Effets in Situ Et in Vitro Des Paramètres Environnementaux Sur L'abondance
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THESE DE DOCTORAT DE L'UNIVERSITE DE NANTES ECOLE DOCTORALE N°598 Sciences de la Mer et du littoral Spécialité : Biologie marine Par Par Marin-Pierre GEMIN Marin-Pierre GEMIN Effets in situ et in vitro des paramètres environnementaux sur l’abondance, le métabolome et le contenu toxinique d’Ostreopsis cf. ovata et purifications des ovatoxines Thèse présentée et soutenue à Nantes, le 3 juillet 2020 Unité de recherche: Laboratoire Phycotoxines – Ifremer Nantes Thèse N° : Rapporteurs avant soutenance : Composition du Jury : Elisa BERDALET – Chargé de recherche – ICM-CSIC Olivier GROVEL – Professeur des universités – UFR des Barcelone Sciences Pharmaceutiques et Biologiques Nantes Luisa PASSERON MANGIALAJO – Maitre de conférences des Pascal CLAQUIN – Professeur des universités – Université universités – Université Nice Sophia Antipolis Caen Normandie Ronel BIRE – Chargé de projets scientifiques et techniques – ANSES Maisons-Alfort Directeur de thèse Zouher AMZIL – Directeur de recherche – Laboratoire Phycotoxines – Ifremer Nantes Remerciements En premier lieu, je souhaite remercier Elisa Berdalet et Luisa Mangialajo d’avoir accepté d’être les rapporteurs et d’évaluer mon travail de thèse. Je remercie également Olivier Grovel, Pascal Claquin, Ronel Biré et Zouher Amzil pour leur participation à mon jury de thèse. J’aimerais ensuite remercier tout particulièrement Zouher Amzil, mon directeur de thèse au laboratoire PHYC de l’Ifremer de Nantes pour m’avoir offert la possibilité de réaliser cette thèse et ce, dans de bonnes conditions. Je te remercie de m’avoir permis de réaliser les déplacements pour des missions terrains et pour des congrès en France comme à l’étranger. Je te remercie également pour avoir pris le temps de relire et corriger mes posters, mes rapports, mes articles et finalement ce manuscrit. Je remercie également mes co-encadrants : Véronique Séchet et Damien Réveillon de l’Ifremer de Nantes, Samuel Bertrand du laboratoire Mer, Molécules, Santé de l’Université des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques de Nantes. Merci Véronique pour le soutien moral et scientifique que tu m’as apporté au cours de ces quelques années et pour le temps que tu as consacré à mes travaux. Merci à Samuel Bertrand pour avoir encadré ma thèse, avoir suivi l’évolution de mon travail, pour m’avoir initié à la métabolomique et pour m’avoir aidé dans l’interprétation des données et dans la rédaction des articles. Je tiens tout particulièrement à adresser mes remerciements à Damien Réveillon. Merci, pour avoir suivi mon travail de près et ce, depuis ta première semaine au laboratoire ! Merci pour m’avoir aidé, guidé et soutenu durant cette thèse, lors des manips et de la rédaction. Je suis admiratif de ta rigueur et de ton énergie inébranlable. Merci aussi pour ta patience, pour avoir lu, corrigé, relu, recorrigé, encore et encore l’ensemble de mes travaux et surtout ce manuscrit. J’ai beaucoup appris à tes cotés et je t’en suis reconnaissant. J’aimerais remercier les membres de mon comité de thèse Véronique Martin-Jézéquel de l’Université des Sciences et Techniques de Nantes et Rodolphe Lemée du Laboratoire d’Océanographie de Villefranche-sur-Mer pour avoir suivi mon travail et permis de poursuivre ma thèse chaque année. Je tiens également à remercier Oliver Thomas, coordinateur du projet ANR OCEAN-15 dans lequel s’inscrit cette thèse. Je remercie également l’ensemble des personnes du consortium (LOV, ANSES-Fougère et GéoAzur) pour leur retour lors de mes présentations et leur participation dans mes travaux. Je remercie très chaleureusement l’ensemble des membres du labo PHYC avec qui j’ai partagé ces 3 années : Merci à petite Véro et Korian (Macgyver) pour les dépannages techniques et informatiques. Merci Korian pour ton aide précieuse lors des tests Neuro-2A et notamment pour l’entretien de nos cellules que nous avions baptisées « Kadoc » et « Karadoc », pour avoir élaboré et construit les panneaux LED utilisés lors de mes plans d’expériences, pour les discussions passionnées autour de la bière (et d’une bière !) et des jeux en ligne (Heroes of the Storm !). Merci à Virginie pour m’avoir formé à la culture d’Ostreopsis lors de mes premiers pas au laboratoire et à Florent (Floflo) pour ses blagues, sa bonne humeur, son aide et son soutien lors des manips et des cultures. Merci à Georges, Mano et Michelle pour vos rires, votre bonne humeur et vos encouragements du début à la fin ! Vous connaitre fut un réel plaisir et je pars avec plein de supers souvenirs ! Je remercie énormément Fabienne, ma première voisine de bureau quand je suis arrivé au laboratoire PHYC. Merci de m’avoir aidé à m’intégrer au sein du labo, de