Филогенетический Анализ Видов Саранчовых Семейств Acrididae И Pamphagidae На Основе Митохондриальных И Ядерных Маркеров
Total Page：16
File Type：pdf, Size：1020Kb
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ НАУЧНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ «ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР ИНСТИТУТ ЦИТОЛОГИИ И ГЕНЕТИКИ СИБИРСКОГО ОТДЕЛЕНИЯ РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК» СУХИХ ИГОРЬ СЕРГЕЕВИЧ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ВИДОВ САРАНЧОВЫХ СЕМЕЙСТВ ACRIDIDAE И PAMPHAGIDAE НА ОСНОВЕ МИТОХОНДРИАЛЬНЫХ И ЯДЕРНЫХ МАРКЕРОВ 03.02.07 – Генетика Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук Научный руководитель: кандидат биологических наук, Блинов Александр Геннадьевич Новосибирск 2020 2 ОГЛАВЛЕНИЕ ОГЛАВЛЕНИЕ .................................................................................................................. 2 СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ В РАБОТЕ СОКРАЩЕНИЙ ........................................ 4 ВВЕДЕНИЕ ........................................................................................................................ 6 Актуальность исследования ......................................................................................... 6 Научная новизна работы ............................................................................................... 7 Теоретическая и практическая значимость работы ................................................... 8 Положения, выносимые на защиту .............................................................................. 8 Вклад автора ................................................................................................................... 8 Апробация работы ......................................................................................................... 9 Публикации по теме диссертации ................................................................................ 9 Структура и объем работы .......................................................................................... 10 ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ ................................................................................. 11 Изучение филогенетических взаимоотношений ...................................................... 11 Выбор филогенетического маркера ....................................................................... 13 Построение выравнивания ...................................................................................... 18 Выбор эволюционной модели................................................................................. 18 Филогенетический анализ ....................................................................................... 20 Оценка достоверности ............................................................................................. 23 Семейство Acrididae .................................................................................................... 24 Экология семейства Acrididae ................................................................................. 24 История изучения семейства Acrididae .................................................................. 27 Семейство Pamphagidae ............................................................................................... 34 Экология семейства Pamphagidae ........................................................................... 35 История изучения семейства Pamphagidae ............................................................ 36 ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ......................................................................... 39 Сбор природного материала ....................................................................................... 39 Выделение геномной ДНК .......................................................................................... 39 Полимеразная цепная реакция (ПЦР) ........................................................................ 39 Разделение фрагментов ДНК в агарозном геле ........................................................ 40 Определение нуклеотидных последовательностей .................................................. 40 3 Поиск последовательностей в генетических базах данных .................................... 41 Построение выравниваний нуклеотидных последовательностей .......................... 41 Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей ............................ 42 ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ .............................................................. 44 Поиск последовательностей в нуклеотидных базах данных и установление последовательностей экспериментальным путем .................................................... 44 Филогенетический анализ видов семейства Acrididae ............................................. 45 Полные митохондриальные последовательности ................................................. 45 ITS2 последовательности ........................................................................................ 47 Конкатенированные COI, COII и Cytb последовательности ............................... 49 Конкатенированные COI и COII последовательности ......................................... 52 Молекулярная филогения семейства Acrididae ........................................................ 54 Филогенетическая группа I ..................................................................................... 56 Филогенетическая группа II .................................................................................... 57 Филогенетическая группа III .................................................................................. 57 Филогенетический анализ видов семейства Pamphagidae ....................................... 61 Конкатенированные COI и COII последовательности ......................................... 61 ITS2 последовательности ........................................................................................ 63 Молекулярная филогения семейства Pamphagidae .................................................. 65 ЗАКЛЮЧЕНИЕ................................................................................................................ 67 ВЫВОДЫ ......................................................................................................................... 71 СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ ............................................................................................... 72 ПРИЛОЖЕНИЯ ............................................................................................................... 85 Приложение 1 ............................................................................................................... 85 Приложение 2 ............................................................................................................... 94 Приложение 3 ............................................................................................................... 97 Приложение 4 ............................................................................................................... 98 Приложение 5 ............................................................................................................... 99 Приложение 6 ............................................................................................................. 100 4 СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ В РАБОТЕ СОКРАЩЕНИЙ ДНК – дезоксирибонуклеиновая кислота мтДНК – митохондриальная ДНК ПЦР – полимеразная цепная реакция ТАЕ - Трис-ацетатный-ЭДТА буфер сек. – секунда РНК – рибонуклеиновая кислота рРНК – рибосомальная РНК ПБКП – полные белок-кодирующие митохондриальные последовательности AICc – corrected Akaike information criterion (Корректированный информационный критерий Акаике) aLRT – Approximate likelihood ratio test (Тест приблизительного отношения правдоподобия) Cytb – цитохром B COI (coxI) – ген первой субъединицы митохондриальной цитохром оксидазы COII (coxII) – ген второй субъединицы митохондриальной цитохром оксидазы dNTP – дезоксинуклеотид трифосфаты GTR – General time reversible HKY – Hasegawa-Kishino-Yano model (модель Хасэгава-Кишино-Яно) ITS2 – Internal Transcribed Spacer 2 (внутренний транскрибируемый спейсер 2) NADH – Никотинамидадениндинуклеотид в востановленной форме aLRT – Approximate Likelihood Ratio Test (приближенный тест отношения правдоподобия) 5 LRT – Likelihood-Ratio Test (тест отношения правдоподобия) NCBI – National Center for Biotechnology Information (Национальный центр биотехнологической информации) NJ – Neighbor-joining (Метод объединения ближайших соседей) ML – Maximum Likelihood (Метод максимального правдоподобия) MP – Maximum Parsimony (Метод максимальной экономии) OSF – Orthoptera Species File (Список видов прямокрылых) TN – Tamura-Nei (Тамура-Ней) UfBoot – Ultrafast bootstrap (cверхбыстрый бутсреп) UPGMA – Unweighted Pair Group Method using arithmetic Averages (Метод невзвешенного попарного среднего) 6 ВВЕДЕНИЕ Актуальность исследования Семейство Acrididae или Настоящие саранчовые является крупнейшим семейством отряда Orthoptera (Прямокрылые). Систематика, реконструкция филогенетических отношений и представления об эволюции настоящих саранчовых долгое время складывались преимущественно на основе сравнительного анализа ключевых морфологических структур рецентных и ископаемых видов. В результате были разработаны многие эволюционно- филогенетические модели развития этих насекомых на уровне таксонов высокого ранга. Однако на уровне семейств, подсемейств или триб у данных насекомых появляются проблемы, связанные с явлениями конвергенции и параллелизма. Acrididae включает в себя по 26 подсемейств (Cigliano et al., 2019), а также несколько родов, которые не были отнесены ни к одному из подсемейств, и филогенетические взаимоотношения между этими таксонами до сих пор вызывают споры. Несмотря на наличие общепризнанной классификации (Cigliano et al., 2019),