présents dans 39% de bétail domestique non-vacciné (71). Le pays fut à nouveau touché en 1997 et en 2003 (30).

1997-1998 : Après les inondations liées au phénomène climatique El Nino, une épidémie de la FVR a touché l’Afrique de l’Est (Kenya, Tanzanie, Somalie, Soudan, 13

Ethiopie) (72). Quatre-vingt-neuf mille personnes ont été infectées et 500 décès ont été rapportés (30,57).

L’an 2000 marque un grand tournant dans l’histoire de la FVR parce que le virus sort de son berceau historique africain pour atteindre la péninsule arabique (2, 5). En Septembre 2000, des flambées de la maladie avec une mortalité humaine importante ont été signalées pour la première fois au Yémen et en Arabie Saoudite (22, 33, 73, 74). Deux cent quarante-cinq décès ont été enregistrés dont 124 en Arabie Saoudite et 121 au Yémen ainsi que de nombreux cas animaux (1, 5, 33). Il a été démontré que le virus responsable de cette épidémie et épizootie était étroitement apparenté à ceux d’Afrique Centrale et de l’Est, particulièrement à ceux qui avaient été isolés au Kenya en 1997 et à Madagascar en 1991 (1).

Après la première découverte de la FVR au Tchad en1967, un cas fut rapporté chez un militaire français en poste au Tchad en 2001 (75). En 2003, neuf cas humain d’infection par le VFVR ont été rapportés dans 3 provinces de la Mauritanie (40). En 2004, une circulation virale a été mise en évidence chez des petits ruminants au Tchad et au Cameroun (76-78).

De 2006 à 2009, des nouvelles épizooties et épidémies sont apparues en Afrique de l’Est, du Sud et dans l’Océan Indien. En 2006-2007, la FVR a été signalée au Kenya et en Tanzanie (26, 35). Vers la fin de l’année 2007, elle a causé une grave épidémie au Soudan faisant 738 cas humains dont 230 morts sans qu’aucun cas clinique animal n’ait été officiellement notifié (26, 29, 79). En 2007-2008, elle a été confirmée dans l’archipel de Comores et en 2008-2009, elle a ré-émergée à Madagascar (2, 11, 12, 20, 80, 81).

En 2010, la FVR a été signalée dans quelques provinces de l’Afrique du Sud (6). Lors de cet épisode, 186 cas humains et 18 mortalités ont été enregistrés (82). Dans la même année, un épisode inattendu de FVR est apparu au Nord de la Mauritanie après une forte pluie (61, 83). Les chameaux ont été fortement touchés, en présentant des signes ressemblant à ceux de la pasteurellose (61, 83). En Octobre 2012, six régions de la Mauritanie ont été affectées par la FVR avec 34 cas humains dont 17 mortels (84). 14

A Madagascar, depuis que le VFVR a été isolé en 1979, des épidémies et épizooties de la FVR sont apparues en 1990/1991 et en 2008/2009.

V.2. Situation de la FVR à Madagascar

V.2.1. Isolement du virus de la FVR en 1979 Le VFVR a été isolé pour la première fois à partir des différents lots de moustiques ( M. uniformis ; An. coustani et An. fuscicolor ; Culex sp.; An. pailiani et An. squamosus ; M. uniformis et M. grandidien ) capturés en Mars 1979 dans la forêt primaire de Perinet (8). La mise en évidence du virus est accompagnée par la contamination de quatre personnes du laboratoire qui ont présenté des signes pseudo- grippaux (10). Aucun cas humain ou animal n’a été détecté à cette période d’isolement (85). Pourtant, des enquêtes sérologiques ont montré que le virus de la FVR circulait à un très faible niveau chez l'homme et les animaux sans provoquer d'atteinte clinique perceptible (86, 87). L'analyse antigénique qui utilise des anticorps monoclonal a révélé que les souches identifiées à Madagascar étaient proches de celles en Egypte pendant l’épizootie de 1977-1978 (88).

V.2.2. Première épizootie de 1990-1991 Onze ans après l’isolement du VFVR en 1979 (entre 1990 et 1991), une circulation virale marquée par une épizootie a été détectée dans la région de la côte-Est et des hautes terres de Madagascar (89, 90). Le VFVR a été isolé à partir de produits d’avortements dans différentes fermes d’élevage localisées dans le district de Fénérive- Est sur la côte Est (en Mars-Avril 1990) et dans la région des hauts plateaux autour d’Antananarivo et d’Antsirabe (en Février-Mai 1991) (10, 86, 91, 92). Des décès chez les humains et un taux d’avortements élevé chez les bovins ont été rapportés dans les zones touchées (85). Les services vétérinaires ont noté 20% des cas d’avortements et une mortalité périnatale chez les veaux (41, 92). Le diagnostic sérique de dépistage a montré une incidence de 26,5% chez les bovins et 5,4% dans des sérums humains (86, 91). En plus, la prévalence en IgM était très haute avoisinant le 90,9% chez les femelles avortées et de 36,6% dans d’autre bétail. (91, 93). Les souches virales responsables de ces premières manifestations étaient associées étroitement aux souches isolées en Afrique mais différentes à celles précédemment isolées en 1979 (41). 15

V.2.3. Seconde épizootie de 2008-2009 En 2006, Madagascar a notifié officiellement à l’Office International de l’épizootie (OIE) la présence d'infection de la FVR sans l’apparition des signes cliniques (41). Mais au cours de deux saisons des pluies successives [de Janvier 2008 à Mai 2008 et Novembre 2008 à Mars 2009] le VFVR a provoqué de nouveau des flambées épizoo-épidémiques (11). Des infections humaines et animales ont été signalées sur les côtes Nord et Sud et dans les hautes terres centrales (11). L’épizootie de la FVR a commencé le 4 Février 2008 dans le district d’Antananarivo-Avaradrano, affectant 2 ruminants sur 9 (41). Le 9 avril 2008, le ministère de l’agriculture malgache a notifié la présence du foyer à l’OIE à Antananarivo (26, 94). Le 17 avril 2008, les autorités sanitaires malgaches ont fait état via l’OMS une circulation virale plus intense sur le territoire, avec la survenue d’une épidémie comptant 418 cas humains suspects dont 17 décès dans plusieurs régions du pays (Alaotra Mangoro, Analamanga, Itasy, Vakinakaratra et Anosy) (95). L’infection par le VFVR a été confirmée chez 59 cas humains (26, 94). Rakotoarivelo et al . ont rapporté 16 cas de formes graves dont les circonstances à risque révélées sont la manipulation de viande suspecte et/ou le contact avec des animaux malades et le fait de voyager dans une zone à risque. La forme hémorragique, neurologique et oculaire a été rencontrée respectivement dans 87,5%, 43,8% et 6,3% des cas (96). Un cas de forme hémorragique grave de la FVR a été observé dans le service de réanimation d’un Centre Hospitalier Universitaire d’Antananarivo (21). L’analyse partielle des séquences de souches du VFVR isolé a montré que toutes ont été similaires aux souches circulant au Kenya en 2006-2007 (11). Enfin, deux études sérologiques d’envergure nationale parmi des personnes travaillant dans des abattoirs et dans les élevages de bovins ont révélé que le VFVR avait diffusé largement dans le pays (11, 12). La figure 3 ci-dessous présente la répartition géographique montrant les zones de principales épizooties et/ou épidémies de la FVR observées dans les 10 dernières années. 16

Source : FAO, 2012 (84)

Figure 3 : Distribution géographique de la FVR chez l’animal et chez l’Homme de 2002 à 2012 (adaptée par l’auteur)

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VI. Importance

VI.1. Economique D’un côté, les mortalités des adultes mais surtout des jeunes et les avortements entrainent une dépopulation du cheptel et par conséquent une perte substantielle en protéines animales. Le taux de mortalité peut atteindre 90 à 100% chez les jeunes et 10 à 20% chez les adultes (26). Les pertes animales se sont comptées par milliers lors de certaines épizooties de FVR (100.000 moutons en Afrique du Sud en 1951, 20.000 bovins en 1978 au Zimbabwe) et le taux d’avortement a atteint jusqu’à 80% des femelles gravides (26). Le taux de morbidité peut parvenir 90 à 100% (22). Les morbidités dues à la maladie entrainent également une réduction draconienne de la production (lait et viande) (26). D’un autre côté, le commerce des animaux est paralysé à cause des embargos imposés par les pays importateurs (57, 64). Entre 1997 et 2000, les échanges commerciaux sur l’exportation des animaux vers le Moyen Orient ont perturbés à la suite des épizooties dans la région de l’Afrique de l’Est (97, 98). La première épizootie égyptienne de 1977 aurait coûté US$ 82 millions à la filière élevage du pays (26). La Somalie a été également frappée par l’embargo d’exportation des petits ruminants, des chameaux et des bovins vers les pays arabes (7, 98). Les pertes économiques pour l’industrie de bétail ont été évaluées à US$ 109 millions au premier embargo (Février 1998 – Mai 1999) et US$ 326 millions au deuxième (Septembre 2000 – Décembre 2002) (7).

VI.2. Sanitaire La FVR constitue une menace pour la santé publique. Habituellement, elle est bénigne chez l’homme, et lors des différentes manifestations épidémiques, la mortalité est faible (environ 1% des cas apparents) ; elle est due pour la plupart aux complications de la forme oculaire sévère, de la forme hémorragique et de l'encéphalite (1). Considéré comme un agent potentiel de bioterrorisme, le VFVR, sous forme d'aérosol, pourrait être un réel danger en tant que armes biologiques responsables des fièvres hémorragiques virales pour menacer l’homme et les animaux domestiques (34, 99). 18

Tableau II : Tendance de morbidité et mortalité de FVR chez les êtres humains pendant les différentes épidémies Pays Année d’épidémie Nombre de cas Nombre de décès Egypte 1977-1978 18.000 598 Mauritanie 1998 350 6 Arabie Saoudite 2000 882 125 Kenya 2006-2007 684 155 Tanzanie 2006-2007 264 109 Somalie 2006-2007 114 51 Soudan 2007 698 222 Madagascar 2008 418 17 Afrique du Sud 2010 63 2 Source : WHO, 2010 (100)

VII. Traitement

VII.1. Curatif Actuellement aucun traitement spécifique n’existe ni pour l’homme ni pour l’animal. Le seul recours repose encore essentiellement au traitement symptomatique et à la réanimation des sujets infectés (1).

VII.2. Préventif Médicalement, en santé publique, l’usage d’un vaccin à virus inactivé pour les hommes fut produit aux Etats-Unis. Son utilisation est restée expérimentale, dans le but de protéger les vétérinaires et les personnels des laboratoires à fort risque d’exposition au virus. En santé animale, un vaccin vivant atténué immunogène a été produit à partir de la souche neurotrope Smithburn (1). Pour que la vaccination soit efficace, elle devra être établie avant le début de l’épizootie (24). Lorsque les épizooties/épidémies ont débuté, elle ne peut plus avoir d’action protectrice, mais elle peut favoriser la dissémination du virus sauvage surtout dans le cas de la vaccination collective (1). 19

Les préventions sanitaires permettent d’endiguer l’expansion ou la propagation du virus mais aussi atténuer son impact. Ainsi, la lutte contre le VFVR passe par une restriction des mouvements d’animaux, avec gel des importations et mise en quarantaine, la lutte contre les vecteurs, avec l’utilisation de larvicide, la destruction des gîtes larvaires et des adultes permettant de diminuer le contact entre animaux et moustiques vecteurs

DEUXIEME PARTIE : METHODOLOGIE ET RESULTATS 20

METHODOLOGIE

I. Présentation des zones d’étude

I.1. Localisation géographique Les études ont été effectuées dans la partie Nord (district de Mampikony) et dans la partie Sud (district de Tuléar II) de Madagascar (figure 4).

MAMPIKONY

TULEAR II

Figure 4 : Carte de Madagascar montrant la localisation des deux zones d’étude (réalisée avec ArcGis 10.0 sur base de données géographiques de FTM)

Le district de Mampikony est l’un des 7 districts composant la Région Sofia de la côte Nord-Ouest de Madagascar, appartenant à la Province de Mahajanga. Il occupe une superficie de 5.248 Km². Il est délimité : 21

- Au Nord par le district de Port-Bergé - Au Nord-Est par le district de Mandritsara - A l’Est par le district d’Andilamena de la Région d’Alaotra-Mangoro - A l’Ouest par le district de Mahajanga - Au Sud par le district d’Ambato-Boeni de la Région Boeny - Au Sud-ouest par le district de Tsaratanana de la Région Betsiboka.

