DOCSLIB.ORG

Analyse Moléculaire De L'interaction Entre Peupliers Et Melampsora Spp

Total Page：16

File Type：pdf, Size：1020Kb

Download full-text PDF Read full-text
Analyse Moléculaire De L'interaction Entre Peupliers Et Melampsora Spp Analyse moléculaire de l’interaction entre peupliers et Melampsora spp. par des approches génomiques et fonctionnelles Cecile Lorrain To cite this version: Cecile Lorrain. Analyse moléculaire de l’interaction entre peupliers et Melampsora spp. par des approches génomiques et fonctionnelles. Biologie végétale. Université de Lorraine, 2018. Français. NNT : 2018LORR0016. tel-01920199 HAL Id: tel-01920199 https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01920199 Submitted on 13 Nov 2018 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. The documents may come from émanant des établissements d’enseignement et de teaching and research institutions in France or recherche français ou étrangers, des laboratoires abroad, or from public or private research centers. publics ou privés. AVERTISSEMENT Ce document est le fruit d'un long travail approuvé par le jury de soutenance et mis à disposition de l'ensemble de la communauté universitaire élargie. Il est soumis à la propriété intellectuelle de l'auteur. Ceci implique une obligation de citation et de référencement lors de l’utilisation de ce document. D'autre part, toute contrefaçon, plagiat, reproduction illicite encourt une poursuite pénale. Contact : [email protected] LIENS Code de la Propriété Intellectuelle. articles L 122. 4 Code de la Propriété Intellectuelle. articles L 335.2- L 335.10 http://www.cfcopies.com/V2/leg/leg_droi.php http://www.culture.gouv.fr/culture/infos-pratiques/droits/protection.htm Université de Lorraine, Collegium Sciences et Technologies Ecole Doctorale «Ressources, Procédés, Produits, Environnement» Thèse Présentée et soutenue publiquement pour l’obtention du grade de Docteur de l’Université de Lorraine spécialité Biologie Végétale et Forestière par Cécile Lorrain Analyse moléculaire de l’interaction entre peupliers et Melampsora spp. par des approches génomiques et fonctionnelles Soutenance publique le 28 mars 2018 Jury Elodie Gaulin, Maître de Conférence, Université de Toulouse Rapportrice Thomas Kroj, Directeur de Recherche, INRA Montpelier Rapporteur Mélanie Morel-Rouhier, Professeur, Université de Lorraine Examinatrice Jessica Soyer, Chargée de Recherche, INRA Grignon Examinatrice Sébastien Duplessis, Directeur de Recherche, INRA Grand Est Nancy Directeur de thèse Arnaud Hecker, Maître de Conférence, Université de Lorraine Directeur de thèse UMR 1136 INRA / Université de Lorraine, Interactions Arbres - Microorganismes INRA Centre Grand Est - Nancy – 54280 Champenoux Faculté des Sciences et Techniques – 54500 Vandoeurvre-lès-Nancy 1 2 Remerciements : Pour commencer je souhaite remercier les membres de mon jury de thèse Thomas Kroj, Elodie Gaulin, Jessica Soyer et Mélanie Morel-Rouhier qui ont accepté d’évaluer mes travaux. Je remercie également Benjamin Petre, Claire Veneault-Fourrey et Isabelle Fudal, les membres de mon comité de suivi qui m’ont aidé tout au long de ma thèse. Ben, merci pour tout ce que tu m’as apporté, c’est toi qui m’as donné envie de continuer à travailler sur la rouille du peuplier pendant ma thèse. Je remercie tout particulièrement mes deux directeurs de thèse Sébastien Duplessis et Arnaud Hecker. Merci pour tout ce que vous m’avez appris. Seb, trop à dire…j’avoue, #facilitantpower. Merci pour tout ce que tu m’as appris, pour toutes les opportunités dont tu m’as fait profiter. Arnaud, merci pour ta patience, ton soutien et surtout d’avoir supporté mes étourderies… Je mesure la chance que j’ai eu d’avoir des encadrants comme vous deux et vous exprime toute ma reconnaissance. Un grand merci à l’équipe écogénomique pour l’accueil, au sein du labo : Je remercie Francis Martin notamment pour m’avoir donné l’opportunité de participer à ECFG13. Merci à Claire