Antitumoral Actions of Vismia Baccifera on Human Hepatocellular Carcinoma Hepg2

Total Page:16

File Type:pdf, Size:1020Kb

Antitumoral Actions of Vismia Baccifera on Human Hepatocellular Carcinoma Hepg2 Universidad del País Vasco Facultad de Medicina y Enfermería Departamento de Fisiología Antitumoral actions of Vismia baccifera on human hepatocellular carcinoma HepG2 Tesis doctoral para optar al grado de Doctor, presentada por: Jenifer Trepiana Arín Leioa, Julio 2016 Directores de tesis: Mª Begoña Ruiz Larrea José Ignacio Ruiz Sanz (c)2016 JENIFER TREPIANA ARIN In order to conduct this Doctoral Thesis I have been awarded a Predoctoral Research Training grant by the University of the Basque Country, UPV/EHU during the period 2012-2016. In addition, I have also been awarded a mobility grant for researchers from the University of the Basque Country, UPV/EHU for a three months stay in the INSERM VINCO U916, Institute Bergonié, Bordeaux, France, under the supervision of Dr. Mojgan Djavaheri-Mergny. This work was supported by research grants from the Basque Country Government (Department of Education, Universities and Research, ref. IT687-13, and DCIT, ref. S- PE12UN056), and University of the Basque Country, UPV/EHU (CLUMBER UFI11/20). Technical and human support provided by SGIKer (UPV/EHU, MICINN, GV/EJ, ESF) is gratefully acknowledged. AGRADECIMIENTOS Ante todo me gustaría agradecer a mis directores de tesis, Mª Bego y José Ignacio, por permitirme formar parte del grupo de investigación y por enseñarme a lo largo de estos años. Gracias por vuestra disponibilidad, por vuestra ayuda y por vuestros consejos durante todo el doctorado. También me gustaría agradecer a Mojgan Djavaheri-Mergny, por darme la oportunidad de pasar tres meses en el laboratorio del Instituto Bergonié de Burdeos. Muchas gracias por todo lo que me has enseñado y el buen trato recibido durante toda la estancia, tanto por tu parte como por la de los compañeros del laboratorio. Agradecer a toda la gente del ”labo”, tanto a los que ya estaban cuando llegué como a los que acaban de empezar. En especial, a todo el grupo de “Radicales libres” por el buen ambiente, que ha sido mucho mejor de lo que me podría haber imaginado. En primer lugar a Oihana, porque fuiste la primera persona que conocí en el laboratorio y por enseñarme tan bien durante mis primeros meses. A Susana, por todo lo que me has ayudado, por tu alegría y por todas las horas que hemos compartido. A Irantzu, por todas esas charlas en el despacho y por el ánimo que me has dado. En definitiva, a todos los “Radicales”, porque ya podría trabajar siempre con gente como vosotros. A Josean, por todo lo que me has ayudado con los cultivos celulares durante estos años, y por estar siempre dispuesto a echar una mano. A todos los del grupo de “Colesterol”, del primero al último, porque después de pasar tanto tiempo juntos os habéis convertido en algo más que compañeros de trabajo. Siempre voy a recordar esas celebraciones y despedidas con todos los de “Radicales” y “Colesterol”, algunas con “gincana” y regalo de embutidos incluidos. A todos los que ya han terminado su etapa en el laboratorio. En especial a Juan, porque sigues siendo el alma positiva incluso cuando estás a miles de kilómetros; así da gusto. A mis amigos, por su interés en mis investigaciones. En especial a los de Miranda, que siempre han creído que voy a llegar lejos. A mis padres y hermanas, por apoyarme y mostrar tanto interés en mis experimentos. A mi hermana Juncal y mi cuñado Víctor, por preguntarme cada día “¿Qué tal tus células?”, y por escuchar mis “batallitas” en el laboratorio. Gracias a todos por vuestro apoyo y ánimo, porque sin vosotros no hubiese llegado hasta aquí. Y por último, me gustaría agradecer de forma especial a Iñaki. Gracias por escucharme siempre y haberme ayudado en los días más duros. Porque has conseguido que sobretodo estos últimos meses hayan sido más llevaderos con todas esas “risotadas” y “chanzas” juntos, que me hacen desconectar del trabajo cuando estás a mi lado. A todos vosotros, gracias. Jenifer. TABLE OF CONTENTS Table of contents TABLE OF CONTENTS ABBREVIATIONS ------------------------------------------------------------------------------------------------ 25 RESUMEN --------------------------------------------------------------------------------------------------------- 31 1. INTRODUCTION ---------------------------------------------------------------------------------------------- 41 1.1. Traditional medicine and Vismia baccifera ---------------------------------------------------- 43 1.2. Polyphenols as chemotherapeutic agents ----------------------------------------------------- 45 1.3. ROS sources in hepatocarcinoma cell lines ---------------------------------------------------- 48 1.4. ROS influence in the main transduction pathways implicated in HCC ----------------- 50 1.4.1. PI3K/Akt pathway -------------------------------------------------------------------------- 51 1.4.2. The MAPK pathway ------------------------------------------------------------------------ 54 1.4.3. MAPK pathway regulated by ROS ------------------------------------------------------ 56 1.5. Cell cycle control and ROS ------------------------------------------------------------------------- 59 1.5.1. Cyclin-CDK complexes --------------------------------------------------------------------- 59 1.5.2. The G1 checkpoint -------------------------------------------------------------------------- 60 1.5.3. Control of S phase -------------------------------------------------------------------------- 66 1.5.4. The G2 checkpoint -------------------------------------------------------------------------- 66 1.5.5. DNA damage response -------------------------------------------------------------------- 68 1.6. Endoplasmic reticulum stress --------------------------------------------------------------------- 70 1.6.1. IRE1-XBP1 pathway ------------------------------------------------------------------------ 71 1.6.2. PERK-eIF2α-ATF4-CHOP ------------------------------------------------------------------- 72 1.6.3. ATF6 -------------------------------------------------------------------------------------------- 73 1.6.4. The role of ROS in ER stress -------------------------------------------------------------- 74 1.7. Autophagy ---------------------------------------------------------------------------------------------- 75 1.7.1. Mechanism of autophagy ---------------------------------------------------------------- 76 1.7.2. The role of ROS in autophagy ----------------------------------------------------------- 77 2. HYPOTHESIS AND OBJECTIVES -------------------------------------------------------------------------- 83 19 Table of contents 3. MATERIALS AND METHODS ------------------------------------------------------------------------------ 87 3.1. Materials ------------------------------------------------------------------------------------------------ 89 3.2. Methods ------------------------------------------------------------------------------------------------ 89 3.2.1. Preparation of Vismia baccifera extract ---------------------------------------------- 89 3.2.2. Characterization of the total antioxidant activity ---------------------------------- 90 3.2.2.1. ABTS+ radical cation decolorization assay -------------------------------- 90 3.2.2.2. Oxygen radical absorbance capacity (ORAC) ---------------------------- 91 3.2.3. Culture and maintenance of cell lines ------------------------------------------------- 91 3.2.4. Cytotoxicity assay --------------------------------------------------------------------------- 92 3.2.5. Intracellular ROS detection -------------------------------------------------------------- 92 - 3.2.6. Mitochondrial O2 detection ----------------------------------------------------------- 93 3.2.7. Mitochondrial membrane potential (Δψm) ----------------------------------------- 93 3.2.8. Cell cycle analysis --------------------------------------------------------------------------- 94 3.2.9. Caspase activities --------------------------------------------------------------------------- 94 3.2.10. Sample preparation for transmission electron microscopy ------------------- 95 3.2.11. Scratch wound assay --------------------------------------------------------------------- 96 3.2.12. Transwell migration and invasion assay -------------------------------------------- 96 3.2.13. Antioxidant enzyme activities --------------------------------------------------------- 97 3.2.13.1. Superoxide dismutase (SOD) ----------------------------------------------- 97 3.2.13.2. Glutathione peroxidase (GPx) --------------------------------------------- 98 3.2.14. Determination of GSH and GSSG levels --------------------------------------------- 99 3.2.15. H2O2 measurement --------------------------------------------------------------------- 100 3.2.16. Protein immunodetection by western blot --------------------------------------- 101 3.2.17. Samples preparation for immunofluorescence confocal microscopy ----- 102 3.2.18. XBP1 alternative splicing determination by RT-PCR ---------------------------- 103 3.2.19. Adhesion assay --------------------------------------------------------------------------- 105 3.2.20. Statistical analysis ------------------------------------------------------------------------ 105 20 Table of contents 4. RESULTS ------------------------------------------------------------------------------------------------------- 107 4.1. Cytotoxic actions of V. baccifera on human hepatocarcinoma HepG2 cell line ---- 109 4.1.1. Cell toxicity ---------------------------------------------------------------------------------- 109 - 4.1.2. Intracellular ROS and mitochondrial O2 --------------------------------------------
Recommended publications
  • Diplome D'etat De Docteur En Pharmacie
    Université de Lille 2 Faculté des Sciences Pharmaceutiques Année Universitaire 2011/2012 et biologique de Lille THESE POUR LE DIPLOME D'ETAT DE DOCTEUR EN PHARMACIE Soutenue publiquement le lundi 2 juillet 2012 Par M. François FLAMENT _____________________________ LES HYPÉRICACÉES ET LES CLUSIACÉES MÉDICINALES _____________________________ Membres du jury : Président : DUPONT Frédéric, Professeur, Faculté de Pharmacie de Lille Assesseur(s) : COURTECUISSE Régis, Professeur, Faculté de Pharmacie de Lille Membre(s) extérieur(s) : DELEU Martin, Pharmacien 1 Faculté des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques de Lille 3, rue du Professeur Laguesse - B.P. 83 - 59006 LILLE CEDEX 03.20.96.40.40 - : 03.20.96.43.64 http://pharmacie.univ-lille2.fr Université Lille 2 – Droit et Santé Président : Professeur Christian SERGHERAERT Vice- présidents : Professeur Véronique DEMARS Professeur Marie-Hélène FOSSE-GOMEZ Professeur Régis MATRAN Professeur Salem KACET Professeur Paul FRIMAT Professeur Xavier VANDENDRIESSCHE Professeur Patrick PELAYO Madame Claire DAVAL Madame Irène LAUTIER Monsieur Larbi AIT-HENNANI Monsieur Rémy PAMART Secrétaire général : Monsieur Pierre-Marie ROBERT Faculté des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques Doyen : Professeur Luc DUBREUIL Vice-Doyen, 1er assesseur : Professeur Damien CUNY Assesseurs : Mme Nadine ROGER Professeur Philippe CHAVATTE Chef des services administratifs : Monsieur André GENY Liste des Professeurs des Universités : Civ. NOM Prénom Laboratoire M. ALIOUAT El Moukhtar Parasitologie Mme AZAROUAL Nathalie Physique M. BAILLEUL François Pharmacognosie M. BERTHELOT Pascal Chimie Thérapeutique 1 M. BROUSSEAU Thierry Biochimie Mme CAPRON Monique Immunologie M. CAZIN Jean-Louis Pharmacologie – Pharmacie clinique M. CHAVATTE Philippe Chimie Thérapeutique M. COURTECUISSE Régis Sciences végétales et fongiques M. CUNY Damien Sciences végétales et fongiques Mlle DELBAERE Stéphanie Physique M.
    [Show full text]
  • Interacciones Planta-Animal
    Interacciones planta-animal: Ecología evolutiva y conservación Foto por: L. Núñez Interacciones planta- animal: Ecología evolutiva y conservación Profesores: Dra. María Argenis Bonilla Universidad Nacional de Colombia, Sede Bogotá Dr. Rodolfo Dirzo Universidad de Stanford, Estados Unidos Estudiantes participantes: Diego Fernando Casallas-Pabón ** José Oswaldo Cortés Herrera * Mónica Adriana Cuervo * Francisco Fajardo Gutiérrez * Jennyfer Insuasty Torres * Cindy Cristina Leguízamo Pardo * Eliana Martínez Pachón *** María Inés Moreno Pallares * Luis Alberto Núñez Avellaneda ** Mónica Beatriz Ramírez Burbano * Oscar Andrés Rojas Zamora * Cristian Camilo Sandoval Parra * * Maestría en Ciencias - Biología - Facultad de Ciencias, Universidad Nacional de Colombia ** Doctorado en Ciencias - Biología - Facultad de Ciencias, Universidad Nacional de Colombia *** Doctorado en Agroecología - Facultad de Agronomía, Universidad Nacional de Colombia Edición del documento: Cristian Camilo Sandoval Parra Mónica Beatriz Ramírez Burbano Diego Fernando Casallas-Pabón Tabla de contenido: Agradecimientos ....................................................................................................................................... 1 Presentación y Área de estudio .............................................................................................................. 2 Artículos del proyecto grupal: ................................................................................................................ 4 Casallas-Pabón, D. Rojas-Zamora,
