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Keep Garfagnina Alive. an Integrated Study on Patterns of Homozygosity, Genomic
bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/2020.04.16.044644; this version posted April 16, 2020. The copyright holder for this preprint (which was not certified by peer review) is the author/funder, who has granted bioRxiv a license to display the preprint in perpetuity. It is made available under aCC-BY 4.0 International license. 1 Keep Garfagnina alive. An integrated study on patterns of homozygosity, genomic 2 inbreeding, admixture and breed traceability of the Italian Garfagnina goat breed. 3 4 5 Christos Dadousis1,*, Francesca Cecchi2, Michela Ablondi1, Maria Chiara Fabbri3, 6 Alessandra Stella4,5, Riccardo Bozzi3 7 8 9 1 Dipartimento di Scienze Medico‐Veterinarie, Università di Parma, Parma, Italy. 10 2 Dipartimento di Scienze Veterinarie, Università di Pisa, Italy. 11 3 Dipartimento di Scienze e Tecnologie Agrarie, Alimentari, Ambientali e Forestali, 12 Università di Firenze, Firenze, 50144, Italy. 13 4 Istituto di Biologia e Biotecnologia Agraria, Consiglio Nazionale delle Ricerche, 14 Milano, Italy. 15 5 Fondazione Parco Tecnologico Padano, Lodi, Italy. 16 17 18 * Corresponding author: 19 Email: [email protected] (CD) 20 ORCID ID: https://orcid.org/0000-0002-7689-6443 21 1 bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/2020.04.16.044644; this version posted April 16, 2020. The copyright holder for this preprint (which was not certified by peer review) is the author/funder, who has granted bioRxiv a license to display the preprint in perpetuity. It is made available under aCC-BY 4.0 International license. 1 Abstract 2 The objective of this study was to investigate the genomic background of the 3 Garfagnina (GRF) goat breed that faces the risk of extinction. -
Produzione E Qualità Del Latte in Capre Autoctone Allevate Estensivamente Nella Regione Molise J
Casamassima_imp 25-09-2009 10:26 Pagina 165 D. Casamassima et al. Large Animal Review 2009; 15: 165-174 165 Produzione e qualità del latte in capre autoctone allevate estensivamente nella regione Molise j D. CASAMASSIMA, M. PALAZZO, T. PRESUTTI, R. PIZZO Department of Animal, Vegetal and Environmental Sciences, University of Molise, Italy RIASSUNTO La ricerca ha riguardato la valutazione quanti-qualitativa di latte, con particolare riferimento alla composizione acidica e ad al- cune molecole ad attività bionutrizionale, la lattoferrina (LF) ed il contenuto in isomeri coniugati dell’acido linoleico (CLA), nel latte di due popolazioni autoctone molisane a forte rischio di estinzione, la capra di Montefalcone e la capra Valfortorina. La sperimentazione, della durata di 7 mesi, è stata condotta su 60 capre in lattazione appartenenti ai due tipi genetici caprini, ed ha riguardato la determinazione, ad intervalli mensili, della produzione e qualità del latte, della composizione acidica, del contenuto in CLA (cis9, trans11 e trans10, cis12) e della lattoferrina. La produzione del latte, nell’intera prova, è stata di 275,6 kg e 258,3 kg per la capra di Montefalcone e Valfortorina rispettivamente. La qualità del latte, relativamente ad alcuni suoi com- ponenti, si è attestata su valori di 4,46 e 3,97% per il contenuto in grassi e su valori del 3,64 e 3,59% per il contenuto in pro- teine rispettivamente nei due gruppi etnici. Nel corso della prova, i PUFA ed i MUFA sono aumentati statisticamente (P<0,001), in entrambi i tipi genetici, mentre gli SFA sono diminuiti (P<0,001). -
The Climatic and Genetic Heritage of Italian Goat Breeds with Genomic