et Annegret pour leurs conseils, leur bonne humeur et leurs rires. Merci à Marc, Stéphane, Aurélie, Claude et Elena. Un grand merci à Manue que j’ai harcelé plus d’une fois avec les TE, les transporteurs avec le pipeline TRANU, et j’en passe ! Merci pour ton aide indispensable ! Merci Christine pour ton aide avec les peupliers transformés et tes huiles essentielles ! Merci pour ton invitation chez toi. Merci Patrice pour t’être occupé des peupliers en serre S2. Merci à Jean-Louis, Cyril, Béa et Frédéric. Merci à Nicole, Agnès et Marie-Claude vous êtes toujours là pour nous ré-expliquer mille fois comment rédiger nos ordres de mission et nos commandes. Un ENORME merci Clémence ma PFF ! Je n’arrive pas à coire que ça fait déjà 3 ans que tu es venue faire ton stage…Team PFF always ! Maïra et Lauralie merci pour votre soutien infaillible. Maïra désolée de t’avoir rendue malade en voiture…je n’oublierai pas de sitôt notre exapade dans les montagnes Suisses ! Laurette merci pour ta bonne humeur toujours la personne qui sait tout ce qu’il se passe au labo. François, tout ça à cause d’un repiquage de calles de peupliers. Clémence, Véronica et Lauralie, merci d’avoir repris le Journal club…ce petit cadeau empoisonné. Feng thank you for your smile, it was always nice to talk with you. Merci à ceux qui sont déjà partis Clément, Yohann, Yannick, Cora et Igor. Je remercie tous les membres de l’équipe Redox : Nicolas Rouhier merci de m’avoir accueillit dans l’équipe, Eric, Mélanie, Rodnay, Jean- Pierre, Jeremy un grand merci pour votre accueil. 3 Merci à Jean-Michel, Tiffaine et Raphael pour leur aide avec la FPLC. Merci à Thomas, Flavien, Nico, Johnathan, Elena et Mélanie pour votre présence, votre aide, vos parties de foot dans le couloir et j’en passe. Remplir des boites de cones était toujours un moment sympa avec vous ! Un vrai plaisir de « passer au 3 », toujours dans la bonne humeur et c’est totalement par hasard qu’à chaque fois que j’étais dans les murs il y avait un pot ^^ Je remercie l’équipe écologie des pathogènes forestiers : Merci à Pascal Frey pour son accueil. Merci à Stéphane pour son aide avec le dN/dS, Fabien et Bénédicte qui ont accompagné mes premiers pas dans un laboratoire…il y a 5 ans déjà. Un grand merci à Jeremy pour les peupliers…et encore désolée de m’être tranformée en folle des ciseaux…Merci à Agathe, Marie, Axelle, Antoine, Michael et tous ceux que j’oublie. Je remercie les laboratoires du Canada : Je tiens à remercier tout particulièremet Hugo Germain et toute son équipe pour m’avoir accueillit pendant deux mois à l’UQTR. Un grand merci à Cristof et Michelle Ramptisch pour l’accueil chaleureux chez eux, à Morden. Merci à Philippe Tanguay pour l’accueil à Québec. Je remercie les structuralistes : Merci à André Padilla et Karine de Guillen grâce à qui nous avons mis en place notre collaboration à Effectome. Merci à Pascale Tsan pour avoir ré-ouvert le dossier P4. Pour finir je remercie tout particulièrement : Toute ma famille pour son soutien inconditionnel. Mes parents qui m’ont toujours encouragé dans mes études, maman mon modèle et papa avec nos débats du dimanche qui fatiguaient tout le monde. Mes sœurs qui m’ont supporté en coloc’ chacune leur tour, ces moments restent gravés parmi mes souvenirs les plus heureux…avec nos ballades à cheval ^^ Merci, Martine et Gérard, Eric et Brigitte toujours là pour moi. Merci, à mon parrain Thierry qui m’a toujours encouragé. 