DOCSLIB.ORG

NEMZETI TUDÓS AKADÉMIA PROGRAM 2021 Nemzeti Tudós Akadémia Program 2021 NEMZETI TUDÓS AKADÉMIA PROGRAM 2021 TARTALOM

Total Page：16

File Type：pdf, Size：1020Kb

Download full-text PDF Read full-text
NEMZETI TUDÓS AKADÉMIA PROGRAM 2021 Nemzeti Tudós Akadémia Program 2021 NEMZETI TUDÓS AKADÉMIA PROGRAM 2021 TARTALOM NEMZETI TUDÓS AKADÉMIA PROGRAM 2021 Nemzeti Tudós Akadémia Program 2021 NEMZETI TUDÓS AKADÉMIA PROGRAM 2021 TARTALOM I. Kormányrendelet 5 II. Vezetői összefoglaló 6 A Nemzeti Tudós Akadémia létrehozásának szükségessége 6 III. A Szegedi Tudós Akadémia programja 7 A Szegedi Tudós Akadémia Története 8 Az új iskolarendszer bemutatása 13 A Szegedi Tudós Akadémia Kollégiuma 20 A Szegedi Tudós Akadémia Középiskolai Képzési Szakmai Koncepciója 23 A Szegedi Tudós Akadémia Egyetemi Képzési Szakmai Koncepciója 32 IV. Nobel-díjasok és tehetséges diákok találkozója konferencia sorozat (2012-2020) 39 V. Nemzetközi mentorok látogatásai Szegeden (2017-2020) 41 VI. A Szegedi Tudós Akadémia Évkönyve 2019/2020 43 A Kuratórium tagjai 44 Szakmai vezetőség 46 Operatív menedzsment 47 Középiskolai program 48 Szent-Györgyi Vezető tanárok 54 Középiskolai program képzési tananyagágnak bemutatása 72 Egyetemi program 97 Kutatóközpontok 98 Szent-Györgyi Mentorok 99 Szent-Györgyi Junior Mentorok 142 Szent-Györgyi Hallgatók 169 VII. Sajtókommunikáció (2017-2020) 254 Nobel-díjasok és tehetséges diákok IX. találkozója 255 Nobel-díjasok és tehetséges diákok X. találkozója 304 Nobel-díjasok és tehetséges diákok XI. találkozója 351 Nobel-díjasok és tehetséges diákok XII. találkozója 392 Nobel-díjasok és tehetséges diákok XIII. találkozója 422 Nobel-díjasok és tehetséges diákok XIV. találkozója 479 Nobel-díjasok és tehetséges diákok XV. találkozója 511 KORMÁNYRENDELET MAGYARORSZÁG KORMÁNYA 2028/2015. (XII. 29.) Korm. határozat a Szegedi Tudós Akadémia támogatásának egyes kérdéseiről A Kormány Szent-Györgyi Albert örökségét szem előtt tartva a tehetséggondozás és a helyi tudományos mű- helyek fejlesztése érdekében 1. támogatja a Szegedi Orvosbiológiai Kutatások Jövőjéért Alapítvány „Szegedi Tudós Akadémia” programjá- nak megvalósítását, valamint a Szent-Györgyi Kollégium - vonatkozó jogszabályoknak megfelelően történő - lét- rehozását; 2. felhívja a nemzetgazdasági minisztert, hogy az 1. pontban foglalt célok megvalósítása érdekében gondoskod- jon a) a Szent-Györgyi Kollégium székhelyéül szolgáló, Szeged, Vörösmarty u. 3. szám alatti ingatlan megvásárlásá- hoz szükséges legfeljebb 200 millió forint, továbbá az ingatlan felújításához szükséges legfeljebb 1300 millió forint forrás biztosításáról a 2016. évi központi költségvetés terhére az Emberi Erőforrások Minisztériuma fejezetben, b) a Szegedi Tudós Akadémia működtetéséhez szükséges 250 millió forint forrás bázisba épülő módon történő biztosításáról a 2016. évi központi költségvetés terhére az Emberi Erőforrások Minisztériuma fejezetben, c) a szegedi székhelyű Radnóti Miklós Gimnázium felújításához szükséges 150 millió forint forrás biztosításáról a 2016. évi központi költségvetés terhére az Emberi Erőforrások Minisztériuma fejezetben, d) a hódmezővásárhelyi székhelyű Németh László Gimnázium felújításához szükséges 80 millió forint forrás biztosításáról a 2016. évi központi költségvetés terhére az Emberi Erőforrások Minisztériuma fejezetben, e) a c) és d) alpontban megjelölt intézmények laboratóriumának működtetéséhez 30-30 millió forint forrás biz- tosításáról a 2016. évi központi költségvetés terhére az Emberi Erőforrások Minisztériuma fejezetben; Felelős: nemzetgazdasági miniszter Határidő: 2016. június 30. 