Genetika 2006

GENETIKA 2006

September, 28th – October, 1st, 2006 Biološko središče, Večna pot 111, Ljubljana

4th Congress of Slovenian Genetic Society and 2nd Meeting of The Slovenian Society of Human Genetics with International Participation

IV. Kongres Slovenskega genetskega društva in II. srečanje Slovenskega društva za humano genetiko z mednarodno udeležbo

Genetika 2006 4th Congress of Slovenian Genetic Society and 2nd meeting of The Slovenian Society of Human Genetics with international participation / IV. Kongres Slovenskega genetskega društva in II. srečanje Slovenskega društva za humano genetiko, z mednarodno udeležbo

Edited by / Uredili: Metka Filipič in Irena Zajc Editorial Board / Uredniški odbor: Branka Javornik, Metka Filipič, Gregor Anderluh, Milena Kovač, Peter Dovč, Irena Mlinarič Raščan, Damjan Glavač, Uroš Potočnik, Nadja Kokalj Vokač, Darja Žgur Bertok, Metka Ravnik Glavač Design & Layout / Oblikovanje & Prelom: Jure Filipič Printed by / Tisk: Birotisk d.o.o., Ljubljana Number of copies / Naklada 250 Published by / Izdal: Slovensko Genetsko Društvo, Ljubljana, September 2006

The contents and language of the abstracts is responsibility of the authors. / Za vsebino in jezik povzetkov odgovarjajo avtorji.

CIP - Kataložni zapis o publikaciji Narodna in univerzitetna knjižnica, Ljubljana

575(063)

SLOVENSKO genetsko društvo. Kongres (4 ; 2006 ; Ljubljana) Book of abstract = Knjiga povzetkov / 4th Congress of Slovenian Genetic Society and 2nd Meeting of the Slovenian Society of Human Genetics with International Participation = IV. kongres Slovenskega genetskega društva in II. srečanje Slovenskega društva za humano genetiko, z mednarodno udeležbo ; [edited by Metka Filipič in Irena Zajc]. - Ljubljana : Slovensko genetsko društvo, 2006

ISBN-10 961-90534-4-3 ISBN-13 978-961-90534-4-7 1. Filipič, Metka, 1954- 2. Slovensko društvo za humano genetiko.

Srečanje z mednarodno udeležbo (2 ; 2006 ; Ljubljana) 228767232 GENETIKA 2006

Book of Abstracts Knjiga povzetkov

4th Congress of Slovenian Genetic Society and 2nd Meeting of The Slovenian Society of Human Genetics with International Participation

IV. Kongres Slovenskega genetskega društva in II. srečanje Slovenskega društva za humano genetiko, z mednarodno udeležbo The congress was sponsored by Slovenian Research Agency Kongres je sofinancirala Javna agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije

Supported by: / Kongres so podprli: Lek farmacevtska družba d.d. Mediline d.o.o. Novo analitica d.o.o. Dvojica d.o.o. Tehnooptika Smolnikar d.o.o.

Exhibitors: / Razstavljalci: Kemomed d.o.o Majbert d.o.o. Lotrič d.o.o. Sanolabor d.d. Carl Zeiss d.o.o. Committees / Odbori

Programme Committee / Programski odbor: Gregor Anderluh (SI) Borut Bohanec (SI) Nina Canki Klain (CR) Maja Čemažar (SI) Ksenija Geršak (SI) Kristina Gruden (SI) Simon Horvat (SI) Nadja Kokalj Vokač (SI) Kreft Ivan (SI) Karl Kuchler (AU) Tamara Lah Turnšek (SI) Bo Lambert (SE) Vladimir Meglič (SI) Irena Mlinarič Raščan (SI) Mojca Narat (SI) Miho Ohsugi (JP) Uroš Potočnik (SI) Metka Ravnik-Glavač (SI) Giorgio Stanta (I) Darja Žgur Bertok (SI)

Organizing Committee / Organizacijski odbor: Metka Filipič (prezident / predsednica) Simon Caserman (treasurer / zakladnik) Irena Zajc (secretary / tajnica) Branka Javornik Damjan Glavač Irena Mlinarič-Raščan Mojca Stražišar

Informacije / Information: Metka Filipič Nacionalni inštitut za biologijo, Ljubljana Tel: +386 1 257 38 48 e-mail: [email protected] http://www.sgd.si/ Genetika 2006

WELCOME TO GENETIKA 2006

The congress Genetika 2006, which is organized by Genetic Society of Slovenia (GSS) and The Slovenian Society of Human Genetics (SSHG) is the foremost meeting of the Slovenian genetics community and is held every three years. The first congress of GSS was in 1997 and it contributed considerably to the promotion of genetics in Slovenia and laid down solid foundations for the future activities of the Society. Three years later the second congress of GSS was organized and was named Genetika 2000. The congress was a great success as it reached high »scientific ex- cellence« and the participation nearly doubled. In addition the year 2000 was an important year for geneticists since the sequencing of human genome was completed giving good reason for celebration. The congress Genetika 2003 was marked by 50th anniversary of momentous discovery of the structure of DNA as well as with the rapid advances of »-omic« research. This was clearly reflected through excellent congress contributions and organisation of an even today very actual round table on ethical questions in genetics. The tangible impact of the advances in genetics in particular in genomic science and biotechnology will make at- tendance at Genetika 2006 essential for genetic scientists as well as for health professionals, toxicologists, biotech- nologists and alike. Genetika 2006 reflects rapid research advances of Slovenian geneticists, which can be seen form excellent contributions divided into seven thematic sessions. The broad scope of the congress will enable the participants to meet and exchange views and experience with colleges from Slovenia and numerous other countries. More than 130 contributions will be presented as invited lectures, oral and poster presentations. Particularly out- standing is the young researchers contest for the »Golden Chromosome« Award that is being presented by the GSS. We look forward to their presentations! We would like to thank the members of Programme and Organizing committees for their contribution to the prepa- ration of the sound scientific programme and enjoyable meeting. The sponsors' contributions have made the event possible and they are gratefully acknowledged. Finally, we thank all the congress participants for their valuable contribution to the scientific recognition and success of Genetika 2006. Welcome to Genetika 2006! Metka Filipič President of the Organizing committee of Genetika 2006 and President of Genetic Society of Slovenia

Damjan Glavač President of The Slovenian Society of Human Genetics Genetika 2006

DOBRODOŠLI NA GENETIKI 2006

Kongres Genetika 2006, ki ga organizirata Slovensko genetsko društvo (SGD) in Slovensko društvo za humano genetiko (SSHG) je najpomembnejše srečanje slovenskih genetikov in se odvija vsake tri leta. Prvi kongres Slovenskega genetskega društva, ki je bil leta 1997, je odločilno vplival na napredek genetike v Sloveniji in postavil temelje za bodoče aktivnosti društva. Tri leta kasneje je bil organiziran drugi kongres SGD, ki je bil poime - novan Genetika 2000. Kongres je bil zelo uspešen saj je bila dosežena visoka “znanstvena odličnost”, število udeležencev pa se je skoraj podvojilo. Poleg tega je bilo za genetike leto 2000 posebej pomembno, saj je bilo dokončno določeno zaporedje človeškega genoma, kar je bil dober razlog za praznovanje. Kongres Genetika 2003 je obeležila 50. obletnica pomembnega odkritja zgradbe DNA, kot tudi hiter napredek tako imenovanih “-omic” raziskav. To se je jasno izrazilo prek odličnih kongresnih prispevkov in prek organizacije okrogle mize na temo etičnih vprašanj v genetiki, ki je še danes zelo aktualna. Zaradi očitnih vplivov napredka genetike, predvsem genomike in biotehnologije bo navzočnost na Genetiki 2006 zelo pomembna tako za genetike, kot za medicince, toksikologe, biotehnologe in podobne. Genetika 2006 odraža hiter raziskovalni napredek slovenskih genetikov, kar je razvidno iz odličnih prispevkov, ki bodo predstavljeni v se - dmih tematskih skupinah. Širok okvir kongresa bo udeležencem omogočil, da se srečajo in izmenjajo poglede in izkušnje s slovenskimi kolegi in kolegi iz tujine. Več kot 130 prispevkov bo predstavljenih v obliki vabljenih predavanj ter ustnih in posterskih predstavitev. Posebno pomemben je natečaj za mlade raziskovalce za nagrado “Zlati kromosom” , ki jo podeljuje SGD. Veselimo se njihovih predstavitev! Radi bi se tudi zahvalili Programskemu in Organizacijskemu odboru za sodelovanje pri pripravi znanstvenega pro- grama in prijetnega srečanja. Prispevki sponzorjev so dogodek omogočili, zato njim dolgujemo posebno zahvalo. Končno, se zahvaljujemo vsem udeležencem za njihov prispevek k znanstveni prepoznavnosti in uspehu Genetike 2006. Dobrodošli na Genetiki 2006! Metka Filipič Predsednica organizacijskega odbora Genetika 2006 in Predsednica Slovenskega genetskega društva

Damjan Glavač Predsednik Slovenskega društva za humano genetiko

CONGRESS PROGRAMME PROGRAM KONGRESA Genetika 2006

Thursday / Četrtek 28. 9. 2006 10:00 - 18:00 Registration / Registracija

14:00 - 16:00 Genetic Resources and Diversity I / Genetski viri in raznolikost I Chairs / Predsedujoči: Jasna Puizina, Branka Javornik 14:00 - 14:30 Jasna Puizina Understanding meiosis in plants: an integration of cytological and molecular approach. / Razumevanje mejoze pri rastlinah na osnovi citoloških in molekulskih podatkov. University of Split, Split, Croatia 14:30 - 14:50 Branka Javornik Molecular genetic studies in hops. / Molekularne genetske raziskave hmelja. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia 14:50 - 15:05 Jelka Šuštar - Vozlič Slovene autochthonous collection of crisp lettuce (Lactuca sativa L.): morphological and molecular variability, Bremia resistance. / Morfološka in molekulska raznolikost slovenske avtohtone solate (Lactuca sativa L.) ter njena odpornost na solatno plesen. Agricultural Institute of Slovenia, Ljubljana, Slovenia 15:05 - 15:20 Maruša Pompe - Novak Biological diversity of Grapevine fanleaf virus. / Biološka raznovrstnost virusa pahljačavosti listov vinske trte. National Institute of Biology, Ljubljana, Slovenia 15:20 - 15:35 Katja Drobnič The development of a sry assay useful for sex determination in forensic STR multiplex kits. / Razvoj testa sry za določanje spola v forenzičnih kompletih STR. Ministry of the Interior, Ljubljana, Slovenia 15:35 - 15:50 Andreja Ramšak Revealing of population structure in selected jellyfish species using genetic markers. / Razisko- vanje genetske strukture izbranih meduznih vrst z genetskimi markerji. National Institute of Biology, Ljubljana, Slovenia 15:50 - 16:05 Dragomir Kompan Genetic diversity based on pedigree analysis of Slovenian sheep breeds. / Genetska pestrost na osnovi analize porekla pri slovenskih pasmah ovc. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia 16:30 Opening Ceremony / Otvoritvena slovesnost 17:00 Opening Lecture / Otvoritveno predavanje

17:00 Ivan Kreft The Unfinished Story of the Genetics in Slovenia. / Nedokončana zgodba o genetiki pri Slovencih. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia

xii Congress Programme / Program kongresa

18:00 - 20:00 Welcome Reception / Otvoritveni sprejem

Friday / Petek 29. 9. 2006 8:00 - 10:00 Mutagenesis and Genome Environmental Interactions / Mutageneza in medsebojni vplivi genoma in okolja Chairs / Predsedujoči: Bo Lambert, Metka Filipič 8:00 - 8:30 Bo Lambert On the causes and nature of HPRT mutation in human T-cells in vivo. / Vzroki in narava HPRT mutacije v človeških T-celicah in vivo. The Karolinska Institute, Sweden 8:30 - 8:50 Paola Fortini Decreased efficiency of Base Excision Repair in terminally differentiated muscle cells. / Zmanjšana učinkovitost baznega izrezovalnega popravljana v končno diferenciranih mišičnih celicah. Istituto Superiore di Sanità, Rome, Italy 8:50 - 9:10 Raffaella Corvi Alternative test methods in genotoxicity and carcinogenicity. / Alternativne testne metode za ugotavljanje genotoksičnosti in karcinogenosti. European Commission Joint Research Centre, Ispra, Italy 9:10 - 9:30 Tamara Lah Autocrine and paracrine effects of downregulation of lysosomal protease genes in normal and neoplastic cells - review. / Autokrini in parakrini učinki znižanja izražanja genov lizosomskih proteaz v normalnih in neoplastičnih celicah - pregled. National Institute of Biology, Ljubljana, Slovenia 9:30 - 9:45 Francizca Ferk Antioxidant and free radical scavenging activities of sumac (Rhus coriaria) and identification of gallic acid as its active principle. / Antioksidativne lastnosti in sposobnost prestrezanja prostih radikalov ruja (Rhus coriaria) ter identifikacija galne kisline kot aktivne učinkovine. Medical University of Vienna, Vienna, Austria 9:45 - 10:00 Ninoslav Djelić Mechanisms of genotoxic and mutagenic effects of hormones. / Mehanizmi genotoksičnega in mutagenega delovanja hormonov. University of Belgrade, Belgrade, Serbia 10:00 - 10:30 Coffe break / Odmor 10:30 - 12:30 Genomic Technologies I / Genomske tehnologije I Chairs / Predsedujoči: Simon Horvat, Mojca Narat 10:30 - 11:00 Calvin L. Keeler, Jr. Microarray technology and its use in studying avian innate immunity. / Tehnologija mikromrež in njena uporaba pri raziskavah prirojene imunosti pri pticah. University of Delaware, Newark, Delaware, USA

xiii Genetika 2006

11:00 - 11:20 Teresa Lettieri DNA Microarray Technology: Application to Ecotoxicology. / Tehnologija DNA mikromrež: uporaba v ekotoksikologiji. European Commission Joint Research Centre, Ispra, Italy 11:20 - 11:40 Kristina Gruden Towards better understanding of plant-pathogen / pests interactions - Expression profiling as a tool in systems biology. / Analiza interakcij med rastlino in patogenom oz. škodljivcem - ekspresijsko profiliranje kot orodje sistemske biologije. National Institute of Biology, Ljubljana, Slovenia 11:40 - 12:00 Boris Zagradišnik Application possibilities for multiplex ligation dependent probe amplification (MLPA). / Aplika- cijske možnosti metode pomnoževanja od ligacije odvisnih sond (MLPA). Maribor Teaching Hospital, Maribor, Slovenia 12:00 - 12:15 Jernej Jakše Comparative genetic and sequence analyses of asparagus BACs reveal no microsynteny with onion or rice. / Primerjalna genetska in sekvenčna analiza umetnih bakterijskih kromosomov (BAC) šparglja v primerjavi s čebulo in rižem potrjuje neohranjeno zaporedje genov na mikro nivoju. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia 12:15 - 12:30 Andreas Jarrin Recent developments in real-time PCR- The Eppendorf Mastercycler EP realplex. / Najnovejši razvoj pri PCR v realnem času - The Eppendorf Mastercycler EP. Eppendorf AG, Hamburg, Germany 12:30 - 14:00 Lunch & Poster view / Kosilo & ogled posterjev 14:00 - 16:00 Bioinformatics and Biostatistics / Bioinformatika in biostatistika Chairs / Predsedujoči: Gregor Anderluh, Milena Kovač 14:00 - 14:30 Jure Piškur How did Saccharomyces yeasts evolve to become good brewers? / Kako so se razvijale kvasovke Saccharomyces, da so postale dobre pivovarke? Lund University, Lund, Sweden 14:30 - 14:50 Blaž Zupan Computational Phenomics. / Računska fenomika. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia 14:50 - 15:05 Uroš Petrovič Combination of mutant and expression data to predict the molecular mechanism of action of perturbations to yeast cells. / Kombiniranje podatkov o rasti mutant in o izražanju genov za napovedovanje molekulskih mehanizmov delovanja perturbacij na celice kvasovke. Jožef Stefan Institute, Ljubljana, Slovenia

xiv Congress Programme / Program kongresa

15:05 - 15:25 Milena Kovač Teoretical aspects - Statistical analysis from crossbreeding schemes. / Teoretična izhodišča - Statistična analiza podatkov iz križanj. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia 15:25 - 15:45 Špela Malovrh Genetic evaluation for litter size in swine by joint purebred and crossbred data. / Genetsko vre - dnotenje velikosti gnezda na podatkih čistopasemskih in hibridnih prašičev. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia 15:45 - 16:00 Andreja Komprej Heritability estimates for milk traits with regression models in dairy sheep in Slovenia. / Ocene heritabilitet za lastnosti mlečnosti s pomočjo regresijskih modelov pri mlečnih ovcah v Sloveniji. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia 16:00 - 16:30 Coffe break / Odmor 16:30 - 18:45 Golden Chromosome / Zlati kromosom

16:30 - 16:40 Gašper Berginc DHPLC based method using mononucleotide repeats and pentaplex PCR for rapid and accurate analysis of microsatellite instability in colorectal cancer. / Metoda na osnovi tehnologije DHPLC in uporabe mononukleotidnih tandemskih ponovitev ter multiple PCR za hitro in zanesljivo analizo mikrosatelitne nestabilnosti pri kolorektalnem raku. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia 16:40 - 16:50 Emanuela Boštjančič Molecular characterization of erythropoietic protoporphyria (EPP) in Slovenia - identification of novel mutations in the ferrochelatase gene. / Molekularna karakterizacija eritropoetske protoporfirije v Sloveniji - odkritje novih sprememb v genu za ferokelatazo. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia 16:50 - 17:00 Matej Butala Temperature dependent colicin K synthesis. / S temperaturo uravnana sinteza kolicina K. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia 17:00 - 17:10 Pablo Hirschegger Cytogenetical and Morphological Studies of Novel Great Headed Garlic (Allium sp.) Accessions. / Citogenetske in morfološke raziskave novih akcesij poletnega luka (Allium sp.). University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia 17:10 - 17:20 Sebastijan Hobor Genetic variations of the horse kappa casein gene (Csn3) and comparative genomics approach to study conserved regions. / Genetska variabilnost kapa kazeinskega gena (Csn3) pri konju in pristop primerjalne genomike za študij ohranjenih področji. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia

xv Genetika 2006

17:20 - 17:30 Irena Hreljac Genotoxicity of organophosphorous pesticides correlates with the induction of DNA damage responsive genes. / Genotoksičnost organofosfatnih pesticidov korelira z indukcijo izražanja genov, ki se odzovejo na poškodbe DNA. National Institute of Biology, Ljubljana, Slovenia 17:30 - 17:40 Jana Jelerčič Microsatellite marker for homozygosity testing of Mimulus aurantiacus. / Testiranje homozi - gotno sti pri vrsti Mimulus aurantiacus s pomočjo microsatelitnega markerja. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia 17:40 - 17:50 Peter Kozmus Genetic characterization of bumblebees (Hymenoptera: Apidae) in Slovenia. / Genetska karakterizacija čmrljev (Hymenoptera: Apidae) v Sloveniji. National Institute of Biology, Ljubljana, Slovenia 17:50 - 18:00 Miha Lavrič Molecular characterization of chicken immunocompetent cell response to Mycoplasma synoviae haemagglutinins. / Molekularna karakterizacija odziva kokošjih imunsko zmožnih celic na prisotnost hemaglutininov izoliranih iz bakterije Mycoplasma synoviae. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia 18:00 - 18:10 Marko Maras Characterization of Slovene common bean genetic resources by molecular, biochemical and morphological markers. / Karakterizacija slovenskih genskih virov navadnega fižola z molekulskimi, biokemijskimi in morfološkimi markerji. Agricultural Institute of Slovenia, Ljubljana, Slovenia 18:10 - 18:20 Suzana Mesojednik Transfection efficiency of electrically-assisted gene delivery to tumors is tumor type and time dependent. / Učinkovitost vnosa genov v tumorje s pomočjo elektroporacije in vivo je odvisna od tipa tumorja in časovnega intervala. Institute of Oncology Ljubljana, Slovenia 18:20 - 18:30 Vid Mlakar DNA microarrays and hereditary eye diseases. / DNA čipi in dedne očesne bolezni. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia 18:30 - 18:40 Andrej Razpet The construction of bovine-human synteny map using available mapped bovine markers. / Izdelava karte sintenije med govedom in človekom na osnovi razpoložljivih označevalcev na genomu goveda. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia 18:40 - 18:50 Matjaž Simončič Physiological and microarray analyses of cholesterol homeostasis in the polygenic mouse model of obesity. / Fiziološke analize in analize mikromrež homeostaze holesterola pri poligenem modelu miši za debelost. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia

xvi Congress Programme / Program kongresa

18:50 - 19:00 Mojca Stražišar Sporadic and familial CJD in Slovenia: molecular classification and characterisation. / Sporadične in družinske oblike CJD v Sloveniji: molekularna klasifikacija in karakterizacija. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia

Saturday / Sobota, 30. 9. 2006 8:00 - 10:00 Biotechnology / Biotehnologija Chairs / Predsedujoči: Zsusza Bo˝sze, Peter Dovč 8:00 - 8:30 Mathias Müller Studying human pathogens in animal models: Fine tuning a humanized mouse. / Študij človeških patogenov z živalskimi modeli: natančno prirejena humanizirana miš. University of Natural Resources and Applied Life Sciences, Tulln, Austria 8:30 - 8:50 Peter Dovč Molecular mechanisms involved in the regulation of lactoprotein gene expression. / Molekulski mehanizmi, ki vplivajo na uravnavanje izražanja laktoproteinskih genov. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia 8:50 - 9:10 Zsusza Bo˝sze Transgenic rabbits as models for producing biologically active human recombinant proteins. / Transgeni kunci kot model za proizvodnjo biološko aktivnih rekombinantnih človeških proteinov. Agricultural Biotechnology Center, Gödöllo˝, Hungary 9:10 - 9:30 Oscar R: Burrone Genetic vaccines for B-cell lymphomas. / Genetske vakcine za B celične limfome. International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology, Trieste, Italy 9:30 - 9:45 Matic Legiša Increased productivity of recipient commercial micro-organisms after the insertion of modified pfkA gene from Aspergillus niger. / Povečanje produktivnosti komercialnih mikroorganizmov po vnosu spremenjenega pfkA gena glive Aspergillus niger. National Institute of Chemistry, Ljubljana, Slovenia 9:45 - 10:00 Francesca Caloni Alternative methods to animal use and 3Rs in veterinay toxicology. / Alternativne metode za nadomeščnje uporabe živali in 3R v veterinarski toksikologiji. University of Milan, Milan, Italy 10:00 - 10:30 Coffe break / Odmor

xvii Genetika 2006

10:30 - 12:30 Pharmacogenomics / Farmakogenomika Chairs / Predsedujoči: Xavier Gidrol, Irena Mlinarič-Raščan 10:30 - 11:00 Xavier Gidrol Integration of genome-wide data to infer genetic networks. / Povezovanje genomskih podatkov za izgradnjo genetskih mrež. CEA / DSV-Service de Génomique Fonctionnelle Genopole, d’Evry, France 11:00 - 11:20 Irena Mlinarič - Raščan Pharmacogenomic approaches in novel drug discovery. / Farmakogenomika v procesu razvoja novih zdravil. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia 11:20 - 11:40 Miho Ohsugi The chromokinesin kid specifically safeguards early stage embyonic cleavages. / Kromokinezin kid specifično varuje cepitve v zgodnji embrionalni fazi. University of Tokyo, Tokyo, Japan 11:40 - 11:55 Mateja Lopuh Influence of 118 A>G polymorphism in the OPRM1 gene on the treatment efficiency with transdermal fentanyl. / Vpliv polimorfizma 118A>G v genu za OPRM1 na učinkovitost zdravljenja bolečine s fentanilom v transdermalnem obližu. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia 11:55 - 12:10 Barbara Ostanek Gilbert’s syndrome in Slovenian population - a new case of a (TA)8 allele in the UGT1A1 gene promoter in Caucasians. / Gilbertov sindrom v slovenski populaciji - nov primer alela (TA)8 v promotorju gena za UGT1A1 pri Kavkazijcih. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia 12:10 - 13:00 Lunch / Kosilo

13:00 - 15:30 Genomic Technologies II / Genomske tehnologije II Chairs / Predsedujoči: Damjan Glavač, Uroš Potočnik 13:00 - 13:30 Paolo Gasparini Mapping and cloning of disease genes - past and present. / Mapiranje in kloniranje bolezenskih genov - preteklost in sedanjost. University of Trieste, Trieste, Italy 13:30 - 13:55 Ioannis M Stylianou Mining Gene Expression, Proteomics and Haplotypes for Complex Trait Genes. / Integrirana uporaba podatkov genoma (haplotipov), transkriptoma in proteoma za študije kompleksnih lastnosti. The Jackson Laboratory, Bar Harbor, USA 13:55 - 14:15 Maja Čemažar Electrogene therapy of cancer. / Elektrogenska terapija raka. Institute of Oncology, Ljubljana, Slovenia

xviii Congress Programme / Program kongresa

14:15 - 14:35 Zlatko Trajanoski Can Molecular Mechanisms be Revealed by Large-Scale Expression Profiling? / Ali je možno odkrivati molekularne mehanizme z obsežnim prerezom prek izražanja genov? Graz University of Technology, Graz, Austria 14:35 - 14:55 Uroš Potočnik Gene discovery in Inflammatory bowel diseases- lessons for complex diseases? / Odkrivanje genov za kronične vnetne črevesne bolezni - model za genetske študije kompleksnih bolezni? University of Maribor, Maribor, Slovenia 14:55 - 15:10 Alenka Erjavec - Škerget The use of subtelomeric FISH, MLPA and CGH to investigate chromosomal rearrangements associated with mental retardation. / Uporaba subtelomerne FISH, MLPA in PGH za iskanje kromosomskih sprememb pri idiopatski duševni manjrazvitosti. Maribor Teaching Hospital, Maribor, Slovenia 15:10 - 15:25 Denis Lobidel Ultra-High Throughput SNP Analysis with Beckman Coulter’s GenomeLab SNPstream Genotyping System. / Ultra-visoko zmogljivostna analiza z Beckman Coulter’s GenomeLab SNPstream sistemom za genotipizacijo. Beckman Coulter, UK 15:25 - 16:00 Coffe break / Odmor 16:00 - 18:30 Genetic Diseases I / Genetske bolezni I Chairs / Predsedujoči: Metka Ravnik-Glavač, Giorgio Stanta 16:00 - 16:20 Giorgio Stanta New strategies for molecular medicine development. / Nove strategije na področju razvoja molekularne medicine. University of Trieste, Trieste, Italy 16:20 - 16:40 Metka Ravnik - Glavač Genetic screening of microsatellite instability in colorectal cancer. / Genetsko presejanje mikrosatelitno nestabilnega kolorektalnega raka. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia 16:40 - 17:00 Nina Canki - Klain Clinical, genetic and epidemiologic characteristics of major limb girdle muscular dystrophies (LGMDS). / Klinične, genetske in epidemiološke značilnosti najbolj pomembnih obročastih mišičnih distrofij (limb-girdle muscular dystrophies - LGMDS). Zagreb University Medical School, Zagreb, Croatia 17:00 - 17:20 Gordana Petruševska Evaluation of Her2 gene status in breast cancer by chromogenic in situ hybridization. / Ocena statusa Her2 gena pri raku dojke z kromogeno in situ hibridizacijo. Medical Faculty, Skopje, R. Macedonia

xix Genetika 2006

17:20 - 17:40 Martina Jarc Vidmar Rare mutations of the VMD2 gene in Slovenian families with Best’s vitelliform macular dystrophy. / Redke mutacije gena VMD2 pri slovenskih družinah z Bestovo viteliformno makularno distrofijo. Eye Clinic, Medical Centre Ljubljana, Slovenia 17:40 - 18:00 Martina Witsch - Baumgartner Population genetics of the Smith-Lemli-Opitz syndrome. / Populacijska genetika Smith-Lemli- Optiz-ovega sindroma. Medical University Innsbruck, Insbruck, Austria 18:00 - 18:15 Hackemi Zeraia NCodeTM miRNA Analysis platform identifies miRNA biomarkers in Colon cancer. / Analitska platforma NCodeTM miRNA identificira miRNA biomarkerje pri raku črevesa. Invitrogen Corporation, Inchinnan, Scotland, UK 18:15 - 19:00 Redna letna skupščina Slovenskega društva za humano genetiko 20:00 Congress Dinner / Svečana večerja

Sunday / Nedelja, 01. 10. 2006 8:30 - 11:00 Genetic Diseases II / Genetske bolezni II Chairs / Predsedujoči: Matija Peterlin, Nadja Kokalj-Vokač 8:30 - 9:00 Matija Peterlin Central tolerance and AIRE: mutations in APECED patients. / Splošna toleranca do lastnih antigenov in avtoimunska regulacija: mutacije pri bolnikih z avtoimunskimi endokrinološkimi boleznimi (APECED). University of California San Francisco, San Francisco, USA 9:00 - 9:20 Peter M. Kroisel A rare variant of Tietz Syndrome. / Redka variacija Tietz - ovega sindroma. University of Greifswald, Greifswald, Germany 9:20 - 9:40 Anamarija Meglič The molecular diagnostics in children with hereditary hematuria: the differential diagnostic questions and ethical dilemmas in clinical practise. / Molekularnogenetska analiza pri otrocih z dednimi hematurijami: diferencialno diagnostična vprašanja in etične dileme v klinični praksi. Medical Centre Ljubljana, Ljubljana, Slovenia 9:40 - 10:00 Rubens Jovanović Evaluation of telomerase activity in patients with chronic B lymphocytic leukemia versus age matched controls. Correlation between the telomerase activity and bone marrow infiltration. / Ocena telomerazne aktivnosti pri pacientih s kronično B limfatično levkemijo proti kontrolni skupini. Korelacija med telomerazno aktivnostjo in infiltracijo kostnega mozga. Medical Faculty, Skopje, R. Macedonia

xx Congress Programme / Program kongresa

10:00 - 10:15 Mirna Štabuc - Šilih Rare VSX1 gene variations in sporadic and hereditary keratoconus patients. / Redke variacije v genu VSX1 pri sporadični in dedni obliki keratukonusa. University Clinical Centre Ljubljana, Ljubljana, Slovenia. 10:15 - 10:30 Ksenija Geršak X chromosome mosaicism in women with premature ovarian failure and recurrent pregnancy loss. / Mozaicizem kromosoma X pri ženskah s prezgodnjo menopavzo in s ponavljajočimi splavi. University Clinical Centre, Ljubljana, Slovenia 10:30 - 10:45 Špela Stangler Herodež Molecular - genetics and molecular-cytogenetics methods in diagnosis of hereditary motor and sensory neuropathy (HNSN) type 1A. / Molekularno-genetske in molekularno-citogenetske tehnike pri diagnostiki mišično senzorne nevropatije (HMSN) tipa 1A. Maribor Teaching Hospital, Maribor, Slovenia 10:45 - 11:00 Marina Mencinger Genetic testing for cystic fibrosis. / Genetsko testiranje za cistično fibrozo pri odraslih bolnikih. The University Clinic of Pulmonary and Allergic Diseases Golnik, Golnik, Slovenia 11:00 - 11:30 Coffe break / Odmor 11:30 - 12:40 Genetic Resources and Diversity II / Genetski viri in raznolikost II Chairs / Predsedujoči: Levente Emo˝dy, Darja Žgur-Bertok 11:30 - 12:00 Levente Emo˝dy Evolution of Escherichia coli virulence. / Evolucija virulence bakterije Escherichia coli. University of Pécs, Pécs, Hungary 12:00 - 12:20 Darja Žgur - Bertok Heterogeneity in expression of the Escherichia coli colicin K activity gene cka is controlled by the SOS system, LexA binding affinity, and stochastic factors. / Izražanje gena kolicina K pri bakteriji Escherichia coli je nadzorovano s sistemom SOS, afiniteto vezave proteina LexA in stohastičnimi faktorji. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia. 12:20 - 12:40 Ines Mandić - Mulec Functional and structural polymorphism of a quorum sensing system in Bacillus subtilis strains isolated from a soil aggregate. / Funkcijska in strukturna variabilnost komunikacijskega sistema talnih izolatov Bacillus subtilis. University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia 12:40 - 13:20 Zaključno predavanje / Closing lecture

12:40 Steve Busby Transcriptional regulation in bacteria revisited. / Uravnavanje transkripcije pri bakterijah. University of Birmingham, Birmingham, United Kingdom 13:20 Closing remarks / Zaključek kongresa

xxi

TABLE OF CONTENTS KAZALO Genetika 2006

Table of Contents / Kazalo

Lectures / Predavanja

Opening Lecture / Otvoritveno predavanje ...... 17

Ivan Kreft; The Unfinished Story of the Genetics in Slovenia. / Nedokončana zgodba o genetiki pri Slovencih...... 19

Closing lecture / Zaključno predavanje ...... 21

Steve Busby; Transcriptional regulation in bacteria revisited. / Uravnavanje transkripcije pri bakterijah...... 23

Genetic Resources I / Genetski viri I ...... 25

Jasna Puizina; Understanding meiosis in plants: an integration of cytological and molecular approach. / Razumevanje mejoze pri rastlinah na osnovi citoloških in molekulskih podatkov...... 26

Branka Javornik; Molecular genetic studies in hops. / Molekularne genetske raziskave hmelja...... 27

Jelka Šuštar - Vozlič; Slovene autochthonous collection of crisp lettuce (Lactuca sativa L.): morphological and molecular variability, Bremia resistance. / Morfološka in molekulska raznolikost slovenske avtohtone solate (Lactuca sativa L.) ter njena odpornost na solatno plesen...... 28

Maruša Pompe - Novak; Biological diversity of Grapevine fanleaf virus. / Biološka raznovrstnost virusa pahljačavosti listov vinske trte...... 29

Katja Drobnič; The development of a sry assay useful for sex determination in forensic STR multiplex kits. / Razvoj testa sry za določanje spola v forenzičnih kompletih STR...... 30

Andreja Ramšak; Revealing of population structure in selected jellyfish species using genetic markers. / Raziskovanje genetske strukture izbranih meduznih vrst z genetskimi markerji...... 31

Dragomir Kompan; Genetic diversity based on pedigree analysis of Slovenian sheep breeds. / Genetska pestrost na osnovi analize porekla pri slovenskih pasmah ovc...... 32

2 Table of Contents / Kazalo

Mutagenesis and Genome Environmental Interactions / Mutageneza in medsebojni vplivi genoma in okolja ...... 33

Bo Lambert; On the causes and nature of HPRT mutation in human T-cells in vivo. / Vzroki in narava HPRT mutacije v človeških T-celicah in vivo...... 34

Paola Fortini; Decreased efficiency of Base Excision Repair in terminally differentiated muscle cells. / Zmanjšana učinkovitost baznega izrezovalnega popravljana v končno diferenciranih mišičnih celicah...... 35

Raffaella Corvi; Alternative test methods in genotoxicity and carcinogenicity. / Alternativne testne metode za ugotavljanje genotoksičnosti in karcinogenosti...... 36

Tamara Lah; Autocrine and paracrine effects of downregulation of lysosomal protease genes in normal and neoplastic cells - review. / Autokrini in parakrini učinki znižanja izražanja genov lizosomskih proteaz v normalnih in neoplastičnih celicah - pregled...... 37

Francizca Ferk; Antioxidant and free radical scavenging activities of sumac (Rhus coriaria) and identification of gallic acid as its active principle. / Antioksidativne lastnosti in sposobnost prestrezanja prostih radikalov ruja (Rhus coriaria) ter identifikacija galne kisline kot aktivne učinkovine...... 38

Ninoslav Djelić; Mechanisms of genotoxic and mutagenic effects of hormones. / Mehanizmi genotoksičnega in mutagenega delovanja hormonov...... 39

Genomic Technologies I / Genomske tehnologije I ...... 41

Calvin L. Keeler, Jr.; Microarray technology and its use in studying avian innate immunity. / Tehnologija mikromrež in njena uporaba pri raziskavah prirojene imunosti pri pticah...... 42

Teresa Lettieri; DNA Microarray Technology: Application to Ecotoxicology. / Tehnologija DNA mikromrež: uporaba v ekotoksikologiji...... 43

Kristina Gruden; Towards better understanding of plant-pathogen / pests interactions - Expression profiling as a tool in systems biology. / Analiza interakcij med rastlino in patogenom oz.škodljivcem - ekspresijsko profiliranje kot orodje sistemske biologije...... 44

Boris Zagradišnik; Application possibilities for multiplex ligation dependent probe amplification (MLPA). / Aplikacijske možnosti metode pomnoževanja od ligacije odvisnih sond (MLPA)...... 45

3 Genetika 2006

Jernej Jakše; Comparative genetic and sequence analyses of asparagus BACs reveal no microsynteny with onion or rice. / Primerjalna genetska in sekvenčna analiza umetnih bakterijskih kromosomov (BAC) šparglja v primerjavi s čebulo in rižem potrjuje neohranjeno zaporedje genov na mikro nivoju...... 46

Andreas Jarrin; Recent developments in real-time PCR- The Eppendorf Mastercycler EP realplex. / Najnovejši razvoj pri PCR v realnem času - The Eppendorf Mastercycler EP...... 47

Bioinformatics and Biostatistics / Bioinformatika in biostatistika ...... 49

Jure Piškur; How did Saccharomyces yeasts evolve to become good brewers? / Kako so se razvijale kvasovke Saccharomyces, da so postale dobre pivovarke? ...... 50

Blaž Zupan; Computational Phenomics. / Računska fenomika...... 51

Uroš Petrovič; Combination of mutant and expression data to predict the molecular mechanism of action of perturbations to yeast cells. / Kombiniranje podatkov o rasti mutant in o izražanju genov za napovedovanje molekulskih mehanizmov delovanja perturbacij na celice kvasovke...... 52

Milena Kovač; Teoretical aspects - Statistical analysis from crossbreeding schemes. / Teoretična izhodišča - Statistična analiza podatkov iz križanj...... 53

Špela Malovrh; Genetic evaluation for litter size in swine by joint purebred and crossbred data. / Genetsko vrednotenje velikosti gnezda na podatkih čistopasemskih in hibridnih prašičev...... 54

Andreja Komprej; Heritability estimates for milk traits with regression models in dairy sheep in Slovenia. / Ocene heritabilitet za lastnosti mlečnosti s pomočjo regresijskih modelov pri mlečnih ovcah v Sloveniji...... 55

Golden Chromosome / Zlati kromosom ...... 57

Gašper Berginc; DHPLC based method using mononucleotide repeats and pentaplex PCR for rapid and accurate analysis of microsatellite instability in colorectal cancer. / Metoda na osnovi tehnologije DHPLC in uporabe mononukleotidnih tandemskih ponovitev ter multiple PCR za hitro in zanesljivo analizo mikrosatelitne nestabilnosti pri kolorektalnem raku...... 58

4 Table of Contents / Kazalo

Emanuela Boštjančič; Molecular characterization of erythropoietic protoporphyria (EPP) in Slovenia - identification of novel mutations in the ferrochelatase gene. / Molekularna karakterizacija eritropoetske protoporfirije v Sloveniji - odkritje novih sprememb v genu za ferokelatazo...... 59

Matej Butala; Temperature dependent colicin K synthesis. / S temperaturo uravnana sinteza kolicina K...... 60

Pablo Hirschegger; Cytogenetical and Morphological Studies of Novel Great Headed Garlic (Allium sp.) Accessions. / Citogenetske in morfološke raziskave novih akcesij poletnega luka (Allium sp.)...... 61

Sebastijan Hobor; Genetic variations of the horse kappa casein gene (Csn3) and comparative genomics approach to study conserved regions. / Genetska variabilnost kapa kazeinskega gena (Csn3) pri konju in pristop primerjalne genomike za študij ohranjenih področji...... 62

Irena Hreljac; Genotoxicity of organophosphorous pesticides correlates with the induction of DNA damage responsive genes. / Genotoksičnost organofosfatnih pesticidov korelira z indukcijo izražanja genov, ki se odzovejo na poškodbe DNA...... 63

Jana Jelerčič; Microsatellite marker for homozygosity testing of Mimulus aurantiacus. / Testiranje homozigotnosti pri vrsti Mimulus aurantiacus s pomočjo microsatelitnega markerja. . . .64

Peter Kozmus; Genetic characterization of bumblebees (Hymenoptera: Apidae) in Slovenia. / Genetska karakterizacija čmrljev (Hymenoptera: Apidae) v Sloveniji...... 65

Miha Lavrič; Molecular characterization of chicken immunocompetent cell response to Mycoplasma synoviae haemagglutinins. / Molekularna karakterizacija odziva kokošjih imunsko zmožnih celic na prisotnost hemaglutininov izoliranih iz bakterije Mycoplasma synoviae...... 66

Marko Maras; Characterization of Slovene common bean genetic resources by molecular, biochemical and morphological markers. / Karakterizacija slovenskih genskih virov navadnega fižola z molekulskimi, biokemijskimi in morfološkimi markerji...... 67

Suzana Mesojednik; Transfection efficiency of electrically-assisted gene delivery to tumors is tumor type and time dependent. / Učinkovitost vnosa genov v tumorje s pomočjo elektroporacije in vivo je odvisna od tipa tumorja in časovnega intervala...... 68

Vid Mlakar; DNA microarrays and hereditary eye diseases. / DNA čipi in dedne očesne bolezni...... 69

5 Genetika 2006

Andrej Razpet; The construction of bovine-human synteny map using available mapped bovine markers. / Izdelava karte sintenije med govedom in človekom na osnovi razpoložljivih označevalcev na genomu goveda...... 70

Matjaž Simončič; Physiological and microarray analyses of cholesterol homeostasis in the polygenic mouse model of obesity. / Fiziološke analize in analize mikromrež homeostaze holesterola pri poligenem modelu miši za debelost...... 71

Mojca Stražišar; Sporadic and familial CJD in Slovenia: molecular classification and characterisation. / Sporadične in družinske oblike CJD v Sloveniji: molekularna klasifikacija in karakterizacija...... 72

Biotechnology / Biotehnologija ...... 73

Mathias Müller; Studying human pathogens in animal models: Fine tuning a humanized mouse. / Študij človeških patogenov z živalskimi modeli: natančno prirejena humanizirana miš...... 74

Peter Dovč; Molecular mechanisms involved in the regulation of lactoprotein gene expression. / Molekulski mehanizmi, ki vplivajo na uravnavanje izražanja laktoproteinskih genov...... 75

Zsusza Bo˝sze; Transgenic rabbits as models for producing biologically active human recombinant proteins. / Transgeni kunci kot model za proizvodnjo biološko aktivnih rekombinantnih človeških proteinov...... 76

Oscar R. Burrone; Genetic vaccines for B-cell lymphomas. / Genetske vakcine za B celične limfome...... 77

Matic Legiša; Increased productivity of recipient commercial micro-organisms after the insertion of modified pfkA gene from Aspergillus niger. / Povečanje produktivnosti komercialnih mikroorganizmov po vnosu spremenjenega pfkA gena glive Aspergillus niger...... 78

Francesca Caloni; Alternative methods to animal use and 3Rs in veterinay toxicology. / Alternativne metode za nadomeščnje uporabe živali in 3R v veterinarski toksikologiji...... 79

Pharmacogenomics / Farmakogenomika ...... 81

Xavier Gidrol; Integration of genome-wide data to infer genetic networks. / Povezovanje genomskih podatkov za izgradnjo genetskih mrež...... 82

6 Table of Contents / Kazalo

Irena Mlinarič - Raščan; Pharmacogenomic approaches in novel drug discovery. / Farmakogenomika v procesu razvoja novih zdravil...... 83

Miho Ohsugi; The chromokinesin kid specifically safeguards early stage embyonic cleavages. / Kromokinezin kid specifično varuje cepitve v zgodnji embrionalni fazi...... 84

Mateja Lopuh; Influence of 118 A>G polymorphism in the OPRM1 gene on the treatment efficiency with transdermal fentanyl. / Vpliv polimorfizma 118A>G v genu za OPRM1 na učinkovitost zdravljenja bolečine s fentanilom v transdermalnem obližu...... 85

Barbara Ostanek; Gilbert’s syndrome in Slovenian population - a new case of a (TA)8 allele in the UGT1A1 gene promoter in Caucasians. / Gilbertov sindrom v slovenski populaciji - nov primer alela (TA)8 v promotorju gena za UGT1A1 pri Kavkazijcih...... 86

Genomic Technologies II / Genomske tehnologije II ...... 87

Paolo Gasparini; Mapping and cloning of disease genes - past and present. / Mapiranje in kloniranje bolezenskih genov - preteklost in sedanjost...... 88

Ioannis M Stylianou; Mining Gene Expression, Proteomics and Haplotypes for Complex Trait Genes. / Integrirana uporaba podatkov genoma (haplotipov), transkriptoma in proteoma za študije kompleksnih lastnosti...... 89

Maja Čemažar; Electrogene therapy of cancer. / Elektrogenska terapija raka...... 90

Zlatko Trajanoski; Can Molecular Mechanisms be Revealed by Large-Scale Expression Profiling? / Ali je možno odkrivati molekularne mehanizme z obsežnim prerezom prek izražanja genov? ...... 91

Uroš Potočnik; Gene discovery in Inflammatory bowel diseases- lessons for complex diseases? / Odkrivanje genov za kronične vnetne črevesne bolezni - model za genetske študije kompleksnih bolezni? ...... 92

Alenka Erjavec - Škerget; The use of subtelomeric FISH, MLPA and CGH to investigate chromosomal rearrangements associated with mental retardation. / Uporaba subtelomerne FISH, MLPA in PGH za iskanje kromosomskih sprememb pri idiopatski duševni manjrazvitosti...... 93

7 Genetika 2006

Denis Lobidel; Ultra-High Throughput SNP Analysis with Beckman Coulter’s GenomeLab SNPstream Genotyping System. / Ultra-visoko zmogljivostna analiza z Beckman Coulter’s GenomeLab SNPstream sistemom za genotipizacijo...... 94

Genetic Diseases I / Genetske bolezni I ...... 95

Giorgio Stanta; New strategies for molecular medicine development. / Nove strategije na področju razvoja molekularne medicine...... 96

Metka Ravnik - Glavač; Genetic screening of microsatellite instability in colorectal cancer. / Genetsko presejanje mikrosatelitno nestabilnega kolorektalnega raka...... 97

Nina Canki - Klain; Clinical, genetic and epidemiologic characteristics of major limb girdle muscular dystrophies (LGMDS). / Klinične, genetske in epidemiološke značilnosti najbolj pomembnih obročastih mišičnih distrofij (limb-girdle muscular dystrophies - LGMDS)...... 98

Gordana Petruševska; Evaluation of Her2 gene status in breast cancer by chromogenic in situ hybridization. / Ocena statusa Her2 gena pri raku dojke z kromogeno in situ hibridizacijo...... 99

Martina Jarc Vidmar; Rare mutations of the VMD2 gene in Slovenian families with Best’s vitelliform macular dystrophy. / Redke mutacije gena VMD2 pri slovenskih družinah z Bestovo viteliformno makularno distrofijo...... 100

Martina Witsch - Baumgartner; Population genetics of the Smith-Lemli-Opitz syndrome. / Populacijska genetika Smith-Lemli-Optiz-ovega sindroma...... 101

Hackemi Zeraia; NCodeTM miRNA Analysis platform identifies miRNA biomarkers in Colon cancer. / Analitska platforma NCodeTM miRNA identificira miRNA biomarkerje pri raku črevesa...... 102

Genetic Diseases II / Genetske bolezni II ...... 103

Matija Peterlin; Central tolerance and AIRE: mutations in APECED patients. / Splošna toleranca do lastnih antigenov in avtoimunska regulacija: mutacije pri bolnikih z avtoimunskimi endokrinološkimi boleznimi (APECED)...... 104

Peter M. Kroisel; A rare variant of Tietz Syndrome. / Redka variacija Tietz - ovega sindroma...... 105

8 Table of Contents / Kazalo

Anamarija Meglič; The molecular diagnostics in children with hereditary hematuria: the differential diagnostic questions and ethical dilemmas in clinical practise. / Molekularnogenetska analiza pri otrocih z dednimi hematurijami: diferencialno diagnostična vprašanja in etične dileme v klinični praksi...... 106

Rubens Jovanović; Evaluation of telomerase activity in patients with chronic B lymphocytic leukemia versus age matched controls. Correlation between the telomerase activity and bone marrow infiltration / Ocena telomerazne aktivnosti pri pacientih s kronično B limfatično levkemijo proti ”age matched” kontrolni skupini. Korelacija med telomerazno aktivnostjo in infiltracijo kostnega mozga...... 107

Mirna Štabuc - Šilih; Rare VSX1 gene variations in sporadic and hereditary keratoconus patients. / Redke variacije v genu VSX1 pri sporadični in dedni obliki keratukonusa...... 108

Ksenija Geršak; X chromosome mosaicism in women with premature ovarian failure and recurrent pregnancy loss. / Mozaicizem kromosoma X pri ženskah s prezgodnjo menopavzo in s ponavljajočimi splavi...... 109

Špela Stangler Herodež; Molecular - genetics and molecular-cytogenetics methods by diagnosis of hereditary motor and sensory neuropathy (HNSN) type 1A. / Molekularno-genetske in molekularno-citogenetske tehnike pri diagnostiki mišično senzorne nevropatije (HMSN) tipa 1A...... 110

Marina Mencinger; Genetic testing for cystic fibrosis. / Genetsko testiranje za cistično fibrozo pri odraslih bolnikih...... 111

Genetic Resources and Diversity II / Genetski viri in raznolikost II ...... 113

Levente Emo˝dy; Evolution of Escherichia coli virulence. / Evolucija virulence bakterije Escherichia coli...... 114

Darja Žgur - Bertok; Heterogeneity in expression of the Escherichia coli colicin K activity gene cka is controlled by the SOS system, LexA binding affinity, and stochastic factors. / Izražanje gena kolicina K pri bakteriji Escherichia coli je nadzorovano s sistemom SOS, afiniteto vezave proteina LexA in stohastičnimi faktorji...... 115

Ines Mandić - Mulec; Functional and structural polymorphism of a quorum sensing system in Bacillus subtilis strains isolated from a soil aggregate. / Funkcijska in strukturna variabilnost komunikacijskega sistema talnih izolatov Bacillus subtilis...... 116

9 Genetika 2006

Posters / Postri ...... 118

Genetic Resources and Diversity / Genetski viri in raznolikost ...... 119

P 01 Jerneja Ambrožič Avguštin; Emergence of the low-level quinolone resistance mediating gene aac(6')-Ib-cr in Slovenia. / Pojavljanje gena aac(6')-Ib-cr, ki posreduje nizko odpornost proti kinolonom v Sloveniji...... 120

P 02 Dunja Bandelj; Isolation of Dinucleotide Microsatellite Sequences in Common Fig (Ficus carica L.). / Izolacija dinukleotidnih mikrosatelitnih zaporedij fige (Ficus carica L.)...... 121

P 03 Rebeka Lucijana Berčič; Horizontal Gene Transfer Between Mycoplasma synoviae and Mycoplasma gallisepticum. / Horizontalni prenos genov med Mycoplasmo synoviae in Mycoplasmo gallisepticum...... 122

P 04 Marko Cotman; Prion protein polymorphisms genotyping in Slovenian autochtonous sheep breeds. / Določanje polimorfizmov prionskega proteina PrnP pri Slovenskih avtohtonih pasmah ovac...... 123

P 05 Tine Grebenc; Are Croatian and Altaic sibirea - the same species? / Ali sta hrvaška in altajska sibireja – isti vrsti? ...... 124

P 06 Tine Grebenc; Identification and molecular diversity assessment of native truffles species (Tuber spp.) from Slovenia compared to material from herbaria. / Identifikacija in ugotavljanje molekularne pestrosti pri rodu gomoljik (Tuber spp.) v Sloveniji, v primerjavi z referenčnim herbarijskim materialom...... 125

P 07 Jernej Jakše; Development of EST Derived SSR Markers for Mapping of the Hop Genome (Humulus lupulus L.). / Razvoj EST pridobljenih SSR markerjev za mapiranje hmeljnega genoma (Humulus lupulus L.)...... 126

P 08 Tatjana Kavar; Response to drought stress in leaves of common bean (Phaseolus vulgaris L.). / Odziv na sušni stres v listih navadnega fižola (Phaseolus vulgaris L.)...... 127

P 09 Barbara Kraigher; Microbial Community Structure and Phylogenetic Composition in The Soils of the Ljubljana Marsh. / Struktura in filogenetska sestava mikrobnih združb v tleh ljubljanskega barja...... 128

P 10 Špela Malovrh; Pedigree analysis of Krškopolje pig population. / Analiza porekla v populaciji krškopoljskih prašičev...... 129

10 Table of Contents / Kazalo

P 11 Vladimir Meglič; Plant genetic resources programme for food and agriculture in Slovenia. / Program ohranjanja genskih virov kmetijskih rastlin v sloveniji...... 130

P 12 Vladimir Meglič; “Plants for the future” - European vision for plant genomics and biotechnology. / "Plants for the future” - Evropska vizija rastlinske genomike in biotehnologije...... 131

P 13 Marjana Pučko; Establishment of a European Information System on Forest Genetic Resources (EUFGIS). / Vzpostavitev evropskega informacijskega sistema o gozdnih genskih virih (EUFGIS)...... 132

P 14 Sebastjan Radišek; Assessment of genetic variation among Verticillium albo-atrum isolates by using molecular markers and virulence testing. / Ocena genetske variabilnosti med izolati glive Verticillium albo-atrum z uporabo molekularnih markerjev in določanjem virulence...... 133

P 15 Katarina Rudolf Pilih; Microsatellite markers in phylogenetic and fingerprinting analyses of potato (Solanum tuberosum L.). / Uporaba mikrosatelitnih markerjev za identifikacijo in filogenetske analize krompirja (Solanum tuberosum L.)...... 134

P 16 Biljana Simonovik; Reports on successful genetic recombination within genus Sambucus and complex genetic evaluation of interspecific hybrids and individual species. / Uspela križanja med vrstami rodu Sambucus in kompleksno genetsko izvrednotenje križancev ter posameznih speciesov...... 135

P 17 Marjanca Starčič Erjavec; Virulence factors in Escherichia coli strains isolated from UTI in Slovenia / Virulentni dejavniki sevov bakterije Escherichia coli, izoliranih iz bolnikov z okužbo sečil v Sloveniji...... 136

P 18 Simona Sušnik; Genetic and morphological characterization of lake Ohrid endemic salmonids. / Genetska in morfološka karakterizacija endemičnih vrst salmonidov v Ohridskem jezeru...... 137

P 19 Nataša Štajner; The standardization and comparison of results obtained by microsatellite marker analysis. / Standardizacija in primerjava rezultatov analiz mikrosatelitske variabilnosti...... 138

P 20 Darja Žgur-Bertok; High prevalence of multidrug resistance and random distribution of mobile genetic elements among uropathogenic Escherichia coli (UPEC) of the four major phylogenetic groups. / Pogostnost pojavljanja odpornosti proti večjemu številu antibiotikov in naključna razporeditev mobilnih genetskih elementov med uropatogenimi sevi Escherichia coli (UPEC) znotraj štirih filogenetskih skupin...... 139

11 Genetika 2006

Mutagenesis and Genome Environmental Interactions / Mutageneza in medsebojni vplivi genoma in okolja ...... 141

P 21 Borut Jerman, Ciprofloxacin induces bacteriocin synthesis in Escherichia coli. / Ciprofloksacin inducira sintezo bakteriocinov bakterije Escherichia coli...... 142

P 22 Dragana Mitić-Ćulafić; Protective effect of plant antioxidants against oxidative DNA damage and mutagenesis in prokaryotic and eukaryotic in vitro test systems. / Zaščitni učinki rastlinskih antioksidantov pred nastankom oksidativnih poškodb DNA in mutagenezi v prokarionntskih in eukariontskih in vitro testih sistemih...... 143

P 23 Janja Plazar; Modified Comet Assay for detecting genotoxic and antigenotoxic effects in human and rat precision-cut liver slices. / Modificirani test komet za merjenje genotoksičnih in antigenotoksičnih učinkov v človeških in podganjih rezinah jeter...... 144

P 24 Biljana Spremo-Potparević; Induced Adaptive Survival Response by Cycloheximide in cells exposed to Mytomicin C and Taxol Lead to Genomic Instability. / S cikloheksimidom induciran adaptivni preživetveni odziv celic izpostavljenih mitomicinu C in taksolu povzroči genomsko nestabilnost...... 145

P 25 Branka Vuković-Gačić; Detection of antigenotoxic effect of basil (Ocimum basilicum L.) with microbial short-term tests. / Ugotavljanje antigenotoksičnih učinkov bazilike (Ocimum basilicum L.) z mikrobnimi kratkotrajnimi testi...... 146

P 26 Irena Zajc; Selective cytotoxicity of xanthohumol for normal and cancer cells. / Selektivna citotoskičnost ksantohumola za normalne in rakave celice...... 147

P 27 Bojana Žegura; Cytotoxic and genotoxic effects of microcystin-LR in different cell lines. / Citotoksično in genotoksično delovanje mikrocistina-LR pri različnih celičnih linijah...... 148

Genomic Technologies / Genomske tehnologije ...... 149

P 28 Pio D’Adamo; A new high-throughput SNPs genotyping service is available in Trieste. / Nov center za SNPs genotipizacijo v Trstu...... 150

P 29 Alenka Grošel; Effect of electrogene therapy with p53 alone and in combination with electrochemotherapy using cisplatin on survival of human prostatic carcinoma cells. / Vpliv elektrogenske terapije s p53 v kombinaciji z elektrokemoterapijo s cisplatinom na preživetje humanega raka prostate...... 151

12 Table of Contents / Kazalo

P 30 Simona Kranjc; Enchanced electrically assisted plasmid DNA delivery to LPB tumours using collagenase and hyaluronidase pre-treatment of tumours. / Elektroporacija poveča vnos plazmidne DNA v tumorje LPB po predhodnem tretiranju tumorjev s kolagenazo in hialuronidazo...... 152

P 31 Marija Kurinčič; Mechanisms of erythromycin and ciprofloxacin resistance in Campylobacter jejuni and C. coli from different sources. / Mehanizmi odpornosti bakterij Campylobacter jejuni in C. coli iz različnih virov proti eritromicinu in ciprofloksacinu...... 153

P 32 Teresa Lettieri; DNA Microarray Technology: Application to Ecotoxicology. / Tehnologija DNA mikromrež: uporaba v ekotoksikologiji...... 154

P 33 Zala Prevoršek; Fine genetic mapping of QTLs on mouse chromosome 15 in the polygenic model of obesity using bioinformatics tools. / Natančnejše genetsko kartiranje kvantitativnih lokusov na kromosomu 15 pri poligenem mišjem modelu debelosti z uporabo bioinformacijskih metod...... 155

P 34 Gregor Tevž; Successful DNA electrotransfer into murine skeletal muscle. / Uspešna in vivo transfekcija genov z elektroporacijo v mišjo skeletno mišico...... 156

Bioinformatics and Biostatistics / Bioinformatika in biostatistika ...... 157

P 35 Vasco Augusto Pilão Cadavez; Estimation of genetic parameters for test-day milk records of the first lactation Churra Galega Bragançana ewes using random regression animal model. / Ocena genetskih parametrov za meritve količine mleka na kontrolni dan iz prve laktacije ovc pasme Churra Galega Bragançana z modelom živali z naključno regresijo...... 158

P 36 Darja Čop Sedminek; Herd management and information system. / Informacijski sistem pri uravnavanju črede...... 159

P 37 Tina Flisar; Genetic parameters for body weight in divergently selected lines of chickens. / Genetski parametri za telesno maso pri dvosmerno selekcioniranih linijah kokoši...... 160

P 38 Gregor Gorjanc; The R Genetics Project: Bioconductor for Genetics. / Projekt R Genetics: Biokonduktor za genetiko...... 161

P 39 Betka Logar; Genotype by environment interaction for yield traits in Slovenian Holstein cattle using reaction norms. / Vrednotenje interakcije genotip okolje za lastnosti mlečnosti pri črno-beli pasmi z uporabo reakcijske norme...... 162

13 Genetika 2006

P 40 Petra Kozjak; Structural motifs of disease resistance gene analogs from hop Humulus lupulus L. / Strukturni motivi analogov genov za odpornost proti škodljivim organizmom pri hmelju Humulus lupulus L...... 163

P 41 Mojca Simčič; Genetic parameters for growth of charolais calves. / Genetski parametri za telesno maso pri teletih šarole pasme...... 164

P 42 Marija Špehar; Estimation of genetic parameters for milk traits in cattle using test day records in Croatia. / Vrednotenje genetskih parametrov za lastnosti mlečnosti na kontrolni dan pri kravah na Hrvaškem...... 165

Biotechnology / Biotehnologija ...... 167

P 43 Polona Frajman; Regulation of bovine κ-casein gene expression. / Uravnavanje izražanja gena za κ-kazein pri govedu...... 168

P 44 Helena Motaln; The role of Raidd during mammary gland development. / Vloga gena Raidd med razvojem mlečne žleze...... 169

P 45 Barbara Piškur; Molecular detection and identification of Eutypella parasitica, the causal agent of Eutypella canker of maples. / Molekularna detekcija in identifikacija glive Eutypella parasitica, povzročiteljice javorovega raka...... 170

P 46 Aleksandra Usenik; Insertion of mutated truncated pfkA gene from Aspergillus niger into Escherichia coli. / Vnos mutiranega krajšega gena pfkA iz glive Aspergillus niger v bakterijo Escherichia coli...... 171

Pharmacogenomics / Farmakogenomika ...... 173

P 47 Jernej Murn; Genome-wide expression profiling of B lymphocyte receptor activation. / Analiza diferencialne ekspresije genov po aktivaciji antigenskega receptorja limfocitov B...... 174

Genetic Diseases / Genetske bolezni ...... 175

P 48 Branka Korošec; The role of the ATP2A3 gene in the development of different malignant tumours. / Vloga gena ATP2A3 pri razvoju različnih malignih tumorjev...... 176

P 49 Maruša Debeljak; Genetic diagnostics of hemophilia A. / Genetska diagnostika hemofilije A...... 177

P 50 Polonca Ferk; Genetics of polycystic ovary syndrome- a role of VNTR in the INS gene. / Genetika sindroma policističnih jajčnikov- vloga polimorfizma VNTR v genu INS...... 178

14 Table of Contents / Kazalo

P 51 Marija-Jedrt Mandelc; Determination of del(13) in multiple myeloma by cIg-FISH. / cIg-FISH postopek določanja del(13) pri plazmacitomu...... 179

P 52 Barbara Mlinar; A study of Pro12Ala and C1431T polymorphisms in PPARG gene in patients with polycystic ovary syndrome. / Analiza polimorfizmov Pro12Ala in C1431T v genu PPARG pri bolnicah s sindromom policističnih jajčnikov...... 180

P 53 Nives Pećina-Šlaus; Genetic changes of the wnt pathway components found in brain tumors. / Genetske spremembe komponent WNT poti v možganskih tumorjih...... 181

P 54 Alenka Prijatelj; Frequency of some Recurrent Chromosomal aberrations in CLL patients. / Pojavnost nekaterih ponavljajočih kromosomskih sprememb pri slovenskih bolnikih s KLL...... 182

P 55 Mirjam Stopar Obreza; 5p duplication syndrome: a rare multiple congenital anomaly-retardation syndrome caused by so far unpublished partial duplication (5) (p15.2-p12) combined with partial deletion (5) (pter-p15.31). / Sindrom duplikacije 5p: redek malformacijsko-retardacijski sindrom povzročen z doslej še neopisano delno duplikacijo (5) (p15.2-p12) in sočasno delecijo (5) (pter-p15.31)...... 183

P 56 Andreja Zagorac; Contemporary methods in prenatal genetic diagnostics. / Sodobne metode prenatalne genetske diagnostike...... 184

List of Participants / Seznam vdeležencev ...... 185 Authors Index / Abecedni seznam avtorjev ...... 199

OPENING LECTURE UVODNO PREDAVANJE Genetika 2006

Ivan Kreft Department of Agronomy, Biotechnical faculty, University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia

Date and place of birth: 23 November 1941, Novo mesto, Slovenija Bachelor's degree: 1965 University of Ljubljana, Department of Agronomy, 1968 Genetics and plant physiology: University of Lund, Sweden Master's degree: 1968 Genetics: University of Lund, Sweden Doctor's degree: 1972 University of Ljubljana, Biotechnical Faculty, Department of Agronomy From 1983: Professor of Genetics, Biotechnical faculty, University of Ljubljana. 1992 - 1993: visiting professor at Kyoto University, Department for Doctoral Studies. From 2001: associated member of the Slovenian Academy of Science and Arts. From 2003: full member of the Slovenian Academy of Science and Arts. Awards: 1997 – Golden Award of University of Ljubljana 1997 – Honorary member of Ukrainan Academy of science and higher education 2001 – Honorary visiting professorship at Shanxi University, Biotechnology Department, Taiyuan, China 2002 – Jesenko Award of Biotechnical Faculty, University of Ljubljana 2005 – Ministry of Science and Education Award »Ambasador znanosti« Selected publications: - Škrabanja, V, Kreft, I. Resistant starch formation following autoclaving of buckwheat (Fagopyrum esculentum Moench) groats. An in vitro study. J. agric. food chem., 1998, 46, 2020-2023. - Škrabanja, V., Liljeberg, H. G. M., Hedley, C. L., Kreft, I., Björck, I. M. E. Influence of genotype and processing on the in vitro rate of starch hydrolysis and resistant starch formation in peas (Pisum sativum L.). J. agric. food chem., 1999, 47, 2033-2039. - Kreft, S, Knapp, M, Kreft, I. Extraction of rutin from buckwheat (Fagopyrum esculentum Moench) seeds and determination by capillary electrophoresis. J. agric. food chem., 1999, 47, 4649-4652. - Kreft, S, Štrukelj, B, Gaberščik, A, Kreft, I. Rutin in buckwheat herbs grown at different UV-B radiation levels: comparison of two UV spectrophotometric and an HPLC method. J. Exp. Bot., 2002, 53, 1801-1804. - Fabjan, N, Rode, J, Košir, IJ, Wang, Z, Zhang, Z, Kreft, I. Tartary buckwheat (Fagopyrum tataricum Gaertn.) as a source of dietary rutin and quercitrin. J. agric. food chem., 2003, 51, 6452-6455.

18 polovici dvajsetegastoletja)priSlovencih,kisodelovalidomaalivtujini. Pri predavanjubopredstavljenihtudinekajdrugihposebnostizgodnjegarazvojagenetike(spoudarkomnaprvi znanstvenikom, kijedelovalodŠkofjeLokedoDunaja,Pariza doRusijeinmendatudiodŠvedske doEgipta. Pri Slovencihjerazvojgenetikepovezanzmnogimispornimivprašanji.ZačenjasežessamimFranomJesenkom, Biotehniška fakulteta, UniverzavLjubljani,Ljubljana,Slovenija (mainly thoseinthefirsthalfof20 spread fromŠkofjaLokatoVienna,Paris toRussia,andfromSwedenEgypt.Aswellotherearlydevelopments Among Slovenians,geneticswasinvolvedinmanycontroversies.ItstartedwithFranJesenko;hisworkspace Biotechnical Faculty, UniversityofLjubljana,Slovenia Ivan THE UNFINISHEDSTORY OFTHEGENETICSINSLOVENIA Ivan Kref NEDOKONČANA ZGODBAOGENETIKIPRISLOVENCIH abroad, ispresentedinthelecture. Kreft t th century) ingeneticsSlovenia,andbySlovenianscientistsworking Opening Lecture/Uvodnopredavanje 19

28.9.06 - 17:00

CLOSING LECTURE ZAKLJUČNO PREDAVANJE Genetika 2006

Stephen John Williams Busby School of Biochemistry/Biosciences, University of Birmingham, United Kingdom

Date and place of birth: 5 March 1951, Oldham, UK 1969-1972 – BA Sidney Sussex College, Cambridge 1972-1975 – PhD Department of Biochemistry University of Oxford 1975-1979 – Post-doc Pasteur Institute, Paris 1979-1980 – Fogarty Visiting Associate Laboratory of Molecular Biology, National Cancer Institute, National Institute of Health, Bethesda, Maryland, USA 1980-1983 – Staff Scientist, Pasteur Institute, Paris 1983-1988 – Lecturer, Department of Biochemistry, University of Birmingham 1988-1990 – Senior Lecturer, School of Biochemistry, University of Birmingham 1990-1995 – Royal Society Research Fellow and Reader in Biochemistry 1995-present – Professor, School of Biochemistry/Biosciences, University of Birmingham 2000-2002 – Dean of Science, University of Birmingham 2002-2004 – Dean of Life and Health Sciences, University of Birmingham RECENT PUBLICATIONS (since 2005) - Spreadbury, C, Pallen, M, Overton, T, Behr, M, Mostowy, S, Spiro, S, Busby, S & Cole, J (2005) Point mutations in the DNA- and cNMP-binding domains of the homologue of the cAMP receptor protein in Mycobacterium bovis BCG: implications for the inactivation of a global regulator and strain attenuation. Microbiology 151 547-556 - Kovacs, A., Rakhely, G, Browning, D, Fulop, A, Maroti, G, Busby, S & Kovacs, K (2005) An FNR-type regulator controls the anaerobic expression of Hyn hydrogenase in Thiocapsa roseopersicina. J. Bacteriol. 187 2618-2627 - Browning, D, Grainger, D, Beatty, C, Wolfe, A, Cole, J & Busby, S (2005) Integration of three signals at the Es- cherichia coli nrf promoter: a role for Fis protein in catabolite repression. Molecular Microbiology 57 496-510 - Grainger, D, Busby, S, Hurd, D, Holdstock, J & Harrison, M (2005) How do bacteria turn their genes on and off? Genetic Engineering News 25 46-47 - Grainger, D, Hurd, D, Harrison, M, Holdstock, J & Busby, S (2005) Studies of the distribution of Escherichia coli cAMP receptor protein and RNA polymerase along the E. coli chromosome. Proc Natl Acad Sci USA 102 17693-17698

22 Closing lecture / Zaključno predavanje

TRANSCRIPTIONAL REGULATION IN BACTERIA REVISITED

Steve Busby University of Birmingham, School of Biosciences, UK

The expression of most bacterial genes is principally regulated at the level of the initiation of transcription. The contributions of promoter elements, sigma factors and transcription factors to this regulation at simple promoters are 1.10.06 - 12:40 well understood. It is now appreciated that many promoters are directly regulated by several transcription factors. I will present recent work that elucidates some of the mechanisms by which the contributions of different factors are integrated at complex promoters. In some cases, nucleoid-associated proteins play an essential role in this integration. Recent advances that reveal the distribution of transcription factors across bacterial genomes will be discussed.

