DOCSLIB.ORG

Duleba Mónika Környezettudományi Doktori Iskola II

Total Page：16

File Type：pdf, Size：1020Kb

Download full-text PDF Read full-text
Duleba Mónika Környezettudományi Doktori Iskola II Algaközösségek ökológiai, morfológiai és genetikai diverzitásának vizsgálata Duleba Mónika Környezettudományi Doktori Iskola II. évf. Témavezető: Dr. Ács Éva Előzmények • Pályázat - Pannon ökorégió 9 jellegzetes, szárazföldi, vízi, vizes élőhelyének kevéssé zavart és zavart változatának ökológiai, morfológiai és genetikai diverzitásának meghatározása – része: eukarióta alga-közösségek • Zavarás bióta válasza közösséget alkotó fajok adaptációs képességétől genetikai diverzitástól függ • A közösség-szintű diverzitás felmérésének alapja a fajok egyértelmű megkülönböztetése Célkitűzések 1. Diverzitás vizsgálat közösségi szinten: • A különböző élőhely-komplexek mikrobiális diverzitásának összehasonlítása Balaton bentikus mikrobiális közössége 2. Diverzitás vizsgálat faj/populáció szinten: • Egy szűk elterjedésű morfológiai variabilitást alig mutató faj kiválasztása – Melyik tengeri faj a legközelebbi rokona? – Datálható-e a faj édesvízbe való kerülése ill. legközelebbi rokontól való elválása? • Egy széles körben elterjedt és nagy morfológiai variabilitást mutató faj kiválasztása – Az egyes populációk közt kimutatható-e genetikai különbség? – A nagy morfológiai variabilitás mögött több kriptikus faj rejlik-e? – A vele együtt előforduló fajok filogenetikai helyzete? Kiválasztott fajok: Skeletonema potamos • A Skeletonema genus egyetlen édesvízi faja; Skeletonema subsalsum (ritkán) • A Duna nyári fitoplanktonjának meghatározó tagja • Filogenetikai helyzete nem tisztázott Célkitűzések 1. Diverzitás vizsgálat közösségi szinten: • A különböző élőhely-komplexek mikrobiális diverzitásának összehasonlítása Balaton bentikus mikrobiális közössége 2. Diverzitás vizsgálat faj/populáció szinten: • Egy szűk elterjedésű morfológiai variabilitást alig mutató faj kiválasztása – Melyik tengeri faj a legközelebbi rokona? – Datálható-e a faj édesvízbe való kerülése ill. legközelebbi rokontól való elválása? • Egy széles körben elterjedt és nagy morfológiai variabilitást mutató faj kiválasztása – Az egyes populációk közt kimutatható-e genetikai különbség? – A nagy morfológiai variabilitás mögött több kriptikus faj rejlik-e? – A vele együtt előforduló fajok filogenetikai helyzete? Anyag és módszer Skeletonema – specifikus rbcL - (szennyezés miatt) primerek tervezése 4 génre (filogenetikai információ) Plasztiszban: psbC trnK ycf12 ycf9 ~1100bp Sejtmagban: 18S rDNS 28S rDNS ITS1 5,8S ITS2 ~950bp ~1100bp Anyag és módszer • Mintavétel: Duna (Göd) 2011. június • Tenyésztés nehéz • Sejtek izolálása - mikromanipulátor • DNS-izolálás (kevés sejt, törékeny váz!) (semi)nested PCR szekvenálásillesztéstörzsfa Stephanodiscus minutulus 74 Stephanodiscus hantzschii Eredmények 72 Cyclostephanos invisitatus 81 Cyclotella bodanica 31 18S rDNS törzsfa Cyclotella ocellata 22 Discostella pseudostelligera Detonula pumila 11 33 Thalassisiosira angustelineata (neighbour joining 77 Thalassiosira nodulolienata 64 módszer, maximum Minidiscus trioculatus composite likelihood 57 Bacterosira bathyomphala szubsztitúciós modell, 29 Shionodiscus ritscheri gamma eloszlás, 