3. felhívja az emberi erőforrások miniszterét, hogy a 2. pontban foglaltak végrehajtása érdekében gondoskodjon támogatási szerződés megkötéséről a Szegedi Orvosbiológiai Kutatások Jövőjéért Alapítvánnyal. Felelős: emberi erőforrások minisztere Határidő: a 2. pont szerinti forrás rendelkezésre állását követően azonnal Orbán Viktor s. k., miniszterelnök (MAGYAR KÖZLÖNY – 2015. évi 207.szám) 5 VEZETŐI ÖSSZEFOGLALÓ A Nemzeti Tudós Akadémia létrehozásának szükségessége Magyarország mindig is bővelkedett kreatív gondolkozású emberekben. Ezt bizonyítja az is, hogy mintegy 16 magyar származású Nobel-díjas tudósunk és számtalan nemzetközileg is kiemelkedő kutatónk volt (pl. Straub F. Brunó, Szentágothai János, Bay Zoltán, Teller Ede, Szilárd Leó, Polányi Mihály, Eötvös Lóránd) és van (pl. Lovász László, Freund Tamás) jelenleg is. Azonban azt is megállapíthatjuk, hogy Magyarország a nemzetközi szinten mérhető kiváló tudományos teljesítmény terén jelentősen elmarad a külföldi vezető egyetemek teljesítményétől, főként a természettudományokban. Egyre csökken a minőségi kutatók száma, emiatt mind az egyetemi-, akadémi- ai közeg, mind pedig az innovatív ipar is nehéz helyzetbe kerül. Az egyetemek oktatói karainak és diákjainak száma az elmúlt 25 évben közel ötszörösére nőtt, azaz jelentősen felhígult, mely egyértelműen a minőségi képzés rovására ment. A 16-36 éves korosztályban horizontális (azaz egy adott életszakaszra vagy iskolatípusra koncentráló), oktatási rendszerünk van, mely nem képes a kiemelkedő tehetségű diákok felkarolására. Vannak ugyan tehetséggondozó programok, de azok is horizontálisak, nem kiszá- míthatóak, és nem biztosítják az egyén lendületes, vertikális előrehaladását. Végül, de nem utolsó sorban: nincs a tehetséges diákok számára vonzó tudós életpálya modell. Mindezek következtében a legtehetségesebb diákok közül sokan külföldi egyetemeken kezdik el tanulmányaikat, és nagy valószínűséggel ott is maradnak. Nehezíti a helyzetet, hogy az Országos Középiskolai Tanulmányi Verseny (OKTV) legjobb helyezettjeinek külföldi egyetemek ajánlanak ösztöndíjakat, így a legjobbak jelentős része már be sem kerül a magyar felsőoktatási rendszerbe. A megoldást egy vertikális, multigenerációs tehetséggondozó iskolarendszer jelentheti. Ezt felismerve 2013 őszén a Szegedi Orvosbiológiai Kutatások Jövőjéért Alapítvány létrehozta a Szegedi Tudós Akadémiát (SZTA) Szege- den. Az elmúlt évek szakmai sikereinek köszönhetően a program iránt országszerte nagy az érdeklődés, így lépésen- ként szeretnénk kiterjeszteni más, orvosbiológiai kutatással és tehetséggondozással foglalkozó felsőoktatási intéz- mények irányába. Tisztelettel: Dr. Hegyi Péter az SZTA programigazgatója 6 A SZEGEDI TUDÓS AKADÉMIA PROGRAMJA A XXI. század új, multigenerációs iskolarendszere 2013–2033 MOTTÓ: „Aki népoktatást szervez, az szórja bőven a művelődés magvát a nép széles rétegeinek televény földjébe, mint a magyar magvető. Aki tudósnevelés körül törődik, az legyen orchideakertész, foglalkozzék minden cseréppel külön-külön.” (Klebelsberg Kuno) 7 A Szegedi Tudós Akadémia története magyar tudományos élet szempontjából 2012 fontos év volt. Ekkor ünnepeltük a világhírű magyar tudós, Szent-Györgyi Albert Nobel-díjának 