ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ

DOKTORA TEZİ

Hatıra TAŞKIN

TÜRKİYE FLORASINDA YETİŞEN KUZU GÖBEĞİ MANTARLARININ MOLEKÜLER KARAKTERİZASYONU

BAHÇE BİTKİLERİ ANABİLİM DALI

ADANA, 2011 ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ

TÜRKİYE FLORASINDA YETİŞEN KUZU GÖBEĞİ MANTARLARININ MOLEKÜLER KARAKTERİZASYONU

Hatıra TAŞKIN

DOKTORA TEZİ

BAHÇE BİTKİLERİ ANABİLİM DALI

Bu Tez 06/09/2011 Tarihinde Aşağıdaki Jüri Üyeleri Tarafından Oybirliği/Oyçokluğu ile Kabul Edilmiştir.

………………...... ………………………….. ……...... Prof. Dr. Saadet Büyükalaca Prof. Dr. Kazım Abak Prof. Dr. Ali Erkılıç DANIŞMAN ÜYE ÜYE

...………………...... ……………………….. Doç. Dr. Ersin Polat Doç. Dr. Hasan Hüseyin Doğan ÜYE ÜYE

Bu Tez Enstitümüz Bahçe Bitkileri Anabilim Dalında hazırlanmıştır. Kod No:

Prof. Dr. İlhami YEĞİNGİL Enstitü Müdürü

Bu Çalışma Ç. Ü. Araştırma Projeleri Birimi Tarafından Desteklenmiştir. Proje No: ZF2009D41

Not: Bu tezde kullanılan özgün ve başka kaynaktan yapılan bildirişlerin, çizelge ve fotoğrafların kaynak gösterilmeden kullanımı, 5846 sayılı Fikir ve Sanat Eserleri Kanunundaki hükümlere tabidir. ÖZ

DOKTORA TEZİ

TÜRKİYE FLORASINDA YETİŞEN KUZU GÖBEĞİ MANTARLARININ MOLEKÜLER KARAKTERİZASYONU

Hatıra TAŞKIN

ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BAHÇE BİTKİLERİ ANABİLİM DALI

Danışman :Prof. Dr. Saadet BÜYÜKALACA Yıl: 2011, Sayfa: 151 Jüri :Prof. Dr. Saadet BÜYÜKALACA :Prof. Dr. Kazım ABAK :Prof. Dr. Ali ERKILIÇ :Doç. Dr. Ersin POLAT :Doç. Dr. Hasan Hüseyin DOĞAN

Türkiye florasında yetişen kuzu göbeği mantarı ( spp.) türlerinin belirlenmesi ve bunların Dünya’nın farklı ülkelerinde yetişen türler ile karşılaştırılması amacıyla yapılan bu çalışmada, 2007-2010 yılları arasında Türkiye’nin farklı bölgelerinden toplanan 490 adet örnekten oluşan bir koleksiyon oluşturulmuştur. Bu koleksiyonun moleküler analizleri, Amerika Birleşik Devletleri Tarım Bakanlığı (USDA, Peoria-Illinois) Bakteriyel Kaynaklı Patojenler ve Mikoloji Bölümü laboratuarlarında yapılmıştır. Koleksiyon, protein kodlayan genler olan RNA polimeraz I (RPB1), RNA polimeraz II (RPB2), translasyon uzama faktörü (EF1-α) gen bölgeleri ve 28S (LSU) rDNA gen bölgesi ile bireysel ve kombine olarak tür çeşitliliğini belirlemek amacıyla analiz edilmiştir. Aynı zamanda Elata grubu (M. elata) içerisinde tür zenginliğinin fazla olduğu ve Elata alt grubu olarak dizayn edilen grupta transkripsiyonu yapılamayan bölge-ITS rDNA bölgesinin DNA dizi analizleri de sağlanmıştır. İsveç Müzesi’nden temin edilen 18 adet kuzu göbeği mantarının moleküler analizleri de bu çalışma kapsamında yapılmıştır. Türkiye türlerinin diğer ülke türleri ile karşılaştırılması için, Türkiye türlerinin DNA dizileri; İsveç türleri ve global bir sörvey çalışması ile belirlenen filogenetik olarak farklı türlerle (O’Donnell ve ark. 2011) birlikte değerlendirilmiştir. Gen bölgelerinin bireysel ve kombine datasetlerinin filogenetik analizleri, Türkiye’de 15 adet Elata (siyah) ve 5 adet de Esculenta (sarı) kuzu göbeği mantarı türü olduğunu göstermiştir. Esculenta grubu içerisindeki 5 adet türün 2 adedi, Elata grubu içerisinde de 15 adet türün 7 adedi sadece Türkiye’de belirlenmiş ve Türkiye için endemik olarak değerlendirilmiştir.

Anahtar Kelimeler: Morchella, RPB1 ve RPB2, EF1-α, LSU rDNA, ITS rDNA

I ABSTRACT

PhD THESIS

MOLECULAR CHARACTERIZATION OF MORCHELLA SPP. IN THE FLORA OF TURKEY

Hatıra TAŞKIN

ÇUKUROVA UNIVERSITY INSTITUTE OF NATURAL AND APPLIED SCIENCES DEPARTMENT OF HORTICULTURE

Supervisor :Prof. Dr. Saadet BÜYÜKALACA Year: 2011, Pages: 151 Jury : Prof. Dr. Saadet BÜYÜKALACA :Prof. Dr. Kazım ABAK :Prof. Dr. Ali ERKILIÇ :Assoc. Prof. Dr. Ersin POLAT :Assoc. Prof. Dr. Hasan Hüseyin DOĞAN

A collection of 490 morels (Morchella spp.) was made from different provinces of Turkey during 2007-2008 in order to determine Morel grown in Turkey flora and compare them with species of other region of world. Molecular analyses of this collection were made in laboratories of Bacterial Foodborne and Department of United States Department of Agriculture (USDA-Peoria, Illinois). The collection was analyzed individually and combined for species diversity using phylogenetic analyses of protein-coding genes, RNA polymerase I (RPB1), RNA polymerase II (RPB2), translation elongation factor (EF1-α) and nuclear ribosomal large subunit (28S, LSU) rDNA gene sequences. Also nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) rDNA sequences were generated within a species-rich lineage within the M. elata clade designated the Elata Subclade. Molecular analyses of 18 Morel samples from Swedish Museum of Natural History were made in this study. DNA sequences of Turkey species were assessed together with Sweden species and phylogenetically distinct species detected in a global survey (O’Donnell et al. 2011). Phylogenetic analyses of the individual and combined dataset of gene sequences indicated that the Elata Clade (black morels) and Esculenta Clade (yellow morels) in Turkey were represented by 15 and 5 species, respectively. Seven of 15 the Elata Clade species and two of 5 within the Esculenta Clade were only detected in Turkey, and these species were evaluated endemic for Turkey.

Key Words: Morchella, RPB1 and RPB2, EF1-α, LSU rDNA, ITS rDNA

II TEŞEKKÜR

Bu teze başlarken acaba yapabilir miyim diye kendimi çok sorguladım. Çünkü konu her yönü ile bana yabancıydı. Hakkında hiçbirşey bilmediğim bir mantarı, bilmediğim moleküler tekniklerle analizleyecektim ve birkaç duyum dışında bu mantar Türkiye’nin nerelerinde bulunur hiçbir fikrim yoktu. Bilinmeyene doğru başlayan bu maceralı serüvende beni cesaretlendiren, maddi-manevi her türlü desteği veren, çalışmaların en yoğun zamanında bile örnek toplamam için yolumu açan ve araç bulamadığımız zamanlarda kendi aracını hiç düşünmeden veren danışman Hocam Prof. Dr. Saadet BÜYÜKALACA iyiki varsınız ve size tüm içtenliğimle teşekkür ediyorum. Prof.Dr. Kazım ABAK Hocam sizinle beraber çalışma imkanı bulduğum için çok mutluyum ve iyiki benim tezimde de yer aldınız. Değerli fikirleriniz, önerileriniz, düşünceleriniz her zaman benim için faydalı oldu. Tez izleme komitemde bulunan, hoşgörüsü ve değerli fikirleriyle bana destek olan Prof. Dr. Ali ERKILIÇ Hocam, yurt dışı çalışmalarım nedeniyle oluşan bazı gecikmeleri hoş gördüğünüz için size çok teşekkür ederim. Tezimin mikroskobik analizler aşamasında ne yapacağım nasıl yapacağım diye kıvranırken imdadıma yetişen, laboratuvarında rahatlıkla çalışmamı sağlayan, toplama esnasında da büyük desteğini gördüğüm Hocam Doç.Dr. Hasan Hüseyin DOĞAN’a, tezimi dikkatle okuyup değerli katkılar yapan Doç. Dr. Ersin POLAT’a, yine doktora tezimin ilk yıllarından itibaren büyük desteğini gördüğüm, konu ile ilgili görüşlerini aldığım ve mantar toplama esnasında bağlantılarından faydalandığım Doç. Dr. Erbil KALMIŞ’a, yine tezimin ilk yıllarından itibaren beni cesaretlendiren, elindeki örneklerden faydalanmamı sağlayan Prof. Dr. Abdunnasır YILDIZ’a, öğrencilik yıllarımdan beri kendisinden birçok şey öğrendiğim ve tezimin mantar toplama aşamasında bazı zamanlar bizzat kendi arabası ile bana eşlik eden Dr. Davut KELEŞ’e, toplama aşamasında yardım eden ve bana evini açan Yrd. Doç. Dr. Bekir Bülent ARPACI’ya, Zir. Müh. Selçuk SUNULU’ya, Doç. Dr. Aysun PEKŞEN’e, Doç. Dr. Suat ŞENSOY’a, Ankara Üniversitesi Herbaryumu’nda örneklerimi saklamama aracılık yapan arkadaşım Dr. Ilgaz AKATA’ya, çalışmanın yoğun toplama dönemlerinde yardımı aldığım arkadaşım Ar. Gör. N. Kemal YÜCEL’e, ve yine toplama esnasında

III bana yardım eden değerli meslektaşlarım Zir. Müh. H. Burak UYSAL’a, Zir. Müh. Özgün ÇAKIROĞLU’na, Zir. Müh. Mustafa YUMRUOĞLU’na, bölümümüzün olmazsa olmazı Nazmi AKBAŞ’a, mantar toplama aşamasında desteğini aldığım Şükrü TÜRKMEN’e ve görevlendirme ile ilgili sorunlarımı çözmemde en büyük yardımcım olan çok sevdiğim şeker sekreterimiz Yasemin YILDIZ YAVUZDEĞER’e teşekkürlerimi sunarım. Çalışmanın Amerika Birleşik Devletleri’nde yapılan kısımlarında çalışmanın danışmanlığını üstlenen Dr. Kerry O’DONNELL’a bana sağladığı tüm olanaklar için, laboratuvarını bana açtığı için ve desteği için teşekkür ediyorum. Yaptığım işin pratik kısmında laboratuvar sorumlusu Stacy SINK’e, DNA dizi analizleri konusunda uzman laboratuvar teknisyeni Nathane ORWIG’e, bana evini açarak rahat bir ortamda yaşamamı ve çalışmamı sağlayan, ulaşım vb tüm sorunlarımı çözen ve bana her zaman sıcak ve arkadaşca davranan hem ev sahibem hem de çalıştığım bölümün sekreteri olan Dianna HALCUMB’a, iş aralarında paylaştığımız güzel sohbetler ve güzel öneriler için 2008 yılında çalıştığım grubun lideri olan 2010 yılında ise bölümün danışmanı ünvanını alan Dr. Cletus KURTZMAN’a, laboratuvarda geç saatlere kadar ve haftasonları çalıştığım zaman sabırla bekleyen arkadaşım Kimya Yüksek Mühendisi Mert ARCA’ya teşekkür ediyorum. Ayrıca moleküler çalışmalarımın kimyasal malzeme ve alet kısmına desteği için ABD- USDA’a sonsuz teşekkürlerimi sunarım. Çalışmanın değişik aşamalarında desteklerini gördüğüm TÜBİTAK’a, YÖK’e, Tarım ve Köyişleri Bakanlığı’na, Çevre ve Orman Bakanlığı’na ve Çukurova Üniversitesi’ne teşekkür ederim. Çalışma esnasında manevi desteklerini gördüğüm arkadaşlarım Doç. Dr. Okan ÖZKAYA’ya, Dr. Mehtap YILDIZ’a, Zir.Yük. Müh. Songül ÇÖMLEKÇİOĞLU’na, Zir. Yük. Müh. Gökhan BAKTEMUR’a, Zir. Yük. Müh. Kader ERÇİK’e teşekkür ederim. Son olarak bu yoğun çalışmanın her aşamasında desteğini gördüğüm ve her konuda sabırlı olan sevgili aileme tüm içtenliğimle teşekkür ediyorum.

IV İÇİNDEKİLER SAYFA

ÖZ…………………………………………………………………………………. I ABSTRACT………………………………………………………………………. II TEŞEKKÜR………………………………………………………………………. III İÇİNDEKİLER……………………………………………………………………. V ÇİZELGELER DİZİNİ……………………………………………………………. IX ŞEKİLLER DİZİNİ……………………………………………………………….. XI SİMGELER VE KISALTMALAR……………………………………………….. XIII 1. GİRİŞ…………………………………………………………………………… 1 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR……………………………………………………… 13 2.1. Morfolojik Çalışmalar……………………………………………………... 13 2.2. Moleküler Çalışmalar……………………………………………………… 17 3. MATERYAL VE METOD…………………………………………………….. 31 3.1. Materyal……………………………………………………………………. 31 3.2. Metod………………………………………………………………………. 56 3.2.1. Mantarların Toplanması ve Tanı Özelliklerinin Kaydedilmesi……….. 56 3.2.2. Sporların Elde Edilmesi ve Tek Spor İzolasyonu…………………….. 58 3.2.3. Moleküler Karakterizasyon..………………………………………….. 62 3.2.3.1. Genomik DNA’nın İzolasyonu…………………………………... 62 3.2.3.2. PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) Analizi…………………….. 64 3.2.3.3. Filogenetik Analizler……………………………………………... 70 3.2.4. Mikroskobik Analizler………………………………………………... 71 3.2.5. Klonlama Yöntemiyle DNA Dizi Analizlerinin Yapılması…………... 71 4. BULGULAR VE TARTIŞMA………………………………………………… 77 4.1. Çalışmanın Birinci Aşaması ile İlgili Bulgular…………………….……… 78 4.1.1. Filogenetik Analizlerle Oluşan Türler ve Özellikleri…………………. 79 4.1.2. Filogenetik Analizlerde Oluşan Türlerin Aldıkları Bootstrap Değerleri…………………………………….……………………...... 85 4.1.3. Gen Bölgelerinin Bireysel ve Kombinasyonlarıyla Aldıkları İstatistik Değerleri……………………………………………………………… 86

