Étude De La Variabilité De Réponse Immunitaire Innée Chez L'homme: Une Approche Évolutive Et Moléculaire
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Étude de la variabilité de réponse immunitaire innée chez l’Homme : une approche évolutive et moléculaire Matthieu Deschamps To cite this version: Matthieu Deschamps. Étude de la variabilité de réponse immunitaire innée chez l’Homme : une approche évolutive et moléculaire. Génétique humaine. Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2015. Français. NNT : 2015PA066648. tel-01359880 HAL Id: tel-01359880 https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01359880 Submitted on 5 Sep 2016 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. The documents may come from émanant des établissements d’enseignement et de teaching and research institutions in France or recherche français ou étrangers, des laboratoires abroad, or from public or private research centers. publics ou privés. THÈSE DE DOCTORAT DE L’UNIVERSITÉ PIERRE ET MARIE CURIE Spécialité Génétique Humaine École doctorale : Complexité du Vivant (ED515) Présentée par Matthieu DESCHAMPS Pour obtenir le grade de DOCTEUR DE L’UNIVERSITÉ PIERRE ET MARIE CURIE Étude de la variabilité de réponse immunitaire innée chez l'Homme: une approche évolutive et moléculaire Thèse dirigée par Lluís QUINTANA-MURCI Soutenue le 29 septembre 2015 devant le jury composé de : M. Dominique HIGUET Président du jury M. Alexandre ALCAIS Rapporteur M. David COMAS Rapporteur M. Matthew ALBERT Examinateur M. Luis BARREIRO Examinateur M. Lluís QUINTANA-MURCI Directeur de thèse THÈSE DE DOCTORAT DE L’UNIVERSITÉ PIERRE ET MARIE CURIE Spécialité Génétique Humaine École doctorale : Complexité du Vivant (ED515) Présentée par Matthieu DESCHAMPS Pour obtenir le grade de DOCTEUR DE L’UNIVERSITÉ PIERRE ET MARIE CURIE Étude de la variabilité de réponse immunitaire innée chez l'Homme: une approche évolutive et moléculaire Thèse dirigée par Lluís QUINTANA-MURCI Soutenue le 29 septembre 2015 devant le jury composé de : M. Dominique HIGUET Président du jury M. Alexandre ALCAIS Rapporteur M. David COMAS Rapporteur M. Matthew ALBERT Examinateur M. Luis BARREIRO Examinateur M. Lluís QUINTANA-MURCI Directeur de thèse Remerciements Comme cette partie est contradictoire ! Ecrite en dernière, elle ouvre pourtant le manuscrit. C’est l’une des sections les plus courtes, les plus habituelles et sans conteste la moins pertinente scientifiquement parlant. Pourtant, ces quelques lignes sont celles qui seront les plus lues de tout cet ouvrage, disséquées par de nombreux regards à la recherche d’originalité, de personnalité, du mot juste et de l’idée pertinente, raison pour laquelle il faut les mûrir longuement avant de les écrire et inlassablement les reformuler. En espérant ne décevoir personne. Je tiens tout d’abord à remercier les personnes qui ont accepté de faire partie de mon jury : Dominique Higuet qui m’a fait l’honneur de le présider, Matthew Albert et Luis Barreiro qui l’ont examinée, ainsi qu’Alexandre Alcaïs et David Comas qui, en plus de juger ma soutenance, ont été rapporteurs de ma thèse. Lluis, je sais que tu te jetteras sur cette partie à l’instant même où je te remettrai cette dernière version de mon manuscrit entre les mains. Je te remercie de m’avoir accueilli dans ton laboratoire, de m’avoir permis de faire deux projets très différents, de m’avoir donné l’opportunité de m’ouvrir à la bioinformatique, de m’avoir écouté, conseillé et soutenu dans mes démarches pour la suite. Merci pour la diplomatie qui a parfois été nécessaire et pour la confiance que tu m’as accordée. Je tiens aussi à te remercier pour la ferveur avec laquelle tu m’as transmis ta passion scientifique. Je me rappelle avoir été captivé lorsque j’avais suivi ton intervention en Master il y a quelques années de cela, profond intérêt qui ne s’est depuis jamais éteint et que tu as aidé à nourrir. Je remercie aussi les personnes qui m’ont encadré au cours de mes différents projets et qui ont ainsi joué un rôle majeur dans le déroulement de ma thèse. Julien, qui a aidé à me canaliser dans mon projet « humide », Etienne, qui m’a mis le pied à l’étrier en génétique évolutive et Guillaume, qui m’a pris sous son aile et s’est montré particulièrement patient lorsque j’ai définitivement lâché les pipettes pour le clavier. Merci à l’ensemble des collaborateurs avec qui j’ai eu la chance de travailler au cours de ces dernières années : Olivier Neyrolles, Geanncarlo Lugo et Ludovic Tailleux, sans qui cette thèse n’aurait pas été possible. Merci aux membres de mon comité de thèse pour le regard critique qu’ils ont porté sur mon travail et leur souci du bon déroulement de ma