75. évfordulóját. A megemlékezés-sorozatra kilenc Nobel-díjas ku- A tató látogatott el Szegedre, hogy tiszteletét és nagyrabecsülését fejezze ki a világhírű szegedi kutatóemléke előtt. A konferencia ideje alatt a Nobel-díjas kutatók ellátogattak Szeged vezető gimnáziumaiba, találkoztak az egyetemistákkal és a fiatalok fórumán válaszoltak a hallgatóság kérdéseire. A gimnazisták, egyetemisták és a Nobel-díjas kutatók pillanatok alatt megtalálták a közös hangot, élvezetes vitákat folytattak. Az üzenet egyértel- mű volt: a diákság továbbra is rendkívül nyitott, fogékony az intellektuális minőség iránt. A sikerből kiindulva a főszervezők (Hegyi Péter és Varró András) 2013 januárjában létrehozták a Szege- di Orvosbiológiai Kutatások Jövőjéért Alapítványt, melynek rövid távú célkitűzése az, hogy Szeged város fiataljai ne csak a nagy évfordulókon találkozhassanak a tudomány kiváló képviselőivel, hanem rendszeresen, évente legyen lehetőségük rá, ezzel a tudomány tisztelete, szeretete erősödjön a város és vonzáskörzete ifjú polgáraiban. A rövid távú cél megvalósítása érdekében első lépésként 2013-ban is sikerült Nobel-díjas kutatót a Tisza parti városba meghívni. 2012 óta tizenkét különböző rendezvényen („Nobel-díjasok és tehetséges diákok ta- lálkozója” rendezvénysorozat) összesen huszonkét Nobel-díjas előadást sikerült Szegeden megszervezni, mely Európában is egyedülálló eredménynek számít. Az Alapítvány hosszú távú célkitűzése, hogy megteremtse Szegeden azokat a feltételeket, hogy egy újabb Nobel-díjas kutatója lehessen a városnak és Magyarországnak. Hogy ez megvalósulhasson, Klebersberg Kuno stratégiáját kívánja követni. Az Alapítvány legfőbb célja a fiatal tehetségek Szegedre vonzása, illetve a közülük kitűnő kiváló kutatók Magyarországon tartása. A hosszú távú cél elérésének érdekében az Alapítvány 2013 őszén elindította a Szegedi Tudós Akadémia Programját, mely nemzetközi viszonylatban is egyedülálló kezdeményezés. A SZEGEDI TUDÓS AKADÉMIA PROGRAM KEZDETI EREDMÉNYEI (2013-2015) Több Nobel-díjas kutató és számos rangos nemzetközi egyetemen, illetve kutatóhelyen (Cambridge, Ox- ford) dolgozó tudós bekapcsolódott az ún. mentori programba, így minden évben Nobel-díjas kutatók látogat- nak Szegedre. A Szegedi Radnóti Miklós Kísérleti Gimnáziumban, mely az ország legeredményesebb biológiai képzését nyújtja, kialakításra került egy világszínvonalú felszereltséggel rendelkező biológiai laboratórium. A laboratórium 2015 júniusától megkezdte a gimnazisták (Szent-Györgyi Diákok) speciális orvosbiológiai alap- képzését. 2013-ban 20 középiskolai tanár és 80 gimnazista jelentkezett a Programba. 2014-ben a tanárok száma közel 40 főre növekedett, míg a középiskolások száma megközelítette a 150 főt. A régió gimnáziumai mellett az ország minden részéről érkeztek diákok a programba, beleértve az ország vezető gimnáziumait is. A program vonzóvá vált a tehetséges diákok és tanáraik számára. 8 A SZEGEDI TUDÓS AKADÉMIA PROGRAM ÚJ IDŐSZÁMÍTÁSA (2016-) Miskolc Gödöllő Debrecen Budapest Szombathely Veszprém Kecskemét Kaposvár Szeged Pécs A Középiskolai Képzési Programban
Load more

Recommended publications
  • Accurate Segmentation of Brain MR Images
