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Diversité Structurelle Et Évolution Contrastée Des Génomes Cytoplasmiques Des Plantes À Fleurs : Une Approche Phylogénomique Chez Les Oleaceae

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Diversité Structurelle Et Évolution Contrastée Des Génomes Cytoplasmiques Des Plantes À Fleurs : Une Approche Phylogénomique Chez Les Oleaceae REMERCIEMENTS Remerciements Mes premiers remerciements s'adressent à mon directeur de thèse GUILLAUME BESNARD. Tout d'abord, merci Guillaume de m'avoir proposé ce sujet de thèse sur la famille des Oleaceae. Merci pour ton enthousiasme et ta passion pour la recherche qui m'ont véritablement portée pendant ces trois années. C'était un vrai plaisir de travailler à tes côtés. Moi qui étais focalisée sur les systèmes de reproduction chez les plantes, tu m'as ouvert à un nouveau domaine de la recherche tout aussi intéressant qui est l'évolution moléculaire (même si je suis loin de maîtriser tous les concepts...). Tu as toujours été bienveillant et à l'écoute, je t'en remercie. Je te remercie d'avoir été aussi présent et de m'avoir épaulée lorsque j'en avais besoin. J'ai aussi beaucoup apprécié ta rigueur scientifique. Je te remercie pour ton investissement en termes de temps et d'énergie et pour tes retours constructifs lors de l'écriture des papiers ou du manuscrit. Merci de m'avoir fait confiance. Je te remercie de m'avoir donné la possibilité de faire des expérimentions à Montpellier lors de ma première année de thèse et de m'avoir permis de travailler sur d'autres projets tels que celui des acacias et des aulnes. Merci également de m'avoir fait partager les petits moments de bonheur/malheur et les aléas de la vie de chercheur, quasi quotidiennement (sûrement parfois au grand désespoir de mes chers collègues de bureau). Et puis, une thèse, c'est aussi la rencontre entre un doctorant et un directeur de thèse, c'est la rencontre de deux personnes et c'est la rencontre de deux caractères. Les nôtres sont assez différents, mais c'est aussi la complémentarité de nos caractères qui a fait que ces trois ans se sont aussi bien passés. Alors une dernière fois merci Guillaume, ces trois ans ont été pour moi une des expériences les plus enrichissantes scientifiquement, mais aussi humainement. Et puis j'espère que tu continueras à me raconter tes petites histoires d'Oleaceae, de graminées, de tortues, de pigeons, ... bref, tes petites histoires de science! *** Si je me suis lancée dans le projet fou de faire une thèse, ce n'est pas tout à fait par hasard, surtout une thèse sur les Oleaceae! Parfois, tout se joue à un détail … Tout a commencé en 2011. Petite stagiaire de L2 au laboratoire de Lille (Evo-Eco- Paléo, qui s'appelait alors GEPV), je travaillais sur l'auto-fécondation chez la Silene. Une partie de mon travail consistait à peser des feuilles de Silene et à préparer des plaques d'extraction. Alors que je pesais mes petites feuilles de Silene, un certain Pierre est arrivé dans la salle de manip et m'a gentiment fait remarquer que ma balance était mal calibrée et qu'il fallait que je travaille un peu plus proprement. Un détail. Un détail, certes, mais un détail qui témoignait d'une rigueur scientifique et qui m'a donné envie de travailler avec ce Pierre, que je ne connaissais absolument pas. L'année suivante, c'est donc tout naturellement que j'ai décidé d'effectuer mon stage de L3 avec Pierre Saumitou-Laprade. J'ai d'abord travaillé sur la répartition racinaire d'un sol calaminaire (en extrayant à la pince quelques milliers de racines de blocs de terre), puis j'ai rapidement bifurqué sur les questions liées aux systèmes de reproduction chez les Oleaceae. C'est ainsi que je tiens à remercier PIERRE SAUMITOU-LAPRADE. Merci Pierre de m'avoir fait partager ta passion pour la recherche et de m'avoir fait découvrir l'histoire étonnante et fascinante des systèmes de reproduction chez les Oleaceae. Merci pour ton écoute, ta rigueur scientifique et ta patience. Merci de m'avoir permis de faire des stages passionnants à tes côtés pendant plusieurs étés. Merci pour ces sorties terrains dans des lieux magnifiques : que ce soit dans la baie de Canche, dans le Platier d'Oye ou dans les Cévennes. - 1 - REMERCIEMENTS Merci pour ta bonne humeur, ta bienveillance et ton optimisme. Je remercie également PHILIPPE VERNET : travailler avec vous deux, Pierre et Philippe, a été particulièrement enrichissant pour moi. Je tiens aussi à remercier le laboratoire de Lille pour m'avoir accueillie en stages (obligatoires et volontaires) pendant plusieurs années. Travailler sur les Oleaceae m'a également permis de me réconcilier avec les équations. Je tiens en effet à remercier SYLVAIN BILLIARD pour m'avoir ouvert au monde de la modélisation. Je souhaite à tout étudiant (souhaitant faire de la modélisation ou non) d'être encadré par une personne comme toi. Merci pour ton sens de la pédagogie, merci pour ta patience et pour le temps que tu as toujours