    [Show full text]
  • A Taxonomic Study of Jumping Plant Lice of the Subfamily Liviinae (Hemiptera: Psylloidea) in Central America
    PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA A taxonomic study of jumping plant lice of the subfamily Liviinae (Hemiptera: Psylloidea) in Central America Bakalářská práce ELIZAVETA KVINIKADZE Vedoucí práce: Mgr. Igor Malenovský, Ph.D.Mgr. Igor Malenovský, Ph.D. Ústav botaniky a zoologie Obor Ekologická a evoluční biologie Brno 2021 Bibliografický záznam Autor: Elizaveta Kvinikadze Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita Ústav botaniky a zoologie Název práce: A taxonomic study of jumping plant lice of the subfamily Liviinae (Hemiptera: Psylloidea) in Central America Studijní program: Ekologická a evoluční biologie Studijní obor: Ekologická a evoluční biologie Vedoucí práce: Mgr. Igor Malenovský, Ph.D. Rok: 2021 Počet stran: 92 Klíčová slova: Central America, Liviinae, Diclidophlebia, new species, Melastomataceae, biocontrol agent A TAXONOMIC STUDY OF JUMPING PLANT LICE OF THE SUBFAMILY LIVIINAE (HEMIPTERA: PSYLLOIDEA) IN CENTRAL AMERICA Bibliographic record Author: Elizaveta Kvinikadze Faculty of Science Masaryk University Department of Botany and Zoology Title of Thesis: A taxonomic study of jumping plant lice of the subfamily Liviinae (Hemiptera: Psylloidea) in Central America Degree Programme: Ecological and Evolutionary Biology Field of Study: Ecological and Evolutionary Biology Supervisor: Mgr. Igor Malenovský, Ph.D. Year: 2021 Number of Pages: 92 Keywords: Central America, Liviinae, Diclidophlebia, new species, Melastomataceae, biocontrol agent 3 Anotace Mery (Insecta: Hemiptera: Psylloidea) jsou fytofágní hmyz většinou úzce specializovaný na své hostitelské rostliny, a proto potenciálně vyu- žitelný v biologické regulaci invazních druhů rostlin. Miconia calvescens (Melastomataceae) je dřevina původně rozšířená ve Střední a Jižní Ame- rice, představující dnes riziko pro mnoho tropických ekosystémů. Rod Diclidophlebia Crawford, 1920 (Liviidae: Liviinae) je nadějná skupina mer pro vyhledání vhodných druhů pro potlačení této invazní rostliny.
    [Show full text]
  • Hypericaceae
    Flora de Veracruz Publicada por el Instituto de Ecología A. C. Xalapa, Veracruz, México Fascículo 148 Noviembre 2008 HYPERICACEAE José Luis Martínez y Pérez1,2 y Gonzalo Castillo-Campos1 HYPERICACEAE Juss. Ascyraceae Plenck Árboles, arbustos o hierbas perennes o anuales; tallo erecto o decumbente, glabro, sin espinas, las ramas glabras o estrellado- ferrugíneas. Hojas opuestas, simples, perennes, glandulares, sésiles, pecioladas, sin estípulas, linear-lanceoladas, elíptico-oblongas, ovadas, glabras o estrellado-ferrugíneas, el margen entero, ondulado, revoluto, el ápice acuminado, obtuso o emarginado, la base cuneada u obtusa, la 1Departamento de Biodiversidad y Sistemática. Instituto de Ecología, A.C. 2Laboratorio de Sistemática. Centro de Investigación en Ciencias Biológicas. Universidad Autónoma de Tlaxcala. Flora de Veracruz nervación paralela o eucamptódroma, el pecíolo a veces alado. Inflorescencia terminal o axilar, cimosa, corimbosa o subcorimbosa, laxa; flores hermafroditas, ocasionalmente solitarias; las brácteas elípticas a oblongas, membranáceas, las bracteolas lineares a elípticas, los pedicelos cortos, ocasionalmente alados; cáliz de 5 (-4) sépalos, libres o connados cerca de la base, oblongos, lanceolados, desiguales, membranáceos, coriáceos, glandulares; corola actinomorfa o zigomorfa, los pétalos 4-5, libres; estambres pocos a numerosos, las anteras dorsifijas, 2-tecas, oblongas; ovario súpero, 2-5 carpelar, ovoide a globoso, (1-) 3-5-locular, la placentación axial o parietal, los óvulos numerosos, los estilos (2-) 3-5, connados en la base, apicales, el estigma capitado. Fruto capsular o abayado, (1-) 3-5-locular, indehiscente, dehiscente; semillas numerosas. Esta familia fue segregada de Clusiaceae (Robson, 1978), la cual anteriormente era conocida como Guttiferae (Standley & Williams, 1961; Watson & Dallwitz, 1992; Rodríguez, 2001; Hammel & Robson, 2001).
