Naïveté, Nouveauté Et Indigénisation : Vers Une Meilleure Compréhension De L’Impact Des Espèces Animales Invasives Sur Les Faunes Natives
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AIX-MARSEILLE UNIVERSITÉ IMBE, UMR CNRS 7263/IRD 237/ AMU/ UAPV Naïveté, nouveauté et indigénisation : vers une meilleure compréhension de l’impact des espèces animales invasives sur les faunes natives THÈSE Pour obtenir le grade de DOCTEUR D’AIX MARSEILLE UNIVERSITÉ Discipline : Biologie des populations et Écologie Présentée et soutenue publiquement par Agathe Gérard Le 4 Septembre 2015 Directeur de thèse : Eric Vidal Co-directeurs de thèse : Hervé Jourdan et Bruno Sicard École doctorale : Sciences de l’Environnement (ED 251) JURY M. Jean-Louis CHAPUIS Maître de conférences, Muséum Rapporteur M. Pierre LEGRENEUR Maître de conférences, CRIS Rapporteur M. Olivier LORVELEC Ingénieur de recherche, INRA Examinateur M. Jean-Louis MARTIN Directeur de recherche, CNRS Examinateur M. Thierry TATONI Professeur, IMBE Examinateur M. Eric VIDAL Directeur de recherche, IRD Directeur M. Hervé JOURDAN Ingénieur de recherche, IRD Co-directeur M. Bruno SICARD Directeur de recherche, IRD Co-directeur A mon grand-père. REMERCIEMENTS Je tiens tout d’abord à remercier l’Institut de Recherche pour le Développement au travers du Centre IRD de Nouméa et de son directeur Georges de Noni, pour m’avoir accueillie ces trois dernières années, et assuré via les différents services « supports » à la recherche, les soutiens logistiques et administratifs liés à ce travail. Merci notamment de m’avoir permise d’être hébergée sur le centre pour les derniers mois de rédaction et de bénéficier ainsi de conditions particulièrement favorables à l’aboutissement de ce travail. Je remercie également l’Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie marine et continentale (IMBE, UMR CNRS 7263 / IRD 237 / AMU /UAPV), pour m’avoir accueillie lors de mes différentes missions métropolitaines. Ce travail a été principalement réalisé grâce à une allocation de recherche de 3 ans attribuée par le Ministère de la Recherche et de l’Enseignement Supérieur (Ecole doctorale Sciences de l’Environnement ED 251). Il a également bénéficié du soutien financier d’un Projet Exploratoire Premier Soutien (PEPS) de l’institut écologie et environnement (INEE/CNRS) et également de différents financements de recherche issus des institutions calédoniennes (Province Sud et Conservatoire des Espaces Naturels). Je remercie également les structures qui en Nouvelle-Calédonie ont facilité l’accès aux sites et matériels de recherche : la Province Sud (DENV), le Parc Provincial de la Rivière Bleue, le Parc Zoologique et Forestier de Nouméa. Au Mali, ce travail a bénéficié de l’aide de nombreuses structures dont le centre IRD et l’Institut d’Economie Rurale de Bamako. La toute première personne que je souhaite remercier, c’est bien comme tu l’as si bien dit un jour, mon directeur de thèse « adoré », Eric. Il y a 7 ans, à peu près jours pour jours, je mettais le premier pied sur un des terrains de jeu de ton équipe, un stage mémorable qui a marqué le début du long chemin qui nous a mené jusqu’ici. Merci de m’avoir fait confiance depuis toutes ces années, et surtout d’avoir cru plus que moi je j’arriverai à venir à bout de ce gros travail que représente une thèse. J’ai avancé avec grand plaisir sous ta direction, eu la chance de trouver une oreille attentive dès qu’il y en a eu besoin, et des discours remotivants qui réussissent à nous faire penser qu’on a le meilleur sujet de thèse du monde. Merci d’avoir été toujours réactif, de m’avoir fait bénéficier de toutes tes idées et connaissances au travers de nombreux échanges toujours plus enrichissants les uns que les autres. Merci également de m’avoir permis de participer à la belle expérience qu’a été le colloque international d’Honolulu. Hervé J., on ne nait pas codirecteur, on le devient ! Merci à toi d’avoir finalement assuré la codirection de ce projet, d’avoir intégré mon travail de thèse à certains de tes programmes en cours, et de m’avoir permis de participer à ces belles aventures qu’ont été les missions à l’île des Pins. Merci également d’être allé à la chasse aux crapauds-buffles et aux fèces de mangoustes à Fiji. Il n’y a plus qu’à croiser les doigts pour qu’un Plos One sorte bientôt ! Tous les aspects de mon doctorat, du développement des idées à leurs mises en forme, ont bénéficié de vos expertises, et il est bien évident que sans vous, ce travail n'aurait pu aboutir. Pour la confiance que vous m'avez accordée et tout ce que j'ai pu apprendre à vos cotés, merci, tic et tac. Un grand merci aux deux rapporteurs : Jean-Louis Chapuis et Pierre Legreneur qui ont accepté d’examiner ce travail durant cette période estivale, ainsi qu’aux trois examinateurs Olivier Lorvelec, Jean-Louis Martin et Thierry Tatoni. Bruno Sicard, merci pour toute l’énergie que tu as mis dans la partie de ce projet qui touche au Mali. Merci d’avoir assuré la partie terrain et l’appui scientifique de ce travail. Merci pour ta disponibilité et tes conseils dans la valorisation des résultats dans ce manuscrit. Merci également à