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Chapitre 3. CARACTERISATION ISOTOPIQUE ET BIOCHIMIQUE DES

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Chapitre 3. CARACTERISATION ISOTOPIQUE ET BIOCHIMIQUE DES Thèse de doctorat d’Aix-Marseille Université, Institut Méditerranéen d’Oceanographie Ecole doctorale Sciences de l’environnement, Spécialité Océanographie Présentée par Pierre Cresson Pour obtenir le titre de docteur d’Aix-Marseille Université Fonctionnement trophique des récifs artificiels de la baie du Prado (Marseille, France) : origine et devenir de la matière organique Soutenue le 24 mai 2013, devant le jury composé de : Pr. Philippe Lenfant, Université Perpignan Via Domitia .................................... Rapporteur Dr. Pascal Riera, Université Pierre et Marie Curie Paris VI, .............................. Rapporteur Pr. Charles-François Boudouresque, Aix-Marseille Université - MIO .............. Examinateur Pr. Enrique Macpherson, CSIC – Centre d’Estudis Avançats de Blanes ........... Examinateur Dr. Mireille Harmelin-Vivien, CNRS – MIO .............................................. Directrice de thèse Dr. Sandrine Ruitton, Aix-Marseille Université – MIO ............................... Directrice de thèse 3 4 « Ad augusta, per angusta» Victor Hugo, Hernani « Docteur, […] quand je fais ça, je peux pas le faire » Coluche, Le cancer du bras droit Cresson P. 2013. Fonctionnement trophique des récifs artificiels de la baie du Prado (Marseille, France) : origine et devenir de la matière organique. Thèse de doctorat, spécialité Océanographie. Aix Marseille Université. Marseille, France. 284 pp 5 REMERCIEMENTS Avant de commencer à exposer l’ensemble des résultats obtenus durant ces trois ans de thèse, il est légitime de remercier les gens qui ont permis qu’elle soit menée à bien. Cette thèse a été commencée au sein du laboratoire LMGEM du Centre d’Océanologie de Marseille, et s’est terminée au sein de l’équipe EMBIO du MIO, Institut Méditerranéen d’Océanographie, laboratoire membre de l’OSU Pythéas. Je souhaite donc remercier Yvan Dekeyser, directeur de l’ancien COM et qui a dirigé à titre provisoire l’OSU Pythéas durant une grande partie de ce travail, Richard Sempéré, directeur de l’ancien laboratoire LMGEM et du nouveau MIO et François Carlotti, directeur de l’équipe EMBIO. Pendant ces trois ans de thèse, j’ai eu l’immense privilège de pouvoir bénéficier du soutien permanent et complémentaire de mes deux directrices de thèse, Mireille Harmelin- Vivien et Sandrine Ruitton. Merci de m’avoir toujours fait profiter de vos expertises différentes mais si complémentaires et tellement utiles ! Merci Sandrine d’avoir été systématiquement présente pour toute la partie « terrain », notamment certaines sorties hivernales par des températures pas toujours clémentes. J’ai aussi souvenir d’un dimanche matin où tu as répondu présente pour ne pas me laisser tout seul avec un « certain » nombre de poissons issus d’une pêche expérimentale ! Mireille, merci pour cette capacité à synthétiser et à aller à l’essentiel quand j’avais tendance à me compliquer la vie. Et merci aussi d’avoir essayé de m’inculquer cette capacité à limiter les phrases interminables, dont on a oublié le début quand on finit de les lire ! Je pense que c’est un peu mieux sur la fin ! J’aimerais également exprimer ici ma plus grande reconnaissance à Marie-France Fontaine, qui a effectué un travail considérable pour réaliser l’ensemble des dosages biochimiques de cette thèse (quasiment 3500 analyses), toujours avec la plus grande rigueur mais aussi avec une bonne humeur communicative et autour de discussions à propos de tout et de rien très agréables ! Marie-France, je te souhaite le meilleur pour la suite ! Merci aux membres du jury, Philippe Lenfant, Pascal Riera, Charles-Francois Boudouresque et Enrique Macpherson d’avoir accepté avec autant d’enthousiasme de bien vouloir prendre le temps d’évaluer ce travail. Vos champs de compétences multiples et complémentaires dans les thématiques au sein desquelles ma thèse s’inscrit (isotopie stable, 6 écologie des poissons, fonctionnement des récifs artificiels, écologie méditerranéenne) seront à n’en pas douter une véritable valeur ajoutée à mon travail. Ce travail de thèse s’inscrit dans le cadre du programme RECIFS PRADO, porté par Emilia Médioni. Il a été soutenu par des financements de l’Agence de l’Eau Rhône Méditerranée Corse, représentée par Pierre Boissery et de la ville de Marseille. Merci à vous pour ce soutien. Pendant ces trois ans (et même plus si on prend en compte mon stage de M2), j’ai eu la chance de travailler dans un contexte scientifique propice aux discussions permanentes, aux échanges de bonnes idées et aux remarques toujours constructives. Merci donc à Charles François Boudouresque et Marc Verlaque pour vos connaissances tellement nombreuses sur les écosystèmes méditerranéens en général et sur le macrophytobenthos en particulier. Merci à Marc pour la vérification des déterminations de certaines espèces de macroalgues pour lesquelles subsistaient des doutes. Merci à Daniela Banaru, avec qui les discussions « isotopes stables » m’ont permis de mieux appréhender certains problèmes complexes. Merci aussi pour les remarques qui ont amélioré le schéma fonctionnel