4 5 6 Liste des figures : Figure 1 : Représentation schématique du système immunitaire des plantes Figure 2 : Récepteurs PRR caractérisés et/ou identifiés avec leurs ligands Figure 3 : Mécanismes de reconnaissance des effecteurs par les récepteurs NLR conduisant à l’ETI. Figure 4 : Réponse systémique acquise, mémoire transgénérationnelle et signaux associés Figure 5 : Comparaison entre les concepts du modèle en zigzag et le modèle d’invasion. Figure 6: Structures de sécrétion des effecteurs des pathogènes filamenteux. Figure 7 : Les trois étapes de la biologie des effecteurs Figure 8 : Cycles de vie hétéroïques et macrocycliques de deux rouilles du peuplier M. larici-populina et M. allii-populina. Figure 9: Ré-annotation des éléments transposables dans le génome version 2.0 de M. larici-populina Figure 10 : Homologues partagés parmi 16 espèces fongiques. Figure 11 : Prédiction et analyse du sécrètome de M. larici-populina v2.0 Figure 12 : Catégories KOG annotées dans le sécrétome de M. larici-populina 2.0 Figure 13 : Environnement génique des génomes et sécrètome de M. larici-populina 2.0. Figure 14 : Position de différentes catégories de gènes annotés de M. larici-populina 2.0 sur les 18 groupes de liaisons. Figure 15 : Homologues partagés entre M. allii-populina et 22 espèces fongiques. Figure 16 : Divergence moléculaire entre les 22 génomes fongiques analysés par MCL. Figure 17 : Prédiction et analyse du sécrètome de M. allii-populina Figure 18 : Catégories KOG annotées dans le sécrétome de M. allii-populina Figure 19 : Environnement génique des génomes et sécrètome de M. allii-populina. Figure 20 : Distribution des ratios dN/dS pour les orthologues identifiés entre M. allii- populina et M. larici-populina. Figure 21 : Démarche expérimentale ayant conduit à la caractérisation fonctionnelle et structurale de deux effecteurs candidats de M. larici-populina MLPCTP1 et MLP124017. Figure 22 : MLPCTP1-GFP cible les chloroplastes de transformants stables d’Arabidopsis. Figure 23 : MLPCTP1-GFP cible les chloroplastes de transformants stables de peupliers 717-1B4. Figure 24 : Production, purification de MLP124017 et analyse des structures secondaires Figure 25 : Expression de MLPCTP1 chez E. coli et P. pastoris. Figure 26 : Le processus d’infection complexe de l’hôte écidien de P. striiformis f. sp. tritici. 7 Figure 27 : Structures d’infection des urédiniospores et des basidiospores de Pucciniales : deux mécanismes de pénétration différents. Figure 28 : Densité en TE sur les 18 groupes de liaison du génome de M.
Load more

Recommended publications
  • Evolution of Isoprenyl Diphosphate Synthase-Like Terpene
    www.nature.com/scientificreports OPEN Evolution of isoprenyl diphosphate synthase‑like terpene synthases in fungi Guo Wei1, Franziska Eberl2, Xinlu Chen1, Chi Zhang1, Sybille B. Unsicker2, Tobias G. Köllner2, Jonathan Gershenzon2 & Feng Chen1* Terpene synthases (TPSs) and trans‑isoprenyl diphosphate synthases (IDSs) are among the core enzymes for creating the enormous diversity of terpenoids. Despite having no sequence homology, TPSs and IDSs share a conserved “α terpenoid synthase fold” and a trinuclear metal cluster for catalysis, implying a common ancestry with TPSs hypothesized to evolve from IDSs anciently. Here we report on the identifcation and functional characterization of novel IDS-like TPSs (ILTPSs) in fungi that evolved from IDS relatively recently, indicating recurrent evolution of TPSs from IDSs. Through large-scale bioinformatic analyses of fungal IDSs, putative ILTPSs that belong to the geranylgeranyl diphosphate synthase (GGDPS) family of IDSs were identifed in three species of Melampsora. Among the GGDPS family of the two Melampsora species experimentally characterized, one enzyme was verifed to be bona fde GGDPS and all others were demonstrated to function as TPSs. Melampsora ILTPSs displayed kinetic parameters similar to those of classic TPSs. Key residues underlying the determination of GGDPS versus ILTPS activity and functional divergence of ILTPSs were identifed. Phylogenetic analysis implies a recent origination of these ILTPSs from a GGDPS progenitor in fungi, after the split of Melampsora from other genera within the class of Pucciniomycetes. For the poplar leaf rust fungus Melampsora larici-populina, the transcripts of its ILTPS genes were detected in infected poplar leaves, suggesting possible involvement of these recently evolved ILTPS genes in the infection process.