Mampikony est composé de 10 communes : Mampikony I, Mampikony Il, Komajia, Ambohitoaka, Ankiririky, Ampasimatera, Ambodihazoambo, Bekoratsaka, Malaikialina, Betaramahamay. Le district de Tuléar II est l’un des 9 districts composant la Région d’Atsimo Andrefana de la côte Sud-ouest de Madagascar, appartenant à la Province de Tuléar. Il occupe une superficie de 6.420 Km². Il est délimité :

- Au Nord par le district de Morombe - Au Sud par le district de Betioky - A l’Est par le district de Sakaraha - Au Sud-ouest par le district de Tuléar I - A l’Ouest par le Canal de Mozambique.

Tuléar II est composé de 20 communes : Ambohimahavelona, Ambolofoty, Analamisampy, Andranovory, Ankililoaka, Ankilibe, Antanimena, Beheloke, Behompy, Belalanda, Mandrofify, Manombo Sud, Marofoty, Maromiandra, Miary, Milenaka, Saint Augustin, Soalara, Tsianisiha.

I.2. Données physiques et climatiques Mampikony est riche en plaines alluvionnaires baptisées « ambaiboho » qui conviennent bien aux cultures industrielles comme les tabacs et les cotons, les cultures vivrières telles que le riz, le manioc, la patate douce, les oignons etc. les cultures légumineuses et les céréales. Il jouit d’un climat tropical à 2 saisons : la saison des pluies du mois de Novembre jusqu’à la fin du mois d’Avril et la saison sèche du mois de Mai au mois d’Octobre où commence à souffler la mousson, le vent du Nord. La température varie entre 18,7°C et 33,6°C (101). La pluviométrie est caractérisée par une forte irrégularité. La saison humide commence en général au mois de décembre. Les 22

pluies se concentrent sur 4 mois de l’année (décembre à avril). On peut assister à des précipitations violentes de quelques heures pendant la journée. Dans l’ensemble, la variation des pluies est moins nette et la pluviométrie annuelle se situe entre 1.100 à 1.900 mm (101). La région de Tuléar occupe la partie méridionale du bassin sédimentaire de Morondava, qui se présente comme une succession de dépressions, de talus et de plateaux d’orientation nord-sud. La structure géologique de surface donne au bassin l’image d’une sorte de glacis inclinés vers l’ouest, entrecoupé de failles et s’ennoyant progressivement vers la mer. La température varie entre 23°C et 25°C (102). Le climat est de type semi-aride. Cette région de plateaux et de plaines fait partie des régions sahéliennes. A la longue saison sèche (7 à 9 mois) succède une brève saison des pluies, parfois aléatoire, souvent très irrégulière et toujours pauvre en précipitations (moins de 600 mm/an). Elle est caractérisée par une longue saison sèche de 7 à 9 mois, surtout sur les zones côtières.

II. Types d’étude Pour atteindre les objectifs, trois types d’études ont été menés : - une étude de cohorte prospective analytique concernant les jeunes bovins - une étude transversale descriptive concernant les bovins adultes - une étude de l’environnement conçue à partir de l’exploitation des données entomologiques et pluviométriques.

III. Périodes d’étude L’étude de cohorte a été effectuée du mois d’Avril 2010 au mois de Mai 2011à Mampikony. A Tuléar II, elle a débutée au mois de Mai 2010 jusqu’au mois de Mai 2011. L’étude transversale a été réalisée en Avril 2011 pour Mampikony, et en Juillet 2011 pour Tuléar II.

23

IV. Population étudiée Pour l’étude de cohorte, la population cible est composée par les jeunes bovins. Pour l’étude transversale, elle est constituée par les bovins adultes des élevages auxquels au moins un jeune bovin a été suivi.

V. Echantillonnage L’échantillonnage a été effectué sur différents niveaux : Région, District, Commune, Fokontany, village, élevages. Deux systèmes à priori différents sur le plan de la maladie et différents sur le plan éco systémique ont été comparés. Sur le plan de la maladie, les valeurs extrêmes de la séroprévalence ont été considérées : la plus élevée qui est aux environs de 50% à Mampikony et la plus faible, moins de 10% à Tuléar II (12). Sur le plan éco systémique, les zones agricoles semi-humides (Mampikony) et les zones des plaines littorales semi-arides (Tuléar II)ont été observées. L’importance du cheptel bovin dans les deux districts était prise en considération dans leur choix. Au niveau des régions, la région Sofia (au Nord) et la région Atsimo Andrefana (au Sud) ont été privilégiées. Au niveau des districts composant la région, le district de Mampikony de Sofia et le district de Tuléar II d’Atsimo Andrefana ont été sélectionnés. L’échantillonnage consiste à inclure de manière exhaustive les Communes disposant des jeunes bovins (principaux critères d’inclusions) et qui sont accessibles à toutes les saisons. Le choix de Fokontany, de village et des élevages dépend essentiellement de l’accessibilité aux sites, du consentement des éleveurs et de la disponibilité des jeunes bovins répondant aux critères.

La figure 5 suivante résume le mode d’échantillonnage et les critères d’inclusion des animaux dans l’étude.

24

RÉGION

Séroprévalence hétérogène : 50% au Nord et 10% au Sud

DISTRICT

Accessibilité en toute saison Choix des sites parmi les communes : urbaines et rurales

COMMUNES

Disponibilité des élevages ayant des jeunes bovins répondant aux critères d'étude

Fokontany

Consentement des éleveurs Accessibilité aux sites en toute saison

Villages

Disponibilité des élevages ayant des jeunes bovins répondant au x critères et consentement des éleveurs

Elevages

Disponibilité des jeunes bovins répondant aux critères Consentement des éleveurs

ANIMAUX

Figure 5: Diagramme montrant le mode d’échantillonnage des populations étudiées

VI. Critères d’inclusion et d’exclusion Les espèces étudiées appartenaient aux bovins de race locale ( Bos indicus ), de sexe mâle ou femelle, d’un mode d’élevage semi-extensif. Le recrutement des élevages a été fondé sur la présence des jeunes bovins, accessibles en toute saison de l’année et sur le consentement des éleveurs. 25

VI.1. Etude de cohorte Pour le suivi sérologique, les critères d’inclusions étaient un jeune bovin âgé entre 7 et 12 mois. C’est une période post immunité colostrale pendant laquelle certains animaux affectés par la FVR peuvent être gravement malades et manifestés cliniquement la maladie(22). Six mois de recrutements ont été adoptés dont chaque animal a été suivi pendant 9 mois et a prévu de bénéficier un prélèvement par mois. Ainsi, à Mampikony, les premiers animaux recrutés ont été suivis d’Avril 2010 au Décembre 2010. Le dernier suivi a été réalisé en Mai 2011. A Tuléar II, les premiers animaux recrutés ont été suivis de Mai 2010 au Janvier 2011. Le dernier suivi a été également réalisé en Mai 2011. Les animaux ayant abandonné le suivi ont été exclus de la population étudiée dans l’évaluation de certains paramètres.

VI.2. Etude transversale Pour l’enquête transversale, les critères d’inclusions étaient un bovin adulte appartenant aux élevages suivis.

VII. Paramètres à évaluer

VII.1. Séroprévalence de la FVR Des enquêtes sérologiques permettent d’estimer la séroprévalence de la FVR chez les troupeaux suivis. La séroprévalence (Pr) se définie comme :

nombred'animauxpositifs Pr = nombretotal animauxtestés d'

Pour déterminer la séroprévalence des adultes, une campagne de prélèvements a été menée chez les adultes des élevages suivis. Les analyses sérologiques ont été réalisées sur les échantillons ainsi obtenues pour détecter les anticorps spécifiques IgM et IgG contre le VFVR. Ainsi, les séroprévalences en IgM et en IgG ont été calculées. 26

Pour déterminer la séroprévalence des jeunes, le nombre des animaux positifs au premier test sérologique ont été divisés par le nombre total de jeunes suivis soumis à ce premier test. Une circulation à bas bruit du VFVR se définit par une prévalence de la FVR relativement faible, sans apparition des signes cliniques, avec une possibilité de détecter les anticorps spécifiques.

VII.2. Incidence sérologique L’incidence d’une maladie se définit comme « le nombre de cas ou de foyers nouveaux dans une population déterminée, au cours d’une période donnée » (103). L’incidence (I) se décrit alors, comme :

Nombredenouveauxcas sérologique I Nombre animauxàrisque d' *

*Animaux de sérologie négative (à risque de devenir positive)

Un intervalle de confiance d’incidence sérologique (pour un risque de 1 ère espèce α = 0,05) sera établi par la formule suivante :

p(1p) Borneinférieure;Bornesupérieure =p±1.96 ' Nombred individus.tempsàrisque

Avec p signifiant la proportion observée et 1,96 la valeur de l’écart réduit correspondant à un risque d’erreur de 5%.

Cet intervalle de confiance permettra d’apprécier l’évolution de l’incidence sérologique pour l’ensemble des élevages considérés à risque pour la FVR, bien que les pas de temps de suivi soit différents. Les nouveaux cas apparus ont été nommés séroconversions c'est-à-dire apparition d’anticorps spécifiques dans le sang, ici IgM ou IgG dirigées contre le VFVR. La population à risque a été calculée à partir du nombre total d’individus étudiés sans les sujets positifs au premier test sérologique (1 er prélèvement). L’animal est dit 27

séroconverti s’il devient positif à partir du deuxième prélèvement. Il est négatif, s’il reste négatif au terme de suivi.

VII.3. Facteurs de risques Des facteurs de risque non négligeables peuvent influencer les valeurs de la séroprévalence et de l’incidence sérologique. Les variables associées à l’introduction et à la transmission directe du virus dépendent essentiellement des pratiques d’élevage influençant la probabilité de contact avec le vecteur, le virus et les ruminants domestiques. Ainsi, les facteurs de risques considérés sont : - les pratiques d’élevages ; - les facteurs environnementaux influençant la dynamique vectorielle ; - les arthropodes vecteurs.

Pour pouvoir déterminer ces paramètres, des données ont été collectées.

VIII. Collecte de données Plusieurs phases ont été parcourues dans la collecte des données : - les considérations éthiques ; - la conception des questionnaires ; - le pré-test des questionnaires ; - les enquêtes ; - les prélèvements sanguins ; - l’exploitation des bases de données disponibles.

VIII.1. Considérations éthiques Avant de mener l’étude, chaque équipe a demandé une autorisation auprès des autorités locales (chefs de district, maires et chefs Fokontany). Des visites et des rencontres ont été faites également avec les éleveurs et les vétérinaires sanitaires locaux. En outre, les objectifs de l’étude ont été expliqués aux éleveurs. De ce fait, leur consentement éclairé a été demandé avant d’inclure leur bovin parmi l’échantillon.

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VIII.2. Conception des questionnaires Trois types de questionnaires ont été élaborés pour cette étude : - Le questionnaire pour la pratique d’élevage (Annexe I) : conçu à partir des facteurs de risques de la FVR sélectionnés en fonction de la bibliographie et des hypothèses de départ. Ainsi, les aspects géographiques et de dissémination de la maladie dans la zone d’étude ont été pris en compte. Les caractéristiques des zones suivant ont été considérés : agro-écologique, climatique, échanges commerciaux des troupeaux, population de ruminants, commémoratifs épidémiques, ….. - Le questionnaire pour l’identification de l’animal (Annexe II ) : conçu pour identifier individuellement les animaux du cheptel inclus dans l’étude. - Le questionnaire pour le suivi d’élevage (Annexe III ) : renseigné sur le motif de déplacement chez l’éleveur (suivi/alerte) et sert à recueillir les informations modifiées dans l’élevage.

VIII.3. Pré-test des questionnaires Il a été réalisé dans quatre élevages de bovins localisés dans le Fokontany d’Isahafa, Commune rurale de Sabotsy Namehana, district d’Antananarivo Avaradrano. C’était une étape nécessaire pour vérifier la faisabilité et la compréhension du questionnaire avant l’utilisation sur terrain.

VIII.4. Enquêtes Les enquêtes ont été réalisées sous forme d’interviews directes renseignées auprès des éleveurs en utilisant les3 types de questionnaires ci-dessus. Les questionnaires ont été rédigés en version française, puis une traduction en malgache a été faite pendant la conversation avec les éleveurs. Après l’interview, chaque question était vérifiée si elle a été correctement répondue. - Le questionnaire pour la pratique d’élevage (Annexe I) a été posé tout au début de l’étude - Le questionnaire pour l’identification de l’animal (Annexe II ) a été posé avant le premier prélèvement sur l’animal - Le questionnaire pour le suivi d’élevage (Annexe III ) a été posé à chaque fois qu’une visite chez l’éleveur a eu lieu. 29

VIII.5. Prélèvements sanguins

VIII.5.1. Matériels biologiques Les travaux de terrain ont été réalisés personnellement à Mampikony et ceux de Tuléar II par un enquêteur préalablement formé. D’autres enquêteurs ont également participé aux prélèvements des animaux adultes. La contention des animaux a été assurée par des agents locaux et des éleveurs eux-mêmes. Les jeunes bovins et les adultes des élevages suivis ont été choisis pour prélever du sang. Pour éviter toute confusion, chaque jeune bovin suivis a été marqué à l’aide d’une cordelette numérotée, portée jusqu’à la fin de l’étude. Vers la fin de l’étude, certains individus adultes des élevages suivis ont été prélevés pour savoir le statut immunitaire de l’ensemble du troupeau dans le district.

