DOCSLIB.ORG

Μαστερ-Αtherina Boyeri.Pdf

Total Page：16

File Type：pdf, Size：1020Kb

Download full-text PDF Read full-text
Μαστερ-Αtherina Boyeri.Pdf ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΠΑΤΡΩΝ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΤΟΜΕΑΣ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ, ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΚΥΤΤΑΡΟΥ & ΑΝΑΠΤΥΞΗΣ Μελέτη της γενετικής δομής και των φυλογενετικών σχέσεων φυσικών πληθυσμών της Atherina boyeri (Οικ. Atherinidae) με χρήση μικροδορυφορικών δεικτών ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΗ ΔΙΑΤΡΙΒΗ ΜΑΓΚΑΦΑ ΑΣΗΜΙΝΑ ΒΙΟΛΟΓΟΣ ΠΑΤΡΑ-2013 ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΠΑΤΡΩΝ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΤΟΜΕΑΣ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ, ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΚΥΤΤΑΡΟΥ & ΑΝΑΠΤΥΞΗΣ Μελέτη της γενετικής δομής και των φυλογενετικών σχέσεων φυσικών πληθυσμών της Atherina boyeri (Οικ. Atherinidae) με χρήση μικροδορυφορικών δεικτών ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΗ ΔΙΑΤΡΙΒΗ ΜΑΓΚΑΦΑ ΑΣΗΜΙΝΑ ΒΙΟΛΟΓΟΣ ΠΑΤΡΑ-2013 ΣΥΜΒΟΥΛΕΥΤΙΚΗ ΕΠΙΤΡΟΠΗ: Επιβλέπων Καθηγητής: Κίλιας Γ. Αναπληρωτής Καθηγητής Τμήμα Βιολογίας, Πανεπιστημίου Πατρών Μέλη: Κλώσσα-Κίλια Ε. Επίκουρη Καθηγήτρια Τμήμα Βιολογίας, Πανεπιστημίου Πατρών Παπασωτηρόπουλος Β. Επίκουρος Καθηγητής Τμήμα Τεχνολόγων Γεωπόνων Τ.Ε.Ι. Δυτικής Ελλάδας Πρόλογος Η παρούσα μεταπτυχιακή διατριβή πραγματοποιήθηκε στο εργαστήριο Γενετικής του Γενετικής, Βιολογία Κυττάρου και Ανάπτυξης, του τμήματος Βιολογίας του Πανεπιστημίου Πατρών κατά τα έτη 2012-2013. Έχοντας πλέον φτάσει στο τέλος της εργασίας αυτής, θα ήθελα να ευχαριστήσω όλους εκείνους που συνετέλεσαν προκειμένου να ολοκληρωθεί η προσπάθεια αυτή. Κατ’ αρχήν θα ήθελα να ευχαριστήσω πολύ τον Αναπληρωτή Καθηγητή κ. Γεώργιο Κίλια, ο οποίος ήταν ο κύριος επιβλέποντας της παρούσας εργασίας. Τον ευχαριστώ θερμά που με δέχθηκε στο εργαστήριό του και φυσικά για όλη του την βοήθεια προκειμένου να ολοκληρωθεί η μεταπτυχιακή διατριβή μου. Οι συμβουλές, οι εύστοχες παρεμβάσεις του και οι προβληματισμοί που έθετε βοήθησαν στην ανάπτυξη της επιστημονικής μου σκέψης και θα είναι πολύτιμα εφόδια για την μετέπειτα πορεία μου. Στο σημείο αυτό θερμές ευχαριστίες θα ήθελα να δώσω και στην Επίκουρη Καθηγήτρια κ. Έλενα Κλώσσα-Κίλια, η βοήθεια της οποίας ήταν εξίσου σημαντική για την ολοκλήρωση της εργασίας αυτής. Οι συμβουλές της, η ενθάρρυνσή της και η πάντα αισιόδοξη στάση της συνέβαλαν ώστε να υπάρξει μια όμορφη και εποικοδομητική συνεργασία. Επίσης θα ήθελα να ευχαριστήσω ιδιαιτέρως τον Επίκουρο Καθηγητή κ. Βασίλη Παπασωτηρόπουλο τόσο για την οικονομική υποστήριξη του συγκεκριμένου προγράμματος, χωρίς την οποία δεν θα ήταν δυνατή η ολοκλήρωσή του, όσο και για την συνολική βοήθεια του για την επιτυχή περάτωση της εργασίας αυτής. Επιπλέον,θα ήθελα να ευχαριστήσω θερμά τον μεταδιδάκτορα του τμήματος Βιολογίας Αντώνη Αυγουστίνο, η βοήθεια του οποίου στο εργαστηριακό μέρος της διατριβής