ANKARA ÜN ĐVERS ĐTES Đ FEN B ĐLĐMLER Đ ENST ĐTÜSÜ
DOKTORA TEZ Đ
GENTIANA OLIVIERI GRISEB.’DE KALLUS VE SÜSPANS ĐYON KÜLTÜRLER ĐNDE BULUNAN BAZI SEKONDER METABOL ĐTLER
Canan YA ĞCI TÜZÜN
BĐYOLOJ Đ ANAB ĐLĐM DALI
2011 ANKARA
Her hakkı saklıdır TEZ ONAYI
Canan YA ĞCI TÜZÜN tarafından hazırlanan “ Gentiana olivieri Griseb.’de Kallus ve Süspansiyon Kültürlerinde Bulunan Bazı Sekonder Metabolitler” adlı tez çalı ması 02/12/2011 tarihinde a ağıdaki jüri tarafından oy birli ği ile Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı’nda DOKTORA TEZ Đ olarak kabul edilmi tir.
Danı man : Prof. Dr. M. Cihat TOKER E danı man : -
Jüri Üyeleri : Ba kan: Prof. Dr. Rukiye TIPIRDAMAZ Hacettepe Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü
Üye: Prof. Dr. M. Cihat TOKER Ankara Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü
Üye: Doç. Dr. Gül Nilhan TU Ğ Ankara Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü
Üye: Yrd. Doç. Dr. H. Nurhan BÜYÜKKARTAL Ankara Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü
Üye: Yrd. Doç. Dr. Hatice ÇÖLGEÇEN Zonguldak Karaelmas Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü
Yukarıdaki sonucu onaylarım
Prof. Dr. Özer KOLSARICI Enstitü Müdürü
2 ÖZET
Doktora Tezi
GENTIANA OLIVIERI GRISEB.’DE KALLUS VE SÜSPANS ĐYON KÜLTÜRLER ĐNDE BULUNAN BAZI SEKONDER METABOL ĐTLER
Canan YA ĞCI TÜZÜN
Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı
Danı man: Prof. Dr. M. Cihat TOKER
Flavonoit, iridoit ve alkaloit içeren Gentiana olivieri Griseb. (Gentianaceae), antidiyabetik, antidepresan ve sindirime yardımcı olarak kullanılmaktadır. Flavonoit (izoorientin ile izoviteksin) ve iridoitlerin (gentiopikrozit ile svertiamarin) varlı ğı G. olivieri kallus ve süspansiyon kültürlerinde ara tırıldı. G. olivieri tohumları 0.1 mM GA 3 içeren Woody Plant Medium (WPM)’da çimlendirildi. Kallus üretmek için ilk deneme için yaprak ve kök eksplantları, ikincisi için sadece yaprak eksplantı kullanıldı. Her iki denemede de eksplantlar 60 günlük aseptik fidelerden alındı. Eksplantlar 1 mg/l Naftalen Asetik Asit (NAA) ile 0.5 mg/l Benzil Amino Purin (BAP) veya 0.2-0.5 mg/l Kinetin içeren Murashige ve Skoog (MS) ile WPM ortamlarına ekildi. Kültürler ilk denemede karanlıkta; ikincide ise 16/8 aydınlık/karanlık fotoperiyotta 3000 lux ı ık iddetinde inkübe edildi. Đkinci denemeden elde edilen kalluslardan süspansiyon kültürleri kuruldu. Kallus kültürlerinden 3 alt kültür ve süspansiyon hücrelerinden 25 gün boyunca üretilen sekonder metabolitler; kalitatif ve kantitatif olarak ara tırıldı.
Sekonder metabolit üretiminde süspansiyon kültürü, kallus kültürüne göre daha verimli bulundu. 1 mg/l NAA ve 0.5 mg/l BAP içeren WPM ortamında 20. günde süspansiyon kültüründe geli en hücrelerde izoviteksin miktarı G. olivieri ekstresinden 10 kat fazla bulundu (0.408 mg/g). 1 mg/l NAA ve 0.5 mg/l Kinetin içeren WPM ortamında 1. alt kültürde geli en kallus hücreleri izoorientin üretimi için en iyi sonucu verdi (0.492 mg/g). Đridoit yapıda oldu ğu dü ünülen fakat gentiopikrozit ve svertiamarin ile e le meyen maddeler üretildi.
