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國立高雄海洋科技大學 National Kaohsiung Marine University

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國立高雄海洋科技大學 NATIONAL KAOHSIUNG MARINE UNIVERSITY 專任教師著作目錄 2005~2008 序 本校創立於民國 35 年，歷經水產職業學校、海事專科學校、 海洋技術學院等學制的變革，至民國 93 年，始改名為國立高雄海 洋科技大學，成為一所以發展海洋科技教育為主軸的高等科技學 府。回顧這 62 年來，本校一直肩負著為國家培育海洋專業人才， 發展海洋應用科技的重責大任，也見證臺灣在這段期間，於教育、 經濟等方面發展成長的軌跡。 截至 97 學年度第 1 學期為止，本校專任教師（含校長）計 231 名，分屬於海事學院、管理學院、海洋工程學院與水圈學院等四 個學院，以及教導全校學生基礎教育、通識教育的共同教育委員 會。全體教師彼此尊重，各司其職，各盡其分的承擔研究、教學 及服務等工作，推動校務不斷的向上發展。 自 94 學年度起，為彰顯改名科技大學後的績效，鼓勵專任教 師將其研究成果由本校研發處開始逐年編印《專任教師著作目 錄》，用以彙整教師在論文、專利、技術報告及專著等方面的成果。 期待本目錄的編印可以達到下列的效益：一、呈現本校教師辛苦 耕耘的果實及本校研究發展的特色；二、提供海洋科技領域相關 人員最新的資訊；三、帶動本校教師相互切磋琢磨的研究風氣。 自本目錄發行以來，本校的研究風氣已明顯增長，研究的能 量正不斷的累積。從前三年出版的目錄看出，除創刊初期，以海 洋教育為主軸的學科仍維持優異的研究成果之外，隨著海洋相關 系科的增設，研究所的陸續成立，近年來，本校在管理、工程、 電子、生物科技及共同教育等各領域的研究，與產學合作的推動， 成果也相當豐碩。 學術研究的精神是創新，學術研究的核心價值是不斷進步，學 術研究風氣的形成則有賴全體教師共同的經營。在 97 學年度《專任 教師著作目錄》出版前夕，本人衷心期盼全體教師，為了提升教學 品質，促進產學合作，不分專業教師或共同教育的教師，大家都 能在教學、服務之餘，竭盡所能的從事學術研究。因為研究是教 學的基礎，也是促進產學合作的活水源頭。 本目錄資料的編纂力求確實，雖經研發處同仁校對再三，惟 恐仍有疏漏誤植的現象，請不吝賜教指正，不勝感激。是為序。 校長 2008 年 12 月 5 日於國立高雄海洋科技大學 97 專任教師名冊 國立高雄海洋科技大學專任教師名冊(97.11.25) 科 系 職 稱 姓 名 科 系 職 稱 姓 名 校長 校長 周照仁 輪機工程系 副教授 蘇俊連 航運技術系 副教授 廖宗 輪機工程系 助理教授 黃耀新 航運技術系 副教授 林富振 輪機工程系 助理教授 楊政達 航運技術系 副教授 郭福村 輪機工程系 助理教授 蕭海明 航運技術系 副教授 陳希敬 輪機工程系 助理教授 吳俊文 航運技術系 副教授 王一三 輪機工程系 講師 郭振亞 航運技術系 副教授 周建張 輪機工程系 講師 楊子傑 航運技術系 副教授 胡家聲 輪機工程系 講師 鍾振弘 航運技術系 副教授 陳彥宏 輪機工程系 講師 邱時甫 航運技術系 助理教授 蘇東濤 輪機工程系 助教 王水音 航運技術系 助理教授 黃振邦 航運管理系 副教授 戴輝煌 航運技術系 講師 苟榮華 航運管理系 副教授 許文楷 航運技術系 講師 俞惠麟 航運管理系 副教授 于惠蓉 航運技術系 講師 洪秋明 航運管理系 副教授 楊鈺池 航運技術系 講師 陳崑旭 航運管理系 副教授 孫智嫻 航運技術系 講師 謝坤山 航運管理系 副教授 曾文瑞 航運技術系 講師 劉安白 航運管理系 助理教授 趙清成 航運技術系 講師 文展權 航運管理系 講師 連淑君 航運技術系 講師級專業技術人員 蔣克雄 航運管理系 講師 蔣文玉 輪機工程系 教授 張始偉 資訊管理系 副教授 連偉成 輪機工程系 教授 詹益政 資訊管理系 副教授 陳信榮 輪機工程系 教授 吳佳璋 資訊管理系 副教授 黃淇竣 輪機工程系 教授 連長華 資訊管理系 助理教授 賴正男 輪機工程系 教授 葉榮華 資訊管理系 助理教授 王大瑾 輪機工程系 教授 李俊岳 資訊管理系 助理教授 黃錦祥 輪機工程系 副教授 林正仁 