www.nature.com/scientificreports OPEN The climatic and genetic heritage of Italian goat breeds with genomic SNP data Matteo Cortellari 1,16, Mario Barbato2,16, Andrea Talenti1,3*, Arianna Bionda1, Antonello Carta4, Roberta Ciampolini5, Elena Ciani6, Alessandra Crisà7, Stefano Frattini1, Emiliano Lasagna8, Donata Marletta9, Salvatore Mastrangelo10, Alessio Negro1, Ettore Randi11, Francesca M. Sarti8, Stefano Sartore12, Dominga Soglia12, Luigi Liotta13, Alessandra Stella14, Paolo Ajmone‑Marsan2, Fabio Pilla15, Licia Colli2 & Paola Crepaldi1 Local adaptation of animals to the environment can abruptly become a burden when faced with rapid climatic changes such as those foreseen for the Italian peninsula over the next 70 years. Our study investigates the genetic structure of the Italian goat populations and links it with the environment and how genetics might evolve over the next 50 years. We used one of the largest national datasets including > 1000 goats from 33 populations across the Italian peninsula collected by the Italian Goat Consortium and genotyped with over 50 k markers. Our results showed that Italian goats can be discriminated in three groups refective of the Italian geography and its geo‑political situation preceding the country unifcation around two centuries ago. We leveraged the remarkable genetic and geographical diversity of the Italian goat populations and performed landscape genomics analysis to disentangle the relationship between genotype and environment, fnding 64 SNPs intercepting genomic regions linked to growth, circadian rhythm, fertility, and infammatory response. Lastly, we calculated the hypothetical future genotypic frequencies of the most relevant SNPs identifed through landscape genomics to evaluate their long‑term efect on the genetic structure of the Italian goat populations. -
Local Adaptations of Mediterranean Sheep and Goats Through an Integrative Approach
Supplemental Information for: Local adaptations of Mediterranean sheep and goats through an integrative approach Bruno Serranito 1,2# , Marco Cavalazzi 3# , Pablo Vidal 4, Dominique Taurisson-Mouret 5, Elena Ciani 6, Marie Bal 3, Eric Rouvellac 3, Bertrand Servin 7, Carole Moreno-Romieux 7, Gwenola Tosser-Klopp 7, Stephen J. G. Hall 8, Johannes A. Lenstra 9, François Pompanon 10 , Badr Benjelloun 10,11 , Anne Da Silva 1* #: Serranito B. and Cavalazzi M. should be considered joint first author * Correspondence: [email protected] Table of Contents: Supplementary Table 1. Initial list breeds for the constitution of the datasets. Page 1 Supplementary Figure 1. Synthetic schema of the main steps for the Page 2 proposed approach. Supplementary Figure 2. Goat and sheep cradles description as a function of Pages 3-4 environmental variables: Synthetic descriptions of cradles and some characteristic breed phenotypic traits. Supplementary Table 2. Description of the breeds included in the sheep and Pages 5 -16 goat datasets. Number of individuals considered, country of origin, information on the breed history, geographical definition of the cradle, description of the breed, use and status. Supplementary Figure 3. LD analyses for sheep and goats. Page 17 Supplementary Text 1. Genetic structure assessment: admixture analyses, Pages 18 -20 sNMF cross-entropies and Mantel tests. Supplementary Figure 4 . Mapping display for sheep and goats, of the Pages 21 -22 geographical cradles and the GPS coordinates of the sampled points; statistical comparisons for the variables Annual Mean Temperature, Annual Mean Precipitation and Altitude between the distributions obtained by the cradle method and the GPS area method, display of the results via boxplots. -
Landwirtschaftliche Genressourcen Der Alpen
