DOCSLIB.ORG

Výroční Zpráva NP 2016

Total Page：16

File Type：pdf, Size：1020Kb

Download full-text PDF Read full-text
Výroční Zpráva NP 2016 Výroční zpráva za rok 2016 Název projektu: Národní program konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu Koordinátor: Ing. Petr Komínek, Ph.D. Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i. Drnovská 507, 161 06 Praha 6 - Ruzyně, Tel. +420 233 022 111 (ústředna), Fax +420 233 310 636, +420 233 310 638, ) E-mail: [email protected] Výroční zpráva za rok 2016 Název projektu: Národní program konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu Doba řešení: 1. 1. – 31. 12. 2016 Koordinátor: Ing. Petr Komínek, Ph.D. Dne: 15.3. 2017 Podpis: Pověřená osoba: Výzkumný ústav rostlinné výroby v.v.i., Drnovská 507, 161 06 Praha 6 - Ruzyně IČO: 00027006 Statutární zástupce: Dr. Ing. Pavel Čermák ředitel VÚRV, v.v.i. Dne: 15.3. 2017 Podpis: Čerpání finančních prostředků: Plán: 15 100 tis. Kč Skutečnost 15 100 tis. Kč Potvrzení garanta o převzetí výsledků expertního projektu: Mgr. Iva Křížková, Ph.D., MZe ČR Potvrzuji převzetí výsledků projektu Národního programu genetických zdrojů mikroorganismů ...: Dne: Podpis: 2 Obsah OBSAH strana A) Souhrnná zpráva za Národní program mikroorganismů 4 B) Zpráva za centrální laboratoř Národního programu mikroorganismů 7 C) Zpráva za jednotlivé sbírky 9 Přehled sbírek 9 1. Charakteristika vykonaných prací 12 2.Přehled mikroorganismů ve sbírce – současný stav a způsob evidence 33 3.Hodnocení a charakterizace genetických zdrojů 53 4. Výstupy řešení a jejich uživatelé 73 5. Mezinárodní spolupráce 86 6. Seznam publikací v r. 2016 91 7. Zákonné normy, z nichž vyplývá nutnost ochrany genových zdrojů 103 8. Závěr 105 9. Přílohy 105 9.1. Seznamy kmenů 106 3 Souhrnná zpráva A) Souhrnná zpráva za Národní program mikroorganismů Národní program mikroorganismů sdružuje 12 organizací včetně VÚRV, v.v.i., který jeho činnost v rámci ČR koordinuje. V rámci VÚRV je součástí NP 8 sbírek mikroorganismů a drobných organismů, mimo VÚRV pak dalších 12 sbírek mikroorganismů. Sbírky v podprogramu mikroorganismů zahrnují fytopatogenní a zoopatogenní viry, bakterie a houby, užitečné mikroorganismy jako jsou rhizobia, průmyslově využitelné bakterie, kvasinky, askomycety, oomycety a basidiomycety. Součástí NP jsou také dvě sbírky škůdců; a to hmyzích rostlinných škůdců a jejich nepřátel a škůdců skladovaných komodit a potravin. Viz též obrázek 1. Obrázek 1: Přehled skupin organismů udržovaných v rámci Národního programu mikroorganismů Z obrázku 1 je zřejmé, že takřka 80% počtu udržovaných kmenů představují kultivovatelné organismy. Sbírky v rámci NP mikroorganismů udržovaly v roce 2016 celkem 7 636 kmenů genetických zdrojů, dostupných ve veřejné databázi. Skutečný počet kmenů ve sbírkách je ještě vyšší, když se vezmou v potaz i pracovní sbírky a neveřejné části sbírek. Trend počtu udržovaných kmenů za poslední roky mírně stoupá, viz obrázek 2 (na následující straně). 4 Souhrnná zpráva Obrázek 2: Počty kmenů udržovaných v rámci Národního programu mikroorganismů v jednotlivých letech Uchovávané sbírkové položky byly v průběhu roku 2016 poskytovány uživatelům, což byly domácí i zahraniční pracoviště základního i aplikovaného výzkumu, šlechtitelské instituce, univerzity, střední školy a orgány státní správy. V roce 2016 bylo poskytnuto 727 kmenů, z toho 55 do zahraničí. Uvádím pouze poskytnutí mimo instituci udržující daný genetický zdroj. Viz též obrázek 3. Obrázek 3: Počty kmenů mikroorganismů poskytnutých uživatelům 5 Souhrnná zpráva Poskytnuté kmeny byly využity jako standardy pro expertní činnost (identifikace organismů, mikrobiologické rozbory a biochemická stanovení, školení a instruktáže), jako zdroje infekčního materiálu pro šlechtitelské účely a kontrolu kvality. Největší objem