Mesonauta Festivum
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Selection, Constraint, and Adaptation in the Visual Genes of Neotropical Cichlid Fishes and Other Vertebrates
SELECTION, CONSTRAINT, AND ADAPTATION IN THE VISUAL GENES OF NEOTROPICAL CICHLID FISHES AND OTHER VERTEBRATES by Frances Elisabeth Hauser A thesis submitted in conformity with the requirements for the degree of Doctor of Philosophy Ecology and Evolutionary Biology University of Toronto © Copyright by Frances E. Hauser 2018 SELECTION, CONSTRAINT, AND ADAPTATION IN THE VISUAL GENES OF NEOTROPICAL CICHLID FISHES AND OTHER VERTEBRATES Frances E. Hauser Doctor of Philosophy, 2018 Department of Ecology and Evolutionary Biology University of Toronto 2018 ABSTRACT The visual system serves as a direct interface between an organism and its environment. Studies of the molecular components of the visual transduction cascade, in particular visual pigments, offer an important window into the relationship between genetic variation and organismal fitness. In this thesis, I use molecular evolutionary models as well as protein modeling and experimental characterization to assess the role of variable evolutionary rates on visual protein function. In Chapter 2, I review recent work on the ecological and evolutionary forces giving rise to the impressive variety of adaptations found in visual pigments. In Chapter 3, I use interspecific vertebrate and mammalian datasets of two visual genes (RH1 or rhodopsin, and RPE65, a retinoid isomerase) to assess different methods for estimating evolutionary rate across proteins and the reliability of inferring evolutionary conservation at individual amino acid sites, with a particular emphasis on sites implicated in impaired protein function. ii In Chapters 4, and 5, I narrow my focus to devote particular attention to visual pigments in Neotropical cichlids, a highly diverse clade of fishes distributed across South and Central America. -
Cytogenetics of Gymnogeophagus Setequedas (Cichlidae: Geophaginae), with Comments on Its Geographical Distribution
Neotropical Ichthyology, 15(2): e160035, 2017 Journal homepage: www.scielo.br/ni DOI: 10.1590/1982-0224-20160035 Published online: 26 June 2017 (ISSN 1982-0224) Copyright © 2017 Sociedade Brasileira de Ictiologia Printed: 30 June 2017 (ISSN 1679-6225) Cytogenetics of Gymnogeophagus setequedas (Cichlidae: Geophaginae), with comments on its geographical distribution Leonardo M. Paiz1, Lucas Baumgärtner2, Weferson J. da Graça1,3, Vladimir P. Margarido1,2 and Carla S. Pavanelli1,3 We provide cytogenetic data for the threatened species Gymnogeophagus setequedas, and the first record of that species collected in the Iguaçu River, within the Iguaçu National Park’s area of environmental preservation, which is an unexpected occurrence for that species. We verified a diploid number of 2n = 48 chromosomes (4sm + 24st + 20a) and the presence of heterochromatin in centromeric and pericentromeric regions, which are conserved characters in the Geophagini. The multiple nucleolar organizer regions observed in G. setequedas are considered to be apomorphic characters in the Geophagini, whereas the simple 5S rDNA cistrons located interstitially on the long arm of subtelocentric chromosomes represent a plesiomorphic character. Because G. setequedas is a threatened species that occurs in lotic waters, we recommend the maintenance of undammed environments within its known area of distribution. Keywords: Chromosomes, Conservation, Iguaçu River, Karyotype, Paraná River. Fornecemos dados citogenéticos para a espécie ameaçada Gymnogeophagus setequedas, e o primeiro registro da espécie coletado no rio Iguaçu, na área de preservação ambiental do Parque Nacional do Iguaçu, a qual é uma área de ocorrência inesperada para esta espécie. Verificamos em G. setequedas 2n = 48 cromossomos (4sm + 24st + 20a) e heterocromatina presente nas regiões centroméricas e pericentroméricas, as quais indicam caracteres conservados em Geophagini. -
