Thèse De Doctorat
Total Page：16
File Type：pdf, Size：1020Kb
UNIVERSITÉ PARIS-SUD ÉCOLE DOCTORALE 418 : DE CANCÉROLOGIE Laboratoire : Oncogenèse des épithéliums digestifs – Institut Cochin THÈSE DE DOCTORAT SCIENCES DE LA VIE ET DE LA SANTÉ par Pierre-Alexandre JUST Etude du rôle de LKB1 dans le foie Date de soutenance : 10/12/2014 Composition du jury : Directeur de thèse : Christine PERRET DR1, INSERM, Paris Rapporteurs : Valérie PARADIS PU-PH, Université Paris Diderot, Paris Anne-Françoise BURNOL DR1, CNRS, Paris Examinateurs : Benoît TERRIS PU-PH, Université Paris Descartes, Paris Jean ROSENBAUM DR1, INSERM, Bordeaux Président : Christian AUCLAIR PU, ENS, Cachan ii Remerciements Au moment d’achever la rédaction de ce mémoire, je souhaite remercier un grand nombre de personnes qui ont permis cette aventure dans le monde LKB1. Monsieur le professeur Christian Auclair, depuis mon Master 2, je suis étu- diant au sein de votre École doctorale et j’ai pu apprécier l’incroyable diversité, la pluridisciplinarité et la qualité de son enseignement. Vous avez à plusieurs reprises jugé mon travail lors de différentes présentations et vos remarques m’ont toujours été sources de réflexions fructueuses. Soyez-en remercié. Madame le professeur Valérie Paradis, vous me faites l’honneur de juger mon travail. Votre travail de recherche est en effet pour moi un exemple, alliant intelligemment observations anatomocliniques et confrontations biologiques. J’ap- précie votre raisonnement, partant d’approches morphologiques et aboutissant à de nouveaux paradigmes pour la carcinogenèse hépatique, notamment celle liée au syndrome métabolique. Soyez-en remerciée. Chère Anne-Françoise, voilà quelques années que je fréquente épisodique- ment ton bureau pour bénéficier de tes discussions pertinentes. Tu t’es toujours rendue disponible pour entendre mes hypothèses, souvent farfelues, et apporter, sans aucun a priori (ce qui est une qualité malheureusement trop rare dans le monde de la recherche), des éléments de réponse et des conseils expérimentaux de premier choix. Je pense que ce travail n’est qu’une introduction à de futurs tra- vaux en commun, experte que tu es en métabolisme et signalisation, et bien plus consciencieuse que moi dans l’approche expérimentale. Sois-en remerciée. Monsieur Jean Rosenbaum, vous me faites également l’honneur de vous dé- placer pour juger mon travail. Nous n’avons pas encore eu l’occasion de nous rencontrer directement mais je ne doute pas que vos remarques et commentaires seront fructueux pour l’aboutissement de ce travail. Soyez-en remercié. Très cher Benoît, tu as toujours été mon mentor et tu as su me guider vers l’équipe de Christine pour mon Master 2 et mon doctorat. Tu m’as gentiment laissé « compter les carbones » au lieu de faire un travail purement alimentaire. J’ai pris beaucoup de plaisir sur ce projet assez fondamental mais je pense que ton inté- rêt marqué pour les corrélations génotype/phénotype sera, à l’avenir, certainement source de beaux travaux ensemble. Sois-en remercié. Ma très chère Christine, tout ce travail accompli l’a été grâce à toi. Tu as été une directrice formidable, me laissant très libre pour aborder empiriquement différentes hypothèses et angles d’approche. Ta connaissance encyclopédique de la biologie a fait évoluer le projet vers des concepts audacieux et hors des sentiers battus. Ton approche conceptuelle et empirique de la biologie est celle qui me plait. Nous ne réfléchissons pas de la même manière mais nous nous sommes toujours retrouvés sur le fond des choses ; j’aime ton habilité à manier les concepts, quitte à les défaire si la vraie vie ne colle pas avec les idées trop bien assises. Merci pour iii tout. Sur le papier, mon projet de thèse paraissait simple. Dans les faits, les résultats obtenus ont rarement été ceux qui étaient attendus, faisant évoluer ce projet vers de nombreuses pistes, plus ou moins fructueuses, parfois opposées. Ceci a fait toute la richesse de ce projet, mais a nécessité l’aide précieuse de nombreuses personnes. Tout d’abord, un immense merci à l’équipe « LKB1 », par ordre d’apparition sur scène : Virginie Audard, Laëtitia Finzi qui m’a tout appris, Soso et le fameux blot du 24 décembre qui nous a appris l’existence de ∆N-LKB1, Rajae ma colloc de bureau et de projet et avec qui j’ai su apprécier les délices de Fairouz pour oublier les déprims de manip, Valérie qui a géré avec brio les différentes lignées de souris, de nombreuses techniques histologiques et qui n’a pas d’égal pour récolter 30 litres de sang à partir d’une seule souris, Typhanie qui a beaucoup débrouillé le phénotype des bébés LKB1, Frédéric, directeur de la LFSWBE, tu as su faire perdurer la grande tradition du Western, Monsieur le président Massiré qui s’est plongé comme personne dans la difficile compréhension des altérations métaboliques des souris LKB1, Roland qui a mis toute sa compétence et sa