    [Show full text]
  • Hypericeae E Vismieae: Desvendando Aspectos Químicos E
    UNIVERSIDADE FEDERAL DO RIO GRANDE DO SUL FACULDADE DE FARMÁCIA PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM CIÊNCIAS FARMACÊUTICAS Hypericeae e Vismieae: desvendando aspectos químicos e etnobotânicos de taxons de Hypericaceae KRIPTSAN ABDON POLETTO DIEL PORTO ALEGRE, 2021 1 2 UNIVERSIDADE FEDERAL DO RIO GRANDE DO SUL FACULDADE DE FARMÁCIA PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM CIÊNCIAS FARMACÊUTICAS Hypericeae e Vismieae: desvendando aspectos químicos e etnobotânicos de taxons de Hypericaceae Dissertação apresentada por Kriptsan Abdon Poletto Diel para obtenção do GRAU DE MESTRE em Ciências Farmacêuticas Orientador(a): Profa. Dra. Gilsane Lino von Poser PORTO ALEGRE, 2021 3 Dissertação apresentada ao Programa de Pós-Graduação em Ciências Farmacêuticas, em nível de Mestrado Acadêmico da Faculdade de Farmácia da Universidade Federal do Rio Grande do Sul e aprovada em 26.04.2021, pela Banca Examinadora constituída por: Prof. Dr. Alexandre Toshirrico Cardoso Taketa Universidad Autónoma del Estado de Morelos Profa. Dra. Amélia Teresinha Henriques Universidade Federal do Rio Grande do Sul Profa. Dra. Miriam Anders Apel Universidade Federal do Rio Grande do Sul 4 Este trabalho foi desenvolvido no Laboratório de Farmacognosia do Departamento de Produção de Matéria-Prima da Faculdade de Farmácia da Universidade Federal do Rio Grande do Sul com financiamento do CNPq, CAPES e FAPERGS. O autor recebeu bolsa de estudos do CNPq. 5 6 AGRADECIMENTOS À minha orientadora, Profa. Dra. Gilsane Lino von Poser, pela confiança, incentivo e oportunidades, por me guiar por todos os momentos, por todos os ensinamentos repassados, pelas provocações e “viagens” envolvendo o reino vegetal. Muito obrigado. Ao grupo do Laboratório de Farmacognosia, Angélica, Gabriela, Henrique e Jéssica, pela amizade e bons momentos juntos, dentro e fora do laboratório, de trabalho, companheirismo e descontração.
    [Show full text]
  • Ufam Programa De Pós-Graduaçao Em Química Instituto Nacional De Pesquisas Da Amazônia – Inpa Laboratório De Bioprospecção E Biotecnologia - Labb
    UNIVERSIDADE FEDERAL DO AMAZONAS - UFAM PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇAO EM QUÍMICA INSTITUTO NACIONAL DE PESQUISAS DA AMAZÔNIA – INPA LABORATÓRIO DE BIOPROSPECÇÃO E BIOTECNOLOGIA - LABB ESTRUTURA MOLECULAR E ATIVIDADE BIOLÓGICA DE METABÓLITOS SECUNDÁRIOS DE ESPÉCIES DE Vismia VAND (HYPERICACEAE) LAILA DA SILVA PEDROZA MANAUS 2019 1 LAILA DA SILVA PEDROZA ESTRUTURA MOLECULAR E ATIVIDADE BIOLÓGICA DE METABÓLITOS SECUNDÁRIOS DE ESPÉCIES DE Vismia VAND (HYPERICACEAE) Tese apresentada à Coordenação do Programa de Pós-Graduação em Química da Universidade Federal do Estado do Amazonas (UFAM), como parte dos requisitos para obtenção do título de “Doutora em Química”. ORIENTADORA: PROFA. DRA. CECILIA VERONICA NUNEZ MANAUS 2019 2 3 4 Dedicatória À minha mãe, pela força e apoio que sempre me deu. Não existem palavras que expressem a gratidão que sinto. 5 “Epígrafe” Nada na vida deve ser temido, somente compreendido. Agora é hora de compreender mais para temer menos. (Marie Curie) 6 Agradecimentos Agradeço primeiramente a Deus, pelas bênçãos que tem realizado em minha vida. Aos meus pais, por terem me ensinado a ser a pessoa que sou hoje, em especial a minha querida mãe por sempre estar ao meu lado, dando apoio durante essa jornada de trabalho e sempre dizendo que tudo daria certo, mãe você foi meu alicerce nessa conquista. À minha orientadora, Prof. Dra. Cecilia Veronica Nunez, com quem aprendi muito mais que conhecimentos químicos, a qual me acompanha nesta vida acadêmica desde o PIBIC, mestrado e agora doutorado, agradeço os ensinamentos e a confiança em mim colocada. Ao professor Adrian Pohlit e a sua aluna Lais pela colaboração na realização dos ensaios antimaláricos.