資訊管理系 助理教授 劉勇志 輪機工程系 副教授 吳基榮 資訊管理系 講師 汪素卿 輪機工程系 副教授 俞克維 資訊管理系 講師 毛麗琴 輪機工程系 副教授 張進德 運籌管理系 教授 余德成 輪機工程系 副教授 邱逸文 運籌管理系 副教授 鄭玉惠 輪機工程系 副教授 吳景凱 運籌管理系 副教授 李勝祥 輪機工程系 副教授 胡穗樂 運籌管理系 副教授 溫源鳳 輪機工程系 副教授 徐世敏 運籌管理系 副教授 李家銘 輪機工程系 副教授 楊春陵 運籌管理系 副教授 林義屏 i 2005-2008 國立高雄海洋科技大學專任教師著作目錄 科 系 職 稱 姓 名 科 系 職 稱 姓 名 運籌管理系 助理教授 徐賢斌 水產養殖系 副教授 鄭絢如 運籌管理系 助理教授 洪榮耀 水產養殖系 助理教授 鄭安倉 運籌管理系 助理教授 謝凱雯 水產養殖系 講師 江秀稻 海洋休閒管理系 副教授 施長和 水產養殖系 講師 郭素芬 海洋休閒管理系 副教授 何黎明 水產養殖系 講師 王森泉 海洋休閒管理系 副教授 林杏麗 水產養殖系 講師 林雪幸 海洋休閒管理系 副教授 戴堯種 水產食品科學系 教授 江啟銘 海洋休閒管理系 副教授 林佳姿 水產食品科學系 教授 郭建民 海洋休閒管理系 副教授 高興一 水產食品科學系 教授 陳文明 海洋休閒管理系 助理教授 陳璋玲 水產食品科學系 教授 潘敏雄 海洋休閒管理系 助理教授 李孟璁 水產食品科學系 教授 蔡永祥 漁業生產與管理系 教授 曾朝來 水產食品科學系 副教授 連壯林 漁業生產與管理系 教授 邱萬敦 水產食品科學系 副教授 蕭玉田 漁業生產與管理系 副教授 俞克儉 水產食品科學系 副教授 楊景雍 漁業生產與管理系 副教授 林坤龍 水產食品科學系 講師 陳文傑 漁業生產與管理系 副教授 陳朝清 水產食品科學系 講師 張恬瑞 漁業生產與管理系 副教授 鄭火元 水產食品科學系 講師 蔡美玲 漁業生產與管理系 副教授 劉瑞齊 水產食品科學系 講師 連藍琬 漁業生產與管理系 副教授 郭秋村 水產食品科學系 副教授 殷儷容 漁業生產與管理系 副教授 劉仁銘 水產食品科學系 副教授 林家民 漁業生產與管理系 副教授 李梁康 海洋生物技術系 教授 張瑞璋 漁業生產與管理系 助理教授 劉文宏 海洋生物技術系 副教授 黃清龍 漁業生產與管理系 助理教授 廖翊雅 海洋生物技術系 副教授 陳鳴泉 漁業生產與管理系 講師 王振培 海洋生物技術系 副教授 許世宜 漁業生產與管理系 講師 王啟銘 海洋生物技術系 副教授 黃胤唐 漁業生產與管理系 講師 林兩儀 海洋生物技術系 助理教授 林文文 漁業生產與管理系 講師 吳金鎮 海洋生物技術系 助理教授 許德賢 漁業生產與管理系 講師 陳伯實 海洋生物技術系 助理教授 蔡志明 水產養殖系 教授 黃榮富 海洋生物技術系 助理教授 鄭至玉 水產養殖系 教授 張朴性 造船工程系 教授 卓照明 水產養殖系 教授 岳文勛 造船工程系 教授 呂學信 水產養殖系 教授 蕭世民 造船工程系 副教授 陳義麟 水產養殖系 副教授 黃貴民 造船工程系 副教授 陳宏鐘 水產養殖系 副教授 潘志弘 造船工程系 副教授 陳賜明 水產養殖系 副教授 黃春蘭 造船工程系 副教授 陳紹榮 水產養殖系 副教授 瞿大維 造船工程系 助理教授 王永聯 ii 97 專任教師名冊 科 系 職 稱 姓 名 科 系 職 稱 姓 名 造船工程系 助理教授 張博超 航海科技研究所 助理教授 陳昭銘 造船工程系 助理教授 王治平 航海科技研究所 助理教授 羅德章 造船工程系 助理教授 洪文玲 航海科技研究所 助理教授 謝志敏 造船工程系 助理教授 詹為淵 海洋工程科技研究所 助理教授 黃和順 造船工程系 講師 余盛富 海洋工程科技研究所 助理教授 鍾孟軒 造船工程系 講師 張良昶 基礎教育中心 教授 吳淑黎 造船工程系 講師 林鳳彩 基礎教育中心 教授 凌靜濤 電訊工程系 教授 陸瑞漢 基礎教育中心 副教授 陳榮斌 電訊工程系 教授 楊正輝 基礎教育中心 副教授 孫珮珮 電訊工程系 副教授 陽開平 基礎教育中心 副教授 蔣忠益 電訊工程系 副教授 黃煌初 基礎教育中心 副教授 黃志盛 電訊工程系 副教授 莊尚仁 基礎教育中心 副教授 蕭錦蘭 電訊工程系 副教授 陳瓊興 基礎教育中心 副教授 許世英 電訊工程系 副教授 劉玉美 基礎教育中心 副教授 吳若己 電訊工程系 助理教授 張玉雯 基礎教育中心 副教授 陳文良 