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Facteurs Associ´Es Et Rˆole Dans L'infection Par Chlamydia Trachomatis

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Facteurs Associ´Es Et Rˆole Dans L'infection Par Chlamydia Trachomatis Composition et dynamique du microbiote vaginal : facteurs associes´ et roleˆ dans l’infection par Chlamydia trachomatis These` de doctorat de l’Universite´ Paris-Saclay prepar´ ee´ a` l’Universite´ de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines NNT : 2019SACLV097 Ecole´ doctorale n◦570 de Sante´ Publique (EDSP) Specialit´ e´ de doctorat : Sante´ Publique - Epidemiologie´ These` present´ ee´ et soutenue a` Paris, le 18 Decembre´ 2019, par JEANNE TAMARELLE Composition du Jury : Pilar Francino PU, CSISP Rapportrice Rodolphe Thiebaut´ PU-PH, UB Rapporteur Laurence Meyer PU-PH, UPSUD Presidente´ Olivia Peuchant MCU-PH, UB Examinatrice Elisabeth Menu DR, CEA/UPS Invitee´ Elisabeth Delarocque-Astagneau PU-PH, UVSQ Directrice de these` Jacques Ravel PU, UMB Co-directeur de these` ` ese de doctorat Th NNT : 2019SACLV097 Thèse de doctorat de l’Université Paris-Saclay préparée à l’Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines École doctorale 570 de Santé Publique Spécialité Santé Publique - Epidémiologie Présentée par Jeanne Tamarelle Composition et dynamique du microbiote vaginal : facteurs associés et rôle dans l’infection par Chlamydia trachomatis Thèse dirigée par Elisabeth Delarocque-Astagneau et Jacques Ravel préparée au sein de l’unité Biostatistique, Biomathématique, Pharmacoépidémiologie et Maladies Infectieuses UMR1181 Inserm, UVSQ, Institut Pasteur Soutenue publiquement à l’Institut Pasteur le 18 Décembre 2019 devant le jury composé de : Mme. Pilar Francino PU CSISP Rapportrice M. Rodolphe Thiébaut PU-PH UB Rapporteur Mme. Laurence Meyer PU-PH UPSUD Examinatrice (Présidente) Mme. Olivia Peuchant MCU-PH UB Examinatrice Mme. Elisabeth Menu DR CEA/UPS Invitée Mme. Elisabeth Delarocque-Astagneau PU-PH UVSQ Directrice de thèse M. Jacques Ravel PU UMB Directeur de thèse Version du 23 décembre 2019 Remerciements En premier lieu je souhaiterais remercier les membres de mon jury, qui se sont rendus dispo- nibles pour cette soutenance et ont accepté avec diligence d’évaluer mon travail de thèse. Voir dans cette assemblée une majorité de femmes toutes plus brillantes les unes que les autres m’intimide autant que me donne du courage. Parmi ces femmes scientifiques que j’admire, il y a bien sûr Elisabeth, ma directrice de thèse, pour laquelle de simples remerciements ne suffiraient pas. Je tente néanmoins : merci pour ta remarquable disponibilité et ta confiance, qui m’ont permis de grandir en assurance et en au- tonomie. Je crois que c’est rare de trouver en sa directrice de thèse une telle qualité d’écoute. Quel plaisir de pouvoir commencer à formuler à voix haute un embryon d’idée sans savoir où ça nous mènera mais d’être certaine que l’autre prendra le train et saura finir la phrase. Merci d’avoir veillé sur ma santé mentale dans les moments les plus ubuesques. Je suis heureuse de t’avoir eue à mes côtés dans les pires et les meilleurs moments. Je n’aurais pas pu avoir meilleur accompagnatrice pour mes premiers pas d’épidémiologiste. Et puis il y a Jacques, la générosité même. Serait-ce mon léger sentiment d’imposture qui me rend tout aussi émerveillée aujourd’hui qu’au premier jour que tu aies accepté d’être mon directeur de thèse ? Les seuls moments où j’ai douté de toi ont finalement été ceux où tu me signifiais à quel point tu trouvais que j’avais bien travaillé (il me semblait y avoir un abîme entre cette assertion et mon ressenti). Je mesure la chance que j’ai eue de t’avoir pour enca- drant. Merci pour nos échanges, mes séjours dans ton laboratoire, tes relectures attentives et ton optimisme contagieux. Je voudrais adresser tous mes remerciements à Pascale, ma directrice d’unité, et Didier mon directeur d’équipe, pour m’avoir permis de réaliser ma thèse au sein de l’UMR1181 dans des conditions optimales. Merci à Anne pour le temps que tu m’as consacré pendant ces quelques années et ces connaissances précieuses que tu as partagées avec moi avec une douceur quasi angélique. Merci à Annick, Laurence, Lulla et Bich-Tram de faire vivre le labo, et à tous mes collègues présents et passés : Anna, Audrey, Mélanie, Marion, Mehdi, Félix, Lenaig, Jonathan, Rania, Lison, David, Armiya, Matthieu, Solen, Michael, Malamine, et tous les stagiaires qui apportent chacun un peu d’eux-mêmes dans cette unité. Merci de m’avoir écoutée débiter mes i ii longues tirades enflammées avec patience et bienveillance. Mention spéciale à Hélène, grâce à qui vous pouvez (oserais-je ?) prendre plaisir à lire cette thèse (template LATEXdisponible sur https://github.com/helenea/phd-thesis). Merci à l’équipe i-Share pour les galères partagées et les madeleines du réconfort : Laura, Julien, Juliette, Bénédicte. Tout ce travail n’aurait pas été possible sans de nombreuses petites (et grandes) mains : Marie, et