Viri/References: Browning, D & Busby, S (2004) The regulation of bacterial transcription initiation. Nature Reviews Microbiology 2 57-65 Grainger, D, Hurd, D, Harrison, M, Holdstock, J & Busby, S (2005) Studies of the distribution of Escherichia coli cAMP receptor protein and RNA polymerase along the E. coli chromosome. Proc Natl Acad Sci USA 102 17693-17698

GENETIC RESOURCES I GENETSKI VIRI I 28.9.06 - 14:00 standing ofthekeymeioticeventsinvolvedinrecombinationandDNArepairArabidopsisthaliana. consequences oftheirmutations.Thispresentationwillfocusonrecentworkthatiscontributingtoabetterunder- in contrasttoyeastandmammals,wherefunctionalanalysesofmeioticgenesarefrequentlyhamperedbythelethal fecting meioticgenesusuallydonottriggeracell-cyclecheckpoint,soallstagesofaberrantmeiosiscanbestudied, of meiosisanditscontrolinplants.Particularly advantageousfeatureofmeiosisanalysesinisthatmutations af- with improvedtechniquesofmolecularcytogeneticsandimmunogeneticshavegreatlyourunderstanding based onbothforwardandreversegeneticapproach,publiclyavailablecollectionsofmutants,incombination such anintegratedapproach.Thecompletesequenceofitsgenome,genesidentificationandcharacterization asamodelplantsystem,verywellamenableto of plantmeiosis.Thesituationhaschangedbytheadoption sources havenotbeenavailableforanintegrationofcytological,geneticandmolecularapproachestotheanalysis cytologically foroveracentury,andmanymeioticmutantshavebeenisolateddescribed,untilrecentlythere- mosome transmissionandgeneticrecombination.Althoughtheprocessofmeiosisinhigherplantshasbeenstudied replication followedbytwosuccessivenucleardivisionsleadstothechromosomenumberreduction,accuratechro- crossing over,recombinationanddisjunctionofhomologueschromosomescytokinesis.AsingleroundDNA Meiosis isacomplexmultistepprocessthatincludeschromosomepairing,synaptonemalformationand Teslina12, 21000Split Department ofBiology, Faculty ofNaturalSciences,MathematicsandEducation,UniversitySplit, Jasna APPROACH UNDERSTANDING ANINTEGRATION MEIOSISINPLANTS: OFCYTOLOGICAL ANDMOLECULAR Genetika 2006 Puizina 26 Branka Javornik MOLEKULARNO GENETSKERAZISKAVE HMELJA the assessmentofgeneticvariabilityandgenomemappinganalysisQTLmarkers. Damson aphid).Wepresentareviewonourresearchworkthedevelopmentofhopmolecularmarkers, directed towardsimprovinghopquality(resincontent)andresistancetobioticstresses(Verticillium wiltandhop or introgressionbymeansofhopgenomemapping,marker-assistedselectionand/orcloning.Majoreffortis research isrationaluseofthegeneticdiversityavailablefromhopgermplasmcollection,andgeneincorporation studies havebeensetupinordertoassistthehopbreedingprogramatSIHRB.Themainapproachofgenetic portance of“regional”hopbreedingandtheadaptationvarietiestospecificgrowingconditions.Hopgenetic varieties, fourofwhichoccupythemajorityhopfieldsinSlovenia.Suchavarietalstructureemphasizesim- oriented towardsexport.TheSlovenianInstituteforHopResearchandBrewing(SIHRB)hasreleasedelevenhop Hop growinghasatraditionofmorethan100yearsinSlovenia,andthereissignificantagriculturalproduction University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, Jamnikarjeva 101,1000Ljubljana,Slovenia Branka MOLECULAR GENETICSTUDIESOFHOPS pogojujejo visokovsebnostalfakislinterodpornostnahmeljevouvelost. banki. Predstavljeni bodorezultatikartiranjagenomahmeljazanatančnejšoopredelitevgenskihdejavnikov,ki proučevanje hmeljaterrezultativrednotenjagenskevariabilnostikolekcijehmeljnihgenotipovinakcesijvgenski učinkovitejšemu žlahtnjenjunovihsorthmelja.Kratkobodoopisanemetodemolekulskihmarkerjevrazviteza V člankusopredstavljenemolekularnogenetskeraziskavehmelja,kibileopravljeneznamenomprispevatik Univerza vLjubljani,Biotehničnafakulteta, Jamnikarjeva 101,1000Ljubljana,Slovenija Javornik Genetic ResourcesI/Genetskiviri 27

28.9.06 - 14:30 28.9.06 - 14:50 bolezni bibilovprihodnje potrebnozasnovatiposebenžlahtniteljski program. za odpornostlahkopričakujemo vsajprinekaterihvirih.Zapovečanje odpornostislovenskihvirovsolate proti tejpomembni pri testiranju.Vendar sobilikljubtemunekateriviriodporniin/alidelnonaspecifične rase,karkaženato,dagen je bilo,dabilavečinagenskihvirovsolate, vključenevtestiranje,občutljivanavseh12raspatogena,kismojihuporabi Šuštar-Vozlič J. intrideset genskihvirovizSRGBsmotestirali tudinaodpornostprotisolatniplesni( in fenološkospomočjoUPOVdeskriptorjev zasolato(TG13/8).Tri letasmoocenjevaliinvrednotili38parametrov.Pet- viri ozkosorodni.Znamenomproučevanja izvorasorte‘Ljubljanskaledenka’smodelgenskihvirovovrednotilitudimorfološko Uporabili smokombinaciješestihzačetnih oligonukleotidov.Rezultatiklasteranalizesopokazali,daposameznigenski V toraziskavosmovključilitudi17genskihvirov‘Ljubljanskeledenke’,kijih dobili oddrugihgenskihbankposvetu. vanje genetskeraznolikostizbirkeslovenskeavtohtonesolatesmovraziskavozAFLP markerjivključili138genskihvirov. Nekatere sorte,kiizvirajoiznje,sovključenetudivSkupnikatalogsortEvropskeunije kot‘LaibacherEis’2,3in4.Zapr letih prejšnjegastoletja.Večina virovjeuvrščenihvtipkrhkolistnihsolat.Najboljpoznanamednjimi‘Ljubljanska ledenk banki kmetijskihrastlin(SRGB)hranimoskupno170genskihvirovsolate,kisobili pridobljenizzbiranjemvdevetdesetih V stoletjihpridelovanjasosevSlovenijirazvileštevilneavtohtonesortesolate.Slovenski rastlinskigenskibanki–gensk Šuštar-Vozlič J. SATIVA MORFOLOŠKA INMOLEKULSKA RAZNOLIKOST SLOVENSKEAVTOHTONE SOLATE ( in ordertoimproveresistanceagainstthisimportantpathogentheSlovenelettucegermplasm. genotypes thegene(s)ofrace-specificitycanbeexpected.Infutureabreedingprogrammeshoulddesigned resistance and/orincompletetothespecificraceswasrecorded.Thisisshowingthatatleastinsome Regel.). Themajorityofaccessionsweresusceptibletoallthe12racestested.However,insome lecular analysis.Thirtyfiveaccessionswerescreenedforresistancetothelettucedownymildew( eight parameterswereevaluatedinthreesuccessiveyearsandtheresultsaccordancewithofmo- parameters usingUPOVdescriptorsforlettuce(TG13/8)inordertodeterminetheoriginof‘Ljubljanskaledenka’.Thirty tionships amongtheaccessionsstudied.Asetofwasevaluatedalsoformorphologicalandphenological included aswell.Sixprimercombinationswereapplied.Theresultsobtainedbyclusteranalysisrevealedcloserela- analysed usingAFLPmarkers.Seventeenaccessionsof‘Ljubljanskaledenka’fromothergenebanksintheworldwere and 4.WiththeaimtoassessgeneticvariabilityofSlovenelettucecollectionatotal138accessionswere are includedalsointheCommonCatalogueofVarieties oftheEuropeanUnionundersynonyms‘LaibacherEis’2,3 of themarecrisptype.Themostwellknownvarietyis‘Ljubljanskaledenka’,somethevarietiesderivedfromit cessions areincludedthatwereobtainedfromvariouspartsofSloveniaintheninetieslastcentury.Themajority Slovene PlantGenebank(SPGB)-BankofAgriculturalPlantsattheInstituteSlovenia170ac- Numerous autochthonousvarietieshavebeendevelopedduringcenturiesoflettucecultivationinSlovenia.Inthe 3 2 MORPHOLOGICAL ANDMOLECULARVARIABILITY, SLOVENE AUTOCHTHONOUS COLLECTIONOFCRISPLETTUCE( Genetika 2006 3 2 1 1 Czech Republic Palacky University, Faculty ofScience,DepartmentBotany, Šlechtitelu11,78371Olomouc-Holice, Biotehniška fakulteta, Oddelekzaagronomijo,Jamnikarjeva 101,1000Ljubljana,Slovenija Kmetijski inštitutSlovenije,Oddelekzapoljedelstvoinsemenarstvo,Hacquetova 17,1000Ljubljana,Slovenija Czech Republic Palacky University, Faculty ofScience,DepartmentBotany, Šlechtitelu11,78371Olomouc-Holice, Biotechnical Faculty, AgronomyDepartment,Jamnikarjeva 101,1000Ljubljana,Slovenia Agricultural InstituteofSlovenia,CropandSeedScienceDepartment,Hacquetova17,1000Ljubljana,Slovenia L.) TERNJENAODPORNOSTNASOLATNOL.) PLESEN 28 1 1 , UgrinovićK. , UgrinovićK. 1 1 , MarasM. , MarasM. 1 1 , JavornikB. , JavornikB. 2 2 , LebedaA. , LebedaA. BREMIA 3 3 , Petrželová I. , Petrželová I. RESISTANCE Bremia lactucae LACTUCA SATIVA 3 3 , MegličV. , MegličV. Regel.). Ugotovljeno Bremia lactucae 1 1 LACTUCA ouče- L.): a’. li e i Korošec-Koruza Korošec-Koruza 1 Maruša Pompe-Novak BIOLOŠKA RAZNOVRSTNOSTVIRUSAPAHLJAČAVOSTI LISTOV VINSKETRTE 2A gene.Noclearassociationwasapparentbetweensymptomatologyandrestrictotypes. and sequencing.Sequenceanalysisconfirmedmixedinfectiontheoccurrenceofarecombinationeventon plant andtargetgene.TheRNA2ORFsequencewasdeterminedforthenineGFLVisolatesbyIC-RT-PCR,cloning 2Band2CbyIC-RT-PCR-RFLP.their RNA2-encodedgenes2A, Thenumberofrestrictotypesvariedwiththehost we selectedvinesfromseveralvineyardsbasedontheresultsofELISAtestforviruses.Wecharacterized production areemergingassuitablecandidatesforviruscontrol.To studythebiologicaldiversityofGFLV isolates testing andusageofhealthyplantingmaterial.Newstrategies,suchascross-protectionortransgenicgrapevine nismo našlipovezave. Medposameznimirestriktotipiinizražanjembolezenskihznamenj mešane okužbeinrekombinacijovgenu2A. kleotidno zaporedjecelotnegabralnegaokvirjaRNA2.Zanalizamidobljenih nukleotidnihzaporedijsmopotrdili v posameznihrastlinah.ZmetodoIC-RT-PCRindoločanjemnukleotidnegazaporedja smov9izolatihdoločilinu - 2Bin2C),kijihkodiraRNA2. Številorazličnihrestriktotipovsejerazlikovalopriposameznihgenihin gene (2A, rezultatov testiranjaprisotnostirazličnihvirusovzELISAtestom.ZmetodoIC-RT-PCR-RFLP smoanaliziralivsetri zaščita inuporabagenskospremenjenevinsketrte.Trse zaštudijbiološkeraznolikostiGFLVsmoizbralinapodlagi temelji nauporabineokuženegasadilnegamaterialainzatiranjuogorčic, novejšimožnostipastanavzkrižna po vsemsvetuinnavinskitrti( Virus pahljačavostilistovvinsketrte(GFLV)povzročabolezenimenovanokužno izrojevanjevinsketrte,kijerazširjena causes importanteconomiclossesingrapevines( Grapevine fanleafvirus(GFLV)isresponsiblefordegradationdiseasethatspreadallovertheworldand Maruša 3 2 BIOLOGICAL DIVERSITYOF 5 4 3 2 1 5 4 Cornell University, NewYork StateAgriculturalExperimentStation,Geneva,NY14456, USA. Colmar, France National delaRecherche AgronomiqueandUniversitéLouisPasteur, 28ruedeHerrlisheim,68021 Univerza vLjubljani,Biotehničnafakulteta, Jamnikarjeva 101,1000Ljubljana,Slovenija Univerza vNoviGorici,Vipavska 13,5000NovaGorica,Slovenija Nacionalni inštitutzabiologijo,Večna pot111,1000Ljubljana,Slovenija Cornell University, NewYork StateAgriculturalExperimentStation,Geneva,NY14456,USA. Colmar, France National InstituteofAgronomicResearch andLouisPasteur University, 28ruedeHerrlisheim, 68021 University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, Jamnikarjeva 101,1000Ljubljana,Slovenia University ofNovaGorica,Vipavska 13,5000NovaGorica,Slovenia National InstituteofBiology, Večna pot111,1000Ljubljana,Slovenia Pompe-Novak 3 3 , EmmanuelleVigne , EmmanuelleVigne 1 1 , IonGutiérrez-Aguirre , IonGutiérrez-Aguirre Vitis Vitis GRAPEVINE FANLEAF VIRUS L.) povzročavelikoekonomskoškodo.Klasičninačinomejevanjaširjenjavirusa 4 4 , MarcFuchs , MarcFuchs Vitis Vitis 1 1 , JanaVojvoda , JanaVojvoda L.). Classicalwayoflimitingthespreaddiseaseis 5 5 , MajaRavnikar , MajaRavnikar Genetic ResourcesI/Genetskiviri 1 1 , MarjancaBlas , MarjancaBlas 1 1 and NatašaPetrovič in NatašaPetrovič 1 1 , IrmaTomažič , IrmaTomažič 1 1 29 2 2 , Zora , Zora

28.9.06 - 15:05 28.9.06 - 15:20 Vanja Kastelic inKatja Drobnič RAZVOJ TESTA SRYZADOLOČANJESPOLAVFORENZIČNIHKOMPLETIH STR very lowconcentrationofsuchprimersissufficientforpositiveamplification. tems) kitandinPowerPlex 16(Promega) kit.ThenewpairofprimersishighlyspecificfortheSRYgene,sincea when thenewpairofprimerswasaddedtootherinAmpFlSTRSGMPlusAmplification(AppliedBiosys- occurring inmalesamplesonly.TheamplificationoftheSRYgenewithournewpairprimerswassuccessfuleven a male.WedesignednewpairofprimersintheSRYgeneresulting96basedamplificationproduct region Y(SRY).TheSRYgeneislocatedontheY-chromosomeandtriggerseventsthatconvertanembryointo that genderdeterminationbebasedalsoonothersexdeterminingmarkers.Oneofthemisthesex-determining fication wouldindicatethatthemalesuspectisactuallyidentifiedasfemale.Asaresult,itnowrecommended Amel-Y genevariesfrom0,0002%to0,08%.Itthereforefollowsthattheresultofamelogeninampli- PCR kits.Althoughthismethodhasbeenthoughtreliable,itisnowknownthatthefrequencyofdeletion determination isbasedontheamelogeninsextest,whichincludedincommerciallyavailablehumanidentification diagnosis, whereitisassumedthatanunbornmalechildcouldinheritgenedisorder.Inforensicsciencegender Sex determinationisfundamentaltoforensicinvestigation,especiallyinsexualassaultcases,andalsoprenatal Forensic ScienceCentre,MinistryoftheInterior, Ljubljana,Slovenia andKatja Vanja Kastelic MULTIPLEX KITS THE DEVELOPMENTOFASRYASSAY USEFULFORSEXDETERMINATION INFORENSICSTR Genetika 2006 koncentracij omenjenihzačetniholigonukleotidov. par začetniholigonukleotidovjevisokospecifičen,sajsmouspešnopomnožili delgenatudipriuporabizelonizkih uporabili vraziskavi(AmpFlSTRSGMPlusAmplification(AppliedBiosystems) inPowerPlex 16(Promega)). Nov uspešno tudiobprisotnostiostalihzačetniholigonukleotidov,kisodelobeh komercialnihkompletov,kismojih in sepomnožileprimoškihosebah.Pomnoževanja delaenaSRYznovimparomzačetniholigonukleotidovjebilo par začetniholigonukleotidovznotrajgenaSRY, kateregakončniamplifikacijskiproduktjedolgle96baznihparov spola, edenodnjihjetudigenSRY, kijeodgovorenzarazvojmoškihspolnihznakov.Vraziskavosmovpeljalinov za ženskoosebo.Zaraditegasozačeliraziskovalciuporabljatitudidruge genske označevalcezaugotavljanje %. Zaradičesarbipriomenjenihmoškihrezultatipomnoževanjaamelogeninskega genapokazali,dagrevbistvu dokazale, dasevpovprečjuprimoškihpojavljajodelecijetemdeluamelogeninskegagena0,0002%do0,08 kompleti STRševednotemeljinapomnoževanjudelaznotrajintrona1vamelogeninskemgenu,čepravsoraziskave deduje genskoobolenje.Vbiološkihforenzičnihvzorcihugotavljanjespolaskomercialnimiidentifikacijskimi dotakljivost, pravtakopatudipriprenatalnidiagnostiki,vtistihprimerih,kojemožnostdalemoškipotomecpo - Določanje spolaigrapomembnovlogopriforenzičnihpreiskavah,predvsemkaznivihdejanjihzoperspolnone- Center zaforenzičnepreiskave, Ministrstvozanotranjezadeve,Ljubljana,Slovenija 30 Drobnič (NJ) vprogramuMEGA3.1(Kumar rekonstruirali zmetodominimalneevolucije (ME),metodonajvečjevarčnosti(MP)insosedskopridružitveno baznih parovdolgodsekmitohondrijskecitokromCoksidaze(podenotaI).Filogenetske odnosemedhaplotipismo clear distinctionbetweensamplesfromMljetlakeandBalticSeawerefound.Samplesof Katja Stopar RAZISKOVANJE GENETSKESTRUKTUREIZBRANIHMEDUZNIHVRSTZGENETSKIMIMARKERJI studies ongeneticstructureusingnuclearmarkerssuchasmicrosatellitesareinprogress. from theGulfofTrieste. Sea formowngroupwellsupportedbybootstrapvalues(97%),butwithlessseparationsamples 1 1 mony (MP)andNeighborjoining(NJ)usingMEGA3.1software(Kumar product was700bp.PhylogeneticrelationshipswereconductedusingMinimumevolution(ME),Maximumparsi- universal primersLCO1490andHCO2198(Folmer The mitochondrialcytochromeCoxidase(subunitI)wassuccessfullyPCRamplifiedinallthreespeciesusing andaroundMalta.Protocols forthefieldsamplingandisolationofhighmolecularDNAwereoptimized. Adriatic to betterunderstandthesampledpopulations. the BalticSea.Furthermore,somemorphologicalcharacteristicsweremeasuredduringseveralsamplingsinorder the GulfofTrieste andintheBlackSea.Indigenouspopulationsof strukture populacijzjedrnimimarkerji, kotsomikrosateliti. obalnega območjaMalteinsrednjega Sredozemskegamorjatvorijoenotnoskupino.Vtekuještudijgenetske ki jedobropodprtazmetodovezanja (97%), ločitevzvzorciizTržaškega zalivajeslabšepodprta.Mesečinkeiz Mljetskega jezerainvzorciizBaltskega morja.VzorcimorskegaklobukaizČrnegamorjatvorijoenotnoskupino, začetnih oligonukleotidovLCO1490inHCO2198(Folmer ZreakcijoPCRsmovvsehtrehizbranihvrstahmeduzsparom vzorčenje tkivainizolacijovisokomolekularneDNA. med množičnimpojavljanjemvsrednjemJadranuinobalnemobmočju Malte. Optimiziralismoprotokolza opredelili vzorčnepopulacije,smoobvzorčenjuizmerilinekateremorfološkeznačilnosti. Mesečinkajebilavzorčena morju invTržaškem zalivu.UhatiklobučnjakisobilivzorčenivMljetskemjezeruinBaltskem morju.Dabibolje bile vzorčenezaraziskovanjegenetskestrukturetehizbranihvrstmeduz.Morski klobukisobilivzorčenivČrnem morskih klobukov( (Scyphozoa), kiimajovelikvplivnaplanktoninlahkopovzročajolokalnemu ribištvuprecejšnjoškodo.Populacije V zadnjihletihsevobalnihobmočjihsevernegaJadrananeobičajnomnožično pojavljajoklobučnjaškemeduze tiluca causing seriousdamagestothelocalfisheries.Populations of Sea In thelastfewyearsunusualmassivebloomsofscyphozoanjellyfisheswererecordedinNorthernAdriatic 3 2 Katja Stopar MARKERS REVEALING OFPOPULATION STRUCTUREINSELECTEDJELLYFISH SPECIESUSINGGENETIC Molecular MarineBiology andBiotechnology3(5):294-299;-KumarS, Tamura KandNeiM(2004)BriefingsinBioinformatics 5:150- References /Vir: 3 2 Zelena ulica12,SI-9000Murska Sobota,Slovenija Osek 46a,SI-5261,Šempas,Slovenija Nacionalni inštitutzabiologijo,Morska biološka postaja,Fornače41,SI-6330Piran, Slovenija Zelena ulica12,SI-9000Murska Sobota,Slovenia Osek 46a,SI-5261,Šempas,Slovenia National InstituteofBiology, MarineStation,Fornače41,SI-6330Piran, Slovenia were sampledtounderstandgeneticstructureofthesejellyfishes.Populations of 1 1 , MatejBadalič , MatejBadalič -Dawson MN(2004)Hydrobiologia 530/531:249-260;-FolmerO,Black M,HoehW,LutzRandVrijenhoek(1994) Rhizostoma pulmo P. noctiluca 2 2 , MojcaPlantan , MojcaPlantan from the middle Adriatic SeaandaroundMaltaformed thesamegroup.Further from themiddleAdriatic et al ), uhatihklobučnjakov ., 2004).Medvzorciuhatihklobučnjakov jeopaznarazlikamedvzorciiz Pelagia noctiluca 3 3 , AndrejaRamšak , Andreja et al ., 1994;Dawson2004).ThelengthofamplifiedPCR et al Ramšak Rhizostoma pulmo,Aureliaaurita (Aurelia aurita ., 1994;Dawson2004)uspešnonamnožili700 was collectedduringmassivebloominthemiddle A. aurita Genetic ResourcesI/Genetskiviri 1 1 , Alenka Malej , Alenka Malej et al were sampledfromtheMljetlakeand ., 2004).Amongsamplesof ) inmesečik( 1 1 R. pulmo R. pulmo Pelagia noctiluca and were sampledin 31 from theBlack Pelagia noc- A. aurita ) so 163

28.9.06 - 15:35 28.9.06 - 15:50 in BSvboljšempoložaju. Pasmi IPinBPstaogroženipopulaciji,medtemkoJS samicah BS.EFjebilpričakovanonekolikovečjikotEA. polnega porekla.EAzaRPjeznašalod19,2prisamcihin35,5samicah BPdo107,7prisamcihin84,1 pri ovnihBS.Povprečni koeficient sorodstvainkoeficientinbridingastaverjetnoprecejpodcenjenazaradinepo - za registracijonovihživali.EkvivalentštevilaznanihgeneracijživaliRPje bilmed1,38priovnihBPin3,25 rabo samcev.Vsevključenepasmesoimeleprecejnepopolnoporeklo,karje posledicaodprtihrodovniškihknjig nesimetrično porazdelitvijozavelikostdružin.Velika variacijavelikostidružinpriovnihkažena neuravnoteženo standardnim odklonommed0,22in0,47.Ovnisoimelivpovprečjuod4,78 (BS)do8,53potomcev(JS)zzelo ugodnejše priBP(6,91).Velikost družinpoparihjebilamedpasmamipodobna,1,06in 1,17potomcevs rojene vletih2001-2005.Razmerjemedovcamiinovni,kisostaršiRP, jebilonajširšepriIP(10,46)innaj - prednikov (EA)smo,kotmerilapestrosti,izračunalizareferenčnopopulacijo (RP),kisojopredstavljaleživali in 9251živalipriJS.Koeficientasorodstvainbridinga,velikostdružinter efektivnošteviloosnovalcev(EF)in (BS) terjezersko-solčavskaovca(JS).Populacije sorazličnovelike.Poreklo jevključevalomed1020živalipriBP temeljila napoznanemsorodstvumedživalmi:belokranjskapramenka(BP),istrska(IP),bovškaovca Ovčereja imavSlovenijidolgotradicijo.Štiriavtohtonepasmeovcsmovključilištudijogenetskepestrosti,kije Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Oddelekzazootehniko, Domžale,Slovenija Kompan Dragomir GENETSKA PESTROSTNAOSNOVIPOREKLAPRISLOVENSKIHPASMAH OVC have betterstatus. ancestors togenepoolismoreuniforminBSandJS.TheIPBPareendangeredpopulations,whileJS asexpected.Thecontributionof 107.7 inmalesand84.1femalesofBS.TheEFwasslightlyhigherthanEA, biased downwardduetoincompletepedigree.TheEAinRPwasfrom19.2malesand35.5femalesofBP kinshipcoefficientandinbreedingwere was between1.38inBPramsand3.25BSrams.Average books arestillopenforregistrationofnewanimals.EquivalentnumberknowngenerationsanimalsRP family sizeoframsshowedtheunbalancedusagesires.Allbreedshadquiteincompletepedigreesinceallherd- erage from4.78(BS)to8.53offspring(JS)withveryskeweddistributionsforfamilysize.Largevariation across breeds,between1.06and1.17progenywithstandarddeviation0.220.47.Ramshadonav- as parentsofRPwasthewidestinIP(10.46)andmorefavourableBP(6.91).Familysizeforpairssimilar reference populations(RP)whichconsistedofanimalsborninyears2001-2005.Ratiobetweenewesandrams fective numberoffounders(EF),andeffectiveancestors(EA)asdiversitymeasureswerecalculatedfor cluded between1020animalforBPand9251animalsJS.Kinshipinbreedingcoefficients,familysize,ef- Bovec sheep(BS),andtheJezersko-Solčava(JS).Populations areofdifferentsize.Pedigree informationin- study basedonsharedancestryamonganimals:theBelaKrajinaPramenka (BP),theIstrianPramenka (IP),the Sheep breedinghaslongtraditioninSlovenia.Fourindigenoussheepbreedswereincludedthegeneticdiversity University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, ZootehnicalDepartment,Domžale,Slovenia Kompan GENETIC DIVERSITYBASEDONPEDIGREEANALYSIS OFSLOVENIANSHEEPBREEDS Genetika 2006 Dragomir 32 , MalovrhŠpela,Kovač Milena Milena Špela,Kovač , Malovrh MUTAGENESIS MUTAGENEZA 29.9.06 - 8:00 protected frommutagenesis. some theoreticallymutableregionsoftheHPRTshowfewornomutations,suggestingpossibilitythattheyare predicted effectonproteinstructureandfunction.Theyarealsoconsistentwithsequenceconservation.However, notypic effectsontheotherhand.Ourresultsdemonstratethatmostofmutationsareexplainableby the mutableandnon-mutatedaminoacidresiduesononehand,sequenceconservationpredictedphe- indicating generalenvironmentalinfluences.Usingmodellingmethods,wehavestudiedthecorrelationbetween metabolism. However,someremarkabledifferencesinthespectrumofmutationhavealsobeenobserved,possibly lations showoverallsimilaritiessuggestingstrongeffectsofendogenousfactors,probablyassociatedwithnormal berries isassociatedwithlowerMF. Comparisonsofthemolecularspectrummutationbetweendifferentpopu- mutant frequency(MF),whilehighconsumptionofdietaryfactorssuchasgreenleafyvegetables,citrusfruitsand influences onthefrequencyofmutation.IncreasingageandsmokingdoseisassociatedwithincreasingHPRT posures showlittleeffectonthefrequencyofmutationinhealthypeople,age,smokinganddiethavesignificant in T-lymphocytestheperipheralbloodofhealthysubjectanduntreatedcancerpatients.Whileoccupationalex- studied thefrequencyandspectrumofinvivomutationathypoxanthine-phosphoribosyltransferase( Mutation analysiscanprovideinformationongene-environmentinteractionatthecellandmolecularlevel.Wehave The Karolinska Institute,DepartmentofBiosciencesandNutrition,Novum,SE-14157Huddinge,Sweden Bo ON THECAUSESANDNATURE OFHPRTMUTATION INHUMANT-CELLS INVIVO Genetika 2006 Lambert 34 HPRT ) locus * 2 Fortini P. DECREASED EFFICIENCYOFBASEEXCISION REPAIR INTERMINALLY DIFFERENTIATED MUSCLECELLS integrity ofthegenesthatmustbeexpressedfromendogenousandexogenousDNAdamage. repair ofoxidizedAPsitesinducedbyROS.TDmusclecellsmustrelyuponaspecificstrategytopreservethe was reportedinTDcellscomparedtotheirprecursors.Interestingly,LP-BERhasbeenspecificallyinvolvedthe was detectedinTDcellsbyafunctionalassay.AhigherintracellularROSconcentrationand8-oxoguaninelevel section oftheBERstepsweidentifiedadefectinligationstepTDcells.AdecreasedlevelDNALigaseI plasmids containinganAPsite.WeobservedadelayinBERkineticsTDascomparedwithPcells.Byfinedis- to Pcells.BERcapacityandkineticswereanalysedbyincubatingtotalcellextractsfromthetwocellulartypeswith showed areductionintheexpressionlevelsofseveralBERgenesand,particular,LP-BERTDcompared muscle cellsdifferentiatetomyotubes(TD)upongrowthinappropriatemediumcondition.Microarrayanalysis BER. BERcapacitywascomparedinproliferating(P)andterminallydifferentiated(TD)cells.Murinesatellite synthesis intheSP-BERwhileDNApolymerasedelta/epsilonandreplicationauxiliaryproteinsareinvolvedLP- ternative pathways:short-patch(SP-)andlong-patch(LP-)BER.DNApolymerasebetaisresponsiblefortherepair cosylase thatremovesthedamagedbaseleavinganapurinic/apyrimidinic(AP)site.BERproceedsthroughtwoal- Base ExcisionRepair(BER)isthemainrepairmechanismofoxidativeDNAdamage.BERinitiatedbyagly- 1 equally contributedtothiswork Section ofExperimentalCarcinogenesisIstitutoSuperiorediSanità,Rome, Italy Section ofMolecularEpidemiologyIstitutoSuperiorediSanità,Rome, Italy 1* , NarcisoL. 1* , Pajalunga D. 1 , D’ErricoM. 1 , BernardiniC. 2 , CrescenziM. Mutagenesis /Mutageneza 2 and DogliottiE. 35 1

29.9.06 - 8:30 29.9.06 - 8:50 lines toreduceanimalconsumption. of genotoxicitytests.Thecollectionrelevantdatamightbeconsideredasabasisforpossibleamendmentsguide- diction promise ofimprovedspecificity.Considerable fications toexistingprotocolsandcellsystems,reviewtheperformanceofsomenewtestsystemsthatshow 2006. Theparticipantswereinvitedtoreviewdatafromthecurrentavailablesystems,potentialmodi- testing wouldbemorepredictive.Inordertoaddressthisissue,atwodaysworkshopwasheldatECVAMinApril toxicity. Infact,thisleadstoanincreasednumberof R. ALTERNATIVE TESTMETHODSINGEN Genetika 2006 positive rate(lowspecificity)oftheestablished for peerreviewandanESACstatementonthevalidityoftestisforeseenNovember2006.Thehighfalse the retrospectivevalidationof carried outaretrospectivevalidationoftheMicronucleusTest (MNT) Japan, USandEuropefocusesonbothSHEBalb/c3T3assays.Intheareaofgenotoxicity,ECVAMhas on theCellTransformation Assay(CTA).ThisisthefirstECVAMvalidationstudywhichinvolveslaboratoriesfrom in theareaofgenotoxicityandcarcinogenicity.Currently,ECVAMiscoordinatinganinternationalvalidationstudy related tothepromotionandvalidationofalternativemethodsrefine,reducereplaceanimalexperiments Methods (ECVAM)hasestablishedthekeyareagenotoxicity/carcinogenicity.Thefocusesonactivities the of theCosmeticsDirectiveforeseescompletebanonanimaltestingforcosmeticsingredients.Taking intoaccount The newchemicalspolicyREACHrequiresthereassessmentofthousandschemicals,while7 The currentEUpoliticalenvironmenturgentlycallsfortheuseofalternativetestmethodsandtestingstrategies. European CommissionIspra(VA), 21020,Italy European CentrefortheValidation ofAlternativeMethods(ECVAM), IHCP, JointResearch Centreofthe Corvi in vivo in vitro , D. Maurici,T. Hartung methods mostlyinuseregulatorytoxicology,theEuropeanCentreforValidation ofAlternative 36 . Therefore,itbecameclearthatiscrucialtoaddressissuesrelatedthereductionandrefinement in vitro MNT has been submitted to the ECVAM Scientific Advisory Committee(ESAC) MNT hasbeensubmittedtotheECVAMScientificAdvisory in vivo OTOXICITY ANDCARCINOGENICITY in vitro testing isstillrequiredforconfirmationofthegenotoxicpre- in vivo tests stillrepresentsabottleneckintheassessmentofgeno- genotoxicity tests,whichcouldbeavoidedifcurrent in vitro , basedonexistingdata.Thereport th Amendment Tamara Lah NORMALNIH INNEOPLASTIČNIHCELICAH-PREGLED AUTOKRINI INPARAKRINI UČINKIZNIŽANJAIZRAŽANJAGENOVLIZOSOMSKIHPROTEAZ V on geneexpressionandregulationoflysosomalcysteinecathepsinsBLwillbepresented. surrounding cells.Areviewofrecentfindingsandourresultsingliomacarcinomacellslinestheconclusions expected andinterestingfunctionsoftheseenzymes,whichmayalsoaffectthegeneregulationinsameand/or methods forknockingoutandsilencingofcathepsinsgenesinnormaltumourcells,haverevealedsomeun- progression, suchasapoptosis,angiogenesis,invasionanddrugresistance.Recentexperiments,usingvarious pH optimaandselectivespecificityoftheseenzymesallowsthemtoparticipateincriticalprocessesrelevantforcancer post-translation modificationsofsecretoryproteinsandantigenpresentationinimmuno-competentcells.Abroad of proteinsubstrates,traffickingandrecyclingrelevantbiologicalmolecules,suchasreceptorsgrowthfactors, Lysosomal proteases-cathepsins,takepartinvariouscellularprocesses,suchaspartialorextensivedegradation Ljubljana, Slovenia National InstituteofBiology, DepartmentofGeneticToxicology andCancerBiology, Večna pot111,1000 Tamara GENES INNORMALANDNEOPLASTICCELLS-REVIEW AUTOCRINE AND PARACRINE EFFECTSOFDOWNREGULATION OFLYSOSOMAL PROTEASE zosomskih katepsinovBinL. raziskav innašihrezultatovvgliomskihkarcinomskihcelicahterzaključki ogenskemizražanjuinregulacijili- teh encimov,kilahkovplivajonagenskoregulacijovistihin/alisosednjih celicah.Podan bopreglednedavnih izbijanja inutišanjagenovvnormalnihtumorskihcelicah,sopokazalinanepričakovanezanimivefunkcije napredovanje raka,kotjeapoptoza,angiogeneza,invazijainodpornostprotidrogam.Nedavniposkusizuporabo optimum inselektivnaspecifičnosttehencimovjimomogočatasodelovanjevkritičnihprocesih,kisorelevantniza translacijske spremembeizločenihmolekulinantigenskaprezentacijavimunokompetentnihcelicah.ŠirokpH teinskih substratov,potovanjeinobnovapomembnihbiološkihmolekul,kotsoreceptorjirastnifaktorji,post- Lizosomske proteaze-katepsini,sodelujejovrazličnihceličnihprocesih,kotjedelnaalipopolnarazgradnjapro- 1000 Ljubljana,Slovenija Nacionalni inštitutzabiologijo,Oddelekgenetsko toksikologijo inbiologijoraka, Večna pot111, Lah Mutagenesis /Mutageneza 37

29.9.06 - 9:10 29.9.06 - 9:30 nolic compound,whichisveryrapidlyabsorbedintheGItract.ThereductionofDNAmigrationinducedbyH participants consumedGA(0,2mg/kgBW/d)for3daysandstrongprotectiveeffectswereobservedwiththisphe- principle ofsumac.GAisalsocontainedincertainplants(mango,rhubarb,strawberries).Inasubsequenttrial,8 41% respectivelyaftertheintervention.Subsequent lymphocytes. H endonuclease III(ENDOIII),formamidopyrimidineglycosylase(FPG)andhydrogenperoxideinhumanperipheral 3 gofsumacfordays.Wefoundstrongprotectiveeffectsinsinglecellgelelectrophoresisassays(SCGE)with Eastern countries.WetesteditsDNA-protectiveeffectsinahumaninterventiontrial.Eightparticipantsconsumed It isknown,thatcertainspicesarerichinantioxidants.Sumac( were fed 3 days with sumac (0,02 g/kg BW/d) and GA (0,2 mg/kg BW/d). After irradiationina were fed3dayswithsumac(0,02g/kgBW/d)andGA(0,2mg/kgBW/d).After and E.TheprotectiveeffectsofsumacGAwerealsoinvestigatedinanimalexperiments.8maleratspergroup was 40%,ENDOIII58%,FPG52%.ComparisonsshowthatGAis50timesmoreprotectivethanthevitaminsC 2 F. AND IDENTIFICATION OFGALLICACIDASITSACTIVEPRINCIPLE ANTIOXIDANT ANDFREERADICALSCAVENGING ACTIVITIESOFSUMAC( Genetika 2006 induced DNA-damage. colon andlung.Taken togetherourfindingindicatethatGAisa“super-antioxidant”,whichprotectsagainst ROS- (7,74Gy/1min), theanimalswerekilledimmediatelyandprotectiveeffectsseeninlymphocytes,brain,liver, 1 Institute ofEnvironmentalHealth,CenterPublic Health,MedicalUniversityofVienna,Austria Institute ofCancerResearch, MedicalUniversityofVienna,Borschkegasse 8a,A-1090Vienna,Austria Ferk 1 , A. Chakraborty , A. 38 2 O 2 -induced DNA-migrationwasreducedby30%,oxidizedpyrimidines36%andpurines 1 , T. Simic 1 , M.Kundi 2 , S. Knasmüller in vitro experiments indicatedthatgallicacid(GA)istheactive Rhus coriaria 1 ) iswidelyconsumedinMiddle- RHUS CORIARIA 60 Co source 2 O ) 2 cycling. and subsequentDNAdamagecausedbyROSpossiblyreactivehormonederivativescreatedduringtheirredox lecular mechanismbothofsexualsteroidsandsomenonsteroidalhormonesimplythecreationoxydativestress thyroid hormonescanbeinvolvedinredoxcyclingandgenerationofROS.Therefore,itseemsthatthebasicmo- not thoroughlyinvestigated.Therearesomeexperimentalfindingsthatphenolicmoietiesofcatecholaminesand oxidative stress.Ontheotherhand,mutageniceffectsofnon-steroidalhormonesandhormon-likesubstancesare of geneticmaterialalsodependsonefficiencyenzymaticandnon-enzymaticmechanismsresistanceto nucleotides covalentlydamagedbyreactiveoxygenspecies(ROS).Individualandtissuesusceptibilitytochanges b) oestrogen-inducedendogenousDNAadductspossiblycausedbyderivativesoflipidsorlipidperoxides,andc) by chromosomal lesionsandaberrations.TheexistenceofatleastthreedifferentgroupsDNAadductswasdetermined molecules (proteins,lipidsandDNA).ThismaycausegeneticinstabilityaccompaniedbycovalentDNAmodifications, the redoxcyclingofoestrogensleadstoconditionoxidativestresswhichcausesdamagecellularmacro- the predominantbiochemicalactivityovershadowingtheirhormonaleffects.Namely,metabolicconversionduring of tumorinitiation.Themetabolicreactionsoestrogens,especiallyatelevatedtissueconcentrations,maybecome cinogenesis. Apartfromtheroleofsexualsteroidsastumorpromoters,thesehormonescanalsoactinprocesses Epidemiological andexperimentalinvestigationsindicatedthatsexualsteroidscontributetotheprocessesofcar- 11000 Belgrade,Serbia University ofBelgrade,Faculty ofVeterinary Medicine,DepartmentofBiology, Bul.Oslobodjenja18, Ninoslav MECHANISMS OFGEN 32 P-postlabelling chromatographicanalysis:a)nucleotidescovalentlyboundtoreactivederivativesofhormones, Djelić OTOXIC ANDMUTAGENIC EFFECTSOFHORMONES Mutagenesis /Mutageneza 39

29.9.06 - 9:45

GENOMIC TECHNOLOGIES I GENOMSKE TEHNOLOGIJE I 29.9.06 - 10:30 Calvin L. Calvin L. MICROARRAY TECHNOLOGY ANDITSUSEINSTUDYING AVIAN INNATE IMMUNITY Genetika 2006 parasites ( scriptional responseshavebeenelucidatedtobacteria( cytes andheterophils,intestinalepitheliallymphocytes,twoavianmacrophagecelllines).Furthermore,tran- liver). Transcription patternshavealsobeenexaminedinseveralspecificcelltypes(peripheralblood-derivedmono- expression inanumberofimmunologicallysignificanttissues(airsac,lung,spleen(pre-andpost-hatch),thymus, 14,877 totalspotsperslide.Throughseveralcollaborativeeffortsthisarrayhasbeenusedtomonitorgene cytes, macrophages,heterophils,dendriticcells,andT-cells.Theelementsarespottedintriplicateontheslide,giving terferon/antiviral responsepathwaygenes.Inaddition,thearraycontains29cellsurfacemarkergenesformono- innate immunepathways,including42genesinvolvedintheToll-like receptor(TLR)pathwayand22 avianin- mented bygenesofinterestidentifiedthechickengenomeproject.Thearraycontainselementsforseveral consists of4,959elementsthatwereobtainedfromESTlibrariesstimulatedavianmacrophagesandsupple- scriptome ofcellstheavianinnateimmunesystemwhentheyareexposedtovariouspathogens.Thisarray avian. OurlaboratoryhasdevelopedacDNAmicroarray,whichisbeingusedtocharacterizechangesinthetran- for humansandothermammalianspecies,therearefewsuchtoolsavailableagriculturalspeciesasthe tool forthestudyofimmunesystemfunction.Althoughavarietylarge-scalecommercialarraysareavailable instructions fortheinitializationofproperacquiredimmuneresponse.Themicroarrayhasbecomeapowerful cells, andnaturalkillercellsareinvolvedindestroyingintracellularextracellularpathogensproviding specific antigenrecognition.Elementsoftheinnateimmunesystem,includingmacrophages,heterophils,dendritic The innateimmunesystemrepresentsaprotectivemechanismfrominfectiouschallengethatdoesnotdependon Department ofAnimalandFoodSciences,UniversityDelaware,Newark,USA19716-2150 Keeler Eimeria 42 Jr. ), cellcomponents(LPS),andimmunemodulators(interferon- , Travis W. Bliss,MicheleN.Maughan Salmonella, E.coli,Mycoplasma γ ). ), viruses(influenza), and environmenthealth. will showthegeneexpressionprofileof pathways andmorerecentlytheproteininteractions.Thepresentationwillbeanoverviewoftechnology organism usedasmodelsincethegenomehasbeensequenced,mutantsarecharacterizedwellmetabolic for thedetectionofchemicalstressorsinenvironment.Thebuddingyeast itoring ofenvironmentalstressors.WearecurrentlyperformingDNAMicroarrayanalysistoidentifynewbiomarkers the possibilities,ofearlydetectionenvironmentalstressor,inferredmechanismsactionandtoimprovemon- toxicology isstillatanearlystagebutalreadymanyapplicationshavebeenpublished.Molecularbiomarkersoffer rays areprovidinginsightsintoareassuchastoxicology,pharmacologyandtumorigenesis.TheapplicationtoEco- which hasprogressedrapidlyinthehandsofbiologicalresearchersforassessinggeneexpressionanalysis.Microar- industry andmorerecentlyintheenvironmentalfield.DNAMicroarrayisoneofthesesignificanttechnologies Molecular diagnostictechnologiesplayasignificantroleinthepracticeofmedicine,publichealth,pharmaceutical I-21020 Ispra(VA), Italy European CommissionJointResearch Centre,InstituteforEnvironmentandSustainability, TP300, Teresa DNA MICROARRAY TECHNOLOGY: APPLICATION TO EC 114:4-9 (2006). Reference: Lettieri Teresa EnvironHealthPerspect Lettieri.“RecentapplicationsofDNAMicroarraytechnologytoToxicology andEcotoxicology” S. cerevisiae Genomic Technologies I/Genomsketehnologije exposed totwoclassofchemicalswhichcanaffecthuman OTOXICOLOGY Saccharomyces cerevisiae 43 is oneofthe

29.9.06 - 11:00 29.9.06 - 11:20 pirjem invirusomPVY, krompirjem inkoloradskimhroščemtervinskotrtofitoplazmami. tega nivojaproučevanjazdrugimi,npr.proteomiko.Predstavljeni bodorezultatiproučevanjainterakcij medkrom- tehnike ekspresijskegaprofiliranja(DNAmikromreže,qPCR).Vtekupaje tudi pripravasistemovzaintegracijo pristop. Kerjetranskriptomikatrenutnotehničnonajboljizdelannivoproučevanja vsistemskibiologiji,smouporabili razvoj učinkovitealternativekemičnimpreparatom.Zaproučevanjetehprocesov smouporabilisistemskinetarčni obrambo rastline.Lepodrobnorazumevanjemehanizmovkompatibilneinnekompatibilne interakcijeboomogočilo in stempostatiučinkovitiškodljivci.Vpoljedelstvusetakouporabljaštevilne kemičnepreparateinstemojača zelo nestabilno.Veliko virusev,bakterij,gliv,nematodovinžuželkjesposobnihobitiobrambnimehanizem rastline strategije napada.Tako jeravnovesjemedtemaliinterakcijadvehorganizmovkompatibilnanekompatibilna nabor obrambnihstrategijzabojprotinjim.Podobno sosenastranimikroorganizmovvzporednorazvijale tudi Rastline so,kotsesilniorganizmi,podkonstantnimpritiskomrazličnihpatogenovinškodljivcevsozatorazvile Nacionalni inštitutzabiologijo,Oddelekrastlinsko fiziologijoinbiotehnologijo,Ljubljana,Slovenija Blejec, J. Žel,M.Kovač, M.Ravnikar K. Gruden K. PROFILIRANJE KOT ORODJESISTEMSKEBIOLOGIJE ANALIZA INTERAKCIJ MEDRASTLINOINPATOGENOM –EKSPRESIJSKO OZ.ŠKODLJIVCEM teractions willbepresentedanddiscussed. Results fromexperimentsinpotato-virusPVY, potato–Coloradobeetleandgrapevinephytoplasma in- wearestartingtointegrate obtaineddataalsootherresearchlevels,likeproteomics. were applied.Additionally, technically mostdevelopedlevelinsystemsbiology,expressionprofilingtechniques(DNAmicroarraysandqPCR) ment. Wehaveusedsystemicnon-targetedapproachtostudythoseprocesses.Astranscriptomicsiscurrentlythe patible aswellincompatibleinteractionsiscriticalforthedevelopmentofeffectivealternativetochemicaltreat- pesticides areappliedtoenhancethedefenceandkeepcropplantshealthy.Understandingmechanismsofcom- plant defencebarrierthusbecomingeffectivepathogensandpests.Inagriculture,awiderangeofchemical incompatible interactionsveryfragile.Manyviruses,bacteria,fungi,nematodesandinsectsareabletoovercome croorganisms andinsectsareevolvinginparallel,makingtheequilibriumbalancebetweencompatible veloped awholearrayofdefencestrategiestocombatthem.Ontheotherhand,pathogenicitysystemsinmi- Plants, beingsessileorganisms,areconstantlyfacingawiderangeofdifferentpathogensandpests,havede- National InstituteofBiology, DepartmentofPlantPhysiologyandBiotechnology, Ljubljana,Slovenia J. Žel,M.Kovač, M.Ravnikar Blejec, K. PROFILING ASATOOL INSYSTEMSBIOLOGY TOWARDS BETTERUNDERSTANDING OFPLANT-PATHOGEN/PESTS INTERACTIONS-EXPRESSION Genetika 2006 Gruden , Š.Baebler,N.Toplak, P. M.Pompe-Novak, Rotter, Kogovšek, H.Krečič-Stres, M.Hren,A. A. , Š.Baebler, N.Toplak, P. Rotter, Kogovšek, M.Hren,A. M.Pompe-Novak, A. H.Krečič-Stres, 44 Boris Zagradišnik, APLIKACIJSKE MOŽNOSTIMETODE POMNOŽEVANJA ODLIGACIJEODVISNIH SOND(MLPA) made longoligonucletidesasMLPA probes. throughput methoditisalsoveryflexibleandcanbeeasilymodifiedtoaccomplishaspecifictaskbyusingcustom polymorphisms. Theanalysiscanbeperformedquantitativelyand/orusedforend-pointdetectionassays.Asahigh- be usedfordetectionofsequencevariationsrangingbetweenchromosomalabnormalitiesandsinglenucleotide cervical cancersamples. blood donors.Thepresenceofhumanpapillomavirustype16wasdetectedinDNAfromtissuesections allelewasdeterminedinasampleof from spontaneouslyabortedpregnancies.ThefrequencyoftheHLA-A29 mosomal abnormalities(trisomies,translocations)wasobservedingenomicDNAextractedfromembryonictissues karyotyping, comparativegenomichybridizationanddifferentPCRbasedmethods. were detectedwiththecapillaryelectrophoresisandagarosegelelectrophoresis.Confirmatorymethodsincluded Netherlands. Inaddition,longoligonucleotideswerepurchasedandusedasMLPA probesfortheanalysis.Theresults and paraffintissuesections.MLPA analysiswasperformedusingcommerciallyavailablekitsfromMRC-Holland, of aselectedDNAsequences. This studypresentresultsofmolecularkaryotypingwithMLPA andtheuseofcustommadeMLPA probesforanalysis used toanalyzelocicopynumberchangesassociatedwithdifferentcancers,syndromesormonogeneticdiseases. nation oflocuscopynumberpresentinananalyzednucleicacidsample.Commerciallyavailableprobekitscanbe Introduction: Maribor Teaching Hospital,LaboratoryofMedicalGenetics,Maribor, Slovenia najrazličnejše naloge. pomočjo začetniholigonukleotidovizdelanih pomerikotMLPA sondjemetodomogočeenostavnoprilagoditiza za kvantitativnoanalizoalikotanaliza končnihrezultatov.Omogočahkratnoanalizovečjegaštevilavzorcevins kle otidnih zaporedij, kivključujejokromosomskeanomalijeinenobaznepolimorfizme.Metoda selahkouporablja odvisnih sond(MLPA) jerobustnainreproducibilnamolekularno genetskametoda.Uporabnajezaanalizonu- maternice smodokazaliprisotnosthumanegapapilomavirusaHPVtip16. Vvzorcihtkivskarcinomom vratu translokacije. Pri vzorcukrvodajalcevsmodoločilifrekvencaalelaHLA-A29. prekinitvah nosečnostisobileprisotnerazličnepomembnekromosomskeaberacije, kisovključevaletrisomijein verižne reakcijespolimerazo. foreze. Kontrolnemetodesovključevalecitogenetskoanalizo,primerjalnogenomsko hibridizacijoinrazličnetehnike oligonukleotide. Detekcijorezultatovsmoopravilispomočjokapilarneelektroforeze oz.agaroznegelskeelektro- analizo jedobavilopodjetjeMRC-Holland(Nizozemska).ZaMLPA sondesmouporabilitudiobičajne dolgezačetne sond lastneizdelav. Študija predstavljarezultatemolekularnekariotipizacijezuporabometodeMLPA inizbraneprimere uporabeMLPA razlik vštevilukopijlokusov,kisopomembniprirazličnihvrstahraka,sindromih oz.primonogenetskihboleznih. števila lokusovvanaliziranemvzorcunukleinskekisline.Dosegljivikomercialni kitisondMLPA omogočajo določanje Uvod: Splošna bolnišnicaMaribor, Laboratorijzamedicinsko genetiko, Maribor, Slovenija Boris (MLPA) APPLICATION POSSIBILITIESFORMULTIPLEX LIGATION DEPENDENTPROBEAMPLIFICATION Zagradišnik Pomnoževanje odligacijeodvisnihsond(MLPA) jemolekularnatehnikanamenjenatočnemudoločanju Multiplex ligation-dependentprobeamplificationisamoleculargeneticmethodforexactdetermi- , ŠpelaStanglerHerodež,Alenka ErjavecŠkerget, AndrejaZagorac,NadjaKokalj Vokač Špela StanglerHerodež,Alenka ErjavecŠkerget, AndrejaZagorac,NadjaKokalj Vokač Metode: Conclusions: Methods: Genomsko DNAuporabljenoprianalizismoizoliraliizrazličnihvirov.Kiteza MLPA Rezultati: MLPA isarobustandhighlyreproduciblemoleculargeneticmethod.Itcan Genomic DNAwasextractedfromembryonictissues,peripheralvenousblood V vzorcugenomskihDNAizoliranihizembrionalnihtkivpospontanih Genomic Technologies I/Genomsketehnologije Zaključki: Results: Pomnoževanje odligacije Several majorchro- 45

29.9.06 - 11:40 29.9.06 - 12:00 razviti pritravah,niso prenosljivinasestrskiredznotrajenokaličnic indašpargeljniprimerenmodelniorganizem začebulo med fizičnovezanimi zaporedji špargljazgenetskopovezanimiregijami čebule.Rezultatinadaljekažejo,da genomskipodatki, pomočjo SNPaliRFLPmarkerjev.Zaporedja smokartiralinarazličnekromosomečebuleintakotuditunismougotovilipovezave rižem. GenompodobnazaporedjaBAC-ov smo uporabilizaiskanjevisokopodobnihESTzaporedijčebule,kijihkartiralis na različnihkromosomih.Tako zateregijenismopotrdiliohranjenegazaporedjagenovnamikronivoju medšpargljemin lokusom M.Pri nekaterihBACregijahsobileugotovljenepodobnosti (e<-20)zizraženimizaporedjiriža,kipasosenahajala treh čebulnihcDNAzrazličnihkromosomov, ostalištirjepasobiliizbranispomočjošpargljevihmarkerjev,tesnovezanihz močjo primerjalneanalizedoločilinjihova najbolj podobnamestavgenomučebuleinriža.Pet BAC-ovsmoizbralispomočjo bakterijskim umetnimkromsomom(BAC)šparglja(705.279bp)znamenom,dabiodkrili fizičnopovezanazaporedjainspo- pričakujemo, dajenamikronivojupridoločenihregijahzaporedješeohranjeno.Nukleotidno zaporedjesmodoločilidevetim Na nivojugenetskihrekombinacijnisodokazaliohranjenegazaporedjagenovnamakro nivojumedčebuloinrižem,lahkopa genov pritravah,nipaznano,čejetozaporedjeohranjenotudivprimerjavizostalimi pomembnejšimi predstavnikienokaličnic ki sta2,7-in36-kratvečjaodriževega.Številneprimerjalnegenomskeanalizesodokazale visokostopnjoohranjenegazaporedj Špargelj inčebula,enokaličnici,stapredstavnikamonofiletskeskupineznotrajredašpargljevk zrelativnovelikimagenomoma, Jernej Jakše GENOV NAMIKRONIVOJU (BAC) ŠPARGLJA VPRIMERJAVI SČEBULOINRIŽEMPOTRJUJE NEOHRANJENOZAPOREDJE PRIMERJALNA GENETSKA INSEKVENČNAANALIZAUMETNIHBAKTERIJSKIHKROMOSOMOV may notbeanappropriatesmaller-genomemodelforplantsintheAsparagaleswithenormousnucleargenomes. onion. Resultsfurtherindicatethatsyntenyamonggrassgenomesdoesnotextendtoasisterorderinthemonocotsandasp to differentonionchromosomes,thusnorelationshipwasobservedbetweenphysicallinkagesinasparagusandgenetici from theseBACswereusedtofindhighlysimilarESTs ofonion,whichweremappedeitherbySNPorRFLPapproach. Theymapped chromosomes, butnoevidenceformicrosyntenybetweenasparagusandriceacrosstheseregionswasrevealed.Genic-likesequence mosome 5ofasparagus.SomeBACsassemblies,showedsignificantsimilarities(e<-20)toexpressedsequencesondifferentrice onion chromosomesandfourwereselectedusingasparagusmolecularmarkerstightlylinkedtothesex-determiningMlocusonchr the onionandricegenomes.FiveasparagusBACswereassembledusingthreelowcopycDNAsthatmappedtodifferent sequenced nineasparagusBACs,(705.279bp),todeterminephysicallylinkedsequencesandlocatetheirmostsimilarpositionsi combinational levelbetweenonionandricewasreported,butmicrosyntenycouldstillexistacrosssomegenomicregions.We the grasses;butitisnottestedyetifsyntenyextendstoothermajormonocotgroups.Previously, noevidenceforsyntenyat genomes comparedtorice,memberofthePoales order.Comparativegenomic analyseshaverevealedahighdegreeofsyntenyamong Asparagus andonionaremembersofamonophyleticgroupwithinthemonocotorderAsparagaleshaverelativelylargenuclear 4 3 2 Jernej MICROSYNTENY WITHONIONORRICE COMPARATIVE GENETICANDSEQUENCE ANALYSES OFASPARAGUS BACSREVEALNO Genetika 2006 4 3 2 1 1 Madison, WI53706USA University ofWisconsin,AgriculturalResearch Dep.ofHorticulture,1575 LindenDrive, Service, USDA, The InstituteforGenomicResearch, 9712MedicalCenterDr., Rockville, MD20850USA ofKiel,PlantBreedingInstitute,AmBotanischenGarten 1-9,D-24118Kiel,Germany Christian-Albrechts-University Oddelek zaagronomijo,Biotehniška fakulteta, UniverzavLjubljani,Jamnikarjeva 101,1000Ljubljana,Slovenija Madison, WI53706USA University ofWisconsin,AgriculturalResearch Dep.ofHorticulture,1575LindenDrive, Service,USDA, The InstituteforGenomicResearch, 9712MedicalCenterDr., Rockville, MD 20850USA ofKiel,PlantBreedingInstitute,AmBotanischenGarten1-9,D-24118Germany Christian-Albrechts-University University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, AgronomyDepartment,Jamnikarjeva 101,Ljubljana1000,Slovenia Jakše 46 1 1 , AlexaTelgmann , AlexaTelgmann 2 2 , ChristianJung , ChristianJung 2 2 , FooCheung , FooCheung 3 3 , ChristopherD. Town , ChristopherD. Town 3 3 , MichaelJ. Havey , MichaelJ. Havey the re- aragus . o- n n a s 4 4 . tions. maximum ofaccuracyandreproducibility,makingqPCRevenapplicablecosteffectiveforroutineapplica- device. Inadditiontothis,automatedreactionsetupusingtheepMotionliquidhandlingworkstationsprovidesa multipliers andaproventhermocyclertechnologyformthebasisforaneasytouseflexiblereal-timePCR this developmentandoffersafastreliabledevicefordailyuse.Long-livedLEDs,robustchannelphoto- plication formolecularbiologylabs.WiththeconceptofMastercycler Real-time PCRhasdevelopedfromasophisticatedapplicationfortechnologyenthusiastsintoreliableroutineap- Eppendorf AG, Barkhausenweg1,22331Hamburg, Germany Andreas RECENT DEVELOPMENTSINREAL-TIME PCR-THEEPPENDORFMASTERCYCLEREP Jarrin Genomic Technologies I/Genomsketehnologije ® ep realplex , Eppendorfaccommodates 47 REALPLEX

29.9.06 - 12:15

BIOINFORMATICS BIOINFORMATIKA 29.9.06 - 14:00 breweries andwineries. is themostuniqueinventionof later theaccumulatedethanolcouldbe“digested”byyeastinpeace.Wethinkthat cumulation andethanoltolerancecouldthenbecrucialforinhibitingthegrowthofcompetingorganisms,while mentable substratesbecameavailableformanymicrobialcommunities.Apparently,theabilityoffastethanolac- evolutionary history.TheendoftheCretaceousageprovidedexcessfruitsandthereforelargeramountsfer- and howtheremarkablepropertytoproduceethanolinhighconcentrationsoriginateddevelopedduring oxygen. Therecentadvancesinyeastcomparativegenomicsandbioinformaticshavehelpedtoelucidatewhen,why network onlyin modern yeasts,butuniquelycombined,specializedtoperfection,andregulatedcoordinatedthroughanefficient ethanol concentrationandalmosttotalabsenceofoxygen.Thesepropertiesareunevenlydistributedamongdifferent ity toproduceandconsumeethanolveryhightolerancetowardsseveralenvironmentalstresses,suchas competitiveness toacombinationofseveralproperties,includingfastgrowth,efficientglucoserepression,goodabil- Jure 1 yeasts belongingtothegenus an almostindispensablepartofourdailylife.Thecentralbiologicalagentsbeerandwinefermentationare Brewing andwineproductionareoneoftheoldesttechnologiestheirproductshaveforseveralmillenniabeen 2 HOW DID Genetika 2006 University ofMilan,BiomolecularScienceandBiotechnology, Italy Lund University, CellandOrganismBiology, Sölvegatan35,22362Lund,Sweden Piškur 1 50 SACCHAROMYCES , El˙ S. cerevisiae zbieta Rozpe and itsclosestrelatives.Itcouldbethatonlythislastaspect,theefficientregulation, ˛dowska Saccharomyces Saccharomyces YEASTS EVOLVE TO BECOMEGOODBREWERS? 1 , SilviaPolakova , whichareabletoaccumulateethanoleveninthepresenceof yeasts, providingalsoacrucialcompetitive“advantage”inthe 1 , AnnamariaMerico 2 and ConcettaCompagno Saccharomyces owe their 2 obdelavo inanalizoteruporabopotrebneračunskemetode.Ustreznopodročje zatoimenujemoračunskafenomika. so tovrstnifenotipikvantitativniinpredstavljajozbirkomeritev,opravljenih naorganizmu,sozanjihovopred - za takfenotippredlagamogenskitranskripcijskiprofil,kateregauporabobomo ilustriralinaanaliziepistaze.Ker popisali celotnostanjeorganizmainobkvantitavnemzapisufenotipaizboljšali resolucijoopazovanj.Kotkandidat študije. Vsistemskibiologijijezatopotrebnoobtehfenotipihopazovatitudi nadomestnefenotipe,kibilahko določen, navadnoomejenvidikstanjaorganizma(npr.rast,tvorjenjespor, ipd.),tinisoprimernizasistemske genotipom/okoljem infenotipom,teriznjihsklepanafunkcijogenov.Aker klasičnifenotipipopisujejosamo vhoda, jefenotipizhodsistema,kigapreučujemo.Funkcijskagenomikatako naprimerpreučujepovezavemed inženirstva fenotipoznačujestanjesistemaalinjegovegadelaobdoločenem času;čestagenotipinokolje Phenotip organizmanavadnopovzemanjegovemorfološke,biokemičnealifizioške lastnostioz.stanje.Sperspektive Blaž Zupan RAČUNSKA FENOMIKA putational phenomics. preprocessing, phenotypecharacterizationandfeatureconstruction,werefertothemethodsthatusethemascom- this kindareinasenserawandmayonlybeusedassociationwithadequatecomputationaltoolsthatinclude propose aglobalgeneexpressionprofilesandillustrateitsuseintheanalysisofepistasis.Becausephenotypes encode thestateofentireorganismandprovideincreasedresolution.Asacandidateforsuchphenotypewe biology. Wearguethatforsystemsbiologyclassicalphenotypesshouldbecomplementedwithsurrogatescan of specifictype(e.g.,growth,sporulation,etc.),theyareinsufficientforgenome-widestudiespertinenttosystem’s studies infunctionalgenomics.Yet, ifphenotypesarelimitedtoacertainmanifestationandreportonlyontheeffects vations ofrelationsbetweenenvironmental/geneticchangesandcorrespondingphenotypesprovidegroundfor the genotypeandenvironmentareinputs,thenphenotypeisoutputofsystemunderstudy.Obser- properties. Fromanengineeringperspective,aphenotypedescribesthestateoforganismatdistincttime:if A standarddefinitionofaphenotypeassociatesittotheorganism’smorphological,biochemicalorphysiological 1 1 3 2 Blaž COMPUTATIONAL PHENOMICS 3 2 U.S.A. Baylor CollegeofMedicine,DepartmentMolecularandHumanGenetics,1Plaza,Houston, Inštitut JožefStefan,Jamova39,1000Ljubljana,Slovenija Univerza vLjubljani,Fakulteta zaračunalništvoininfomratiko, Tržaška 25,Ljubljana,Slovenija U.S.A. Baylor CollegeofMedicine,DepartmentMolecularandHumanGenetics,1Plaza,Houston, J. StefanInstitute,Jamova39,1000Ljubljana,Slovenia University ofLjubljana,Faculty ofComputerandInformationScience,Tržaska 25,Ljubljana,Slovenia Zupan 1,3 1,3 , Tomaž Curk , Tomaž Curk 1 1 , JanezDemšar , JanezDemšar 1 1 , Peter Juvan , Peter Juvan 1 1 , UrošPetrovič , UrošPetrovič Bioinformatics /Bioinformatika Bioinformatics 2 2 , GadShaulsky , GadShaulsky 3 3 51

29.9.06 - 14:30 29.9.06 - 14:50 1 na celicekvasovke. podatkov. Vpredavanjubodokotprimer predstavljenirezultatianalizedelovanjarapamicinaoziromanevrotoksina smo orodjabioinformatikezaanalizo tovrstnih podatkov,sčimerjeomogočenahitrainstandardiziranaanaliza binacije spremembvizražanjugenov in rastiposameznihmutantzdogodkivcelicinamolekulskiravni.Razvili mehanizma delovanjaperturbacijenacelice.Predlagali smodeterminističnapravila,kipovezujejo značilnekom- viabilnih delecijskihmutantkvasovke genov naravnicelotnegatranskriptomaterpodatkovovplivumajhnihmolekul aliproteinovnahitrostrastivseh določena perturbacijavplivanaceličneprocese.Vnašemlaboratorijuuporabljamo kombinacijopodatkovoizražanju znavanje pravil,kakotepovezavevplivajonaproces.Lezuporabetakšne analizejemočnapovedovati,kako samo kartiranjepovezavmedgeniinproteini,kisoudeleženivpreučevanem procesu,pačpajepotrebnotudipo - o fenotipu.Vsistemskibiologiji,katereciljjekvantitativnainnelekvalitativna analizabiološkihpojavov,nidovolj spektru odgenomadofenoma.Zarazumevanjeprocesovnasistemskiravniso dodatnopotrebnišecelostnipodatki vendar sopodatkioizražanjugenovpogostonezadostnizanapovedovanje molekulskihdogajanjvcelotnem eksperimentalnimi pristopi.Transkriptomske analizesopostalenepogrešljivoorodjezadoločitev funkcijegenov, Za analizoceličnihprocesovnacelostniravnilahkouporabljamorazličnetipe podatkov,pridobljenezgenomskimi Mojca Mattiazzi MOLEKULSKIH MEHANIZMOVDELOVANJA PERTURBACIJNACELICEKVASOVKE KOMBINIRANJE PODATKOV ORASTIMUTANT INOIZRAŽANJUGENOVZA NAPOVEDOVANJE put analysis.Resultsonperturbationsfromrapamycintreatmentandaneurotoxinexpressionwillbepresented. to molecularevents,anddevelopedbioinformaticstoolsanalyzethedata,whichpaveswayforhigh-through- junction, wehaveproposeddeterministicruleslinkingspecificcombinationsofgeneexpressionandmutantdata to determinethemolecularmechanismofactionsmallmoleculesorproteins,respectively,inayeastcell.Incon- been usingthecombinationofwhole-genomegeneexpressiondataandchemicalgenomicsorsyntheticeffects Only suchanalysiscangeneratepredictionsonhowaperturbationwouldaffectcertaincellularprocess.Wehave it isnecessaryalsotoprovidedeterministicrulesofhowtheinteractionsgovernprocessunderinvestigation. nomena, itisnotenoughtosolelymaptheinteractionsbetweengenesandproteinsinvolvedinaprocess,but tems level.Insystemsbiology,whoseaimisquantitativeincontrasttoonlyqualitativeanalysisofbiologicalphe- global phenotypicanalysesshouldbeusedtoprovidemissingdataunderstandthecellularphysiologyonasys- ficient topredictthemoleculareventsonwholescalefromgenomephenome.Therefore,additional analysis hasprovedinvaluableinassigningthefunctionofgeneshoweverdataongeneexpressionisofteninsuf- Different typesof‘-omics’datacanbeusedtoanalyzethecellularphysiologyonaglobalscale.Wholetranscriptome 3 2 Mojca Mattiazzi MECHANISM OFACTIONPERTURBATIONS TO YEASTCELLS COMBINATION OFMUTANT ANDEXPRESSIONDATA TO PREDICTTHEMOLECULAR Genetika 2006 3 2 1 Baylor CollegeofMedicine,DepartmentMolecularandHumanGenetics,Houston,ZDA Univerza vLjubljani,Fakulteta zaračunalništvoininformatiko, Ljubljana,Slovenija Inštitut “Jožef Stefan”, Odsekzabiokemijo inmolekularno biologijo,Ljubljana,Slovenija Department ofMolecularandHumanGenetics,BaylorCollegeMedicine,Houston,U.S.A. Faculty ofComputer andInformationSciences,UniversityofLjubljana,Slovenia Jožef StefanInstitute,DepartmentofBiochemistryandMolecularBiology, Ljubljana,Slovenia 52 1 1 , Tomaž Curk , Tomaž Curk 2 2 , IgorKrižaj , IgorKrižaj Saccharomyces cerevisiae 1 1 , BlažZupan , BlažZupan 2,3 2,3 in UrošPetrovič and Uroš , karnamslužizanapovedovanjemolekulskega Petrovič 1 1 modelov. Zaenkrat je aplikacijaomejenananekuntinuirane shemekrižanja. in napovedgenetskihvrednosti.Predvidena jerazširitevna boljsestavljenesistemekrižanja,aješenujnapreveritev VCE 5insotakolahkokombiniranizdrugimi opcijami.Tako jeomogočenoizvrednotenjekomponent (ko)variance genetskih komponentmodeliomogočajo vključevanjedominance.Opisanimodelisovključenivstatističnipaket različne genetskekorelacijegledena to, alinastopapasmakotočetovskamaternalnalinija.Poleg aditivnih Model dopuščakorelacijemedmeritvami merjenimipričistihpasmahinnjihovihkrižanjih.Nadaljeomogoča reduciran modelživali.Postopek dovoljujeheterogenostgenetskihkomponent(ko)variancmed populacijami. uporabimo modelživali.Dapabizmanjšališteviloemačbinstemvelikost sistemaprikrižancihuporabimo reje, manjšesokorelacijemedlastnostmipridobljenimivrazličnihpopulacijah. Pri populacijah AinBzaanalizo kontroliranih pogojihtestnihpostaj,podatkikrižancevpapogostov reje. Večje sorazlike medsistemoma in takozanjepravilomauporabljamorazličnestatističnemodele.Podatki začistopasemskeživalisopridobljeniv Meritve vposameznihpopulacijahsoupoštevanekotrazličnelastnosti,sajjih pogostomerimovrazličnihpogojih na dvehčistopasemskihlinijahAinBkrižancihAB(inBA).Seznamlastnosti selahkomedpopulacijamirazlikuje. temelji naživalihkrižancih.Stemlahkoselekcijousmerimopredvsemvizboljšanje križancev.Podatke pridobimo opravljenih naživalihinnjihovihsorodnikihkrižancih.Tak pristopjeprimerenprispeciesih,katerihprireja Namen predstavitvejerazvojmodela,kiomogočagenetskovrednotenječistopasemskih živalinaosnovimeritev Milena Kovač TEORETIČNA IZHODIŠČA-STATISTIČNA ANALIZAPODATKOV IZKRIŽANJ only forstaticcrossbreedingsystems. tension tomorecomplexcrossbredsystemsisintendedbutmodelsmustbeverified.Theprocedureimplemented are supportedinstatisticalpackageVCE5.Thus,theycanbecombinedwithallotheroptionsthesoftware.Ex- populations andtheircrossbreds.Besidesadditivegeneticeffect,dominanceisimplementedaswell.Themodels population maybedifferentwhenusedassireordamline.Itallowscorrelationsamongtraitsmeasuredinpurebred allow heterogenietyofgenetic(co)variancesbetweenpopulations.Inaddition,theincrossbred Otherwise,themodelmaycontainanyfixedorrandomeffectincluding randomregression.Theprocedure BA. based onanimalmodel.Inordertoreducethenumberofequations,reducedmodelisutilizedforABor rearing systemsthesmallestiscorrelationamongtraitsfromdifferentpopulations.ForAandB,analysesare troled environment,traitsincrossbredsarecollectedunderproductionconditions.Thegreaterthedifferenceamong statistical modelsareappropriate.Whiletraitsinpurebredpopulationsrecordedontestingstationsundercon- lations aretreatedasdifferenttraits,whiletheyfrequentlyobtainedunderconditions.Thus, A andBtheircross(es)AB(andBA).Listoftraitscanvaryamongpopulations.Measurementspopu- animals. Therefore,selectionmightbefocusedonimprovementofcrossbreds.Dataisobtainedintwopurebredlines relatives isimplemented.Suchaproachsuitableinspecieswhereproductionmainlybasedoncrossbred The modelallowinggeneticevaluationofpurebredanimalsusingmeasurementsonandcrossbred 3 2 1 Milena TEORETICAL ASPECTS-STATISTICAL ANALYSIS FROMCROSSBREEDINGSCHEMES 3 2 1 Institut fuerTierzucht,ZuechtungundGenetischeRessourcen, NeustadtamRbg., Germany Martin-Luther-University Halle-Wittenberg, InstituteofAnimalBreedingandHusbandry, Germany Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Oddelekzazootehniko, Groblje3,1230Domžale,Slovenija Institut fuerTierzucht,ZuechtungundGenetischeRessourcen, NeustadtamRbg., Germany Martin-Luther-University Halle-Wittenberg, InstituteofAnimalBreedingandHusbandry, Germany Slovenia University inLjubljana,Biotechnicalfaculty, ZootechnicalDepartment,Groblje3,1230Domžale, Kovač 1 1 , NorbertMielenz , NorbertMielenz 2 2 , EildertGroeneveld , EildertGroeneveld 3 3 , ŠpelaMalovrh , ŠpelaMalovrh Bioinformatics /Bioinformatika Bioinformatics 53

29.9.06 - 15:05 29.9.06 - 15:25 Malovrh DATA GENETIC EVALUATION FORLITTERSIZEINSWINEBYJOINTPUREBREDANDCROSSBRED Genetika 2006 Malovrh Špela PRAŠIČEV HIBRIDNIH GENETSKO VREDNOTENJE VELIKOSTI GNEZDA NAPODATKIH ČISTOPASEMSKIH IN records inthegeneticevaluationofpurebredparents. between LWandSLxLW,theywerelowerrangedfrom0.84to0.92.Resultsrecommendutilisationofcrossbred between 8.8%and13.5%incrossbreds.GeneticcorrelationsSLSLxLWwerefrom0.89to0.99,while 10.7% and12.1%forcrossbreds.Heritabilitiesreachedvaluesbetween10.2%11.9%inpurebreds size, whilepermanentenvironmentexplainedbetween4.3and7.9%ofvariationforpurebredanimals animal modelwasappliedforcrossbreds.Commonlittereffectaccounted0.2%to1.7%ofvariationin as trivialrandomeffects.Animalmodelwithdirectadditivegeneticeffectwasusedforpurebreds,whilereduced was utilised,thefixedeffectsdifferedforgiltsandsows.Commonlitterpermanentenvironmentwereincluded purebred andcrossbredpopulationswastreatedasdifferenttraitswithmodels.Therepeatabilitymodel and theothercovariancecomponentswereestimatedbyREMLmethodusingVCE-5package.Littersizein nected, separateanalyseswereperformedforeachfarm.Heterogeneousgenetic(co)variancesamongpopulations 97308 and146609littersrecordedperfarmsince1989.Becausepopulationsonfarmswerenotgeneticallycon- and LargeWhite(LW),theircrossesSL(dam)xLW(sire)fromthreeSlovenianpigfarms.Therewerebetween crossbred relativesfromcrossbreedingscheme.DatawasobtainedfortwobreedsSlovenianLandrace(line11,SL) The aimofinvestigationwasgeneticevaluationpurebredanimalsforlittersizeusingrecordsand Uiversity ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, ZootechnicalDepartment,Groblje3,1230Domžale,Slovenia kažejo, dajevključitevmeritevnahibridih vgenetskovrednotenječistopasemskihstarševpriporočljiva. SL inSLxLWod0,89do0,99,medtem kosobilemedLWinSLxLWnekolikonižje,0,840,92.Rezultati %prihibridih.Genetskekorelacijesobilemed %in13,5 %pričistopasemskihtermed8,8 %in11,9 10,2 %variabilnostiprihibridih.Heritabilitetajedoseglavrednostimed %in12,1 čistopasemskih termed10,7 %pri %in7,9 %variabilnostizavelikostgnezda,permanentnookoljepamed4,3 %in1,7 med 0,2 medtem kosmozahibridneživaliuporabilireduciranimodelživali.Vplivskupnega okoljavgnezdujepredstavljal vpliva. Začistopasemskeživalismoseposlužilimodelazvključenimdirektnim aditivnimgenetskimvplivom, zlikovali sistematskivplivi.Skupnookoljevgnezduinpermanentnosta bilavključenakotnavadnanaključna različne lastnostizrazličnimimodeli.Uporabilismoponovljivostnimodel,pri mladicahinstarihsvinjahsosera- po metodiREMLspaketomVCE-5.Velikost gnezdazačistopasemskeinhibridnepopulacijesmo obravnavalikot smo opravililočeneanalize.Heterogenegenetske(ko)varianceinpreostale komponentekovariancesmoocenili 1989 jebilonafarmahmed97308in146609prasitev.Kerpopulacije farmaminisogenetskopovezane, (linije 11,SL)inlargewhite(LW)ternjihovihkrižankSL(mati)xLW(oče)s treh slovenskihfarmprašičev.Odleta čistopasemskih inhibridnihsorodnikihizshemekrižanja.Uporabilismopodatkedvehpasemslovenskelandrace Namen raziskavejebilgenetskovrednotenječistopasemskihživalizavelikostgnezdauporabomeritevpri Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Oddelekzazootehniko, Groblje3,1230Domžale,Slovenija Špela 54 oa Milena , Kovač , Kovač Milena A. Komprej A. MLEČNIH OVCAHVSLOVENIJI OCENE HERITABILITET ZALASTNOSTIMLEČNOSTISPOMOČJOREGRESIJSKIHMODELOVPRI tory. lactation. RRMenablestoobservechangesinheritabilitiesandgeneticvaluesatanypointalonglactationtrajec- ward 0.08attheendoflactation.HeritabilitiesforFC(0.08-0.13)andPC(0.160.28)wereincreasingduring A. SLOVENIA HERITABILITY ESTIMATES FORMILKTRAITSWITHREGRESSIONMODELSINDAIRY SHEEPIN spreminjanje heritabilitetingenetskih vrednostivvsakitočkitekomlaktacije. Tekom laktacijestaseheritabiliteti zaVM(0,08-0,13)inVB(0,160,28)povečevali.ModelRRMomogoča na začetkudo0,17sredinilaktacije(okrog167.dne),nakarseje konca laktacijezmanjšalana0,08. RRM modelusobilemanjšekotpriMTMmodelu,trendipapodobni.ZaDKMse jeheritabilitetapovečevalaod0,11 Heritabiliteta zaVBjenihalamed0,19vprvemin0,28tretjemsedmem meseculaktacije.Heritabilitetepri meseca zmanjšalana0,10.ZaVMsejeheritabilitetapovečalaod0,10vprvem do0,18vosmemmeseculaktacije. se jeheritabilitetazaDKMpovečalaod0,15vprvemdo0,23petemmesecu laktacije,nakarsejedoosmega znotraj laktacije.HeritabiliteteizTDMmodelasobile0,11zaDKM,0,08 VMin0,10zaVB.Pri MTMmodelu okolje vtropuinpermanentnoživali.ModelaTDMRRMstadodatno vsebovalašepermanentnookolje (RRM) zuporaboLegendrovihpolinomov.Modelisovnaključnemdeluvsebovali aditivnigenetskivpliv,skupno s pomočjomodelovsistematskoregresijo(TDM),zintervali (MTM)inznaključnoregresijo 1994 do2002od3068ovc.Komponente(ko)variancsmoocenilizmetodoomejene največjezanesljivosti(REML) dan kontroleprimlečnihovcahspomočjoregresijskihmodelov.Analiziralismo38983meritevzbranihvletihod Ocenjevali smoheritabilitetezadnevnokoličinomleka(DKM)invsebnostimaščobe(VM)terbeljakovin(VB)na Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Oddelekzazootehniko, Groblje3,1230Domžale,Slovenija beginning to0.17inthemiddleoflactation(around167 RRM werelowerthanfromMTM,buttendenciessimilar.AnincreaseofheritabilityforDMY0.11atthe itability oscillatedwithin0.19inthefirstand0.23thirdseventhmonthoflactation.Heritabilitiesfrom month. HeritabilityforFCincreasedfrom0.10inthefirstto0.18eighthmonthoflactation.ForPC,her- itdecreasedto0.10intheeighth creased from0.15inthefirstto0.23fifthmonthoflactation.Afterwards, Heritabilities fromTDMwere0.11forDMY, 0.08forFCand0.10PC.FromMTM,theheritability DMYin- TDMand RRMcontainedapermanentenvironmenteffectwithinlactation. environment oftheewe.Additionally, nomials. Inrandompart,modelscontainedadditivegeneticeffect,commonflockenvironmentandpermanent with fixedregression(TDM),onintervals(MTM)andrandom(RRM)usingLegendrepoly- were collected.Covariancecomponentsestimatedwithrestrictedmaximumlikelihood(REML)usingmodels sheep wereobtainedusingregressionmodels.Intheperiod1994-2002,38983test-dayrecordsof3068ewes Heritability estimatesfordailymilkyield(DMY),fat(FC)andprotein(PC)contentslongitudinalrecordsindairy University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, ZootechnicalDepartment,Groblje3,1230Domžale,Slovenia Komprej , G. Gorjanc,Š.Malovrh,D. Kompan, M.Kovač , G. Gorjanc,Š.Malovrh,D. Kompan, M.Kovač th day) wasnoticed.Later,heritabilitydecreasingto- Bioinformatics /Bioinformatika Bioinformatics 55

29.9.06 - 15:45

GOLDEN CHROMOSOME ZLATI KROMOSOM Genetika 2006

DHPLC BASED METHOD USING MONONUCLEOTIDE REPEATS AND PENTAPLEX PCR FOR RAPID AND ACCURATE ANALYSIS OF MICROSATELLITE INSTABILITY IN COLORECTAL CANCER

Gašper Berginc, Damjan Glavač University of Ljubljana, Faculty of Medicine, Institute of Pathology, Department of Molecular Genetics,

29.9.06 - 16:30 Korytkova 2, 1000 Ljubljana, Slovenia

Microsatellites are tandemly repeated sequences of DNA distributed throughout the genome. Microsatellite instability (MSI) is a phenomenon characterized by small deletions or insertions within microsatellites in tumour DNA compared to matching normal DNA. MSI analysis is very important tool for detection of hereditary non-polyposis colorectal cancer and MSI high sporadic primary colorectal tumours with specific clinicopathological features. Set of two mononucleotide and three dinucleotide microsatellite markers was proposed in 1997 to provide uniform criteria for MSI analysis. In 2002 the guidelines were revised and an exclusive use of mononucleotide markers was proposed. The purpose of our study was to develop a new method for MSI analysis with use of denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC) and mononucleotide microsatelite markers in order to simplify the screening for MSI high tumours. We analysed 595 colorectal tumours and 145 normal samples. Five microsatellite markers BAT-25, BAT-26, NR-21, NR-22, and NR- 27 were amplified in a single multiplex PCR reaction and analysed using DHPLC and capillary electrophoresis. Here we report a new DHPLC based method for MSI analysis. Analysis and cross-examination of results obtained from 96 samples using DHPLC and capillary electrophoresis showed the same sensitivity and specificity of both methods for detection of MSI-H tumours. Using our new method we have shown that tested markers are quasimonomorphic in Sloven- ian population with frequencies of polymorphisms 0,07%, 1,4%, 2,1%, 1,4%, and 1,4% for BAT-25, BAT-26, NR-21, NR-22, and NR-27 respectively. We identified 43 (7,2%) new MSI-H tumours. Overall, we developed a high- throughput, robust, accurate and cost-effective method for detection of MSI-H tumours using DHPLC.