V 4.1.4. Elata Alt Grubuna (Mel-20’den Mel-31) Giren Türlerin Aldıkları Bootstrap Değerleri…………..……………………………………….... 88 4.1.5. Elata Alt Grubu (Mel-20’den Mel-31) İçin yapılan istatistik Analizlerde Gen Bölgelerinin Bireysel ve Kombinasyonlarıyla Aldıkları İstatistik Değerleri…………………………………………… 90 4.1.6. Filogenetik Analizlerle Oluşan Türlerin Coğrafik Dağılımları……….. 91 4.1.7. Mikroskobik Analizlerin İstatistiksel Değerlendirilmesi……………... 92 4.1.8. Çalışmanın Birinci Aşamasının Genel Değerlendirilmesi………….… 95 4.2. Çalışmanın İkinci Aşaması ile İlgili Bulgular……………………………... 101 4.2.1. Esculenta Grubunun Filogenetik Değerlendirilmesi………………….. 104 4.2.2. Elata Grubunun Filogenetik Değerlendirilmesi………………………. 108 4.2.3. Elata Alt Grubunun Filogenetik Değerlendirilmesi…………………... 110 4.2.4. Esculenta Grubu Türlerinin Filogenetik Analizlerde Aldıkları Bootstrap Değerleri……………………………….………………….. 113 4.2.5. Elata Grubu Türlerinin Filogenetik Analizlerde Aldıkları Bootstrap Değerleri…………………………………………………..………….. 115 4.2.6. Elata Alt Grubuna Giren Türlerin Filogenetik Analizlerde Aldıkları Bootstrap Değerleri……………………………………………….….. 116 4.2.7. Esculenta Grubu İçin Gen Bölgelerinin Bireysel ve Kombinasyonlarıyla Aldıkları İstatistik Değerleri…………………… 118 4.2.8. Elata Grubu İçin Gen Bölgelerinin Bireysel ve Kombinasyonlarıyla Aldıkları İstatistik Değerleri………………………………………….. 119 4.2.9. Elata Alt Grubu İçin Gen Bölgelerinin Bireysel ve Kombinasyonlarıyla Aldıkları İstatistik Değerleri…………………… 120 4.2.10. Filogenetik Analizlerle Oluşan Türlerin Coğrafik Dağılımları……… 120 4.3. Çalışmanın Genel Değerlendirilmesi……………………………………… 123 5. SONUÇLAR VE ÖNERİLER…………………………………………………. 129 KAYNAKLAR……………………………………………………………………. 135 ÖZGEÇMİŞ……………………………………………………………………...... 145 EKLER……………………………………………………………………………. 146

VI EK 1. 247 adet kuzu göbeği mantarının RPB1 gen bölgesi ile analizlenmesi ile oluşan filogenetik ağaç ve oluşan tür gruplarından seçilen örnekler……….. 147 EK 2. 243 adet kuzu göbeği mantarının RPB1 gen bölgesi ile analizlenmesi ile oluşan filogenetik ağaç ve oluşan tür gruplarından seçilen örnekler……….. 149

VII

VIII

ÇİZELGELER DİZİNİ SAYFA

Çizelge 1.1. İki farklı Morchella türünde bulunan B grubu vitaminler (Bötticher, 1974; Güler, 1993)…………………………………….. 3 Çizelge 1.2. M. conica var. costata miselyumunun azot, protein, yağ ve kül, analiz sonuçları (Karaboz ve Öner, 1988; Güler, 1993)…………… 3 Çizelge 3.1. Türkiye’nin farklı yerlerinden toplanan kuzu göbeği mantarlarının toplandığı yer ve koordinatlar ile toplandığı bölgenin vejetasyon durumu…………………………………………………………….. 32 Çizelge 3.2. İsveç Müzesi (Swedish Museum of Natural History)’nden temin edilen kuzu göbeği mantarı örnekleri……………………………… 52 Çizelge 3.3. Çalışmada kullanılan ve global sörveyle elde edilen kuzu göbeği mantarı örnekleri (O’Donnell ve ark. 2011)……………………….. 53 Çizelge 3.4. Çalışmada kullanılan primer dizinleri……………………………... 69 Çizelge 4.1. 246 adet kuzu göbeği mantarının filogenetik analizler sonucunda yer aldığı türler……………..……………………………………… 79 Çizelge 4.2. 62 takson datasetinin bireysel ve kombine analizlerde aldıkları Bootstrap değerleri………………………………………….……... 86 Çizelge 4.3. 62 takson datasetinin filogenetik analizlerinde elde edilen istatistiksel sonuçları………………………………………………. 87 Çizelge 4.4. 36 takson datasetinin bireysel ve kombine analizlerde aldıkları Bootstrap değerleri……………………………….………………... 90 Çizelge 4.5. 36 takson datasetinin filogenetik analizlerinde elde edilen istatistiksel sonuçları………………………………………………. 91 Çizelge 4.6. 247 adet kuzu göbeği örneğinden oluşan Morchella koleksiyonunun coğrafik dağılımı…………………………………. 92 Çizelge 4.7. Askospor boyu ve eni ölçümlerinin istatistiksel analiz sonuçları.… 93 Çizelge 4.8. Askus boyu ve eni ölçümlerinin istatistiksel analiz sonuçları…..…. 94 Çizelge 4.9. İsveç Müzesi’nden temin edilen kuzu göbeği mantarlarının filogenetik analizler sonucunda yer aldığı türler……………..……. 103

IX

Çizelge 4.10. 490 adet kuzu göbeği mantarının filogenetik analizler sonucunda yer aldığı türler………………..…………………………………… 103 Çizelge 4.11. Esculenta grubu için bireysel ve kombine analizlerde elde edilen Bootstrap değerleri……………………...…………………………. 115 Çizelge 4.12. Elata grubu için bireysel ve kombine analizlerde elde edilen Bootstrap .değerleri……………………………..…………………. 116 Çizelge 4.13. Elata altgrubu için bireysel ve kombine analizlerde elde edilen Bootstrap değerleri………………………………………...………. 118 Çizelge 4.14. Esculenta grubu için filogenetik analizlerle elde edilen istatistiksel sonuçlar.…………………………………………………………… 119 Çizelge 4.15. Elata grubu için filogenetik analizlerle elde edilen istatistiksel sonuçlar.…………………………………………………………… 119 Çizelge 4.16. Elata alt grubu için filogenetik analizlerle elde edilen istatistiksel sonuçlar.…………………………………………………………… 120 Çizelge 4.17. 490 adet kuzu göbeği örneğinden oluşan Morchella koleksiyonunun coğrafik dağılımı…………………………………. 122

X ŞEKİLLER DİZİNİ SAYFA

Şekil 1.1. Kuzu göbeği mantarının askokarpı.…………………………………..... 4 Şekil 1.2. Kuzu göbeği mantarlarının askus ve askosporlarının görünümü…….... 4 Şekil 1.3. Morchella sp. (solda), sp. (ortada) ve sp. (sağda) mantarlarının görünümü……………………………………………….. 6 Şekil 3.1. 2007-2010 yılları arasında kuzu göbeği mantar örneklerinin toplandığı il ve bölgelerin Türkiye haritası üzerinde görünümü………….………. 31 Şekil 3.2. Doğada kuzu göbeği mantarının görünümü ve bıçakla toprakla temasın olduğu yerden kesilmesi……………………………………...... 58 Şekil 3.3. Kuzu göbeği mantar misellerin %10 yağı alınmış süt- %1 DMSO bulunan küçük plastik tüpler içerisine konularak sıvı azotta genetik kaynak olarak muhafaza edilmesi…………………………………….... 60 Şekil 3.4. Miselden DNA analizi için misellerin kurutularak saklanması………... 61 Şekil 3.5. DNA izolasyonu için kurutulmuş mantarların yaklaşık 50-100 mg’lık kısmının kesilmesi, tüp içerisinde ezilmesi ve CTAB eklenmesi……... 63 Şekil 3.6. Çalışmada kullanılan Thermocycler, Elektroforez, Ethidium Bromide Kabı, UV transimülator ve Vakum’un görüntüleri………………….... 67 Şekil 3.7. Sequencer programı ile satırlardaki dizin verilerinin düzenlenmesi…... 71 Şekil 3.8. LB ortamında kolonilerin gelişiminin görüntüsü…………………….... 75 Şekil 4.1. 62 örneğin kombine analizleriyle elde edilen filogenetik ağaç………... 83 Şekil 4.2. Filogenetik analizler sonucu elde edilen 15 türden 12’sinin görünümleri…………………………………………………………….. 84 Şekil 4.3. 36 örneğin kombine analizleriyle elde edilen filogenetik ağaç………... 88 Şekil 4.4. Esculenta grubunun kombine analizlerle elde edilen filogenetik ağacı... 107 Şekil 4.5. Elata grubunun filogenetik analizlerle elde edilen filogenetik ağacı…... 109 Şekil 4.6. Elata alt grubunun kombine analizlerle elde edilen filogenetik ağacı..... 112 Şekil 4.7. Endemizm ve coğrafik dağılım açısından ilginç olan türlerin görünümü………………………………………………………………. 113 Şekil 4.8. Türkiye kuzu göbeği mantarı türlerinin coğrafik dağılımı…………… 123

XI

XII

SİMGELER VE KISALTMALAR

AFLP : Amplified Fragment Length Polymorphism Atm : Atmosfer bç : Baz çifti CI : Consistency Index cm : Santimetre CTAB : Cetytrimethylamoniumbromide ddH2O : Bidistile su DMSO : Dimethyl sulfoxide DNA : Deoksiribonükleik asit (Deeoxyribonucleic acid) dNTP : Deoksiribonükleozid trifosfat d/d : Devir/Dakika EDTA : Etylendiamintetraaceticacid EF-1α : Translasyon uzama faktörü (Translastion elongation factor 1-α) ELISA : Enzim ilintili immün test (Enzyme-linked immunosorbent assay) g : Gram gDNA : Genomik DNA GPS : Küresel Konumlama Sistemi (Global Positioning System) GTR+I+G : General Time Reversible + Gamma + Proportion Invariant IGS : Genler arası bölge (Intergenic Spacer) ITS : Transkripsiyonu yapılamayan bölge (Internal Transcribed Spacer) Kb : Kilo baz LSU : Büyük altbirim (Large subunit) Mel : Mes : mg : Miligram

MgSO4 : Magnezyumsülfat m : Metre ml : Mililitre mM : Milimolar

XIII

mg : Miligram ML : Maksimum Likelihood MP : Maksimum Parsimony MPT : Most-Parsimonious Trees NaCl : Sodyumklorür ng : Nanogram NJ : Neighbor-Joining PAUP : Phylogenetic Analyses Using Parsimony PCR : Polimeraz zincir reaksiyonu (Polymerase Chain Reaction) PDA : Patates Dekstroz Agar pH : Hidrojenin gücü (Power of hydrogen) PIC : Parsimony-informative characters PIC/bç : Parsimony-informative characters/base pair pM : Pikomolar RAPD : Randomly Amplified Polymorphic DNA rDNA : Ribozomal DNA RFLP : Restriction Fragment Length Polymorphism RI : Retention index RNA : Ribonükleik asit (Ribonücleic acid) RPB1 : RNA polimeraz I RPB2 : RNA polimeraz II SCAR : Sequence Characterized Amplified Region SNP : Single Nucleotide Polymorphism SSU : Küçük altbirim (Small subunit) TAE : Tris-Acetate Taq : Thermus aquaticus UV : Ultraviolet (Mor ötesi) % : Yüzde °C : Santigrad derece µl : Mikrolitre

XIV 1.GİRİŞ Hatıra TAŞKIN

1. GİRİŞ

Kuzu göbeği mantarı gerek besin değeri gerekse ticaret hacmi açısından hem ülkemiz hem de Dünyada büyük öneme sahip mantar türleri içerisinde yer almaktadır. Pilz ve arkadaşları (2007) tarafından yapılan bir derleme çalışmasında Dünya’da 50 milyon kişinin kuzu göbeği mantarı topladığı (Lonik, 2002) ve bu mantarın 28 ülkede yenilebilir olarak düşünüldüğü (Boa, 2004) belirtilmiştir. Aynı araştırıcılar Hindistan, Pakistan, Türkiye, Nepal, Buton, Amerika, Kanada ve Çin’ in kurutulmuş kuzu göbeği mantarının en büyük ihracatçıları olduklarını (Iqbal, 1993) ve Fransa’daki şirketlerin bazılarının bu mantarı önce ithal edip daha sonra ihraç etmelerine rağmen, Fransa, İsviçre ve Almanya’nın ana ithalatçılar olduklarını bildirmişlerdir. Kurutulmuş kuzu göbeği mantarlarının yıllık ticaretinin 300 000 pound, taze olanlarının yaklaşık olarak 3 milyon pound olduğu, toplam ihracatın üçte birinin Hindistan’a, diğer üçte birinin Pakistan’a ait olduğu, kurutulmuş olanlar için fiyatın ortalama 50-60 Dolar civarında iken taze olanların kilogramının 10-12 Dolar olduğu bilgileri yine Pilz ve ark. (2007) tarafından yazılan kuzu göbeği ile ilgili derleme çalışmasından alınmıştır. Kuzu göbeği mantarının tarihi çok eskilere dayanmaktadır. Tarihin değişik evrelerinde Dünya üzerindeki farklı kültürlerin kuzu göbeği mantarı için yerel anlamlı farklı isimleri kullandıkları bilgileri değişik kaynaklarda bildirilmiştir. Kullanılan bu isimler genellikle tanımlayıcı nitelikte olmuştur. Örneğin Tlaxcala’nın yerli Nahua’sı, Meksika kuzu göbeği mantarını “olonanacatl” olarak adlandırmışlardır. Bu kelime şu şekilde türetilmiştir: olotl=corncob=mısır koçanı+nana’catl=mushroom=mantar (Montoya ve ark. 2003). Meksika’da yerli gruplar tarafından farklı isimler kullanılmıştır: “colmenitas” (little beehives=küçük arı kovanları), “mazorquitas” (little tender corn ears=küçük yumuşak mısır kulakları), “elotitos” (little ears of gren corn=yeşil mısırın küçük kulakları) ve “pancitas” (little paunches=küçük göbekler) (Guzmán ve Tapia, 1998). Tibet platosunda da, kuzu göbeği mantarı “gugu shamu” olarak adlandırılmıştır. Kuzu göbeği mantarı ilkbaharda kuşlar geri döndüğünde oluştuğu için guguk kuşu anlamına gelen bu isimle adlandırılmıştır (Pilz ve ark. 2007).

1 1.GİRİŞ Hatıra TAŞKIN

Pilz ve ark. (2007)’nın çalışmalarında kuzu göbeği mantarının çok eskiden beri bilindiği ve kullanıldığı ile ilgili bilgiler bulunmaktadır. Bu kitaptan alınan bilgilere göre, Omaha kabilesinin yiyecek olarak haşlanmış kuzu göbeği mantarlarını kullandıkları, Gilmore (1919), Meksika’nın kuzeyindeki kuzu göbeği mantarlarının Yerli Amerika’lılar tarafından kullanıldığı, bu mantarla ilgili yemek tariflerinin Roma zamanına kadar uzadığı, Romalıların kuzu göbeği mantarını şarapla pişirdiklerinin kayıtlarının olduğu, Moermon (1998), Montana’nın güneybatısı ve Wyoming’in kuzeyinde sabun yapmak için kuzu göbeği mantarı kullanan kabilelerin olduğundan (Vehling, 1977) bahsetmiştir. Ünlü Avrupalı-Amerikalı kaşiflerden Meriwether Lewis’in Kuzey Amerika’daki kuzu göbeği mantarları ile ilgili 19 Haziran 1806’da “Cruzatte bana büyük kuzu göbeği mantarlarından getirdi. Fırında pişirdim ve tuz, biber veya yağ eklemeden yedim” şeklinde notlarının bulunduğu bilinmektedir (Ambrose, 1996, Pilz ve ark. 2007). Bu mantarın hasadı “kuzu göbeği mantarı deliliği” (Weber, 1988), “fungal tutku” (Boom, 1995, Pilz ve ark. 2007), “hastalık” (Kuo, 2005, Pilz ve ark. 2007) ve “zevkin, hazzın çığlığı” (Casey, 1995, Pilz ve ark. 2007) gibi değişik şekillerde tanımlanmaktadır. Şirketler kuzu göbeği mantarı ürünlerini bu isimlere bezer şekilde “kuzu göbeği mantarı çılgınlığı” ve “kuzu göbeği mantarı cenneti” gibi isimlerle satmaktadırlar. Bu mantarın popülerliği çizgi filmlere de konu olmuştur (Grase, 2005, Pilz ve ark. 2007). Alaska’da kuzu göbeği mantarı hasadı, Stabenow (1995) tarafından gizemli bir cinayet romanı için kullanılmıştır (Pilz ve ark. 2007). Iqbal (1993), kuzu göbeği mantarının oldukça besleyici olduğunu ve kurutulmuş olanlarının %42 proteine sahip olduğunu, kalorisinin düşük olduğu ve minerallerce zengin olduğunu, fakat insanların sadece besleyiciliği için değil tadı için de bu mantarı tükettiklerini bildirmiştir. Bu mantarı saklamanın en garantili ve kolay yolunun kurutmak olduğu, kuzu göbeği mantarının ince etli ve içinin boş olması nedeni ile hızlıca ve kolaylıkla kurutulabileceği ve kuruma ile ağırlığının %90’ ını kaybedeceği belirlenmiştir (Crison ve Sands, 1978; Pilz ve ark. 2004). Çizelge 1.1 ve Çizelge 1.2’de

2 1.GİRİŞ Hatıra TAŞKIN

kuzu göbeği mantarının besin değeri ile ilgili yapılan çalışmalar sonucu elde edilen bilgiler görülmektedir.