    [Show full text]
  • Flax Rust and Its Control
    -1 I , r TECHNICAL BULLETIN 36 MARCH 1926 University of Minnesota Agricultural Experiment Station IN CO-OPERATION WITH UNITED STATES DEPARTMENT OF AGRICULTURE, BUREAU OF PLANT INDUSTRY Flax Rust and its Control A. W. Henry Division of Plant Pathology and Botany UNIVERSITY FARM, ST. PAUL AGRICULTURAL EXPERIMENT STATION ADMINISTRATIVE OFFICERS W. C. COFFEY, M.S., Director ANDREW Boss, Vice-Director F. W. PECK, M.S., Director of Agricultural Extension and Farmers' Institutes C. G. SELVIG, M.A., Superintendent, Northwest Substation, Crookston P. E. MILLER, M.Agr., Superintendent, West Central Substation, AIorris 0. I. BERGH, B.S.Agr., Superintendent, North Central Substation, Grand Rapids M. J. THOMPSON, Superintendent, Northeast Substation, Duluth R E. HODGSON, B.S. in Agr., Superintendent, Southeast Substation, Waseca RAPHAEL ZON, F.E., Director, Forest Experiment Station, Cloquet F. E. HARALSON, Assistant Superintendent, Fruit Breeding Farm, Zumbra Heights, (P.O. Excelsior) W. P. KIRKWOOD, M.A., Editor, and Chief, Division of Publications ALICE MCFEELY, Assistant Editor of Bulletins HARRIET W. SEWALL, B.A., Librarian T. J. HORTON, Photographer R. A. GORTNER, Ph.D., Chief, Division of Agricultural Biochemistry J. D. BLACK, Ph.D., Chief, Division of Agricultural Economics WILLIAM Boss, Chief, Division of Agricultural Engineering ANDREW Boss, Chief, Division of Agronomy and Farm Management W. H. PETERS, M.Agr., Chief, Division of Animal Husbandry FRANCIS JAGER, Chief, Division of Bee Culture C. H. EcKLEs, M.S., D.Sc., Chief, Division of Dairy Husbandry R. N. CHAPMAN, Ph.D., Chief Division of Entomology and Economic Zoology HENRY ScH/Arrz, Ph.D., Chief, Division of Forestry W. H. ALDERMAN, B.S.A., Chief, Division of Horticulture E.
    [Show full text]
  • Old Woman Creek National Estuarine Research Reserve Management Plan 2011-2016
    Old Woman Creek National Estuarine Research Reserve Management Plan 2011-2016 April 1981 Revised, May 1982 2nd revision, April 1983 3rd revision, December 1999 4th revision, May 2011 Prepared for U.S. Department of Commerce Ohio Department of Natural Resources National Oceanic and Atmospheric Administration Division of Wildlife Office of Ocean and Coastal Resource Management 2045 Morse Road, Bldg. G Estuarine Reserves Division Columbus, Ohio 1305 East West Highway 43229-6693 Silver Spring, MD 20910 This management plan has been developed in accordance with NOAA regulations, including all provisions for public involvement. It is consistent with the congressional intent of Section 315 of the Coastal Zone Management Act of 1972, as amended, and the provisions of the Ohio Coastal Management Program. OWC NERR Management Plan, 2011 - 2016 Acknowledgements This management plan was prepared by the staff and Advisory Council of the Old Woman Creek National Estuarine Research Reserve (OWC NERR), in collaboration with the Ohio Department of Natural Resources-Division of Wildlife. Participants in the planning process included: Manager, Frank Lopez; Research Coordinator, Dr. David Klarer; Coastal Training Program Coordinator, Heather Elmer; Education Coordinator, Ann Keefe; Education Specialist Phoebe Van Zoest; and Office Assistant, Gloria Pasterak. Other Reserve staff including Dick Boyer and Marje Bernhardt contributed their expertise to numerous planning meetings. The Reserve is grateful for the input and recommendations provided by members of the Old Woman Creek NERR Advisory Council. The Reserve is appreciative of the review, guidance, and council of Division of Wildlife Executive Administrator Dave Scott and the mapping expertise of Keith Lott and the late Steve Barry.
