Output Results of CLIME (Clustering by Inferred Models of Evolution)

Output results of CLIME (CLustering by Inferred Models of Evolution)

Dataset: Num of genes in input gene set: 97 Total number of genes: 20834 Prediction LLR threshold: 0

The CLIME PDF output two sections: 1) Overview of Evolutionarily Conserved Modules (ECMs)

Top panel shows the predefined species tree.

Bottom panel shows the partition of input genes into Evolutionary Conserved Modules (ECMs), ordered by ECM strength (shown at right), and separated by horizontal lines.

Each row show one gene, where the phylogenetic profile indicates presence (blue) or absence (gray) of homologs in each species (column).

Gene symbols are shown at left. Gray color indicates that the gene is a paralog to a higher scoring gene within the same ECM (based on BLASTP E < 1e-3).

2) Details of each ECM and its expansion ECM+

Top panel shows the inferred evolutionary history on the predefined species tree. Branch color shows the gain event (blue) and loss events (red color, with brighter color indicating higher confidence in loss). Branches before the gain or after a loss are shown in gray.

Bottom panel shows the input genes that are within the ECM (blue/white rows) as well as all genes in the expanded ECM+ (green/gray rows). The ECM+ includes genes likely to have arisen under the inferred model of evolution relative to a background model, and scored using a log likelihood ratio (LLR).

PG indicates "paralog group" and are labeled alphabetically (i.e., A, B). The first gene within each paralog group is shown in black color. All other genes sharing sequence similarity (BLAST E < 1e-3) are assigned to the same PG label and displayed in gray. ECM 6 6 genes ECM 5 ECM 4 ECM 3 21 genes ECM 2 ECM 1 Protein KRTAP13-1 KRTAP15-1 KRTAP13-2 KRTAP23-1 KRTAP22-2 KRTAP22-1 KRTAP21-3 KRTAP21-2 KRTAP21-1 KRTAP20-3 KRTAP20-2 KRTAP20-1 KRTAP19-8 KRTAP19-7 KRTAP19-6 KRTAP19-5 KRTAP19-4 KRTAP19-3 KRTAP19-2 KRTAP19-1 KRTAP17-1 KRTAP25-1 KRTAP13-3 ADORA2A KRTAP6-3 KRTAP6-2 KRTAP6-1 NCKIPSD KRT33B KRT33A SLC1A4 KRT222 MICAL1 MYO5A LMNB2 IFLTD1 KRT6A KRT6C BFSP1 BFSP2 KRT16 KRT15 KRT14 KRT23 KRT19 KRT27 KRT18 KRT37 KRT17 KRT38 KRT24 KRT10 KRT40 KRT34 KRT76 KRT36 KRT86 KRT32 KRT31 KRT35 KRT12 KRT28 KRT26 KRT25 KRT20 KRT39 SYNM LMNA IFFO1 CLIP1 SYNC PRPH GFAP MNS1 NME2 PKP2 PKP1 KRT3 KRT8 KRT1 KRT5 KRT4 KRT2 KRT7 TLK2 PNN DSP DES NES FLG DST VIM Overview ofEvolutionarilyConservedModules(ECMs)

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis K.lactis K.lactis A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii L.thermotolerans L.thermotolerans Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta S.mansoni S.mansoni B.malayi B.malayi C.briggsae C.briggsae C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens T.adhaerens S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis D.rerio D.rerio O.latipes O.latipes F.rubripes F.rubripes T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo O.anatinus O.anatinus M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens Strength 4.2 3.0 3.7 3.9 0.0 4.3 Protein KRTAP27-1 KRTAP26-1 KRTAP13-4 KRTAP7-1 KRTAP8-1 Overview ofEvolutionarilyConservedModules(ECMs)

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens T.adhaerens S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis D.rerio D.rerio O.latipes O.latipes F.rubripes F.rubripes T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo O.anatinus O.anatinus M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens Strength PG A A B B A SPATA31D4 SPATA31D3 Protein LOC646508 KRTAP15-1 KRTAP13-2 KRTAP10-9 KRTAP24-1 KRTAP25-1 KRTAP13-3 TMEM191C TNFRSF17 C1orf141 C6orf201 C16orf92 SPESP1 C2orf16 C1orf64 APOBR WFDC6 SPEM1 COX14 DEFA5 PATE1 LYNX1 CD160 LY6K 10: very-low-densitylipoproteinparticle || 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:2.Predicted24.Strength:4.3 ECM 1,Geneset"intermediatefilament",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis 2: keratinfilament|| C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum 11: dendrite|| P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila 3: Golgilumen|| P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae 12: acrosomalvesicle|| N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens 4: secretorygranule|| S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus 13: endomembranesystem|| M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens 5: transportvesicle|| D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe 14: anchoredtoplasmamembrane B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum

6: anchoredtomembrane|| S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii 7: mitochondrialmembrane|| P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN

8: chylomicron|| Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta 9: low-densitylipoproteinparticle ||

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 0.0 1.3 1.3 1.3 1.3 1.4 1.4 1.4 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 3.9 11.6 11.6 13.1 13.1 13.1 13.1 13.1 13.1 Notes 14 13 12 6 /11 1 1 8 /910 2 7 6 3 /45 2 1 1 PG Protein KRTAP23-1 KRTAP22-2 KRTAP22-1 KRTAP21-3 KRTAP21-2 KRTAP21-1 KRTAP20-3 KRTAP20-2 KRTAP20-1 KRTAP19-8 KRTAP19-7 KRTAP19-6 KRTAP19-5 KRTAP19-4 KRTAP19-3 KRTAP19-2 KRTAP19-1 KRTAP17-1 KRTAP6-3 KRTAP6-2 KRTAP6-1 1: intermediatefilament Num ofECMGenes:21.Predicted0.Strength:0.0 ECM 2,Geneset"intermediatefilament",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 PG A A A A Protein KRTAP25-1 KRTAP24-1 KRTAP13-3 KRTAP13-1 KRTAP15-1 KRTAP13-2 TMEM191C KRTAP8-1 TMEM253 C6orf201 C16orf92 C1orf64 WFDC6 TMCO2 SPRR4 CDH26 DEFA5 LYNX1 SMIM3 KPRP CYS1 LY6K 11: cellcortex 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:3.Predicted19.Strength:3.9 ECM 3,Geneset"intermediatefilament",Page1

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor 4: ciliumaxoneme|| Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum 5: ciliummembrane|| A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum 6: microtubulebasalbody|| M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum

7: keratinfilament|| T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE

8: Golgilumen|| A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica 9: secretorygranule|| C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori 10: transportvesicle|| T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.0 1.2 1.2 1.2 1.2 1.2 2.9 2.9 4.5 4.5 4.5 4.5 4.5 4.5 4.5 4.5 8.6 8.6 10.2 Notes 11 8 /910 2 1 7 1 4 /56 1 2 /3 1 1 1 PG B B B B B B B B B B B B B A B B A A B B B B B B B B B B B A A A CHRFAM7A Protein CHRNA10 GABRG3 GABRG2 GABRG1 GABRA6 GABRA5 GABRA4 GABRR3 GABRR1 CHRNA6 CHRNB2 CHRNB4 CHRNB3 CHRNB1 CHRNA7 CHRNA5 CHRNA4 CHRNA3 CHRNA2 CHRNA1 GABRQ CHRNG GABRP GABRE TMCC2 HTR3A KRT85 KRT78 KRT20 KRT39 GLRB FCN1 KRT2 KRT7 9: external side ofplasma membrane || 1: intermediate filament || Num ofECMGenes:3.Predicted38.Strength:3.7 ECM 4,Geneset"intermediatefilament",Page1

10: synapse || P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila 3: intermediate filamentcytoskeleton || P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum 11: collagen || C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor

12: chloride channel complex || Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera 4: postsynaptic membrane || P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans

13: neuronal cell body membrane || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum 5: acetylcholine-gated channel complex || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans

14: presynaptic membrane || U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii

6: neuromuscular junction || M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE 15: receptor complex || A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae

7: dendrite || S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis

16: synaptic cleft || S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans 8: postsynaptic density || D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum 17: dendrite membrane D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 5.3 7.0 11.6 11.6 11.6 11.6 11.6 11.6 11.6 11.6 11.6 11.6 11.6 Notes 4 /5 4 4 /12 4 /12 4 /12 4 /12 4 /12 4 /12 4 /1217 4 /12 4 /12 4 /71213141516 4 /12 2 4 /59 4 /5 11 2 1 4 /5 4 /5 4 /510 4 /5 4 /57 4 /579 4 /578 4 /5 4 4 /56 4 1 /23 1 1 /2 PG C C B B B Protein GABRA3 GABRA2 GABRA1 HS6ST2 CADM1 NTM 9: dendrite|| 1: chloridechannelcomplex|| Num ofECMGenes:3.Predicted38.Strength:3.7 ECM 4,Geneset"intermediatefilament",Page2

3: axon|| O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays 4: integraltosynapticvesiclemembrane|| O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana 5: anchoredtomembrane|| S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis

6: excitatorysynapse|| C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE 7: basolateralplasmamembrane|| A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans

8: cell-celljunction|| D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.7 1.7 1.7 2.4 2.4 2.4 Notes 3 /78910 3 /56 1 /2 1 /234 1 /2 PG D D D D D D D D D D D C C B B B B B A A A A A A LOC100128542 CHRFAM7A Protein CHRNA10 ANGPTL1 ANGPTL2 COL18A1 CHRNA7 CHRNA5 CHRNA4 CHRNA3 CHRNA2 CHRNA1 CHRNB3 CHRNB1 ANGPT4 ANGPT1 RASSF9 KRT222 ABI3BP CHRNG LIMS3L TMCC2 CFHR3 EFNA4 KRT12 KRT28 KRT26 KRT25 KRT20 LIMS3 VWC2 FCN2 PID1 11: postsynaptic membrane || 1: intermediatefilament || Num ofECMGenes:6.Predicted27.Strength:3.0 ECM 5,Geneset"intermediatefilament",Page1

12: synapse || B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi

3: membraneraft || P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia 13: neuromuscular junction || T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 4: microvillus || V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon 14: dendrite || A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus 5: basementmembrane || M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum

15: postsynaptic density || A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea

6: interstitialmatrix || L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa

16: external sideofplasma membrane|| P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus

7: extracellularmatrix || A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis 8: anchoredtomembrane || L.elongisporus L.elongisporus

17: endosome C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus

9: endoplasmicreticulum lumen|| S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

10: acetylcholine-gated channelcomplex|| A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 0.2 1.1 2.7 2.7 2.7 2.7 2.7 2.7 2.7 2.7 2.7 2.7 2.7 3.5 3.5 3.5 3.5 4.2 4.5 8.5 8.7 8.7 8.7 8.7 11.9 15.9 Notes 17 10 /11 10 /1114 10 /111416 10 /111415 10 /11 11 10 /1113 11 10 /11 10 /11 10 /1112 2 /579 8 6 /7 5 /6 3 /4 2 1 1 1 1 1 1 PG A B B A A A A A LOC100509396 Protein TNFAIP2 SPRED1 KRT33B ATP5J2 CFHR3 KRT6C TTYH2 TEKT2 KRT31 KRT35 KRT4 INA 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:5.Predicted8.Strength:4.2 ECM 6,Geneset"intermediatefilament",Page1

4: ciliumaxoneme|| V.carteri V.carteri P.patens P.patens

5: flagellaraxoneme|| P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor

6: neurofilament|| S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri

7: chloridechannelcomplex|| A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis 8: mitochondrialproton-transportingATPsynthasecomplex|| C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.1 1.0 1.2 1.2 2.0 5.6 6.4 8.4 Notes 8 /9 7 6 4 /5 3 1 /2 1 1 /2 1 1 PG Protein TLK2 1: intermediatefilament Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 7,Geneset"intermediatefilament",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 /23 PG I A A A H H H C E E G D A A A A A A A F E E E A D B C B A A Protein HMGB1P40 HMGB1P40 HMGB3P27 100508832 100508670 CHRAC1 MYO15A MYO18B MYO18A UBQLN3 RFPL4B MYO1G TRIML1 HMGB2 MYO5B MYO1D MYO1H MYO1C MYO1A MYO5C MYO5A SMYD3 SMYD2 MYO19 TMED2 TMED9 TMED4 GLRX5 PDCL3 ZC3H4 MYO6 PIGG PIGO PIGA SET 47: rufflemembrane || 40: clathrin-coated endocytic vesicle|| 32: trans-Golgi network transport vesicle || 24: filamentous actin || 16: epsilon DNA polymerase complex || 10: ruffle || 1: actomyosin || Num ofECMGenes:1.Predicted238 ECM 9,Geneset"intermediatefilament",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis 11: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment || T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi

2: growth cone|| L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis 48: axolemma ||

25: lateral plasma membrane || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi

41: clathrin-coated vesicle membrane|| P.vivax P.vivax 17: sarcomere || 3: insulin-responsive compartment || P.falciparum P.falciparum

33: COPI-coated vesicle || P.chabaudi P.chabaudi

49: smoothendoplasmic reticulum|| P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum

26: microvillus || C.merolae C.merolae

18: unconventional myosin complex || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens 34: COPI-coated vesicle membrane ||

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii

12: chromosome || S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa 4: intermediate filament || O.sativa 27: nuclear pore || 42: coated pit|| B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata 50: cytoplasmicvesicle membrane|| A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens 13: condensed chromosome || D.discoideum D.discoideum 43: cytoplasmic membrane-bounded vesicle || 19: mitochondrial outer membrane || A.macrogynus A.macrogynus 28: stereocilium membrane || S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis 5: melanosome || C.neoformans C.neoformans

35: Golgi cisterna membrane || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana 51: dendriticspine S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa 6: microtubule plusend || P.anserina P.anserina 14: glycosylphosphatidylinositol-N-acetylglucosaminyltransferase (GPI-GnT) complex || P.chrysogenum P.chrysogenum 29: stress fiber || A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri 20: basal plasma membrane || N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae

36: zymogen granule membrane || A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans 44: DNA-directed RNApolymerase II,holoenzyme || U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum 30: stereocilium || T.melanosporum T.melanosporum

7: myosin complex|| Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus 21: basolateral plasma membrane || C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 31: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ||

K.lactis K.lactis PRESENCE

37: apical part ofcell || A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 8: neuron projection||

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus 45: endocytic vesicle|| S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta 38: axon ||

S.mansoni S.mansoni ABSENCE 9: photoreceptor outersegment || 22: brush border || B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans 15: chromatin accessibility complex || D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera 39: cell cortex || A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis 46: nuclear membrane|| B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster

23: cortical actin cytoskeleton || D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 8.9 9.0 9.2 9.3 9.5 9.7 9.7 9.7 9.8 10.0 10.4 10.4 10.4 10.4 11.1 11.2 11.2 11.2 11.2 11.2 11.2 11.2 11.2 11.3 11.6 11.6 11.6 12.8 13.4 13.6 13.8 14.1 16.4 19.0 Notes 7 /5051 7 /4849 10 /1824263738394041424344 45 /4647 11 /3133343536 11 /3132 7 /30 7 7 18 /2022242526272829 7 /20212223242526 7 /19 17 /18 15 /16 14 13 12 1 /711 7 1 /2345678910 PG J J J F J A P P P P J O O M M N A D A E A C C M L C J K J Protein LOC441722 SLC38A10 ABHD17B KIAA0020 DNAJC28 SLC38A2 SLC38A4 SLC38A1 SLC38A5 SLC38A7 SLC38A3 U2AF1L4 TRIM43B STAMBP IGF2BP2 UNC45B HMGB1 MYO1B MYO7B TRIM43 TRIM21 CNNM1 CNNM4 CNNM3 CNNM2 MYO10 MYH14 ZRSR2 CTPS2 CTPS1 DDX23 JADE1 U2AF1 NFYC RCL1 28: CCAAT-binding factor complex || 18: lamellipodium || 9: nuclear speck || 1: histone acetyltransferase complex|| Num ofECMGenes:1.Predicted238 ECM 9,Geneset"intermediatefilament",Page2

10: spliceosomal complex || L.major L.major 19: ruffle || L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi

29: cleavage furrow || P.knowlesi 20: growth cone ||

2: axon || P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila 11: myosin complex || P.infestans P.infestans 3: cytoplasmic mRNAprocessing body|| T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae

21: stress fiber || N.gruberi N.gruberi

30: early endosome O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays 12: condensed chromosome || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon 22: cytoskeletal part || A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis

4: ribonucleoprotein complex || T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis 23: U12-type spliceosomal complex || C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium 13: neuron projection || S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa

5: SCFubiquitin ligasecomplex || P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus

14: transcriptional repressor complex || N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger Fungi

24: basolateral plasma membrane || A.nidulans A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii

6: catalytic step2spliceosome || M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE 15: cell cortex || A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 25: brush border || L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus 16: filopodium membrane || S.arctica S.arctica 7: U5snRNP || C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta 26: cell periphery || S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus 8: Cajalbody || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum

17: filopodium tip|| D.melanogaster D.melanogaster 27: filopodium || D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 5.0 5.1 5.1 5.1 5.1 5.2 5.4 5.5 5.9 6.1 6.2 6.2 6.2 6.2 6.2 6.4 6.6 6.6 6.7 6.7 6.7 6.8 6.8 7.1 7.1 7.1 7.1 7.1 7.6 7.6 7.7 8.0 8.2 8.4 8.9 Notes 29 /30 2 28 11 /252627 24 23 9 /10 22 2 /112021 11 /131516171819 12 /1314 11 6 /8910 6 /7 3 /45 2 1 PG X X X X K N C W V C U T S S G C I I R K Q RSL24D1P11 Protein SLC25A25 ATP6V1H IGF2BP3 RAD23A ZFAND4 YEATS4 TBC1D9 WRNIP1 LRRC59 VPS33B SLC9A3 SLC9A1 SLC9A9 SLC9A8 NAP1L4 NAP1L2 RNF135 TRIM25 ASCC3 UBL4B UHRF2 CDKL2 PDCL2 JADE2 PRPF8 PTPN9 JADE3 TAF1L ISG15 TYMS NFYB CHD1 XRN1 DR1 25: membrane raft || 17: cytoplasmic part || 8: NuA4 histone acetyltransferase complex || 1: transcription factorTFIID complex|| Num ofECMGenes:1.Predicted238 ECM 9,Geneset"intermediatefilament",Page3

26: brush border || L.braziliensis L.braziliensis

18: catalytic step 2 spliceosome || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi

2: histone acetyltransferase complex|| P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi

9: nuclear matrix || P.berghei P.berghei 27: brush border membrane P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae

19: nuclear speck || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 10: nuclear heterochromatin || V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa 3: mitochondrial nucleoid || B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata

20: U5 snRNP || A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum

11: HOPS complex || A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus

21: intermediate filament cytoskeleton || M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans

4: chromatin assemblycomplex || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum 12: late endosome || F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger Fungi 22: vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain || 5: proteasome complex || A.nidulans A.nidulans U.reesii U.reesii 13: late endosome membrane || C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans 6: Ada2/Gcn5/Ada3 transcription activatorcomplex || C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 14: lysosomal membrane ||

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS 15: lysosome || C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori

7: CCAAT-binding factorcomplex || T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura 16: platelet alpha granule || A.gambiae A.gambiae

24: basolateral plasma membrane || A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 3.2 3.2 3.2 3.2 3.2 3.2 3.4 3.5 3.5 3.6 3.6 3.6 3.7 3.7 3.7 3.7 3.7 3.7 3.7 3.8 3.8 3.8 3.9 3.9 4.0 4.0 4.1 4.1 4.2 4.4 4.5 4.5 4.6 4.9 4.9 Notes 26 /27 24 /25 13 /23 22 2 21 18 /1920 17 11 /1213141516 10 8 /9 7 6 5 4 4 3 2 1 PG J V d c c Q b b a Z Z Z C J F T J C F T Y Y A X Protein TMEM30A TRMT61A SLC38A6 SLC36A1 SLC38A8 MAP3K5 ATAD2B KDELR3 KDELR1 LONRF2 PNPLA6 VPS13D SLC9A7 IQSEC3 INPP5K INPP5E MYO7A CNOT8 CNOT7 DRAP1 652215 LRRC6 POLE4 CDK13 PUS7L UTP18 ZFP36 TRIM6 HINT1 TRIT1 DHX8 PUS7 STX2 PIGK UBD 32: inhibitory synapse || 24: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment || 17: nuclear speck || 10: stereocilium || 1: recycling endosomemembrane || Num ofECMGenes:1.Predicted238 ECM 9,Geneset"intermediatefilament",Page4

11: synapse || L.major L.major 18: Ada2/Gcn5/Ada3 transcription activator complex || L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists 33: postsynaptic membrane || C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva

2: trans-Golgi network || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax

12: cytoplasmic stress granule || P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum

34: aggresome || C.merolae

25: neuron projection || C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus

3: cellcortex || O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii

13: catalytic step 2spliceosome || S.bicolor S.bicolor

19: epsilon DNA polymerase complex || Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa 35: basolateral plasma membrane || B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata 4: lysosomal membrane || A.thaliana A.thaliana

26: ruffle || L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus 27: ruffle membrane || S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans

14: spliceosomal complex || P.chrysosporium P.chrysosporium

5: melanosome || S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor 20: cilium || 36: cell-cell junction || S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 28: cilium axoneme || N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum 21: GPI-anchor transamidase complex || 6: myosin complex|| A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus 15: tRNA (m1A) methyltransferase complex || A.oryzae A.oryzae 37: membrane raft || A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii 29: Golgi cisterna membrane || P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica 7: photoreceptor connecting cilium|| P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii 38: midbody || S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans 22: integral to endoplasmic reticulum membrane || C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN 30: CCR4-NOT complex || 39: transport vesicle Z.rouxii Z.rouxii

16: nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex || V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae

8: photoreceptor innersegment || S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans 31: cytoplasmic mRNA processing body || D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori 23: cis-Golgi network || T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura

9: photoreceptor outersegment || A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 2.3 2.4 2.4 2.4 2.4 2.5 2.5 2.5 2.5 2.5 2.5 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.7 2.7 2.7 2.7 2.7 2.8 2.8 2.9 2.9 3.0 3.0 3.1 3.1 3.1 3.2 3.2 3.2 Notes 35 /36373839 34 2 /3233 30 /31 28 /29 2 /252627 23 /24 21 /22 20 4 18 /19 16 /17 15 13 /14 12 3 /4567891011 1 /2 PG C C C C E D E h g g f f e e d D I I H W a Protein LOC81691 RNF113A SLC2A12 HMG20A H2BFWT ISG20L2 TMED10 VPS13C NAP1L1 TSPYL4 HMGB3 TRIM62 WDR45 WDR34 MTPAP SMYD1 SMYD4 H2BFM SPAG6 PCGF1 SENP3 NAA50 ELAC1 ASF1A ASF1B TRIM4 TRIM5 MCM6 HCN2 EML4 XRN2 LSM2 RPS5 PSD3 ATR 34: cytosolic small ribosomal subunit || 25: MCM complex || 15: postsynaptic membrane || 8: melanosome || 1: catalytic step2spliceosome || Num ofECMGenes:1.Predicted238 ECM 9,Geneset"intermediatefilament",Page5

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum 9: secretory granule membrane || L.major L.major 26: endomembrane system || L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum

16: trans-Golgi network || B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata 2: aggresome || T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax 35: ribonucleoprotein complex || P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans 3: cis-Golgi network|| 27: chromosome || T.pseudonana T.pseudonana 10: trans-Golgi network transport vesicle || P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae 17: chromatin || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii

36: PcG protein complex || S.bicolor S.bicolor

28: cytoplasmic mRNA processing body || Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa 4: COPI-coated vesicle || 18: chromatin remodeling complex || B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum 11: transport vesicle membrane || A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus

37: PML body || M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis 5: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment || C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor

19: nucleosome || S.pombe S.pombe

29: MLL1 complex || B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum

38: XY body F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus 12: zymogen granule membrane || A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus 20: nuclear membrane || A.flavus A.oryzae A.oryzae

30: axon || A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica

31: dendritic shaft || P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii 6: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartmentmembrane ||

21: axoneme || S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus

13: chromatin assembly complex || C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 32: synapse ||

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii

22: cilium || V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki 33: voltage-gated potassium channel complex ||

23: flagellum || M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE 14: postsynaptic density || B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera

24: microtubule cytoskeleton || N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti 7: gamma-secretase complex ||

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.7 1.7 1.7 1.7 1.7 1.7 1.8 1.8 1.8 1.8 1.8 1.9 1.9 2.0 2.0 2.0 2.0 2.1 2.1 2.1 2.1 2.1 2.1 2.2 2.2 2.2 2.2 2.2 2.2 2.3 2.3 2.3 2.3 2.3 2.3 Notes 27 /3738 36 34 /35 30 /313233 29 28 27 26 25 21 /222324 19 /20 19 18 17 14 /1516 8 /13 3 /456789101112 2 1 PG k L K C C i j j i X a R h d d Protein ATP6V1C1 PRPSAP1 ARFGEF2 ARFGEF1 SLC2A13 PIK3C2B RABEPK MRE11A POLR3F LRRC30 VPS13B SLC9A2 TRIM35 TRIM11 PSMD4 KMT2A DDX3Y TOP3A RABL6 UBTD2 UBTD1 UCKL1 GSPT2 DUS3L NOL10 KLHL9 SF3A2 SF3A3 AKTIP HIPK2 COPA NACA PCNA KRR1 RPS9 40: histone methyltransferase complex|| 32: condensed nuclear chromosome || 24: catalytic step 2spliceosome || 17: proton-transporting two-sector ATPase complex || 9: microtubule organizing center || 1: nuclear matrix|| Num ofECMGenes:1.Predicted238 ECM 9,Geneset"intermediatefilament",Page6