Çizelge 1.1. İki farklı Morchella türünde bulunan B grubu vitaminler (Bötticher, 1974; Güler, 1993) Vitamin (B) Grubu M. hortensis (mg/100 g) M. esculenta (mg/100 g) Thiamin (B1) 0.518 0.392 Riboflavin (B2) 1.310 2.460 Niasin 12.400 8.200 Pridoksin (B6) 2.620 0.580 Pantotenik asit 12.600 0.870 Folik asit 1.090 0.348 Kolin 461.000 - İnosit 178.000 - Biotin 0.015 0.075

Çizelge 1.2. M. conica var. costata misellerinin azot, protein, yağ ve kül, analiz sonuçları (Karaboz ve Öner, 1988; Güler, 1993) Yapılan analiz % kuru madde Toplam Azot 4.924 Protein 30.78 Yağ 1.35 Kül 13.1

Kuzu göbeği mantarının sistematiğinde türler üzerindeki tartışmalar hala devam etmektedir. Dünya üzerinde kaç adet kuzu göbeği mantarı türü olduğu açıklığa kavuşturulabilmiş değildir. Index Fongorum online database (http://www.indexfungorum.org/Names/Names.asp) sisteminde kayıtlı 217 tür ve alt tür listelenmiştir. Tür sayısı oldukça fazla olan Morchella spp.’ nin hepsi de sünger görünümünde bir şapkaya ve kalın bir sapa sahiptir. Tüm yüzeyi saran girinti ve çıkıntılarla (alveol) kaplı şapkanın şekli yuvarlaktan koni şekline kadar değişmektedir.

3 1.GİRİŞ Hatıra TAŞKIN

Başlangıçta kahverengimsi-sarıdan kahverengiye kadar değişen şapkaların renkleri mantar yaşlandıkça değişmektedir. Kalın içi boş olan sap ise beyaz veya beyazımsı renktedir. Şapkada (askokarp) himenyum tabakası girinti ve çıkıntıların yüzeyini kaplamaktadır. Askuslar oldukça uzun bir silindir şeklindedir. Askosporlar oldukça büyük, şekilce oval ve renksizdirler (Şekil 1.1, Şekil 1.2). Olgunlaştıklarında içlerinde 8 tane çekirdek görülmektedir (Tüzel ve Boztok, 1987).

Şekil 1.1. Kuzu göbeği mantarının askokarpı

Şekil 1.2. Kuzu göbeği mantarlarının askus ve askosporlarının görünümü (x10)

4 1.GİRİŞ Hatıra TAŞKIN

Tüzel ve Boztok (1987) tarafından başlıca kuzu göbeği türleri şu şekilde özetlenmiştir: Morchella esculenta: Sünger mantarı olarak da adlandırılan bu mantarın boyu 5- 10 cm’dir. Şapkanın şekli hemen hemen yuvarlaktır. Koni şeklinde ya da sivri olmamakla beraber şapkanın üst yarısı genellikle daralır. Şapkanın yüzeyini saran alveoller diğer türlere göre çok daha fazla yuvarlağa yakındır ve düzensiz bir dağılım gösterirler. Şapka rengi griden tarçın rengine kadar değişir ve gelişmenin ileri devrelerinde soluk bir renk alır. Sap ise silindirik olmasına rağmen dip kısmı şişkince ve içi boştur. Renk başlangıçta beyazdan kirli beyaza kadar değişir. İlkbahar aylarında genellikle yaşlı meyve ağaçları, kayın, akçaağaç, dişbudak, karaağaç ve meşe ormanlarının altında görülür. : Boyu 10 cm kadardır ve şapka az ya da çok koniktir. Alveoller dikey sıralar halinde ve çok az düzenlidir. Şapka kahverengiye çalan pas renginde, sap ise beyazımtırak renktedir. : Genellikle silindir, zaman zaman sivri uçlu, az çok eğri yapıda olan şapkaların şekli ile tanınır. Alveoller gelişi güzel dağılmıştır ve şapkanın rengi grimsi, sap ise beyazımtırak renkli buruşukçadır. Nisan ayında 800-1000 m yükseklikte kayın, gürgen, köknar, şimşir, ladin ağaçları altında, asitli yapıdaki kumlu topraklarda görülür. Fruktifikasyon organı kokuludur. Morchella crassipes: Şapka yumurta biçiminde konik, pas rengindedir. Sap kalın, şapkadan daha uzun ve buruşuk bir görünümdedir. Meşe, kayın, akçaağaç ormanlarında, karaağaç ve dişbudak ağaçları altında rastlanır. Genellikle görüldüğü killi- kumlu topraklarda pH’ nın 5.5-7 arasında değiştiği saptanmıştır. M. esculenta, M. crassipes ile karışabilirse de her bakımdan daha büyüktür. Alveollerin geniş ve düzensiz olmasının yanında şapka oluşturma peryodu M. esculenta’ya göre 10 gün daha geçtir. Morchella elata: Özellikle başlangıçta M. conica’ ya benzerse de boyu daha uzundur. Şapka kahverengindedir, bazen grimsi olabilir. Alveoller dilimli gibi, oluklu görünüşte ve düzenlidir. Sap beyaz renklidir. Çoğunlukla koniferlerin altında rastlanır, aroması fazladır.

5 1.GİRİŞ Hatıra TAŞKIN

Morchella angusticeps: M. conica ile birbirine çok benzerlerse de M. angusticeps’ de şapka daha uzun, zayıf yapılı ve daha sivri uçludur. Alveoller diğer türlerinkinden daha uzundur. Şapkanın rengi başlangıçta kurşunimsiden kurşuni- kahverengiye doğrudur ve sonunda renk siyahlaşır. Sap kepekli yapıdadır, rengi soluk kahverengimsi sarıdır. Titrek kavak, huş ağacı, pelesenk ağacı ve kırmızı çam ormanlarında yayılmıştır. Çiçekli ya da çiçeği yeni geçmiş makiliklerde de ortaya çıkar. İlkbaharda çok erken şapka verir. Kuzu göbeği mantarı takımında benzer mantarlarla ilişkilidir. Kuzu göbeği ile karıştırılan Gyromitra ve Verpa (Şekil 1.3) cinsinden bazı türler, sindirim sitemini bozabilmekte veya daha kötü zararlar verebilmektedirler. Bu akraba fungusların bazıları geleneksel olarak yenilmektedirler ve hatta satılmaktadırlar. Ancak tüketimleri riskli olabilir ve tavsiye edilmemektedir. Ethylidere gyromitrin, Gyromitra mantardaki en önemli zehirli bileşiktir. Bu toksin, pişirme esnasında genellikle buharlaşır. Bu durum bazı kişilerin bu türleri neden yediğini açıklayabilmesine rağmen, havalandırma sorunu olan bir mutfakta, yemeği yapan kişi ve diğerleri buharı içine çekmek zorunda kalabilirler. Toksin yemeğin suyunda kalabilir ve deri ile alınabilir. Bütün bu olasılıklar Gyromitra mantarını riskli hale getirmektedir (Pilz ve ark., 2007).

Şekil 1.3. Morchella sp. (solda), Gyromitra sp. (ortada) ve Verpa sp. (sağda) mantarlarının görünümü

6 1.GİRİŞ Hatıra TAŞKIN

Kuzu göbeği mantarının sistematikteki yeri şu şekildedir (O’Donnell ve ark. 2007): Alem : Myceteae Şube : Alt şube : Pezizomycotina Sınıf : Familya : Cins : Morchella (kuzu göbeği mantarı) Familya : Discinaceae Cins : Gyromitra (kuzu göbeği mantarı ile yakın ilişkili) Hallen ve ark. (2001) tarafından morfolojik özelliklere bağımlı olarak yapılan tanımlamada 100’den fazla kuzu göbeği mantarı türü tespit edilirken, Bunyard ve ark. (1994, 1995) kuzu göbeği mantarının 3 ana grubu olduğunu ileri sürmüşlerdir (siyah, sarı ve yarı boş). O’Donnell ve ark. (1993), Kuzey Amerika ve Avrupa’da 150 adet kuzu göbeği mantarı koleksiyonundan 12 farklı türü veya türler kompleksini ayırt etmişlerdir. Yine O’Donnell ve ark. (2003) diğer bir çalışmalarında 600 kuzu göbeği örneği koleksiyonunun analizi ile 28 tür tanımlamışlar ve bu türler 2 ana grup (benzer tür grupları) içerisine girmişlerdir. 13 tür sarı-bronz-gri “Esculenta (Sarı)” grubu içerisine girerken, 15 tür ise siyah “Elata (Siyah)” grubu içerisine girmiştir. 28 türün 24’ü sadece bir kıtada bulunmuştur. Royse ve May (1990) tarafından yapılan bir çalışmada 19 Morchella hattında 12 lokus (Fum, Gapdh, Gpi, Idh, Lap, Mpi, Me, Pgk, Pgd, PepGl, Sod ve Tpi) tarafından kodlanan 12 enzim kullanımı ile oluşan genetik çeşitlilik standart histokimyasal boyama ve dikey nişasta jel elektroforezi ile incelenmiştir. Hatlar multilokus allel kombinasyonuna dayalı 8 genotipik sınıfa ayrılmıştır. Morfolojiye göre bir tür olarak kaydedilen bazı izolatların elektroforetik bant örneklerine göre başka bir tür olarak sınıflandığı belirlenmiştir. Verilen örneklerden de anlaşıldığı gibi kuzu göbeği mantarının, çevresel koşullardan sıklıkla etkilenmesi ve bunun morfolojik özelliklerine de yansıması nedeni ile tür tespitinin yapılmasında sadece morfolojik analizler yeterli olmamaktadır. Morfolojik analizlerin moleküler analizlerle birleştirilerek çalışmalara

7 1.GİRİŞ Hatıra TAŞKIN

devam edilmesi gerekmektedir. Hatta ortadaki karmaşanın son bulması için tüm Dünya ülkelerini içeren ortak projelere gidilmesi gerekmektedir. Bu tip projelere güzel bir yaklaşım Micheal Kuo’dan gelmiştir. Kuo (2006), kuzu göbeği mantarı data koleksiyon projesi web sitesinde (http://www.mushroomexpert.com/morels/mordat.html) ve kitabında kuzu göbeği mantarı türleri hakkında gelişmeleri özetlemiştir. Yine bu proje ile bağlantılı güzel bir çalışma O’Donnell ve ark. (2011) tarafından yapılmıştır. Bu tip çalışmaların artması ve ülkelerin birbiri ile bağlantılı çalışmasıyla kuzu göbeği mantarının tür karmaşası sona ermiş olacaktır. Çok eski yıllardan beri mantarların sınıflandırılmasında morfolojik (şapka rengi, şekli, çapı, boyu; sap rengi, şekli, çapı, boyu vb.) ve mikroskobik (spor çapı, boyu, askus boyu, çapı vb.) yöntemler kullanılmaktadır. Ancak son yıllarda moleküler biyoloji ve genetik alanında yaşanan gelişmeler fungal sistematik alanında da yeni tekniklerin ortaya çıkışını sağlamıştır (Kılıçoğlu ve Özkoç, 2008). Birçok araştırıcı, morfolojik yöntemlerle sınıflandırdıkları mantar koleksiyonlarını moleküler yöntemlerle tekrarladıklarında oldukça farklı sonuçlar almışlardır. Bu nedenle günümüzde her iki tanılamanın da bir arada olduğu çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Moleküler veriler, aleminde yüksek seviyeli taksonomik grupların ve büyük evrimsel soyların belirlenmesinde, düşük taksonomik seviyelerde ise türlerin, kısmi populasyonların ve bireylerin teşhisinde kullanılmaktadır. Moleküler yöntemlerde ağırlıklı olarak DNA molekülü kullanılmaktadır. Evrimsel değişikliğin ilk olarak yansıdığı moleküller olan DNA ile yapılan araştırmalar, daha güvenilir ve hızlı sonuçlara ulaşılmasını sağlamaktadır (Taylor ve ark., 2000, Kılıçoğlu ve Özkoç, 2008). DNA, genetik bilgiyi taşıyan çift sarmal moleküldür ve hücre içerisinde çekirdekte, mitokondrilerde ve kloroplastlarda bulunur. Tanımlamada kullanılan yöntemler morfolojik, sitolojik ve biyokimyasal ve moleküler yöntemler olarak sınıflandırılabilir. Moleküler yöntemler ise, hibridizasyon esaslı yöntemler ve PCR (Polimeraz zincir reaksiyonu) esaslı yöntemler olarak gruplandırılırlar. Nükleik asitlerin çoğaltılması yöntemi olan PCR ile moleküler çalışmalar hız kazanmıştır. PCR, DNA/RNA’nın elde edilmesi, çoğaltılması ve görüntülenmesi aşamalarından oluşmaktadır. Kuzu göbeği mantarındaki PCR

8 1.GİRİŞ Hatıra TAŞKIN

çalışmaları, Bunyard ve ark. (1994, 1995) tarafından başlatılmıştır. Bunyard ve arkadaşları yapmış oldukları çalışmalarında, kuzu göbeği mantarında ve yakın ilişkili cinsler olan Gyromitra, Verpa ve ’ de rDNA’nın geniş alt birimi PCR ile çoğaltılmış ve restriksiyon enzimi ile kesilmiştir. DNA dizi analizi, organizmalar arasındaki filogenetik ilişkileri belirlemek için kullanışlı bir yöntemdir. Günümüzde mantarla ilgili filogenetik çalışmalarda yaygın olarak 18S rDNA, 28S rDNA ve ITS gibi çekirdek ve mitokondrial rDNA bölgeleri ve RPB1, RPB2, EF-1α gibi protein kodlayan genler kullanılmaktadır. Protein sentezinin oldukça eski ve tüm organizmalarda ortak bir özellik olması nedeniyle organizmalar arasındaki evrimsel ilişkiyi ayırt edebilmek için rRNA’lar üstün moleküllerdir. rRNA eski, fonksiyonel olarak sabit, evrensel olarak yayılış gösteren ve filogenetik farkı ölçülü bir şekilde koruyabilen bir moleküldür. rRNA genlerinin kodlandığı DNA dizileri funguslarda taksonomik ilişkilerin ve genetik varyasyonun belirlenmesi çalışmalarında geniş oranda kullanılmaktadır. Funguslarda çekirdek rDNA, ardışık tekrarlanan rDNA birimleri olarak organize olmuştur. Her birimde üç rRNA geni bulunmaktadır: küçük rRNA geni (18S vb.), 5.8S rRNA geni ve büyük rRNA geni (28S vb.). Korunmuş diziler büyük alt birim (LSU) ve küçük alt birim (SSU) genlerinde bulunur. Alt birimler arasındaki ara (spacer) bölgeleri, transkripsiyonu yapılamayan bölgeler (internal transcribed spacer-ITS) ve genler arası bölge (intergenic spacer-IGS) olarak adlandırılır. Bunlar alt birim dizilerinden daha değişkendir ve tek bir cins içindeki türler arasındaki ya da tür içi populasyonlar arasındaki çalışmalarda geniş oranda kullanılmaktadır. Funguslarda 18S rDNA bölgesi nispeten yavaş bir şekilde evrim geçirir ve uzak akraba organizmaların kıyaslanmasında kullanışlıdır. Ancak kodlanmayan bölge (ITS ve IGS) daha hızlı evrim geçirir ve bir tür içindeki suşların ya da bir cins içindeki fungal türlerin karşılaştırılması için kullanışlıdır (Kılıçoğlu ve Özkoç, 2008). 28S rDNA birçok mantarın filogenetik analizlerinde kullanıldığı gibi hem bu çalışmada hem de kuzu göbeği mantarı ile ilgili birçok çalışmada başarılı bir şekilde kullanılabilmiştir (O’Donnell ve ark., 1997; Hansen ve ark., 2005; Hansen ve Pfister,

