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ANNÉE 2017 THÈSE / UNIVERSITÉ DE RENNES 1 sous le sceau de l’Université Bretagne Loire pour le grade de DOCTEUR DE L’UNIVERSITÉ DE RENNES 1 Mention : Biologie et Sciences de la Santé Ecole doctorale Ecologie, Géosciences, Agronomie ALimentation Alice GADEA Préparée dans l’unité de recherche UMR CNRS 6553 EcoBio - PHENOME Ecosystèmes, Biodiversité, Evolution - UFR des Sciences de la Vie et de l’Environnement et dans l’unité de recherche UMR CNRS 6226 ISCR - CORINT Institut des Sciences Chimiques de Rennes - Faculté de Pharmacie Thèse soutenue à Rennes Lichens et le 11 décembre 2017 devant le jury composé de : Gastéropode du Catherine LEBLANC Directrice de Recherche au CNRS, Station Biologique Subantarctique : de Roscoff / rapporteur Olivier GROVEL Professeur à l’Université de Nantes / rapporteur Ecologie chimique et Martin GRUBE Professeur à l’Université de Graz, Autriche / examinateur relations trophiques Luc MADEC Professeur à l’Université de Rennes 1 / examinateur Anne-Cécile LE LAMER Maître de Conférences à l’Université de Toulouse 3 / Examinatrice Françoise LOHEZIC-LE DEVEHAT Maître de Conférences à l’Université de Rennes 1 / Examinatrice Joël BOUSTIE Professeur à l’Université de Rennes 1 / Co-directeur de thèse Maryvonne CHARRIER Maître de Conférences à l’Université de Rennes 1 / Directrice de thèse Lexique de lichnologie Apothécie : organe produit par le mycobiote permettant la reproduction sexuée du lichen par la production de spores. Céphalodie : Petit organe bien délimité, soit à l’intérieur du thalle, soit émergent en petite excroissance à la surface de celui-ci, contenant les cyanobactéries lorsqu’elles sont présentes en tant que photosymbiote secondaire. Cordon axial : Ensemble d’hyphes très serrés parallèles à l’axe, formant un cordon très résistant dans la partie centrale du thalle (essentiellement chez les usnées). Cortex : Enchevêtrement plus ou moins dense et régulier d’hyphes, occupant les parties extérieures du thalle lichénique. Hyphes : Filaments microscopiques, de quelques micromètres de diamètre, constituant les champignons. Isidies : Petites excroissances cortiquées, de quelques dixièmes de millimètre, élaborées par un thalle lichénique. Elles contiennent le photobiote principal et le mycobiote. Elles permettent la reproduction végétative du thalle par détachement du thalle. Médulle : Enchevêtrement d’hyphes lâches de champignon. Phylloclades : Petites squamules ornant presque tous les pseudopodétions des lichens de la famille des Stereocaulaceae. Elles sont constituées d’une médulle et d’une couche algale. Pseudocyphelles : Petites ouvertures observées au niveau du cortex au fond desquelles affleure la médulle. Pseudopodétion : Thalle érigé dit secondaire provenant de l’élongation du thalle primaire initialement sous forme de granules basales. Soralie : ouverture de la face supérieure du thalle lichénique, laissant échapper les sorédies Sorédies : Granules non cortiqués, de très petite taille, formés d’enchevêtrement d’algues et d’hyphes, et qui permettent la reproduction végétative par la dispersion aisée des deux partenaires. Thalle crustacé : Thalle formant une croute fortement adhérente au substrat dans lequel pénètrent les hyphes de la médulle. Ces lichens ne possèdent pas de cortex inférieur. Thalle foliacé : Thalle en forme de lames ayant plus ou moins l’apparence de feuilles. Thalle fruticuleux : Thalle plus ou moins buissonnant, dressé ou pendant, n’adhérant au substrat que par une surface très réduite. Tomentum : couverture dense de poils située sur la face inférieure du lichen. Rappels morphologiques Usnea taylorii Apothécie Coupe’transversale’de’branche’dUsnea taylorii Pseudocyphellaria crocata Coupe transversale de thalle de Pseudocyphellaria crocata Argopsis friesiana Remerciements Remerciements Ces’ trois’ années’ de’ thμse’ ont’ été’ une’ belle’ aventure,’ au’ cours’ de’ laquelle’ jai’ pu’ faire’ de belles rencontres et je tiens donc à remercier toutes les personnes qui ont contribué de près ou de loin à la réalisation de ce travail. Tout’dabord’je’tiens’δ’exprimer’toute’ma’reconnaissance’aux’différents’membres’du’jury : Catherine Leblanc et Olivier Grovel pour’avoir’accepté’dêtre’les’rapporteurs’de’ce’travail’et’Anne-Cécile Le Lamer, Martin Grube, Luc Madec et Damien Ertz (membre invité) pour avoir accepté de le juger. Je souhaite ensuite exprimer toute ma gratitude à mes directeurs et encadrante de thèse, Maryvonne Charrier, Joël Boustie et Françoise Lohézic-Le Dévéhat pour’mavoir’soutenue’et’conseillée’tout’au’ long’de’cette’thμse.’Je’vous’remercie’également’de’mavoir’donné’lopportunité’de’participer’δ’de’ nombreux congrès et journées scientifiques afin de pouvoir présenter mes travaux. Merci de votre confiance’pour’ce’travail’pluridisciplinaire,’δ’linterface’de’la’chimie’des’substances’naturelles’et’de’ lécologie.’Deux’mondes’qui’semblent’assez’proches’et’pourtant’parfois’tellement’différents.’Jespμre’ avoir’ été’ δ’ la’ hauteur’ de’ ce’ défi.’ Je’ vous’ remercie’ également’ de’ mavoir’ fait’ confiance’ pour’ lencadrement’de’stagiaires’et’pour’mavoir’donné’lopportunité’de’participer’aux’enseignements’de’ pharmacognosie. Maryvonne,’ jai’ été’ honorée’ davoir’ pu’ partager’ lexpérience’ de’ ma’ premiμre’ campagne’dété’δ’Crozet’avec’toi’et’Damien.’Merci’pour’tes’conseils,’ta’confiance’et’ton’expérience’ que’ tu’ mas’ transmise’ dans’ le’ domaine’ de’ la’ malacologie,’ de’ lécologie’ et’ des’ études’ comportementales. Joël, merci pour vos conseils, avant même le début de la thèse lors de la préparation du’concours’jusquaux’derniers’moments’difficiles’de’la’rédaction’et’de’la’préparation’de’loral.’Enfin’ Françoise, co-encadrante officielle mais co-directrice officieuse, merci pour ton optimisme sans faille, pour les réunions crayons de couleurs dans ton bureau, pour ta disponibilité, ta présence et ton soutien dans les moments de stress et de doute. Merci à Anne-Cécile Le Lamer,’tu’mas’accueillie’au’début’de’ma’thμse’lors’de’ton’séjour rennais et tu mas’fait’découvrir’les’secrets’de’la’phytochimie’des’lichens.’Merci’pour’les’bons’moments’passés’ ensemble et ton soutien à distance après ton départ à Toulouse. Merci à Damien Ertz,’pour’mavoir’initié’δ’la’connaissance’des’lichens’du Subantarctique, pour ta disponibilité pour répondre à toutes mes questions et tes suggestions avisées lors de la réalisation de certaines de mes expériences. Merci également pour les bons moments passés sur le Marion Dufresne et sur Crozet. I Remerciements Un immense merci aux techniciennes du laboratoire COrInt pour leur aide inestimable et leur gentillesse : Aurélie,’pour’mavoir’formé’sur’lHPLC’et’le’spectromμtre’de’masse,’ton’aide’sur’la’mise’ en place du protocole de quantification avec Corentin et pour ta grande disponibilité. Isabelle, merci pour ton efficacité et ton organisation, aussi bien pour la réalisation des tests biologiques que pour la gestion’de’mes’lichens’dans’lherbier.’Enfin’Solenn, merci pour ta bonne humeur, ton aide pour la réalisation’et’linterprétation des spectres RMN mais aussi pour les bons moments passés lors des sorties’champignons’et’du’traitement’des’CCM’prép.’A’Ecobio’je’remercie’également’Stéphanie et Valérie B.’pour’leur’aide’avec’mes’élevages’descargots’lors’de’mon’séjour’δ’Crozet. Merci également à toi Valérie B. pour ta disponibilité et tous les articles que tu as pu me trouver. Merci à toutes les personnes du 4ème pour’ la’ vie’ de’ labo’ au’ quotidien,’ pour’ rendre’ le’ fait’ daller’ travailler agréable, pour les conseils cuisine et pour tous les gâteaux. Marylène et Béatrice pour votre gentillesse, votre soutien et tous vos précieux conseils sur les techniques analytiques, en particulier sur’la’mise’en’place’dune’méthode’de’quantification.’Maryse, un très grand merci pour ta disponibilité, et’tout’ce’que’tu’as’fait’pour’me’permettre’daller’en’mission’et’en’congrμs’sans’rien’oublier.’Merci’ également à toi Sophie pour tes conseils sur mon travail et sur mon futur, ta gentillesse et tes encouragements durant ces trois années. Enfin Audrey, je garde un très bon souvenir de notre présentation à Pint of Sciences et de ton intérêt pour les lichens, merci à toi pour ces moments. Je remercie’également’toutes’les’personnes’de’chimie’organique’et’chimie’analytique’de’léquipe’pour’ leur accueil lors de mes différents passages : Claudia, Gilles, Michèle, Phillipe, Nicolas (merci beaucoup pour la calycine), Marielle, Myriam, Jean-Pierre, Vianney, Benjamin, Cédric, Jaques, Jean-François, Patrice, Mickael, Christelle, Marie-Laurence, Milcart, Patricia, Morgane, Erell. Merci’également’aux’collμgues’de’léquipe’Phénome : David, Hervé et Marc pour leurs conseils. Je remercie’également’léquipe’administrative’dEcobio : Tifenn, Sandra, Fabienne, Valérie H., Valérie B., Isabelle et Bertrand pour leur aide lors des différentes formalités. Merci à David Delmail, Sophie Tomasi et Françoise Lohézic-Le Dévéhat pour’ mavoir’ initiée’ δ’ lenseignement’de’la’pharmacognosie,’de’la’botanique’et’de’la’mycologie.’Ces’séances’de’TP’ont’été’ des’moments’agréables’qui’mont’permis’de’me’rendre’compte’que’lenseignement’est’une’partie’de’ la recherche différente mais très intéressante. Durant’ces’trois’années,’jai’pu’être’assistée’par’plusieurs’stagiaires’dont’le’travail’a’grandement’ contribué’ δ’ lobtention’ dune’ partie’ de’ mes résultats. Merci à Morgane et Emma pour’ létude’ phytochimique préliminaire de P. crocata, Corentin pour ton incroyable travail et ton implication avec Aurélie’ pour’ la’ mise’ en’ place’ et’ la’ validation’ dune’ méthode’ de’ quantification’ des’ composés’ II Remerciements