VIII.5.2. Matériels de prélèvement Des prélèvements sanguins sur tube vacutainer et tube EDTA (acide éthylène diamine tétraacétique) ont été réalisés mensuellement sur une sélection d’animaux. Sur le terrain, les matériels de prélèvement sanguin sont constitués de : - Tube vacutainer (tube sec sans anticoagulant) pour recueillir le sérum - Tube EDTA (avec un anticoagulant) pour recueillir le sang total - Portoir - Gants, aiguille et guide - Glacière et accumulateurs de froid - Poubelle - Fiche de prélèvement

Après le prélèvement, les matériels utilisés pendant la manipulation de sang pour récupérer le sérum sont :

- Centrifugeuse manuelle - Gants - Portoir et Cryotube - Pipette pasteur - Bonbonne d’azote liquide

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VIII.5.3. Réalisation Le prélèvement de sang a été réalisé soit au niveau de la veine jugulaire (figure 6) soit au niveau de la veine caudale (figure 7). Une faible quantité de sang, environ 5ml a été recueillie à chaque prélèvement dans un tube vacutainer et dans un tube EDTA. Le stockage des prélèvements au cours de la récolte s’est fait à l’aide d’une glaci ère avec accumulateurs de froid avant toute sorte de manipulation.

Figure 6 : Prise de sang d’un jeune bovin au niveau de la veine jugulaire

Figure 7 : Prise de sang d’un bovin adulte au niveau de la veine caudale

31

Le sang total dans le tube EDTA n’a subi aucune autre manipulation, il est immédiatement transféré dans un cryotube bien identifié. En revanche, l’échantillon dans le tube vacutainer a été centrifugé manuellement afin qu’on puisse extraire les sérums. Pour le sérum, deux aliquots ont été réalisés, un servant aux analyses sérologiques et l’autre pour une sérothèque des animaux de Madagascar. Les deux types de prélèvements ont été finalement conservés dans une bonbonne d’azote liquide (- 195,79°C) avant de l’envoyer par Taxi-brousse au laboratoire de l’Institut Pasteur de Madagascar à Antananarivo. La figure 8 suivante montre l’organisation des prélèvements sur le terrain jusqu’au laboratoire de l’Institut Pasteur de Madagascar à Antananarivo.

Site de prélèvement

Remplissage de fiche de prélèvement

Contention de l’animal

Exploration de point de prélèvement

PRELEVEMENT SANGUIN

Centrifugation manuelle

Récupération de sérum dans un cryotube codifié

Verification de l’échantillon

Stockage en cryoconservateur

Envoi à l'IPM par taxi-brousse

LABORATOIRE

Figure 8 : Organisation de prélèvements pour le suivi d'élevage 32

VIII.6. Exploitation des bases de données disponibles Certaines données stockées sous Access (pack office 2007) issues des études entomologiques et météorologiques effectuées parallèlement au suivi des animaux ont été exploitées.

VIII.6.1. Données entomologiques Elles ont été obtenues d’un inventaire entomologique avec capture des moustiques réalisé sur une période de 1 an et demi aux alentours des sites suivis par l’Unité d’Entomologie Médicale de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM). Trois captures de moustiques sur l’élevage ont été réalisées à l’aide de pièges qui ont été posés sur une période de 3 jours par zone ou par élevage. Les moustiques ont, par la suite, été triés en fonction de leur famille et genre, de leur sexe et de leur état physiologique (gorgée ou non gorgée). Une dissection des femelles non gorgées capturées a été réalisée et la présence du virus de la FVR a été recherchée par RT-PCR par la méthode de Weidmann et al . (104). Ceci permet de déterminer le portage du virus (réplication du virus et migration dans les glandes salivaires).

VIII.6.2. Données pluviométriques Les variables associées à la présence du vecteur dépendent essentiellement des facteurs environnementaux influençant la capacité et la dynamique vectorielle. Les variables météorologiques, la pluviométrie (le cumul pluviométrique décadaire) ont été considérées. Les données pluviométriques sont obtenues à partir d’images satellitaires issues du programme MEWS (Malaria Early Warning System), avec une précision de 11Km, sur des périodes décadaires. L’observation des courbes de pluviométrie a permis de déterminer les saisons des pluies et les saisons sèches. Dans le cadre de cette étude, les données météorologiques ont été prises un mois avant le début de chaque suivi pour tenir compte du développement larvaire des moustiques.

33

IX. Traitement et analyses des données Pour les élevages suivis, une base de données sous Access (pack office 2007) a été construite pour regrouper les données relatives suivantes : • Aux éleveurs : pratiques, troupeaux, environnement • Aux animaux : caractéristiques générales, prélèvements sanguins, résultats sérologiques et virologiques • A l’entomologie : sites de piégeages, types de pièges, pools formés et résultats virologiques

Les données ont été exportées sous Excel (pack office 2007) puis analysées avec le logiciel SPSS.12 dans le but de croiser les caractéristiques de chaque variable.

IX.1. Analyses en laboratoire Les analyses des prélèvements ont été procédées au laboratoire de l’Institut Pasteur de Madagascar par les techniciens de ce laboratoire. Une étape de contrôle qualité a été effectuée au laboratoire du CRVOI à la Réunion. La séropositivité des animaux vis-à-vis du VFVR a été déterminée par un test ELISA CDC © de compétition par inhibition des IgG (signe d’une infection ancienne) mais aussi par inhibition des IgM (signe d’une infection récente). Les prélèvements positifs en IgG ont été confirmés par le test de séroneutralisation (SN). Les modes opératoires des tests sérologiques réalisés sont réservés aux laboratoires. Par la suite, un arbre de décision (figure 9) a été construit, qui permet de statuer sur le caractère positif d’un animal. Toute observation qui s’oppose à cet arbre est considéré comme négatif. La date de séroconversion retenue est la date du 1 er prélèvement positif précédé d’un test négatif.

34

SERIES DE PRELEVEMENTS CONCLUSION

1ère ème ème ème ème ème ème 2 3 4 5 6 7

IgG+ Positive

IgM+

SN+ Positive

Négatif IgG+ Positive

SN+ Positive

IgM+ IgG+ Positive

hors suivi IgM+ d'incidence

IgG+

IgM+ : Positif en IgM IgG+ : Positif en IgG SN+ : Positif à la séroneutralisation

Figure 9 : Arbre de décision pour le statut positif de l'animal vis à vis de la FVR

35

IX.2. Analyse statistique Les données entomologiques ont été exploitées pour déterminer les caractéristiques des sites en fonction des captures de Culicidae . Les données extraites des questionnaires pour la pratique d’élevage ont été analysées afin de déterminer une typologie d’élevage. Les variables disponibles suivantes ont été considérées : • Renouvellement du troupeau : les mouvements entrants (achat, réception). • Troupeaux en mixité avec d’autres espèces (petits ruminants). • Troupeaux groupés avec d’autres élevages de statuts différents. • Accès à la forêt des animaux. • Type de points d’eau (lac, mare, rivière, canaux irrigués).

La méthode de la mesure d’association a été choisie pour analyser ces variables. Cette méthode prend en considération les sujets malades qui sont les jeunes animaux positifs au test sérologique et les sujets non-malades, ceux qui sont négatifs au test. C’est aussi une méthode de test entre la survenue de la maladie et les facteurs de risque. Une hypothèse à justifier a été prise avant le calcul de risque relatif. Après le calcul, l’hypothèse observée est dite vraie s’il y a une association entre la survenue de la maladie et les facteurs de risque en question.

Ainsi la formule suivante a été utilisée pour obtenir le risque relatif (RR).

/ (avec X=a+b et Y=c+d) /

Malades Non -malades

Exposé (E+) a b

Non-exposé (E-) c d 36

Signification des indicateurs

- E+ : jeunes bovins soumis à l’action des facteurs de risque - E- : jeunes bovins qui n’ont pas soumis à l’action des facteurs de risque - Malades : désigne les animaux positifs au test sérologique - Non-malades : indique les animaux négatifs au test sérologique - a : représente les jeunes bovins exposés aux facteurs devenus malades - b : représente les jeunes bovins exposés aux facteurs devenus non malades - c : représente les jeunes bovins non exposés aux facteurs mais devenus malades - d : représente les jeunes bovins non exposées aux facteurs mais devenus non malades

TM L’intervalle de confiance IC 95% a été calculé avec le logiciel Epi Info version 7.1.1.14 du Centers for Disease Control and Prevention (CDC).

Interprétation des résultats

• Si l’intervalle de confiance du RR inclut 1, il n’existe pas d’association entre la survenue de la maladie et le facteur d’exposition. • Si l’intervalle de confiance du RR n’inclut pas 1, il existe une association entre la survenue de la maladie et le facteur de risque.

37

RESULTATS

I. Description de la population suivie Pendant les six mois de recrutement, quatre périodes ont défini les 195 jeunes bovins rassemblés pour un suivi de 9 mois. Ils se répartissent en 68 jeunes à Mampikony et 127 à Tuléar II.

Le tableau III suivant détaille le nombre de ces animaux par période de recrutement.

Tableau III : Répartition des jeunes bovins par site et par période de recrutement

Période de Nombre de Site (District) Période de suivi recrutement jeunes recrutés Mampikony Avril 2010 Avril-10 au Décembre-10 60 Juin 2010 Juin-10 au Février-11 2 Juillet 2010 Juillet-10 au Mars-11 3 Septembre 2010 Septembre-10 au Mai-11 3

Tuléar II Mai 2010 Mai-10 au Janvier-10 89 Juin 2010 Juin-10 au Février-11 4 Juillet 2010 Juillet-10 au Mars-11 2 Septembre 2010 Septembre-10 au Mai-11 32 Total 195

Les jeunes bovins recrutés en premier ont constitué 88% des animaux suivis à Mampikony et 70% à Tuléar II.

38

Le tableau IV suivant représente la répartition générale des jeunes bovins recrutés pour le suivi sérologique par sexe et par site.

Tableau IV : Vue générale de la population des jeunes recrutés par site et par sexe

Sexe Nombre Site (District) Mâle Femelle d’animaux recrutés n (%) n (%)

Mampikony (au Nord) 68 38 (55.9) 30 (44.1)

Tuléar II (au Sud) 127 59 (46.5) 68 (53.5)

Total 195 97 (49,7) 98 (50,3)

Les individus mâles et les individus femelles ont presque le même effectif dans les deux sites de Mampikony et de Tuléar II.

Par rapport à l’âge, les jeunes bovins inclus dans l’étude sont situés entre 7 à 12 mois. La population suivie est classée par leurs catégories d’âge et par site d’étude (tableau V).

Tableau V : Description de la population des jeunes recrutés par site et par tranche d’âge

Site Age (mois) Total (District) 7 8 9 10 11 12

Mampikony 0 41 9 9 3 6 68

Tuléar II 13 64 16 13 17 4 127

Total 13 105 25 22 20 10 195

A Mampikony, les jeunes recrutés sont âgés de 8 à 12 mois et à Tuléar II, ils ont 7 à 12 mois. Le mode est de 8 mois, soit 53,8% de la population totale. 39

Les deux tableaux (VI et VII) suivants décrivent la répartition de ces animaux par Commune et par sexe selon le dénombrement réalisé.

Tableau VI : Répartition des jeunes recrutés de Mampikony par Commune et par sexe

Site (Commune) Sexe Effectif Age moyen ± ET*(mois)

Bekoratsaka Mâle 12 8,7±1,56

Femelle 8 8,3±0,71

Mampikony I Mâle 12 8,6±0,79

Femelle 12 9,3±1,29

Mampikony II Mâle 14 9,1±1,35

Femelle 10 9,2±1,75

Total 68 8,9±1,31

*ET : Ecart-type

A Mampikony, l’âge moyen des jeunes bovins inclus dans l’étude est de 8,9 ±1,31 mois.

Tableau VII : Répartition des jeunes recrutés de Tuléar II par Commune et par sexe Site (Commune) Sexe Effectif Age moyen ± ET*(mois)

Andranovory Mâle 29 8,6±1,32

Femelle 27 9,2±1,33

Ankililaoka Mâle 14 7,6±0,5

Femelle 18 7,8±0,88

Ankilibe Mâle 16 9,6±1,31

Femelle 23 9,3±1,15

Total 127 8,8±1,34

*ET : Ecart-type

A Tuléar II, l’âge moyen des jeunes bovins inclus dans l’étude est de 8,8 ±1,34 mois.