Aralık 2011, 124 sayfa
Anahtar Kelimeler: Gentiana olivieri , kallus kültürü, hücre süspansiyon kültürü, bitki sekonder metabolitlerinin üretimi
i ABSTRACT
Ph. D. Thesis
SOME SECONDARY METABOLITES OF CALLUS AND SUSPENSION CULTURES OF GENTIANA OLIVIERI GRISEB.
Canan YA ĞCI TÜZÜN
Ankara University Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Biology
Supervisor : Prof. Dr. M. Cihat TOKER
Gentiana olivieri Griseb. (Gentianaceae), which contains flavonoid, iridoid and alkaloid, has been used as antidiabetic, antidepressant and digestive aid. Existence of flavonoids (isoorientin and isovitexin) and iridoids (gentiopicroside and swertiamarin) were investigated in callus and suspension culture of G. olivieri . Seeds of G. olivieri were germinated in Woody Plant Medium (WPM) with 0.1 mM GA 3. Leaf and root explants were used for the first experiment while only leaf explant was used for the second to produce callus. In both experiments, explants were obtained from 60 days old aseptic plantlets. Explants were sown onto Murashige & Skoog Medium (MS) and WPM including 1 mg/l Naphtalane Acetic Acid (NAA) with 0.5 mg/l Benzyl Amino Purine (BAP) or 0.2-0.5 mg/l Kinetin. Cultures were incubated in the dark in the first experiment while the second was in 3000 lux at 16/8h light/dark photoperiod. Suspension cultures were established from calli which obtained from the second experiment. Secondary metabolites, which were produced from callus cultures during 3 sub-culture and from suspension cultures during 25 days, were investigated qualitatively and quantitatively.
Suspension cultures were found more productive than callus cultures in terms of secondary metabolite production. Quantity of isovitexin, grown in WPM suspension cultures containing 1 mg/l NAA and 0.5 mg/l BAP in the 20th day, was found ten times more from G. olivieri extract (0.408 mg/g). Callus cells which grown in WPM containing 1 mg/l NAA and 0.5 mg/l Kinetin in the first sub-culture were found to be more succesful for isoorientin production (0.492 mg/g). Substances, which were considered to have iridoidal structure but had no match with gentiopicroside and swertiamarin, were produced.
December 2011, 124 pages
Key Words: Gentiana olivieri , callus culture, cell suspension culture, production of plant secondary metabolites
ii TE EKKÜR
Bu tez, Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü tarafından desteklenen “ Gentiana olivieri Griseb.’de kallus olu umu ve kallusta izoorientin miktarının tayini (2001-K- 120-240)” ile TÜB ĐTAK tarafından desteklenen “Bitkisel Kaynaklı Đlaç Etken Maddelerinin Biyoteknolojik Yöntemlerle Üretilmesi Üzerine Çalı malar (1055343)” adlı projeler kapsamında yürütülmü tür.
Bu çalı mayı yürütmemi sa ğlayan, fikirleriyle beni yönlendiren, ara tırmalarımda ilgi, bilgi ve deste ğini esirgemeyen danı man hocam Sayın Prof. Dr. M. Cihat TOKER ve çalı malarımda her zaman deste ğini gördü ğüm ve Gazi Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Farmakognozi Ana Bilim Dalı’nda bulunan laboratuarında tüm imkanları sunan Sayın Hocam Prof. Dr. Gülnur TOKER’e sonsuz te ekkürlerimi sunarım.
Kantitatif analizleri yürüttü ğüm Hacettepe Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Farmakognozi Ana Bilim Dalı’nda görev yapan Sayın Hocalarım Prof. Dr. Đhsan ÇALI , Prof. Dr. Tayfun ERSÖZ, Doç. Dr. Funda Nuray YALÇIN ba ta olmak üzere tüm personele güleryüzlerinden, verdikleri destek ve yardımlarından dolayı ükranlarımı sunarım.