電訊工程系 講師 莊憲宗 基礎教育中心 副教授 朱益成 電訊工程系 講師 劉芳宗 基礎教育中心 副教授 許玉雲 電訊工程系 講師 郭保渠 基礎教育中心 副教授 柳秀英 海洋環境工程系 教授 董正釱 基礎教育中心 副教授 石純瑜 海洋環境工程系 副教授 吳秀賢 基礎教育中心 副教授 余蕙靜 海洋環境工程系 副教授 王樹倫 基礎教育中心 副教授 曾雙郎 海洋環境工程系 副教授 沈建全 基礎教育中心 講師 江清瑩 海洋環境工程系 副教授 陳秋雲 基礎教育中心 講師 王耀德 海洋環境工程系 副教授 張國棟 基礎教育中心 講師 李淑惠 海洋環境工程系 副教授 陳秀文 基礎教育中心 講師 焦明晨 海洋環境工程系 教授 林啟燦 基礎教育中心 講師 陳淑嫚 海洋環境工程系 副教授 陳志遠 基礎教育中心 講師 李建民 海洋環境工程系 副教授 陳秋妏 基礎教育中心 講師 富容 微電子工程系 教授 張順雄 基礎教育中心 講師 莊正德 微電子工程系 副教授 葉旻彥 基礎教育中心 講師 王月喬 微電子工程系 副教授 楊誌欽 基礎教育中心 講師 陳鄭秀珠 微電子工程系 副教授 莊國強 基礎教育中心 講師 莊素容 微電子工程系 副教授 吳晉昌 基礎教育中心 講師 廖葆齡 微電子工程系 助理教授 張永昇 基礎教育中心 講師 蔡金治 微電子工程系 助理教授 楊奇達 基礎教育中心 講師 張仁春 微電子工程系 助理教授 李致頤 基礎教育中心 講師 楊碧藍 iii 2005-2008 國立高雄海洋科技大學專任教師著作目錄 科 系 職 稱 姓 名 科 系 職 稱 姓 名 基礎教育中心 講師 方和明 基礎教育中心 助理教授 李忠穎 基礎教育中心 講師 王東文 基礎教育中心 助理教授 林伯鍾 基礎教育中心 講師 周憶湘 基礎教育中心 助理教授 張清發 基礎教育中心 講師 陳俐璉 iv 2004-2007 國立高雄海洋科技大學專任教師 目 著作目錄 目 海事學院 航運技術系.................................................. 1 輪機工程系暨研究所.................................. 17 航海科技研究所.......................................... 56 管理學院 錄錄 航運管理系暨研究所.................................. 63 資訊管理系.................................................. 72 運籌管理系.................................................. 78 海洋休閒管理系.......................................... 94 海洋工程學院 造船工程系.................................................. 105 電訊工程系.................................................. 112 微電子工程系.............................................. 125 海洋環境工程系暨研究所.......................... 156 海洋工程科技研究所.................................. 173 水圈學院 漁業生產與管理系暨研究所...................... 177 水產食品科學系暨研究所.......................... 186 水產養殖學系.............................................. 221 海洋生物技術學系暨研究所...................... 233 共同教育委員會 基礎教育中心.............................................. 243 海海 事事 學學 ¾航運技術系 ¾輪機工程系暨研究所 ¾航海科技研究所 院院 海事學院－航運技術系 【航運技術系】 Department of Shipping Technology 該系所有教師之專長及著作，亦可參閱該系網址： http://www.st.nkmu.edu.tw/ 姓 名：廖宗 職 稱：副教授兼系主任 學 歷：國立台灣海洋大學商船研究所碩士 專 長：航海科學、大氣科學、海事安全、航政法規、國際海事公約、港口國管制、 海洋學、船舶安全與管理 ㄧ、國內期刊論文 Referred National Journal Papers 1. 