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Biologie Et Centella Asiatica RAKOTONDRALAMBO

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Biologie Et Centella Asiatica RAKOTONDRALAMBO UNIVERSITE D’ANTANANARIVO FACULTE DES SCIENCES DEPARTEMENT DE BIOLOGIE ET ECOLOGIE VEGETALES THESE pour l’obtention du diplôme de Doctorat en Sciences de la vie Spécialité : Physiologie végétale Biologie et diversité génétique de Centella asiatica (L.) Urban de Madagascar Présentée par RAKOTONDRALAMBO RAOSETA Soaharin’ny Ony Soutenu e publiquement le 27 Septembre 2013 devant le jury composé de : Président : Pr. Bakolimalala RAKOUTH Directeur de thèse : Pr. RAMAVOVOLOLONA Co-directeur s de thèse : Dr. Eliane RALAMBOFETRA : Dr. Franc-Christophe BAURENS Rapporteur interne : Pr. Alice ANDRIANJAKA Rapporteur externe : Pr Samuel RAZANAKA Examinateur : Pr. Doll Danielle A. RAKOTO Membre invité : Dr. Pascal DANTHU Remerciements Cette thèse a été réalisée dans le cadre du projet URP (Unité de Recherche en Partenariat) « Forêts et Biodiversité » qui associe l’Université d’Antananarivo, le CIRAD et le FOFIFA. Sa concrétisation a été possible grâce : - aux bourses d’étude octroyées par le CIRAD et le Gouvernement Français; - à l’appui financier du Ministère Français des Affaires Etrangères (FSP/FORMA, PARRUR), de l’Union Européenne (FOREAIM) et du groupe Yves Rocher, - à l’accueil du Grand Plateau Technique Régional de Montpellier-Languedoc Roussillon pour la réalisation du génotypage des microsatellites. Que tous en soient ici très sincèrement remerciés. Mes vifs remerciements vont : - au Professeur Rakouth Bakolimalala qui nous a fait honneur de diriger et de présider cette thèse malgré ses obligations. Vous avez également accordez un temps précieux dans la lecture et la correction de ce manuscrit. Merci Madame Rakouth ! - au Professeur Ramavovololona, mon directeur de thèse, qui a accepté d’apporter son aide plus que précieuse et sa bienveillance dans l’élaboration de cette thèse. Vous avez toujours su faire preuve de disponibilité à mon égard et m’avez toujours encouragé. Merci Madame Ramavovololona ! - au Docteur Eliane Ralambofetra qui a bien voulu assurer mon encadrement et qui s’est dévouée pour l’amélioration de la forme et du contenu de ce manuscrit. Je tiens à vous témoigner ici ma grande reconnaissance pour votre rigueur, votre disponibilité, vos conseils, votre patience et vos encouragements. Merci Madame Ralambofetra ! - au Professeur Andrianjaka Alice et au Professeur Razanaka Samuel, mes rapporteurs, qui ont accepté d’apporter leurs critiques et leurs appréciations pour la validation de cette thèse et ceci malgré leurs lourdes responsabilités. Madame Alice et Monsieur Razanaka, je vous suis très reconnaissante ! - au Professeur Rakoto Doll, mon examinateur, qui a accepté de faire partie de ce jury et m’a fait l’honneur de prendre en considération mon travail, de le corriger et d’en juger la qualité. Merci Madame Doll ! - au Docteur Franc-Christophe Baurens pour son encadrement effectué de main de maître, pour son attention, pour sa patience et pour sa spontanéité. Ton enseignement et tes conseils m’ont aidés, m’aident et m’aideront toujours à aller de l’avant et à atteindre mes objectifs. Merci Coach ! I - au Docteur Pascal Danthu qui a bien voulu m’accueillir au CIRAD et qui a intégré cette thèse dans les objectifs de l’URP. Je vous adresse également un grand merci pour toutes les aides financières et matérielles. Merci Monsieur Danthu ! - au Docteur Jean Louis Noyer, l’initiateur de cette thèse. Malgré ses lourdes charges professionnelles, il n’a jamais cessé de montrer son attention et d’apporter son soutien pour la bonne réalisation et la finalisation de ce travail. Merci JL ! - au Docteur Maguy Rodier-Goud qui a accepté de m’encadrer pour les études cytogénétiques. Ta gentillesse, ta simplicité et ton humour m’ont donnés non seulement du punch pour l’accomplissement de mon travail mais m’ont également encouragés à supporter ces longs mois loin de ma famille. Thank you Maguy ! - au Docteur Jean Michel Leong Pock Tsy, responsable du Laboratoire de Biologie Moléculaire à Ambatobe, pour sa disponibilité, ses recommandations, ses conseils et son appui qui m’ont accompagnés depuis le début de ma thèse. JM ! reçois ici toutes mes reconnaissances ! - au Docteur Noronirina Rakotoarisoa, qui s’est occupée des modalités administratives indispensables pour mener à terme la soutenance de cette thèse. Merci Madame Noro ! Je tiens à adresser également mes remerciements à Indena S.A. Italy et à Dulieu du Zimbabwe qui nous ont fourni les échantillons de Centella asiatica provenant de l’Asie et de l’Afrique. Un grand merci aussi à : - toute l’équipe du CIRAD Forêt Antananarivo, en particulier : *Voninavoko Rahajaniriana, mon extraordinaire binôme et Miarantsoa Rakotobe Raoelina, ma charmante copine. Misaotra Voni sy Mi a ! *Wilfred