9 1.GİRİŞ Hatıra TAŞKIN

2006; Masaphy ve ark., 2010; Taşkın ve ark., 2010; Trappe ve ark., 2010; O’Donnell ve ark., 2011). Ancak kuzu göbeği mantarında türleri ayırabilmedeki başarısı tartışılabilir. ITS bölgesi kodlanamayan iki değişken bölgeden meydana gelir ve oldukça korunmuş küçük alt birim (SSU) ile 5.8S alt birimi arasında (ITS bölgesi) ve de büyük alt birim (LSU) rRNA genleri ile 5.8S alt birimi arasındaki bölgede (ITS2) yer almaktadır (Kılıçoğlu ve Özkoç, 2008). IGS bölgesi de filogenetik çalışmalarda yoğun kullanılan bölgelerden birisidir. Ancak şimdiye kadar kuzu göbeği mantarında türlerin ayrılmasında IGS bölgesinin kullanımı ile başarılı sonuçlar alınamamıştır. Protein kodlayan genler olan RPB1 ve RPB2 korunmuş bölgeler içerirler ve bu korunmuş bölgelerin bazı bölümleri arasındaki değişken bölgeler filogenetik analizlerde yoğun bir şekilde kullanılmaktadır. Kuzu göbeği mantarının moleküler analizlerinde değişik gen bölgeleri bireysel olarak veya birkaç gen bölgesi kombine edilerek farklı araştırıcılar tarafından çalışılmıştır: ITS rDNA bölgesi; Henrion ve ark. (1994), Buscot ve ark. (1996), Wipf ve ark. (1999), Singh ve ark. (2004), Kellner ve ark. (2005), Hong ve ark. (2007), Masaphy ve ark. (2010), Taşkın ve ark. (2010); O’Donnell ve ark. (2011); LSU rDNA bölgesi; Bunyard ve ark. (1994, 1995), O’Donnell ve ark. (1997), Hansen ve Pfister (2006), Masaphy ve ark. (2010), Taşkın ve ark. (2010), O’Donnell ve ark. (2011); IGS bölgesi; Henrion ve ark. (1994), Buscot ve ark. (1996); RPB1 ve RPB2 bölgeleri; Hansen ve ark. (2005), Taşkın ve ark. (2010), O’Donnell ve ark. (2011); EF1-α gen bölgesi; Taşkın ve ark. (2010), O’Donnell ve ark. (2011) vb. Ülkemizde değişik araştırıcılar tarafından değişik bölgelerde yapılan çalışmalarda kuzu göbeği mantarının olduğu bölgeler tespit edilmiştir (Solak ve ark. 2007). Fakat tür tanımlaması ya hiç yapılmamış ya da morfolojik bazı özelliklere bakılarak türler belirlenmeye çalışılmıştır ve sadece belirli alanlarda yetişen türler incelenmiştir. Fakat daha önce de belirtildiği gibi morfolojik özellikler açısından türler arasında çok fazla polimorfizm bulunmaktadır ve bu özellikler çevre koşullarından oldukça fazla etkilenmektedir. Ayrıca ülkemizde var olan türlere ait bir koleksiyon oluşturulmamış ve genetik kaynak olarak kayıt altına alınmamıştır. Oysa Avrupa Ülkelerinde ve Amerika’da uzun yıllar öncesinden itibaren kuzu göbeği mantarının

10 1.GİRİŞ Hatıra TAŞKIN

moleküler karakterizasyonu çalışmalarına başlanmıştır. Hatta ilk keşfedilen moleküler tekniklerle yapılan tür belirlemesi çalışmaları, gelişen yeni tekniklerle tekrarlanmış, hatalı isimlendirmeler düzeltilmiştir ve düzeltilmektedir. Beslenme ve ticaret hacmi açısından hem ülkemiz hem de dünya için bu kadar önem taşıyan bu mantarın ülkemizde yaygın olarak bulunması bizim için avantaj teşkil etmektedir ve bu nedenle ülkemizde yapılan morfolojik ve mikroskobik çalışmalara moleküler çalışmaların da eklenip sahip olduğumuz türleri Dünya’ya onların kabul ettikleri standartlarda sunmamız gerekmektedir. Bu düşüncelerle ortaya çıkan bu tez çalışmasının amaçları şu şekilde sıralanabilir: - Türkiye’de geniş bir dağılım gösteren kuzu göbeği mantarının yaygın bulunduğu bölgelerden toplanması, toplanan mantarlarda moleküler karakterizasyon yolu ile ülkemiz florasında bulunan türlerin tespit edilmesi, - Ülkemiz türlerinin, DNA dizilimlerine erişilebilen diğer ülkelerin türleri ile karşılaştırılması, - Bu karşılaştırma sonucu diğer ülkelerde bulunmayan ülkemiz florasında bulunan kuzu göbeği türlerinin Türkiye adına isimlendirilmesi, - Türkiye adına bir kuzu göbeği mantarı koleksiyonunun oluşturulması ve kayıt altına alınması, - Değişik araştırıcılar tarafından değişik mantarlarda denenen farklı gen bölgelerinin kuzu göbeği mantarında türleri ayırabilmedeki başarılarının karşılaştırılmasıdır.

11 1.GİRİŞ Hatıra TAŞKIN

12 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Hatıra TAŞKIN

2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR

2.1. Morfolojik Çalışmalar

Yıldız ve Ertekin (1997) tarafından Diyarbakır’da Ascomycetes ve Basidiomycetes sınıfına ait 15 familyaya ait 31 takson tanımlanmıştır. Ergani, Kalhan köyünde kavak ağaçlarının altında 780 m yükseklikte Morchella conica tespit edilmiştir. Aynı bölgelerde ve yükseklikte ve Bismil’de 550 m yükseklikteki bahçelerde Morchella esculenta belirlenmiştir. Solak ve ark. (1999) tarafından 1992-1996 yılları arasında yapılan bir çalışmada İzmir ilinin makrofungusları belirlenmiştir. Çalışma sonucunda 32 familyaya ait 104 takson tanımlanmıştır. Tanımlanan türler arasında Morchella deliciosa (Fr.) (İzmir: Bergama,-Göbeller Köyü, çam ormanlarında), Morchella distans (Fr.) Boud. (İzmir: Bergama-Göbeller Köyü, çam ormanlarında), Morchella elata (Fr.) Bound. (İzmir: Menderes-Görece Köyü, çam oramanlarında; Bergama-İncecikler Köyü, çam ormanlarında), Morchella esculenta var. rigida Krombholz (İzmir: Yamanlar, bahçede; Bergama-Göbeller Köyü, çam ormanlarında), Morchella rotunda (Pers.) Bound. (İzmir: Bergama-İncecikler Köyü, çam ormanlarında) türleri de yer almıştır. Kaşık ve ark. (2000)’nın yaptıkları bir çalışmada Ermenek-Karaman yöresinde yetişen makrofunguslar araştırılmıştır. Çalışma sonunda Ascomycetes sınıfına ait 3 familyadan 5 takson, Basidiomycetes sınıfından ise 17 familyaya ait 28 takson belirlenmiştir. Morchellaceae familyasından Morchella conica Pers. ve Morchella esculenta Pers. Ex St Amans sedir ve çam ağaçlarının yakınında ibreli orman altı olarak anılan bölgelerde bulunmuştur. Gezer ve ark. (2001) tarafından Çivril ilçesi sınırları içerisinde yapılan arazi çalışmaları sırasında, 213 makrofungus örneği toplanmıştır. Bu örneklerin tayini sonucunda Ascomycetes sınıfına ait 1 familya ve 2 tür, Basidiomycetes sınıfına ait 12 familya ve 16 tür tespit edilmiştir. Bunlardan 15’ i yenen, 3’ ü yenmeyen, 5’ i odun

13 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Hatıra TAŞKIN

tahripçisi ve 1 tanesi zehirli tür olmuştur. Morchelleaceae familyasından Morchella esculenta Karayahşiler, Akçaköy mevkiinde belirlenmiştir. Solak ve arkadaşlarının 2002 yılında yaptıkları bir çalışma ile Manisa ilindeki makrofungusları belirlenmeye çalışmışlardır. Laboratuvar ve arazi çalışmaları sonucunda 13 familyaya ait 36 makrofungus taksonu tespit edilmiştir. Bunlar arasında Manisa merkez, Rektörlük bahçesinde Morchella elata da bulunmuştur. Pekşen ve Karaca (2003) Samsun ilinin makrofunguslarını tespit etmek için yaptıkları çalışmada, bölgede Mitrophora semilibera (DC.:Fr.) Lév., Syn. DC.:Fr., Morchella elata Fr. ve Morchella esculenta (L.) Pers. tanılamışlardır. Yeşil ve Yıldız (2004) Batman’da yetişen Ascomycetes ve Basidiomycetes sınıflarına ait 18 familyaya bağlı 35 takson saptamışlardır. Bölgede Morchella conica ve Morchella esculenta Zafer bölgesinde kavak ağaçlarının altında ve çalılıklarda tespit edilmiştir. Yeşil ve ark. (2004) Batman’da yetişen makrofungusları toplayarak tanılama yapmışlardır. 29 farklı lokasyonlardan toplanan 21 makrofungus ağır metal içerikleri bakımından analizlenmiştir. En yüksek Kadmiyum (Cd) seviyesi Agaricus xanthodermus’da belirlenirken en yüksek Bakır (Cu) ve kurşun (Pb) seviyesi Russula rubrualba’da belirlenmiştir. Demir (Fe) seviyesi en yüksek Funalia trogii, Mangan (Mn) seviyesi en fazla Mycena personsii, Çinko (Zn) seviyesi en yüksek Morchella esculenta’da ve Kobalt (Co) seviyesi en fazla Agaricus xanthodermus’da bulunmuştur. En düşük Cd, Cu, Mn, ve Zn içeriği Inotus hispidus’da tespit edilmiştir. Afyon ve Yağız (2004) tarafından yapılan bir çalışmada Sinop ilinin makrofungusları çalışılmıştır. Bu çalışmanın sonuçlarına göre, Sinop ilinin Boyabat ilçesinde köknar ağaçlarının yakınlarında Morchella elata, M.esculenta Pers. Ex St. Amans var. costata Vent., M. esculenta Pers. Ex St. Amans var. umbrina Boud. ve M. deliciosa Fr. tespit edilmiştir. Kaya ve ark. (2004), 2001-2002 yılları arasında Adıyaman ilinin Besni ilçesinin makrofunguslarını belirlemek için yaptıkları çalışmalarında 20 familyaya ait 56 tür

14 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Hatıra TAŞKIN

belirlemişlerdir. Morchella deliciosa (Fr.) Boud. (Güneykaş köyü, orman kenarlarında), M. esculenta (L.) Pers. (Sayören köyü, dere kenarlarında), M. elata (Fr.) Boud.(Şambayat, tarla kenarlarında kısa otların arasında)’ da tespit edilen türler arasında olmuştur. Yıldız ve ark. (2005) Diyarbakır ve Batman etrafından makrofungus örnekleri toplamışlardır. 25 makrofungus örneği Diyarbakır ve Batman da 15 familyaya ait olarak tanımlanmıştır. Dicle Üniversitesi kampusünde bulunan Morchella conica’da 3.38 azot, 34.45 karbon, 5.22 hidrojen ve 21.13 protein belirlenmiştir. Batman’da bulunan M. esculenta’da ise 4.29 azot, 35.43 karbon, 5.35 hidrojen ve 26.8 protein tespit edilmiştir. Solak ve ark. (2005) tarafından 2000-2002 yılları arasında Muğla ilinde yapılan arazi çalışmalarında Türkiye’de ilk defa f. schizocostata Jct. türü tespit edilmiştir. Türkoğlu ve Gezer (2006) tarafından yapılan çalışmada Kayseri’de Hacer Ormanında yetişen makrofunguslar araştırılmıştır. Yapılan arazi ve laboratuvar çalışmaları sonucunda Ascomycetes sınıfından 7, Basidiomycetes sınıfından 62 olmak üzere toplam 69 takson teşhiş edilmiştir. Teşhis edilen türler arasında Morchella esculenta, Morchella elata, Morchella conica’ da bulunmuştur. Oskay ve Kalyoncu (2006) 2004-2005 yılları arasında Sultan Dağları’nın makrofunguslarını belirlemek için yaptıkları çalışmalarında 18 familyaya ait 34 takson belirlemişlerdir. Bölgede Morchella esculenta (L.) Pers.’de tespit edilmiştir. Çelik ve ark. (2007) 1999-2001 yılları arasında Denizli ilinin Tavaş ilçesinin makrofunguslarını belirleyen bir çalışma yapmışlardır. Çalışma ile 19 familyaya ait 45 takson tespit edilmiştir. Morchella elata Fr. (Seki köyü, yola yakın), M. esculenta L. Pers. (Bıçakçı köyü, çam ormanlarında) ve M. conica var. conica (Pers.) Bound. (Pınarlık köyü, çam ormanlarında) tespit edilen türler arasında olmuştur. Hamayun ve Khan (2005) yaptıkları bir çalışmada Pakistan’ın Gabral ve Utror da HinduKush-Himalaya bölgelerinde kuzu göbeği mantarının toplanması ve pazarlanmasını araştırmışlardır. Mart-Haziran döneminde proje alanından toplanan mantarlardan 8 tür tespit etmişlerdir. M. conica ve M. esculenta en çok bulunan türler

15 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Hatıra TAŞKIN

olmuşlardır. Toplanan mantarların Madyan ve Mingora’nın local pazarlarına satıldığını, oradan da Belçika, İsviçre, Avusturya, Almanya ve Fransa’ya ihraç edildiğini bildirmişlerdir. Kuzu göbeği mantarı Utror ve Gabral’ın geliri düşük halkı için önemli bir geçim kaynağı sağlamıştır. Çalışma sonuçlarını incelediklerinde, toplayıcıların %38’ini kadınların, %37’sini erkeklerin ve %25’ini ise çocukların oluşturduğunu belirlemişlerdir. Yanlış toplama ve uygun olmayan depolama nedeni ile her yıl büyük miktarlarda kuzu göbeği mantarı kaybının gerçekleştiği bildirilmiştir. Kaya (2009) tarafından 1999-2007 yılları arasında yapılan bir çalışmada Kahramanmaraş ilinin makrofunguslarını tespit etmek hedeflenmiştir. Çalışma sonucunda 312 takson tanımlanmıştır. Mitrophora semilibera (Andırın-Kızık, kavak ağaçları altında otların arasında, 470 m yükseklikte), Morchella deliciosa (Andırın- Kumarlı, sel düzlüklerinde otların arasında, 162 m yükseklikte), M.elata (Andırın- Orhaniye, sel düzlüklerinde ve odun depolanan alanlarda, 1170 m yükseklikte), M. rigida (Merkez-Avcılar, sel düzlüklerinde, 690 m yükseklikte) ve M. vulgaris (Merkez- Başkonuş piknik alanı, kavak ağaçlarının altındaki kumlu zeminlerde, 1300 m yükseklikte)’ de araştırılan alanlarda tespit edilerek kayıt altına alınmıştır. Kaya (2010) Adıyaman ilinin makrofunguslarını belirlemek için 2001-2009 yılları arasında yaptığı çalışmasında 189 takson tanımlamıştır. Bölgede Mitrophora semilibera (Merkez-Bağpınar, kavak ağaçları ve sel düzlüğündeki söğüt ağaçlarının altında, 573 m yükseklikte), M. deliciosa (Merkez-Bahçecik, kavak ağaçları altında, 580 m yükseklikte), M. elata (Merkez-Beşpınar, P. brutia ormanlarında ve kavak ağaçlarının altında, 600 m yükseklikte), M. rigida (Merkez-Boğazözü, sel düzlüğündeki kavak ağaçlarının altında ve sel düzlüğünde bulunan söğüt ağaçlarının altında, 678 m yükseklikte) ve M. vulgaris (Merkez-Çatalağaç, 1106 m yükseklikte) tespit etmiştir. Işıloğlu ve ark. (2010) Türkiye’de Anadolu’nun güneybatısında çam ormanlarında yeni bir kuzu göbeği mantarı tanımlamışlardır ve bunu Morchella anatolica olarak isimlendirmişlerdir.