40

Au niveau de l’élevage, le nombre d’animaux recrutés varie d’un troupeau à un autre comme le tableau VIII suivant l’indique.

Tableau VIII : Nombre d’animaux recrutés par site et par troupeau

MAMPIKONY TULEAR II N° Troupeau Effectif de bovins N° Troupeau Effectif de bovins I 8 XIX 15 II 7 XX 20 III 2 XXI 10 IV 1 XXII 4 V 3 XXIII 7 VI 2 XXIV 4 VII 1 XXV 8 VIII 2 XXVI 1 IX 1 XXVII 6 X 6 XXVIII 1 XI 3 XXIX 5 XII 8 XXX 4 XIII 4 XXXI 6 XIV 1 XXXII 4 XV 2 XXXIII 10 XVI 2 XXXIV 10 XVII 7 XXXV 3 XVIII 8 XXXVI 9 Total 68 Total 127

Trente-six troupeaux ont attribué aux 195 jeunes recrutés pour le suivi qui varie de 1 à 8 à Mampikony et de 1 à 20 à Tuléar II. Dans l’ensemble, la moyenne est de 5 animaux par troupeau.

Par manque de données, il est impossible d’établir une description générale des populations adultes des élevages suivis. Toutefois, la séroprévalence a été déterminée pour estimer le statut sanitaire de ces élevages. 41

II. Circulation du virus de la FVR Aucune manifestation clinique de la FVR n’a été détectée pendant l’étude. Le niveau de la circulation du VFVR dans les deux districts a été évalué par l’observation de la séroprévalence et l’incidence sérologique de la FVR.

II.1. Séroprévalence de la FVR

II.1.1. Chez les bovins adultes Les enquêtes sérologiques chez les bovins adultes présents dans les élevages suivis permettent de déterminer la séroprévalence à Mampikony (au Nord) et à Tuléar II (au Sud). En général, la séroprévalence en IgM est de 1,7% et celle en IgG de 7,6%. La séroprévalence globale est de 17,8% au Nord et de 3,0% au Sud.

Ces résultats sont utilisés pour estimer la séroprévalence globale à Madagascar qui est de 9,4% et sont récapitulés dans le tableau IX suivant.

Tableau IX : Séroprévalence en IgM et en IgG dans les 2 sites d’étude

Sites (District) IgM IgG Globale

Mampikony (au Nord) 1,7% (4/225) 16,0% (36/225) 17,8% (40/225)

Tuléar II (au Sud) 1,6% (5/297) 1,3% (4/297) 3,0% (9/297)

Total 1,7% (40/522) 7,6% (40/522) 9,4% (49/522)

Estimation pour [1,6%-1,8%] [7,5%-7,7%] [9,2%-9,5%] Madagascar IC 95%

Dans l’ensemble, une même séroprévalence en IgM a été constatée dans les 2 sites. Quant à la séroprévalence en IgG, une différence significative a été observée entre le Nord et le Sud qui était de 16,0% à Mampikony et de 1,3% à Tuléar II (p < 0,001).

42

II.1.2. Chez les jeunes bovins recrutés Sept jeunes animaux sur les 195 inclus dans le suivi ont été positifs au premier test sérologique, ce qui donne une séroprévalence de 3,6%. Le tableau X suivant présente le statut des jeunes suivis au premier test vis-à-vis de la FVR.

Tableau X : Statut des jeunes recrutés observé au premier test sérologique

Statut de l’animal Nombre Site (District) Positif Négatif d’animaux recrutés

Mampikony (au Nord) 2,9% (2/68) 97,1%(66/68) 68

Tuléar II (au Sud) 3,9% (5/127) 96,1% (122/127) 127

Total 3,6% (7/195) 96,4% (188/195) 195

La séroprévalence des jeunes recrutés pour le suivi est de 2,9% au Nord et 3,9% au Sud. Bien que la différence ne soit pas significative, il est observé que la séroprévalence chez les jeunes à Tuléar II est supérieure à celle de Mampikony.

La répartition par sexe et par site de cette séroprévalence est présentée dans le tableau XI suivant :

Tableau XI : Répartition par site et par sexe de la séroprévalence chez les jeunes

Mâle Femelle Nombre

Site (District) Positif Négatif Positif Négatif d’animaux n (%) n (%) n (%) n (%) recrutés

Mampikony 2 (2.9) 36 (52.9) 0 (0,0) 30 (44.1) 68

Tuléar II 2 (1,6) 57 (44.9) 3 (2.4) 65 (51.2) 127

Total 4 (2,1) 93 (47,7) 3 (1,5) 95 (48,7) 195

Les deux sexes ont été retrouvés positifs au premier test sérologique. 43

Les sept jeunes bovins trouvés positifs à la première série de prélèvements sont âgés de 8 mois et de 11 mois. Au niveau de l’élevage, ils sont issus de 4 troupeaux différents parmi les 36 inclus dans l’étude ; d’où une prévalence troupeau égale à 11,1%. Ces animaux positifs sont localisés dans des troupeaux différents comme illustre le tableau XII suivant.

Tableau XII : Localisation des animaux recrutés positifs au premier test sérologique

Nombre Nombre N° Pourcentage de Site d’animaux d’animaux Troupeau séroconversion recrutés positifs Mampikony Bekoratsaka XVII 7 2 28,6 TuléarII

Ankilibe XXV 8 2 25 XXIX 5 1 20

XXXI 6 2 33,3

Total 26 7 26,9

A Mampikony, les 2 jeunes positifs appartiennent à un troupeau situé dans le site de Bekoratsaka. A Tuléar II, les 5 jeunes positifs se sont partagés dans trois troupeaux différents, tous situés sur le seul site d’Ankilibe.

II.2. Incidence sérologique

II.2.1. Vue générale Les 7 jeunes bovins positifs au premier prélèvement ont été enlevés parce qu’ils ne font plus partie de la population à risque (par référence à la définition de l’incidence) :

Nombredenouveauxcas sérologique I ncidence Nombre animauxàrisque d' 44

Les 188 jeunes bovins n’étant pas positifs au premier prélèvement constituaient la population à risque pour un suivi d’incidence sérologique de 9 mois. Il est à noter que 55 parmi ces 188 jeunes ne sont pas parvenus au terme de la période de suivi. En effet, 133 jeunes ont été complètement suivis pendant 9 mois. Le tableau XIII ci-dessous renseigne les différents statuts des animaux recrutés dans lequel ceux qui sont sortis du suivi sont présentés pour pouvoir évaluer l’évolution possible de l’incidence sérologique.

Tableau XIII : Répartition des jeunes pour le suivi d'incidence selon leur statut par site

Statut des jeunes recrutés Site (District) Population à risque Positif Négatif ABN (†)

Mampikony 9 39 18 66

Tuléar II 27 58 37 122

Total 36 97 55 188

(†) ABN : animaux recrutés ayant abandonné le suivi

D’une vision globale, 36 séroconversions ont été observées parmi les 188 jeunes bovins restants pour le suivi d’incidence. Cinquante-cinq individus parmi ces 188 ont abandonné le suivi en statut négatif.

Sans tenir compte du statut de ces 55 animaux ayant abandonné le suivi, l’incidence sérologique se joue avec les 133 jeunes qui ont été complètement suivis pendant 9 mois. L’incidence sérologique est calculée sur ce scénario et qu’éventuellement, elle aurait pu être différente si les animaux n’étaient pas sortis du suivi. Elle serait présentée dans le tableau XIV suivant.

45

Tableau XIV : Répartition de statut des jeunes suivis en fonction de sexe

Statut Total Sexe Positif Négatif n (%) n (%) n (%)

Mâle 11 (8,3) 47 (35,3) 58 (43,6)

Femelle 25 (18,8) 50 (37,6) 75 (56,4)

Total 36 (27,1) 97 (72,9) 133 (100)

Dans l’ensemble, 36 parmi les 133 jeunes suivis à terme sont positifs, soit une incidence sérologique de 27,1% en 9 mois. Bien que, la femelle soit 2 fois plus touchée que le mâle, la différence n’est pas significative (p = 0,10).

Concernant l’âge des animaux ayant séroconverti, il a été observé que les deux catégories d’âge suivis ont présenté au moins une incidence. Le tableau XV suivant présente le nombre des sujets positifs groupés de 7 à 9 mois et de 10 à 12 mois.

Tableau XV : Classification des sujets positifs selon l’âge

Groupe d’âge Statut d’animaux suivis Total (mois) Positif Négatif

7 à 9 20 77 97

10 à 12 16 20 36

Total 36 97 133

Vingt parmi les 36 jeunes ayant séroconverti sont situés entre 7 et 9 mois, soit une proportion de 55,5% des cas séropositifs.

46

II.2.2. Sites des séroconversions La répartition des 36 séroconversions par site d’étude parmi les 133 jeunes animaux suivi à terme permet de connaitre le site où il y a eu plus de cas positifs (tableau XVI et tableau XVII).

Tableau XVI : Répartition de nombre de séroconversions à Mampikony

Nombre Nombre Pourcentage de Site d’animaux d’animaux ayant séroconversion suivis séroconverti

Bekoratsaka 13 0 0 Mampikony I 18 4 22,2 Mampikony II 17 5 29,4 Total 48 9 18,7

A Mampikony, environ 19% des animaux suivis à terme ont présenté des séroconversions. Aucun cas incident n’a été détecté dans le site de Bekoratsaka.

Tableau XVII : Répartition de nombre de séroconversions à Tuléar II

Nombre Nombre Pourcentage de Site d’animaux d’animaux ayant séroconversion suivis séroconverti Andranovory 27 8 29,6 Ankililaoka 31 3 9,7 Ankilibe 27 16 59,3 Total 85 27 31,8

A Tuléar II, tous les sites ont présenté des séroconversions, soit 32% de ces animaux. Dans le seul site d’Ankilibe, 59% des animaux suivis ont séroconverti.

Les deux figures ( 10 et 11) ci-dessous présentent les sites où les nouveaux cas observés en 9 mois ont été valorisés pour démontrer la circulation du virus de la FVR dans le district. 47

Figure 10 : Localisation de sites des séroconversions à Mampikony

Figure 11 : Localisation de sites des séroconversions à Tuléar II 48

A l’échelle de l’élevage, les 36 séroconversions ont été éparpillées dans différents troupeaux suivis que le tableau XVIII suivant donne plus en détails.

Tableau XVIII : Localisation des séroconversions par troupeau et par site

N° Nombre d’animaux Nombre d’animaux Site d’étude Troupeau ayant séroconverti suivis du troupeau Mampikony Mampikony I I 1 6 II 3 4 Mampikony II IX 1 1 XII 2 5 XIII 2 4

Tuléar II Andranovory XX 8 19 Ankilibe XXV 2 3 XXVI 1 1 XXIX 4 4 XXX 2 4 XXXI 4 4 XXXII 3 4 Ankililaoka XXXIII 2 9 XXXVI 1 9 Total 36 77

Quatorze parmi les 36 troupeaux suivis ont présenté au moins un animal ayant séroconverti. A Mampikony, les 9 séroconversions ont été observées dans 5 troupeaux différents localisés dans le site de Mampikony I et celui de Mampikony II. Les 27 séroconversions détectées à Tuléar II ont été observées dans 9 troupeaux différents situés dans les sites d’Andranovory, d’Ankililaoka et d’Ankilibe.

49

II.2.3. Variation saisonnière de l’incidence sérologique A cause des contraintes techniques dans la réalisation de prélèvements, des différences d’intervalle de temps ont été observées entre les séries de prélèvements. De ce fait, chaque jeune bovin n’a bénéficié que sept séries de prélèvement pendant les neuf mois de suivi. La proportion d’animaux ayant séroconverti varie d’une série de prélèvements à une autre. Les animaux positifs à la première série ont été placés hors de suivi d’incidence. Les deux figures (12 et 13) suivantes montrent la variation des séroconversions par série de prélèvements respectivement à Mampikony et à Tuléar II.

35% 33%

30%

25% 22% 22%

20%

15% 11% 11% 10%

5%

Proportion d'animaux ayant séroconverti ayant d'animaux Proportion 0% 0% 2è série 3è série 4è série 5è série 6è série 7è série

Série de prélèvements

Figure 12 : Variation des séroconversions en fonction de séries de prélèvements à Mampikony

Aucun jeune bovin suivi n’a pas présenté de séroconversion à la 4 ème série de prélèvements sanguins à Mampikony. 50

40% 37% 35%

30%

25%

20% 19% 15% 15% 15%

10% 7% 7%

5% Proportion d'animaux ayant séroconverti ayant d'animaux Proportion 0% 2è série 3è série 4è série 5è série 6è série 7è série Série de prélèvements

Figure 13 : Variation des séroconversions en fonction de séries de prélèvements à Tuléar II

A Tuléar II, 37% d’animaux ayant séroconverti ont été observés à la 4ème série de prélèvements sanguins.