64 Thalassiosira oceanica bootsrap, 500 ism.) Skeletonema menzellii Skeletonema potamos 99 96 Skeletonema pseudocostatum CCAP1077 7 I 46 Skeletoenma pseudocostatum CCAP1077 7 B 97 Skeletonema subsalsum 52 Skeletonema costatum NB02 45 2A 98 69 66 Skeletonema costatum NB02 45 A Skeletonema japonicum 73 Skeletonema grethae CCAP1077 3 63 Skeletonema costatum CCAP1077 3 61 Skeletonema costatum CCAP1077 4 93 Cyclotella meneghiniana LS03 01 Cyclotella striata 100 Thalassiosira pseudonana ETC1 100 Thalassiosira pseudonana CCMP1057 Porosira pseudodenticulata Lauderia annulata 0.01 95 Stephanodiscus minutulus Eredmények 82 Stephanodiscus hantzschii 79 Cyclostephanos invisitatus Cyclotella ocellata 28S rDNS törzsfa 49 99 Cyclotella bodanica 17 Discostella pseudostelligera 3 Shionodiscus ritscheri (neighbour joining 12 Bacterosira bathyomphala módszer, maximum 28 Detonula pumila composite likelihood 37 Minidiscus trioculatus szubsztitúciós modell, Thalassiosira nodulolineata gamma eloszlás, Thalassiosira angustelineata 47 bootsrap, 500 ism.) 60 Skeletonema subsalsum 90 29 Skeletoenema potamos Skeletonema costatum 68 100 Skeletonema menzelii Skeletonema japonicum 99 100 Skeletonema pseudocostatum 95 Skeletonema grethae 4 99 93 Cyclotella stylorum Cyclotella meneghiniana LS03 01 99 Thalassiosira pseudonana ETC1 100 Thalassiosira pseudonana CCMP1057 Thalassiosira oceanica Porosira pseudodenticulata Lauderia annulata 0.05 100 Stephanodiscus minutulus Eredmények 58 Stephanodiscus hantzschii 87 Cyclostephanos invisitatus Cyclotella ocellata psbC törzsfa 16 95 Cyclotella bodanica Discostella pseudostelligera 16 37 Thalassiosira nodulolineata (neighbour joining Minidiscus trioculatus módszer, maximum 13 20 Bacterosira bathyomphala composite likelihood 27 Thalassiosira angustelineata 6 szubsztitúciós modell, Shionodiscus ritscheri gamma eloszlás, Detonula pumila Thalassiosira pseudonana ETC1 bootsrap, 500 ism.) 22 22 100 Thalassiosira pseudonana CCMP1057 99 Skeletonema subsalsum Skeletonema potamos 98 Skeletonema menzellii 40 Skeletonema costatum 95 Skeletonema japonicum 49 Skeletonema pseudocostatum 81 77 Skeletonema grethae CCAP1077 4 100 Skeletonema grethae CCAP1077 3 Thalassiosira oceanicia Lauderia annulata 99 Porosira pseudodenticulata Cyclotella stylorum 98 Cyclotella meneghiniana LS03 01 0.01 Eredmények • Fa kalibrálása fosszilis adatok alapján: – Stephanodiscus megjelenése: min. 5 Mév (Sim et al., 2006) – Pinnularia megjelenése: min. 40 Mév (Souffreau et al., 2011) – Pinnularia borealis megjelenése: min. 13 Mév (Souffreau et al., 2011) • Skeletonema subsalsum - S. potamos ág leválása: min. 8,4 Mév (18S rDNS), min. 1,9 Mév (28S rDNS) • S. subsalsum és S. potamos elválása: min. 5,1 Mév (18S rDNS), min. 0,84 Mév (28S rDNS) mindhárom gén konszenzus fa kell Sellaphora_blackfordensis P_borealis_Tor12d 37,2647 8,0074 P_borealis_v_subislandica 5,0399 13,9329 P_borealis_Alka1 Pinnularia_viridis 11,3048 Pinnularia_nodosa 18S rDNS törzsfa Discostella_pseudostelligera Cyclotella_ocellata 11,3791 elválási időkkel Stephanodiscus_hantzschii 6,5344 0,6204 Stephanodiscus_minutulus_Y98_1 (max likelihood, 1,4519 Stephanodiscus_minutulus_Y95_6 GTR, gamma) 16,5036 4,6958 Stephanodiscus_neoastraea 0,7904 Cyclostephanos_invisitatus 56,1875 