16 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Hatıra TAŞKIN

2.2. Moleküler Çalışmalar

Royse ve May (1990) tarafından yapılan bir çalışmada 19 Morchella hattında 12 lokus (Fum, Gapdh, Gpi, Idh, Lap, Mpi, Me, Pgk, Pgd, PepGl, Sod ve Tpi) tarafından kodlanan 12 enzimin genetik çeşitliliği standart histokimyasal boyama ve dikey nişasta jel elektroforezis ile incelenmiştir. Hatlar multilokus allel kombinasyonuna dayalı 8 genotifik sınıfa ayrılmıştır. Morfolojiye göre bir tür olarak kaydedilen bazı izolatlar elektroforetik bant örneklerine göre başka bir tür olarak sınıflanmıştır. Alloenzim ve morfolojik data setleri arasında uyum olmayışının cins içerisindeki taksonomik zorlukların açıklanmasına yardım edebileceği bildirilmiştir. 6 adet morfolojik olarak tanımlanmış tür 2 grup olarak farklılaşmıştır (, Morchella conica ve Morchella elata; Morchella esculenta, Morchella crassipes ve Morchella deliciosa). Henrion ve ark. (1994) Avrupa’da bulunan Tuber türlerininin IGS ve ITS bölgeleri içerisindeki çeşitliliği, PCR-RFLP kullanarak gözden geçirmişlerdir. rDNA bölgeleri misellerden, ektomikorizalardan ve karpoforlardan başarılı bir şekilde çoğaltılmıştır. Çoğaltılan IGS ve ITS bölgelerinin kesim bölgelerinin sayısında ve uzunluğunda türler arası varyasyon gözlemlenmiştir ve örneklerin çoğu PCR-RFLP ile güvenilir bir şekilde ayrılabilmiştir. T. melanosparum içerisindeki türler arası rDNA varyasyonunun derecesi düşük olmuştur. Fakat bazı izolatların ayrımında yeterli olabilmiştir. Bunyard ve ark. (1994) tarafından yapılan bir araştırmada Morchella ve yakın ilişkili bir cins olan Verpa’dan DNA izolasyonu yapılmıştır. rDNA’nın geniş alt birimi PCR kullanımı ile çoğaltılmıştır ve restriksiyon enzimi ile kesilmiştir. Araştırılan hatlar arasında polimorfizm bulunmuştur ve hatları genotipik sınıflara ayırmada kullanılmıştır. Farklı olduğu belgelenmiş 2 farklı tür arasındansa coğrafik olarak izole edilmiş aynı tür populasyonları arasında daha fazla genetik varyasyon oluşabileceği bildirilmiştir. Filogenetik ağaçta siyah kuzu göbeği mantarları (M. angusticeps, M. elata ve M. conica) ve sarı kuzu göbeği mantarları (M. esculenta, M. crassipes ve M. deliciosa) farklı taksonomik gruplarda olmuşlardır.

17 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Hatıra TAŞKIN

Bunyard ve ark. (1995) Morchella, Verpa ve Disciotis’in filogenetik çözülümünün 28S rRNA geninin restriksiyon enzim analizlerine dayalı olduğunu bildirmişlerdir. Morchella, Verpa, Disciotis ve yakın ilişkili cinslerin (Gyromitra) polimeraz zincir reaksiyonu ile enzimatik olarak çoğaltılabileceği belirtilmiştir. İncelenen hatlar arasında polimorfizm bulunmuştur ve filogenetik ilişkiler çıkarılmıştır. 28S rRNA geninin 3’ ucundan 5’ ucuna daha fazla çeşitlilik gözlenmiştir. RFLP dataları taksonomik gruplar için filogenetik ağaç oluşturmada kullanılmıştır. RFLP datalarına göre 3 siyah Morchella türünün izolatları çalışmada denenen diğer Morchellaceae izolatlarından %0.5, %1 ve %1.5 farklılaşmıştır. Gyromitra gigas, Morchellaceae’nin tüm üyelerinden %6.2 farklılıkla grup dışı olmuştur. Bazı durumlarda, türler arasındansa tür içinde daha fazla genetik varyasyon gözlemlenmiştir. Ayrıca, Morchella’nın çok az (muhtemelen 3) polimorfik tür içermesi hipotezi bu bulgularla desteklenmiştir. Gessner (1995) yapmış olduğu kuzu göbeği mantarı ile ilgili bir derleme çalışmasında, son zamanlarda yapılan arazi ve laboratuvar çalışmaları ile Kuzey Amerika’da Morchella cinsinin genetik ve sistematiği ile ilgili bilgilerde büyük oranda artış olduğunu, arazi çalışmalarının mantarın dağılımı ve askoma gelişimi ile ilgili bilgileri genişlettiğini, daha detaylı morfolojik çalışmaların türlerin tanımlanmasını geliştirdiğini, monosporal ırklar ve olası heterekaryon oluşumları arasındaki melezleme çalışmalarının tür sınırlaması için kanıtlar sağladığını, ELISA kullanımı ile kimyasal bileşenlerin izolasyonu ve antijen kıyaslamaların tür kavramı için ek destek sağladığını, allelik varyasyonların elektroforez çalışmalarının farklı coğrafik alanlardaki kuzu göbeği mantarlarının genetik yapısını kavramayı sağladığını, rDNA (28S) bölgesinden elde edilen sekans datalarının türler arasındaki filogenetik ilişkileri ortaya çıkarmak için kullanışlı olduğunu, fiziksel ve çevresel çalışmalar ile kültürel çalışmalarda askoma oluşumunu sağlayan sklerot yapıları hakkında ek bilgiler sağladığını, bu bilgilerin kuzu göbeğinde patent alınmasına, ticari üretime geçilmesine ve büyüme kitlerinin satılmasına olanak sağlayacağını bildirmiştir. Wipf ve ark. (1996) tarafından yapılan çalışmada, Morchella esculenta’nın monosporal ırkları arasındaki tür içi melezlemeyi karakterize etmek ve bu fungal grupta

18 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Hatıra TAŞKIN

sistematiği geliştirmek için, Morchellaceae’nın farklı üyelerinde izoenzim polimorfizminin olup olmadığını belirlenmeye çalışılmıştır. Bu amaçla glutamine synthetase, NAD-glutameta dehydrogenase, NADP-glutamate dehydrogenase, aspartate aminotransferaze, malate dehydrogenase, NAD-glyceraldehyde phosphate dehydrogenase, glucose phosphate isomerase ve superoxide dismutase enzimlerinin elektroforetik izoenzim analizleri yapılmıştır. Analiz sonuçları hem tür içi hem de türler arasında ayırım sağlamıştır. Morchella esculenta’nın monosporal ırklarının interaksiyon analizleri için uygun oldukları da çalışma ile tespit edilmiştir. Bu çalışmada ki polimorfizm, cins seviyesinde araştırılan ırklar arasındaki filogenetik ilişkilerle de uyumlu olmuştur. Buscot ve ark. (1996) tarafından yapılan bir çalışmada kuzu göbeği mantarında farklı takson ve ırk tipleri (monosporal ve heterekaryon) farklı hassaslıkta 2 PCR tekniği ile analizlenmiştir: (1) RFLP ile rDNA’nın IGS bölgesi ve ITS bölgesinin PCR’ı ve (2) Mikrosatellit-primed PCR. İlk yöntem başlangıç olarak kuzu göbeği sistematiğini değerlendirmek için yeterli olmuştur. (GTG)5 primeri ile ikinci yöntemle sonuç alınmıştır. Fakat kuzu göbeği mantarı diğer Ascomycetes’lerden daha az DNA polimorfizmi göstermiştir. Çalışmanın sonuçları, DNA analizlerinin kullanımı ile kuzu göbeği mantarı içerisindeki somatik ırk interaksiyonlarının araştırılmasında her iki yöntemle de başarılı sonuçlar alındığını göstermiştir. O’Donnell ve ark. (1997) tarafından Ascomycetes’e ait, kuzu göbeği ve onunla ilişkili mantarları arasında filogenetik ilişkiler 2 farklı ribozomal DNA gen bölgelerinin DNA dizi analizlerinin kullanımıyla araştırılmıştır. Elde edilen data, 29 takson için 18S rDNA ve kısmen 28S rDNA dizilerini içermiştir. Bireysel ve kombine edilmiş data setleri Maksimum Parsimony (MP), Neighbor-Joining (NJ) ve Maksimum Likelihood (ML) metotları ile analiz edilmiştir. 3 yayınlanmış 18S sekansları ve 2358 nükleotid karakterleri içeren kombine data setinin parsimony analizi 1728 basamaklı çoklu parsimony ağaç vermiştir. Sonuçlar, Pezizales içinde hipogen Ascomycetes ve benzerleri için en az 5 bağımsız ırk göstermiştir. Sonuçlar aynı zamanda bazı epigen ve çoğu hipogen taksonların taksonomik olarak yanlış yerleştirildiğini göstermiştir. Bootstrap

19 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Hatıra TAŞKIN

analizleri Morchellaceae-Discinaceae grubunun kardeş grubu Tuberaceae-Helvellaceae için güçlü bir destek göstermiştir. Rhizina NJ ağacında Morchellaceae-Discinaceae’nın kardeşi iken, ML ve MP ağaçlarında iki grubun da kardeşi olmuştur. MP, ML ve NJ ağaçları Rhizina’nın Helvellaceae’den ayrıldığını ve Rhizinaceae olarak monotipik bir familyada olması gerektiğini göstermiştir. Bu funguslar için filogenetik temelli sınıflama, 4 familyanın birlikte düzeltilmesini tavsiye etmiştir. Wipf ve ark. (1999) tarafından Discinaceae’nin 3 türü ve Morchellaceae’ nin 11 türüne ait 66 ırkta rDNA’ nın ITS bölgesi PCR/RFLP ile analizlenmiştir. Bazı taksonlar da özellikle Morchella esculenta, M. conica ve M. elata’ da ırklar, uzak coğrafik bölgelerden sağlanmıştır. Ancak, ITS uzunluğunda, varyasyonlar ve sınırlama not edilememiştir. Tüm cinsler de ayrım sağlanırken; Morchella içerisinde, sarı kuzu göbeği mantarı grubu içerisinde 4 tür açık bir şekilde ayrılabilmiştir. Aksine siyah kuzu göbeği mantarı grubu içerisinde, karşılaştırılan taksonlar arasında ayırım sağlanamamıştır. Yedi Morchella’nın bir ırkında ITS bölgesinin dizi analizi yapılmıştır. DNA dizi analizi karşılaştırması sarı grup içinde ayırımı doğrulamıştır ve siyah grupta bir taksonu diğerlerinden ayırmak için olanak vermiştir. Sadece 5,8 geni tüm analizlenen örneklerde sıralanmıştır. ITS1 ve ITS2 sektörleri, sadece siyah ve sarı kuzu göbeği grupları içerisinde sıralanmıştır. Sarı ve siyah kuzu göbeği mantarları arasında filogenetik ve genetik ayırımlar, Maksimum Parsimony ve Joining analizleri ile ortaya çıkarılmıştır. Sonuçlar hem bu tür grupları arasındaki büyük ayırımı doğrulamıştır hem de Morchella’ lardaki ayrım sorusuna cevap olmuştur. Saito ve ark. (2002) Lentinula edodes’in 16 ticari çesidinde nükleer rDNA intergenic spacers IGS1 ve IGS2 bölgelerini çoğaltmış ve analizlemişlerdir. IGS1, SR1 olarak adlandırılan alt tekrarlı bir bölge içermiştir. IGS2 ise bir çift direkt tekrar ve SR2 olarak adlandırılan alt tekrarlı bir bölge içermiştir. IGS1 ve IGS2’nin uzunluğundaki heterojenite, SR1 ve SR2 içerisindeki farklı tür alt tekrarların sayıları nedeniyle yükselmiştir. SR1 ve SR2’yi hedefleyen PCR ürünlerinden DNA parmakizi, 16 çeşidin herbiri için spesifik ve çeşitler arasındaki ayrım için yeterli varyasyona sahip olmuştur.

20 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Hatıra TAŞKIN

Bu sonuçlar SR1 ve SR2’yi hedefleyen DNA parmak izlerinin L. edodes çeşitlerinin araştırmalarında kullanışlı olacağını göstermiştir. Singh ve ark. (2004) Morchella’nın varsayılan 8 türünün (Morchella esculenta, M. crassipes, M. angusticeps, M. conica, Mitrophora semilibera, M. spongiola, M. vulgaris ve ) 46 monospor kültürünün 5.8S rDNA geninin ITS bölgelerinin DNA dizi analizini yapmışlardır. 5.8S ribosomal DNA geninin ITS bölgesinde türler arasında polimorfizm görülmüştür. Ancak farklı bölgelerden toplanan tek ya da farklı askosporların monosporları arasında tür içi ITS polimorfizmi gözlemlenmemiştir. PCR- RAPD ile tür içi düzeyde benzer sonuçlar alınmıştır ve test edilen 8 seçilmiş primer ile farklılaşma bildirilmemiştir. RAPD primerleri OPP-6 (5’-GTG GGT TGA C-3’) ve özel primer (5’-CGC ACC GCA G-3’) ile 8 varsayılan türü ayırmada önemli türler arası polimorfizm sağlanmıştır. Daha önce belirtilen seçilmiş primerlerin kullanımı ile RAPD kuzu göbeği mantarı sistematiğini geliştirmek ve tür tanımlaması için kullanışlı bir genetik markır olarak hizmet edebilmiştir. Kellner ve ark. (2005) tarafından yapılan çalışmada, Almanya ve Fransa’daki M. esculenta grubu kuzu göbeği mantarlarının, rDNA içindeki ITS bölgesinin RFLP tekniği ile tanımlanması sağlanmıştır. Çalışmanın çıkış noktası, son zamanlarda literatürlere göre M. esculenta’nın tek bir tür, M. esculenta sensu lato olarak değerlendirilmesi olmuştur. Araştırma sonucunda, M. esculenta içerisinde 3 farklı türün varlığı gösterilmiştir: M. esculenta (L.) Pers., M. crassipes (Vent.) Pers.:Fr ve M. spongiola Boud. Bu türler, ITS bölgesinin RFLP analizi ile kolaylıkla tanımlanabilmiştir. Dalgleish ve Jacobson (2005) tarafından Amerika Birleşik Devletleri’nin Iowa eyaletinde yapılan bu çalışmada kuzu göbeği mantarında yapılan uzun dönemli genetik çeşitlilik çalışmalarının ilk sonuçları verilmiştir. RAPD-PCR tekniği ile 57 karpofor arasında daha önce bildirilenlerden daha yüksek seviyede genetik polimorfizm bulunmuştur. Laboratuvar çalışmaları bu mantarın ıslah potansiyelinin yüksek olduğunu gösterse de bu çalışmada bu iddia için çok az kanıt bulunmuştur. Bu çalışma, heterokaryosis yönünden kuzu göbeği mantarının hayat döngüsünün önemli yönlerini çözmek ve bu mantarın ıslah potansiyeli açısından sonraki çalışmalara ışık sağlamıştır.