    [Show full text]
  • Structural Genomics Applied to the Rust Fungus Melampsora Larici-Populina
    www.nature.com/scientificreports OPEN Structural genomics applied to the rust fungus Melampsora larici- populina reveals two candidate efector proteins adopting cystine knot and NTF2-like protein folds Karine de Guillen1, Cécile Lorrain2, Pascale Tsan3, Philippe Barthe1, Benjamin Petre2, Natalya Saveleva2, Nicolas Rouhier2, Sébastien Duplessis2, André Padilla1 & Arnaud Hecker2* Rust fungi are plant pathogens that secrete an arsenal of efector proteins interfering with plant functions and promoting parasitic infection. Efectors are often species-specifc, evolve rapidly, and display low sequence similarities with known proteins. How rust fungal efectors function in host cells remains elusive, and biochemical and structural approaches have been scarcely used to tackle this question. In this study, we produced recombinant proteins of eleven candidate efectors of the leaf rust fungus Melampsora larici-populina in Escherichia coli. We successfully purifed and solved the three- dimensional structure of two proteins, MLP124266 and MLP124017, using NMR spectroscopy. Although both MLP124266 and MLP124017 show no sequence similarity with known proteins, they exhibit structural similarities to knottins, which are disulfde-rich small proteins characterized by intricate disulfde bridges, and to nuclear transport factor 2-like proteins, which are molecular containers involved in a wide range of functions, respectively. Interestingly, such structural folds have not been reported so far in pathogen efectors, indicating that MLP124266 and MLP124017 may bear novel functions related to pathogenicity. Our fndings show that sequence-unrelated efectors can adopt folds similar to known proteins, and encourage the use of biochemical and structural approaches to functionally characterize efector candidates. To infect their host, flamentous pathogens secrete efector proteins that interfere with plant physiology and immunity to promote parasitic growth1.
    [Show full text]
  • Physiologic Specialization of Melampsora Lini on Linum Usitatissimum '
    PHYSIOLOGIC SPECIALIZATION OF MELAMPSORA LINI ON LINUM USITATISSIMUM ' By H. H. FLOR 2 Associate 'pathologist^ Division of Cereal Crops and Diseases^ Bureau of Plant Industry y United States Department of Agriculture INTRODUCTION Melampsora Uni (Pers.) Lev., the fungus that causes rust of culti- vated flax, Linum usitatissimum L., occurs in all the major seed flax- and fiber-flax-producing areas of the world. Injury to the seed crop results from a reduction in the amount of foliage and from the utili- zation by the fungus of some of the food of the host plant. In addition to interfering with the normal photosynthetic metaboUsm of the host plant, rust on fiber flax injures the quality by causing breakage of fibers and preventing normal retting, thus producing what is known as ''measly'' fibers (23)} Consequently a small amount of infection may injure the quality of a fiber-flax crop, while it is only under epidemic conditions that the rust may be destructive to seed flax. Only occasionally is flax rust very destructive in Minnesota and the Dakotas, where most of the domestic flaxseed is grown. However, it sometimes occurs in epidemic form in these areas, and Brentzel ^ and Hart (9) have reported losses ranging from a trace to 100 percent. Measures that have been recommended for the control of flax rust include early sowing, thorough cleaning of the seed, crop rotation, use of high, well-drained land, destruction or removal of infected straw, and the use of resistant varieties. Henry (10) considered the last- named method the most promising and found rust immunity to be inherited independently of morphologic type or wilt resistance.
