Acanthobothrium Blanchard, 1948 from the Northwest Atlantic and Their Phylogenetic Relationships with Freshwater Lineages
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Yu Golfetti Acanthobothrium Blanchard, 1948 from the Northwest Atlantic and their phylogenetic relationships with freshwater lineages. São Paulo 2018 Yu Golfetti Acanthobothrium Blanchard, 1948 from the Northwest Atlantic and their phylogenetic relationships with freshwater lineages. Acanthobothrium Blanchard, 1948 do Noroeste Atlântico e seu relacionamento filogenético com linhagens de água doce. Dissertação apresentada ao Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, para a obtenção de Título de Mestre em Ciências, na Área de Zoologia. Orientador: Fernando P. de Luna Marques São Paulo 2018 Golfetti, Yu Acanthobothrium Blanchard, 1948 from the Northwest Atlantic and their phylogenetic relationships with freshwater lineages. 99 páginas Dissertação (Mestrado) - Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo. Departamento de Zoologia. 1. Coevolução 2. Neotropical 3. Especficidade 4. Biogeografia 5. Tamanho amostral I. Universidade de São Paulo. Instituto de Biociências. De- partamento de Zoologia. Comissão Julgadora: Prof. Dr. Prof. Dr. Nome Nome Prof. Dr. Fernando P. de Luna Marques À todos aqueles que ainda lutam "Tem dias que a vida é um ato de coragem" Se tiver que ser na bala vai - Vanguart Acknowledgements Apoio financeiro CAPES e CNPQ (processo 130093/2018-1) Apoio técnico e científico Laboratório de Helmintologia Evolutiva, Dpto. de Zoologia, IB-USP Laboratório de Sistemática Molecular, Dpto. de Zoologia, IB-USP Agradecimentos especiais: É de extrema importância que eu inicie meus agradecimentos com minha família. Familía essa que sempre está ao meu lado, vem me aceitando e que por mais desavenças que tenhamos, vem sendo meu pilar desde sempre. Mais específicamente eu queria agradecer aos meus avós Elio e Sonia, além de minha Tia Carla, por me apoiarem incondicionalmente desde de meu início de vida até hoje. Família, amo vocês. Não posso deixar de agradecer a família Tiradentes. Nunca imaginei, isso em 2003, que o escotismo seria algo de tanta importância dentro da minha vida. É no Tiradentes que tenho tido algumas de minhas maiores realizações de vida. Dentre essas realizações, poder ensinar o que um dia me foi passado e ver os jovens crescendo e se tornando melhores cidadãos é gratificante e emocionante. Eu tenho muitos amigos, muitos desses eu conheci dentro da USP. Agradeço de coração à Isabela Rodrigues (Tonks), Kléber Mathubara (Fanta), Giulia Magri, Ana Perticarrari, Thomas Creedy, Rachel Montesinos, Yu Oliveira, Ariadne Vilaça, Edgard Lopes, Carol Tieko, Gabrielle Rizatto e ao BacoWeb por todas as risadas, cervejas, conversas, cervejas, choros compartilhados, cervejas e amor que me deram. Obrigada aos irmãos escoteiros de vida Jacqueline Monteiro, Gilmar Lago, Maria Angélica (Keka), Jéssica Cardana, Ricardo Correia, Luli Brunelli e Geovanna Kerkhoven, com quem eu sei que posso sempro posso contar, seja com o abrigo, ouvidos, abraços, broncas e o mais puro de todos os sentimentos. Aos pés que não deixam esse tripé cair. Eu agradeço aquelas que me trouxeram luz quando eu só via escuridão. Aquelas que mesmo longe não deixam de estar comigo. Obrigada Camila Cobra e Beatriz Dinardi. Eu queria agradecer à Laura Muniz e à Mariana Gonçalves. Agradecer por terem dividido o sentimento mais bonito comigo mesmo quando eu era apenas cacos. Obrigada por terem tentado juntar meus cacos. Os cacos estão se colando e hoje eu estou aqui, muito, por causa de vocês. Obrigada àquelas que me abrigaram para onde eu não tinha para onde ir. Aquelas que dividiram sua casa, seu espaço, comigo e me ensinaram que estender a mão é tão fácil, basta tentar. Priscila Mendes e Jacque Garutti, obrigada! Por tudo, de verdade. As lindas Thayna, Déa, Maju, Bia e Jenny, que nessa reta final me ensinaram que dividir é muito mais que dar, é um receber diário. Ao pessoal da Arquibancada meus eternos amores. Durante meu mestrado acabei me afastando um pouco de vocês, me encontrando com alguns nesses 3 anos, porém o sentimento e todo apoio que me deram está guardado no fundo do peito. Sinto muita saudades de todos. Não posso também esquecer dos amigos que fiz durante a organização do V e VI CVZoo. Espero que todos se sintam altamente abraçados e amados nesse momento. Em especial eu tenho muito a agradecer ao Jonathan Lawley e a Brittany Damron. Acho que se não fossem pelos dois eu não estaria aqui, literalmente falando. Foram eles que seguraram minha mão em minhas crises de pânico, minhas crises depressivas, escutaram minhas reclamações da vida e enxugaram minhas lágrimas... muitas vezes. Mas não só isso, foram eles que me deram os melhores conselhos, acreditaram em mim, paravam tudo que tinham para fazer apenas para me ver melhor. Eu não tenho