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Université Pierre Et Marie Curie Ecole Doctorale ED 227 « Sciences De La Nature Et De L'homme »

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Université Pierre Et Marie Curie Ecole Doctorale ED 227 « Sciences De La Nature Et De L'homme » Université Pierre et Marie Curie Ecole doctorale ED 227 « Sciences de la Nature et de l'Homme » UMR 7208 BOREA (MNHM, UPMC, CNRS, IRD, UCBN) Biologie des Organismes et Écosystèmes Aquatiques Équipe Adaptation aux Milieux Extrêmes (AMEX) Cycles de vie des symbiontes chez les bivalves des environnements à base chimiosynthétique de l'océan profond Par Kamil SZAFRAŃSKI Thèse de doctorat de microbiologie marine Dirigée par Sébastien DUPERRON Présentée et soutenue publiquement à Paris le 25 septembre 2014 Devant un jury composé de : M. BOROWSKI Christian, Chercheur Senior, Institut Max Planck de Microbiologie Marine à Brême, Rapporteur M. COMPÈRE Philippe, Chef de Travaux, Université de Liège, Examinateur M. DUPERRON Sébastien, Maître de Conférences HDR, UPMC, Directeur de Thèse Mme GAUDRON Sylvie, Maître de Conférences, UPMC, Invitée M. GHIGO Jean-Marc, Chef de Laboratoire, Institut Pasteur, Examinateur M. LALLIER François, Professeur, UPMC, Examinateur Mme LÓPEZ-GARCÍA Purificación, Directrice de Recherche, CNRS, Rapporteur Thèse réalisée dans le cadre du programme européen : « Marie Curie Actions » Initial Training Network (ITN) « SYMBIOMICS » numéro de contrat 264774 B Nous n'héritons pas la terre de nos ancêtres, nous l'empruntons à nos enfants. « Terre des Hommes » Antoine de St-Exupéry (adapté d'un proverbe hindou ou africain) À ma famille À mes amis À mes proches I Remerciements En premier lieu, je voudrais adresser mes remerciements à mon directeur de thèse, le Docteur Sébastien Duperron avec qui j'ai eu l'opportunité d'effectuer mes travaux de thèse. Sans lui, sans ses conseils précieux ou sans son esprit formateur, ce projet n'aurait pas pu être réalisé. Être un chercheur innovateur et brillant n'est pas tout, il faut aussi être un pédagogue patient pour ne pas utiliser ses étudiants comme main d'œuvre au laboratoire – merci pour tes qualités humaines et le savoir que tu m'as transmis. Je te suis infiniment reconnaissant pour m'avoir fait confiance et m'avoir accepté en thèse malgré mon profil scientifique initialement un peu compliqué. Travailler sous ta direction a été un vrai plaisir. L’autonomie que tu m'as assurée m'a permis de développer ma confiance en moi sur le plan de la recherche. Toutes les pauses café ont été non seulement l'occasion d'échanger des avis scientifiques, mais aussi des moments de détente intellectuelle pour parler de la politique, la société, la culture et la langue françaises. Merci aussi pour ta formation parallèle sur ce plan-là! Je remercie également Sylvie, ma co-encadrante « non-officielle », une vraie chercheuse passionnée et une excellente formatrice. Sylvie, je te suis reconnaissant pour ton professionnalisme et pour le savoir que tu m'as transmis surtout dans le domaine de l'histologie. Grâce à la collaboration avec toi, mon premier article a pu être publié. Merci à toi et à Sébastien pour votre engagement, pour toutes les corrections de manuscrits et pour vos commentaires précieux. Je remercie chaleureusement toute l'équipe AMEX de m'avoir bien accueilli et d’avoir créé non seulement des conditions de travail excellentes mais aussi une ambiance très aimable et familiale. Merci à Bruce, le chef de l'équipe, pour m'avoir donné l'occasion de travailler avec les aquariums à haute pression – tu m'as autorisé à les manipuler de façon autonome et tu m'as emmené en mission – merci pour ta confiance. Merci beaucoup à Juliette pour ses conseils scientifiques, surtout pour m'avoir montré « où est quoi » au laboratoire. Grand merci à Magali, spécialement pour son aide dans la préparation des échantillons pour la microscopie électronique – sans toi, une bonne partie de mon travail n'aurait pas pu être réalisée. J'adresse aussi mes remerciements à Nelly pour son support technique lors des diverses manipes – tes conseils et tes bon mots me motivaient toujours au travail! Merci aussi pour tes cours de français. Merci beaucoup à Clara pour tous les moments passés ensemble au laboratoire – tu étais toujours une bonne conseillère! Je tiens à remercier tous les stagiaires, Bérénice, Nika et Victor, avec qui j'ai eu l'occasion de travailler au sein de l'équipe – le travail de chacun de vous ainsi que votre engagement ont contribué à ce travail. Finally, thank you very much Sven for sharing the office, life and lab experience and all the important events during our stay in Paris. Thanks to our conversations I have significantly improved my English. We have managed to successfully pass through all the administrative tasks – that was tricky! It was a great and unforgettable time! Je voudrais transmettre mes remerciements à l'UMR 7208 BOREA et particulièrement à Mme Sylvie Dufour pour m'avoir donné l'opportunité de réaliser mon travail de recherche au sein de son unité; pour les mêmes raisons je remercie l'UMR 7138 SAE et en particulier