    [Show full text]
  • How to Cite Complete Issue More Information About This Article
    Revista de Biología Tropical ISSN: 0034-7744 ISSN: 2215-2075 Universidad de Costa Rica Rojas-Vera, Janne; Buitrago-Díaz, Alexis; Arvelo, Francisco-A.; Sojo, Felipe-J.; Suarez, Alírica-I.; Rojas, Luis Essential oil composition and cytotoxic activity in twospecies ofthe plant genus Vismia (Hypericaceae) from the Venezuelan Andes Revista de Biología Tropical, vol. 68, no. 3, 2020, July-September, pp. 884-891 Universidad de Costa Rica DOI: https://doi.org/DOI10.15517/RBT.V68I3.39503 Available in: https://www.redalyc.org/articulo.oa?id=44967847013 How to cite Complete issue Scientific Information System Redalyc More information about this article Network of Scientific Journals from Latin America and the Caribbean, Spain and Journal's webpage in redalyc.org Portugal Project academic non-profit, developed under the open access initiative ISSN Printed: 0034-7744 ISSN digital: 2215-2075 Essential oil composition and cytotoxic activity in two species of the plant genus Vismia (Hypericaceae) from the Venezuelan Andes Janne Rojas-Vera1*, Alexis Buitrago Díaz1,2, Francisco A. Arvelo3,4, Felipe J. Sojo3,4, Alírica I. Suarez5 & Luis Rojas6 1. Biomoléculas Orgánicas Research group, Research Institute, Faculty of Pharmacy and Bioanalysis, University of Los Andes, Mérida, Venezuela; [email protected] 2. Analysis and Control Department, Faculty of Pharmacy and Bioanalysis, University of Los Andes, Mérida, Venezuela; [email protected] 3. Bioscience Center, Foundation of Advanced Studies Institute, Sartenejas Valley, Miranda State, Venezuela; [email protected] 4. Tissue Cultivation and Tumor Biology Laboratory, Experimental Biology Institute, Central University of Venezuela, Los Ilustres Avenue, Caracas, Venezuela; [email protected] 5. Natural Products, Faculty of Pharmacy, Central University of Venezuela, Los Ilustres Avenue, Caracas, Venezuela; [email protected] 6.
    [Show full text]
  • Systematics and Biogeography of the Clusioid Clade (Malpighiales) Brad R
    Eastern Kentucky University Encompass Biological Sciences Faculty and Staff Research Biological Sciences January 2011 Systematics and Biogeography of the Clusioid Clade (Malpighiales) Brad R. Ruhfel Eastern Kentucky University, [email protected] Follow this and additional works at: http://encompass.eku.edu/bio_fsresearch Part of the Plant Biology Commons Recommended Citation Ruhfel, Brad R., "Systematics and Biogeography of the Clusioid Clade (Malpighiales)" (2011). Biological Sciences Faculty and Staff Research. Paper 3. http://encompass.eku.edu/bio_fsresearch/3 This is brought to you for free and open access by the Biological Sciences at Encompass. It has been accepted for inclusion in Biological Sciences Faculty and Staff Research by an authorized administrator of Encompass. For more information, please contact [email protected]. HARVARD UNIVERSITY Graduate School of Arts and Sciences DISSERTATION ACCEPTANCE CERTIFICATE The undersigned, appointed by the Department of Organismic and Evolutionary Biology have examined a dissertation entitled Systematics and biogeography of the clusioid clade (Malpighiales) presented by Brad R. Ruhfel candidate for the degree of Doctor of Philosophy and hereby certify that it is worthy of acceptance. Signature Typed name: Prof. Charles C. Davis Signature ( ^^^M^ *-^£<& Typed name: Profy^ndrew I^4*ooll Signature / / l^'^ i •*" Typed name: Signature Typed name Signature ^ft/V ^VC^L • Typed name: Prof. Peter Sfe^cnS* Date: 29 April 2011 Systematics and biogeography of the clusioid clade (Malpighiales) A dissertation presented by Brad R. Ruhfel to The Department of Organismic and Evolutionary Biology in partial fulfillment of the requirements for the degree of Doctor of Philosophy in the subject of Biology Harvard University Cambridge, Massachusetts May 2011 UMI Number: 3462126 All rights reserved INFORMATION TO ALL USERS The quality of this reproduction is dependent upon the quality of the copy submitted.
