Plague in Maghreb
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Maliya Alia MALEK Plague in Maghreb Thèse de Doctorat 2016 Pathologies Humaines & Maladies Infectieuses Faculté de Médecine de Marseille Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE) AIX-MARSEILLE UNIVERSITE FACULTE DE MEDECINE DE MARSEILLE ECOLE DOCTORALE DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA SANTE Thèse de Doctorat Pour obtenir le grade de Docteur d’Aix-Marseille Université Discipline : Pathologie humaine Spécialité : Maladies infectieuses Mademoiselle Maliya Alia MALEK La Peste au Maghreb Soutenance le 05/07/2016 devant le jury : Rapporteur : Monsieur le Professeur Max MAURIN Rapporteur : Monsieur le Docteur Florent SEBBANE Examinateur : Monsieur le Professeur Directeur de thèse : Monsieur le Professeur Michel DRANCOURT Co-Directeur de thèse : Monsieur le Docteur Idir BITAM Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes URMITE, UMR CNRS 7273, IRD 198, INSERM 1095 Faculté de Médecine, Marseille 13005, France. Directeur : Prof Didier RAOULT Avant Propos Le format de présentation de cette thèse correspond à une recommandation de la spécialité Maladies Infectieuses et Microbiologie, à l’intérieur du Master des Sciences de la Vie et de la Santé qui dépend de l’Ecole Doctorale des Sciences de la Vie de Marseille. Le candidat est amené à respecter des règles qui lui sont imposées et qui comportent un format de these utilisé dans le Nord de l’Europe et qui permet un meilleur rangement que les thèses traditionnelles. Par ailleurs, la partie introduction et bibliographie est remplacée par une revue envoyée dans un journal afin de permettre une évaluation extérieure de la qualité de la revue et de permettre à l’étudiant de commencer le plus tôt possible une bibliographie exhaustive sur le domaine de cette thèse. Par ailleurs, la thèse est présentée sur article publié, accepté ou soumis associé d’un bref commentaire donnant le sens général du travail. Cette forme de présentation a paru plus en adéquation avec les exigences de la compétition internationale et permet de se concentrer sur des travaux qui bénéficieront d’une diffusion internationale. Prof. Didier Raoult Sommaire 1. Résumé………………...……………………………………….…..….... 1 2. Abstract………………………………………………………………..... 3 3. Introduction et objectifs..…………………………..………………..….. 7 4. Chapitre I : La peste en Afrique du Nord……………….……………... 17 4.1. Review : Plague in Arab Maghreb, 1940-2015 a review………..… 21 5. Chapitre II : Foyers de peste enzootique, Algérie…..…....………….… 43 5.1 Article 1 : Enzootic plague foci, Algeria……………………..……… 45 6. Chapitre III : Halo-tolérance et révélation des foyers de peste...……. 55 6.1 Article 2 : Yersinia pestis halotolerance illuminates plague reservoirs 57 7. Conclusion et perspectives........………………….................................. 87 8. Références.………………..……….………………………………..…. 89 Remerciements Pour commencer, je voudrais exprimer mes très vifs remerciements à un génie de la recherche, mon directeur de thèse, Michel DRANCOUR, pour m’avoir intégrée à son équipe et pour m’avoir donné les moyens de parvenir au bout de ce travail de recherche et au terme de cette thèse. Il fallait une bonne dose d’intuition pour m’accepter au départ, de patience pour m’encadrer quand j’avais besoin d’une direction et de confiance pour me permettre d’apporter les idées qui ont fait de mon travail une véritable production scientifique. Je suis heureuse d’avoir côtoyé une personne qui réunit toutes ces qualités et je lui souhaite beaucoup de réussite dans la poursuite de son titanesque travail qui l’attend à l’IHU Méditerranée Infection, et auquel j’espère avoir apporté une modeste pierre. Une profonde gratitude à mon co-directeur de thèse Idir BITAM avec qui le chemin fut long et tumultueux. Sa confiance en moi m’a rendue maîtresse de mon travail et chef des lieux de son service. Nous avons parcouru bien des terres à la recherche de cette « peste » et nous avons fini par avoir la main dessus, espérons que notre travail sera à l’origine de bien des perspectives alléchantes. Ma reconnaissance au Professeur Didier RAOULT pour son accueil dans son prestigieux laboratoire. Je tiens à remercier Monsieur le Professeur Max MAURIN ainsi que le Docteur Florent SEBBANE, membres de mon jury, d’avoir accepté d’évaluer minutieusement mon travail. A Olga, Sandrine, Abdel, Claire et Maya qui m’ont soutenue ces années, un grand merci. À la P3 team : Nathalie, Jérôme, Jean-Marc mais surtout Muriel, à qui je dois mes premiers pas dans le NSB3 et qui a été aussi bien formatrice sur paillasse que dans la vie… A Michèle pour sa patience et sa disponibilité, sans oublier Christine et Stéphanie à l’APHM. Mes remerciements également à Annick et son équipe de choc : les techniciennes de l’URMITE qui avec leur patience et leur confiance ont su apporter une touche