Rhizoctonia disease of tulip: characterization and dynamics of the pathogens Promotor: dr. J.C. Zadoks Emeritus hoogleraar in de ecologische fytopathologie Co-promotor: dr. N.J. Fokkema Hoofd Afdeling Mycologie en Bacteriologie, DLO-Instituut voor Plantenziektenkundig Onderzoek, IPO-DLO J.H.M. Schneider Rhizoctonia disease of tulip: characterization and dynamics of the pathogens Proefschrift ter verkrijging van de graad van doctor op gezag van de rector magnificus van de Landbouwuniversiteit Wageningen, dr. C.M. Karssen, in het openbaar te verdedigen op maandag 15 juni 1998 des namiddags te vier uur in de Aula Bibliographie data: Schneider, J.H.M., 1998 Rhizoctonia disease of tulips: characterization and dynamics of the pathogens. PhD Thesis Wageningen Agricultural University, Wageningen, the Netherlands With references - With summary in English and Dutch - 173 pp. ISBN 90-5485-8524 Bibliographic abstract Rhizoctonia disease causes severe losses during the production cycle of tulip. The complex nature of the disease requires a precise characterization of the causal pathogens. Typical bare patches are caused by R. solaniA G 2-t. Bulb rot symptoms are, apart from AG 2-t isolates, caused by R. solaniA G 5. AG 4 isolates seem of little importance in field-grown tulips. Anastomosis behaviour showed AG 2-t to be a homogeneous group, closely related to the heterogeneous group of AG 2-1 isolates. Pectic enzyme patterns discriminated tulip infecting AG 2-t isolates from AG 2 isolates not pathogenic to tulip. Geographically separated AG 2-t and AG 2-1 isolates, both pathogenic to tulip, differ in nucleotide number and sequence of ITS rDNA. Differential interaction between AG 2-t isolates and tulip cultivars was highly influenced by experimental conditions. According to geostatistical analysis field sampling intensity could be reduced down to 10% and still provided adequate disease severity maps. Bare patches due to natural and artificial infestation declined during successive croppings of bulbs, whereas bulb rot tended to increase. Temporal niche differentiation is one explanation for the decline phenomenon. The research described in this thesis was conducted at the DLO-Institute for Plant Protection (IPO-DLO), P.O. Box 9060, NL-6700 GW Wageningen, the Netherlands Part of this research was financed by the Dutch Urgency Programme for Research on Diseases and Breeding of Flower Bulbs BIBLIOTHEEK LANDBOUWUNIVERSITEIT WAGENINGEN Stellingen behorende bij het proefschrift 'Rhizoctonia disease of tulip: characterization and dynamics of the pathogens' 1) De aanduiding 'rhizoctonia ziekte' ('rhizoctonia disease') is weinig informatief, gaat voorbij aan het complex van pathogène Rhizoctoniasoorte n en dient dus vervangen te worden door de aanduiding 'rhizoctonia valplekken-ziekte' ('rhizoctonia bare patch') voor symptomen veroorzaakt door R. solaniA G 2-t en de aanduiding rhizoctonia bolrot voor het complex van pathogène anastomosegroepen van R. solani.D e aanduiding 'kwade grond' dient gereserveerd te blijven voor symptomen veroorzaakt door R. tuliparum. De aanduiding 'zomer kwade grond' voor R. solaniA G 2-t gaat voorbij aan het ontstaan van schade bij lage temperaturen en is derhalve onjuist. (Dit proefschrift) 2) Bij de ontwikkeling van duurzame en effectieve bestrijding van het complex van pathogène anastomosegroepen van Rhizoctoniasolani word t de ontwikkeling van de microflora in relatie tot de ontwikkeling van de tulpeplant in het veld te weinig onderkend; dit aspect verdient nadere studie. (Dit proefschrift) 3) De mate van versmelten van hyfen als criterium voor de onderverdeling van subgroepen binnen Rhizoctoniasolani A G 2 (Ogoshi, 1975) berust op een achterhaalde interpretatie van het anastomoseren van hyfen en is daarom niet meer geschikt als criterium voor identificatie. R. solaniA G 2-2 dient derhalve als een aparte anastomosegroep te worden beschouwd en niet als subgroep binnen AG 2. (A. Ogoshi, 1975. Review Plant Protection Research 8: 93-103; dit proefschrift) 4) Op grond van verschillen in het DNA kunnen anastomosegroepen (AG) van Rhizoctonia solani als aparte soorten worden beschouwd, met als ongewenste consequentie dat minstens 12 soorten hetzelfde perfecte stadium hebben, Thanatephoruscucumeris. Het verdient de voorkeur de pathogène groepen binnen een AG met waardplant gerelateerde termen als variëteit, b.v. R. solani AG 2 var. tulipa, aan te duiden. Bij de opzet van een dergelijk classificatie-systeem dienen moleculaire en biochemische kenmerken in overweging te worden genomen. (A. Ogoshi, 1996. pp 1-10 in Sneh et al. (Eds) Rhizoctoniaspecies : taxonomy, molecular biology, ecology, pathology and disease control, Kluwer, Dordrecht) 5) De suggestie van Yang et al. dat de expressie van pectine afbrekende enzymen