Struktur Dan Ekspresi Gen
Total Page：16
File Type：pdf, Size：1020Kb
Home -- Reproduksi Sel -- Hereditas -- Struktur Gen -- Regulasi Ekspresi Gen –Teknologi DNA -- Genom Manusia Struktur dan Ekspresi Gen Oleh: Suharsono Jurusan Biologi FMIPA, Institut Pertanian Bogor E-mail: [email protected] Kehidupan ditandai oleh adanya proses metabolisme yang terjadi di dalam sel. Metabolisme merupakan proses perubahan kimiawi dari satu bentuk ke bentuk yang lainnya, misalnya dari bentuk yang sederhana menjadi bentuk yang lebih rumit, atau sebaliknya. Proses metabolisme melibatkan transformasi materi dan energi. Penampilan morfologi yang merupakan fenotipe dari suatu organisme adalah hasil proses metabolisme yang terjadi di dalam setiap sel penyusun organisme tersebut. Keragaman morfologi di antara individu anggota suatu populasi sangat tergantung dari keragaman proses dan hasil metabolisme yang terjadi pada masing-masing individu. Perbedaan warna bunga dari satu varietas dengan varietas lain tergantung dari proses metabolisme yang terjadi di dalam sel dari varietas yang bersangkutan. Proses metabolisme di dalam sel merupakan reaksi biokimia yang dikatalisis oleh enzim tertentu, sehingga keragaman proses dan hasil metabolisme ditentukan oleh enzim yang terlibat dalam reaksi tersebut. Keragaman enzim (baik struktur maupun susunan asam aminonya) itu sendiri sangat ditentukan oleh susunan cetakannya yaitu asam deoksiribonukleat (DNA). Ruas DNA yang menjadi cetakan untuk mensintesis enzim (protein) disebut dengan gen, sehingga gen merupakan pengendali proses metabolisme atau pengendali kehidupan. Keragaman morfologi suatu organisme merupakan penampakan keragaman gen-gennya. Ilmu yang mempelajari struktur, fungsi, dan perilaku gen disebut dengan genetika. Struktur gen yang dipelajari di dalam genetika meliputi struktur kimia gen, proses pembentukannya dan pewarisannya serta perubahannya atau mutasi. Fungsi gen dipelajari melalui peranannya di dalam sintesis protein/enzim. Pada akhirnya genetika digunakan sebagai landasan yang bermanfaat bagi kehidupan manusia seperti dalam pertanian, kesehatan, dan industri. Halaman 1 Home -- Reproduksi Sel -- Hereditas -- Struktur Gen -- Regulasi Ekspresi Gen –Teknologi DNA -- Genom Manusia Sifat bahan genetik Bahan genetik mempunyai beberapa sifat atau fungsi: dapat menggandakan diri (replikasi), sebagai penyimpan informasi, dapat mengekspresikan informasi yang dikandungnya, dapat bervariasi melalui mutasi. Penggandaan (replikasi) bahan genetik merupakan tahapan yang sangat penting dalam pembelahan sel. Setelah bahan genetik di dalam sel somatik menggandakan diri, maka bahan genetik ini dapat memisah sama rata ke sel- sel anaknya selama proses mitosis. Selama pembentukan sel gamet, bahan genetik mengalami replikasi sebelum memisah ke sel-sel anaknya, hanya saja pada proses ini sel anak hanya mengandung bahan genetik setengah dari sel tetuanya. Proses ini disebut dengan proses meiosis. Sel sperma mengandung bahan genetik yang tidak diekspresikan, sehingga bahan genetik di dalam sperma merupakan penyimpan informasi. Produk-produk dari gen yang tersimpan di dalam bahan genetik, seperi haemoglobin yang merupakan molekul pembawa oksigen, tripsin dan chymotrypsin yang merupakan enzim pencernaan, atau melanin yang merupakan molekul pigmen, tidak didapati di dalam sel sperma. Informasi yang tersimpan di dalam bahan genetik di sel sperma dapat diekspresikan kemudian, misal bila terjadi zigot, kemudian terbentuk individu baru. Ekspresi dari informasi yang disimpan di dalam bahan genetik merupakan suatu proses yang rumit/kompleks yang berdasarkan pada konsep aliran informasi di dalam sel. Awal dari proses ekspresi adalah transkripsi dari informasi genetik yang disimpan di dalam molekul DNA yang menghasilkan 3 jenis molekul RNA (asam ribonukleat): RNA duta (mRNA), RNA transfer (tRNA), dan RNA ribosomal (rRNA). Hanya molekul mRNA yang diterjemahkan (ditranslasikan) ke dalam protein. Translasi atau sintesis protein melibatkan banyak molekul, energi dan ribosom. Ribosom dibentuk oleh beberapa jenis molekul rRNA dan beberapa protein ribosomal. Jadi, rRNA berperan di dalam penyusunan ribosom. tRNA berperan membawa asam amino yang sesuai dengan informasi yang ada di dalam molekul mRNA di dalam proses translasi. Pada organisme eukaryot, misalnya tumbuhan dan hewan, proses transkripsi terjadi di dalam inti sel, sedangkan proses translasi berlangsung di sitoplasma. Halaman 2 Home -- Reproduksi Sel -- Hereditas -- Struktur Gen -- Regulasi Ekspresi Gen –Teknologi DNA -- Genom Manusia Bahan genetik bertanggung jawab terhadap munculnya variasi baru dari suatu organisme melalui proses mutasi. Perubahan komposisi kimia DNA dapat mengubah proses transkripsi dan translasi, yang pada akhirnya dapat mengubah protein yang disintesis. Dengan terjadinya perubahan