    Accurate segmentation of brain MR images Master of Science Thesis in Biomedical Engineering ANTONIO REYES PORRAS PÉREZ Department of Signals and Systems Division of Biomedical Engineering CHALMERS UNIVERSITY OF TECHNOLOGY Göteborg, Sweden, 2010 Report No. EX028/2010 Abstract Full brain segmentation has been of significant interest throughout the years. Recently, many research groups worldwide have been looking into development of patient-specific electromagnetic models for dipole source location in EEG. To obtain this model, accurate segmentation of various tissues and sub-cortical structures is thus required. In this project, the performance of three of the most widely used software packages for brain segmentation has been analyzed: FSL, SPM and FreeSurfer. For the analysis, real images from a patient and a set of phantom images have been used in order to evaluate the performance r of each one of these tools. Keywords: dipole source location, brain, patient-specific model, image segmentation, FSL, SPM, FreeSurfer. Acknowledgements To my advisor, Antony, for his guidance through the project. To my partner, Koushyar, for all the days we have spent in the hospital helping each other. To the staff in Sahlgrenska hospital for their collaboration. To MedTech West for this opportunity to learn. Table of contents 1. Introduction ......................................................................................................................................... 1 2. Magnetic resonance imaging ..............................................................................................................
    [Show full text]
  • 1 Structural and Functional Alterations in the Brain Gray Matter
    Structural and functional alterations in the brain gray matter among first-degree relatives of schizophrenia patients: a multimodal meta-analysis of fMRI and VBM studies Running title: Familial risk for schizophrenia and alterations in the brain Aino I. L. Saarinen, PhD1,2,3,*, Sanna Huhtaniska, MD, PhD4, Juho Pudas, MB3, Lassi Björnholm, MD3, Tuomas Jukuri, MD, PhD3, Jussi Tohka, MD, PhD5, Niklas Granö, PhD6, Jennifer H. Barnett, PhD7,8, Vesa Kiviniemi, MD, PhD9,10, Juha Veijola, MD, PhD3,10,11, Mirka Hintsanen, PhD1, Johannes Lieslehto, MD, PhD 12 1 Research Unit of Psychology, University of Oulu, Finland 2 Department of Psychology and Logopedics, Faculty of Medicine, University of Helsinki, Finland 3 Research Unit of Clinical Neuroscience, Department of Psychiatry, University of Oulu, Finland 4 Center for Life Course Health Research, University of Oulu, Finland 5 A.I. Virtanen Institute for Molecular Sciences, University of Eastern Finland, Kuopio, Finland 6 Helsinki University Hospital, Department of Adolescent Psychiatry, Finland 7 Cambridge Cognition, Cambridge, UK 8 Department of Psychiatry, University of Cambridge, Cambridge, UK 9 Department of Diagnostic Radiology, Oulu University Hospital, Oulu, Finland 10 Department of Psychiatry, Oulu University Hospital, Oulu, Finland 11 Medical Research Center Oulu, Oulu University Hospital and University of Oulu, Oulu, Finland 12 Section for Neurodiagnostic Applications, Department of Psychiatry, Ludwig Maximilian University, Nussbaumstrasse 7, 80336 Munich, Bavaria, * Corresponding author: Aino Saarinen. Department of Psychology and Logopedics, Faculty of Medicine, Haartmaninkatu 3, P.O. Box 21, 00014 University of Helsinki, Finland. E-mail: [email protected], Tel.: +35844 307 1204. 1 Abstract Objective: Schizophrenia has one of the highest heritability estimates in psychiatry, but the genetically- based underlying neuropathology has mainly remained unclear.