METODA NA OSNOVI TEHNOLOGIJE DHPLC IN UPORABE MONONUKLEOTIDNIH TANDEMSKIH PONOVITEV TER MULTIPLE PCR ZA HITRO IN ZANESLJIVO ANALIZO MIKROSATELITNE NESTABILNOSTI PRI KOLOREKTALNEM RAKU

Gašper Berginc, Damjan Glavač Univerza v Ljubljani, Medicinska Fakulteta, Inštitut za patologijo, Oddelek za molekularno genetiko, Koritkova 2, 1000 Ljubljana, Slovenija

Mikrosateliti so tandemsko ponavljajoča zaporedja DNA razporejena po celotnem genomu. Mikrosatelitna nestabilnost (MSI) je fenomen, ki ga označujejo manjše delecije in vstavitve na področju mikrosatelitov tumorske DNA v primerjavi z DNA zdravega tkiva. Analiza MSI je pomembno orodje za zaznavo dednega nepolipoznega kolorektalnega raka in sporadičnih visoko mikrosatelitno nestabilnih tumorjev s specifičnimi kliničnimi in patološkimi značilnostmi. V letu 1997 je bila predlagana paleta dveh mononukleotidnih in treh dinukleotidnih mikrosatelitnih označevalcev z namenom poenotenja analize MSI, ki so jo v letu 2002 spremenili in predlagali uporabo izključno mononukleotidnih mikrosatelitnih označevalcev. Z razvojem metode za analizo MSI na osnovi tehnologije denaturacijske visoko ločljivostne tekočinske kromatografije (DHPLC) in uporabo mononukleotidnih mikrosatelitnih označevalcev želimo poenostaviti analizo za presejanje visoko mikrosatelitno nestabilnih tumorjev. Analizirali smo 595 kolorektalnih tumorjev in 145 vzorcev zdravega tkiva. Pet mikrosatelitnih označevalcev BAT- 25, BAT-26, NR-21, NR-22, in NR-27 smo pomnožili z multiplo PCR reakcijo, ter jih analizirali s pomočjo DHPLC in kapilarne elektroforeze. Z uporabo tehnologije DHPLC smo razvili novo metodo za analizo mikrosatelitne nestabilnosti. Navzkrižno preverjanje rezultatov 96 vzorcev analiziranih z DHPLC in kapilarno elektroforezo je pokazalo enako občutljivost in specifičnost obeh metod. Z uporabo nove metode smo pokazali, da so uporabljeni mikrosatelitni označevalci v slovenski populaciji skoraj monomorfni (frekvence polimorfizmov: BAT-25 0,07%, BAT-26 1,4%, NR-21 2,1%, NR-22 1,4% in NR-27 1,4%) in odkrili 43 (7,2%) novih visoko mikrosatelitno nestabilnih tumorjev. S pridobljenimi rezultati smo uspeli potrditi, da je nova metoda, ki smo jo razvili z uporabo tehnologije DHPLC, visoko zmogljiva, robustna, zanesljiva in cenovno ugodna.

58 Golden Chromosome / Zlati kromosom

MOLECULAR CHARACTERIZATION OF ERYTHROPOIETIC PROTOPORPHYRIA (EPP) IN SLOVENIA – IDENTIFICATION OF NOVEL MUTATIONS IN THE FERROCHELATASE GENE

Emanuela Boštjančič1, Damjan Glavač1, Aleksej Kansky2 1 University of Ljubljana, Faculty of Medicine, Institute of Pathology, Department for Molecular Genetics,

Korytkova 2, 1000 Ljubljana, Slovenia 29.9.06 - 16:40 2 Clinical Center Ljubljana, Department of Dermatology, Zaloška 4, 1000 Ljubljana, Slovenia

Erythropoietic protoporophyria (EPP) is a photodermatosis due to accumulation of protoporphyrin (PP) IX in the red blood cells, caused by complete or partial deficiency of the enzyme ferrochelatase (FECH) responsible for the in- corporation of the ferrous ion into PP, the last step in the synthesis of hem. The increased amount of PP in erythro- cytes, blood serum and skin triggers severs photosensitivity reactions. The mode of inheritance is complex, autosomal dominant with low clinical penetrance (in most cases) or autosomal recesive. The FECH gene is located on chromosome 18q21.3 with 11 exons and spans ~45 kbp. 51 blood samples were obtained for analysis, 14 of them from verified EPP patients. DNA, extracted from blood samples and amplified in PCR for genetic analysis of FECH gene, was analysed by denaturating high pressure liquid chromatography (DHPLC) using mutation detection method and sequence analysis was performed by ABI PRISM 310 Genetic Analyzer. Preliminary results showed 14 different nucleotide substitutions and deletions, some of them described as polymorphism strongly related with EPP: (i) IVS1-23C/T linked to the low expressed FECH allele described by Gouya et al, 1999, 287G/A (Q96R) and 921G/A (P307P) described by Wiman et al, 2003; 10 of them not yet described, as example: IVS3-45_46delCT, 1168delC, IVS5-3c/t, and others. IVS3-45_46delCT could have effect on the splice site modulator IVS3-48T/C described by Wiman et al, splice site could be affected by IVS5-3c/t polymorphism, protein could be affected more severly by 1168delC. All found changes should be investigated further.

MOLEKULARNA KARAKTERIZACIJA ERITROPOETSKE PROTOPORFIRIJE V SLOVENIJI – ODKRITJE NOVIH SPREMEMB V GENU ZA FEROKELATAZO

Emanuela Boštjančič1, Damjan Glavač1, Aleksej Kansky2 1 Univerza v Ljubljani, Medicinska Fakulteta, Inštitut za patologijo, Oddelek za molekularno genetiko, Korytkova 2, 1000 Ljubljana, Slovenija 2 Klinični center Ljubljana, Oddelek za kožne bolezni, Zaloška 4, 1000 Ljubljana, Slovenija Za eritropoetsko protoporfirijo (EPP) je značilno vnetje na koži bolnikov ob izpostavitvi le-te žarkom UV. Zaradi neza- dostnega delovanja encima ferokelataze (FECH) je vgrajevanje železa v protoporfirinski obroč, zadnjega koraka v biosintezi hema, nezadostno. Odvečni protoporfirin (PP) IX se kopiči v eritrocitih, krvnem serumu in koži ter kot močan fotosenzibilizator povroča vnetje. Način dedovanja obolenja EPP je kompleksen, v večini primerov avtosomno dominanten z nizko penetranco, ali pa avtosomno recesiven. Gen FECH je zapisan na ~ 45 kb dolgem odseku kromosoma 18, na mestu q21.3 in ima 11 eksonov. Od 51-ih vzorcev krvi bolnikov in njihovih svojcev smo podrobneje preučili tistih 14, pri katerih je bilo obolenje EPP potrjeno. Izolirana genomska DNA je služila kot vzorčna DNA za pomnoževanje gena FECH z reakcijo verižne polimerizacije, posamezne pomnožene eksone smo nadalje analizirali z denaturirajočo visokotlačno tekočinsko kromatografijo (DHPLC) za prisotnost sprememb, ki smo jih kasneje potrdili s sekvenčno reakcijo. Odkrili smo 13 različnih nukleotidnih sprememb (zamenjav in izbrisov). Nekateri od polimorfizmov so bili predhodno že opisani kot polimorfizmi močno povezani z obolenjem EPP, in sicer: (i) IVS1-23C/T povezan z nižjim izražanjem alela FECH (Gouya in sod, 1999), 287G/A (Q96R), 921G/A (P307P) (Wiman et al, 2003); ostale odkrite spremembe še niso bile opisane: IVS3-45_46delCT, 1168del C , IVS5-3c/t, 798(G/C) in drugi polimorfizmi. IVS3-45_46delCT bi lahko vplival na modulatorsko mesto izrezovanja intronov IVS3-48T>C (Wiman et al, 2003), na izrezovanje intronov bi lahko imel vpliv IVS5-3c/t, potrebno je potrditi vpliv 1168delC in drugih odkritih polimo rfizmov na protein FECH.

59 Genetika 2006

TEMPERATURE DEPENDENT COLICIN K SYNTHESIS

Matej Butala1, Zdravko Podlesek1, Milan Hodošček2, Darja Žgur-Bertok1 1 Biotechnical Faculty, Večna pot 111, SI–1000 Ljubljana, Slovenia 2 National Institute of Chemistry, Hajdrihova 19, SI–1000 Ljubljana, Slovenia

29.9.06 - 16:50 Temperature is an important environmental signal to which bacteria respond by altering gene expression at the level of transcription and/or posttranscriptionally. Colicin K (Cka) is a toxic pore-forming exoprotein synthesized by E. coli active against strains of the same or related species. We have found that besides ppGpp and the LexA protein, temperature is also a strong signal for cka expression as expression is optimal at 37 °C. To elucidate the mechanism underlying temperature-dependent Cka expression studies at the level of the native protein, cka mRNA and ß galactosidase activity of a number of cka-lacZ fusions were performed. To emphasize the ecological significance of our results, the temperature dependence of synthesis of four other colicins, E4, E7, N and colicin A was also studied. Our results revealed that temperature dependent regulation of cka expression is imposed at the level of transcription and that it also has a profound effect on the other tested colicins with the exception of colicin A. To elucidate the mechanism involved in temperature dependent regulation, we determined whether DNA itself serves as a thermosen- sor or alternatively, if a sensor protein responding to temperature change is involved. Using cka-gfp fusions with mutations in LexA binding sequences and computer modelling we also determined the role of the LexA repressor in temperature dependent cka expression.

S TEMPERATURO URAVNANA SINTEZA KOLICINA K

Matej Butala1, Zdravko Podlesek1, Milan Hodošček2, Darja Žgur-Bertok1 1 Biotehniška fakulteta, Večna pot 111, SI–1000 Ljubljana, Slovenija 2 Kemijski inštitut, Hajdrihova 19, SI–1000 Ljubljana, Slovenija

Temperatura je pomemben okoljski signal na katerega se bakterije odzovejo s spremembo izražanja genov na stopnji transkripcije in/ali stopnji postranskripcije. Kolicin K (Cka) je toksičen protein, ki tvori pore v celični membrani bakterij. Sintentizirajo ga sevi bakterij E. coli. Toksično delovanje toksina je zelo specifično, saj deluje na bakterije iste vrste. Ugotovili smo, da je poleg ppGpp in proteina LexA, temperatura močan signal za izražanje cka, optimalno izražanje gena cka je pri 37 °C. Za razjasnitev mehanizma s temperaturo uravnanega izražanja cka so bile izvedene raziskave na nivoju nativnega proteina, cka mRNA ter ß-galaktozidazne aktivnosti fuzij promotorske regije cka-lacZ. Dokazali smo, da temperatura uravnava izražanje gena cka na stopnji transkripcije. Proučili smo tudi vpliv temperature na sintezo kolicinov E1, E7, N in A. Potrdili smo, da je, z izjemo kolicina A, tudi sinteza drugih testiranih kolicinov uravnana s temperaturo. Da bi razjasnili molekularni mehanizem od temperature odvisnega uravnavanja izražanja, smo raziskali dve možnosti: (1) DNA deluje kot senzor, (2) vpletenost regulatornih proteinov. Z uporabo cka-gfp fuzij mutiranih v LexA vezavnem zaporedju ter z računalniškim modeliranjem smo potrdili vpliv represorja LexA na s temperaturo uravnano sintezo Cka.

60 Golden Chromosome / Zlati kromosom

CYTOGENETICAL AND MORPHOLOGICAL STUDIES OF NOVEL GREAT HEADED GARLIC (ALLIUM SP.) ACCESSIONS

P. Hirschegger1, C. Galamarini2 and B. Bohanec1,3 1 University of Ljubljana, Biotechnical Faculty, Jamnikarjeva 101, 1000 Ljubljana, Slovenia 2 University of Cuyo, Agronomy Faculty, and EEA La Consulta INTA, C.C. 8., 5567, San Carlos, Mendoza, Argentina 29.9.06 - 17:00

The genus Allium consists of about 700 species spread throughout the Northern hemisphere. Garlic (A. sativum L.), onion (A. cepa L.) and in Europe leek (A. porrum) are the major cultivated Allium species. In addition, “Great headed garlic” (GHG) together with leek, kurrat and pearl onion are also commercially grown. GHG is utilized as a garlic substitute, having the appearance of a robust garlic plant, with similar bulb structure. Known forms are hexaploid (2n= 6x=48) and seed-sterile therefore only clonal propagation is possible. GHG is believed to belong taxonom- ically to a heterogeneous A. ampeloprasum complex. Some recent data suggest that the taxonomic position of GHG needs to be reevaluated. Cytogenetically, this complex group is extremely diverse, consisting of several cytotypes (2x-3x-4x-5x and 6x). A new form of GHG was collected from local growers and included in a breeding program, during the 1990s in the province of Mendoza (Argentina). In contrast to other known forms of GHG, it was found that this novel form is fertile. The aim of our studies was to describe the basic morphological and cytogenetic characteristics of this valuable novel accession. Results revealed that all investigated accessions produced fertile seeds, with germination rate around 30%. Genome size analysis and chromosome counting of the GHG accessions, made in comparison to hexaploid forms, revealed that the accessions were octoploid, with a genome size around 121 pg. Further studies are underway to reveal genetic constitution of these unusual accessions, which are according to their karyotype most likely of allopolyploid origin.

CITOGENETSKE IN MORFOLOŠKE RAZISKAVE NOVIH AKCESIJ POLETNEGA LUKA (ALLIUM SP.)

P. Hirschegger1, C. Galamarini2 and B. Bohanec1,3 1 Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta, Jamnikarjeva 101, 1000 Ljubljana, Slovenija 2 University of Cuyo, Agronomy Faculty, and EEA La Consulta INTA, C.C. 8., 5567, San Carlos, Mendoza, Argentina

Rod Allium zajema približno 700 vrst, ki so razširjene po celi severni polobli. Med njimi sta glavni gojeni vrsti česen (A. sativum L.) in čebula (A. cepa L.), v Evropi pa tudi por (Allium porrum). V skupini sorodni poru se prideluje tudi “poletni luk” (slovenski izraz je potrebno še premisliti, angleški izraz je Great headed garlic - GHG ali elephant garlic), kurat in biserni luk (pearl onion). GHG, ki je videti kot orjaška rastlina česna s podobno strukturo čebulice, se uporablja kot njegov nadomestek. Je heksaploid (2n= 6x=48) in ima sterilna semena, zato ga množijo le klonsko. Taksonomsko ga uvrščamo v heterogeno skupino A. ampeloprasum, ki pa jo je treba kot kaže dodatno proučiti. Citogenetsko je to izredno raznolika skupina kjer najdemo di-, tri-, tetra-, penta- in hek- saploidne rastline. Leta 1990 so v provinci Mendoza (Argentina) odkrili novo obliko GHG, ki je za razliko od ostalih, fertilna. Cilj naših raziskav je bil opisati njegove osnovne morfološke in citogenetske značilnosti. Rezultati so pokazali, da so imeli vsi preiskovani vzorci fertilna semena z okoli 30% kalivostjo. Štetje kromosomov in analize velikosti genoma so pokazali, da so bili vzorci oktaploidni z velikostjo genoma približno 121 pg. Kariološke raziskave nakazujejo alopoliploidni izvor njihovega genoma, z raziskavami, ki so trenutno v teku pa želimo pojasniti njegov izvor.

61 Genetika 2006

GENETIC VARIATIONS OF THE HORSE KAPPA CASEIN GENE (CSN3) AND COMPARATIVE GENOMICS APPROACH TO STUDY CONSERVED REGIONS

Sebastijan Hobor, Tanja Kunej, Peter Dovč University of Ljubljana, Biotechnical Faculty, Zootechnical Department, Groblje 3, SI-1230, Domžale, Slovenija 29.9.06 - 17:10 Kappa casein is milk protein that determines the size and specific function of the milk micelles and its clevage by chymosine is resonsible for milk coagulation. We identified two single nucleotide polymorphisms (SNPs) in exon 1 and two in exon 4 of the horse kappa casein gene and genotyped them in three horse breeds. SNPs in exon 4 cause a.a. change in the mature product and may render chemical/functional properties of the protein. We identified 15 SNPs in CSN3 gene promoter in six horse breeds and investigated them for involvment in putative transcription factor binding sites. Using horse primers we determined promoter and exon 4 nucleotide squence in donkey and zebra. Alignment of the promoter sequence in nine species (sheep, goat, cow, zebra, donkey, horse, human, chimp, macaque) revealed high conservation and placed them in three distinct groups. Two SNPs within zebras exon 4 were discoverd, bouth causing a.a. substitutions. Alignment of exon 4 sequence between donkey, zebra and horse revealed almost perfect conservation exept three substituted nucleotides, one of them causing a.a. substitution within chimosin sensitive region of the kappa casein protein.

GENETSKA VARIABILNOST KAPA KAZEINSKEGA GENA (CSN3) PRI KONJU IN PRISTOP PRIMERJALNE GENOMIKE ZA ŠTUDIJ OHRANJENIH PODROČJI

Sebastijan Hobor, Tanja Kunej, Peter Dovč Univerza v Ljubljani, Biotehniška Fak., Oddelek za zootehniko, Groblje 3, SI-1230, Domžale, Slovenija

Kapa kazein je mlečni protein, ki določa velikost in specifično funkcijo mlečnih micel, njegova razgradnja s kimozi- nom pa je odgovorna za koagulacijo mleka. Izvedli smo genetsko analizo dveh nukleotidnih zamenjav v eksonu 1 in dveh v eksonu 4 kapa kazeinskega gena in jih genotipzirali pri treh pasmah konj. Zamenjavi nukleotidov v eksonu 4 povzročita zamenjavo aminokislin v končnem produktu, kar pa lahko spremeni kemične/funkcionalne lastnosti proteina. V promotorju gena CSN3 smo pri šestih pasmah konjev identificirali 15 nukleotidnih zamenjav ter proučili njihovo udeleženost v potencialna vezna mesta za transkripcijske faktorje. Z uporabo začetnih oligonukleotidov za konja, smo določili nukleotidno zaporedje promotorja in eksona 4 pri oslu in zebri. S primerjavo promotorske sekvence pri devetih vrstah (ovca, koza, krava, zebra, osel, konj, človek, šimpanz, makak) smo ugotovili visoko ohranjenost in jih razvrstili v tri skupine. Našli smo tudi dve nukleotidni zamenjavi v eksonu 4 zebre, ki povzročita zamenjavo aminokisline. S poravnavo zaporedja eksona 4 med oslom, zebro in konjem, smo ugotovili skoraj popolno ujemanje z izjemo treh nukleotidov. Pri enem od njih pride posledično do zamenjave aminokisline v na kimozin občutljivem področju proteina.

62 Golden Chromosome / Zlati kromosom

GENOTOXICITY OF ORGANOPHOSPHOROUS PESTICIDES CORRELATES WITH THE INDUCTION OF DNA DAMAGE RESPONSIVE GENES

Irena Hreljac, Irena Zajc, Bojana Žegura, Tamara Lah, Metka Filipič National Institute of Biology, Department of Genetic Toxicology and Cancer Biology, Ljubljana, Slovenia

Organophosphorous compounds (OPs) are the most commonly used pesticides worldwide. Their neurotoxic effect 29.9.06 - 17:20 are relatively well explored, however, very little is known about the chronic effects of OPs on non-target human cells and the possible secondary mechanisms of OPs' activity. Our aim was to investigate whether low concentrations of OP pesticides can cause DNA damage in human liver cells and affect expression of genes known to be involved in the DNA damage response. Genotoxicity of three model OP pesticides – parathion-methyl (PT), paraoxon-methyl (PO) and dimefox (DF) was evaluated using the bacterial Ames reverse mutation assay and by the comet assay in human hepatoma HepG2 cells. All three OPs were negative in the bacterial Ames assay. In HepG2 cells exposed to sub-cytotoxic concentrations (0.01 – 100 μg/mL) of PT and PO increased the level of DNA strand breaks was detected only at the highest concentration (100 μg/mL), while DF did not induce DNA damage. Using RT-PCR, we found that exposure of HepG2 cells to PT and PO, caused an increase in the expression of genes that are involved in the response to genotoxic stress: P53, MDM2, GADD45 and P21, while DF upregulated only the expression of P53. Upregulation of MDM2, GADD45 and P21 correlated with the ability of OPs to induce genotoxic effects indicating that analysis of the expression of DNA damage responsive genes is a promising method for evaluating genotoxicity. Based on these data we conclude that PT and PO have genotoxic potential, while DF is probably not genotoxic.

GENOTOKSIČNOST ORGANOFOSFATNIH PESTICIDOV KORELIRA Z INDUKCIJO IZRAŽANJA GENOV, KI SE ODZOVEJO NA POŠKODBE DNA

Irena Hreljac, Irena Zajc, Bojana Žegura, Tamara Lah, Metka Filipič Nacionalni inštitut za biologijo, Oddelek za gensko toksikologijo in biologijo raka, Ljubljana, Slovenija

Organofosfatni pesticidi (OP) so najbolj široko uporabljani pesticidi današnjega časa. Njihovi nevrotoksični učinki so razmeroma dobro raziskani, vendar je zelo malo znanega o kroničnih učinkih OP na netarčna človeška tkiva in o možnih sekundarnih mehanizmih delovanja OP. Naš cilj je raziskati, ali nizke koncentracije OP lahko povzročijo poškodbe DNA v netarčnih človeških celicah in ali vplivajo na izražanje izbranih genov, za katere je znano, da sodelujejo v odzivu na poškodbe DNA. S pomočjo bakterijskega Ames testa in s komet testom na človeških HepG2 celicah smo ugotavljali genotoksičnost treh OP pesticidov – metil-parationa (PT), metil-paraoksona (PO) in dime- foksa (DF). V Ames-ovem testu so bili vsi trije OP negativni. Pri HepG2 celicah izpostavljenih ne-citotoksičnim kon- centracijam (0,01 – 100 μg/mL) sta PO in PT povzročila povečanje števila prelomov DNA pri najvišji koncentraciji (100 μg/mL), medtem, ko DF ni povzročil poškodb DNA. S kvantitativnim PCR v realnem času (RT-PCR) smo ugotovili, da je izpostavljenost HepG2 celic PT in PO povzročila povečano izražanje genov, ki sodelujejo pri odgovoru na genotoksični stres: P53, MDM-2, GADD45 in P21, medtem, ko je DF povečal le izražanje gena P53. Povečano izražanje genov MDM2, GADD45 in P21 se je ujemalo s sposobnostjo povzročanja genotoksičnih učinkov, kar kaže, da je analiza izražanja genov obetavna metoda za ocenjevanje genotoksičnosti. Na osnovi dobljenih rezultatov lahko sklepamo, da PT in PO imata genotoksični potencial, DF pa ne deluje genotoksično.

63 Genetika 2006

MICROSATELLITE MARKER FOR HOMOZYGOSITY TESTING OF MIMULUS AURANTIACUS

Jana Jelerčič, Nataša Štajner, Jernej Jakše, Branka Javornik, Borut Bohanec University of Ljubljana, Biotechnical Faculty, Centre for Plant Biotechnology and Breeding, Jamnikarjeva 101, 1000 Ljubljana, Slovenia

29.9.06 - 17:30 Haploids are sporophytic plants with gametophytic chromosome number originating from a female (gynogenesis) or male (androgenesis) gametic cell. Haploid induction through in vitro culture techniques lead to regeneration of haploid and/or diploid regenerants. The latter could be spontaneously arising homozygous diploids (doubled haploids) which are directly useful in breeding. Aditionally, diploid regenerants could be also heterozygous regenerants from sphorophytic cells or heterozygous zygotic embryos, both unwanted for haploid induction purposes. This is the first report about the discovery of a very efficient method for homozygosity determination of M.aurantiacus regenerants using microsatellite marker. Microsatellite markers previously isolated from two Mimulus species failed to amplify DNA fragments in M.aurantiacus genotypes. Degenerated primers designed for the microsatellite locus located in the intron of the top6B gene (subunit B of the topoisomerase gene) isolated from hop (Humulus lupulus L.) were able to amplify alleles in the analysed plants. PAGE profiles revealed high level of polymorphism between four M.aurantiacus genotypes and two Mimulus species. Three of the genotypes proved to be heterozygous for the analysed locus. Sequence analysis of amplified bands defined allelic forms and enabled us to design the locus specific primers. These amplified all analysed M.aurantiacus genotypes and also five other Mimulus species. Developed primer pair represents necessary tool for Mimulus haploid induction research and applications. Early homozygosity determination enables successful selection of doubled haploids from unwanted heterozyogotes which saves time and funds needed for phenotypic evaluations. It is an unambiguous demonstration of homozygosity of regenerants and could be also used for interspecific hybrid determination.

TESTIRANJE HOMOZIGOTNOSTI PRI VRSTI MIMULUS AURANTIACUS S POMOČJO MICROSATELITNEGA MARKERJA

Jana Jelerčič, Nataša Štajner, Jernej Jakše, Branka Javornik, Borut Bohanec Univerza v Ljubljani, Biotehniška Fakulteta, Katedra za genetiko, biotehnologijo in žlahtnjenje rastlin, Jamnikarjeva 101, 1000 Ljubljana, Slovenija

Haploidi so sporofitne rastline z gametofitnim številom kromosomov. Običajno jih izzovemo iz monoploidnih celic moškega ali ženskega gametofita z in vitro postopki, saj se v naravi redko pojavljajo. Poznani sta dve osnovni poti nastanka haploidnega osebka in sicer po poti androgeneze (t.j. kulture anter oz. mikrospor) in po poti ginogeneze (t.j. kulture semenskih zasnov, plodnic, celih cvetov, socvetij). V obeh primerih se iz inokuliranih struktur lahko razvi- jejo haploidni in/ali diploidni regeneranti. Slednji so lahko homozigotni podvojeni haploidi ali heterozigoti izvirajoči iz somatskih celic oz. zigotnih embrijev. Namnoževanje mikrosatelitskih lokusov izoliranih iz dveh vrst rodu Mimulus pri treh genotipih vrste Mimulus aurantiacus ni bilo uspešno. Bolj uspešno je bilo namnoževanje mikrosatelitskega lokusa iz introna top6B gena (B podenota topoizomeraznega gena) izoliranega iz hmelja (Humulus lupulus L.). Rezultati PAGE elektroforeze so pokazali polimorfizem namnoženih fragmentov med genotipi vrste M.aurantiacus in med dvema vrstama rodu Mimulus. S sekveniranjem namnoženih fragmentov so bile izločene nespecifične na - množitve in izdelani lokusno specifični začetni oligonukleotidi s katerimi je mogoče namnoževati genotipe vrste M.aurantiacus in pet vrst rodu Mimulus, ki se uporabljajo pri žlahtnjenju vrste M.aurantiacus s pomočjo medvrstnih križanj. Izmed štirih analiziranih genotipov vrste M.aurantiacus so bili trije heterozigotni za izdelani mikrosatelitski lokus, kar omogoča testiranje homozigotnosti diploidnih regenerantov. Zgodnje preverjanje izvora regenerantov bistveno pospeši in poceni raziskave in uporabnost indukcije haploidov. S pomočjo odkritega markerja je mogoče nedvoumno dokazati izvor diploidnih regenerantov in preveriti medvrstne križance.

64 Golden Chromosome / Zlati kromosom

GENETIC CHARACTERIZATION OF BUMBLEBEES (HYMENOPTERA: APIDAE) IN SLOVENIA

Peter Kozmus1, Vladimir Meglič2, Meta Virant-Doberlet1, Peter Dovč3 1 National Institute of Biology, Večna pot 111, SI-1000 Ljubljana, Slovenia 2 Agricultural Institute of Slovenia, Hacquetova 17, SI-1000 Ljubljana, Slovenia 3 University of Ljubljana, Biotechnical Faculty, Groblje 3, SI-1230 Domžale, Slovenia 29.9.06 - 17:40 About 300 bumblebee species (Apidae: Bombus) are known world-wide. They are divided into 38 subgenera and species from which 16 subgenera can be found also in Europe. Based on previous studies using morphological char- acterisations 31 bumblebees species belonging to nine subgenera can be found in Slovenia. In this study mitochondrial DNA (mtDNA) sequences and microsatellite analysis for assessment of genetic population structure and diversity of bumblebees in Slovenia were used. Approximately 500 bumblebees from 102 different localities in Slove- nia were included. 21 different bumblebee-species were identified by morphology using different keys. Sequencing of 450-bp fragment of mtDNA COI confirmed 21 different species and also showed that all sequences obtained from the same species were monomorphic, with exceptions of species B. lucorum, B. pascuorum and B. terrestris where different numbers of transitions were found. Sequences have been compared with 333 sequences of bumblebee mitochondrial COI fragments deposited in the GenBank. The sequence similarity with deposited sequences was high, however, deletions, insertions and transitions were found in almost all species. In addition six microsatellite loci were used to investigate genetic differentiation for six of the most widespread species over Slovenia: B. hortorum, B. humilis, B. lapidarius, B. lucorum, B. pascuorum and B. terrestris. All microsatellite loci displayed high levels of polymorphism in all analyzed species. The total number of alleles detected per locus ranged from 21 to 27 and calculated heterozygosities ranged from 0.67 to 0.85 and showed high variability within species. The 10 species previously described in Slovenia but not found in the current study might still be present in nature in very low numbers. However, they could already be extinct because of destruction of their natural habitats.

GENETSKA KARAKTERIZACIJA ČMRLJEV (HYMENOPTERA: APIDAE) V SLOVENIJI

Peter Kozmus1, Vladimir Meglič2, Meta Virant-Doberlet1, Peter Dovč3 1 Nacionalni inštitut za biologijo, Večna pot 111, 1000 Ljubljana, Slovenija 2 Kmetijski inštitut Slovenije, Hacquetova 17, 1000 Ljubljana, Slovenija 3 Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta, Oddelek za zootehniko, Groblje 3, 1230 Domžale, Slovenija

Na svetu je pozanih približno 300 vrst čmrljev (Apidae: Bombus). Razdeljene so v 38 podvrst, od katerih jih je v Evropi prisotnih 16. Na podlagi prejšnjih študij, ki so temeljile le na morfološki karakterizaciji, je v Sloveniji prisotnih 31 vrst čmrljev, ki so razdeljeni v 9 podvrst. V tej študiji smo poleg morfoloških znakov preiskovali tudi sekvenčno zaporedje odseka mitohondrijske DNK (mtDNK) in mikrosatelitne markerje, za ocenitev genetske strukture populacije in raznolikosti čmrljev v Sloveniji. V analizo je bilo vključenih približno 500 čmrljev iz 102 lokacij po Sloveniji. S pomočji opisov in različnih indentifikacijskih ključev, je bilo določenih 21 različnih vrst čmrljev. Tudi sekvenčna analiza 450-bp dolgega odseka mtDNK je potrdila 21 različnih vrst in poleg tega odkrila, da so vse dobljene sekvence istih vrst enake, razen pri vrstah B. lucorum, B. pascuorum in B. terrestris, kjer so bile najdene točkaste mutacije. Sekvence smo primerjali tudi s 333-imi različnimi sekvencami, ki so shranjene v bazi GenBank. Sekvence so si bile med sabo zelo podobne, našli smo le posamezne mutacije. V mikrosatelitno analizo smo vključili šest mikrosatelitnih lokusov in šest najbolj razširjenih vrst čmrljev v Sloveniji: B. hortorum, B. humilis, B. lapidarius, B. lucorum, B. pascuorum in B. terrestris. Vsi mikrosatelitni lokusi so bili zelo polimorfni, pri vseh analiziranih vrstah. Skupno število najdenih alelov na polimorfen lokus je bilo med 21 in 27 in izračunana hete - rozigotnost je bila od 0.67 do 0.85, kar kaže na veliko znotrajvrstno variabilnost. 10 preostalih vrst, ki so bile opisane v Sloveniji, v tej študiji niso bile vključene, ker jih nismo našli. Njihovo število v naravi je lahko zelo majhno, lahko pa so tudi že izumrli, predvsem zaradi uničevanja njihovega naravnega okolja.

65 Genetika 2006

MOLECULAR CHARACTERIZATION OF CHICKEN IMMUNOCOMPETENT CELL RESPONSE TO MYCOPLASMA SYNOVIAE HAEMAGGLUTININS

Miha Lavrič1,2, Travis W. Bliss2, Michele N. Maughan2, John E. Dohms2, Dušan Benčina1, Bernd Kaspers3, Calvin L. Keeler Jr.2, Mojca Narat1 1 University of Ljubljana, Biotechnical Faculty, Ljubljana, Slovenia 29.9.06 - 17:50 2 University of Delaware, Department of Animal and Food Sciences, Newark, USA 3 Institute of Physology, Physiological Chemistry and Animal Nutrition, Ludwig-Maximmilian-Universität, Germany

Mycoplasma synoviae (MS) is the causative agent of chronic respiratory disease and infectious synovitis in chickens and turkeys. Only scarce data is available on the interaction of MS and its antigens with chicken immunocompetent cells. Our research included chicken macrophages infected with MS or exposed to MS antigens. From MS surface antigens, VlhA haemagglutinin, a major immunomodulatory membrane protein, was selected for more exhaustive research. MS infection, exposure to MS membrane antigens or exposure to VlhA, showed induced expression of genes for proinflammatory cytokines and nitric oxide synthesis in chicken macrophages, as well as induced secretion of listed molecules. Using a 5k avian innate immunity microarray, a variety of chicken macrophage chemokine and cytokine genes involved in the avian inflammatory response as well as genes involved in other aspects of innate immune response, were found to respond to MS infection or exposure to VlhA. Microarray results of selected genes were confirmed with qRT-PCR.

MOLEKULARNA KARAKTERIZACIJA ODZIVA KOKOŠJIH IMUNSKO ZMOŽNIH CELIC NA PRISOTNOST HEMAGLUTININOV IZOLIRANIH IZ BAKTERIJE MYCOPLASMA SYNOVIAE

Miha Lavrič1,2, Travis W. Bliss2, Michele N. Maughan2, John E. Dohms2, Dušan Benčina1, Bernd Kaspers3, Calvin L. Keeler Jr.2, Mojca Narat1 1 Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta, Ljubljana, Slovenija 2 University of Delaware, Department of Animal and Food Sciences, Newark, USA 3 Institute of Physology, Physiological Chemistry and Animal Nutrition, Ludwig-Maximmilian-Universität, Germany

Mycoplasma synoviae (MS) je povzročitelj kronične respiratorne bolezni in infekcioznega sinovitisa pri kokoših in puranih. Na voljo so le skopi podatki o interakciji MS in njenih antigenov s kokošjimi imunsko zmožnimi celicami. V sklopu naših raziskav smo kokošje makrofagi okužili z MS ali izpostavili MS antigenom. Izmed površinskih antigenov MS smo za izčrpnejše raziskave izbrali VlhA, ki je poglavitni membranski imunomodulatorni protein MS. Okužba z MS, izpostavitev membranskim antigenom MS ali izpostavitev proteinu VlhA so povzročili porast izražanja genov za sintezo proinflamatornih citokinov in dušikovega oksida, skupaj s povečano sekrecijo naštetih molekul. Z uporabo 5k mikromreže za ptičjo prirojeno imunost smo ob okužbi kokošjih makrofagov z MS ali njihovi izpostavitvi VlhA, opazili odziv vrste kemokinskih in citokinskih genov vpletenih v ptičjem vnetnem odgovoru ter genov značilnih za druge aspekte prirojenega imunskega odgovora. Po analizi z mikromrežo so se rezultati odziva izbranih genov potrdili z uporabo qRT-PCR.

66 Golden Chromosome / Zlati kromosom

CHARACTERIZATION OF SLOVENE COMMON BEAN GENETIC RESOURCES BY MOLECULAR, BIOCHEMICAL AND MORPHOLOGICAL MARKERS

Marko Maras1, Jelka Šuštar-Vozlič1, Branka Javornik2, Vladimir Meglič1 1 Agricultural Institute of Slovenia, Hacquetova 17, 1000 Ljubljana, Slovenia 2 Biotechnical Faculty, Agronomy Department, Jamnikarjeva 101, 1000 Ljubljana, Slovenia 29.9.06 - 18:00 Common bean (Phaseolus vulgaris L.) is a widely distributed crop, representing a major protein input in the population diet. Two distinct gene pools of cultivated beans in the Andes and in Middle America have been described. The Agricultural Institute of Slovenia holds 995 bean accessions collected from various parts of Slovenia. In a study reported here, the genetic variation and relationships among 139 accessions were evaluated by AFLP markers. In the UPGMA dendrogram, Slovene accessions clustered near Andean (Group 1) and Mesoamerican control genotypes (Group 2). A set of 42 accessions clustered into Sub-group A within Group 1, that is specific to the area examined or represents additional variation already existing in the New World. The distribution of the accessions according to the type of phaseolin seed protein was observed. The accessions of Group 1 had Andean “C” and “T” type, whereas the accessions of Group 2 showed Mesoamerican “S” type. The majority of Sub-group A accessions showed new variation of “C” phaseolin (“CS”). Similar proportion of “C” phaseolin type has been identified in the Mediter- ranean area and Chile, indicating the possible origin of Slovene bean accessions. Morphological traits were found inadequate to accurately place the accessions into their proper gene pool, and there was overlap between the groups for the traits scored. This is in agreement with other reports that gene exchange between Andean and Mesoamerican germplasm has played a major role in the evolution of additional variation in primary and secondary centers of diversification of this species. KARAKTERIZACIJA SLOVENSKIH GENSKIH VIROV NAVADNEGA FIŽOLA Z MOLEKULSKIMI, BIOKEMIJSKIMI IN MORFOLOŠKIMI MARKERJI

Marko Maras1, Jelka Šuštar-Vozlič1, Branka Javornik2, Vladimir Meglič1 1 Kmetijski inštitut Slovenije, Hacquetova 17, 1000 Ljubljana, Slovenija 2 Biotehniška fakulteta, Oddelek za agronomijo, Jamnikarjeva 101, 1000 Ljubljana, Slovenija

Navadni fižol (Phaseolus vulgaris L.) je pomembna kmetijska kultura, ki v mnogih predelih sveta predstavlja glavni vir proteinov v prehrani. Obstoječa genska sklada navadnega fižola sta nastala na področju Andov in Srednje Amerike. Kmetijski inštitut Slovenije hrani 995 akcesij fižola, zbranih na področju celotne Slovenije. V raziskavo genetske raznolikosti in sorodstvenih odnosov z AFLP markerji je bilo vključenih 139 akcesij. Na UPGMA dendro- gramu so se slovenske akcesije porazdelile poleg andskih (Skupina 1) in srednjeameriških kontrolnih genotipov (Skupina 2). Znotraj andske Skupine 1 je del akcesij (42) tvoril Podskupino A, ki predstavlja dednino, svojstveno proučevanemu geografskemu področju, ali pa vneseno dodatno raznolikost s področja Južne Amerike. Grupiranje akcesij na osnovi tipa fazeolina, založne beljakovine v semenu, je bilo skladno z rezultati klastrske analize. Pri akcesijah iz Skupine 1 smo identificirali andska tipa “C” in “T”, pri akcesijah iz Skupine 2 pa srednjeameriški “S” tip. Pri večini akcesij iz Podskupine A smo identificirali nov tip fazeolina “CS”. Tako velik delež genskih virov s “C” tipom so doslej zasledili le v sredozemskih deželah in v Čilu, kar nakazuje možen izvor slovenskega fižola. Morfološki mar - kerji so se pokazali kot nezadostni pri določanju genetske sorodnosti in porekla akcesij fižola, saj se iste morfološke lastnosti izražajo pri akcesijah iz obeh genskih skladov. Ti rezultati in izsledki tujih raziskav nakazujejo, da je iz- menjava genetskega materiala med andskimi in srednjeameriškimi genotipi odigrala ključno vlogo pri nastanku dodatnih variant znotraj primarnih in sekundarnih centrov genetske raznolikosti navadnega fižola.

67 Genetika 2006

TRANSFECTION EFFICIENCY OF ELECTRICALLY-ASSISTED GENE DELIVERY TO TUMORS IS TUMOR TYPE AND TIME DEPENDENT

Suzana Mesojednik1, Gregor Serša1, Simona Kranjc1, Andrej Coer2, Darja Pavlin3, Gregor Tevž1, Alenka Grošel1, Maja Čemažar1 1 Institute of Oncology Ljubljana, Zaloška 2 29.9.06 - 18:10 2 University of Ljubljana, Medical faculty, Korytkova 2 3 University of Ljubljana, Veterinary Faculty, Gerbičeva 60, SI-1000 Ljubljana, Slovenia

Effective delivery of plasmid DNA by electroporation into cells of tumor tissue is still a major obstacle in successful electrogene therapy. In order to improve transfection efficiencies in vivo we determined optimal time interval between DNA injection and electroporation. Additionally, some possible physiological factors affecting DNA distribution and consequently transfection efficiency, such as the cell density as well as proteoglycans and collagen content of tumors were evaluated. Four tumor models (B16F1, EAT, SA-1, LPB) and two plasmid DNAs encoding luciferase or GFP were used. Plasmids were intratumorally injected at different time intervals before electroporation (8 square wave electric pulses, 600 V/cm, 5 ms, 1 Hz). Luciferase activity was measured by luminometer. GFP expression was estimated in frozen tumor sections using fluorescence microscope. The histological analysis for cell density, proteoglycans and collagen content was performed on sections cut from formalin fixed and paraffin em- bedded tissue using light microscopy. Transfection efficiencies were compared between the tumor models and correlated with histological properties.

UČINKOVITOST VNOSA GENOV V TUMORJE S POMOČJO ELEKTROPORACIJE IN VIVO JE ODVISNA OD TIPA TUMORJA IN ČASOVNEGA INTERVALA

Suzana Mesojednik1, Gregor Serša1, Simona Kranjc1, Andrej Coer2, Darja Pavlin3, Gregor Tevž1, Alenka Grošel1, Maja Čemažar1 1 Onkološki inštitut Ljubljana, Zaloška 2 2 Univerza v Ljubljani, Medicinska fakulteta, Korytkova 2 3 Univerza v Ljubljani, Veterinarska fakulteta, Gerbičeva 60; SI-1000 Ljubljana, Slovenija

Učinkovitost vnosa plazmidne DNA v tumorje z elektroporacijo predstavlja oviro pri protitumorski uspešnosti elektrogenske terapije. Namen našega dela je bil izboljšati učinkovitost transfekcije v tumorjih na osnovi določitve op- timalnega časovnega intervala med vnosom plazmidne DNA v tumorje in elektroporacijo. Raziskali smo tudi strukturne lastnosti tumorjev (gostoto celic ter vsebnost proteoglikanov in kolagena), ki bi lahko vplivale na razporeditev injicirane DNA v tumorju in s tem na učinkovitost transfekcije. V raziskavo smo vključili štiri tumorske mo dele (B16F1, EAT, SA-1, LPB). V tumorje smo injicirali plazmidno DNA z vključenim genom za luciferazo ali GFP ter jih nato izpostavili 8 električnim pulzom (600 V/cm, 5 ms, 1 Hz). Pri tem smo spreminjali časovni interval med injiciranjem plazmidne DNA ter elektroporacijo. Aktivnost luciferaze smo izmerili z luminometrom, ekspresijo GFP pa smo določili na zmrzlih rezih s fluorescentnim mikroskopom. Za histološko analizo tumorskih rezin smo tumorsko tkivo fiksirali v formalinu ter ga vklopili v parafin. Z uporabo svetlobnega mikroskopa smo določili gostoto celic ter vsebnost proteoglikanov in kolagena. Primerjali smo učinkovitost transfekcije med tumorskimi modeli ter jo analizirali v povezavi s histološkimi lastnostmi tumorjev. Rezultati raziskave so pokazali, da sta učinkovitost transfekcije ter optimalni časovni interval med injiciranjem DNA in elektroporacijo odvisna od tipa tumorja; najvišja je bila pri B16F1 tumorjih. Optimalni časovni interval pri B16F1 in EAT je krajši (5 – 15 min) v primerjavi z LPB in SA-1 tumorji (do 1 ure). Statistična analiza je pokazala, da med učinkovitostjo transfekcije ter celično gostoto kot tudi vsebnostjo proteoglikanov in kolagena obstaja negativna korelacija. V zaključek, učinkovitost transfekcije je odvisna od časovnega intervala med injiciranjem DNA in elektroporacijo kot tudi celične gostote ter zgradbe ekstracelularnega matriksa tumorjev.

68 Golden Chromosome / Zlati kromosom

DNA MICROARRAYS AND HEREDITARY EYE DISEASES

Vid Mlakar4, K. Jaakson1, J. Zernant1, Damjan Glavač4, Metka Ravnik-Glavač4, Martina Jarc Vidmar5, R. Allikmets2,3 1 Asper Biotech, Tartu, Estonia 2 Columbia University, Department of Ophthalmology, New York, USA 3 Columbia University, Department of Pathology, New York, USA 29.9.06 - 18:20 4 Faculty of Medicine, Institute of Pathology, Department of Molecular Genetics, Ljubljana, Slovenia 5 University Eye Clinic, Medical Centre, Ljubljana, Slovenia

Arrayed Primer Extension (APEX) is a genotyping method. It is based on hybridization of probe and target nucleic acid and subsequent extension of probe with DNA polimerase. Microarray is composed of 25 base probe oligonucleotides, which are covalently linked at their 5' to the support, which leaves 3' free for DNA synthesis. Each probe on such microarray represents a specific base that is being identified and anneals directly in front of that base at its 5' end. DNA which is being genotyped is amplified with PCR, fragmented and denatured. The extension of probe proceeds with the use of ddNTPs. Because each ddNTP is labeled with different fluorescent dye each subsequent nucleotide complementary to target can be determined. With APEX we intend to shorten time and increase flexibility when detecting known mutations. We used APEX to create ABCR400 chip for detection of 382 know variants of ABCR gene. Screening included 28 Slovenian patients with diagnosed Stargardt disease. We found 27 mutations in 19 patient of which 13 were different. The most frequent of 27 mutation were G1961E, R681X in Q1412X. ABCR400 chip was more than 98% effective in detecting variants included on chip. The chip alone determined 54% of all possible disease-associated ABCR alleles in random cohort of Stargardt disease patients. The main advantage of APEX is speed, flexibility and low cost. However method allows for discovery of new mutation only at particular positions and is unable to detect large rearrangements.

DNA ČIPI IN DEDNE OČESNE BOLEZNI

Vid Mlakar4, K. Jaakson1, J. Zernant1, Damjan Glavač4, Metka Ravnik-Glavač4, Martina Jarc Vidmar5, R. Allikmets2,3 1 Asper Biotech, Tartu, Estonia 2 Columbia University, Department of Ophthalmology, New York, USA 3 Columbia University, Department of Pathology, New York, USA 4 Medicinska fakulteta, Inštitut za patologijo, Oddelek za molekularno genetiko, Ljubljana, Slovenija 5 University Eye Clinic, Medical Centre, Ljubljana, Slovenia

Podaljševanje oligonukleotidov na čipu (Arrayed Primer Extension – APEX) je genotipizacijska metoda. Temelji na hibridizaciji tarče in sonde in naknadnega podaljševanja sonde s polimerazo DNK. Čip je sestavljen iz oligonukleotidnih sond dolgih 25 baz, ki so na nosilec vezane preko 5' konca, kar pušča 3' konec prost za sintezo DNA. Vsaka oligonukleotidna sonda predstavlja bazo, ki jo želimo identificirati in leži na 5' koncu pred nezano bazo v tarči. DNA v kateri želimo določiti spremembe pomnožimo z verižno reakcijo s polimerazo, jo fragmentiramo in denaturiramo. Podaljševanje sonde sledi po hibridizaciji tako, da uporabimo dideoksinukleotide (ddNTPje). Vsak ddNTP je ozančen z drugačnim barvilom, kar omogoča določitev nukleotida, ki je ko-mplementaren prvemu tarčnemu nukleotidu. Z metodo želimo skrajšati čas in povečati fleksibilnost pri detekciji že znanih mutacij v genu ABCR. Na podlagi metode smo izdelali čip ABCR400 za določevanje 382 znanih variant gena ABCR, ki so odgovorne za nastanek Stargadtove bolezni. V raziskavo je bilo vključenih 28 Slovenskih bolnikov s Stargardovo boleznijo. Pri 19 od 28 bolnikov smo potrdili 27 mutacij, od teh je bilo 13 različnih. Najpogostejše mutacije so bile G1961E, R681X in Q1412X. Zanesljivost metode smo ocenili na več kot 98% pri variantah vključenih na čip. Pri naključno izbrani skupini bolnikov s Sta-rgardtovim sindromom pa smo s čipom uspeli zaznali 54% vseh možnih alelov povezanih s Stargardovo boleznijo. Prednosti metode so predvsem hitrost testiranja dednine na že znane mutacije, flaksibilnost pri razvoju in nizka cena. Metoda omogoča zaznavanje de novo sprememb samo na specifičnih pozicijah in ni zmožna zaznati velikih sprememb.

69 Genetika 2006

THE CONSTRUCTION OF BOVINE-HUMAN SYNTENY MAP USING AVAILABLE MAPPED BOVINE MARKERS

Andrej Razpet University of Ljubljana, Biotechnical Faculty, Zootechnical Department, Groblje 3, 1230 Domžale, Slovenia

29.9.06 - 18:30 The term synteny refers to two regions of two genomes that show considerable sequence similarity and rough conservation of the gene order in those regions, and thus are likely to be related by common descent. Practical use of synteny maps is limited mostly by marker. Thus, in our study, three databases (MARC; Itoh et. al, 2005; Everts- van der Wind et al., 2005) of markers with known location on Bos taurus genome were integrated. Different methods were used for individual database construction. Marker sequences were compared to the human genome (build 35). The best matches to the more investigated human genome were used as guides for identification of 213 synteny blocks containing 6023 markers. Further 208 synteny blocks contain just one marker. These singletons are most likely microrearrangements or false positives from similarity search. Genetic and physical maps can be easily integrated using human genome as a guideline which is of special importance for unsequenced genomes. Synteny maps can improve gene search, gene annotation, enable faster assemblance of shot gun genome sequencing project and reconstruction of phylogeny.

IZDELAVA KARTE SINTENIJE MED GOVEDOM IN ČLOVEKOM NA OSNOVI RAZPOLOŽLJIVIH OZNAČEVALCEV NA GENOMU GOVEDA

Andrej Razpet Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta, Oddelek za zootehniko, Groblje 3, 1230 Domžale, Slovenija

Izraz sintenija označuje vsaj dva dela genomov, za katera je očitna podobnost nukleotidnih zaporedij in v grobem ohranjen vrstni red genov, kar kaže na skupen izvor. Uporabnost kart sintenije je odvisna predvsem od gostote oz- načevalcev. V naši raziskavi smo zato združili tri večje podatkovne zbirke (MARC; Itoh in sod., 2005; Everts-van der Wind in sod., 2005) označevalcev, katerih pozicija na genomu goveda (Bos taurus) je bila določena z različnimi metodami. Označevalcem smo določili najbolj podobna zaporedja v genomu človeka (verzija 35). Bolj raziskani človeški genom smo uporabili kot vodilo za določitev 213 blokov sintenije med primerjanima genomoma, ki vsebujejo 6023 označevalcev. Dodatnih 208 blokov sintenije, ki vsebujejo po en označevalec, nismo upoštevali, ker gre najverjetneje za primere mikroprerazporeditev oziroma za lažne pozitivne rezultate pri iskanju najbolj podobnih zaporedij. Genetske in fizične karte se z uporabo človeškega genoma kot vodila enostavno integrirajo v karto sintenije. Taka integracija ima uporabno vrednost zlasti pri slabše raziskanih genomih. Karte sintenije lahko močno pospešijo iskanje genov pri organizmih, ki nimajo znanega celotnega nukleotidnega zaporedja genoma, olajšajo anotacijo, pospešijo delo pri sestavljanju zaporedij iz »shot gun« genomskih projektov in omogočajo rekonstrukcijo filogenije.

70 Golden Chromosome / Zlati kromosom

PHYSIOLOGICAL AND MICROARRAY ANALYSES OF CHOLESTEROL HOMEOSTASIS IN THE POLY- GENIC MOUSE MODEL OF OBESITY

Matjaž Simončič1, Damjana Rozman2, Tadeja Režen2, Peter Juvan2, Simon Horvat1 1 University of Ljubljana, Biotechnical Faculty, Zootechnical Department, 1230 Domžale, Slovenia 2

University of Ljubljana, Centre for Functional Genomics and Bio-Chips, Institute of Biochemistry, Faculty 29.9.06 - 18:40 of Medicine, 1000 Ljubljana, Slovenia

World health organization reports that obesity related diseases have become the primary cause of death in developed countries while the developing world follows the same trend. Many of these obesity-related diseases are associated with the increased level of plasma cholesterol. We study a unique animal model for elucidating the genetic basis of obesity that has been developed by several generation of selective breeding for high (F line) and low (L line) body fat content. One quantitative trait locus (QTL) on chromosome 15 (isolated in a congenic line U) has been previously shown to affect the RNA expression levels of some cholesterol biosynthesis genes. Here we first confirmed by the real time PCR that HMG-CoA reductase gene is indeed differentially expressed between the F and the congenic line U and that this QTL has significant effects on various fat pad weights as well as other obesity-related traits. In addition, we tested for RNA expression differences of all the genes involved in the cholesterol synthesis pathway by using the “sterol talk” custom microarray. Current status of this analysis as well as the phenotype screen analysis (plasma, liver lipid profile, physical activity, oxydative capacity of striated muscle) will be presented and discussed. The combined genetic mapping, physiological and transcriptome analyses should help us to identify causal genes responsible for the obesity QTL effects as well as disentangle the complexity of gene-gene interactions involved in the control of cholesterol homeostasis in our animal model.

FIZIOLOŠKE ANALIZE IN ANALIZE MIKROMREŽ HOMEOSTAZE HOLESTEROLA PRI POLIGENEM MODELU MIŠI ZA DEBELOST

Matjaž Simončič1, Damjana Rozman2, Tadeja Režen2, Peter Juvan2, Simon Horvat1 1 Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta, Oddelek za zootehniko, 1230 Domžale, Slovenija 2 Univerza v Ljubljani, Center za funkcijsko genomiko in bio-čipe, Inštitut za biokemijo, Medicinska fakulteta, 1000 Ljubljana, Slovenija

Svetovna zdravstvena organizacija poroča, da so obolenja v povezavi z debelostjo postala primarni vzrok smrti v deželah razvitega sveta, podobne smernice pa so prisotne tudi v razvijajočem svetu. Številne bolezni v povezavi z debelostjo so povezane s povišanim nivojem holesterola v krvni plazmi. Pri pojasnjevanju genetskih osnov debelosti proučujemo edinstven živalski model, ki je bil razvit na podlagi selekcioniranja na višji (F linija) in nižji (L linija) delež telesnih maščob. Predhodne raziskave kvantitativnega lokusa za debelost na kromosomu 15 (izoliran v kongeni liniji U) so pokazale, da ima le-ta vpliv na izražanje nekaterih genov v biosintetski poti holesterola. V naši raziskavi smo s PCR analizo v realnem času potrdili, da se gen za HMG-CoA reduktazo različno izraža pri mišji liniji F in U, poleg tega pa ima omenjeni kvantitativni lokus tudi vpliv na relativni delež telesnih maščob, kot tudi na ostale fenotipske lastnosti, ki so povezane z debelostjo. Razlike v izražanju RNA vseh genov, ki so vključeni v biosintetsko pot holesterola, smo analizirali s pomočjo “sterol talk” mikromrež. Rezultati analize mikromrež bodo predstavljeni v povezavi s fenotipskimi lastnostmi (plazma, jetrni lipidi, fizična aktivnost, oksidativna kapaciteta prečno progastih mišic). Genetsko kartiranje, fiziološke analize in analize transkriptoma bodo prispevale k identi- fikaciji vzročnih genov za debelost, kot tudi pojasnili medsebojne vplive genov, ki so vključeni v homeostazo holesterola pri našem živalskem modelu.

71 Genetika 2006

SPORADIC AND FAMILIAL CJD IN SLOVENIA: MOLECULAR CLASSIFICATION AND CHARACTERISATION

Mojca Stražišar1, Mara Popović3, Bart Van Everbroeck2, Damjan Glavač1 1 University of Ljubljana, Faculty of Medicine, Institute of Patology, Department of Molecular Genetics, Ljubljana, Slovenia 2 University of Antwerp, Neurobiology, BBF, Campus Drie Eiken, The Netherlands 29.9.06 - 18:50 3 University of Ljubljana, Faculty of Medicine, Institute of Pathology, Ljubljana, Slovenia

Prion diseases (PrDs) are progressive fatal diseases characterised by the accumulation of a disease-associated, pathological form of prion protein (PrPSc) in the central nervous system. The most frequent human PrD is Creutzfeldt-Jakob disease (CJD) and the majority of cases are sporadic disorders without specified aetiology. Disease-specific mutations in the prion protein gene (PRNP) and the codon 129 polymorphism have been proven to influence the phenotype of PrDs. Determination of 14-3-3, amyloid-β (Aβ1-42) and phosphorylated tau (Tau) proteins in the cerebrospinal fluid (CSF) are becoming important factors in molecular classification of PrDs. In 10 year period 22 from 39 suspected cases have been confirmed as sporadic Creutzfeldt-Jakob disease (sCJD), because the analysis of the whole gene revealed no mutations, typical for familiar form of CJD. With single stranded conformational polymorphism analysis and sequencing we determined that in 11 cases codon 129 of the PRNP gene was homozygous (1 VV and 10 MM) and in one heterozygous. 14-3-3 protein was verified in 11 of 12 tested CSF samples from the sCJD cases and higher levels of Tau (>1300pg/ml) and threshold levels of Aβ1- 42 (100-400pg/ml) detected. Molecular genetics and immunohistochemical results have been in accordance with results from neuropathological analysis of the brain. The number of Slovenian sCJD cases during the last two decades years has shown an increase in incidence, probably due to improved surveillance and research. Confirmation and characterisation of the CJD is complex and done on clinical, neuropathological and molecular level. Biomarker analysis of CSF combined with genetic screening of the PRNP gene show a potential for sensitive and specific differential diagnosis of CJD. Nevertheless, the only way of establishing a definite diagnosis of Creutzfeldt-Jakob disease is a post mortem examination of the brain.

SPORADIČNE IN DRUŽINSKE OBLIKE CJD V SLOVENIJI: MOLEKULARNA KLASIFIKACIJA IN KARAKTERIZACIJA

Mojca Stražišar1, Mara Popović3, Bart Van Everbroeck2, Damjan Glavač1 1 Univerza v Ljubljani, Medicinska Fakulteta, Inštitut za patologijo, Oddelek za molekularno genetiko, Ljubljana, Slovenija 2 University of Antwerp, Neurobiology, BBF, Campus Drie Eiken, The Netherlands 3 Univerza v Ljubljani, Medicinska Fakulteta, Inštitut za patologijo, Ljubljana, Slovenija

Prionske bolezni so progresivne, smrtne bolezni, ki jih opredeljuje kopičenje bolezenske oblike prionskega proteina (PrPSc) v centralnem živčnem sistemu. Najpogostejše obolenje je sporadična oblika Creutzfeldt-Jakobove bolezni (CJB), brez značilne eti- ologije. Ugotovljeno je, da na fenotip bolezni vplivajo specifične mutacije v genu PRNP in polimorfizem kodona 129. K molekularni klasifikaciji bolezni pa spada tudi analiza dokazovanje proteinov 14-3-3, amiloid-β(Aβ1-42) in fosforiliranega tau (Tau) v cerebrospinalni tekočini(CSF). V desetih letih je bilo v Sloveniji 39 primerov suma na CJB. Z analizo celotnega gena smo pri 22 primerih potrdili sporadično obliko CJB (sCJB), saj nismo zasledili mutacij v genu PRNP, kar je značilnost družinske oblike te bolezni. Z enoverižno konformacijsko analizo in potrditvijo s sekveniranjem smo v 11 primerih določili homozigotnost kodona 129 (10 MM in 1VV) v enem pa heterozigotnost (M/V). Pri 11 od 12 potrjenih primerov sCJB smo dokazali protein 14-3-3 v likvorju. V primerih potrjene diagnoze sCJB je bila ugotovljena tudi povišana vrednost Tau (>1300 pg/ml) in vrednost Aβ1- 42, v ali blizu meje (100-400 pg/ml), ki ločuje med CJB in drugimi nevrološkimi obolenji. Molekularno-genetski in imunohi - stokemijskimi rezultati so bili v skladu z rezultati, dobljenimi z nevropatološkimi analizami možganskega tkiva. Število slovenskih primerov sCJB v zadnjih 20ih letih narašča, kar je posledica boljšega nadzora in večje obveščenosti o tej bolezni. Karakterizacija in potrditev te bolezni je zahtevna in na več nivojih- kliničnem, nevropatološkem in molekularnem. Kombinacija uporabe omenjenih biomarkerjev pri preiskovanju CSF in genske analize, bi v prihodnosti lahko postala ogrodje občutljive in specifične diferencialne diagnoze CJB, vendar pa je še vedno edina možnost zagotove diagnoze analiza možganov po smrti pacienta.