Bien qu’il y ait des différences d’intervalle de temps entre les séries de suivi, il a été observé que l’incidence sérologique varie en fonction des saisons. Les graphes suivants illustrent cette variation saisonnière (figures 14 et 15). 51

9 8 7 6 5 4 3 séroconverti 2 1

Nombre cumulé d'animaux ayant d'animaux cumulé Nombre 0

Période de suivi

Figure 14 : Incidence cumulée à Mampikony pendant le suivi sérologique

A Mampikony, un maximum des nouveaux cas de séroconversion apparus a été observé au mois d’O ctobre 2010.

30

25

20

15

10 séroconverti

5

Nombre cumulé d'animaux ayant d'animaux cumulé Nombre 0

Période de suivi

Figure 15 : Incidence cumulée à Tuléar II pendant le suivi sérologique

A Tuléar II, l’apparition des nouveaux cas de séroconversion a été observée entre Juin 2010 et Janvier 2011. Ils ont été propor tionnellement élevés au mois d’O ctobre 2010 et au mois de Janvier 2011. 52

III. Facteurs de risques associés à la FVR

III.1. Pratiques d’élevages

III.1.1. Caractéristiques des pratiques Les questionnaires d’élevage ont permis d’effectuer une analyse des pratiques d’élevage dans les 2 sites de Mampikony et de Tuléar II. Le tableau XIX suivant présente la composition des troupeaux des éleveurs ayant participé au suivi d’animaux.

Tableau XIX : Composition des troupeaux des éleveurs participants au suivi d’animaux Carnivore Sites Bovin Caprin Ovin Volaille Porc domestique

Mampikony 456 0 6 222 3 18

Tuléar II 1.068 122 94 313 2 47

Total 1.524 122 100 535 5 65

A Mampikony, les troupeaux suivis ne sont pas mélangés avec des caprins tandis que à Tuléar II, ils sont en mixité avec les deux espèces de petits ruminants (ovin et caprin). Le tableau XX suivant illustre la composition de troupeau de bovins (1524 bovins cités plus haut) classés par sexe et par catégorie d’âge dans lesquels ont été tirés au sort les jeunes suivis et les adultes dans le cadre de cette étude.

Tableau XX : Composition de troupeau de bovins par sexe, tranche d’âge et par site Femelle Mâle Site Total jeune génisse adulte jeune taurillon adulte

Mampikony 40 97 165 53 39 62 456

Tuléar II 89 130 414 100 122 213 1.068

Total 129 227 579 153 161 275 1.524

Une importance en nombre de femelles par rapport aux mâles a été observée dans les troupeaux suivis. 53

A Mampikony, les élevages sont constitués dans 82% de naisseurs. L’alimentation des animaux se fait sur pâturage dans 67% et sur semi-pâturage (33%) avec comme complément les produits dérivés de la culture (paille de riz, feuilles d’oignon…). Les animaux sont en divagation le jour (31%) et clôturés la nuit (26%), et parfois en piquet (43%). Ils ont accès à un point d’eau de type rizière, des canaux irrigués, de rivière et de lac. Les troupeaux suivis à Mampikony sont groupés à d’autres élevages et l’accès à la forêt a été signalé chez certains élevages du site de Bekoratsaka. Les éleveurs pratiquent l’abattage sur l’exploitation sans local et sans protection (les abats sont le plus souvent mangés). A Tuléar II, les élevages sont constitués dans 98% de naisseurs. Les animaux sont amenés totalement en pâturage et à un point d’eau de type rivière (14%) et de type mare (40%). Les animaux ont accès à la forêt le jour (72%) avec un environnement de type steppe herbacée. La mixité des troupeaux jour et nuit (des bovins et des petits ruminants ensemble) a été observée (75%). Les éleveurs font d’eux-mêmes l’abattage sur l’exploitation, dans un local mais sans protection (les abats sont également mangés). Les troupeaux suivis à Tuléar II sont regroupés avec d’autres troupeaux voisins. Concernant l’aspect sanitaire, les éleveurs ont des pratiques sur leurs animaux qu’ils ont héritées de la tradition ou de la modernisation. Le tableau XXI suivant indique certaines pratiques que les éleveurs appliquent sur leur exploitation.

Tableau XXI : Pratiques sanitaires des éleveurs observés à Mampikony et à Tuléar II

Pratiques sanitaires Mampikony Tuléar II

Vaccination 95% 53%

Dératisation 16% 21%

Désinsectisation de locaux d’élevage 5% 3%

Vermifugation 3% 41%

Acaricide 2% 22%

Il est constaté que 95% des éleveurs ont vacciné leurs bovins à Mampikony et 35% à Tuléar II. Dans ces deux districts, et commun à l’ensemble de Madagascar, la 54

vaccination chez les bovins ne concerne que le charbon symptomatique. Le vaccin utilisé est le Bicharcoli ©. Pour la vermifugation, les produits vétérinaires à base d’Ivermectine © et d’Albendazole © sont les plus utilisés. L’injection est assurée par les agents vaccinateurs du vétérinaire sanitaire local.

III.1.2. Facteurs de risques liés aux pratiques d’élevage

a) Renouvellement du troupeau Les mouvements entrants (achat et réception) (tableau XXII) ont été considérés comme un des facteurs de risque associés à la survenue de la FVR avec le risque d’introduire dans l’élevage un nouveau animal probablement infecté.

Tableau XXII : Relation entre le renouvellement des animaux dans un troupeau et la survenue de la FVR

Structure de mouvement Positif Négatif RR [IC 95%] Achat Oui 25 71 0,87 [0,48-1,59] Non 11 26

Réception

Oui 8 6 2,43 [1,39-4,24] Non 28 91

L’achat n’est pas associé au développement de la FVR. En revanche, la réception des animaux constitue un risque de 2,43 fois plus élevé pour la survenue de la FVR. Ce facteur d’exposition est significatif. La réception se manifeste souvent par des prêts ou d’échanges d’animaux pour labourer les rizières ou de dons lors de festivité.

b) Mixité de troupeaux avec d’autres espèces Le tableau XXIII suivant a permis d’identifier 52 animaux élevés ensemble avec d’autres espèces parmi lesquels 14 sont devenus positifs.

55

Tableau XXIII : Relation entre la pratique d’un élevage mixte et la survenue de la FVR

Mixité Positif Négatif RR [IC 95%]

Oui 14 38 0,99 [0,56-1,76]

Non 22 59

Total 36 97

La mixité avec d’autres espèces ne constitue pas un facteur de risque pour le développement de la FVR.

c) Groupement des troupeaux avec d’autres élevages Le tableau XXIV suivant présente le nombre d’animaux appartenant aux troupeaux groupés avec d’autres élevages qui sont devenus positifs au test sérologique.

Tableau XXIV : Relation entre le groupement de troupeau et la survenue de la FVR

Troupeau groupé Positif Négatif RR [IC 95%] Oui 19 41 1,36 [0,78-2,38]

Non 17 56

Total 36 97

Bien que l’association ne soit pas significative, les troupeaux groupés avec d’autres élevages semblent avoir un risque de 1,36 fois de plus de développer la FVR.

III.2. Facteurs environnementaux influençant la dynamique vectorielle

III.2.1. Accès à la forêt des troupeaux Avec la présence d’un cycle sauvage du virus de la FVR, la corrélation entre accès à la forêt des animaux et survenue de la maladie pourrait s’établir. Le tableau XXV suivant montre le statut immunitaire des jeunes animaux après exposition à ce facteur de risque. 56

Tableau XXV : Relation entre l’accès à la forêt et la survenue de la FVR

Accès à la forêt Positif Négatif RR [IC 95%]

Oui 30 67 1,86 [0,84-4,08]

Non 6 30

Total 36 97

Bien que l’association ne soit pas significative, les animaux ayant accès à la forêt semblent avoir un risque de 1,86 fois plus élevé de développer la FVR.

III.2.2. Types de points d’eau L’observation des 4types de points d’eau, à savoir le lac, la mare, la rivière et les canaux d’irrigation auxquels les animaux vont accéder, permet de dresser une association ou non avec la survenue de la FVR (tableau XXVI).

Tableau XXVI : Relation entre la survenue de la FVR et les types de points d’eau

Types de points d’eau Positif Négatif RR [IC 95%] Lac

Oui 7 26 0,73 [0,35-1,51] Non 29 71

Mare

Oui 15 39 1,04 [0,59-1,84] Non 21 58

Canaux d’irrigation

Oui 2 7 0,80 [0,23-2,84] Non 34 90

Rivière

Oui 10 23 1,16 [0,63-2,15] Non 26 74

Quel que soit le type de points d’eau, aucun n’est pas associé au développement de la FVR. 57

III.2.3. Pluviométrie L’analyse des données pluviométriques de Mampikony et de Tuléar II relevées pendant la période de suivi des animaux permet de tracer une courbe de variation des précipitations. Cette variation pluviométrique est différente d’une région à une autre, ce qui nous permet d’observer séparément les caractéristiques de chaque site d’étude. La superposition de la courbe pluviométrique avec celle de l’incidence sérologique permet de déterminer une corrélation entre la survenue de la FVR et les précipitations. Cette corrélation est présentée par les figures ci-dessous présentant le nombre de séroconversions et les valeurs cumulées des précipitations. La figure 16 suivante montre la variation des incidences sérologiques en fonction des valeurs cumulées mensuelles de la pluviométrie observée à Mampikony.

10 700 9 600 8 7 500 6 400 5 300 4

3 200 (mm) Précipitations 2 100 1 0 0 Nombre cumulé d'animaux ayant séroconverti ayant d'animaux cumulé Nombre

Période de suivi

Incidence sérologique Cumul pluviométrique de chaque mois

Figure 16 : Corrélation entre l'incidence sérologique et la pluviométrie à Mampikony

A partir de cette courbe des précipitations, deux périodes distinctes peuvent être déterminées à Mampikony : la saison sèche d’avril au septembre et la saison de pluies d’octobre au mars. Les 9 séroconversions ont été observées en dehors de la période de fortes précipitations (pendant la saison sèche et au début de la saison de pluies). 58

Pour le site de Tuléar II où 36 séroconversions ont été observées, la corrélation avec la courbe de la pluviométrie sera présentée par la figure 17 suivante.

30 140

25 120

100 20 80 15 60 10

40 (mm) Précipitations

5 20

0 0 Nombre cumulé d'animaux ayant séroconverti ayant d'animaux cumulé Nombre

Période de suivi

Incidence sérologique Cumul pluviométrique de chaque mois

Figure 17 : Corrélation entre l'incidence sérologique et la pluviométrie à Tuléar II

A Tuléar II, le cumul pluviométrique de chaque mois a été anormal par rapport à celui de Mampikony, ce qui rend difficile la division de l’année en saisons. Toutefois, il est remarqué que les cas incidents sont apparus en toute saison de l’année et surtout au moment où il y a eu des fortes précipitations.

59

III.3. Arthropodes vecteurs

III.3.1. Espèces identifiées sur les sites de capture Sur l’ensemble des 2 sites, deux populations de moustiques ont été capturées : les Culicidae et les Ficalbia . Les Culicidae sont maj oritairement identifiés avec 41 .112 individus capturés appartenant aux 7 genres tandis qu’il n’y a que 2 individus de Ficalbia . A Mampikony, 17 .718 moustiques appartenant aux 7 genres et 35 espèces ont été identifié s. A Tuléar, 26 .396 mou stiques appartenant aux 5 genres et 28 espèces ont été identifiés. La figure 18 suivante représente la distribution des Culex , Aedes et d’Anopheles identifiés sur les sites de captures.

60% 53% 50%

40%

30% 25%

20% 14%

10% 6% 0% 2%

proportion des principaux moustiques identifiés moustiques principaux des proportion 0% Mampikony Tuléar II

Culex Anopheles Aedes

Figure 18 : Distribution des trois principales espèces retrouvées dans les sites d’étude

Dans l’ensemble, les espèces de Culex ont été capturées en abondance (avec 78% des individus capturés), elles sont 2 fois plus nombreuses à Tuléar II . Deux autres espèces ont été trouvés également abond antes : les espèces d’Anopheles à Mampikony (6.041 individus capturés) et les espèces d’Aedes à Tuléar II (2.765 individus capturés). 60

III.3.2. Vecteurs identifiés en corrélation à la FVR Aucun virus de la FVR n’a été isolé lors de piégeage des moustiques ni à Mampikony, ni à Tuléar II. Cependant, la classification des espèces identifiées a été réalisée pour déterminer une possible corrélation avec la survenue de la FVR. Elles ont été classées en fonction de deux critères : (i) virus de la FVR isolé en laboratoire et (ii) compétences 1 vectorielles. Les deux tableaux (XXVII et XXVIII) suivant renseignent les espèces de Culicidae présentes respectivement sur les sites de captures de Mampikony.