    [Show full text]
  • Simultaneous PET/MRI for Connectivity Mapping: Quantitative Methods in Clinical Setting
    UNIVERSITY OF PADOVA Department of Information Engineering Ph.D. School on Information Engineering Curriculum: Bioengineering - Cycle: XXX Simultaneous PET/MRI for Connectivity Mapping: Quantitative Methods in Clinical Setting Headmaster of the School: Prof. Andrea NEVIANI Supervisor: Prof. Alessandra BERTOLDO PhD. Candidate: Eng. Erica SILVESTRI 2018 iii University of Padova Abstract Ph.D. School on Information Engineering Simultaneous PET/MRI for Connectivity Mapping: Quantitative Methods in Clinical Setting by Eng. Erica SILVESTRI In recent years, the study of brain connectivity has received growing inter- est from neuroscience field, from a point of view both of analysis of patho- logical condition and of a healthy brain. Hybrid PET/MRI scanners are promising tools to study this complex phenomenon. This thesis presents a general framework for the acquisition and analysis of simultaneous multi- modal PET/MRI imaging data to study brain connectivity in a clinical set- ting. Several aspects are faced ranging from the planning of an acquisition protocol consistent with clinical constraint to the off-line PET image recon- struction, from the selection and implementation of methods for quantifying the acquired data to the development of methodologies to combine the com- plementary informations obtained with the two modalities. The developed analysis framework was applied to two different studies, a first conducted on patients affected by Parkinson’s Disease and dementia, and a second one on high grade gliomas, as proof of concept evaluation that the pipeline can be extended in clinical settings. v Università degli Studi di Padova Sommario Scuola di Dottorato in Ingegneria dell’Informazione Acquisizioni simultanee PET/MR per lo studio della connettività: metodi quantitativi in ambito clinico di Ing.
    [Show full text]
  • Official Program
    OFFICIAL PROGRAM ___________________________________________________________________ Generously Sponsored by: TABLE OF CONTENTS SCHEDULE 3 KEYNOTE SPEAKERS 5 BREAKOUT SESSIONS 7 ORAL PRESENTATIONS 11 POSTER SESSION 1 (ORGANIZED BY POSTER NUMBER) 13 POSTER SESSION 2 (ORGANIZED BY POSTER NUMBER) 16 ABSTRACTS – ORAL PRESENTATIONS 19 ABSTRACTS – POSTER SESSION 1 44 ABSTRACTS – POSTER SESSION 2 91 SEMSS ORGANIZING COMMITTEE 135 LIGHT HALL & CAMPUS MAPS 136 SEMSS encourages open and honest intellectual debate as part of a welcoming and inclusive atmosphere at every conference. SEMSS asks each participant to foster rigorous analysis of all science presented or discussed in a manner respectful to all conferees. To help maintain an open and respectful community of scientists, SEMSS does not tolerate illegal or inappropriate behavior at any conference site, including violations of applicable laws pertaining to sale or consumption of alcohol, destruction of property, or harassment of any kind, including sexual harassment. SEMSS condemns inappropriate or suggestive acts or comments that demean another person by reason of his or her gender, gender identity or expression, race, religion, ethnicity, age or disability or that are unwelcome or offensive to other members of the community or their guests. * *Adapted from the language of Gordon Research Conferences 2 SEMSS 2018 SCHEDULE SATURDAY, NOVEMEBER 10, 2018 _____________________________________________________________________________________ REGISTRATION 12:30 – 1:00 PM Location: Light Hall, North
    [Show full text]
  • A Simple Rapid Process for Semi-Automated Brain Extraction from Magnetic Resonance Images of the Whole Mouse Head
    Accepted Manuscript Title: A simple rapid process for semi-automated brain extraction from magnetic resonance images of the whole mouse head Author: Adam Delora Aaron Gonzales Christopher S. Medina Adam Mitchell Abdul Faheem Mohed Russell E. Jacobs Elaine L. Bearer PII: S0165-0270(15)00370-2 DOI: http://dx.doi.org/doi:10.1016/j.jneumeth.2015.09.031 Reference: NSM 7360 To appear in: Journal of Neuroscience Methods Received date: 10-8-2015 Revised date: 28-9-2015 Accepted date: 30-9-2015 Please cite this article as: Delora A, Gonzales A, Medina CS, Mitchell A, Mohed AF, Jacobs RE, Bearer EL, A simple rapid process for semi-automated brain extraction from magnetic resonance images of the whole mouse head, Journal of Neuroscience Methods (2015), http://dx.doi.org/10.1016/j.jneumeth.2015.09.031 This is a PDF file of an unedited manuscript that has been accepted for publication. As a service to our customers we are providing this early version of the manuscript. The manuscript will undergo copyediting, typesetting, and review of the resulting proof before it is published in its final form. Please note that during the production process errors may be discovered which could affect the content, and all legal disclaimers that apply to the journal pertain. Graphical Abstract (for review) Accepted Manuscript Page 1 of 27 A simple rapid process for semi-automated brain extraction from magnetic resonance images of the whole mouse head Delora, Gonzales, Medina, Mitchell, Mohed, Jacobs and Bearer Highlights • We present a new software tool for automated mouse brain extraction • The new software tool is rapid and applies to any MR dataset • We validate the output by comparing with manual extraction (the gold standard) • Brain extraction with this tool preserves individual volume, and improves alignments Accepted Manuscript Page 2 of 27 Fast automated skull-stripping Delora et al.