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major 2: smallnuclear ribonucleoprotein complex || L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata

25: nuclear speck || T.parva T.parva 10: recycling endosome || P.knowlesi P.knowlesi

33: Mre11 complex || P.vivax P.vivax

41: MLL1 complex|| P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila

18: proton-transporting V-type ATPase, V1 domain || P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum

26: spliceosomal complex || C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus 34: nuclear chromatin || 11: symmetric synapse ||

42: chromosome || O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 3: trans-Golgi network || V.carteri V.carteri P.patens P.patens

35: DNA replication factor Ccomplex || V.vinifera V.vinifera

12: endocytic vesicle || P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis 4: asymmetric synapse || T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa 19: FHF complex || U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe 13: proteasome accessory complex || B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum 5: axonemal microtubule || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 20: HOPS complex || N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina 36: microtubule cytoskeleton || 28: midbody || P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis 29: cytosolic small ribosomal subunit ||

21: endosome || C.posadasii C.posadasii 6: cytoplasmic membrane-bounded vesicle || P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica 14: proteasome complex || P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii 37: nuclear replication fork || M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis 22: endosome membrane || C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora

15: ribonucleoprotein complex || V.polyspora C.glabrata C.glabrata

30: ribosome || S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae 38: PCNA-p21 complex || S.paradoxus S.paradoxus

7: cytoplasmic vesicle || S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki 23: DNA-directed RNA polymerase III complex || M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi 31: chromosome, telomeric region || C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera

16: apical part ofcell || N.vitripennis N.vitripennis 39: COPI vesicle coat || B.mori B.mori 8: dendritic spine|| T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 0.5 0.6 0.6 0.6 0.6 0.7 0.7 0.7 0.7 0.8 0.8 0.8 0.8 1.0 1.1 1.1 1.1 1.2 1.2 1.2 1.2 1.2 1.3 1.4 1.4 1.4 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.6 1.6 1.6 Notes 2 /2426 42 /43 40 /41 39 35 /363738 31 /323334 15 /2930 27 /28 24 /2526 23 21 /22 19 /20 7 /161718 15 13 /14 12 3 /4567891011 1 /23 PG n n n n D R U i T m m m l l k Protein 100510744 PRPSAP2 MAP3K12 GTF2H2D GTF2H2C SUPT16H PAPOLG PAPOLA PAPOLB GAPVD1 MRPS12 DNAH12 LRRC58 GTF2H2 ZBTB17 RPTOR SMYD5 DNAH1 CAPN3 HSDL1 MLLT1 SEPT9 RPL15 AIMP1 NOS3 LSM3 PES1 ESF1 GPI 20: transportvesicle || 12: catalyticstep 2 spliceosome|| 1: axonemaldyneincomplex|| Num ofECMGenes:1.Predicted238 ECM 9,Geneset"intermediatefilament",Page7

21: condensedchromosome || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis 2: ciliumaxoneme|| T.annulata T.annulata

13: cytosoliclarge ribosomalsubunit|| T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana 3: dyneincomplex|| P.tricornutum P.tricornutum 22: PeBoWcomplex || C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor 14: ribosome|| Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa 4: myofibril|| B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata 23: preribosome, large subunitprecursor|| A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis 15: actincytoskeleton || T.trahens T.trahens

5: T-tubule|| D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea 6: Zdisc|| L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana

16: stressfiber || S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 24: holoTFIIHcomplex || N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina 7: endosome|| P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae 17: mitochondrial ribosome|| A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii

8: chromosome|| C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum

25: dendrite|| T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus

9: apicalpartofcell|| C.tropicalis C.tropicalis C.albicans

26: lysosome|| C.albicans

18: smallribosomal subunit|| C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus

27: TORC1complex S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae

10: caveola|| S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE 19: aminoacyl-tRNA synthetasemultienzymecomplex || B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans

11: endocyticvesiclemembrane || D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 0.0 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.5 0.5 0.5 Notes 25 /2627 24 21 /2223 19 /20 17 /18 15 /16 13 /14 12 9 /1011 8 7 4 /56 2 /3 1 /23 PG C C C C B C C B A B B B A A A A Protein HSD11B2 SLC22A2 AGPAT6 LRRC40 CEP350 CYB5B CYB5A LRCH3 LRRC4 DCTN1 EPHX4 FADS1 FADS3 FADS2 NAA50 C9orf3 SUOX CLIP2 CLIP1 TBCB PGLS OMG FLII 11: cellleadingedge|| 1: cytoplasmicmicrotubule|| Num ofECMGenes:1.Predicted22 ECM 10,Geneset"intermediatefilament",Page1

12: cytoplasmicdyneincomplex || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum

2: cytoplasmicvesiclemembrane || B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi

13: spindlepole|| N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 3: endosome|| V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata 14: postsynapticmembrane|| A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus 4: intermediatefilament|| M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea 15: mitochondrialoutermembrane ||

5: kinetochore|| L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus 6: microtubulecytoskeleton|| N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii

16: anchoredtomembrane|| P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis 7: microtubuleplusend|| L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN

17: mitochondrialintermembranespace Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus 8: ruffle|| S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS 9: spindle|| C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum

10: microtubuleassociatedcomplex || D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.1 0.7 0.9 1.0 1.0 1.0 1.6 1.8 1.8 3.1 3.5 4.4 5.9 6.0 6.8 8.6 8.9 9.2 13.8 21.3 24.1 24.8 Notes 17 16 15 15 6 14 5 /111213 1 /10 9 1 /2345678 PG A A Protein SCAMP1 652798 PKP1 1: desmosome|| Num ofECMGenes:1.Predicted2 ECM 11,Geneset"intermediatefilament",Page1

3: recyclingendosomemembrane|| P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana

4: trans-Golginetwork L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 4.4 37.9 Notes 3 /4 1 /2 PG D D D C C A B B B A A A A A A A A A A A Protein SPECC1L EHBP1L1 SLC35A1 MICALL1 MICALL2 AGPAT3 ASRGL1 TOPBP1 SPECC1 SMTNL2 SMTNL1 MICAL3 MICAL2 MICAL1 DIXDC1 LMX1A LMX1B RASA2 EHBP1 PREX1 TASP1 KLHL7 EIF3D SMTN RAG1 NAV2 NAV3 LHX4 21: microtubulecytoskeleton || 12: cellcortex|| 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted27 ECM 12,Geneset"intermediatefilament",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi

13: focaladhesion|| L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis 2: actinfilamentbundle|| C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis 22: Cul3-RINGubiquitin ligasecomplex|| T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum

14: interstitialmatrix|| P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana 3: tightjunction|| P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri 15: chromosome|| P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii

23: intrinsictointernal sideofplasmamembrane || S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays 4: contractilefiber|| O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera

16: condensednuclearchromosome || P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus

5: Iband|| S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor 6: Mband|| S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum

24: eukaryotictranslation initiationfactor3complex M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina

17: malegermcellnucleus|| P.chrysogenum P.chrysogenum

7: gapjunction|| A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum 8: spindle|| T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae

18: microtubuleorganizingcenter || D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus

9: actincytoskeleton|| C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus

10: nuclearoutermembrane|| S.paradoxus S.arctica S.arctica

19: PMLbody|| C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus

20: spindlepole|| A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster 11: axonterminus|| D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 0.7 0.7 0.7 0.9 2.5 3.1 3.5 4.0 4.4 5.0 5.1 5.6 6.3 13.1 13.5 14.2 16.1 16.1 17.0 17.0 20.1 21.9 26.2 28.1 32.8 35.6 Notes 24 23 22 21 15 /1617181920 14 11 /1213 10 9 7 /8 4 /56 2 /3 1 PG Protein SH3GLB1 NCKIPSD BCAR3 FRMD5 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted3 ECM 13,Geneset"intermediatefilament",Page1

3: extrinsictomembrane|| P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays

4: mitochondrialoutermembrane O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.0 3.8 4.3 Notes 4 3 1 /2 PG Protein B3GNT8 XYLT1 PNN 1: catalyticstep2spliceosome|| Num ofECMGenes:1.Predicted2 ECM 14,Geneset"intermediatefilament",Page1

3: desmosome|| C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa 4: intermediatefilament|| B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis

5: nuclearspeck C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.5 1.6 Notes 1 /2345 PG A A Protein MRPS23 MRPL14 PKP2 HBD HBB 10: ribosome 1: adherensjunction|| Num ofECMGenes:1.Predicted4 ECM 15,Geneset"intermediatefilament",Page1

2: cell-celljunction|| T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia 3: desmosome|| T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri

4: intercalateddisc|| P.patens P.patens

6: haptoglobin-hemoglobincomplex|| F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae

7: hemoglobincomplex|| D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus 8: intermediatefilamentcytoskeleton|| S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

9: nuclearmembrane|| A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 8.2 12.5 15.5 18.4 Notes 10 8 /910 7 6 /7 1 /2345 PG I D F F G G J J J I C I I I I I B H G G F E D D C B A A A A A A A Protein SLC6A19 SLC34A2 SLC34A1 SLC34A3 SLC6A12 SLC6A17 SLC6A15 SLC6A13 SLC5A11 GATSL1 GATSL2 PRSS38 PRSS36 SLC6A3 SLC6A6 KCNJ14 SLC5A4 SLC1A7 SLC1A6 SLC1A5 SLC1A1 SLC1A2 SLC1A3 SLC1A4 IGSF22 DDAH2 CNTN1 KCNJ3 KCNJ9 GRIK3 CDON GRM8 HPN FTL CFI 29: T-tubule 19: cytoplasmic vesicle || 11: intracellular ferritin complex || 1: intermediate filament || Num ofECMGenes:1.Predicted149 ECM 16,Geneset"intermediatefilament",Page1

20: cell-cell junction || C.hominis C.hominis 2: melanosome || C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata

12: anchored tomembrane || T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii

3: basolateral plasmamembrane || P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila

21: nuclear membrane || P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri

13: proteinaceous extracellular matrix || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa

22: extracellular matrix || B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana 4: dendritic spine|| L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis 14: neuron projection ||

23: dendrite || C.neoformans C.neoformans 5: fibril || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum 6: synapse || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 24: dendrite cytoplasm || N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus

15: synaptic vesicle || A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus

7: axolemma || A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum 25: perikaryon || T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica 8: dendritic shaft|| 16: synaptic vesicle membrane || P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans

26: postsynaptic membrane || C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 9: presynaptic membrane ||

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae

17: axon || S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE 27: terminal button || B.malayi B.malayi 18: brush border membrane ||

C.briggsae C.briggsae LOSS 10: voltage-gated potassium channelcomplex || C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura

28: external side of plasma membrane || A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 7.1 7.1 7.7 7.9 7.9 7.9 8.2 8.2 8.2 8.2 8.2 9.3 9.3 9.3 9.4 9.4 9.4 9.4 9.8 10.1 10.4 10.4 11.6 12.2 12.9 12.9 14.6 17.1 51.7 53.3 53.3 53.3 53.3 54.4 Notes 10 /2829 17 /2324252627 22 20 /21 18 3 /18 18 /19 17 15 /16 9 /14 13 12 11 10 2 4 /789 3 /456 1 /2 PG M E E G G G F F I F G G G L C D K K B D F B G B LOC100509620 Protein CACNA2D2 100510503 MRPS18A SLC13A2 SLC6A16 SLC18B1 EGFLAM FRMPD2 B3GNT7 GATSL3 PRSS53 GPR158 PRSS21 PRSS50 PRSS37 KCNJ10 SLC5A2 SLC5A9 SLC5A5 FTHL17 MYOM1 MYOM2 MYOM3 ENDOU DNMT1 KCNJ5 IFIT1B GNMT FTMT YBX2 C1RL HPR IDS HP 16: myosin filament || 9: basolateral plasmamembrane || 1: centromeric heterochromatin || Num ofECMGenes:1.Predicted149 ECM 16,Geneset"intermediatefilament",Page2

2: replication fork|| T.parva T.parva 10: tight junction || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum 3: voltage-gated calciumchannel complex || 11: dystrophin-associated glycoprotein complex || C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii

18: basement membrane || V.carteri V.carteri P.patens P.patens

5: external sideofplasma membrane || B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum

20: synapse || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa

13: lysosomal lumen || P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae 21: mitochondrial small ribosomal subunit || A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum

14: haptoglobin-hemoglobin complex || T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica

6: T-tubule || P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 7: voltage-gated potassium channelcomplex ||

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii

22: anchored to membrane || V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae 15: spherical high-density lipoprotein particle || S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum

23: polysome P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis

8: brush border membrane || B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.1 1.3 1.3 1.6 1.7 1.7 2.1 2.3 2.4 2.4 2.4 2.8 3.3 3.4 3.5 3.6 4.0 4.0 4.0 4.1 4.3 4.6 4.6 5.0 5.0 5.4 5.5 5.6 5.6 6.2 6.2 6.3 6.6 6.9 6.9 Notes 23 22 21 18 /1920 4 /17 16 15 14 13 9 /1112 9 /10 8 5 /67 4 3 1 /2 PG G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G I F F F B L G H M LOC100505597 TMPRSS11A Protein TMPRSS3 CELA3B CELA3A PRSS45 PRSS57 PRSS56 SLC6A2 SLC5A3 APMAP L1CAM CTRB2 CTRB1 TPSG1 KLK12 KLK10 TTC29 GZMB GZMA GRM4 SGSH CMA1 CTSG CTRC NEO1 SDK2 YBX1 KLK7 KLK8 KLK6 KLK4 ACR DCC CFD 17: acrosomal matrix || 8: external side ofplasma membrane || 1: CRD-mediated mRNAstability complex || Num ofECMGenes:1.Predicted149 ECM 16,Geneset"intermediatefilament",Page3

18: Golgi-associated vesicle || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi

9: presynaptic membrane || P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi

2: cytoplasmic stressgranule || P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum 19: platelet alpha granule lumen || C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri 10: terminal button || P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays 3: histone pre-mRNA3'end processingcomplex || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa 20: immunological synapse 11: axon || R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans 12: growth cone membrane || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 4: ribonucleoprotein complex || N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus

13: membrane raft || A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris 5: U12-type spliceosomalcomplex || C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii

14: extracellular matrix || M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus

15: secretory granule || S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus

6: cytoplasmic vesicle || S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus 16: epidermal lamellar body || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori

7: lysosomal lumen|| T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.7 0.8 0.9 0.9 1.1 1.1 Notes 20 20 19 17 /18 16 14 14 /15 11 /1213 8 /910 7 6 1 /2345 PG G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G TMPRSS11D TMPRSS11B TMPRSS11E TMPRSS11F Protein TMPRSS13 TMPRSS12 TMPRSS9 TMPRSS7 TMPRSS5 TPSAB1 PRSS56 PRSS48 PRSS44 PRSS43 PRSS42 PRSS41 PRSS27 PRSS22 OVCH2 PRSS8 PRSS3 PRSS2 CELA1 TPSD1 TPSB2 TPSB2 KLK15 KLK14 KLK13 KLK11 GZMM GZMK GZMH KLK5 KLK1 1: extracellular matrix|| Num ofECMGenes:1.Predicted149 ECM 16,Geneset"intermediatefilament",Page4

3: intracellular organelle || P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana 4: secretory granule|| L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium 5: epidermal lamellarbody S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

13: synapticvesicle P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri 4: externalsideofplasmamembrane|| P.patens P.patens

5: vesicle|| P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum

6: Weibel-Paladebody|| M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii

7: cytoplasmicvesiclemembrane|| P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata

8: axon|| S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis

9: brushborder|| S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori

10: dendrite|| T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.1 Notes 8 /910111213 7 2 /3456 1 PG C C C C B B B B B B B B B B B A A CHRFAM7A Protein TMEM39B TMEM39A CHRNA10 CHRNA1 CHRNB3 CHRNB1 CHRNA7 CHRNA5 CHRNA4 CHRNA3 CHRNA2 COL1A1 CHRNG KRT32 DOK2 DOK1 FRS3 FRS2 10: synapse|| 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted18 ECM 17,Geneset"intermediatefilament",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

11: neuromuscularjunction|| T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis 2: collagentypeI|| C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia 12: endomembranesystem||

3: endoplasmicreticulumlumen|| T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon 13: endosome A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana

4: extracellularmatrix|| L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune

5: acetylcholine-gatedchannelcomplex|| C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum 6: postsynapticmembrane|| Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora

7: dendrite|| V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis

8: postsynapticdensity|| S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.7 1.7 1.7 1.7 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 3.5 3.5 3.7 Notes 12 /13 6 5 /611 6 5 /6 5 /6 5 /610 5 /6 5 /67 5 /679 5 /678 5 /6 2 /34 1 PG B B B B B B B B B B B B B B B B A A Protein SHROOM3 GABRG3 GABRG2 GABRG1 GABRA2 GABRA1 GABRR3 GABRR1 GABRA6 GABRA5 GABRA4 GABRA3 CHRNA6 GABRQ GABRP GABRE SOCS5 SOCS4 HTR3A KRT86 GLRB 10: receptorcomplex|| 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted20 ECM 18,Geneset"intermediatefilament",Page1

11: synapticcleft|| T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis 2: keratinfilament|| C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii

12: dendritemembrane|| P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila 3: adherensjunction|| P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor

13: acetylcholine-gatedchannelcomplex || Z.mays Z.mays 4: apicaljunctioncomplex|| O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis

5: chloridechannelcomplex|| C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana 14: axon|| B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus

15: integraltosynapticvesiclemembrane A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus 6: postsynapticmembrane|| A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis 7: dendrite|| C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata

8: neuronalcellbodymembrane || C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori 9: presynapticmembrane|| T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 5.4 5.4 5.4 Notes 5 /61415 5 /6 6 /13 6 5 /6 5 /6 5 /6 5 /6 5 /6 5 /6 5 /612 5 /6 5 /6 5 /67891011 5 /6 5 /6 3 /4 1 /2 PG A A Protein MYCBPAP ADPRHL2 KIAA1199 CCDC81 ARL2BP CCDC77 SPAG17 CEP290 PKHD1 NUDT1 C2CD3 CEP19 MNS1 POC5 IFT43 STIL 9: spindle|| 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted15 ECM 19,Geneset"intermediatefilament",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis

10: centriole|| T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis 2: nuclearenvelope|| C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata 11: cilium|| T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia

12: flagellaraxoneme|| T.thermophila T.thermophila

3: anchoredtoexternalsideofplasmamembrane|| P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays 13: gamma-tubulincomplex|| O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus

4: microtubulebasalbody|| M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans

14: photoreceptorconnectingcilium|| P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus 5: mitoticspindle|| A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii

15: TCTN-B9Dcomplex|| C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica

6: primarycilium|| Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE 16: spindlepole A.gossypii A.gossypii 7: midbody|| K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus 8: mitochondrialintermembranespace|| S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.2 0.3 0.9 2.7 4.1 4.2 4.6 5.9 6.3 6.6 7.3 11.0 12.2 12.4 21.0 Notes 10 /16 4 /131415 11 /12 10 4 7 /89 3 /456 1 /2 PG A A Protein SHROOM3 SOCS5 SOCS4 KRT5 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted3 ECM 20,Geneset"intermediatefilament",Page1

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays 4: apicaljunctioncomplex O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.5 1.5 1.5 Notes 3 /4 1 /2 PG Protein DST 11: intermediatefilament|| 1: actincytoskeleton|| Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 21,Geneset"intermediatefilament",Page1

2: axon|| T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis

12: intermediatefilamentcytoskeleton|| C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax 3: axonpart|| P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum 4: basalplasmamembrane|| C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri 13: microtubulecytoskeleton|| P.patens P.patens

6: cellcortex|| S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum 15: nuclearenvelope|| A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus 7: cellleadingedge|| N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica

16: Zdisc P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae 8: cytoplasmicmembrane-boundedvesicle|| D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE 9: Hzone|| B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis 10: hemidesmosome|| B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 /2345678910111213141516 PG C C C C B B B B B B B B B B B A A CHRFAM7A Protein TMEM39B TMEM39A CHRNA10 CHRNA1 CHRNB3 CHRNB1 CHRNA7 CHRNA5 CHRNA4 CHRNA3 CHRNA2 COL1A1 CHRNG KRT36 DOK2 DOK1 FRS3 FRS2 10: synapse|| 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted18 ECM 22,Geneset"intermediatefilament",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon 13: endosome A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora

8: postsynapticdensity|| S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.7 1.7 1.7 1.7 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 3.5 3.5 3.7 Notes 12 /13 6 5 /611 6 5 /6 5 /6 5 /610 5 /6 5 /67 5 /679 5 /678 5 /6 2 /34 1 PG B B B B B B B B B B B B B B B B A A Protein SHROOM3 GABRG3 GABRG2 GABRG1 GABRA2 GABRA1 GABRR3 GABRR1 GABRA6 GABRA5 GABRA4 GABRA3 CHRNA6 GABRQ GABRP GABRE SOCS5 SOCS4 HTR3A GLRB KRT1 10: receptorcomplex|| 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted20 ECM 23,Geneset"intermediatefilament",Page1

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 5.4 5.4 5.4 Notes 5 /61415 5 /6 6 /13 6 5 /6 5 /6 5 /6 5 /6 5 /6 5 /6 5 /612 5 /6 5 /6 5 /67891011 5 /6 5 /6 3 /4 1 /2 PG A H G G F F F E E B D D A A A B B C C B A Protein 100509729 100510667 100510141 100509754 EIF4ENIF1 TMEM55B TMEM55A SPARCL1 MAB21L2 MAB21L1 TPD52L3 TPD52L1 GABRA5 TMEM9B PDGFRL UBAP2L BTN1A1 GPR142 CMTM4 OTOP2 UBAP2 NRXN3 HSPB6 HSPB3 HTR3D HTR3B EFNB1 STAU2 KRT25 KRT16 KRT15 KRT13 KRT76 TPD52 AMH 10: late endosome membrane || 1: intermediate filament || Num ofECMGenes:1.Predicted45 ECM 24,Geneset"intermediatefilament",Page1

11: lysosomal membrane || T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi

12: Ada2/Gcn5/Ada3 transcription activator complex || O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 3: keratin filament|| V.carteri V.carteri P.patens P.patens

14: PML body || A.flavus A.flavus

6: neuronal cellbodymembrane || A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica

15: membrane raft || P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE 7: postsynaptic membrane || A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN 16: synapse Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi 8: axon || B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis 9: proteinaceous extracellular matrix|| B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 0.5 0.5 1.1 1.2 1.2 1.4 1.8 1.8 2.0 2.1 2.8 2.8 2.8 3.2 3.2 4.6 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 Notes 1 15 /16 13 /14 12 10 /11 10 /11 9 1 1 3 7 /8 4 /567 1 /23 PG J J I I H H Protein 100510408 SIGLEC15 LDLRAD2 DCST2 SATB2 SATB1 EFNB3 EFNB2 TNNT2 TNNI2 TNNI3 1: nuclearheterochromatin|| Num ofECMGenes:1.Predicted45 ECM 24,Geneset"intermediatefilament",Page2

2: nuclearmatrix|| B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans 3: PMLbody|| T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens 4: histonedeacetylasecomplex|| S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis

5: sarcomere|| C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 6: troponincomplex|| N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii 7: striatedmusclethinfilament P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.3 0.3 0.3 0.3 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 Notes 6 5 /67 5 /6 2 /4 1 /23 PG C C C C B B B B B B B B B B B A A CHRFAM7A Protein TMEM39B TMEM39A CHRNA10 CHRNA1 CHRNB3 CHRNB1 CHRNA7 CHRNA5 CHRNA4 CHRNA3 CHRNA2 COL1A1 KRT33A CHRNG DOK2 DOK1 FRS3 FRS2 10: synapse|| 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted18 ECM 25,Geneset"intermediatefilament",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon 13: endosome A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora

8: postsynapticdensity|| S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.7 1.7 1.7 1.7 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 3.5 3.5 3.7 Notes 12 /13 6 5 /611 6 5 /6 5 /6 5 /610 5 /6 5 /67 5 /679 5 /678 5 /6 2 /34 1 PG C C C C B B B B B B B B B B B A A CHRFAM7A Protein TMEM39B TMEM39A CHRNA10 CHRNA1 CHRNB3 CHRNB1 CHRNA7 CHRNA5 CHRNA4 CHRNA3 CHRNA2 COL1A1 CHRNG KRT34 DOK2 DOK1 FRS3 FRS2 10: synapse|| 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted18 ECM 26,Geneset"intermediatefilament",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon 13: endosome A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora

8: postsynapticdensity|| S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.7 1.7 1.7 1.7 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 3.5 3.5 3.7 Notes 12 /13 6 5 /611 6 5 /6 5 /6 5 /610 5 /6 5 /67 5 /679 5 /678 5 /6 2 /34 1 PG C C C C B B B B B B B B B B B A A CHRFAM7A Protein TMEM39B TMEM39A CHRNA10 CHRNA1 CHRNB3 CHRNB1 CHRNA7 CHRNA5 CHRNA4 CHRNA3 CHRNA2 COL1A1 CHRNG KRT40 DOK2 DOK1 FRS3 FRS2 10: synapse|| 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted18 ECM 27,Geneset"intermediatefilament",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon 13: endosome A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora

8: postsynapticdensity|| S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.7 1.7 1.7 1.7 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 3.5 3.5 3.7 Notes 12 /13 6 5 /611 6 5 /6 5 /6 5 /610 5 /6 5 /67 5 /679 5 /678 5 /6 2 /34 1 PG C C C C B B B B B B B B B B B A A CHRFAM7A Protein TMEM39B TMEM39A CHRNA10 CHRNA1 CHRNB3 CHRNB1 CHRNA7 CHRNA5 CHRNA4 CHRNA3 CHRNA2 COL1A1 CHRNG KRT6A DOK2 DOK1 FRS3 FRS2 10: externalsideofplasmamembrane|| 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted18 ECM 28,Geneset"intermediatefilament",Page1

12: neuromuscularjunction|| C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii

4: endoplasmicreticulumlumen|| S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera 13: endomembranesystem|| P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans

5: extracellularmatrix|| P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum 14: endosome F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus

6: acetylcholine-gatedchannelcomplex|| N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii 7: postsynapticmembrane|| K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae LOSS

8: dendrite|| C.briggsae C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum

9: postsynapticdensity|| D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.7 1.7 1.7 1.7 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 3.5 3.5 3.7 Notes 13 /14 7 6 /712 7 6 /7 6 /7 6 /711 6 /7 6 /78 6 /7810 6 /789 6 /7 3 /45 1 /2 PG A H G G F F F E E B D D A A A B B C C B A Protein 100509729 100510667 100510141 100509754 EIF4ENIF1 TMEM55B TMEM55A SPARCL1 MAB21L2 MAB21L1 TPD52L3 TPD52L1 GABRA5 TMEM9B PDGFRL UBAP2L BTN1A1 GPR142 CMTM4 OTOP2 UBAP2 NRXN3 HSPB6 HSPB3 HTR3D HTR3B EFNB1 STAU2 KRT25 KRT16 KRT15 KRT13 KRT10 TPD52 AMH 10: lysosomal membrane || 1: intermediate filament || Num ofECMGenes:1.Predicted45 ECM 29,Geneset"intermediatefilament",Page1

11: Ada2/Gcn5/Ada3 transcription activator complex || C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila 3: chloride channelcomplex || P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon

12: nuclear speck || A.lyrata A.lyrata

4: dendrite || A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus 5: neuronal cellbodymembrane || S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa

13: PML body || U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum

14: membrane raft || M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus

6: postsynaptic membrane || N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii

15: synapse C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis 7: axon || L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 8: proteinaceous extracellular matrix||

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis 9: lateendosome membrane || B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 0.5 0.5 1.1 1.2 1.2 1.4 1.8 1.8 2.0 2.0 2.8 2.8 2.8 3.2 3.2 4.6 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 Notes 1 14 /15 12 /13 11 9 /10 9 /10 8 1 1 2 6 /7 3 /456 1 /2 PG J J I I H H Protein 100510408 SIGLEC15 LDLRAD2 DCST2 SATB2 SATB1 EFNB3 EFNB2 TNNT2 TNNI2 TNNI3 1: nuclearheterochromatin|| Num ofECMGenes:1.Predicted45 ECM 29,Geneset"intermediatefilament",Page2

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.3 0.3 0.3 0.3 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 Notes 6 5 /67 5 /6 2 /4 1 /23 PG A A A A A A A A Protein NEUROG2 NEUROG1 NEUROD1 NEUROD2 EXOC3L2 FERD3L HAND2 SOCS3 PTF1A KRT8 LYL1 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted10 ECM 30,Geneset"intermediatefilament",Page1

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii 4: perikaryon|| S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa 5: nuclearchromatin R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.6 2.0 2.2 2.2 2.2 2.2 9.8 9.8 9.8 9.8 Notes 5 4 1 /23 PG Protein LMNB2 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 31,Geneset"intermediatefilament",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia

2: cellleadingedge|| T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi 3: intermediatefilament|| P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri

4: intermediatefilamentcytoskeleton|| C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 /2345 PG C E C D C C B A B A A A A Protein TMEM200A TMEM150C SLC7A6OS CD200R1L MRGPRX3 C17orf104 FAM117B FAM193A ARL14EP GAREML NDUFA1 OR52D1 TDRD12 OR10T2 CT45A5 CT45A1 CT45A6 CT45A4 CT45A3 CT45A2 GORAB GAREM LILRA3 EBAG9 AKAP6 LAMP3 LEMD1 FBXO5 CD79A BCL9L OR1J2 OR5I1 BAK1 TCN2 NES 17: pore complex || 9: sarcoplasmic reticulum || 1: intermediate filament || Num ofECMGenes:1.Predicted81 ECM 33,Geneset"intermediatefilament",Page1

19: mitochondrial respiratory chain complex I T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi 11: external side ofplasma membrane || O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 3: spindle || V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata

4: nuclear envelope|| A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus 12: membrane raft || M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans

5: alveolar lamellarbodymembrane || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 13: multivesicular body || N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii 6: lysosomal membrane || C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum

14: focal adhesion || T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE 7: calcium channelcomplex ||

15: integral to mitochondrial outer membrane || A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi 8: nuclear outermembrane ||

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori

16: mitochondrial outer membrane || T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 6.4 6.4 6.7 7.1 7.6 7.6 7.8 7.9 8.3 8.5 8.5 8.5 8.7 8.7 8.8 8.9 9.1 9.4 9.6 9.8 9.8 9.9 10.6 10.6 13.5 14.4 14.7 15.3 19.2 19.2 19.2 19.2 19.2 21.6 Notes 18 /19 15 /1617 14 10 /111213 4 /789 5 /6 4 3 1 /2 PG H C C G C C D F F E Protein PDCD1LG2 PPP1R15A APCDD1L FAM195B FAM193B LEPREL4 SHARPIN MANBAL C16orf45 ARGLU1 OR5AS1 OR5AP2 HSF2BP OR4C46 BTN2A2 OR11L1 TICAM2 GLCCI1 CHTOP VEGFA GKAP1 DAND5 CRTAP HDAC9 MLLT4 TJAP1 ITFG3 MEA1 FGF8 PLLP DEF8 PKIB RILP MFF INIP 26: platelet alpha granule lumen || 18: phagocytic vesicle membrane || 10: endoplasmic reticulum lumen || 1: endosome membrane || Num ofECMGenes:1.Predicted81 ECM 33,Geneset"intermediatefilament",Page2

27: secretory granule || T.parva T.parva 11: proteinaceous extracellular matrix || 19: apical part of cell || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila

3: postsynaptic density || P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi 28: SOSS complex

20: cell-cell adherens junction || O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays 12: condensed nuclear chromosome || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon 4: endomembrane system || A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens

21: cell-cell junction || T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium

5: compact myelin|| S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor 13: synaptonemal complex || S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana

22: integral to mitochondrial membrane || S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus

6: membrane raft|| A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii 14: late endosome || C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica 7: tightjunction || P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii 23: mitochondrial outer membrane || M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis 15: late endosome membrane || C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii 8: histone deacetylasecomplex || K.waltii K.waltii

24: peroxisome || M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta 16: lysosomal membrane || S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex 9: histone methyltransferase complex|| A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis

25: basement membrane || B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti Metazoa 17: lysosome || C.quinquefasciatus C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.5 1.6 1.6 1.6 1.7 2.1 2.2 2.3 2.4 2.4 2.4 2.5 2.5 2.5 2.8 2.9 3.0 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.2 3.4 3.8 4.0 4.2 4.4 4.6 5.0 5.5 5.6 5.7 6.0 6.2 Notes 28 11 /252627 22 /2324 19 /2021 14 /15161718 12 /13 10 /11 8 /9 7 5 /6 4 2 /3 1 PG G I I C H Protein TOR1AIP2 GADD45A GADD45B TMEM203 TMEM130 NOS1AP OR5D18 ZNF843 CNPY1 EPPK1 FGF18 FIGF 1: plateletalphagranulelumen|| Num ofECMGenes:1.Predicted81 ECM 33,Geneset"intermediatefilament",Page3

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 0.1 0.3 0.4 0.5 0.6 0.6 0.7 0.8 0.8 0.8 1.0 Notes 2 1 PG Protein GFAP 1: cellbody|| Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 34,Geneset"intermediatefilament",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

2: cellprojection|| T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax 3: intermediatefilament P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 /23 PG A H G G F F F E E B D D A A A B B C C B A Protein 100509729 100510667 100510141 100509754 EIF4ENIF1 TMEM55B TMEM55A SPARCL1 MAB21L2 MAB21L1 TPD52L3 TPD52L1 GABRA5 TMEM9B PDGFRL UBAP2L BTN1A1 GPR142 CMTM4 OTOP2 UBAP2 NRXN3 HSPB6 HSPB3 HTR3D HTR3B EFNB1 STAU2 KRT25 KRT16 KRT15 KRT13 TPD52 AMH DES 18: PML body || 10: postsynaptic membrane || 1: fascia adherens || Num ofECMGenes:1.Predicted45 ECM 35,Geneset"intermediatefilament",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi

19: membrane raft || L.infantum L.infantum L.major L.major

2: intermediate filament || L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum

11: axon || B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum

20: synapse P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei

12: keratin filament || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila 3: neuromuscular junction || P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens 13: proteinaceous extracellular matrix ||

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon

4: sarcolemma || A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus 5: typeIII intermediatefilament || M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune

14: late endosome membrane || S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri 6: Zdisc || A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans 15: lysosomal membrane || U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii

7: chloride channelcomplex || P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 16: Ada2/Gcn5/Ada3 transcription activator complex ||

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii 8: dendrite || V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis 9: neuronal cellbodymembrane || S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster 17: nuclear speck || D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 0.5 0.5 1.1 1.2 1.2 1.4 1.8 1.8 2.0 2.0 2.8 2.8 2.8 3.2 3.2 4.6 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 Notes 2 19 /20 17 /18 16 14 /15 14 /15 13 2 2 12 10 /11 7 /8910 1 /23456 PG J J I I H H Protein 100510408 SIGLEC15 LDLRAD2 DCST2 SATB2 SATB1 EFNB3 EFNB2 TNNT2 TNNI2 TNNI3 1: nuclearheterochromatin|| Num ofECMGenes:1.Predicted45 ECM 35,Geneset"intermediatefilament",Page2

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.3 0.3 0.3 0.3 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 Notes 6 5 /67 5 /6 2 /4 1 /23 PG A H G G F F F E E B D D A A A B B C C B A Protein 100509729 100510667 100510141 100509754 EIF4ENIF1 TMEM55B TMEM55A SPARCL1 MAB21L2 MAB21L1 TPD52L3 TPD52L1 GABRA5 TMEM9B PDGFRL UBAP2L BTN1A1 GPR142 CMTM4 OTOP2 UBAP2 NRXN3 HSPB6 HSPB3 HTR3D HTR3B EFNB1 STAU2 KRT25 KRT16 KRT15 KRT13 TPD52 KRT3 AMH 10: lysosomal membrane || 1: intermediate filament || Num ofECMGenes:1.Predicted45 ECM 36,Geneset"intermediatefilament",Page1

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon

12: nuclear speck || A.lyrata A.lyrata

14: membrane raft || M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus

6: postsynaptic membrane || N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 8: proteinaceous extracellular matrix||

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 0.5 0.5 1.1 1.2 1.2 1.4 1.8 1.8 2.0 2.0 2.8 2.8 2.8 3.2 3.2 4.6 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 Notes 1 14 /15 12 /13 11 9 /10 9 /10 8 1 1 2 6 /7 3 /456 1 /2 PG J J I I H H Protein 100510408 SIGLEC15 LDLRAD2 DCST2 SATB2 SATB1 EFNB3 EFNB2 TNNT2 TNNI2 TNNI3 1: nuclearheterochromatin|| Num ofECMGenes:1.Predicted45 ECM 36,Geneset"intermediatefilament",Page2

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.3 0.3 0.3 0.3 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 Notes 6 5 /67 5 /6 2 /4 1 /23 PG A H G G F F F E E B D D A A A B B C C B A Protein 100509729 100510667 100510141 100509754 EIF4ENIF1 TMEM55B TMEM55A SPARCL1 MAB21L2 MAB21L1 TPD52L3 TPD52L1 GABRA5 TMEM9B PDGFRL UBAP2L BTN1A1 GPR142 CMTM4 OTOP2 UBAP2 NRXN3 HSPB6 HSPB3 HTR3D HTR3B EFNB1 STAU2 KRT25 KRT16 KRT15 KRT13 KRT24 TPD52 AMH 10: late endosome membrane || 1: intermediate filament || Num ofECMGenes:1.Predicted45 ECM 37,Geneset"intermediatefilament",Page1