vydaných položek byl využit při řešení výzkumných projektů a jako studijní materiál při výuce na vysokých a středních školách. Charakterizované kmeny poskytnuté sbírkami tak slouží jako referenční materiál k identifikaci, dále k přípravě detekčních nástrojů (specifické primery, optimalizované PCR postupy, specifické protilátky) a jako referenční kmeny pro laboratoře státní správy. Bohaté spektrum patogenů je využíváno šlechtiteli k hledání a ověřování zdrojů rezistence. Kmeny rhizobií jsou využívány pro výrobu přípravků podporujících růst bobovitých rostlin prostřednictvím zvýšené fixace dusíku. Sbírky se poskytnutím genetických zdrojů v roce 2016 podílely na vypracování 152 původních vědeckých publikací, odborných publikací, metodik a příspěvků do sborníků. Na konferencích a odborných seminářích byly předneseny příspěvky pro praxi. Údaje o jednotlivých položkách všech sbírek jsou ukládány do centrální databáze umístěné na internetových stránkách VÚRV, v.v.i. Úvodní vyhledávací stránka je dostupná na odkazu http://www.vurv.cz/collections/vurv.exe/search?lang=cz Tato databáze slouží jako zdroj informací pro širokou veřejnost. Za rok 2016 bylo provedeno 1119 dotazů na informace v databázi. Na webu VÚRV, v.v.i. jsou též umístěny informační webové stránky o Národním programu mikroorganismů v české (http://www.vurv.cz/mikroorganismy/) a v anglické (http://www.vurv.cz/mikroorganismy/Index%20angl.html) verzi. U každé sbírky jsou uvedeny její charakteristiky a kontakty na sbírku. Na webu je též zveřejněna rámcová metodika Národního programu mikroorganismů (http://www.vurv.cz/mikroorganismy/Metodika_NP%20mikroorganism%C5%AF_na_web.p df) a výroční zprávy od roku 2008. Sbírky mikroorganismů jsou již dlouhodobě zapojeny do mezinárodních struktur. Jsou členy národních (FCCM, National Library of Medicine Database Maintenance Project) a mezinárodních organizací sdružujících sbírky genetických zdrojů mikroorganismů, jako jsou World Federation for Culture Collections (WFCC) s evidencí v World Data Center of Microorganisms (CRIPP, CAPM, CCDM, CCBAS, CCF), Federation of European Microbiological Societies (FEMS), European Brewery Convention (EBC), International Bremia Evaluation Board (IBEB) a European Culture Collections Organization (ECCO). Mezinárodní aktivity spočívají v poskytování a výměně kmenů a informací, v účasti na specializovaných konferencích a workshopech. Odpovědní řešitelé sbírek jsou členy národních a mezinárodních profesních odborných a vědeckých organizací (ISHS, EUCARPIA, PVY-Wide organization, International Council for the Study of Virus and Virus- like Diseases of the Grapevine, European Foundation for Plant Pathology, Česká fytopatologická společnost). V rámci koordinace byla ve VÚRV založena centrální laboratoř, sloužící jako poskytovatel standardních metod konzervace mikroorganismů, což je kryoprezervace a lyofilizace, které jsou mimo finanční možnosti zejména menších sbírek. 6 Centrální laboratoř B) Zpráva za centrální laboratoř Národního programu mikroorganismů Ve Výzkumném ústavu rostlinné výroby, v.v.i. byla v uplynulých letech postupně budována Centrální laboratoř pro potřeby Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu (NPGZM). Cílem práce Centrální laboratoře NPGZM je umožnit všem sbírkám účastnícím se NPGZM dlouhodobou konzervaci genetických zdrojů mikroorganismů zařazených v NPGZM metodami, které používají mezinárodně uznávané sbírky mikroorganismů. Za tyto metody jsou vedením NPGZM, v souladu s aktuálním doporučením WFCC (WFCC Guidelines for the Establishment and Operation of Collections of Cultures of Microorganisms, 2010, dostupné na http://www.wfcc.info/guidelines/), považovány lyofilizace a kryoprezervace v kapalném dusíku. Konzervace alespoň jednou z těchto metod u organismů, kterým to jejich biologie umožňuje