    [Show full text]
  • Software Tools for the Analysis of Functional Magnetic Resonance Imaging
    Basic and Clinical Autumn 2012, Volume 3, Number 5 Software Tools for the Analysis of Functional Magnetic Resonance Imaging Mehdi Behroozi 1,2, Mohammad Reza Daliri 1* 1. Biomedical Engineering Department, Faculty of Electrical Engineering, Iran University of Science and Technology (IUST), Tehran, Iran. 2. School of Cognitive Sciences (SCS), Institute for Research in Fundamental Science (IPM), Niavaran, Tehran, Iran. Article info: A B S T R A C T Received: 12 July 2012 First Revision: 7 August 2012 Functional magnetic resonance imaging (fMRI) has become the most popular method for Accepted: 25 August 2012 imaging of brain functions. Currently, there is a large variety of software packages for the analysis of fMRI data, each providing many features for users. Since there is no single package that can provide all the necessary analyses for the fMRI data, it is helpful to know the features of each software package. In this paper, several software tools have been introduced and they Key Words: have been evaluated for comparison of their functionality and their features. The description of fMRI Software Packages, each program has been discussed and summarized. Preprocessing, Segmentation, Visualization, Registration. 1. Introduction analysis the fMRI data to extract information about the different stimuli (Matthews, Shehzad, & Kelly, 2006). unctional Magnetic resonance imaging (fMRI), a modern technique of imaging, is a Generated data from fMRI have very large amount. powerful non-invasive and safe tool which The handling, processing, analysis and visualization Downloaded from bcn.iums.ac.ir at 18:01 CET on Friday February 20th 2015 F is used for the study of the function of the of fMRI data are not feasible without computer-based brain based on measure of the brain neural methods.
    [Show full text]
  • A Study on the Core Area Image Processing: Current Research
    The International journal of analytical and experimental modal analysis ISSN NO: 0886-9367 A Study on the Core Area Image Processing: Current Research, Softwares and Applications K.Kanimozhi1, Dr.K.Thangadurai2 1Research Scholar, PG and Research Department of Computer Science, Government Arts College, Karur-639005 2Assistant professor and Head, PG and Research Department of Computer Science, Government Arts College, Karur-639005 [email protected] [email protected] Abstract —Among various core subjects such as, networking, data mining, data warehousing, cloud computing, artificial intelligence, image processing, place a vital role on new emerging ideas. Image processing is a technique to perform some operations with an image to get its in enhanced version or to retrieve some information from it. The image can be of signal dispension, video for frame or a photograph while the system treats that as a 2D- signal. This image processing area has its applications in various wide range such as business, engineering, transport systems, remote sensing, tracking applications, surveillance systems, bio medical fields, visual inspection systems etc.., Its purpose can be of: to create best version of images(image sharpening and restoring), retrieving of images, pattern measuring and recognizing images. Keywords — Types, Flow, Projects, MATLAB, Python. I. INTRODUCTION In computer concepts, digital image processing technically means that of using computer algorithms to process digital images. Initially in1960’s the image processing had been applied for those highly technical applications such as satellite imagery, medical imaging, character recognition, wire-photo conversion standards, video phone and photograph enhancement. Since the cost of processing those images was very high however with the equipment used too.