m’avoir formé aux différents instruments et protocoles et de m’avoir conseillé, guidé, écouté et aidé jusqu’au bout. J’ai très apprécié travailler avec toi. Je le referai sans hésiter. Merci également aux autres membres du laboratoire PHYC pour avoir animé les pauses café, pour leur soutien, leur aide, à savoir : Phillipe, Enora, Amandine, Liliane, Nathalie et Elise. Merci à Hélène de m’avoir aidé à organiser les différentes missions et déplacements et de t’être occupée des nombreux colis que j’ai dû envoyer ! A toute l’équipe, je vous remercie de m’avoir intégré, d’avoir animé la vie du labo, pour les rires et les coups durs et l’ensemble des moments partagés au travail comme à l’extérieur ! Merci ! Je tiens également à remercier Nicolas Chomérat pour m’avoir aidé à y voir plus clair dans la taxonomie d’Ostreopsis et pour son aide sur l’état de l’art consacré à cet organisme. J’adresse un remerciement tout particulier à mes collègues thésards (la super team Zinzins !) : Merci à Max avec qui j’ai débuté ma thèse et dont je n’ai toujours pas perçu le salaire comme indiqué sur son contrat de travail. Merci pour les bons moments passés au labo, à l’extérieur et sur le champ de bataille (Clash Royal !). Merci à Cyrielle, qui a dû endurer nos débats sur le travail et pour m’avoir encouragé jusqu’au bout ! Merci à Nounou pour les gâteaux, le houmous (ma nouvelle religion), pour tes rires, tes vannes, ta bonne humeur et tes conseils. Merci à Mamie Soso, pour la bonne humeur, pour les encouragements et avoir représenté la Bretagne et nous y avoir emmené ! Merci à Sysy, mon vendéen préféré, qui m’a beaucoup fait rire pendant ces deux années et pour les bons moments passés au labo, au RoadHouse et au Motoc (\m/). Merci à Toto (le petit dernier) et Sébastien pour avoir apporté plein de bonnes vibrations dans le groupe que nous étions, pour les soirées MarioKart et les soirées au bar. Merci à mon ami Francesco, avec qui nous nous évadions après le travail via Farewell Allodynia, notre groupe de musique. Merci à Tetelle la sportive, pour m’avoir accompagné au sport entre midi et deux, au badminton comme à Basic-fit, pour les soirées Switch, les rires et les discussions (sans oublier les potins !!!). De tout mon cœur, merci à vous tous, vous avez joué un rôle important dans mon quotidien lors de ces 3 années (presque 4 !), sur le plan professionnel comme personnel. J’ai la tête chargée de souvenirs et j’espère sincèrement que ce ne seront pas les derniers ! Quand je pense à vous mon cœur danse la macérana lala lala (Damso et al., 2017). Je tiens aussi à remercier les personnes qui ont été de passage au laboratoire et avec qui j’ai passé de très bons moments au labo comme en dehors ; Sylvain K. et Maria. Merci aux stagiaires de passage au laboratoire : Pauline, Tanguy et Charline avec qui j’ai partagé le bureau pendant plusieurs mois et ce dans la bonne humeur. Je tiens à remercier tout particulièrement mon stagiaire Maxime Tharaud. Merci pour ton investissement dans ma thèse et ta positive attitude au quotidien. Ton encadrement fut un plaisir ! Je remercie également les sportifs de « l’étage du dessus où ils comptent les poissons » à savoir : Oliver (mention spéciale : Oscar des meilleurs jeux de mots) et Florianne qui m’ont permis de déconnecter sur le terrain de badminton. Je tiens à remercier Rodolphe Lemée pour m’avoir accueilli au sein du LOV pendant l’été 2017 et de m’avoir permis de réaliser une étude terrain avec son équipe. D’ailleurs, je tiens à remercier Anne-So pour avoir effectué de nombreuses sorties en mer pour poser et récupérer les substrats artificiels quand j’étais à Nantes, pour m’avoir intégré à l’équipe du LOV pendant mon séjour. Je remercie Joana Olivi et les « rodolphettes » (les deux Mélanie) pour avoir effectué une grande partie des comptages et pour m’avoir aidé dans les prélèvements terrain. Je tiens à remercier Laury Açaf pour m’avoir permis de contribuer à son travail de thèse, pour m’avoir fait découvrir et sortir à Nice le temps de mon séjour. Grace à vous, je garde un très bon souvenir sur le plan personnel et professionnel. Je voudrais remercier très chaleureusement l’ensemble des mes amis pour m’avoir encouragé, soutenu du début à la fin, avec qui j’ai partagé mes joies et mes déceptions, les bons moments comme les coups durs et qui m’ont permis de déconnecter au quotidien. Je remercie donc ma « team Michelet » : Mathilde (pour les soirées !) et Laurent, Maxou (y’a plus de saison), Gillou et Marine (merci à vous deux pour les relectures !), Clément, Natha et Alexis (vie de bandit). Merci également à Pierre, Yves et Julie, Guillaume et Héloïse, Sarah (miss Houmous), Cilou et Alex, Thomas et Sarah pour leur soutien. Je remercie également mes amis de Rennes : Willy et Steven et mes amis de Paris : mon Fabou, Alex et Laurianne.