    [Show full text]
  • Plant DNA Barcodes and a Community Phylogeny of a Tropical Forest Dynamics Plot in Panama
    Plant DNA barcodes and a community phylogeny of a tropical forest dynamics plot in Panama W. John Kressa,1, David L. Ericksona, F. Andrew Jonesb,c, Nathan G. Swensond, Rolando Perezb, Oris Sanjurb, and Eldredge Berminghamb aDepartment of Botany, MRC-166, National Museum of Natural History, Smithsonian Institution, P.O. Box 37012, Washington, DC 20013-7012; bSmithsonian Tropical Research Institute, P.O. Box 0843-03092, Balboa Anco´n, Republic of Panama´; cImperial College London, Silwood Park Campus, Buckhurst Road, Ascot, Berkshire SL5 7PY, United Kingdom; and dCenter for Tropical Forest Science - Asia Program, Harvard University Herbaria, 22 Divinity Avenue, Cambridge, MA 02138 Communicated by Daniel H. Janzen, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA, September 3, 2009 (received for review May 13, 2009) The assembly of DNA barcode libraries is particularly relevant pling: the conserved coding locus will easily align over all taxa within species-rich natural communities for which accurate species in a community sample to establish deep phylogenetic branches identifications will enable detailed ecological forensic studies. In whereas the hypervariable region of the DNA barcode will align addition, well-resolved molecular phylogenies derived from these more easily within nested subsets of closely related species and DNA barcode sequences have the potential to improve investiga- permit relationships to be inferred among the terminal branches tions of the mechanisms underlying community assembly and of the tree. functional trait evolution. To date, no studies have effectively In this respect a supermatrix design (8, 9) is ideal for using a applied DNA barcodes sensu strictu in this manner. In this report, mixture of coding genes and intergenic spacers for phylogenetic we demonstrate that a three-locus DNA barcode when applied to reconstruction across the broadest evolutionary distances, as in 296 species of woody trees, shrubs, and palms found within the the construction of community phylogenies (10).
    [Show full text]
  • Contribuição Para O Conhecimento Fitoquímico Da Espécie Vismia Guianensis (Hypericaceae)
    UNIVERSIDADE FEDERAL DA PARAÍBA CENTRO DE CIÊNCIAS DA SÁUDE PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM PRODUTOS NATURAIS E SINTÉTICOS BIOATIVOS Contribuição para o conhecimento fitoquímico da espécie Vismia guianensis (Hypericaceae). MARIA SALLETT ROCHA SOUZA JOÃO PESSOA 2014 MARIA SALLETT ROCHA SOUZA Contribuição para o conhecimento fitoquímico da Vismia guianensis (Hypericaceae). Dissertação apresentada ao Programa de Pós- Graduação em Produtos Naturais e Sintéticos Bioativos do Centro de Ciências da Saúde da Universidade Federal da Paraíba, como requisito para obtenção do título de Mestre em Produtos Naturais e Sintéticos Bioativos, área de concentração: Farmacoquímica. ORIENTADOR: Prof. Dr. Emidio Vasconcelos Leitão da Cunha CO-ORIENTADORA: Profa. Dra. Maria de Fátima Vanderlei de Souza JOÃO PESSOA, 2014 S729c Souza, Maria Sallett Rocha. Contribuição para o conhecimento fitoquímico da Vismia guianensis (Hypericaceae) / Maria Sallett Rocha Souza.-- João Pessoa, 2014. 94f. : il. Orientador: Emidio Vasconcelos Leitão da Cunha Coorientadora: Maria de Fátima Vanderlei de Souza Dissertação (Mestrado) – UFPB/CCS 1. Produtos naturais. 2. Vismia guianensis. 3.Vismiaquinona A. 4. Canferol. 5. Óleo essencial. 6.Atividade antimicrobiana. UFPB/BC CDU: 547.9(043) AGRADECIMENTOS À Deus por tudo. À minha família, em especial aos meus tios Naidson e Laudina, minha mãe, Rita, e meus primos Naidson Júnior, Nady, Celeste e Olavio por me ajudarem a chegar até aqui. Aos professores que passaram pela minha vida durante toda a minha formação, por todos os ensinamentos. Ao meu orientador Prof. Dr. Emidio Vasconcelos Leitão da Cunha pela confiança e orientação durante esse trabalho. À minha co-orientadora Profa. Dra. Maria de Fátima Vanderlei de Souza pela orientação, atenção e paciência.