αυτής ήταν ανεκτίμητη. Οι συμβουλές του, η ορθή καθοδήγησή του και η πολύτιμη εμπειρία του υπήρξαν σημαντικοί παράγοντες προκείμενου να ολοκληρωθεί η προσπάθεια αυτή. Τέλος, θα ήθελα να ευχαριστήσω όλους τους προπτυχιακούς και μεταπτυχιακούς φοιτητές του εργαστηρίου για την βοήθεια τους αλλά πάνω από όλα για το όμορφο κλίμα που επικρατούσε μεταξύ μας. Ιδιαίτερες ευχαριστίες θα ήθελα να δώσω στις υποψήφιες διδάκτορες Χαρά Παπαϊωάννου και Μαρία Καμηλάρη για την πολύτιμη βοήθεια τους στην παρούσα εργασία αλλά και την αρμονική συνεργασία που είχαμε αυτά τα χρόνια, ενώ επίσης θερμές ευχαριστίες θα ήθελα να εκφράσω στη Σπυριδούλα Κράιτσεκ, η οποία έθεσε τις βάσεις του ευρύτερου προγράμματος μελέτης της γενετικής δομής και των φυλογενετικών σχέσεων των πληθυσμών της Atherina boyeri, στο οποίο εντάσσεται και η παρούσα εργασία. Πάτρα, 2013 Μαγκαφά Ασημίνα ΠΕΡΙΕΧΟΜΕΝΑ Α. ΕΙΣΑΓΩΓΗ 1 Α.1 Γενικά 1 Α.1.1 Βιοποικιλότητα 1 Α.2 Γενικά για το είδος 2 Α.2.1 Ορισμός του είδους 2 Α.2.2 Ειδογένεση 3 Α.2.3 Συστηματική κατάταξη 6 Α.3 Δείκτες πυρηνικού DNA 7 Α.3.1 Οι μικροδορυφόροι 7 Α.3.2 Εφαρμογές των μικροδορυφόρων στην έρευνα 9 Α.4 Στοιχεία για τον υπό μελέτη οργανισμό 10 Α.4.1 Η Atherina boyeri 10 A.5 Σκοπός της παρούσας εργασίας 17 Β. ΥΛΙΚΑ ΚΑΙ ΜΕΘΟΔΟΙ 19 Β.2.1 Περιοχές δειγματοληψίας 19 Β.2.2 Απομόνωση γενετικού υλικού από Atherina boyeri 20 Β.2.2.1 Αρχή της μεθόδου απομόνωσης DNA 20 Β.2.2.2 Εφαρμογή της μεθόδου 21 Β.2.3 Ηλεκτροφόρηση ολικού DNA σε πήκτωμα αγαρόζης 22 Β.2.3.1 Γενικά 22 Β.2.4 Πολλαπλασιασμός γονιδιακών τμημάτων με τη βοήθεια της αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης (PCR) 22 Β.2.4.1 Αρχή της μεθόδου 24 Β.2.4.2 Εφαρμογή της μεθόδου 25 Β.2.5 Ηλεκτροφόρηση σε πήκτωμα πολυακρυλαμιδίου 29 Β.2.5.1 Αρχή της μεθόδου 29 Β.2.5.2 Παρασκευή πηκτώματος πολυακρυλαμιδίου 29 Β.2.5.3 Ηλεκτροφόρηση σε πήκτωμα πολυακρυλαμιδίου 30 Β.3 Επεξεργασία αποτελεσμάτων με υπολογιστικά προγράμματα 30 Γ. ΑΠΟΤΕΛΕΣΜΑΤΑ 32 Γ.1.1 Οι έντεκα μικροδορυφορικοί δείκτες 32 Γ.1.1.1 Αποτελέσματα ηλεκτροφόρησης σε πήκτωμα αγαρόζης 32 Γ.1.1.2 Αποτελέσματα ηλεκτροφόρησης σε πήκτωμα πολυακρυλαμιδίου 43 Γ.2 Επεξεργασία των δεδομένων σε υπολογιστικά προγράμματα 57 Δ. ΣΥΖΗΤΗΣΗ 67 Δ.1 Αξιολογηση δεικτών 67 Δ.2 Έλεγχος κατάταξης των ελληνικών πληθυσμών στις τρεις προτεινόμενες ομάδες 70 Δ.3 Μελλοντικοί στόχοι για την χρησιμοποίηση των μικροδορυφορικών δεικτών 71 Δ.4 Ανακεφαλαίωση 72 Ε. ΠΕΡΙΛΗΨΗ 73 ΣΤ. ΒΙΒΛΙΟΓΡΑΦΙΑ 75 1 Α. Εισαγωγή Α.1 Γενικά Α.1.1. Βιοποικιλότητα Η έννοια της βιοποικιλότητας (biodiversity,biological diversity) αποτελεί ένα αμφιλεγόμενο θέμα που έχει προξενήσει πολλές φορές διαφωνίες τόσο μεταξύ των μελών της επιστημονικής κοινότητας όσο και στο ευρύ κοινό. Πολλά έχουν δημοσιευτεί επί του συγκεκριμένου θέματος από τότε που πρωτοεμφανίστηκε στο διεθνές φόρουμ για την Βιοποικιλότητα (National Forum on Biological Diversity) το Σεπτέμβριο του 1986. Ο όρος βιοποικιλότητα χρησιμοποιήθηκε για πρώτη φορά από τον περιβαλλοντολόγο Raymond F.Dasman το 1968 στο βιβλίο με τίτλο «A different