蘇東濤、廖宗，2007.04，海巡執法服務及海洋科學研究的尖端應用科技介紹- 挪 威康士堡公司所研製福進 3000 型自主操控無人水下載具系統，海洋及水下科技季 刊(Journal of Ocean and Underwater Technology)，第 18 卷，第一期，第 18~24 頁。 2. 蔣克雄、胡家聲、廖宗，2007.04，模擬機設施我國航海人員培訓及適任性評估之 應用，海洋及水下科技季刊(Journal of Ocean and Underwater Technology)，第 18 卷，第一期，第 42~48 頁。 二、國內研討會論文 National Conference Papers 1. 廖宗、何肇庭，2006.10.20，台灣附近海域意外事故油污染應急處理之研究，2006 航運技術學術暨實務研討會，第 1-22 頁，高雄。 2. 徐玉玲、廖 宗、蘇東濤，2008.03.26-27，“淡水漁人碼頭遊客遊憩行為與休閒滿 意度之研究＂，明新科技大學服務學院，第二屆服務創新研討會，第 117-127 頁。 3. 陳彥宏、廖宗、劉安白，2008.10.2，我國船舶交通服務人員訓練與授證機制研究， 2008 年台灣船舶交通服務人員訓練與授證機制第二次研討會。 4. 胡家聲、廖宗、蔣克雄，2008.11.28，模擬機設施在我國海事教育訓練及適任性評 估之應用，2008 航運技術學術研討會，國立高雄海洋科技大學航運技術系。 三、專書 Books 1. 廖宗，2005.1，氣象傳真圖（大副晉升訓練），交通部。 2. 廖宗，2006.4，氣象傳真圖（大副晉升訓練），交通部委託編審。 3. 王一三、廖宗，2006.12，航海氣象（航海大專叢書），ISBN: 978-986-00-8332-3。 4. 廖宗，2006.10.31 ，＂大航海風雲＂海洋薪傳- 海洋船舶文化記實， ISBN:986-00-6887-9。 5. 盧能宗、吳景凱、廖宗、劉安白，2007.9，海事專業英文船舶交通管制通訊，翠 柏企業有限公司，ISBN: 978-986-82115-7-5。 1 2005-2008 國立高雄海洋科技大學專任教師著作目錄 姓 名：陳希敬 職 稱：副教授 學 歷：中國文化大學海洋研究所航運組碩士 專 長：海上交通工程及管理、雷達、電子海圖、GMDSS、電子航海學 ㄧ、國際期刊論文 Referred International Journal Papers 1. 陳希敬，2006.5，Human error assessment and management in port operation using fuzzy AHP, Marine Technology Society Journal. (SCI). Vol.40, No.1. pp.68-81。 二、國際研討會論文 International Conference Papers 1. Chen His-Ching，2005.11.6,The information of AIS applied to the operation of VTS， PACON 2005 Harmonization of Port and Industry. 2. Chen His-Ching, and Lee, H. H., 2006.6, The Design of Anchorage for Waters Outside Kaohsiung Harbor, The 12th Pacific Congress on Marine Science and Technology, PACON 2006 Yangon, Myanmar. 3. H. H. Lee, J.-Y. Lee, H. C. Chen, 2006.6, A Single Mooring Net-cage Subjected to Wave Forces, PACON 2006 Yangon, Myanmar. 三、國內研討會論文 National Conference Papers 1. 