Comparative Cytogenetics of Neotropical Cichlid Fishes
COMPARATIVE A peer-reviewed open-access journal CompCytogen 8(3): 169–183 (2014)Comparative cytogenetics of Neotropical cichlid fishes... 169 doi: 10.3897/CompCytogen.v8i3.7279 RESEARCH ARTICLE Cytogenetics www.pensoft.net/journals/compcytogen International Journal of Plant & Animal Cytogenetics, Karyosystematics, and Molecular Systematics Comparative cytogenetics of Neotropical cichlid fishes (Nannacara, Ivanacara and Cleithracara) indicates evolutionary reduction of diploid chromosome numbers Lucie Hodaňová1, Lukáš Kalous1, Zuzana Musilová1,2,3 1 Department of Zoology and Fisheries, Faculty of Agrobiology, Food and Natural Resources, Czech University of Life Sciences Prague, Prague, Czech Republic 2 Laboratory of Fish Genetics, Institute of Animal Physiology and Genetics AV CR, Libechov, Czech Republic 3 Zoological Institute, University of Basel, Switzerland Corresponding author: Zuzana Musilová ([email protected]) Academic editor: Petr Rab | Received 17 February 2014 | Accepted 29 July 2014 | Published 8 August 2014 http://zoobank.org/E973BC3C-DBEA-4915-9E63-6BBEE9E0940D Citation: Hodaňová L, Kalous L, Musilová Z (2014) Comparative cytogenetics of Neotropical cichlid fishes Nannacara( , Ivanacara and Cleithracara) indicates evolutionary reduction of diploid chromosome numbers. Comparative Cytogenetics 8(3): 169–183. doi: 10.3897/CompCytogen.v8i3.7279 Abstract A comparative cytogenetic analysis was carried out in five species of a monophyletic clade of neotropical Cichlasomatine cichlids, namely Cleithracara maronii Steindachner, 1881, Ivanacara adoketa (Kullander & Prada-Pedreros, 1993), Nannacara anomala Regan, 1905, N. aureocephalus Allgayer, 1983 and N. tae- nia Regan, 1912. Karyotypes and other chromosomal characteristics were revealed by CDD banding and mapped onto the phylogenetic hypothesis based on molecular analyses of four genes, namely cyt b, 16S rRNA, S7 and RAG1. The diploid numbers of chromosomes ranged from 44 to 50, karyotypes were com- posed predominantly of monoarmed chromosomes and one to three pairs of CMA3 signal were observed. -
Redalyc.Checklist of the Freshwater Fishes of Colombia
Biota Colombiana ISSN: 0124-5376 [email protected] Instituto de Investigación de Recursos Biológicos "Alexander von Humboldt" Colombia Maldonado-Ocampo, Javier A.; Vari, Richard P.; Saulo Usma, José Checklist of the Freshwater Fishes of Colombia Biota Colombiana, vol. 9, núm. 2, 2008, pp. 143-237 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos "Alexander von Humboldt" Bogotá, Colombia Available in: http://www.redalyc.org/articulo.oa?id=49120960001 How to cite Complete issue Scientific Information System More information about this article Network of Scientific Journals from Latin America, the Caribbean, Spain and Portugal Journal's homepage in redalyc.org Non-profit academic project, developed under the open access initiative Biota Colombiana 9 (2) 143 - 237, 2008 Checklist of the Freshwater Fishes of Colombia Javier A. Maldonado-Ocampo1; Richard P. Vari2; José Saulo Usma3 1 Investigador Asociado, curador encargado colección de peces de agua dulce, Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. Claustro de San Agustín, Villa de Leyva, Boyacá, Colombia. Dirección actual: Universidade Federal do Rio de Janeiro, Museu Nacional, Departamento de Vertebrados, Quinta da Boa Vista, 20940- 040 Rio de Janeiro, RJ, Brasil. [email protected] 2 Division of Fishes, Department of Vertebrate Zoology, MRC--159, National Museum of Natural History, PO Box 37012, Smithsonian Institution, Washington, D.C. 20013—7012. [email protected] 3 Coordinador Programa Ecosistemas de Agua Dulce WWF Colombia. Calle 61 No 3 A 26, Bogotá D.C., Colombia. [email protected] Abstract Data derived from the literature supplemented by examination of specimens in collections show that 1435 species of native fishes live in the freshwaters of Colombia. -