21 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Hatıra TAŞKIN

Hansen ve ark. (2005) familyası içerisinde 69-72 arası örnekte, 2 adet protein kodlayan genler olan RPB2 ve ß-tubulin ile 28S rDNA gen bölgelerinde DNA dizi analizi yapmışlardır. Kombine 28S rDNA, RPB2 ve ß-tubulin data setinin Parsimony, Maksimum Likelihood ve Bayesian ile analizleri sonucunda Pezizaceae içinde 14 adet iyi ölçekli soy tanımlanmıştır. Peziza türleri soyların 8 tanesinde olmuştur. Familyanın diğer cinsler arasında dağılması cinsin tek bir atadan gelmediğini doğrulamıştır. 3 gen data setinin parsimony analizleri hemen hemen tamamen çözülmüş filogenetik ağaç vermesine rağmen, soylar arasındaki ilişkiler zayıf Bootstrap ile çözülmüştür. 3 data setinin Bayesian analizleri bazı dahil gruplar için destek vermişt ve çoğu RPB2’nin Bayesian analizleri ile uyumlu olmuştur. 28S rDNA, RPB2 ve ß-tubulin data setlerinin ayrı filogeni analizleri arasında güçlü destekli bir uyumsuzluk bulunamamıştır. RPB2 bölgesi en bilgi verici gen bölgesi olmuştur. Bunu 28S rDNA ve ß-tubulin bölgeleri izlemiştir. Alınan sonuçlar ß-tubulin bölgesindeki üçüncü kodon pozisyonunun doyurucu olduğunu göstermiştir (özellikle siteler için daha derin ilişkiler hakkında bilgi sağlamada). Ancak ß-tubulin’deki filogenetik işaretlerin hemen hemen hepsi üçüncü kodon pozisyonu ile olmuş, birinci ve ikinci kodonda hemen hemen sinyal iralınamamıştır. Pezizaceae, 3 gen data seti analizlerinde monofilotik (tek bir atadan gelme) olarak desteklenmiştir. Ancak kardeş grup ilişkileri destekle çözülememiştir. Sonuçlar, RPB2’nin daha kullanışlı bir gen bölgesi olduğunu savunmuştur. ß-tubulin geni daha az kullanışlı bulunmuştur. Frøslev ark. (2005) taksonomik olarak ayırımı zor bir grup olan Cortinarus’un altcinsi Phlegmacium’a ait 54 taksondan yaklaşık 2900 bç uzunluğunda 3 geni analizlemişlerdir. ITS’nin, RPB1 ve RPB2’nin değişken bölgeleri ile kombinasyonuyla, ribosomal markırlar 28S rDNA ve ITS ile yeteri kadar çözülüm sağlanamayan gruplara ait yakın ilişkili türlerin filogenisi için çözülüm büyük oranda artırılmıştır. Kodlama bölgelerindeki değişken pozisyonlar ile ITS uzunluğundaki çeşitlilik ve intron içeren RPB1 bölgelerinin ölçüsü çalışılmıştır. RPB2’nin çalışılan bölgeleri, ITS’den daha değişken olmuştur. Her iki polimeraz II geni tüm taksa boyunca sıralanmıştır. Elde edilen sonuçlar Cortinarius’un bazı kısımlarının tekrar tanımlanmaya ihtiyaç duyduğunu

22 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Hatıra TAŞKIN

göstermiştir. Çalışma sonunda 2 tür için (C. caesiocortinatus ve C. prasinocyaneus) yeni bir bölüm belirtilmiştir. Çalışmadan elde edilen bulgular ışığında RNA polimeraz II geninden DNA dizi bilgilerinin Cortinarius’un filogenetik sorunlarını belirli seviyelerde çözeceği tahmin edilmiştir. Aynı zamanda bu çalışma, RPB2 ve RPB1 genlerinin değişken bölgelerinin ITS ile kombinasyonu ve karşılaştırmasını sağlayan ilk çalışma olmuştur. Rehner ve Buckley (2005) tarafından Beauveria cinsi ve onunla yakın olduğu düşünülen Cordyceps türlerinin moleküler filogenetik farklılıkları araştırılmıştır. Beauveria zararlı böceklerin biyolojik kontrolünde ve entomopathogenesis çalışmalarında model sistem olarak kullanılmaktadır. Taksonomik olarak bilgi verici morfolojinin olmayışı, Beauveria’ da tür tanımlamasını zor hale getirmiştir. Farklı coğrafik orijinlerden, habitatlardan ve böceklerden izole edilen 86 örneğin, EF1-α ve ITS bölgelerinin DNA dizi analizleri yapılmıştır. Filogenetik ağaçlar Maximum parsimony ve Bayesian likelihood metotları kullanılarak elde edilmiştir. A-F arası harflendirilen 6 iyi destekli gruplar EF1-α ve kombine analizler ile çözdürülmüştür. B. bassiana’daki soyların kıtasal endemizmi (grup A ve C) bu grupların evrimsel farklılaşmasında uzaklığın önemli bir faktör olduğunu göstermiştir. Permutasyon testleri, B. bassiana’da hem grup A’ da hem de grup C’de konukçu ilişkisinin raslantı olduğunu göstermiştir. Aksine grup B ve D’de kolepteron konukçular öne çıkmıştır. Bu sonuçlar gelecekte taksonomik, filogenetik, Beauveria ve Cordyceps’in karşılaştırılmalı biyolojik çalışmaları için taslak oluşturmuştur. Matheny (2005) Ektomikorizal mantar cinsi olan Inocybe’nin (Agaricales; Basidiomycota) filogenetik ilişkilerini ortaya çıkarmak için 84 taksonda yaklaşık 3000 bp uzunluğundaki bölgenin RPB1, RPB2 ve 28S rDNA değişken bölgelerini analizlemişlerdir. Bu çalışma düşük seviyelerdeki filogenetik çalışmalarda RPB1 ve RPB2’nin değişken bölgelerinin 28S rDNA ile kombinasyonu ile ilgili ilk çalışma olmuştur. 3 lokusun kombinasyonu Bootstrap değerini yükseltmiş ve aynı zamanda çok sayıda grubun çözülümünü ayrı ayrı gen analizlerine göre artırmıştır. Bu datalar Inocybe’de en az 5 major evrimi göstermiştir: Inocybe grubu, Mallocybe grubu,

23 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Hatıra TAŞKIN

Auritella grubu, Inosperma grubu ve Pseudosperma grubu. Ayrıca birçok grup güçlü bir şekilde desteklenen herbir major soy içerisine yerleşmiştir. Bu sonuçlar aynı zamanda Crepiodataceae sensu stricto familyasının Inocybe’nin kardeş grubu olduğunu göstermiştir. Çalışma sonucunda, Inocybe’nin familya seviyesinde kabulu (Inocybaceae) önerilmiştir. Winder (2006) M. elata’nın in vitro gelişiminde substrat, askomaların gelişim durumu, sıcaklık ve pH etkisini araştırmıştır. En iyi substrat sakkaroz, mannoz ve laktoz karışımında olmuştur. Fakat bazı izolatların gelişimi bazı karışımlarda azalmıştır. Maltoz ve patates dekstroz ortamında sınırlı gelişme olmuştur ve koloni morfolojisinde değişimler meydana gelmiştir. Maltozda miseller siyahlaşırken patates dekstroz ortamında misel sınırları tüylü olmuştur. Hızlı büyüme 1:1 sakkaroz:mannoz içeren ortamda olmuştur. Askosporlar 16-24°C’de optimal büyüme gösterirken 20-24°C’ de daha hızlı veya üzerinde daha yavaş gelişme göstermişlerdir. Ortama potasyum hidroksit eklendiğinde optimal pH 7 iken, kalsiyum karbonat eklendiğinde 7.7 veya daha üzeri olmuştur. Hansen ve Pfister (2006) ribosomal DNA’nın 18S rDNA ve 28S rDNA bölgelerinde Bayesian ve Parsimony analizleri ile Pezizales icindeki filogenetik ilişkileri araştırmışlardır. Bu çalışma ile 3 soy tanımlanmıştır: a) Ascobolaceae ve Pezizaceae b) Discinaceae-Morchellaceae ve Helvellaceae-Tuberaceae c) Ascodemidaceae, Glaziellaceae, Pyronemataceae, Sarcoscyphaceae ve Sarcosomataceae. Rhizinaceae ve Caloscyphaceae 2 bağımsız soy olarak çözülmüştür. Bayesian analizleri Rhizina ve Psilopezia’nın 2 soyu arasındaki ilişkiyi desteklemiştir. Sadece C soyu yüksek destek alabilmiştir. Monofilotik grup olarak ise B ve C ırkları güçlü destek alabilmişlerdir. Bu soyların hiçbirisi daha önce önerilenlere uymamıştır. C soyu en büyük heterojeniteyi göstermiştir. Pyronemataceae monofilotik olmamıştır. Çünkü Ascodemidaceae ve Glaziellaceae onun içerisine yerleşmiştir. C ırkındakı tüm familyalar arasındaki ilişkiler belirsiz kalmıştır. Hong ve ark. (2007) Çin’in Yunnan ve Zhejiang bölgelerinde yaptıkları bir çalışmada, morfolojik özelliklerine göre farklılık gösteren 14 adet Morchella örneğini

24 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Hatıra TAŞKIN

(11 tanesi Yunnan, 3 tanesi Zhejiang bölgesinden) seçmişlerdir. ITS-1 ve ITS-4 primerleri kullanılarak rDNA’nın ITS bölgesi çoğaltılmış ve DNA dizi analizi yapılmıştır. Elde ettikleri dizileri gen bankasında bulunanlar ile karşılaştırmışlardır. Yunnan bölgesinden toplanan 11 Morchella izolatı 4 türle eşleşmiştir: Morchella elata, M. conica, M. crassipes ve M. costata. Zhejiang bölgelerinden toplanan 3 Morchella örneği (M12, M13 ve M14) bilinmeyen Morchella türleri olarak tanımlanmıştır. Verpa conica grup dışına yerleşirken, 14 Morchella izolatı 3 grup oluşturmuştur: M. elata, M. conica (Grup 1), M. esculenta, M. conica (Grup 2) ve M. crassipes, M12, M13 ve M14. Matheny ve ark. (2007) tarafından yapılan bir çalışmada Basidiomycota soyunun filogenisi, 160 takson ve 5 gen bölgesi kullanımıyla araştırılmıştır. 2 gen, RPB2 ve tef1, detaylı sunulmuştur. RPB2 geni tef1’den daha değişken olmuştur ve hem derin hem de derin olmayan seviyelerde iyi destekli gruplar sağlamıştır. Tef1 geni, bazı derin seviyelerde ilişkiler sağlamıştır. Fakat amino asitle karşılaştırıldığında nukleotitlerden daha iyi dallanma desteği sağlamıştır. Tef1’de intron yerleşimi güçlü, soy-spesifik ve birçok grup için tanısal olmuştur. RPB2’de intronlar daha az ve pozisyonlar tarafından yüksek oranda korunmaya eğilimli olmuştur. Her iki protein kodlayan lokus rRNA geninin dizileri ile kombine edildiğinde Basidiomycota’nın 18 grubu Bayesian analizleri ile, 16 grubu da Parsimony Bootstrap analizleri ile güçlü şekilde desteklenmiştir. Bu sayılar genlerin ayrı ayrı kullanılmasından ve kombine rRNA gen bölgesinden elde edilmesinden daha fazla olmuştur. Hofstetter ve ark. (2007) Lecanoromycetes (Ascomycota) sınıfından liken formundaki funguslarda, 2 protein kodlayan gen olan RPB1 ve RPB2 ve 3 ribozomal RNA-kodlayan gen olan çekirdek 18S rDNA, çekirdek 28S rDNA ve mitokondri 18S rDNA genlerinin ayrı ayrı ve kombine analizlerini Maximum Likelihood Bootstrap analizleri kullanılarak araştırmışlardır. Çalışma sonucunda protein kodlayan genler olan RPB1 ve RPB2’nin en uygun lokuslar olduğu belirlenmiştir. RPB1 ve RPB2 genleri ayrı ayrı ribozomal lokusların 2 ve 3 lokuslu kombinasyonundan daha efektif olmuşlardır. Bu iki lokusun herbirinin üçüncü kodonunda, Lecanoromycetes içindeki filogenetik ilişkilerin desteklenmesi için en fazla karakter sağlanmıştır. Çalışmada kullanılan

25 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Hatıra TAŞKIN

ribosomal lokuslardan mitokondri 18S rDNA, RPB1 ve RPB2 ile kombine edildiğinde filogenetik açıdan en başarılı sonuçları vermiştir. Mitokondri 18S rDNA dışında ribozomal genler çok sayıda intron içermeleri nedeniyle efektif sonuçlar alınamamıştır. Lecanoromycetes’in 82 üyesinin 5 lokus data seti kombinasyonunun Maximum Likelihood analizi, var olan filogenilere göre daha iyi destek ve çözüm sağlamıştır. Bu çalışmanın, bu fungusda ileride yapılacak filogenetik çalışmalarda lokus seçimi için ışık tutacağı bildirilmiştir. Masaphy ve ark. (2010) tarafından yapılan bir çalışmada, İsrail’in Galileo (kuzey) bölgesinden toplanan 5 adet Morchella esculenta olduğu tahmin edilen, morfolojik olarak farklı olan kuzu göbeği mantarlarının moleküler analizi yapılmıştır. Çekirdek ribosomal DNA’sı içerisindeki ITS bölgesi ve kısmi 28S rDNA genlerinin DNA dizi analizi yapılmıştır. Yapılan analizler beş örneğinde aynı olduğunu göstermiştir. NCBI Gen Bankasından alınan filogenetik ağaç, ITS sekanslarının %85 homoloji ile M. crassipes’e M. esculenta’dan daha çok benzediğini gösterirken, 28S rDNA dizilerinin %98.8’den daha yüksek oranda her iki türle de homolog olduğunu göstermiştir. Çalışmadan elde edilen sonuçlarla, İsrail örneklerinin yeni bir tür olabileceği veya Avrupa’da bulunan M. crassipes’den farklı olarak M. crassipes olarak kabul edilebileceği düşünülmüştür. Her iki durumda da daha fazla filogenetik çalışmalara ihtiyaç duyulacağı, çalışmanın daha da ileri noktalara taşınması gerektiği anlaşılmıştır. Taşkın ve ark. (2010), 2007 ve 2008 yıllarında Türkiye’nin değişik bölgelerinden 10 farklı ilden (Diyarbakır, Göksun-Kahramanmaraş, Andırın-Kahramanmaraş, Feke- Adana, Gülnar-Mersin, Erdemli-Mersin, Anamur-Mersin, İbradı-Antalya, Kaş-Antalya, Fethiye-Muğla, Bozdoğan-Aydın, Denizli, Ağlı-Kastamonu, Koyulhisar-Sivas) 247 kuzu göbeği örneğinden oluşan bir koleksiyon oluşturmuşlardır. Bu koleksiyon RPB1 ve 28S rDNA gen sekansları kullanılarak tür çeşitliğinin belirlenmesi için analizlenmiştir. Bu başlangıç taramasına göre seçilen 62 RPB2 ve EF1-α gen bölgelerinin DNA dizi analizi yapılmıştır. Ayrıca 62 takson içerisinde Elata tür kompleksine giren 36 taksonda ITS rDNA bölgesinde tekrar dizi analizi yapılmıştır. Filogenetik analizler, bireysel ve