bude též vyžadována novelou vyhlášky 458/2003 Sb., která je nyní ve schvalovacím řízení na MZe. Náplní práce Centrální laboratoře NPGZM je především provádět lyofilizaci a kryokonzervaci genetických zdrojů mikroorganismů všem sbírkám zapojeným do NPGZM v rozsahu jejich potřeb a též v rozsahu, který umožní přidělené finanční prostředky. Lyofilizovány budou pouze ty sbírkové položky, které daná sbírka nemá dosud lyofilizovány, podobně kryokonzervovány budou pouze ty sbírkové položky, které nemá daná sbírka ve svých fondech nyní v kapalném dusíku již konzervovány. Velikost šarže bude standardní, tak jak to provádějí mezinárodně uznávané sbírky a bude určena Centrální laboratoří NPGZM. Centrální laboratoř NPGZM má právo odmítnout provedení lyofilizace nebo kryoprezervace v kapalném dusíku dané sbírkové položky, například pokud je známo, že tuto sbírkovou položku není možné konzervovat požadovaným způsobem. Optimalizace provedení lyofilizace nebo kryoprezervace u druhů, kde není ověřeno bezpečné uchovávání těmito postupy, bude řešeno jednotlivě v souvislosti s úpravou metodik příslušných sbírek. Pro lyofilizaci byla Laboratoř NPGZM v roce 2016 vybavena lyofilizátorem FreeZone Triad Cascade Benchtop Freeze Dry Systems od firmy Labconco (viz následující foto 1) a dalším příslušným vybavením umožňující spolehlivou a kvalitní lyofilizaci. Sbírkové kmeny jsou lyofilizovány v 2 ml vialkách. Vialky s lyofilizovanými sbírkovými položkami budou uloženy v depozitářích dané sbírky. Lyofilizovány byly v roce 2016 vybrané izoláty virů zeleniny ze Sbírky fytopatogennncíh virů VÚRV. 7 Centrální laboratoř Foto 1: Vedoucí Sbírky fytopatogenních virů VÚRV ing. Jiří Svoboda, Ph.D. lyofilizuje izoláty virů zeleniny. Taktéž byla zakoupena Dewarova nádoba pro kryoprezervaci kmenů mikroorganismů v kapalném dusíku, která je umístěna v prostorách Kryobanky vegetativně množených rostlin (VÚRV v.v.i.). Toto pracoviště se zabývá kryoprezervací už dlouhá léta, proto byli jeho specialisté
Load more

Recommended publications
  • Armillaria in Massachusetts Forests: Ecology, Species Distribution, and Population Structure, with an Emphasis on Mixed Oak Forests
    University of Massachusetts Amherst ScholarWorks@UMass Amherst Open Access Dissertations 5-13-2011 Armillaria in Massachusetts Forests: Ecology, Species Distribution, and Population Structure, with an Emphasis on Mixed Oak Forests Nicholas Justin Brazee University of Massachusetts Amherst, [email protected] Follow this and additional works at: https://scholarworks.umass.edu/open_access_dissertations Part of the Plant Sciences Commons Recommended Citation Brazee, Nicholas Justin, "Armillaria in Massachusetts Forests: Ecology, Species Distribution, and Population Structure, with an Emphasis on Mixed Oak Forests" (2011). Open Access Dissertations. 402. https://scholarworks.umass.edu/open_access_dissertations/402 This Open Access Dissertation is brought to you for free and open access by ScholarWorks@UMass Amherst. It has been accepted for inclusion in Open Access Dissertations by an authorized administrator of ScholarWorks@UMass Amherst. For more information, please contact [email protected]. ARMILLARIA IN MASSACHUSETTS FORESTS: ECOLOGY, SPECIES DISTRIBUTION, AND POPULATION STRUCTURE, WITH AN EMPHASIS ON MIXED OAK FORESTS A Dissertation Presented by NICHOLAS JUSTIN BRAZEE Submitted to the Graduate School of the University of Massachusetts Amherst in partial fulfillment of the requirement for the degree of DOCTOR OF PHILOSOPHY May 2011 Plant, Soil, and Insect Sciences i © Copyright by Nicholas Justin Brazee 2011 All Rights Reserved ii ARMILLARIA IN MASSACHUSETTS FORESTS: ECOLOGY, SPECIES DISTRIBUTION, AND POPULATION STRUCTURE,
    [Show full text]
  • A Nomenclatural Study of Armillaria and Armillariella Species