Life History Traits of Two Dwarf Cichlids Species in the White Waters of the Amazonian Floodplain
Environ Biol Fish DOI 10.1007/s10641-017-0660-8 Life history traits of two dwarf cichlids species in the white waters of the Amazonian floodplain Jomara Cavalcante de Oliveira & Helder Lima de Queiroz Received: 1 December 2016 /Accepted: 6 August 2017 # Springer Science+Business Media B.V. 2017 Abstract The reproductive parameters are among the Introduction most important life history aspects of fishes influenced by environmental variation. During recent years, the The reproductive parameters of tropical fish have been main life history strategies of Amazonian fish species broadly used in the definition of their main life history were defined mostly by a set of reproductive parameters. strategies (Winemiller 2005), not only for Amazonian In the present work, we sought to describe important life species living in different environments (Espírito-Santo history parameters, in particular on reproductive charac- et al. 2013), but also for fish species found at other teristics of Apistogramma agassizii and Apistogramma regions and latitudes (Mims and Olsen 2012). The in bitaeniata, found in floodplain lakes of the Brazilian depth understanding of the reproductive strategies of a Amazonia. The species presented a positive sexual di- given population provide important information on the morphism, and males were significantly bigger than relationships of that population and the local habitat. females. For both sexes, four developmental phase of Recently, studies on the reproductive biology of teleosts gonad maturation were detected, and based on those it have revealed a broad variety of strategies that many was possible to identify mature, reproductive specimens species evolved, as result of adaptations to abiotic fac- throughout the entire period of the study. -
Coccídios (Protozoa: Apicomplexa) Em Peixes Da Planície De Inundação Do Rio Curiaú, Estado Do Amapá: Prevalência E Caracterização Molecular
Universidade Federal do Amapá Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação Programa de Pós-Graduação em Biodiversidade Tropical Mestrado e Doutorado UNIFAP / EMBRAPA-AP / IEPA / CI-Brasil COCCÍDIOS (PROTOZOA: APICOMPLEXA) EM PEIXES DA PLANÍCIE DE INUNDAÇÃO DO RIO CURIAÚ, ESTADO DO AMAPÁ: PREVALÊNCIA E CARACTERIZAÇÃO MOLECULAR MACAPÁ, AP 2018 MÁRCIO CHARLES DA SILVA NEGRÃO COCCÍDIOS (PROTOZOA: APICOMPLEXA) EM PEIXES DA PLANÍCIE DE INUNDAÇÃO DO RIO CURIAÚ, ESTADO DO AMAPÁ: PREVALÊNCIA E CARACTERIZAÇÃO MOLECULAR Dissertação apresentada ao Programa de Pós-Graduação em Biodiversidade Tropical (PPGBIO) da Universidade Federal do Amapá, como requisito parcial à obtenção do título de Mestre em Biodiversidade Tropical. Orientador: Dr. Lúcio André Viana Dias MACAPÁ, AP 2018 MÁRCIO CHARLES DA SILVA NEGRÃO COCCÍDIOS (PROTOZOA: APICOMPLEXA) EM PEIXES DA PLANÍCIE DE INUNDAÇÃO DO RIO CURIAÚ, ESTADO DO AMAPÁ: PREVALÊNCIA E CARACTERIZAÇÃO MOLECULAR _________________________________________ Dr. Lúcio André Viana Dias Universidade Federal do Amapá (UNIFAP) ____________________________________________ Dr. Marcos Tavares Dias Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) ____________________________________________ Dra. Marcela Nunes Videira Universidade Estadual do Amapá (UEAP) Aprovada em 11 de abril de 2018, Macapá, AP, Brasil. À Deus pela vida; Aos meus pais; Aos meus irmãos; Aos meus tios e primos; A todos os meus amigos. AGRADECIMENTOS Agradeço a Deus, pela vida e oportunidades. Aos meus pais Benedito Vilhena Negrão e Maria Esmeralda da Silva Negrão, -