26 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Hatıra TAŞKIN

kombine edilmiş datalardan oluşturulmuştur. Bu çalışmada Elata grubundan (siyah kuzu göbeği) 13 tür, Esculenta grubundan (sarı kuzu göbeği) ise 2 tür belirlenmiştir. Bu araştırma, Türkiye florasında yetişen kuzu göbeği mantarı türlerinin belirlenmesinde moleküler tekniklerle yapılan ilk çalışma olmuştur. Rodriguez Estrada ve ark. (2010) en az 6 varyete içeren Pleurotus eryngii tür kompleksinde, RPB2 ve EF-1α gen bölgelerini kullanarak dizi analizi yapmışlardır. RPB2 ve EF-1α gen bölgelerinin dizi analizleri nebrodensis’i diğerlerinden ayırmıştır. Ancak eryngii, elaeoselini ve ferulae arasındaki ayrım RPB2 ile sağlanabilmiştir. RPB2 ve EF-1α gen bölgelerinin kombine data setleri P. eryngii’nin monofilotik bir grup olduğunu, eryngii, elaeoselini ve ferulae varyetelerinin diğer varyetelerden farklılaşarak farklı bir grup olarak yerleşen P.eryngii var. nebrodensis ile yakın ilişkili olduğunu göstermiştir. Ancak hala P. eryngii kompleksi ile monofilotik olmuştur. RPB2 ve EF-1α gen bölgelerindeki sınırlı nükleotid varyasyonu eryngii, elaeoselini ve ferulae varyeteleri arasında, kompleks içerisinde grupların yerleşiminin tür olarak değil varyete olarak yerleşimini desteklemiştir. Trappe ve ark. (2010) sadece Pasifik kuzey batı ABD’de bilinen Morchellaceae içerisinde yeni bir cins olarak tanımlanan ’nın, Morchellaceae içerisinde diğer cinslerle ilişkisini araştırmak için EF-1α protein bölgesi ve 28S rDNA’nın filogenetik analizlerini kullanmışlardır. K. brunnea genellikle kuzey Kaliforniya ve Oregon’da 50 yaşındaki Douglas göknarı ormanlarında görülmektedir. Morchellaceae içerisinde 4 hipogen cins bilinmektedir: Kalapuya, , ve . Bunlar epigen cinsler olan Morchella ve Verpa’dan farklıdırlar. Hem EF-1α hem de 28S rDNA analizleri, bu yeni taksonun Morchellaceae içerisine yerleştiğini fakat bilinen diğer hipogen cinslerden (Fischerula, Imaia ve Leucangium) ve epigen cinslerden (Morchella, Verpa ve Disciotis) farklı olduğunu göstermiştir. Yapılan filogenetik analizler içerisinde Parsimony analizine göre; Kalapuya Morchellaceae içerisinde farklı bir yere yerleşmiştir ve Kalapuya’ya en yakın Fischerula yerleşmiştir. Fisccherula’yı Leucangium ve sonrasında Imaia takip etmiştir. Kalapuya ve Morchella, Morchellaceae familyasi içerisinde birbirinden uzak yerleşim göstermişlerdir. Bayesian analizlerinde de

27 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Hatıra TAŞKIN

yine Kalapuya ve Morchella birbirinden uzak yerleşim göstermişlerdir. Fakat Fischerula ve Imaia Bootstrap alamamıştır. Bu nedenle Morchellaceae içerisinde yer alan cinsler arasındaki ilişkiler çözülememiştir. Morfolojik analizler, bu türü diğerlerinden ayırmıştır. Bu nedenle Kalapuya’nın yeni bir cins olarak tanımlanabileceği belirtilmiştir. Kanwal ve ark. (2010), Batı Himalaya Bölgesinden toplanan 32 farklı Morchella örneğinin moleküler karakterizasyonu için ITS gen bölgesinin ITS1 ve ITS4 primerlerini kullanmışlardır. Maksimum Parsimony ve Maksimum Likelihood analizleri ile elde edilen filogenetik ağaç, iki farklı ana grubu ve sarı-siyah kuzu göbeği grupları arasındaki farkı açıkça göstermiştir. 2 farklı türdense coğrafik olarak farklı yerlerden izole edilmiş aynı türler arasında daha fazla varyasyon gözlemlenmiştir. Batı Himalaya bölgesinde siyah kuzu göbeği mantarı grubundan: M. elata, M.angusticeps, Morchella sp. (MR 2) ve M. gigas; sarı kuzu göbeği mantarı grubundan M. crassipes ve M. spongiola türleri belirlenmiştir. O’Donnell ve ark. (2011) tarafından yapılan bir çalışmada Morchellaceae’nin 177 üyesi 4 gen dataseti (RPB1, RPB2, EF-1α, 28s rDNA + ITS rDNA) ile analizlenmiştir. Filogenetik analizler ile Morchella içerisinde 3 grup tanımlamıştır: Elata grubu-24 tür, Esculenta grubu-16 tür ve bu iki gruptan da farklılık gösteren M. rufobrunnea. Çalışmadan elde ettikleri ilginç sonuçları şu şekilde özetlemişlerdir. 18 Kuzey Amerika türünün 16’sı ve 15 Avrupa-Asya türünün 13’ü bölgesel endemizm göstermiştir. Esculenta grubundan ilk farklılık sadece Balkan’larda bilinen bir tür olan Morchella steppicola ile sağlanırken, diğer farklılık gösteren 3 türden ikisi (Mes-3 ve Mes-4) Kuzey Amerika’da bulunmuştur. Üçüncü tür olan Mes-4 Kuzeydoğu Amerika’da yaygın görülürken Kuzeybatı Amerika’da çok yaygın olmamıştır. Mes-14 (Venezuela ve Ekvator) ve Mes-16 (Havai ve Java)’nın antropojenik giriş yaptıkları belirlenmiştir. Kalan 14 Esculenta grubu türleri kıtasal endemizm göstermişlerdir. Mes-4 ve Mes-7 Batı ve Kuzey Amerika’da bulunmuşlardır ve bölgesel endemizm göstermişlerdir. Elata grubundan 8 tür Kuzey Amerika’dan gelmiştir. Bunlardan 2 adedi; Mel-1=M. tomentosa ve Mel-2 Elata grubunda farklılaşan türler olmuşlardır. Mel-3, Mel-4 ve Mel-5 farklı

28 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Hatıra TAŞKIN

coğrafyalarda yer alan türler içermiştir: Mel-3=M. semilibera-Avrupa, Mel-4=M. punctipes-Kuzeydoğu Amerika, Mel-5-Kuzeybatı Amerika. Pagliaccia ve ark. (2011) ABD’nin Idaho eyaletinde yangın bölgesi olmayan 3 farklı siteden toplanılan 44 adet morfolojik olarak benzer Elata (siyah) kuzu göbeği mantarı karpoforlarından 28S/ITS gen bölgelerinin DNA dizi analizleri ile 2 farklı grup elde etmişlerdir. Örneklerin 34 tanesi daha önce Mel-12 (GU551425) olarak tanımlanan türle aynı olmuştur. %94 gibi iyi bir destek alan bu grup içerisinde sadece 6 adet izolatta 1-3 nükleotid farkı belirlenmiştir. Tek bir lokasyondan toplanan 4 adet izolat, %97 gibi iyi bir destekle farklı bir tür grubu oluşturmuştur ve daha önce bilinen kuzu göbeği türlerinden farklılık göstermiştir. AFLP amlikonlarının dizilenmesi ve klonlanmasıyla AFLP markırlarının segregasyonu için tek bir karpofordan elde edilen tek bir sporla çalışılmıştır ve Mel-12 için SNP ve SCAR markırları geliştirilmiştir. Bu çalışma ile kuzu göbeği mantarında ilk defa lokusa özel moleküler markırlar geliştirilmiştir. Bu markırların ileride kuzu göbeği için yapılacak olan kültüre alma, gen kaçışları, çiftleşme ve genetik yapı gibi farklı çalışmalarda kullanışlı olacağı düşünülmüştür.

29 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Hatıra TAŞKIN

30 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

3. MATERYAL VE METOD

Araştırma Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümü ve Amerika Birleşik Devletleri İllinois eyaleti Peoria ilindeki Amerika Birleşik Devletleri Tarım Bakanlığı (United States Department of Agriculture-USDA) Bakteriyel Kaynaklı Patojenler ve Mikoloji (Bacterial Foodborne Pathogens and Mycology-BFP) Bölümü laboratuvarlarında yürütülmüştür.

3.1. Materyal

2007-2010 yılları arasında Türkiye’nin değişik bölgelerinden toplanmış olan kuzu göbeği mantarları, İsveç Müzesi’nden temin edilen 18 adet kuzu göbeği mantarı ve global bir sörvey çalışması ile elde edilen Dünya’nın farklı ülkelerinden toplanan kuzu göbeği mantarları (O’Donnell ve ark. 2011) çalışmanın materyalini oluşturmuştur (Çizelge 3.1, Çizelge, 3.2, Çizelge 3.3 ve Şekil 3.1).

Şekil 3.1. 2007-2010 yılları arasında kuzu göbeği mantar örneklerinin toplandığı il ve bölgelerin Türkiye haritası üzerinde görünümü

31 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.1. Türkiye’nin farklı yerlerinden toplanan kuzu göbeği mantarlarının toplandığı yer ve koordinatlar ile toplandığı bölgenin vejetasyon durumu No İl, Bölge, Yıl GPS koordinatları, rakım Dominant vejetasyon 1 Mersin (H) 36°13'23"N- Çam (Pb), Meşe, Sandal ağacı Akdeniz, 2007 032°45'29"E-772 m 2 Mersin (H) 36°13'23"N- Çam (Pb), Meşe, Sandal ağacı Akdeniz, 2007 032°45'29"E-772 m 3 Mersin (H) 36°13'23"N- Çam (Pb), Meşe, Sandal ağacı Akdeniz, 2007 032°45'29"E-772 m 4 Mersin (H) 36°13'23"N Çam (Pb), Meşe, Sandal ağacı Akdeniz, 2007 -032°45'29"E -772 m 5 Mersin (H) 36°13'23"N- Çam (Pb), Meşe, Sandal ağacı Akdeniz, 2007 032°45'29"E-772 m 6 Mersin (H) 36°13'23"N- Çam (Pb), Meşe, Sandal ağacı Akdeniz, 2007 032°45'29"E-772 m 7 Mersin (H) 36°13'23"N- Çam (Pb), Meşe, Sandal ağacı Akdeniz, 2007 032°45'29"E-772 m 8 Mersin (H) 36°13'23"N- Çam (Pb), Meşe, Sandal ağacı Akdeniz, 2007 032°45'29"E-772 m 9 Mersin (H) 36°13'23"N- Çam (Pb), Meşe, Sandal ağacı Akdeniz, 2007 032°45'29"E-772 m 10 Mersin (H) 36°13'23"N- Çam (Pb), Meşe, Sandal ağacı Akdeniz, 2007 032°45'29"E-772 m 12 Mersin (H) 36°11'53"N- Çam (Pb), Meşe, Sandal ağacı Akdeniz, 2007 032°44'55"E-474 m 13 Mersin (H) 36°11'53"N- Çam (Pb), Meşe, Sandal ağacı Akdeniz, 2007 032°44'55"E-474 m 14 Mersin (H) 36°11'53"N- Çam (Pb), Meşe, Sandal ağacı Akdeniz, 2007 032°44'55"E-474 m 15 Mersin (H) 36°11'53"N- Çam (Pb), Meşe, Sandal ağacı Akdeniz, 2007 032°44'55"E-474 m 17 Kahramanmaraş (J) 37°42'48"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2007 036°27'44"E-1346 m 18 Kahramanmaraş (J) 37°42'48"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2007 036°27'44"E-1346 m 19 Kahramanmaraş (J) 37°42'48"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2007 036°27'44"E-1346 m 20 Kahramanmaraş (J) 37°42'48"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2007 036°27'44"E-1346 m 21 Kahramanmaraş (J) 37°42'48"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2007 036°27'44"E-1346 m 22 Kahramanmaraş (J) 37°42'48"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2007 036°27'44"E-1346 m 23 Kahramanmaraş (J) 37°39'18"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2007 036°26'44"E-1478 m 24 Mersin (H) 36°42'07"N- Çam (Pb), Meşe, Sandal ağacı Akdeniz, 2007 033°59'56"E-1335 m 25 Mersin (H) 36°42'07"N- Çam (Pb), Ardıç, Göknar Akdeniz, 2007 033°59'56"E-1335 m

32 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.1’in devamı 26 Mersin (H) 36°42'07"N- Çam (Pb), Ardıç, Göknar Akdeniz, 2007 033°59'56"E-1335 m 27 Mersin (H) 36°42'07"N- Çam (Pb), Ardıç, Göknar Akdeniz, 2007 033°59'56"E-1335 m 28 Mersin (H) 36°42'07"N- Çam (Pb), Ardıç, Göknar Akdeniz, 2007 033°59'56"E-1335 m 29 Mersin (H) 36°42'07"N- Çam (Pb), Ardıç, Göknar Akdeniz, 2007 033°59'56"E-1335 m 30 Mersin (H) 36°42'07"N- Çam (Pb), Ardıç, Göknar Akdeniz, 2007 033°59'56"E-1335 m 31 Mersin (H) 36°42'07"N- Çam (Pb), Ardıç, Göknar Akdeniz, 2007 033°59'56"E-1335 m 32 Mersin (H) 36°42'07"N- Çam (Pb), Ardıç, Göknar Akdeniz, 2007 033°59'56"E-1335 m 33 Mersin (H) 36°42'07"N- Çam (Pb), Ardıç, Göknar Akdeniz, 2007 033°59'56"E-1335 m 34 Mersin (H) 36°42'07"N- Çam (Pb), Ardıç, Göknar Akdeniz, 2007 033°59'56"E-1335 m 35 Mersin (H) 36°42'07"N- Çam (Pb), Ardıç, Göknar Akdeniz, 2007 033°59'56"E-1335 m 36 Mersin (H) 36°42'07"N- Çam (Pb), Ardıç, Göknar Akdeniz, 2007 033°59'56"E-1335 m 37 Mersin (H) 36°42'07"N- Çam (Pb), Ardıç, Göknar Akdeniz, 2007 033°59'56"E-1335 m 38 Mersin (H) 36°42'07"N- Çam (Pb), Ardıç, Göknar Akdeniz, 2007 033°59'56"E-1335 m 39 Mersin (H) 36°42'07"N- Çam (Pb), Ardıç, Göknar Akdeniz, 2007 033°59'56"E-1335 m 40 Adana (I) 37°51'56"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2007 035°48'05"E-1325 m 41 Adana (I) 37°51'56"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2007 035°48'05"E-1325 m 42 Adana (I) 37°51'56"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2007 035°48'05"E-1325 m 43 Adana (I) 37°51'56"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2007 035°48'05"E-1325 m 44 Adana (I) 37°51'56"N- Çam (Pb, Pn), Göknar, Sedir Akdeniz, 2007 035°48'05"E-1325 m 45 Adana (I) 37°51'56"N- Çam (Pb, Pn), Göknar, Sedir Akdeniz, 2007 035°48'05"E-1325 m 46 Adana (I) 37°51'56"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2007 035°48'05"E-1325 m 47 Adana (I) 37°51'56"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2007 035°48'05"E-1325 m 48 Adana (I) 37°51'56"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2007 035°48'05"E-1325 m 49 Adana (I) 37°51'56"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2007 035°48'05"E-1325 m

33 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.1’in devamı 50 Adana (I) 37°51'56"N- Çam (Pb, Pn), Göknar, Sedir Akdeniz, 2007 035°48'05"E-1325 m 51 Adana (I) 37°51'56"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2007 035°48'05"E-1325 m 52 Adana (I) 37°51'56"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2007 035°48'05"E-1325 m 53 Adana (I) 37°51'56"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2007 035°48'05"E-1325 m 54 Adana (I) 37°51'56"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2007 035°48'05"E-1325 m 55 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 56 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 57 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 58 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 59 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 60 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 61 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 62 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 63 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 64 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 65 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 66 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 67 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 68 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 69 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 70 Kahramanmaraş (J) 38°08'55"N- Sedir, Göknar, Ardıç Akdeniz, 2007 036°34'03"E-1440 m 71 Kahramanmaraş (J) 38°08'55"N- Sedir, Göknar, Ardıç Akdeniz, 2007 036°34'03"E-1440 m 72 Kahramanmaraş (J) 38°08'55"N- Sedir, Göknar, Ardıç Akdeniz, 2007 036°34'03"E-1440 m 73 Kahramanmaraş (J) 38°08'55"N- Sedir, Göknar, Ardıç Akdeniz, 2007 036°34'03"E-1440 m