Landwirtschaftliche Genressourcen der Alpen 1 Anschrift der Autoren Monitoring Institute for Rare Breeds and Seeds in Europe Schneebergstr. 17, CH-9000 St.Gallen http://www.monitoring-inst.de Koordination und Redaktion Hans-Peter Grünenfelder, St.Gallen Projekt management Nadine Müller, Zurich Plants (A, D, F, SLO) Uenal Bussaglia, St. Gallen Translation Ute Dietrich, Witzenhausen; Silvia Dingwall, Nussbaumen Traductions Monique Dousse, Birmensdorf Traduzioni Renza Prandino, Torino Prevod Borut Stumberger, Cirkulane Umschlag und Illustration Atelier Silvia Ruppen, Vaduz Layout Jacqueline Annen, Maschwanden Zitierung Monitoring Institute for Rare Breeds and Seeds in Europe, 2003: Agricultural Genetic Resources in the Alps, Landwirtschaftliche Genressourcen der Alpen, Ressources génétiques agricoles des Alpes, Risorse genetiche agricole delle Alpi, Kmetijski genetski viri v Alpha. Zürich, Bristol-Stiftung; Bern, Stuttgart, Wien, Haupt. 177 S. + CD-ROM. Bibliografische Information der Deutschen Bibliothek Die Deutsche Bibliothek verzeichnet diese Publikation in der Deutschen Nationalbibliografie; detaillierte bibliografische Daten sind im Internet über <http://dnb.ddb.de> abrufbar. ISBN 3-258-06669-8 Alle Rechte vorbehalten Copyright © 2003 by Haupt Berne Jede Art der Vervielfältigung ohne Genehmigung des Verlages ist unzulässig. Dieses Papier ist umweltverträglich, weil chlorfrei hergestellt. 2 Inhaltsverzeichnis 1. Vorwort 10 2. Synthese 11 2.1. Problemstellung und Auftrag 11 2.2. Pflanzengenetische Ressourcen: Zusammengefasste Ergebnisse nach Ländern 12 2.3. Tiergenetische Ressourcen: Zusammengefasste Ergebnisse nach Ländern 22 2.4. Genereller Handlungsbedarf im Alpenraum 34 3. Einführung 35 3.1. Aktualisierung der Studie ‚Landwirtschaftliche Genressourcen der Alpen’ 35 3.2. Der globale Aktionsplan 38 3.3. EU Projekte und Bestimmungen betreffend landwirtschaftliche Biodiversität 38 3.4. Wichtige internationale Gremien und Datenbanken 42 3.5. -
STRUTTURE ZOOTECNICHE I. Organismi Autorizzati O Riconosciuti
Dipartimento delle Politiche competitive del mondo rurale e della qualità Direzione generale della competitività per lo sviluppo rurale Ufficio COSVIR X - Produzioni Animali - Dirigente: Claudio Lorenzini Tel. 06 46655098-46655096 - 06 484459 Fax. 06 46655132 e-mail: [email protected] STRUTTURE ZOOTECNICHE (Dec. 2009/712/CE - Allegato 2 - Capitolo 2) I. Organismi autorizzati o riconosciuti ai fini della tenuta o dell’istituzione dei registri o dei libri genealogici a) Specie bovina e bufalina Versione Stato membro Elenco degli organismi di cui all'articolo 1, lettera b), della direttiva 77/504/CEE Ufficialmente abilitati a redigere o a conservare i registri genealogici Marzo 2012 ITALIA (List of bodies as referred to in Article 1(d) of Directive 77/504/EEC officially approved for maintaining registers) Data del Nome Indirizzi utili Nome della razza Osservazioni riconoscimento Località Ferlina, 204 37012 Bussolengo (VERONA) Associazione Nazionale Allevatori +39 045 6760111 Bovini della Razza Bruna Italiana 18/02/1981 BRUNA (ANARB) +39 045 7156655 (D.P.R. n. 598 del 27/4/1960) @ [email protected] www www.anarb.it Fraz. Favret, 5 11020 Gressan Associazione Nazionale Allevatori Bovini di Razza Valdostana +39 0165250984 PEZZATA ROSSA (ANABORAVA) 18/11/1982 PEZZATA NERA DUPLICE (D.P.R. n. 22/6/1987) CASTANA +39 0165251009 @ [email protected] www www.anaborava.it Data del Nome Indirizzi utili Nome della razza Osservazioni riconoscimento Via Masaccio,11 42124 Mancasale (REGGIO EMILIA) Associazione Nazionale Allevatori Bovini di Razza Reggiana +39 0522 271396 16/05/1962 REGGIANA (ANARARE) +39 0522 271396 (D.P.R. n. 997 del 16/11/1962) @ [email protected] www www.razzareggiana.it Strada del Vio Viscioloso, 21 06132 San Martino In Colle (PERUGIA) MARCHIGIANA Associazione Nazionale Allevatori CHIANINA Bovini Italiani da Carne +39 075 6070011 18/10/1969 ROMAGNOLA (ANABIC) +39 075 607598 MAREMMANA (D.P.R. -