palavras para agradecer a vocês o que fizeram por mim, vocês me salvaram e por mais que eu ainda chore as vezes e continue sentindo dor, eu consigo lembrar de todo o apoio que me deram e assim levantar. Eu amo vocês todos meus amigos. Também não posso deixar de citar as pessoas que me proporcionaram a chance de chegar a USP e estar apresentando hoje essa tese. Sabrina, Madalena, Kaká, Francis, Ana e Aline, sinto muito a falta de vocês. Rogério, Renatinho, Amanda e Joaber... meus quatro orientadores. Os melhores orientadores que um pessoa pode ter nesse mundo. Eu consegui. Sem vocês eu não conseguiria. Vocês me ensinaram tanto. Eu agradeço a cada dia minha vida ter cruzado com a de vocês. À vocês minha eterna devocção e admiração, como aquela que um dia conheceram e que hoje tem a esperança de um dia tentar lhes alcançar. Não posso deixar de agradecer aos técnicos Enio, Phillip, Bia e Sabrina, sem vocês metade das minhas coisas não teriam sido realizadas e eu continuaria sem saber onde colocar minhas amostras hahahah. Porém não posso deixar de agradecer ao Manu por todo apoio na parte de bancada molecular, fazendo mil e uma reanálises, testando primer e protocolo. Manu, parte dessa tese é sua e ainda te devo um bolo de chocolate. Não poderia deixar de agradecer aos amigos do LHE. Obrigada Finn, Gigi, Pyro, Lilian e Luana (mesmo que só por um mês) por todas as conversas descompromissadas, risadas, cafés, recadinhos na lousa, preocupações comigo no whatsapp e por me escutarem. Obrigada ao Bjorn por financiar a coleta dos hospedeiros ao qual sem esse estudo não teria sido realizado, por me puxar a orelha pelo inglês mal falado e os papos sobre NFL. Obrigada a Nati por toda a parte laboratorial ensinada, por todas as dicas de vida, por me fazer pensar 3 vezes antes de fazer e por todos os momentos dividos. Obrigada Veu pela revisão do inglês da minha tese, por aceitar ser da minha banca, por todos os papos lindos e loucos sobre o espaço e “de onde viemos e para onde vamos” que tivemos (e olha que foram muitos nesse pouco tempo que nos conhecemos). Obrigada Bruna. Não sei se consigo falar mais algo além de obrigada por tudo. eu sei que eu te enchi o saco em muita coisa, durante muito tempo, e tu sempre esteve ali. Obrigada por parar muitas das suas coisas, muitas vezes, para me ajudar com medições, bichos, bibliografia, para me consolar, me ver reclamar das coisa, chorar, conversar sobre a vida ou rir um pouco. Quando eu crescer quero ser igual a você. Fernando, meu orientador. Queria agradecer primeira mente por ter me aceito como sua orientanda e ter me dado a chance de conhecer tanta coisa e presenciar o que desde o início da graduação eu ansiava. Eu sei que não foi das melhores orientandas, eu sei que dei trabalho, e quando eu estava melhorando, vieram os problemas. Sua compreensão comigo foi crucial para esse dia ter chego. Desculpa não ter conseguido me dedicar tanto nesse final, porém fui até onde meus limites de corpo e mente me autorizavam. Obrigada pelos ensinamentos, pelas chances de te questionar, pelas conversas e brigas (porque não?)... Você me fez crescer demais. Por fim, eu queria agradecer a todos aqueles que lutam, resistem, caem, se levantam e lutam novamente. Sua luta é minha luta. Obrigada! . Table of Contents Introduction1 General goals of the study................................4 Material and Methods4 Collection Biological Material.............................5 Morphological Data...................................5 Molecular Data.....................................7 Results 10 Host Identification.................................... 10 Molecular data.................................. 10 Morphological data................................ 10 Phylogenetic Analysis of Acanthobothrium ...................... 16 Taxonomic Actions................................... 19 Acanthobothrium n. sp. 1................................ 19 Acanthobothrium n. sp. 2................................ 28 Acanthobothrium n. sp. 3................................ 32 Acanthobothrium n. sp. 4................................ 40 Discussion 46 Hosts Identity...................................... 46 Patterns of host specificity and parasite distribution.................. 47 Phylogeny of Acanthobothrium .......................... 49 Conclusions 53 References 60 Resumo 61 Abstract 63 Appendices 65 A.1 Script in R used for Primary Component Analyses (PCA)............ 66 A.2 DNA extraction protocol with Ammonium Acetate............... 67 A.3 DNAdvance Extraction ProtocolTM ........................ 68 A.4 Purification Protocol with AMPURE....................... 69 A.5 Dasyatidae nucleotide sequences for MT-ATP6, MT-CYB and MT-ND2 for ter- minals used as outgroups............................. 70 A.6 Cestode nucleotide sequences acquired from previous studies.......... 71 A.7 GenBank nucleotide sequences of cestodes for MT-RNR2 and