Kind of Country», στο οποίο τασσόταν εμφανώς υπέρ της διαφύλαξής της. Η ορολογία αυτή, ωστόσο, υιοθετήθηκε από τον επιστημονικό κόσμο σχεδόν μετά από μια δεκαετία, αφού μέχρι τότε επικρατούσε ο όρος «φυσική ποικιλότητα» (natural diversity). Στη δεκαετία του ‘80, ο Robert E.Jenkins, o Thomas Lovejoy και άλλοι επιφανείς περιβαλλοντολόγοι της εποχής εισήγαγαν σταδιακά την έννοια της βιολογικής ποικιλότητας, γνωστής αργότερα από τον συνηρημένο τύπο της ως βιοποικιλότητα από τον W.G.Rosen το 1985 στο National Forum on Biological Diversity, τα πρακτικά του οποίου δημοσιεύτηκαν το 1988 από τον Ε.Ο.Wilson, γνωρίζοντας μεγάλη επιτυχία. Η βιοποικιλότητα, αν και όχι πλήρως καθορισμένη ακόμα και σήμερα, αποτελεί την διαφορετικότητα, την ποικιλομορφία της ζωής όπως αυτή μπορεί να εκφράζεται μέσα από το σύνολο των γονιδίων (genetic diversity), των βιολογικών ειδών (species diversity), των οικοσυστημάτων (ecosystem diversity) ή και ολόκληρου του πλανήτη και είναι αποτέλεσμα εκατοντάδων εκατομμυρίων χρόνων εξελικτικής ιστορίας. Το 2003 ο καθηγητής του Πανεπιστημίου του Cardiff, Anthony Campbell, όρισε και άλλο ένα επίπεδο ποικιλότητας, αυτό της μοριακής βιοποικιλότητας (molecular biodiversity). Τα ερωτήματα που εγείρονται σχετικά με τον όρο βιοποικιλότητα είναι πολλά. Τι ακριβώς ορίζεται ως βιοποικιλότητα; Είναι απλά ο αριθμός των ειδών σε μια περιοχή και αν είναι κάτι παραπάνω πώς μπορεί αυτό να μετρηθεί; Πρέπει να λαμβάνεται υπόψη η ενδοειδική γενετική διαφοροποίηση, όλα τα είδη είναι εξίσου σημαντικά για τον προσδιορισμό της και τελικά η διατήρησή της είναι τόσο αυτονόητη και επιτακτική όπως θεωρούνταν κάποτε; Όπως γίνεται αντιληπτό, αυτά είναι μόνο μερικά από τα ερωτήματα που καλείται να απαντήσει ο επιστημονικός κόσμος. Αυτό που θεωρείται δεδομένο είναι ότι η βιοποικιλότητα δεν κατανέμεται με ομοιόμορφο τρόπο στην Γη (Gaston,1996). Συγκεκριμένα φαίνεται να υπάρχουν 2 περιοχές με έντονη βιολογική ποικιλομορφία όπως είναι τα τροπικά δάση και οι κοραλλιογενείς ύφαλοι, άλλες που δείχνουν να έχουν ελάχιστη, όπως οι έρημοι και οι πολικές περιοχές και όλες οι υπόλοιπες κινούνται σε ενδιάμεσα αυτών επίπεδα. Υπάρχει δηλαδή μια τάση αύξησης της ποικιλότητας από τους πόλους προς τις τροπικές περιοχές. Ωστόσο αρκετές έρευνες (Roy et al., 1998, Chown et al.,2012) υποστηρίζουν πως αυτό ισχύει για τους χερσαίους οργανισμούς αφού οι υδρόβιοι και κυρίως οι θαλάσσιοι δεν φαίνεται να ακολουθούν παρόμοιο πρότυπο. Οι σημαντικότεροι παράγοντες που την επηρεάζουν πέραν του γεωγραφικού πλάτους είναι η θερμοκρασία, το υψόμετρο, η μορφολογία του εδάφους, η ατμοσφαιρική κατακρήμνιση (βροχοπτώσεις,χιονοπτώσεις κ.