Thalassiosira_nodulolineata 8,8008 24,0092 Thalassiosira_angustelineata Thalassiosira_oceanica Skeletonema_menzellii Skeletonema_costatum_NB02_45_2A 18,8743 0,8561 Skeletonema_japonicum 1,8111 Skeletonema_costatum_NB02_45_A 3,9658 14,3713 Skeletonema_costatum_CCAP1077_3 35,7507 2,5434 Skeletonema_grethae 5,9043 1,6039 Skeletonema_costatum_CCAP1077_4 Skeletonema_pseudocostatum_CCAP1077_7_I 8,4008 1,2749 Skeletonema_pseudocostatum_CCAP1077_7_B 40,7449 Skeletonema_potamos 5,1245 Skeletonema_subsalsum Porosira_glacialis 10,6347 Lauderia_annulata Porosira_pseudodenticulata 6.0 Sellaphora_blackfordensis 35,7951 Pinnularia_viridiformis 13,7421 Pinnularia_nodosa 11,7158 P_borealis_v_subislandica 7,5164 Pinnularia_borealis_Tor12d 5,1414 45,3828 Pinnularia_borealis_Alka1 Lauderia_undulatum Lauderia_annulata 13,0913 Porosira_glacialis 22,3606 35,3473 Porosira_pseudodenticulata Thalassiosira_oceanica Thalassiosira_angulata 28,1482 Shionodiscus_ritscheri 14,5671 Thalassiosira_angustelineata 8,8268 12,8615 Thalassiosira_nodulolineata 20,9277 Skeletonema_pseudocostatum 1,7882 11,613 Skeletonema_grethae 0,8101 3,1141 Skeletonema_japonicum Skeletonema_menzellii 4,5614 16,6414 Skeletonema_costatum_c 1,9682 Skeletonema_potamos 0,8367 28S rDNS törzsfa elválási Skeletonema_subsalsum Cyclostephanos_invisitatus időkkel (max likelihood, 4,8782 Stephanodiscus_neoastraea 2,306 Stephanodiscus_hantzschi GTR, gamma) 0,2537 Stephanodiscus_minutulus_Y98 8,1733 0,7036 Stephanodiscus_minutulus_Y95 Cyclotella_bodanica 3,2729 Cyclotella_ocellata 5.0 Célkitűzések 1. Diverzitás vizsgálat közösségi szinten: • A különböző élőhely-komplexek mikrobiális diverzitásának összehasonlítása Balaton bentikus mikrobiális közössége 2. Diverzitás vizsgálat faj/populáció szinten: • Egy szűk elterjedésű morfológiai variabilitást alig mutató faj kiválasztása – Melyik tengeri faj a legközelebbi rokona? – Datálható-e a faj édesvízbe való kerülése ill. legközelebbi rokontól való elválása? • Egy széles körben elterjedt és nagy morfológiai variabilitást mutató faj kiválasztása – Az egyes populációk közt kimutatható-e genetikai különbség? – A nagy morfológiai variabilitás mögött több kriptikus faj rejlik-e? – A vele együtt előforduló fajok filogenetikai helyzete? Kiválasztott fajok: Cyclotella ocellata Sokféle élőhelyen előfordul, gyakori faj ÁLLÓVÍZI ELŐFORDULÁSOK FOLYÓVÍZI ELŐFORDULÁSOK Cyclotella ocellata Változatos morfológia (méret, valvafelszín) ocellum fultoportula Cyclotella trichonidea ? Cyclotella ocellata Gyakran fordul elő együtt a más Cyclotella fajokkal, melyek filogenetikai helyzete nem Cyclotella comensis (=Cyclotella pseudocomensis; ismert Scheffler&Morabito, 2003) Cyclotella radiosa Cyclotella balatonis legtöbb Cyclotella faj A Cyclotella genus nem monofiletikus (Alverson et al., 2007) Cyclotella ocellata (LB8) és C. bodanica Célkitűzések 1. Diverzitás vizsgálat közösségi szinten: • A különböző élőhely-komplexek mikrobiális diverzitásának összehasonlítása Balaton bentikus mikrobiális közössége 2. Diverzitás vizsgálat faj/populáció szinten: • Egy szűk elterjedésű morfológiai variabilitást alig mutató faj kiválasztása – Melyik tengeri faj a legközelebbi rokona? – Datálható-e a faj édesvízbe való kerülése ill. legközelebbi rokontól való elválása?