陳希敬、林建中、林正忠，2005.12，航管人員知識取得之個案研究—以高雄港務 局船舶交通服務中心為例，第 3 屆十校聯盟航運學術研討會。 2. 陳希敬，2006.9，AIS 於 VTS 之應用，「海上交通安全與管理」兩岸論壇，中華海 研會「海上交通安全與管理」論壇集 8-33 頁。 3. 陳希敬，AIS 於 VTS 之應用，2006.9，「海上交通安全與管理」兩岸論壇。 4. 陳希敬，2006.10，AIS 報告系統之航海應用，航運技術學術暨實務研討會，2006 航運技術學術暨實務研討會論文集 56-86 頁。 四、專書 Books 1. 陳希敬，2005.1，航行安全(大副晉升訓練)，交通部 2. 陳希敬，2005.8，船藝學，建工書局，ISBN: 986-81387-0-1。 3. 陳希敬，2005，海上交通管理，台中港務人員教育訓練教材。 4. 陳希敬，2005，VTS 人員訓練總說及特高頻無線電，台中港務人員教育訓練教材。 5. 陳希敬，2005，電子航海儀器，台中港務人員教育訓練教材。 6. 陳希敬，2005，協調溝通，台中港務人員教育訓練教材。 7. 茍榮華、郭福村、陳希敬、洪秋明、楊子傑、2005.8，船藝學，建工書局 (ISBM:986-81387-0-1)。 8. 陳希敬，2006.4，航行安全(大副晉升訓練)，教育部委託編審。 9. 陳希敬，2006.4.1，航行安全(大副晉升訓練)，交通部。 2 海事學院－航運技術系 10. 陳希敬，2006.9.1，航海知識(港務人員教育訓練教材)，台中港務局。 11. 陳希敬，2006.9.1，人員屬性(港務人員教育訓練教材)，台中港務局。 12. 陳希敬，2006.9.1，操作設備(港務人員教育訓練教材)，台中港務局。 13. 陳希敬，2006.9.1，超高頻無線電操作(港務人員教育訓練教材)，台中港務局。 14. 陳希敬，2006.12.1，電子航儀(航海大專叢書)，教育部，ISBN: 978-986-00-8090-2。 15. 陳希敬，2007.11，人員屬性(港務人員教育訓練教材)，台中港務局。 16. 陳希敬，2007.11，航海知識(港務人員教育訓練教材)，台中港務局。 17. 陳希敬，2008.8，船舶交通法規(97 年港務人員教育訓練教材)，台中港務局。 18. 陳希敬，2008.8，海事人為因素探討(97 年港務人員教育訓練教材)，台中港務局。 19. 陳希敬，2008.8，交管人員素質提升(97 年港務人員教育訓練教材)，台中港務局。. 姓 名：陳彥宏 職 稱：副教授 學 歷：威爾斯大學卡地夫學院海洋事務與國際運輸博士 專 長：海事安全、海事保安、海難調查、船舶安全管理與認證、海事教育與訓練、 航海技術與模擬、國際運輸系統 ㄧ、國際期刊論文 Referred International Journal Papers 1. Chen, Y. H., K. M. Su, September 2005, A Study of the Development of Taiwan Maritime Casualty Database System, Journal of Marine Science and Technology, Vol 13 No.3, pp200-208. 2. Chen, Y. H, Chen S. L, Wu C. H., October 2005, The Impact of Stowaways and Illegal Migrants by Sea - a case study in Taiwan, The 6TH General Assembly of the International Association of Maritime Universities (IAMU), 24-26 October 2005, World Maritime University, Malmo, Sweden. 二、國內期刊論文 Referred National Journal Papers 1. 連淑君、陳彥宏，December 2005，引水人環境變異認知與教育訓練需求之調查研 究，航運季刊第十四卷第四期，pp31-48。 2. 姚玉霜、陳彥宏，December 2005，台灣大宗教向度之社會性反應分析，華人前瞻 研究，第一卷第二期，pp103-122。 三、國際研討會論文 International Conference Papers 1. Chern, L.