inoubliable à la réalisation de ce travail. Sans oublier bien sûr LE couple de l’Unité, Marielle et Sylvain à qui je souhaite une vie heureuse avec la petite Amandine. Je n’oublierai jamais les encouragements prodigués avec générosité venant du cœur de la personne par qui tout se fait et sans qui rien ne se fait : Valérie, Francine la joie de l’Unité ainsi que Micheline pour son accueil et ses conseils pour notre intégration. J’ai beaucoup profité des discussions abordées avec Claude, que ce soit pour m’apporter une précieuse aide face à un problème à résoudre ou bien que nous partagions notre intérêt pour les merveilles de la nature. J’adresse également de chaleureux remerciements à ceux qui ont ajouté leurs conseils, leur expérience, leur bonne volonté et leur bonne humeur à mon chemin durant ces quatre années. Les doctorants devenus docteurs, en particulier Shady, Rita, mais aussi Joanne et Sophia qui ont été ma famille à Marseille ! À tous une excellente continuation ! Ainsi que tous ceux que j’oublierai de mentionner et qui ont garni mon chemin de ces moments forts, propres à égayer le temps de la recherche. Un immense remerciement à madame Yasmina Benazzoug une femme que j’admire et sans qui tout cela n’aurai jamais été possible. Je suis heureuse d’avoir pu explorer des territoires aussi éloignés dans mon pays d’origine qu’est l’Algérie et espère dans l’avenir avoir la chance de découvrir d’autres merveilleux horizons dans un autre pays encore plus grand et avec des paysages encore plus diverses, le Brésil, mon pays natal. Et pour finir, un grand saut vers l’extérieur… Ma profonde gratitude A mes parents, les plus merveilleux que l’on puisse avoir… merci pour l’éducation pleine d’Amour que vous m’avez inculquée, grâce à vous j’ai hérité d’un grand cœur comme le vôtre qui me mènera très loin. Merci pour votre confiance qui m’a permis de me propulser dans la vie. Sans vous, je n’aurai pas pu concrétiser ces rêves, c’est de vous que me vient l’ambition de dépasser les limites. A Hannah mon adorable sœur qui a toujours su trouver les mots adéquats pour révéler mes capacités et me soutenir dans les moments les plus durs. A mes frères Raouf, Lies, Chakib et Arslan, les 4 mousquetaires… qui m’ont depuis mon jeune âge, chouchoutée, dorlotée mais surtout soutenue et encouragée. A mes belles-sœurs qui sont de précieuses sœurs… A ma joie, mon bonheur... mon neveu Fares et mes nièces Ranya, Amina, Chérifa et Baya qui par leur Amour, leur innocence, leur tendresse redonnent goût à la vie. Et enfin à toi, qui est mon présent et sera mon avenir, toi qui me renforce et me complète mon Mehrez … 1. Résumé Yersinia pestis est l'agent causal de la peste, une maladie à transmission vectorielle enzootique infectant les rongeurs et leurs puces, l’Homme étant un hôte accidentel. Y. pestis est classée par les Centers for Diseases Control comme un agent potentiel de bioterrorisme [http://www.bt.cd.gov/agent/plague]. Ce bacille persiste toujours dans la nature maintenu par un cycle enzootique dans des foyers de peste, ce qui conduit à la réémergence de la maladie en cas de proximité des populations humaines et ce jusqu’à plusieurs décennies plus tard. Il est donc important pour la communauté médicale de connaitre ces foyers afin d’établir le bon diagnostic en présence d’un cas de peste, prescrire le traitement efficace et surtout limiter la propagation au reste de la population. Dans notre travail nous nous sommes intéressés aux pays d’Afrique du Nord où une réémergence a eu lieu après des années de ‘silence’ et ce à trois reprises dans les années 2000. Nous avons, dans un premier temps, répertorié dans une revue les différents épisodes ayant eu lieu ainsi que le nombre de cas sur six pays du Maghreb: Mauritanie, Maroc, Algérie, Tunisie, Libye et Egypte sur une période de 75 années à compter de 1940 en mettant en évidence l’importation de la maladie dans ces pays puis un mode de contamination négligé dans la littérature, à savoir la transmission par voie orale de Y. pestis. Cette revue nous a conduits à travailler ensuite en Algérie pour mettre en évidence des foyers de peste encore inconnus et de confirmer l’existence du risque dans ceux déjà décrits. Nous y avons mené une étude rodontologique sur 237 micromammifères provenant de 11 régions du Nord Algérien et avons ainsi confirmé deux foyers (Mascara, Laghouat) et mis en Résumé |1 évidence trois nouveaux foyers (M’Sila, Biskra et Cap Djinet) porteurs d’un nouveau génotype (déterminé par Multi Spacer Typing) de Y. pestis de biotype Orientalis. Ce même travail nous a permis d’ajouter l’espèce Apodemus sylvaticus à la liste des rongeurs pestiférés. La projection des foyers de peste ainsi actualisés sur une carte géographique et écologique du Maghreb nous a conduits à observer que les foyers de peste étaient situés à proximité de points d’eau saumatre.