DOCSLIB.ORG

Výroční Zpráva NP 2017

Total Page：16

File Type：pdf, Size：1020Kb

Download full-text PDF Read full-text
Výroční Zpráva NP 2017 Výroční zpráva za rok 2017 Název projektu: Národní program konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu Koordinátor: Ing. Petr Komínek, Ph.D. Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i. Drnovská 507, 161 06 Praha 6 - Ruzyně, E-mail: [email protected] Výroční zpráva za rok 2017 Název projektu: Národní program konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu Doba řešení: 1. 1. – 31. 12. 2017 Koordinátor: Ing. Petr Komínek, Ph.D. Dne: 24.3. 2018 Podpis: Pověřená osoba: Výzkumný ústav rostlinné výroby v.v.i., Drnovská 507, 161 06 Praha 6 - Ruzyně IČO: 00027006 Statutární zástupce: Ing. Jiban Kumar, Ph.D. ředitel VÚRV, v.v.i. Dne: 24.3. 2018 Podpis: Čerpání finančních prostředků: Plán: 15 100 tis. Kč Skutečnost 15 100 tis. Kč Potvrzení garanta o převzetí výroční zprávy: Mgr. Iva Křížková, Ph.D., MZe ČR Potvrzuji převzetí výroční zprávy Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu Dne: Podpis: 2 Obsah OBSAH strana A) Souhrnná zpráva za Národní program mikroorganismů 5 B) Zpráva za jednotlivé sbírky 12 Přehled sbírek 12 1. Charakterizace jednotlivých sbírek 15 a) Sbírka fytopatogenních virů a kolekce virových patogenů na ovocných dřevinách a révě vinné v technickém izolátu 15 b) Sbírka fytopatogenních baktérií 21 c) Sbírka fytopatogenních a dalších zemědělsky významných hub 26 d) Sbírka rhizobií 30 e) Sbírka rzí a padlí travního 32 f) Sbírka živočišných škůdců zemědělských plodin a jejich antagonistů 36 g) Chovy a sbírky skladištních škůdců, roztočů a mikroskopických hub 38 h) Sbírka jedlých a léčivých makromycetů 47 ch)Sbírka fytopatogenních virů brambor 49 i) Sbírka patogenních virů ovocných dřevin a drobného ovoce 53 j) Sbírka virů okrasných rostlin 58 k) Sbírka zoopatogenních mikroorganismů 65 l) Sbírka mlékárenských mikroorganismů Laktoflora 77 m) Sbírka pivovarských mikroorganismů 81 n) Sbírka průmyslově využitelných mikroorganismů 85 o) Sbírka fytopatogenních mikroorganismů (fytopatogenních hub, vybraných fytoplazem a izolátů virů, a hospodářsky významných sinic a řas) 88 p) Sbírka basidiomycetů hospodářsky významných pro zemědělství 92 q) Sbírka patogenů chmele 95 r) Sbírka zemědělsky a potravinářsky významných kultur toxinogenních, fytopatogenních a entomopatogenních hub 101 s) Česká sbírka fytopatogenních oomycetů 106 3 2. Seznam publikací v r. 2017 111 3. Zákonné normy, z nichž vyplývá nutnost ochrany genových zdrojů 128 4. Závěr 130 5. Přílohy 131 5.1. Seznamy kmenů 131 4 Souhrnná zpráva za Národní program konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu A) Souhrnná zpráva za Národní program konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu Národní program konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu (NPGZM) sdružuje 12 organizací včetně VÚRV, v.v.i., který jeho činnost koordinuje. V rámci VÚRV je součástí NPGZM 8 sbírek mikroorganismů a drobných organismů, mimo VÚRV pak dalších 12 sbírek mikroorganismů. Sbírky v NPGZM mají ve svých fondech fytopatogenní a zoopatogenní viry, bakterie a houby, užitečné mikroorganismy jako jsou rhizobia, potravinářsky významné kvasinky, jedlé a léčivé houby. Součástí NPGZM jsou také dvě sbírky škůdců; a to škůdců rostlin a jejich nepřátel a škůdců skladovaných komodit a potravin. Viz též obrázek 1. 0,40% 2,44% 19,31% živočichové 40,60% viry bakterie houby 37,25% řasy Obrázek 1: Přehled skupin organismů udržovaných v rámci NPGZM Sbírky v rámci NP mikroorganismů udržovaly v roce 2017 celkem 7 697 kmenů mikroorganismů. Počet udržovaných kmenů za poslední roky mírně stoupá, viz obrázek 2. 