ά) και η παρουσία άλλων ειδών. Μέχρι σήμερα δεν έχει καταστεί δυνατό να υπολογιστεί ο ακριβής αριθμός ειδών που υπάρχουν στον πλανήτη. Σύμφωνα με τους τελευταίους υπολογισμούς, ο αριθμός των αναγνωρισμένων ειδών ανέρχεται γύρω στα 1,2 εκατομμύρια. Βάση μιας πρόσφατης μελέτης των Mora et al. (2011) υπολογίζεται ότι ο συνολικός αριθμός των ειδών παγκοσμίως φτάνει στα 8,7 εκατομμύρια (± 1,3 εκατομμύρια) εκ των οποίων θεωρείται ότι τα 2,2 εκατομμύρια (± 0,18 εκατομμύρια) είναι θαλάσσιοι οργανισμοί. Άρα όπως γίνεται κατανοητό μένει να αναγνωριστούν ακόμα το 86% των χερσαίων και το 91% των θαλάσσιων οργανισμών. Στα πλαίσια αυτής της αναζήτησης της βιοποικιλότητας και του ακριβούς αριθμού ειδών, θα μπορούσαμε να πούμε ότι εντάσσεται και η παρούσα εργασία η οποία μελετά την πιθανή ύπαρξη κρυπτικών ειδών στο είδος Atherina boyeri, όπως θα αναλύσουμε παρακάτω. Α.2 Γενικά για το είδος Α.2.1 Ορισμός του είδους Πολλοί ορισμοί έχουν προταθεί κατά καιρούς προκειμένου να περιγράψουν τι είναι τελικά το «είδος». Μέχρι σήμερα δεν έχει καταστεί εφικτό να επικρατήσει καθολικά ένας ορισμός μιας και καθένας από τους προτεινόμενους έχει τα πλεονεκτήματα αλλά και τα μειονεκτήματά του. Αυτός που θεωρείται γενικά ο πιο αποδεκτός μέχρι σήμερα και που θα υιοθετηθεί στην παρούσα εργασία είναι ο βιολογικός ορισμός του είδους, ο οποίος και προτείνει ως είδος μια ομάδα αμφιγονικά αναπαραγόμενων φυσικών πληθυσμών που είναι αναπαραγωγικά απομονωμένη και ανεξάρτητη από άλλες τέτοιες ομάδες (Conye & Orr,2004). Η ορολογία αυτή τυγχάνει μεγάλης
Load more

Recommended publications
  • Updated Checklist of Marine Fishes (Chordata: Craniata) from Portugal and the Proposed Extension of the Portuguese Continental Shelf
    European Journal of Taxonomy 73: 1-73 ISSN 2118-9773 http://dx.doi.org/10.5852/ejt.2014.73 www.europeanjournaloftaxonomy.eu 2014 · Carneiro M. et al. This work is licensed under a Creative Commons Attribution 3.0 License. Monograph urn:lsid:zoobank.org:pub:9A5F217D-8E7B-448A-9CAB-2CCC9CC6F857 Updated checklist of marine fishes (Chordata: Craniata) from Portugal and the proposed extension of the Portuguese continental shelf Miguel CARNEIRO1,5, Rogélia MARTINS2,6, Monica LANDI*,3,7 & Filipe O. COSTA4,8 1,2 DIV-RP (Modelling and Management Fishery Resources Division), Instituto Português do Mar e da Atmosfera, Av. Brasilia 1449-006 Lisboa, Portugal. E-mail: [email protected], [email protected] 3,4 CBMA (Centre of Molecular and Environmental Biology), Department of Biology, University of Minho, Campus de Gualtar, 4710-057 Braga, Portugal. E-mail: [email protected], [email protected] * corresponding author: [email protected] 5 urn:lsid:zoobank.org:author:90A98A50-327E-4648-9DCE-75709C7A2472 6 urn:lsid:zoobank.org:author:1EB6DE00-9E91-407C-B7C4-34F31F29FD88 7 urn:lsid:zoobank.org:author:6D3AC760-77F2-4CFA-B5C7-665CB07F4CEB 8 urn:lsid:zoobank.org:author:48E53CF3-71C8-403C-BECD-10B20B3C15B4 Abstract. The study of the Portuguese marine ichthyofauna has a long historical tradition, rooted back in the 18th Century. Here we present an annotated checklist of the marine fishes from Portuguese waters, including the area encompassed by the proposed extension of the Portuguese continental shelf and the Economic Exclusive Zone (EEZ). The list is based on historical literature records and taxon occurrence data obtained from natural history collections, together with new revisions and occurrences.