Felipe Skóra Neto
UNIVERSIDADE FEDERAL DO PARANÁ FELIPE SKÓRA NETO OBRAS DE INFRAESTRUTURA HIDROLÓGICA E INVASÕES DE PEIXES DE ÁGUA DOCE NA REGIÃO NEOTROPICAL: IMPLICAÇÕES PARA HOMOGENEIZAÇÃO BIÓTICA E HIPÓTESE DE NATURALIZAÇÃO DE DARWIN CURITIBA 2013 FELIPE SKÓRA NETO OBRAS DE INFRAESTRUTURA HIDROLÓGICA E INVASÕES DE PEIXES DE ÁGUA DOCE NA REGIÃO NEOTROPICAL: IMPLICAÇÕES PARA HOMOGENEIZAÇÃO BIÓTICA E HIPÓTESE DE NATURALIZAÇÃO DE DARWIN Dissertação apresentada como requisito parcial à obtenção do grau de Mestre em Ecologia e Conservação, no Curso de Pós- Graduação em Ecologia e Conservação, Setor de Ciências Biológicas, Universidade Federal do Paraná. Orientador: Jean Ricardo Simões Vitule Co-orientador: Vinícius Abilhoa CURITIBA 2013 Dedico este trabalho a todas as pessoas que foram meu suporte, meu refúgio e minha fortaleza ao longo dos períodos da minha vida. Aos meus pais Eugênio e Nilte, por sempre acreditarem no meu sonho de ser cientista e me darem total apoio para seguir uma carreira que poucas pessoas desejam trilhar. Além de todo o suporte intelectual e espiritual e financeiro para chegar até aqui, caminhando pelas próprias pernas. Aos meus avós: Cândida e Felippe, pela doçura e horas de paciência que me acolherem em seus braços durante a minha infância, pelas horas que dispenderem ao ficarem lendo livros comigo e por sempre serem meu refúgio. Você foi cedo demais, queria que estivesse aqui para ver esta conquista e principalmente ver o meu maior prêmio, que é minha filha. Saudades. A minha esposa Carine, que tem em comum a mesma profissão o que permitiu que entendesse as longas horas sentadas a frente de livros e do computador, a sua confiança e carinho nas minhas horas de cansaço, você é meu suporte e meu refúgio. -
Redalyc.Peces De La Zona Hidrogeográfica De La Amazonia
Biota Colombiana ISSN: 0124-5376 [email protected] Instituto de Investigación de Recursos Biológicos "Alexander von Humboldt" Colombia Bogotá-Gregory, Juan David; Maldonado-Ocampo, Javier Alejandro Peces de la zona hidrogeográfica de la Amazonia, Colombia Biota Colombiana, vol. 7, núm. 1, 2006, pp. 55-94 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos "Alexander von Humboldt" Bogotá, Colombia Disponible en: http://www.redalyc.org/articulo.oa?id=49170105 Cómo citar el artículo Número completo Sistema de Información Científica Más información del artículo Red de Revistas Científicas de América Latina, el Caribe, España y Portugal Página de la revista en redalyc.org Proyecto académico sin fines de lucro, desarrollado bajo la iniciativa de acceso abierto Biota Colombiana 7 (1) 55 - 94, 2006 Peces de la zona hidrogeográfica de la Amazonia, Colombia Juan David Bogotá-Gregory1 y Javier Alejandro Maldonado-Ocampo2 1 Investigador colección de peces, Instituto de Investigación en Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Claustro de San Agustín, Villa de Leyva, Boyacá, Colombia. [email protected] 2 Grupo de Exploración y Monitoreo Ambiental –GEMA-, Programa de Inventarios de Biodiversidad, Instituto de Investigación en Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Claustro de San Agustín, Villa de Leyva, Boyacá, Colombia. [email protected]. Palabras Clave: Peces, Amazonia, Amazonas, Colombia Introducción La cuenca del Amazonas cubre alrededor de 6.8 especies siempre ha estado subvalorada. Mojica (1999) millones de km2 en la cual el río Amazonas, su mayor registra un total de 264 spp., recientemente Bogotá-Gregory tributario, tiene una longitud aproximada de 6000 – 7800 km. & Maldonado-Ocampo (2005) incrementan el número de Gran parte de la cuenca Amazónica recibe de 1500 – 2500 especies a 583 spp. -