rigueur pour l’étude techniquement difficile des tumeurs humaines et enfin Sara qui a, je l’espère, l’immense plaisir de poursuivre ce projet passionnant et de se former à l’archéologie de mes congélateurs mal rangés. À Catherine, car avec toi la culture n’était pas que cellulaire. Merci pour tout ton apprentissage du génie génétique. Chère Hélène, un infini merci pour tes discussions fructueuses et ta relecture attentive de ce « polar », tant sur le fond que sur la forme. Un grand merci également aux autres groupes de l’équipe : — aux Romagnolo : Béatrice, John, Medhi, Aurélie, la « Belge » (à qui je dois toujours une tablette de chocolat aux noix), ... : vous avez fait la bonne ambiance générale du labo et vous m’avez souvent aidé pendant mes congés pour surveiller (et peser...) de près mes petites souris, mêmes quand elles étaient nourries de farine de matsa. — aux Colnot : Sabine, Cécile, Angélique, Chiara, Pascalette, Nadia.... : ma foie, ce ne sera pas la dernière foie que je parlerai de foie avec vous... Merci pour toutes nos manips et discussion conjointes. Un merci spécial à Cécile qui m’a appris l’IHC sur souris et une pensée émue pour Cyril dont le départ nous a à tout jamais privé de son humour et de sa bonne humeur légendaires. — aux Immunos : Jean-Pierre, Anne-Marie, Antoine... Même si je ne com- prends pas grands choses à vos hautes sphères, j’ai beaucoup aimé travaillé avec vous ! Ce travail a grandement bénéficié de magnifiques collaborations : — avec le groupe de Carina Prip-Buus, pour l’étude du métabolisme lipi- dique et de la bioénergétique mitochondriale. Vous m’avez ouvert les portes iv de votre labo avec beaucoup de gentillesse et m’avez livré tous vos secrets expérimentaux. Carina, j’espère que nous allons continuer à travailler en- semble car j’apprécie beaucoup ton raisonnement et ta rigueur, mêlés à toute ta sympathie. Merci infiniment à Véronique pour m’avoir appris à manier toute sorte de matériels assez étranges pour moi, soufflette à air comprimé, guillotine... — avec le groupe de Frédéric Lemaigre, notamment Alexis Poncy, qui ont réalisé la superbe étude morphologique de la tubulogenèse biliaire dans nos souris. — avec l’équipe de Serge Luquet, notamment Raphaël Denis, qui ont réalisé la complexe étude calorimétrique de nos souris. — avec Cédric Coulouarn, pour de nombreuses analyses bioinformatiques présentées dans ce mémoire. Un grand nombre de facilités offertes par l’Institut Cochin ont été mises à profit : la plateforme des animaleries (un grand merci à Isabelle, qui sait si bien concilier bien-être animal avec impératifs expérimentaux), la plateforme GENO- MIC, notamment Florent, et la plateforme HISTIM. Merci également à Patricia, gestionnaire hors pair, pour avoir fait passé mes commandes avant celles de John... Pour finir sur ce côté de la rue, je ne citerai pas, de peur d’en oublier certains, toutes les personnes que j’ai côtoyées au sein de l’Institut, leur demandant conseils ou leur taxant des réactifs. C’est un plaisir de travailler ici tant les échanges sont riches et variés. Je pense en particulier aux Maire, Desdouets, Mayeux, Viollet, Postic, Bouillaud, Vaulont, etc. En traversant la rue du Faubourg Saint-Jacques, je dois maintenant remercier l’ensemble du personnel du service de pathologie de l’hôpital, pour m’avoir aidé et supporté pendant mes années de transition. Tout d’abord mes plus profonds remer- ciements à madame le professeur Marie-Cécile Vacher-Lavenu qui a toujours eu pour moi la plus grande bienveillance et qui a su gentiment me témoigner de sa confiance dans mon parcours hospitalo-universitaire. J’apprécie grandement tous les efforts et les excellentes conditions de travail que vous m’apportez pour mon épanouissement de routine et de recherche. Un grand merci également à madame Anne Audebourg qui a su m’aider à développer certains immunomarquages dé- licats et qui m’a (trop) souvent laissé m’étaler avec mon bazar sur sa paillasse. Merci également à madame Brigite Radenen, pour avoir toujours accepté mes demandes souvent trop urgentes... Enfin, une mention spéciale pour Bécassine Pup- pet pour avoir assuré presque toute ma routine pendant que je me noyais dans la rédaction de ce mémoire (et c’est tout...), et à Bubulle qui prend le relais, mais en musique. Enfin, un grand merci à monsieur le docteur Alexandre Rouquette, responsable qualité, chef de l’aile éponyme, directeur de l’UF Entité, orthotypo- graphiste des hôpitaux de Paris, et qui doit être le seul à comprendre pourquoi v je tiens à remercier maintenant Shane McGowan, Jean-Côme Charpentier, les frères Tang, le maire de Longjumeau et the Gingerbread man. « L’argent ne fait pas le bonheur », mais comme il y contribue fortement, je re- mercie sincèrement François Bassompierre et les postes d’accueil CNRS/AP- HP pour m’avoir financé deux ans pendant cette thèse. Merci à LATEX, pour le pire mais surtout pour le meilleur.