Taxonomie Des Bactéries Anaérobies : De La Reclassification À La Découverte De Nouveaux Pathogènes Corentine Alauzet
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Taxonomie des bactéries anaérobies : De la reclassification à la découverte de nouveaux pathogènes Corentine Alauzet To cite this version: Corentine Alauzet. Taxonomie des bactéries anaérobies : De la reclassification à la découverte de nouveaux pathogènes. Biochimie, Biologie Moléculaire. Université Henri Poincaré - Nancy 1, 2009. Français. NNT : 2009NAN10123. tel-01748308 HAL Id: tel-01748308 https://hal.univ-lorraine.fr/tel-01748308 Submitted on 29 Mar 2018 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. 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Historique de la classification des êtres vivants........................................................... 18 II. La phylogénie bactérienne........................................................................................... 22 1. De l’approche morphologique à l’approche moléculaire......................................... 22 2. ARN ribosomiques et horloges moléculaires........................................................... 25 a) Généralités sur l’ARNr 16S ................................................................................. 25 b) Nouvelle place des bactéries dans l’arbre du vivant............................................ 26 c) Radiation explosive des phyla.............................................................................. 27 3. Les marqueurs alternatifs à l’ARNr 16S pouvant être utilisés en phylogénie ......... 32 4. Approches phylogénétiques intégrées...................................................................... 35 a) Notion de séquences signatures ........................................................................... 35 b) Phylogénie de gène / phylogénie d’organisme .................................................... 36 5. L’évolution des bactéries est-elle une arborescence : prise en compte des transferts latéraux ......................................................................................................................... 38 III. L’unité taxonomique de base : la notion d’espèce bactérienne ................................. 40 IV. La taxonomie bactérienne .......................................................................................... 44 1. Intérêt d’une taxonomie bactérienne ........................................................................ 44 2. Caractères utilisés pour la classification des bactéries............................................. 45 a) Méthodes phénotypiques...................................................................................... 47 b) Méthodes génomiques et génétiques ................................................................... 52 3. Méthodes phylogénétiques appliquées à la taxonomie ou phylotaxonomie ............ 58 a) Les méthodes........................................................................................................ 58 b) La phylogénomique ............................................................................................. 67 4. Approche taxonomique mixte et consensuelle......................................................... 69 5. Les classifications actuelles ..................................................................................... 70 a) Le Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology ................................................. 71 b) La List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)............... 72 c) Les règles de description et de publication des nouveaux organismes ................ 73 6. La nomenclature bactérienne ................................................................................... 74 LES FIRMICUTES : UN PHYLUM EN PLEIN REMANIEMENT ....................................................... 76 I. Généralités.................................................................................................................... 76 1. Historique et diversité des Firmicutes...................................................................... 76 2. Classification actuelle des Firmicutes...................................................................... 78 a) Révisions du phylum Firmicutes ......................................................................... 78 b) Exemples de remaniements taxonomiques au sein des Clostridia ...................... 79 II. Cas particulier des Clostridium spp............................................................................ 86 1. Les Clostridiaceae : une bien grande famille ! ........................................................ 86 2. Les outils taxonomiques utilisables avec les Clostridium spp. ................................ 89 3. Clostridium, structure de paroi et coloration de Gram............................................. 90 4. Clostridium et sporulation........................................................................................ 91 5. Clostridium et résistance aux glycopeptides ............................................................ 92 a) Les glycopeptides : mécanismes d’action et de résistance................................... 92 b) Sensibilité diminuée à la vancomycine chez certains Clostridium...................... 97 1 Sommaire 6. Clostridium hastiforme ou Tissierella praeacuta ? Une histoire pleine de rebondissements !......................................................................................................... 98 7. Clostridium orbiscindens : to be or not to be a Clostridium? .................................. 99 LE GENRE PREVOTELLA : UN GROUPE TAXONOMIQUE COHERENT ........................................ 102 I. Données générales ...................................................................................................... 102 1. Habitat .................................................................................................................... 102 2. Facteurs de virulence.............................................................................................. 102 3. Pouvoir pathogène chez l’homme.......................................................................... 103 II. Classification des Prevotella spp. ............................................................................. 105 III. Identification des bactéries du genre Prevotella...................................................... 109 1. Caractères morphologiques .................................................................................... 109 2. Caractères métaboliques......................................................................................... 109 3. Caractères génétiques............................................................................................. 112 a) Données génomiques ......................................................................................... 112 b) Données génotypiques ....................................................................................... 113 IV. Sensibilité aux antibiotiques au sein du genre Prevotella........................................ 115 1. Résistance aux antibiotiques des Prevotella spp.................................................... 115 2. Cas particulier du métronidazole...........................................................................