Parasites of Mesonauta Festivus (Pisces: Cichlidae) in the Brazilian Amazon Region Revista Mexicana De Biodiversidad, Vol
Revista mexicana de biodiversidad ISSN: 1870-3453 ISSN: 2007-8706 Instituto de Biología Cárdenas, Melissa Q.; Fernandes, Berenice M. M.; Malta, José Celso O.; Porto, Daniel B.; Morais, Aprígio M. On two species of Ichthyouris (Nematoda: Pharyngodonidae) parasites of Mesonauta festivus (Pisces: Cichlidae) in the Brazilian Amazon region Revista mexicana de biodiversidad, vol. 89, no. 3, 2018, pp. 631-636 Instituto de Biología DOI: 10.22201/ib.20078706e.2018.3.2397 Available in: http://www.redalyc.org/articulo.oa?id=42559285005 How to cite Complete issue Scientific Information System Redalyc More information about this article Network of Scientific Journals from Latin America and the Caribbean, Spain and Portugal Journal's homepage in redalyc.org Project academic non-profit, developed under the open access initiative Revista Mexicana de Biodiversidad Revista Mexicana de Biodiversidad 89 (2018): 631 - 636 Taxonomy and systematics On two species of Ichthyouris (Nematoda: Pharyngodonidae) parasites of Mesonauta festivus (Pisces: Cichlidae) in the Brazilian Amazon region Sobre dos especies de Ichthyouris (Nematoda: Pharyngodonidae) parásitas de Mesonauta festivus (Pisces: Cichlidae) en la Amazonía brasileña Melissa Q. Cárdenas a, *, Berenice M. M. Fernandes a, José Celso O. Malta b, Daniel B. Porto b, Aprígio M. Morais b a Laboratório de Helmintos Parasitos de Peixes, Instituto Oswaldo Cruz, Fiocruz, Av. Brasil 4365, Rio de Janeiro, RJ, Brazil b Laboratório de Parasitologia e Patologia de Peixes, INPA, Av. André Araujo 2936, Aleixo, Manaus, AM, Brazil * Corresponding author: [email protected] (M.Q. Cárdenas) Received: 19 July 2017; accepted: 26 February 2018 Abstract Two species of nematodes belonging to the genus Ichthyouris Inglis, 1962 (I. -
Abstract Book and Detailed Programme
Abstract Book Compiled by Don MacKinlay International Congress on the Biology of Fish 3-7 August, 2014 Heriot-Watt University, Edinburgh 1 Table of Contents Congress Organization .............................................................................. 3 Symposium Organizers ............................................................................. 3 Schedule-at-a-Glance ................................................................................ 4 Sponsors/Exhibitors .................................................................................. 5 Map of Heriot-Watt University ................................................................. 5 Detailed Schedule ..................................................................................... 6 List of Posters ........................................................................................... 28 List of Abstracts ........................................................................................ 40 List of Delegates ....................................................................................... 255 ICBF2016 ................................................................................................... 271 AFS Physiology Section Website ................................................................ 272 2 Congress Organization Local Host, Congress Organizer and Past President, AFS Physiology Section Mark Hartl Congress Chair and Programme Chair Don MacKinlay President, AFS Physiology Section and Plenary Session Chair Brian Small President-Elect, -
Tese Cândida Juliana Albertin Santos.Pdf
