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4. Les Bactéries PGPR

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4. Les Bactéries PGPR AVERTISSEMENT Ce document est le fruit d'un long travail approuvé par le jury de soutenance et mis à disposition de l'ensemble de la communauté universitaire élargie. Il est soumis à la propriété intellectuelle de l'auteur. Ceci implique une obligation de citation et de référencement lors de l’utilisation de ce document. D'autre part, toute contrefaçon, plagiat, reproduction illicite encourt une poursuite pénale. Contact : [email protected] LIENS Code de la Propriété Intellectuelle. articles L 122. 4 Code de la Propriété Intellectuelle. articles L 335.2- L 335.10 http://www.cfcopies.com/V2/leg/leg_droi.php http://www.culture.gouv.fr/culture/infos-pratiques/droits/protection.htm Thèse Présentée et soutenue publiquement pour l'obtention du titre de Docteur de l'Université de Lorraine Spécialité "Sciences Agronomiques" par Séverine Lopez Déterminisme de la diversité bactérienne rhizosphérique des hyperaccumulateurs de nickel Soutenue publiquement le 26 novembre 2018 Membres du jury : M. Thierry Lebeau Rapporteur Professeur, Université de Nantes, LPG, Nantes M. Yvan Moënne Loccoz Rapporteur Professeur, Université de Lyon, EM, Villeurbanne Mme Isabelle Laffont-Schwob Examinatrice Professeur, Aix-Marseille Université, LPED, Marseille Mme Corinne Leyval Examinatrice Directrice de recherche, Université de Lorraine, LIEC, Vandoeuvre-lès-Nancy M. Emile Benizri Directeur de thèse Professeur, Université de Lorraine, LSE, Vandœuvre-lès-Nancy M. Jean Louis Morel Co-directeur de thèse Professeur, Université de Lorraine, LSE, Vandœuvre-lès-Nancy Laboratoire Sols et Environnement 2, avenue de la forêt de Haye – BP 20163 54505 Vandoeuvre CEDEX Remerciements Remerciements Un grand homme m'a dit un jour que les protagonistes d'une thèse pouvaient être imagés en ingrédients d’une émulsion : parfois ça prend et parfois non. Donc je remercie profondément mes deux directeurs de thèse, Emile Benizri et Jean Louis Morel, d’avoir si bien joué leur rôle pour nous permettre de réaliser cette belle mayonnaise ! Je mesure la chance d’avoir été si bien épaulée et conseillée durant ces années : je vous dois cette belle réussite. Emile, merci d'avoir donné vie à ce sujet et de m'avoir fait confiance suite à mon stage de Master 2. Merci pour votre soutien, pour votre disponibilité et pour l'aide que vous m'avez apportée tout au long de ces trois années. Merci également, d'un point de vu plus personnel, de m'avoir parlé comme vous l'auriez fait à une amie. Notre aventure a commencé début 2015 et je ne considère pas cette fin de thèse comme la fin de notre collaboration. Jean Louis, merci d'avoir donné de la hauteur à cette thèse. Merci pour tous vos conseils et votre disponibilité pour nos réunions mensuelles. Sachez que je suis encore plus admirative aujourd'hui de l'homme que vous êtes et de la si belle carrière que vous avez menée. Donc avant tout, merci pour votre humanité et votre confiance durant ces trois années. Merci à Thierry Lebeau et Yvan Moënne Loccoz d'avoir accepté d'être rapporteurs de cette thèse. Je remercie également Isabelle Laffont-Schwob et Corinne Leyval d'avoir été examinatrices de ma soutenance. Merci à vous d'avoir fait de votre temps de questions une discussion forte enrichissante. Merci également pour les moments d'échanges moins formels que nous avons pu avoir lors du pot. Je remercie également de nouveau Corinne Leyval ainsi que Xavier Goux d'avoir fait partie de mon comité de pilotage. Merci pour les échanges que nous avons pu avoir et d'avoir donné une bonne trajectoire à cette thèse. Merci également aux membres du Pôle Scientifique OTELo aux côtés desquels j'ai eu la chance de siéger aux conseils et de m’enrichir durant deux années. Je garde en mémoire les bons moments partagés lors des journées au golf du Pulnoy. D'autre part, cette aventure n'aurait pu avoir lieu sans le soutien financier du LabEx RESSOURCES21 et des différents projets Agromine. C'est donc naturellement que je souhaite exprimer ma profonde gratitude aux membres de ces comités. J'aimerai également remercier le directeur du Laboratoire Sols et Environnement, Christophe Schwartz, pour m'avoir permis de réaliser ma thèse au sein de son unité. Remerciements J'en viens à remercier l'ensemble des personnels du LSE pour leur aide, les différents échanges ou tout simplement leur "bonjour" souriant au détour d'un couloir. Si l'on se sent si bien dans ce laboratoire c'est grâce à la grande famille que l'on a l'impression de rejoindre lorsque l'on arrive au LSE. De manière plus détaillée, merci à Sylvia et Laetitia de nous permettre de nous concentrer sur la recherche en prenant en charge tout le côté administratif. Si