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  • Templat Tesis Dan Disertasi

    Templat Tesis Dan Disertasi

    BACTERIAL DIVERSITY AND LIPASE PRODUCING BACTERIA IN FOREST AND OIL PALM PLANTATION AT SAROLANGUN JAMBI INDONESIA MARINI WIJAYANTI GRADUATE SCHOOL BOGOR AGRICULTURAL UNIVERSITY BOGOR 2015 DECLARATION OF THE SOURCE OF THIS DISSERTATION I declare that this dissertation, entitled Bacterial Diversity and Lipase Producing Bacteria in Forest and Oil Palm Plantation at Sarolangun Jambi Indonesia is entirely my own work, assisted by a supervisory committee and has not been submitted in any form for another degree or diploma to any university or other tertiary institution of education. Where this dissertation draws on existing publications, those sources are cited in the text and listed in the references section. Bogor, August 2015 Marini Wijayanti G361110011 RINGKASAN MARINI WIJAYANTI. Keragaman Bakteri dan Bakteri Penghasil Lipase dalam Hutan dan Perkebunan Sawit di Sarolangun Jambi Indonesia. Dibimbing oleh ANJA MERYANDINI, ARIS TRI WAHYUDI, and MUNTI YUHANA. Deforestasi untuk pembukaan lahan perkebunan sawit paling masif terjadi di Asia Tenggara. Hal ini berdampak negatif pada keragaman hayati dan lingkungan. Tanah dan sedimen pada penelitian ini diperoleh dari lapisan atas tanah hutan dataran rendah dan perkebunan sawit, serta perairan yang disekitar situs tersebut. Hutan tersebut berlokasi di Taman Nasional Bukit Duabelas, dan perkebunan sawit sekitar hutan di Sarolangun Jambi Indonesia. Keragaman komunitas bakteri dari tanah dan sedimen perairan area hutan dan kebun sawit Sumatra dipelajari menggunakan pyrosequencing gen 16S rRNA dan indeks keragaman umumnya. Pendekatan filogenetik digunakan untuk mengungkap perubahan komunitas filotipe bakteri dan genusnya di kedua area. Pendekatan ekologis menggunakan nilai pH, kandungan Karbon (C) total, Nitrogen (N) total, Fosfor (P) tersedia dan keragaman bakteri menggunakan indeks Shannon dan Simpson, dan kelimpahan bakteri dengan indeks Chao1-ACE dan OTUs.
  • Appendix 1. Validly Published Names, Conserved and Rejected Names, And

    Appendix 1. Validly Published Names, Conserved and Rejected Names, And

    Appendix 1. Validly published names, conserved and rejected names, and taxonomic opinions cited in the International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology since publication of Volume 2 of the Second Edition of the Systematics* JEAN P. EUZÉBY New phyla Alteromonadales Bowman and McMeekin 2005, 2235VP – Valid publication: Validation List no. 106 – Effective publication: Names above the rank of class are not covered by the Rules of Bowman and McMeekin (2005) the Bacteriological Code (1990 Revision), and the names of phyla are not to be regarded as having been validly published. These Anaerolineales Yamada et al. 2006, 1338VP names are listed for completeness. Bdellovibrionales Garrity et al. 2006, 1VP – Valid publication: Lentisphaerae Cho et al. 2004 – Valid publication: Validation List Validation List no. 107 – Effective publication: Garrity et al. no. 98 – Effective publication: J.C. Cho et al. (2004) (2005xxxvi) Proteobacteria Garrity et al. 2005 – Valid publication: Validation Burkholderiales Garrity et al. 2006, 1VP – Valid publication: Vali- List no. 106 – Effective publication: Garrity et al. (2005i) dation List no. 107 – Effective publication: Garrity et al. (2005xxiii) New classes Caldilineales Yamada et al. 2006, 1339VP VP Alphaproteobacteria Garrity et al. 2006, 1 – Valid publication: Campylobacterales Garrity et al. 2006, 1VP – Valid publication: Validation List no. 107 – Effective publication: Garrity et al. Validation List no. 107 – Effective publication: Garrity et al. (2005xv) (2005xxxixi) VP Anaerolineae Yamada et al. 2006, 1336 Cardiobacteriales Garrity et al. 2005, 2235VP – Valid publica- Betaproteobacteria Garrity et al. 2006, 1VP – Valid publication: tion: Validation List no. 106 – Effective publication: Garrity Validation List no. 107 – Effective publication: Garrity et al.