final. Et puis, mine de rien, c’est grâce à toi que je sais faire des « boulettes » pour préparer les échantillons aux analyses isotopiques ! Avec plus de 2000 analyses isotopiques nécessaires à la réalisation de cette thèse, l’apport est conséquent ! J’ai pu aussi échanger en permanence, et surtout autour du thé, avec l’ensemble des membres du GIS Posidonie et principalement ceux qui se consacraient au suivi des récifs (Laurence Le Diréach, Patrick Astruch et Elodie Rouanet), qui ont mis plus souvent que moi la tête sous l’eau pour aller voir les récifs et avec qui les discussions « Récifs Artificiels» ont toujours été très intéressantes et utiles. Merci aussi d’avoir toujours accepté de mettre vos données à ma disposition. Merci aussi à Michelle Perret-Boudouresque (et bien sûr à Diego !) pour ta disponibilité et ta gentillesse pour aller chercher des publis complètement incongrues, qui ne doivent plus exister qu’à la bibliothèque du 6ème étage ! Grace à toi, j’ai quand même pu lire et citer une publication en slovène de 1974 sur la biochimie des algues brunes ! Un grand merci et une grande reconaissance à Dominique Estival, toujours disponible pour rendre service avec tous ces papiers et toutes ces signatures ! Une partie des résultats concernant les isotopes stables et les contenus stomacaux des poissons ont été acquis par le travail effectué par Mélanie Ourgaud durant son stage de 7 Master 2. Merci aussi à Christian Ré pour le coup de main et la préparation d’une partie des analyses isotopiques des invertébrés. L’ensemble de ces analyses ont été effectuées au sein de l’UMR LIENSs de l’Université de la Rochelle par Gaël Guillou et Pierre Richard. Merci pour votre disponibilité et votre efficacité pour réaliser ces analyses et répondre aux questions que j’ai pu me poser durant ces trois ans de travail. L’étude d’un réseau trophique est nécessairement un travail complexe, dont la compréhension nécessite un ensemble de données impossible à acquérir tout seul, et fournies gracieusement par les membres du MIO qui travaillaient sur ces sujets : Melek Golbol et Anne Desnues (chl. a, nutrients et peuplements phytoplanctoniques en mer), Marion Fraysse (nutrients dans l’Huveaune), Christophe Yohia (vent), Gilles Rougier (pluviométrie), Patrick Raimbault (données SOMLIT), Bertrand Millet (hydrodynamisme de la baie de Marseille). Merci également à Jean-Yves Jouvenel, Romain Bricout et l’ensemble des membres de P2A Développement qui nous ont permis de disposer des poissons échantillonnés dans le cadre des pêches expérimentales. Merci aussi à Bernard de Ligondes, Frederic Zuberer, Grégori Bleton et Laurent Vanbostal du service plongée de l’OSU Pythéas pour les coups de main sur et sous l’eau lors de l’ensemble des missions d’échantillonnage. Merci aussi à tous les thésards, de Marseille ou d’ailleurs. Merci à Jean Charles, digne représentant des ZZtopistes à moustaches roscovites, pour les questions sur le script de SIAR et pour la qualité de l’accueil breton, jamais remis en cause, ce qui est notable pour un normand ! Un coucou à Charlotte, dont la chronologie fait que je peux la citer alors qu’elle n’a pas pu, et surtout merci pour les questions qui ne mettent pas du tout le doute : « La somme de la biochimie chez moi ça fait à peine 20 % ? Tu as quoi comme résultats toi ? Comment tu définirais simplement un intervalle de confiance bayésien à 95 %». Merci à Yoan pour les coups de main en stats et sous R. Quoi qu’il arrive, tu resteras « le meilleur d’entre nous », même si je persiste à penser qu’une cravate rouge aurait été beaucoup plus jolie pour ta soutenance. Promis, je vote pour toi en 2042 ! Merci Jenny pour tous les papiers que tu étais (presque) la seule à pouvoir me faire passer. Et merci pour les cadeaux de Noël en provenance directe de Dublin, via Portsmouth ! ¡Un fuerte ánimo para Sebastián por la parte final de tu doctorado, tus tiburones y tus ojos de peces, a pesar de los malos olores! ¡Y gracias por las tartas de frambuesa! Bien qu’elle ne soit pas thésarde, même malgré son Science, une petite pensée ici pour ma binôme Sophie, son manchot et ses cartes postales improbables ! Une pensée amicale aussi pour Ben (et Sirius, tant qu’à citer les chiens !) qui est parti vers une autre voie… 8 Enfin, merci à tous les amis qui ont été autour de moi durant ces trois ans, à commencer par Fab. Tu apparais là mais tu aurais pu apparaître dans tous les paragraphes (à part peut-être dans le jury…). Je vais rester bref parce que 3 pages ne seraient pas de trop ! Merci pour les coups de main en stats, sur le terrain quand il faisait froid, en salle de tri, avec Illustrator, à corriger des présentations et à traquer les virgules récalcitrantes dans la biblio, mais aussi et surtout pour les plongeons sur un terrain de bad, en cuisine, devant un match… Quel dommage que tes goûts rugbystiques soient si discutables, tu aurais pu être parfait ! Fanny, tu aurais aussi pu être citée dans la catégorie des thésards, mais je crois qu’on a échangé plus de choses hors du boulot, entre autres avec un détendeur dans la bouche ! Tu te souviens de tous les groupes de mollusques ? Des bises en vrac à Emilie, Lolo et tous les autres pour les bons moments passés ensemble.
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