Hayatım boyunca attı ğım her adımda bana destek olan babam Emin Ali YA ĞCI, annem Ay e YA ĞCI, abim Ayhan YA ĞCI’ya tüm kalbimle te ekkür ederim. Tezimi bitirmemde sonsuz manevi deste ğini gördü ğüm e im Mehmet Murat TÜZÜN’e sonsuz te ekkür ederim.
Canan YA ĞCI TÜZÜN Ankara, Aralık 2011
iii ĐÇĐNDEK ĐLER
ÖZET ...... i ABSTRACT ...... ii TE EKKÜR ...... iii SĐMGELER D ĐZĐNĐ ...... vii EK ĐLLER D ĐZĐNĐ ...... viii ÇĐZELGELER D ĐZĐNĐ ...... x 1. G ĐRĐ ...... 1 2. KAYNAK ÖZETLER Đ ...... 5 2.1 Gentianaceae Familyası ve G. olivieri ile Đlgili Sistematik Bilgiler ...... 5 2.1.1 Gentianaceae familyası ...... 5 2.1.2 Gentiana L. cinsi ...... 5 2.1.3 Türkiye’de yayılı gösteren Gentiana türlerinin te his anahtarı (Davis 1978) ...... 6 2.1.4 Gentiana olivieri Grisebach ...... 7 2.1.4.1 Sistematik bilgileri ...... 7 2.1.4.2 Genel özellikleri ve habitatı ...... 7 2.1.4.3 Türkiye’deki yayılı ı ...... 8 2.1.4.4 Sinonim ve yerel isimleri ...... 9 2.2 Gentiana L.’nin Kullanım Alanları ...... 9 2.2.1 Gentiana olivieri ’nin kullanım alanları ...... 11 2.3 Gentiana L.’de Bulunan Biyoaktif Özellikteki Bile ikler ...... 11 2.3.1 Flavon C-heterozitler (C- Glikozil flavonoitler) ...... 13 2.3.1.1 Flavon C-heterozitlerin genel özellikleri ve biyosentez yolları ...... 13 2.3.1.2 Flavon C-heterozitlerin biyolojik aktivite ve kullanım alanları ...... 15 2.3.2 Đridoit ve sekoiridoit glikozitler ...... 16 2.3.2.1 Đridoit ve sekoiridoit glikozitlerin genel özellikleri ve biyosentez yolları ...... 16 2.3.2.2 Đridoit ve sekoiridoit glikozitlerin biyolojik aktivite ve kullanım alanları ...... 18 2.4 Doku Kültürü ile Đlgili Genel Bilgiler ...... 18 2.4.1 Bitki doku kültürünün uygulama alanları...... 19 2.4.2 Bitki doku kültürü yöntemleri ...... 20 2.4.2.1 Kallus kültürü ...... 20 2.4.2.2 Süspansiyon kültürü ...... 20 2.4.2.3 Organ kültürü ...... 21 2.4.2.4 Somatik embriyogenez ...... 21 2.4.2.5 Mikroço ğaltım ...... 21 2.4.2.6 Transgenik bitki üretimi ...... 22 2.4.3 Bitki doku ve hücre kültürü teknikleri kullanılarak sekonder metabolit üretiminin ticari önemi, avantaj ve dezavantajları ...... 22 2.4.4 Bitki Doku Kültürlerinde Sekonder Metabolit Üretimini Artırmak Đçin Stratejiler ...... 23 2.4.4.1 Üretici gücü yüksek hücre hatlarının taranması ve seçilmesi ...... 23 2.4.4.2 Ortam miktarlarının ve bile enlerinin de ği tirilmesi ...... 24 2.4.4.2.1 eker miktarı ...... 24 2.4.4.2.2 Nitrat miktarı ...... 25 2.4.4.2.3 Fosfat miktarı ...... 25 2.4.4.2.4 Büyüme düzenleyiciler ...... 25 2.4.4.2.5 Öncü molekül beslemesi ...... 26 2.4.4.3 Kültür artlarının optimizasyonu ...... 26 2.4.4.3.1 Sıcaklık ...... 26 2.4.4.3.2 Aydınlatma ...... 26 2.4.4.3.3 Çalkalama ...... 27 2.4.4.4 Uyarma (Elisidasyon) ...... 27 2.4.4.5 Permeabilizasyon ...... 27 2.4.5 Bitki doku kültüründe kullanılan besin ortamları ...... 28 2.5 Gentiana L. Üzerine Yapılan Çalı malar ...... 30 2.5.1 Fitokimyasal çalı malar ...... 30