    [Show full text]
  • APPENDIX 1 Classified List of Fishes Mentioned in the Text, with Scientific and Common Names
    APPENDIX 1 Classified list of fishes mentioned in the text, with scientific and common names. ___________________________________________________________ Scientific names and classification are from Nelson (1994). Families are listed in the same order as in Nelson (1994), with species names following in alphabetical order. The common names of British fishes mostly follow Wheeler (1978). Common names of foreign fishes are taken from Froese & Pauly (2002). Species in square brackets are referred to in the text but are not found in British waters. Fishes restricted to fresh water are shown in bold type. Fishes ranging from fresh water through brackish water to the sea are underlined; this category includes diadromous fishes that regularly migrate between marine and freshwater environments, spawning either in the sea (catadromous fishes) or in fresh water (anadromous fishes). Not indicated are marine or freshwater fishes that occasionally venture into brackish water. Superclass Agnatha (jawless fishes) Class Myxini (hagfishes)1 Order Myxiniformes Family Myxinidae Myxine glutinosa, hagfish Class Cephalaspidomorphi (lampreys)1 Order Petromyzontiformes Family Petromyzontidae [Ichthyomyzon bdellium, Ohio lamprey] Lampetra fluviatilis, lampern, river lamprey Lampetra planeri, brook lamprey [Lampetra tridentata, Pacific lamprey] Lethenteron camtschaticum, Arctic lamprey] [Lethenteron zanandreai, Po brook lamprey] Petromyzon marinus, lamprey Superclass Gnathostomata (fishes with jaws) Grade Chondrichthiomorphi Class Chondrichthyes (cartilaginous
    [Show full text]
  • GÜMÜŞ BALIĞI (Atherina Boyeri, RISSO 1810)NIN BİYOLOJİSİ
    ISSN:1306-3111 e-Journal of New World Sciences Academy 2010, Volume: 5, Number: 1, Article Number: 5A0024 ECOLOGICAL LIFE SCIENCES Soner Çetinkaya Received: September 2009 Yıldız Bolat Accepted: March 2010 Şengül Bilgin Series : 5A Eğirdir Fisheries Research Institute ISSN : 1308-7258 [email protected] © 2010 www.newwsa.com Egirdir-Isparta-Turkey GÜMÜŞ BALIĞI (Atherina boyeri, RISSO 1810)’NIN BİYOLOJİSİ ÖZET Atherina boyeri (Risso, 1810) Atherinidae familyasının bir üyesi olup, dünya üzerinde geniş bir yayılım alanına ve geniş adaptasyon yeteneğine sahiptir. Farklı bölgelerde populasyonun boy frekansı 0.6- 20cm arasında değişmektedir. Yaş dağılımı 0-4+ arasında değişir. Üreme dönemi Şubat ile Ağustos arasında değişen bir dönemi kapsar. Ağırlıkları ise 0.001-13.070 g arasında değişir. Besinlerini ağırlıklı olarak zooplankton oluşturur. Anahtar Kelimeler: Gümüş Balığı, Atherina Boyeri, Su Ürünleri, Biyoloji, A.boyeri'nin Sinonimleri BIOLOGY OF SAND SMELT (Atherina boyeri, RISSO 1810) ABSTRACT Atherina boyeri (Risso, 1810), which a species of Atherinidae family, have great adaptation capability and large spreading area on the world. Lenght frequency of population ranges from 0.6 to 20cm in the different regions. Age frequency of population changes between 0- 4+. Breeding season is between February and August. Weight frequency of population changes between 0.001-13.070 g. Basic food items of sand smelt are zooplankton. Keywords: Sand Smelt, Atherina boyeri, Fisheries, Biology, Synonims of A.boyeri e-Journal of New World Sciences Academy Ecological Life Sciences, 5A0024, 5, (2), 50-61. Çetinkaya, S., Bolat, Y. ve Bilgin, Ş. 1. GİRİŞ (INTRODUCTION) Atherinidae familyasının bir üyesi olan Atherina boyeri (Risso, 1810) geniş adaptasyon yeteneğine sahip bir tür olup morfolojik ve biyolojik karakterleri açısından bölgesel çeşitlilik gösterir.
    [Show full text]
  • Reducing the Conflict Between Cormorants and Fisheries on a Pan-European Scale
    Reducing the conflict between Cormorants and fisheries on a pan-European scale REDCAFE Final Report Report of a Concerted Action funded by the European Union. Study contract no. Q5CA-2000-31387: Reducing the conflict between cormorants and fisheries on a pan-European scale. Edited by D N Carss Centre for Ecology & Hydrology Banchory, Hill of Brathens, Banchory Aberdeenshire, AB31 4BW, Scotland, UK. Natural Environment Research Council Centre for Ecology & Hydrology CEH Banchory Hill of Brathens Banchory Aberdeenshire AB31 4BY Scotland, UK. Fax: +44 1330 823303 Internet: [email protected] Web: www.banchory.ceh.ac.uk CEH Contract Number: C01749 Reducing the conflict between cormorants and fisheries on a pan-European scale Final Report Edited by: D N Carss Commissioned by: European Commission DG XIV Directorate-General for Fisheries Rue de la Loi 200 Bâtiment J II 99 6/11 B-1049 Brussels, Belgium Contract number: Q5CA-2000-31387 This report does not necessarily reflect the views of the European Commission and in no way anticipates any future opinion of the Commission. The contents of the report may not be reproduced unless the source of the material is indicated. This study has been carried out with the financial assistance of the European Commission. This report is drafted at the request of the commissioner indicated above and is his property. Nothing from this report may be reproduced and/or published by print, photoprint microfilm or any other means without the previous written consent from the commissioner of the study. Photographs on the cover (Top left, clockwise): Great cormorant © David Grémillet, coastal fisheries, Greece © Dave Carss, recreational fisherman © Trout & Salmon magazine, Danish pound net fishermen, © DC, Roach © Roger Phillips and Martyn Rix, REDCAFE participants, Waltham Abbey, November 2002, © Szymon Bzoma.