PRNP Polymorphisms in Eight Local Goat Populations/Breeds from Central and Southern Italy
animals Article PRNP Polymorphisms in Eight Local Goat Populations/Breeds from Central and Southern Italy Martina Torricelli 1,† , Carla Sebastiani 1,† , Marcella Ciullo 1, Simone Ceccobelli 2, Barbara Chiappini 3, Gabriele Vaccari 3 , Antonio Capocefalo 3, Michela Conte 3, Samira Giovannini 4, Emiliano Lasagna 4 , Francesca Maria Sarti 4 and Massimo Biagetti 1,* 1 Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell’Umbria e delle Marche-Togo Rosati (IZSUM), Via Salvemini 1, 06126 Perugia, Italy; [email protected] (M.T.); [email protected] (C.S.); [email protected] (M.C.) 2 Dipartimento di Scienze Agrarie, Alimentari e Ambientali, Università Politecnica delle Marche, 60131 Ancona, Italy; [email protected] 3 Dipartimento di Sicurezza Alimentare, Nutrizione e Sanità Pubblica Veterinaria, Istituto Superiore di Sanità, 00161 Rome, Italy; [email protected] (B.C.); [email protected] (G.V.); [email protected] (A.C.); [email protected] (M.C.) 4 Dipartimento di Scienze Agrarie, Alimentari e Ambientali, University of Perugia, 06121 Perugia, Italy; [email protected] (S.G.); [email protected] (E.L.); [email protected] (F.M.S.) * Correspondence: [email protected] † These authors contributed equally. Simple Summary: Scrapie is a naturally occurring transmissible spongiform encephalopathy of sheep and goats. Polymorphisms in single nucleotides in the coding sequence of the prion protein gene play a major role in relative susceptibility or resistance to classical scrapie. The most recent Citation: Torricelli, M.; Sebastiani, C.; Ciullo, M.; Ceccobelli, S.; Chiappini, modification of European Union Regulation 999/2001 (Regulation EU 772/2020) deals with the B.; Vaccari, G.; Capocefalo, A.; Conte, possible use of genetics in goats for scrapie outbreak management. -
Linee Guida Per La Conservazione E La
La Newsletter n.53 di R.A.R.E. Novembre 2016 Cari Soci, in questa Newsletter troverete un sunto delle relazioni presentate nel corso del Convegno annuale di RARE tenutosi a Guastalla (RE) nell’ambito della manifestazione “Piante e animali perduti” del Comune di Guastalla. Informazioni sulla nostra associazione sono reperibili sul nostro sito: o www.associazionerare.it Abbiamo di recente aperto anche un account di RARE (RARE - Associazione Italiana Razze Autoctone a Rischio di Estinzione) su FaceBook, vi invitiamo a cercarci, comunicare notizie, opinioni… o https://www.facebook.com/associazionerare/?fref=ts è possibile contattarci via mail al nostro indirizzo di posta elettronica: o [email protected] o telefonando al numero: 0968.51633 (Floro De Nardo) Ricordiamo che non verranno più spedite NL ai soci non in regola con il pagamento della quota associativa. Le quote associative sono: € 25 (socio sostenitore) o almeno € 10 (socio simpatizzante). Spero che, anche nel 2015, continuerai a sostenere R.A.R.E. rinnovando la tua adesione con un versamento su CCP n° 21786397 intestato a RARE – Via Nemo Sottili, 1 – 42123 Reggio Emilia. E’ possibile versare la quota di adesione tramite bonifico bancario utilizzando l’IBAN n. IT31Z0760101000000021786397 ma per l’invio delle Newsletter ed eventuali comunicazioni, si invita chi paga tramite bonifico ad inviare i propri dati, via mail all’indirizzo dell’associazione indicato sopra. In questo numero 14° convegno annuale di RARE …………………….…………………..……2 Riccardo Fortina - Università di Torino, RARE -
Enti Selezionatori Che Tengono Libri Genealogici Per Gli Animali Riproduttori Di Razza Pura