72 BIOTECHNOLOGY BIOTEHNOLOGIJA 30.9.06 - 8:00 terferonov nainfekcijo sHCoV-229Einboljnatančnoponazorilo situacijoobinfekcijisHCoV-229E pričloveku. huAPN transgenihmiši zmutantami,kisodeficientneleza IFNtipaIinIIbonadaljeosvetlilo učinekin- študij HCoV-229Epatogeneze,tkivnosprcifičnost, replikacijoinšiirtevvimunskokompromitiranemgostitelju.Križanje pljučih okuženihtransgenihmišitudiodražali poslediceaktivnereplikacijevirusa.Našehumaniziranemišiomogočajo kompromitiranih miši.Virusanismoodkrili samovvelikihkoličinahrazličnihtkivih,temvečsobolezenskiznaki miši. Končnojeadaptacijačloveškega virusanacelicmišivodiladouspešneinfekcijehumaniziranihinimunsko replikacijom virusainvitro,vendarvirus spetnibilsposobeninfekcijoimunskokompromitiranihhuAPNtransgenih za virusinvivo.SkrižanjemhuAPNtransgenih mišizIFN-neodzivnimiStat1-/-mišmismodoseglibistvenoboljšo funkcionalnost transgenegareceptorja.Izražanječloveškegareceptorjapanibilo zadostnozademonstracijodovzetnosti genom miši.Primarne embrionalnecelicetransgenihmišisobiledovzetnezainfekcijozHCoV-299E, karkažena aminopeptidaza N(APN)/CD13,kipredstavljačloveškireceptorzainterakcijo medvirusomingostiteljskocalico,v za nalezljivobolezenčloveka,kijopovzročakoronavirusHCoV-229Esmopripravili zvstavljanjemgenskegakonstrukta Živalski modelipredstavljajoosnovnoorodjezaštudijdinamikeinterakcijmedpatogeni ingostiteljivivo.Mišjimodel human receptorwasnotsufficienttoconfervirussusceptibility were susceptibletoHCoV-299E,indicatingthefunctionalityoftransgenereceptor.However,expression N (APN)/CD13,thehumanreceptorforvirus-cellinteractionintomice.Primary embryoniccellsfromtransgenicanimals the humancoronavirusHCoV-229Einfectiousdiseasehasbeengeneratedbyadditivegenetransferofaminopeptidase Animal modelsareessentialtoolsforstudyingthedynamicsofhostpathogeninteraction 5 4 3 2 C. Lassnig STUDYING HUMAN PATHOGENS FINETUNINGAHUMANIZEDMOUSE INANIMALMODELS: Genetika 2006 5 4 3 2 1 1 C. Lassnig MIŠ HUMANIZIRANA ŠTUDIJ ČLOVEŠKIHPATOGENOV ZŽIVALSKIMI MODELI:NATANČNO PRIREJENA effects ofIFNsonHCoV-229Einfectionsandalsomimicthesituationinhumansmoreaccurately. Crossing thehuAPN-transgenicmicetomutantssolelydeficientinIFNtypeIandIIwillfurtherelucidate mice allowstudiesintoHCoV-229Epathogenesis,tropism,replicationandspreadinimmunocompromisedhost. tissues, butalsothelunghistopathologyoftransgenicmicewasconsistentwithactivevirusreplication.Ourhumanized infection ofthehumanizedandimmuno-compromisedmice.Viruswasnotonlydetecedinlargeamountsdifferent immunocompromised huAPN-transgenicmice.Finally,adaptationofthehumanvirustomurinecellsledsuccessful responsive Stat1-/-miceresultedinmarkedlyenhancedvirusreplication University ofVeterinary Medicine, InstituteofAnimalBreedingandGenetics,1210,Vienna,Austria Investigaciones Cientificas,28049,Madrid,Spain Department ofMolecularandCellBiology, Centro NacionaldeBiotecnologia,ConsejoSuperior Hannah Research Institute,Ayr UK KA6 5HL, University ofVeterinary Medicine, BiomodelsAustria,1210,Vienna,Austria Production, DepartmentofAgrobiotechnology, IFA-Tulln, 3430Tulln, Austria University ofNaturalResources andAppliedLifeSciences,InstituteofBiotechnologyinAnimal University ofVeterinary Medicine,InstituteofAnimalBreedingandGenetics,1210,Vienna,Austria Investigaciones Cientificas,28049,Madrid,Spain Department ofMolecularandCellBiology, CentroNacionaldeBiotecnologia,ConsejoSuperior Hannah Research Institute,Ayr UK KA6 5HL, University ofVeterinary Medicine,BiomodelsAustria,1210,Vienna,Austria Production, Department ofAgrobiotechnology, IFA-Tulln, 3430Tulln, Austria University ofNaturalResources andAppliedLifeSciences,InstituteofBiotechnologyinAnimal 1,2 1,2 74 , A. Kolb , A. Kolb , A. 3 3 , B.Strobl , B.Strobl 2 2 , L. Enjuanes , L. Enjuanes , L. 4 4 & M.Müller & M. Müller in vivo 1,2,5 1,2,5 . CrossinghuAPNtransgenicmicewithIFN-un- in vitro , but,again,thevirusfailedtoinfect in vivo . Amousemodelof P. Frajman, T. Lenasi,M.Debeljak,S. Hobor, T. Kunej inP. Dovč GENOV MOLEKULSKI MEHANIZMI,KIVPLIVAJO NAURAVNAVANJE IZRAŽANJALAKTOPROTEINSKIH in dairyspecies. ulatory eventsatmolecularlevelwillallowidentificationofmarkerssuitableformarkerassistedselection splicing whichisaconsequenceofthepresenceweakexonsinlactoproteingenes.Deeperunderstandingreg- at leastapartofminorproteinproductsobservedinfractionmilkmaybecausedbydifferencialRNA mRNA splicingisalsoafrequentlyobservedphenomenoninlactoproteingeneexpression.Ourresultssuggestthat expression. Invitrosystemshavebeenusedforthestudyofpromoter-and3'-UTRregulatoryelements.Differential were foundtobeinvolvedintheregulationoftranscriptstabilityandconsequentlyfinegene gland indifferentmammalianspecies.Inaddition,theallelespecificpolymorphismswithin3'-UTRsequences elements, responsiblefortissuespecificandtimelyco-ordinatedexpressionoflactoproteingenesinmammary A fewexamplesforthesestrategieswillbepresented.Promoter studieswereusedfordetectionofcommonregulatory proaches havebeenusedforidentificationofQTLregionsandcandidategeneswithmajoreffectonmilkproduction. volved incoordinatedgeneexpressionthemammaryglandthroughdifferentstagesoflactation.Genomicap- dissection ofregulatorysequencesthelactoproteingenesofferspossibilitytodiscovercommonmechanismsin- in themammaryglanddependsoncomplexhormonalstimulationofwithprolactinasamajorplayer.Molecular nutrition andimmunologicalprotectionoftheyoungduringitsearlyperiodlife.Regulationgeneexpression Mammary glandisahighlyspecializedorganinmammalsdesignedtoproducemilkordersupplyappropriate University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, ZootechnicalDepartment,Groblje3,1230Domžale,Slovenia P. Frajman, T. andP. Lenasi,M.Debeljak,S. Hobor,T. Kunej EXPRESSION MOLECULAR MECHANISMSINVOLVED INTHEREGULATION OFLACTOPROTEIN GENE lekcijske postopke. na molekulskiravniuravnavajoizražanje genov,boomogočilotudiuporabomolekulskihmarkerjevzasodobnese- karjeposledicaprisotnostišibkiheksonovvlaktoproteinskihgenih.Boljše razumevanjemehanizmov,ki mRNA, genih. Naširezultatinakazujejo,dajevsajdelproteinskihkomponentmleka posledica alternativnegaprocesiranja vitro sistemi in posledičnovfinoregulacijogenskeekspresije.Učinekpromoterskih3’-UTR elementovsmoproučevalizin pri različnihvrstahsesalcev.Polimorfizmi v3’-neprevedenihregijahsovključeniuravnavanjestabilnostiprepisov so odgovornizatkivnospecifičnoinčasovnokoordiniranoizražanjelaktoproteinskih genovvrazličnihfazahlaktacije genov, kivplivajonamlečnost.Študijpromoterskihzaporedijomogočaodkritje splošnihkontrolnihelementov,ki velikim učinkomnaproizvodnjomleka.Predstavljeni bodonekateriprimeriuspešneidentifikacije kandidatnih zličnih fazahlaktacije.Genomskipristopsepogostouporabljazaodkrivanje QTLregijinkandidatnihgenovz laktoproteinskih genovomogočaodkritjesplošnihmehanizmov,kisovpleteni vkoordiniranoizražanjegenovra- od kompleksnehormonalnestimulacije,kjerigraglavnovlogoprolaktin.Molekularna analizaregulatornihzaporedij in imunološkezaščitemladičavzgodnjemobdobjuživljenja.Uravnavanjeizražanja genovvmlečnižlezijeodvisno Mlečna žlezajevisokospecializiranorgansesalcev,namenjenproizvodnjimlekazazagotavljanjeustrezneprehrane Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Oddelekzazootehniko, Groblje3,1230Domžale,Slovenija . AlternativnoprocesiranjemRNAjetudipogostmehanizem,kigazasledimo prilaktoproteinskih Dovč Biotechnology /Biotehnologija 75

30.9.06 - 8:30 30.9.06 - 8:50 kar kaženafunkcionalnost rekombinantnegakapakazeina. in ugotovilizmanjšanovelikostmicelpri linijikuncev,kijeizražalavelikekoličinerekombinantnegakappakazeina, malo Phe.Pri našihtransgenihkuncihsmonadomestilikodone zaPhevgenukappakazeinzdrugimikodoni pri presnovifenilalanina,karvodidoduševne zaostalostipacientov,karpajolahkoomilimosprehrano,kivsebuje linija #949pajekazalanižjoaznačilno ekspresijoTNAP. Fenilketonurijajegenetskabolezen,kipovzroča motnjo ki vmlekuproizvajajoTNAPpodkontrolo WAPpromotorja.VisokoaktivnostTNAPsmoodkrilivmlekulinije#932, alkalna fosfataza)lahkougodnovpliva napteprečevanjeGramnegativnesepse,smopripravilitransgenekunce, je najpogostejšivzroksmrtivbolnišnicah.Dabipreverilinašohipotezo,dapovečana ravenTNAP(tkivnonespecifična ki jonajdemovnormalničloveškiplazmi.Gramnegativnasepsa,jebolezen, kijopovzročajolipopolisaharidi,in mWAP smouspeliizrazitikivnospecifično.Aktivnostrekombinantnegaproteina jedosegala5do8%aktivnosti, s človeškimfaktorjemVIIIzastrjevanjekrvi(hFVIII-MT-I)podkontrolomlečno žlezospecifičnegapromotorja mleka, kerimajovelikagnezda,kratekgeneracijskiintervalinvisokovsebnost beljakovinvmleku.Genskikonstrukt komercialni ravni.Transgeni kuncisoprivlačnaalternativazavrste,kijihnavadnouporabljamo zaproizvodnjo Transgeni kuncisoodličnibioreaktorjizaproizvodnjorekombinantnihproteinovvmlekutakona poskusnikotna reduced inthehigheroftwoexpressinglinesshowingthatrecombinantkappa-caseinisfunctional. kappa-casein theendogenousPhecodonswerereplacedinrecombinantkappa-casein.Caseinmicellesizes mental retardationofpatientswhichcanbeavoidedbylowPhediet.Inourtransgenicrabbitsexpresslow-Phe Phenylketonuria isageneticdisorderthatcharacterizedbyaninabilityofthebodytoutilizephenylalaninecausing was detectedinthemilkof#932founderwhileline#949activitylowerbutsignificant. sepsis, transgenicrabbitsexpressingTNAPintheirmilkundercontrolofWAPpromoterwerecreated.Highactivity that TNAP(tissuenonspecificalkalinephosphatase)treatmentmightbefavorableinthepreventionofGramnegative negative sepsis,anlipopolysaccharidemediateddisease,isamajorcauseofmortalityinhospitals.To testourhypothesis ner. Theactivityoftherecombinantproteinrangedfrom5to8%thatfoundinnormalhumanplasma.Gram (hFVIII-MT-I) geneconstructunderthemammaryglandspecificmWAPpromoterwasexpressedinatissueman- croinjection. Theyexpressdifferentactivehumanrecombinantproteinsinthemilk.TheclottingfactorVIII size, shortgenerationintervalandhighmilkproteincontent.Weareproducingtransgenicrabbitsbypronuclearmi- imental andcommercialscale.Transgenic rabbitsofferanattractivealternativetodairyspeciesbecauseoftheirlitter Transgenic rabbitsareexcellentbioreactorsfortheproductionofrecombinantproteinsintheirmilkbothonanexper- Lemos A.P.C. 3 2 Hiripi L. PROTEINS RECOMBINANT TRANSGENIC RABBITSASMODELSFORPRODUCINGBIOLOGICALLY ACTIVE HUMAN Genetika 2006 * 3 2 Hiripi L. ČLOVEŠKIH PROTEINOV TRANSGENI KUNCIKOT MODELZAPROIZVODNJOBIOLOŠKO AKTIVNIHREKOMBINANTNIH * Lemos A.P.C. 1 1 Finančna podporaraziskav jebilazagotovljenasprojektiNWO-OTKA N37293, OTKAT04934,GVOP-AKF71/2004, OMFB2327/2000. Supported bythegrantsNWO-OTKAN37293,OTKAT04934,GVOP-AKF71/2004,OMFB2327/2000. IRAS UniversityofUtrecht,Yale laan13584CMUtreht,TheNetherlands Institute forAnimalScience,DepartmentofBiotechnology, Mariensee,Neustadt,Germany FAL, Agricultural BiotechnologyCenter, DepartmentofAnimalBiology, Gödöllo IRAS UniversityofUtrecht,Yale laan13584CMUtreht,TheNetherlands Institute forAnimalScience,DepartmentofBiotechnology, Mariensee,Neustadt,Germany FAL, Agricultural BiotechnologyCenter, Department ofAnimalBiology, Gödöllo 1 1 , BaranyiM. , BaranyiM. 76 1 1 , BenderB. , BenderB. 1 1 , CarnwathJ.W. , CarnwathJ.W. 1 1 , SzaboL. , SzaboL. 1 1 , B , B 2 2 , NiemannH. ˝ ˝ , NiemannH. o o sze Zs. sze Zs. 1 1 2 2 , BodrogiL. , BodrogiL. 1 1 , Raaben W. , Raaben W. ˝, Hungary ˝, Hungary 3 3 , BrandsR. ,Brands R. 3 3 , SeinenW. , SeinenW. 3 3 , , Id antibodies,werenotprotected,inspiteofexposuretoalltumour-IdderivedCD4 tection wasentirelyantibodydependent,sincemicevaccinatedwithchimericconstructsthatdonotinduceanti- determinants oftheimmunisingVL/VHcombination.Notsurprisingly,wefoundthatmechanismtumourpro- folded Idsandlowantigenicdoses,whichleadstoananti-Idantibodyresponsedirectedexclusivelyidiotypic or byacombinationofboth.Contrarytoproteinimmunisation,DNAvaccinationresultsinpresentationproperly AssociatedVirus(rAAV)encodingtheimmunogenicIdgene, byinfectionwitharecombinantAdeno of nakedDNA, constructs wereusedtoobtainanti-idiotypicimmuneresponses.Vaccination wasperformedbygene-gundelivery by themalignantB-cellthatrepresentsasuitabletumourassociatedantigen.EngineeredimmunogenicIdgene The targetantigenwasrepresentedbytheidiotype,aclonalmarkerofmembraneimmunoglobulinexpressed We haveexploredtheuseofDNAvaccinestoinduceanti-tumourresponsesinamurineB-celllymphomamodel. pression todefinedtissuesorcellpopulationsandachieveBTresponsesrelevanttumourantigens. specific promoters,cellularlocalizationsignals,cell-typetargetingmoieties,etc.,allowstotargetgeneex- citotoxic Tcellswouldalsoberequired.Manipulationoftheantigengeneconstructbyusing,forinstance,tissue immune responsesbasedonantibodieswouldbesufficienttoeliminatetumourcells,inmanyothersactivationof stimulation oftheimmunesystem,toobtainbothantibodyandTcellresponses.Whileinmanycases,anti-tumour ulatory ofimmunoadjuvantactivitiesisarelativelysimpleandeconomicallyaffordabletechnologythatallows Immunization bydeliveryofDNAgeneconstructsencodingspecificantigensand/ormoleculeswithimmunomod- International CentreforGeneticEngineeringandBiotechnology, Trieste, Italy Oscar R. LYMPHOMAS GENETIC VACCINES FORB-CELL Burrone Biotechnology /Biotehnologija + and CD8 + T-cell epitopes. 77

30.9.06 - 9:10 30.9.06 - 9:30 gen smovneslivceliceglive kisline. medtem kopriglivi kopij mt- Transformante takovisokoaktivenencimsintetizirajoneposrednoizmt- tako daposintezikratkegafragmentazaaktivacijonibilavečpotrebnanjegova fosforilacijasPKAencimom. dolgega, kisintetiziraaktivnifragment.Zmestnospecifičnimimutacijamismo spremenilizaporedjenukleotidov, zapletenemu posttranslacijskemuprocesu.Pripravili smoserijoskrajšaniht- duktivnost prirazličnihmikroorganizmih.Vtanamensmoposkusiliceliceglive trikarboksilnih kislin(ojačanaanapleroza).Ravnopospešeneanaplerotskereakcijesoodgovornezapovečanopro- omogočajo nemotenmetabolnipretokprekoglikolize,karpripeljedopovečanja nivojaintermediatovcikla efektorji povečujejonjegovoaktivnostboljkotnativniencim.Kinetičnekarakteristike krajšegaPFK1fragmenta ostanka sPKAencimom,postaneaktivnifragmentrezistentennainhibicijocitratom,medtemkorazličnipozitivni ključnega regulatornegaencimaglikolize.Po razcepuproteinske molekulesproteazamiinfosforilacijoproteinskega directly fromthemt- introduced intothegenetoavoidneedforphosphorylation,thereforehighlyactivePFK1enzymewasformed somesitespecificmutationswere that codedforanenzymeretainedactivityafterphosphorylation.Additionally of glycolysisin Recently spontaneousposttranslationalmodificationof6-phosphofructo-1-kinase(PFK1),akeyregulatoryenzyme National InstituteofChemistry, Hajdrihova19,Si-1000Ljubljana,Slovenia INSERTION OFMODIFIED AFTERTHE INCREASED PRODUCTIVITYOFRECIPIENTCOMMERCIALMICRO-ORGANISMS Genetika 2006 kratkega fragmentaPFK1neposrednoizmutiranega,skrajšanega Nedavno smopriglivi Kemijski inštitut,Hajdrihova19,Si-1000Ljubljana,Slovenija posttranslational modification.Anumberoftruncated cells tosynthesiseactivePFK1fragmentdirectlyfromamutatedtruncated are necessaryforincreasingtheproductivityinvariousmicroorganisms.Anattemptwasmadetoforce colysis whichleadstoincreasedlevelsoftricarboxylicacids(enhancedanaplerosis).Reinforcedanapleroticreactions greater extend.KineticcharacteristicsoftheshorterPFK1fragmentenableundisturbedmetabolicfluxthroughgly- PFK1 fragmentbecameresistanttocitrateinhibition,whilevariouspositiveeffectorsincreaseditsactivitya Maja Capuder, GregaTevž, TinaŠolar, MojcaBenčina,MaticLegiša SPREMENJENEGA POVEČANJE PRODUKTIVNOSTIKOMERCIALNIH MIKROORGANIZMOVPOVNOSU productivity ofitaconicacidwasrecorded. amylase productionwasdetectedinrespecttotheparentalstrain,while In Maja Capuder,GregaTevž, TinaŠolar,MojcaBenčina,Matic A. niger pfk transformants carryingseveralcopiesofmt- 78 A gena,zaznamopovečanohitrostizločanjacitronskekislineinpospešeno produkcijoalfa-amilaz, Aspergillus niger pfk A. terreus A. terreus Aspergillus niger PFK A gene.Mutatedtruncatedmt- A GENAGLIVE A. niger was described. After proteolytic cleavage and phosphorylation by PKA, remaining proteolyticcleavageandphosphorylation byPKA, was described.After dosežemo zvnosommodificiranega PFK A GENEFROM in opisali posttranslacijskomodifikacijoencima6-fosfofrukto-1-kinaze(PFK1), A.terreus ASPERGILLUS NIGER . Pri transformantahglive pfk pfk pfk ASPERGILLUS NIGER A geneswereinsertedinto A genesofdifferentlengthweretestedtofindtheone A geneincreasedrateofcitricacidoverflowandalpha- Legiša pfk pfk A gena,predvsemzato,daseizognemo A genapovečanoprodukcijoitakonske pfk A. terreus pfk pfk A.niger A gena.Mutiraniskrajšanimt- A. niger A genov,dasmodoločiliprimerno A gene,inordertoavoidcomplex , zvgrajenimvečjimštevilom A. niger increased yieldsandspecific prisiliti vsintezoaktivnega, and A. terreus Aspergilli cells. pfk A pact. close to-practicewithoutanimaluse,witheconomicandethicaladvantagesdecreaseofenvironmentalim- the University,teachingwith3Rs,inordertostimulatestudentstowardlearning,criticalthinkingandtraining Finally isimportanttoimplementtheapplicationofalternativesmodelsinVeterinary Toxicology forEducationin teomic, foodsafetyandnanosciencearefundamentalforaninnovative studies withswinegranulosacellsdifferentaromataseactivity)andtheinteractiondisciplineslikepro- different toxicologicalinvitromodels(e.g.thecomparisonofRTG-2cellsfromfishnormallyusedecotoxicological as specificsupport,canimprovethetridimensionalgrowthofdifferentcells,alsoinco-culture.Thecomparison (drugs, contaminants,naturaltoxins,etc.)withspecies-specificanimalcells.Theuseofbiomaterials,likebioplymers, icology withalternativesmeansstudiesonabsorption,biotransformation,metabolismandtoxicityofxenobiotics cological studieswithaspecies–specificapproach,recoveringmaterialsthatnormallyisrejected.Veterinary tox- cells isdirectlyfromtheslaughterhouse:itasortof“fromknifetolife”withapplicationveterinarytoxi- total respecttoRusselandBurch,the3RscouldbeextentedusingtermofRecycling,wherebank and practical,fortheevaluationofmechanisticaspectsrelatedtodifferentanimalspecies,includedhumans.With The advantagesofalternativesareethical,e.g. 3Rs RusselandBurchconcept,toRefine,ReduceReplaceanimaluseinresearch,iswellknowntoxicology. for FoodSafety, Milan,Italy University ofMilan,Faculty ofVeterinary Medicine,DepartmentofVeterinary SciencesandTechnologies F. ALTERNATIVES METHODSTO ANIMALUSEAND3RSINVETERINAY TOXICOLOGY Caloni in vivo painful DraizeTest, economical,lessexpensivethan in vitro Biotechnology /Biotehnologija veterinary toxicologicalresearch. 79 in vivo ,

30.9.06 - 9:45

PHARMACOGENOMICS FARMAKOGENOMIKA 30.9.06 - 10:30 system biology. as criticalinnovationinanalyticalmethodsfordecipheringtranscriptionalregulatorynetworksanddeveloping Technological breakthroughsinmicroandnanotechnologies togeneratecomprehensiveandrelevantdataarethus genome wide,upstreamregulatorsforagivengeneononehandandtranscriptionalactivitytheotherhand. confirm hypothesisgeneratedfromChIPonchipdata.Wearealsodevelopingcellmicroarraystocharacterize, a giventranscriptionfactor,allputativebindingsitesontothegenome.OnecanthenreturntoDNAarrays facturing DNAarraycontainingpromoterregions(human)toperformChIPonchipanalysisinorderlocalizefor accuracy, parallelismandthroughputrelevantdatatoinfertranscriptionalnetworks.Forinstance,wearemanu- nologies, thesedataarenotroutinelyaccessible.Wehavedevelopedinnovativebioarraystomeasurewithsufficient carries uniquebiologicalinformation.Howeverduetolimitationinaccurateandhighlyparallelmeasuringtech- formation suchasRNAconcentrations, analyze itsdynamicandfunctionalproperties.Modelingoftranscriptionalnetworksshouldtakeintoaccountin- Thisinformationisnecessarybutnotsufficienttocharacterizethestructureoftranscriptionalnetworkand mRNA. networks fromexpressionprofilingonly,astheonlyaccessibleinformationissteady-stateconcentrationof restrictive asitdoesnotrevealthecausalityofregulatoryrelationships.Besidesisverydifficulttoinfermolecular expression profilesallowstheanalysisof“correlation”betweengenesandbiologicalconditions.Howeveritisyet required todeciphermolecularnetworksandeventuallyanalyzethecellasasystem.Clusteringanalysisofgene modules ratherthanisolatedpart.Progress intechnologicaldevices,analyticalmethodsandbiologicalmodelsare To comprehendbiologyasasystem,oneneedstoanalyzethestructureanddynamicsofcellcomponents CEA/DSV- ServicedeGénomiqueFonctionnelleGenopoled’Evry. 92157EvryCedexFrance X. INTEGRATION OFGENOME-WIDE DATA TO INFERGENETICNETWORKS Genetika 2006 Gidrol 82 cis -acting sequences,transcriptionalactivityandsoforth,sinceeachvariable Irena Mlinarič-Raščan FARMAKOGENOMIKA VPROCESURAZVOJANOVIHZDRAVIL standing ofitsregulationandafoundationformorerationalapproachtodrugdesign. pressed geneswillleadtotheidentificationofmoleculesinvolvedinBCR-drivenapoptosis,providingunder- BCR-operated transcriptionalchangesplayacrucialroleinthecontrolofB-cellfunctionandthatdifferentiallyex- BCR-trriggered andtranscriptionalchangesmonitoredbycDNAmicroarrays.Ourresultsprovideevidencethatthe changes underlytheBCR-initiateddistinctbiologicalresponses.MatureandimmatureprimaryBlymphocyteswere tein andgenetarget.Inadirectgenomicapproachwehaveaddressedthequestionofweathertranscriptional desirable effect,theinhibitionofintranucleosomalapoptoticDNAladdering.Subsequently,weareinsearchpro- we haveusednewlysynthesizedinhibitorsofserineproteases,whichweretestedonBcellsaimingtodiscovera cell apoptosis,andmoreoverinthelateststagesofDNAfragmentationInreversepharmacogenomicapproach strategies. ThefirststrategyisbasedonourpreviousresultsdemonstratinginvolvementofserineproteasesinB anergy anddeletion.Wehaveaddressedthisissuebyapplying,inparallelreversedirectpharmacogenomic of whichwouldallowtheinterferencewithvariousBlymphocyteactivitiesincludingcellactivation,proliferation, ceptor (BCR)asitisessentialforlifeanddeathdecision,furthertofindapromisingdrugtarget,manipulation process. TheoverallobjectiveofourstudiesistodelineatetheapoptoticprocessinitiatedbyBcellantigenre- The identificationofapromisingmoleculartargetfordrugactionisfirststepincontemporarydevelopment University ofLjubljana,Faculty ofPharmacy, Ljubljana,Slovenia Irena PHARMACOGENOMIC APPROACHESINNOVELDRUGDISCOVERY omogočila racionalenpristopknačrtovanjunovihzdravil. identifikacija ključnihmolekulomogočilanelerazumevanjemehanizmov BCR-induciraneapoptozepačpa potrjujejo, davršiBCR-induciranaekspresijagenovkontrolonadfunkcijolimfocitov B,izčesarsklepamo,dabo spremembami, karsmospremljalikotdiferencilnoekspresijogenovzuporabo cDNAmikromrež.Naširezultati so BCR-induciranispecifičnibiološkiodgovorizrelihinnezrelihprimarnihlimfocitov Bpovezanistranskripcijskimi identifikacija ključnegaproteinaingena.Zdirektnimgenomskimpristopom smo želeliodgovoritinavprašanjeali hibitorjev serinskihproteazinopazovaliželenoinhibicijointernukleosomske DNArazgradnje.Ciljtegapristopaje LimfociteBsmoinkubiralivprisotnostinovosintetiziranihin- sicer vpoznifazioligonukleosomskecepitveDNA. sloni nanašihpredhodnihrezultatih,kidokazujejovlogoserinskihproteaz vprocesuapoptozelimfocitovB,in mentarna pristopareverzneindirektnefarmakogenomskeanalize.Odločitev zareverznifarmakogenomskipristop aktivnosti celičneaktivacije,proliferacije,anergijeinsmrti.Pri raziskovalnemdelusmouporabilikomple- predvsem panajtiperspektivnomolekularnotarčo,manipulacijakaterebinamomogočalausmerjanjespreminjanje k razumevanjumolekularnihmehanizmovceličnesmrtilimfocitovBpozamreženjuantigenskegareceptorja(BCR), Sodoben pristopvrazvojunovihzdravilvključujeidentifikacijotarčnemolekule.Namennašihraziskavjedoprinesti Univerza vLjubljani,Fakulteta zafarmacijo,Ljubljana,Slovenija Mlinarič-Raščan Pharmacogenomics /Farmakogenomika Pharmacogenomics 83

30.9.06 - 11:00 30.9.06 - 11:20 from themitoticfailure.Theseresultssuggestthatalthough phology includingseverefragmentationofnuclei,micronuclei,andirregularshapedpresumablyresulting expected mendelianfrequency.However,about20%~60%oftheseembryosshowedabnormalnuclearmor- plays acriticalroleduringearlyembryoniccleavagestages. vitro, and analyzed these at the 2-, 4-, and 8-cell stages. At thesestages, vitro, andanalyzedtheseatthe2-,4-,8-cellstages.At expected. To furtherexaminewhenhalfofthe skewed ratioofapproximately2:1.Moreover,evenatE9.5,thenumber female die beforebirth.Live-borne Kid function ofKid,wedisruptedthe spindle morphogenesis,andproperchromosomedynamicsduringanaphase.To explorefurtherthephysiologic vealed thatKidplaysimportantrolesthroughoutmitosis,includingchromosomealignmentatmetaphaseplate, chromosomes. AntibodymicroinjectionandRNAi-mediateddepletionofKidinculturedmammaliancellshavere- 4 3 2 Miho THE CHROMOKINESINKIDSPECIFICALLY SAFEGUARDSEARLY STAGE EMBYONICCLEAVAGES Genetika 2006 1 The chromokinesinKid/Kinesin-10isaplusend-directedmicrotubule(MT)-basedmotorthatbindsbothMTs and Tokyo MedicalUniversity, Animal Research Center, Tokyo, JAPAN. National InstituteofHealth,HumanGenomeResearch Institute,USA University ofTokyo, InstituteofMedicalScience,CenterforExperimentalMedicine,Tokyo, JAPAN Department ofOncology +/- intercrossesyieldeda Ohsugi Kid -/- micewerefertilebut 84 1 , Reiko Horai Kid 2,3 Kid -/- micewerenormalinappearance,andhealthyintoadulthood.Bothmale , ShigeruKakuta +/+: +/-:-/-ratioof~2:4:1,suggestingthatabout50% Kid Kid gene inmice.Genotypeanalysisofmorethan250live-bornmicefrom +/- x Kid Kid -/- embryosdie,weobtained1-cellstageembryos,culturedin 2 , Katsuko Sudo -/- crossesalsoyielded Kid is dispensableforsomaticmitosisandmeiosis, 2,4 , Yoichiro Iwakura Kid Kid -/- embryoswasabout50%fewer Kid +/- and -/- embryoswerefoundatthe 2 Kid , Tadashi Yamamoto -/- offspringwitha Kid -/- embryos Kid 1 krvi bolnikovinzdravihpreiskovancevjebilaizoliranazuporaboQIAamp bolečino smovobdobjudvehmesecevspremljaliučinkovitostanalgezijein prisotnost neželenihučinkov.DNAiz raziskavo vključenih135zdravihprostovoljcevin24bolnikov.Pri bolnikihzmalignoinkronično nemaligno analgetično učinkovit,neželeniučinkipaizrazitejši. preiskovancev. Ocenitivplivtemutacijenaučinkovitostzdravljenja.Pri bolnikihzmutacijonajbi bilfentanilmanj bolnikih, kisezdravijosfentanilomvtransdermalnemobližu,inprimerjati njeno porazdelitevsskupinozdravih slovenski populacijiinpreveriti,alijevHardyWeinbergovemravnotežju.Določiti prisotnostmutacije118A>Gpri Olajšanje bolečinejenezadostno,neželeni učinkisoizrazitejši,zatobolnikiopustijozdravljenjezobližem. zvišati. neučinkovito analgezijo,zatosmopri4 opustilizdravljenjesfentanilom,pri2jebilopotrebnoodmerekfentanila je visoka(13%).Mutacijabiladoločena pri8bolnikih.6bolnikovjeimeloizraziteneželeneučinkein Weinbergovem ravnotežjuinseenakoporazdeljujevskupinibolnikovzdravih preiskovancev.Alelnafrekvenca Rezultati patients andhealthyvolunteerwasisolatedusingQIAamp efficiency ofanalgesiaandseverityadverseeffectswereevaluatedintwomonthperiod.DNAfrombloodthe and 24patientswereincludedintheprospectivestudy.Inwithmalignantnonmalignantchronicpain and causemorepronouncedadverseeffect. fentanyl. To assesstheinfluenceofmutationonefficiencytreatment.Itshouldloweranalgesic efficiencyl is inHardyWeinbergequlibrium.To determinethepresenceof118A>Gmutationinpatientstreatedwith transdermal genu zaOPRM1spremenijonjihovanalgetičniučinek. Uvod can changetheiranalgesicefficiency. Introduction 2 Nataša Karas Kuželički EFFICIENCY WITHTRANSDERMALFENTANYL INFLUENCE OF118A>GPOLYMORPHISM INTHEOPRM1GENEONTREATMENT 2 using ABIPrism 118A>G določenazuporabosistemaABIPrism Nataša Karas Kuželički BOLEČINE SFENTANILOM VTRANSDERMALNEMOBLIŽU VPLIV POLIMORFIZMA118A>GVGENUZAOPRM1NAUČINKOVITOST ZDRAVLJENJA of transdermalfentanyl.Insufficientpainreliefandmorepronouncedadverseeffectsleadtodiscontinuationtreatment. had toberaised. adverse effectsandinefficentanalgesia,thereforein4treatmentwithfentanylwasdiscontinued,2thedoseof in bothgroups.Alelefrequencyishigh(13%).Mutationwasdetermined8patients.Amongthem6patientshadsevere showed thatdistributionofthemutationinSlovenianpopulationisHardyWeinbergequilibriumanditequal 1 1 Splošna bolnišnicaJesenice,Slovenija Fakulteta zaFarmacijo, Ljubljana,Slovenija General HospitalJesenice,Slovenia Faculty ofPharmacy, Ljubljana,Slovenia Mu opioidnireceptor1(OPRM1)jeprimarnomestodelovanjaopioidnihanalgetikov,zatolahkovariacijev Zaključki Analiza DNAzdravihprostovoljcevjepokazala,damutacija118A>Gvslovenski populacijivHardy Mu opioidreceptor1(OPRM1)isaprimarysiteforanalgesics.Variations inthegeneforOPRM1 ® Conclusion 7700 SequenceDetectionSystem(AppliedBiosystem). Preliminarni rezulatiraziskavekažejo,damutacija118A>G zmanjšaučinkovitostfentanila. 1 1 , MatejaLopuh , Mateja The preliminaryresultsofthestudyshowthatmutation118A>Gdecreasesefficiency Objectives Lopuh Methods 2 2 , IrenaMlinaričRaščan , IrenaMlinaričRaščan To determineif118A>GmutationinhealthySlovenianpopulation After obtainingwritteninformedconsent135healthy volunteers After ® Metode 7700 SequenceDetectionSystem(AppliedBiosystems). ® Namen DNA MiniKit(QIAGEN)and118A>Gmutationdetermined Po pridobitvipisnegasoglasja jebilovprospektivno Pharmacogenomics /Farmakogenomika Pharmacogenomics Določiti pogostnostmutacije118A>Gvzdravi 1 1 Results ® DNA MiniKita(QIAGEN)inmutacija DNA analisysofhealthyvolunteers 85

30.9.06 - 11:40 30.9.06 - 11:55 Pri enemodpreiskovancevsmougotoviliprisotnostredkega genotipa(TA) sis ofhisfamilyshowedthefollowinggenotypes:(TA) (TA) podobne kotpriostalih kavkazijskihpopulacijah.Ugotovili smotudiprisotnostalelazosmimi ponovitvamiTA- zdravih prostovoljcev.Frekvencegenotipov sobile:(TA) skaterosmogenotipizirali236 serumu. RazvilismometodokonformacijskihpolimorfizmovenoverižnihDNA, UGT1A1 vzdravislovenskipopulacijiindokazatipovezanostgenotipovs koncentracijo celotnegabilirubinav 1 sedmimi TAponovitvami.Namennašeštudijejebilugotovitipogostostpolimorfizma (TA) promotorju genazaUGT1A1.NormalnojeprisotnihšestTAponovitev,med bolnike paprištevamohomozigotes pri KavkazijcihpajezaGilbertovsindromskorajizključnoodgovornavstavitev dinukleotidaTAvzaporedjeTATA posledica mutacijvgenuzabilirubinUDP-glukuroniltransferazo(UGT1A1). Mutacijesemedrasamirazlikujejo, Gilbertov sindromjedednamotnja,zakateroznačilnablaga,nekonjugirana hiperbilirubinemija.Nastanekot frequency of promoter andhave7TArepeatsinsteadof6repeats.Theaimthepresentstudywastodetermine cleotide insertionintheTATA-boxof glucuronosyltransferase gene( Gilbert’s syndromeisamildhereditaryunconjugatedhyperbilirubinemiacausedbymutationsinthebilirubinUDP- Barbara UGT1A1 3 2 GILBERT’S SYNDROMEINSLOVENIANPOPULATION –ANEWCASEOF(TA) Genetika 2006 (TA) smo statističnoznačilnopovezavogenotipov sserumskimikoncentracijamibilirubina.Preiskovanci zgenotipom 3 2 had thelowesttotalserumbilirubinlevels.Oneindividualingroupraregenotype(TA) (38.1%), (TA) smo prvičdoločilipogostostpolimorfizma (TA) GILBERTOV SINDROMVSLOVENSKIPOPULACIJI–NOVPRIMERALELA(TA) developed andusedtogenotype236healthysubjects.Thefrequenciesofgenotypeswereasfollows:(TA) association ofgenotypeswithtotalserumbilirubinlevels.Asingle-strandconformationpolymorphismanalysiswas 1 (TA) in SlovenianpopulationandissimilartofrequenciesobservedotherCaucasianpopulations.Theextremlyrare Barbara Ostanek GENA ZAUGT1A1 PRIKAVKAZIJCIH conclusion, frequencyof bilirubin levels(P<0.001).Subjectswithgenotype(TA) člane njegovedružineindokazaligenotip (TA) 5, 1000Ljubljana,Slovenija Univerza vLjubljani,Fakulteta zakemijo inkemijsko tehnologijo,Katedra zabiokemijo, Aškerčeva Splošna bolnišnicaNovomesto,Diagnostičnilaboratorij,Šmihelska 1,8000Novomesto, Slovenija Univerza vLjubljani,Fakulteta zafarmacijo,Katedra zakliničnobiokemijo, Aškerčeva 7,1000Ljubljana,Slovenija Aškerčeva 5,SI-1000Ljubljana,Slovenia University ofLjubljana,Faculty ofChemistryandChemicalTechnology, DepartmentforBiochemistry, General HospitalNovomesto,DiagnosticLaboratory, Šmihelska 1,SI-8000Novomesto,Slovenia Ljubljana, Slovenia University ofLjubljana,Faculty ofPharmacy, DepartmentforClinicalBiochemistry, Aškerčeva 7,SI-1000 8 8 7/7 , kijepriKavkazijcih izjemnoredek. allele inCaucasianswasfoundalsoSlovenians. so imelinajvišje,preiskovancizgenotipom (TA) Ostanek GENE PROMOTER INCAUCASIANS 86 UGT1A1 6/7 (47.9%), (TA) 1 1 , DanijelaFurlan , DanijelaFurlan (TA) UGT1A1 n gene promoterpolymorphisminhealthySlovenianpopulationandtoinvestigatethe UGT1A1 7/7 (13.6 %).Therewasastatisticallysignificantassociationofgenotypeswithserum (TA) n 2 2 ). ThecausativemutationinCaucasiansisalmostexclusivelya(TA)dinu- , TinaMavec , TinaMavec gene promoterpolymorphismgenotypeswasdeterminedforthefirsttime UGT1A1 n 6/8 v promotorjugenazaUGT1A1slovenski populaciji.Frekvenceso pri sestriinočetugenotip(TA) promoter. Affected individualsarehomozygous forthevariant promoter. Affected 3 3 6/8 6/6 in JanaLukač Bajalo and JanaLukač Bajalo 6/6 in hisfatherandsister(TA) pa najnižjekoncentracijecelotnegabilirubina vserumu. (38,1%), (TA) 7/7 had thehighestandsubjectswithgenotype(TA) 6/7 7/8 . Vnadaljnjianalizismogenotipizirali (47,9%), (TA) 1 1 7/8 pri dvehbratih.Vnašištudiji 7/8 n 7/7 in histwobrothers.In 8 v promotorjugenaza V PROMOTORJU (13,6 %).Dokazali 8 7/8 ALLELE INTHE (0.4 %).Analy- 6/6 6/6 GENOMIC TECHNOLOGIES II GENOMSKE TEHNOLOGIJE II 30.9.06 - 13:00 complex diseasesinisolatedpopulationswillbepresentedanddiscussed. the interplayofgenesandenvironment.Datafromresearchactivitiesperformedtoidentifymonogenicaswell population-based cohortstudiesofteninvolvefrequentenvironmentalandhealthassessmentshelpingtounderstand process providesamoreaccuratemeasureofthediseaseriskprovidedbyparticulargeneticvariant.Longitudinal that theyhaveaspecificdisease,butviarandomselectionprocess.Theunbiasednatureoftherecruitment to theusualgenediscoverystudydesign,participantsinpopulation-basedprojectsarenotselectedbyfact genes arelargecollectionsofsamplesfromhumanpopulationsthatincludeextensiveclinicalinformation.Contrary has beensofaridentified,andthereisagrowingrealizationthattheprimaryresourceneededtoidentifythese cidate theetiologyofcommondiseases.Onlyasmallfractiongenesthoughttoplayroleindiseases years, theHumanGenomeProject hasgeneratedtremendousresourcesandtechnologiesthatcanbeusedtoelu- tributed tothemappingofseveraldiseaselociandidentificationcorrespondinggenes.Duringlastfew development ofmapsmicrosatellitesandbytechnologicalimprovements.Bythisapproachourgrouphascon- and hasledtoidentificationofgenesinvolvedinmanygeneticdiseases.Thisactivitybeenfacilitatedbythe Mapping andcloningofdiseasegenesforinheriteddiseaseshasbeenlargelycarriedoutduringthelast15years Garofolo, Trieste, Italy University ofTrieste, MedicalGenetics,DepartmentReproductive SciandDevelopment,IRCCS-Burlo Paolo MAPPING ANDCLONINGOFDISEASEGENES-PAST ANDPRESENT Genetika 2006 Gasparini 88 differences thatmayindicatefunctionaldifferences. of theQTLthatareinferredtobeidenticalbydescentandsecondlyidentifycandidategeneswithproteincoding abundance usingmassspectrometryandbyminingpubliclyavailablesequenceSNPs, firstlytoreduceregions didate genelistsforeachQTLbysearchingdifferentialamountsofeithermRNAusingmicroarraysorprotein number ofprobablecandidategenesforfurthertesting.Combiningseveralapproaches,onecangeneratesmallcan- QTL arelarge,containinghundredsofgenes,sodifferenttoolsandapproachesneededtoarriveatamanageable the natureofcomplexgeneticdiseasesmeansthatidentifyingcausalgenesremainsanon-trivialmatter.Often the combinationofmoleculartools,sometheseQTLhavebeenclonedandcausalgenesestablished.However, The useofQTLanalysishasprovensuccessfulindetectinghundredslociforheritablequantitativetraits.Through The JacksonLaboratory, 600MainSt.,BarHarbor, ME04609,U.S.A. Ioannis M. MINING GENEEXPRESSION, PROTEOMICS ANDHAPLOTYPES FORCOMPLEXTRAITGENES Stylianou , JasonP. Churchill,BeverlyJ. Affourtit,Keith Shockely, Paigen Abdi,GaryA. Fadi A. Genomic Technologies II/Genomsketehnologije 89

30.9.06 - 13:30 30.9.06 - 13:55 Maja Čemažar ELEKTROGENSKA TERAPIJARAKA are alsoinprogress. effectiveness onvarietyofdifferenttumourmodelsinapreclinicallevel.Firstclinicaltrialselectrogenetherapy genic factors,suicidalandapoptosisinducinggeneshasbeentestedinpreclinicalstudieswithverygoodantitumour thermore, electrogenetherapyusingavarietyoftherapeuticgenes,mostlyencodingcytokines,butalsoantiangio- to applicationofelectricpulses,aswellonmodulationextracellularmatrixforsuccessfulgenedelivery.Fur- has beendoneontheoptimizationofelectricalparameters,timingplasmidDNAinjectionwithrespect gene deliveryholdsagreatpotentialfortheclinicalapplication(electrogenetherapy).Untilnow,mostofwork of themethodanddevelopmentelectricpulsegeneratorsapprovedforclinicaluse,electrically-assisted controlandreproducibility method, easinessofthepreparationlargequantitiesendotoxinfreeplasmidDNA, methodology cell membraneusingapplicationofcontrolledexternalelectricalfieldtothecells.Thetransfectionefficiencythis ration isaphysicalmethodfordeliveryofvariousmoleculesintothecellsbytransientlyincreasingpermeability oligonucleotidesorsiRNAmoleculesintocells.Electropo- troporation isusedtoenhancedeliveryofplasmidDNA, obstacles havetobeovercome,oneofthembeingsuccessfulgenedeliverymethod.Inelectrogenetherapy,elec- potential targetsforgenetherapyofcancer.However,tosuccessfullyapplyintoclinicalprotocolsseveral inmolecularbiologytechniques,whichleadtohighscalesequencingofgenomesenableusidentify Advances Slovenia Institute ofOncologyLjubljana,DepartmentExperimentalOncology, Zaloška 2,SI-1000Ljubljana, Maja ELECTROGENE THERAPYOFCANCER Genetika 2006 tumorskih modelihnapredkliničnemnivoju. Potekajo patudiže prvekliničneštudijeelektrogensketerapije. in tumorskesupresorskeproteine.Pri vsehpristopihnaje biladokazanaprotitumorskaučinkovitostnarazličnih o elektrogenskiterapijizuporaboterapevtskih genovkotsogeni,kinosijozapiszacitokine,angiogenefaktorje razgradnje ekstracelularnegamatriksa na uspešnosttransfekcije.Poleg tega,pajebilonarejenihtudi nekajraziskav različni parametrielektričnihpulzov,časmedvbrizganjemplazmidneDNAin aplikacijoelektričnihpulzov,tervpliv usmerjene predvsemvoptimizacijoinizboljšanjeučinkovitostielektričnoposredovanetransfekcije.Testirali sose in ponovljiv.Poleg tegapa jevkliničniuporabitudižegeneratorelektričnihpulzov.Dosedajsobileraziskave velikih količinplazmidneDNAprosteendotoksinovjenezahtevna,postopekizolacije plazmidneDNAjekontroliran veliko možnostizakliničnouporabo(elektrogenskaterapija),kajtimetodane sprožiimunskegaodziva,priprava še vednonizkavprimerjavizvirusnimivektorji.Kljubtemupaimaelektrično posredovanvnosDNAvtarčnecelice in omogočimovnosrazličnihvrstmolekulvcelice.V katerem zuporabodefiniranegazunanjegaelektričnegapoljazačasnopovečamo prepustnostceličnemembrane oligonukleotidov alisiRNAmolekulvcelice.Elektroporacijajepostopek,pri za povečanvnosplazmidneDNA, učinkovito dostavljanjegenskegamaterialavtarčnecelice.Pri elektrogenskiterapijiuporabljamo elektroporacijo novih potencialnihtarčzagenskoterapijoraka.Vendarle, pajezauspehterapije,ševednonajvečjaprepreka Napredek napodročjutehnikmolekularnebiologije,kijevodilvsekveniranjegenoma,omogočiltudidoločitev Slovenija Onkološki inštitutLjubljana,Oddelekzaeksperimentalnoonkologijo, Zaloška 2,SI-1000Ljubljana, Čemažar 90 in vivo is stilllowcomparedtotheviralvectors.However,duelackofimmunogenicity in vivo pogojih ježaluspešnosttransfekcijezelektroporacijo players inaparticularsetting,butalsoglobalviewonbiologicalprocessesandmolecularnetworks. scription profilinginconjunctionwithsophisticatedbioinformaticsanalysescanprovidenotonlyalistofnovel were insteadratherwidelydispersedthroughoutthegenome. consensus transcriptionfactorbindingsites,andweretypicallynotclusteredinadjacentchromosomalregions,but level, typicallyattheratelimitingstepsinthesepathways.Wealsofoundthatco-expressedgenesrarelyshared We foundthatkeyenzymesin27outof36investigatedmetabolicpathwayswereregulatedatthetranscriptional sequences, andsubsequentmappingontoknownpathways,possiblecellularrolessubcellularlocalizations. was thenconstructedby that 71%ofthedifferentiallyexpressedgenescouldberegulatedbymiRNAs.Molecularatlasfatcelldevelopment ESTs weresubjectedtoin-depthbioinformaticsanalyses.Theanalysisof3’UTRsequencesfrom395ESTs showed veloped andtranscriptionprofilesof3T3-L1cellsweremonitoredduringdifferentiation.780differentiallyexpressed ferentially expressedduringfatcelldevelopment. which extentcanmolecularprocessesberevealedbyexpressionprofilingandfunctionalannotationofgenesdif- identified geneproductshasnotbeenperformedandglobalmechanismshaveaddressed.Weaskedto molecular componentsinvolvedinfatcelldevelopment.However,detailedcharacterizationofthesequences Background: Graz UniversityofTechnology, Institute forGenomicsandBioinformatics,Graz,Austria Zlatko EXPRESSIONPROFILING CAN MOLECULARMECHANISMSBEREVEALEDBYLARGE-SCALE Trajanoski Large-scale transcriptionprofilingofcellmodelsandmodelorganismshasbeenusedtoidentifynew de novo functional annotationonasequencesegment/domain-wisebasisof659protein Results: Genomic Technologies II/Genomsketehnologije Mouse microarrayswith>27.000elementswerede- Conclusion: This studyshowsthatlarge-scaletran- 91

30.9.06 - 14:15 30.9.06 - 14:35 1 1 ustrezne individualizirane terapijeprilagojenenaposameznikovo genetskozasnovo. novih genovpovezanih sKVČBboomogočiloodkritjemolekularnih tarčzanačrtovanjenovihbiološkihzdravil kottudiizbiro haplotipe povezanezzvečanodpornostjo na bolezen.NaširezultatipotrjujejovlogovečihgenovprinastankuKVČB.Odkritje izključno pribolnikih.VgenuABCB1/MDR1 smoodkrilihaplotipe,kisobilipovezanizvečjodovzetnostjozabolezenkottudi funkcijski polimorfizmizvisokoalelnofrekvenco, kijihnajdemotudivzdravipopulacijikotredkemutacijeprisotne s KVČBsmonašlitakovkodirajočemkot nekodirajočemdelukandidatnihgenov.Povezavo zboleznijo soizkazalitako ksenobiotike (MDR1/ABCB1,7q)tergen za organskikationskitransporter(OCTN/SLC22A4,5q31).Polimorfizme povezane q33), nadaljegeneodgovornezavzdrževanje integritetečrevesnegsepitelija(DLG5,10q23),genzamultiplorezistencona jejo geneodgovornezaprepoznavanjebakterijznotrajcelice(CARD4,7p14)innapovršini celičnemembrane(TLR4,9q32- področjih izbranihkandidatnihgenov.Analiziranikandidatnigeni,kisoizkazalinajvečjo statističnopovezanostsKVČBvključ in haplotipevkandidatnihgenih.Razvilismotudinovometodologijozaodkrivanje funkcijskihSNP-ovvnekodirajočih bolniki-kontrole terspomočjoizračunovgenetskeganeravnotežjainstatističnihtestov analizirali polimorfizmeeneganukleoti literature inanalizopodatkovpridobljenihzekspresijskimibiočipizaizborkandidatnih genov.Izvedlismoasociacijskoštudi ki povečujejodovzetnostzaKVČB.Vnašihštudijahsmouporabiliorodjabioinformatike zapodatkovnorudarjenjevznanstveni lovanja faktorjevokoljainvečihgenov.Študijegenetskevezavesoodkrilavsaj9kandidatnih področij,kjersenahajajogeni, Kronične vnetnečrevesnebolezni(KVČB)sotipičniprimerkompleksnihmultifaktorskih bolezni,kinastanejokotposledicade- Uroš Potočnik ŠTUDIJE KOMPLEKSNIH BOLEZNI? ODKRIVANJE GENOVZAKRONIČNEVNETNEČREVESNEBOLEZNI-MODELGENETSKE derstanding diseasepathophysiology,discoveryofnewtherapeutictargetsandinbettermanagement. These resultsconfirmedseveralgenescontributetoIBD.TheidentificationofnovelIBDwillleadinbetterun- associated genes.ABCB1/MDR1genesshowedacomplexpatternofIBDsusceptibilityandprotectivehaplotypes. (5q31). Commonpolymorphismsaswelluniquemutationsincodingandnon-codingregionswereidentifiedIBD integrity (DLG5(10q23),multidrugtransporter(MDR1/ABCB1,7q)andorganiccation volved incellular(CARD4,7p14)andcellsurface analysis inreferenceCEPHfamilies.CandidategenesshowingmostsignificantassociationwithIBDincludein- ulatory regionsofselectedcandidategenesusingallelespecificexpressioninlymphoblastoidcelllinesandsegregation In additionwehavedevelopednewapproachforhigh-throughputidentificationoffunctionalSNPs innoncodingreg- and haplotypeswithinselectedcandidategenescontributingtoIBDpredictingtreatmentresponseinpatients. ciation studyincludinglinkagedisequilibrium(LD)approachestoidentifysingle-nucleotidepolymorphisms(SNPs) expression dataanalysisandpathwayforcandidategeneselection.Weconductedcase-controldiseaseasso- as thefirstdiscoveredIBDgene.Weusedbioinformaticsapproachesincludingliteraturedataminingtools,microarray As oftoday,finemappingchromosome16p12-q13candidateregionandmutationanalysisconfirmedNOD2/CARD15 revealed severalIBDsusceptibilitychromosomalregions,nineofwhichhavebeenreplicatedinindependentstudies. are typicalexamplesofcomplexdiseaseswhereseveralgenesandenvironmentalfactorsinvolved.Linkageanalysis The humaninflammatoryboweldiseases(IBD),usuallyclassifiedintoCrohn’sdisease(CD)andulcerativecolitis(UC), 3 2 Uroš GENE DISCOVERYININFLAMMATORY LESSONSFORCOMPLEXDISEASES? BOWELDISEASES- Genetika 2006 3 2 National CancerInstitute,LaboratoryofGenomicDiversity, Frederick, Maryland,USA Univerza vLjubljani,Medicinska fakulteta, Oddelekzamolekularno genetiko, Inštitutzapatologijo Univerza vMariboru,Medicinska fakulteta, Centerzahumanomolekularno genetiko infarmakogenomiko National CancerInstitute,LaboratoryofGenomicDiversity, Frederick, Maryland,USA University ofLjubljana,MedicalFaculty, LaboratoryofMolecularGenetics,InstitutePathology, Slovenia University ofMaribor, Faculty ofMedicine,Centerforhumanmoleculargeneticsandpharmacogenomics,Slovenia Potočnik 92 1,2 1,2 , MichaelDean , MichaelDean 3 3 and DamjanGlavač and DamjanGlavač TLR4 (9q32-q33) bacteriarecognition,genesmaintainingepithelial 2 2 OCTN/SLC22A4 da u- jo Alenka Erjavec-Škerget PRI IDIOPATSKI DUŠEVNIMANJRAZVITOSTI UPORABA SUBTELOMERNEFISH, MLPA INPGHZAISKANJE KROMOSOMSKIHSPREMEMB compared toT-FISHandMLPA. tects balancedrearrangements.InourexperimenttheresolutionpowerofCGHistoolowforsubtelomericscreening useful andinterchangeablemethodsfordetectionofunbalancedchromosomerearrangements,butT-FISHalsode- the feasibilityofusingthesethreemethodsinclinicaltesting.WeconcludedthatT-FISHandMLPA arebothvery of subtelomericabnormalitiesinpatientswithmentalretardationand/ordevelopmentaldisabilitiesanddetermined anomaly wasfound,confirmingsome,butnotallsubtelomericrearrangements.Ourstudyestimatedthefrequency CGHwasusedtoinvestigate thewholegenomeofpatientsinwhomasubtelomeric were confirmedbyMLPA. four unbalancedsubtelomericrearrangements(onedenovo).Allclinicallysignificant variant. Amongtrueaberrations(6%,95%CI2.5–12.5%)wefoundtwodenovosubtelomericdeletionsand (10%, 95%CI5.0–17.5%).Fourofthesehadonlyadeletionsubtelomere2q,whichwasapparentlynormal (CGH) wereusedfortheconfirmationofresults.T-FISHrevealed11subtelomericabnormalitiesin10patients cific T-FISHprobes.Multiplexligation-dependentprobeamplification(MLPA) andcomparativegenomichybridization bridization (T-FISH).Hundredpatients(0-19-yearsold)withMRanddysmorphicfeatureswerescreenedusingspe- method generallyusedfordetectionofsubtelomericrearrangementsismultiprobetelomerefluorescentinsituhy- involving theendsofchromosomeswhichareacommoncauseidiopathicmentalretardation(IMR).Thescreening Due tothedevelopmentofmolecularandcytogenetictechniques,itisnowpossibleidentifycrypticrearrangements Maribor Teaching Hospital,MedicalGeneticsLaboratory, Ljubljanska 5,SI-2000Maribor, Slovenia otipizacijo, ajeresolucijapremajhnaza preiskovanjesubtelomer. lokaliziramo. PGHomogočapregledovanje celotnegagenomasicerzvečjoresolucijovprimerjavisklasičnokari- najbolj zanesljivametodaT-FISH,ki omogočaodkritjetudiuravnoteženihsprememb,kijihlahkoobenem za rutinskocitogenetskodiagnostiko. Za pregledovanjesubtelomervprimerihIDMalikongenitalnihanomalijje stiranju subtelomer.Ugotavljamo,dasta T-FISHinMLPA zelouporabniinvdoločenihprimerihzamenljivimetodi vancih zIDMalidizmorfnimiznakiter določitiuporabnosttrehmetod,T-FISH,MLPA inPGH,prikliničnemte- potrdili spremembe,večjeod8Mb.Spreiskavosmoželelidoločitiprevalenco subtelomernih spremembpripreisko- jalno genomskohibridizacijo(PGH)smopreiskalicelotnigenompreiskovancev ssubtelomernimispremembamiin Metoda MLPA jepotrdilavsesT-FISHnajdenesubtelomernesprememberazenpolimorfizmadel(2)(qtel). Sprimer- CI: 2,5–12,%)smonašlidve»denovo«nastalidelecijiinštirineuravnotežene translokacije(ena»denovo«). kot dedovanipolimorfizem.Medkliničnoznačilnimisubtelomernimispremembami pri6%preiskovancev(95 vancih (10%,95%CI5,0-17,5%).Štirjesobilinosilcisubtelomernedelecije: del(2)(qtel),kisejeizkazala klasični citogenetskianalizinormalenkariotip.Subtelomernekromosomske spremembe smonašlipri10preisko- Slovenije, kisobilinapotenivgenetskilaboratorijzdiagnozoIDMalizaradi displastičnihznakovinsoimelipo preverjali znašoraziskavo.ST-FISHsmotestirali100preiskovancev,otrok inmladostnikovizseverovzhodne somskih spremembjemetodasimultanefluorescenčne»insitu«hibridizacije (T-FISH),katereuporabnostsmo manjrazvitosti (IDM).Dosedanjanajpogostejeuporabljenapresejalnametoda zaodkrivanjesubtelomernihkromo- Subtelomerni kromosomskipredelisopogostovključenivkromosomskepreureditve,kivodijodoidiopatskeduševne Splošna bolnišnicaMaribor, Laboratorijzamedicinsko genetiko, Ljubljanska 5,2000Maribor, Slovenija Alenka REARRANGEMENTS ASSOCIATED WITHMENTAL RETARDATION THE USEOFSUBTELOMERICFISH, MLPA ANDCGHTO INVESTIGATE CHROMOSOMAL Erjavec-Škerget pl tnlrHrdž nrj aoa,BrsZgainkandNadjaKokalj-Vokač, ŠpelaStangler-Herodež, AndrejaZagorac,BorisZagradišnik , ŠpelaStangler-Herodež, AndrejaZagorac,BorisZagradišnikinNadjaKokalj-Vokač Genomic Technologies II/Genomsketehnologije 93

30.9.06 - 14:55 Genetika 2006

ULTRA-HIGH THROUGHPUT SNP ANALYSIS WITH BECKMAN COULTER’S GENOMELAB SNPSTREAM GENOTYPING SYSTEM

Denis Lobidel Beckman Coulter, UK

30.9.06 - 15:10 As genome DNA sequence data become available, more studies are required to better understand the significance of the DNA variations among individuals. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) may lead to individual differences between disease susceptibility and response to treatment. SNPs have been the focus of much attention in genetic studies because they are extremely abundant and well-suited for automated large-scale genotyping. In the human genome, for example, SNPs are estimated to occur every 500 -1000bp (~3,000,000 to 6,000,000 SNPs). There- fore, SNP detection provides a high probability of finding association with disease alleles over small distances. DNA sequencing is the gold standard technique to discover the SNP sites of a genome. SNP sites can be identified through comparison of sequences from different individuals in a population. The most common technique for SNP scoring/validation of pre-characterized DNA regions is primer extension which utilizes specific DNA primers that an- neal to the template 5’ adjacent to the target SNP site. The primer is then extended by a single base with the complementary dye-labeled, dideoxy-nucleotide terminator(s) using a DNA polymerase. Electrophoresis and is commonly used for the simultaneous analysis of multiple SNP sites using primers designed with different lengths. In this presentation , we will describe an effective approach to SNP discovery and scoring using the multi-functional CEQ 8000 Genetic Analysis System and Ultra high throughput SNP STREAM system.

94 GENETIC DISEASES I GENETSKE BOLEZNI I 30.9.06 - 16:00 freezing systems. the sameasinfreshtissues.Inthiswaytissuescanbepreservedatroomtemperaturewithoutveryexpensive RNAandproteinsanalysis at morphologicalleveland,afteracarefulmicro-dissection,itispossibletohaveDNA; preserves alsothemorphologyandpossibilityofagoodimmunohistochemistry.Thetissuescanbeanalyzed RNA andalsoproteinsinfixedparaffin-embeddedtissuesthesameasfreshfrozen(1).Thisfixative Also technicalinnovationcangiveusnewopportunities:recentlyweredevelopedfixativesthatmaintainDNA, European university-hospitals.Thistypeofresearchcanbeappliedinmanyfieldmedicinestartingfromoncology. molecular medicineresearchandclinicalpractice-IMPACTS”. Inthisprojectarealreadyinvolved20ofthemajor level. ThereisalreadyanEuropeanprojectthatstartingtoanalyzethisopportunity:“Archive’s tissues: improving We areabletodaytousethismaterialforimmunohistichemistry,butalsomolecularanalysisatDNAandRNA idation. Thefixedandparaffin-embeddedtissueswithanykindofdiseasestoredinhospitalcanbethesolution. lecular medicine.Oneofthemajorproblemisrightcollectionhumantissuesforbiomarkerresearchandval- There isanoverallconcernfortheslowevolvingfrombasicknowledgeinmolecularbiologytoappliedmo- of Clincal,MorphologicalandTechnological Sciences,Trieste, Italy University ofTrieste andInternationalCentreforGeneticEngineeringBiotechnology–Department Giorgio NEW STRATEGIES FORMOLECULARMEDICINEDEVELOPMENT Genetika 2006 in humantissues”,Diagn.Molec.Pathol 15:115-23;2006 (1)-Stanta G,Pozzi MucelliS,Petrera F, BoninS,BussolatiG,“A novelfixativeimprovesopportunityofnucleicacidsandpro Reference: Stanta 96 teomic analysis 1 Metka Ravnik-Glavač GENETSKO PRESEJANJEMIKROSATELITNO NESTABILNEGA KOLOREKTALNEGA RAKA survival ofpatients. curable stageswhatisconnectedwithdecreasedcostformedicaltreatmentandmostimportantlybetter testing ofrelativesatrisk,togetherwithsurveillanceandpreventionenablethatthediseaseisdetectedinearlier determine whooftherelativesinLynchsyndromefamilyinheritedmutation.Geneticcounselingandgenetic cancer. Carriersofthemutationhave70-80%life-timerisktodevelopLynchsyndrome,sothereisneed Lynch syndrome.syndromeisthemostcommonautosomaldominantinheritedpredispositionforcolorectal increased mutationdetectionratefromapproximately65%to87%andhasenabledidentifynewpatientswith skih dognanjih(metilacijipromotorja gena in analizoDHPLC.NašanadalnjastrategijazapresejanjesindromaLynch,kitemelji izključnonamolekularnogenet- določanje MSIsmorazvilinovmultipleksniPCRsistemspetimikvazimonomorfnimi mononukleotidnimimarkerji ni uspešno.MSIstatustumorjevpapredstavljatudiprvostopnjopriodkrivanju bolnikovssindromomLynch.Za sindromom Lynch.BolnikizMSItumorjiimajoboljšoprognozo,medtemko zdravljenjesfluorouracilomprinjih kolorektalnih rakovjemikrosatelitnonestabilnih,medtemkoMSIznačilnost večkot90%tumorjevbolnikovs tandemskih ponovitevvtumorskiDNAprimerjavznormalnoistega posameznika.Približno 15%vseh Mikrosatelitna nestabilnost(MSI)jefenomen,zakateregasoznačilnemajhne delecijeininsercijeznotrajkratkih on solelymoleculargeneticknowledge(methylationof cleotide markersandDHPLCanalysis.OursubsequentstrategyforscreeningofLynchsyndromewhichhasbased determination ofMSIwehavedevelopedanewmultiplexPCRsystemwithsetfivequasimonomorphycmononu- fluorouracil. Besides,MSIstatusoftumorsisaprescreeningstepindetectionpatientswithLynchsyndrome.For syndrome. Patients withMSItumorshavefavorableprognosis anddonotbenefitfromadjuvantchemotherapywith found tobemicrosatelliteinstable,whileMSIisacharacteristicofmorethan90%tumorspatientswithLynch Approximately15%ofallcolorectalcancers(CRC)were repeats intumorDNAcomparedtomatchingnormalDNA. Microsatellite instability(MSI)isaphenomenoncharacterizedbysmalldeletionsorinsertionswithinshorttandem šimi stroškizdravljenja innajpomembnejšezboljšimpreživetjem bolnikov. in preventivniukrepiomogočajo,dase bolezenodkrijevzgodnejših,šeozdravljivihfazah,karjepovezanozmanj- sorodnikov jepodedovalmutacijo.Genetsko svetovanjeingenetskotestiranjerizičnihsorodnikovterspremljanje imajo 70-80%doživljenjskotveganje, darazvijejosindromLynch,zatojepomembno,ugotovimo,kdood Lynch. SindromLynchjenajpogostejša dominantnodedovanapredispozicijazakolorektalnirak.Nosilcimutacije zvišala stopnjodoločanjamutacijspribližno 65%na87%innamomogočilaodkritinovebolnikessindromom 3 2 Metka GENETIC SCREENINGOFMICROSATELLITE INSTABILITY INCOLORECTAL CANCER 4 3 2 4 1 Klinični center, Zaloška cesta2,SI-1000Ljubljana,Slovenija Onkološki inštitut,Zaloška cesta2,SI-1000Ljubljana,Slovenija Zaloška 4,SI-1000Ljubljana,Slovenija Univerza vLjubljani,Medicinska fakulteta, Inštitutzapatologijo,Oddelekmolekularno genetiko, Univerza vLjubljani,Medicinska fakulteta, Inštitutzabiokemijo, Vrazovtrg2,SI-1000Ljubljana,Slovenija Clinical Centre,Zaloška cesta2,SI-1000Ljubljana,Slovenia Institute ofOncology, Zaloška cesta2,SI-1000Ljubljana,Slovenia Zaloška 4,SI-1000 Ljubljana,Slovenia University ofLjubljana,Faculty ofMedicine,InstitutePathology, DepartmentofMolecularGenetics, University ofLjubljana,Faculty ofMedicine,InstituteBiochemistry, Vrazovtrg2,SI-1000Ljubljana,Slovenia Ravnik-Glavač 1,2 1,2 , GašperBerginc , GašperBerginc 2 2 , UrošPotočnik , UrošPotočnik MLH1 in mutacijskianalizigenov,vključenih vsindromLynch),je MLH1 2 2 , MatejBračko , MatejBračko promoter andmutationanalysisofMMRgenes)has Genetic DiseasesI/Genetskebolezni 3 3 , StanislavRepše , StanislavRepše 4 4 , DamjanGlavač , DamjanGlavač 97 2 2

30.9.06 - 16:20 30.9.06 - 16:40 Nina Canki-Klain MUSCULARDYSTROPHIES -LGMDS) MIŠIČNIH DISTROFIJ(LIMB-GIRDLE GENETSKEINEPIDEMIOLOŠKEZNAČILNOSTINAJBOLJPOMEMBNIHOBROČASTIH KLINIČNE, cosilation pathwayenzyme.EpidemiologicaldatavaryespeciallyinLGMD2. of theskeletalmusclefiber,suchassarcolemma,sarcomere,cytosol,nucleusandgly- cell biology.Thesenovelgenesencodehighlydiverseproteinswithdifferentlocalizationwithinoratthesurface different causativemutationsinthegenesencodingadisparatecollectionofproteinsinvolvedallaspectsmuscle tosomal recessiveformsaswellbyinterfamilialclinicalvariability.Moleculargeneticstudieshavedemonstrated come available.Difficultiesinclassificationareoftencausedbytherelativelycommonsporadicoccurrenceofau- such asthedevelopmentofcardiomyopathy,andtobeabletakeadvantagespecifictreatmentwhentheybe- necessary toknowtheirexactgeneticcauseprovideadequatecounseling,predictrisksforthepatient inability totreattheseaffectionseffectivelymakespreventinganyrecurrenceveryimportant.Forthisreasonitis health andeconomicburden,notonlyonthepatientstheirfamilies,butalsowholecommunity.Our incurable andoftenlife-threateningdisordersofchildrenyoungadults.Thereforetheyrepresentaconsiderable J). Ingeneral,theyhavemoreseverecoursecomparedtodominantformsso-calledLGMD1(A-F).Allofthemare recessive anddominantforms.ThemostcommonclinicalformsareautosomalclassifiedasLGMD2(A- of progression,patternskeletalmuscleinvolvement,heartdamageandmodeinheritance,withbothautosomal with onsetintheproximalmuscles.Thesediseasespresentalargeclinicalvariabilityregardingageofonset,rate LGMDs areaheterogeneousgroupofgeneticdisorderscharacterizedbyprogressivemusclewastingandweakness Croatia Zagreb UniversityMedicalSchool,CroatianInstituteforBrainResearch andDepartmentofNeurology, Nina MUSCULAR DYSTROPHIES (LGMDS) GENETICANDEPIDEMIOLOGICCHARACTERISTICSOFMAJORLIMBGIRDLE CLINICAL, Genetika 2006 LGMD2 soodvisnio populaciji. TRIM32), jedro(emerin,laminA/C)in encimglikolizacijskepoti(FKRP).Epidemiološkipodatkipredvsemza so sarkolema(sarkoglikani,disferlin,kaveolin 3),sarkomera(teletonin,miotilin,titin),mišičnicitosol(kalpain3, nosijo zapiszavsakovrstnebeljakovine zrazličnolokalizacijoznotrajalinapovršiniskeletnomišičnegavlakna,kot genih zarazličneproteine,kisovključeni vvsevidikebiologijemišičnecelice.Ti novoodkritiskeletnomišičnigeni terfamiliarna kliničnavariabilnost.Molekularne genetskeraziskavesopokazaleraznovrstnevzročnemutacijev Težave sklasifikacijopovzročarazmeromapogostoposameznopojavljanje avtosomnorecesivnihoblikkottudiin- ganja zapaciente,kotsorazvojkardiomiopatije,indabiuporabilispecifično zdravljenje,kobotoenkratnavoljo. namen moramopoznatinatančnegenetskevzroke,dabiomogočiliustrezno genetskosvetovanje,predvidelitve- nismo sposobniučinkovitozdravititehmotenj,jeizrednopomembnopreprečevanje njihovegapojavljanja.Vta zdravstveno inekonomskoobremenitev,nesamopacientovnjihovihdružin, ampaktudicelotnedružbe.Ker neozdravljive inpogostoživljenjskoogrožajočebolezniotrokmladihodraslih. Zaraditegapredstavljajoobčutno ). Vsplošnemimajohujšipotekvprimerjavizdominantnimioblikami,imenovanimi LGMDtip1(A-F).Vseso kot dominantnoobliko.Najpogostejšekliničneoblikesoavtosomnorecesivne, klasificiranekotLGMDtip2(A-J dovanja, vzorecvključevanjaskeletnegamišičja,prizadetostsrcainnačindedovanja, stakoavtosomnorecesivno četkom vproksimalnimuskulaturi.Te boleznisozeloraznolikegledenastarostobzačetkubolezni,hitrostnapre- LGMDs soheterogenaskupinagenetskihmotenj,zakaterejeznačilnaprogresivna mišičnaoslabitevinupadzza- nevrologijo, Hrvaška Univerza vZagrebu,Medicinska fakulteta, Hrvaškiinštitutzaraziskovanje možganovinOddelekza Canki-Klain 98 Petruševska G. HYBRIDIZATION EVALUATION OFHER2GENESTATUS INBREASTCANCERBYCHROMOGENICSITU 17 polysomyshouldbedone. immunohistochemical technique.Incasesthatare3+positiveandnegativebyCISH,relationtochromosome of Her2genestatusanditsapplicationisconsiderednecessaryespeciallyfortheclarification2+results of discordancewasfoundinthe2+group(65%).CISHisanaccurateandpracticaltechniqueforevaluation cordance ofthemethodswashighestin3+group(100%)andlower1+group,whereasahighdegree 10 caseshadhighlevelamplification.ThecorrelationoftheresultsobtainedbyCISHandIHCshowedthatcon- negative and16werepositiveforHer2geneamplification.Ofthese6casesshowedlowlevelamplification uated onparaffinsectionswiththeCISHtechniqueusingadigoxigenin-labeledDNAprobe.Seventeencaseswere histochemical HER2proteinscoreof1+,2+,3+(HercepTesttm) wereinvestigated.Her2genestatuswaseval- the resultswiththoseofimmunohistochemicaltechnique.Thirtythreecasesbreastcarcinomaanimmuno- study wastoevaluateHER2genestatuswiththechromogenicinsituhybridization(CISH)techniqueandcompare of thebreastcarcinomaimpliednecessitylaboratoryassessmentHer2genestatus.Thepurposethis velopment ofthenewhumanizedmonoclonalantibodyagainstextracellularpartHer2proteinintreatment 10-34% ofbreastcarcinomasandisconsideredtobeanimportantbiologicalmarkerpoorprognosis.Thede- rosine kinaseactivity,involvedinthesignaltransductionofcellgrowth.Ithasbeenamplifiedapproximately Her2 isagenelocatedonthelongarmofchromosome17,encodingtransmembrane185kDaproteinwithty- Institute ofPathology, MedicalFaculty, Macedonia Skopje, R. , FilipovskiV., BanevS. Genetic DiseasesI/Genetskebolezni 99

30.9.06 - 17:00 30.9.06 - 17:20 1 1 pri interpretacijiizvidovmfERG. fiksacije nanovpreferenčniarealmrežnice. Pri bolnikihzekscentrično innestabilnofiksacijojepotrebnapazljivost s testividnefunkcije.Pri bolnikihznapredovalimistadijiBVDinvidnoostrino0,2manjje prišlodopremika mfERG inMPpribolnikihscentralnofiksacijo(Skupina1).Naširezultatikažejo dobroujemanjemorfološkihtestov na novpreferenčniarealmrežnice(Skupina2).Elektrofiziološkotestiranje je pokazalodobroujemanjeizvidov napredovanjem boleznijepriosmihočehzvidnoostrino0,2inmanjprišlo doekscentričnegapremikafiksacije 0,7 ±0,2)sofiksiralicentralnoznotrajnehomogenegahipo-oz.hiperfluorescentnega območja,vidnegazAF. Z eksonu VMD2gena.BolnikesmonapodlagiizvidovMPinAFrazdelilivdve skupini.Bolnikivprviskupini(VO: fluorescenco (AF).VdružiniMsmodokazalinovo,zaenkratvliteraturišeneobjavljeno G15Rmutacijonadrugem fokalno elektroretinografijo(mfERG).Rezultatesmoprimerjalizmorfološkosliko očesnegaozadjaposnetozavto- smo vzelikrizagenetskeraziskave.Delovanjecentralnemrežnicetestirali zmikroperimetrijo(MP)inmulti- premik fiksacijenanovpreferenčniarealmrežnice.Vštudijosmovključili11 bolnikoviz5različnihdružin.Vsem pri bolnikihzBestovoviteliformnodistrofijo,kjersmonapredovalimi stadijibolezniopaziliekscentričen Namen našeštudijejebilugotovitiprisotnostVMD2mutacijinocenadelovanjacentralnenevrosenzoričnemrežnice Martina Jarc MAKULARNO DISTROFIJO REDKE MUTACIJE GENAVMD2PRISLOVENSKIHDRUŽINAHZBESTOVO VITELIFORMNO Cautious interpretationofmfERGisneededinpatientswitheccentricandnon-stablefixation. stages ofBVDandvisualacuity0.2lower,afixationshifttothepreferredretinallocuswasobserved. Conclusions: Ourresultsshowagoodcorrelationbetweenmorphologyandvisualfunction.Inpatientswithadvanced testing inpatientswithcentralfixation(Group1)showedreducedamplitudesofmfERGmostlytheinnertworings. ation tothepreferentialretinallocus(PRL)in8eyeswithvisualacuityof0.2orless(Group2).Electrophysiology hypo- andhyperfluorescentareaasseenwithAF. Withprogressionofthedisease,therewasanevidentshiftfix- of patientswereformed.Patients 0,7±0.2)werefixatingcentrallyinsidethenon-uniform inthefirstgroup(VA: mutation wasfoundinexon2oftheVMD2geneonefamilies.BasedonMPtestingandAF, twogroups raphy (mfERG).Theresultswerecomparedwithretinalmorphologyseenbyautofluorescence(AF).AnewG15R were takenforgeneticanalysis.Retinalsensitivitywastestedbymicroperimetry(MP)andmultifocalelectroretinog- locus (PRL)wasobserved.ElevenpatientsfromfivefamilieswithBVDwereincludedinthestudy.Bloodsamples in patientswithBest’sdystrophy,whichadvancedstagesofthediseaseashiftfixationtopreferredretinal The aimofourstudywastoinvestigatethepresenceVMD2mutationandevaluatecentralretinalsensitivity 2 Martina MACULAR DYSTROPHY. RARE MUTATIONS OFTHEVMD2GENEINSLOVENIANFAMILIES WITHBEST’SVITELLIFORM Genetika 2006 2 Univerza vLjubljani,Medicinska fakulteta, Oddelekzamolekularno genetiko, Ljubljana,Slovenija Klinični centerLjubljana,Očesnaklinika, Ljubljana,Slovenija Ljubljana, Slovenia University ofLjubljana,Faculty ofMedicine,InstitutePathology, DepartmentofMolecularGenetics, Medical CentreLjubljana,EyeClinic,Slovenia Jarc 100 1 1 , MajaŠlajpah , MajaŠlajpah 2 2 , Marko Hawlina , Marko Hawlina 1 1 , DamjanGlavač , DamjanGlavač 2 2 but alsotoheterozygoteadvantage. frequency andageofmutationsweestimatethatthedistributiontodaySLOSisnotonlyduetorandomdrift appearence inEasternregionsofthemediterraneansea8000yearsagoanddistributiontoWest.Because For thesethreefrequentmutationsweestimatedtimeofappearenceandconcludedforexampletheT93Man frequent mutationinmediterraneanregionsasGreece,ItalyandSpainwithadecreasinggradientfromEasttoWest. W151X havedecreasingandincreasinggradientsrespectivelyfromWesterntoEasternEurope.TheT93Misavery specific mutationalspectrafordifferentEuropeanregions.MostfrequentmutationsastheIVS8-1G>Cand tected inallSLOSpatients.Weanalysedthegeneticdefectabout250patientsfromEuropeandfound concerns thecholesterolbiosynthesis.Mutationsingenefordelta-7sterolreductase(DHCR7)havebeende- mental retardationtoveryseverilyaffectedpatientsandintrauterinedeath.Theunderlyingbiochemicaldefect nares, polydactyly,and2,3toesyndactyly.Theseverityofthediseasevariesfrommildmalformations predominant clinicalfeaturesarefailuretothrive,mentalretardationandtypicalmalformationsasanteverted The Smith-Lemli-Opitzsyndrome(SLOS,OMIMxx)isanautosomalrecessivemetabolicmalformationdisorder. Schoepfstrasse 41,A6020Innsbruck,Austria Medical UniversityInnsbruck,DepartmentofGenetics,MolecularandClinicalPharmacology, M. POPULATION SYNDROME GENETICSOFTHESMITH-LEMLI-OPITZ Witsch-Baumgartner Genetic DiseasesI/Genetskebolezni 101