Load more

Recommended publications
  • Diversity in the Genus Skeletonema (Bacillariophyceae). Ii. an Assessment of the Taxonomy of S. Costatum-Like Species with the Description of Four New Species1
    J. Phycol. 41, 151–176 (2005) r 2005 Phycological Society of America DOI: 10.1111/j.1529-8817.2005.04067.x DIVERSITY IN THE GENUS SKELETONEMA (BACILLARIOPHYCEAE). II. AN ASSESSMENT OF THE TAXONOMY OF S. COSTATUM-LIKE SPECIES WITH THE DESCRIPTION OF FOUR NEW SPECIES1 Diana Sarno,2 Wiebe H. C. F. Kooistra Stazione Zoologica ‘‘Anthon Dohrn,’’ Villa Comunale, 80121 Naples, Italy Linda K. Medlin Alfred Wegener Institute, Am Handelshafen 12, D-27570 Bremerhaven, Germany Isabella Percopo and Adriana Zingone Stazione Zoologica ‘‘Anthon Dohrn,’’ Villa Comunale, 80121 Naples, Italy The morphology of strains of Skeletonema Grev- Abbreviations: AIC, Akaike information criterion; ille emend Sarno et Zingone was examined in LM, CCAP, Culture Collection of Algae and Protozoa; TEM, and SEM and compared with sequence data CCMP, The Provasoli-Guillard National Center for from nuclear small subunit rDNA and partial large Cultures of Marine Phytoplankton; FP,fultoportula; subunit rDNA. Eight distinct entities were identi- FPP, fultoportula process; hLRTs, hierarchical like- fied, of which four were known: S. menzelii Guillard, lihood ratio tests; IFPP, intercalary fultoportula Carpenter et Reimann; S. pseudocostatum Medlin process; IRP, intercalary rimoportula; IRPP, inter- emend. Zingone et Sarno; S. subsalsum (Cleve) Bet- calary rimoportula process; LSU, large subunit; hge; and S. tropicum Cleve. The other four species ML, maximum likelihood; MP, maximum parsimo- were new: S. dohrnii Sarno et Kooistra sp. nov., S. ny; RP, rimoportula; RPP, rimoportula process; grethae Zingone et Sarno sp. nov., S. japonicum Zin- SSU, small subunit; SZN, Stazione Zoologica ‘‘A. gone et Sarno sp. nov., and S. marinoi Sarno et Zin- Dohrn’’ of Naples; TFP, terminal fultoportula; gone sp.
    [Show full text]
  • Community Composition of the Morphologically Cryptic Diatom Genus Skeletonema in Narragansett Bay
    University of Rhode Island DigitalCommons@URI Open Access Master's Theses 2015 COMMUNITY COMPOSITION OF THE MORPHOLOGICALLY CRYPTIC DIATOM GENUS SKELETONEMA IN NARRAGANSETT BAY Kelly Canesi University of Rhode Island, [email protected] Follow this and additional works at: https://digitalcommons.uri.edu/theses Recommended Citation Canesi, Kelly, "COMMUNITY COMPOSITION OF THE MORPHOLOGICALLY CRYPTIC DIATOM GENUS SKELETONEMA IN NARRAGANSETT BAY" (2015). Open Access Master's Theses. Paper 549. https://digitalcommons.uri.edu/theses/549 This Thesis is brought to you for free and open access by DigitalCommons@URI. It has been accepted for inclusion in Open Access Master's Theses by an authorized administrator of DigitalCommons@URI. For more information, please contact [email protected]. COMMUNITY COMPOSITION OF THE MORPHOLOGICALLY CRYPTIC DIATOM GENUS SKELETONEMA IN NARRAGANSETT BAY BY KELLY CANESI A THESIS SUBMITTED IN PARTIAL FULFILLMENT OF THE REQUIREMENTS FOR THE DEGREE OF MASTER OF SCIENCE IN OCEANOGRAPHY UNIVERSITY OF RHODE ISLAND 2015 MASTER OF SCIENCE THESIS OF KELLY CANESI APPROVED: Thesis Committee: Major Professor: Tatiana Rynearson Candace Oviatt Christopher Lane Nasser H. Zawia DEAN OF THE GRADUATE SCHOOL UNIVERSITY OF RHODE ISLAND 2015 ABSTRACT It is well known that morphologically cryptic species are routinely present in planktonic communities but their role in important ecological and biogeochemical processes is poorly understood. I investigated the presence of cryptic species in the genus Skeletonema, an important bloom-forming diatom, using high-throughput genetic sequencing and examined the ecological dynamics of communities relative to environmental conditions. Samples were obtained from the Narragansett Bay Long-Term Plankton Time Series, where Skeletonema spp.