    [Show full text]
  • TESIS: Metabolitos Secundarios Del Árbol Tropical Vismia Mexicana
    UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO FACULTAD DE CIENCIAS “Metabolitos secundarios del árbol tropical Vismia mexicana (Clusiaceae) y su actividad sobre la Transcriptasa Reversa (VIH-1)”. T E S I S QUE PARA OBTENER EL TÍTULO DE: B I O L O G A P R E S E N T A : GRISELDA HERNANDEZ PASTEUR DIRECTOR DE TESIS: DR. RICARDO REYES CHILPA 2013 UNAM – Dirección General de Bibliotecas Tesis Digitales Restricciones de uso DERECHOS RESERVADOS © PROHIBIDA SU REPRODUCCIÓN TOTAL O PARCIAL Todo el material contenido en esta tesis esta protegido por la Ley Federal del Derecho de Autor (LFDA) de los Estados Unidos Mexicanos (México). El uso de imágenes, fragmentos de videos, y demás material que sea objeto de protección de los derechos de autor, será exclusivamente para fines educativos e informativos y deberá citar la fuente donde la obtuvo mencionando el autor o autores. Cualquier uso distinto como el lucro, reproducción, edición o modificación, será perseguido y sancionado por el respectivo titular de los Derechos de Autor. HOJA DE DATOS DEL JURADO PRESIDENTE: Dr. Adolfo Andrade Cetto. Facultad de Ciencias. UNAM. VOCAL: Dra. Patrícia Guevara Fefer. Facultad de Ciencias. UNAM SECRETARIO: TUTOR Dr. Ricardo Reyes Chilpa. Instituto de Química. UNAM. SUPLENTE: Dra. Silvia Laura Guzmán Gutiérrez. Instituto de Química. UNAM. SUPLENTE: Dr. Rene de Jesús Cárdenas Vázquez. Facultad de Ciencias. UNAM. 2 AGRADECIMIENTOS En primer lugar agradezco a la máxima casa de estudios superiores, la UNAM por haberme permitido realizar mis estudios tanto de bachillerato como profesionales en sus instalaciones, primero en el CCH Azcapotzalco, luego la Facultad de Ciencias y el Instituto de Química, donde aprendí que la responsabilidad, la persistencia, el compañerismo y la paciencia son indispensables para lograr lo que deseemos.
    [Show full text]
  • Download Final Report File
    YARÉ II PROJECT: Serranía de los Yariguíes Assessment and Research of Endangered Species, Santander, C olombia. Final Report - 2013 Conservation Leadership Programme Follow-Up Award Project Code F0611710 Serrania de los Yariguíes, municipalities of San Vicente de Chucurí and Zapatoca, Santander - Colombia (July 2010 - October 2011) Edited by: Diana Villanueva and Blanca Huertas YARÉ Project team (in alphabetical order): José Aguilar, Viviana Romero, John Arias, Yulied Bautista, Thomas Donegan, Blanca Huertas, Juan Carlos Luna, José Pinto and Diana Villanueva. Contact address: Fundación ProAves Colombia: Carrera 20 Nº 36-61 Bogotá D.C – COLOMBIA E-mail: [email protected] and [email protected] Website: www.proyectoYARE.blogspot.com and www.proaves.org TABLE OF CONTENTS Pages ACKNOWLEDGEMENTS 3 - 4 SECTION 1: SUMMARY 5 INTRODUCTION 6 - 7 YARÉ II TEAM 8 - 9 SECTION 2: AIM AND OBJECTIVES 10 MATERIALS AND METHODS 11 STUDY AREA 11 - 13 Research Sites 13 METHODOLOGY 14 Establishment of the conservation corridor 14 - 16 Recovery of the Ecoroute Lengerke Path 16 - 17 Studies of biodiversity 17 - 21 Working with the community 21 - 22 OUTPUTS AND RESULTS 23 Establishment of the conservation corridor 23 - 24 Recovery of the Ecoroute Lengerke Path 25 - 26 Studies of biodiversity 26 - 35 Working with the community 35 - 36 ACHIEVEMENTS AND IMPACTS 37 - 38 SECTION 3: 39 CONCLUSION 39 PROBLEMS ENCOUNTERED AND LESSONS LEARNT 40 - 41 IN THE FUTURE 41 SECTION 4: 42 APPENDICES 42 - 74 Financial Report 75 BIBLIOGRAPHY 76 - 78 ADDRESS LIST AND WEB LINKS 78 DISTRIBUTION LIST 79 F0611710: YARÉ II Project: Serranía de los Yariguíes Assessment and Research of Endangered species, Santander, COLOMBIA.
    [Show full text]