  • Contents Topic 1. Introduction to Microbiology. the Subject and Tasks

    Contents Topic 1. Introduction to Microbiology. the Subject and Tasks

    Contents Topic 1. Introduction to microbiology. The subject and tasks of microbiology. A short historical essay………………………………………………………………5 Topic 2. Systematics and nomenclature of microorganisms……………………. 10 Topic 3. General characteristics of prokaryotic cells. Gram’s method ………...45 Topic 4. Principles of health protection and safety rules in the microbiological laboratory. Design, equipment, and working regimen of a microbiological laboratory………………………………………………………………………….162 Topic 5. Physiology of bacteria, fungi, viruses, mycoplasmas, rickettsia……...185 TOPIC 1. INTRODUCTION TO MICROBIOLOGY. THE SUBJECT AND TASKS OF MICROBIOLOGY. A SHORT HISTORICAL ESSAY. Contents 1. Subject, tasks and achievements of modern microbiology. 2. The role of microorganisms in human life. 3. Differentiation of microbiology in the industry. 4. Communication of microbiology with other sciences. 5. Periods in the development of microbiology. 6. The contribution of domestic scientists in the development of microbiology. 7. The value of microbiology in the system of training veterinarians. 8. Methods of studying microorganisms. Microbiology is a science, which study most shallow living creatures - microorganisms. Before inventing of microscope humanity was in dark about their existence. But during the centuries people could make use of processes vital activity of microbes for its needs. They could prepare a koumiss, alcohol, wine, vinegar, bread, and other products. During many centuries the nature of fermentations remained incomprehensible. Microbiology learns morphology, physiology, genetics and microorganisms systematization, their ecology and the other life forms. Specific Classes of Microorganisms Algae Protozoa Fungi (yeasts and molds) Bacteria Rickettsiae Viruses Prions The Microorganisms are extraordinarily widely spread in nature. They literally ubiquitous forward us from birth to our death. Daily, hourly we eat up thousands and thousands of microbes together with air, water, food.
  • Biodiversidad Bacteriana Marina: Nuevos Taxones Cultivables

    Biodiversidad Bacteriana Marina: Nuevos Taxones Cultivables

    Departamento de Microbiología y Ecología Colección Española de Cultivos Tipo Doctorado en Biotecnología Biodiversidad bacteriana marina: nuevos taxones cultivables Directores de Tesis David Ruiz Arahal Mª Jesús Pujalte Domarco Mª Carmen Macián Rovira Teresa Lucena Reyes Tesis Doctoral Valencia, 2012 Dr. David Ruiz Arahal , Profesor Titular del Departamento de Microbiología y Ecología de la Universidad de Valencia, Dra. María Jesús Pujalte Domarco , Catedrática del Departamento de Microbiología y Ecología de la Universidad de Valencia, y Dra. Mª Carmen Macián Rovira , Técnico Superior de Investigación de la Colección Española de Cultivos Tipo de la Universidad de Valencia, CERTIFICAN: Que Teresa Lucena Reyes, Licenciada en Ciencias Biológicas por la Universidad de Valencia, ha realizado bajo su dirección el trabajo titulado “Biodiversidad bacteriana marina: nuevos taxones cultivables”, que presenta para optar al grado de Doctor en Ciencias Biológicas por la Universidad de Valencia. Y para que conste, en el cumplimiento de la legislación vigente, firman el presente certificado en Valencia, a. David Ruiz Arahal Mª Jesús Pujalte Domarco Mª Carmen Macián Rovira Relación de publicaciones derivadas de la presente Tesis Doctoral Lucena T , Pascual J, Garay E, Arahal DR, Macián MC, Pujalte MJ (2010) . Haliea mediterranea sp. nov., a marine gammaproteobacterium. Int J Syst Evol Microbiol 60 , 1844-8. Lucena T, Pascual J, Giordano A, Gambacorta A, Garay E, Arahal DR, Macián MC, Pujalte MJ (2010) . Euzebyella saccharophila gen. nov., sp. nov., a marine bacterium of the family Flavobacteriaceae . Int J Syst Evol Microbiol 60 , 2871-6. Lucena T, Ruvira MA, Pascual J, Garay E, Macián MC, Arahal DR, Pujalte MJ (2011) . Photobacterium aphoticum sp.