INSTITUTO NACIONAL DE PESQUISAS DA AMAZÔNIA – INPA PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOLOGIA DE ÁGUA DOCE E PESCA INTERIOR – BADPI VARIAÇÃO INTERINDIVIDUAL NO USO DE RECURSOS ALIMENTARES EM POPULAÇÕES NATURAIS DE Mesonauta festivus (HECKEL, 1840) (CICHLIFORMES: CICHLIDAE) EM ÁREA DE VÁRZEA NA AMAZÔNIA CENTRAL CÂNDIDA JULIANA ALBERTIN SANTOS Manaus, Amazonas Março, 2020 CÂNDIDA JULIANA ALBERTIN SANTOS VARIAÇÃO INTERINDIVIDUAL NO USO DE RECURSOS ALIMENTARES EM POPULAÇÕES NATURAIS DE Mesonauta festivus (HECKEL, 1840) (CICHLIFORMES: CICHLIDAE) EM ÁREA DE VÁRZEA NA AMAZÔNIA CENTRAL ORIENTADOR: EFREM JORGE GONDIM FERREIRA (Dr.) Coorientadores: Jansen Alfredo Sampaio Zuanon (Dr.) Márcio Silva Araújo (Dr.) Tese apresentada ao Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia como parte dos requisitos para obtenção do título de Doutora em Ciências Biológicas, área de concentração em Biologia de Água Doce e Pesca Interior Manaus, Amazonas Março, 2020 ii BANCA JULGADORA Membros Dra. Evanilde Benedito Universidade Estadual de Maringá- UEM Dra. Kedma Cristine Yamamoto Universidade Federal do Amazonas - UFAM Dra. Flávia Kelly Siqueira e Souza Universidade Federal do Amazonas - UFAM Dra. Cristiana Mota Bührnheim Universidade Federal do Amazonas - UFAM Dra. Sidineia Aparecida Amadio Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia - INPA iii Ficha Catalográfica Sinopse: Populações de peixes tropicais em comunidades altamente diversas deveriam apresentar baixa variação interindividual no uso de recursos, uma vez que a competição interespecífica restringiria a expansão dos nichos populacionais e, consequentemente, a variação interindividual. Porém, em espécies com distribuições geográficas muito amplas essa variação pode ocorrer, devido aos diferentes contextos ecológicos nos quais essas espécies estão envolvidas. Neste sentido, investigamos a existência de variação interindividual no uso de recursos alimentares em diferentes populações naturais do ciclídeo Mesonauta festivus, e quantificamos essa variação. -
Checklist of the Ichthyofauna of the Rio Negro Basin in the Brazilian Amazon
A peer-reviewed open-access journal ZooKeys 881: 53–89Checklist (2019) of the ichthyofauna of the Rio Negro basin in the Brazilian Amazon 53 doi: 10.3897/zookeys.881.32055 CHECKLIST http://zookeys.pensoft.net Launched to accelerate biodiversity research Checklist of the ichthyofauna of the Rio Negro basin in the Brazilian Amazon Hélio Beltrão1, Jansen Zuanon2, Efrem Ferreira2 1 Universidade Federal do Amazonas – UFAM; Pós-Graduação em Ciências Pesqueiras nos Trópicos PPG- CIPET; Av. Rodrigo Otávio Jordão Ramos, 6200, Coroado I, Manaus-AM, Brazil 2 Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia – INPA; Coordenação de Biodiversidade; Av. André Araújo, 2936, Caixa Postal 478, CEP 69067-375, Manaus, Amazonas, Brazil Corresponding author: Hélio Beltrão ([email protected]) Academic editor: M. E. Bichuette | Received 30 November 2018 | Accepted 2 September 2019 | Published 17 October 2019 http://zoobank.org/B45BD285-2BD4-45FD-80C1-4B3B23F60AEA Citation: Beltrão H, Zuanon J, Ferreira E (2019) Checklist of the ichthyofauna of the Rio Negro basin in the Brazilian Amazon. ZooKeys 881: 53–89. https://doi.org/10.3897/zookeys.881.32055 Abstract This study presents an extensive review of published and unpublished occurrence records of fish species in the Rio Negro drainage system within the Brazilian territory. The data was gathered from two main sources: 1) litterature compilations of species occurrence records, including original descriptions and re- visionary studies; and 2) specimens verification at the INPA fish collection. The results reveal a rich and diversified ichthyofauna, with 1,165 species distributed in 17 orders (+ two incertae sedis), 56 families, and 389 genera. A large portion of the fish fauna (54.3% of the species) is composed of small-sized fishes < 10 cm in standard length.