    [Show full text]
  • Redalyc.CIENTO CINCUENTA AÑOS DE PENSAMIENTO
    Acta Biológica Colombiana ISSN: 0120-548X [email protected] Universidad Nacional de Colombia Sede Bogotá Colombia TORRES, ENRIQUE CIENTO CINCUENTA AÑOS DE PENSAMIENTO COEVOLUTIVO: LA VIDA ES UNA MARAÑA DE INTERACCIONES Acta Biológica Colombiana, vol. 14, 2009, pp. 231-245 Universidad Nacional de Colombia Sede Bogotá Bogotá, Colombia Disponible en: http://www.redalyc.org/articulo.oa?id=319028030004 Cómo citar el artículo Número completo Sistema de Información Científica Más información del artículo Red de Revistas Científicas de América Latina, el Caribe, España y Portugal Página de la revista en redalyc.org Proyecto académico sin fines de lucro, desarrollado bajo la iniciativa de acceso abierto Acta biol. Colomb., Vol. 14 S, 2009 231 - 246 CIENTO CINCUENTA AÑOS DE PENSAMIENTO COEVOLUTIVO: LA VIDA ES UNA MARAÑA DE INTERACCIONES One Hundred and Fifty Years of Coevolutionary Thinking: Life is a Web of Interactions ENRIQUE TORRES1, Ph. D. 1Profesor Asociado Emérito, Universidad Nacional de Colombia. Bogotá D.C., Colombia. [email protected] Presentado 16 de septiembre de 2009, aceptado 22 de octubre de 2009, correcciones 25 de mayo de 2010. RESUMEN La supervivencia y reproducción de la inmensa mayoría de organismos multicelulares dependen de interacciones ecológicas, frecuentemente especializadas, con organismos de otras especies. La coevolución, entendida como el conjunto de cambios evolutivos recíprocos entre especies que ejercen estas interacciones, se reconoce como un proceso continuo que organiza la variabilidad darviniana en complejas redes biológicas. Esta visión dinámica suaviza el conflicto entre la natu- raleza armónica de Humboldt y la naturaleza en guerra de Darwin y otros naturalistas del siglo 19. Los cimientos conceptuales de la biología coevolutiva incluyen el papel causal de los microor- ganismos en las enfermedades, la ubicuidad de las simbiosis, su frecuente caracter especialista y la determinación mendeliana de los desenlaces de tales interacciones.
    [Show full text]
  • Whole Genome Comparative Analysis Of
    Whole genome comparative analysis of transposable elements provides new insight into mechanisms of their inactivation in fungal genomes Joelle Amselem, Marc-Henri Lebrun, Hadi Quesneville To cite this version: Joelle Amselem, Marc-Henri Lebrun, Hadi Quesneville. Whole genome comparative analysis of trans- posable elements provides new insight into mechanisms of their inactivation in fungal genomes. BMC Genomics, BioMed Central, 2015, 16 (1), pp.141. 10.1186/s12864-015-1347-1. hal-01142763 HAL Id: hal-01142763 https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01142763 Submitted on 15 Apr 2015 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. The documents may come from émanant des établissements d’enseignement et de teaching and research institutions in France or recherche français ou étrangers, des laboratoires abroad, or from public or private research centers. publics ou privés. Amselem et al. BMC Genomics (2015) 16:141 DOI 10.1186/s12864-015-1347-1 RESEARCH ARTICLE Open Access Whole genome comparative analysis of transposable elements provides new insight into mechanisms of their inactivation in fungal genomes Joëlle Amselem1,2*, Marc-Henri Lebrun2 and Hadi Quesneville1 Abstract Background: Transposable Elements (TEs) are key components that shape the organization and evolution of genomes. Fungi have developed defense mechanisms against TE invasion such as RIP (Repeat-Induced Point mutation), MIP (Methylation Induced Premeiotically) and Quelling (RNA interference). RIP inactivates repeated sequences by promoting Cytosine to Thymine mutations, whereas MIP only methylates TEs at C residues.