    A Nomenclatural Study of Armillaria and Armillariella species (Basidiomycotina, Tricholomataceae) by Thomas J. Volk & Harold H. Burdsall, Jr. Synopsis Fungorum 8 Fungiflora - Oslo - Norway A Nomenclatural Study of Armillaria and Armillariella species (Basidiomycotina, Tricholomataceae) by Thomas J. Volk & Harold H. Burdsall, Jr. Printed in Eko-trykk A/S, Førde, Norway Printing date: 1. August 1995 ISBN 82-90724-14-4 ISSN 0802-4966 A Nomenclatural Study of Armillaria and Armillariella species (Basidiomycotina, Tricholomataceae) by Thomas J. Volk & Harold H. Burdsall, Jr. Synopsis Fungorum 8 Fungiflora - Oslo - Norway 6 Authors address: Center for Forest Mycology Research Forest Products Laboratory United States Department of Agriculture Forest Service One Gifford Pinchot Dr. Madison, WI 53705 USA ABSTRACT Once a taxonomic refugium for nearly any white-spored agaric with an annulus and attached gills, the concept of the genus Armillaria has been clarified with the neotypification of Armillaria mellea (Vahl:Fr.) Kummer and its acceptance as type species of Armillaria (Fr.:Fr.) Staude. Due to recognition of different type species over the years and an extremely variable generic concept, at least 274 species and varieties have been placed in Armillaria (or in Armillariella Karst., its obligate synonym). Only about forty species belong in the genus Armillaria sensu stricto, while the rest can be placed in forty-three other modem genera. This study is based on original descriptions in the literature, as well as studies of type specimens and generic and species concepts by other authors. This publication consists of an alphabetical listing of all epithets used in Armillaria or Armillariella, with their basionyms, currently accepted names, and other obligate and facultative synonyms.
    [Show full text]
  • Fungal Systematics and Evolution PAGES 1–12
    VOLUME 4 DECEMBER 2019 Fungal Systematics and Evolution PAGES 1–12 doi.org/10.3114/fuse.2019.04.01 On the co-occurrence of species of Wynnea (Ascomycota, Pezizales, Sarcoscyphaceae) and Armillaria (Basidiomycota, Agaricales, Physalacriaceae) F. Xu, K.F. LoBuglio, D.H. Pfister* Harvard University Herbaria and Department of Organismic and Evolutionary Biology, Harvard University, 22 Divinity Avenue, Cambridge, MA 02138, USA *Corresponding author: [email protected] Key words: Abstract: Species of the genus Wynnea are collected in association with a subterranean mass generally referred to as a sclerotium. Armillaria This is one of the few genera of the Sarcoscyphaceae not associated with plant material – wood or leaves. The sclerotium is symbiosis composed of hyphae of both Armillaria species and Wynnea species. To verify the existence of Armillaria species in the sclerotia of sclerotium those Wynnea species not previously examined and to fully understand the structure and nature of the sclerotium, molecular data Wynnea and morphological characters were analyzed. Using nuclear ITS rDNA sequences the Armillaria species co-occurring with Wynnea species were identified from all examined material. TheseArmillaria symbionts fall into two main Armillaria groups – the A. gallica- nabsnona-calvescens group and the A. mellea group. Divergent time estimates of the Armillaria and Wynnea lineages support a co-evolutionary relationship between these two fungi. Effectively published online: 9 April 2019. INTRODUCTION The ecological and life history function of these sclerotia has Editor-in-Chief Prof. dr P.W. Crous, Westerdijk Fungal Biodiversity Institute, P.O. Box 85167, 3508 AD Utrecht, The Netherlands. not been addressed. Thaxter (1905) speculated that its purpose E-mail: [email protected] Sclerotia are dense aggregations of tissue produced by some may be to supply moisture and nutriment to the developing fungi.