iv 2.5.1.1 Flavonoitlerle ilgili fitokimyasal çalı malar ...... 30 2.5.1.2 Đridoit ve sekoiridoitlerle ilgili fitokimyasal çalı malar ...... 31 2.5.2 Biyoaktivite çalı maları ...... 32 2.5.2.1 Flavonoitlerle ilgili biyoaktivite çalı maları ...... 32 2.5.2.2 Đridoit ve sekoiridoitlerle ilgili biyoaktivite çalı maları ...... 33 2.5.3 Doku kültürü çalı maları ...... 34 2.5.3.1 Gentiana türleri ile yapılan doku kültürü çalı maları ...... 34 2.5.3.2 Gentiana türlerinde ve Gentianaceae familyasına dahil bitkilerde yapılan sekonder metabolit üretimi çalı maları ...... 38 2.6 Gentiana olivieri Griseb. üzerine yapılan çalı malar ...... 41 2.6.1 Fitokimyasal çalı malar ...... 41 2.6.2 Biyoaktivite çalı maları ...... 42 2.6.3 Doku kültürü çalı maları ...... 43 3. MATERYAL ve YÖNTEM ...... 45 3.1 Materyal ...... 45 3.2 Yöntem ...... 45 3.2.1 Besin ortamının hazırlanması ...... 46 3.2.1.1 Stok çözeltiler ...... 46 3.2.1.1.1 Major tuz stok çözeltilerinin hazırlanması ...... 46 3.2.1.1.2. Minor tuz stok çözeltilerinin hazırlanması ...... 47 3.2.1.1.3 MS ortamı için demir stok çözeltisinin hazırlanması ...... 48 3.2.1.1.4 Vitamin stok çözeltisinin hazırlanması ...... 48 3.2.1.2 Bitki büyüme düzenleyicileri ...... 49 3.2.1.2.1 Naftalen Asetik Asit (NAA) stok çözeltisi (1 mg/ ml) ...... 49 3.2.1.2.2 Benzil Amino Purin (BAP) stok çözeltisi (1 mg/ ml) ...... 49 3.2.1.2.3 Kinetin stok çözeltisi (1 mg/ ml) ...... 50 3.2.1.3 Besin ortamlarının hazırlanması ...... 50 3.2.1.4 pH ayarı...... 51 3.2.1.5 Sterilizasyon ...... 51 3.2.1.5.1 Besin ortamının sterilizasyonu ...... 51 3.2.1.5.2 Di ğer malzemelerin sterilizasyonu ...... 52 3.2.1.5.3 Ekim odasının sterilizasyonu ...... 52 3.2.1.5.4 Tohum için yüzey sterilizasyonunun basamakları ...... 53 3.2.1.5.5 Eksplantların yüzey sterilizasyonu ...... 53 3.2.1.6 Ortamların petrilere dökülmesi ...... 53 3.2.1.7 Ortamlara yapılan ekimler ...... 54 3.2.1.7.1 Tohum çimlendirilmesi ...... 54 3.2.1.7.2. Kallus kültürü ...... 55 3.2.1.7.3 Süspansiyon kültürü ...... 57 3.2.2 G. olivieri , kallus ve süspansiyon ekstrelerinin hazırlanması ...... 58 3.2.3 Standart maddelerin hazırlanması ...... 59 3.2.4 Kallus ve süspansiyon kültürlerinde sekonder metabolit analizi ...... 59 3.2.4.1 Đnce tabaka kromatografisi ( ĐTK) ...... 59 3.2.4.2 Yüksek basınçlı sıvı kromatografisi (HPLC) ...... 60 3.2.5 HPLC sonuçlarının de ğerlendirilmesi ...... 