    [Show full text]
  • LONI Pipeline Handbook
    LONI Pipeline Neuroimaging Solutions A practical, hands-on guide to using the LONI Pipeline for neuroimaging analysis LONI Pipeline version 7.0.1 Handbook version 1.6 http://pipeline.loni.usc.edu LONI Pipeline training is funded by the National Institutes of Health through NIBIB grant P41EB015922 Contents Getting Started 1 Overview: About LONI Pipeline 1 Benefits 1 Requirements 1 Installation 2 Software Download 2 LONI Cluster Usage Account 2 Platform-Specific Installation 2 OS X 2 Windows 3 Linux/Unix 3 Interface 4 Overview 4 Data Sources & Sinks 6 Overview 6 How-to 6 Find & Replace 7 LONI Pipeline Viewer 8 Overview 8 Beginning Example Workflows 9 Registration Using AIR 10 Image Processing with the Quantitative Imaging Toolkit - Denoising 29 Intermediate Topics 37 LONI Image Data Archive 38 Overview 38 Change Server for Entire Workflow 40 Overview 40 How-to 40 Intermediate Example Workflows 41 fMRI First Level Analyses 42 DTI Analyses 59 DSI Analyses 65 Image Analysis with the Quantitative Imaging Toolkit - Tractography Metrics 73 Advanced Topics 85 Building a Module 86 Overview 86 How-to 86 Optional Actions 87 Required Options 88 Adding additional parameters 90 Specify dependencies and manipulate file names 90 LONI Pipeline Provenance 92 Overview 92 How-to 92 Adding Metadata 95 Overview 95 How-to 96 Conditional Module 98 Overview 98 How-to 98 Distributed Pipeline Server Installation 102 Introduction 102 GUI Installation 102 Command Line Installation 110 Glossary 113 Bibliography 116 Getting Started Overview: About LONI Pipeline The LONI Pipeline is a free workflow application primarily aimed at neuroimaging researchers. With the LONI Pipeline, users can quickly create workflows that take advantage of any and all neuroimaging tools available.
    [Show full text]
  • In Vivo Assessment of the Neural Substrate Linked with Vocal Imitation
    RESEARCH ARTICLE In vivo assessment of the neural substrate linked with vocal imitation accuracy Julie Hamaide1, Kristina Lukacova2, Jasmien Orije1, Georgios A Keliris1, Marleen Verhoye1, Annemie Van der Linden1* 1Bio-Imaging Lab, Department of Biomedical Sciences, University of Antwerp, Wilrijk, Belgium; 2Centre of Biosciences, Institute of Animal Biochemistry and Genetics, Slovak Academy of Sciences, Bratislava, Slovakia Abstract Human speech and bird song are acoustically complex communication signals that are learned by imitation during a sensitive period early in life. Although the brain areas indispensable for speech and song learning are known, the neural circuits important for enhanced or reduced vocal performance remain unclear. By combining in vivo structural Magnetic Resonance Imaging with song analyses in juvenile male zebra finches during song learning and beyond, we reveal that song imitation accuracy correlates with the structural architecture of four distinct brain areas, none of which pertain to the song control system. Furthermore, the structural properties of a secondary auditory area in the left hemisphere, are capable to predict future song copying accuracy, already at the earliest stages of learning, before initiating vocal practicing. These findings appoint novel brain regions important for song learning outcome and inform that ultimate performance in part depends on factors experienced before vocal practicing. Introduction Human speech and bird song are highly complex and rapid motor behaviours that are learned
    [Show full text]
  • Towards a Brain Imaging Biomarker for Parkinson’S Disease
    Classification of Resting-State fMRI using Evolutionary Algorithms: Towards a Brain Imaging Biomarker for Parkinson’s Disease Amir Dehsarvi Doctor of Philosophy University of York Electronic Engineering January 2018 To my Jennifer & our soon to be born baby و به پدر و مادر نازنینم با عشق... Abstract It is commonly accepted that accurate early diagnosis and monitoring of neurodegenerative conditions is essential for effective disease management and delivery of medication and treatment. This research develops automatic methods for detecting brain imaging preclinical biomarkers for Parkinson’s disease (PD) by considering the novel application of evolutionary algorithms. An additional novel element of this work is the use of evolutionary algorithms to both map and predict the functional connectivity in patients using rs-fMRI data. Specifically, Cartesian Genetic Programming was used to classify dynamic causal modelling data as well as timeseries data. The findings were validated using two other commonly used classification methods (Artificial Neural Networks and Support Vector Machines) and by employing k-fold cross-validation. Across dynamic causal modelling and timeseries analyses, findings revealed maximum accuracies of 75.21% for early stage (prodromal) PD patients in which patients reveal no motor symptoms versus healthy controls, 85.87% for PD patients versus prodromal PD patients, and 92.09% for PD patients versus healthy controls. Prodromal PD patients were classified from healthy controls with high accuracy – this is notable and represents the key finding since current methods of diagnosing prodromal PD have low reliability and low accuracy. Furthermore, Cartesian Genetic Programming provided comparable performance accuracy relative to Artificial Neural Networks and Support Vector Machines.