Solimane et à tous les Maliens qui ont participé au terrain et à l’obtention des données. Alexandre Millon, merci d’avoir assuré l’aspect statistique de ce projet, de m’avoir fait bénéficier de ton regard critique, de tes réflexions scientifiques pertinentes et nombreux bons conseils de rédaction. Merci également pour tes éclairages ornitho et les nombreux puffins attrapés à Bayonnaise. Francesco Bonadonna du CEFE à Montpellier, merci de m’avoir accordé quelques heures de réflexion sur la mise en place de mon protocole en labyrinthe Y pour les puffins du Pacifique, et fait bénéficier d’une expertise non négligeable sur ce type d’expérimentation. Ensuite, l’Équipe ! Parmi les nombreux stagiaires qui sont passés par là je tiens tout particulièrement à remercier Ma stagiaire, Clairette. Tu m’as apporté une aide considérable pour mes manips de première année. Tu as été une stagiaire idéale, à laquelle j’ai pu accorder toute ma confiance au labo ou sur le terrain. Tu n’as jamais rechigné à te réveiller 3 fois par nuit par tranches d’1h50, sans avoir de repos la journée puisque des scinques il fallait en trouver ! Je garde de très très bons souvenirs de nos semaines passées dans notre maison secondaire à Rivière bleue, de nos baignades ou soirées cartes et paëlla pendant que nos petits lézards travaillaient ! Et puis en dehors du travail, il y a eu les we ! Ilôts, Loyauté, Côte oubliée … j’ai vraiment adoré ta compagnie et j’espère qu’on aura l’occasion de ré-ecouter « un singe en hiver » d’ici peu toutes les deux. Dupond et dupont ! Qu’est-ce que c’était bien quand vous étiez dans l’équipe ! Merci pour toute votre bonne humeur, votre enthousiasme, les belles discussions qu’on a pu avoir et pour séraphine, cunégondes, et les autres petites rainettes attrapées à Yahoué ! Elsa, on en aura passé du bon temps à l’île des Pins, et on n’oubliera pas ces Américains ;) ! Merci pour ton aide sur les manips « puffins » et pour ces nombreuses chasses aux lézards, fructueuses qui plus est, qui ont valu des longs voyages à certains ! Et puis les dernières arrivées, Matilde, Oriana, même si on s’est essentiellement vues au labo pendant mes pauses de derniers mois de rédaction, ça a toujours été un vrai plaisir de pouvoir traverser le couloir et de vous trouver, Matilde à chanter et danser derrière son microscope, Oriana à chercher les petite graines germées! Matilde, ton dernier petit paquet de gavotte m’a accompagné jusqu’à Marseille ou j’espère te revoir d’ici peu pour ma soutenance ! Oriana, j’espère que mon badge Island Biology t’aura bien soutenu dans la dernière ligne droite de ton M2, et que j’aurais l’occasion de te faire un riz coco colombien bientôt ! Après pour les « permanents », Fred merci pour les chasses aux lézards, geckos ou puffins, les bons plats préparés sur le terrain, et surtout merci pour ton aide carto de dernières minutes ! Edouard, merci pour tous les petits échanges qu’on a pu avoir sur mes manips, les chasses aux rainettes, et merci surtout de ton aide pour la préparation de mon talk d’Honolulu ! Merci d’avoir compati tous les soirs en passant devant le bureau des thésards et en particulier le « may the 4th » ! Si l’occasion se présente, je viendrai avec plaisir chasser avec toi les geckos du Mont Panié ! Noémie, la nouvelle Agathe c’est pour bientôt ! Merci pour tous tes petits encouragements, pour les petites pauses dans le grand labo ou les chasses aux scinques ou geckos ! Je ne sais pas si on aura l’occasion de faire du terrain toutes les deux en septembre mais si oui ce sera avec grand plaisir ! Martin (merci pour une des chasses aux geckos de Grand Kaori) et Pauline, plein de bonnes choses pour vos thèses respectives ! Hélène ! J’étais loin d’imaginer à Bagaud qu’on se retrouverait à faire des manips ensemble en Calédonie ! Merci beaucoup pour ton aide, à Rivière Bleue, à l’île des Pins, pour nos petites balades en bord de mer au coucher du soleil à Nouméa, ou les randonnées dignes de ce nom dans les torrents du Humboldt ! Merci aussi pour toutes les plaques de chocolat, et pour m’avoir accueillie dans ton bureau à l’Arbois. Céline, j’ai vraiment adoré toutes nos petites discussions, que ce soit pour parler de la thèse, d’avenir, de la répartie de ta pitchounette ou de la vie en général … Tu vas quitter l’équipe avant que je revienne mais comptes sur moi pour venir t’embêter dans ton nouveau bureau, et pourquoi pas pour des petites séances de sophro ! Et enfin, mes collègues du bureau des thésards ! Quiterie, merci pour tous les petits repas qu’on a partagés, au studio, sur la plage ou sous les palmiers ! merci aussi pour ton œil attentif sur toutes les petites soirées musicales ou théâtrales de Nouméa, il m’aura permis de m’aérer quelques fois l’esprit ces derniers mois ! Je te laisse maintenant prendre grand soin de « mon » bureau, profiter du soleil et plus des courants d’airs ! Mau, la deuxième maman de tous les petits lézards ou geckos qui sont passés par le labo ! Un immense merci pour toutes les nuits ou après midi que tu as passées à attraper ces petites bêtes, à Nouméa, à Bois du Sud ou à Grand Kaori, et les moments que tu as passés à t’en occuper.