    [Show full text]
  • Complete References List
    Aanen, D. K. & T. W. Kuyper (1999). Intercompatibility tests in the Hebeloma crustuliniforme complex in northwestern Europe. Mycologia 91: 783-795. Aanen, D. K., T. W. Kuyper, T. Boekhout & R. F. Hoekstra (2000). Phylogenetic relationships in the genus Hebeloma based on ITS1 and 2 sequences, with special emphasis on the Hebeloma crustuliniforme complex. Mycologia 92: 269-281. Aanen, D. K. & T. W. Kuyper (2004). A comparison of the application of a biological and phenetic species concept in the Hebeloma crustuliniforme complex within a phylogenetic framework. Persoonia 18: 285-316. Abbott, S. O. & Currah, R. S. (1997). The Helvellaceae: Systematic revision and occurrence in northern and northwestern North America. Mycotaxon 62: 1-125. Abesha, E., G. Caetano-Anollés & K. Høiland (2003). Population genetics and spatial structure of the fairy ring fungus Marasmius oreades in a Norwegian sand dune ecosystem. Mycologia 95: 1021-1031. Abraham, S. P. & A. R. Loeblich III (1995). Gymnopilus palmicola a lignicolous Basidiomycete, growing on the adventitious roots of the palm sabal palmetto in Texas. Principes 39: 84-88. Abrar, S., S. Swapna & M. Krishnappa (2012). Development and morphology of Lysurus cruciatus--an addition to the Indian mycobiota. Mycotaxon 122: 217-282. Accioly, T., R. H. S. F. Cruz, N. M. Assis, N. K. Ishikawa, K. Hosaka, M. P. Martín & I. G. Baseia (2018). Amazonian bird's nest fungi (Basidiomycota): Current knowledge and novelties on Cyathus species. Mycoscience 59: 331-342. Acharya, K., P. Pradhan, N. Chakraborty, A. K. Dutta, S. Saha, S. Sarkar & S. Giri (2010). Two species of Lysurus Fr.: addition to the macrofungi of West Bengal.
    [Show full text]
  • Download The
    The effects of stumping and tree species composition on the soil microbial community in the Interior Cedar Hemlock Zone, British Columbia by Dixi Modi B.Sc. in Biotechnology, Veer Narmad South Gujarat University, India, 2010 M.Sc. in Biotechnology, Veer Narmad South Gujarat University, India, 2012 A THESIS SUBMITTED IN PARTIAL FULFILLMENT OF THE REQUIREMENTS FOR THE DEGREE OF DOCTOR OF PHILOSOPHY in The Faculty of Graduate and Postdoctoral Studies (Soil Science) THE UNIVERSITY OF BRITISH COLUMBIA (Vancouver) December 2019 © Dixi Modi, 2019 The following individuals certify that they have read, and recommend to the Faculty of Graduate and Postdoctoral Studies for acceptance, a dissertation entitled: “The effects of stump removal and tree species composition on soil microbial communities in the Interior Cedar Hemlock Zone, British Columbia.” submitted by Dixi Modi in partial fulfillment of the requirements for the degree of Doctor of Philosophy in Soil Science. Examining Committee: Prof. Suzanne W. Simard, Forest and Conservation Sciences Supervisor Prof. Les Lavkulich, Land and Food Systems Co-Supervisor Prof. Richard C. Hamelin, Forest and Conservation Sciences Supervisory Committee Member Prof. Sue J. Grayston, Forest and Conservation Sciences Supervisory Committee Member Prof. Chris Chanway University Examiner Prof. Patrick Keeling University Examiner Prof. Kathy Lewis External Examiner ii Abstract Stump removal (stumping) is an effective forest management practice used to reduce the mortality of trees affected by fungal pathogen-mediated root diseases such as Armillaria root rot, but its impact on soil microbial community structure has not been ascertained. This study investigated the long-term impact of stumping and tree species composition on the abundance, diversity and taxonomic composition of soil fungal and bacterial communities in a 48-year-old trial at Skimikin, British Columbia.
    [Show full text]
  • Transcriptome of an Armillaria Root Disease Pathogen Reveals Candidate Genes Involved in Host Substrate Utilization at the Host–Pathogen Interface
    For. Path. doi: 10.1111/efp.12056 Published 2013. This article is a U.S. Government work and is in the public domain in the USA. Transcriptome of an Armillaria root disease pathogen reveals candidate genes involved in host substrate utilization at the host–pathogen interface By A. L. Ross-Davis1,*, J. E. Stewart2,7,*, J. W. Hanna1, M.-S. Kim3, B. J. Knaus4,8, R. Cronn4, H. Rai5, B. A. Richardson6, G. I. McDonald1 and N. B. Klopfenstein1,9 1USDA Forest Service, Rocky Mountain Research Station, 1221 S. Main St., Moscow, ID 83843, USA; 2Horticultural Crops Research Laboratory, USDA-ARS, Corvallis, OR, USA; 3Department of Forestry, Environment, and Systems, Kookmin University, Seoul, Korea; 4Pacific Northwest Research Station, USDA Forest Service, Corvallis, OR, USA; 5Wildland Resources Department, Utah State University, Logan, UT, USA; 6Rocky Mountain Research Station, USDA Forest Service, Provo, UT, USA; 7Present address: Department of Plant Pathology, University of Georgia, Athens, GA, USA; 8Present address: Horticultural Crops Research Laboratory, USDA-ARS, Corvallis, OR, USA; 9E-mail: [email protected] (for correspondence) Summary Armillaria species display diverse ecological roles ranging from beneficial saprobe to virulent pathogen. Armillaria solidipes (formerly A. ostoyae), a causal agent of Armillaria root disease, is a virulent primary pathogen with a broad host range of woody plants across the Northern Hemisphere. This white-rot pathogen grows between trees as rhizomorphs and attacks sapwood as mycelial fans under the bark. Armillaria root disease is responsible for reduced forest productivity due to direct tree mortality and non-lethal infections that impact growth. Here, we characterize a transcriptome of a widespread, virulent genet (vegetative clone) of A.