    [Show full text]
  • Utrastructural and Molecular Description of a Microsporidia
    Ultrastructure and phylogeny of a microsporidian parasite infecting the big-scale sand smelt, Atherina boyeri Risso, 1810 in the Minho River, Portugal Marília Catarina dos Santos Margato Dissertation for Master in Marine Sciences and Marine Resources – Marine Biology and Ecology 2014 MARÍLIA CATARINA DOS SANTOS MARGATO Ultrastructure and phylogeny of a microsporidian parasite infecting the big-scale sand smelt, Atherina boyeri Risso, 1810 in the Minho River, Portugal Dissertation for Master’s degree in Marine Sciences and Marine Resources – Marine Biology and Ecology submitted to the Institute of Biomedical Sciences Abel Salazar, University of Porto, Porto, Portugal Supervisor – Doctor Carlos Azevedo Category – “Professor Catedrático Jubilado” Affiliation – Institute of Biomedical Sciences Abel Salazar, University of Porto Co-supervisor – Sónia Raquel Oliveira Rocha Category – Doctoral Student Affiliation – Institute of Biomedical Sciences Abel Salazar, University of Porto Agradecimentos A execução e entrega desta tese só foi possível com a ajuda e colaboração prestada por várias pessoas. A quem quero expressar os meus sinceros agradecimentos pelo apoio e motivação, nomeadamente: aos meus orientadores, Professor Doutor Carlos Azevedo e Sónia Rocha, pelos conselhos, dicas e enorme colaboração e orientação neste trabalho, sem os quais não seria possível a sua execução, à Doutora Graça Casal que, pelo trabalho desenvolvido neste filo, deu uma assistência imprescindível para o desenvolvimento desta tese, às técnicas Ângela Alves e Elsa Oliveira
    [Show full text]
  • The Living Planet Index (Lpi) for Migratory Freshwater Fish Technical Report
    THE LIVING PLANET INDEX (LPI) FOR MIGRATORY FRESHWATER FISH LIVING PLANET INDEX TECHNICAL1 REPORT LIVING PLANET INDEXTECHNICAL REPORT ACKNOWLEDGEMENTS We are very grateful to a number of individuals and organisations who have worked with the LPD and/or shared their data. A full list of all partners and collaborators can be found on the LPI website. 2 INDEX TABLE OF CONTENTS Stefanie Deinet1, Kate Scott-Gatty1, Hannah Rotton1, PREFERRED CITATION 2 1 1 Deinet, S., Scott-Gatty, K., Rotton, H., Twardek, W. M., William M. Twardek , Valentina Marconi , Louise McRae , 5 GLOSSARY Lee J. Baumgartner3, Kerry Brink4, Julie E. Claussen5, Marconi, V., McRae, L., Baumgartner, L. J., Brink, K., Steven J. Cooke2, William Darwall6, Britas Klemens Claussen, J. E., Cooke, S. J., Darwall, W., Eriksson, B. K., Garcia Eriksson7, Carlos Garcia de Leaniz8, Zeb Hogan9, Joshua de Leaniz, C., Hogan, Z., Royte, J., Silva, L. G. M., Thieme, 6 SUMMARY 10 11, 12 13 M. L., Tickner, D., Waldman, J., Wanningen, H., Weyl, O. L. Royte , Luiz G. M. Silva , Michele L. Thieme , David Tickner14, John Waldman15, 16, Herman Wanningen4, Olaf F., Berkhuysen, A. (2020) The Living Planet Index (LPI) for 8 INTRODUCTION L. F. Weyl17, 18 , and Arjan Berkhuysen4 migratory freshwater fish - Technical Report. World Fish Migration Foundation, The Netherlands. 1 Indicators & Assessments Unit, Institute of Zoology, Zoological Society 11 RESULTS AND DISCUSSION of London, United Kingdom Edited by Mark van Heukelum 11 Data set 2 Fish Ecology and Conservation Physiology Laboratory, Department of Design Shapeshifter.nl Biology and Institute of Environmental Science, Carleton University, Drawings Jeroen Helmer 12 Global trend Ottawa, ON, Canada 15 Tropical and temperate zones 3 Institute for Land, Water and Society, Charles Sturt University, Albury, Photography We gratefully acknowledge all of the 17 Regions New South Wales, Australia photographers who gave us permission 20 Migration categories 4 World Fish Migration Foundation, The Netherlands to use their photographic material.
    [Show full text]
  • Alteration of the Feeding Behavior of an Omnivorous Fish, Scardinius Acarnanicus (Actinopterygii: Cypriniformes: Cyprinidae)
    Acta Ichthyologica et Piscatoria 51(2) 2021, 131–138 | DOI 10.3897/aiep.51.63299 Alteration of the feeding behavior of an omnivorous fish, Scardinius acarnanicus (Actinopterygii: Cypriniformes: Cyprinidae), in the presence of fishing lights Lambros TSOUNIS1, George KEHAYIAS2 1 Department of Environmental Engineering, University of Patras, Agrinio, Greece 2 Department of Food Science and Technology, University of Patras, Agrinio, Greece http://zoobank.org/67569BF9-6FE8-444D-AD15-6721233B0836 Corresponding author: Lambros Tsounis ([email protected]) Academic editor: A. Tokaç ♦ Received 18 November 2020 ♦ Accepted 18 January 2021 ♦ Published 8 June 2021 Citation: Tsounis L, Kehayias G (2021) Alteration of the feeding behavior of an omnivorous fish, Scardinius acarnanicus (Actinopterygii: Cypriniformes: Cyprinidae), in the presence of fishing lights. Acta Ichthyologica et Piscatoria 51(2): 131–138. https://doi.org/10.3897/aiep.51.63299 Abstract Fishing with light is an old and common practice yielding a substantial catch volume globally. Despite the popularity of the method and the efforts to improve it, there is a lack of field studies on the effects of light on the feeding preferences of the attracted fishes. A previous report suggested that purse seine fishing lights can differentiate the feeding preferences of the approaching fishes, such as Atherina boyeri Risso, 1810 in Lake Trichonis (Greece). The presently reported study aims to verify these findings by investigating the diet of the endemic Scardinius acarnanicus Economidis, 1991. The feeding behavior of S. acarnanicus was studied from 2016 to 2019 through gut content analysis, in specimens from Lake Trichonis that came from purse seining with light and specimens caught without light.