9000 8000 7000 6000 5000 4000 3000 2000 1000 mikroorganismů 0 Počty kmenů ve sbírkách kmenů Počty 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 Rok Obrázek 2: Počet kmenů udržovaných v rámci NPGZM 5 Souhrnná zpráva za Národní program konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu Uchovávané sbírkové položky byly v průběhu roku 2017 poskytovány uživatelům, jimiž byly domácí i zahraniční pracoviště základního i aplikovaného výzkumu, šlechtitelské instituce, univerzity, střední školy a orgány státní správy. V roce 2017 bylo poskytnuto 838 kmenů, z toho 89 do zahraničí. Uvádíme zde pouze poskytnutí mimo instituci udržující daný genetický zdroj. Počet poskytnutí genetických zdrojů mikroorganismů ukazuje následující obrázek 3. 1200 1000 94 89 800 159 194 214 50 66 179 600 134 zahraničí 400 ČR Počet poskytnutýchvzorků 200 584 509 709 718 660 862 607 662 765 0 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 Rok Obrázek 3: Počty kmenů mikroorganismů poskytnutých uživatelům mimo instituci udržující příslušný genetický zdroj Poskytnuté kmeny byly v roce 2017 využity jako standardy pro expertní činnost (identifikace organismů, mikrobiologické rozbory a biochemická stanovení, školení a instruktáže), jako zdroje infekčního materiálu pro šlechtitelské účely a kontrolu kvality, při řešení 123 výzkumných projektů a jako studijní materiál při výuce na vysokých a středních školách. Za rok 2017 evidujeme 185 publikací, k jejichž vzniku přispělo využití kmenů Národního programu mikroorganismů. Charakterizované kmeny poskytnuté sbírkami tak slouží jako referenční materiál k identifikaci, dále k přípravě detekčních nástrojů (specifické primery, optimalizované PCR postupy, specifické protilátky) a jako referenční kmeny pro laboratoře státní správy. Bohaté spektrum patogenů je využíváno šlechtiteli k hledání a ověřování zdrojů rezistence. Údaje o jednotlivých položkách všech sbírek jsou ukládány do centrální databáze umístěné na internetových stránkách VÚRV, v.v.i. Tato databáze slouží jako zdroj informací pro širokou veřejnost. Za rok 2017 bylo provedeno 1171 dotazů na informace v databázi. Sbírky mikroorganismů jsou již dlouhodobě zapojeny do mezinárodních struktur. Jsou členy národních (FCCM, National Library of Medicine Database Maintenance Project) a mezinárodních organizací sdružujících sbírky genových zdrojů mikroorganismů, jako jsou World Federation for Culture Collections (WFCC), Federation of European Microbiological Societies (FEMS), European Brewery Convention (EBC), International Bremia Evaluation Board (IBEB) a European Culture Collections Organization (ECCO). Mezinárodní aktivity spočívají v poskytování a výměně kmenů a informací, v účasti na specializovaných konferencích a workshopech. Ve dnech 13.-15. září 2017 se pracovníci koordinace, některých sbírek a MZe zúčastnili konference ECCO (European Culture Collections' Organisation) na Masarykově univerzitě v Brně. 6 Souhrnná zpráva za Národní program konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu Dne 29. listopadu 2017 NPGZM organizoval seminář s názvem „Praktické otázky sbírek kultur mikroorganismů“. Na semináři zaznělo celkem 6 přednášek a prezentovalo se 8 sbírek mikroorganismů z NPGZM i 5 sbírek mimo NPGZM. Program semináře: Hana Kubátová (SÚJB): Nakládání s biologickými agens a toxiny dle Zákona č. 281/2002 Sb. Eliška Rolfová (MŽP ČR): Implementace Nagojského protokolu v České republice Iva Křížková (MZe ČR): Nagojský protokol, metodické pokyny pro sbírky a výzkumné instituce Jitka Nováková (ÚKZÚZ): Nakládání s mikroorganismy z hlediska ochrany zdraví rostlin Monika Laichmanová (PřF MU): Mezinárodní organizace sbírek kultur mikroorganismů Dana Nováková (PřF MU): Přeprava a zasílání kultur mikroorganismů Představení jednotlivých sbírek Sbírky zařazené do