Tableau XXVII : Principaux vecteurs retrouvés dans les sites de captures de Mampikony

Vecteurs à partir desquels le Genre Vecteurs avérés compétents VFVR a été isolé sur le terrain Aedes Aedes aegypti Aedes albopictus Aedes fowleri Anopheles Anopheles arabiensis Anopheles coustani Anopheles gambiae Anopheles fuscicolor Anopheles gambiae s.l Anopheles pauliani/radama Anopheles pharoensis Anopheles squamosus/cydippis Culex Culex antennatus Culex pipiens Culex quinquefasciatus Culex poicilipes Culex tritaeniorhynchus Culex univittatus/neavei Mansonia Mansonia uniformis

Trois espèces d’Aedes , 4 espèces d’Anopheles et 3 espèces de Culex avérés compétents ont été retrouvés à Mampikony. Quatre autres espèces d’Anopheles , 3 autres Culex et une espèce de Mansonia ont été identifiés comme vecteurs principaux à partir des quels le VFVR a été isolé selon la littérature.

1 Ce sont des espèces de moustiques capables de s’infecter, de multiplier et de transmettre le virus à un hôte vertébré (AFSSA, 2008) . 61

Tableau XXVIII : Principaux vecteurs retrouvés dans les sites de captures de Tuléar II Vecteurs à partir desquels le Genre Vecteurs avérés compétents VFVR a été isolé sur le terrain Aedes Aedes fowleri Anopheles Anopheles arabiensis Anopheles coustani Anopheles gambiae s.l Anopheles fuscicolor Anopheles pharoensis Anopheles squamosus/cydippis Culex Culex antennatus Culex pipiens Culex quinquefasciatus Culex univittatus/neavei Culex tritaeniorhynchus Mansonia Mansonia uniformis

Une espèce d’Aedes , 3 espèces d’Anopheles et 3 espèces de Culex dites compétentes ont été retrouvées à Tuléar. Trois espèces d’Anopheles , 2 espèces de Culex et une espèce de Mansonia connues vecteurs que fut isolé le VFVR ont été également identifiées.

Bien que le virus de la FVR ne soit pas isolé dans les vecteurs identifiés pendant les captures, il est observé que les vecteurs compétents et les vecteurs où le virus de la FVR a été isolé sur le terrain sont présents dans les 2 sites.

TROISIEME PARTIE : DISCUSSION ET SUGGESTIONS

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DISCUSSION

I. Estimation de la séroprévalence Chez les bovins adultes, la séroprévalence en IgM est de 1,7% avec une similarité entre Mampikony au Nord et Tuléar II au Sud. La séroprévalence en IgG est de 7,6% dont une différence significative a été observée entre le Nord (16%) et le Sud (1,3%). En général, la séroprévalence chez les adultes des élevages suivis est de 9,4%. Cette séroprévalence est en baisse par rapport à celle de 2009. En 2009, deux enquêtes sérologiques ont été effectuées, l’un par le réseau AnimalRisk-OI et l’autre par la FAO. Les résultats sérologiques ont donné respectivement une séroprévalence globale semblable de 26,6% et de 25,8% chez les bovins à Madagascar (12,13). Jeanmaire et al. ont observé particulièrement une grande hétérogénéité spatiale de séroprévalence en IgG entre le nord du pays, près de 50%, et le sud aux environs de 10% (12). Pour cette étude, l’hétérogénéité de cette séroprévalence en IgG a été conservée mais réduite : 16,0% au Nord et 1,3% au Sud. En 2007-2008, après confirmation de la circulation du VFVR où un cas humain a été détecté aux Comores, la séroprévalence en IgG à Mayotte est de 10,6% (105). Qui n’est pas très loin de celle de Madagascar. La séroprévalence en IgG observée est assez élevée par rapport à celle qui a été observée en Al-Hasa Oasis (à l’Est de l’Arabie Saoudite) pendant l’année 2007. Des enquêtes sérologiques longitudinales ont été conduites chez des ruminants domestiques pour détecter la présence ou non, la prévalence et la distribution de la FVR. La séroprévalence en IgG observée était de 0,3% (106). Cette séroprévalence pourrait s’expliquer par la différence de nombre d’années entre la date de l’étude et le dernier épisode de la FVR, de 2000 à 2007 pour l’Arabie Saoudite et de 2009 à 2011 pour Madagascar. Il semble pour le cas de Madagascar que les IgG, marqueurs d’une infection ancienne, ont été encore conservées par un certain nombre d’individus. Des enquêtes sérologiques réalisées par le même réseau en 2009 et en 2011 ont permis de constater respectivement une baisse significative de séroprévalence de la FVR dans la région de l’océan Indien. A Madagascar, elle a chuté de 26% à 9,4%, dans l’archipel de Comores de 32,8% à 18% et à Mayotte de 35,5% à 19,4% (81). Ces résultats pourraient être expliqués par l’insularité de ces 3 Iles dont les caractères environnementaux et climatiques sont quasi-identiques. Le passage tous les ans des 63

perturbations cycloniques dans le sud-ouest de l’Océan Indien risquerait de provoquer des fortes précipitations annuelles, favorisant ainsi la pullulation des vecteurs de la FVR dans ces 3 iles. Chez les jeunes bovins, la séroprévalence globale est de 3,6% dont 2,9% au Nord et 3,9% au Sud. Il pourrait s’expliquer par le renouvellement important en animaux naïfs, indemnes de FVR, dans les troupeaux. En effet, l’étude a été réalisée en période inter-épizootique qui pourrait être à l’origine d’une faible détection de la circulation du VFVR dans la population de ruminants naïfs de la région. Pour les deux âges, cette étude montre au niveau local une différence de séroprévalence entre les jeunes et les adultes. Au nord, elle est de 2,9% chez les jeunes et de 17,8% chez les adultes. Au sud, la séroprévalence chez les jeunes est de 3,9% et celle des adultes de 3,0%. En 2009, il existe une différence significative de la séroprévalence entre les jeunes et les adultes, respectivement 12% et 30% (13). Les séroprévalences globales entre les jeunes et les adultes, respectivement 3,6% et 9,4%, sont moins importantes qu’en 2009. Une baisse de séroprévalence chez les adultes a été observée entre 2009 et 2011. Ainsi, au Nord, elle a diminué de 50% à 17,8% et au Sud de 10% à 3,0%. La réduction de l’écart de séroprévalences entre ces deux années pourrait être due au renouvellement de la population bovine qui est importante dans ces deux zones. Il semble qu’une exposition précédente au VFVR en 2009 lors de la dernière épizootie a été encore maintenue. La séroprévalence de Madagascar observée pendant cette étude est encore plus faible par rapport à celle qui a été observée en Afrique de l’Ouest. En Mauritanie en 2003, une séroprévalence de 46% a été déterminée lors de l’étude sérologique chez de chèvres et de moutons (40). Au Tchad, pendant la période de pluie en 2002, une séroprévalence en IgG de 41% a été trouvée lors des études réalisées chez les ruminants domestiques dans le but d’évaluer l’importance de l’exposition humaine au VFVR (77). Cette différence pourrait être expliquée par l’inclusion des petits ruminants dans l’étude qui sont à présent les espèces les plus sensibles à la FVR. De plus, le climat en Afrique de l’Ouest n’est pas identique à celui de l’Est. Enfin, l'étude sérologique est un outil efficace de surveillance active et contrôle de la FVR (72). Il a été conçu dans plusieurs études comprenant la mesure de la distribution d'infection, la surveillance de l’immunité du troupeau et l’évolution 64

saisonnière de la FVR(107). Jeanmaire et al . ont suggéré que la circulation du VFVR était endémique dans le sud et le nord-ouest de Madagascar, et que ces deux régions peuvent agir comme une source du virus pour le reste du pays (12). A Madagascar, l’estimation de la séroprévalence en 2011 n’a été faite que sur des bovins adultes et des jeunes des élevages suivis. Ceci induit une estimation de la séroprévalence locale et non régionale. Il est alors difficile de conclure quant à la réduction d’hétérogénéité spatiale entre le Nord et le Sud de Madagascar en 2011.

II. Estimation de l’incidence sérologique Deux autres scénarios seront possibles pour interpréter l’incidence sérologique observée (Tableau XIII).Premièrement, si on considère négatif le statut des animaux ayant abandonné précocement le suivi, l’incidence sérologique serait déterminée par les 36 positifs. Deuxièmement, s’ils sont considérés positifs, l’incidence sérologique sera obtenue par la somme de ceux qui sont déjà positifs et de ceux qui ont abandonné. Pendant le suivi sérologique, 36 séroconversions ont été observées à Mampikony au Nord et à Tuléar II au Sud de Madagascar. L’incidence était de 27% en 9 mois. Les résultats issus d’une même étude ont donné à Mayotte une incidence de 13,1% qui est inférieure à celui de Madagascar. Au Sénégal, entre 1991 et 1993, trois séroconversions ont été rapportées sur les 160 petits ruminants étudiés (soit 1,9%) (47). Il semble que l’emplacement géographique et les caractéristiques agro-écologiques différents entre Sénégal et Madagascar expliquent cette incidence. Pour notre étude, l’importance en nombre de population d’animaux naïfs au Nord et au Sud semblerait favoriser l’apparition des nouveaux cas. La présence de nombreuses séroconversions dans le site d’Ankilibe (Tuléar II) pourrait être liée à des conditions climatiques (précipitations abondantes par exemple) induisant l’émergence potentielle de vecteurs de la FVR qui ont été particulièrement mis en évidence. Le nombre maximum de séroconversions à Mampikony et à Tuléar II a été observé au mois d’Octobre. C’est le mois le plus chaud connu à Madagascar. Ainsi, l’influence de la température peut affecter la physiologie du vecteur et par voie de conséquence, l’intensité et la durée de la réplication virale (27). En dehors des précipitations, l’influence de ce variable climatique sur l’abondance des vecteurs pourrait être impliquée comme facteur de transmission de la FVR. 65

III. Analyses des facteurs de risque associés à la FVR A Madagascar, les causes de la FVR sont liées aux pratiques d’élevage, aux facteurs entomologiques, environnementaux et météorologiques.

III.1. Pratiques d’élevage Le renouvellement de troupeau par l’achat ou par la réception d’animaux est une pratique assez courante à Madagascar. Le point commun entre ces 2 mouvements est qu’ils ont contribué à l’introduction d’un nouvel animal dans le troupeau. Pour cette étude, les animaux provenant de l’achat ne semblent pas avoir constitué un risque de développer la FVR par la présence des troupeaux de statut positif vis-à-vis du test sérologique effectué. La réception en revanche constitue un risque significatif au développement de la FVR. Le commerce des ruminants a été souvent associé avec la dissémination du VFVR au niveau local, régional et même continental. Il a été décrit du Soudan à l’Egypte pendant les années 1970, et de la corne d’Afrique vers la péninsule arabique en 2000 (5, 60). En Arabie Saoudite, l’importation d’animaux infectés par le VFVR d’Afrique de l’Est semble être à l’origine de foyers de la FVR (33). Chaque année, plusieurs millions d’ovins et de caprins étaient importés en Arabie Saoudite, principalement pendant les quatre mois correspondant aux festivités du Hadj (entre janvier et avril) (46). Les animaux provenaient essentiellement d’Ethiopie et de Somalie. L’hypothèse est que le virus a été introduit sur la péninsule arabique suite à l’importation d’un animal infecté lors de l’épizootie d’Afrique de l’Est en 1997-98, avant la mise en place de l’embargo (5). Il semble que les ruminants porteurs du virus de la FVR apparemment sains, introduits dans l’élevage, vont transmettre le virus au troupeau indemne.

Dans le district d’Anjozorobe, la réception traduite par la pratique de kapsile (un échange de bovins entre deux éleveurs) semble jouer un rôle potentiel dans la dissémination du VFVR (108). En effet, les contacts fréquents entre les bovins pourraient créer un mélange de statut entre les animaux nouvellement introduits et les restes des animaux du troupeau. Les animaux vendus au marché à bovidés sont supposés plus règlementés vis à vis des recommandations administratives : certificat de vaccination, contrôle des maladies... Le risque lié à l’achat est alors plus faible. En 66

revanche, les animaux provenant de la réception ne sont pas règlementés, ce qui pourrait être à l’origine de risque élevé lié à ce facteur. L’hypothèse de l’introduction d’un ruminant infecté après la dernière épizootie, par l’intermédiaire d’importations clandestines ne peut cependant pas être écartée. La mixité et le groupement de troupeau avec d’autres élevages facilitent les échanges des maladies entre les animaux à statut immunitaire différent par contact direct. Dans cette étude, ces deux facteurs ne présentent pas un risque majeur dans la dissémination du VFVR. Toutefois, ils pourraient être impliqués si les animaux provenaient des zones à risque.