van veldisolaten van Rhizoctoniasolani doo r een complex van regulerende en modificerende genen wordt geregeld is genetisch niet onderbouwd en gaat voorbij aan het fenotypische karakter van het tot expressie komen van pathogeniteit. (H.A. Yang et al, 1994. J. Phytopathology 141:259-266 ) 6) Van Peter Scheele is geen constructieve bijdrage aan de wetenschappelijke discussie over macro-evolutie te verwachten. Een oproep tot discussie omtrent dit thema lijkt eerder ingegeven te zijn uit promotionele en commerciële overwegingen. (Bionieuws (1997) 20: 2-3) 7) Precisielandbouw is eerder voer voor techneuten dan voor agrariërs. Een goede boer heeft het niet nodig en een minder goede boer zal het niet gebruiken. (LT Journaal (1998) 6: 4-5) 8) Bij iedere formule die je presenteert verlies je de helft van de toehoorders (C.G. Gilligan, pers comm.). Het is daarom niet verwonderlijk dat weinig studenten het statistisch onderwijs volgen buiten de verplichte vakken. 9) Vanuit het oogmerk van natuurbescherming dient eerder de toestroom van Ecuadorianen van het vaste land naar de Galapagos eilanden te worden gereguleerd, dan de toestroom van toeristen naar de Galapagos eilanden. 10) In zijn 'vision statement' gaat het International Potato Center (CIP) ten onrechte voorbij aan het bevorderen van de teelt van lokale wortel- en knolgewassen. (http://www.cipotato.org/org/vision.htm) 11) Een evenwichtig beheer van de biodiversiteit in de Noordzee is van belang voor een duurzame, productie-ecologisch verantwoorde exploitatie van de visstand. (naar aanleiding van J.W. Henfling in WUB (1998) 14:5 ) 12) De dalende prijs van de PC en toenemende bezuinigingsdrift bij de overheid brengen het gevaar met zich mee dat onderzoek aan de 'Groene Ruimte' binnen korte tijd alleen nog in de 'Virtuele Ruimte' gedaan kan worden. 'Virtueel Onderzoeks Centrum' is een toepasselijke naam voor een dergelijk centrum. 13) Indien de dienstverlenende taken van de politie, zoals file-meldingen, kostendekkend aan de burger moeten worden aangeboden krijgt 'de gele prent' een heel andere kleur. J.H.M. Schneider Wageningen, 15 juni 1998 CONTENTS Chapter 1. General introduction Chapter 2. Characterization of Rhizoctonia solaniA G 2 isolates 17 causing bare patch in field-grown tulips in the Netherlands Chapter 3. Identification of Rhizoctoniasolani isolate s associated 39 with field-grown tulips using ITS rDNA polymorphism and pectic zymograms Chapter 4. Exploring differential interaction of Rhizoctoniasolani 63 AG 2-t isolates on tulip cultivars Chapter 5. Sampling efficiency of R/zz'zoctoma-infected tulip bulbs 89 as determined by means of geostatistics Chapter 6. Spatial and temporal distribution of rhizoctonia disease 115 in four successive growing seasons Chapter 7. General discussion 139 References 151 Summary 161 Samenvatting 165 Nawoord 169 List of publications 171 Curriculum vitae 173 Chapter 1 General introduction General introduction General introduction The tulip Tulip is the most important commercial flower bulb crop worldwide with the Netherlands as the market leader. Tulips cover approximately 50% of the Dutch flower bulb production area (Table 1). In 1996, the total Dutch flower bulb market share in world flower bulb production was approximately 65% (IBC, 1997). The majority of Dutch flower bulbs (75%) were exported. In 1996, the three major importing countries were the USA, Japan and Germany (Table 2). In 1993, the production value of the total flower bulb production was approximately 1030 million NLG, which was 8.3% of the horticultural production value and 2.8% of the total agricultural and horticultural production value (Ministerie, 1995). Table 1. Flower bulb production area in hectare in the Netherlands; production and export value. Crop Year 90/91 91/92 95/96 Tulip 7128 7462 9365 Lily1 2359 3580 Gladiolus 2017 1405 Narcissus 1652 1533 1480 Hyacinth 933 878 1070 Iris 726 738 700 Crocus 506 501 635 Dahlia 475 405 Others 250 Total (ha) 15963 18890 Production value (min NLG) 921 1110 Export value (min NLG) 1102 1363 1 The area for 'scale propagation' excluded. Rhizoctonia disease The tulip belongs to the family Liliaceae, Monocotyledonae. The genus Tulipa comprises two subgenera, Tulipa (formerly Leiostemones) and Eriostemones, of which the species could not be intercrossed until recently (Van Eijk et al, 1991). The present day tulips are classified according to their botanical origin, their outdoor flowering period and the perianth morphology (Classified List, 1987; Table 3). The tulip, originating from Central Asia (Hoog, 1974), was probably cultivated as early as the 12th century near Persia (Botschantzeva, 1982). These tulips, classified as T. gesneriana (Le Nard and De Hertogh, 1993), were introduced into Europe via Turkey after the middle