NPGZM: - Sbírka rzí a padlí travního - Sbírka patogenů chmele - Sbírka fytopatogenních a dalších zemědělsky významných hub - Sbírka patogenních virů ovocných dřevin a drobného ovoce - Sbírka kultur hub - Sbírka fytopatogenních hub, vybraných fytoplazem a izolátů virů, a hospodářsky významných sinic a řas - Sbírka zoopatogenních mikroorganismů - Česká sbírka fytopatogenních oomycetů - Chovy a sbírky skladištních škůdců, roztočů a mikroskopických hub - Sbírka průmyslově využitelných mikroorganismů - Sbírka rhizobií Sbírky mimo Národní program: ČR: - Sbírka autotrofních organismů BÚ AV ČR Třeboň - Česká národní sbírka typových kultur SZÚ Praha - Culture Collection of Clavicipitaceae MBÚ AV ČR Praha - Česká sbírka mikroorganismů PřF MU Brno Slovensko: - Zbierka kultúr kvasiniek SAV Bratislava NPGZM má a pravidelně aktualizuje webové stránky o NPGZM v české a v anglické verzi. Tyto stránky jsou dostupné na adrese www.vurv.cz/mikroorganismy. U každé sbírky jsou uvedeny její charakteristiky a kontakty na sbírku. Na webu jsou též zveřejněny metodické postupy a výroční zprávy. Je tam též veřejný přístup do databáze NPGZM na veřejná data týkající se kmenů uložených v jednotlivých sbírkách. V roce 2017 NPGZM vydal aktualizovanou verzi informačního letáku o NPGZM v angličtině. V roce 2017 se pracovníci koordinace podíleli na přípravě Vyhlášky č. 213/2017 Sb., kterou se mění vyhláška č. 458/2003 Sb., kterou se provádí zákon o genetických zdrojích rostlin a mikroorganismů. 7 Souhrnná zpráva za Národní program konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu Centrální laboratoř V rámci koordinace NPGZM provozuje VÚRV, v.v.i. Centrální laboratoř Národního programu mikroorganismů, sloužící jako poskytovatel standardních metod konzervace mikroorganismů, což je kryoprezervace a lyofilizace, které jsou mimo technické a finanční možnosti zejména menších
Load more

Recommended publications
  • Armillaria in Massachusetts Forests: Ecology, Species Distribution, and Population Structure, with an Emphasis on Mixed Oak Forests
    University of Massachusetts Amherst ScholarWorks@UMass Amherst Open Access Dissertations 5-13-2011 Armillaria in Massachusetts Forests: Ecology, Species Distribution, and Population Structure, with an Emphasis on Mixed Oak Forests Nicholas Justin Brazee University of Massachusetts Amherst, [email protected] Follow this and additional works at: https://scholarworks.umass.edu/open_access_dissertations Part of the Plant Sciences Commons Recommended Citation Brazee, Nicholas Justin, "Armillaria in Massachusetts Forests: Ecology, Species Distribution, and Population Structure, with an Emphasis on Mixed Oak Forests" (2011). Open Access Dissertations. 402. https://scholarworks.umass.edu/open_access_dissertations/402 This Open Access Dissertation is brought to you for free and open access by ScholarWorks@UMass Amherst. It has been accepted for inclusion in Open Access Dissertations by an authorized administrator of ScholarWorks@UMass Amherst. For more information, please contact [email protected]. ARMILLARIA IN MASSACHUSETTS FORESTS: ECOLOGY, SPECIES DISTRIBUTION, AND POPULATION STRUCTURE, WITH AN EMPHASIS ON MIXED OAK FORESTS A Dissertation Presented by NICHOLAS JUSTIN BRAZEE Submitted to the Graduate School of the University of Massachusetts Amherst in partial fulfillment of the requirement for the degree of DOCTOR OF PHILOSOPHY May 2011 Plant, Soil, and Insect Sciences i © Copyright by Nicholas Justin Brazee 2011 All Rights Reserved ii ARMILLARIA IN MASSACHUSETTS FORESTS: ECOLOGY, SPECIES DISTRIBUTION, AND POPULATION STRUCTURE,
    [Show full text]
  • A Nomenclatural Study of Armillaria and Armillariella Species
    A Nomenclatural Study of Armillaria and Armillariella species (Basidiomycotina, Tricholomataceae) by Thomas J. Volk & Harold H. Burdsall, Jr. Synopsis Fungorum 8 Fungiflora - Oslo - Norway A Nomenclatural Study of Armillaria and Armillariella species (Basidiomycotina, Tricholomataceae) by Thomas J. Volk & Harold H. Burdsall, Jr. Printed in Eko-trykk A/S, Førde, Norway Printing date: 1. August 1995 ISBN 82-90724-14-4 ISSN 0802-4966 A Nomenclatural Study of Armillaria and Armillariella species (Basidiomycotina, Tricholomataceae) by Thomas J. Volk & Harold H. Burdsall, Jr. Synopsis Fungorum 8 Fungiflora - Oslo - Norway 6 Authors address: Center for Forest Mycology Research Forest Products Laboratory United States Department of Agriculture Forest Service One Gifford Pinchot Dr. Madison, WI 53705 USA ABSTRACT Once a taxonomic refugium for nearly any white-spored agaric with an annulus and attached gills, the concept of the genus Armillaria has been clarified with the neotypification of Armillaria mellea (Vahl:Fr.) Kummer and its acceptance as type species of Armillaria (Fr.:Fr.) Staude. Due to recognition of different type species over the years and an extremely variable generic concept, at least 274 species and varieties have been placed in Armillaria (or in Armillariella Karst., its obligate synonym). Only about forty species belong in the genus Armillaria sensu stricto, while the rest can be placed in forty-three other modem genera. This study is based on original descriptions in the literature, as well as studies of type specimens and generic and species concepts by other authors. This publication consists of an alphabetical listing of all epithets used in Armillaria or Armillariella, with their basionyms, currently accepted names, and other obligate and facultative synonyms.
    [Show full text]
  • Fungal Systematics and Evolution PAGES 1–12
    VOLUME 4 DECEMBER 2019 Fungal Systematics and Evolution PAGES 1–12 doi.org/10.3114/fuse.2019.04.01 On the co-occurrence of species of Wynnea (Ascomycota, Pezizales, Sarcoscyphaceae) and Armillaria (Basidiomycota, Agaricales, Physalacriaceae) F. Xu, K.F. LoBuglio, D.H. Pfister* Harvard University Herbaria and Department of Organismic and Evolutionary Biology, Harvard University, 22 Divinity Avenue, Cambridge, MA 02138, USA *Corresponding author: [email protected] Key words: Abstract: Species of the genus Wynnea are collected in association with a subterranean mass generally referred to as a sclerotium. Armillaria This is one of the few genera of the Sarcoscyphaceae not associated with plant material – wood or leaves. The sclerotium is symbiosis composed of hyphae of both Armillaria species and Wynnea species. To verify the existence of Armillaria species in the sclerotia of sclerotium those Wynnea species not previously examined and to fully understand the structure and nature of the sclerotium, molecular data Wynnea and morphological characters were analyzed. Using nuclear ITS rDNA sequences the Armillaria species co-occurring with Wynnea species were identified from all examined material. TheseArmillaria symbionts fall into two main Armillaria groups – the A. gallica- nabsnona-calvescens group and the A. mellea group. Divergent time estimates of the Armillaria and Wynnea lineages support a co-evolutionary relationship between these two fungi. Effectively published online: 9 April 2019. INTRODUCTION The ecological and life history function of these sclerotia has Editor-in-Chief Prof. dr P.W. Crous, Westerdijk Fungal Biodiversity Institute, P.O. Box 85167, 3508 AD Utrecht, The Netherlands. not been addressed. Thaxter (1905) speculated that its purpose E-mail: [email protected] Sclerotia are dense aggregations of tissue produced by some may be to supply moisture and nutriment to the developing fungi.
    [Show full text]
  • Výroční Zpráva NP 2020
    Výroční zpráva za rok 2020 Národní program konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu Číslo jednací 51834/2017-MZE-17253 Koordinátor: Ing. Petr Komínek, Ph.D. Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i. Drnovská 507, 161 06 Praha 6 - Ruzyně, E-mail: [email protected] Výroční zpráva za rok 2020 Národní program konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu Číslo jednací 51834/2017-MZE-17253 Doba řešení: 1. 1. – 31. 12. 2020 Koordinátor: Ing. Petr Komínek, Ph.D. Dne: 18.3. 2021 Pověřená osoba: Výzkumný ústav rostlinné výroby v.v.i., Drnovská 507, 161 06 Praha 6 - Ruzyně IČO: 00027006 Statutární zástupce: RNDr. Mikuláš Madaras, Ph.D. ředitel VÚRV, v.v.i. Čerpání finančních prostředků: Plán: 16 042 tis. Kč Skutečnost 16 042 tis. Kč 2 Souhrnná zpráva za NPGZM Obsah A) Souhrnná zpráva za Národní program konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu ...................................................................................... 5 1. Shrnutí ............................................................................................................................................. 5 2. Aktivity koordinace NPGZM v členění dle Akčního plánu NPGZ ................................................. 9 3. Centrální laboratoř ......................................................................................................................... 15 4. Hodnotící část zprávy ...................................................................................................................
    [Show full text]
  • Complete References List
    Aanen, D. K. & T. W. Kuyper (1999). Intercompatibility tests in the Hebeloma crustuliniforme complex in northwestern Europe. Mycologia 91: 783-795. Aanen, D. K., T. W. Kuyper, T. Boekhout & R. F. Hoekstra (2000). Phylogenetic relationships in the genus Hebeloma based on ITS1 and 2 sequences, with special emphasis on the Hebeloma crustuliniforme complex. Mycologia 92: 269-281. Aanen, D. K. & T. W. Kuyper (2004). A comparison of the application of a biological and phenetic species concept in the Hebeloma crustuliniforme complex within a phylogenetic framework. Persoonia 18: 285-316. Abbott, S. O. & Currah, R. S. (1997). The Helvellaceae: Systematic revision and occurrence in northern and northwestern North America. Mycotaxon 62: 1-125. Abesha, E., G. Caetano-Anollés & K. Høiland (2003). Population genetics and spatial structure of the fairy ring fungus Marasmius oreades in a Norwegian sand dune ecosystem. Mycologia 95: 1021-1031. Abraham, S. P. & A. R. Loeblich III (1995). Gymnopilus palmicola a lignicolous Basidiomycete, growing on the adventitious roots of the palm sabal palmetto in Texas. Principes 39: 84-88. Abrar, S., S. Swapna & M. Krishnappa (2012). Development and morphology of Lysurus cruciatus--an addition to the Indian mycobiota. Mycotaxon 122: 217-282. Accioly, T., R. H. S. F. Cruz, N. M. Assis, N. K. Ishikawa, K. Hosaka, M. P. Martín & I. G. Baseia (2018). Amazonian bird's nest fungi (Basidiomycota): Current knowledge and novelties on Cyathus species. Mycoscience 59: 331-342. Acharya, K., P. Pradhan, N. Chakraborty, A. K. Dutta, S. Saha, S. Sarkar & S. Giri (2010). Two species of Lysurus Fr.: addition to the macrofungi of West Bengal.
    [Show full text]
  • Download The
    The effects of stumping and tree species composition on the soil microbial community in the Interior Cedar Hemlock Zone, British Columbia by Dixi Modi B.Sc. in Biotechnology, Veer Narmad South Gujarat University, India, 2010 M.Sc. in Biotechnology, Veer Narmad South Gujarat University, India, 2012 A THESIS SUBMITTED IN PARTIAL FULFILLMENT OF THE REQUIREMENTS FOR THE DEGREE OF DOCTOR OF PHILOSOPHY in The Faculty of Graduate and Postdoctoral Studies (Soil Science) THE UNIVERSITY OF BRITISH COLUMBIA (Vancouver) December 2019 © Dixi Modi, 2019 The following individuals certify that they have read, and recommend to the Faculty of Graduate and Postdoctoral Studies for acceptance, a dissertation entitled: “The effects of stump removal and tree species composition on soil microbial communities in the Interior Cedar Hemlock Zone, British Columbia.” submitted by Dixi Modi in partial fulfillment of the requirements for the degree of Doctor of Philosophy in Soil Science. Examining Committee: Prof. Suzanne W. Simard, Forest and Conservation Sciences Supervisor Prof. Les Lavkulich, Land and Food Systems Co-Supervisor Prof. Richard C. Hamelin, Forest and Conservation Sciences Supervisory Committee Member Prof. Sue J. Grayston, Forest and Conservation Sciences Supervisory Committee Member Prof. Chris Chanway University Examiner Prof. Patrick Keeling University Examiner Prof. Kathy Lewis External Examiner ii Abstract Stump removal (stumping) is an effective forest management practice used to reduce the mortality of trees affected by fungal pathogen-mediated root diseases such as Armillaria root rot, but its impact on soil microbial community structure has not been ascertained. This study investigated the long-term impact of stumping and tree species composition on the abundance, diversity and taxonomic composition of soil fungal and bacterial communities in a 48-year-old trial at Skimikin, British Columbia.
    [Show full text]
  • Transcriptome of an Armillaria Root Disease Pathogen Reveals Candidate Genes Involved in Host Substrate Utilization at the Host–Pathogen Interface
    For. Path. doi: 10.1111/efp.12056 Published 2013. This article is a U.S. Government work and is in the public domain in the USA. Transcriptome of an Armillaria root disease pathogen reveals candidate genes involved in host substrate utilization at the host–pathogen interface By A. L. Ross-Davis1,*, J. E. Stewart2,7,*, J. W. Hanna1, M.-S. Kim3, B. J. Knaus4,8, R. Cronn4, H. Rai5, B. A. Richardson6, G. I. McDonald1 and N. B. Klopfenstein1,9 1USDA Forest Service, Rocky Mountain Research Station, 1221 S. Main St., Moscow, ID 83843, USA; 2Horticultural Crops Research Laboratory, USDA-ARS, Corvallis, OR, USA; 3Department of Forestry, Environment, and Systems, Kookmin University, Seoul, Korea; 4Pacific Northwest Research Station, USDA Forest Service, Corvallis, OR, USA; 5Wildland Resources Department, Utah State University, Logan, UT, USA; 6Rocky Mountain Research Station, USDA Forest Service, Provo, UT, USA; 7Present address: Department of Plant Pathology, University of Georgia, Athens, GA, USA; 8Present address: Horticultural Crops Research Laboratory, USDA-ARS, Corvallis, OR, USA; 9E-mail: [email protected] (for correspondence) Summary Armillaria species display diverse ecological roles ranging from beneficial saprobe to virulent pathogen. Armillaria solidipes (formerly A. ostoyae), a causal agent of Armillaria root disease, is a virulent primary pathogen with a broad host range of woody plants across the Northern Hemisphere. This white-rot pathogen grows between trees as rhizomorphs and attacks sapwood as mycelial fans under the bark. Armillaria root disease is responsible for reduced forest productivity due to direct tree mortality and non-lethal infections that impact growth. Here, we characterize a transcriptome of a widespread, virulent genet (vegetative clone) of A.
    [Show full text]
  • Resolved Phylogeny and Biogeography of the Root Pathogen Armillaria and Its Gasteroid Relative, Guyanagaster Rachel A
    Koch et al. BMC Evolutionary Biology (2017) 17:33 DOI 10.1186/s12862-017-0877-3 RESEARCHARTICLE Open Access Resolved phylogeny and biogeography of the root pathogen Armillaria and its gasteroid relative, Guyanagaster Rachel A. Koch1, Andrew W. Wilson2, Olivier Séné3, Terry W. Henkel4 and M. Catherine Aime1* Abstract Background: Armillaria is a globally distributed mushroom-forming genus composed primarily of plant pathogens. Species in this genus are prolific producers of rhizomorphs, or vegetative structures, which, when found, are often associated with infection. Because of their importance as plant pathogens, understanding the evolutionary origins of this genus and how it gained a worldwide distribution is of interest. The first gasteroid fungus with close affinities to Armillaria—Guyanagaster necrorhizus—was described from the Neotropical rainforests of Guyana. In this study, we conducted phylogenetic analyses to fully resolve the relationship of G. necrorhizus with Armillaria. Data sets containing Guyanagaster from two collecting localities, along with a global sampling of 21 Armillaria species—including newly collected specimens from Guyana and Africa—at six loci (28S, EF1α,RPB2,TUB,actin-1and gpd)wereused.Three loci—28S, EF1α and RPB2—were analyzed in a partitioned nucleotide data set to infer divergence dates and ancestral range estimations for well-supported, monophyletic lineages. Results: The six-locus phylogenetic analysis resolves Guyanagaster as the earliest diverging lineage in the armillarioid clade. The next lineage to diverge is that composed of species in Armillaria subgenus Desarmillaria. This subgenus is elevated to genus level to accommodate the exannulate mushroom-forming armillarioid species. The final lineage to diverge is that composed of annulate mushroom-forming armillarioid species, in what is now Armillaria sensu stricto.
    [Show full text]
  • Výroční Zpráva NP 2016
    Výroční zpráva za rok 2016 Název projektu: Národní program konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu Koordinátor: Ing. Petr Komínek, Ph.D. Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i. Drnovská 507, 161 06 Praha 6 - Ruzyně, Tel. +420 233 022 111 (ústředna), Fax +420 233 310 636, +420 233 310 638, ) E-mail: [email protected] Výroční zpráva za rok 2016 Název projektu: Národní program konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu Doba řešení: 1. 1. – 31. 12. 2016 Koordinátor: Ing. Petr Komínek, Ph.D. Dne: 15.3. 2017 Podpis: Pověřená osoba: Výzkumný ústav rostlinné výroby v.v.i., Drnovská 507, 161 06 Praha 6 - Ruzyně IČO: 00027006 Statutární zástupce: Dr. Ing. Pavel Čermák ředitel VÚRV, v.v.i. Dne: 15.3. 2017 Podpis: Čerpání finančních prostředků: Plán: 15 100 tis. Kč Skutečnost 15 100 tis. Kč Potvrzení garanta o převzetí výsledků expertního projektu: Mgr. Iva Křížková, Ph.D., MZe ČR Potvrzuji převzetí výsledků projektu Národního programu genetických zdrojů mikroorganismů ...: Dne: Podpis: 2 Obsah OBSAH strana A) Souhrnná zpráva za Národní program mikroorganismů 4 B) Zpráva za centrální laboratoř Národního programu mikroorganismů 7 C) Zpráva za jednotlivé sbírky 9 Přehled sbírek 9 1. Charakteristika vykonaných prací 12 2.Přehled mikroorganismů ve sbírce – současný stav a způsob evidence 33 3.Hodnocení a charakterizace genetických zdrojů 53 4. Výstupy řešení a jejich uživatelé 73 5. Mezinárodní spolupráce 86 6. Seznam publikací v r. 2016 91 7. Zákonné normy, z nichž vyplývá nutnost ochrany genových zdrojů 103 8. Závěr 105 9. Přílohy 105 9.1.
    [Show full text]
  • Latest Advances and Future Perspectives in Armillaria Research
    R. Heinzelmann et al. Advances and perspectives in Armillaria research 1 Publisher: Taylor & Francis & The Canadian Phytopathological Society Journal: Canadian Journal of Plant Pathology DOI: 10.1080/07060661.2018.1558284 Subject category: Review article / Article de synthèse Latest advances and future perspectives in Armillaria research RENATE HEINZELMANN1, CYRIL DUTECH2, TETYANA TSYKUN3, FRÉDÉRIC LABBÉ4, JEAN-PAUL SOULARUE2 AND SIMONE PROSPERO3 1Department of Forest and Conservation Sciences, Faculty of Forestry, The University of British Columbia, 2424 Main Mall, Vancouver, BC, V6T 1Z4, Canada 2BIOGECO, UMR 1202, INRA, Université Bordeaux, 69 route d'Arcachon, F-33610 Cestas, France 3Swiss Federal Institute for Forest, Snow and Landscape Research WSL, Zürcherstrasse 111, CH-8903 Birmensdorf, Switzerland 4Department of Biological Sciences, University of Notre Dame, 100 Galvin Life Science Center, Notre Dame, IN 46556, USA CorrespondenceAccepted to: R. Heinzelmann. E-mail: [email protected] Manuscript Accepted 6 December 2018 This document is the accepted manuscript version of the following article: Heinzelmann, R., Dutech, C., Tsykun, T., Labbé, F., Soularue, J. P., & Prospero, S. (2019). Latest advances and future perspectives in Armillaria research. Canadian Journal of Plant Pathology. https://doi.org/10.1080/07060661.2018.1558284 R. Heinzelmann et al. Advances and perspectives in Armillaria research 2 Abstract: The basidiomycete genus Armillaria s.l. (Armillaria s.s. and Desarmillaria) has a worldwide distribution and plays a central role in the dynamics of numerous woody ecosystems, including natural forests, tree plantations for timber production, orchards, vineyards, and gardens. Early studies have shown that all Armillaria species are capable of degrading dead woody substrates causing white rot. Moreover, most species exhibit a parasitic ability, and can be considered as facultative necrotrophs.
    [Show full text]
  • Transcriptome of an Armillaria Root Disease Pathogen Reveals Candidate Genes Involved in Host Substrate Utilization at the Host–Pathogen Interface
    For. Path. 43 (2013) 468–477 doi: 10.1111/efp.12056 Published 2013. This article is a U.S. Government work and is in the public domain in the USA. Transcriptome of an Armillaria root disease pathogen reveals candidate genes involved in host substrate utilization at the host–pathogen interface By A. L. Ross-Davis1,*, J. E. Stewart2,7,*, J. W. Hanna1, M.-S. Kim3, B. J. Knaus4,8, R. Cronn4, H. Rai5, B. A. Richardson6, G. I. McDonald1 and N. B. Klopfenstein1,9 1USDA Forest Service, Rocky Mountain Research Station, 1221 S. Main St., Moscow, ID 83843, USA; 2Horticultural Crops Research Laboratory, USDA-ARS, Corvallis, OR, USA; 3Department of Forestry, Environment, and Systems, Kookmin University, Seoul, Korea; 4Pacific Northwest Research Station, USDA Forest Service, Corvallis, OR, USA; 5Wildland Resources Department, Utah State University, Logan, UT, USA; 6Rocky Mountain Research Station, USDA Forest Service, Provo, UT, USA; 7Present address: Department of Plant Pathology, University of Georgia, Athens, GA, USA; 8Present address: Horticultural Crops Research Laboratory, USDA-ARS, Corvallis, OR, USA; 9E-mail: [email protected] (for correspondence) Summary Armillaria species display diverse ecological roles ranging from beneficial saprobe to virulent pathogen. Armillaria solidipes (formerly A. ostoyae), a causal agent of Armillaria root disease, is a virulent primary pathogen with a broad host range of woody plants across the Northern Hemisphere. This white-rot pathogen grows between trees as rhizomorphs and attacks sapwood as mycelial fans under the bark. Armillaria root disease is responsible for reduced forest productivity due to direct tree mortality and non-lethal infections that impact growth.
    [Show full text]
  • Transcriptomics Reveals the Mycoparasitic Strategy of the Mushroom Entoloma
    bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/2021.04.30.442184; this version posted May 1, 2021. The copyright holder for this preprint (which was not certified by peer review) is the author/funder, who has granted bioRxiv a license to display the preprint in perpetuity. It is made available under aCC-BY-NC-ND 4.0 International license. 1 Transcriptomics reveals the mycoparasitic strategy of the mushroom Entoloma 2 abortivum on species of the mushroom Armillaria 3 4 Running title: Mycoparasitism of Entoloma abortivum 5 6 Rachel A. Koch1 and Joshua R. Herr1,2,# 7 8 1Department of Plant Pathology, University of NeBraska, Lincoln, NE 68503, USA; 9 2Center for Plant Science Innovation, University of NeBraska, Lincoln, NE 68588, USA; 10 #Correspondence: Joshua R. Herr ([email protected]) 11 12 Abstract word count (including aBstract and importance): 363 13 Text word count: 4938 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 1 bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/2021.04.30.442184; this version posted May 1, 2021. The copyright holder for this preprint (which was not certified by peer review) is the author/funder, who has granted bioRxiv a license to display the preprint in perpetuity. It is made available under aCC-BY-NC-ND 4.0 International license. 25 ABSTRACT 26 During mycoparasitism, a fungus—the host—is parasitized By another fungus—the 27 mycoparasite . The genetic underpinnings of these relationships have Been Best 28 characterized in Ascomycete fungi. However, within Basidiomycete fungi, there are rare 29 instances of mushroom-forming species parasitizing the reproductive structures, or 30 sporocarps, of other mushroom-forming species.
    [Show full text]