30.9.06 - 17:40 30.9.06 - 18:00 miRNAs wasvalidatedusinganovelquantitative,real-timeSYBR entially expressedmiRNAsthatmaybeusefulbiomarkersoftumorigenesis.Asubsetthedifferentially profiled humancolontumor.Comparingtheseprofileswithadjacentnormaltissue,wediscoveredmultiplediffer- tection sensitivityoflessthan0.3fmol/rxn(180copies/cell).UsingtheNCode demonstrate thepowerofNCode optimize hybridizationatauniformT Arrayprobesweredesignedusingaproprietaryalgorithmto zebrafish, plusadditionalpredictedhumanmiRNA. of 1344probesprintedinduplicateforinterrogatingvalidatedmiRNAshuman,mouse,rat,C. a multi-speciesDNAarraycompletewithexogenouscontrols.TheNCode labeling/detection,and microRNA Analysisplatform,anintegratedsolutionthatincludescomponentsformiRNA, entiation andhavebeenimplicatedinseveraldiseasestates.HerewedescribethedevelopmentofNCode triggering degradationofspecificmRNAtargets.miRNAsappeartoplayacriticalroleindirectingcellulardiffer- MicroRNAs (miRNAs)are19-25ntnon-codingRNAsthatregulategeneexpressionbyinhibitingtranslationor Invitrogen Corporation,InchinnanScotland,U.K. NCODE Genetika 2006 H. serve ascandidatesfordiagnosticortherapeutictargets. NCode Zeraia TM miRNA LabelingSystem,inconjunctionwiththeNCode TM 102 MIRNA ANALYSIS PLATFORM IDENTIFIESMIRNABIOMARKERSINCOLONCANCER TM m miRNA AnalysisplatformforidentifyingdiseaserelatedmiRNAswhichmay , oftenallowingsinglemismatchdiscriminationduringhybridization.The TM ® Multi-Species miRNAMicroarray,providesde- Green RT-PCRassayformiRNAs.Thesedata TM Multi-Species miRNAMicroarrayconsists TM miRNA Analysisproducts,we elegans, drosophila TM , GENETIC DISEASES II GENETSKE BOLEZNI II 1.10.06 - 8:30 transcriptional activationofthecomplicatedprotein. we havebeguntoanalyzemutationsinAIREwithregardstheireffectsonthemultimerization,DNA-bindingand AIRE regulatesthetranscriptionofgenes,whichhavebeenimplicatedincentraltolerancethymus.Moreover, promoter, butisunabletoelongateintheabsenceofAIRE.Ourfindingsrevealanimportantmechanismbywhich in mousemedullarythymicepithelialcells.Inthesecells,RNApolymeraseIIisalreadyengagedontheinsulin2 merase II.Fortheseeffects,AIREbindsandrecruitsthepositivetranscriptionelongationfactorbtotargetpromoters that AIREisatranscriptionalactivator.Indeed,regulatestheelongationratherthaninitiationofRNApoly- an importantroleinthenegativeselectionofautoreactiveTcells.Itsstructuralandfunctionalpropertiessuggest AIRE directstheectopicexpressionofmanytissue-specificgenesinmedullarythymicepithelialcells,whichplays Immunology, Rosalind Russell Medical,SanFrancisco, CA94143-0703,USA University ofCaliforniaSanFrancisco, Research Center, DepartmentsofMedicine,Microbiologyand Matija MUTATIONSCENTRAL TOLERANCE ANDAIRE: INAPECEDPATIENTS Genetika 2006 Peterlin 104 caused byaconfirmedconstitutional3pmicrodeletionincludingtheentire of paternalorigin.ThisisthefirstpatientwithanintermediateTietz-/Waardenburg typeIIAsyndromephenotype Mb. DNApolymorphismanalysisusingtwelvemicrosatellitemarkersrevealedthattheinterstitialdeletion3pwas tween BACclonesRP11-544A22andRP11-217I10,indicatingthatthesizeofdeletedsegmentisabout14 has adel(3)(p12.2p14.1)withthedistalbreakpointinBACcloneRP11-199N21andproximalbe- probes aswellmoleculartechniquestheextentofdeletionwasdeterminedinmoredetail.Thepresentcase deletion oftheshortarmchromosome3wasfound.Usingfluorescence achieved followinganintracytoplasmicsperminjectiontreatment.Byroutinecytogeneticanalysis,a general psychomotorretardationandmilddysmorphicanomaliesisdescribed.Conceptionofthepatientwas A 4year-oldpatientshowinganintermediateTietz-/ Waardenburg-typeIIAsyndromephenotypewithanadditional University ofGreifswald,InstituteHumanGenetics,Germany Peter M. A RAREVARIANT OFTIETZSYNDROME Kroisel Genetic DiseasesII/Genetskebolezni in situ MITF hybridisation andsingle-copyBAC gene. 105 de novo

1.10.06 - 9:00 1.10.06 - 9:20 and fourin Anamarija Meglič DIFERENCIALNO DIAGNOSTIČNA VPRAŠANJAINETIČNEDILEMEVKLINIČNIPRAKSI MOLEKULARNOGENETSKA ANALIZAPRIOTROCIH ZDEDNIMIHEMATURIJAMI: treatment isnotindicated. picture isexpressed,mightpredisposethepatienttoyearsofunnecessaryanxietyspeciallyincaseswhenspecific could diminishtheneedforinvasiverenalbiopsy.However,anexactdiagnosisdeterminedbeforeclinical analysis ofcollagengenes,particularlyinthecaseyoungpatients,maybegreatclinicalimportanceand state, wereidentifiedonlyinpatientswithbenignfamilialhematuria.Thatnon-invasivemethod,thegenetic pri katerihnepoznamospecifičnegazdravljenja. točno diagnozo,izpostavljenstrahuše predrazvojemkliničneslikelahkoletadolgoposebnovprimerihbolezni, točni diagnoziinlahkoodložipotrebopoinvazivniledvičnibiopsiji.Kljubtemu pajebolnik,prikateremugotovimo zivna genetskaanalizakolagenskihgenovvnekaterihprimerih,posebnopri majhnihotrocihvelikopripomorek 3497+1G>A) vsevheterozigotnemstanju,pasmonašlilepripacientihzbenigno družinskohematurijo.Neinva- (G487C, G1015E,3547-3548insGGA)in4vgenu COL4A5 prognoze bolezni.Pri 112pacientihiz43družinssumomnaASaliTBMNsmoodkrili6različnih mutacijvgenu Odkrivanje mutacijvgenihkolagenatipaIVjeneinvazivnametoda,kilahkoolajša postavitevdiagnozeinnapoved v enemizmedtrehgenovzakolagentipIVinkažetaspecifičnospremenjeno glomerularnobazalnomembrano. družini, imajolahkoAlportovsindrom(AS)alibolezentankihmembran(TBMN). Obeboleznistaposledicimutacij Bolniki, tudimajhniotrocizmikrohematurijoinpozitivnoanamnezoomikrohematuriji aliledvičnemobolenjuv 1234+5 G>T, and3615-3616delC);threemutationsin TBMN wefoundsixdifferentmutations information usefulfordiagnosisandprognosis.In112patientsfrom43unrelatedfamilieswithsuspectedASor diagnosis. GeneticscreeningformutationsintypeIVcollagengenesisnon-invasiveandcouldprovideadditional basement membrane.Therenalbiopsyiscouldshowonlythinningoftheglomerularmembraneinboth (TBMN). BotharecausedbymutationsinthreetypeIVcollagengenesandshowspecificchangesofglomerular in otherfamilymembers,thediagnosiscouldbeAlportsyndrome(AS)orthinbasementmembranenephropathy In patients,includingsmallchildren,withmicrohematuriaandpositivehistoryoforrenaldisease 2 Anamarija DIFFERENTIAL DIAGNOSTICQUESTIONSANDETHICALDILEMMASINCLINICALPRACTISE THE MOLECULARDIAGNOSTICSINCHILDRENWITHHEREDITARY HEMATURIA: THE Genetika 2006 2 1 1 Univerza vLjubljani,Medicinska fakulteta, Inštitiutzapatologijo,Zaloška 4,1000Ljubljana,Slovenija Slovenija Klinični centerLjubljana,Pediatrična bolnica,Oddelekzanefrolofijo,Starepravde4,Ljubljana, Institute ofPathology, Faculty ofmedicine,UniversityLjubljana,Zaloška 4,1000Ljubljana,Slovenia Slovenia Nephrology Department,Pediatric Hospital,MedicalCenterLjubljana,Starepravde4,1000 (G198E, G310R,G624D,K664N,1234+5G>T, and3615-3616delC).3mutacijevgenu COL4A4 106 Meglič 1 1 , MajaŠlajpah , MajaŠlajpah (3353 G>C+3354-3358delACCAG,3068+2T>G,3497+1G>A)allinheterozygous 2 2 , DamjanGlavač , DamjanGlavač COL4A5 gene inASsuspectedpatients(G198E,G310R,G624D,K664N, COL4A4 2 2 (3353 G>C+3354-3358delACCAG,3068+2T>G, COL4A3 gene (G487C,G1015E,3547-3548insGGA) COL4A3 1 and diseasestages(Binet),aswellbetweenRTAthetypeofBMinfiltration. to thecontrolgroup,whereageinfluencedtelomeraseactivity.WefoundpositivecorrelationbetweenRTA pared tothecontrolgroup.ThesexandageofpatientsshowednoinfluenceonRTAinCLLpatients,oppositely showed significant3,5foldincreaseinrelativetelomeraseactivity(RTA)patients'peripherallymphocytes,com- Trepanobiopsies fromthesamepatientswereanalysedfortypeofbonemarrowinfiltrationaswell.Analysis matched controlswereinvestigatedfortelomeraseactivityusingthe"Telomerase PCRELISA-pluskit"from Roche. used morphologicprognosticmarkers,47frozenbloodlymphocytessamplesfrompatientswithCLL,andage by manyauthors.InordertoinvestigatethetelomeraseactivityinpatientswithCLLanditscorrelationcommonly steps incarcinogenesisandattainmentofcellimmortality.IncreasedtelomeraseactivityhasbeenreportedCLL ends. Recentfindingshavesuggestedthatactivationoftelomeraseisonethemostcommonandfundamental complementary toTTAGGGrepeatsthatpermitsdenovosynthesisoftelomericDNAontochromosomal rearrangements andchromosomalloss.Telomerase, theenzyme thatelongatestelomeres,containsanRNAtemplate at thetelomericendsofmammalianchromosomes.Telomeres stabilizechromosomalendsandprevent theirfusion, variable numberoftandemrepeatsthehexanucleotide"(TTAGGG)n"constitutingchromosomaltelomeres,present most normalsomaticcellsbutreactivatedinofthemalignanttumorandimmortalcelllines.Thereis Telomerase isaribonucleoproteicenzymeassociatedwithcellularimmortalityandmalignancy.Itrepressed in 2 Jovanović R. ACTIVITY ANDBONEMARROWINFILTRATION LEUKEMIA VERSUSAGEMATCHED CONTROLS. CORRELATION BETWEENTHETELOMERASE EVALUATION OFTELOMERASEACTIVITYINPATIENTS WITHCHRONICBLYMPHOCYTIC Clinical Center, ClinicforHematology, Macedonia Skopje, R. Faculty ofMedicine, InstituteofPathology, Macedonia Skopje, R. 1 , Petruševska G. 1 , EfremovD. 2 , StojanovićA. Genetic DiseasesII/Genetskebolezni 2 , Janevska V. 1 , Pavković M. 2 107

1.10.06 - 9:40 1.10.06 - 10:00 na razvojboleznine vplivajospremembevgenu povezana zrazvojem bolezni.Odsotnostspremembvgenu identificirali leenopotencialnopatogeno spremembovgenuVSX1(Asp144Glu),zakaterosejeizkazalo,dani tokonusa. Odkrilismoleenonovospremembo, 504-24C>T, pri kontrolnemvzorcu.Pri pregledugenaVSX1smo značilen zatobolezen.Pojavnost 627+23G>Apolimorfizma pa jestatističnoznačilnazadednooblikokera- in prikontrolnemvzorcu,polimorfizem Ala128Alajevnašipopulacijipogost,vendarpapojavle-teganistatistično Asp144Glusmoodkrili vdvehprimerih,privzorcubolnika spremembe; Asp144Glu,Ala128Alain 627+23G>A. pa smopotrdilizdirektnimsekveniranjem. Spregledomcelotnekodirajočeregijesmoodkrili3različne,žeznane, intronskih regijgena pomnoževanjueksonov inmejnih populacijo smouporabili157vzorcevkrvizdravihkrvodajalcev.Po izolacijiDNA, smo potrdiliobolenje.37pacientovjeobolelozadednooblikokeratokonusa, 76pazasporadično.Kotkontrolno diagnostičnih inostalihkriterijevsmovnašoštudijovključili113pacientov, 70moškihin43ženskih,prikaterih v genupribolnikihskeratokonusom,vendarpavloga v kraniofacialniinočesnirazvoj.Vštudijahanalizegenavplivateganarazvoj bolezni,sobilenajdenespremembe sivnega mešanegamiotopičnegainnepravilnegaastigmatizma.Gen Keratokonus jenajboljpogostaektatičnadistrofijaroženicespojavnostjookoli 1:2000.Obolenjevodidoprogre- screening ofexonsandborderlineintronregionsthe sporadic formofthedisease.Wechose157bloodsampleshealthydonorsasacontrolpopulation.Through sequencing. Thirty-sevenpatientshadapositivefamilyhistoryofkeratoconusand76werediagnosedwith included inthisstudyafterthedeterminationofdiagnosticandothercriteria.Thechangeswereconfirmedwithdirect conformational polymorphismanalysis)wereperformedin113patients,70maleand43female,who DNA extraction,PCRamplificationofthecodingregionandborderlinesscreeningwithSSCA(singlestranded VSX1 VSX1 and irregularastigmatism.TheestimatedprevalenceofKCisapproximately1:2000inthegeneralpopulation. Keratoconus (KC)isanon-inflammatoryprogressivedisorderofthecornea,whichleadstomixedmyopic 2 Mirna RARE VSX1GENEVARIATIONS INSPORADICANDHEREDITARY KERATOCONUS PATIENTS Genetika 2006 2 1 1 Mirna Štabuc-Šilih REDKE VARIACIJE VGENUVSX1PRISPORADIČNIINDEDNIOBLIKIKERATUKONUSA in thedevelopmentofthisdisorder. gene inalargenumberofunrelatedKCpatientsindicatesthattherearelikelytobeothergeneticfactorsinvolved patients andisthereforeprobablyabenignpolymorphism.Theabsenceofpathogenicmutationsinthe scribed, presumablypathogenicmutation,Asp144Glu,wasinourcasealsoidentifiedthecontrolgroupof itary formofkeratoconus.AnewVSX1variation504-24C>Twasfoundinthecontrolgroup.Thepreviouslyde- was notstatisticallysignificant.However,thefrequencyof627+23G>Asignificantforhered- Ala128Ala polymorphismwasfoundmorefrequentlyinpatientsthanthecontrolpopulation,butdifference Asp144Gluwasfoundinonepatientandhealthyblooddonor, Asp144Glu, Ala128Alaand627+23G>A. Ljubljana, Slovenia Univerza vLjubljani,Medicinska fakulteta, Inštitutzapatologijo,Oddelekmolekularno genetiko, Klinični centerLjubljana,Očesnaklinika, Ljubljana,Slovenija Ljubljana, Slovenia University ofLjubljana,MedicalFaculty, InstituteofPathology, DepartmentofMolecularGenetics, Medical CentreLjubljana,EyeClinic,Slovenia have beenreportedinkeratoconuspatients,althoughitsroleof gene ispartofasubfamilythatinvolvedincraniofacialandoculardevelopment.Mutations Štabuc-Šilih 108 1 1 , MojcaStražišar , MojcaStražišar VSX1 smo analiziraligenzenoverižnokonformacijskoanalizo(SSCA),odkritespremembe 2 2 , DamjanGlavač , DamjanGlavač VSX1 , temvečdrugigenetski faktorji. VSX1 VSX1 2 2 VSX1 pri razvojubolezninirazjasnjena.Obupoštevanju gene wefoundonly3changesalreadydescribed: pri pacientihskeratokonusom, kaženato,da VSX1 VSX1 , kijedelpoddružinegenovvpletenih in keratoconushasnotbeenclarified. VSX1 Ksenija CURRENT PREGNANCYLOSS X CHROMOSOMEMOSAICISMINWOMENWITHPREMATURE OVARIAN FAILURE ANDRE- z zmanjšanoplodnostjo. genetsko svetovanjeinustreznegenetskepreiskavestrokovnoutemeljenekot sestavni delkliničneobravnaveparov X jepomembenvzrokprezgodnjemenopavzeinponavljajočihsplavovvslovenski populaciji.Zatomenimo,daso med njimiješestbolnic(6/39)rodilootrokeskromosomskiminepravilnostmi. (25/122) bolnicsprezgodnjomenopavzo.Prisoten jebiltudipri9,2%(39/424)bolnicsponavljajočimi splavi, Ksenija Geršak JOČIMI SPLAVI MOZAICIZEM KROMOSOMAXPRIŽENSKAH SPREZGODNJOMENOPAVZO INSPONAVLJA- plications forgeneticcounselingandfertilitytreatment. in phenotypicallynormalwomenwithrecurrentpregnancylossand/orsubfertility.Theresultshavepracticalim- analysis shouldbeconsideredforwomenwithunexplainedsporadicPOF. Xaneuploidyhasreproductivesignificance klasičnimi citogenetskimitehnikamianaliziralikariotipe. splavi ,kisobilezdravljenenaGinekološkiklinikiKliničnegacentravLjubljani vobdobju1994-2005,smos nice inmetodedela. mozaicizma vslovenskipopulacijižensksprezgodnjomenopavzoterponavljajočimisplavi. bni deležmedvzrokizaponavljajočespontanesplave(3–16%).Vraziskavismoželeliopredelitinavedenega Mozaicizem kromosomaXjebilugotovljenpri3–13%bolnicsprezgodnjomenopavzo.Hkratipredstavljapomem- Ljubljana, Slovenija Univerzitetni kliničnicenter, Odsekzamedicinsko genetiko, Oddelekzaporodništvoinginekologijo, (39/424) Xchromosomemosaicismwasfound;sixofthem(6/39)hadaneuploidoffspring. women withPOF. In424patientswithregularmenstrualcycleandahistoryofrecurrentpregnancyloss,9.2% Genetics, intheperiodbetween1994and2005. history ofrecurrentpregnancylosswereanalyzedatDepartmentObstetricsandGynaecology,DivisionMedical Karyotypes ofperipherallymphocytesin122patientswithsporadicidiopathicPOFand424womena of (a)womenwithsporadicidiopathicPOFand(b)ahistoryrecurrentpregnancyloss. abortion. InthepresentstudyacontributionofXchromosomeabnormalitieswasevaluatedinSlovenepopulation been foundbetween3–13%.Thesamemosaicismwasidentifiedin3–16%womenwithrecurrentspontaneous The frequencyofXchromosomemosaicisminwomenwithsporadicformprematureovarianfailure(POF)has Ljubljana, Slovenia Department ofObstetricsandGynaecology, DivisionofMedicalGenetics,UniversityCentre, Geršak , Alenka Veble , Alenka Veble Iz vzorcevperifernekrvi122bolnicsprezgodnjomenopavzoin424ponavljajočimi Results. Rezultati. X chromosomemosaicismwasfoundin20.5%(25/122) Genetic DiseasesII/Genetskebolezni Mozaicizem kromosomaXsmonašlipri20,5% Zaključek. Mozaicizem kromosoma Conclusion. 109 Cytogenetic Methods. Bol-

1.10.06 - 10:15 1.10.06 - 10:30 Špela HEREDITARY MOTOR ANDSENSORYNEUROPATHY (HNSN)TYPE1A MOLECULAR-GENETICS ANDMOLECULAR-CYTOGENETICS METHODSBYDIAGNOSISOF Genetika 2006 genomu. in sindromov,katerihvzroksospremembe vštevilukopijtočnodoločenihzaporedijnukleotidovčloveškem postopke, običajnezadelovmolekularno genetskemlaboratorijuinjetakoprimernazaodkrivanjerazličnihbolezni Omogočaanalizevečpacientovvkratkemčasu,zajemaosnovne ksibilna inprimernazadiagnostikoHMSN1A. mislili, dajespecifičnazaduplikacijo,prisotnavvzorcuzdravepopulacije.MLPA metodajeizredno robustna,fle - kerjesprememba,zakaterosmo obolenja prostozamenljivi.MetodaPCRniprimernazadiagnostikoHMSN1A, MLPA zmetodoFISH,ternatančnaanalizadobljenihrezultatovjepokazala,dastametodipridiagnostiki HMSN1A PCR smoodkrili3lažnopozitivnein1negativenrezultat.Primerjava inovrednotenjenačina delametode in 19delecijgenaPMP22.Primerjava rezultatovFISHinMLPA jepokazala100%ujemanje.Zmetodo analizo rezultatov.Vštudijosmovključili70preiskovancevssumomnaHMSN1A aliHNPP. Potrdili smo9duplikacij metodama FISH(fluorescentna˝insitu˝hibridizacija)inPCR(reakcijaverižne polimerizacije),teropravilinatančno kacije/delecije prisotnepriHMSN1A/HNPPsmoovrednotiliuporabnostmetode MLPA injoprimerjalizobstoječima zanesljivo določitištevilokopijposameznegaodsekavčloveškemgenomu.Za odkrivanjespecifične1,5Mbdupli- posledica delecijeistegagena.Zuporabohkratnegapomnoževanjeodligacije odvisnihprob(MLPA), jemogoče zlična, genetskopasHMSN1Apovezananevropatija,jedednanagnjenostkutesnitvenimparezam(HNPP),ki Hereditarna mišičnosenzornanevropatijatipa1A(HMSN1A)nastanezaradipodvojitvegenaPMP22.Kliničnora- Splošna bolnišnicaMaribor, Laboratorijzamedicinsko genetiko, Ljubljanska 5,SI-2000Maribor Špela StanglerHerodež HEREDITARNE MIŠIČNOSENZORNENEVROPATIJE (HMSN)TIPA 1A INMOLEKULARNOCITOGENETSKE TEHNIKEPRIDIAGNOSTIKI MOLEKULARNO-GENETSKE for anydiseasewhicharisesfromgenedosagechangesinhumangenome. for MLPA ispresentinmostmoleculargeneticlaboratories.MLPA canbeemployedasatoolindiagnosticprocedures producible andeasytoperform.Largenumbersofsamplescanbetestedsimultaneously.Theequipmentnecessary MLPA isverymultiplex,sensitive,re- it shouldbecomeanimportantmethodformoleculardiagnosisofHMSN1A. occur inhealthpopulation.TheMLPA assayallowsaccuratedetectionofduplicationsthegenePMP22.Therefore whilethechangewhichseamstobespecificforduplication method. PCRisnotsuitablefordiagnosisofHMSN1A, showed threefalsepositiveandonenegativeresult.IncontrasttoFISH,MLPA canbeusedasalternative were confirmedin70probands.Therewas100%concordancebetweenFISHandMLPA results.PCRmethod sample included70patientsreferredwithdiagnosesofHMSN1AorHNPP. Atotalof9duplicationsand19deletions the applicabilityofMLPA forthedetectionofspecific1.5Mbduplication/deletionpresentinCMT1A/HNPP. The probe amplification(MLPA) isnewmethodtodetectgenedosagedifferences.Theaimofourstudywasevaluate gene PMP22resultsinHMSN1AwhereasitsmonosomicunderexpressioncausesHNPP. Multiplexligation-dependent butphenotypicallyitisaratherdifferentdisorder.Bydosagemechanism,trisomicoverexpressionof HMSN1A, rather heterogeneous.Hereditaryneuropathywithliabilitytopressurepalsies(HNPP)isgeneticallyrelatedthe The hereditarymotorandsensoryneuropathy(HMSN1),themostcommoninhuman,isgenetically Medical GeneticsLaboratory, MariborTeaching Hospital,Ljubljanska 5,SI-2000Maribor Stangler Herodež 110 oi ardši,Aek rae kre,AdeaZgrcandNadjaKokalj Vokač , BorisZagradišnik,Alenka ErjavecŠkerget, AndrejaZagorac , BorisZagradišnik,Alenka ErjavecŠkerget, AndrejaZagoracinNadjaKokalj Vokač used todetect29mostcommonmutationsinthe possible homozygotevariantofmutationsweretested.Theallelespecificpolymerasechainreactionmethodwas genetic testingon16adultssuspectedtohaveatypicalformofCF. Followingcounselling,parentsofpatientswith an additionaldiagnostictesttoassurethediagnosisandprovidepatientswithapropermedicalcareweperformed lahko vpletenivpatogenezoatipičneCF. od 29testiranihmutacij,moralisekvencioniraticelotengenzaizključitevredkih mutacijalipolimorfizmov,kiso V primeruvelikepredtestneverjetnostiCFbipribolnikih,katerihsmonašli samoenoalinismonašlinobene test priatipičnihoblikahCF. Zaradiraznolike kliničneslikeCFjepotebnoizključitimožnediferencialnediagnoze. Marina Mencinger GENETSKO TESTIRANJEZACISTIČNOFIBROZOPRIODRASLIHBOLNIKIH polymorphisms thatcouldbeimplicatedinthepathogenesisofCF. necessity ofwholegenesequencingisindicateduponre-evaluationclinicaldatatoexcluderaremutationsand need tobeexcludedbecauseofavariableCFphenotype.Incaseswhereonlyoneornomutationwasdetected sions: In threecasesonlyonemutationwasfound:I148T2789+5G>AandΔF508inaheterozygoteform. a homozygoteforΔF508,andtwocompoundheterozygotesΔF508/R1162XΔF508/3849+10kbC>T. sidered asstandarddiagnostictestforCF, butitoftenfailsinatypicalformsofCF. trointestinal andreproductivetracttomildmonosymptomaticpresentations.Pilocarpineiontophoresisiscon- complexity oftheCFphenotypesrangingfromaclassicmultiorgandiseasecommonlyinvolvingrespiratory,gas- protein.Over1300mutationsfoundinthegenecontributeto cystic fibrosistransmembraneregulator(CFTR) Background: Klinični oddelekzapljučnebolezniinalergijo,BolnišnicaGolnik,Slovenia polimerazno verižnoreakcijozadetekcijo29najpogostejšihmutacijv tudi staršebolnikov,prikaterihsmoposumilinahomozigotnooblikomutacije. Uporabilismoalelno-specifično 16-ih odraslih,prikaterihjebilpostavljenkliničnisumnaatipičnooblikoCF. Po predhodnemposvetusmotestirali potrditev diagnozeCFterstemmožnostiprimernemedicinskeoskrbebolnikov smoizvedligenetskotestiranjepri ni diagnostičnapriatipičnihoblikahCF. do monosimptomatskihfenotipov.Pilokarpinskaiontoforeza,kiveljazastandardnidiagnostičnitestCF, pogosto slike odklasičnemultiorganskebolezni,kipogostoprizadenerespiratorni,gastrointestinalniterreproduktivnitrakt Preko 1300mutacijdokazanihvgenuprispevahkompleksnostiklinične branski regulatorproteinimenovanCFTR. Izhodišča: Klinični oddelekzapljučnebolezniinalergijo,BolnišnicaGolnik,Slovenija 2789+5G>A terΔF508vheterozigotniobliki. ΔF508/3849+10kbC>T inΔF508/R1162X.V3-ihprimerihsmo ugotovili leenomutacijo:I148T, potrdili pri3-ihpreiskovancih,homozigotuzaΔF508,terdvehsestavljenih heterozigotihzgenotipom Marina GENETIC TESTINGFORCYSTICFIBROSIS The genetictestingforCFisavaluablediagnostictoolinatypicalformsofCF. Possible differentialdiagnosis Mencinger Cistična fibrozajeavtosomnarecesivnabolezenpovzročenazmutacijamivgenu,kikodiratransmem- Cystic fibrosis(CF)isanautosomalrecessivediseasecausedbymutationsinthegeneencoding , MiraŠilar, MitjaKošnik, Peter Korošec , MiraŠilar,MitjaKošnik, Peter Korošec Metode: cftr Zaključki: Z namenompridobitvedodatnegadiagnostičnegatestaza gene. Results: Genetsko testiranjezaCFjedragocendiagnostični Genetic DiseasesII/Genetskebolezni The diagnosiswasprovedin3individuals, cftr genu. Methods: Rezultati: In ordertoprovide Diagnozo CFsmo 111 Conclu-

1.10.06 - 10:45

GENETIC RESOURCES II GENETSKI VIRI II 1.10.06 - 11:30 Levente Levente Em EVOLUCIJA VIRULENCEBAKTERIJE gene expressionareexemplifiedinthislecture. sites forPAIs. Theaboveevolutionaryeventstogetherwiththesophisticatedregulatorymechanismsofvirulence islands (PAIs). Transfer RNAgeneswithaninvolvementinglobalregulatorymachineriesareprivilegedintegration may beinvolvedinthetransferandrecombinationprocessesresultingchromosomalregionscalledpathogenicicty event thenewlyacquiredDNAhastobeintegratedintochromosome.Largesequences(10-100kilobasepairs) strains virulencedeterminantsarealmostexclusivelylocatedonthechromosome.Itmeansthataftertransfer Horizontal genetransferbetweenbacteriaplaysapivotalroleinthisprocess.Inuropathogenic modelling ofthesequenceeventshowacommensalbowelfloramembercoulddevelopintosuccessfulpathogen. testinal pathotypesof an importantroleinhomeostasis.Besidethishomeostaticfunction,however,welldefinedintestinalandextrain- Escherichia coli Hungary University ofPécs,SchoolMedicine,DepartmentMedicalMicrobiologyandImmunology, Pécs, EVOLUTION OF Genetika 2006 predstavljene zgorajopisanestopnjevevolucijipatogenihsevov so obdelovanjuglobalnihregulatornihmehanizmovpogostomestavključitve PAI vkromosome. Vpredavanjuso mosomov imenovaniotokipatogenosti(PAI –angl.pathogenicityislands).Nukleotidnazaporedja genovzatRNA nacijah DNAsovpletenadolgazaporedjanukleotidov(10-100kilobaznihparov) tako,danastanejoodsekikro- locirane nakromosomu,karpomeni,daseprenešenaDNAmoravključitivkromosom.Pri prenosihinrekombi- Vuropatogenihsevih so igralihorizontalniprenosiDNA. godkov potrebnih,dasekomenzalprebavnegatraktarazvijevuspešnegapatogena.Kjučnovlogotemprocesu patotipi človeka inigrapomembnovlogovhomeostazi.Poleg vlogevhomeostazi,paspecifičničrevesniinizvenčrevesni Esherichia coli Madžarska Univerza vPécs,Medicinska fakulteta,Oddelek zamedicinsko mikrobiologijoinimunologijo,Pécs, genov virulence. E. coli Em 114 ˝ ˝ o o dy dy lahko izzzovejoresneokužbe.Raziskavefunkcijskegenomikesoolajšalemodeliranjezaporedjado- je edennajštevilčnejšihpredstavnikovfakultativnoaerobnemikrobneflorevprebavnemtraktu is themostabundantrepresentativeofnon-anaerobicmicrobialflorahumangutplaying ESCHERICHIA COLI E. coli may elicitsevereinfections.Functionalgenomicstudieshavefacilitatedthelaboratory ESCHERICHIA COLI VIRULENCE E. coli (UPEC) sodeterminantevirulenceskorajizključno E. coli kakor tudidovršenimehanizmiizražanja E. coli (UPEC) hastičnih faktorjev. (2)afinitetovezaveproteinaLexAna operatorskozaporedjeter(3)sto- SOS sistemanegledenapoškodboDNA, v določenemdelubakterijskepopulacije. Ti rezultatikažejo,dajenivoizražanjagena in stemnaodstotekcelic,kiizražajo zlita gena.Zlitjegenov genov je pokazal, da sistem SOS, če ne pride do poškodbe DNA, sprožinizeknivoizražanjagena je pokazal,dasistemSOS,čenepridedopoškodbeDNA, mehanizmu, kiseskrivazaheterogenostjopriizražanjugena fazi jeprepisprekopromotorjackadereprimiranlepri3%kolicinogenepopulacije. Poročamo omolekularnem ključnimregulatorjemSOSodziva.Vstacionarni hrane. ZnačilnazasintezokolicinovjereguliracijasproteinomLexA, protein. SintezakolicinaKjeinduciranapredvsemzaradipovečanjakoncentracije alarmonappGppobpomanjkanju 1 1 lexA-gfp spremembam vokolju.Kolicinisobakteriocini,katerihzapissenahajanaplazmidih pribakteriji Fenotipska raznovrstnostjeprisotnaprivsehorganizmihinprinašapopulaciji odzivnost,potrebnopriprilagajanju levels of by cellsof environmental perturbationsandsurviveadverseconditions.Colicinsareplasmid-encodedbacteriocins,synthesized Phenotypic heterogeneityisevidentinallorganismsandprovidespopulationstheflexibilityrequiredtoadapt sponse. Inthestationaryphasetranscriptionfrom depletion. ColicinsynthesisisalsocharacteristicallyregulatedbytheLexAprotein,keyregulatorofSOSre- the lysisprotein.SynthesisofcolicinKisprimarilyinducedbyanincreaseinalarmoneppGppduetonutrient colicin activityprotein, than 20colicintypeshavebeencharacterized.ColicinKproductionisencodedbythreegenes: 1* 2 Mrak P. IS CONTROLLEDBYTHESOSSYSTEM,LEXABINDINGAFFINITY, ANDSTOCHASTIC FACTORS HETEROGENEITY INEXPRESSIONOFTHE 1* 2 Mrak P SISTEMOM SOS, AFINITETO VEZAVE PROTEINA LEXAINSTOHASTIČNIMI FAKTORJI IZRAŽANJE GENAKOLICINA KPRIBAKTERIJIESCHERICHIACOLIJENADZOROVANO S (2) theaffinityofLexAbindingtooperatorsequencesaswell(3)onstochasticfactors. bistability inexpressionofthe in the kolicina Kzajemajotrijegeni: Med naravnimiizolatitebakterijesepojavljajozelopogosto.Znanihjeveč kot20tipovkolicinov.Produkcijo of the the colicinogenicpopulation.Herewereportonmolecularmechanismunderlyingheterogeneityinexpression Trenutni naslov:LekPharmaceuticalsd.d.,Mengeš,Slovenia Utrecht University, DepartmentofInfectiousDiseasesandImmunology, Utrecht,TheNetherlands Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Oddelekzabiologijo,Ljubljana,Slovenija Current address:LekPharmaceuticalsd.d.,Mengeš,Slovenia Utrecht University, DeprtmentofInfectiousDiseasesandImmunology, Utrecht,TheNetherlands University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, DepartmentofBiology, Ljubljana,Slovenia cka cka cka-gfp 1* 1* fusion showedthatthe cka , ZPodlesek , Podlesek Z. Escherichia coli gene. RealtimeRTPCRshowedthattheSOSsystem,withoutexogenousDNAdamage,inducesmoderate promoter regionaffectedtheaffinityofLexAbindingandpercentage expression. Theuseof smo ugotovili,daspremembevvezavnih mestihproteinaLexAvplivajonanjegovoafinitetodoDNA 1 cki 1 , J. P. M.vanPutten , Putten vanJ. P. M. . Amongnaturalisolatescolicinproducingstrainsarefoundwithhighfrequencyandmore encoding theimmunityproteinwhichprotectsproducingstrain,and cka cka lexA nosi zapiszakolicinskiprotein, gene dependson(1)SOSinductionwithoutexternalDNAdamagingagents, cka-gfp gene ishighlyexpressedinasubsetofbacteria.Theseresultsindicatethat fusions demonstratedthatmodificationsintheconservedLexAboxes 2 2 in Žgur-Bertok D and Žgur-Bertok D. ESCHERICHIA COLI cka promoter isderepressedinonlyapproximately3%of cka lexA-gfp cki . Poskus sPCRvrealnemčasu (»RealTime PCR«) 1 Genetic ResourcesII/Genetskiviri zapis zaimunskiprotein, 1 je pokazalo,dagenlexAmočnoizražen COLICIN KACTIVITYGENE cka cka-gfp odvisen od(1)indukcije cka ckl expressing cells.A . Spomočjozlitja cka pa zapiszalitični 115 Escherichia coli encoding the ckl encoding CKA .

1.10.06 - 12:00 1.10.06 - 12:20 Polonca Štefanič,InesMandić-Mulec IZOLATOV FUNKCIJSKA INSTRUKTURNAVARIABILNOST KOMUNIKACIJSKEGA SISTEMATALNIH found instrainsfromspatiallydistantenvironments. as thesoilaggregate.Theresultsalsosuggestthatlevelofvariabilityintheselociiscomparabletoone the optimalcommunicationbetweenstrainsofdifferentpherotypeseveninaspatiallylimitedenvironmentsuch confirm thatthestructuralpolymorphismcorrelateswithspecificityofquorumsensingresponsepreventing an activeComXpheromonebuthavethepherotype-specificComPreceptorand addition, specificityofthequorumsensingresponsewastestedusing have examinedfunctionalandstructuralpolymorphismof these lociclusterintofoursimilaritygroupscorrespondingtodifferentpherotypes(Ansaldietal,2002).We strains isolatedfromdifferentdesertsoils,whichmayrepresentasexualisolationmechanism.Itwasfoundthat soil aggregate(0.5cm3).Sequencingoftheir V našihraziskavahsmoproučevalifunkcionalniinstrukturnipolimorfizem lokusov sprožijo izražanjespecifičnihgenov.Sistemzazaznavanjeceličnegostote, kisprožiizražanjeoperona Bakterije medsebojkomunicirajozizločanjeminodzivanjemnakemijskesignale, kiobdoločeniceličnigostoti Slovenija Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Oddelekzaživilstvo,Večna pot111,1000Ljubljana, DNA level,while and themodificationenzymeComQ.Astrikingpolymorphismhasbeenimplicatedin netic competencein response tocelldensity.Thequorumsensingsystemthatinducesexpressionofthe Bacteria communicatebysecretingandreactingtoextracellularchemicalsignalscontrollinggeneexpressionin 111, 1000Ljubljana,Slovenia University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, DepartmentofFoodScienceandTechnology, Večna pot s sod.(2002)solokuse puščav sozelovariabilna,karbilahkopredstavljalonovmehanizemseksualne izolacijemedseviistevrste.Ansaldi regulator ComAinmodifikacijskiencimComQ.Nukleotidnazaporedjalokusa naravno kompetencopribakteriji Polonca Štefanič,Ines SUBTILIS BACILLUS FUNCTIONAL ANDSTRUCTURALPOLYMORPHISM OFAQUORUMSENSINGSYSTEM IN Genetika 2006 izoliranih izmajhnegakoščkatal(0,5cm3).Sekvenciranjelokusa nukleotidnem nivoju,medtemkojebilapodobnostgenov sevi polimorfizma lokusa srfA srfA majhnega koščkatal,primerljivazvariabilnostjo sevov,izoliranihizprostorskooddaljenihokolij. medsebojnih razdaljah.Prav takosmougotovili,dajeraven variabilnostiomenjenihlokusovbakterij,izoliranihiz fičnostjo odzivanagostotocelic,sajje le-tamanjučinkovitamedbakterijamirazličnihferotipov,tudinamajhnih B. subtilis z reporterskimgenom 116 BACILLUS SUBTILIS , kisaminesintetizirajoferomonaComX,vsebujejopaferotipskospecifičenreceptor ComPteroperon rpoB Bacillus comQXP genes weremorethan99%similarindicatingahighpolymorphismof comQXP Mandić -Mulec STRAINS ISOLATED FROMASOILAGGREGATE lacZ subtilis involvestheComXpheromones,ComP-ComAtwo-componentregulators . Specifičnostsistemazazaznavanjeceličnegostotesmopreverilitudistesterskimi . Rezultatipotrjujejo,dasestrukturnipolimorfizem lokusa uvrstili vštiriskupinegenskihgrozdov,kisovpadajosštirimirazličnimiferotipi. Bacillus subtilis , BlažStres,MojcaZaložnik,BarbaraKraigher, Polona Čadež , BlažStres,MojcaZaložnik,BarbaraKraigher,Polona Čadež comQXP’ , vključujeferomonComX,membranskireceptorComP, odzivni loci revealedonly56-64%similaritybetweenatthe comQXP’ rpoB več kot99%,karnakazujenavisokostopnjo comQXP loci in B. subtilis B. subtilis je pokazalole56-64%podobnostna comQXP tester strains,whichdonotproduce srfA-lacZ srfA-lacZ srfA srfA comQXP strains isolatedfromasmall izolatov operon andthenaturalge- comQXP’ reporter gene.Theresults comQXP comQXP’ genes B. subtilis v sevih loci of ujema sspeci- B. subtilis B. subtilis različnih srfA srfA . In in ,

POSTERS POSTRI GENETIC RESOURCES GENETSKI VIRI P 01 številom proticiprofloksacinu odpornihizoliranihsevovinizginevanjem intermediarnegafenotipa vnavedenihletih. izoliranih vletu2004 in10od17sevov,kisobiliizolirani vletu2005.Večja prisotnostgenasovpadazvečjim sevov, kisojihnaIVZizoliralipredletom 2003,terv14sevihod20,kisobiliizoliraniletu1120sevov in PCRposkuse.Vzbirkisevovnismoodkrili nitienegaod vzrok zapovečanoodpornostvsajdeloma pojavljanjenaplazmidihzapisanihdeterminantsmoopravilikonjugacijske zdravja (IVZ)republikeSlovenijeizolirali medleti2000in2005,sejepovečaloiz8na17.Dabiugotovili,ali proti ciprofloksacinuodpornihaliintermediarnih uropatogenihESBLklebsiel,kisojihnainštitutuzavarovanje nekaterih fluorokinolonov.Slovenijani izjema,kogrezapovečevanjeodpornostibakterijprotikinolonom.Število cr determinanti. Pred nedavnimpasoodkrilinovmehanizemodpornostipredkinoloni.Novoodkriti gen, encime predinhibitornoaktivnostjokinolonov.Odtlejsovnekaterihdelihsveta odkrilišedveledaljnosorodniQnr ki posredujeodpornostprotinizkimkoncentracijamkinolonov.QnrAjeprotein iz218aminokislin,kiščititarčne ekspresije specializiranihmembranskihčrpalkaliporinov.1998letasoodkrili izhaja bodisiizmutacijskihspremembkromosomskozapisanegagenazatopoizomeraze tipaII,bodisiizpovečane za zdravljenjeinfekcijmokril.Pogosta uporabajenajverjetnejšivzrokpovečanjabakterijskeodpornosti,kiobičajno Fluorokinoloni soprotimikrobnesnovi,kisepogostouporabljajoprizdravljenju infekcijskihbolezni,meddrugimtudi 2 POJAVLJANJE GENA number ofisolatedciprofloxacinresistantstrainsandthedissapperanceintermediateresistancephenotype. and 10outof17isolatescollectedintheyears2003,20042005,respectively.Thisisaccordancewithhigher one of17isolatescollecteduntil2003,however,itsprevalenceincreasedto14out20isolates,11 mediated determinants.Noneofthe and PCRexperimentswerecarriedouttoconfirmthattheincreasedresistancewaspartlydueemergenceofplasmid public healthoftherepublicSlovenia),increasedbetweenyears2000and2005from8to17.Severalconjugation ciprofloxacin resistantorintermediateuropathogenicESBLproducing Slovenia isnotanexceptionregardingtheincreasingquinoloneresistanceworldwide.Thenumberofnonrepetitive variant ofacommonaminoglycosideacetyltransferasethatiscapablereducingtheactivitycertainfluoroquinolones. of resistanceforquinoloneswasdescribedjustrecently.Thenewplasmid-associatedgene, anewmechanism terminants havebeenidentifiedandtheoccurrencereportedfromfewareasaroundworld.Additionally, protein thatprotectsthetargetenzymesfrominhibitoryactivityofquinolones.SincethentwodistantlyrelatedQnrde- qnrA tational changesinthechromosomallyencodedtypeIItopoisomerasesandexpressionofeffluxpumpsorporins.In1998, of urinarytractinfections.Thewidespreadusetriggeredanincreaseinbacterialresistance,whichusuallyresultsfrommu- Flouroquinolones arebroadspectrumantimicrobialagentsusedinclinicalmedicineamongothersalsoforthetreatment 2 Jerneja IN SLOVENIA EMERGENCE OFTHELOW-LEVEL QUINOLONERESISTANCE MEDIATING GENE 1 1 Genetika 2006 Jerneja AmbrožičAvguštin V SLOVENIJI , jezapisannaplazmiduinkodirarazličico,sicerobičajne,aminoglikozidneacetiltransferaze, kizmanjšaaktivnost Inštitut zavarovanjezdravja,Grablovičeva44,1000Ljubljana,Slovenija. Slovenija Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Oddelekzabiologijo,Večna pot111,1000 Ljubljana, Institute ofPublic HealthoftheRepublic ofSlovenia,Grablovičeva44,1000Ljubljana,Slovenia Slovenia University ofLjubljana,Biotechnicalfaculty, DepartmentofBiology, Večna pot111,1000Ljubljana, , thefirstplasmidmediatedlow-levelquinoloneresistancegenewasdescribed,however.QnrAisa218-aminoacid Ambrožič Avguštin 120 AAC(6’)-IB-CR 1 1 , Rok Keber , Rok Keber qnr genes wasfoundinthestraincollection.The 1 1 , KIPOSREDUJENIZKO ODPORNOSTPROTI KINOLONOM , Katja Žerjavič , Katja Žerjavič qnr 1 1 genov. Gen , Toni Oražem , Toni Oražem Klebsiella sp aac(6’)-Ib-cr . strains,collectedattheIVZ(Instituteof 2 2 qnr , MiklavžGrabnar , MiklavžGrabnar aac(6’)-Ib-cr A, prvinaplazmiduzapisanigen, A, smo odkrililevenemod17 aac(6’)-Ib-cr gene wasfoundjustin AAC(6’)-IB-CR 1 1 , encodesanew aac(6’)-Ib- 1 1 markerji zapotrebeidentifikacijefig. vsebovalo mikrosatelitnoponovitev.Izolirani mikrosatelitibodovnadaljevanjuovrednoteniinuporabljenikotPCR stvenih GAin66edinstvenihGTzaporedij vskupnidolžini47kb.Od117edinstvenihzaporedijjihje112(96%) Nukleotidno zaporedjesmodoločiliizbranim 71GAin126GTklonom.Po ureditvizaporedijsmodobili51edin- klonov obogateneknjižnicejihje49% GAin71%GTvsebovalomikrosatelitnoponovitevaliSSRbogatoregijo. pripetih nanajlonskemembraneinkonstruiraligenomskoknjižnico.Odskupaj pregledanih1328GAin1424GT fige. DNAfragmente,kisovsebovalimikrosatelitneponovitve,smoulovili spomočjokomplementarnihsond razrezali zosmimirazličnimikombinacijamirestrikcijskihencimov,namenom pridobitidobropokritostgenoma dinukleotidnih (GA/TCinGT/AC)mikrosatelitskihknjižnic.IzoliranoDNAizlistov lokalnesorte‘Miljskafiga’smo sistem zanatančnoinhitrorazlikovanjegenotipov.Pričujoča študijaobravnavarazvojinkarakterizacijoobogatenih presežemo zuporabomolekulskihmarkerjev.Trenutno somikrosatelitinajboljobetaveninuporaben markerski pa sotudištevilnisinonimiinhomonimi.Znaneomejitvemorfološkihznakov priidentifikacijirastlin,karlahko gojenje figinizmenjavarastlinskegamaterialavpreteklostistadoprineslakzmedi pripoimenovanjusort,zabeleženi virov fige.Namenodbirejeizbratitržnonajprimernejšesortetakozasvežo porabo kotzasušenje.Tradicionalno Pri poskusurevitalizacijegojenjafigvSlovenijisejepokazalapotrebapoinventarizacijiinkarakterizaciji genskih IZOLACIJA DINUKLEOTIDNIH MIKROSATELITNIH ZAPOREDIJFIGE( acterized andconvertedintoPCRmarkersforfigidentification. 117 uniquesequences,112(96%)containedmicrosatelliterepeat.Isolatedmicrosatelliteswillbefurtherchar- resulted intheidentificationof51uniqeGAand66uniqueGTsequencestotallength47kb.Of contained microsatelliterepeats.Sequencingof71clonesselectedforGAand126GTrepeats and 1424GTcloneswerescreened49%oftheGA71%inenrichedlibrary searched repeatattachedtothenylonmembranesandasmall-insertlibrarywasconstructed.Overall,1328GA sentation ofthegenome.Fragmentscontainingmicrosatelliteswerefishedoutusingprobescomplementaryto variety ‘Miljskafiga’wasdigestedwitheightdifferentcombinationsofrestrictionenzymestoobtaingoodrepre- acterization ofenricheddinucleotide(GA/TCandGT/AC)microsatellitelibraries.DNAextractedfromleaveslocal marker systemforaccurateandrapididentificationofgenotypes.Thisstudyreportsonthedevelopmentchar- well knownandcouldberesolvedbyusingofmolecularmarkers.Currently,microsatellitesarethemostpromising onyms andhomonymshavebeennoted.Thelimitsofthemorphologicaldescriptorsinidentificationprocessare cultivation andexchangeoffigsintheregioncontributedtoconfusionvarietaldenominationseveralsyn- to selectfigvarietieswellsuitedforproductionoffreshanddriedfigscommercialvalue.Inthepast,traditional Revitalization offigcultivationinSloveniarequiresaninventoryandcharacterizationgermplasmsorder Dunja Bandelj 2 ISOLATION OFDINUCLEOTIDE MICROSATELLITE SEQUENCESINCOMMONFIG( 2 Dunja Bandelj Slovenija Oddelek zaagronomijo,Biotehniška fakulteta, UniverzavLjubljani,Jamnikarjeva 101,1000Ljubljana, Slovenija središčeKoper,Znanstveno-raziskovalno UniverzanaPrimorskem, Garibaldijeva1,6000Koper, 1000, Slovenia Agronomy Department,BiotechnicalFaculty, UniversityofLjubljana,Jamnikarjeva 101,Ljubljana Science andResearch CentreofKoper, UniversityofPrimorska, Garibaldijeva1,Koper 6000,Slovenia 1 1 , Podgornik Maja , Podgornik Maja 1 1 , JavornikBranka , JavornikBranka 2 2 , JernejJakše , JernejJakše Genetic Resources/Genetskiviri 1,2 1,2 FICUS CARICA FICUS CARICA 121 L.) L.)

P 02 P 03 k staja gen vlhA sevu S6jeskorajenakaprvemupsevdogenu lisepticum (gen zasialidazo)- jdemo pri V preurejanjeomenjenihgenomovbilahkobilevključenetuditranspozaze(IS4 družina),katerihenakegenena- vendar naširezultatikažejonasprotno.Pri vsehizolatih vlhA genov z geni genetski skupini,jeprimerjavanjunihgenomovpokazalahorizontalniprenosgenovvnajmanj14regijah,vključno (sev 53)imaenlokus Bakteriji Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Oddelekzazootehniko, 1230Domžale,Slovenija the expressed only threearexenologsofthe numerous haemagglutininvariants. of theirgenomesindicatedhorizontalgenetransfer(HGT)atleast14regions,including Major poultrypathogens University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, DepartmentofAnimalScience,1230Domžale,Slovenia Rebeka GALLISEPTICUM HORIZONTAL GENETRANSFERBETWEENMYCOPLASMASYNOVIAEAND MYCOPLASMA Genetika 2006 HGT of synoviae Rebeka LucijanaBerčič GALLISEPTICUM HORIZONTALNI PRENOSGENOVMEDMYCOPLASMOSYNOVIAEIN for transposases(IS4family)thatmightbeinvolvedinHGTandrearrangmentswithintheirgenomes. gapA phate dehydrogenase)- indicate HGTfrom pseudogene of with the5'- This stronglysuggestsHGTandreplacementofaprevious M. gallisepticum iz genoma koncem. Po obstoječiteoriji najbihorizontalniprenosgenov sequence isimmediatelyupstreamoftheir vlhA vlhA vlhA Lucijana Berčič M. synoviae isolates thegeneorderwas: vlhA M. synoviae je bilaiz , vendarpasogledenasekvenčnozaporedjesamotrijepodobnigenu , kikodirajorazličicehemaglutinina. 122 gapA was from , povezans5'- vlhA M. synoviae M. synoviae from , prikateriimajoseviR,PG31,A59693'-konecsekvence gene andupstream,55 M. synoviae M. synoviae gapA1 in M. gallisepticum vlhA in M. synoviae vlhA M. synoviae M. gallisepticum , DušanBenčina,BrigitaSlavec,Peter Dovč , DušanBenčina,BrigitaSlavec,Peter Dovč M. gallisepticum , vkateremjeizražengen . Pridobljeni podatkikažejopravtakonahorizontalniprenosgena (gen zagliceraldehid3-fosfatdehidrogenazo)- gapA ps1. To certain K2426D. vlhA also forthe prenesena vsajenakopijagena delom. Te ugotovitvekažejonazamenjavopredhodnega gene of . InS6strainits M. gallisepticum and nanA-nanH M. gallisepticum to M.synoviae M. gallisepticum vlhA . pogosto povzročataboleznipriperutnini.Čepravsoditavrazličnifilo- M. synoviae M. gallisepticum nanH vlhA pseudogenes lackingthe5'- nanH pri (encoding sialidase)- M. gallisepticum gene. In M. synoviae . vlhA vlhA (strain R)hasfive genes. M.synoviae M. synoviae , butouranalysesdonotsupportthisproposal.Inall ULB992 alsorevealeda vlhA ter prednjim55psevdogenov M. gallisepticum belong todifferentphylogeneticgroups.Acomparison sequence isalmostidenticaltothatofthefirst strains atleastone M. synoviae with the vlhA vlhA K2426D. Tudi pri (strain53) hasasingle (sev R)ima5lokusov je bilvrstniredgenovnaslednji: potekal od skupaj s5'- gapA1 vlhA vlhA and vlhA gapA vlhA strains R,PG31,A5969the3'-end gene of loci containing43 M. gallisepticum (encoding glyceraldehide3-phos- vlhA region. Ithasbeenproposedthat vlhA ps1. Kdoločenimsevom M. gallisepticum gapA lAM.synoviae vlhA neposredno predgenom M. gallisepticum copy wastransferredtogether gene linkedtothe5'- M. synoviae . Sekvencatakega vlhA vlhA vlhA vlhA nanH vlhA z ustreznimgenom z manjkajočim5'- locus thatincludes , kivsebujejo43 also sharegenes genes encoding vlhA od k . Ouranalyses . M. synoviae M. synoviae nanA -nanH ULB992 ob- M. synoviae genes, but vlhA M. gal- nanH gapA vlhA M. pri . , . Marko Cotman AVTOHTONIH PASMAH OVAC DOLOČANJE POLIMORFIZMOVPRIONSKEGAPROTEINA have higherfrequencethangenotypeswithVRQallelesinthepopulationofexaminedsheep(ARR/ARR6.43%). poorly representedinpopulation(VRQ/VRQ5.85%).TheallelicvariantARRtypicalforsheepresistanttoscrapie are moderatesusceptibletoscrapie.GenotypeswithVRQvariantknowncarryveryhighriskofscrapieisonly The mostfrequentgenotypeinexaminedsheeppopulationisARQ/ARQ(28.65%).Animalscarryingthis examined JezerskoSolčavskasheepandBovškahavefiveallelicvariantseleveneightgenotypes. Belokranjska pramenkaandIstrianfiveeightdifferentgenotypeshavebeendetermined.The described methodwasperformedallelesVRQ,ARQ,ARR,AHQandARH.Fourallelicvariantsweredeterminedin crimination frekvenco, kotgenotipizaleliVRQ. ARR vpreiskovanipopulaciji(ARR/ARR6.43%),kisoodgovornizaodpornost ovacnapraskavecimajovišjo aleli VRQ,kisoodgovornizavisokoobčutljivostovacnapraskavecjemajhna (VRQ/VRQ5.85%).Genotipizaleli vseh pasmahjeARQ/ARQ(28.65%).Živalistemgenotipomsoobčutljive na praskavec.Frekvencagenotipovz alelov inenajstrazličnihgeneotipovpriJezerskosolčavskihosemBovških ovcah.Najpogostejšigenotippri pri BelokranjskihinosemIstrskihpramenkah.Pri jezerskosolčavskihovcahinbovških smodoločilipet ARR, AHQinARH.ŠtirialelesmodoločilipripasmahBelokranjskeIstrske pramenke terpetrazličnihgenetipov ločevanja alelovgena sonde Taqman MGBsobili oblikovanizavseznanepolimorfozmegena solčavska ovca,BovškaIstrskapramenka.Belokranjskapramenka).Neoznačeni začetnioligonukleotidiin 154 (R/H)in171(R,H,Q).Krvnevzorcesmoodvzeliživalimštirihslovenskih avtohtonihpasem.(Jezersko za povečanjeodpornostidrobniceprotiTSEtemeljijonadoločanjupolimorfizmovgena Praskavec jeprenosljivadegenerativabolezencentralnoživčnegasistema(TSE)priovcahinkozah.Rejskiprogrami Breeding programstowardsTSEresistanceareconductedinmanycountriesbasedonrendering Scrapie isatransmissibledegenerativediseaseofthecentralnervoussystemoccuringnaturalyinsheepandgoats. 2 Marko BREEDS PRION PROTEIN POLYMORPHISMS GENOTYPING INSLOVENIANAUTOCHTONOUS SHEEP 2 1 1 primers andTaqman sheep Jezersko-solčavska,Bovška,IstrskapramenkaandBelokranjskawerecollected.UnlabeledPCR morphisms atcodon136(A/V),154(R/H)and171(R,H,Q).WholebloodsamplefromSlovenianbreedof Univerza vLjubljani,Veterinarinarska upravaRepublike Slovenije,Ljubljana,Slovenija Univerza vLjubljani,Veterinarska fakulteta, Gerbičeva60,Ljubljana,Slovenija Universty ofLjubljana,Veterinary administrationoftheRepublic ofSlovenia,Ljubljana,Slovenia Universty ofLjubljana,Veterinary Faculty, Gerbičeva60,Ljubljana,Slovenia Cotman Prnp Prnp 1 1 , Polona Juntes , Polona Juntes gene assayforsheepprionproteinwereconfirmedbydirectsequencingofsheep.The ® PrnP PrnP MGB probeweredesignedforeachofthe7 smo potrdilizmetodosekevenciranja.ZopisanodoločilialeleVRQ, ARQ, 1 1 , IvanAmbrožič , IvanAmbrožič 2 2 , Jelka ZabavnikPiano , Jelka Zabavnik Piano PrnP PrnP PrnP Genetic Resources/Genetskiviri polymorphisms. Resultsfromallelicdis- . Rezultati,kismojihdobilistestom 1 1 PRNP PrnP PrnP PRI SLOVENSKIH na kodonu136(A/V), 123 Prnp Prnp poly-

P 04 P 05 Hrvaška sibireja( Tine Grebenc ALI STA HRVAŠKA INALTAJSKA SIBIREJA –ISTIVRSTI? onespecies. within closegeneticrelationshipofCroatianandAltaicsibireathattaxashouldbegrouped so about5000km.Resultsarepointingto SouthernSibiria.Bothlocationsseparate from of Sibiraeaaltaiensis (Croatia,Bosnia)inrelationtothe morenumerousspecies WesternBalkanregion disjunct &endemicspeciesin Sibireaecroatica-terciarrelict,veryrare, a investigationon Our presentationdealingwithmoleculargenetic vnavali kotločenovrstoinstempotrjujemohipotezoonjenemnižjemtaksonomskem statusu. 1 1 3 2 Tine ARE CROATIAN ANDALTAIC SIBIREA-THESAMESPECIES? Genetika 2006 3 2 opisana vrsta lizami nukleotidnihzaporedijcelotnihpomnoženihregij.Zrezultatiraziskave zavračamomožnost,daseleta1905 niti medgeografskooddaljenimipopulacijami.Genetskohomogenostvzorčnegamaterialapotrjujemotudizana- izbranih regijvjedrnemalikloroplastnemgenomunisopokazalenikakršnihrazliknitiznotrajposameznihpopulacij arhiv) injužneSibirije.Primerjave genetskihstrukturzanalizodolžinerestrikcijskihfragmentovpopomnoževanju v BosniinHercegoviniprimerjavizvrstoaltajskesibirejerastiščnaobmočjihjužnegapredelaRusije(genski smo preverjalihipotezoonižjemtaksonomskemstatusuhrvaškesibirejeznjenihnaravnihrastiščnaHrvaškemter ugotoviti alisoinkakšnegenetskerazlikemeddisjunktnimipopulacijamihrvaškealtajskesibireje.Zraziskavo rodu Sibiraeanidokončnoraziskana.Namennašeraziskavejebilzuporabosodobnihmetodmolekularnebiologije tainensis Ima ozekindisjunktenarealrazširjenosti.OpisanajevelikamorfološkapodobnostzAltajskosibirejo( Univeza vLjubljani,OddelekzabiologijoBiotehniške fakultete, Večna pot111,SI-1000Ljubljana Univerza vSarajevu,Šumarska fakulteta, Zagrebčka 20,BiH-71000Sarajevo Gozdarski inštitutSlovenije,Večna pot2,SI-1000Ljubljana Slovenia University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, DepartmentofBiology, Večna pot111,SI-1000Ljubljana, University ofSarajevo,Šumarska fakulteta, Zagrebčka 20,BiH-71000Sarajevo Slovenian ForestryInstitute;Večna pot2;SI-1000Ljubljana;Slovenia Grebenc (Laxm.) C.K.Schneider.),kiuspevavoddaljenostica.5000kmprotivzhodu,osrednjiAziji.Sistematika 124 Sibiraea croatica 1 1 , DaliborBallian , DaliborBallian Sibiraea croatica na molekularniravnidovoljločiodvrste 2 2 Degen) jeredkainendemičnagrmovnavrstabalkanskefloreterterciarnirelikt. , GregorBožič , GregorBožič 1 1 , Tone Wraber , Tone Wraber 3 3 , Hojka Kraigher , Hojka Kraigher Sibiraea altaiensis 1 1 , dabijolahkoobra - Sibiraea al- V rodugomoljik( longing tothegenus MA-Fungi herbariumatRealJardínBotanico(RJB)inMadrid.Wehaveanalysedabout150samples,mainlybe- of rDNAITSspacersandß-tubulinregions.Theobtainedsequenceswerecomparedtothematerialdepositedin be necessaryforproperidentificationofthecollections.Thereforecollectedmaterialwasanalyseddiversity years, mainlycollectedforconsumptionbylocalcollectors.Suitabletools,markersandreferencematerialwould not yetwellknownasacountryoftrufficulturealthoughsomecollectionsarefromtheareainlast scientific studiesaswellseparationofhighqualityfromlessspeciesforsaleisimportant.Slovenia are abletoformectomycorrhizawithseveraltreeandshrubspecies.Theidentificationofspeciesinmycorrhizafor The genus komercialno pomembnevrste,kottudiostalevrste.Predvsem privrsti specifičnih molekularnihmarkerjev.Zanalizaminukleotidnihzaporedijsmo uspešnoločitiinidentificiralivse najdenih naistihrastiščih,smoanaliziralirDNKITSregijoindelß-tubulinskega genaznamenompridobivanjavrstno Botanični vrtvMadridu,Španija.Pri okoli150vzorcihhipogejihglivpretežnoizrodu pridobili identificiranreferenčnimateriallokalengaizvora,kottudiherbarijske vzorceizherbarijaMA-Fungi, in preverjanjamaterialavraziskovalnealitržnenamenepasošerazvoju.Za uspešnopreverjanjeidentitetesmo pa jenujnaoz.zaželjena.Podatkov opojavljanjugomoljikvSlovenijiniveliko,metodemolekularneidentifikacije tifikacija vektomikoriziznanstvenein/alikomercialnenamene(ločevanjekomercialno zanimivihodostalihvrst) Domnevno vsevrstevrodulahkotvorijoektomikorizozenoalivečdrevesnimi ingrmovnimivrstami,njihovaiden- z analizamivečregijvjedrniDNK,na večjem številuvzorcev. saj smouspelipomnožitiledelregije, ki vsebujemanjšešteviloinformativnihmest,kljubtemubomonadaljevali znotrajvrstno variabilnostnukleotidnih zaporedij.Pomnoževanje ß-tubulinskeregijejebiloprirodu manjuspešno, 3 2 Tine ( IDENTIFICATION ANDMOLECULARDIVERSITYASSESSMENTOFNATIVE TRUFFLESSPECIES 3 2 1 1 Tine Grebenc SPP.) VSLOVENIJI,PRIMERJAVI ZREFERENČNIMHERBARIJSKIMMATERIALOM IDENTIFIKACIJA INUGOTAVLJANJE MOLEKULARNEPESTROSTIPRIRODUGOMOLJIK( ation andpresenceofpseudogenesonalargerscale. region wasnotassuccessful,westillsuggestfurtheranalysisofmultipleamplifiedDNAfragmentsforpossiblevari- them tomaterialfromherbariumRJBandavailablesequencesinGenBank.Althoughtheamplificationofß-tubulin commercially importantspeciesfromthematerialcollectedSloveniaandneighbouringareas,comparing fication. UsingsequencesoftheITSregioninnuclearRNAgeneswemanagedtoseparateandidentifymost TUBER Inštitut zasistematiko višjihgliv, Zofke Kvedrove24,SI-1000Ljubljana,Slovenia Real JardínBotanico,PlazadeMurillo2,28014Madrid,Spain Gozdarski inštitutSlovenije;Večna pot2;SI-1000Ljubljana;Slovenija Institute forSystematicsofHigherFungi, Zofke Kvedrove24,SI-1000Ljubljana,Slovenia Real JardínBotanico, PlazadeMurillo2,28014Madrid,Spain Slovenian ForestryInstitute,Večna pot2,SI-1000Ljubljana,Slovenia Grebenc SPP.) FROMSLOVENIACOMPARED TO MATERIAL FROMHERBARIA Tuber 1 1 , MariaP. MartinEsteban , MariaP. MartinEsteban comprises about230speciesandsubspecies.Someofthemarehigheconomicvalueall Tuber Tuber ) jeznanihokoli230vrstinpodvrst,odkaterihimajonekaterevisokokomercialno vrednost. but alsosomeotherhypogeoussporocarps,collectedtogetherwithtruffles,foridenti- 2 2 , AndrejPiltaver , AndrejPiltaver 3 3 , Hojka Kraigher , Hojka Kraigher T. borchii Genetic Resources/Genetskiviri in T. brumale 1 1 Tuber smo opaziliprecejšnjo , terhipogejihvrstah, 125 TUBER

P 06 P 07 Jernej Jakše Jernej okarakterizirali priWTx2/1 družini,osemjihjepokazalopolimorfizem insebodolahkouporabili prikartiranju. pri izdelaviparovzačetnih oligonukleotidov.Skupnosmo razvili25parovzačetniholigonukleotidov, kismojih mom, dasmoodkrilinajboljpodobnazaporedja inpotencialnamestaintronov.Ta informacijajeizrednegapomena algorit- ponovitve. Zizbranimizaporedjismoiskali podobnostizArabidopsisovimiinriževimikromosomisTBLASTX mikrosatelitno ponovitev.Najboljpogoste sobiletrinukleotidneponovitve,sledilemononukleotidneindinukleotidne otnost mikrosatelitnihponovitev.Pregledali smo611EST zaporedij(190kb),odtehjihje91vsebovalo jočem delusmosPERLskriptoMISApregledali delhmeljevihESTzaporedij,razvitihizsubtrakcijskeknjižnice,zapris- regijah. Predvidevajo, dadistribucijagenskihmikrosatelitov odražadistribucijogenovnagenetskihkartah.Vpriču- je tovnekaterihprimerihznačilnozagenomskemikrosatelite,ampakse,kot pričakovati,nahajovgenskobogatih na funkcijogena,imajopotencialfunkcionalnihmarkerjev.Genskimikrosateliti nisonanizaniokrogcentromer,kot in somarkerji,kineposrednovezanizgenom.Vprimeru,daspremembaponovitve mikrosatelitadejanskovpliva primerjamo stistimi,kisorazvitiizgenomskihknjižnic.Zanjihpogostopoznamo dejanskoalidomnevnofunkcijo žlahtnjenje spomočjomarkerjev.Mikrosatelitnimarkerji,razvitinapodlagiEST zaporedij,imajoprednosti,čejih proces, kipoteka13alivečlet,zaraditegasožlahtniteljiizrednozainteresirani zarazvojnovihtehnologij svetovna tržišča,kjerjeprepoznankotvisokokvalitetenprodukt.Žlahtnjenjenovega kultivarjajeizrednodolgotrajen Hmelj jepomembna,tradicionalnarastlinaslovenskegakmetijstva,poleg tega pasevečinapridelkaizvozina ( RAZVOJ ESTPRIDOBLJENIHSSRMARKERJEVZAMAPIRANJEHMELJNEGAGENOMA WTx2/1 familyand8ofthemexhibitpolymorphism,whichcanbeappliedformapping. which shouldbeavoidedduringdesignofPCRprimers.Totally, 25primerpairsweredevelopedandcharacterized on or Ricechromosomedatabasestorevealthemostsimilarhitineithergenomeanddiscoverpotentialintronsites, algorithmagainstArabidopsis and dinucleotidetypeofrepeat.SelectedsequenceswerefurtherscreenedbyTBLASTX 91 sequencescontainedmicrosatellitemotif.Themostcommonrepeatwastrinucleotide,followedbymononucleotide subtractive librariesforpresenceofmicrosatelliterepeatmotifs.Wescreened611ESTsequences(190kb)andthose the chromosme.InthisworkweminedwithPERLscriptMISAsubsetofhopESTsequencesrecentlydevelopedfrom regions. ItisbelievedthatthedistributionofgenicSSRsingeneticmapsmirrorsgenesalong tion ofthegeneinwhichtheyreside.UnlikegenomicSSRs,genicmicrosatellitemarkersareconcentratedrich the potentialofrepresentingfunctionalmarkersinthosecaseswherepolymorphismsrepeatmotifsaffectfunc- from traditionalgenomiclibraries.Theyoftenhaveknownor‘putative’functionsandaregenetargetedmarkerswith assisted selecton(MAS)isneeded.MicrosatellitemarkersderivedfromESTs mayhaveadvantagesoverthose developed product ontheworldmarket.Breedinganewvarietyusuallytakesthirteenyearsandmore,soanefficienttoolformarker Hop isanimportant,traditionalcropinSlovenianagriculture,sincemostoftheyieldrecognizedasahighquality 2 ( DEVELOPMENT OFESTDERIVEDSSRMARKERSFORMAPPINGTHEHOPGENOME Genetika 2006 2 1 1 HUMULUS LUPULUS HUMULUS LUPULUS 10413, 67412IllkirchCedex,Strasbourg, France Université LouisPasteur, EcoleSupérieuredeBiotechnologie Strasbourg, Boulevard Brandt–BP Slovenija Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Oddelekzaagronomijo,Jamnikarjeva 101,1000Ljubljana, France University LouisPASTEUR, ESBS, BoulevardBrandt–BP10413,67412IllkirchCedex,Strasbourg, 1000, Slovenia University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, AgronomyDepartment,Jamnikarjeva 101,Ljubljana Jakše 126 1 1 , ZlataLuthar , ZlataLuthar L.) L.) 1 1 , Jean-MarcJeltsch , Jean-MarcJeltsch 2 2 , JavornikBranka , JavornikBranka 1 1 1 1 drugih rastlinskihvrstah;vlogatehgenovjezatonajbržvfižolupodobnakot pridrugihrastlinah. tov/genov nastreszaradisušeskorajenakprivsehgenotipihfižola.Zelopodobne transkriptesougotovilitudipri genotip posebejsoprivsehpokazalezvišano(aliznižano)ravenizražanja;kar kaže,dajeodzivteh17transkrip- V analizoizražanjajebilovključenihosemgenotipovnavadnegafižola.Vrednosti ΔΔCtizračunanezavsak ogljikovih hidratov.Pet odosmihtranskriptov,katerihravensejezaradisušeznižala,bilopovezanihsfotosintezo. dehidrogenaze, transkripcijskifaktorjiAP2/EREBP, sintezasnovi,kivarujejopredosmozo,metabolizemcelicein geni udeleženivodzivnasušopridrugihrastlinskihvrstah;tojeskupine:LEA proteini,proteinkinaze,aldehid- skriptov. Transkripti, katerihravensejezaradisušepovečala,souvrščalivistefunkcionalneskupine kotnekateri smo statističnopotrdilizadevettranskriptov;medtemkoznižanoizražanje statističnopotrdilizaosemtran- blastn. Povečano izražanje prirastlinah,kismojihizpostavilisušnemustresu(vprimerjaviskontrolnimirastlinami), genov induciranihzaradisuševpodatkovnibazinukleotidnihzaporedijESTfižola,NCBIdbESTzalgoritmom PCR vrealnemčasu.Večino transkriptov(32)smoidentificiralizdiferencialnimprikazomRT-PCR,dvapaiskanjem tov, kibibililahkopovezanizodzivomnasušo,smoizvedlirelativnoanalizoizražanjagenovmetodokvantitativni Suša jeedenizmedpomembnejšihdejavnikov,kivplivajonazmanjševanjepridelkapristročnicah.Za34transkrip- ODZIV NASUŠNISTRESVLISTIHNAVADNEGA FIŽOLA( Therefore, thesegenesprobablyplaythesameroleincommonbeanasotherplants. the droughtstressinall up- (ordown-)regulationinallgenotypes.Thisissuggestingcommonresponseofthese17transcripts/genesto of commonbeanwereincludedintheexpressionanalysis.ΔΔCtestimatedforeachgenotypeseparatelyshowed bohydrate metabolism;whilefiveofeightdown-regulatedgeneswerephotosynthesis-relatedgenes.Eightgenotypes nases, aldehydedehydrogenases,AP2/EREBPtranscriptionfactors,osmoprotectantsynthesis,andcellular-car- belong tovariouspreviousreportedfunctionalcategoriescharacteristicfordroughtstress:LEAproteins,proteinki- and eighttranscriptswereconfirmedasdown-regulated.Blastsearchrevealedthatup-regulatedtranscripts/genes base. Ninetranscriptswereconfirmedasup-regulatedindrought-stressedplants(incomparisontocontrolplants); of drought-induciblegenes(identifiedinotherplantspecies)against The majorityoftranscripts(32)wereidentifiedbydifferentialdisplayRT-PCR;twoblastnsearch real-time PCRwasperformedfor34distincttranscripts,whichmightbeinvolvedintheresponsetodroughtstress. Drought isanimportantfactorinreducingyieldoffoodlegumes.Relativegeneexpressionanalysisusingquantitative Tatjana Kavar 2 Tatjana RESPONSE TO DROUGHT STRESSINLEAVES OFCOMMONBEAN( 2 Inštitut JožefStefan,Jamova39,Ljubljana,Slovenija Kmetijski inštitutSlovenije,Hacquetova17,Ljubljana,Slovenija Jožef StefanInstitute,Jamova39,Ljubljana,Slovenia Agricultural InstituteofSlovenia,Hacquetova17,Ljubljana,Slovenia Kavar 1 1 , Marko Maras , Marko Maras P. vulgaris 1 1 , Marjetka Kidrič , Marjetka Kidrič genotypes. Furthermore,similartranscriptswerereportedinotherplantspecies. 2 2 , Jelka Šuštar-Vozlič , Jelka Šuštar-Vozlič P. vulgaris PHASEOLUS VULGARIS Genetic Resources/Genetskiviri 1 1 , VladimirMeglič , VladimirMeglič sequences intheNCBI’sESTdata- PHASEOLUS VULGARIS 1 1 127 L.) L.)