    [Show full text]
  • Resolved Phylogeny and Biogeography of the Root Pathogen Armillaria and Its Gasteroid Relative, Guyanagaster Rachel A
    Koch et al. BMC Evolutionary Biology (2017) 17:33 DOI 10.1186/s12862-017-0877-3 RESEARCHARTICLE Open Access Resolved phylogeny and biogeography of the root pathogen Armillaria and its gasteroid relative, Guyanagaster Rachel A. Koch1, Andrew W. Wilson2, Olivier Séné3, Terry W. Henkel4 and M. Catherine Aime1* Abstract Background: Armillaria is a globally distributed mushroom-forming genus composed primarily of plant pathogens. Species in this genus are prolific producers of rhizomorphs, or vegetative structures, which, when found, are often associated with infection. Because of their importance as plant pathogens, understanding the evolutionary origins of this genus and how it gained a worldwide distribution is of interest. The first gasteroid fungus with close affinities to Armillaria—Guyanagaster necrorhizus—was described from the Neotropical rainforests of Guyana. In this study, we conducted phylogenetic analyses to fully resolve the relationship of G. necrorhizus with Armillaria. Data sets containing Guyanagaster from two collecting localities, along with a global sampling of 21 Armillaria species—including newly collected specimens from Guyana and Africa—at six loci (28S, EF1α,RPB2,TUB,actin-1and gpd)wereused.Three loci—28S, EF1α and RPB2—were analyzed in a partitioned nucleotide data set to infer divergence dates and ancestral range estimations for well-supported, monophyletic lineages. Results: The six-locus phylogenetic analysis resolves Guyanagaster as the earliest diverging lineage in the armillarioid clade. The next lineage to diverge is that composed of species in Armillaria subgenus Desarmillaria. This subgenus is elevated to genus level to accommodate the exannulate mushroom-forming armillarioid species. The final lineage to diverge is that composed of annulate mushroom-forming armillarioid species, in what is now Armillaria sensu stricto.
    [Show full text]
  • Latest Advances and Future Perspectives in Armillaria Research
    R. Heinzelmann et al. Advances and perspectives in Armillaria research 1 Publisher: Taylor & Francis & The Canadian Phytopathological Society Journal: Canadian Journal of Plant Pathology DOI: 10.1080/07060661.2018.1558284 Subject category: Review article / Article de synthèse Latest advances and future perspectives in Armillaria research RENATE HEINZELMANN1, CYRIL DUTECH2, TETYANA TSYKUN3, FRÉDÉRIC LABBÉ4, JEAN-PAUL SOULARUE2 AND SIMONE PROSPERO3 1Department of Forest and Conservation Sciences, Faculty of Forestry, The University of British Columbia, 2424 Main Mall, Vancouver, BC, V6T 1Z4, Canada 2BIOGECO, UMR 1202, INRA, Université Bordeaux, 69 route d'Arcachon, F-33610 Cestas, France 3Swiss Federal Institute for Forest, Snow and Landscape Research WSL, Zürcherstrasse 111, CH-8903 Birmensdorf, Switzerland 4Department of Biological Sciences, University of Notre Dame, 100 Galvin Life Science Center, Notre Dame, IN 46556, USA CorrespondenceAccepted to: R. Heinzelmann. E-mail: [email protected] Manuscript Accepted 6 December 2018 This document is the accepted manuscript version of the following article: Heinzelmann, R., Dutech, C., Tsykun, T., Labbé, F., Soularue, J. P., & Prospero, S. (2019). Latest advances and future perspectives in Armillaria research. Canadian Journal of Plant Pathology. https://doi.org/10.1080/07060661.2018.1558284 R. Heinzelmann et al. Advances and perspectives in Armillaria research 2 Abstract: The basidiomycete genus Armillaria s.l. (Armillaria s.s. and Desarmillaria) has a worldwide distribution and plays a central role in the dynamics of numerous woody ecosystems, including natural forests, tree plantations for timber production, orchards, vineyards, and gardens. Early studies have shown that all Armillaria species are capable of degrading dead woody substrates causing white rot. Moreover, most species exhibit a parasitic ability, and can be considered as facultative necrotrophs.