III.2. Arthropodes vecteurs Le statut « vecteur potentiel» porté par les moustiques dans la transmission de la FVR a été prouvé par l’isolement du virus chez certains d’eux (26). A Mampikony, Culex et Anopheles ont été identifiées abondamment sur les sites de captures. Ces deux espèces ont été également rapportées en nombre relativement élevé dans 2 Etats différents du Soudan pendant l’épizootie de 2007 [ Anopheles gambiae arabiensis (80.7%) et Culex pipiens (91.2%)] (109). A Tuléar II, Culex et Aedes ont été trouvées abondantes. La présence particulière de Culex tritaeniorhynchus , vecteur ubiquiste de la FVR, dans les 2 districts montre qu’ils possèdent des moustiques compétents pour transmettre le virus d’un individu infecté à un individu sain. Les épizooties de la FVR se produisent au même moment de la présence de population de moustiques inhabituellement massifs. En Afrique, le VFVR a été isolé d’au moins 30 espèces et neuf genres de moustiques, dont Aedes, Culex, Anopheles, Eretmapodites et Mansonia (26). L’espèce Culex a joué dans plusieurs pays où sévit la FVR un rôle important dans le déclenchement de cette maladie . Elle a été souvent capturée en même temps que l’Aedes . Il a été démontré que le rôle de l’amplification virale revient aux Culex (23).Dans la péninsule arabique, les piégeages de moustiques ont rapporté des espèces de Culex tritaeniorhynchus à côté de certaines espèces d’ Aedes (A. vexans arabiensis et A. caballus) considérés comme les vecteurs principaux de la FVR dans la région (26). En 1978, lors d’une épidémie en Egypte, le VFVR fut isolé de moustiques appelés Culex pipiens suspectés alors d’être les vecteurs principaux sinon uniques de l’infection (1). En Afrique de l’Ouest, les espèces Culex poicilipes et Aedes vexans arabiensis ont 67

été identifiées comme les deux principaux vecteurs de la FVR (110, 111 ). Le programme de surveillance active entomologique mis en place par l’Institut Pasteur de Dakar a permis d’identifier différentes espèces de moustiques appartenant notamment aux genres Culex et Aedes comme vecteurs potentiels de la FVR au Sénégal (47). En 2010, la forte pluie en Mauritanie a favorisé aussi une forte densité de population de moustiques d’espèces Culex et Anopheles (83). Le Sud de Madagascar est soumis à des cycles d’inondation et d’assèchement. Ces ruptures de l’équilibre écologique entraînent des variations importantes des populations de vecteurs et de leurs hôtes. Les équilibres épidémiologiques n’ont alors pas le temps de s’installer, ce qui semble favoriser l’émergence de maladies à transmission vectorielle, telles que la FVR. En effet, les études sur la compétence des moustiques n’ont été faites que sur des moustiques dont le risque pour l’homme était avéré (récapitulatif dans AFSSA., 2008). Les moustiques capturés non gorgés ont été analysés par PCR en temps réel par deux méthodes mais celles-ci ont donné des résultats négatifs. D’un côté, il pourrait se demander si ces méthodes sont assez sensibles pour permettre d’identifier le génome viral. D’autre côté, la période d’étude située dans une période inter-épizootique rend difficile l’isolement du virus. Elle ne permet pas de déduire que le passage du virus entre un animal infecté, le moustique puis un animal sain ne soit pas possible.

III.3. Facteurs environnementaux

III.3.1. Accès à la forêt L’accès à la forêt des animaux semble être un risque non significatif dans cette étude. A Madagascar, le virus de la FVR a été isolé à partir des moustiques capturés dans la forêt de Périnet (8). L'existence d'un cycle sylvatique entre les moustiques et les réservoirs sauvages qui habitent dans la forêt pourrait expliquer la persistance et la réapparition des séroconversions dans certain site. Dans ce cas, les bœufs qui pâturent près de la forêt seraient exposés plus aux piqûres de moustiques infectieuses que les autres.

III.3.2. Types de points d’eau Les dimensions du gîte larvaire pouvaient influencer le développement des larves de moustiques vecteurs. Dans cette étude, 4 types de points d’eau ont été 68

considérés (lac, mare, canaux d’irrigation, rivière). Ils semblent propices à la multiplication de moustiques favorisant ainsi le développement de la FVR avec un risque non significatif. Les Culex se développent dans les canaux de zones irriguées et dans des mares permanentes ou temporaires. En Afrique de l’Ouest, en climat sahélien, l’émergence du VFVR survient à la saison des pluies lorsque de nombreux bas-fonds de rivières inondables ou mares temporaires se remplissent d’eau et que des troupeaux transhumants viennent s’y installer (27). Dans le Ferlo au Sénégal, les mares constituent un facteur de risque significatif au développement du vecteur et à l’entretien d’un cycle enzootique du virus de la FVR (27). Elles sont toutes temporaires et dépendantes des précipitations. Chacune d’elle présente une dynamique de remplissage et de vidange conditionnée par le régime pluviométrique (fréquence et intensité des pluies), et influencée par différents facteurs: climat (température, humidité, vents), caractéristiques du sol, du couvert végétal… C’était autour des mares temporaires qui servent de gîtes larvaires pour les vecteurs de la FVR que se crée un environnement variable où les moustiques peuvent prospérer et contribuer à sa diffusion et transmission (23). En Afrique de l’Est et du Sud, des particularités écologiques constituées par les dambos sont connues comme d’importants gîtes larvaires pour les moustiques (57). Ils se remplissent d’eau stagnante après des pluies particulièrement abondantes et/ou prolongées, formant ainsi un réservoir hydrique favorable à l’éclosion des œufs d’Aedes (112). La modification de l’écosystème comme la nouvelle construction de barrage ou des canaux d’irrigation en Afrique attire les vecteurs infectés et en résulte l’épidémie de la FVR. Il semble pour ces 2 régions africaines que, les œufs d’Aedes en dormance se répartissent sur le fond des mares ou dambos . Leur remplissage suffisant permet l’éclosion de ces œufs et le développement des larves. Les vecteurs infectés vont piquer par la suite les animaux venant accéder à ces types de points d’eau, d’où le risque d’attraper la FVR. Dans le District d’Anjozorobe, des études ont permis d’identifier le type de point d'eau comme le troisième facteur de risques potentiels après la distance minimum au point d'eau le plus proche et la distance minimum à la forêt (113). Pourrut X et al , ont également confirmé la survenue des cas séropositifs au VFVR associés à la végétation 69

dense et à la proximité aux points d’eau perpétuels chez les ruminants au Sénégal et chez les humains au Gabon (114). Théoriquement, quand un animal sain vient pour s’abreuver dans un point d’eau, il se peut que les vecteurs infectés qui le piqueraient puissent lui transmettre l’infection. L’observation de nombreux cas sérologiques parmi les troupeaux n’ayant pas exposé aux types de points d’eau montre que ces facteurs ne semblent pas jouer un rôle important dans l’apparition de la maladie dans les deux sites (Mampikony et Tuléar II).

III.3.3. Corrélation entre la pluviométrie et l’incidence sérologique Les conditions météorologiques et environnementales semblent adéquates au développement des moustiques. Les conditions environnementales qui contribuent à la propagation de la FVR sont des facteurs de risques importants. La pluviométrie conditionne la présence, la taille et la persistance des gîtes de ponte et des gîtes larvaires. A Mampikony, la courbe de la pluviométrie a montré une variation entre les mois de l’année permettant ainsi d’observer deux saisons bien séparées. La saison de pluie a été observée d’octobre au mars avec des précipitations atteignant 600 mm au mois de janvier. La saison sèche est comprise entre le mois d’avril au septembre. L’incidence sérologique élevée a été observée vers le début et en dehors de la saison pluvieuse avec un maximum de cas au mois d’octobre. Aucun nouveau cas n’a été détecté pendant la saison de fortes précipitations. Les moustiques vecteurs assurent la transmission soit par voie verticale en transmettant directement le virus à la génération suivante soit par voie horizontale à d’autres vertébrés qui deviennent alors la source d’infection pour d’autres populations de moustiques (26). Les courtes pluies observées en octobre peuvent accentuer le risque entomologique et mettre ainsi en circulation le virus acquis par transmission verticale lors de l’éclosion des œufs. Dans 7 à 10 jours, les femelles adultes infectées pourraient transmettre le virus de la FVR aux animaux domestiques (55). La fenêtre sérologique 2 est de 4 à 8 jours (20). Une coïncidence pourrait alors se produire à Mampikony entre la période de prise de sang et l’infection des animaux, ce qui permet la détection des anticorps anti-FVR.

2Fenêtre sérologique : laps de temps s’écoulant entre le moment de la contamination et l’apparition des Anticorps. 70

A Tuléar II, la courbe pluviométrique a montré une variation anormale des précipitations entre les mois de l’année. Il est ainsi difficile de limiter la saison sèche de la saison de pluies. Toutefois, la forte précipitation a été observée entre novembre et mars avec des précipitations atteignant 120 mm au mois de décembre et de janvier. La saison sèche est observée de juin au septembre. L’incidence sérologique a été élevée à chaque pic de précipitations. Le virus est principalement transmis aux animaux par des moustiques hématophages pendant les saisons de forte pluie (40). C’est le cas d’espèce d’Aedes, par exemple, qui était avérée très abondante en début de saison des pluies (112). Des risques environnementaux comme les fortes pluies, le dambos , l’El-niño, l’augmentation des indices de végétation et la forte population de moustiques infectés, pourraient être tous s’associer à la survenue de la FVR (18,55, 115). Il semble que plus les précipitations sont abondantes, plus la surface inondée est importante, et plus le nombre d’œufs d’Aedes pouvant éclore est élevé. Les Aedes nouvellement incubés vont piquer les ruminants tandis que la présence des espèces de Culex et d’Anopheles dans la zone pourrait intervenir dans l’amplification de la circulation virale.

Il se peut que le virus ait été introduit dans les élevages suivis par les mouvements de type « réception d’animaux ». Le virus a ainsi été maintenu dans l’environnement par des moustiques du genre Aedes pendant une période indéterminée. Puis, suite à de fortes précipitations, les Culex (Culex tritaeniorhynchus) et les Anopheles ont permis la circulation du virus dans les élevages suivis. La présence d'anticorps anti-VFVR chez les ruminants domestiques suppose que ce virus peut circuler aussi dans les populations humaines malgré l'absence de manifestation clinique.

Enfin, il semblerait que la circulation du virus de la FVR à Madagascar corresponde à la conjonction dans le temps et dans l’espace d’un ensemble de facteurs : (1) Les conditions environnementales (climatiques et écologiques) qui permettent l’éclosion d’œufs et la survie d’un nombre suffisant de vecteurs ( Aedes et Culex ); (2) Dans ces mêmes conditions, en synergie avec la disponibilité de pâturages de qualité suffisante et les pratiques d’élevage, favorisent la rencontre des vecteurs et du bétail afin de permettre la transmission du virus aux animaux hôtes qui doivent être non immunisés, c’est-à-dire en nombre suffisamment sensibles ou naïfs, réceptifs au virus. 71

SUGGESTIONS

Suite à la discussion ci-dessus, il est possible de déduire que les facteurs de risque liés aux pratiques d’élevage, à l’environnement et aux moustiques vecteurs peuvent être considérés comme de signes avant-coureurs de la FVR. La réussite de l’application d’un plan de lutte contre cette maladie dépendra des actions avérées efficaces à l’encontre de ces facteurs de risques. La complexité de l’épidémiologie de la FVR justifie l’importance de détecter tôt la circulation du virus responsable. Compte tenu des facteurs de blocage dans la détection de la circulation du virus de la FVR et des facteurs de risque identifiés, quelques suggestions pourraient être valorisées pour prévenir une nouvelle réémergence :

I. A l’endroit des éleveurs • A signaler toujours dans le meilleur délai aux techniciens ou aux vétérinaires locales en cas de problème sanitaire survenant au sein de l’élevage (surtout avortement ou mortalité successive dans le troupeau) ; • A collaborer ensemble avec le vétérinaire qui prend soins la santé des animaux. Cette démarche est avérée avantageux aussi bien pour l’animal que pour l’éleveur (animal vacciné et déparasité résiste mieux aux maladies) ; • A appliquer la mesure de quarantaine à tout nouvel animal introduit dans l’élevage. Il consiste à séparer les animaux malades ou apparemment sains et les animaux sains dans l’exploitation pour éviter tout contact direct. • A éduquer les éleveurs au sujet d'habitats de moustiques et les encourager à réduire les sites aquatiques potentiels autour de leur maison, le port de l'habillement protecteur et l’utilisation des insecticides contre les moustiques vecteurs de l'arbovirus.