P 08 P 09 the clonelibraryofbogwefoundmany Barbara THE LJUBLJANAMARSH MICROBIAL COMMUNITYSTRUCTUREANDPHYLOGENETICCOMPOSITIONINTHESOILSOF Genetika 2006 different. Majorityoftheclonesinclonelibraryfensoiltypebelongedto searchesandphylogenetictreesthatwere reconstructed.Phylogeneticcompositionsofthetwosoiltypeswere BLAST from thebogsoiltypewereconstructed.Clonesaffiliatedwithdifferentphylogeneticgroupsaccordingto structure inthetwofensoiltypes.Inaddition,clonelibrariesfromtypewithhigherSOCcontentand ences betweenmicrobialcommunitystructuresofbogandfensoilsbutindicatedverysimilar terminal restrictionfragmentlengthpolymorphism(T-RFLP)ofbacterial16SrDNAgenefragmentsshoweddiffer- times higherSOCcontentascomparedtothefensoiltypes.Denaturinggradientgelelectrophoresis(DGGE)and dates differinginwatertablelevelandtemperature.BogsoilischaracterizedbylowpHapproximately4- dependent molecularprofilingmethods.Samplesoftwofensoiltypesandonebogtypewerecollectedonthree munity structuresinthreesoilsoftheLjubljanaMarshdifferingSOCcontentwereassessedusingcultivation-in- of biomassexceedsitsdecomposition,resultingintheaccumulationsoilorganiccarbon(SOC).Microbialcom- Soil isacomplexecosystemwithlargemicrobialdiversity.Peatlands arespecialsoilecosystemswheretheproduction University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, BiologyCentre,Večna pot111,1000Ljubljana Barbara Kraigher STRUKTURA INFILOGENETSKA SESTAVA MIKROBNIHZDRUŽBVTLEHLJUBLJANSKEGABARJA največ predstavnikovskupine knjižnice talnizkegabarjasmouvrstilivskupino mikrobne združbevtlehvisokegabarjaserazlikujeodfilogenetskesestave tlehnizkegabarja.Večino klonoviz inskonstruiranafilogenetskadrevesarazvrstilivrazličnefilogenetskeskupine.Filogenetskasestava orodjem BLAST klonski knjižniciiztalnizkegabarjazvišjovsebnostjoSOCinvisokega barja.Klonesmogledenaiskanjaz in nizkegabarja,medtemkostabilistrukturiobehtipovtalbarja zelo podobni.Pripravili smotudidve (T-RFLP) bakterijskihgenovza16SrRNAstapokazalarazlikemedstrukturama mikrobnihzdružbvtlehvisokega Denaturacijska gradientnagelskaelektroforeza(DGGE)inpolimorfizemdolžine terminalnihrestrikcijskihfragmentov se značilnorazlikujejoodobehtipovtalnizkegabarjavtem,daimajonizekpH inokoli4-kratvečjovsebnostSOC. barja smoodvzelivtrehrazličnihmesecih,kiserazlikujejonivojupodtalniceintemperaturi.Tlavisokega profiliranja določalistrukturemikrobnihzdružb.Vzorcedvehtipovtalnizkegabarjainenegatipavisokega Ljubljanskega barja,kiserazlikujejovvsebnostiSOC,smozodkultivacijeneodvisnimimolekularnimimetodami dukcija biomasepreseganjenorazgradnjo.Posledično sevtehtlehkopičiorganskiogljik(SOC).Vtreh tipihtal Tla sokompleksenekosistemzogromnomikrobnodiverziteto.Šotiščaposebnitalniekosistemi,vkaterihpro- Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Biološko središče,Večna pot111,1000Ljubljana Kraigher 128 , BlažStres,Luka Ausec,JanezHacin,InesMandić-Mulec , BlažStres,Luka Ausec,JanezHacin,InesMandić-Mulec Acidobacteria Acidobacteria (40%) in Proteobacteria Proteobaceria (40%) and (53%), vknjižnicitalvisokegabarjapasmonašli (40%). Proteobacteria Proteobacteria (40%). (53%) whilein Malovrh Š PEDIGREE ANALYSIS OFKRŠKOPOLJE PIGPOPULATION pasmo ohranilinadaljširok. majhna populacija.Veliko naporovbopotrebnihzazaščitopreostalegenetskevariabilnostivpopulaciji, dabomo % vskladgenovRPraziskavi.Krškopoljskiprašičjegenetskozelo jpomembnejših prednikovjeprispevalo50 kitemeljinaverjetnosti izvoragenov,15,2prisamcihin14,7samicah.Vsegapetna- medtem kojebilEA, in 0,049,terpodcenjen,karjeposledicanepopolnostiporekla.EFznaša22,0 prisamcihin16,9samicahRP, pri merjascihjeposledicaneenakomernerabesamcev.Povprečni koeficientsorodstvajebilmajhen,med0,042 Pri temsobiliupoštevanilepotomci,kisvojegenepreneslivnaslednjogeneracijo.Velika variancavelikostidružin 0,78), svinjesoimele2,05potomcev(1,44),medtemkoimelimerjasci v povprečju3,81potomcev(15,69). pri obojih2,52injeposledicanepopolnostiporekla.Velikost družinpriparihjebila1,60potomcev(varianca Samci insamiceRPsoimelivpovprečju15,4oz.14,3znanihprednikov.Ekvivalentno številoznanihgeneracijje efektivno številoprednikov (EA)smoizračunalizareferenčnopopulacijo(RP),kisojopredstavljaleživečeživali. neznano. Merepestrosti:koeficientsorodstvaininbridinga,velikostdružin,efektivnošteviloosnovalcev(EF)ter samcev in361samic.Vletu1992jebilaustanovljenarodovniškaknjigapasme,predtemletomporeklo edina avtohtonapasmaprašičevvSlovenijiinjebilapreteklostipreganjana.Poreklo jevsebovalo488živali,127 Študija proučujegenetskopestrostvpopulacijikrškopoljskegaprašičanaosnovipodatkovoporeklu.Pasma je Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Oddelekzazootehniko, Groblje3,1230Domžale,Slovenija Malovrh Špela ANALIZA POREKLAVPOPULACIJIKRŠKOPOLJSKIH PRAŠIČEV the breedforlongerperiod. small population.Alotofeffortswillbeneededtomaintainthegeneticvariationleftinpopulationpreserve ancestors contributed50%ofgenestogenepooltheRPunderstudy.TheKrškopoljepigisgeneticallyvery derivedfromprobabilitiesofgeneorigin,was15.2inmalesand14.7females.Onlyfivemostimportant EA, 0.049) andbiaseddownwardduetoincompletepedigree.EFwas22.0inmales16.9femalesofRP, while kinshipcoefficientwaslow(between0.042and size insireswasresultofunbalancedusagesires.Average on average.Progeny whichpassedgenestothenextgenerationweretakenintoaccount.Largevarianceforfamily pairs was1.60progeny(variance0.78),damshad2.05(1.44)offspring,whilesires3.81(15.69)offspring number ofknowngenerationsforbothwas2.52anditconsequenceincompletepedigree.Familysize animals. MalesandfemalesintheRPhadonaverage15.414.3knownancestors,respectively.Equivalent (EF), andeffectivenumberofancestors(EA)werecalculatedforreferencepopulation(RP)whichconsistedalive was unknown.Thediversitymeasures:kinshipandinbreedingcoefficients,familysize,effectivenumberoffounders and 361females.Intheyear1992,herd-bookwasestablishedpedigreeinformationbeforethis is onlynativepigbreedinSloveniaanditwaspursuedthepast.Pedigree fileincluded488animals,127males The studyinvestigatesthegeneticdiversityinKrškopoljepigpopulationfrompedigreeinformation.breed University inLjubljana,BiotechnicalFaculty, ZootechnicalDepartment,Groblje3,1230Domžale,Slovenia pela , Kovač Milena , Kovač Milena Genetic Resources/Genetskiviri 129

P 10 P 11 1 1 ohranjati genskevire kmetijskihrastlinterspodbujatinjihovo nadaljnjouporabo. erative Programme forGeneticResources usedforFoodandAgriculture),kisi prizadeva naevropskiravnidolgoročno zdravilnih inaromatičnihrastlin.Vsetri inštitucijesopovezanetersodelujejoprideluECP/GRFA(EuropeanCoop- Vitis Juglans,Prunus, Lactuca, Rubus,Malus,Pyrus, jskih rastlinmedkaterespadajonaslednje vrste: v programSlovenskagenskabankakmetijskih rastlin.Vsetriskupajhranijovečkot4000akcesijrazličnihvrstkmeti- univerze vLjubljani,Inštitutzahmeljarstvo inpivovarstvoSlovenije,ŽalecKmetijskiinštitutsovključene skrbi zaohranjanjeintrajnostnorabo genskihvirov.Tri inštitucije, Oddelekzaagronomijobiotehniškefakultete pomembnega zakmetijstvo.Tudi podpisinratifikacijaKonvencijeobiološkiraznovrstnostizavezujeSlovenijo,da sorte, stareinkrajevnerazličnepopulacije,klonelinijepožlahtnjene zuporaboavtohtonegamateriala vrste, ekotipi,populacijeinkrajevnesortekmetijskihterzdravilniharomatičnih rastlin.Letevključujejoslovenske ska rastlinskagenskabankasciljemdasevzdržujejo,evalvirajo,razmnožujejo inohranjajoslovenskeavtohtone ohranjanja rastlinskihgenskihvirov.Vletu1996jepristojnoministrstvozačelo finančnopodpiratiprogramSloven- 40 leti.Zaradispecifičnefitogeografijeinzgodovinskepodlagesejerazvilnacionalni programinznjim Z zbiranjemavtohtonihpopulacij,ekotipovinkrajevnihsortkmetijskihrastlin sejezačelovSlovenijipredvečkot Vladimir Meglič PROGRAM OHRANJANJAGENSKIHVIROVKMETIJSKIHRASTLINVSLOVENIJI rope. aiming atensuringlongtermconservationandfacilitatingincreasedutilizationofplantgeneticresourcesinEu- the ECP/GRFA(EuropeanCooperativeProgramme forGeneticResourcesusedFoodandAgriculture)whichis forage crops,grainlegumesandmedicinalaromaticplants.AllthreeInstitutionsareinvolvedintheworkof Allium, Solanum,Triticum, Vitis Juglans,Prunus, Brassica,Lactuca,Rubus,Malus,Pyrus, institutions arehousingmorethan4000accessionsamongotherfollowingspecies: Institute forHopResearchandBrewingofSlovenia,ŽalecAgriculturalLjubljana.Allthree culture threeinstitutionsareinvolved:AgronomyDept.attheBiotechnicalfacultyofUniversityLjubljana, sustainable mannerplantgeneticresources.IntheSlovenePlantGeneticResourcesProgramme forFoodandAgri- ratification oftheConventiononBiologicalDiversityobligatedRepublicSloveniatoconserveanduseina autochtonous plantsandecotypesfromthenaturalhabitatimportantforfood,agriculture.Thesignature plants. TheyincludeSloveniancultivars,oldlandraces,variouspopulations,clonesandlinesbredfrom Slovenian autochtonousspecies,ecotypes,populationsandlandracesofagricultural,medicinalaromatic started fortheSlovenePlantGeneBankProgramme withthegoaltomaintain,evaluate,regenerateandpreserve national programmeandthroughthatconservationofplantgeneticresourcesinSlovenia.In1996financing initiated about40yearsago.Phytogeographicandhistoricalbackgroundhassupportedthedevelopmentof Early projectstocollectSlovenianautochthonouspopulations,ecotypesandlandracesofagriculturalspecieswere 3 2 Vladimir PLANT GENETICRESOURCESPROGRAMMEFORFOODANDAGRICULTURE INSLOVENIA Genetika 2006 3 2 Inštitut zahmeljarstvoinpivovarstvoSlovenije,Cestažalskega tabora2,3310Žalec,Slovenija Biotehniška fakulteta, Oddelekzaagronomijo,Jamnikarjeva 101,1000Ljubljana,Slovenija Slovenija Kmetijski inštitutSlovenije,Oddelekzapoljedelstvoinsemenarstvo,Hacquetova17,1000Ljubljana, Institute ofHopresearchandBrewingSlovenia,Cestažalskega tabora2,3310Žalec,Slovenia Biotechnical Faculty, AgronomyDepartment,Jamnikarjeva 101,1000Ljubljana,Slovenia Slovenia Agricultural InstituteofSlovenia,CropandSeedScienceDepartment,Hacquetova17,1000Ljubljana, Meglič 130 1 1 , ZlataLuthar , ZlataLuthar 2 2 , NatašaFerant , NatašaFerant Fagopyrum, Humulus,Zea,Allium,Solanum,Triticum,Fagopyrum, Brassica, 3 3 ter večrazličnihvrstkrmnihrastlin,zrnatih leguminozter Fagopyrum, Humulus,Zea, Fagopyrum, and severalspeciesof M. T. Bastar "PLANTS FORTHEFUTURE”-EVROPSKA VIZIJARASTLINSKEGENOMIKEINBIOTEHNOLOGIJE with otherEuropeancompaniesandresearchinstitutionsaswellpotentialpartnershipsinprojects(FP7). advantages oftheinvolvedpartiesareacquiringguidelinesforone'sowndevelopmentalprogrammes,networking interested partiesandtakesanactiveroleinpolicymakingrealisationofthegoalssetbyEU.Common have organisedtheSloveneinitiative“Rastlinezaprihodnost”whichbringsnewmeansofcooperationbetween in theareaofplantscience,AgriculturalinstituteSlovenia,NationalbiologyandBiotechnicalFaculty tiveness, consumerchoiceandgovernance.FallowingtheEuropeaninitiative,threeSloveneresearchinstitutions razvoja, povezovanjevevropskeraziskovlno razvojnekonzorcijetersodelovanjevevropskihprojektih(7.OP). sodelovanja vnacionalniplatformiso sooblikovanjeevropskerazvojnepolitikeinpridobivanjelastnihsmernic inštituta zabiologijoinBiotehniškefakultete nastalaslovenskaTP“Rastlinezaprihodnost”.Glavneprednosti iniciative jenapobudotrehraziskovalnih inštitucijspodročjarastlin,KmetijskegainštitutaSlovenije,Nacionalnega kulturne krajine,3.zeleniproduktiin4. konkurenčnost,izbirapotrošnika,ustreznazakonodaja.Po zgleduevropske vanja: 1.zagotavljanjedovoljzdraveinvarnehraneterkrme,2.sonaravnokmetijstvo ingozdarstvotervarovanje Agenda: http://www.epsoweb.org/Catalog/TP/index.htm),vkateremsopredstavljena štiriglavnapodročjadelo- skupine, kisestavljajoforumnoveTPsooblikovaleStrateškiraziskovalnorazvojni program(StrategicResearch boEUpostalavisokokonkurenča intehnološkopodprtaekonomijažedoleta2010.Zainteresirane vision paper”, strategije inpripravna7.okvirniprogramEU.Gledevizijopredstavljeno vdokumentu“Plantsforthefuture genomike inbiotehnologije,kotskupnainiciativaindustrijeEvropskekomisije procesuuresničevanjaLizbonske v raziskaveintehnološkirazvoj.EvropskaTP»Plantsforthefuture«jenastala leta2004napodročjihrastlinske raziskovalne inrazvojno-tehnološkepolitikeEU,povečatiprivatnavlaganja izboljšatiučinkovitostjavnihvlaganj platforme jevključitivsezainteresiraneskupine,zindustrijokotključnimnosilcem pobude,vpripravoinizvedbo sodelovanjem industrijeindržavčlanicEUpospešitivlaganjavnovaznanja ininovativnetehnologije.Namen Tehnološke platforme(TP)sonovinstrumentevropskerazvojnepolitike,skaterimželiEvropskakomisijazaktivnim (http://www.epsoweb.org/Catalog/TP/index.htm) whichaddressesfourmainchallenges 2010. Fallowingthelead,stakeholdersofnewlaunchedplatformpreparedaStrategicResearchAgenda EUistobecomethemostcompetitiveandsustainableknowledgebasedeconomyby for thefuturevisionpaper” the jointinitiativeofindustryandECincourseLisbonstrategypreparationforFP7.In“Plants for thefuture"launchedin2004isastakeholderforumonplantgenomicsandbiotechnology,whichrosefrom developmental politicsoftheEU,toincreaseprivateandimprovepublicinvestments.TheEuropeanTP"Plants terested parties,withtheindustryasakeyholder,inpreparationandrealizationoffurtherresearch The maintaskoftechnologyplatforms(TP),anewinitiativetheEuropeanCommission(EC)istoincludeallin- 3 2 M. T. Bastar “PLANTS FORTHEFUTURE”-EUROPEANVISIONPLANTGENOMICSANDBIOTECHNOLOGY 3 2 ficient foodandfeed, 1 1 Kmetijski inštitutSlovenije,Hacquetova17,SI-1000Ljubljana,Slovenija Nacionalni inštitutzabiologijo,Večna pot111,SI-1001Ljubljana,Slovenija Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Jamnikarjeva 101,SI-1000Ljubljana,Slovenija Agricultural InstituteofSlovenia,Hacquetova17,SI-1000Ljubljana,Slovenia National InstituteofBiology, Večna pot111,SI-1001Ljubljana,Slovenia University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, Jamnikarjeva 101,SI-1000Ljubljana,Slovenia 1 1 , B.Bohanec , B.Bohanec 2 nd : sustainable agriculture,forestryandlandscape, 1 1 , B.Javornik , B.Javornik 1 1 , M.Ravnikar , M.Ravnikar 2 2 and V. Meglič and V. Meglič Genetic Resources/Genetskiviri 3 3 3 rd : green productsand 1 st : health, safeandsuf- 131 4 th : competi-

P 12 P 13 razvoja evropskihindikatorjevbiodiverzitete (SEBI2010). cionalni ravni.Projekt hkratipodpiradeloMinistrskekonference ovarstvugozdovvEvropi(MCPFE)inproces tifikacijo vrzeliinprekrivanjvokviruvarstva GGVnapanevropskiravniterolajšalmonitoringinporočanjena- praktično izvedbovarstvagenskihvirov gozdnihdrevesinsonaravnogojenjegozdovvEvropi.Omogočilboiden- genske bankepovezalzgenskobanko kmetijskihrastlin.Po vzpostavitvi bonoviinformacijskisistempodpiral tudi skupniinformacijskistandardiza teenote.VSlovenijiseboinformacijskisistemprekoslovenskegozdne v informacijskisistem,razvitebodominimalnezahtevezaenotedinamičnega varovanjagozdnihdrevesnihvrstkot ski ravni.VokviruprojektabovzpostavljenamrežanacionalnihinventurGGV znamenomposredovanjapodatkov dostopnega informacijskegasistema,kibopovezalnacionalneinventureogozdnih genskihvirih(GGV)napanevrop- sodelovanju zEUFORGEN.Poglavitni ciljprojektajevzpostavitevnamedmrežjutemelječega,trajnegainlahko tudi ostaledržaveEUFORGENa(EuropeanForestGeneticResourcesProgramme), sajseboprojekt izvajalvtesnem Danske,Francije,Slovaške,SlovenijeinVelike Britanije,podatkeoGGVpabodoprispevale institucij izAvstrije, Koordinator projektajeIPGRI(InternationalPlantGeneticResourcesInstitute); vprojektusodeluješestpartnerskih genskih virih(GGV)znaslovomVzpostavitevevropskegainformacijskegasistema ogozdnihgenskihvirih(EUFGIS). sprejet vuredbisveta(ES)št870/2004.Medšestimisprejetimipredlogiprvega razpisajetudiprojektogozdnih grama skupnostizaohranjanje,karakterizacijo,zbiranjeinuporabogenskih virovvkmetijstvu.Program jebil V okviruAkcijskeganačrtazabiodiverzitetovkmetijstvujeEvropskakomisija predlagalavzpostavitevnovegapro- Marjana Pučko VZPOSTAVITEV EVROPSKEGAINFORMACIJSKEGASISTEMAOGOZDNIHGENSKIHVIRIH(EUFGIS) SEBI2010 (StreamliningEuropeanBiodiversityIndicators)process. also supportstheworkofMinisterialConferencesonProtection ofForestsinEurope(MCPFE)andthe servation atpan-Europeanlevelandeasevariousreportingmonitoringeffortsnationallevel.Theproject of foresttreesandsustainablemanagementinEurope.ItwillhelptoidentifygapsoverlapsFGRcon- Bank. Onceoperational,thenewinformationsystemwillsupportpracticalimplementationofgeneconservation Slovenia, theinformationsystemwillbelinkedtoSlovenianagriculturalgenebankthroughForestGene for dynamicgeneconservationunitsofforesttrees,aswellcommoninformationstandardstheseunits.In a networkofnationalFGRinventoriestoprovidedatafortheinformationsystemanddevelopminimumrequirements accessible informationsystemtolinknationalFGRinventoriesatpan-Europeanlevel.Theprojectwillthereforecreate laboration withEUFORGEN.ThemajorgoaloftheEUFGISprojectistoestablishaWeb-based,permanentandeasily FORGEN (EuropeanForestGeneticResourcesProgramme) countriesastheprojectwillbeimplementedinclosecol- Denmark,France,Slovakia, SloveniaandUK.DataonFGRwillalsobeprovidedbyotherEU- institutes inAustria, (EUFGIS). TheprojectwillbecoordinatedbyInternationalPlantGeneticResourcesInstitute(IPGRI)withsixpartner on forestgeneticresources(FGR)titledEstablishmentofaEuropeanInformationSystemForestGeneticResources in CouncilRegulationNo(EC)870/2004.Sixproposalsweresuccessfulthefirstcall;oneofthembeingaproject on theconservation,characterisation,collectionandutilisationofgeneticresourcesinagriculturewhichwasadopted PlanforAgriculturetheCommissionproposedtolaunchanewCommunityprogramme In theBiodiversityAction 1 1 2 Marjana ESTABLISHMENT OFAEUROPEANINFORMATION SYSTEMONFORESTGENETICRESOURCES(EUFGIS) Genetika 2006 2 IPGRI, ViadeiTre Denari,472/a,00057Maccarese(Fiumicino),Rome, Italy Gozdarski inštitutSlovenije,Večna pot2,SI-1000Ljubljana IPGRI, ViadeiTre Denari,472/a,00057Maccarese(Fiumicino),Rome, Italy Slovenian ForestryInstitute,Večna pot2,SI-1000Ljubljana Pučko 132 1 1 , Jarkko Koskela , Jarkko Koskela 2 2 , Hojka Kraigher , Hojka Kraigher 1 1 Sebastjan Radišek UPORABO MOLEKULARNIHMARKERJEVINDOLOČANJEMVIRULENCE z izolatiglive V. albo-atrum mehanizmov pritemorganizmu.Vprispevkuporočamooocenigenetskevariabilnosti medhmeljnimiizolatiglive atrum Pojav različnihpatotipovzahtevapoglobljenoznanjeopopulacijskistrukturiinvirulenciizolatovglive lupulus rastlin, medkaterimiprevladujejodvokaličnice.VEvropi,izolatiglive Verticillium albo-atrum OCENA GENETSKEVARIABILNOSTI MEDIZOLATI GLIVE hosts and albo-atrum the evolutionarybehaviourofthisorganism.Wereportedhereonassessmentgeneticvariabilityamong albo-atrum of differentstrainsorpathotypesrequiresmoredetailedknowledgethepopulationstructureandvirulence mulus lupulus vascular wiltsinawiderangeofmainlydicotyledonoushosts.InEurope, Verticillium albo-atrum Sebastjan USING MOLECULARMARKERSANDVIRULENCETESTING 2 ASSESSMENT OFGENETICVARIATION AMONG 2 1 1 1000, Slovenija Biotehniška fakulteta, Centerzarastlinsko biotehnologijoinžlahtnjenje,Jamnikarjeva 101,Ljubljana SI-3310 Žalec,Slovenija Inštitut zahmeljarstvoinpivovarstvoSlovenije,Oddelekvarstvorastlin,CestaŽalskega tabora2, Ljubljana, Slovenia Biotechnical Faculty, CentreforPlantBiotechnologyandBreeding, Jamnikarjeva 101,SI-1000 2, SI-3310Žalec,Slovenia Slovenian InstituteforHopResearch andBrewing, PlantProtection Department,CestaŽalskega tabora , karlahkopomembnoprispevaprižlahnjenjuodpornihsort,kontrolinadboleznijo inrazumevanjuevolucijskih L.), izražajorazličnostopnjovirulencevoblikiindukcijeblagegainletalnegabolezenskegasindroma. V. dahliae Radišek isolates, whichcouldcontributetoresistancebreeding,diseasemanagementandanunderstandingof isolates obtainedfromdifferentEuropeanhopgrowingregions,aswellamongother iz različnihhmeljarskihobmočijEvropeinmedizolatinekaterihostalihgostiteljskih rastlin,vključno V. dahliae L.) expressdifferentlevelsofvirulence,inducingmildandlethaldiseasesyndromes.Theappearance 1 1 , JernejJakše , JernejJakše isolates, byusingAFLPmoleculartechniqueandvirulencetesting. Reinke &Bertholdin , zuporaboAFLPmolekularnetehnikeintestiranjemvirulence. Reinke &Bertholdand 2 2 , Branka Javornik , Branka Javornik V. dahliae V. dahliae sta talnifitopatogeniglivi,kipovzročatauvelostmnogih 2 2 VERTICILLIUM ALBO-ATRUM are well-knownsoilborneplantpathogenscausing V. albo-atrum Genetic Resources/Genetskiviri V. albo-atrum VERTICILLIUM ALBO-ATRUM , kiparazitirajohmelj( isolates infectinghop( 133 ISOLATES BY Humulus V. albo- Hu- V. V. Z

P 14 P 15 Katarina ( MICROSATELLITE MARKERSINPHYLOGENETICANDFINGERPRINTINGANALYSES OFPOTATO Genetika 2006 mikrosatelitnih markerjevsmouspešnoinhitroločilivsesorte,kijihvključili vraziskavo. vrednost polimorfizma)jebilavrazponuod0,59(STM1024inSTM2022)do 0,82(STM5148).Spomočjošestih našli petalelovnalokus.Največještevilo(8)smodobiliprilokusuSTM 5148.VrednostPIC(informacijska slovenski proizvodnjikrompirja.Izbranimikrosatelitnimarkerjisoseizkazali zazelopolimorfne;vpovprečjusmo je bilo14požlahtnjenihnaKmetijskeminštitutuSlovenije,preostaletuje sortepaimajopomembendeležv markerjev: STM1024,STM2022,STM2028,STM5148,STM5136,STM3012. Od34sortvključenihvanalizojih smo zatozaocenogenetskeraznolikosti34sortkrompirjaizSlovenskesortne listeuporabilišestmikrosatelitnih morfoloških lastnosti).Kotnajprimernejšisosevtanamenizkazalimikrosatelitni markerji(SSR).Vnaširaziskavi krompirja, postajajovsepomembnejšetudikotdopolnilotestiranjuRIN(raznolikost,izenačenostinnespremenljivost v celotniprehranskiverigi.Različnemolekularnetehnike,kiomogočajohitrejšoidentifikacijoinrazlikovanjesort Hitra inzanesljivaidentifikacijasortjepomembnatakoprivzdrževanjugenskihbankkottudikontrolikakovosti Kmetijski inštitutSlovenije,Hacquetova17,1000Ljubljana,Slovenija Katarina Rudolf Pilih KROMPIRJA ( UPORABA MIKROSATELITNIH MARKERJEVZAIDENTIFIKACIJO INFILOGENETSKEANALIZE ferentiated. use ofsixmicrosatellitemarkers34cultivarsfromSlovenenationalvarietylistweresuccessfullyandrapidlydif- phism informationcontent(PIC)valuerangedfrom0.59(STM1024andSTM2022)to0.82(STM5148).Withthe five allelesperlocuswasfound.Thehighestnumberof(8)observedattheSTM5148.Polymor- of microsatellitemarkersintheanalysis34potatocultivarsrevealedahighlevelpolymorphism;onaverage Institute ofSlovenia,therestweremostimportantforeigncultivarsinSlovenepotatoproduction.Utilization our study34potatocultivarsfromSlovenevarietylistwereincluded.FourteenofthembredatAgricultural STM3012) forestimationofthegeneticdiversitySlovenepotatocultivarsincomparisonwithforeignones.In fore, wedecidedtousesixmicrosatellitemarkers(STM1024,STM2022,STM2028,STM5148,STM5136, (SSR) markershaveprovedtobethemostrobustcandidatesforrapiddifferentiationofpotatocultivars.There- support toDUStesting(distinctness,uniformityandstabilityofmorphologicaltraits).Simplesequencerepeat differentiation andidentificationofpotatocultivarshasbecomeincreasinglymoreimportantasanadditional but alsoforqualityinspectionsthroughouttheagro-chain.Thereforerequirementarapidmethod The abilitytoidentifycultivarsrapidlyandreliablyhasappealnotonlythosemaintaininggermplasmcollections Agricultural InstituteofSlovenia,Hacquetova17,1000Ljubljana,Slovenia SOLANUM TUBEROSUM Rudolf Pilih 134 SOLANUM TUBEROSUM , Tatjana Kavar, Peter Dolničar, VladimirMeglič , Tatjana Kavar, Peter Dolničar, VladimirMeglič L.) L.) medtem kojebilafertilnostkrižancev s S. tigranii med vrstami,najmanjšajebilaprivrsti in potrjevanjematerinskeočetovske komponentedomnevnihkrižancev.Velikost 2Cgenomajelemalovariirala velikosti genomadevetihvrstrodu × ter očetovskokomponento pri21od22križancev. ciranja kloroplastne regije inrestrikcijskeanalizeITSsmo uspelipotrditipravilnostvsehmaterinskih komponent simalne parsimonije,kikažetaveliko podobnost vrazvrščanjuvrst.Spomočjoanalizevelikostigenoma,sekven- analize trn-T-trn-Fkloroplastneregije. Kotrezultatpredstavljamodvojedendrogramovnarejenihnaosnovimak- bezeg, determinirankot pomena introdukcijajavanskegabezga,odkriteganatihomorskemotoku Espiritu Santo(državaVanuatu). Ta izbranih vrstbezgovinugotovitvigenetskepristnostipridobljenihkrižancev. Zauspehkrižanjjebilaključnega štiri vrstebezgov( projekt, kigavodidopisniavtor.Vtemdeluporočamoouspešnemoblikovanju medvrstnihkrižancev,kiobsegajo Medvrstna križanjaznotrajroduSambucus,katerihciljjebilooblikovanjefertilnih potomstev,predstavljajovečletni first attemptsofhybridizationamong pollen parents.Obtainedoffspringplantsweretestedfortheirhybridoriginusingseveralgeneticapproaches.The S. javanica S. nigra,ebulus,caerulea, The aimofourstudieswastoproduceinterspecifichybridsamongagriculturallyimportant 2 B. PLEX GENETICEVALUATION OFINTERSPECIFICHYBRIDSANDINDIVIDUALSPECIES REPORTS ONSUCCESSFULGENETICRECOMBINATION WITHINGENUSSAMBUCUSANDCOM- 2 1 1 hybrids female parent)andotherthreespecies.Thehybrids S. javanica genetic bridge:agenotypefoundontheIslandofEspirituSanto(Vanuatu, SouthPacific), whichwasdeterminedas 27.0 pg( among ninespeciestested,theexceptionwas sis ofnuclearITSregion.The2Ccontentdeterminedbyflowcytometricanalysisrevealedaverylowvariation and cpDNAphylogeneticrelationships,genomesizedetermination,sequencingoftrnT-trnFregionrestrictionanaly- fully sterilealthoughtheplantsfloweredvigorously.ThegeneticevaluationofputativehybridswasbasedonnrDNA B. Simonovik IZVREDNOTENJE KRIŽANCEVTER POSAMEZNIHSPECIESOV USPELA KRIŽANJAMEDVRSTAMI RODUSAMBUCUSINKOMPLEKSNO GENETSKO hybrids, whilepollenparentwasconfirmedin21outof22testedputativehybridplants. into distinctgroupsonbothdendrograms.SeedparentandthematernaloriginofcpDNAwasconfirmedforall chloroplast DNAoftrnT-trnFregion.Two maximumparasimonytreesof7Sambucusspeciesshowedsimilar clustering nucleotide sequencedataoftheinternaltranscribedspacer(ITS)nuclearribosomalDNAand S. nigra,ebulus Univerza vMariboru,Fakulteta zaagronomijo,Vrbanska 30,2000Maribor, Slovenija Univerza vLjubljana,Biotehniška fakulteta, Jamnikarjeva 101,1000Ljubljana,Slovenija University ofMaribor, AgronomyFaculty, Vrbanska 30,2000Maribor, Slovenia University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, Jamnikarjeva 101,1000Ljubljana,Slovenia Simonovik S. ebulus S. javanica S. ebulusandtigranii ) in28,6( ˝ES˝. Finally,thecorrespondingauthorconductedsuccessfulcrossesbetween je bilapovsemsterilna,čepravsorastlinebujnocvetele.Genetskeraziskave so vključevaledoločitev 1 1 , J. Jakše , J. Jakše S. nigra,ebulus,caerulea ˝ES˝ × S. nigra in S. javanica S. caerulea 1 1 , B.Bohanec , B.Bohanec ). Filogenetskaanalizajebilaizvršena spomočjoanalizesekvencITSjedrneregijein S. caerulea ) to28.6pg( Sambucus ˝ES˝, jebiluporabljenkotgenetskimost,kiomogočiloblikovanjekrižancev S. javanica . Potomstvo križanja S. nigra,caerulea 1 1 S. caerulea , A. Ivančič , A. Ivančič , A. were partlysterile.Thecombination ), andtoestimatethegeneticdistancesamongtheseotherpotential S. caerulea , določitevfilogenetskihsorodstvenihrazmerij medosmimivrstami S. nigra ˝ES˝ × S. javanica in 2 2 (23,9 pg),ostalepasovariiralemed 27.0 pg( ). Phylogeneticanalyseswereconductedusingtwodatasets: S. javanica (23.9 pg),genomesizeofothereightspeciesrangedfrom S. caerulea and S. javanica S. ebulus ˝ES˝ × ), okompleksemgenetskemizvrednotenjuveč mnogo nižja.Kombinacija ˝ES˝ × Genetic Resources/Genetskiviri were unsuccessfuluntilthediscoveryofa S. nigra S. javanica S. nigra were highlyfertile,whereasthe ˝ES˝ × Sambucus S. javanica je bilovisokofertilno, S. javanica 135 S. ebulus species (i.e., S. ebulusin (used asa ˝ES˝ was

P 16 P 17 1 tezo reakciji spolimerazo(PCR).ZapotrditevrezultatovdobljenihPCRsmoizvedli hibridizacijotočkovnegaodtisa.Sin- smopomnoževalisspecifičnimizačetnimi oligonukleotidivverižni (otok patogenostiuropatogenegasevaCFT073) javnikov virulence.Delenukleotidnihzaporedij Medicinske fakulteteUniverzevLjubljani,Ljubljana,Slovenija,smopregledali zaprisotnostgenetskihzapisovde- bakterije sečil, potrebujemopodatkeorazširjenostivirulentnihdejavnikovvrazličnih geografskihpredelih.110sevov za virulentnedejavnike.Dabilahkozasnovaliučinkovitemetodepreventive, kibizmanjšalebremezaradiokužb coli Starčič ErjavecM. OKUŽBO SEČILVSLOVENIJI VIRULENTNI DEJAVNIKI SEVOVBAKTERIJE porting theirpotentialastargetsforpreventiveintervention. Escherichia coli ographic regionsmustbeassessed.110 minish theburdenofUTI,usingeffectivepreventivemeasures,dataonvirulencefactorprevalenceindifferentge- cause ofUTI.Strainscausinginfectiondifferfromcommensal Urinary tractinfections(UTI)areoneofthemostfrequentinfectiousdiseases. 3 2 Starčič ErjavecM. VIRULENCE FACTORS IN Genetika 2006 3 2 1 prevalenco podobna razširjenostiviruletnihdejavnikov vdrugihštudijahizrazličnihgeografskihpodročij.Odkrilismovisoko Če povzamemorezultate,jerazširjenost preiskovanihvirulentnihdejavnikovvpreučevanihsevih bnost dobljenihrezultatovsmoizkazali sFisherjevimtestomnatančnosti,kjerjebilavrednostzaupanja za privzemželeza(aerobaktin,enterobaktin insalmohelin)smozaznalivnavzkrižnihtestihsideroforjev.Pomem- ovčje krvi.Obdanostbakterijskapsulosmo odkrivalizobčutljivostjozaK-specifičnebakteriofage.Izražanjesistemov studies fromdifferentgeographicregions.Ahighprevalenceof a prevalenceofcommonvirulencefactorsamongtheUTI exacttestandthelevelofsignificancewassetata using theFisher’s obactin andsalmochelinwastestedbysiderophorecross-feedingtests.Thesignificanceoftheresultsestablished detected onthebasisofsensitivitytoK-specificphages.Expressionaerobactinironuptakesystem,enter- was testedbyplatingstrainsontoLBplatescontaining2%washedsheepblooderythrocytes.Capsuleswere in PCR.DotblothybridizationexperimentswereperformedtoconfirmthePCRassays.The sequenceswereamplifiedwithspecificprimers ogenicity islandsequencesfromtheuropathogenicstrainCFT073) ulence factor(related)genesequences. Institute ofMicrobiologyandImmunology,MedicalFaculty,Ljubljana,Sloveniawereanalyzedforpresencevir- Inštitut Robert Koch, Wernigerode, Nemčija Slovenija Univerza vLjubljani,Medicinska fakulteta, Inštitutzamikrobiologijoinimunologijo,Ljubljana, Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Oddelekzabiologijo,Ljubljana,Slovenija Robert Koch Institute,Wernigerode, Germany University ofLjubljana,MedicalFaculty, InstituteofMicrobiologyandImmunology, Ljubljana,Slovenia University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, DepartmentofBiology, Ljubljana,Slovenia , kipovzročajookužbe,seodsevov α -hemolizina smopreverjaliznanosombakterijskih sevovnaploščeLB,kisovsebovale2%spraniheritrocitov E. coli fyuA 136 , kisojihizsečabolnikovzokužbosečilizoliralinaInštitutuzamikrobiologijo inimunologijo ( in E. coli 1 1 iro , RijavecM. , RijavecM. , karnakazujemožno uporabosiderofornihreceptorjevkot tarčvpreventivi. ) jenajpogostejšapovzročiteljicaokužbsečil,kisodijomednajpogostejšeokužbe. Sevi ESCHERICHIA COLI 1 1 , Križan-HergouthV. , Križan-HergouthV. E. coli papC, sfa/focDE,afa,iucD,cnf1,papGIII,cdt,fyuA,ibe E. coli , kisodelnormalneflore,razlikujejopovsebnostigenetskihzapisov isolates fromhumanswithurinarytractinfectionscollectedatthe papC, sfa/focDE,afa,iucD,cnf1,papGIII,cdt,fyuA,ibe ESCHERICHIA COLI STRAINS ISOLATED FROMUTIINSLOVENIA 2 2 , Fruth A. , Fruth A. E. coli E. coli fyuA strains isolatedinSloveniacomparabletoother 3 3 P , Reissbrodt R. , Reissbrodt R. as wellof due topossessionofvirulencefactors.To di- value <0.05.Insummary,wehavefound, , IZOLIRANIHIZBOLNIKOV Z Escherichia coli iro 3 3 sequences wasdetectedsup- and Žgur-Bertok D. in Žgur-Bertok D. α -hemolysin production ( E. coli E. coli and PAI (path- ) isthemajor iz Slovenije P <0.05 1 1 in PAI E. . ska postrvobčasnokrižata;intenzivne introgresije, kibiogrozilaobstojobehvrst,panismozaznali. dve t.i.intra-lakustričniformi.Zanalizo tako mtDNKkotmikrosatelitovsmougotovili,dasevrsti pa nepodpirajoobstojalokalnopriznane populacijskestruktureznotrajohridskepostrvi,čepravsmovanalizovključili Ohridskem jezerupriporočamo,daseohrani taksonomskopoimenovanjeohridskepostrvikot podprt zgenetskimianalizami,pa namenom ohranitveedinstvenebiodiverzitetestarodavnegaekosistemav mografski vzorecobehvrstinpotrdilivrsto z analizomtDNK,mikrosatelitovin40morfološkihznakov.Ti rezultatisonamdalitudivpogled vzgodovinskide- nili, dasejevrsta primerjalne analizesubstitucijskestopnjevmtDNKinstarostikompleksavrste colonized the lake and phylogenetically belong to the Adriatic lineageof colonized thelakeandphylogeneticallybelongtoAdriatic the LakeOhridformation.Comparativeanalysiswithtroutsupportsnotionthatthesefishhavemorerecently * Biotechnical Faculty, DepartmentofAnimalScience,Groblje3,1230Domžale,Slovenia Simona GENETIC ANDMORPHOLOGICALCHARACTERIZATION OFLAKEOHRIDENDEMIC SALMONIDS ki jeločenaodpreostalihpopulacij mikrosatelitnih lokusovinmtDNKpajevseenopokazala,daendemičnaohridska postrvpredstavljamonofiletskolinijo, linije vrste ta naselilaOhridskojezeromnogokasneje.Naosnovifilogenetskeanalizeseohridska postrvuvrščaznotrajJadranske najnižjo ocenostarostiOhridskegajezera.Genetskeanalizeohridskepostrvipa sopotrdilepredvidevanja,dajele- Endemični salmonidnivrstivOhridskemjezeru(belvica, Raziskavajepotekalavokviruindividualneintra-EvropskeMarieCuriepostdoktorskeštipendije(MEIF-CT-2003-501446),podvod * Biotehniška fakulteta, Oddelekzazootehniko, Groblje3,1230Domžale,Slovenija split fromacommonancestorof rough ageestimateofcloselyrelated highly divergentmemberofthegenus phological characters.Furtherexploringhistoricaldemographyofbothspecies, quences) andbi-parentally(microsatelliteloci)inheritedgeneticmarkersanalysis,comparedto40differentmor- Lake Ohridendemics(Salmoohridanusandtrout,putative Simona Sušnik OHRIDSKEM JEZERU GENETSKA INMORFOLOŠKA KARAKTERIZACIJA ENDEMIČNIHVRSTSALMONIDOVV Ohrid browntroutexistatbothmtDNAandmicrosatellitemarkers,butdoesnotsupporttheextensiveintrogression. samples includetwoputativeintra-lacustrineforms.Evidenceofrarehybridizationbetween endemic Ohridtrout.OurresultsdonotsupporttheexistenceofpopulationstructuringwithinLakeOhrid,eventhough diversity protectioninthisancientecosystem,werecommendretainingthetaxonomicepithet basinpopulations.Intheinterestsofuniquebio- represents amonophyleticlineage,isolatedfromotherAdriatic 155,000 yearsago.Nevertheless,basedonmicrosatelliteandmtDNAsequencevariationtheendemicOhridtrout Ass. Prof. Steven-aWeiss-a( zootehniko, Domžale,Slovenija of AnimalScience,Domžale,Slovenia supervision ofAss.Prof. StevenWeiss( Research wassupportedbyindividualintra-EuroepanMarieCuriepostdoctoralfellowship(MEIF-CT-2003-501446)anddoneunde Sušnik S. trutta * * , zakaterosmoocenili,dasejeformiralainrazširilašelepred155,000leti.Analiza variabilnosti S. ohridanus KF-Uni Graz,InstituteofZoology, Graz,Austria ) S. trutta od skupnegaprednika KF-Uni Graz,InstituteofZoology, Graz,Austria ) S. trutta S. trutta Salmo trutta Salmo trutta Salmo >4 millionyearsago,whichisconsistentwithminimumageestimateof S. ohridanus . BasedoncomparativesubstitutionratedifferencesinmtDNAanda v Jadranskemporečju.Čepravobstojsamostojne vrste complex (i.e.atleast2millionyears),the Salmo ohridanus S. trutta S. trutta kot zelodivergentnolinijoznotrajrodu S. letnica odcepila predvsaj4milijonilet,karsovpadaz ) invsodelovanjuzDr.AlešemSnojem( ) andincooperationwithDr.AlešSnoj( , inohridskapostrv, Genetic Resources/Genetskiviri S. trutta ) werecharacterizedbyuni-(mtDNAse- S. trutta S. trutta Salmo ohridanus , whichwasestimatedtoexpand (vsaj 2milijonalet),smooce- S. letnica S. ohridanus S. ohridanus S. letnica S. ohridanus Salmo letnica was describedasa Salmo 137 . Naširezultati BF, Oddelekza ) smoopisali S. letnica . Naosnovi Department and Lake probably in ohrid- for the stvom ni r

P 18 P 19 Nataša Štajner STANDARDIZACIJA INPRIMERJAVA REZULTATOV ANALIZMIKROSATELITSKE VARIABILNOSTI well separatedfromBulgariansamples,withsomeexceptions,whichrequirefurtherstudy. on theproportionofsharedallelegeneticdistances.MostMacedoniancultivarsclusteredtogetherandwere vzorcev. Par makedonskihsortpasejetesneje povezalzbolgarskimi,karjepotrebno podrobnejeproučiti. daljenosti (Dps’)naredili dendrogram.Večina makedonskihsortsejezdružila venoskupino,ločenoodbolgarskih smo združilisortebolgarskekolekcije(74 kultivarjev,2klona)zmakedonskimisortamiinnaosnovikoeficientaod- sedmih lokusihpasosedolžinerazlikovale za1do4bp.Alelniprofilisobilinavsehlokusihenaki.Po standardizaciji so bilepriprimerjavizbolgarskimianalizami enakenadvehmikrosatelitskihlokusihizmeddevetih,preostalih prilagodilidolžinealelovmakedonskih sort.Dolžinealelovsorte'Chardonnay' primerjave dolžinalelovsorte‘Chardonnay’ karpomenidasmonaosnovi makedonske sorteumestilimedbolgarske. Kotstandardsmouporabilisorto‘Chardonnay’, 11 sortvinsketrteizMakedonije.Rezultate analizeoz.alelneprofilesmoprimerjalizbolgarskobazopodatkovin umeščanju vširšegeografskopodročje.Vnaširaziskavismonaosnovidevetih mikrosatelitskihmarkerjevanalizirali še posebnovelikpomenzamanjšedržave,kjerjeraznolikostrastlinskegamateriala omejenaindobivrednostšelepo ki sepojavljajovvsehbazah.Možnostprimerjaverezultatovmolekularnihanaliz meddržavamioz.pokrajinamiima Omenjene bazenisomedsebojnousklajeneoz.primerljive,karjemočugotoviti naosnovinekaterihstandardnihsort, grška–UniverzanaKreti,evropskainbolgarska-AgroBioInstitute,Sofia. Istituto AgrarioSanMicheleall'Adige, molekulskih (mikrosatelitskih)markerjevsonamedmrežjujavnodostopnenaslednje podatkovnebaze:italijanska- formatika, molekulskimarkerji,genskokartiranje,BACknjižnice,fizičnekarte, sekveniranjegenoma,itd).Vprimeru Molekularne analizegrozdjasonarejenevdokajvelikemobseguindostopne vrazličnihpodatkovnihbazah(bioin- Bulgarian standardization,wecombinedvarietiesfromthe from 1to4bp,whiletheallelicprofilesweresame.After wereidentical,attheremaining7locilengthsdiffered For twolocioutofnine,thealleliclengths‘Chardonnay’ wasusedasthestandardvariety,whichmeansthatlengthsofalleleswereadjustedaccordingtothisvariety. nay’ profiles wereincludedintheBulgariandatabase,sinceBulgariaisoneofcountriesborderingonMacedonia.‘Chardon- our analysis,11Macedoniangrapevarietieswereanalyzedusingninemicrosatellitemarkers.Theresultingallelic if theyarestandardized,whichisonlypossiblethesamestandardcultivarsanalyzedasthoseindatabases.In is ofgreatimportanceforsmallerregionssuchasSloveniaorex-Yugoslavia countries.Resultscanbecomparedonly different resultsbeingshown.Thepossibilityofcomparisongeneticresources,especiallywithneighboringcountries, changeable, sincewehavefoundexamplesofthesamecultivaranalyzedwithmolecularmarkersbut Crete, EuropeanandBulgarian-AgroBioInstitute,Sofia.Thesedatabasesarenot,however,compatibleorinter- Greek-Universityof of microsatellitemolecularmarkersavailable:Italian-IstitutoAgrarioSanMicheleall'Adige, genetic mapping,BAClibraries,physicalmaps,genomesequences,ESTs, etc.Thereareanumberofpublic databases Molecular toolsforgrapesareavailableinmanydifferentresourcesordatabases,suchas:bioinformatics,markers, 1 1 2 Nataša MARKER ANALYSIS THE STANDARDIZATION ANDCOMPARISON OFRESULTS OBTAINED BYMICROSATELLITE Genetika 2006 2 Univerza Sv. Cirila inMetoda,Fakulteta zaagronomijo,Oddelekvinogradništvo,Skopje, Makedonija Jamnikarjeva 101,1000Ljubljana,Slovenija Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Katedra zagenetiko, biotehnologijoinžlahtnjenjerastlin, Skopje,growing andWine-producing, Macedonia University SaintsCyril&Methodius,Skopje, Macedonia,Faculty ofAgriculture,DepartmentforWine- 101, 1000Ljubljana,Slovenia University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, CentreforPlantBiotechnologyandBreeding, Jamnikarjeva Štajner Vitis vinifera Vitis 138 1 1 , Branka Javornik , Branka Javornik collection (74cultivarsand2clones)withMacedonianvarietiesintoonedendrogrambased 1 1 , ElizabetaAngelova , ElizabetaAngelova 2 2 1, medtemkojevečinasevov(56%)imela zaporedjerepznačilnozaplazmidetipaF. Zaporedja odpornih protienemualicelovečjemuštevilu antibiotikov.Šestindvajsetodstotkovizolatovjeimelointegronrazreda elementov vključenihvprenašanjele-te, serotipeinfilogenetskiizvor.Veliko številopreiskovanihsevovjebilo Ljubljane, Slovenija.Pri sevihsmoproučevalipojavljanjeodpornosti protiantibiotikom,prisotnostmobilnihgenetskih V študijooprisotnostiinširjenjuodpornosti protiantibiotikomprisevihExPECjebilovključenih110sevovUPECiz sestavljeni izsistemovzamestnospecifično rekombinacijo,kisosposobnivključevanjainizražanjakasetnihgenov. imenovaneintegroni.Integroniso otikom, serazširjajosplazmidialitranspozoniinlahkovklučujejovdeleDNA, okužijo velikdelpopulacijeinsozatoglavnatarčaprotimikrobnihterapij.Geni, odgovornizaodpornostprotiantibi- ter osteomielitis.Zunajčrevesnipatogenisevi najčrevesnih okužb,kotsookužbeurinarnegatrakta,meningitis,povezane zintravaskularniminapravami 1 Veronika Križan-Hergouth Veronika Križan-Hergouth 1 characteristic ofF-likeplasmids. Twenty sixpercentoftheisolatesharboredaclass1integron,whilemajoritystrains(56%), sistances, serotypeaswellphylogeneticorigin.Ahighprevalenceofdrugresistanceandmultidrugwasfound. Slovenia, wereexaminedforantimicrobialsusceptibility,mobilegeneticelementsinvolvedindisseminationofantibioticre- an efforttostudytheprevalenceanddistributionofantibioticresistancesinExPECstrains,110UPECstrainsfromLjubljana, Integrons arecomposedofasitespecificrecombinationsystemcapableintegratingandexpressinggenesincassettes.In genes aredisseminatedbyplasmidsortransposonsandalsocanbeintegratedintoDNAelementsdesignatedintegrons. E. coli sociated withintravasculardevicesaswellosteomyelitis.Asextraintestinalpathogenic However, theyarealsothemajorcauseofextraintestinalinfectionssuchasurinarytractinfections,meningitis,a rija Pojav inširitevodpornostiprotiantibiotikomjezaskrbljujočvednovečjizdravstveniproblemnaglobalniravni.Bakte- resistance. Of seriousconcernandanincreasinghealthproblem,onaglobalbasis,istheappearancespreadofantimicrobial skupine lahkosprejemajo invključujejomobilnegenetske elemente,kiimajopogostodeterminante odpornosti. B1,B2 inD)pojavljajonaključno.To kaženato,davseštiri sevi znotrajštirihpoglavitnih filogenetskihskupin(A, Matija Rijavec MAJOR PHYLOGENETICGROUPS GENETIC ELEMENTSAMONGUROPATHOGENIC HIGH PREVALENCE OFMULTIDRUG RESISTANCE ANDRANDOMDISTRIBUTIONOFMOBILE 3 2 3 2 Matija Rijavec ESCHERICHIA COLI NAKLJUČNA RAZPOREDITEVMOBILNIHGENETSKIHELEMENTOV MEDUROPATOGENIMI SEVI POGOSTNOST POJAVLJANJA ODPORNOSTIPROTI VEČJEMUŠTEVILUANTIBIOTIKOV IN maintain mobilegeneticelementsfrequentlyassociatedwithresistancedeterminants. B1,B2andD)indicatingthatallgroupshaveasimilartendencytoacquire of thefourmajorphylogeneticgroups(A, Inštitut Robert Koch, 38843Wernigerode, Nemčija Medicinska fakulteta, Inštitutzamikrobiologijo inimunologijo,1000Ljubljana,Slovenija Univerza vLjubljani, Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulta, Oddelekzabiologijo,1000Ljubljana,Slovenija Robert Koch Institute,38843Wernigerode, Germany University ofLjubljana,MedicalFaculty, InstituteofMicrobiologyandImmunology, 1000Ljubljana,Slovenia University ofLjubljana,Biotechnicalfaculty, DepartmentofBiology, 1000Ljubljana,Slovenia E. coli (UPEC), yearlyaffectalargeproportionofthepopulationtheyaremajortargetantimicrobialtherapy.Resistance Escherichia coli je delnormalnefloreprebavnegatraktaljudiinrazličnihživali.Hkratitudi glavnapovzročiteljicazu- 1 1 , MarjancaStarčičErjavec , MarjancaStarčičErjavec (UPEC) ZNOTRAJ ŠTIRIHFILOGENETSKIHSKUPIN strains arepartofthenormalfloragastrointestinaltracthumansandvariousanimals. 2 2 int in DarjaŽgur-Bertok and Darja as well rep Žgur-Bertok 1 1 , Rolf Reissbrodt , Rolf Reissbrodt sequences werefoundtobedistributedinarandommanneramongstrains E. coli (ExPEC), vključnozuropatogenimi 1 1 ESCHERICHIA COLI 3 3 , Angelika Fruth , Angelika Fruth Genetic Resources/Genetskiviri E. coli 3 3 , JernejaAmbrožičAvguštin , JernejaAmbrožičAvguštin , (ExPEC),includinguropathogenic (UPEC) OFTHEFOUR sevi E. coli (UPEC),letno int 139 in rep rep sequences se med s- 1 1 , ,

P 20

MUTAGENESIS MUTAGENEZA P 21 tati, kotžepričakovano,krepijopotrebopovelikiprevidnostipriuporabiSOS-inducirajočih antibiotikov. združbe vdoločenemokoljuterlahkopospešijopridobivanjeinširjenjeodpornosti protiantibiotikom.Zatonaširezul- ciprofloksacina, kiinducirajoSOSsistem,lahkoprekoindukcijesintezekolicinov vplivajonadiverzitetomikrobne vplivajo nagenetskodiverzitetomikroorganizmov.Rezultatinašeštudijesopokazali, dasubinhibitornekoncentracije tagonistično vplivajonadiverzitetomikrobnezdružbebakterij nano zLexAproteinom,ključnimregulatorjemSOSodziva.Pred kratkimjebilopokazano“invivo”,dakolicinian- vrstam. Velika večinanaravnihizolatovbakterijskihvrstjihproizvajainizloča.Izražanjekolicinovjeznačilnourav- bakterije smo vplivsubinhibitornihkoncentracijciprofloksacina,antibiotikaizskupineflorokinolonov,nasintezobakteriocinov otični učinek.Antibiotiki,kiovirajopodvojevanjeDNAinsintezoceličnestenebakterij,izzovejoSOSodziv.Proučevali Antibiotiki, kiostanejovgostiteljupozdravljenju,lahkoprispevajokfiziološkemustanjuopisanemkotpostantibi- Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Oddelekzabiologijo,Večna pot111,Ljubljana,Slovenija Jerman Borut CIPROFLOKSACIN INDUCIRASINTEZOBAKTERIOCINOVBAKTERIJE need forgreatcautionintheuseofSOS-inducingantibiotics. acquisition anddisseminationofantibioticresistance.Thus,ourresults,eventhoughanticipated,reinforcethe and implythatSOS-inducingantibioticscouldthusaffectmicrobialstraindiversification,aswellpromotethe study showthatsublethalconcentrationsofciprofloxacininducecolicinexpressioninanSOS-dependentmanner populations inthemammaliancolonandpotentialtopromotemicrobialgeneticdiversity.Theresultsofour Recently, colicinshavebeenshowntoaninvivoantagonisticrolepromotingmicrobialdiversitywithin lates. ColicinsynthesisischaracteristicallyregulatedbytheLexAprotein,keyregulatorofSOSresponse. active againstcellsofthesameandcloselyrelatedspecies.Theyarefoundwithhighfrequencyamongnaturaliso- quinolone, onbacteriocinproductionin induce theSOSresponse.Weinvestigatedinfluenceofsubinhibitoryconcentrationsciprofloxacin,afluoro- state knownasthepost-antibioticeffect.AntibioticsthatinterferewithDNAreplication,wellcellwallsynthesis, The effectofantibiotics,whichremaininthehostafterantibiotictreatment,couldcontributetophysiological University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, DepartmentofBiology, Večna pot111,Ljubljana,Slovenia. Jerman B CIPROFLOXACIN INDUCESBACTERIOCINSYNTHESISIN Genetika 2006 timicrobial AgentsandChemotherapy,49(7):3087-90. Jerman B.,ButalaM.,Zgur-BertokD.2005.Sublethalconcentrationsofciprofloxacininduce bacteriocinsynthesisinEscherichi Reference /Viri: Escherichia coli orut 142 , ButalaMatejinŽgur-Bertok Darja , ButalaMatejinŽgur-Bertok Darja . Bakteriocinibakterije Escherichia coli E. coli so imenovanikoliciniindelujejoprotiistimozkosorodnim . Thebacteriocinsof E. coli ESCHERICHIA COLI v čresevjusesalcevinimajopotencial,da E. coli are designatedcolicinsand ESCHERICHIA COLI a coli.An- E. coli performed withrepairproficientstrainofE.coliWP2(IC185)andits DNA damageandmutagenesiswasinvestigatedinbacterialmammaliancells The protectiveeffectsofantioxidativesubstancesfromplants:eucalyptol,linaloolandmyrceneagainstoxidative oxidant andincreasingantioxidantcellpool. hours priortotheexposuret-BOOH(protocolA),indicatingthattestedsupstancescanactbothbyscavenging effect againstt-BOOHinducedDNAdamagewasobservedwhenthecellswerepretreatedwithoxidantsfor21 eucalyptol significantlyreducedt-BOOH-inducedDNAdamageinHepG2cellsbothapproachesused.Thehigher (1 mg/p),indicatingthatantimutagenicpotentialisbasedprimarilyontheirantioxidativeproperties.Linalooland of mutagenesiswasobtainedinIC202strain:40%eucalyptol(0.05mg/p),60%linalool(1mg/p),69%myrcene t-BOOH-induced mutagenesiswasobtainedinbothbacterialstrainswithalltestedsubstances.Thehighestinhibition were co-treatedwithantioxidants(0.01,0.1and1μg/ml)t-BOOH(1μM)for20minutes.Thereductionof 1 μg/ml)for21hoursandthanco-treatedwithantioxidantst-BOOH(1μM)20minutesB)thecells induced DNAdamage.ThecellswereA)pre-treatedwithdifferentconcentrationsofantioxidants(0,0.01,0.1and human hepatomacellline(HepG2cells)wasusedtomeasurethepotentialofantioxidantsreducet-BOOH of antioxidativeenzymes.Thecellswereco-treatedt-BOOHandantioxidantsubstances.cometassaywith Dragana 2 MUTAGENESIS INPROKARYOTIC ANDEUKARYOTIC PROTECTIVE EFFECT OFPLANTANTIOXIDANTS AGAINSTOXIDATIVE DNADAMAGE AND 1 Vukčević National InstituteofBiology, DepartmentofGeneticToxicology andCancerBiology, Ljubljana,Slovenia University ofBelgrade,Faculty ofBiology, DepartmentofMicrobiology, Serbia 1 and Metka Filipič Mitić-Ćulafić 1 , BojanaŽegura 2 2 , BiljanaNikolić IN VITRO 1 , Branka Vuković-Gačić oxyR derivative (IC202),deficientininduction TESTS Mutagenesis /Mutageneza in vitro . Thebacterialassaywas 1 , JelenaKnežević- 143

P 22 P 23 stanek poškodb DNA, povzročenihzmutagenomaBaPinIQ,je,medtemko proti stanek poškodbDNA, XNježeprikoncentraciji0.001 μMskorajpovsempreprečilna- na preživelostcelicinnipovzročilapoškodb DNA. aktivacije prokarcinogenov.Izpostavitev podganjihjetrnihrezinkoncentracijamXN,nižjimod10μM,nivplivala vina, kidelujepreventivnoprinastanku inrazvojuraka.Delovalnajbikotantioksidantinhibitormetabolne pred genotoksičnostjozgorajuporabljenih mutagenov.Dosedanjeraziskavenakazujejo,dajeksantohumolučinko - podganjih jetrnihrezinahsmonatougotavljali zaščitnodelovanjepreniliranegaflavonoidaksantohumola(XN) metabolizem benzo(a)pyrena(BaP)odgovorentakozatvorboaduktovna DNA kotzaoksidativnepoškodbe.V medtemkoje dativne poškodbe,metaboliti2-amino-3-methylimidazo[4,5-f]quinolina(IQ) tvorjoaduktezDNA, antigenotoksičnih učinkov, pričimerlahkougotavljamotudi razlikevvrstniobčutljivostizarazlične prokarcinogene. Pokazali smo,dajemodificiranitestkomet narezinahjeteruporabnoorodjeza preučevanjegenotoksičnihin 1 1 karcinogeni, kipovzročajopoškodbeDNAnadvarazličnanačina. ugotovili koncentracijskoodvisnepoškodbeDNAvčloveskihinpodganjihrezinah jeter,kismopovzročilistremi kjer soprisotnivsitipijetrnihcelicinjeohranjenaprvotnastrukturajeter. Zmodificiranimtestomkometsmo test kometprilagodilizauporabonačloveskihinpodganjihrezinahjeter,kjer jemetabolnaaktivnostohranjena, (DNA) nanivojuposameznecelice.Jetrnecelicevkulturiimajovečinomaokrnjeno metabolnoaktivnost.Zatosmo Test kometjehitrainobčutljiva metodazakvantifikacijoeno-indvoverižnihprelomovdeoksiribonukleinskekisline butyl hydroperoxide( age inhumanandratliverslices,inducedbythreeprocarcinogens,thatcausegenotoxicitytwodistinctmechanisms: present, maintainingthetissuearchitecture.Withmodifiedcometassaywedetectedconcentration-dependentDNAdam- for useinprecision-cuthumanandratliverslices,wheremetabolicactivityispreservedallthecelltypesare individual cells.Culturedlivercellsareusuallydeficientinmetabolicactivity.Therefore,wehaveadaptedthecometassay The cometassayisarapidandsensitivemethodformeasuringdeoxyribonucleicacid(DNA)strandbreaksatthelevelof 2 Janja Plazar HUMAN ANDRAT LIVERSLICES PRECISION-CUT MODIFIED COMETASSAY FORDETECTINGGEN Genetika 2006 2 prevented theDNAdamage,inducedbyBaPandIQ,whilenoprotectionagainst concentrationaslow0.001μMXNnearlycompletely did notaffecttheirviabilityandinduceDNAdamage.At and inhibitorofmetabolicactivationprocarcinogens.Exposureratliverslicestoconcentrationslowerthan10μMXN toxicity ofthethreeprocarcinogens.XNhasbeensuggestedtohavecancerchemopreventiveactivities,actingasanantioxidant damage. Inratliversliceswethenstudiedtheprotectiveeffectofprenylatedflavonoidxanthohumol(XN)againstgeno- (IQ) formadductswithDNAandbenzo(a)pyrene(BaP)metabolismisresponsibleforadductformationoxidative Janja Plazar UČINKOV VČLOVEŠKIHINPODGANJIHREZINAHJETER MODIFICIRANI TESTKOMET ZAMERJENJEGENOTOKSIČNIH INANTIGENOTOKSIČNIH and antigenotoxiceffects,whichalsoenablesdetectionofspeciesdifferencesinsusceptibilitytoprocarcinogens. observed. Wehaveshownthatthemodifiedcometassaywithprecision-cutliverslicesisausefultooltostudygenotoxic Groningen, A. Deusinglaan1, 9713 AV Groningen, TheNetherlands Groningen, A. Department ofPharmacokineticsandDrugDelivery, UniversityCentreforPharmacy, Universityof Ljubljana, Slovenia Department ofGeneticToxicology andCancerBiology, NationalInstituteofBiology, Večna pot111,1000 Deusinglaan1,9713AV Groningen,TheNetherlands Groningen, A. Department ofPharmacokineticsandDrugDelivery, UniversityCentreforPharmacy, Universityof Ljubljana, Slovenia Department ofGeneticToxicology andCancerBiology, NationalInstituteofBiology, Večna pot111,1000 144 1,2 1,2 , Metka Filipič , Metka t -BOOH) causes oxidative damage to DNA, metabolitesof2-amino-3-methylimidazo[4,5-f]quinoline -BOOH) causesoxidativedamagetoDNA, Filipič 1 1 , GenyM.Groothuis , GenyM.Groothuis 2 2 OTOXIC ANDANTIGEN Tert -butil hidroperoksid( t -BOOH inducedDNAdamagewas t -BOOH nidelovalzaščitno. OTOXIC EFFECTSIN t -BOOH) povzročaoksi- tert - 1 exploit newpathsforabettercontrolofcancer. present,theseinvestigationscanhelpustobetter assessthegenotoxicriskofcombinedtherapiesandtherefore At two groupsshowsthatadaptationtoTXandMMCinducedbyCHXcanbeaconsequenceofinhibitionapoptosis. decrease innuclearfragmentation.TheobserveddifferencesfragmentationandtheNDIindexbetween pared tocellsthatwereexposedTXandMMCalone.Also,theincreaseinNDIindexwascorrelateda mosome instability).CHXinducedahighlystatisticaldifference(p<0,001)intheproliferationindex(NDI)com- analysis showedanincreasedlevelofcellswithchromosomesexpressingprematurecentromereseparation(chro- measured bythepercentageofmicronucleiinbinuclear(BN)cellswasnotelevatedpresenceCHX,CA 0,05μM and0,2μM)MytomicinC(0.05μM,0,15μM0,6μM).Eventhough,genotoxicityofTXMMC a adaptiveresponseinhumanperipheralbloodlymphocytesexposedtoincreasingdosesofTaxol (0.01 μM, (MMC) weusedtheCB-micronucleustestandCAtest.WehavefoundthatCHXinadoseof10μg/mlinduces an adaptiveresponseinducedbyCHXinperipheralbloodlymphocytesexposedtoTaxol (TX)andMytomicinC a populationofcellswithchromosomeaberrations(chromosomeinstability)byapoptoticinhibition.To evaluate adaptation (pro-lifeprocesses)canoverwhelmitspositiveaspects(antimutagenicandanticarcinogenic)byincreasing Cycloheximide asainhibitorofproteinsynthesiscanreducecytotoxicityvariousantitumordrugs.Wearguethat 2 Vladan Bajić MYTOMICIN CANDTAXOL LEADTO GENOMICINSTABILITY INDUCED ADAPTIVE SURVIVAL RESPONSEBYCYCLOHEXIMIDEINCELLSEXPOSEDTO 3 University ofBelgrade,Faculty ofVeterinary Medicine,DepartmentofBiology, Belgrade, Serbia University ofBelgrade,Faculty ofPharmacy, DepartmentofBiology, Belgrade,Serbia Institute forBiomedicalResearch, Galenika Pharmaceuticals,Belgrade 1 , Biljana Spremo-Potparević 2 , NinoslavDjelić 3 and LadaŽivković Mutagenesis /Mutageneza 2 145

P 24 P 25 Branka MICROBIAL SHORT-TERM TESTS DETECTION OFANTIGEN Genetika 2006 Linalool exhibitedprotectivecapacityagainstH 60% forLinalool.AntigenotoxicpotentialofLinaloolwastestedinCometassayonSaccharomycescerevisiae. induction ofantioxidativeenzymes(oxyR).Thereductiont-BOOH-inducedmutagenesiswas30%forEOand (30-35% ofinhibition).InhibitorypotentialEOandLinaloolwasalsotestedinE.coliWP2straindeficient of spontaneousandt-BOOH-inducedmicrosatelliteinstabilitywasobtainedinmutHrepairproficientstrains in itsMMRdeficientcounterpart(mutH)andinhibitionrangedfrom27%forEOto44%Linalool.Reduction of t-BOOH-inducedmutagenesiswas49%forEOand36%Linalool.Thespontaneousreduced repair (MMR)deficientandproficientEscherichiacoliK12strains.InwildtypestrainSY252thereduction in TA100.Antimutageniceffectagainstspontaneousandt-BOOH-inducedmutagenesiswasexaminedmismatch derivatives showednomutageniceffect,withorwithoutmetabolicactivation,intheSalmonella/microsomeassay stituent, terpenoidalcoholLinalool,wereexaminedinbacterialtests.Inpreliminaryexperimentsbothbasil ditional medicines.Themutagenicandantimutagenicpropertiesofessentialoilbasil(EO)itsmajorcon- Sweet basil(OcimumbasilicumL.)isemployedasafolkloreremedyforwidespectrumofailmentsinmanytra- University ofBelgrade,Faculty ofBiology, DepartmentofMicrobiology, Belgrade,Serbia tagenic andantigenotoxicpotentialofbasilderivativescouldbeattributedtotheirantioxidativeproperties. experiments. ResultsobtainedwithEO,LinaloolandVitaminE,usedasamodelantioxidant,indicatethatantimu- Vuković-Gačić 146 aj ei,BlaaNklć an tnjvć rg ii and JelenaKnežević-Vukčević, Tanja Berić,BiljanaNikolić, JasnaStanojević,DragaSimić OTOXIC EFFECTOFBASIL( 2 O 2 -induced comets,moreinpre-treatmentthanco-treatment OCIMUM BASILICUM L.) WITH L.) jih izpostavilidelovanju1-50 raka. Izbralismodvenerakavi(HUVECinMCF10A)trirakaveceličnelinije (MCF10AneoT, U87inSNB-19) 50 je XNdoberkandidatzapreprečevanje inzdravljenjeraka. invazijo (2)inpotrdilihipotezooselektivnicitotoksičnostiXNzarakavecelice (3).Četodržizavserakavecelice, invazivnost privišjihkoncentracijahzaradinaraščajočeapoptoze.Našipodatki soovrglipredlaganeučinkeXNna spremenil invazivnostimonoslojevU87inMCF10AneoTvMatrigelSNB-19 sferoidovvkolagen,pačpajeznižal na Matrigelinfibronektin,nipavplivaladhezijoMCF10AneoT. VsubtoksičnihkoncentracijahXNniznačilno (50%) celickotnormalnih(20%).Pri subtoksičnihkoncentracijah,jeimelXNznačilenvplivnaadhezijo U87celic trations ofXNonnormalandneoplastichumancelllinesitseffectsapoptosis, three neoplasticcelllines(MCF10AneoT, U87andSNB-19)exposedthemto1-50 invasion, thatplaycrucialroleincancerprogression.Wechosetwonon-cancerous(HUVECandMCF10A) rakave celiceinnjegovvplivnaapoptozo, (0,01-10 kot snovzakemopreventivoraka.Pokazali smoženanjegoveučinkeprotiiniciacijirakaprinizkihkoncentracijah Ksantohumol (XN),edenpomembnejšihprenilflavonoidovhmeljainojačevalecokusavpivu,jebilpredlagantudi low (0.01-10 been suggestedascancerchemopreventiveagent.Wehaveconfirmeditsprotectiveeffectsoninitiationat Xanthohumol (XN),oneoftheprincipalprenylflavonoidshopplantandflavouringagentinbeer,hasrecently 2 SELECTIVE CY hauser, EurJCancer,2005,4,1941. Reference /Viri: 2 Irena 1 1 Irena Zajc SELEKTIVNA CI firmed forallcancercells,XNmaybegoodcandidatepreventionandtreatmentofcancer. of XNoninvasion(2)andconfirmedthehypothesisselectivecytotoxicityforcancercells(3).Ifthisiscon- impaired theinvasionathigherconcentration,duetoincreasedapoptosis.Ourdatadisprovesuggestedeffects affect invasivenessofU87andMCF10AneoTmonolayersintoMatrigelSNB-19spheroidscollagen,but and fibronectin,butitdidnotaffecttheadhesionofMCF10AneoT. subtoxicconcentrations,XNdidnotsignificantly At subtoxicconcentrations, XNhadasignificantimpactonadhesionofU87cellstoMatrigel normal cells(20%).At however, after48htheproportionofapoptoticcellswassignificantlyhigherinneoplastic(50%),comparedwith for cancercellsat15 National InstituteforCellularBiotechnology, DublinCityUniversity, Glasnevin,Dublin9,Ireland 1000 Ljubljana,Slovenia Nacionalni inštitutzabiologijo,Oddelekgenetsko toksikologijo inbiologijoraka, Večna pot111, National InstituteforCellularBiotechnology, DublinCityUniversity, Glasnevin,Dublin9,Ireland Ljubljana, Slovenia National InstituteofBiology, DepartmentofGeneticToxicology andCancerBiology, Večna pot111,1000 μ M koncentraciji.XNjesprožilapoptozopri30 Zajc μ 1 1 , JasnaKovačič , JasnaKovačič M) (1).Namenteraziskavepajebildoločanjecitotoksičnostivišjihkoncentracij XNnanormalnein μ M) concentrations(1).Theaimsofthisstudyweretoestablishthecytotoxicityhigherconcen- TOTO (1) Plazaretal.,Mut.Research(submitted); (2)Vanhoecke etal.,IntJCancer,2005,117,889;(3)Ger- TOTOSKIČNOST KSANTOHUMOLA ZANORMALNEINRAKAVE CELICE μ XICITY OFXANTHOHUMOLFORNORMALANDCANCERCELLS M andforthenormalcellsat50 1 1 , Metka Filipič , Metka Filipič μ M XN.XNjebilcitotoksičenzarakavecelicepri15 in vitro 1 1 , Verena AmbergerMurphy , Verena AmbergerMurphy μ celično adhezijoininvazivnost,kisoključnezanapredovanje M koncentraciji,vendarjebilopo48hprizadetihvečrakavih μ M concentration.XNinitiatedapoptosisat30 2 2 and Tamara Lah and Tamara Lah Mutagenesis /Mutageneza μ M inzanormalnecelicepri in vitro μ M XN.XNwascytotoxic cell adhesionand 1 1 147 μ M,