    [Show full text]
  • Transcriptome of an Armillaria Root Disease Pathogen Reveals Candidate Genes Involved in Host Substrate Utilization at the Host–Pathogen Interface
    For. Path. 43 (2013) 468–477 doi: 10.1111/efp.12056 Published 2013. This article is a U.S. Government work and is in the public domain in the USA. Transcriptome of an Armillaria root disease pathogen reveals candidate genes involved in host substrate utilization at the host–pathogen interface By A. L. Ross-Davis1,*, J. E. Stewart2,7,*, J. W. Hanna1, M.-S. Kim3, B. J. Knaus4,8, R. Cronn4, H. Rai5, B. A. Richardson6, G. I. McDonald1 and N. B. Klopfenstein1,9 1USDA Forest Service, Rocky Mountain Research Station, 1221 S. Main St., Moscow, ID 83843, USA; 2Horticultural Crops Research Laboratory, USDA-ARS, Corvallis, OR, USA; 3Department of Forestry, Environment, and Systems, Kookmin University, Seoul, Korea; 4Pacific Northwest Research Station, USDA Forest Service, Corvallis, OR, USA; 5Wildland Resources Department, Utah State University, Logan, UT, USA; 6Rocky Mountain Research Station, USDA Forest Service, Provo, UT, USA; 7Present address: Department of Plant Pathology, University of Georgia, Athens, GA, USA; 8Present address: Horticultural Crops Research Laboratory, USDA-ARS, Corvallis, OR, USA; 9E-mail: [email protected] (for correspondence) Summary Armillaria species display diverse ecological roles ranging from beneficial saprobe to virulent pathogen. Armillaria solidipes (formerly A. ostoyae), a causal agent of Armillaria root disease, is a virulent primary pathogen with a broad host range of woody plants across the Northern Hemisphere. This white-rot pathogen grows between trees as rhizomorphs and attacks sapwood as mycelial fans under the bark. Armillaria root disease is responsible for reduced forest productivity due to direct tree mortality and non-lethal infections that impact growth.
    [Show full text]
  • Mycotaxon the International Journal of Fungal Taxonomy & Nomenclature
    MYCOTAXON THE INTERNATIONAL JOURNAL OF FUNGAL TAXONOMY & NOMENCLATURE Volume 135 (2) April–June 2020 Westerdykella aquatica sp. nov. (Song & al.— Fig. 2, p. 289) issn (print) 0093-4666 https://doi.org/10.5248/135-2 issn (online) 2154-8889 myxnae 135(2): 235–470 (2020) Editorial Advisory Board Karen Hansen (2014-2021), Chair Stockholm, Sweden Brandon Matheny (2013-2020), Past Chair Knoxville, Tennessee, U.S.A. Else Vellinga (2019–2022) Oakland, California, U.S.A. Xinli Wei (2019–2023) Beijing, China Todd Osmundson (2019–2024) La Crosse, Wisconsin, U.S.A. Elaine Malosso (2019–2025) Recife, Brazil ISSN 0093-4666 (print) ISSN 2154-8889 (online) MYCOTAXON THE INTERNATIONAL JOURNAL OF FUNGAL TAXONOMY & NOMENCLATURE April–June 2020 Volume 135 (2) http://dx.doi.org/10.5248/135-2 Editor-in-Chief Lorelei L. Norvell [email protected] Pacific Northwest Mycology Service 6720 NW Skyline Boulevard Portland, Oregon 97229-1309 USA Nomenclature Editor Shaun R. Pennycook [email protected] Manaaki Whenua Landcare Research Auckland, New Zealand Mycotaxon, Ltd. © 2020 www.mycotaxon.com & www.ingentaconnect.com/content/mtax/mt p.o. box 264, Ithaca, NY 14581-0264, USA iv ... Mycotaxon 135(2) MYCOTAXON volume one hundred thirty-five (2) — table of contents Nomenclatural novelties & typifications.............................. vii Corrigenda .....................................................viii Reviewers........................................................ix 2020 submission procedure . x From the Editor . xi Taxonomy & Nomenclature Four new Lepraria species for Iran, with a key to all Iranian species Sareh Sadat Kazemi, Iraj Mehregan, Younes Asri, Sarah Saadatmand, Harrie J.M. Sipman 235 Pluteus dianae and P. punctatus resurrected, with first records from eastern and northern Europe Hana Ševčíková, Ekaterina F.