pris pour expliquer, voire ré-expliquer, certains principes, même les plus simples. Merci pour ton écoute ; merci d'être ouvert à toutes les questions, même celles qui nous paraissent les plus bêtes et naïves. Merci pour ton savant dosage entre la part d'encadrement et la part de liberté et d'autonomie accordées à tes étudiants. Travailler à tes côtés a été vraiment stimulant scientifiquement et intellectuellement. Merci pour nos discussions diverses ; c'est toujours un plaisir de discuter avec toi de sujets scientifiques, ou simplement de parler de la vie en général. Merci Sylvain. Ce sont donc ces différentes expériences scientifiques partagées avec Pierre, Philippe et Sylvain qui m'ont donné envie de faire de la recherche et qui m'ont amenée à faire cette thèse auprès de Guillaume; c'est pourquoi je tenais à les remercier à leur juste valeur. *** Je remercie la REGION MIDI-PYRENEES et le LABEX TULIP d'avoir financé cette thèse. Je remercie YAMAMA NACIRI, XAVIER VEKEMANS, JEROME DUMINIL, EMILIE LECOMPTE et CHRISTOPHE THEBAUD d'avoir accepté de faire partie de mon jury de thèse, et particulièrement YAMAMA NACIRI et XAVIER VEKEMANS d'avoir accepté d'être mes rapporteurs. Je remercie les membres de mes comités de thèse pour leurs remarques et leurs suggestions constructives : merci à PIERRE-OLIVIER CHEPTOU, RAFAEL RUBIO DE CASAS, SYLVAIN BILLIARD, PIERRE SAUMITOU-LAPRADE, PHILIPPE VERNET, HERVE PHILIPPE et PASCAL-ANTOINE CHRISTIN. Je remercie PIERRE-OLIVIER CHEPTOU de m'avoir permis de faire mes expérimentations au CEFE de Montpellier lors de ma première année de thèse. Par ailleurs, je remercie THIERRY MATHIEU et PAULINE DURBIN pour leurs soins apportés aux oliviers Laperrine situés dans le jardin expérimental du CEFE de Montpellier et d'avoir mis à ma disposition tout ce dont j'avais besoin lors de mes expérimentations. Je remercie JACQUES LEPART, PIERRE SAUMITOU-LAPRADE et PHILIPPE VERNET pour leur aide précieuse lors de ces expérimentations. Je remercie BENOIT DESPLANQUES pour son accueil dans son oliveraie et d'avoir mis à ma disposition ses oliviers pour effectuer mes manipulations. Je remercie HERVE PHILIPPE pour son aide et pour toutes les discussions constructives et enrichissantes que nous avons eu sur les conséquences génomiques d'un potentiel «paternal leakage ». Je remercie PASCAL-ANTOINE CHRISTIN pour son aide sur les analyses de sélection. - 2 - REMERCIEMENTS Je remercie MOHAMED MENSOUS, avec qui j'ai collaboré sur le papier de la diversité des plastomes chez les acacias. Je remercie l'ensemble des membres du LABORATOIRE EDB pour l'atmosphère de travail stimulante qui y règne. Merci à SOPHIE MANZI, AMAIA IRIBAR-PELOZUELO et HELENE HOLOTA pour leur aide et leur investissement dans la partie séquençage. Merci à DOMINIQUE PANTALACCI, CATHERINE CAUNES, LESLIE LEFRANC, LINDA JALABERT et NICOLE HOMMET pour toute la partie administrative. Je remercie tous les DOCTORANTS ET POST-DOC du labo (je ne me risquerai pas à tous vous nommer de peur d'en oublier) pour votre bonne humeur qui rend le quotidien plus agréable. Je remercie KEVIN pour son aide précieuse avec R. Un merci particulier à tous ceux qui ont partagé mon bureau : BORIS, LEA, ARTHUR, ISABELLE, MARINE et SEBASTIEN ; merci à tous pour votre bonne humeur et la bonne ambiance qui règne dans le bureau, merci de m'avoir supportée au quotidien, merci pour votre bienveillance, merci de m'avoir encouragée et rassurée dans les moments difficiles. Et désolée Marine, mais 2 ans dans le même bureau n'auront pas suffi pour me faire aimer le jazz (un jour, j'en suis sûre, j'aurai le déclic!). Merci à SANDRA. C'était un plaisir de faire du sport avec toi pendant 1 an, on remet ça dès que Cacahuète a pointé le bout de son nez ! Merci pour nos discussions diverses et variées (qui ressemblent souvent à des « réunions Tupperware », avouons-le...). Merci pour ton soutien et tes encouragements dans la dernière ligne droite. Merci à MARINA ; merci pour ton écoute et pour nos petites discussions de thésardes. Je te prie de m'excuser si durant ces trois dernières années je n'ai pas été suffisamment présente ou à l'écoute dans des moments où tu en aurais eu besoin. Merci à JAN. J'aurais tellement de remerciements à t'adresser... Si je suis arrivée au bout de cette thèse, c'est aussi grâce à ton écoute, tes encouragements, ta patience et ta bienveillance. Tu m'as épaulée au quotidien. Merci de m'avoir supportée, encouragée et soutenue lors de mes (nombreux) moments de doutes. Tu m'as apporté l'équilibre dont j'avais besoin. J'ai été heureuse de partager l'aventure de cette thèse, ou plutôt de nos thèses, avec toi et j'espère encore partager de nombreuses aventures à tes côtés. Enfin, je tiens tout particulièrement à remercier MES PARENTS. Bien que vous ne les connaissez pas personnellement, les noms de « Pierre », «Philippe », « Sylvain » ou « Guillaume » vous sont familiers depuis plus ou moins longtemps.
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