P 26 P 27 encimskih aktivnostihinredoksstatusurazličnihtipovcelic. bomo ugotovilialisorazlikevtvorbiROSpovezanezrazlikamisposobnosti absorbcijeMCLRin/alizrazlikamiv in genotoksičneučinkeMCLRjepovezanazrazlikamivtvorbiROSrazličnih vrstah celic.Znadalnjimiraziskavami CaCo-2 celicah,nepatudipriNC-NCinIPDDCcelicah.Rezultatikažejo,daje različnaobčutljivostcelicnatoksične dichlorofluorescin diacetate(DCFH-DA)smopotrdiliodčasainkoncentracije odvisnopovišanjeROSpriHepG2in poviša nivoznotrajceličnihreaktivnihkisikovihzvrsti(ROS)priizpostavljenih celicah.Sfluorescenčnoprobo2’,7’- icah, medtem,kopriNC-NCinIPDDCcelicahpoškodbDNAnismoopazili. Nadaljesmougotavljali,alitoksin tovili, dajeMCLRpovzročilodkoncentracijeodvisnoprehodnopovečanjepoškodb DNApriHepG2inCaCo-2cel- in celicčloveškegaastrocitoma(IPDDC)nivplival.Stestomelektroforezeposameznih celic(testkomet)smougo- jeter (HepG2)indebelegačrevesa(CaCo-2),medtemkonaproliferacijočloveških Blimfoblastoidnihcelic(NC-NC) pri štirihrazličnihceličnihlinijah.StestomMTTsmougotovili,daMCLRzmanjša proliferacijorakavihcelicčloveških stres pomembnovlogoprihepatotoksičnostiMCLR.UgotavljalismocitotoksičnoingenotoksičnodelovanjeMCLR inhibitorji fosfoproteinfosfataz1in2Apovzročajonapredovanjetumorjev.Vsevečjedokazov,daigraoksidativen Mikrocistini (MC)sonajpogostejšihepatotoksičnicikličniheptapeptidi,kijihtvorjorazličnevrstecianobakterij.So Nacionalni inštitutzabiologijo,Oddelekgenetsko toksikologijo inbiologijoraka, Ljubljana,Slovenija Bojana Žegura LINIJAH CITOTO status ofdifferentcelltypes. due todifferentabsorbtionofMCLRbycellsand/oritisdifferencesinenzymaticactivitiesandredox mation betweenthecelltypes.SubsequentstudieswillbeconductedtoexploreifdifferencesinROSformationare of differentcelltypestowardsMCLRinducedtoxicandgenotoxiceffectscorrelatedwiththedifferencesROSfor- in HepG2andCaCo-2cells,butnotNC-NCIPDDCcells.Theresultsshow,thatthedifferencessusceptibility orescent probe2’,7’-dichlorofluorescindiacetate(DCFH-DA)wedetecteddoseandtimedependentincreaseofROS whether thetoxinincreasedlevelofintracellularreactiveoxygenspecies(ROS)inexposedcells.Usingflu- damage inHepG2andCaco-2cells.NoDNAwasobservedNC-NCIPDDCWefurtherexplored single cellgelelectrophoresis(Cometassay)wefoundthatMCLRinduceddosedependenttransientincreaseofDNA it hasnoeffectonhumanBlymphoblastoid(NC-NC)andastrocytoma(IPDDC)cellproliferation.Withthe MCLR decreaseshumanhepatoma(HepG2)andcolonadenocarcinoma(CaCo-2)cellproliferation,while vestigated thetoxicandgenotoxiceffectsofMCLRinfourdifferentcelllines.UsingMTTassayweobservedthat suggests thatoxidativestressplaysanimportantroleinMCLRinducedhepatotoxicity.Inthepresentstudywein- species. Theyareinhibitiorsofproteinphosphatases1and2Atumourpromoters.Increasingevidence Microcystins (MCs)arethemostcommonhepatotoxiccyclicheptapeptidesproducedbydifferentcyanobacterial National InstituteofBiology, DepartmentofGeneticToxicology andCancerBiology, Ljubljana,Slovenia Bojana THE CY Genetika 2006 Žegura TOTO KSIČNO INGENOTOKSIČNO DELOVANJE MIKROCISTINA-LRPRIRAZLIČNIHCELIČNIH 148 XIC ANDGEN , MetaVolčič, Tamara T. Lah,Metka Filipič , MetaVolčič, Lah,Metka Filipič Tamara T. OTOXIC EFFECTSOFMICROCYSTIN-LRINDIFFERENT CELLLINES GENOMIC TECHNOLOGIES GENOMSKE TEHNOLOGIJE P 28 državi Italiji,predstavljapomembnooporozaslovenskoznanost. 550.000), takokotprilinkageanalizah.Menimo,darazpoložljivostnasegacentrazagenotipizacijovsosednji uporabljatazaraziskave zmanjšimštevilomvzorcevinvelikimSNPs (do ILLUMINA inAffimetrix številnimi vzorcizmajhnimštevilompolimorfizmov(ponavadi,sotoasociacijskištudiji)medtem,kosetehnologiji v centrulahkoopravljajonajobširnejšeraziskave.Podrobneje, setehnologijoTaqman uporabljazaraziskaves obdelavo tekočihvzorcev.Znavedenotehnološkoopremo,kivtemtrenutkuveljazanajsodobnejšonatržišču,se pizacijo. CenterrazpolagazABITaqman 7900HT, platformoterzopremozapodrobno ILLUMINA inAffymetrix Zahvaljujoč sporazumumedCBMinIRCCSBurlo-Garofolo,jevTrstu ustanovljenizpopolnjencenterzaSNPs genoti - 1 P. D’Adamo NOV CENTERZASNPSGENOTIPIZACIJO VTRSTU typing serviceinaneighborhoodcountrycanbeanimportantresourcetotheSlovenianscientificcommunity. huge numberofSNPs (upto550.000)likelinkagestudies.Inconclusion,wethinkthattheavailabilityofourgeno- areindicatedinstudieswithlesssamplesanda (usually associationstudies),whereasILLUMINAandAffymetrix ticular, Taqman technologyisextremelyusefulinstudieswithalargenumberofsamplesandfewpolymorphisms processing. Thankstothiscomprehensivesetoftechnologies,thecorecanaccomplishstudiesanysize.Inpar- core isequippedwithanABITaqman 7900HT, platformandaliquidhandlerforsamples ILLUMINAandAffymetrix IRCCS Burlo-Garofolo,wehavesetupacomprehensivegenotypingcorewiththelatesttechnologiesavailable.The A newhigh-throughputSNPs genotypingserviceisavailableinTrieste. ThankstoanagreementbetweenCBMand 1 3 2 P. A NEWHIGH-THROUGHPUT SNPSGENOTYPING SERVICEISAVAILABLE INTRIESTE Genetika 2006 3 2 CBM ScrlTrieste, Italy Dip. ScienzeRiproduzioneeSviluppoUniversitàdiTrieste, Italy Servizio diGeneticaIRCCS“BurloGarofolo”Trieste, Italy CBM ScrlTrieste, Italy Dip. ScienzeRiproduzioneeSviluppoUniversitàdiTrieste, Italy Servizio diGeneticaIRCCS“BurloGarofolo”Trieste, Italy D’Adamo 150 1 1 , A. D’Eustacchio , A. D’Eustacchio , A. 2 2 , L. Esposito , L. Esposito , L. 3 3 , P. Gasparini , P. Gasparini 2 2 electrogene therapywith with cisplatincytologicalanalysisshowedgreaterproportionofapoptoticdeath.To conclude,ourstudyshowedthat effect inDU145( Alenka Grošel CISPLATINOM NAPREŽIVETJEHUMANEGARAKA PROSTATE VPLIV ELEKTROGENSKETERAPIJES combination withelectrochemotherapythebesteffectobservedwasadditive. nation withelectrochemotherapyexertedantagonisticcytotoxiceffectinPC-3( cytotoxic effectregardlessofthestatus orange/ethidium bromidemixture.Resultsofourstudyshowthatelectrogenetherapywith in cellularstructureswereevaluatedoncytospinsstainedusingGiemsa’s,immunostainingandacridine treatments bycolonyformingassayandbystandereffectoftransfectedcellsMTTassay.Morphologicalchanges electroporation efficiencyofdruguptakebymeasurementpropidiumiodidefluorescence,cytotoxicitythe these treatments.Statusof cisplatinorelectroporationandcombinationsof combined treatment,cellsweretreatedeitherwithplasmidDNA, elektrogenske terapije inelektrokemoterapijepajebille aditiven. human prostaticcarcinomacelllines,PC-3andDU145withdifferent to evaluateelectrogenetherapywith cellular pathwaysinresponsetoDNAdamage,oneofthembeingapoptoticcelldeath.Theaimourstudywas Alenka CELLS CARCINOMA ELECTROCHEMOTHERAPY USINGCISPLATIN ONSURVIVAL OFHUMANPROSTATIC EFFECT OFELECTROGENETHERAPYWITH s platinom pasmoopazilivečjideležcelic, kisoumrlezapoptozo.Zaključimolahko,dajeelektrogenskaterapija so ssproščanjemsnovivplivalenazmanjšanje preživetjasosednjihcelic,pricelicahizpostavljenihterapijamscis- na zmanjšanjepreživetjacelicPC-3(p53 odsoten)inaditivnonaceliceDU145(p53mutiran).Transfecirane celice p53 elektroporacije ingensketerapijeučinkovala sinergističnonazmanjšanjepreživetjacelicneodvisnoodstatusa imunocitološko inpobarvanjuzmešanico akridinoranžainetidijevegabromida.Dokazalismo,dajekombinacija sosednje celicestestomMTT. MorfološkespremembevcelicahsmoopazovalinacitospinihpobarvanihpoGiemsi, poracijo zmerjenjemfluorescencepropidijevegajodida,citotoksičnostterapij stestomklonogenostiinučinekna smo določilizimunskimbarvanjeminsekveniranjemgena vanju plazmidneDNK,cisplatinualielektroporacijiterkombinacijamposameznih terapij.Statusendogenegap53 razlikujeta poendogenemstatusup53.Dabipreučilivplivkombiniranegazdravljenja smoceliceizpostavilidelo- z elektrokemoterapijoscisplatinomnapreživetjecelichumanegarakaprostate PC-3inDU145,kisemedseboj pa proteinp53igraključnovlogo.Namenraziskavejebilpreučitivplivelektrogenske terapijes ali plazmidnoDNK(elektrogenskaterapija).Celicesesprocesomapoptozeodzovejo tudinapoškodbeDNKpritem Z elektroporacijovceliceintkivavnašamokemoterapevtike,kotstacisplatin inbleomicin(elektrokemoterapija) Onkološki inštitut,Oddelekzaeksperimentalnoonkologijo, Zaloška 2,SI-1000Ljubljana,Slovenija (electrochemotherapy) orDNA(electrogenetherapy)intothecells Electroporation isanestablishedmethodforthedeliveryeitherofchemotherapeuticdrugscisplatinandbleomycin Slovenia Institute ofOncologyLjubljana,DepartmentExperimentalOncology, Zaloška 2,SI-1000Ljubljana, p53 . Kombinacijaelektrogensketerapijes sinergistično zmanjšala deležpreživelihcelicpriobehvrstah celicrakaprostate,največjiučinekkombinacije Grošel , MajaČemažar, SimonaKranjc,SuzanaMesojednik,GregorTevž, GregorSerša , MajaČemažar,SimonaKranjc,SuzanaMesojednik,GregorTevž, GregorSerša p53 mt ). Transfected cellsexertedbystandereffectandinexposedtotreatmentscombined p53 p53 had synergisticcytotoxiceffectinbothprostaticcarcinomacelllines,whereas in thecelllineswasdeterminedimmunocytochemicallyand p53 p53 p53 alone orcombinedwithelectrochemotherapyusingcisplatinintwo in prostaticcarcinomacellswhereaselectrogenetherapycombi- P53 in elektrokemoterapijescisplatinomje učinkovalaantagonistično V KOMBINACIJI ZELEKTROKEMOTERAPIJO S Genomic Technologies /Genomsketehnologije P53 p53 ALONE ANDINCOMBINATION WITH in vitro , učinkovitostvnosakemoterapevtikovzelektro- and p53 in vivo status. To evaluatecytotoxiceffectof p53 null . p53playscrucialroleindiverse p53 ) celllineandadditive p53 alone hadsynergistic p53 gene sequencing, 151 v kombinaciji

P 29 P 30 pripomore kuspešnejšemuvnosugena zaGFPvtumorzelektroporacijo. vidna 15dni.Zaključimolahko,daspreminjanje zunajceličnegamatriksatumorjevskolagenazoinhialuronidazo ktroporacijo. Negledenavrstotretiranja tumorjevpredvnosomgenazaGFPzelektroporacijo,jebilatransfekcija tumorjev samozenimencimomniizboljšalo učinkovitostitransfekcijevprimerjavizvnosomgenazaGFPele- z elektroporacijo,približno5-kratvišjekot pritumorjihtretiranihsamosposameznimencimom.Predhodno tretiranje morja. IzražanjeproteinaGFPjebilov tumorjih,kismojihtretiralizobemaencimomapredvnosomgenazaGFP celotno področjetumorja.Določilismotudisrednjovrednostintenzitetefluorescence vtransfeciranempodročjutu- mikroskopom. Učinkovitosttransfekcijesmoizrazilikotodstotekpodročjatumorja, kjersejeGFPizražal,gledena ms, 1Hz).IzražanjeproteinaGFPvtumorjihsmodoločali2.,9.in15.danpo transfekcijisstereofluorescentnim protein-GFP (pEGFP-N1)inpo1minutismotumorizpostavili8pravokotnim električnimsunkom(600V/cm,5 z elektroporacijo.Potem smo vtumorvbrizgaliplazmidnoDNK(50μg/50μl),kinosizapiszazelenofluorescirajoči so sokrvnizmišmiC57Bl/6,smovbrizgalikolagenazo24urinhialuronidazo2 uripredvnosomgenskegamateriala na povečanjetransfekcijevtumorjihpovnosugenskegamaterialazelektroporacijo. VpodkožnetumorjeLPB,ki v tumorje.Zatojebilnašnamenugotovitialipredhodnotretiranjetumorjev s kolagenazoinhialuronidazovpliva tosti vnosagenskegamaterialavtumorje.Zunajceličnimatrikstumorjevlahko vplivanaučinkovitostvnosagenov Elektrogenska terapijapredstavljaobetajočnačinzdravljenjaraka,vendarjenjena uporabnostodvisnaodučinkovi- Maja Čemažar TRETIRANJU TUMORJEV SKOLAGENAZO INHIALURONIDAZO ELEKTROPORACIJA POVEČAVNOSPLAZMIDNEDNAVTUMORJELPBPOPREDHODNEM lagenase andhyaluronidasecontributestowardsuccessfulelectrically-assistedGFPdeliveryintothetumours. lasted upto15days.Inconclusion,modificationoftumourextracellularmatrixbytreatmenttumourswithcol- to electrically-assistedGFPdeliveryalone.Regardlessofthetransfectionmethodused,intumours Futhermore, pretreatmentoftumourswithonlyoneenzymedidnotyieldedbettertransfectionefficiencycompared ~ 5-foldincreaseinGFPexpressioncomparedtopre-treatmentoftumourswitheithertheenzymesalone. was alsodetermined.Treatment oftumourswithbothenzymespriortoelectrically-assistedgenedeliverylead of tumourareaexpressingGFPwithregardtothetotalarea.Meanfluorescenceintensitytransfected days post-transfectionusingastereofluorescencemicroscope.Transfection efficiencywasdefinedasthepercentage 8 squarewaveelectricpulses(600V/cm,5ms,1Hz).GFPexpressioninthetumourswasmeasured2,9and15 encoding greenfluorescenceprotein-GFP, wasinjectedintratumorally andafter1minutetumourswereexposedto lagenase 24hand/orhyaluronidase2beforeelectrically-assistedgenedelivery.PlasmidDNA(50μg/50μl), implanted LPBfibrosarcomatumourssyngenictoC57Bl/6miceweretreatedwithintratumouralinjectionofcol- hyaluronidase canleadtoincreaseintransfectionefficiencyofelectrically-assistedgenedelivery.Subcutaneously livery totumours.Therefore,ouraimwasevaluatewhetherpretreatmentoftumourswithcollagenaseor extracellular matrixcouldimpedeeffectivegenede- on effectivedeliveryofgeneticmaterialtotumours.Tumour’s Electrogene therapyrepresentsapromisingwayfortreatmentofcancerbuttheusefulnesssuchdepends 1 1 2 Maja Čemažar COLLAGENASE ANDHYALURONIDASE PRE-TREATMENT OFTUMOURS ENCHANCED ELECTRICALLY ASSISTEDPLASMIDDNADELIVERYTO LPBTUMOURSUSING Genetika 2006 2 IPBS CNRS, UMR5089,205,Route deNarbone,31077Toulouse Cedex,Francija Onkološki inštitut,Zaloška 2,1000Ljubljana,Slovenija IPBS CNRS, UMR 5089,205,Route deNarbonne,31077Toulouse Cedex,France Institute ofOncology, Zaloška 2,SI-1000Ljubljana,Slovenia 152 1 1 , SimonaKranjc , Simona Kranjc 1 1 , MurielGolzio , MurielGolzio 2 2 , Jean-MichelEscroffe , Jean-MichelEscroffe 2 2 , GregorSerša , GregorSerša 1 1 , JustinTeissie , JustinTeissie 2 2 ilustrirali možnemehanizmeodpornostibakterij MAMA- PCRindelomasekvenciranjempomnožkov.Odkrilismovelikoheterogenost sevov,naosnovikaterebomo hibitorjem efluksnečrpalke,fenil-alanin-ß-napftilamidom(PaßN). MutacijesmopotrdilizmetodamiPCR-RFLP, živalskih inhumanihkliničnihizolatovbakterij te somoženrazlogvečkratneodpornostisevovnarazličnaprotimikrobnasredstva. Preiskovali smo35živilskih, polegtegapakodpornostiprispevajomembranskeizlivnečrpalke– v genihGyrApodenotegirazein23SrRNA, odpornost izolatovprotiantibiotikom(1,2).Vzrokodpornostikinolonom inmakrolidomsotočkastemutacije bakterij okužb jehrana,predvsemperutninskomeso.VSlovenijinimamodolgoletnih podatkovoprevalenciinodpornosti bakterjev protifluorokinolonomin/alimakrolidom,kiseuporabljajozazdravljenje kampilobakterioz.Glavnivir Incidenca humanihkampilobakterioznaraščavmnogihrazvitihdeželah,pravtakopatudiodpornostkampilo - Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Oddelekzaživilstvo,Ljubljana,Slovenija The incidenceofhuman 101, 1000Ljubljana,Slovenia University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, DepartmentofFoodScienceandTechnology, Jamnikarjeva efflux systemsthatmayactinsynergywithtargetmutationsor of thegyraseandin23SrRNAgene,respectively.Inaddition,campylobacterspossessCmeABCCmeDEF 2). QuinolonesandmacrolidesresistanceofcampylobactersaremostlyduetotargetmutationsintheGyrAsubunit frequent contaminationofSlovenianpoultrymeatandantibiotic(multi)resistance and antibioticresistanceof The mainsourceofhumaninfectionisfood,particularlypoultrymeat.InSlovenia,thedataaboutprevalence portion ofisolatesresistanttofluoroquinolonesand/ormacrolides,thedrugschoicetreatcampylobacteriosis. Marija JEJUNI MECHANISMS OFERYTHROMYCINANDCIPROFLOXACIN RESISTANCE IN 2. Kurinčič,M.,Berce,I.,Zorman,T., SmoleMožina,S. 1. Zorman,T., SmoleMožina,S. Preferences /Viri: Marija Kurinčič VIROV PROTI ERITROMICINUINCIPROFLOKSACINU MEHANIZMI ODPORNOSTIBAKTERIJ of found amongstrainsandwillbepresentedforillustrationofpossiblemechanismsinvolvedinantibioticresistance genes wereconfirmedwithPCR-RFLP, MAMA-PCRandpartlybysequencing procedures.Highheterogeneitywas Phe-Arg-ß-naphthylamide (PaßN) togetabroaderviewinthemechanismsofstrainresistance.Mutations intarget to erythromycinandciprofloxacinwithstandardizedmicrodilutionmethod,incombinationeffluxpumpinhibitor, strains problem isoverexpressionofeffluxsystem(s),possiblyconferingamultidrugresistencepattern C. jejuni . Westudied35 Kurinčič Campylobacter AND and C. COLI C. coli , BlažMedja,TinaZorman,SonjaSmoleMožina , BlažMedja,TinaZorman,SonjaSmoleMožina . Campylobacter jejuni Campylobacter iz živil,asmoodkrilivelikdeležkontaminiranihvzorcevpiščančjegamesa natrguin FROM DIFFERENTSOURCES Food Technol. Biotechnol Campylobacter infections isincreasinginmanydevelopedcountries,aswellthepro- from foodarenotcollectedroutinely,butweconfirmedpreviously and Food Technol. Biotechnol C. jejuni CAMPYLOBACTER JEJUNI ., 2002;40:177-183. Campylobacter C. coli Genomic Technologies /Genomsketehnologije in food, animalandhumanisolateswithdeterminedMICs C. coli per se na izbranaantibiotika. z mikrodilucijskometodoinvkombinacijiin- ., 2005;43:157-163. to conferantimicrobialresistance.Additional IN C. COLI Campylobacter CAMPYLOBACTER IZ RAZLIČNIH 153 Campylobacter isolates (1,

P 31 P 32 and environmenthealth. will showthegeneexpressionprofileofS.cerevisiaeexposedtotwoclasschemicalswhichcanaffecthuman pathways andmorerecentlytheproteininteractions.Thepresentationwillbeanoverviewoftechnology organism usedasmodelsincethegenomehasbeensequencedandmutantsarecharacterizedwellmetabolic for thedetectionofchemicalstressorsinenvironment.Thebuddingyeast itoring ofenvironmentalstressors.WearecurrentlyperformingDNAMicroarrayanalysistoidentifynewbiomarkers the possibilities,ofearlydetectionenvironmentalstressor,inferredmechanismsactionandtoimprovemon- toxicology isstillatanearlystagebutalreadymanyapplicationshavebeenpublished.Molecularbiomarkersoffer rays areprovidinginsightsintoareassuchastoxicology,pharmacologyandtumorigenesis.TheapplicationtoEco- which hasprogressedrapidlyinthehandsofbiologicalresearchersforassessinggeneexpressionanalysis.Microar- industry andmorerecentlyintheenvironmentalfield.DNAMicroarrayisoneofthesesignificanttechnologies Molecular diagnostictechnologiesplayasignificantroleinthepracticeofmedicine,publichealth,pharmaceutical Joint Research Centre, InstituteforEnvironmentandSustainability, TP300,I-21020Ispra(VA), Italy andT. Minuzzo M.,ScandroglioM. DNA MICROARRAY TECHNOLOGY: APPLICATION TO EC Genetika 2006 Reference: Perspect 114:4-9(2006). Teresa Lettieri.“ 154 Recent applications of DNA Microarray technologytoToxicologyRecent applicationsofDNAMicroarray andEcotoxicology Lettieri OTOXICOLOGY Saccharomyces cerevisiae ” EnvironHealth is oneofthe dročji včloveškemgenomuinstemšedodatno zmanjšalitarčneintervale.Z primerjalno genomikosmopodročjakromosomov, kivsebujejokvantitativnelokuse,primerjalishomolognimipo- comparative genomicsand regions onChr15.Wecombinedanumberofrecentlydevelopedbioinformaticstoolsincludinghaplotypeanalysis, study wastofindcandidategenesandnarrowdownthegeneticintervalscontainingtwomouseobesityQTL strains andtheQTLregiononmouseChr15wasfurthermappedintotwoseparateQTLs.Theaimofpresent 1 maščevja nezaželjenakomponentarastipridomačihživalih.Zanalizokvantitativnih lokusov( Poligene oblikedebelostipredstavljajovednovečjizdravstveniproblemvrazvitemsvetu,polegtegapajenalaganje Mišji modelipredstavljajoučinkovitoorodjezaraziskavepogostihkompleksnih boleznikotjenaprimerdebelost. QTL effectsonseveralmousechromosomes(Chr)inanF QTL inmice,whichcan,turn,predictthelocationsofhumanobesitygenes.Ourpreviousstudiesidentifiedmajor in farmanimals.Quantitativetraitlocus(QTL)analysishasproventobeanefficientmethodformappingobesity of obesitypresentagrowinghealthprobleminthedevelopedworldandalsoanunwantedcomponentgrowth Mouse modelsareapowerfultoolforunderstandingcommoncomplexdiseases,includingobesity.Polygenic forms tatov predvidimomestahomolognihgenovpričloveku.Predhodne raziskavenaF QTL) lahkouspešnokartiramokvantitativnelokuse,kivplivajonanalaganjemaščevja primišihinnaosnovirezul- 2 Zala USINGBIOINFORMATICS TOOLS OF OBESITY POLYGENIC MODEL QTLSONMOUSECHROMOSOME15INTHE FINE GENETICMAPPINGOF 2 1 na nalaganjemaščevjaprilinijahFin L. jemo, dabouporabaomenjenihnovih bioinformacijskih metodolajšalainpospešilaidentifikacijogenov,kivplivajo povezave manjšihSNPblokovzmasami različnihmaščobnihdepojevprištevilnihinbridiranihlinijahmiši.Pričaku- javno dostopneSNP( kartiranje. Zaanalizohaplotipovsmouporabililokacijekvantitativnihlokusov zadebelostizpredhodnihštudijin kombinacijo novejšihbioinformacijskihmetod,meddrugimanalizohaplotipov, primerjalnogenomikoter in zožitigenetskaintervalaomenjenihkvantitativnihlokusovnakromosomu15 primiših.Vraziskavismouporabili natančneje kartiraliinodkrilidvaločenakvantitativnalokusa.Ciljnašeraziskave jebilpoiskatikandidatnegene L ( Zala Prevoršek POLIGENEM MIŠJEMMODELUDEBELOSTIZUPORABOBIOINFORMACIJSKIHMETOD NATANČNEJŠE GENETSKO KARTIRANJE KVANTITATIVNIH LOKUSOVNAKROMOSOMU15PRI celerate identificationofobesitycausinggenesintheFandLlinesfuturestudies. haplotype blocksandfatpadweights.Applicationofthesenewbioinformaticsstrategiesshouldfacilitateac- fat-pad mappingincludinganumberofdifferentinbredmousestrainsidentifiedassociationsbetweensmallSNP human obesityQTLsyntenictomouseChr15furthernarrowedthetargetregions.Inaddition,using available SNPs, includingSNPs forFandL-lines,toperformthehaplotypeanalysis.Comparativegenomicsof The JacksonLaboratory, 600MainSt,BarHarbor, ME04609,USA Domžale, Slovenija Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta vLjubljani,Oddelekzazootehniko, Groblje3,1230 The JacksonLaboratory, 600MainSt,BarHarbor, ME04609,USA Slovenia University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, AnimalScienceDepartment,Groblje3,1230Domžale, lean Prevoršek , suh)sovmišjemgenomupotrdileštevilnekvantitativnelokuse.Področje nakromosomu15sokasneje 1 1 , IoannisM.Stylianou , IoannisM.Stylianou single nucleotidepolymorphism in silico mapping. WehavemouseobesityQTLpositionsfromotherstudiesandpublicly 2 2 in SimonHorvat and SimonHorvat Genomic Technologies /Genomsketehnologije ) podatkovnebaze,kivsebujejotudi SNP linijFinL.S 2 cross betweenthehighfat(F)andlow(L)selected 1 1 in silico 2 kartiranjem smoraziskalimožne populaciji linijF( quantitative traitlocus 155 fat , debel)in in silico in silico ,

P 33 P 34 1 1 rajoči protein(GFP),kodiraneganaplazmidupEGFP-N1,kismogainjicirali vmišico plazmidne DNK.Zadoločitevuspešnostitransfekcijesmoopazovaliizražanjereporterskega genazazelenifluoresci- in njunekombinacije),časovniintervalmedinjiciranjemplazmidneDNK elektroporacijo, terkoličinoinjicirane pulzov (visokonapetostnipulz=HV(600V/cm,100μs)innizkonapetostni pulziLV(20-80V/cm,20-40ms) elektroporacijo. Določalismo3parametre,kivplivajonauspešnosttransfekcije zelektroporacijo:vrstoelektričnih raziskave jebildoločitinajboljoptimalnepogojezauspešnoindolgotrajno transfekcijo vmišjoskeletnomišicoz mišice sonajprimernejšetkivozadolgotrajnoizražanjeinsistemskodistribucijo terapevtskihproteinov.Namen Vnos genovvskeletnemišicezelektroporacijojeučinkovitametodazagensko zdravljenjeinDNKcepiva.Skeletne Gregor Tevž was followedby 100 μs)andlowvoltage(LV:20-80V/cm,20-40ms)pulseswereusedforelectroporation.Transfection efficiency plasmid encodinggreenfluorescentprotein(GFP).Differentsetsofcombinationshighvoltage(HV:600V/cm, well asdifferentplasmidDNAconcentrationweretestedintibialiscranialsmuscleofC57Bl/6miceusing sets ofelectricalparameters,timeintervalbetweenplasmidDNAinjectionandapplicationelectricpulsesas termine optimaltreatmentparametersforsuccessfultransfectionofmurineskeletalmuscle,evaluationdifferent trically-assisted deliveryofplasmidDNAintomurineskeletalmuscleforlongtermexpressionproteins.To de- distribution oftherapeuticproteins.Theaimthisstudywastodeterminetheoptimaltreatmentprotocolforelec- gene therapyandDNAvaccination.Prolonged expressionandsecretionfromskeletalmuscleiscrucialforsystemic Electrically assistedgenedeliverytoskeletalmusclesisanattractiveapproachintwotherapeuticapplications: in DNKcepivih. sotna. Ti rezultatisoosnovazanadaljnjedoločanjeučinkovitosti terapevtskihproteinovprigenskemzdravljenju Izražanje proteinaGFPvmišjiskeletni mišici jebilodolgotrajno,sajbilapo31tednihfluorescencaševednopri- intervalu medinjiciranjemplazmidne DNK inelektroporacijo5s,terkoncentracijiplazmidne30μg/mišico. bila najuspešnejšapriuporabielektričnih pulzov:1HV(600V/cm,100μs)in4LV(80ms),časovnem Poskusi sopotrdil,dajeelektroporacijaučinkovitametodazavnos genovvmišjoskeletnomišico.Transfekcija je programom ImageJindoločilideležobmočja stransfekcijoterpovprečnointenzitetofluorescencevtemobmočju. hkrati patudizdoločanjemfluorescencenazmrzlihrezihizodvzetegatkiva mišice.Zajeteslikesmoanaliziralis C57Bl/6 predelektroporacijo.Izražanjeproteinasmoopazovalizneinvazivno metodosfluorescentnostereolupo, 2 Gregor SUCCESSFUL DNAELECTROTRANSFER INTO MURINESKELETAL MUSCLE Genetika 2006 2 USPEŠNA basis forevaluationoftherapeuticproteinefficiencyingenetherapyandDNAvaccination. long termexpressionofGFP, sincefluorescencewasstillpresent31weeks aftertransfection.Theseresultsarethe μs) and4LV(80V/cm,100ms),timeinterval5splasmidDNAconcentrationof30μg/muscle.Weachieved trically assistedgenedeliveryintoskeletalmuscleofC57Bl/6miceinourexperimentswere1HV(600V/cm,100 is asuccessfulmethodforplasmidDNAtransferintoskeletalmuscle.Theoptimaltreatmentparameterselec- mean fluorescenceintensityforthisareaweredetermined.Thestudyshowedthatelectricallyassistedgenedelivery rescence microscope.ThepictureswereanalyzedusingtheImageJsoftwaretool.Fractionoftransfectedareaand was assessedon24frozentissuesections/muscle1weekaftertheelectrically-assistedgenedeliveryusingfluo- Univerza vLjubljani,Veterinarska fakulteta, Gerbičeva60,SI-1115Ljubljana Onkološki InštitutLjubljana,Oddelekzaeksperimentalnoonkologijo, Zaloška cesta2,SI-1000Ljubljana University ofLjubljana,Veterinary Faculty, Gerbičeva60,SI-1115Ljubljana Institute ofOncologyLjubljana,DepartmentExperimentalOncology, Zaloška cesta2,SI-1000Ljubljana Tevž 156 1 1 IN VIVO , DarjaPavlin , DarjaPavlin in vivo TRANSFEKCIJA GENOVZELEKTROPORACIJOVMIŠJOSKELETNOMIŠICO imaging systemusingfluorescencestereomicroscope.Inaddition,transfectionefficiency 2 2 , MajaČemažar , MajaČemažar 1 1 , SuzanaMesojednik , SuzanaMesojednik 1 1 , SimonaKranjc , SimonaKranjc 1 1 , Alenka Grošel lnaGrošel , Alenka tibialis cranialis 1 1 , GregorSerša , GregorSerša pri miškah 1 1 BIOINFORMATICS BIOINFORMATIKA P 35 nadaljnjih pripustih. vrednotenju ovcChurraGalegaBragançana, posebnovprvihdvehtretjinahlaktacije,kosesprejemaodločitevo gresije zamodeliranjepermanentnega okoljainaditivnegagenetskegavplivanakazujeprednostprigenetskem %(DMY)protinič.Uporabanaključnere- %(AMY)oz.32,5 %(MMY),22,3 dan)zmanjševaleod42,4 (150. dnevalaktacijeprotikoncu %zaMMY. HeritabiliteteocenjenezRRMsoseod30. % zaAMYdo8,2 2,9 in direktniaditivnigenetskivplivobravnavani kotnaključnivplivi.OceneheritabilitetepoFRMsobilenizke,od in številorojenihjagnjetkotsistematskavpliva,medtemkosobilitrop-kontrolni-dan, permanentnookoljeovce metode REML,kotjevgrajenavprogramuVCE-5.Statističnimodelisovsebovali linearnoregresijozastadijlaktacije uporabili ortogonalneLegendrovepolinomereda1.Pri ocenjevanjukomponent(ko)variance smoseposlužili s sistematskoregresijo(FRM)smoprimerjalizmodelomživalivključenonaključno regresijo(RRM),pričemersmo živali.Enostavnimodelživali g.Podatki oporeklusozajemali 5494 ginzaDMY415,4 g,zaAMY198,3 217,1 dnevulaktacijesmoizločili.Povprečna količinamlekajebila zaMMY mleka (DMY).Zapisepred30.inpo150. iz prvelaktacije,smouporabilivanalizijutranje(MMY),popoldanske(AMY) indnevnekoličinenamolženega dan ovcpasmeChurraGalegaBragançana.Podatke, kisoobsegali10700meritevnakontrolnidanod3096ovc Cilj raziskavejebilaprimerjavarazličnihmodelovpriocenigenetskihparametrov zakoličinomlekanakontrolni 1 Vasco AugustoPilão Cadavez NAKLJUČNO REGRESIJO PRVE LAKTACIJE OVCPASME CHURRAGALEGABRAGANÇANAZMODELOMŽIVALI Z OCENA GENETSKIHPARAMETROV ZAMERITVE KOLIČINE MLEKA NAKONTROLNI DAN IZ ewes, especiallyfromthefirsttwothirdsoflactationwhendecisiononmatinghastobetaken. to modeladditivegeneticandpermanentenvironmentaleffectsforevaluationinChurraGalegaBragançana days).Thereisapotentialforusing randomregression daystoclosezeroattheendoflactation(150 at 30 for MMY. HeritabilityestimatesfromRRMforMMY, AMY, andDMYdecreasedfrom42.4%,22.3%,32.5% genetic effectweretreatedasrandom.EstimatesofheritabilityfromFRMlow,2.9%forAMYto8.2% number oflambsbornasfixedeffects,whileflock-test-day,permanentenvironmentaewe,anddirectadditive for estimationof(co)variancecomponents.Statisticalmodelscontainedlinearregressionondaysinmilkand gendre polynomialsoforder1wereused.TheREMLmethodasimplementedintheVCE-5programmewasapplied regression animalmodel(FRM)wascomparedtorandommodels(RRM),whereorthogonalLe- animals.Simplefixed gforMMY, AMY, andDMY, respectively.Pedigree filecontained5494 g,and415.4 198.3 g, milkyieldwas217.1 daysinmilkweredischarged.Average yield (DMY).Recordsbefore30andafter150 eweswereusedinanalysesofmorningmilkyield(MMY),afternoon(AMY),anddaily of 3096 test-daymeasurementsfromthefirstlactation records inChurraGalegaBragançanaewes.Datacomprising10700 The objectiveofthestudywastocomparedifferentmodelsinestimationgeneticparametersfortest-daymilk 1 2 Vasco AugustoPilão MODEL LACTATION CHURRAGALEGABRAGANÇANAEWESUSINGRANDOMREGRESSIONANIMAL ESTIMATION OFGENETICPARAMETERS FORTEST-DAY MILKRECORDSOFTHEFIRST Genetika 2006 2 Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Oddelekzazootehniko, Groblje3,1230Domžale,Slovenija Agrarian SuperiorSchoolofBragança,Polytechnic InstituteofBragança,Portugal Slovenia University inLjubljana,Biotechnicalfaculty, ZootechnicalDepartment,Groblje3,1230Domžale, Agrarian SuperiorSchoolofBragança,Polytechnic InstituteofBragança,Portugal 158 Cadavez 1 1 , ŠpelaMalovrh , ŠpelaMalovrh 2 2 , MilenaKovač , MilenaKovač 2 2 rejcem inračunalniškimcentrom. metrov populacijeobposameznihkritičnih točkah.Izdelalismoaplikacije,kiomogočajoizmenjavopodatkovmed podatkov inuravnavanjuremonta.Predlogi temeljijonapodlagistatistikečredealistandardov,ki soposledicapara- nik omejiizboropazovanihživali.Spremljanjeindividualneproizvodnosti jenamenjenopreverjanjutočnosti časovnega obdobjainostalihfaktorjevkotsogenotip,rejec,lokacija,zaporedna kotitev,ipd.,sčimerlahkouporab- ali padobidodatnopodporoprisprejemusvojihodločitev.Napregledovalnikih inanalizahjeomogočenizbor v reji,kotsozapozneliizididogodkov,podaljšanaobdobja,majhnavelikost gnezda,velikdeležpregonitevipd., in reševanjeproblemovvrejiipd.Sspremljanjemdoločenihskupinaliposameznih živalilahkorejeczaznaprobleme uravnavanje starostneterpasemskestrukturečrede,načrtovanjeprireje(obnova, pripusti,kotitve…),kontrolo posameznih skupinživaliinspremljanjeindividualneproizvodnosti.Spremljanje proizvodnostičredevključuje uravnavanje reje.Lahkojihrazdelimonatritipe:spremljanjeproizvodnosti črede,ocenjevanjeučinkovitosti pospeši tokpodatkov.Razvilismopregledovalnikeinanalize,skaterimirejec pridobiinformacijepotrebneza pregled podatkov.Vnospodatkovprekovnosnihokenpotekaprirejcu,sčimer sezmanjšapogostostnapakin formacijske analize,normalizacijepodatkovnezbirke,zajemapodatkov(vnosinprenos)izdelaveorodijza proizvodnih sistemih.Uporabilismometodologijosistemskeanalize,kijesestavljenaizštirihvečjihsklopov:in- podatkovne zbirkesmovzpostavilinapodlagiinformacij,kijihzbirajorejciprašičev,konjevinkuncevvrazličnih Namen raziskaveje,znotrajinformacijskegasistema,razvitiprogramskoopremozauravnavanjereje.Strukturo Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Oddelekzazootehniko, Domžale,Slovenija Janja Urankar, Darja HERD MANAGEMENTANDINFORMATION SYSTEM Janja Urankar, DarjaČopSedminek INFORMACIJSKI SISTEMPRIURAVNAVANJU ČREDE built intosubmitdataorreceivethemfrompartnersthecomputingcenter. the basisofherdstatisticsorstandardsbasedonpopulationparametersatanycriticalpoint.Dataexchangewas evaluated tocheckthedataconsistencyandregulatereplacementofbreedingstock.Suggestionsaredoneon like genotype,origin,location,parity,etc.,theusercannarrowdowngroup.Individualperformancebe delayed events,prolongedproductionphase,smalllittersize,etc.Bydefiningtimeperiodandsomeothervariables phase, origin,age,timeperiod,etc.Theyweremeanttosupportregularactivitiesordetectcertainproblemslike on grouporanimallevel,respectively.Groupactivitieswereadjustedtotreatmentofanimalsclassifiedbyproduction supporting decisionmaking,etc.Groupandindividualcontrolcanbeusedtodetectproblemsorsupportdecisions summarize individualperformance.Herdactivitiesincludemonitoringofherdstructure,planningvariousactivities, retrieve informationusedformonitoringherdproduction,evaluatingefficiencyofcertaingroupsanimalsorto collection oninputformswasintroducedfamilyfarms.Threetypesofbrowsersweredevelopedinorderto data collection,browsing,andanalyses.To avoidmistakesandtospeeduptheinformationflow, directdata performed infoursteps:informationanalysis,normalizationofdatabasestructure,andsoftwaredevelopmentfor was derivedoninformationretrievedfromvariouspig,horse,andrabbitproductionsystems.Asystemanalysis The mainobjectivewastodevelopsoftwareforherdmanagementwithintheinformationsystem.Databasestructure University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, ZootechnicalDepartment,Domžale,Slovenia Čop Sedminek , SonjaVahen, ŠpelaMalovrh,MilenaKovač , SonjaVahen, ŠpelaMalovrh,MilenaKovač Bioinformatics /Bioinformatika Bioinformatics 159

P 36 P 37 D- thedifferencebetweensexeswasdecreasingalonggenerations.In31 SD wasnotchanging.InD-line,thequadraticregressionused.Maleshadlargerinbothlines,butline gpergeneration,whereasinmales (SD) ofD+linewaslinearlydecreasingalonggenerations-2.28±0.78 ents. Bodyweightwaschangingalonggenerationssimilarinmalesandfemales.Infemales,selectiondifferential heritability wasdefinedasratioofthesingle-generationprogressselectiontodifferentialpar- mean. SelectionresponsewascalculatedasdifferenceofleastsquaremeansbetweenD-andD+lines.Realized group nestedwithingenerationasrandomeffect.Bodyweightofeachwasshownleastsquare model includedfixedeffectswithclasses:generation,sex,interactionbetweengenerationandthehatching line oftheSlovenianprovenancePrelux-bro. Geneticparameterswerecomparedbetweensexesandlines.Statistical low (D-line)bodyweightat56 The objectiveofthisstudywaspresentingtheresponseselectionover31generationsforhigh(D+line)and University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, ZootechnicalDepartment,Groblje3,1230Domžale,Slovenia Flisar T GENETIC PARAMETERS FORBODY WEIGHTINDIVERGENTLY SELECTEDLINESOFCHICKENS Genetika 2006 ± 0.011,zaD-linijo0.1610.012,jarkicevD+liniji0.1940.022 in0.370±0.026zaD-. g.Pri petelinčkihlinijeD+ je realiziranaheritabilitetazatelesnomaso0.090 je v31.generacijahznašal2011 večji pripetelinčkih,vendarsejeD-linijirazlikamedspolomazgeneracijami zmanjševala.Selekcijskiučinek pa seSDniznačilnospreminjal.Pri linijiD-jebiluspešnejšimodelskvadratnoregresijo.Pri obehlinijahjebilSD diferencial (SD)linijeD+jezgeneracijamilinearnopadal,prijarkicah-2.28 ±0.78g/generacijo,pripetelinčkih diferencial. Trend spreminjanjatelesnemasezgeneracijamijebilpripetelinčkihinjarkicahpodoben. Selekcijski tabiliteto smoizračunalikotregresijosrednjihvrednosti,ocenjenihpometodi najmanjšihkvadratov,naselekcijski prikazali kotrazlikomedocenjenimisrednjimivrednostmitelesnihmasD+ linijeterD-linije.Realiziranoheri- smo prikazalikotocenjenesrednjevrednostipometodinajmanjšihkvadratov. Učinekdvosmerneselekcijesmo valjenja, ugnezdeneznotrajpripadajočegeneracijekotnaključnivpliv.Telesno masopiščancevvdoločenigeneraciji vključili sistematskevpliveznivoji:generacijo,spolživali,interakcijomedgeneracijoinspolomtervplivskupine očetovski liniji(D)prelux-bro.Genetskeparametresmoprimerjalimedspolomainlinijama.Vstatističnimodel D+) inmanjšo(linijaD-)telesnomasopri56.dnevustarosti.Selekcijskipoizkussmopričelileta1979na Namen prispevkajeprikazspreminjanjaučinkaselekcijeskozi31generacijpiščancev,selekcioniranihnavečjo(linija Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Oddelekzazootehniko, Groblje3,1230Domžale,Slovenija Flisar Tina KOKOŠI GENETSKI PARAMETRI ZATELESNOMASOPRIDVOSMERNO SELEKCIONIRANIH LINIJAH line D-formales,and0.194±0.022inD+,0.3700.026females. g.Realizedheritabilityforbodyweightwas0.090±0.011inlineD+,0.1610.012 amounted 2011 ina 160 , Kovač Milena,Terčič Dušan,HolcmanAntonija , Kovač Milena,Terčič Dušan,HolcmanAntonija th day ofage.Selectionexperimentstartedin1979fromacommercialheavysire st generation theselectionresponse 1 1 neticsPed. predstavili projektR Genetics,splošenpregledpodatkovnih struktur,značilnostiinmetodzaporekla vpaketuGe- projekta RGeneticssodoseglizadostno stopnjorazvojazapredstavitevskupnosti.Vokvirupredstavitvebomo ju potrebnoprenašatipodatkemedštevilnimi programiinjihpretvarjativrazličneformate.Osnovnipaketiokviru Pričakujemo, dabotoolajšaloravnanjeinanalizogenetskih podatkov.SedajjenamrečtakoizvenkottudivR- in enostavnejširazvojpaketovznjihovimi metodamihkratipaohranilazmožnostenostavnegaprenosapodatkov. učinkovito shranjevanjeinenostavnoravnanje spodatki.Ta osnova boomogočilarazvijalcemprogramovhitrejši gramskem jezikuinokoljuzaanalizo podatkov ingrafiko.Namenprojektajenajprejrazvitiosnovnostrukturoza markerji kakortudivelikesetepodatkovgenomskihštudijzvečstotisočmarkerji. Projekt temelji naR-ju,pro- analizo genetskihpodatkov.Podpora zajematakomajhnesetepodatkovštudijkandidatnihgenovzlenekaj R Geneticsjeodprtokodniprojektznamenomrazvojacelotnegasetaorodij za shranjevanje,dostop,ravnanjein Chasalow S. D. BIOCONDUCTOR ZAGENETIKOPROJEKT RGENETICS: package GeneticsPed. Genetics project,andprovideanoutlineofthedatastructures,featuresmethodsforpedigreewithin Genetics packageshavereachedsufficientmaturityforintroductiontothecommunity.ThistalkwilldescribeR rently movedatabetweennumerousprogrampackagesandformatsoutsideaswellinsideR.ThecoreR taining interoperability.Thiswillreducetheburdenonbothapplieddataanalysisanddevelopers,asonemustcur- allow developersofmethodstoquicklyandeasilydeveloppackagesimplementingtheirowntechniques,whilemain- dation ofefficientdatastructuresandmanipulationfunctionsthatareeasytouse.Weintendthisfoundation upon R,alanguageandenvironmentforstatisticalcomputinggraphics.Theinitialgoalistoprovidefoun- ers tolargescalewholegenomestudiescontaininghundredsofthousandsmarkers.Theprojectisbeingdeveloped manipulating, andanalysinggeneticdata,fromsmallscalecandidategenestudiesconsistingofafewmark- The RGeneticsProject isanopen-sourcecollaborativeefforttodevelopacompletesetoftoolsforstoring,accessing, 3 2 Chasalow S. D. THE RGENETICSPROJECT: BIOCONDUCTOR FORGENETICS 8 7 6 5 4 3 2 8 7 6 5 4 M. M. University ofRochester Imperial College,DepartmentofMathematics Harvard University, ChanningLaboratory Insightful, Inc. Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Jamnikarjeva 101,1000Ljubljana,Slovenija Statistical Applications,Pfizer, Inc. University ofChicago Bristol-Myers Squibb University ofRochester Imperial College,DepartmentofMathematics Harvard University, ChanningLaboratory Insightful, Inc. University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, Jamnikarjeva 101,1000Ljubljana,Slovenia Statistical Applications,Pfizer, Inc. University ofChicago Bristol-Myers Squibb 5 5 , QuiW. , QuiW. 6 6 , Warnes G. , Warnes G. 1 1 , ChengJ. , ChengJ. 8 8 2 2 , JainN. , JainN. 3 3 , GorjancG. , GorjancG. 4 4 , Henderson A. D., HendersonA. , Henderson A. D., HendersonA. 5 5 , LazarusR. , LazarusR. Bioinformatics /Bioinformatika Bioinformatics 6 6 , MontanaG. , MontanaG. 161 7 7 , O’Connell , O’Connell

P 38 P 39 v povprečneminodstopajočihokoljih(0,89 inveč).Križanjereakcijskihnormzamlekojemanjizrazito. IGxE vpreučevanipopulaciji.To jetudivskladuzdobljenimirangi korelacijemednapovedmilastnostipotomcev menljivke okolja.Prihaja doizrazitegakrižanjareakcijskih normzabeljakovineinmaščobo,karnakazujeprisotnost prireje. Heritabilitetajenajnižjavokoljih, kisozaenostandardnodeviacijonižjeodpovprečjaanaliziranespre- okoljem. Heritabiliteta,kotfunkcijaokolja,segibljeod0,20do0,25spodobno oblikoprivsehtrehlastnostih za prirejomleka,0,72beljakovinein0,67mleko.Okoliškavarianca naraščaskorajlinearnozboljšim leto zaposameznolastnost.Dobljeneocenegenetskihkorelacijmednivojem in nagibomreakcijskenormeso0,65 mleka, beljakovininmaščobev305dnehlaktacije.Kotspremenljivkaokolja jebilovključenopovprečječreda- laktacij), potomk179očetov.Po očetujebilovključenihnajmanj50opazovanj.Preučevane lastnostisoprireja opazovanj hčeraznotrajočetovnaokoljevčredi.Vključenesobileprvado tretjalaktacija49947krav(85515 raziskavi jebiluporabljenlinearnimodelznaključnoregresijoinheterogenimi variancamizaostanekterregresijo kot funkcijookolja.Pogosto seuporabljakotregresijalastnostigenotipavrazličnihokoljihnaokoljskigradient.V pasmi zuporaboreakcijskenorme.Reakcijskanormaprikazujefenotipskoekspresijo genotipavrazličnihokoljih Namen raziskavejebilizvrednotitiinterakcijogenotipokolje(IGxE)zalastnosti mlečnostiprislovenskičrno-beli 1 Betka Logar PASMI ZUPORABOREAKCIJSKE NORME VREDNOTENJE INTERAKCIJE GENOTIP OKOLJE ZALASTNOSTIMLEČNOSTIPRIČRNO-BELI tinctive. in averageanddeviatingenvironments(higherthan0.89).Formilkyield,crossingofreactionnormswaslessdis- in populationanalyzed.Thatisagreementwithestimatedrankcorrelationsbetweenpredictedoffspringperformances ables analyzed.Distinctivecrossingofsire’sreactionnormsforproteinandfatproductionoccurred,indicatingGxEI lowest heritabilitywasfoundintheenvironmentsonestandarddeviationbelowaverageofenvironmentalvari- as afunctionoftheproductionenvironmentrangedfrom0.20to0.25withsimilarshapeforallyieldtraits.The Residual variancesincreasedapproximatelylinearlywithincreasingvalueoftheherdenvironment.Theheritabilities between levelandslopeofreactionnormswere0.65,0.720.67formilk,proteinfatyield,respectively. fat andproteinyield.Theenvironmentalvaluewastheherd-yearaverageofeachtrait.Estimatedcorrelation of sireswithatleast50observationdaughterswereincluded.Thephenotypicmeasures305daysmilk, used. Atotalof85515firsttothirdlactationrecords49947cowswereinthedata.Onlyoffspring mental variancesandregressionofphenotypicobservationsdaughterswithinsireonherdenvironmentwas ronmental gradientisusuallyused.Inthestudy,alinearrandomregressionmodelwithheterogeneousenviron- is describedasafunctionofenvironment.Theregressiongenotypeperformanceineachenvironmentonenvi- Holstein cattleusingreactionnorm.Inthismodelthephenotypicexpressionofgenotypeindifferentenvironments The objectiveofthestudywastoevaluategenotypebyenvironmentinteraction(GxEI)foryieldtraitsinSlovenian 1 2 Betka CATTLE USINGREACTIONNORMS GENOTYPE BYENVIRONMENT INTERACTIONFORYIELDTRAITSINSLOVENIANHOLSTEIN Genetika 2006 2 Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Odd.zazootehniko, Domžale,Slovenija Kmetijski inštitutSlovenije,Oddelekzaživinorejo,Ljubljana,Slovenija University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, ZootechnicalDepartment,Domžale,Slovenia Agricultural InstituteofSlovenia,AnimalScienceDepartment,Ljubljana,Slovenia Logar 162 1 1 , ŠpelaMalovrh , ŠpelaMalovrh 2 2 , MilenaKovač , MilenaKovač 2 2 strukturnih motivovz 1 1 LRR razred.Analizezaporedijkloniranih med RGAhmeljaz sercije/delecije intočkovnemutacije.Zanalizoiskanjamotivovsmopotrdili visokostopnjoohranjenostimotivov rekombinacijo in/alineenakimprekrižanjemhomolognihkromosomov.AnalizeRGAzaporedijhmeljakažejonain- fikacije, zaporedjazvečjimštevilomrazličnihmotivovpasoverjetnonastala zdrugiminačinipreureditve, zaporedja serazlikujejolevenemgenskemsegmentukotposledicaenostavnih duplikacijinposledičnediverzi- NBS-LRR razredgenovprirazličnihrastlinskihvrstah,tristrukturnemotivepasmo detektiralileprihmelju.Nekatera motivov lahkoRGAzaporedjahmeljarazdelimov9skupin.Pet motivovjeznačilnihzaCC-NBS-LRRinštirjeTIR- drugih rastlinskihvrstah,smoizvedlianalizoMEME(BaileyandGribskov,1998). Napodlagivzorcev15različnih analognih sekvencahRgenovhmelja(RGA)cv.WyeTarget indivjeakcesije2/1zRgeniRGAsekvencamipri delimo nadvamanjšarazreda,vCC-NBS-LRRinTIR-NBS-LRRrazred.Znamenom odkrivanjamotivovpri86 Večina kloniranihgenovzaodpornostprotiškodljivimorganizmom( vealed commonstructuralmotifstowhich funghi, bacteriaandnematodes.Thesequenceanalysisofcloned The majorityofisolatedplantresistancegenescodeforproteinsNBS-LRRclassthatprovidetoviruses, Kozjak P. ORGANIZMOM PRI HMELJU STRUKTURNI MOTIVI ANALOGOVGENOVZAODPORNOSTPROTI ŠKODLJIVIM family members. species, withthehighestsequenceandstructuralsimilarityofRGAhopsequences 2 Kozjak P. LUPULUS STRUCTURAL MOTIFS OFDISEASERESISTANCE GENEANALOGSFROMHOP 2 analysis confirmedhighdegreeofmotifconservationamonghopRGAs, crossing-over. SequenceanalysisofhopRGAssuggestedinsertions/deletionsandpointmutations.Themotifsearch with moredivergedmotifsothertypesofrearrangementmayalsohaveoccuredsuchasrecombinationorunequal in singlegenesegmentswhereasimpleduplicationandsubsequentdivergencemaybeinvolved,whileatsequences LRR geneclassindifferentplantspecies,whilethreemotifsweredetectedonlyhop.Somesequencesarediffering quences canbeassignedto9distinctgroups.FivemotifsarecharacteristicforCC-NBS-LRRandfourTIR-NBS- topatternsof15differentmotifs,RGAhopse- analysis wascarriedout(BaileyandGribskov,1998).According cv. WyeTarget andwildhopaccession2/1with NBS-LRR. Inordertodiscovercommonaminoacidmotifsof86resistancegeneanalogsequences(RGAs)fromhop Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Jamnikarjeva 101,1000Ljubljana,Slovenija Kmetijski inštitutSlovenije,Hacquetova17,1000Ljubljana,Slovenija University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, Jamnikarjeva 101,Ljubljana,Slovenia Agricultural InstituteofSlovenia,Hacquetova17,1000Ljubljana,Slovenia 1 1 , JavornikB. , JavornikB. L. R R geni aliRGAzaporedjipridrugihrastlinskihvrstah,znajvečjopodobnostjo zaporedijin geni predstavnikovdružine 2 2 HUMULUS LUPULUSL. R genov odkrivajoštevilneskupnestrukturnemotive,napodlagičesarjih R genes aredividedtotwodifferentsubclasses,TIR-NBS-LRRandCC- R Solanaceae genes andRGAsequencesfromotherplantspecies,MEME . R genes fromabroadrangeofplantspeciesre- R genov) kodiraproteine,kispadajovNBS- R Bioinformatics /Bioinformatika Bioinformatics genes andRGAsfromdifferentplant R genes of 163 HUMULUS Solanaceae

P 40 P 41 RM inML0,64. 0,23, 0,35,0,29in0,23.GenetskekorelacijemedRMMZterMSsobile 0,43,medRMinMK0,65 vključen vmodelezavselastnostikotnaključnivpliv.Ocenjeneheritabilitete RM,MZ,MS,MKinMLsobile0,62, bila kotlinearnaregresijavključenavmodelezapripadajočetelesnemase.Direktniaditivnigenetskivplivjebil za vselastnostirazenvmodelrojstnomaso.Starostteletnasrediniinkoncupašeterobenemletupaje modele zavseproučevanelastnosti.Starostteletnazačetkupašejebilakotlinearnaregresijavključenav so bileocenjenezmetodoREMLvVCE-5paketu.Vplivspola,zaporednetelitveinletarojstvabilivključeni 2005. Podatki oporeklusovključevalistaršeinstarestarše,skupaj377živali.Komponentevarianc kovarianc telic), rejenihnaPedagoško raziskovalnemcentruzaživinorejovLogatcu.Teleta sobilarojenavletihod1995do paše (MK)terobstarostienegaleta(ML).Podatki sobilizbranina319teletihšarolepasme(171bikov in148 Analizirani sobiligenetskiparametrizarojstnomaso(RM),telesnonazačetku(MZ),sredini(MS)inkoncu Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Oddelekzazootehniko, Groblje3,Domžale,Slovenija Mojca Simčič GENETSKI PARAMETRI ZATELESNOMASOPRITELETIHŠAROLEPASME BW andWBWMwere0.43,betweenWEitwas0.65WY0.64. for BW,WB,WM,WEandWYwere0.62,0.23,0.35,0.29respectively.Geneticcorrelationsbetween weights. Directadditivegeneticeffectwasincludedinmodelsforalltraitsasrandomeffect.Estimatedheritabilities end ofgrazingseason,andageatoneyearwereincludedaslinearregressioninthemodelsforcorresponding included aslinearregressioninmodelsforalltraitsexceptthebirthweight.Ageofcalvesmiddle,at parity andyearofbirthwereincludedinmodelsforalltraits.Agecalvesatthebeginninggrazingseasonwas Variance andcovariancecomponentswereestimatedbyREMLmethodintheVCE-5package.Theeffectsofsex, were borninyears1995–2005.Pedigree dataincluded parentsandgrandparents,together377animals. (171 bullsand148heifers)rearedonEducationalResearchAnimalHusbandryCentreLogatec(Slovenia).Calves season (WE),andweightattheageofoneyear(WY)wereanalysed.Datacollectedon319Charolaiscalves Genetic parametersforbirthweight(BW),atthebeginning(WB),inmiddle(WM),endofgrazing University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, ZootehnicalDepartment,Groblje3,Domžale,Slovenia Mojca GENETIC PARAMETERS FORGROWTHOFCHAROLAISCALVES Genetika 2006 Simčič 164 , ŠpelaMalovrh,Marko Čepon , ŠpelaMalovrh,Marko Čepon 0,20 ±0,002and0,180,003. vpliva. Ocenjeneheritabilitetezadnevnokoličinomleka,vsebnostmaščobe in beljakovinsobile0,27±0,003, za laktacijskokrivuljo.Direktniaditivnigenetskivplivinpermanentnookolje smovključilivmodelkotnaključna z nivoji:pasmo,zaporednolaktacijo,regijoinsezonotelitve.Danlaktacije je opisanzAli-Schaefferjevofunkcijo so bileocenjenezmetodoREMLvVCE-5programskempaketu.Vstatističnimodel smovključilisistematskevplive (SD 0,42%)zabeljakovine.Preverili smokakovostpodatkovvstatističnemprogramuSAS.Komponente varianc 16,2kg standardnimodklonom5,9kg,povprečnavsebnostjeznašala4,11% (SD0,73%)zamaščoboin3,49% stočarskega centra.Vporeklojebilovključeni58655živali.Povprečna količinamlekanakontrolnidanjebila 333189 dnevnihmeritevpri26095kravah,rojenihmedletoma1992in2002izcentralnebazeHrvaškega beljakovin nakontrolnidanprilisastiinčrno-belipasmigovedaHrvaškem.Vanalizosmovključilipodatke Namen tegaprispevkajevrednotenjegenetskihparametrovzadnevnokoličinomleka,vsebnostmaščobein Marija Špehar PRI KRAVAH NAHRVAŠKEM VREDNOTENJE GENETSKIHPARAMETROV ZALASTNOSTIMLEČNOSTINAKONTROLNI DAN 0.27 ±0.003,0.200.002and0.18respectively. in themodelasrandomeffects.Theestimatedheritabilitiesfordailymilkyield,fatandproteincomponentwere Ali-Schaeffer functionforlactationcurve.Directadditivegeneticeffectandpermanentenvironmentwereincluded fixed effectswithclasses:breed,parity,regionandcalvingseason.Daysinmilk(DIM)wasfittedthemodelusing by REMLasimplementedintheVCE-5programpackage.Statisticalmodelwasdeterminedwithfollowing Editing ofdatawasperformedwithaprogramwritteninSASenvironment.Variance componentswereestimated viation of5.9kgandtheaveragecontentswere4.11%(SD0.73%)forfat3.49%0.42%)protein. were atotalof58655animalsincludedintopedigree.Theaveragedailymilkyieldwas16.2kgwithstandardde- 26095 cowsbornbetween1992and2002takenfromthecentraldatabaseofCroatianLivestockCentre.There test dayrecordsforSimmentalandHolstein-FriesiancattleinCroatia.Dataconsistedof333189daily The objectiveofthispaperwasestimationgeneticparametersfordailymilkyield,fatandproteincontentfrom 2 Marija RECORDS INCROATIA ESTIMATION OFGENETICPARAMETERS FORMILKTRAITSINCATTLE USINGTESTDAY 2 1 1 Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Oddelekzazootehniko, Groblje3,1230Domžale,Slovenija Hrvatski stočarskicentar, Zagreb,Hrvatska Slovenia University inLjubljana,Biotechnicalfaculty, Zootechnicaldepartment,Groblje3,1230Domžale, Croatian StockbreedingCenter, Zagreb, Croatia Špehar 1 1 , ŠpelaMalovrh , ŠpelaMalovrh 2 2 , Vesna Bulić , Vesna Bulić 1 1 , MajaDražić , MajaDražić 1 1 , MilenaKovač , MilenaKovač Bioinformatics /Bioinformatika Bioinformatics 2 2 165

P 42

BIOTECHNOLOGY BIOTEHNOLOGIJA P 43 bovinega odgovoren zaalelno-specifičnoizražanjegena so vsebovaliBalelnoobliko.Upamo,dabomozmutagenezouspelidoločiti polimorfizem,kijevnajvečjimeri alelno obliko3’neprevedeneregije.Opazilismo,dajebiloizražanjedva-do trikratmočnejšeprikonstruktih,ki to hipotezo,smopripraviliosemrazličnihkonstruktov,kisovsebovalirazlične delepromotorjevterAoziromaB se nahajajoštevilnialelno-specifičnipolimorfizmi,kibilahkopomembnovplivali naizražanjegena.Dabipotrdili Razlike so opazili tako na ravni mRNA, kot tudinabeljakovinskiravni.V3+neprevedeniregijigenaza Razlike soopazilitakonaravnimRNA, obliki found in3'untranslatedregionof konstruktih s Polona Frajman Polona κ REGULATION OFBOVINE Genetika 2006 ( casein genepromoter-containingpGL3vectorconstruct.Itwasobservedthatthemostcommon URAVNAVANJE IZRAŽANJAGENAZA lengths of pression. WeconstructedeightpGL3reportervectorconstructs,containingvarietyofcombinationswithdifferent konstrukti vpGL3plazmidu,kisovsebovalirazličnedolžinepromotorjagena za Naredili smoniztransfekcijskihpoizkusovnarazličnihceličnihlinijah(BME, HC11,CaCO2,COS7)zvektorskimi of (BME, HC11,CaCO2,COS7)byemployingpGL3luciferasereportervectorconstructs,containingdifferentlengths usmerjeno zlastivdoločanjenajpomembnejših regulatornihregij,kivplivajonaizražanje ki bijihlahkouporabilizaselekcijomlečnihpasemgoveda,zasnovanonaosnovimarkerjev.Našedelojebilo mleka. Zdoločitvijoodločilnihmest,kiuravnavajoizražanjekazeinskihgenov,biprišlidopomembnihinformacij, Molekularna osnovauravnavanjaizražanjakazeinskihgenovjenadvsepomembnazanapredekvproizvodnji Univerza vLjubljani,Biotehniška fakulteta, Oddelekzazootehniko, 1230Domžale,Slovenija for allelespecificexpressionofbovine hope thatmutagenesisexperimentswillfinallyhelpusdefine,whichpolymorphismin3’UTRisofgreaterimportance times higherexpressionwasobservedwhenusingconstructscontainingB-genotypespecificvariantof3’UTR.We bovine formation formarkerassistedselectionindairycattle.Theinterestofourworkwaspredominantlyregulation duction. Identificationofcrucialregulatoryregionsgoverningcaseingeneexpressionwouldprovidevaluablein- Molecular basisoftheregulationcaseingeneexpressionisgreatinterestforadvancementmilkpro- University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, DepartmentofAnimalScience,1230Domžale,Slovenia κ -casein Aand -casein AB).DifferenceswereobservedonmRNAandalsoproteinlevels.Numerousallele-specificpolymorphisms κ -casein genepromoter.Expressionof κ κ -kazeina prigovedu,oblikaAinB,heterozigotnihživalih(AB)sintetizirata vrazličnihkoličinah. Frajman -casein gene expression. At first,weperformedseriesofcelltransfectionstudiesondifferentlines -casein geneexpression.At β κ -kazeinskega promotorja.Ugotovljenojebilo,dasevmlečnižlezimedlaktacijo najpogostejšialelni 168 -casein genepromoterfragmentsandA-orB-genotypevariantof κ -kazeinskim promotorjemsmoprimerjalizizražanjemluciferazeprikonstruktu, kijevsebovaldel κ -casein B,aresynthesizeddifferentiallyinthelactatingmammaryglandofheterozygousanimals , Peter Dovč , Peter Dovč κ -CASEIN GENEEXPRESSION -CASEIN κ -casein geneleadustoassumptionthattheymayinfluenceallelespecificex- κ -casein gene. κ -casein promoterconstructswascomparedtoexpressionofbovine κ -KAZEIN PRIGOVEDU κ -kazein prigovedu. κ -casein gene3’UTR.Two tothree κ -kazein. Izražanjeluciferazepri κ -kazeina prigovedu. κ -casein variants, κ -kazein β - kasnejših pre-inpost-laktacijskihobdobjih. Znamenomoverednotenjavlogegena med embriogenezopodpiraidejo,opotencialni vlogiproteinaRAIDDtudivzgodnjemrazvojumlečnežlezein komplekse sfaktorjemPIDDaliTNFR1.Prisotnost proteinaRAIDDvprocesihzgodnjegapreoblikovanja organov RAIDD -apoptotskiadapterskiproteinsodelujevsignalnipotiprogramiranecelične smrtiprekovezavenaproteinske proteinov medrazvojemmlečnežlezeinustvarjazdodatnimpristopomnove pogledenabiologijomlečnežleze. Upraba transgenihživalskihmodelovzatoomogočanatančnejšeoverednotenje mehanizmovdelovanjaapoptotskih mlečne žleze.Vendar vplivvečineapoptotskihproteinovnarazvojmlečnežlezeinprodukcijomleka šenipotrjen. žlezi zeloniha,karpodpiraidejooključnivlogiposameznihapoptotskihproteinov vrazličnihobdobjihoblikovanja laktacijskem obdobju.Vzaporednihobdobjihrastiinregresijemlečnežlezesintezaapoptoznihproteinov vmlečni razraščanja mlečnežlezevobdobjubrejostiinapopotozealiprogramirane celičnesmrtimedinvolucijovpost- Obseg laktacijeprisesalcihjevvelikimeriodvisenodkontroleprocesovproliferacije medobdobjemintenzivnega Raidd-/- development wholemountstainingexperimentswereperformedutilizingtransgenic and theprocessesofinvolutionafterperiodlactationaswell.To evaluateRaidd‘sroleduringmammary gland of embryonicorganremodelling,hereinopeningthepossibilitybeinginvolvedinmammaryglanddevelopment apoptotic machineryviaPIDDandTNFR-1deathcomplexes.Ithasbeenshowntobepresentduringtheprocesses insights onmammaryglandbiology.RAIDD–adualdomainadapterproteinisknowntointeractwiththecell of apoptoticproteinactionduringmammaryglanddevelopmentusingtransgenicmodelscouldprovidenovel on themammaryglanddevelopmentandmilkproductionisstillunresolved.Hencecharacterisingmechanisms proteins exhibithighvariationsinmammaryglandsyntheticcapacitysuggestingtheirfunctionalrole,buteffect of mammaryglandgrowthanddevelopmentatpregnancyapoptosisduringinvolution.Majorityapoptotic A successfullactationinmammalianspeciesdependsonacontrolledprocessofcellproliferationduringtheperiod Raidd-/- žleze jebilopravljenposkusreporterskega barvanjamlečnežlezepritransgenih 2 Helena THE ROLEOFRAIDDDURINGMAMMARYGLANDDEVELOPMENT 2 1 1 gland, viaapoptoticrestructuringoftheformedalveoli.Inlater, mlečne žlezemedpuberteto. Slednje podpiradomnevo ovlogigena možnost, dajestopnjarazgradnjelobulo-alveolarnih razvejitevpoobdobjulaktacijeodvisnaodproteinaRAIDD. apoptozne regresije mlečnihalveolov.Stopnjaizražanjagena Helena Motaln VLOGA GENA gland involutionafterthesuccessiveperiodsoflactation,butnotduringitsprepubertaldevelopment. lactation maybe architecture isachievedimplyingthattherateoflocaliseddegradationlobulo-alveolarbranchingafter Scotland, UK Roslin Institute,DepartmentofGeneFunction andDevelopment,Roslin, EH259PS, Midlothian, Slovenija Univerza vLjubljani,Biotehniška Fakulteta, Oddelekzazootehniko, Groblje3,1230Domžale, Scotland, UK Roslin Institute,Department ofGeneFunction andDevelopment,Roslin, EH259PS, Midlothian, Slovenia University ofLjubljana,BiotechnicalFaculty, DepartmentofAnimalScience,Groblje3,1230Domžale, Motaln mouse lines.Ourstudydemonstratedthat miših. Rezultatikažejonapotencialno vlogogena 1 1 Raidd , StevePells , StevePells RAIDD -dependent. Inconclusion,ourresultssuggestthat MED RAZVOJEMMLEČNEŽLEZE 2 2 , JimMcWhir , JimMcWhir Raidd v procesuinvolucije mlečnežlezepolaktaciji,karpanevelja zarazvoj 2 2 , Peter Dovč , Peter Dovč Raidd may participateintheremodellingofpostlactating 1 1 & SimonHorvat & SimonHorvat Raidd Raidd Raidd pri preoblikovanjumlečnežlezevprocesu se znižaobkoncuregresije,karnakazuje expression decreasesonceregressedductal Raidd Biotechnology /Biotehnologija 1 1 may playaroleduringmammary Raidd/Geo RaiddGeo Raidd , Rosa26andknockout med razvojemmlečne , Rosa26inknockout 169

P 44 P 45 Barbara AGENT OFEUTYPELLACANKERMAPLES MOLECULAR DETECTIONANDIDENTIFICATION OF Genetika 2006 Vir /Reference: and signsondiseasedhosts. parasitica typically occurringonabroadrangeofdeadordecliningwoodyangiosperms;andtwoknownparasiticspecies which isamemberoffamilyDiatrypaceae(Ascomycota).Thisincludesdifferentsaprophyticfungalspecies, (Jurc etal.,2006).Cankerwoundsondifferentmaplespeciesarecausedbyfungal Eutypella cankerofmaplewasforthefirsttimereportedinSloveniaandconsequentlyEuropeyear2005 Slovenian ForestryInstitute,Večna pot2;SI-1000Ljubljana;Slovenia 2006). Rakaveranenarazličnihvrstahjavorjevpovzročagliva V letu2005jebilaprvičzabeleženanajdbajavorovegarakavSlovenijiin stemhkrativEvropi(Jurcinsod., Gozdarski InštitutSlovenije,Večna pot2;SI-1000Ljubljana;Slovenija odmirajočih listavcih,patogeni vrsti sta Diatrypaceae (Ascomycota),kjernajdemorazličnesaprofitnevrstegliv, kisepojavljajoobičajnonaodmrlihali or /andcanbeusedasdetectionmethod.Fastermethodof parasitica MOLEKULARNA DETEKCIJA INIDENTIFIKACIJA GLIVE extracteddirectlyfrominfectedmaplewood. total DNA, amplificated theexpectedlengthofpolymerasechainreaction(PCR)productwith some fungalspeciesfoundonEutypellacankersandwith isolates. Specificityofconstructedprimerswastestedwithdifferentfungalspecies,usuallyassociatedwood; specific primersthathavebeenconstructedonthebasisofsequencedrDNAITSregionsdifferent CBS strain.Furthermore,restrictionpatternsofrelatedspecies,also strains ofE.parasiticaatSlovenianForestryInstitutewereidenticalanddidalsonotshowanydeviationsfromthe universal fungalprimersweredigestedwithdifferentrestrictionendonucleases.Restrictionpatternsofallcollected amplifiedwith pathogenic tomaples.DNAregions(rDNAITS),containingITS1andITS25.8SrDNA, Barbara Piškur POVZROČITELJICE JAVOROVEGA RAKA iz ekstraktaokuženegajavorovegalesa. z uporabo pojavljajo narakavihranahjavorjevter sorodnimivrstamivrsti različnimi glivnimivrstami,kiseobičajno pojavljajonaodmrlihaliživihdrevesih,znekaterimiglivami,kiselahko določenega zaporedjarDNAITSregijrazličnih izolatov metoda detekcijejebilaizvedenazvrstno specifičnimizačetnimioligonukleotidi,kisobiliskonstruiraninaosnovi pravilnosti identifikacijepovzročiteljajavorovegarakaterjolahkouporabimo kotdetekcijskometodo.Hitrejša restrikcijskega vzorcasorodnihvrst,tudivrste enaki tersoseskladalizrestrikcijskimvzorcemtipskegasevaizzbirkeCBS, medtemkososerazlikovaliod Restrikcijski vzorciITS-fragmentovvsehizolatov oligonukleotidi smopomnožiliDNAfragment(rDNAITS),kivključujeITS1inITS2 regijitervmesni5.8SrDNAodsek. glede naliteraturoomenjenidrevesnivrstinepovzročabolezenskihznakov. Zuniverzalnimiglivnimizačetnimi morfološke lastnostiterpovzročatapodobnesimptomenagostiteljih. . PCR-RFLP-ITSmethodisasshownusefulconfirmationofproperidentification Piškur and E. parasitica 170 Eutypa lata Jurc D.,OgrisN.,Slippers B.,StenlidJ.2006.FirstreportofEutypella cankerofinEurope.PlantPathology, 55,4:577 , TineGrebenc,Hojka Kraigher, DušanJurc , TineGrebenc,Hojka Kraigher,DušanJurc -specifičnih začetniholigonukleotidov smo uspešnopomnožiliproduktpričakovanedolžine (usually pathogenictograpevine).Specieshavequitealikemorphologicalcharacteristics E. lata was alsodetectedonmaples,buttherearenoreportsofthisfungusbeing E. parasitica Eutypa lata E. parasitica ter E. parasitica Eutypa lata . MetodaPCR-ITS-RFLPjetorejučinkovitazapotrditev , shranjenihnaGozdarskeminštitutuSlovenije,sobili E. parasitica E. parasitica E. parasitica EUTYPELLA PARASITICA Eutypella parasitica . Specifičnostoligonukleotidovsmopreverili z E. lata (običajno patogentrte).Vrstiimatapodobne E. lata detection wasperformedwithspecies- je bilaizoliranatudiizjavorjev,vendar . Zverižnoreakcijospolimerazo(PCR) , revealeddifferentpatternsasdid related species.Wehavesuccessfully EUTYPELLA PARASITICA E. parasitica , kijouvrščamovdružino -specific primersfrom Eutypella parasitica , THECAUSAL E. parasitica E. parasitica E. E. , , VNOS MUTIRANEGAKRAJŠEGAGENA will bepresentedontheposter. Aleksandra Usenik ESCHERICHIA COLI pfk wider domainofnucleotideschanged(Mt- two truncated Aleksandra COLI ESCHERICHIA INSERTION OFMUTATED TRUNCATED that functionastargetsforphosphorylationwerespecificallychanged.Native prepared andtwosetsofmutationswereintroduced.Bysitedirectedmutagenesiscodonsforaminoacidresidues shorter fragmentavoidingcomplicatedposttranslationalmodificationsatruncated testing theactivityofinsertedgenesinprokaryoteshasjustrecentlybeenestablished.Inordertoobtainanactive sistant tocitrateinhibition.Sofar,truncated turbed metabolicfluxthroughglycolysis.Detailedkineticanalyseshaverevealedthatthemodifiedenzymeisre- retain activity.Theshorterfragmenthasbeenreportedtohavemorefavourablekineticcharacteristicsenablingundis- shorter fragment.Secondly,thefragmentmustbephosphorylatedbycAMP-dependentproteinkinaseinorderto is atwostageprocess.Firstly,thenativeproteincleavedbyproteaseswhichresultsinformationofaninactive the 49-kDashorterfragmentthatisformedafterposttranslationalmodificationofnativeenzyme.Modification There aretwoformsof6-phosphofructo-1-kinase(PFK1)in National InstutiteofChemistry, Hajdrihova19,Si-1000Ljubljana,Slovenia specifično spremeniliaminokislinskeostanke,kisotarčafosforilacije.Nativni gen pripravili krajšigen genov vprokariontih.Dabipridobiliaktivnikrajšifragmentbrezzapletenih posttranskacijskimodifikacij,smo pfk analize kinetikesopokazale,dajemodificiranencimodporenprotiinhibiciji scitratom.Dosedajsmokrajšegene ima krajšifragmentboljšekinetičnelastnosti,kiomogočajoneoviranmetabolni pretokprekoglikolize.Podrobne mora bitinatofosforiliranscAMP-odvisnoproteinskokinazo,daponovnopridobi aktivnost.Objavljenojebilo,da dvostopenjski proces.Najprejproteazecepijonativniprotein,sčimernastane neaktivnikrajšifragment.Fragment 49 kDavelikkrajšifragment,kinastanesposttranslacijskomodifikacijonativnegaencima.Modifikacijaje V celicahglive Kemijski inštitut,Hajdrihova19,Si-1000Ljubljana,Slovenija predstavljeni naplakatu. sevu bakterijeEscherichiacolizokvarjenimgenom spremenjeno širšodomenonukleotidov(Mt- dva krajšagena A disrupted A testiralilevevkariontskihmikroorganizmih,nedavnopasmozačelitudis proučevanjem delovanjavnešenih Usenik pfk Aspergillus niger Escherichia coli pfk A geneswithoutintrons,onemutatedincodonsfortwoaminoacids(mt- A brezintronov,enegasspremenjenimikodonizadveaminokislini(mt- , GregorTevž, MajaCapuder,MojcaBenčina,MaticLegiša , GregorTevž, MajaCapuder, MojcaBenčina,MaticLegiša pfk A brezintronovinvanjuvedlidvanizamutacij.Zmestnospecifičnomutagenezo smo strain (DF1010).Theresultsofphysiologicaltestsperformedonthetransformants obstajata dveobliki6-fosfofrukto-1-kinaze(PFK1),85kDaveliknativniencimin pfk pfk A) wereinsertedintoanexpressionvectorpALTER-Ex1andclonedin pfk A), smovneslivekspresijskivektorpALTER-Ex1injihklonirali PFK A geneshaveonlybeentestedineukaryoticmicroorganisms, pfk PFK A IZGLIVE A (DF1010).Rezultatifiziološkihtestovtransformantbodo A GENEFROMASPERGILLUSNIGERINTO Aspergillus niger ASPERGILLUS NIGER Biotechnology /Biotehnologija pfk cells, the85-kDnativeenzymeand A genewithoutintrons(n- pfk pfk A genewithoutintronswas A brezintronov(n- pfk A) andtheotherwith pfk V BAKTERIJO 171 A) indrugegas pfk pfk A), A),