REGOLAMENTO DI ESECUZIONE (UE) 2017/716 DELLA COMMISSIONE del 10 aprile 2017 recante modalità di applicazione del regolamento (UE) 2016/1012 del Parlamento europeo e del Consiglio per quanto riguarda i modelli di formulari da utilizzare per le informazioni da includere negli elenchi degli enti selezionatori e degli enti ibridatori riconosciuti. Gazzetta ufficiale dell’Unione europea L 109/1. DIPEISR - Dipartimento delle politiche europee e internazionali e dello sviluppo rurale DISR - Direzione generale dello sviluppo rurale DISR VII - Produzioni animali Dirigente: dott. Francesco BONGIOVANNI Via XX Settembre, 20 - 00187 Roma Piano 3, Stanza 96 Telefono: +39 06 4665 5096 E-Mail: [email protected] PEC: [email protected] WWW: https://www.politicheagricole.it/ ____________________________________________________________________ Enti selezionatori che tengono libri genealogici per gli animali riproduttori di razza pura Enti ibridatori che tengono registri suini ibridi per i suini ibridi riproduttori 1 REGOLAMENTO DI ESECUZIONE (UE) 2017/716 DELLA COMMISSIONE del 10 aprile 2017 recante modalità di applicazione del regolamento (UE) 2016/1012 del Parlamento europeo e del Consiglio per quanto riguarda i modelli di formulari da utilizzare per le informazioni da includere negli elenchi degli enti selezionatori e degli enti ibridatori riconosciuti. Gazzetta ufficiale dell’Unione europea L 109/1. I. Enti selezionatori che tengono libri genealogici per gli animali riproduttori di razza pura a) Animali riproduttori di razza -
Sistemi Zootecnici E Pastorali Alpini Prof. Michele Corti
Sistemi zootecnici e pastorali alpini Prof. Michele Corti Dispensa del Corso Corso di laurea in : Tutela e valorizzazione dell’ambiente e del territorio montano Introduzione L’importanza della zootecnia nella vita delle comunità alpine è legata ai vincoli imposti dal clima sulla possibilità di esercizio della attività agricola. Innanzitutto nelle Alpi il terreno agrario è scarso e poco produttivo. La zootecnia più di altre attività agricole si presta all’utilizzo di zone vegetative poste a diverse altitudini sfruttando risorse foraggere erbacee ma anche arbustive ed arboree. Dove l’uomo non è in grado di utilizzare le superfici coltivandole con piante alimentari il ruminante si inserisce come anello intermedio indispensabile di una catena trofica che nella veste di consumatore consente di convertire le risorse dei pascoli naturali ottenibili in condizioni nelle quali ogni attività agricola è preclusa in alimenti ad elevato valore biologico. Ciò vale per ambienti estremi per condizioni di temperatura e di piovosità come le steppe e le tundre alle quali si avvicinano come visto alcuni degli habitat della montagna alpina. Il ruolo fondamentale dell’allevamento animale nell’economia tradizionale delle comunità alpine è anche legato alla capacità degli animali di utilizzare una parte della produzione foraggera ottenibile durante il periodo vegetativo in modo differito consentendo all’uomo di alimentarsi con prodotti ricchi di principi nutritivi come le vitamine scarsamente presenti nei prodotti di origine vegetale conservati con le tecniche tradizionali. Parlare di agricoltura e di allevamento nei termini delle attività di tipo specializzato che ci sono più famigliari al giorno d’oggi appare inadeguato. Più adeguato risulta fare riferimento, nel caso dei sistemi produttivi dell’agricoltura di montagna al concetto di agropastoralismo che in qualche modo si avvicina al concetto tedesco di Alpwirtshaft . -
Breeding of Sheep and Goats in the Veneto