12: Ada2/Gcn5/Ada3 transcription activator complex || O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 3: chloride channelcomplex || V.carteri V.carteri P.patens P.patens

5: neuronal cellbodymembrane || S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri

14: PML body || A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum 6: postsynaptic membrane || T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN 16: synapse Z.rouxii 7: axon || Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica 8: keratin filament|| C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 0.5 0.5 1.1 1.2 1.2 1.4 1.8 1.8 2.0 2.0 2.8 2.8 2.8 3.2 3.2 4.6 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 Notes 1 15 /16 13 /14 12 10 /11 10 /11 9 1 1 8 6 /7 3 /456 1 /2 PG J J I I H H Protein 100510408 SIGLEC15 LDLRAD2 DCST2 SATB2 SATB1 EFNB3 EFNB2 TNNT2 TNNI2 TNNI3 1: nuclearheterochromatin|| Num ofECMGenes:1.Predicted45 ECM 37,Geneset"intermediatefilament",Page2

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.3 0.3 0.3 0.3 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 Notes 6 5 /67 5 /6 2 /4 1 /23 PG A H G G F F F E E B D D A A A B B C C B A Protein 100509729 100510667 100510141 100509754 EIF4ENIF1 TMEM55B TMEM55A SPARCL1 MAB21L2 MAB21L1 TPD52L3 TPD52L1 GABRA5 TMEM9B PDGFRL UBAP2L BTN1A1 GPR142 CMTM4 OTOP2 UBAP2 NRXN3 HSPB6 HSPB3 HTR3D HTR3B EFNB1 STAU2 KRT25 KRT16 KRT15 KRT13 KRT38 TPD52 AMH 10: lysosomal membrane || 1: intermediate filament || Num ofECMGenes:1.Predicted45 ECM 38,Geneset"intermediatefilament",Page1

11: Ada2/Gcn5/Ada3 transcription activator complex || C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae

3: dendrite || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays 4: neuronal cellbodymembrane || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon

12: nuclear speck || A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa

13: PML body || U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune

5: postsynaptic membrane || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum

14: membrane raft || M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger Fungi 6: axon || A.nidulans A.nidulans U.reesii U.reesii

15: synapse C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica

7: keratin filament|| P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 8: proteinaceous extracellular matrix||

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 0.5 0.5 1.1 1.2 1.2 1.4 1.8 1.8 2.0 2.0 2.8 2.8 2.8 3.2 3.2 4.6 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 Notes 1 14 /15 12 /13 11 9 /10 9 /10 8 1 1 7 5 /6 2 /345 1 PG J J I I H H Protein 100510408 SIGLEC15 LDLRAD2 DCST2 SATB2 SATB1 EFNB3 EFNB2 TNNT2 TNNI2 TNNI3 1: nuclearheterochromatin|| Num ofECMGenes:1.Predicted45 ECM 38,Geneset"intermediatefilament",Page2

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.3 0.3 0.3 0.3 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 Notes 6 5 /67 5 /6 2 /4 1 /23 PG Protein LMNA 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 39,Geneset"intermediatefilament",Page1

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor 4: nuclearlamina|| Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens

5: nuclearmatrix D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 /2345 PG C C C C C B B B B B A A Protein ARHGEF40 100510563 MUC5AC SEMA6D SEMA3D SEMA3C SEMA3B SEMA3E MRPS35 ATP1B3 ATP1B2 ATP5J2 MUC5B KLRD1 KRT17 OTOG MUC6 TPM4 PPL 18: proton-transportingATPsynthase complex,couplingfactorF(o) 9: Golgilumen|| 1: cellperiphery|| Num ofECMGenes:1.Predicted18 ECM 40,Geneset"intermediatefilament",Page1

2: intermediatefilament|| L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia 3: caveola|| T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae

11: corticalcytoskeleton|| N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri

4: melanosome|| C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

12: filamentousactin|| V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor 13: musclethinfilamenttropomyosin|| S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus 6: mitochondrialsmallribosomalsubunit|| A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum

14: podosome|| Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 15: stressfiber|| K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN 7: externalsideofplasmamembrane|| Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus

16: desmosome|| S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus

17: mitochondrialproton-transportingATPsynthasecomplex|| A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis

8: fibril|| B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.1 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.9 1.9 2.0 2.0 4.1 Notes 17 /18 16 11 /12131415 10 9 9 8 /9 7 6 3 /45 1 /2 PG Protein ADORA2A 1: asymmetricsynapse|| Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 41,Geneset"intermediatefilament",Page1

2: axolemma|| C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei 3: intermediatefilament|| P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor 4: postsynapticdensity|| S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus 5: postsynapticmembrane|| M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus 6: presynapticactivezone|| A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii

7: presynapticmembrane M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 /234567 PG A H G G F F F E E B D D A A A B B C C B A Protein 100509729 100510667 100510141 100509754 EIF4ENIF1 TMEM55B TMEM55A SPARCL1 MAB21L2 MAB21L1 TPD52L3 TPD52L1 GABRA5 TMEM9B PDGFRL UBAP2L BTN1A1 GPR142 CMTM4 OTOP2 UBAP2 NRXN3 HSPB6 HSPB3 HTR3D HTR3B EFNB1 STAU2 KRT25 KRT16 KRT15 KRT13 KRT37 TPD52 AMH 10: lysosomal membrane || 1: intermediate filament || Num ofECMGenes:1.Predicted45 ECM 42,Geneset"intermediatefilament",Page1

11: Ada2/Gcn5/Ada3 transcription activator complex || C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae

3: dendrite || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays 4: neuronal cellbodymembrane || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon

13: PML body || U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune

5: postsynaptic membrane || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum

15: synapse C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 8: proteinaceous extracellular matrix||

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 0.5 0.5 1.1 1.2 1.2 1.4 1.8 1.8 2.0 2.1 2.8 2.8 2.8 3.2 3.2 4.6 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 Notes 1 14 /15 12 /13 11 9 /10 9 /10 8 1 1 7 5 /6 2 /345 1 PG J J I I H H Protein 100510408 SIGLEC15 LDLRAD2 DCST2 SATB2 SATB1 EFNB3 EFNB2 TNNT2 TNNI2 TNNI3 1: nuclearheterochromatin|| Num ofECMGenes:1.Predicted45 ECM 42,Geneset"intermediatefilament",Page2

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.2 0.2 0.2 0.2 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 Notes 6 5 /67 5 /6 2 /4 1 /23 PG Protein KRT18 1: centriolarsatellite|| Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 43,Geneset"intermediatefilament",Page1

2: intermediatefilament|| T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans 3: keratinfilament|| T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays 4: microtubuleorganizingcenter O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 /234 PG H H G G F F F E E B D D A A A B B C C B A Protein 100509729 100510667 100510141 100509754 EIF4ENIF1 TMEM55B TMEM55A SPARCL1 MAB21L2 MAB21L1 TPD52L3 TPD52L1 GABRA5 TMEM9B PDGFRL UBAP2L BTN1A1 GPR142 CMTM4 OTOP2 UBAP2 NRXN3 HSPB6 HSPB3 HTR3D HTR3B SATB2 SATB1 STAU2 KRT16 KRT15 KRT13 TPD52 PRPH AMH 18: nuclear heterochromatin || 10: axon || 1: C-fiber || Num ofECMGenes:1.Predicted45 ECM 44,Geneset"intermediatefilament",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis 11: keratin filament || 2: intermediate filament || T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis 19: nuclear matrix || T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi

12: proteinaceous extracellular matrix || P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi 3: neurofilament || P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana 20: histone deacetylase complex P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri 4: photoreceptor outersegment membrane || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa

13: late endosome membrane || B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium 5: typeIII intermediatefilament || S.commune S.commune

14: lysosomal membrane || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae

15: Ada2/Gcn5/Ada3 transcription activator complex || A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans 6: chloride channelcomplex || U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE

7: dendrite || A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae

8: neuronal cellbodymembrane || S.paradoxus S.paradoxus 16: nuclear speck || S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera 17: PML body || A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura

9: postsynaptic membrane || A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 0.5 0.5 1.1 1.2 1.2 1.4 1.8 1.8 2.0 2.0 2.8 2.8 2.8 3.2 3.2 4.6 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 Notes 19 /20 17 /1819 16 /17 15 13 /14 13 /14 12 2 2 11 9 /10 6 /789 1 /2345 PG J J A I I I Protein 100510408 SIGLEC15 LDLRAD2 DCST2 EFNB1 EFNB3 EFNB2 TNNT2 KRT25 TNNI2 TNNI3 1: membraneraft|| Num ofECMGenes:1.Predicted45 ECM 44,Geneset"intermediatefilament",Page2

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.2 0.2 0.2 0.2 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 Notes 5 4 /56 4 /5 3 1 /2 PG A H G G F F F E E B D D A A A B B C C B A Protein 100509729 100510667 100510141 100509754 EIF4ENIF1 TMEM55B TMEM55A SPARCL1 MAB21L2 MAB21L1 TPD52L3 TPD52L1 GABRA5 TMEM9B PDGFRL UBAP2L BTN1A1 GPR142 CMTM4 OTOP2 UBAP2 NRXN3 HSPB6 HSPB3 HTR3D HTR3B EFNB1 STAU2 KRT25 KRT16 KRT15 KRT13 KRT27 TPD52 AMH 10: lysosomal membrane || 1: intermediate filament || Num ofECMGenes:1.Predicted45 ECM 45,Geneset"intermediatefilament",Page1

11: Ada2/Gcn5/Ada3 transcription activator complex || C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae

3: dendrite || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays 4: neuronal cellbodymembrane || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon

13: PML body || U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune

5: postsynaptic membrane || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum

15: synapse C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 8: proteinaceous extracellular matrix||

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 0.5 0.6 1.1 1.2 1.2 1.4 1.8 1.8 2.0 2.0 2.8 2.8 2.8 3.2 3.2 4.6 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 Notes 1 14 /15 12 /13 11 9 /10 9 /10 8 1 1 7 5 /6 2 /345 1 PG J J I I H H Protein 100510408 SIGLEC15 LDLRAD2 DCST2 SATB2 SATB1 EFNB3 EFNB2 TNNT2 TNNI2 TNNI3 1: nuclearheterochromatin|| Num ofECMGenes:1.Predicted45 ECM 45,Geneset"intermediatefilament",Page2

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.3 0.3 0.3 0.3 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 Notes 6 5 /67 5 /6 2 /4 1 /23 PG A H G G F F F E E B D D A A A B B C C B A Protein 100509729 100510667 100510141 100509754 EIF4ENIF1 TMEM55B TMEM55A SPARCL1 MAB21L2 MAB21L1 TPD52L3 TPD52L1 GABRA5 TMEM9B PDGFRL UBAP2L BTN1A1 GPR142 CMTM4 OTOP2 UBAP2 NRXN3 HSPB6 HSPB3 HTR3D HTR3B EFNB1 STAU2 KRT25 KRT16 KRT15 KRT13 KRT19 TPD52 AMH 18: PML body || 10: postsynaptic membrane || 1: cellperiphery || Num ofECMGenes:1.Predicted45 ECM 46,Geneset"intermediatefilament",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi

19: membrane raft || L.infantum L.infantum

2: costamere || L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum

11: axon || B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax 3: dystrophin-associated glycoprotein complex || P.falciparum P.falciparum

20: synapse P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei

12: keratin filament || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens 13: proteinaceous extracellular matrix ||

14: late endosome membrane || S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor

5: sarcolemma || S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri 6: Zdisc || A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans 15: lysosomal membrane || U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum 7: chloride channelcomplex || T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 16: Ada2/Gcn5/Ada3 transcription activator complex ||

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii

8: dendrite || V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis

9: neuronal cellbodymembrane || S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster 17: nuclear speck || D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 0.5 0.6 1.1 1.2 1.2 1.4 1.8 1.8 2.0 2.0 2.8 2.8 2.8 3.2 3.2 4.6 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 Notes 4 19 /20 17 /18 16 14 /15 14 /15 13 4 4 12 10 /11 7 /8910 1 /23456 PG J J I I H H Protein 100510408 SIGLEC15 LDLRAD2 DCST2 SATB2 SATB1 EFNB3 EFNB2 TNNT2 TNNI2 TNNI3 1: nuclearheterochromatin|| Num ofECMGenes:1.Predicted45 ECM 46,Geneset"intermediatefilament",Page2