  • Phylogenomic Analyses of Bradyrhizobium Reveal Uneven Distribution of the Lateral and Subpolar Flagellar Systems, Which Extends to Rhizobiales

    Phylogenomic Analyses of Bradyrhizobium Reveal Uneven Distribution of the Lateral and Subpolar Flagellar Systems, Which Extends to Rhizobiales

    microorganisms Article Phylogenomic Analyses of Bradyrhizobium Reveal Uneven Distribution of the Lateral and Subpolar Flagellar Systems, Which Extends to Rhizobiales Daniel Garrido-Sanz 1 , Miguel Redondo-Nieto 1, Elías Mongiardini 2, Esther Blanco-Romero 1, David Durán 1, Juan I. Quelas 2, Marta Martin 1, Rafael Rivilla 1 , Aníbal R. Lodeiro 2 and M. Julia Althabegoiti 2,* 1 Departamento de Biología, Facultad de Ciencias, Universidad Autónoma de Madrid, c/Darwin 2, 28049 Madrid, Spain; [email protected] (D.G.-S.); [email protected] (M.R.-N.); [email protected] (E.B.-R.); [email protected] (D.D.); [email protected] (M.M.); [email protected] (R.R.) 2 Instituto de Biotecnología y Biología Molecular (IBBM), Facultad de Ciencias Exactas, UNLP y CCT-La Plata-CONICET, La Plata B1900, Argentina; [email protected] (E.M.); [email protected] (J.I.Q.); [email protected] (A.R.L.) * Correspondence: [email protected] Received: 19 December 2018; Accepted: 11 February 2019; Published: 13 February 2019 Abstract: Dual flagellar systems have been described in several bacterial genera, but the extent of their prevalence has not been fully explored. Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110T possesses two flagellar systems, the subpolar and the lateral flagella. The lateral flagellum of Bradyrhizobium displays no obvious role, since its performance is explained by cooperation with the subpolar flagellum. In contrast, the lateral flagellum is the only type of flagella present in the related Rhizobiaceae family. In this work, we have analyzed the phylogeny of the Bradyrhizobium genus by means of Genome-to-Genome Blast Distance Phylogeny (GBDP) and Average Nucleotide Identity (ANI) comparisons of 128 genomes and divided it into 13 phylogenomic groups.
  • Metabolic Roles of Uncultivated Bacterioplankton Lineages in the Northern Gulf of Mexico 2 “Dead Zone” 3 4 J

    Metabolic Roles of Uncultivated Bacterioplankton Lineages in the Northern Gulf of Mexico 2 “Dead Zone” 3 4 J

    bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/095471; this version posted June 12, 2017. The copyright holder for this preprint (which was not certified by peer review) is the author/funder, who has granted bioRxiv a license to display the preprint in perpetuity. It is made available under aCC-BY-NC 4.0 International license. 1 Metabolic roles of uncultivated bacterioplankton lineages in the northern Gulf of Mexico 2 “Dead Zone” 3 4 J. Cameron Thrash1*, Kiley W. Seitz2, Brett J. Baker2*, Ben Temperton3, Lauren E. Gillies4, 5 Nancy N. Rabalais5,6, Bernard Henrissat7,8,9, and Olivia U. Mason4 6 7 8 1. Department of Biological Sciences, Louisiana State University, Baton Rouge, LA, USA 9 2. Department of Marine Science, Marine Science Institute, University of Texas at Austin, Port 10 Aransas, TX, USA 11 3. School of Biosciences, University of Exeter, Exeter, UK 12 4. Department of Earth, Ocean, and Atmospheric Science, Florida State University, Tallahassee, 13 FL, USA 14 5. Department of Oceanography and Coastal Sciences, Louisiana State University, Baton Rouge, 15 LA, USA 16 6. Louisiana Universities Marine Consortium, Chauvin, LA USA 17 7. Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques, CNRS, Aix-Marseille Université, 18 13288 Marseille, France 19 8. INRA, USC 1408 AFMB, F-13288 Marseille, France 20 9. Department of Biological Sciences, King Abdulaziz University, Jeddah, Saudi Arabia 21 22 *Correspondence: 23 JCT [email protected] 24 BJB [email protected] 25 26 27 28 Running title: Decoding microbes of the Dead Zone 29 30 31 Abstract word count: 250 32 Text word count: XXXX 33 34 Page 1 of 31 bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/095471; this version posted June 12, 2017.