    [Show full text]
  • Black Sea Red Data Book
    The designation employed and the presentation of the material in this publication do not imply the expression of any opinion whatsoever on the part of the publishers concerning the legal status of any country or territory, or of its authorities or concerning the frontiers of any country or territory. The opinions expressed in this publicaton are those of the individual writers and do not necessarily represent the views of the GEF, UNDP or UNOPS. Copyright © 1999. Published by the United Nations Office for Project Services in the context of a project funded by the Global Environment Facility (GEF) implemented by the United Nations Development Programme (UNDP). All rights reserved. No part of this publication may be reproduced, stored in a retrieval system or transmitted, in any form or by any means, electronic, mechanical, photocopying, recording or otherwise, without prior permission of the Publisher. BLACK SEA RED DATA BOOK Edited by Henri J. Dumont (Ghent, Belgium) Website Editor: V.O. Mamaev (Istanbul, Turkey) Scientific Coordinator: Y.P. Zaitsev (Odessa, Ukraine) EDITOR'S PREFACE This "paper form" of the Black Sea Red Data book is not an exact copy of its predecessor, the Black Sea Red Data web site. In addition to polishing the language and style, I added a number of illustrations, and some distribution maps were also redrawn. Contentwise, I was struck by the high level of commitment of the numerous scientists associated with this project. Inevitably, there were differences in approach and in the level of thoroughness between contributions. By far the most detailed species sheets were those contributed by the ornithologists, while some of the most synthetic ones were found among the botanical entries.
    [Show full text]
  • Supplementary Materials Towards the Introduction of Sustainable Fishery Products
    Supplementary Materials Towards the Introduction of Sustainable Fishery Products: The Bid of a Major Italian Retailer Sara Bonanomi1*, Alessandro Colombelli1, Loretta Malvarosa2, Maria Cozzolino2, Antonello Sala1 Affiliations: 1 Italian National Research Council (CNR), Institute of Marine Sciences (ISMAR), Largo Fiera della Pesca 1, 60125 Ancona, Italy 2 NISEA – Fisheries and Aquaculture Economic Research, Via Irno 11, 84135, Salerno, Italy * Corresponding author: Sara Bonanomi Italian National Research Council (CNR) – Institute of Marine Sciences (ISMAR), Largo Fiera della Pesca 1, 60125 Ancona, Italy Email: [email protected], Tel: +39 071 2078830 This PDF file includes: Table S1 Table S1. Fish and seafood products sold by Carrefour Italy listed according to FAO Major Fishing Area, gear type used, and IUCN conservation status and stock status. Species FAO area Gear* IUCN status Stock status Source White sturgeon 2, 5, 61, 67, 77 FIX, GEN, LX, SX, Least Concern Native populations are declining [1-4]. TX (Critically due to a continue extirpation, Acipenser transmontanus Endangered: habitat change and dam Nechako River construction. and Columbia River populations; Endangered: Kootenai River and Upper Fraser River populations; Vulnerable: Fraser population) Queen scallop 27, 34, 37 DRX, TX Not Evaluated Declining in UK. However, [5-8]. management measures such as Aequipecten opercularis seasonal fishing closure has been implemented. Thorny skate 18, 21, 27, 31, LX, SX, TX Vulnerable Often taken as bycatch in trawl [9-12]. 47 fisheries. In the northeast Amblyraja radiata Atlantic region is assessed as Least Concern. Overexploited in the North East of USA. Marbled octopus 51, 57, 61, 71 FIX, LX Not Evaluated Apparently no stock assessment [13-15].