61 3.2.5.1 Piklerin do ğrulu ğunun belirlenmesi ...... 61 3.2.5.2 Kalibrasyon e ğrisinin çizilmesi ...... 62 4. ARA TIRMA BULGULARI ...... 63 4.1 In vitro Çimlendirme ...... 63 4.2 Kallus Üretimi ...... 63 4.2.1 Kallusların karanlıkta inkübasyonu ...... 63 4.2.2 Kallusların aydınlıkta inkübasyonu ...... 64 4.2.3 Kütle büyüme indeksleri (KB Đ) ...... 64 4.2.3.1 Karanlık inkübasyon için KB Đ bulguları ...... 64 4.2.3.2 Aydınlık inkübasyon için KB Đ bulguları ...... 68 4.3 Süspansiyon kültürü ...... 71 4.3.1 Kütle büyüme indeksi (KB Đ), ortam ve pH miktarındaki de ği imler ...... 71 4.4 Kallus ve süspansiyon kültürlerinde sekonder metabolitlerin ara tırılması ...... 74
v 4.4.1 Kalitatif analiz ( ĐTK) ...... 74 4.4.1.1 Karanlık inkübasyonda geli en kallus kültürlerinin ĐTK’sı ...... 74 4.4.1.2. Aydınlık inkübasyonda geli en kallus kültürlerinin ĐTK’sı ...... 74 4.4.1.3 Süspansiyon kültürlerinin ĐTK’sı ...... 79 4.4.2 Kantitatif analiz (HPLC) ...... 79 4.4.2.1 Kalibrasyon e ğrisinin çizilmesi ...... 85 4.4.2.2 Kallus ekstreleri için HPLC analizi ...... 86 4.4.2.3 Süspansiyon kültüründen elde edilen hücre ekstreleri için HPLC analizi ...... 87 5. TARTI MA ve SONUÇ ...... 101 KAYNAKLAR ...... 109 ÖZGEÇM Đ ...... 122
vi KISALTMALAR DĐZĐNĐ
AEF Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Herbaryumu ANK Ankara Üniversitesi Fen Fakültesi Herbaryumu B5 Gamborg besin ortamı BAP Benzil Amino Purin CPPU N-(2-kloro-4-piridil)N'-fenil üre Dicamba 3,6-dikloro-o-anisik asit
GA 3 Gibberellik Asit GÜEF Gazi Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Herbaryumu 1H-NMR Proton Nükleer Manyetik Rezonans HPLC Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi HUB Hacettepe Üniversitesi Fen Fakültesi Herbaryumu HÜEF Hacettepe Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Herbaryumu IAA Đndol-3- Asetik Asit ĐTK Đnce Tabaka Kromatografisi Kinetin 6-furfurilamino purin (N 6-furfuriladenin)
LD 50 Letal Doz MS (M) Murashige ve Skoog besin ortamı ½ MS Makro ve mikro tuzları yarı yarıya azaltılmı MS ortamı MS Kütle Spektrometresi MY Murashige ve Skoog ortamında yaprak eksplantından kallus kültürü NAA Naftalen-3 Asetik Asit NaOCl Sodyum hipoklorit (Çama ır suyu) NMR Nükleer Manyetik Rezonans
PCR Polimeraz Zincir Reaksiyonu Ri Agrobacterium rhizogenes bakterisinin kök olu umuna neden olan Ri plazmidi RT-PCR Ters Transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu Agrobacterium rhizogenes bakterinin tümör olu turan Ri plazmidinin bitki T-DNA hücresine aktardı ğı DNA parçası TDZ N-fenil-N'-1,2,3 tiyadiazol-5-il üre UV Ultraviyole WPM (W) Woody Plant Medium besin ortamı Zeatin 6-(4-Hidroksi-3-metilbu-2-enilamino) purin
vii EK ĐLLER D ĐZĐNĐ