    [Show full text]
  • Diversity and Dynamics of Relevant Nanoplanktonic Diatoms in The
    Diversity and dynamics of relevant nanoplanktonic diatoms in the Western English Channel Laure Arsenieff, Florence Le Gall, Fabienne Rigaut-Jalabert, Frédéric Mahé, Diana Sarno, Léna Gouhier, Anne-Claire Baudoux, Nathalie Simon To cite this version: Laure Arsenieff, Florence Le Gall, Fabienne Rigaut-Jalabert, Frédéric Mahé, Diana Sarno, etal.. Diversity and dynamics of relevant nanoplanktonic diatoms in the Western English Channel. ISME Journal, Nature Publishing Group, 2020, 14 (8), pp.1966-1981. 10.1038/s41396-020-0659-6. hal- 02888711 HAL Id: hal-02888711 https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02888711 Submitted on 3 Jul 2020 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. The documents may come from émanant des établissements d’enseignement et de teaching and research institutions in France or recherche français ou étrangers, des laboratoires abroad, or from public or private research centers. publics ou privés. 5 9 / w b [ ! ! " C [ D ! " C % w &W % (" C) ) a ) +" 5 , -" [) D ." ! &/ . 0 " b , ,% 1 )" /bw," 1aw 2 -- & 9 a t " , .4 w" (5678 w" C (,% 1 )" /bw," C) ) w Cw(-(-" , .4 w" (5768 w" C +/9w!5" 1aw .Dt9" +-+56 a " C -, : ; ! 5 " < / " 68 ( b " 9 .,% 1 )" /bw," Cw(-(-" w / / " , .4 w" (5768 w" C ! = % 4 / [ ! , .4 w 1aw 2 -- /bw,&,% 1 ) t D = (5768 w C >%&? @++ ( 56 (5 (+ (+ ! b , , .4 w 1aw 2 -- /bw,&,% 1 ) t D = (5768 w C >%&? @++ ( 56 (5 (.
    [Show full text]
  • Insights Into Global Planktonic Diatom Diversity: Comparisons Between Phylogenetically Meaningful Units That Account for Time
    bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/167809; this version posted July 24, 2017. The copyright holder for this preprint (which was not certified by peer review) is the author/funder, who has granted bioRxiv a license to display the preprint in perpetuity. It is made available under aCC-BY-ND 4.0 International license. Insights into global planktonic diatom diversity: Comparisons between phylogenetically meaningful units that account for time Teofil Nakov, Jeremy M. Beaulieu, and Andrew J. Alverson Department of Biological Sciences University of Arkansas 1 University of Arkansas, SCEN 601 Fayetteville, AR 72701 Abstract Metabarcoding has offered unprecedented insights into microbial diversity. In many studies, short DNA sequences are binned into consecutively higher Linnaean ranks, and ranked groups (e.g., genera) are the units of biodiver- sity analyses. These analyses assume that Linnaean ranks are biologically meaningful and that identically ranked groups are comparable. We used a meta-barcode dataset for marine planktonic diatoms to illustrate the limits of this approach. We found that the 20 most abundant marine planktonic diatom genera ranged in age from 4 to 134 million years, indicating the non- equivalence of genera because some had more time to diversify than others. Still, species richness was only weakly correlated with genus age, highlighting variation in rates of speciation and/or extinction. Taxonomic classifications often do not reflect phylogeny, so genus-level analyses can include phylogenet- ically nested genera, further confounding rank-based analyses. These results underscore the indispensable role of phylogeny in understanding patterns of microbial diversity. Keywords: diversification, metabarcoding, microbes, phylogeny Preprint submitted to Bioarxiv July 24, 2017 bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/167809; this version posted July 24, 2017.
    [Show full text]
  • Сборник Материалов Докладов Iii Международной Научной Конференции, 24 – 29 Августа 2014 Года / Институт Биологии Внутренних Вод Им
    РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ НАУК ФЕДЕРАЛЬНОЕ АГЕНТСТВО НАУЧНЫХ ОРГАНИЗАЦИЙ Институт биологии внутренних вод им. И.Д. Папанина РАН РУССКОЕ БОТАНИЧЕСКОЕ ОБЩЕСТВО Материалы Международной конференции ПРОБЛЕМЫ СИСТЕМАТИКИ И ГЕОГРАФИИ ВОДНЫХ РАСТЕНИЙ Борок, Россия, 21—24 октября 2015 г. Proceedings of International conference PROBLEMS OF TAXONOMY AND GEOGRAPHY OF AQUATIC PLANTS Borok, Russia, 21—24 October, 2015 Ярославль 2015 Yaroslavl 2015 УДК 582.26 ББК 28.591.2 П78 ISBN 978-5-906682-41-3 Проблемы систематики и географии водных растений : материалы Международной конференции (Борок, Россия, 21—24 октября 2015 г. ). — Ярославль : Филигрань, 2015. — 104 с. В сборнике помещены материалы исследований по проблемам систематики, биораз- нообразия, распространения, экологии, морфологии, эволюции и молекулярной филогении водных растений (микро- и макроводоросли, мохообразные, сосудистые растения), их исполь- зовании в оценке качества окружающей среды, палеоэкологии и биостратиграфии. Для специалистов в области ботаники, гидробиологии, экологии и стратиграфии. Problems of taxonomy and geography of aquatic plants : proceedings of International conference (Borok, Russia, 21—24 October, 2015). — Yaroslavl : Filigran, 2015. — 104 p. The Proceedings include the materials of investigations in taxonomy, biodiversity, distribution, ecology, morphology, evolution and molecular phylogeny of aquatic plants (micro- and macroalgae, bryophytes, vascular plants), their use in assessment of environment conditions, paleoecology and biostratigraphy. The book is addressed to researchers in botany, hydrobiology, ecology and stratigraphy. Материалы конференции печатаются в авторской редакции. Proceedings of the conference are published in author’s edition. Организация конференции и издание материалов поддержано Российским фондом фундаментальных исследований (№15-04-20735). ISBN 978-5-906682-41-3 УДК 582.26 ББК 28.591.2 © Коллектив авторов, 2015 © Институт биологии внутренних вод им. И. Д.