II. A l’endroit des professionnels de la santé animale • Visite systématique des élevages considérés à risque qui vise à éveiller l’attention des éleveurs à signaler toute suspicion clinique de la maladie le plus tôt que possible ; • Sensibilisation et formation des éleveurs sur le risque : 72

- D’introduction du virus de la FVR dans l’élevage par l’application de la mesure de quarantaine à tout nouvel animal introduit dans l’élevage (par prêt, achat ou échange) ; - D’exposition au risque de transmission du VFVR (contact direct avec de sang, des avortons et des produits d’avortement, l’abreuvement des troupeaux dans n’importe quel point d’eau, l’accès des animaux dans la forêt). • Informer au plus rapide la direction centrale dans le cas où il y a une suspicion pour qu’elle puisse intervenir dans le meilleur délai.

III. A l’endroit des professionnels de la santé humaine Le service de santé des deux districts d’études et celui des districts limitrophes doivent échanger mutuellement les informations sanitaires concernant les maladies zoonotiques dont la FVR. Les objectifs étant de surveiller les risques de transmission du VFVR à l’homme en courus par toute activité liée à des animaux. Ainsi, la surveillance doit s’orienter potentiellement aux personnes les plus exposées, celles qui sont en contact direct avec des ruminants infectés, vivants ou morts. Ce sont les éleveurs, les vétérinaires, les bouchers, les équarrisseurs et les personnels d’abattoir.

IV. A l’endroit des Instituts de recherche et laboratoires • Standardisation des outils de diagnostic et échange de compétence entre les différents Instituts de recherche et de laboratoires ; • Mise au point d’un test de diagnostic rapide et praticable sur terrain afin d’aider les cliniciens dans leur diagnostic ; • Mission d’investigation pluridisciplinaire (médecins, entomologistes, vétérinaires) autour du troupeau concerné voire du village et réalisation de prélèvements le cas échéant. Ils ont le rôle d’assurer une surveillance continue des conditions épidémiologiques et climatiques qui donneront l’alerte de l’imminence d’une épizootie ; • Et enfin pour pallier à l’insuffisance et les biais identifiés dans cette étude, il serait mieux d’assurer la représentativité de l’échantillonnage. 73

V. A l’endroit des autorités compétentes Le Ministère de l’élevage par la Direction des Services Vétérinaires et le Ministère de la santé publique doivent collaborer ensemble pour mettre en place une instance de concertation et de coordination des activités liées à la FVR. Il s’agit de la :

• Mise en place d’un Réseau d’Epidémio-surveillance : Ce réseau devrait être constitué de troupeaux sentinelles développés à grande échelle. L’efficacité de ce système a été vérifiée puisqu’ils ont permis à plusieurs fois de mettre en évidence une circulation virale. De plus, le système d’alerte est également un système où à la moindre suspicion de FVR, l’agent vétérinaire doit réaliser une enquête clinique et sérologique sur le troupeau concerné afin de confirmer ou d’infirmer la suspicion. L’agent doit déclarer le foyer suspect aux services centraux (Direction de l’Elevage) et leur transmettre les prélèvements pour analyse au laboratoire agréé (à l’IPM d’Antananarivo par exemple). L'idée d’un système d'alerte semble plus intéressante que l’utilisation des troupeaux sentinelles car elle repose sur l'analyse de prélèvements de troupeaux étant déjà suspects cliniquement, c'est à dire présentant des avortements et des mortinatalités. Pour améliorer ce système d’alerte, il doit augmenter le nombre de déclarations de suspicion de foyer et donner les moyens nécessaires aux agents de terrain pour multiplier le nombre d’enquêtes cliniques et sérologiques sur les sites suspects. Actuellement, ce réseau d’épidémio-surveillance est possible dans la mesure où un réseau commun Animal-Humain a vu le jour pour tout l’Océan Indien. • Mise en œuvre d’un laboratoire de référence pour le diagnostic rapide et sûre afin de prioriser la recherche du VFVR. Dans l’attente, les laboratoires régionaux et nationaux existant devraient être équipés des kits de diagnostic pour la FVR dans le but d’actualiser la situation épidémiologique de cette maladie. • Renforcement de contrôle sanitaire des bovins commercialisés. Il devrait agir sur la restriction des mouvements d’animaux et ses produits dérivés lors d’une suspicion d’une maladie dangereuse. Il permet de minimiser la transmission d’une maladie entre des zones à statut sanitaire différent. • Recherche des partenariats auprès des instances internationales pour financer la recherche, les mesures de lutte et de surveillance de la FVR à Madagascar.

CONCLUSION 74

CONCLUSION

L’enquête séro-épidémiologique chez des bovins a permis de mettre en évidence une circulation « à bas bruit » du VFVR en dehors de manifestations cliniques au Nord et au Sud de Madagascar avec une séroprévalence de 9,4% chez les adultes et 3,6% chez les jeunes. Cette évidence sérologique mérite d'être confirmée par l'isolement du virus qui est actuellement en cours d’analyse. La circulation virale dans les élevages suivis est caractérisée par les 36 séroconversions observées à Mampikony et à Tuléar II qui ont donné une incidence de 27% en 9 mois.

L’étude descriptive des élevages suivis a révélé une certaine hétérogénéité qui n’a pas empêché que l’infection soit maintenue quelques soient les écosystèmes et les pratiques d’élevage. Les événements pluviométriques particuliers semblaient favoriser l’émergence de la FVR. En effet, ils entraîneraient le développement successif des Aedes et des Culex au cours de la saison des pluies, favorisant ainsi une circulation virale continue et l’amplification de la maladie. La présence des vecteurs compétents et le faible taux d'immunité dans certains sites peuvent faire craindre une reprise de la diffusion du virus.

ANNEXES

Annexe I : Questionnaire pour la pratique d’élevage

Annexe II : Questionnaire pour l’identification de l’animal

Annexe III : Questionnaire pour le suivi d’élevage

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

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VELIRANO

« Eto anatrehan’ i ZANAHARY, eto anoloan’ireo mpikambana ao amin’ny Holafitra Nasionalin’ny Dokotera Veterinera Malagasy sy ireo mpampianatra ahy, mianiana aho fa hitandro lalandava ary hatraiza hatraiza ny haja amam-boninahitry ny Dokotera Veterinera sy ny asa. Noho izany dia manome toky ary mianiana aho fa :

- Hanantanteraka ny asako eo ambany fifehezan’ny fitsipika misy ary hanaja hatrany ny rariny sy ny hitsiny ; - Tsy hivadi- belirano amin’ny lalàn’ny voninahitra, ny fahamendrehana, fanajana ny rariny sy ny fitsipi-pitondran-tena eo am-panatanterahana ny asa maha Dokotera Veterinera ; - Hanaja ireo nampianatra ahy, ny fitsipiky ny hai-kanto. Hampiseho ny sitraka sy ny fankantelemana amin’izy ireo ka tsy hivaona amin’ny soa nampianarin’izy ireo ahy; - Hanaja ny ain’ny biby, hijoro ho andry hiankinan’ny fiarovana ny fahasalaman’izy ireo sy ho fanatsarana ny fiainany ary hikatsaka ny fivoaran’ny fahasalaman’ny olombelona sy ny toe-piainany ; - Hitazona ho ahy samirery ny tsiambaratelon’ny asako ; - Hiasa ho an’ny fiarovana ny tontolo iainana sy hiezaka ho an’ny fisian’ny fiainana mirindra ho an’ny zavamanan’aina rehetra ary hikatsaka ny fanantanterahana ny fisian’ny rehetra ilaina eo amin’ny fiaraha-monina tsy misy raoraon’ny olombelona sy ny biby ; - Hiezaka ahafehy ireo fahalalana vaovao sy hai-tao momba ny fitsaboana biby ary hampita izany ho an’ny hafa ao anatin’ny fitandroana ny fifanankalozana amin’ny hairaha mifandray amin’izany mba hitondra fivoarana ho azy ; - Na oviana na oviana, tsy hanaiky hampiasa ny fahalalako sy ny toerana misy hitondra ho any amin’ny fahalovana sy hitarika fihetsika tsy mendrika.

Ho toavin’ny mpiara-belona amiko anie aho raha mahantanteraka ny velirano nataoko. Ho rakotry ny henatra sy horabirabian’ireo mpiray asa amiko kosa aho raha mivadika amin’izany”.

PERMIS D’IMPRIMER

LU ET APPROUVE

Le Président de Thèse

Signé : Professeur RATSIMBAZAFIMAHEFA RAHANTALALAO Henriette

VU ET PERMIS D’IMPRIMER

Le Doyen de la Faculté de Médecine d’Antananarivo

Signé : Professeur ANDRIAMANARIVO Mamy Lalatiana

Author : RASOLOFONIAINA Herizoa Jonia

Title of thesis : RIFT VALLEY FEVER : EPIDEMIOLOGY AND RISK FACTORS IN MADAGASCAR Heading : Epidemiology Number of pages : 74 Number of tables : 28 Number of annexes : 3 Number of charts : 18

Bibliographic reference : 115

SUMMARY Rift Valley fever (RVF) is an emerging viral arbozoonose that represents a threat to public health, animal health and livestock production. This study aims to assess the RVFV circulation level by estimation of the prevalence and incidence in the North and South of Madagascar and to identify the risk factors in favor of upholding this circulation. Serological monitoring of young cattle was carried out in Mampikony (North) and Toliara II (South) on seven serosurveys during nine months. A cross- sectional serologic survey among bovine adults of follow-up herd was conducted. Farming practices considered at risk for RVF have been analyzed to isolate the most likely risk factors. Entomological and environmental data have been also explored to establish variables and serological incidence correlation. The overall seroprevalence was 9.4% in adults and 3.6% in youth. Thirty-six seroconversions were observed with an incidence of 27% in nine months. Seropositivity was significantly associated with new animal introduction through reception in farm. Abnormal rainfall was identified as environmental factors to promote competent vectors species in the capture sites. Rift Valley Fever virus is probably endemic and circulating at low level. It could spread when the ecological conditions are favorable to its amplification.

Key words : Rift valley fever - Seroepidemiological survey - Cattle - Seroconversion - Risk factors

Director of thesis : Professor RATSIMBAZAFIMAHEFA R. Henriette Reporter of thesis : Doctor RAKOTONIRINA EL-C Julio Author’s address : Lot IIF 3 E Bis P Antsahameva-Andraisoro Antananarivo

Nom et prénoms : RASOLOFONIAINA Herizoa Jonia Titre de thèse : FIEVRE DE LA VALLEE DU RIFT : SITUATION EPIDEMIOLOGIQUE ET FACTEURS DE RISQUE A MADAGASCAR Rubrique : Epidémiologie Nombre de pages : 74 Nombre de tableaux : 28 Nombre d’annexes : 3 Nombre de figures : 18 Nombre de références : 115

RESUME La Fièvre de la Vallée du Rift est une arbozoonose virale émergente qui représente un danger à la santé publique, à la santé animale et à la production d’élevage. Cette étude vise à évaluer le niveau de la circulation du VFVR par l’estimation de la séroprévalence et de l’incidence au Nord et au Sud de Madagascar et à identifier les facteurs de risque majeurs favorable à la persistance de cette circulation. Un suivi sérologique des jeunes bovins a été effectué à Mampikony (au Nord) et à Tuléar II (au Sud) sur sept séries de prélèvements pendant neuf mois. Une enquête sérologique transversale a été menée sur les bovins adultes des élevages suivis. Les pratiques d’élevages considérées à risque pour la FVR ont été analysées pour isoler les facteurs de risque. Les données entomologiques et environnementales ont été également explorées pour établir une corrélation entre ces variables et l’incidence sérologique. Ainsi, la séroprévalence globale était de 9,4% chez les adultes et 3,6% chez les jeunes. Trente-six séroconversions ont été observées avec une incidence de 27% en neuf mois. La séropositivité a été significativement associée à l'introduction d’un nouvel animal dans l’élevage via la réception. Les précipitations anormales ont favorisé la propagation des vecteurs compétents présents sur les sites de captures. Le virus de la FVR est probablement endémique et circule « à bas bruit ». Il pourrait s'étendre quand les conditions écologiques sont favorables à son amplification.

Mots -clés : Fièvre de la vallée du Rift- Enquête séro-épidémiologique - Bovin - Séroconversion - Facteurs de risque Directeur de thèse : Professeur RATSIMBAZAFIMAHEFA R. Henriette Rapporteur de thèse : Docteur RAKOTONIRINA EL-C Julio Adresse de l’auteur : Lot II F 3 E Bis P Antsahameva-Andraisoro Antananarivo