protein, maka akan mengubah proses metabolisme di dalam sel/organisme, yang akan mengakibatkan perubahan penampakan organismenya. Mutasi yang terjadi di dalam sel gamet akan diteruskan ke generasi berikutnya, dan dengan berjalannya waktu akan didistribusikan ke dalam suatu populasi. Variasi genetik, termasuk di dalamnya pengaturan kembali susunan molekul di dalam kromosom yang sama atau di antara kromosom, merupakan bahan bagi proses evolusi. Identifikasi bahan genetik Mulai akhir abad kesembilan-belas, usaha untuk mengidentifikasi struktur kimia bahan genetik sangat intensif dilakukan. Dua molekul yang dianggap berpotensi sebagai bahan genetik waktu itu adalah: protein, dan asam nukleat. Walaupun demikian, para genetikawan sampai dengan tahun 1940an lebih cenderung berpendapat bahwa proteinlah yang berperan sebagai bahan genetik. Tiga faktor yang mendukung kecenderungan pendapat ini. Pertama, protein terdapat dalam jumlah besar di dalam sel, sekitar 50% dari berat kering sel. Karena sel mengandung demikian besar baik jumlah dan variasinya, maka para genetikawan waktu itu berpendapat bahwa beberapa dari protein tersebut berperan sebagai bahan genetik. Faktor kedua adalah diterimanya pendapat tentang struktur kimia asam nukleat pada pertengahan tahun 1900an. Friedrick Meischer, seorang kimiawan Swiss, pada tahun 1868 mempelajari DNA. Dia berhasil memisahkan inti dari sitoplasma sel dan mengisolasi senyawa asam dari inti yang disebutnya nuklein (nuclein). Dia menunjukkan bahwa nuklein mengandung fosfor dalam jumlah besar, dan tidak mengandung sulfur. Hal ini merupakan sifat/ciri yang sangat berbeda dari protein. Pada tahun 1910 Phoebus A. Levene menyampaikan hipotesis tetranukleotida untuk menjelaskan susunan kimia nukleotida di dalam asam nukleat. Hipotesis Levene ini didasarkan pada komposisi asam nukleat yang tersusun dari empat jenis nukleotida. Halaman 3 Home -- Reproduksi Sel -- Hereditas -- Struktur Gen -- Regulasi Ekspresi Gen –Teknologi DNA -- Genom Manusia Karena struktur tetranukleotida yang mengandung ikatan kovalen tunggal sangat sederhana, maka asam nukleat tidak dapat menjamin adanya variasi kimia yang sangat besar yang diharapkan oleh molekul yang berperan sebagai bahan genetik. Di sisi lain protein disusun oleh 20 jenis asam amino sehingga dapat menghasilkan variasi yang besar. Dari kenyataan ini para genetikawan berpendapat bahwa protein merupakan bahan genetik. Faktor ketiga adalah bahwa penelitian di bidang genetika pada waktu itu dipusatkan pada penelitian pewarisan bahan genetik dan mutasi, sehingga penelitian tentang molekul kimia yang tepat yang berfungsi sebagai bahan genetik kurang diperhatikan. Karena protein sudah dianggap sebagai calon kuat bagi bahan genetik, dan tidak adanya perhatian para peneliti untuk mengetahui secara cermat molekul yang berperan sebagai bahan genetik, maka pendapat bahwa protein merupakan bahan genetik diterima walaupun secara pasif. Penelitian lebih lanjut untuk mengetahui secara tepat molekul yang berperan sebagai bahan genetik dilakukan dengan menggunakan bakteri sebagai organisme prokaryot dan virus yang menginfeksinya. Penggunaan bahan ini disebabkan oleh beberapa alasan. Pertama, bakteri dan virus dapat tumbuh dengan cepat. Dalam waktu satu jam, bakteri dan virus dapat menyelesaikan satu siklus hidup. Kedua, kedua bahan tersebut mudah dimanipulasi dan diinduksi untuk membentuk mutan, dan mudah untuk menyeleksinya. Usaha untuk mengidentifikasi bahan genetik dimulai sejak 1927 yang dilakukan oleh Frederick Griffith. Dia menggunakan D. pneumoniae untuk percobaannya. Ada dua galur (strain) yang digunakannya, yaitu galur virulen yang menyebabkan penyakit pneumonia pada beberapa vertebrata seperti manusia dan tikus, dan galur avirulen yang tidak dapat menyebabkan penyakit. Virulensi dari bakteri tersebut disebabkan oleh adanya kapsul polisakarida yang menyelimuti bakteri. Bakteri virulen mempunyai kapsul sedangkan yang avirulen tidak mempunyainya. Bakteri yang tidak mempunyai kapsul mudah dihancurkan oleh sistim pertahanan tubuh sel inangnya, sedangkan yang mempunyai kapsul tidak mudah dihancurkan oleh sistim pertahanan tubuh. Bakteri yang diselaputi kapsul membentuk permukaan yang halus sehingga disebut galur S (S=smooth) dan yang tidak diselaputi kapsul mempunyai permukaan kasar sehingga disebut galur R (R=rough). Dengan adanya tanda ini, maka virulensi dari bakteri ini mudah untuk diamati. Halaman 4 Home -- Reproduksi Sel -- Hereditas -- Struktur Gen -- Regulasi Ekspresi Gen –Teknologi DNA -- Genom Manusia Griffith menggunakan dua serotipe yang berbeda, yaitu: II dan III. Dia memilih serotipe IIR yang merupakan bakteri avirulen, dan serotipe IIIS yang merupakan bakteri virulen. Hanya bakteri virulen yang hidup yang dapat menyebabkan penyakit pneumonia. Pada percobaannya, Griffith menginjeksikan