    [Show full text]
  • Report to the Department of Trade and Industry Fish and Fish
    Report to the Department of Trade and Industry Fish and fish assemblages of the British Isles 2007 C2983: Fish and fish assemblages This document was produced as part of the UK Department of Trade and Industry's offshore energy Strategic Environmental Assessment programme. The SEA programme is funded and managed by the DTI and coordinated on their behalf by Geotek Ltd and Hartley Anderson Ltd. Crown Copyright, all rights reserved 1 C2983: Fish and fish assemblages FISH AND FISH ASSEMBLAGES OF THE BRITISH ISLES CONTENTS LIST OF TABLES........................................................................................................ 4 LIST OF FIGURES...................................................................................................... 5 EXECUTIVE SUMMARY............................................................................................. 9 1. INTRODUCTION................................................................................................... 11 1.1 Seismic surveys .............................................................................................. 11 1.2 Cuttings disposal ............................................................................................. 12 1.3 Hydrocarbon spills........................................................................................... 13 1.4 Layout of the report ......................................................................................... 13 1.5 Quality of the data ..........................................................................................
    [Show full text]
  • Biometric Properties of Euryhaline Fish the Sand Smelt Atherina Boyeri Risso, 1810
    Biometric properties of euryhaline fish the sand smelt Atherina boyeri Risso, 1810 Item Type article Authors Semra, Benzer Download date 30/09/2021 20:32:27 Link to Item http://hdl.handle.net/1834/41196 Pakistan Journal of Marine Sciences, Vol. 28(1), 71-79, 2019. BIOMETRIC PROPERTIES OF EURYHALINE FISH THE SAND SMELT ATHERINA BOYERI RISSO, 1810 Semra Benzer Gazi University, Education Faculty, Science Education, Teknikokullar Ankara 06500 email: [email protected] ABSTRACT: In this study the presence of sand smelt Atherina boyeri Risso, 1810, an invasive and translocated species has been reported in the Hirfanlı Dam Lake, Turkey. The fish samples were collected from the fishermen operating in the area in April 2016. Twenty-three morphometric characteristics of A. boyeri, were taken, including standard length (SL), fork length (FL), total length (TL), preorbital distance, eye diameter, interorbital distance, head length, head width, dorsal fin I nose point distance, dorsal fin II nose point distance, preanal distance, prepectoral distance, preventral distance, dorsal fin I base length, dorsal fin II base length, anal fin base length, pectoral fin base length, ventral fin base length, maximum body height, caudal peduncle height, body width, caudal peduncle width, body weight (W). The SL varied between 62 to 75 mm and weight 2.324 to 4.133 g in females. Whereas in males the SL varied between 56 to78 mm and weight 1.533 to 4.011 g. The sex ratio was slightly in favour of females being 54.4%. KEYWORDS: Atherina boyeri, sand smelt, biometric properties, euryhaline fish INTRODUCTION The big‐scale sand smelt Atherina boyeri Risso, 1810 lives in fresh, brackish and marine waters of the western Atlantic Ocean and Mediterranean Sea (Milana et al., 2008).
    [Show full text]
  • Check List of Fishes of Georgia
    Proceedings of the Institute of Zoology XXIII Tbilisi, 2008 163 _ 176 CHECK LIST OF FISHES OF GEORGIA N. Sh. Ninua¹, B. O. Japoshvili² ¹Georgian National Museum ² Institute of Zoology, e-mail: [email protected] Abstract. Investigations of the ichthyofauna of Georgia began in the XVIII-XIX centuries [10, 19,29- 31,33,41,43,44,60,64], but no faunistic lists of the fish species of the country have been published until now. The present ichthyofauna of Georgia comprises 167 species, belonging to 3 subgenera, 109 genera, 5 tribes, 9 subfamilies, 57 families, 13 suborders, 25 orders, 5 superorders, 2 subclasses, 3 classes and 2 superclasses. Among them 61 are freshwater inhabitants, 76 live in marine water and 30 species are migratory. Terminology follows modern systematic classification and the Global information system on fishes [7,71]. The following abbreviations are used: BS- Black Sea, BSB- Black Sea Basin, BSE- Black Sea everywhere, BSC– Black Sea Coast, BSCE- Black Sea coast everywhere, BSCC- Black Sea Coast of Caucasus, Riv.- river, Res. - reservoir, L.-lake. Key words: freshwater, marine, migratory fishes, Georgia Superclass Agnatha, Jawless fish Class Cephalaspidomorphi Order Petromyzontiformes, Lampreys Family Petromyzontidae Bonaparte, 1831, Lampreys Genus Caspiomyzon Berg, 1906, Caspian lampreys 1. Caspiomyzon wagneri (Kessler, 1870), Caspian lamprey Destribution: Before building the Mingechauri Reservoir was frequent. Today is rare [2,3,5,45,61]. Genus Eudontomyzon Regan, 1911, Brook lampreys 2. Eudontomyzon mariae (Berg, 1931), Ukrainian brook lamprey Destribution: Riv: Chorokhi, Chakvistskali, Chaisubani, Khobi, Tsivi, Enguri, Kodori, Kelasuri, Gumista, Bzipi [2,3,5,7,45,61]. Class Elasmobranchii Bonaparte, 1838, Rays and sharks Superorder Squalomorphi, Sharks Order Squaliformes Goodrich, 1909, Bramble, Sleeper and dogfish sharks Family Squalidae Blainville, 1816, Dogfishes, Dogfish sharks Genus Squalus Linnaeus, 1758, Spiny dogfishes, Spur dogs 3.
    [Show full text]