    [Show full text]
  • Notes, Outline and Divergence Times of Basidiomycota
    Fungal Diversity (2019) 99:105–367 https://doi.org/10.1007/s13225-019-00435-4 (0123456789().,-volV)(0123456789().,- volV) Notes, outline and divergence times of Basidiomycota 1,2,3 1,4 3 5 5 Mao-Qiang He • Rui-Lin Zhao • Kevin D. Hyde • Dominik Begerow • Martin Kemler • 6 7 8,9 10 11 Andrey Yurkov • Eric H. C. McKenzie • Olivier Raspe´ • Makoto Kakishima • Santiago Sa´nchez-Ramı´rez • 12 13 14 15 16 Else C. Vellinga • Roy Halling • Viktor Papp • Ivan V. Zmitrovich • Bart Buyck • 8,9 3 17 18 1 Damien Ertz • Nalin N. Wijayawardene • Bao-Kai Cui • Nathan Schoutteten • Xin-Zhan Liu • 19 1 1,3 1 1 1 Tai-Hui Li • Yi-Jian Yao • Xin-Yu Zhu • An-Qi Liu • Guo-Jie Li • Ming-Zhe Zhang • 1 1 20 21,22 23 Zhi-Lin Ling • Bin Cao • Vladimı´r Antonı´n • Teun Boekhout • Bianca Denise Barbosa da Silva • 18 24 25 26 27 Eske De Crop • Cony Decock • Ba´lint Dima • Arun Kumar Dutta • Jack W. Fell • 28 29 30 31 Jo´ zsef Geml • Masoomeh Ghobad-Nejhad • Admir J. Giachini • Tatiana B. Gibertoni • 32 33,34 17 35 Sergio P. Gorjo´ n • Danny Haelewaters • Shuang-Hui He • Brendan P. Hodkinson • 36 37 38 39 40,41 Egon Horak • Tamotsu Hoshino • Alfredo Justo • Young Woon Lim • Nelson Menolli Jr. • 42 43,44 45 46 47 Armin Mesˇic´ • Jean-Marc Moncalvo • Gregory M. Mueller • La´szlo´ G. Nagy • R. Henrik Nilsson • 48 48 49 2 Machiel Noordeloos • Jorinde Nuytinck • Takamichi Orihara • Cheewangkoon Ratchadawan • 50,51 52 53 Mario Rajchenberg • Alexandre G.
    [Show full text]
  • Habitat Type and Interannual Variation Shape Unique Fungal Pathogen Communities on A
    bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/545632; this version posted July 7, 2020. The copyright holder for this preprint (which was not certified by peer review) is the author/funder, who has granted bioRxiv a license to display the preprint in perpetuity. It is made available under aCC-BY-ND 4.0 International license. Habitat type and interannual variation shape unique fungal pathogen communities on a California native bunchgrass Johannah E. Farner1, Erin R. Spear1,2, Erin A. Mordecai1 1Biology Department, Stanford University, Stanford, California 94305 USA; 2 Smithsonian Tropical Research Institute, Panama City, Panama, Republic of Panama Author for correspondence: Johannah Farner E-mail: [email protected] Phone: 1 (805) 317 – 5432 1 bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/545632; this version posted July 7, 2020. The copyright holder for this preprint (which was not certified by peer review) is the author/funder, who has granted bioRxiv a license to display the preprint in perpetuity. It is made available under aCC-BY-ND 4.0 International license. Abstract The role of infectious disease in regulating host populations is increasingly recognized, but how environmental conditions affect pathogen communities and infection levels remains poorly understood. Over three years, we compared foliar disease burden, fungal pathogen community composition, and foliar chemistry in the perennial bunchgrass Stipa pulchra occurring in adjacent serpentine and nonserpentine grassland habitats with distinct soil types and plant communities. We found that serpentine and nonserpentine S. pulchra experienced consistent, low disease pressure associated with distinct fungal pathogen communities with high interannual species turnover. Additionally, plant chemistry differed with habitat type.
    [Show full text]
  • The First Record of a North American Poplar Leaf Rust Fungus, Melampsora Medusae, in China
    Article The First Record of a North American Poplar Leaf Rust Fungus, Melampsora medusae, in China Wei Zheng 1, George Newcombe 2 , Die Hu 3,4, Zhimin Cao 1, Zhongdong Yu 1,* and Zijia Peng 1 1 College of Forestry, Northwest A&F University, Yangling 712100, China; [email protected] (W.Z.); [email protected] (Z.C.); [email protected] (Z.P.) 2 College of Natural Resources, University of Idaho, Moscow, ID 83844, USA; [email protected] 3 College Life of Science, Northwest A&F University, Yangling 712100, China; [email protected] 4 College of Agricultural Science, University of Sydney, Sydney, ID 2570, Australia * Correspondence: [email protected]; Tel.: +86-137-7214-2978 Received: 5 January 2019; Accepted: 19 February 2019; Published: 20 February 2019 Abstract: A wide range of species and hybrids of black and balsam poplars or cottonwoods (Populus L., sections Aigeiros and Tacamahaca) grow naturally, or have been introduced to grow in plantations in China. Many species of Melampsora can cause poplar leaf rust in China, and their distributions and host specificities are not entirely known. This study was prompted by the new susceptibility of a previously resistant cultivar, cv. ‘Zhonghua hongye’ of Populus deltoides (section Aigeiros), as well as by the need to know more about the broader context of poplar leaf rust in China. Rust surveys from 2015 through 2018 in Shaanxi, Sichuan, Gansu, Henan, Shanxi, Qinghai, Beijing, and Inner Mongolia revealed some samples with urediniospores with the echinulation pattern of M. medusae. The morphological characteristics of urediniospores and teliospores from poplar species of the region were further examined with light and scanning electron microscopy.