thèse. Merci à l’ensemble des membres du laboratoire pour l’esprit qui y règne. Hélène, chère Maître Jedi à l’alcool déshydrogénase défaillante, merci pour les discussions plus ou moins scientifiques, constructives et/ou sérieuses que nous avons eues, pour tous les cookies que tu as rapportés, les mondialement connues « GEH Garden Parties », toutes les franches rigolades que nous avons partagées. J’espère que je me montrerai à la hauteur de ton organisation légendaire dans le futur (malgré mes efforts, il me reste du chemin à parcourir pour arriver à ton niveau). Christine, discrète et pourtant si attentive au bien-être de chacun, merci pour tes attentions bienveillantes, qu’elles soient professionnelles (oui, je suis bien installé, le tabouret n’est pas trop haut et la hôte fonctionne bien) ou personnelles (je sais que j’ai fait le bon choix pour mon orientation future. Maud, qui recrute si efficacement pour le volley que l’armée américaine compte la débaucher sous peu, merci pour ton aide précieuse qui m’a permis de ne pas fracasser mon écran un nombre significatif de fois (mais je me suis peut être trompé de test statistique, il faudra que je voie ça avec toi) et pour les discussions politiques que nous avons eues. J’ai encore des progrès à faire pour suivre celles que tu as avec Guillaume mais qui sait, peut-être un jour y arriverai-je ? Maxime, qui a invariablement dû m’attendre 45 minutes à tous les repas, merci de m’avoir montré que la plupart des problèmes que je rencontrais en bioinformatique résultaient d’une mauvaise formulation de la question que je posais (et de m’avoir aidé à trouver la solution le cas échéant). Nora, qui connaît tout le monde à l’Institut Pasteur, merci (je suis bref parce que j’ai peur de dire une chose qu’il ne fallait pas et de recevoir un high kick en représailles). Avant que je ne parte, il faudra que nous discutions de la stratégie de gating pour le FACS, deux ou trois points ne sont pas encore pas tout à fait clairs je pense (c’est à ce moment là que je m’enfuie en courant). Marie, Fée du Cluster, digne héritière capillaire de ton mentor du sixième, merci pour tes conseils concernant l’électro-jazz, ta bonne humeur permanente et les discussions scientifiques des PhD meetings pour lesquelles je remercie aussi Maud, Katie, Lucas et Eric. Etienne le Maître des Forces Obscures aux goûts musicaux douteux et Guillaume le Grand Rugbyman des Temps Passés (pardon Mademoiselle), l’inséparable paire des labmeetings que je me dois de citer de nouveau pour l’aide qu’ils m’ont apportée, leur disponibilité, la pertinence de leurs remarques scientifique et la (non) pertinence de leurs remarques non scientifiques, merci. Merci aussi à Barbara, indéniablement la personne la plus discrète du sixième étage (bon courage pour continuer à survivre avec ces zigotos). Un très grand merci à Cécile qui, bien qu’elle soit un petit peu loin (30 mètres, c’est long à parcourir !), nous apporte un soutien administratif quotidien sans faille. Je remercie aussi les personnes qui sont passées par le laboratoire et qui sont depuis parties vers d’autres destinations. Je pense tout d’abord à Katie, dont les travaux ont donné naissance à mon premier projet, qui m’a aidé tout au long de sa présence dans l’équipe, que j’ai embrigadée pour un marathon que je n’ai finalement pas couru et qu’elle a terminé, qui m’a montré que les Anglais n’étaient finalement pas si perfides. C’est un véritable honneur que d’avoir publié avec toi mes premiers résultats. Je pense aussi à Eddie qui restera à mes yeux un grand pédagogue qui s’ignore, à Choumouss, Stéphane… Je me dois aussi de mentionner Jean-Louis Serre et Bruno Lemaitre qui m’ont montré ce qu’étaient la Génétique, la recherche et qui ont allumé la flamme qui a guidé l’ensemble de mon orientation universitaire. Sans eux je serai passé à côté d’une chose merveilleuse. À tous mes amis, pour les déjeuners à Pasteur, les pauses café, les échanges constructifs sur nos impressions, nos joies, nos doutes, les courses à pied bizarres, les conseils musicaux, les apéritifs à la maison, l’ouverture d’esprit qu’ils m’ont apporté sans le savoir, les cours de langage des signes et plus généralement les excellents moments passés au cours de ces années qui sont nécessaires pour ne pas s’enfermer dans son travail, merci. À ma famille, mes grands-mères, mes parents adorés, ma géniale petite sœur : votre écoute, votre soutien inconditionnel, votre intérêt pour mon travail alors qu’il peut vous paraître abstrait, vos encouragements incessants, votre accompagnement au cours de ces trois années ainsi qu’au cours des récentes décisions que j’ai prises… Je ne pourrai exprimer la chance que j’ai.