ce labo tourne bien c'est en grande partie grâce à vous ! Merci à Guillaume, à la fois pour avoir trouvé les financements mais aussi pour l'ensemble des échanges, scientifiques ou non, que nous avons pu avoir à Nancy ou ailleurs dans le monde. Un immense merci à l'équipe technique ! Lucas, Romain et Yannick, merci d'avoir continué à me parler malgré les milliers de broyages et lectures ICP que je vous ai infligés. Alain, merci pour tout l'aide informatique mais aussi pour les différents échanges et ta sympathie. Ce fut un honneur d'être ta n°2 ! Adeline, merci de t'occuper de nous aussi bien et de toutes tes initiatives pour que l'on puisse évoluer dans un environnement agréable, propre et rangé. Stéphane, merci pour la bonne humeur et le rituel du bonjour, mais aussi pour partager ton amour des bons produits avec moi aussi bien lors d’un apéro cochon que d’une soirée lapin. Et pour finir Jean-Claude, merci pour les discussions toujours… surprenantes ?!! Merci bien sûr à tous les enseignants chercheurs et les chercheurs du LSE. Apolline, merci pour ta bonne humeur et pour l’ambiance que tu mets. Catherine et Pierre, merci pour les différentes discussions et l’aide statistique. Françoise, merci pour les explications sur le MET et d'avoir persévéré avec mes petites bactéries. La team Microhumus Gaylord et Maxime, merci pour votre sympathie et les bons moments passés. Frédéric, Geoffroy, Noële, Sophie, Stéphanie et Thibault, merci pour les différents échanges et les bonjours souriants. Je remercie également les différents collaborateurs que j’ai pu avoir à l’échelle mondiale au cours des missions d’échantillonnage. Falemnderit à Aida Bani en Albanie. Punsikou tagaio à Sukaibin, Paul et l’ensemble de la Macaranga team en Malaisie. Thank you à Antony, Peter et Philip d’Australie. Merci à Adrian, le picard australien et Oljan d’Albanie d’avoir rendu le congrès ISCE si mémorable. Le raki y aura été pour un peu aussi je pense… De façon modérée ! Un grand merci également aux membres non permanents que j'ai pu croiser durant cette aventure. Merci aux stagiaires de s'être laissés traumatiser pour les pots d'arrivée et de départ ! Une mention spéciale pour Etienne, Vincent et Tatiana pour s'être s'y bien intégrés. Mes remerciements les plus sincères à mes deux stagiaires Florian et Pauline pour leur coup de main sur les manips ! Remerciements Et un immense merci aux jeunes docteurs et futurs docteurs du labo, Ali et Ramez qui m’ont appris les rouages des protocoles et de m’avoir nourrie de baklawa, Frédéric et Robin les anciens qui m’ont si bien intégrée en stage, Marie pour les conseils avisés sur les cultures, Quentin nôtre QVette national d’être aussi drôle (filet venteux !), Romane pour ton humour vosgien (ne détruit pas le labo s’il te plait…), Dulce, pour ta joie de vivre communicative, Victor de prendre la relève pour tout ce qui est organisation, Alexis d’avoir (re-)rejoint la team microbio pour nous apporter toute sa bonne humeur et sa drôlerie et Clément de m’avoir poursuivie depuis Metz pour devenir mon collègue. Merci à tous de manière générale pour le soutien jusqu’à la fin et les moments de détente en dehors du boulot qui ont contribués à ma bonne santé mentale durant ce doctorat. Je remercie aussi les jeunes LIECois qu’ils viennent de Nancy (Nicolas, Romain) ou de Metz (Andréïna, Emilie, Nicolas, Marc, Kévin avec une mention spéciale pour Justine) pour les éclats de rires et les bons moments hors labo. Je tiens également à remercier Mohammad qui, lors de sa présence au laboratoire, a su amener sa joie et sa gentillesse. Je te souhaite toute la réussite possible pour la suite car tu le mérites amplement. Enfin un énooorme merci à toi Tino d’avoir partagé toutes ces belles aventures avec moi en Malaisie, les nuits en pleine jungle, les galères de sangsues et de t’être si bien occupé de moi avec les petits repas au refuge le soir. Surtout merci d’être aussi sympathique et authentique : mais quel "Hombre" ! On ne réussit pas une aventure comme celle-ci sans le soutien de nos proches. Je remercie donc l’ensemble des personnes ayant contribué à ma vie sociale en dehors du labo pour m’avoir permis de décompresser et de ne pas me perdre en route. Plus spécifiquement, merci à Mélissa, Richard et Cyrill de ne pas m'avoir rayée de votre liste d'amis malgré mon peu de disponibilité ces dernières années. Une mention spéciale pour Mélissa de me supporter depuis plus de 25 ans, et j’espère pour encore bien d’autres années à venir. J'ai eu la chance de commencer cette thèse en même temps que deux doctorantes d'exception, sans qui cette aventure n'aurait pas eu la même saveur. Je tiens donc à remercier les deux super nanas que j'ai rencontrées, les deux entités de mon triopikeur.
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