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.3 0.3 0.3 0.3 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 Notes 6 5 /67 5 /6 2 /4 1 /23 PG D D B C C A A A B A A A A LOC100508969 Protein LGALS14 LGALS13 LGALS12 C1orf106 TMEM9B FCGR1A CCDC50 LGALSL LGALS1 GMEB1 GMEB2 MYOD1 VEGFA THAP1 THAP8 TNNT1 KRT23 MAFIP SIRPA MYF6 CLC 10: clathrin-coatedendocyticvesicle membrane|| 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted21 ECM 47,Geneset"intermediatefilament",Page1

11: earlyendosomemembrane || P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans

3: proteinaceousextracellularmatrix || T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata

12: PMLbody A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis 4: myofibril|| R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune

5: nuclearchromatin|| S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri 6: basementmembrane|| A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii

7: plateletalphagranulelumen || S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum 9: troponincomplex|| D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.2 0.2 0.2 0.3 0.7 0.7 0.9 1.0 1.0 1.0 1.4 2.3 2.4 2.6 2.9 3.6 3.6 3.6 6.3 7.8 9.3 Notes 12 10 /11 9 3 /678 4 /5 2 /3 1 PG B D D A A A B B C C B A Protein 100510141 100509754 TMEM55B TMEM55A SPARCL1 GABRA5 BTN1A1 CMTM4 NRXN3 HSPB6 HSPB3 HTR3D HTR3B STAU2 KRT16 KRT15 KRT13 KRT14 AMH 10: lateendosomemembrane|| 1: cellperiphery|| Num ofECMGenes:1.Predicted18 ECM 48,Geneset"intermediatefilament",Page1

2: intermediatefilament|| L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis

11: lysosomalmembrane T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia 3: keratinfilament|| T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii 4: chloridechannelcomplex|| S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa

5: dendrite|| U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum

6: neuronalcellbodymembrane|| F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica

7: postsynapticmembrane|| P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata

8: axon|| S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis

9: proteinaceousextracellularmatrix|| S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.6 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 Notes 10 /11 10 /11 9 2 2 3 7 /8 4 /567 1 /23 PG Protein OR4F15 DSP 1: basolateralplasmamembrane|| Num ofECMGenes:1.Predicted1 ECM 49,Geneset"intermediatefilament",Page1

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon

4: fasciaadherens|| A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis 5: intercalateddisc|| C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina 6: intermediatefilament P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 Notes 1 /23456 PG Protein IFLTD1 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 50,Geneset"intermediatefilament",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 /2 PG A H G G F F F E E B D D A A B B C C B A Protein 100509729 100510667 100510141 100509754 EIF4ENIF1 TMEM55B TMEM55A SPARCL1 LDLRAD2 MAB21L2 MAB21L1 TPD52L3 TPD52L1 TMEM9B GABRA5 PDGFRL UBAP2L BTN1A1 GPR142 CMTM4 OTOP2 UBAP2 NRXN3 HSPB6 HSPB3 HTR3D HTR3B EFNB3 STAU2 KRT25 KRT16 KRT13 KRT15 TPD52 AMH 10: lysosomal membrane || 1: intermediate filament || Num ofECMGenes:1.Predicted44 ECM 51,Geneset"intermediatefilament",Page1

11: Ada2/Gcn5/Ada3 transcription activator complex || C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae

3: dendrite || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays 4: neuronal cellbodymembrane || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon

13: PML body U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune

5: postsynaptic membrane || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger Fungi 6: axon || A.nidulans A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 8: proteinaceous extracellular matrix||

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 0.5 0.5 0.5 1.1 1.2 1.2 1.4 1.8 1.8 2.0 2.0 2.8 2.8 2.8 3.2 3.2 4.6 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 Notes 1 12 /13 11 9 /10 9 /10 8 1 7 5 /6 2 /345 1 PG J J I I H H Protein 100510408 SIGLEC15 DCST2 SATB2 SATB1 EFNB2 EFNB1 TNNT2 TNNI2 TNNI3 1: membraneraft|| Num ofECMGenes:1.Predicted44 ECM 51,Geneset"intermediatefilament",Page2

4: nuclearmatrix|| P.patens

8: troponincomplex|| S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus

9: striatedmusclethinfilament S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.3 0.3 0.3 0.3 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 Notes 8 7 /89 7 /8 4 /6 3 /45 1 /2 PG A H G G F F F E E B D D A A B B C C B A Protein 100509729 100510667 100510141 100509754 EIF4ENIF1 TMEM55B TMEM55A SPARCL1 LDLRAD2 MAB21L2 MAB21L1 TPD52L3 TPD52L1 TMEM9B GABRA5 PDGFRL UBAP2L BTN1A1 GPR142 CMTM4 OTOP2 UBAP2 NRXN3 HSPB6 HSPB3 HTR3D HTR3B EFNB3 STAU2 KRT25 KRT15 KRT13 KRT16 TPD52 AMH 10: lysosomal membrane || 1: intermediate filament || Num ofECMGenes:1.Predicted44 ECM 52,Geneset"intermediatefilament",Page1

11: Ada2/Gcn5/Ada3 transcription activator complex || C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae

3: dendrite || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays 4: neuronal cellbodymembrane || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon

13: PML body U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 8: proteinaceous extracellular matrix||

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 0.5 0.5 0.5 1.1 1.2 1.2 1.4 1.8 1.8 2.0 2.0 2.8 2.8 2.8 3.2 3.2 4.6 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 4.7 Notes 1 12 /13 11 9 /10 9 /10 8 1 7 5 /6 2 /345 1 PG J J I I H H Protein 100510408 SIGLEC15 DCST2 SATB2 SATB1 EFNB2 EFNB1 TNNT2 TNNI2 TNNI3 1: membraneraft|| Num ofECMGenes:1.Predicted44 ECM 52,Geneset"intermediatefilament",Page2

4: nuclearmatrix|| P.patens

8: troponincomplex|| S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus

9: striatedmusclethinfilament S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.2 0.2 0.2 0.2 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 Notes 8 7 /89 7 /8 4 /6 3 /45 1 /2 PG B H H G G G F F B E E D D C C B A LOC100507421 LOC100507050 Protein TMEM178B TMEM200A ATP6V1G2 PHYHIPL C18orf63 CACNG3 CACNG8 GPRC5C NDUFB4 FAM65C FAM65B OR10H4 OR56B1 TP53I11 PHYHIP CNRIP1 IFNAR1 OR5M9 QSER1 TPBGL HSPB9 STOX2 EPPK1 FABP6 BAMBI BFSP2 BTNL3 CD302 RGMB RGMA ZACN IL17D HFE2 16: membrane raft || 10: endocytic vesiclemembrane || 1: intermediate filament || Num ofECMGenes:1.Predicted122 ECM 53,Geneset"intermediatefilament",Page1

17: basolateral plasma membrane || L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis 2: filopodium || C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata

11: postsynaptic density || T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei

3: melanosome || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae

18: mitochondrial respiratory chain complex I N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus

12: voltage-gated calcium channel complex || O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii

4: vacuolar proton-transporting V-typeATPase complex|| V.carteri V.carteri P.patens P.patens

13: anchored tomembrane || P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum 5: cellcortex || M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus

14: anchored toplasma membrane || A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger 6: microvillus || A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii 7: postsynaptic membrane || M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii 15: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment || K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae 8: cytoplasmic vesiclemembrane || S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

9: alpha-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionic acid selectiveglutamate receptorcomplex || A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 6.6 6.7 7.1 7.1 7.1 7.1 7.1 7.1 7.1 7.2 7.3 7.3 7.4 7.6 8.0 8.1 8.2 8.3 8.4 8.7 10.5 10.6 10.9 10.9 11.6 12.6 12.6 13.5 13.6 13.6 13.7 14.4 15.9 23.1 Notes 18 13 /17 14 /1516 13 9 /1012 7 /9101112 8 7 2 /56 3 /4 2 1 PG N N M M L F C K B J B J B I F B Protein 100510027 TMEM134 TMEM138 CLEC12A CACNG2 CACNG4 CDKN1A AMOTL1 CLDND1 FAM65A OR13C4 VPS37D C5orf15 TEX264 OR5W2 VWC2L PDGFB RILPL2 HNF1B KLRC3 GPR22 CD79A OR5L1 LECT2 WISP3 BNIP3 AMOT OR5I1 NDNF PRG2 SDC2 SDC4 LEPR EPN2 PLP2 32: costamere || 21: cilium || 13: nuclear envelope || 6: basolateral plasmamembrane || 1: cyclin-dependent protein kinaseholoenzyme complex|| Num ofECMGenes:1.Predicted122 ECM 53,Geneset"intermediatefilament",Page2

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis

22: vacuolar membrane || T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi

33: focal adhesion || L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis

14: B cell receptor complex || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 7: endoplasmic reticulum lumen || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi 34: Golgi lumen || P.chabaudi 23: actin filament || P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana 2: PCNA-p21 complex||

15: external side of plasma membrane || P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri

35: lysosomal lumen || O.tauri

24: endocytic vesicle || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens 8: platelet alpha granule lumen ||

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata 3: alpha-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionic acid selectiveglutamate receptorcomplex || A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera 36: synapse P.trichocarpa P.trichocarpa 25: lamellipodium || R.communis R.communis T.trahens T.trahens

16: membrane raft || D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis

9: dendrite || U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor 26: ruffle || S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana

17: multivesicular body || S.sclerotiorum S.sclerotiorum

10: integral to mitochondrial outer membrane || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum 27: signalosome || A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis 18: endosome membrane || C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum 28: stress fiber || T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus

11: mitochondrial membrane || C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 29: tight junction ||

K.lactis K.lactis PRESENCE 4: endocytic vesiclemembrane || A.gossypii A.gossypii

19: late endosome membrane || K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus

30: cytoplasmic vesicle || S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis

12: mitochondrial outer membrane || S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans 5: voltage-gated calciumchannel complex ||

20: transport vesicle || D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum 31: extracellular matrix || T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 2.8 2.8 2.9 2.9 3.0 3.0 3.0 3.0 3.1 3.1 3.2 3.2 3.2 3.3 3.5 3.6 3.6 3.6 3.6 3.6 3.8 3.9 4.1 4.2 4.3 4.7 4.7 4.8 4.9 5.1 5.5 5.6 5.7 6.1 6.1 Notes 34 /3536 16 /32333435 31 25 /272930 15 /23242526272829 3 /45 21 /22 20 18 /19 14 /151617 9 /10111213 6 /78 3 /45 1 /2 PG A R R R R R L Q Q Q B B B B P P P P O O O Protein CDC42EP4 ATP5J2P4 C1orf106 C16orf72 NOS1AP FCGR1A RASSF9 OR5D16 OR51B6 GORAB SPAM1 ACOT2 ACOT1 ACOT4 OR5K3 OR5H6 HYAL1 HYAL4 HYAL3 HYAL2 BTNL8 WISP2 TJAP1 ITM2B ITM2A ITM2C TIMP2 TIMP4 TIMP3 BAG2 BAAT POT1 CD80 PID1 IGF1 32: hyaluranon cable || 24: anchored to plasma membrane || 16: early endosome membrane || 9: insulin-like growthfactor binding protein complex || 1: lysosomal membrane || Num ofECMGenes:1.Predicted122 ECM 53,Geneset"intermediatefilament",Page3

33: lysosomal lumen T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis 2: lysosome || C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata 17: endosome || T.parva T.parva P.knowlesi 25: cytoplasmic membrane-bounded vesicle || P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei

3: endosome membrane || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila

10: platelet alpha granule lumen || P.infestans P.infestans

18: basement membrane || T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor 4: Golgi-associated vesicle membrane|| Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata 19: extracellular matrix || 26: cytoplasmic part || A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula 11: tight junction || V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans

27: cytoplasmic vesicle || P.chrysosporium P.chrysosporium 12: actin cytoskeleton || 20: sarcomere || S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor 5: integral toorganellemembrane || S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum

21: chromosome, telomeric region || P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri 28: endocytic vesicle || N.fischeri 13: endomembrane system || A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum 6: peroxisome || T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii 29: membrane raft || M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus 22: nuclear telomere cap complex || 14: microtubule cytoskeleton || C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans

7: peroxisomal matrix|| C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora 30: microvillus || C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki 8: external sideofplasma membrane || M.brevicollis M.brevicollis 15: clathrin-coated endocytic vesicle membrane || S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE 23: anchored to external side of plasma membrane || B.malayi 31: anchored to membrane || B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.1 1.2 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.6 1.7 1.7 1.7 1.7 1.7 1.8 1.9 2.1 2.2 2.2 2.5 2.6 2.7 2.7 2.7 2.7 2.8 2.8 2.8 2.8 Notes 2 /273233 31 2 /27 2 /2324252627282930 21 /22 18 20 18 /19 17 15 /16 12 /1314 11 9 /10 8 6 /7 6 3 /45 1 /2 PG S S I B A B A K B B TNFSF12-TNFSF13 Protein MRGPRX3 TNFSF13 ARGLU1 OR5AC2 BTN2A2 CT45A5 NKAIN3 IGFBP5 PDGFA OR7G3 OR6N2 OR5C1 HHLA2 FOSL1 CRLF1 LLPH TMIE 1: presynapticmembrane|| Num ofECMGenes:1.Predicted122 ECM 53,Geneset"intermediatefilament",Page4