par extension tous les services support de l’Institut Pasteur, de l’UVSQ, de l’INSERM, et le personnel de l’école doctorale. Mention spéciale au service reprographie de Pasteur, que j’ai littéralement assiégé régulièrement. Pouvoir encore faire imprimer des documents avec profes- sionnalisme sans avoir à imputer une ligne budgétaire ou à faire signer 4 supérieurs a été l’un des plaisirs secrets sans cesse renouvelés de ces années de thèse. I would like to thank all the people working in Jacques Ravel’s lab with whom I had the pleasure to work or share casual moments. In the first place, thanks to Rebecca, you are an amazing epidemiologist to me, and a hearty human being. Thanks to Bing for preparing the ground on CHARM but mostly for your friendship, your generosity and your openmindedness. Thanks to Michael, Lindsay, Johanna, Sarah, Elias, Vonetta, Mike, Riham and many others. Je suis heureuse de passer cette première étape sur le chemin de la recherche académique à la suite et aux côtés de nombreux.ses scientifiques, et cela n’a été possible que grâce à la générosité et à la patience de personnes comme Michaël Bloom, Bertille de Barbeyrac, Servas Morré, Samuel Alizon, Agathe Subtil et bien d’autres. J’adresse tous mes remerciements aux collaborateurs du projet i-Predict, notamment à l’équipe i-Predict de l’URC Ambroise Paré pour m’avoir poussée à développer ma capacité à travailler avec des personnes aux cultures de travail et aux méthodes différentes, au CNR car ça a été précieux pour moi de pouvoir travailler avec d’autres scientifiques dans une confiance et une amitié mutuelle, aux SIUMPPS nous ayant ouvert leurs portes pour l’étude i-Predict, aux gy- nécologues et à leurs équipes qui prennent soin de nos participantes en situation d’urgence, aux sage-femmes et CRC de l’étude pour votre travail fondamental et de surcroît difficile, et enfin en particulier aux participantes de l’étude i-Predict, ainsi qu’à toutes celles qui font avancer la recherche en se portant volontaires dans nos études cliniques. Je voudrais exprimer toute ma gratitude aux personnes ayant relu ma thèse : Merci Benjamin pour ta relecture rigoureuse et minutieuse de ma thèse, à Damien pour tes conseils avisés et à Félix pour ta ténacité. Faire une thèse, c’est un petit peu plus que juste avoir un travail. On y met un peu de soi, et on n’y arrive que si l’on est aussi bien entouré en dehors du cadre professionnel et que l’on a la chance de pouvoir recharger les batteries auprès de ses proches. Pour ma part, j’ai la chance de pouvoir compter sur le soutien indéfectible de ma famille. Merci à mes parents, de ne jamais avoir brimé ma boulimie intellectuelle et de m’avoir portée pendant toutes ces années d’études (et avant !). Vous êtes mes modèles d’humanité, de solidarité, d’intégrité, de dépassement. Merci à mes frères et sœurs, je suis heureuse et fière d’être de votre fratrie, et à l’ensemble de la tribu Tamarelle pour ces moments de respiration à vos côtés au milieu de mes années de thèse. Merci à la ribambelle de mes amis, si centraux dans ma vie. J’ai peur de ne pas être exhaus- iii tive, alors même que c’est l’une des rares occasions que j’ai de vous exprimer mon immense gratitude et mon affection sans borne. Que serais-je sans mes scubes chéris et affiliés pour m’emmener dans les plus hautes sphères intellectuelles et affectives, ma fanfare invisible qui me fait vibrer, les membres du Potostère qui rendent tous les délires collectifs réalisables, la team Foune&Flore, tous mes partners in crime, les copains/copines d’étude et tant d’autres amis dont la présence bruyante ou silencieuse, à distance ou à proximité, me porte au quotidien ? Vous êtes merveilleux ! Je compte bien vous garder dans ma vie. Merci à mon Félix, toi qui sais apaiser mon cerveau quand il s’emballe. Merci pour ta simpli- cité, ta sérénité, ta légèreté, ton équilibre, ta musique. Le reste est au-delà des mots. Productions scientifiques Articles de thèse publiés Non-optimal vaginal microbiota after azithromycin treatment for Chlamydia tracho- matis infection Tamarelle J, Ma B, Gajer P, Humphrys MS, Terplan M, Mark KS, Thiébaut ACM, Forney LJ, Brotman RM, Delarocque-Astagneau E, Bavoil PM and Ravel J Journal of Infectious Diseases, 2019, doi 10.1093/infdis/jiz499 The vaginal microbiota and its association with Human Papillomavirus, Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhea and Mycoplasma genitalium infections : a syste- matic review and meta-analysis Tamarelle J, Thiebaut ACM, de Barbeyrac B, Bébéar C, Ravel J, and Delarocque-Astagneau E Clinical Microbiology and Infection, vol. 25(1), 2019, doi 10.1016/j.cmi.2018.04.019 Vaginal microbiota composition and association with prevalent Chlamydia tracho- matis infection : a cross-sectional study of young women attending a STI clinic in France Tamarelle J, de Barbeyrac B, Le Hen I, Thiebaut ACM, Bébéar C, Ravel J, and Delarocque- Astagneau E Sexually Transmitted Infections, vol.
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