    [Show full text]
  • Assessment of Functional Connectivity Impairment in Rat Brains
    DEGREE PROJECT IN MEDICAL ENGINEERING, SECOND CYCLE, 30 CREDITS STOCKHOLM, SWEDEN 2019 Assessment of functional connectivity impairment in rat brains ANDROULA SAVVA KTH ROYAL INSTITUTE OF TECHNOLOGY SCHOOL OF ENGINEERING SCIENCES IN CHEMISTRY, BIOTECHNOLOGY AND HEALTH Acknowledgements I would like to express my deep gratitude to my supervisor Rodrigo Moreno for trusting me with this project, for providing me with his valuable guidance and for allowing me to take initiatives through the progress of this project. Special thanks are due to my examiner, Professor Örjan Smedby for the insightful comments and suggestions during the development of this thesis. I would also like to thank Daniel Jörgens, PhD student, for his valuable help on the software development of this pipeline and Malin Siegbahn, MD, PhD student, for providing me with her medical expertise and her time contribution. I wish to thank my family and close friends for their support and encouragement through- out this challenging period. Lastly, to Aria, for her patience and support during my studies. Abstract While the rodent model has long been used in brain research, there exists no standardised processing routine that can be employed for analysis and investigation of disease models. The present thesis attempts to investigate a diseased brain model by implementing a collection of scripts, combined with algorithms from existing neuroimaging software, and adapting them to the rodent brain, in an attempt to examine when and how monaural canal atresia affects the functional connectivity of the brain. We show that it is possible to use software tailored to the human brain to pre-process the rodent model.
    [Show full text]
  • ACNP 56Th Annual Meeting: Poster Session II, December 5, 2017
    Neuropsychopharmacology (2017) 42, S294–S475 © 2017 American College of Neuropsychopharmacology. All rights reserved 0893-133X/17 www.neuropsychopharmacology.org Poster Session II analyses revealed that the SASP index was positively correlated Palm Springs, California, December 3-7, 2017 with age (r = 0.2, p = 0.03) and CIRS score (r = 0.27, p = 0.005), and negatively correlated with information processing speed Sponsorship Statement: Publication of this supplement is (r = − 0.34, p = 0.001), executive function (r = − 0.27, p = 0.004) sponsored by the ACNP. and global cognitive performance (r = − 0.28, p = 0.007). Individual contributor disclosures may be found within the Conclusions: this is the first study to show that a set of abstracts. Part 1: All Financial Involvement with a pharma- proteins (i.e., SASP index) primarily associated with cellular ceutical or biotechnology company, a company providing aging is abnormally regulated and elevated in LLD. These clinical assessment, scientific, or medical products or compa- results suggest that individuals with LLD display enhanced nies doing business with or proposing to do business with aging related molecular patterns that are associated with ACNP over past 2 years (Calendar Years 2014–Present); Part higher medical comorbidity and worse cognitive function. 2: Income Sources & Equity of $10,000 per year or greater Finally, we provide a set of proteins that can serve as (Calendar Years 2014 - Present): List those financial relation- potential therapeutic targets and biomarkers to monitor the ships which are listed in part one and have a value greater than effects of therapeutic or preventative interventions in LLD.
    [Show full text]