    [Show full text]
  • Phytoplankton in the Coastal Waters of Russky Island, Peter the Great Bay, Sea of Japan Olga G
    Botanica Pacifica. A journal of plant science and conservation. 2019. 8(1): 133–141 DOI: 10.17581/bp.2019.08112 Phytoplankton in the Coastal Waters of Russky Island, Peter the Great Bay, Sea of Japan Olga G. Shevchenko1,2*, Anna A. Ponomareva1, Maria A. Shulgina1 & Tatiana Yu. Orlova1 Olga G. Shevchenko1,2* ABSTRACT e-mail: [email protected] The article presents an annotated list of microalgal species in the coastal waters Anna A. Ponomareva1 off Russky Island (Sea of Japan) based on original and literature data. A total of e-mail: [email protected] 254 taxa of microalgae from ten classes are identified. Descriptions and photo- Maria A. Shulgina1 graphic illustrations are provided for the diatom species of the genus Skeletonema e-mail: [email protected] and prymnesiophyta Pseudohaptolina sorokinii, which are rare in the seas of Russia. Information on 20 species of potentially toxic microalgae observed in the study Tatiana Yu. Orlova1 area is also provided. e-mail: [email protected] Keywords: marine, phytoplankton, flora, ecology, Russky Island, Sea of Japan РЕЗЮМЕ 1 National Scientific Center of Marine Biology FEB RAS, Vladivostok, Russia Шевченко О.Г., Пономарева А.А., Шульгина М.А., Орлова Т.Ю. Фи- 2 топланктон прибрежных вод острова Русский, залив Петра Великого, Far Eastern State Technical Fisheries Японское море. В работе представлен аннотированный список микрово- University, Vladivostok, Russia дорослей прибрежных вод острова Русский (Японское море), составленный на основе оригинальных сведений и данных литературы. Обнаружено 254 таксона микроводорослей, относящихся 10 классам. Приведены описания * corresponding author и даны фототаблицы редких для морей России видов диатомовых рода Skeletonema и примнезиофитовой водоросли Pseudohaptolina sorokinii.