    [Show full text]
  • Insights from Genomics and Transcriptomics Stéphane Hacquard, Benjamin Petre, Pascal Frey, Arnaud Hecker, Nicolas Rouhier, Sébastien Duplessis
    The poplar-poplar rust interaction: insights from genomics and transcriptomics Stéphane Hacquard, Benjamin Petre, Pascal Frey, Arnaud Hecker, Nicolas Rouhier, Sébastien Duplessis To cite this version: Stéphane Hacquard, Benjamin Petre, Pascal Frey, Arnaud Hecker, Nicolas Rouhier, et al.. The poplar- poplar rust interaction: insights from genomics and transcriptomics. Journal of Pathogens, 2011, EPUB 2011. hal-02642064 HAL Id: hal-02642064 https://hal.inrae.fr/hal-02642064 Submitted on 28 May 2020 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. The documents may come from émanant des établissements d’enseignement et de teaching and research institutions in France or recherche français ou étrangers, des laboratoires abroad, or from public or private research centers. publics ou privés. SAGE-Hindawi Access to Research Journal of Pathogens Volume 2011, Article ID 716041, 11 pages doi:10.4061/2011/716041 Review Article The Poplar-Poplar Rust Interaction: Insights from Genomics and Transcriptomics Stephane´ Hacquard, Benjamin Petre, Pascal Frey, Arnaud Hecker, Nicolas Rouhier, and Sebastien´ Duplessis Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Nancy Universit´e, Unit´e Mixte de Recherche 1136, “Interactions Arbres/Micro-organismes,” Centre INRA de Nancy, 54280 Champenoux, France Correspondence should be addressed to Sebastien´ Duplessis, [email protected] Received 6 April 2011; Accepted 28 June 2011 Academic Editor: Brett Tyler Copyright © 2011 Stephane´ Hacquard et al. This is an open access article distributed under the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.
    [Show full text]
  • New Reports of Melampsora Rust (Pucciniomycetes) on the Salix Retusa Complex in Balkan Countries
    (2020) 44 (1): 89-93 DOI: https://doi.org/10.2298/BOTSERB2001089S journal homepage: botanicaserbica.bio.bg.ac.rs Original Scientific Report New reports of Melampsora rust (Pucciniomycetes) on the Salix retusa complex in Balkan countries Miloš Stupar✳, Milica Ljaljević Grbić, Jelena Vukojević and Dmitar Lakušić University of Belgrade, Faculty of Biology, Institute of Botany and Botanical Garden “Jevremovac”, Takovska 43, 11000 Belgrade, Serbia ✳ correspondence: [email protected] Keywords: ABSTRACT: plant pathogen, distribution, Melampsora epitea, known to cause rust on the complex of Salix retusa prostrate Melampsora epitea, basidiomycete, willows distributed in the subalpine and alpine belt of the mountains of Central snow willows Europe, is here documented for the first time in Montenegro and North Macedonia growing at six localities. It is not new for Serbia, but the records come from a newly reported host, namely Salix serpyllifolia. The pathogen’s distribution presumably is UDC: 528.28:582.681.81(234.42) wider than initially believed, and further surveys need to be conducted. Received: 09 January 2020 Revision accepted: 04 February 2020 During field investigation of the complex of Salix retusa were collected, placed in bags and transported to a labo- (family Salicaceae) on the Balkan Peninsula, six popula- ratory in the Department of Algology, Mycology and Li- tions with many individuals infected with rust fungus chenology of Faculty of Biology, University of Belgrade for were documented (Fig. 1). proper screening of symptoms, documented and used for The complex of Salix retusa includes S. retusa L. (s.str), further analyses by light and scanning microscopy. Symp- S.
    [Show full text]