Ramahafaly, Emilson Rakotoarisoa et Lucien Rasoanaivo, les chasseurs de Centella. Misaotra an’i Wil, Son sy Lulu an ! *Ghislain Vieilledent pour m’avoir dirigé dans mes analyses statistiques. Merci Ghislain ! - tous les membres de l’équipe et tous les thésards de l’UMR DAP (Développement et Amélioration des Plantes) du CIRAD Montpellier que j’ai sollicité à un moment ou a un autre au cours de ce travail et parmi eux Gerald Oliver, Ronan Rivallan, Alexandra Lusssert, Fabien De Bellis, Jean François Rami, Claire Billot, Xavier Perrier, Ange Marie Risterrucci, Mouna Jridi et Khin Myo Mint. II - Aina et Rina Rakotondralambo pour leur amitié et leur aide plus que précieuse. Mankasitraka e ! Je remercie de tout cœur toutes les familles et les personnes qui m’ont offert leur amitiés et leurs soutiens et avec qui j’ai passé des moments inoubliables : Les Baurens, Les Plumain, Les Spiral, Les Andriamaneho, Les Razanamazava de Lyon, Les Rabenirina, Jacques Etienne, Nathalie Razafimahandry et Ignace Rakotoarivony. Je tiens également à exprimer ma gratitude envers trois grandes familles : Les Rakotondralambo, Les Razafimahandry et Les Razanamazava. Leur confiance et leur soutien m’ont été d’un énorme encouragement. Merci particulièrement à Rakotondralambo Solofoniaina et Vololomanitra, à Rakotondralambo Andriatahiana et Voahangy, à Rakotondralambo Andrianaina et Lala, à Rakotofiringa Sylvère et Chantal les personnes que j’admire. Je voudrais également, par cette thèse, rendre hommage à feue Rasoanjanahary Christiane Colombe , ma confidente qui avait toujours cru en moi et m’avait toujours poussé à aller loin dans mes études. Merci Tati Co ! Je n’oublierai pas de remercier Tahiana, Mamin’ny Aina, Antso, Merindahy, Koto, Fanihy et Mirana, mes frères et sœurs qui ont embelli ces années de thèse par leurs amours, leurs humours et leurs emmerdements. Misaotra zalahy ô ! Je remercie spécialement Monique Razanamazava pour son amour, sa grande confiance et son aide illimitée. Merci Bébé Mo ! Rakoto Andry ! Merci du fond du cœur d’avoir eu confiance en ma capacité, d’avoir été patient et d’avoir été toujours là, même dans les pires moments. Merci Koutou ! Rakoto Ralambo Andrian’ny Soa ! Je tiens à te présenter ici mes sincères excuses pour mes absences perpétuelles. Je tiens à te remercier énormément pour ton courage, pour ta patience et pour la force que tu me procures chaque jour. Merci Loulou ! « Ny fianarana no lova tsara indrindra apetrakay ho anao » disaient-ils. Ainsi, avec tout mon amour et ma gratitude, je dédie ce mémoire à Rakotondralambo Mamy et Razafimahandry Mamiharinoro, mes racines, mes modèles, …, mes parents . Misaotra Dada sy Mama ! III LISTE DES ABREVIATIONS ACP : Analyse en Composantes Principales ADN : Acide desoxyribonucléique ADNr : Acide désoxyribonucléique ribosomal AFTD : Analyse Factorielle sur Tableau de Distance ANOVA : Analyse Of Variance BSA : Bovine Serum Albumin (albumine sérique bovine) BET : Bromure d'Ethydium CIRAD : Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement CTAB : Cetyl Trimethylammonium Bromide DAPI : Diamidino-2-Phényl-Indole dNTP : Désoxyribonucléotide Triphosphate EDTA : Ethylène Diamine Tétra Acétique EMBL : The European Molecular Biology Laboratory FISH : Fluorescence In Situ Hybridization FOFIFA : FOibe FIkarohana ampiharina amin'ny Fampandrosoana ny eny Ambanivohitra ou Centre National de la Recherche Appliquée au Développement Rural IMRA : Institut Malgache de Recherches Appliquées Kb : Kilobase min : Minute pb : Paire de bases PCR : Polymerase Chain Reaction PEG : Polyethylene Glycol RFLP : Restriction Fragment Length Polymorphism SDS : Sodium dodecyl sulfate Sec : Seconde SSC : Sodium citrate, sodium chloride SSPE : Sodium chloride, sodium phosphate monobasic, EDTA SSR : Simple Sequence Repeat IV TBE : Tris Base, Acide Borique, Acide Ethylene Diaminetetracetique TE : 10mM Tris, 1mM EDTA UMR DAP : Unité Mixte de Recherche - Développement et Amélioration des Plantes URP : Unité de Recherche en Partenariat WGD : Whole Genome Duplication V LISTE DES TABLEAUX Tableau 1 : Liste des couples d’amorces chloroplastiques avec leurs séquences et leurs températures d’hybridation (Th) ....................................................................................... 39 Tableau 2 : Listes des enzymes de restrictions avec leurs caractéristiques ............................. 39 Tableau 3 : Calendrier de suivi du développement des individus de Centella asiatica provenant de Vohimana (VOHI_réf) et de Morondava (MORO) ..................................... 52 Tableau 4 : Taux de germination des plantes de Centella asiatica provenant de Vohimana (VOHI_réf) et de Morondava (MORO) après 4 mois de semis ........................................ 53 Tableau 5 : Nombres de chromosomes des individus de Centella asiatica ............................ 55 Tableau
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