    [Show full text]
  • Copyright by Andrew James Alverson 2006
    Copyright by Andrew James Alverson 2006 The Dissertation Committee for Andrew James Alverson certifies that this is the approved version of the following dissertation: Phylogeny and evolutionary ecology of thalassiosiroid diatoms Committee: ________________________________ Edward C. Theriot, Supervisor ________________________________ David M. Hillis ________________________________ Robert K. Jansen ________________________________ John W. La Claire II ________________________________ C. Randal Linder Phylogeny and evolutionary ecology of thalassiosiroid diatoms by Andrew James Alverson, B.S.; M.S. Dissertation Presented to the Faculty of the Graduate School of The University of Texas at Austin in Partial Fulfillment of the Requirements for the Degree of Doctor of Philosophy The University of Texas at Austin August 2006 Phylogeny and evolutionary ecology of thalassiosiroid diatoms Publication No. _________ Andrew James Alverson, Ph.D. The University of Texas at Austin, 2006 Supervisor: Edward C. Theriot Salinity is a significant barrier to the distribution of diatoms, and though it is generally understood that diatoms are ancestrally marine, the number of times diatoms independently colonized fresh waters and the adaptations that facilitated these colonizations remain outstanding questions in diatom evolution. Resolving the exact number of freshwater colonizations will require large-scale phylogenetic reconstruction with dense sampling of marine and freshwater taxa. A more tractable approach to understanding the marine–freshwater barrier
    [Show full text]
  • Combining Model Simulations and Empirical Data to Disentangle the Factors Driving the Growth and Distribution of Marine Phytoplankton
    Departamento de Biología de Organismos y Sistemas Programa de Doctorado en Recursos Biológicos y Biodiversidad Combining model simulations and empirical data to disentangle the factors driving the growth and distribution of marine phytoplankton Combinando modelos y datos empíricos para esclarecer los factores que controlan el crecimiento y la distribución del fitoplancton marino TESIS DOCTORAL Sofía Sal Bregua Oviedo, Junio 2014 ! ! ! ! ! variable en el tiempo y que acopla tanto las condiciones biogeoquímicas como físicas del océano. Inicializando aleatoriamente un conjunto de especies caracterizadas según distintos grupos funcionales, somos capaces de reproducir dicho patrón y observamos que éste se debe a no uno, sino a diversos factores como son: la exclusión competitiva entre especies especialistas y oportunistas, la coexistencia de especies con similares requerimientos en zonas de estabilidad ambiental, la dispersión oceánica, o la temperatura a través de un thermal mid- !domain effect (TMDE). El capítulo 4 de esta tesis se centró en la recopilación y estandarización de datos de abundancia microplanctónica, creando una base de datos única en estudios de diversidad de fitoplancton marino. Dicha compilación cubre un amplio rango de ecosistemas marinos y consta de medidas de abundancia, biomasa y biovolumen para cada especie en cada estación y profundidad. Las identificaciones de las especies fueron realizados por el mismo taxónomo, lo que proporciona una mayor consistencia a la colección y asegura que las estimaciones de la diversidad de especies sean fidedignas. Además, para cada estación se recoge información ambiental mediante una compilación de parámetros oceanográficos, lo que aporta una caracterización de la zona de estudio y por tanto la idoneidad de la base de datos para el !estudio de los controles medioambientales y biológicos de la diversidad marina.
    [Show full text]
  • Gran-Stadniczenko~ A, Elianne Eggea, Vladyslava Hostyevab, Ramiro Logaresc, Wenche Eikrema,B & Bente Edvardsena a Department of Biosciences, University of Oslo, P
    DIVERSITY AND COMMUNITY DYNAMICS OF PROTISTS AND THEIR VIRUSES IN THE SKAGERRAK Sandra Gran Stadniczeñko Dissertation presented for the degree of Philosophiae Doctor (PhD) 2019 Section for Aquatic Biology and Toxicology Department of Biosciences Faculty of Mathematics and Natural Sciences University of Oslo © Sandra Gran Stadniczeñko, 2019 Series of dissertations submitted to the Faculty of Mathematics and Natural Sciences, University of Oslo No. 2097 ISSN 1501-7710 All rights reserved. No part of this publication may be reproduced or transmitted, in any form or by any means, without permission. Cover: Hanne Baadsgaard Utigard. Print production: Reprosentralen, University of Oslo. “With every drop of water you drink, every breath you take, you're connected to the sea. No matter where on Earth you live.” Sylvia A. Earle To my Mom To my family ACKNOWLEDGEMENTS First and foremost, I would like to thank Prof. Bente Edvardsen. Thank you, Bente, for giving me the opportunity to do this PhD, for your mentorship and all your help in the devel- opment of this thesis. Also, to my co-supervisors Wenche Eikrem, Tom Andersen and Josefin Titelman, for your additional inputs, especially Josefin for your comments and encouragements when it got really difficult. This thesis was possible due to the financial support from the Research Council from Nor- way through the HAPTODIV and MICROPOLAR projects. I would also thank the BioMarKs project that provided for some of the samples, and ASSEMBLE for funding for the research stay. A special thanks to Elianne D. Egge, my predecessor in the PhD. If you did not take all those samples, I wouldn’t have had anything to work from.