    [Show full text]
  • Re-Evaluation of Armillaria and Desarmillaria in South Korea Based on ITS/Tef1 Sequences and Morphological Characteristics
    Received: 26 December 2017 | Revised: 24 March 2018 | Accepted: 1 May 2018 DOI: 10.1111/efp.12447 ORIGINAL ARTICLE Re-­evaluation­of­Armillaria­and­Desarmillaria­in­South­Korea­ based­on­ITS/tef1­sequences­and­morphological­characteristics Ki­Hyeong­Park1 | Seung-Yoon­Oh1 | Myung­Soo­Park1 | Mee-Sook­Kim2 | ­ Ned­B.­Klopfenstein3 | Nam­Kyu­Kim1 | Jae­Young­Park1 | Jae-Jin­Kim4 | ­ Sang-Kuk­Han5 | Jong­Kyu­Lee6 | Young­Woon­Lim1 1School of Biological Sciences and Institute of Microbiology, Seoul National University, Abstract Seoul, South Korea Fungal species in the genera Armillaria and Desarmillaria (Physalacriaceae, Agaricales) 2 United States Department of Agriculture are well known for their symbiotic relationships with Gastrodia elata and Polyporus Forest Service, Pacific Northwest Research Station, Corvallis, Oregon umbellatus, important components of traditional medicine in Asia. In addition, some 3United States Department of Agriculture species in these genera cause Armillaria root disease, which has had a negative eco- Forest Service, Rocky Mountain Research nomic impact by damaging and destroying urban, horticultural and forest trees. Five Station, Moscow, Idaho 4Division of Environmental Science & species within Armillaria and Desarmillaria have been previously reported in South Ecological Engineering, College of Life Korea, based primarily on basidioma morphology: A. cepistipes, A. gallica, A. mellea, Science & Biotechnology, Korea University, Seoul, South Korea A. ostoyae and D. tabescens (reported as A. tabescens). This study re- evaluated 60 5Forest Biodiversity Division, Korea National specimens of Armillaria and Desarmillaria using morphological features and molecular Arboretum, Pocheon, South Korea phylogenetic analyses of the ITS and partial translation elongation factor- 1α (tef1) se- 6 Tree Pathology and Mycology quences.
    [Show full text]
  • Armillaria Mexicana, a Newly Described Species from Mexico
    MYCOLOGIA 2018, VOL. 110, NO. 2, 347–360 https://doi.org/10.1080/00275514.2017.1419031 Armillaria mexicana, a newly described species from Mexico Rubén Damián Elías-Romána, Rosario Medel-Ortizb, Dionicio Alvarado-Rosalesc, John W. Hannad, Amy L. Ross-Davis d, Mee-Sook Kime, and Ned B. Klopfenstein d aDepartamento de Agronomía, División de Ciencias de la Vida (DICIVA), Campus Irapuato-Salamanca, Universidad de Guanajuato, C.P. 36824, Irapuato, Guanajuato, México; bInstituto de Investigaciones Forestales, Universidad Veracruzana, Xalapa, Veracruz, México; cColegio de Postgraduados, Montecillo, Texcoco, Estado de México, México; dUS Department of Agriculture Forest Service, Rocky Mountain Research Station, 1221 S. Main Street, Moscow, Idaho 83843; eU.S. Department of Agriculture Forest Service, Pacific Northwest Research Station, 3200 SW Jefferson Way, Corvallis, Oregon 97331 ABSTRACT ARTICLE HISTORY Armillaria mexicana (Agaricales, Physalacriaceae) is described as a new species based on morphol- Received 24 December 2016 ogy, DNA sequence data, and phylogenetic analyses. It clearly differs from previously reported Accepted 15 December 2017 Armillaria species in North, Central, and South America. It is characterized by the absence of KEYWORDS fibulae in the basidioma, abundant cheilocystidia, and ellipsoidal, hyaline basidiospores that are Basidiomycetes; new apparently smooth under light microscope, but slightly to moderately rugulose under scanning species; 1 new taxon; electron microscope. It is differentiated from other Armillaria species by macromorphological orchard trees; pathogenic characters, including annulus structure, pileus and stipe coloration, and other structures. DNA fungi; root disease pathogen sequence data (nuc rDNA internal transcribed spacers [ITS1-5.8S-ITS2 = ITS], 28S D-domain, 3′ end of 28S intergenic spacer 1, and translation elongation factor 1-α [TEF1]) show that A.
    [Show full text]