M. Hervé Le Guyader qui m'a accueilli dans son unité de recherche et qui était le directeur de l'École Doctorale ED392 « Diversité du Vivant » au moment de mon recrutement. Je voudrais remercier aussi l'École Doctorale ED 227 « Sciences de la Nature III et de l'Homme » et Mme Gaëlle Boutin qui a assuré le bon déroulement des procédures administratives pendant ma thèse et qui était toujours là pendant le passage vers la nouvelle ED. Mon travail a été évalué et guidé lors de deux comités de thèse – j'en suis reconnaissant à Mme Purificación López-García, M. Philippe Lopez et à M. Arnaud Tanguy. Merci pour vos remarques, commentaires et pour le temps que vous m'avez consacré. Je tiens à remercier sincèrement les membres de jury : M. Philippe Compère, M. Jean-Marc Ghigo, M. François Lallier et spécialement les rapporteurs : M. Christian Borowski et Mme Purificación López-García qui ont accepté d'évaluer mes travaux de thèse. Merci beaucoup d'y avoir consacré votre temps. J'adresse aussi mes remerciements à l'équipe scientifique Génétique des Adaptations aux Milieux Extrêmes de la Station Marine de Roscoff : François Lallier, Ann Andersen, Stéphane Hourdez, Jean Mary, Anne-Sophie Le Port et en particulier Arnaud Tanguy pour m'avoir donné la possibilité de tenter le séquençage du génome de Loripes et pour les moments inoubliables que j'ai passé avec certains à bord du « Pourquoi Pas ? »; aux équipes scientifiques de l'Ifremer de Brest, spécialement à Marie-Anne Cambon- Bonavita pour m'avoir permis d'embarquer pour la campagne océanographique BICOSE; et à l'équipe Diversité, Écologie et Évolution Microbiennes de l'Université Paris-Sud, à Purificación López-García, à David Moreira et particulièrement à Philippe Deschamps avec qui j'ai eu la possibilité de collaborer et réaliser une partie importante de mon projet scientifique. Philippe, grâce à ta formation, j'ai acquis beaucoup de compétences en bioinformatique, qui m'ont permis de rédiger mon deuxième article. Merci également aux membres du personnel technique et administratif, Danielle, Latiffa et Paula – sans vous et votre engagement dans la vie quotidienne du laboratoire mon travail n'aurait pas avancé. Je voudrais dire « merci » à Philippe Leballeur pour la bonne gestion de ressources tout au long de mon travail de thèse. Je suis particulièrement reconnaissant à tous les scientifiques, thésards, post-docs et administratifs du consortium « ITN Symbiomics » qui a financé ma thèse. Grand merci à Mme Nicole Dubilier et M. Christian Borowski pour l'organisation de toutes les formations que j'ai suivies, pour les rassemblements annuels, les discussions et commentaires accompagnants grâce auxquels ma recherche était co-encadrée en permanence par les spécialistes internationaux de la symbiose. Dans mes remerciements je n'oublie pas les personnes qui m'ont beaucoup aidé surtout au moment de la préparation de ma candidature pour cette thèse. Merci mille fois à Emmanuel Koen, Mme Anne Magnet et à M. Jacques Belleville pour leur soutien aux moments où j'ai pris des décisions courageuses, que je n'ai regrettées à aucun moment. La lettre de motivation que vous m'avez aidé à rédiger a été mon billet pour démarrer cette thèse. Merci! J'adresse aussi mes remerciements aux encadrants de mes stages de licence – Mme Juliette Leymarie, Mme Françoise Corbineau et M. Christophe Bailly de l'équipe « Biologie des Semences » actuellement de Laboratoire de Biologie du Développement UPMC et de mon stage de master 1, à M. Eric Ruelland, travaillant maintenant à l'Institut d'Écologie et des Sciences de l'Environnement de Paris. Je n'ai que de bons souvenirs de mon travail sous votre direction. Vous m'avez transmis non seulement les bonnes pratiques de IV laboratoire, mais aussi la passion pour la recherche. Merci à M. Emmanuel Baudouin pour l'accès à spectrofluorimètre. Je suis infiniment reconnaissant à Sébastien, Sylvie, Carole, Magali, Anita et Julia pour toutes les corrections linguistiques de ce manuscrit. Merci d’y avoir consacré votre temps libre. Ce travail n'aurait pas pu aboutir sans le soutien de mes amis... Merci à (dans l'ordre alphabétique et par famille) Ania, Anita & Adam, Carole, Christophe, Ela, Florent, Guillaume, Joanna, Julia & Krzysiek, Kasia & Michał, Manu, Michał, Michel, Patrycja & Kasia, Seweryn, Sylvain pour tous les moments agréables que j'ai passé avec vous pendant cette période et pour tous vos bons mots. Merci pour votre patience et votre écoute. Mes remerciements spéciaux au personnel de l'École polonaise où j'ai eu la chance d'habiter pendant presque toute ma thèse. Merci à M. Marek et Mme Zofia Czerny, leur fille Agata Zielonka et au directeur de l'École M. Konrad Leszczyński de m'avoir proposé ce logement agréable, calme et me permettant de travailler en toute efficacité. Vous avez créé une vraie ambiance familiale, grâce à vous je ne me suis jamais senti seul. Enfin, je voudrais remercier chaleureusement mes parents, ma sœur et ma famille pour leur soutien, encouragements et suivi dans tous mes choix et particulièrement pendant toute mon éducation.
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