    [Show full text]
  • Global Diversity and Biogeography of Skeletonema Species (Bacillariophyta)
    ARTICLE IN PRESS Protist, Vol. 159, 177—193, April 2008 http://www.elsevier.de/protis Published online date 20 November 2007 ORIGINAL PAPER Global Diversity and Biogeography of Skeletonema Species (Bacillariophyta) Wiebe H.C.F. Kooistraa,1, Diana Sarnoa, Sergio Balzanoa,2, Haifeng Gub, Robert A. Andersenc, and Adriana Zingonea aStazione Zoologica Anton Dohrn, Villa Comunale, 80121 Naples, Italy bThird Institute of Oceanography, Xiamen 361005, PR China cBigelow Laboratory for Ocean Sciences, P.O. Box 475, West Boothbay Harbor, ME 04575, USA Submitted April 13, 2007; Accepted September 1, 2007 Monitoring Editor: Michael Melkonian Abstract Recent studies have shown that the cosmopolitan diatom Skeletonema costatum sensu lato is composed of several morphologically and genetically distinct species. To assess whether the separate species have a cosmopolitan distribution, we analysed 184 strains from marine and estuarine sites worldwide. We identified the strains using light and electron microscopy, and we sequenced the hyper-variable region of nuclear LSU rDNA. All recently described species were genetically distinct, and all but two were morphologically distinct. Variability was found for the only ultrastructural character used to distinguish Skeletonema dohrnii and S. marinoi, which cannot be identified based on morphology alone. Furthermore, multiple genetically distinct taxa, which may represent cryptic species, were found within the S. menzelii and S. tropicum clades. We found that all currently recognized species of Skeletonema are widespread, however, gaps seem to occur in their geographical ranges. For example, some species are found in both the northern and southern temperate latitudes whereas other species appear to have only subtropical to tropical ranges. Skeletonema pseudocostatum and S.
    [Show full text]
  • Kovaalga Fajok Filogenetikai És Morfológiai Diverzitása
    Duleba Mónika Kovaalga fajok filogenetikai és morfológiai diverzitása Doktori értekezés Témavezető: Dr. Ács Éva, DSc tudományos tanácsadó MTA Ökológiai Kutatóközpont, Duna-kutató Intézet Környezettudományi Doktori Környezetbiológia Doktori Iskola Program Iskolavezető: Dr. Jánosi Imre, DSc Programvezető: Dr. Ács Éva, DSc Készült: Eötvös Loránd Tudományegyetem, Budapest 2017 1 Tartalom Rövidítések jegyzéke .................................................................................................................. 4 1. Bevezetés ................................................................................................................................ 6 2. Célkitűzések ........................................................................................................................... 8 3. Irodalmi áttekintés .................................................................................................................. 9 3.1. A molekuláris taxonómiai módszerek szerepe a kovaalgák taxonómiájában .............................. 9 3.2. A Thalassiosirales rend evolúciója ............................................................................................. 15 3.3. Fajfogalmak a kovaalga taxonómiában ...................................................................................... 22 3.4. A fajok DNS vonalkódja ............................................................................................................ 25 3.5. Molekuláris markerek a kovaalga taxonómiában és filogenetikában ........................................
    [Show full text]
  • Parasitisme Et Contrôle Des Blooms De Diatomées En Manche Occidentale Laure Arsenieff
    Parasitisme et contrôle des blooms de diatomées en Manche occidentale Laure Arsenieff To cite this version: Laure Arsenieff. Parasitisme et contrôle des blooms de diatomées en Manche occidentale. Biodiversité et Ecologie. Sorbonne Université, 2018. Français. NNT : 2018SORUS399. tel-02864776 HAL Id: tel-02864776 https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02864776 Submitted on 11 Jun 2020 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. The documents may come from émanant des établissements d’enseignement et de teaching and research institutions in France or recherche français ou étrangers, des laboratoires abroad, or from public or private research centers. publics ou privés. THÈSE DE DOCTORAT DE SORBONNE UNIVERSITÉ Spécialité Écologie Microbienne Marine École Doctorale 227 « Sciences de la Nature et de l’Homme : Écologie et Évolution » Par Laure ARSENIEFF En vue de l’obtention du grade de Docteur de Sorbonne Université PARASITISME ET CONTRÔLE DES BLOOMS DE DIATOMÉES EN MANCHE OCCIDENTALE Thèse soutenue le 14 Décembre 2018, devant un jury composé de : Dr. Claire GACHON……………………………………………………………………………………………… ..Rapporteur Maître de conférences, The Scottish Association for Marine Science Dr. Kay BIDLE………………………………………………………………………………………………………… Rapporteur Professeur, Rutgers University Dr. Télesphore SIME-NGANDO …........................................................... ..................Examinateur Directeur de recherche, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement, UMR CNRS Dr. Éric THIEBAUT……………………………………………………………………………………………… ..Examinateur Professeur, Station Biologique de Roscoff, Sorbonne Université, CNRS Dr. Anne-Claire BAUDOUX …................................................... .................Co-directrice de Thèse Chargée de recherche, Station Biologique de Roscoff, Sorbonne Université, CNRS Dr.
    [Show full text]