P 46

PHARMACOGENOMICS FARMAKOGENOMIKA P 47 zrelih primernihlimfocitihB,meddrugimgeni Myc izražanje sejeznačilnorazlikovalomedzrelimiinnezrelimicelicami,drugim geniza stopnje celic,takovmirujočemstanjuinševelikoboljpozamreženjuBCR. Identificiralismo44genov,katerih knjižnic. Analizatranskriptomajepokazala,daobstajajorazlikevtranskripciji,kisoposledicarazličnerazvojne tem smouporabilicDNAmikromrežes15,247različnimikloni,kipovečiniizvirajoizembrionalnih 1 1 odzive primarnihvraničnihnezrelih(CD93 celice poaktivacijireceptorjaodzovejosklonalnoekspanzijo.Ciljnašeraziskavejebildefiniratifenotipskorazlične limfocitov B.InterakcijamedavtoantigenominBCRvodiprinezrelihlimfocitihvceličnosmrt,medtemkosezrele Antigenski receptorlimfocitovB(BCR)jedelsignalnekaskade,kivodvisnostiodstopnjezrelostiodločaousodi transcriptional changesinducedbyBCRinimmature(CD93 foreign antigen-specificmatureBlymphocytesrespondtoBCRengagementbyclonalexpansion.Herewedefine in Blymphocytes.WhilerecognitionofautoantigensbyBCRonself-reactiveimmaturecellsleadstotheirdeletion, B cellantigenreceptor(BCR)isasignalingcomplexthatmediatesdifferentiationstage-specificfatedecisions 2 Jernej GENOME-WIDE EXPRESSIONPROFILINGOFBLYMPHOCYTE RECEPTOR ACTIVATION Genetika 2006 2 nificantly betweenbothdifferentiationstages,notably expression profilesofisolatedmatureversusimmatureBlymphocytes,weidentified44geneswhichdifferedsig- unique oligo(dT)-primedcDNAclones,primarilyderivedfromearlyembryoniclibraries.Bycomparinggene cells. WeanalyzedtranscriptionalchangesinresponsetoBCRligationusingcDNAmicroarrayscontaining15,247 inducirana proliferacijalimfocitovB. tudi krazumevanjuučinkovitegaimunskegaodzivaorganizmanavdortujihantigenov, zakarjebistvenaantigensko tako krazumevanjuprocesarazvojatolerancedotelesulastnihantigenov,kjer igraključnovlogoapoptoza,kakor Jernej Murn LIMFOCITOV B ANALIZA DIFERENCIALNEEKSPRESIJEGENOVPOAKTIVACIJI ANTIGENSKEGARECEPTORJA immune proliferativeresponses. changes playacrucialroleinthecontrolofB-cellfunction,leadingeithertoapoptosisinducedcelltoleranceor in 24 genesdiscriminatingbothcelltypesintheirresponsestoBCR,stimulationamongthose CEA- ServicedeGénomiqueFonctionnelle,GenopoleEvry, Francija Fakulteta zafarmacijo,UniverzavLjubljani,Slovenija CEA- ServicedeGénomiqueFonctionnelle,GenopoleEvry, France Faculty ofPharmacy, UniversityofLjubljana,Slovenia Ptger4. and Murn Prkcd . Collectively,ourresultsprovideevidencethatdevelopmentalchangesintheBCR-operatedtranscriptional 174 1,2 1,2 . Identificiralismotudi24genovspecifičnihzaBCR-induciranceličniodgovor vnezrelihoziroma , Pierre Vaigot , Pierre Vaigot 2 2 , VincentFrouin , VincentFrouin + CD23 Myc, Marcksl1,Hrb 2 2 – , XavierGidrol , XavierGidrol ) inzrelih(CD93 CD24a, Fcgr2b,Id2,Myc + CD23 – 2 2 in , IrenaMlinarič-Raščan , IrenaMlinarič-Raščan ) andmature(CD93 – Ptger4 CD23 + . Analizatranskriptomaboprispevala ) limfocitovBpoaktivacijiBCR.Pri and Prkcd – CD23 . Wehavealsoidentified CD24a, Fcgr2b,Id2, 1 1 Myc, Marcksl1,Hrb + ) Bsplenicmurine GENETIC DISEASES GENETSKE BOLEZNI P 48 results thereforesuggestthatchangesinthe (p =0.0045)andcoloncancer0.0052),whilewedidnotfindanymutationsinprostatecancer.Our more commoninpatientswithheadandneckcarcinoma(p=0.0021),lungcancer0.0026),braintumour Branka Korošec VLOGA GENA in humans. of the also foundacorrelationbetweenlowexpressionlevelinthe mutations, twosilentandthreeintronicsinglenucleotidealterations.Allalterationsweregermline.We tumours aswellacontrolgroupofhealthyindividuals.Among8differentalterations,wefoundthreemissense terations. Weinvestigatedpatientswithheadandneck,colon,lungprostatecancers,brain dedifferentiation oftransformedcells.Onthebasisthisstudy,wedecidedtoanalyze Down-regulation ofSERCA3expressionhasbeenreportedoncoloncancercelllinesandtissueinconnectionwith cerebellar Purkynje neurons.Sixdifferentisoforms,differingincarboxyterminalsequenceshavebeenidentified. expressed invariouscelltypes,suchaslymphoidcells,platelets,endothelialintestinalepithelialcellsand SERCA3 hasbeenidentifiedasanon-muscularSERCAtype(SERCA3aaccordingtothenewnomenclature)andis Ca Gen The 2 Branka MOURS THE ROLEOF Genetika 2006 2 1 1 vzdržujejo nizkokoncentracijoCa človeku. ATP2A3 posameznikov pregledaligen glave invratu,širokegačrevesa,pljuč,prostate,bolnikihzmožganskimtumorjem terkontrolnoskupinozdravih z nastankomraka.Zmetodamakonformacijskeanalizenapoliakrilamidnemgelu inDHPLCsmopribolnikihzrakom transformiranih celic.Napodlagitehraziskavsmoseodločilipreveritialisospremembe vgenu negativno uravnanoizražanjeprirazličnihceličnihlinijahintkivurakaširokegačrevesavpovezavizdediferenciacijo šest izooblik,kisoprisotnejevštevilnihnemišičnihtkivih.Raziskaveizražanja proteinaSERCA3sopokazale lahko zaključimo,daspremembevgenu in zrakomširokegačrevesa(p=0,0052), medtemkoprirakuprostatenismonašlisprememb.Iznašihrezultatov z rakomglaveinvratu(p=0,0012), spljučnimrakom(p=0,0026),znamožganih0,0045) ATP2A3 zarodni liniji.Našlismotudipovezavo med dvemaspremembamavintronskemdeluinznižanimizražanjemgena tihi spremembiintrizamenjavenukleotida vintronskemdelugena Univerza vLjubljani,Medicinska fakulteta, Inštitutzabiokemijo, Slovenija Slovenija Univerza vLjubljani,Medicinska fakulteta, Inštitutzapatologijo,Oddelekmolekularno genetiko, University ofLjubljana,Faculty ofMedicine,InstituteBiochemistry, Ljubljana,Slovenia. Ljubljana, Slovenia University ofLjubljana,Faculty ofMedicine,InstitutePathology, DepartmentofMolecularGenetics, 2+ ATP2A3 ATP2A3 concentration byactivelytransportingCa ATP2A3 . Rezultatinašihraziskavkažejo,daso spremembevgenu . Mutacijskaanalizajerazkrila8različnihspremembvgenu Korošec 176 gene encodessarco/endoplasmicreticulumATPases type3(SERCA3)whichmaintainalowcytosolic kodira Ca gene. Theresultsofourresearchshowthatchangesinthe 1 1 ATP2A3 , DamjanGlavač , DamjanGlavač 2+ ATP2A3 -ATPaze sarko/endoplazemskega retikulumatipa3(SERCA3),kizaktivnimtransportom PRI RAZVOJURAZLIČNIHMALIGNIHTUMORJEV ATP2A3 2+ GENE INTHEDEVELOPMENTOFDIFFERENTMALIGNANTTU- 2 2 v citosolu.Zalternativnimcepljenjemkarboksiterminalnemdelunastane , Metka Ravnik-Glavač , Metka Ravnik-Glavač . Zverižnoreakcijospolimerazovrealnemčasusmopreveriliizražanjegena ATP2A3 ATP2A3 2+ predstavljajo enegaizmedzgodnjihdogodkov vrazvojurakapri from thecytosolintosarco/endoplasmicreticulumlumen. gene maybeinvolvedasanearlyeventincancerdevelopment ATP2A3 1,2 1,2 ATP2A3 ATP2A3 gene andtwochangesintheintronicregion ATP2A3 ATP2A3 statistično značilnopogostepribolnikih . Vsespremembesobileprisotnežev od katerihsobiletrimutacije,dve gene arestatisticallysignificantly ATP2A3 ATP2A3 gene foral- povezane diagnosticiranja hemofilijeApredrojstvom. Določitev mutacijprihemofilikihjezelopomembnazaradipravočasnega odkrivanjaprenašalkhemofilijein 21 različnihmutacijpri46/81bolnikih.Šestoddokazanihjebiloopisanihsamoslovenskih odtegapri35/81inverzijskomutacijoinše do sedajodkriligenskomutacijopri81/170bolnikihshemofilijoA, različnih eksonskihzaporedijvgenuzafaktorVIIIinnatozdirektnimsekvenciranjem.Vslovenskipopulacijismo introna 22,kijougotavljamospomnoževanjemdolgihodsekovDNK.Točkovne mutacijeiščemospomnoževanjem 74jihimatežkooblikobolezni.Približno 50odstotkovbolnikovstežkooblikobolezniimainverzijskomutacijo A, posledica različnihmutacijvgenuzafaktorVIII.VSlovenskemregistrujezabeleženih170bolnikovshemofilijo Hemofilija Ajerecesivnadednabolezen,vezananakromosomX,zmotnjovstrjevanjukrvi. Maruša Debeljak GENETSKA DIAGNOSTIKA HEMOFILIJEA covery ofthehemophiliacarriersandpre-nataldiagnosticsA. only amongSlovenepatients.Thedeterminationofhemophiliamutationsisgreatimportanceforthetimelydis- another 46/81have21differentmutationsinFVIIIgenewhichcausehemophiliaA-sixofthemaresofarfound population wemanagedtodeterminegeneticmutationin81/170patients,35/81haveinversionofintron22and detected withamplificationofexonsfactorVIIIgenefolloweddirectsequencingtechnique.IntheSlovene with severehemophiliaAhaveinversionofintron22,whichisdetectedLD-PCRmethod.Point mutations are 50%ofpatients mophilia ApatientsinSloveneregistryforHemophilia,ofwhich74haveseverehemophiliaA. Hemophilia AisachromosomeX-linkedbleedingdisorderduetomutationsintheFVIIIgene.Thereare170he- 3 2 Maruša GENETIC DIAGNOSTICSOFHEMOPHILIAA 3 2 1 1 Univerza vLjubljani,Medicinska Fakulteta, Inštitutzabiokemijo, Ljubljana,Slovenija Služba zaonkologijo inhematologijo,Pediatrična klinika, Kliničnicenter, Ljubljana,Slovenija Služba zaspecialnolaboratorijsko diagnostiko, Pediatrična klinika, Kliničnicenter, Ljubljana,Slovenija University ofLjubljana,MedicalFaculty, BiochemicalInstitute,Ljubljana,Slovenia Clinical Center, Pediatric Clinic,OncologyandHematologyUnit,Ljubljana,Slovenia Clinical Center, Pediatric Clinic,GeneticLaboratory, Ljubljana,Slovenia Debeljak 1 1 , MajdaBenedikDolničar , MajdaBenedikDolničar 2 2 , LanaStrmecki , LanaStrmecki 3 3 Genetic Diseases/Genetskebolezni 177

P 49 P 50 Polonca Ferk GENETIKA SINDROMAPOLICISTIČNIHJAJČNIKOV- VLOGAPOLIMORFIZMAVNTRVGENU nificantly predicthigher[insulin]. for thedevelopmentofPCOS.InPCOSpatients,higherITMandacombinationIII/IIIgenotypewithobesitysig- independent predictorwasnotsignificant.To conclude, bolnicah sPCOSznačilnanapovedna parametra za[inzulin] dictors for[insulin]inPCOSpatients( 1 1 linearni regresijskimodel( 29,6 %vkontrolniskupini;razlikaporazdelitvialelovmedskupinamaje bilaznačilna( III jebila79,2%vštudijskiin70,4kontrolniskupini,frekvencaalelov razredaIpa20,8%vštudijskiin VNTR z imunoradiometričnometododoločili[inzulin],izračunaliITMterizvedlimolekularno genetskoanalizopolimorfizma skupino smovključili118bolnicsPCOS,vkontrolnopa110zdravih prostovoljk.Zavsepreiskovankesmo PCOS terpribolnicahovrednotitinjegovvplivnaserumskekoncentracijeinzulina natešče([inzulin]).Vštudijsko za inzulin(gen hiperinzulinemijo, zakateribigenetskonagnjenostlahkopredstavljalminisatelitski polimorfizem(VNTR)vgenu najverjetneje multifaktorskainoligogenska.BolnicesPCOSpogostorazvijejoinzulinskorezistencokompenzacijsko izrazito heterogenostkliničneslikePCOStergledenanjegovopojavljanje vdružinahjepatogenezaPCOS Sindrom policističnihjajčnikov(PCOS)jenajpogostejšaendokrinamotnjapriženskahvrodnemobdobju.Gledena observed inPCOSwomen,couldbegeneticallydeterminedbyVNTRthe genesis hasbeenproposed.Insulinresistanceandcompensatoryhyperinsulinemia,thefeaturesbeingfrequently its extremelyheterogeneousclinicalpictureandsegregationinfamilies,amultifactorialoligogenicpatho- Polycystic ovarysyndrome(PCOS)isthemostcommonendocrinopathyinwomenofreproductiveage.Regarding 2 Polonca GENETICS OFPOLYCYSTIC OVARY SYNDROME-AROLEOFVNTRINTHE Genetika 2006 2 teže napovedujetavišji[inzulin]. z večjimtveganjemzarazvojPCOS.Pri bolnicahvečjiITM terkombinacijagenotipaIII/IIIinprekomernetelesne genotipa kotsamostojnegadejavnikani značilen.Ugotavljamo,dasoaleliVNTR BMI calculatedand group consistedof110healthyvolunteers.Forallparticipants,[insulin]wasmeasured(immunoradiometricassay), insulin concentrations([insulin])inPCOS.Thestudygroupconsistedof118womenwithPCOS,whilethecontrol was toinvestigateapossibleassociationofthepolymorphismwithpresencePCOSandserumfasting model ( two groups,thedifferenceinalleledistributiondifferedsignificantly( controls, whileclassIallelefrequencieswere20.8%inthestudyand29.6controlgroup;between with real-timePCR).The Medicinska fakulteta, Inštitutzabiomedicinsko informatiko, Vrazovtrg2,1104Ljubljana Klinični center, Ginekološka klinika, Šlajmerjeva3,1525Ljubljana Faculty ofMedicine, InstituteofBiomedicalInformation,Vrazovtrg2,1104Ljubljana Clinical Center, DepartmentofObstetrics andGynaecology, Šlajmerjeva3,1525Ljubljana INS adjusted R Ferk (preko polimorfizma-23 178 1 1 , MajaPohar , MajaPohar INS 2 ). Namenraziskavejebilpreveritimorebitnopovezavonavedenegapolimorfizma sprisotnostjo INS = 0.40 VNTR genotypingperformed(indirectlythroughthe-23 INS prilagojen R ) showedthatBMIandinteractionofwith 2 2 , KsenijaGeršak , KsenijaGeršak VNTR classIIIallelefrequencieswere79.2%inPCOSpatientsand70.4 HphI p <0.001 2 = 0,40 v genu 1 1 ) jepokazal,dastaITMininterakcijaITM-genotipVNTR INS for bothpredictors),whiletheinfluenceofgenotypeasan , sPCRvrealnemčasu).FrekvencaalelovVNTR INS VNTR classIIIallelesmightbeasignificantriskfactor (p <0,001 p =0.030 INS INS za obaparametra),medtemkovpliv HphI VNTR genotypearesignificantpre- gene. Theaimofthepresentstudy INS ). Appropriatelinearregression polymorphism inthe razreda IIIverjetnopovezani INS p =0,030 GENE INS ). Ustrezni INS razreda INS gene, INS pri Pri tempostopkuzuporaboprotiteleszatežkeoziromalahkeverige( mejnih vrednosti.Zatosmopripacientih,kjerjebildeleždoločenedel(13)pod15%,uvedlicIg-FISHpreiskavo. s tarčnokromosomskospremembozelotežavno.Dobljenirezultatjelahkodokajmajhen,pogostovobmočju 13. Kerseplazmacitomskecelicelahkovkostnemmozgurazraščajozeloneenakomerno,jedoločanjedeležacelic pogosto določamozinterfaznoFISHpreiskavo.Pri plazmacitomutakorutinskodoločamozlastidelecijokromosoma bolezni jepomembnatudicitogenetskapreiskavacelickostnegamozga.Ponavljajoče kromosomskespremembe Plazmacitom jenovotvorba,prikateripridedomalignegarazraščanjaplazmatk.Kotnapovednidejavnikzapotek Klinični centerLjubljana,oddelekzahematologijo,Zaloška 7,1000Ljubljana,Slovenija Mandelc Marija-Jedrt POSTOPEK DOLOČANJADEL(13)PRIPLAZMACITOMUCIG-FISH amination orwhentheamountofcellscontainingdel(13)isatdetectionlimit. is usedwheneveralowproportionofplasmacytomacellsinbonemarrowdeterminedalreadybycytologicalex- well asintensivesignalsforchromosome13oncellnuclei.Themethodwasintroducedintoroutinediagnosticsand standard cytogeneticanalysis.Usingamodifiedmethodgoodlabelingofplasmacytomacellswasobtainedas FISH. Wemodiffieddifferentprocedurestepsandappliedtheoptimizedprotocoloncells,previouslypreparedfor with del(13)(<15%).cIg-FISHisacombinationofimmunolabelingcellcytoplasmIglightchain( can beunderestimated.Therefore,wedecidedtointroducecIg-FISHmethodinpatientswithlowproportionofcells between plasmocytomaandtherestofbonemarrowcells,amountcellspossessingchromosomalchanges can varyconsiderablydependingontypeandprogressofmultiplemyeloma.DuetoinabilityFISHdistinguish patients, amongthemalsodeletionofchromosome13.However,bonemarrowinfiltrationbyplasmocytomacells usually determinedbyinterfaseFISH.Especiallyimportantareabnormalitiesthatresultinpoorsurvivalofafflicted aberrations haveanimportantdiagnosticandprognosticvalueinclinicalcourseofmultiplemyeloma.Theyare Multiple myelomaisahematologicalmalignancythataffectsB-linagelymphocytes.Somerecurrentchromosomal Clinical CenterLjubljana,HematologyDepartment,Zaloška 7,1000Ljubljana,Slovenia Marija-Jedrt Marija-Jedrt DETERMINATION OFDEL(13)INMULTIPLE MYELOMABYCIG-FISH oziroma tedaj,kojezelomajhendeležceliczdoločenodel(13). na jedrihtehcelic.Omenjenopreiskavouporabljamo,kožecitološkipregled pokažezelomajhendeležplazmatk postopka, takodasmodoseglidobroobarvanjecitoplazemskihlahkihverig terizrazitesignalezakromosom13 kostnega mozga,kisobilepredhodnopripravljenezastandardnocitogenetsko preiskavo.Preverili smovsestopnje najdemo različnepostopkezaizvedbonavedenepreiskave.Naspajezanimalo zlasti,kakobiuporabilicelice plazmacitomske celice,natopanatakooznačenihcelicahdoločimoprisotnostkromosomskespremembe.Vliteraturi Mandelc , HelenaPodgornik, Peter Černelč , HelenaPodgornik, Peter Černelč Genetic Diseases/Genetskebolezni κ ali λ ) monoklonskihIgoznačimo 179 λ or κ ) and

P 51 P 52 C1431T nadebelost inpro-vnetnostanjepriPCOS,kista povezanazinzulinskorezistenco. razdelitvijo namanjše skupine.Razultatištudijekažejona verjetenpozitivenučinekpolimorfizma Pro12Ala in/ali p=0,075 Mann-Whitneyevtest)glede nanemutirandiplotip.Izgubasignifikantnostibilahkobilapovezanaz z obemapolimorfizmomajebilomejno značilnopovezanoznižjimhsCRP(p=0,058,Kruskal-Wallisovtest; nemutiran Pro-C, drugihaplotippajevsebovalbodisiprvipolimorfizem,alioba. Leheterozigotnostanje Pri haplotipskianalizismodobili4različnehaplotipein različnediplotipe,pričemerjebilprvihaplotipvedno obsegom pasuinsistoličnimtlakom(p<0,05, t-test).Polimorfizma stabilavvezavnemneravnovesju (D'=0,77). heterozigotov innobenegahomozigota. HeterozigotnostanjejebiloznačilnopovezanoznižjimhsCRP, ITM, p=0,053) innižjimindeksomtelesnemase(ITM;p=0,072,t-test).Pri polimorfizmuC1431T smonašli24,7% erozigotno stanjejebilomejnoznačilnopovezanozznižanoserumskokoncentracijo C-reaktivnegaproteina(hsCRP; obravnavali skupaj.ZapolimorfizemPro12Ala smonašli28,7%heterozigotovinnobenegahomozigota.Het- alelne frekvenceposameznegagenotipasemedbolnicamiinkontrolami nisorazlikovale,zatosmoskupini polimorfizma stabilavobehskupinahporazdeljenaskladusHardy-Weinbergovim ravnotežjem.Genotipskein biokemijskimi inhormonskimikazalcipriPCOS.Analiziralismo69bolnicsPCOS in16zdravihpreiskovank.Oba raziskovali povezavomedpolimorfizmomomaPro12Ala inC1431T(His477His)vgenu peroksisomskim proliferatorjemaktiviranreceptor Inzulinska rezistencasepojavljapri50-70%ženskssindromompolicističnih jajčnikov(PCOS).Znanoje,das and C1431T(His477His)polymorphismsofthe tivated receptor- Insulin resistanceaffects50-70%ofwomenwithpolycysticovarysyndrome(PCOS).Peroxisome proliferator-ac- 1 1 2 Barbara POLYCYSTIC OVARY SYNDROME A STUDY OFPRO12ALA ANDC1431TPOLYMORPHISMS INPPARG GENEINPATIENTS WITH Genetika 2006 2 Barbara Mlinar MOM POLICISTIČNIHJAJČNIKOV ANALIZA POLIMORFIZMOVPRO12ALAINC1431TVGENUPPARG PRIBOLNICAHS SINDRO- have beneficialinfluenceoninsulinresistance-associatedadiposityandpro-inflammatorystateinPCOS. for lostsignificancecouldbesplittingintosmallgroups.TheresultssuggestthatPro12Ala and/orC1431Tmight hsCRP (p=0,058forKruskal-Wallistest,p=0,075Mann-Whitneytest)comparedtowild-type.Onereason polymorphism, orboth.Onlyheterozygousstatewithbothpolymorphismsshowedborderlinesignificanceforlower always beingwild-typePro-C andthesecondhaplotypebeingPro-C orahaplotypewithonepolymorphism,another analysis ofthetwopolymorphismsgave4differenthaplotypesanddiplotypeswithfirsthaplotype test). Pro12Ala andC1431Tpolymorphismswereinconsiderablelinkagedisequilibrium(D'=0,77).Haplotype state wasassociatedwithsignificantlylowerhsCRP, BMI,waistcircumference andsistolicpressure(p<0,05,t- (BMI; p=0,072,botht-test).ForC1431T24,7%heterozygotesandnohomozygoteswerefound.Heterozygous a trendtowardslowerC-reactiveproteinconcentrationinserum(hsCRP; p=0,053)andlowerbody-massindex For Pro12Ala polymorphism28,7%ofheterozygotesandnohomozygoteswerefound.Heterozygoticstateshowed phism didnotdifferbetweengroups,thereforeweanalysedthecontrolandpatientgroupcombined. Hardy-Weinberg equilibriumincontrolandpatientgroup.Genotypeallelefrequenciesofparticularpolymor- of PCOS.Thestudyinvolved69PCOSpatientsand16controls.Bothpolymorphismsweredistributedaccordingto Klinični centerLjubljana,Klinika zaendokrinologijo,diabetesinboleznipresnove,Ljubljana, Slovenija Univerza vLjubljani,Fakulteta zafarmacijo,Katedra zakliničnobiokemijo, Ljubljana,Slovenija Department ofEndocrinologyandMetabolicDiseases,UniversityMedicalCentre,Ljubljana,Slovenia Department ofClinicalBiochemistry, Faculty ofPharmacy, UniversityofLjubljana,Slovenia Mlinar 180 γ 1 1 (PPAR- , MojcaJensterle , MojcaJensterle γ ) hasbeenshowntoinfluenceinsulinsensitivity.WestudiedtherelationshipofPro12Ala 2 2 , AndrejJanež , AndrejJanež PPARG γ (PPAR- 2 2 , MarijaPfeifer , MarijaPfeifer gene toanthropometric,biochemicalandhormonalfeatures γ ) vplivanaobčutljivostinzulin.Vnašištudijismo 2 2 in JanjaMarc in JanjaMarc PPARG 1 1 z antropometričnimi, standing ofbraintumorsgeneticprofileandcouldbeusedasprognosticmarkerdiseaseevolutionprogression. toma andagerminoma.Ourfindingsongeneticchangesofthewntcomponentsmaycontributetobetterunder- mutations inexon3ofthebeta-cateningene.Mutationsß-cateninwereconfinedtoameningeoma,glioblas- noma andoneinteratoma.Heteroduplexmethodrevealed3sampleswithadditionalbandsindicatingpossible tomas. Twenty fivepercentofmeningeomasshowdLOHCDH1gene.Onethisgenewasfound ingermi- imbalance. Altogether,therewere12samples(57%)demonstratinginstabilityofAPCgeneconfinedtoglioblas- showed alleliclossoftheAPCgenein33.3%glioblastomas.Another23.8%samplesdemonstrated of theE-cadheringene.Changesbeta-cateninweretestedbyheteroduplexmethod.Theresultsouranalysis method. PCRamplificationoftetranucleotideGATApolymorphism(D16S752)wasusedtotestlossheterozygosity Brain tumorsamplesweretestedforgeneinstabilityoftheAPCbyPCR/lossheterozygosityusingRFLP upon thefindingthatitisinvolvedinparticularsyndromes,amongwhichbraintumorsplayasignificantrole. principally fromthefindingsthatwild-typeAPCproteinishighlyexpressedincentralnervoussystem,and nalling roleasanegativeregulatorofthewntpathway.Ourinterestingenespathwaystemmed E-cadherin isassociatedwithß-cateninandplaysaroleincell-celladhesion,whileAPCproteinalsosig- are involvedintheWntsignallingpathway.Beta-cateninismaindownstreameffectorofsignalling. (CTNNB1) andadenomatouspolyposiscoli(APC)genesinapanelof50centralnervoussystemtumors.All Research carriedoutinthispaperdealswiththemolecularcharacterisationofE-cadherin(CDH-1),beta-catenin 1 3 2 Nives GENETIC CHANGESOFTHEWNTPATHWAY COMPONENTSFOUND INBRAINTUMORS University Hospital“Sestremilosrdnice”,DepartmentofNeurosurgery, Zagreb,Croatia University ofZagreb,SchoolMedicine,DepartmentBiology, Zagreb,Croatia Neurooncology, Šalata12,HR-10000 Zagreb School ofMedicineUniversityZagreb,CroatianInstituteforBrainResearch, Laboratoryof Pećina-Šlaus 1,2 , Tamara Nikuševa-Martić 1,2 , ViliBeroš 3 Genetic Diseases/Genetskebolezni 181

P 53 P 54 Helena Podgornik, Alenka FREQUENCY OFSOMERECURRENTCHROMOSOMALABERRATIONS INCLLPATIENTS Genetika 2006 kot tudidel(11)(q22.3),sepojavljatarelativnoredko,karzlastiveljazaspremembe nagenuzap53. sprememba del(13),kijitesnosleditrisomija12.Obeizrazitonegativnikromosomskispremembi,del(17)(p13.1) literaturnimi navedbamismougotovili,dajetudiprislovenskihbolnikih sKLLnajpogostejšakromosomska bolnikih sKLLsmopomočjoFISHpostopkaugotavljalizgorajnavedenekromosomske spremembe.Vskladuz 12 priKLL.Kerpagrezatejboleznipogostokromosomskospremembo, jo navadnotudidoločamo.Pri naših takojšnje intenzivnozdravljenjeninujno.Nekolikonasprotujočesosiliteraturne navedbeopomembnostitrisomije delecijami naqkrakukromosoma13kotedinimikromosomskimispremembamirelativnougodnaskupina,prikateri navedenima spremembamanajbibilitakojdeležniintenzivnegazdravljenja.Nasprotnopabolniki z protein p53nakromosomu17(17p13.1)terdelecijegenaATM 11(11q22.3).Bolnikiz temeljnih kriterijev.Kotposebnonegativendejavniknapotekinizidbolezni so raziskavepotrdiledelecijegenaza je potrebnobolnikeopredelitigledenastopnjorizičnosti.Pri temnastopajocitogenetskespremembe koteden heterogene skupinebolnikovsKLL.Zaradivčasihtežkeodločitveointenzivnostizdravljenja(uporabakemoterapije) je razvojnovihbiološkihzdravilsprožilpotrebopointenzivnejšiinpoglobljenidiagnostičniopredelitvisicerdokaj zahteva posebnihterapevtskihposegov,pridoločenih bolnikihpajenjenpotekmnogoagresivnejši.Vzadnjemčasu Kronična limfatičnalevkemija(KLL)jelimfoproliferativnabolezen.Lahkopotekapočasiinvblagiobliki,kine Klinični centerLjubljana,oddelekzahematologijo,Zaloška 7,1000Ljubljana,Slovenija Helena Podgornik, Alenka Prijatelj BOLNIKIH SKLL POJAVNOST NEKATERIH PONAVLJAJOČIH KROMOSOMSKIHSPREMEMBPRISLOVENSKIH nostic impact,del(17)(p13.1)anddel(11)(q22.3),wererarelyconfirmedamongourpatients. the mostfrequentchromosomalchangewasdel(13)followedbytrisomy12.Bothaberrationswithanegativeprog- mentioned aberrations,agroupofourCLLpatientswasstudiedbyinterfaseFISH.Inaccordancewithliteraturedata it isarelativelyfrequentchange.UsingcommerciallyavailableDNAprobes(Vysis)fordeterminationofabove reported asagoodprognosticfactor.Althoughtheroleoftrisomy12isstilldisputed,itdeterminedinCLLsince chemotherapy. Ontheotherhand,deletionsonlongarmofchromosome13assolechromosomalchangeare chromosome 11(11q22.3).Patients withtheseparticularchromosomeaberrationsshouldundergoan intensive negative prognosticimpactaredeletionofp53geneonchromosomelocus17p13.1andATM genetics hasbeenwellestablishedalsoindiagnosticsofCLL.Themostimportantchromosomalaberrationswith itisoftenanindependent prognosticfactorfortheoutcomeofadisease.Therolecyto- nancies. Additionally, Cytogenetics hasbeenforalongperiodoftimetheutmostimportanceindiagnosticshematologicalmalig- desired effectoftherapypatientsshouldbeclassifiedintoriskgroupsonthebasisdifferentdiagnosticparameters. as moreprogressive.InthelastfewyearssomenewbiologicaldrugsforCLLhavebeendeveloped.To achievethe Chronic lymphocyticleukemiaisalymphoprolipherativedisease.Thetimecourseoftheillnesscanbemildaswell Clinical CenterLjubljana,HematologyDepartment,Zaloška 7,1000Ljubljana,Slovenia 182 Prijatelj , Peter Černelč , Peter Černelč 1 1 ki jekritičnaregijazapojavpridečku vidnih tipičnihkliničnihznačilnostiSindromaduplikacije5p. p12) insočasnedelecije(5)(pter-p15.31). Dokazanastrukturnakromosomskaaberacijatakozajema5p13regijo, in WCP5)smopotrdili,daimadeček doslejvliteraturišeneopisanokombinacijodelneduplikacije(5)(p15.2- strukturno aberacijokromosoma5.ZdopolnilnoFISHdiagnostiko(sondezasubtelomerneregije,Criduchatregijo Kariotipizacija stehnikovisokeločljivostiinGTGproganjemjepokazala,dagrepridečkuzadenovonastalo Glede nakliničnoslikosobilepolegnevrološihinmetabolnihpreiskavopravljene tudicitogenetskeanalize. pokazale agenezijokorpuskalozuma,preiskavesluhapapotrdileobojestransko prevodno-zaznavnookvarosluha. v motoričneminumskemrazvojuzodsotnimočesnimkontaktomreakcijo nazvok.Slikovnepreiskaveglaveso so sepojaviliznakidihalnestiskespotrebopododatkukisikavvdihanemzraku, neuspevanjeinznakizaostanka displastični posteriornorotiraniuhljiindolgitankiprstisširšimidistalnimifalangami. Ževprvihtednihživljenja zlasti makrodolihocefalija,hipertelorizem,široknoszvdrtimnosnimkorenom, izrazite ustnice,visokoobokanonebo, ekvinovarusno deformacijoobehstopalinštevilnakraniofacialnadisplastičnastigmatazdiskranijo.Izstopalaje ekstrakcijo. Obrojstvujebilzahiran,imelopisanosrčnohibo,izrazitomišičnohipotonijocentralnegatipa, porod induciranv37.tednugestacijskestarostiinzaradizastojaterbradikardije plodadokončanzvakuumsko bolezni alianomalij.Žeprenatalnosopridečkuugotovilidefektventrikularnega septuma.Zaradikrvavitvejebil razvojnim zaostankom.Dečekjeprvorojeneczdravihstaršev,kinistavsorodu.Tudi vširšidružininiprirojenih Predstavljamo dojenčkasštevilnimiprirojenimianomalijami,abnormniminevrološkimiindisplastičnimiznakiter Mirjam StoparObreza DELECIJO (5)(PTER-P15.31) POVZROČEN ZDOSLEJŠENEOPISANODELNODUPLIKACIJO (5)(P15.2-P12)INSOČASNO SINDROM DUPLIKACIJE 5P: REDEKMALFORMACIJSKO-RETARDACIJSKI SINDROM drome sincethecritical5p13regionisalsoincludedinduplication. partial deletion5pofdenovooriginisthecausedescribedclinicalpicturethattypicalforduplicationsyn- (p15.2-p12) del(5)(pter-p15.31)wasidentified.Thissofarunpublishedpartialduplication5pcombinedwith and hearingloss.WithcombinationofbandingstudiesFISHanalysesthekaryotype46,XY, der(5)dup(5) cephaly, unusualfacewithhypertelorismandbulbousnoseflatbridge,fulllips,longfingers,limbabnormalities severe muscularhypotonia,congenitalheartanomaly,agenesisofcorpuscalosum,pronouncedmacrodolicho- regarding congenitaldiseases.He’sphenotypeischaracterisedbyfailuretothrive,developmentalretardation, morphic signs.Heisthefirstandonlychildofahealthynonconsanquinousparentswithnopositivefamilyhistory We reportonaninfantwithmultiplecongenitalanomalies,developmentaldelay,abnormalneurologicalanddys- 2 Mirjam BINED WITHPARTIAL DELETION(5)(PTER-P15.31) DROME CAUSEDBYSOFAR UNPUBLISHEDPARTIAL DUPLICATION (5)(P15.2-P12)COM- 5P DUPLICATION ARAREMULTIPLE SYNDROME: CONGENITAL ANOMALY-RETARDATION SYN- 2 IVZ RS, Oddelekzamedicincko citogenetiko intoksikologijo, Bohoričeva15,1000Ljubljana,Slovenija Klinični centerLjubljana,SPSPediatrična klinika, Vrazovtrg1,1000Ljubljana,Slovenija Ljubljana, Slovenija Institute ofPublic HealthRS, DepartmentofMedicalCytogeneticsandToxicology, Bohoričeva15,1000 Clinical CenterLjubljana,Pediatric Clinic,Vrazovtrg1,1000Ljubljana,Slovenija Stopar Obreza 1 1 , DarjaParo Panjan , DarjaParo Panjan 1 1 , Jelka Gregorič , Jelka Gregorič 2 2 Genetic Diseases/Genetskebolezni 183

P 55 Genetika 2006

CONTEMPORARY METHODS IN PRENATAL GENETIC DIAGNOSTICS

Andreja Zagorac, Boris Zagradišnik, Alenka Erjavec Škerget, Špela Stangler Herodež and Nadja Kokalj Vokač Maribor Teaching Hospital, Medical Genetics Laboratory, Ljubljanska 5, 2000 Maribor, Slovenija P 56 Karyotyping of cultivated cells is a basic method for detection of chromosome aberrations in prenatal diagnostics for at least more than 30 years. It is used for detection of structural and numerical chromosome changes after am- niocentesis and chorionic villus sampling. For rapid detection of chromosome aberrations some new methods have developed. Fluorescent in situ hybridization (FISH) and Quantitative fluorescent-polymerase chain reaction (QF- PCR) are methods used in prenatal diagnostics for detecting of most common aneuploidies in a short time. 10-15% of all pregnancies finished as spontaneous miscarriages. In the first trimester most of them (50%) are the result of chromosomal aberrations – mostly numerical chromosome changes (86%). Bed quality of chromosomes and the culture failure is often a problem in these cases. In these cases we perform Multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA), a fast method that can provide information about chromosome number even on the uncul- tivated material. The methods used for whole karyotyping and other possible rapid methods for detection of specific chromosome rearrangements are demonstrated. The advantages and disadvantages of available methods for rapid and successful prenatal diagnosis are discussed.

SODOBNE METODE PRENATALNE GENETSKE DIAGNOSTIKE

Andreja Zagorac, Boris Zagradišnik, Alenka Erjavec Škerget, Špela Stangler Herodež in Nadja Kokalj Vokač Splošna bolnišnica Maribor, Laboratorij za medicinsko genetiko, Ljubljanska 5, 2000 Maribor, Slovenija

Mikroskopska analiza kariotipa kultiviranih celic je zlati standard prenatalne diagnostike že več kot 30 let. Od prvih aplikacij v 70. letih prejšnjega stoletja se je metoda uporabljala za ugotavljanje številčnih in strukturnih kromosomskih sprememb po amniocentezi oziroma biopsiji horionskih resic. Zaradi potrebe po hitrejši genetski diagnostiki pa sta se vpeljali sodobnejši metodi fluorescentne in situ hibridizacije (FISH) in QF-PCR (Quantitative fluorescent-polimerase chain reaction), metodi, ki omogočata hitro in natančno analizo specifičnih kromosomskih sprememb, predvsem pogostih aneuploidij. Posebno poglavje so spontani splavi, ki se pojavljajo v približno 10- 15% prepoznavnih nosečnosti. V prvem trimesečju jih je 50% posledica kromosomskih napak, v večini primerov (86%) so to spremembe v številu kromosomov. Citogenetska analiza zgodnjih spontanih splavov je težavna zaradi pogoste odsotnosti celične rasti in slabe kvalitete kromosomov. V teh primerih smo v našem laboratoriju uvedli metodo MLPA (Multiplex ligation-dependent probe amplification). Metoda je hitra, poceni in da popolno informacijo o številu kromosomov tudi na nekultiviranem materialu. V prispevku prikazujemo metode, ki se uporabljajo pri analizi kromosomov, jih primerjamo in razpravljamo o prednostih in pomanjkljivostih posameznih postopkov za uspešno, hitro in kvalitetno prenatalno diagnostiko.

184 LIST OF PARTICIPANTS SEZNAM UDELEŽENCEV Genetika 2006

Ambrožič Avguštin Jerneja Busby Steve J. W. University of Ljubljana, Biotechnical Faculty University of Birmingham Večna pot 111 1000 Ljubljana School of Biosciences Slovenia Edgbaston Birmingham B15 2TT [email protected] United Kingdom [email protected]

Berčič Rebeka Butala Matej UL, Biotehniška fakulteta Biotehniška fakulteta Oddelek za zootehniko Oddelek za biologijo Groblje 3, 1230 Domžale Večna pot 111, 1000 Ljubljana Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Berginc Gašper Cadavez Vasco Medicinska fakulteta Escola Superior Agrária Zootecniaca Inštitut za patologijo, Oddelek za molekularno genetiko Campus de Santa Apolónia Apartado 1172 5301-855 Korytkova 2, 1000 Ljubljana Bragança Portugal Slovenija Portugal [email protected] [email protected]

Bohanec Borut Caloni Francesca Biotehniška fakulteta University of Milan, Faculty of Veterinary Medicine Oddelek za agronomijo Department of Veterinary Sciences and Technologies for Food Jamnikarjeva 101, 1000 Ljubljana Safety-Milan-Italy Slovenija Italy [email protected] [email protected]

Bõsze Zsuzsa Canki-Klain Nina Agricultural Biotechnology Center Medicinska fakulteta univerze v Zagrebu Department of Animal Biology Hrv. inštitut za raziskovanje možganov, Neurol. kl.,KBC Rebro Agricultural Biotechnology Center, Gödöllõ, Hungary Šalata 12, in Kišpatićeva 12, 10000 Zagreb Hungary Hrvaška [email protected] [email protected]

Boštjančič Emanuela Cedilnik Manja Medicinska fakulteta Fakulteta za farmacijo Inštitut za Patologijo, Oddelek za molekularno genetiko Inštitut za farmacijo Korytkova 2, 1000 Ljubljana Aškerčeva 7, 1000 Ljubljana Republika Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

186 List of Participants / Seznam vdeležencev

Corvi Raffaella D’Adamo Pio European Centre for the Validation of Alternative Methods (ECVAM) IRCCS Burlo-Garofolo Institute for Health and Consumer Protection (IHCP) Genetica Medica European Commission -Joint Research Centre TP 580, Via E. Via dell’Istria 65/1, 34137 Trieste Fermi 1 I-21020 Ispra (Va) Italy Italy [email protected] [email protected]

Cotman Marko Debeljak Maruša Univerza v Ljubljani KC, Pediatrična klinika Veterinarska fakulteta Genetski laboratorij Gerbičeva 60, 1000 Ljubljana Vrazov trg 1, 1000 Ljubljana Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Čegovnik Urška Djelić Ninoslav Bolnišnica Golnik Faculty of Veterinary Medicine Oddelek za raziskave Department of Biology Golnik 36, 4204 Golnik Bul. Oslobodjenja 18, 11000 Belgrade Slovenija Serbia [email protected] [email protected]

Čelhar Teja Dovč Peter Fakulteta za farmacijo UL, Biotehniška fakulteta Inštitut za farmacijo Oddelek za zootehniko Aškerčeva 7, 1000 Ljubljana Groblje 3, 1230 Domžale Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Čemažar Maja Drobnič Katja Onkološki inštitut Ljubljana Ministrstvo za notranje zadeve Oddelek za eksperimentalno onkologijo Center za forenzične preiskave Zaloška cesta 2, SI-1000 Ljubljana Vodovodna 95, 1000 Ljubljana Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Čop-Sedminek Darja Emo˝dy Levente Biotehniška fakulteta University of Pécs, Faculty of Medicine Odd. za zootehniko Department of Medical Microbiology and Immunology Groblje 3, 1230 Domžale Szigeti ut 12, 7624 Pécs, Hungary Slovenija Hungary [email protected] [email protected]

187 Genetika 2006

Erjavec Škerget Alenka Frajman Polona Splošna bolnišnica Maribor UL, Biotehniška fakulteta Laboratorij za medicinsko genetiko Oddelek za zootehniko Ljubljanska 5, SI-2000 Maribor Groblje 3, 1230 Domžale Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Ferk Franziska Gaser Dominik Medical University of Vienna Lek farmacevtska družba d.d. Institute of Cancer Research Biofarmacevtika, Molekularna biologija Borschkegasse 8a, A-1090Vienna, Kolodvorska 27, 1234 Mengeš Austria Slovenija [email protected] [email protected]

Ferk Polonca Gasparini Paolo Klinični center Ljubljana University of Trieste Ginekološka klinika Medical Genetics Service Šlajmerjeva 3, 1000 Ljubljana IRCCS-Burlo Garofolo, University of Trieste via dell’Istria 65, Slovenija Trieste [email protected] Italy [email protected]

Filipič Metka Geršak Ksenija Nacionalni inštitut za biologijo Klinični center Ljubljana Oddelek za genetsko toksikologijo in biologijo raka Ginekološka klinika Večna pot 111, 1000 Ljubljana, Slovenija Šlajmerjeva 3, 1000 Ljubljana Slovenia Slovenija [email protected] [email protected]

Flisar Tina Gidrol Xavier Biotehniška fakulteta CEA Odd. za zootehniko Functional Genomics Groblje 3, 1230 Domžale 2 rue Gaston Crémieux CP22 91057 Evry Cedex Slovenija France [email protected] [email protected]

Fortini Paola Glavač Damjan Istituto Superiore di Sanità Medicinska fakulteta Department of Environmental Section of Molekularna genetika Molecular Epidemiology Korytkova 2, 1000 Ljubljana Viale Regina Elena, n°299 00161, Roma Slovenia Italy [email protected] [email protected]

188 List of Participants / Seznam vdeležencev

Gorjanc Gregor Horvat Simon Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta UL, Biotehniška fakulteta Oddelek za zootehniko Oddelek za zootehniko Groblje 3, 1230 Domžale Groblje 3, 1230 Domžale Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Grebenc Tine Hreljac Irena Gozdarski inštitut Slovenije Nacionalni inštitut za biologijo Oddelek za gozdno fiziologijo in genetiko Oddelek za genetsko toksikologijo in biologijo raka Večna pot 2, SI-1000 Ljubljana Večna pot 111, 1000 Ljubljana Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Grošel Alenka Jarc-Vidmar Martina Onkološki inštitut Klinični center Oddelek za eksperimentalno onkologijo Očesna klinika Zaloška cesta 2, SI-1000 Ljubljana Zaloška cesta 29a, 1000 Ljubljana Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Gruden Kristina Javornik Branka Nacionalni inštitut za biologijo UL, Biotehniška fakulteta Oddelek za rastlinsko fiziologijo in biotehnologijo Oddelek za agronomijo Večna pot 111, 1000 Ljubljana Jamnikarjeva 101, 1000 Ljubljana Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Hirschegger Pablo Jelerčič Jana Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta Jamnikarjeva 101, 1000 Ljubljana Katedra za genetiko, biotehnologijo in žlahtnjenje rastlin Slovenija Jamnikarjeva 101, 1000 Ljubljana [email protected] Slovenija [email protected]

Hobor Sebastijan Jerman Borut UL, Biotehniška fakulteta Univerza v Ljubljani Oddelek za zootehniko Biotehniška fakulteta Groblje 3, 1230 Domžale Večna pot 111, 1000 Ljubljana Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

189 Genetika 2006

Jovanović Rubens Kocon Larisa Medical faculty, University of Sv. Kiril and Methodij Univerza v Ljubljani, BF Ljubljana Institute of Pathology Oddelek za biologijo Vodnjanska bb, 1000 Skopje Tamaškut 143, Dolina pri Lendavi 9220 Lendava R. Macedonia Slovenija [email protected] [email protected]

Karas Kuželički Nataša Kokalj Vokač Nadja Univerza v Ljubljani Splošna bolnišnica Maribor, Medicinska fakulteta Maribor Fakulteta za farmacijo Laboratorij za medicinsko genetiko, Oddelek za molekularno Aškerčeva 7, 1000 Ljubljana biologijo Slovenija Ljubljanska 5, 2000 Maribor [email protected] Slovenija [email protected]

Kasaš Mihael Komprej Andreja FKKT Maribor Biotehniška fakulteta Glavna ulica 17, Dolina pri Lendavi 9220 Lendava Oddelek za zootehniko Slovenija Groblje 3, 1230 Domžale [email protected] Slovenija [email protected]

Kavar Tatjana Korošec Branka Kmetijski inštitut Slovenije Inštitut za patologijo Oddelek za poljedelstvo in semenarstvo Oddelek za molekularno genetiko Hacquetova 17, Ljubljana Zaloška 4, 1000 Ljubljana Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Keeler Calvin Lee Kovač Milena University of Delaware Biotehniška fakulteta Department of Animal and Food Sciences Odd. za zootehniko 044 Townsend Hall Newark, DE 19716-2150 Groblje 3, 1230 Domžale USA Slovenija [email protected] [email protected]

Knezević-Vukcević Jelena Kozjak Petra Faculty of Biology Kmetijski inštitut Slovenije Department of Microbiology Oddelek za poljedelstvo in semenarstvo Studentski trg 16, 11000 Belgrade Hacquetova17, 1001 Ljubljana Serbia Slovenija [email protected] [email protected]

190 List of Participants / Seznam vdeležencev

Kozmus Peter Lah Turnšek Tamara Nacionalni inštitut za biologijo Nacionalni inštitut za biologijo Oddelek za entomologijo Oddelek za genetsko toksikologijo in biologijo raka Večna pot 111, 1000 Ljubljana Večna pot 111, 1000 Ljubljana Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Kraigher Barbara Lambert Bo Biotehniška fakulteta The Karolinska Institute Oddelek za živilstvo, Katedra za mikrobiologijo Dept of Biosciences and Nutrition Večna pot 111, 1000 Ljubljana CNT/Novum, SE-141 57 Huddinge Slovenija Švedska [email protected] [email protected]

Kranjc Simona Lavrič Miha Institute of Oncology Ljubljana UL, Biotehniška fakulteta Department for Experimental Oncology Oddelek za zootehniko Zaloška 2, 1000 Ljubljana Groblje 3, 1230 Domžale Slovenia Slovenija [email protected] [email protected]

Kreft Ivan Legiša Matic Univerza v Ljubljani, BF Kemijski inštitut Oddelek za agronomijo Biotehnologija jamnikarjeva 101, 1000 Ljubljana Hajdrihova 19, 1001 Ljubljana Slovenia Slovenija [email protected] [email protected]

Kroisel Peter Michael Lettieri Teresa Institute of Human Genetics,Ernst-Moritz-Arndt-University European Commission Joint Research Centre Department of Clinical Genetics Institute for Environment and Sustainability Fleischmannstr. 42/44 Greifswald D-17487 Greifswald via E. Fermi, 1 I-21020 Ispra (VA) Germany Italy [email protected] [email protected]

Kurinčič Marija Logar Betka Biotehniška fakulteta Kmetijski inštitut Slovenije Oddelek za živilstvo Oddelek za živinorejo Jamnikarjeva 101, 1000 Ljubljana Hacquetova 17, 1001 Ljubljana Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

191 Genetika 2006

Malovrh Špela Mencinger Marina Biotehniška fakulteta KOPA Golnik Odd. za zootehniko Mesarska 18, Ljubljana, 1000 Groblje 3, 1230 Domžale Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Mandelc Marija-Jedrt Mesojednik Suzana Klinični center Ljubljana Onkološki inštitut Ljubljana Klinični oddelek za hematologijo Oddelek za eksperimentalno onkologijo Zaloška 7, 1000 Ljubljana Zaloška cesta 2, SI-1000 Ljubljana Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Mandić-Mulec Ines Milek Miha Biotehniška fakulteta Fakulteta za farmacijo Oddelek za živilstvo, Katedra za mikrobiologijo Inštitut za farmacijo Večna pot 111, 1000 Ljubljana Aškerčeva 7, 1000 Ljubljana Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Maras Marko Mitić-Čulafić Dragana Kmetijski inštitut Slovenije Faculty of Biology Oddelek za poljedelstvo in semenarstvo Department of Microbiology Hacquetova 17, 1000 Ljubljana Studentski trg 16, 11000 Belgrade Slovenija Serbia [email protected] [email protected]

Meglič Vladimir Mlakar Vid Kmetijski inštitut Slovenije Medicinska fakulteta Oddelek za poljedelstvo in semenarstvo Inštitut za patologijo, Oddelek za molekularno genetiko Hacquetova 17, 1000, Ljubljana Korytkova 2, 1000 Ljubljana Slovenija Republika Slovenija [email protected] [email protected]

Meglič Anamarija Mlinarič-Raščan Irena Pediatrična klinika, Klinični center UL, Fakulteta za farmacijo Klinični oddelek za nefrologijo Inštitut za farmacijo Ulica stare pravde 4 1000 Ljubljana Aškerčeva 7, 1000 Ljubljana Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

192 List of Participants / Seznam vdeležencev

Mlinar Barbara Okršlar Veronika Fakulteta za farmacijo Lek farmacevtska družba d.d. Katedra za klinično biokemijo Biofarmacevtika, Molekularna biologija Aškerčeva 7, 1000 Ljubljana Kolodvorska 27, 1234 Mengeš Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Motaln Helena Ostanek Barbara UL, Biotehniška fakulteta Fakulteta za farmacijo Oddelek za zootehniko Katedra za klinično biokemijo Groblje 3, 1230 Domžale Aškerčeva 7, 1000 Ljubljana Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Mueller Mathias Pečina-Šlaus Nives University of Veterinary Medicine University of Zagreb Medical School Institute of Animal Breeding and Genetics Department of Biology 1210, Vienna, Austria Šalata 3, 10 000 Zagreb Austria Croatia [email protected] [email protected]

Narat Mojca Peterlin Matija UL, Biotehniška fakulteta Rosalind Russell Medical Research Center Oddelek za zootehniko Departments of Medicine, Microbiology and Immunology Groblje 3, 1230 Domžale University of California San Francisco, San Francisco, CA Slovenija 94143-0703, [email protected] USA [email protected]

Obrstar Darja Petrovič Uroš Lek farmacevtska družba d.d. Inštitut Jožef Stefan Biofarmacevtika, Molekularna biologija Odd. za biokemijo in molekularno biologijo Kolodvorska 27, 1234 Mengeš Jamova 39, 1000 Ljubljana Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Ohsugi Miho Petruševska Gordana Institute of Medical Science, University of Tokyo Medical faculty,University of Sv. Kiril and Methodij Oncology Institute of Pathology 4-6-1 Shirokanedai Minato-ku, Tokyo 108-8639 Vodnjanska bb, 1000 Skopje Japan R. Macedonia [email protected] [email protected]

193 Genetika 2006

Piškur Jure Prevoršek Zala Lund University UL, Biotehniška fakulteta Cell and Organism Biology Oddelek za zootehniko Soelvegatan 35, 22362 Lund Groblje 3, 1230 Domžale Sweden Slovenija [email protected] [email protected]

Piškur Barbara Prijatelj Alenka Gozdarski Inštitut Slovenije Klinični center Ljubljana Oddelek za varstvo gozdov Klinični oddelek za hematologijo Večna pot 2, SI-1000 Ljubljana Zaloška 7, 1000 Ljubljana Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Podgornik Helena Pučko Marjana Klinični center Ljubljana Gozdarski inštitut Slovenije Klinični oddelek za hematologijo Oddelek za gozdno fiziologijo in genetiko Specializiran hematološki laboratorij, Enota za diagnostiko Večna pot 2, SI-1000 Ljubljana Njegoševa 4, 1000 Ljubljana Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Pompe Novak Maruša Puizina Jasna Nacionalni inštitut za biologijo University of Split, Faculty of Natural Sciences and Kineziology Oddelek za rastlinsko fiziologijo in biotehnologijo Department of Biology Večna pot 111, 1000 Ljubljana Teslina 12, 21 000 Split Slovenija Croatia [email protected] [email protected]

Potočnik Uroš Radišek Sebastjan Medicinska fakulteta, Univerza v Mariboru Inštitut za hmeljarstvo in pivovarstvo Slovenije Center za humano molekularno genetiko in farmakogenomiko Oddelek za varstvo rastlin Slomškova 15, 2000 Maribor Cesta Žalskega tabora 2, 3310 Žalec Slovenija Slovenija [email protected]

Potparević Biljana Ramšak Andreja Faculty of Pharmacy Nacionalni inštitut za biologijo Dept. Biology and Human Genetics Morska biološka postaja Vojvode Stepe 450, 11000Belgrade Fornače 41, 6330 Piran Serbia Slovenija [email protected] [email protected]

194 List of Participants / Seznam vdeležencev

Razpet Andrej Snoj Aleš UL, Biotehniška fakulteta UL, Biotehniška fakulteta Oddelek za zootehniko Oddelek za zootehniko Groblje 3, 1230 Domžale Groblje 3, 1230 Domžale Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Repnik Katja Stangler Herodež Špela Univerza v Mariboru, Medicinska fakulteta Splošna bolnišnica Maribor Center za humano molekulaarno genetiko in farmakogenomiko Laboratorij za medicinsko genetiko Slomškov trg 15, 2000 Maribor Ljubljanska 5, 2000 Maribor Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Rudolf-Pilih Katarina Stanta Giorgio Kmetijski inštitut Slovenije International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology Oddelek za poljedelstvo in semenarstvo ICGEB Trieste Component AREA Science Park, Padriciano 99 Hacquetova 17, Ljubljana 34012 Trieste, Slovenija ITALY [email protected] [email protected]

Simčič Mojca Starčič Erjavec Marjanca UL, Biotehniška fakulteta Biotehniška fakulteta Oddelek za zootehniko Oddelek za biologijo Groblje 3, 1230 Domžale Večna pot 111, 1000 Ljubljana Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Simončič Matjaž Stopar Katja UL, Biotehniška fakulteta Nacionalni inštitut za biologijo Oddelek za zootehniko Morska biološka postaja Groblje 3, 1230 Domžale Fornače 41, 6330 Piran Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Simonovik Biljana Stopar Obreza Mirjam Biotehniška fakulteta Klinični center, SPS pediatrična klinika Oddelek za agronomijo KO za endokrinologijo, diabetes in bolezni presnove Jamnikarjeva 101, 1000 Ljubljana Center za klinično genetiko Slovenija Vrazov trg 1, 1000 Ljubljana [email protected] Slovenija [email protected]

195 Genetika 2006

Stražišar Mojca Tevž Gregor Univerza v Ljubljani, Medicinska fakulteta Onkološki Inštitut Inštitut za patologijo, Oddelek za molekularno genetiko Oddelek za eksperimentalno onkologijo Korytkova 2, 1000 Ljubljana Zaloška cesta 2, SI-1000 Ljubljana Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Stylianou John Trajanoski Zlatko The Jackson Laboratory Graz University of Technology 600 Main St., Bar Harbor, ME 04609 Institute for Genomics and Bioinformatics U.S.A. Petersgasse 14/V, 8010 Graz [email protected] Austria [email protected]

Sušnik Simona Usenik Aleksandra UL, Biotehniška fakulteta Kemijski inštitut Oddelek za zootehniko Laboratorij za biotehnologijo Groblje 3, 1230 Domžale SI-1001 Ljubljana, Hajdrihova 19 p.p.660 Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

Špehar Marija Vukovic-Gacic Branka Croatian Livestock Center Faculty of Biology Department for cattle and horse breeding, selection and de- Department of Microbiology velopment Studentski trg 16, 11000 Belgrade Ilica 101, P.O.Box 160 10000 Zagreb Serbia Croatia [email protected] [email protected]

Štabuc-Šilih Mirna Witsch-Baumgartner Martina Klinični center Medical University Innsbruck Očesna klinika Medical Genetics, Clinical and Molecular Pharmacology Zaloška cesta 29a, 1000 Ljubljana Schoepfstrasse 41, A 6020 Innsbruck Slovenija Austria [email protected] [email protected]

Šuštar-Vozlič Jelka Zagorac Andreja Kmetijski inštitut Slovenije Splošna bolnišnica Maribor Oddelek za poljedelstvo in semenarstvo Lab. za medicinsko genetiko Hacquetova 17, Ljubljana Ljubljanska 5, 2000 Maribor Slovenija Slovenija [email protected] [email protected]

196 List of Participants / Seznam vdeležencev

Zagradišnik Boris Splošna bolnišnica Maribor Laboratorij za medicinsko genetiko Ljubljanska 5, 2000 Maribor Slovenija [email protected]

Zajc Irena Nacionalni inštitut za biologijo Oddelek za genetsko toksikologijo in biologijo raka Večna pot 111, 1000 Ljubljana Slovenija [email protected]

Zupan Blaž Univerza v Ljubljani Fakulteta za računalništvo in informatiko Tržaška 25, 1000 Ljubljana Slovenija [email protected]

Žegura Bojana Nacionalni inštitut za biologijo Oddelek za genetsko toksikologijo in biologijo raka Večna pot 111, 1000 Ljubljana Slovenija [email protected]

Žgur-Bertok Darja Univerze v Ljubljani, Biotehniška fakulteta Oddelek za biologijo Večna pot 111, Ljubljana Slovenija [email protected]

197

AUTHORS INDEX ABECEDNI SEZNAM AVTORJEV Genetika 2006

A Abdi F. A. 89 Affourtit J. P. 89 Allikmets R. 69 Amberger Murphy V. 147 Ambrožič Avguštin J. 120, 139 Ambrožič I. 123 Angelova E. 138 Ausec L. 128

B Badalič M. 31 Baebler Š. 44 Bajić V. 145 Ballian D. 124 Bandelj D. 121 Banev S. 99 Baranyi M. 76 Bastar M. T. 131 Bender B. 76 Benedik Dolničar M. 177 Benčina D. 66, 122 Benčina M. 78, 171 Berginc G. 58, 97 Berić T. 146 Bernardini C. 35 Beroš V. 181 Blas M. 29 Blejec A. 44 Bliss T. W. 42, 66 Bodrogi L. 76 Bohanec B. 61, 64, 131, 135 Boštjančič E. 59 Božič G. 124

200 Authors Index / Abecedni seznam avtorjev

Bo˝sze Zs. 76 Brands R. 76 Bračko M. 97 Bulić V. 165 Burrone O. R. 77 Busby S. 23 Butala M. 60, 142

C Cadavez V. A. P. 158 Caloni F. 79 Canki Klain N. 98 Capuder M. 78,171 Carnwath J. W. 76 Chakraborty A. 38 Chasalow S. D. 161 Cheng J. 161 Cheung F. 46 Churchill G. A. 89 Coer A. 68 Compagno C. 50 Corvi R. 36 Cotman M. 123 Crescenzi M. 35 Curk T. 51, 52

Č Čadež P. 116 Čemažar M. 68, 90, 151, 152, 156 Čepon M. 164 Černelč P. 179, 180 Čop Sedminek D. 159

201 Genetika 2006

D Dean M. 92 Debeljak M. 75, 177 Demšar J. 51 Djelić N. 39, 145 Dogliotti E. 35 Dohms J. E. 66 Dolničar P. 134 Dovč P. 62, 65, 75, 122, 168, 169 Dražić M. 165 Drobnič K. 30 D’Adamo P. 150 D’Errico M. 35 D’Eustacchio A. 150

E Efremov D. 107 Emo˝dy L. 114 Enjuanes L. 74 Erjavec Škerget A. 45, 93, 110, 184 Escroffe J. M. 152 Esposito L. 150 Esteban M. P. M. 125 Everbroeck B. V. 72

F Ferant N. 130 Ferk F. 38 Ferk P. 178 Filipič M. 63, 143, 144, 147, 148 Filipovski V. 99 Flisar T. 160 Fortini P. 35 Frajman P. 75, 168

202 Authors Index / Abecedni seznam avtorjev

Frouin V. 174 Fruth A. 136, 139 Fuchs M. 29 Furlan D. 86

G Galamarini C. 61 Gasparini P. 88, 150 Geršak K. 109, 178 Gidrol X. 82, 174 Glavač D. 58, 59, 69, 72, 92, 97, 100, 106, 108, 176 Golzio M. 152 Gorjanc G. 55, 161 Grabnar M. 120 Grebenc T. 124, 125, 170 Gregorič J. 183 Groeneveld E. 53 Groothuis G. M. M. 144 Grošel A. 68, 151, 156 Gruden K. 44 Gutiérrez Aguirre I. 29

H Hacin J. 128 Hartung T. 36 Havey M. J. 46 Hawlina M. 100 Henderson A. D. 161 Hiripi L. 76 Hirschegger P. 61 Hobor S. 62, 75 Hodošček M. 60 Holcman A. 160 Horai R. 84

203 Genetika 2006

Horvat S. 71, 155, 169 Hreljac I. 63 Hren M. 44

I Ivančič A. 135 Iwakura Y. 84

J Jaakson K. 69 Jain N. 161 Jakše J. 46, 64, 121, 126, 133, 135 Janevska V. 107 Janež A. 180 Jarc M. 100 Jarc Vidmar M. 69 Jarrin A. 47 Javornik B. 27, 28, 64, 67, 121, 126, 131, 133, 138, 163 Jelerčič J. 64 Jeltsch J. M. 126 Jensterle M. 180 Jerman B. 142 Jovanović R. 107 Jung C. 46 Juntes P. 123 Jurc D. 170 Juvan P. 51, 71

K Kakuta S. 84 Kansky A. 59 Karas Kuželički N. 85 Kaspers B. 66 Kastelic V. 30

204 Authors Index / Abecedni seznam avtorjev

Kavar T. 127, 134 Keber R. 120 Keeler C. L. Jr. 42, 66 Kidrič M. 127 Knasmüller S. 38 Knežević Vukčević J. 143, 146 Kogovšek P. 44 Kokalj Vokač N. 45, 93, 110, 184 Kolb A. 74 Kompan D. 32, 55 Komprej A. 55 Korošec B. 176 Korošec P. 111 Korošec Koruza Z. 29 Koskela J. 132 Kovač M. 32, 44, 53, 54, 55, 129, 158, 159, 160, 162, 165 Kovačič J. 147 Kozjak P. 163 Kozmus P. 65 Košnik M. 111 Kraigher B. 116, 128 Kraigher H. 124, 125, 132, 170 Kranjc S. 68, 151, 152, 156 Kreft I. 19 Krečič Stres H. 44 Križaj I. 52 Križan Hergouth V. 136, 139 Kroisel P. M. 105 Kundi M. 38 Kunej T. 62, 75 Kurinčič M. 153

L Lah T. 37, 63, 147, 148

205 Genetika 2006

Lambert B. 34 Lassnig C. 74 Lavrič M. 66 Lazarus R. 161 Lebeda A. 28 Legiša M. 78, 171 Lemos A. P. C. 76 Lenasi T. 75 Lettieri T. 43, 154 Lobidel D. 94 Logar B. 162 Lopuh M. 85 Lucijana Berčič R. 122 Lukač Bajalo J. 86 Luthar Z. 126, 130

M Malej A. 31 Malovrh Š. 32, 53, 54, 55, 129, 158, 159, 162, 164, 165 Mandelc M. J. 179 Mandić Mulec I. 116, 128 Maras M. 28, 67, 127 Marc J. 180 Mattiazzi M. 52 Maughan M. N. 42, 66 Maurici D. 36 Mavec T. 86 McWhir J. 169 Medja B. 153 Meglič A. 106 Meglič V. 28, 65, 67, 127, 130, 131, 134 Mencinger M. 111 Merico A. 50 Mesojednik S. 68, 151, 156

206 Authors Index / Abecedni seznam avtorjev

Mielenz N. 53 Minuzzo M. 154 Mitić Ćulafić D. 143 Mlakar V. 69 Mlinar B. 180 Mlinarič Raščan I. 83, 85, 174 Montana G. 161 Motaln H. 169 Mrak P. 115 Murn J. 174 Müller M. 74

N Narat M. 66 Narciso L. 35 Niemann H. 76 Nikolić B. 143, 146 Nikuševa Martić T. 181

O Ohsugi M. 84 Oražem T. 120 Ostanek B. 86 O’Connell M. 161

P Paigen B. J. 89 Pajalunga D. 35 Paro Panjan D. 183 Pavković M. 107 Pavlin D. 68, 156 Pells S. 169 Peterlin M. 104 Petrovič N. 29

207 Genetika 2006

Petrovič U. 51, 52 Petruševska G. 99, 107 Petrželová I. 28 Pećina Šlaus N. 181 Pfeifer M. 180 Piltaver A. 125 Piškur B. 50, 170 Plantan M. 31 Plazar J. 144 Podgornik H. 179, 180 Podgornik M. 121 Podlesek Z. 60, 115 Pohar M. 178 Polakova S. 50 Pompe Novak M. 29, 44 Popović M. 72 Potočnik U. 92, 97 Prevoršek Z. 155 Prijatelj A. 180 Puizina J. 26 Putten van J. P. M. 115 Pučko M. 132

Q Qui W. 161

R Raaben W. 76 Radišek S. 133 Ramšak A. 31 Ravnik Glavač M. 69, 97, 176 Ravnikar M. 29, 44, 131 Razpet A. 70 Reissbrodt R. 136, 139

208 Authors Index / Abecedni seznam avtorjev

Repše S. 97 Režen T. 71 Rijavec M. 136, 139 Rotter A. 44 Rozman D. 71 Rozpe˛dowska E. 50 Rudolf Pilih K. 134

S Scandroglio M. 154 Seinen W. 76 Serša G. 68, 151, 152, 156 Shaulsky G. 51 Shockely K. 89 Simic T. 38 Simić D. 146 Simonovik B. 135 Simončič M. 71 Simčič M. 164 Slavec B. 122 Smole Možina S. 153 Spremo Potparević B. 145 Stangler Herodež Š. 45, 93, 110, 184 Stanojević J. 146 Stanta G. 96 Starčič Erjavec M. 136, 139 Stojanović A. 107 Stopar K. 31 Stopar Obreza M. 183 Stražišar M. 72, 108 Stres B. 116, 128 Strmecki L. 177 Strobl B. 74 Stylianou I. M. 89, 155

209 Genetika 2006

Sudo K. 84 Sušnik S. 137 Szabo L. 76

Š Šilar M. 111 Šlajpah M. 100, 106 Šolar T. 78 Špehar M. 165 Štabuc Šilih M. 108 Štajner N. 64, 138 Štefanič P. 116 Šuštar Vozlič J. 28, 67, 127

T Teissie J. 152 Telgmann A. 46 Terčič D. 160 Tevž G. 68, 78, 151, 156, 171 Tomažič I. 29 Toplak N. 44 Town C. D. 46 Trajanoski Z. 91

U Ugrinović K. 28 Urankar J. 159 Usenik A. 171

V Vahen S. 159 Vaigot P. 174 Veble A. 109 Vigne E. 29

210 Authors Index / Abecedni seznam avtorjev

Virant Doberlet M. 65 Vojvoda J. 29 Volčič M. 148 Vuković Gačić B. 143, 146

W Warnes G. 161 Witsch Baumgartner M. 101 Wraber T. 124

Y Yamamoto T. 84

Z Zabavnik Piano J. 123 Zagorac A. 45, 93, 110, 184 Zagradišnik B. 45, 93, 110, 184 Zajc I. 63, 147 Založnik M. 116 Zeraia H. 102 Zernant J. 69 Zorman T. 153 Zupan B. 51, 52

Ž Žegura B. 63, 143, 148 Žel J. 44 Žerjavič K. 120 Žgur Bertok D. 60, 115, 136, 139, 142 Živković L. 145

211

SPONSORS SPONZORJI