L’attuazione della Convenzione delle Alpi e del Protocollo “Agricoltura di Montagna”: Opportunità per la promozione dell’agrobiodiversità e del monitoraggio a lunga durata. Breeding of sheep and goats in the Veneto – Region with a particular view on the contributions of the region Dr. Emilio Pastore Dipartimento di Scienze Animali Università di Padova Bolzano, operational office of the Permanent Secretariat of the Alpine Convention, viale Druso1, 39100 Bolzano (EURAC) 20th-21st May 2008 C.N.R. PROGETTO FINALIZZATO: DIFESA RISORSE GENETICHE ANIMALI (1979) RAZZE OVINE SEGNALATE DALL’ASSONAPA (*) Istriana 250 Friuli Friulana estinta Friuli Cadorina non trovata Friuli Lamon 10000 Belluno - TV - Bolzano - Friuli Alpagota 3500 Belluno Vicentina 100 Vicenza Padovana non trovata Padova Tiroler Bergshaf 24000 Bolzano Val d'Ultimo 700 Bolzano * Dati ASSONAPA 1970 C.N.R. PROGETTO FINALIZZATO: DIFESA RISORSE GENETICHE ANIMALI (1979) RAZZE OVINE INDIVIDUATE (*) Bellunese 100 Treviso Brogne 50 Verona Brentegana 3000 Verona Pusterese 50 Bolzano - Belluno Val Badia 20 Val Badia * Razze trovate durante il progetto FINANZIAMENTO DI RICERCHE E STUDI dal 1980….. ..ad oggi ….CHE HANNO PERMESSO L’INDIVIDUAZIONE DELLE RAZZE OVINE VENETE Cadorina Lamon Agordina Vicentina Alpagota Brentegana Padovana Brogna TRENTINOTRENTINO ALTOALTO--ADIGEADIGE Della Roccia Val d’Ultimo Dal Badia Fiemmese Lamon Brentegana FRIULIFRIULI VENEZIAVENEZIA GIULIAGIULIA Plezzana Alpagota Lamon (incroci) Friulana Carsolina RAZZERAZZE INDIVIDUATEINDIVIDUATE AZIONI INTRAPRESE DALLA REGIONE VENETO: ANNO 2000-2003 Attraverso le risorse assegnate dal MIPAF con DM n. 8740 del 15 maggio 2000, la Regione Veneto ha sviluppato un proprio programma operativo denominato "Intervento regionale per la salvaguardia delle biodiversità", che è stato realizzato dall'Azienda regionale Veneto Agricoltura nel biennio 2002−2003 e che comprendeva il sottoprogetto costituzione di un Centro regionale per le razze ovine venete in pericolo di estinzione, presso l'Azienda Pilota e Sperimentale per la Montagna "Villiago". -
Rapporto Sullo Stato Delle Risorse Genetiche Animali in Italia
▪▪▪cbfmdn{vs~qruxop|z ▪▪▪ Rapporto sullo Stato delle Risorse Genetiche Animali in Italia Luglio 2005 ▪▪▪cbfmdn{vs~qruxop|z ▪▪▪ ▪▪▪cbfmdn{vs~qruxop|z ▪▪▪ Introduzione L’autorizzazione per la stesura di questo Primo Rapporto Sullo Stato Delle Risorse Genetiche Animale del Paese è stata concessa nel marzo 2001 a seguito di una comunicazione pervenuta dal Direttore Generale dell’Organizzazione Nazionale per l’Alimentazione e Agricoltura – FAO - invitando l’Italia a partecipare alla stesura di un rapporto che dovrà chiarificare lo stato delle risorse genetiche del Paese. Il Ministero delle Politiche Agricole e Forestali (MiPAF) ha assegnato il compito della stesura del 1º Rapporto al ConSDABI, nella persona del prof. Donato Matassino. Questo 1. Rapporto del Paese, sinteticamente, descrive l’attuale situazione delle risorse genetiche animali per l’alimentazione e per l’agricoltura e identifica i bisogni per consentirne la tutela, la conservazione e l’utilizzazione; inoltre, riferisce sullo stato delle risorse genetiche animali, sullo stato e sull’andamento delle risorse, nonché sul loro potenziale contributo all’agricoltura, all’alimentazione e allo sviluppo della ruralità multifunzionale sostenibile; in piú, analizza l’attuale capacità del paese per la gestione di queste risorse ed evidenzia le priorità che potrebbero risultare utili per la cooperazione internazionale. 3 ▪▪▪cbfmdn{vs~qruxop|z ▪▪▪ CAPITOLO 1 RESOCONTO DELLO STATO DELLA BIODIVERSITÀ NEL SETTORE DEGLI ANIMALI IN ITALIA. 1.1. Punto di vista dell’agricoltura italiana sistemi di produzione animale e relativa biodiversità. 1.1.1. Il Paese L’Italia confina a ovest con la Francia, a nord con la Svizzera e l’Austria, a est con la Slovenia, e nel suo interno si trovano lo Stato Vaticano e quello di San Marino.