2: CRLF-CLCF1complex|| C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum

3: insulin-likegrowthfactorbindingproteincomplex|| C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 0.0 0.0 0.1 0.1 0.1 0.2 0.3 0.4 0.4 0.4 0.5 0.7 0.7 0.8 1.0 1.0 1.1 Notes 7 4 /56 3 2 1 PG Protein BFSP1 1: actincytoskeleton|| Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 54,Geneset"intermediatefilament",Page1

2: intermediatefilament T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 /2 PG I H D G G E E F F F E E E D C B A LOC100506911 Protein LOC729458 LOC729458 SLC7A6OS CDC42EP4 100510027 MRGPRX4 SERTAD2 TMEM173 HAVCR2 MBD3L2 MBD3L5 MBD3L4 MBD3L3 NFATC2 NFATC4 GPR151 LTB4R2 C7orf55 IGFBP4 GP1BB CRTC3 SPRY4 SPRY2 SPRY1 FOSL2 FGF23 OR5I1 SYNM LIX1L CD80 RILP LIX1 EDA MFF 17: microtubule cytoskeleton || 10: external side ofplasma membrane || 1: adherens junction|| Num ofECMGenes:1.Predicted126 ECM 55,Geneset"intermediatefilament",Page1

2: costamere || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis 18: lamellipodium || T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax 11: integral to mitochondrial membrane || P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi 3: intermediate filament || P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana 19: ruffle membrane || P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens Plants

4: neurofilament cytoskeleton || S.moellendorffii S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon 20: ribonucleoprotein complex || A.lyrata

12: mitochondrial outer membrane || A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis 5: lateendosome || C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea

21: apical part of cell || L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana 13: peroxisome || S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa

6: lateendosome membrane || P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae 22: collagen 14: intermediate filament cytoskeleton || A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae 7: lysosomal membrane || D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN 15: actin cytoskeleton || Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus 8: lysosome || S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi 9: phagocytic vesiclemembrane || LOSS

16: endomembrane system || C.briggsae C.briggsae C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 8.2 8.4 8.6 8.7 8.8 8.8 9.0 9.0 9.7 10.0 10.0 10.0 10.0 10.0 10.0 10.0 10.0 10.0 10.3 10.9 11.2 11.5 11.6 11.7 12.0 12.0 12.8 13.2 13.3 14.5 20.4 20.9 22.0 22.4 Notes 21 /22 15 /20 19 19 18 12 15 /1617 14 11 /1213 10 5 /6789 1 /234 PG H H B B N N M M M B L K J H TNFSF12-TNFSF13 Protein TNFSF13B TMEM14B ANAPC15 TMEM248 TMEM177 TMEM211 FAM195B ARL14EP TNFSF13 CD164L2 MYEOV2 GPRC5C ARGLU1 LYSMD4 FAM60A FAM69A OR10H5 OR5D18 OR51F2 GKAP1 AKAP6 HABP4 MED27 FNDC4 COX16 VTCN1 CD164 TJAP1 BAG4 CAV2 CAV1 CAV3 FIGF INIP 30: endosome membrane || 21: endocytic vesicle membrane || 11: membrane raft || 1: Sin3complex || Num ofECMGenes:1.Predicted126 ECM 55,Geneset"intermediatefilament",Page2

2: sarcomere || L.major L.major

12: neuromuscular junction || L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis

31: lysosomal membrane || C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata

22: endosome || T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax 3: tightjunction || P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans

13: sarcolemma || T.pseudonana T.pseudonana 23: flagellum || P.tricornutum P.tricornutum C.merolae 32: lysosome || C.merolae N.gruberi N.gruberi 4: platelet alphagranulelumen || O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii

24: focal adhesion || S.bicolor S.bicolor

14: T-tubule || Z.mays Z.mays

33: cytoplasmic vesicle membrane || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis 15: Z disc || T.trahens T.trahens 5: calcium channelcomplex || D.discoideum

25: lipid particle || D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium

16: acrosomal membrane || S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor 34: anaphase-promoting complex || S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana 26: extrinsic to internal side of plasma membrane || S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa

6: nuclear envelope|| P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus

17: basal plasma membrane || A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum 35: external side of plasma membrane 7: nuclear outermembrane || T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis 27: transport vesicle || C.albicans C.albicans 18: basolateral plasma membrane || C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii 8: sarcoplasmic reticulum || V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus 28: mitochondrial membrane || S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS 19: cell cortex || C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex

9: caveola || A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster

29: SOSS complex || D.pseudoobscura D.pseudoobscura 20: cytoplasmic vesicle || A.gambiae A.gambiae 10: dystrophin-associated glycoprotein complex || A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 3.7 3.7 3.7 3.9 4.1 4.2 4.5 4.6 4.7 4.8 5.0 5.0 5.0 5.2 5.4 5.5 5.5 5.5 5.6 5.7 6.0 6.2 6.4 6.4 6.5 6.8 7.0 7.3 7.7 7.7 7.7 7.7 7.9 8.1 8.1 Notes 35 34 33 22 /303132 29 28 9 /1116252627 9 /1116171819202122232425 9 /101112131415 5 /678 4 3 2 1 PG O B J J P P P P P P D B C A B O B Protein MRGPRX3 TOR1AIP1 C14orf119 SPATA2L SPATA18 GAREML C19orf12 C16orf87 CHCHD6 COX7A2 OR5AP2 OR5AS1 FAM69C FAM69B TPRG1L SPATA2 NFATC1 OR51B5 GPR141 GEMIN7 GLCCI1 WFDC2 CDCA4 LAMP1 DAPL1 CHST5 CHST4 CHST3 CHST2 CHST7 CHST6 OR1J2 TAB3 TCN2 KTN1 20: synaptic vesicle || 10: dendrite || 1: Cajalbody || Num ofECMGenes:1.Predicted126 ECM 55,Geneset"intermediatefilament",Page3

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

11: endosome membrane || T.cruzi T.cruzi 2: nuclear body|| L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis 21: mitochondrial membrane || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax 3: SMNcomplex || P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii 12: external side ofplasma membrane || P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum 22: nuclear inner membrane C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi 4: spliceosomal complex || O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

5: nuclear chromatin|| P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium

14: late endosome || S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor

6: mitochondrial outermembrane || S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus

15: lysosomal membrane || A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum

7: intrinsic toGolgimembrane || T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii 16: lysosome || M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN

17: melanosome || Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata 8: trans-Golgi network || S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE 18: multivesicular body || B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum 9: mitochondrial respiratory chain|| A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti 19: sarcolemma || C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.9 0.9 1.0 1.0 1.3 1.3 1.3 1.4 1.4 1.5 1.6 1.6 1.7 1.8 1.9 1.9 2.0 2.0 2.0 2.0 2.0 2.0 2.1 2.2 2.4 2.4 2.7 2.7 2.8 2.8 3.3 3.3 3.6 3.6 3.7 Notes 11 22 21 20 10 /111213141516171819 9 7 7 /8 7 /8 6 5 1 /234 PG I D L K B F Protein LOC646644 GPATCH2L SLC22A31 APCDD1L TMEM59L FAM162B OR2AG1 FAM13C BTN3A3 KRT222 VEGFA CRTC2 NRBF2 GPR22 SPRY3 PTPRJ CYR61 NFAT5 CD226 VWC2 ITFG3 POT1 10: plateletalphagranulelumen || 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted126 ECM 55,Geneset"intermediatefilament",Page4

11: proteinaceousextracellularmatrix || T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia

3: chromosome,telomericregion || T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor

12: secretorygranule Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus 4: nucleartelomerecapcomplex || M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum

5: cell-celljunction|| F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii 6: immunologicalsynapse|| C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE

7: rufflemembrane|| A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

9: interstitialmatrix|| A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.4 0.5 0.6 0.7 0.7 0.8 0.8 0.8 0.8 0.9 0.9 Notes 8 /101112 8 /9 5 /67 3 /4 2 1 PG Protein FLG 1: cytoplasmicmembrane-boundedvesicle|| Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 56,Geneset"intermediatefilament",Page1

2: intermediatefilament P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 PG C C A B B A Protein LOC645177 GPBP1L1 FAM132A ENDOD1 OR52W1 CARD18 C7orf43 TRADD FANCB GPBP1 MS4A1 MS4A5 GTSE1 HBQ1 SYNC LYG1 LYG2 JMY 10: hemoglobincomplex 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted17 ECM 58,Geneset"intermediatefilament",Page1

3: sarcolemma|| C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa 4: Zdisc|| B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis 5: cytoplasmicmicrotubule|| T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 6: Fanconianaemianuclearcomplex|| N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii 7: cellleadingedge|| S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus 8: externalsideofplasmamembrane|| S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 0.0 0.0 0.2 0.4 0.7 1.9 4.2 4.2 4.2 5.4 8.0 8.0 9.9 11.4 11.7 12.7 Notes 10 9 8 7 6 5 1 /234 PG A A LOC100506859 FANCD2OS Protein KRTAP13-4 TMEM213 TMEM171 C1orf227 C6orf132 C9orf152 C18orf42 C11orf96 TMEM40 C2orf82 AMELY AMELX DYNAP COX8C COX14 PLAC9 SPIDR IGSF6 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted19 ECM 59,Geneset"intermediatefilament",Page1

4: proteinaceousextracellularmatrix V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.5 1.0 2.8 4.5 4.5 5.2 5.7 5.7 6.4 6.4 7.3 7.9 9.8 Notes 3 /4 3 /4 2 1 PG Protein KRTAP26-1 1: intermediatefilament Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 60,Geneset"intermediatefilament",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 PG A A Protein KRTAP15-1 KRTAP13-2 KRTAP27-1 KRTAP8-1 C20orf196 TM4SF19 C16orf54 CCDC54 KRBA1 LYNX1 MRAP AMTN IL36B CYS1 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted13 ECM 61,Geneset"intermediatefilament",Page1

3: cell-celljunction|| P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii 4: proteinaceousextracellularmatrix|| S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune 5: anchoredtomembrane|| C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae

6: dendrite|| A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris

7: ciliumaxoneme|| C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN

8: ciliummembrane|| Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi 9: microtubulebasalbody

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.7 0.7 1.5 1.5 1.5 2.2 3.4 3.4 3.4 3.4 3.4 3.4 3.4 Notes 7 /89 1 1 1 5 /6 2 /34 1 PG A A A LOC100507003 LOC100507003 Protein LOC646508 KRTAP25-1 KRTAP24-1 KRTAP13-3 KRTAP15-1 KRTAP13-2 TMEM191C KRTAP4-2 KRTAP8-1 TM4SF19 C16orf92 C6orf201 C1orf64 WFDC6 MS4A3 DEFA5 LYNX1 CD160 CYS1 LY6K 10: keratinfilament|| 1: intermediatefilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted21 ECM 62,Geneset"intermediatefilament",Page1

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor

4: microtubulebasalbody|| Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis 5: Golgilumen|| C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa 6: secretorygranule|| N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii

7: transportvesicle|| P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE 8: anchoredtomembrane|| A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE

9: endomembranesystem|| B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.6 1.6 4.5 4.5 5.9 5.9 5.9 6.6 7.2 8.2 11.9 11.9 16.8 Notes 1 10 1 12 1 1 8 /11 10 9 8 5 /67 2 /34 1 PG A D D D E E D C C B B A C1QTNF9B-AS1 LOC100287275 LOC100287066 LOC100129216 LOC100128174 Protein LOC728392 LOC643669 DEFB107B DEFB107A DEFB106B DEFB106A KRTAP7-1 C20orf144 C17orf107 C17orf100 SPATA33 DEFB131 DEFB116 C1orf185 C1orf162 C16orf86 C12orf71 C10orf99 ERVK3-1 ERVK3-1 EDDM3B EDDM3A MS4A13 C5orf47 PATE2 SMIM6 LELP1 TEX38 GML BIK 1: intermediate filament || Num ofECMGenes:1.Predicted43 ECM 63,Geneset"intermediatefilament",Page1

3: mitochondrial membrane || C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

4: anchored tomembrane || V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana 5: extrinsic tomembrane S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 Notes 4 /5 2 /3 1 PG F F Protein TMEM191C TMEM191B 100509891 SPACA7 SECTM1 WFDC9 TEX22 TEX19 PRR9 1: acrosomalvesicle Num ofECMGenes:1.Predicted43 ECM 63,Geneset"intermediatefilament",Page2

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo