DOCSLIB.ORG

XÂY DỰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ NHẬN DẠNG VÀ NGHIÊN CỨU NHÂN GIỐNG BẢO TỒN LOÀI XÁO TAM PHÂN (Paramignya Trimera)

Total Page：16

File Type：pdf, Size：1020Kb

Download full-text PDF Read full-text
XÂY DỰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ NHẬN DẠNG VÀ NGHIÊN CỨU NHÂN GIỐNG BẢO TỒN LOÀI XÁO TAM PHÂN (Paramignya Trimera) BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ ----------------------------- Phí Thị Cẩm Miện XÂY DỰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ NHẬN DẠNG VÀ NGHIÊN CỨU NHÂN GIỐNG BẢO TỒN LOÀI XÁO TAM PHÂN (Paramignya trimera) LUẬN ÁN TIẾN SĨ NGÀNH CÔNG NGHỆ SINH HỌC HÀ NỘI, 2021 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ ----------------------------- Phí Thị Cẩm Miện Xây dựng chỉ thị phân tử nhận dạng và nghiên cứu nhân giống bảo tồn loài Xáo tam phân (Paramignya trimera) Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã số: 9.42.02.01 LUẬN ÁN TIẾN SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS.TS. Chu Hoàng Hà Hà Nội, 2021 i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan: Đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi dưới sự hướng dẫn khoa học của PGS.TS. Chu Hoàng Hà. Các kết quả thu được trong luận án Hoàn toàn trung thực và chưa được ai công bố trong bất kỳ công trình nào khác. Hà Nội, ngày tháng năm 2021 Tác giả luận án Phí Thị Cẩm Miện ii LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành Luận án, tôi xin trân trọng cảm ơn sâu sắc đến PGS.TS. Chu Hoàng Hà, người thầy đã trực tiếp hướng dẫn, chỉ bảo tận tình trong suốt quá trình thực hiện Luận án. Tôi xin trân trọng cảm ơn Các Thầy Cô giáo, các anh chị và các bạn đồng nghiệp tại Viện Công nghệ sinh học; Học viện Nông nghiệp Việt Nam đã giúp đỡ, tạo điều kiện cho tôi trong suốt quá trình học tập, sinh hoạt chuyên môn và thực hiện Luận án. Tôi xin chân thành cảm ơn đến Học Viện Khoa học và Công Nghệ - Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam đã tạo mọi điều kiện giúp đỡ tôi trong thời gian thực hiện Luận án. Tôi xin chân thành cảm ơn Chương trình dự án Việt Bỉ (AI Programe-VNUA, 2014-2019) đã hỗ trợ kinh phí cho đề tài “A study of phylogenetics and biopharmaceutical properties of the Vietnamese traditional medicinal plants belonging to the genus Paramignya for the development of hepatoprotective nutraceuticals” giai đoạn 2018-2019 để giúp tôi có nguồn kinh phí thực hiện các nội dung nghiên cứu của Luận án. Sau cùng, từ tận đáy lòng, tôi xin tỏ lòng biết ơn chân thành đến gia đình và bạn bè đã cổ vũ, động viên tôi hoàn thành Luận án. Tôi xin trân trọng cảm ơn ! Phí Thị Cẩm Miện iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN ....................................................................................................... i LỜI CẢM ƠN ............................................................................................................ ii MỤC LỤC ................................................................................................................. iii DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT ............................................ vi DANH MỤC CÁC BẢNG ....................................................................................... vii DANH MỤC HÌNH .................................................................................................. ix MỞ ĐẦU ..................................................................................................................... 1 1. Tính cấp thiết của đề tài ................................................................................... 1 2. Mục tiêu nghiên cứu......................................................................................... 2 2.1. Mục tiêu tổng quát ........................................................................................... 2 2.2. Mục tiêu cụ thể ................................................................................................. 2 3. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn ......................................................................... 2 3.1. Ý nghĩa khoa học ............................................................................................. 2 3.2. Ý nghĩa thực tiễn .............................................................................................. 3 4. Đối tượng và phạm vi nghiên cứu của đề tài ................................................... 3 4.1. Đối tượng nghiên cứu ...................................................................................... 3 4.2. Phạm vi nghiên cứu .......................................................................................... 3 5. Những đóng góp mới của luận án .................................................................... 4 CHƯƠNG I. TỔNG QUAN TÀI LIỆU ...................................................................... 5 1.1. Giới thiệu chung về chi Paramignya ............................................................... 5 1.1.1. Đặc điểm sinh học của chi Paramignya ........................................................... 5 1.1.2. Một số thành phần hóa học và hoạtt tính sinh học chi Paramignya ................. 8 1.2. Cây Xáo tam phân (P. trimera), phân loại, đặc điểm sinh học và hoạt chất sinh học ................................................................................................... 11 1.2.1. Nguồn gốc, phân bố, vị trí phân loại Xáo tam phân ...................................... 11 1.2.2. Đặc điểm thực vật học của cây Xáo tam phân tại Việt Nam ......................... 11 1.2.3. Nghiên cứu về hoạt tính sinh dược học của cây Xáo tam phân ..................... 16 1.3. Các phương pháp trong nghiên cứu phân loại ở thực vật .............................. 20 1.3.1. Các chỉ thị đặc điểm ở thực vật ...................................................................... 20 iv 1.3.2. DNA barcode và ứng dụng của DNA barcode để nhận dạng và phân biệt loài ........................................................................................................... 25 1.3.3. Ứng dụng chỉ thị phân tử trong xác định quan hệ tiến hóa ............................ 31 1.3.4. Đánh giá đa dạng di truyền quần thể ở thực vật ............................................ 34 1.3.5. Các nghiên cứu về hệ thống học, DNA barcodes của các loài thuộc chi Paramignya và loài P. trimera ........................................................................ 36 1.4. Nhân giống loài Xáo tam phân ...................................................................... 37 1.4.2. Nhân giống Xáo tam phân trong tự nhiên ...................................................... 49 CHƯƠNG II. VẬT LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ...... 52 2.1. Vật liệu nghiên cứu ........................................................................................ 52 2.1.1. Vật liệu cho nghiên cứu vị trí phân loại và quan hệ phát sinh của các mẫu thu thập ................................................................................................... 52 2.1.2. Vật liệu cho nghiên cứu nhân nhanh in vitro mẫu Xáo tam phân .................. 52 2.1.3. Các chỉ thị phân tử DNA ................................................................................ 53 2.2. Nội dung nghiên cứu ...................................................................................... 57 2.3. Phương pháp nghiên cứu................................................................................ 57 2.3.1. Phương pháp điều tra, thu thập mẫu và xây dựng bản đồ phân bố ................ 57 2.3.2. Phương pháp mô tả hình thái ......................................................................... 58 2.3.3. Tách chiết và tinh sạch DNA tổng số ............................................................ 58 2.3.4. PCR nhân các vùng microsatellite bằng các chỉ thị SSR ............................... 58 2.3.5. PCR nhân các vùng chỉ thị phân tử ................................................................ 59 2.3.6. Giải trình tự và đăng ký trình tự..................................................................... 59 2.3.7. Phương pháp phân tích dữ liệu trình tự.......................................................... 60 2.4. Phương pháp nhân giống in vitro cây Xáo tam phân ..................................... 66 2.4.1. Phương pháp tạo vật liệu khởi đầu nhân giống in vitro Xáo tam phân ......... 66 2.4.2. Ảnh hưởng của nền môi trường tới khả năng sinh trưởng Xáo tam phân trong điều kiện in vitro ................................................................................... 67 2.4.3. Nghiên cứu khả năng tạo mô sẹo Xáo tam phân............................................ 67 2.4.4. Ảnh hưởng của nhóm cytokinins và auxin tới khả năng nhân nhanh Xáo tam phân ......................................................................................................... 68 2.4.5. Ảnh hưởng của nhóm auxin tới khả năng hình thành rễ Xáo tam phân ........ 68 2.4.6. Phương pháp bố trí và xử lý thí nghiệm ........................................................ 69 v CHƯƠNG III. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN ................................ 70 3.1. Khảo sát sự phân bố và đặc điểm hình thái của các mẫu thuộc chi Paramignya tại Khánh Hòa và Lâm Đồng .................................................... 70 3.1.1. Khảo sát thành phần loài và sự phân bố của các mẫu nghiên cứu ................. 70 3.1.2. Đặc điểm hình thái của các mẫu thuộc chi Paramignya ................................ 75 3.2. Tách chiết DNA tổng số, nhận dạng loài thông qua chỉ thị barcode ............. 81 3.3. Xác định đa dạng di truyền của các mẫu Xáo tam phân dựa vào chỉ thị SSR ..... 81 3.4. Nghiên cứu chỉ thị DNA và nhận dạng loài ................................................... 86 3.4.1. PCR và xác định trình tự các vùng chỉ thị DNA ............................................. 86 3.4.2. Nhận dạng loài dựa vào công cụ MEGABLAST .......................................... 88 3.5. Xây dựng chỉ thị DNA để nhận dạng Xáo tam phân P. trimera .................... 95 3.5.1. Khảo sát dữ liệu DNA mã vạch của các loài thuộc chi Paramignya ............. 95 3.5.2.
Load more

Recommended publications
  • Circumscription of Murraya and Merrillia (Sapindales: Rutaceae: Aurantioideae) and Susceptibility of Species and Forms to Huanglongbing
    CIRCUMSCRIPTION OF MURRAYA AND MERRILLIA (SAPINDALES: RUTACEAE: AURANTIOIDEAE) AND SUSCEPTIBILITY OF SPECIES AND FORMS TO HUANGLONGBING Student: Nguyen Huy Chung Principal Supervisor: Professor G Andrew C Beattie, University of Western Sydney Co-supervisors: Associate Professor Paul Holford, University of Western Sydney Dr Anthony M Haigh, University of Western Sydney Professor David J Mabberley, Royal Botanic Garden, Kew Dr Peter H Weston, National Herbarium of New South Wales Date of submission: 31 August 2011 Declaration The work reported in this thesis is the result of my own experiments and has not been submitted in any form for another degree or diploma at any university or institute of tertiary education. Nguyen Huy Chung 31 August 2011 i Acknowledgements I would first and foremost like to thank my supervisors, Professor Andrew Beattie, Associate Professor Paul Holford, Dr Tony Haigh, Professor David Mabberley and Dr Peter Weston for their generous guidance, academic and financial support. My research required collection of pressed specimens and DNA of Murraya from within Australia and overseas. I could not have done this without generous assistance from many people. I am thankful to Associate Professor Paul Holford and Ms Inggit Puji Astuti (Bogor Botanic Garden, Indonesia) who accompanied me during the collection of samples in Indonesia; to Mr Nguyen Huy Quang (Cuc Phuong National Park) and Mr Nguyen Thanh Binh (Southern Fruit Research Institute), who travelled with me during collecting trips in the southern Việt Nam and to Cuc Phuong National Park in northern Việt Nam; to Dr Paul Forster (Brisbane Botanic Garden) who accompanied me during the collection of samples in Brisbane; and to Mr Simon Goodwin who accompanied me during the collection samples in the Royal Botanic Garden, Sydney; to Dr Cen Yijing (South China Agricultural University) who travelled with Prof Beattie to collect specimens from Yingde, in Guangdong.
    [Show full text]
  • Andaman & Nicobar Islands, India
    RESEARCH Vol. 21, Issue 68, 2020 RESEARCH ARTICLE ISSN 2319–5746 EISSN 2319–5754 Species Floristic Diversity and Analysis of South Andaman Islands (South Andaman District), Andaman & Nicobar Islands, India Mudavath Chennakesavulu Naik1, Lal Ji Singh1, Ganeshaiah KN2 1Botanical Survey of India, Andaman & Nicobar Regional Centre, Port Blair-744102, Andaman & Nicobar Islands, India 2Dept of Forestry and Environmental Sciences, School of Ecology and Conservation, G.K.V.K, UASB, Bangalore-560065, India Corresponding author: Botanical Survey of India, Andaman & Nicobar Regional Centre, Port Blair-744102, Andaman & Nicobar Islands, India Email: [email protected] Article History Received: 01 October 2020 Accepted: 17 November 2020 Published: November 2020 Citation Mudavath Chennakesavulu Naik, Lal Ji Singh, Ganeshaiah KN. Floristic Diversity and Analysis of South Andaman Islands (South Andaman District), Andaman & Nicobar Islands, India. Species, 2020, 21(68), 343-409 Publication License This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License. General Note Article is recommended to print as color digital version in recycled paper. ABSTRACT After 7 years of intensive explorations during 2013-2020 in South Andaman Islands, we recorded a total of 1376 wild and naturalized vascular plant taxa representing 1364 species belonging to 701 genera and 153 families, of which 95% of the taxa are based on primary collections. Of the 319 endemic species of Andaman and Nicobar Islands, 111 species are located in South Andaman Islands and 35 of them strict endemics to this region. 343 Page Key words: Vascular Plant Diversity, Floristic Analysis, Endemcity. © 2020 Discovery Publication. All Rights Reserved. www.discoveryjournals.org OPEN ACCESS RESEARCH ARTICLE 1.
    [Show full text]
  • Lianas and Trees in Tropical Forests in South China
    Lianas and trees in tropical forests in south China Lianen en bomen in tropisch bos in zuid China Promotor: Prof. Dr. F.J.J.M. Bongers Persoonlijk hoogleraar bij de leerstoelgroep Bosecologie en bosbeheer Wageningen Universiteit Co-promotor: Prof. Dr. K-F. Cao Xishuangbanna Tropical Botanical Garden Chinese Academy of Sciences, Yunnan, China Samenstelling promotiecommissie: Prof. Dr. L.H.W. van der Plas, Wageningen Universiteit Prof. Dr. M.J.A. Werger, Universiteit Utrecht Dr. H. Poorter, Universiteit Utrecht Dr. S.A. Schnitzer, University of Wisconsin-Milwaukee, USA Dit onderzoek is uitgevoerd binnen de C.T. de Wit onderzoeksschool Production Ecology & Resource Conservation (PE&RC), Wageningen Universiteit en Researchcentrum. Lianas and trees in tropical forests in south China Zhi-quan Cai Proefschrift ter verkrijging van de graad van doctor op gezag van de rector magnificus van Wageningen Universiteit, Prof. Dr. M.J. Kropff, in het openbaar te verdedigen op woensdag 28 maart 2007 des namiddags te 16.00 uur in de Aula Cai, Z-Q (2007) Lianas and trees in tropical forests in south China. PhD thesis, Department of Environmental Sciences, Centre for Ecosystem Studies, Forest Ecology and forest Management Group, Wageningen University, the Netherlands. Keywords: lianas, trees, liana-tree interaction, plant morphology, plant ecophysiology, growth, biodiversity, south China, Xishuangbanna ISBN 978-90-8504-653-0 This study was supported by the National Natural Science Foundation in China (grant no. 30500065) and a sandwich-PhD grant from Wageningen
    [Show full text]
  • Phylogenetic Distribution and Evolution of Mycorrhizas in Land Plants
    Mycorrhiza (2006) 16: 299–363 DOI 10.1007/s00572-005-0033-6 REVIEW B. Wang . Y.-L. Qiu Phylogenetic distribution and evolution of mycorrhizas in land plants Received: 22 June 2005 / Accepted: 15 December 2005 / Published online: 6 May 2006 # Springer-Verlag 2006 Abstract A survey of 659 papers mostly published since plants (Pirozynski and Malloch 1975; Malloch et al. 1980; 1987 was conducted to compile a checklist of mycorrhizal Harley and Harley 1987; Trappe 1987; Selosse and Le Tacon occurrence among 3,617 species (263 families) of land 1998;Readetal.2000; Brundrett 2002). Since Nägeli first plants. A plant phylogeny was then used to map the my- described them in 1842 (see Koide and Mosse 2004), only a corrhizal information to examine evolutionary patterns. Sev- few major surveys have been conducted on their phyloge- eral findings from this survey enhance our understanding of netic distribution in various groups of land plants either by the roles of mycorrhizas in the origin and subsequent diver- retrieving information from literature or through direct ob- sification of land plants. First, 80 and 92% of surveyed land servation (Trappe 1987; Harley and Harley 1987;Newman plant species and families are mycorrhizal. Second, arbus- and Reddell 1987). Trappe (1987) gathered information on cular mycorrhiza (AM) is the predominant and ancestral type the presence and absence of mycorrhizas in 6,507 species of of mycorrhiza in land plants. Its occurrence in a vast majority angiosperms investigated in previous studies and mapped the of land plants and early-diverging lineages of liverworts phylogenetic distribution of mycorrhizas using the classifi- suggests that the origin of AM probably coincided with the cation system by Cronquist (1981).
    [Show full text]
  • Phylogenetic Relationships of Aurantioideae (Rutaceae) Based on RAD-Seq
    Tree Genetics & Genomes (2018) 14:6 https://doi.org/10.1007/s11295-017-1223-z ORIGINAL ARTICLE Phylogenetic relationships of Aurantioideae (Rutaceae) based on RAD-Seq Yukio Nagano1 & Takashi Mimura2 & Nobuhiro Kotoda2 & Ryoji Matsumoto2 & Atsushi J. Nagano3,4,5 & Mie N. Honjo3 & Hiroshi Kudoh3 & Masashi Yamamoto6 Received: 31 July 2017 /Revised: 27 November 2017 /Accepted: 25 December 2017 # Springer-Verlag GmbH Germany, part of Springer Nature 2018 Abstract The economically and nutritionally important genus Citrus belongs to the subfamily Aurantioideae in the family Rutaceae. Here, we analyzed the phylogenetic relationships of the subfamily Aurantioideae based on RAD-Seq. The RAD-Seq data produced phylogenetic trees with high support values, clear discriminations based on branch length, and elucidations of early branching events. Our genetic classification corresponded well with the classical morphological classification system and supported the subdivision of Citreae, one of two tribes of the Aurantioideae, into three subtribes—Triphasiinae, Citrinae, and Balsamocitrinae. Additionally, it was largely consistent with the subdivision of Clauseneae, the other tribe of the Aurantioideae, into three subtribes—Micromelinae, Clauseninae, and Merrillinae; the exception was Murraya paniculata. With the exception of members of primitive citrus fruit trees, namely, Severinia buxifolia and Hesperethusa crenulata, lower-level morphological groupings under subtribes based on genetic and morphological classifications corresponded well. The phylogenetic relationship between Asian Btrue citrus fruit trees^ (genera Citrus, Poncirus,and Fortunella) and Australian/New Guinean citrus fruit trees (genera Microcitrus, Eremocitrus,andClymenia) was incon- sistent between present classification based mainly on the nuclear genome and the previous classification based on the chloroplast genome. This inconsistency may be explained by chloroplast capture.
    [Show full text]
  • Phylogenetic Relationship of Paramignya Trimera and Its Relatives
    www.nature.com/scientificreports OPEN Phylogenetic relationship of Paramignya trimera and its relatives: an evidence for the wide sexual compatibility Thi Cam Mien Phi1, Hoang Ha Chu2, Ngoc Trieu Le3 & Duc Bach Nguyen1* The genus Paramignya (Rutaceae) comprises about 30 species typically distributing in tropical Asia. Like other genera of the family Rutaceae, the signifcant variation in the morphology of Paramignya species makes the taxonomic study and accurate identifcation become difcult. In Vietnam, Paramignya species have been mostly found in Khanh Hoa and Lam Dong provinces and used as traditional medicines. Recently, Paramignya trimera, a species of the genus Paramignya with local name “Xao tam phan” has been drawn attention and intensively exploited to treat liver diseases and cancers. However, the signifcant variations in the morphology and diferent local names of P. trimera have caused confusion and difculty in the accurate identifcation and application of this plant for medicine. In this study, the combination of both morphological and DNA sequence data has efectively supported the taxonomic identifcation of P. trimera and some relatives collected in Khanh Hoa and Lam Dong provinces. The comparison of the morphology and analysis of the phylogenetic trees suggested that there was a signifcant variation of P. trimera. In addition, some accessions of P. trimera with morphological characteristics similar and Atalantia buxifolia were likely the intergeneric hybrids between the two species. Analysis of genetic variation, interspecifc and intraspecifc distances using ITS, matK and rbcL sequences shown that P. trimera was closely related to A. buxifolia, Severinia monophylla and Luvunga scandens. In addition, matK sequences represented as the efective candidate DNA barcode to identify and distinguish Paramignya species from others of the family Rutaceae.
    [Show full text]
  • Australian Citreae with Notes on Other Aurantioideae (Rutaceae)
    333 Australian Citreae with notes on other Aurantioideae (Rutaceae) D.J. Mabberley Abstract Mabberley, D.J. (Rijksherbarium, University of Leiden, Netherlands and Royal Botanic Gardens Sydney, Mrs Macquaries Road, Sydney, NSW, Australia 2000) 1998. Australian Citreae with notes on other Aurantioideae (Rutaceae). Telopea 7(4):333–344. Both subtribes of tribe Citreae (Rutaceae: subfam. Aurantioideae) are represented in Australia: the sole representative of ‘Triphasiinae’ is here referred to Luvunga Wight & Arn., in which the new combination, L. monophylla (D.C.) Mabb., is proposed, and the relationships of the Australian Citrineae to the genus Citrus L. are reassessed; Eremocitrus Swingle and Microcitrus Swingle are reunited with Citrus. A new species, C. gracilis Mabb. from the Northern Territory, is described and a conspectus of, and an identification key to, Australian native Citrus spp. presented; ‘Sydney Hybrid’ is formally described and named C. × virgata Mabb.; a new combination, C. × floridana (J. Ingram & H. Moore) Mabb., for the name of the limequat and a new name, C. wintersii Mabb., for one of the Papuan endemic species formerly referred to Microcitrus are proposed. In tribe Clauseneae, notes on Glycosmis, Micromelum and Murraya, especially on typification of names , are presented. Rutaceae: Aurantioideae in Australia This paper is a prelude to the account of the subfamily Aurantioideae Horan. for Flora of Australia, in which full descriptions will be found, so those are not repeated here. The subfamily in its wild state is restricted to the tropics and subtemperate parts of the Old World and comprises two tribes: Clauseneae Wight & Arn. and Citreae Meissner, both of which are represented in Australia.
    [Show full text]
  • DNA Barcoding of Flowering Plants in Jambi, Indonesia
    DNA Barcoding of Flowering Plants in Jambi, Indonesia Dissertation Submitted in partial fulfillment of requirements for the degree of Doctor of Philosophy (Ph.D.) at Forest Genetics and Forest Tree Breeding Department Faculty of Forest Sciences and Forest Ecology Geörg-August Universität of Göttingen By Fitri Yola Amandita Born in Jakarta, Indonesia Göttingen 2015 Supervisor : Prof. Dr. Reiner Finkeldey Referee : Prof. Dr. Reiner Finkeldey Co-referee : Prof. Dr. Holger Kreft Date of disputation : 26 February 2016 2 Acknowledgements I would first like to express my deepest gratitude to Prof. Dr. Reiner Finkeldey for accepting me as his Ph.D. student, for his support, helpful advice and patient guidance throughout my study. I have been extremely lucky to have a supervisor who always cared about my problems and made easy for me to finish my study. I would also thank Prof. Dr. Holger Kreft for his co- supervision and reviews on my thesis. Special thanks to Prof. Dr. Elvira Hörandl, my third supervisor, for her kindly support. Sincere thanks to Prof. Martin Ziehe, my fourth examiner, for his constant support during my study. I would present my deep appreciation to Dr. Katja Rembold for her friendship, continuous advice and support throughout my research. My great thankfulness goes to Dr. Barbara Vornam for her guidance on the data analyzes. I would also acknowledge Prof. Dr. Konstantin Krutovsky, Prof. Dr. Oliver Gailing, and Prof. Dr. Elizabeth Gillet for their comments on my project presentations to improve my understanding of my research. My sincere thanks are to Alexandra Dolynska and Melanie Schmitt for their enormous help on the DNA analyzes.
    [Show full text]
  • Australian Tropical Rainforest Plants - Online Edition
    Australian Tropical Rainforest Plants - Online edition Family Profile Rutaceae Family Description A family of ca. 155 genera and 1600 species, cosmopolitan but well developed in South Africa and Australia; about 43 genera occur naturally in Australia. Genera Acronychia - A genus of 48 species; ranges from India E to Taiwan and S to Australia and New Caledonia; 20 species in mainland Australia, 19 of them endemic. Hartley (2013). Boronia - A genus of about 150 species in Australia and New Caledonia; about 140 species occur naturally in Australia. Duretto (1999a, 1999b); Weston & Porteners (1991). Bosistoa - A genus of four species endemic to Australia. Forster (2013); Hartley (1977); Hartley (2001); Hartley (2013); Kubitzki et al. (2011). Brombya - A genus of two species endemic to Australia. White (1933); Hartley (2001). Citrus - A genus of about 16 species in Asia and Malesia; six species occur naturally and three species have become naturalised in Australia. Mabberley (1998); Swingle (1944); Mabberley (2004). Clausena - A genus of about 20-30 species in Africa, Asia, Malesia and Australia; one species occurs naturally in Australia. Bailey (1899); Swingle (1944). Coatesia - A monotypic genus edemic to Australia. Hartley (2013d). Dinosperma - A genus of 4 species endemic to Australia. Hartley (1997); Hartley (2001). Eriostemon - A genus of 32 species endemic to Australia. Bayly et al. (1998); Wilson (1970). Euodia - A genus of 7 species in New Guinea, Australia and the Pacific islands; two species occur naturally in Australia. Most Australian species formerly included in the genus Euodia are now included in the genus Melicope. Hartley (2001). Flindersia - A genus of 17 species in Malesia, Australia and New Caledonia; 15 species occur naturally in Australia.
    [Show full text]
  • Universidade Estadual De Campinas Instituto De Biologia
    UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS INSTITUTO DE BIOLOGIA RAFAEL GUIMARÃES GOMES SILVA ESTUDOS CITOTAXONÔMICOS EM SAPINDALES: ESTADO DA ARTE E EVOLUÇÃO DOS NÚMEROS CROMOSSÔMICOS CAMPINAS 2018 RAFAEL GUIMARÃES GOMES SILVA ESTUDOS CITOTAXONÔMICOS EM SAPINDALES: ESTADO DA ARTE E EVOLUÇÃO DOS NÚMEROS CROMOSSÔMICOS Dissertação apresentada ao Instituto de Biologia da Universidade Estadual de Campinas como parte dos requisitos exigidos para a obtenção do título de Mestre na Área de Biologia Vegetal. ESTE ARQUIVO DIGITAL CORRESPONDE A VERSÃO FINAL DA DISSERTAÇÃO DEFENDIDA PELO ALUNO RAFAEL GUIMARÃES GOMES SILVA E ORIENTADA PELA PROFª. DRA. ELIANA REGINA FORNI MARTINS Orientadora: PROFª DRA. ELIANA REGINA FORNI MARTINS CAMPINAS 2018 Agência(s) de fomento e nº(s) de processo(s): CAPES; CNPq, 130816/2015-9 ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4811-2453 Ficha catalográfica Universidade Estadual de Campinas Biblioteca do Instituto de Biologia Mara Janaina de Oliveira - CRB 8/6972 Guimarães, Rafael Gomes Silva, 1991- G947e GuiEstudos citotaxônomicos em Sapindales : estado da arte e evolução dos números cromossômicos / Rafael Guimarães Gomes Silva. – Campinas, SP : [s.n.], 2018. GuiOrientador: Eliana Regina Forni Martins. GuiDissertação (mestrado) – Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia. Gui1. Citotaxonomia vegetal. 2. Angiosperma. 3. Número cromossômico. 4. Evolução. 5. Citogenética vegetal. I. Forni-Martins, Eliana Regina, 1957-. II. Universidade Estadual de Campinas. Instituto de Biologia. III. Título. Informações para Biblioteca Digital
    [Show full text]
  • The Floral Anatomy of the Aurantioideae by Albert
    THE FLORAL ANATOMY OF THE AURANTIOIDEAE BY ALBERT HOLMES TILISON ♦ * • Thesis submitted to the Faculty of the Graduate School of the University of Maryland in partial fulfillment of the requirements for the degree of Doctor of Philosophy 1938 UM! Number: DP70165 All rights reserved INFORMATION TO ALL USERS The quality of this reproduction is dependent upon the quality of the copy submitted. In the unlikely event that the author did not send a complete manuscript and there are missing pages, these will be noted. Also, if material had to be removed, a note will indicate the deletion. Dissertation Publishing UMI DP70165 Published by ProQuest LLC (2015). Copyright in the Dissertation held by the Author. Microform Edition © ProQuest LLC. All rights reserved. This work is protected against unauthorized copying under Title 17, United States Code ProOuest" ProQuest LLC. 789 East Eisenhower Parkway P.O. Box 1346 Ann Arbor, Ml 48106- 1346 THE FLORAL ANATOMY OF THE AURANTIOIDEAS INTRODUCTION A knowledge of the relationships of the cultivated and wild spe­ cies of the Aurantioideae, as well as of other groups which contain commercially important plants, is desirable from the standpoint of plant improvement by breeding or grafting. Many lines of attack on the problems of relationships are being followed. In recent years the study of the vascular systems supplying the floral organs of numerous dicotyl­ edonous families has come into use as an aid to ascertaining the rela­ tionships between various families, as well as between the genera making up these families. Mhile the anatomical evidence has not always been conclusive, it has aided evidence from morphological, ecological, cyto- logical, geographical, and other sources in clearing up some taxonomic problems.
    [Show full text]
  • Towards a Molecular Taxonomic Key of the Aurantioideae Subfamily Using
    Oueslati et al. BMC Genetics (2016) 17:118 DOI 10.1186/s12863-016-0426-x RESEARCH ARTICLE Open Access Towards a molecular taxonomic key of the Aurantioideae subfamily using chloroplastic SNP diagnostic markers of the main clades genotyped by competitive allele-specific PCR Amel Oueslati1,3, Frederique Ollitrault2, Ghada Baraket1, Amel Salhi-Hannachi1, Luis Navarro2 and Patrick Ollitrault3* Abstract Background: Chloroplast DNA is a primary source of molecular variations for phylogenetic analysis of photosynthetic eukaryotes. However, the sequencing and analysis of multiple chloroplastic regions is difficult to apply to large collections or large samples of natural populations. The objective of our work was to demonstrate that a molecular taxonomic key based on easy, scalable and low-cost genotyping method should be developed from a set of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) diagnostic of well-established clades. It was applied to the Aurantioideae subfamily, the largest group of the Rutaceae family that includes the cultivated citrus species. Results: The publicly available nucleotide sequences of eight plastid genomic regions were compared for 79 accessions of the Aurantioideae subfamily to search for SNPs revealing taxonomic differentiation at the inter-tribe, inter-subtribe, inter-genus and interspecific levels. Diagnostic SNPs (DSNPs) were found for 46 of the 54 clade levels analysed. Forty DSNPs were selected to develop KASPar markers and their taxonomic value was tested by genotyping 108 accessions of the Aurantioideae subfamily. Twenty-seven markers diagnostic of 24 clades were validated and they displayed a very high rate of transferability in the Aurantioideae subfamily (only 1.2 % of missing data on average). The UPGMA from the validated markers produced a cladistic organisation that was highly coherent with the previous phylogenetic analysis based on the sequence data of the eight plasmid regions.
    [Show full text]