34 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.1’in devamı 74 Kahramanmaraş (J) 38°08'28"N- Sedir, Göknar, Ardıç Akdeniz, 2007 036°34'27"E-1505 m 76 Kahramanmaraş (J) 38°08'28"N- Sedir, Göknar, Ardıç Akdeniz, 2007 036°34'27"E-1505 m 77 Kahramanmaraş (J) 38°08'28"N- Sedir, Göknar, Ardıç Akdeniz, 2007 036°34'27"E-1505 m 78 Kahramanmaraş (J) 38°08'28"N- Sedir, Göknar, Ardıç Akdeniz, 2007 036°34'27"E-1505 m 80 Kahramanmaraş (J) 38°08'19"N- Sedir, Göknar, Ardıç Akdeniz, 2007 036°35'16"E-1640 m 82 Mersin (H) 36°18'20"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2007 033°25'57"E-780 m 83 Mersin (H) 36°18'20"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2007 033°25'57"E-780 m 84 Mersin (H) 36°18'20"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2007 033°25'57"E-780 m 85 Mersin (H) 36°18'20"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2007 033°25'57"E-780 m 86 Mersin (H) 36°18'31"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2007 033°25'07"E-752 m 87 Mersin (H) 36°18'31"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2007 033°25'07"E-752 m 88 Mersin (H) 36°18'31"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2007 033°25'07"E-752 m 90 Mersin (H), 2007 36°18'12"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2007 033°24'49"E-722 m 91 Bilinmiyor Bilinmiyor Bilinmiyor 92 Bilinmiyor Bilinmiyor Bilinmiyor 93 Bilinmiyor Bilinmiyor Bilinmiyor 94 Bilinmiyor Bilinmiyor Bilinmiyor 95 Bilinmiyor Bilinmiyor Bilinmiyor 96 Bilinmiyor Bilinmiyor Bilinmiyor 98 Diyarbakır (P) Bilinmiyor Bilinmiyor GDoğuAnadolu,2008 99 Muğla (C) Bilinmiyor Bilinmiyor Ege, 2008 102 Kastamonu (N) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2008 103 Kastamonu (N) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2008 104 Kastamonu (N) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2008 105 Kastamonu (N) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2008 106 Kastamonu (N) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2008 107 Kastamonu (N) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2008

35 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.1’in devamı 109 Kastamonu (N) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2008 112 Kastamonu (N) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2008 113 Kastamonu (N) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2008 114 Kastamonu (N) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2008 115 Kastamonu (N) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2008 116 Kastamonu (N) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2008 117 Kastamonu (JN) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2008 118 Kastamonu (N) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2008 119 Kastamonu (N) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2008 120 Kastamonu (N) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2008 121 Kastamonu (N) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2008 122 Kastamonu (N) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2008 123 Kastamonu (N) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2008 124 Kastamonu (N) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2008 125 Kastamonu (N) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2008 126 Kastamonu (N) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2008 129 Kahramanmaraş (J) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 130 Kahramanmaraş (J) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 131 Kahramanmaraş (J) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 132 Kahramanmaraş (J) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 133 Kahramanmaraş (J) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 134 Kahramanmaraş (J) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 135 Kahramanmaraş (J) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 136 Kahramanmaraş (J) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008

36 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.1’in devamı 137 Kahramanmaraş (J) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 138 Kahramanmaraş (J) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 139 Kahramanmaraş (J) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 140 Kahramanmaraş (J) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 141 Kahramanmaraş (J) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 142 Kahramanmaraş (J) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 143 Kahramanmaraş (J) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 144 Kahramanmaraş (J) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 145 Kahramanmaraş (J) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 146 Kahramanmaraş (J) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 147 Kahramanmaraş (J) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 148 Kahramanmaraş (J) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 149 Kahramanmaraş (J) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 150 Aydın (B) 37°37'13"N- Çam (Pb, Pn) Ege, 2008 028°19'15"E-819 m 152 Aydın (B) 37°37'13"N- Çam (Pb, Pn) Ege, 2008 028°19'15"E-819 m 153 Aydın (B) 37°37'13"N- Çam (Pb, Pn) Ege, 2008 028°19'15"E-819 m 154 Aydın (B) 37°37'13"N- Çam (Pb, Pn) Ege, 2008 028°19'15"E-819 m 155 Aydın (B) 37°37'13"N- Çam (Pb, Pn) Ege, 2008 028°19'15"E-819 m 156 Aydın (B) 37°37'13"N- Çam (Pb, Pn) Ege, 2008 028°19'15"E-819 m 157 Aydın (B) 37°37'13"N- Çam (Pb, Pn) Ege, 2008 028°19'15"E-819 m 158 Aydın (B) 37°37'13"N- Çam (Pb, Pn) Ege, 2008 028°19'15"E-819 m 159 Aydın (B) 37°37'13"N- Çam (Pb, Pn) Ege, 2008 028°19'15"E-819 m 160 Aydın (B) 37°37'13"N- Çam (Pb, Pn) Ege, 2008 028°19'15"E-819 m 161 Aydın (B) 37°37'13"N- Çam (Pb, Pn) Ege, 2008 028°19'15"E-819 m

37 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.1’in devamı 162 Denizli (D) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn) Ege, 2008 163 Denizli (D) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn) Ege, 2008 165 Denizli (D) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn) Ege, 2009 166 Denizli (D) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn) Ege, 2008 167 Denizli (D) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn) Ege, 2008 168 Denizli (D) Bilinmiyor Çam (Pb, Pn) Ege, 2008 169 Adana (I) 37°52'51"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 035°48'18"E-1373 m 170 Adana (I) 37°52'51"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 035°48'18"E-1373 m 171 Adana (I) 37°52'51"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 035°48'18"E-1373 m 172 Adana (I) 37°52'51"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 035°48'18"E-1373 m 173 Adana (I) 37°52'51"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 035°48'18"E-1373 m 174 Adana (I) 37°52'51"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 035°48'18"E-1373 m 175 Adana (I) 37°52'51"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 035°48'18"E-1373 m 176 Adana (I) 37°52'51"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 035°48'18"E-1373 m 177 Adana (I) 37°52'51"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 035°48'18"E-1373 m 178 Adana (I) 37°52'51"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 035°48'18"E-1373 m 179 Adana (I) 37°52'51"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 035°48'18"E-1373 m 180 Adana (I) 37°52'51"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 035°48'18"E-1373 m 181 Adana (I) 37°52'51"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 035°48'18"E-1373 m 182 Adana (I) 37°52'51"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 035°48'18"E-1373 m 183 Adana (I) 37°52'51"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 035°48'18"E-1373 m 184 Adana (I) 37°52'51"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 035°48'18"E-1373 m 185 Adana (I) 37°52'51"N- Çam (Pb, Pn), Sedir, Göknar Akdeniz, 2008 035°48'18"E-1373 m 186 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m

38 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.1’in devamı 187 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 188 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 189 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 190 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 191 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 192 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 193 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 194 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 195 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 196 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 197 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 198 Muğla (C) 36°50'38"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°07'14"E-1048 m 199 Muğla (C) 36°51'54"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°10'28"E-1413 m 200 Muğla (C) 36°51'54"N- Çam (Pb), Meşe Ege, 2008 029°10'28"E-1413 m 201 Kahramanmaraş (J) 38°08'15"N- Sedir, Göknar, Ardıç Akdeniz, 2008 036°34'20"E-1630 m 202 Kahramanmaraş (J) 38°08'15"N- Sedir, Göknar, Ardıç Akdeniz, 2008 036°34'20"E-1630 m 203 Kahramanmaraş (J) 38°08'15"N- Sedir, Göknar, Ardıç Akdeniz, 2008 036°34'20"E-1630 m 204 Kahramanmaraş (J) 38°08'15"N- Çam (Pb, Pn), Göknar, Ardıç Akdeniz, 2008 036°34'20"E-1630 m 205 Kahramanmaraş (J) 38°08'15"N- Çam (Pb, Pn), Göknar, Ardıç Akdeniz, 2008 036°34'20"E-1630 m 206 Kahramanmaraş (J) 38°08'15"N- Çam (Pb, Pn), Göknar, Ardıç Akdeniz, 2008 036°34'20"E-1630 m 207 Kahramanmaraş (J) 38°08'00"N- Çam (Pb, Pn), Göknar, Ardıç Akdeniz, 2008 036°35'04"E-1685 m 208 Kahramanmaraş (J) 38°08'00"N- Sedir, Göknar, Ardıç Akdeniz, 2008 036°35'04"E-1685 m 209 Kahramanmaraş (J) 38°08'00"N- Çam (Pb, Pn), Göknar, Ardıç Akdeniz, 2008 036°35'04"E-1685 m 210 Kahramanmaraş (J) 38°08'00"N- Çam (Pb, Pn), Göknar, Ardıç Akdeniz, 2008 036°35'04"E-1685 m

39 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.1’in devamı 211 Kahramanmaraş (J) 38°07'58"N- Çam (Pb, Pn), Göknar, Ardıç Akdeniz, 2008 036°35'05"E-1706 m 212 Kahramanmaraş (J) 38°07'58"N- Sedir, Göknar, Ardıç Akdeniz, 2008 036°35'05"E-1706 m 213 Antalya (F) 37°05'46"N- Kestane Akdeniz, 2008 031°36'14"E-999 m 214 Antalya (F) 37°05'46"N- Kestane Akdeniz, 2008 031°36'14"E-999 m 215 Antalya (F) 37°05'46"N- Kestane Akdeniz, 2008 031°36'14"E-999 m 216 Antalya (F) 37°05'46"N- Kestane Akdeniz, 2008 031°36'14"E-999 m 217 Antalya (F) 37°05'46"N- Kestane Akdeniz, 2008 031°36'14"E-999 m 218 Antalya (F) 37°04'26"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2008 031°38'48"E-730 m 220 Antalya (F) 37°04'26"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2008 031°38'48"E-730 m 221 Antalya (F) 37°05'38"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2008 031°40'23"E-470 m 222 Antalya (F) 37°05'38"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2008 031°40'23"E-470 m 223 Antalya (F) 37°05'38"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2008 031°40'23"E-470 m 224 Antalya (F) 37°05'38"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2008 031°40'23"E-470 m 225 Antalya (F) 37°05'38"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2008 031°40'23"E-470 m 226 Antalya (F) 36°19'21"N- Çam (Pb), Meşe (Yanmış alan) Akdeniz, 2008 029°45'21"E-180 m 227 Antalya (F) 36°19'21"N- Çam (Pb), Meşe (Yanmış alan) Akdeniz, 2008 029°45'21"E-180 m 228 Antalya (F) 36°19'21"N- Çam (Pb), Meşe (Yanmış alan) Akdeniz, 2008 029°45'21"E-180 m 229 Antalya (F) 36°19'21"N- Çam (Pb), Meşe (Yanmış alan) Akdeniz, 2008 029°45'21"E-180 m 230 Antalya (F) 36°19'21"N- Çam (Pb), Meşe (Yanmış alan) Akdeniz, 2008 029°45'21"E-180 m 231 Antalya (F) 36°19'21"N- Çam (Pb), Meşe (Yanmış alan) Akdeniz, 2008 029°45'21"E-180 m 232 Antalya (F) 36°19'21"N- Çam (Pb), Meşe (Yanmış alan) Akdeniz, 2008 029°45'21"E-180 m 234 Antalya (F) 36°19'21"N- Çam (Pb), Meşe (Yanmış alan) Akdeniz, 2008 029°45'21"E-180 m 235 Antalya (F) 36°19'21"N- Çam (Pb), Meşe (Yanmış alan) Akdeniz, 2008 029°45'21"E-180 m 236 Antalya (F) 36°19'21"N- Çam (Pb), Meşe (Yanmış alan) Akdeniz, 2008 029°45'21"E-180 m

40 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.1’in devamı 237 Antalya (F) 36°19'21"N- Çam (Pb), Meşe (Yanmış alan) Akdeniz, 2008 029°45'21"E-180 m 238 Antalya (F) 36°19'21"N- Çam (Pb), Meşe (Yanmış alan) Akdeniz, 2008 029°45'21"E-180 m 239 Antalya (F) 36°19'21"N- Çam (Pb), Meşe (Yanmış alan) Akdeniz, 2008 029°45'21"E-180 m 240 Antalya (F) 36°19'21"N- Çam (Pb), Meşe (Yanmış alan) Akdeniz, 2008 029°45'21"E-180 m 241 Antalya (F) 36°19'21"N- Çam (Pb), Meşe (Yanmış alan) Akdeniz, 2008 029°45'21"E-180 m 242 Antalya (F) 36°19'21"N- Çam (Pb), Meşe (Yanmış alan) Akdeniz, 2008 029°45'21"E-180 m 243 Antalya (F) 36°19'21"N- Çam (Pb), Meşe (Yanmış alan) Akdeniz, 2008 029°45'21"E-180 m 244 Antalya (F) 36°19'21"N- Çam (Pb), Meşe (Yanmış alan) Akdeniz, 2008 029°45'21"E-180 m 245 Antalya (F) 36°19'21"N- Çam (Pb), Meşe (Yanmış alan) Akdeniz, 2008 029°45'21"E-180 m 246 Antalya (F) 36°19'21"N- Çam (Pb), Meşe (Yanmış alan) Akdeniz, 2008 029°45'21"E-180 m 247 Antalya (F) 36°19'21"N- Çam (Pb), Meşe (Yanmış alan) Akdeniz, 2008 029°45'21"E-180 m 248 Sivas (M) 40°21'05"N- Çam (Pb, Pn), Göknar İç Anadolu, 2008 037°54'56"E-1963 m 249 Sivas (M) 40°21'05"N- Çam (Pb, Pn), Göknar İç Anadolu, 2008 037°54'56"E-1963 m 250 Sivas (M) 40°21'05"N- Çam (Pb, Pn), Göknar İç Anadolu, 2008 037°54'56"E-1963 m 251 Sivas (M) 40°21'05"N- Çam (Pb, Pn), Göknar İç Anadolu, 2008 037°54'56"E-1963 m 252 Sivas (M) 40°21'05"N- Çam (Pb, Pn), Göknar İç Anadolu, 2008 037°54'56"E-1963 m 253 Sivas (M) 40°21'05"N- Çam (Pb, Pn), Göknar İç Anadolu, 2008 037°54'56"E-1963 m 254 Sivas (M) 40°21'05"N- Çam (Pb, Pn), Göknar İç Anadolu, 2008 037°54'56"E-1963 m 255 Sivas (M) 40°21'05"N- Çam (Pb, Pn), Göknar İç Anadolu, 2008 037°54'56"E-1963 m 256 Sivas (M) 40°21'05"N- Çam (Pb, Pn), Göknar İç Anadolu, 2008 037°54'56"E-1963 m 257 Sivas (M) 40°21'05"N- Çam (Pb, Pn), Göknar İç Anadolu, 2008 037°54'56"E-1963 m 258 Sivas (M) 40°21'05"N- Çam (Pb, Pn), Göknar İç Anadolu, 2008 037°54'56"E-1963 m 259 Sivas (M) 40°21'05"N- Çam (Pb, Pn), Göknar İç Anadolu, 2008 037°54'56"E-1963 m 260 Sivas (M) 40°21'05"N- Çam (Pb, Pn), Göknar İç Anadolu, 2008 037°54'56"E-1963 m

41 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.1’in devamı 261 Sivas (M) 40°21'05"N- Çam (Pb, Pn), Göknar İç Anadolu, 2008 037°54'56"E-1963 m 262 Sivas (M) 40°21'05"N- Çam (Pb, Pn), Göknar İç Anadolu, 2008 037°54'56"E-1963 m 263 Sivas (M) 40°21'05"N- Çam (Pb, Pn), Göknar İç Anadolu, 2008 037°54'56"E-1963 m 264 Sivas (M) 40°21'05"N- Çam (Pb, Pn), Göknar İç Anadolu, 2008 037°54'56"E-1963 m 265 Sivas (M) 40°21'05"N- Çam (Pb, Pn), Göknar İç Anadolu, 2008 037°54'56"E-1963 m 266 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 267 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 268 Samsun (O) 41°18'07N-035°01'03E- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 761 m 269 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 270 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 271 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 272 Samsun (O) 41°18'07"N- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 035°01'03"E-761 m 273 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 274 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 276 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 277 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 278 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 279 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 280 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 282 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 283 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 284 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 285 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 288 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009

42 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.1’in devamı 289 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 290 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 291 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 292 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 295 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 297 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 298 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 299 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 300 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 301 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 302 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 303 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 304 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 305 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 306 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 307 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 309 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 312 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 313 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 314 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 315 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 316 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 319 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 320 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009

43 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.1’in devamı 322 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 323 Antalya (F) Bilinmiyor Bilinmiyor Akdeniz, 2009 324 Adana (I) 37°35'33"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2009 035°16'44"E-917 m 326 Adana (I) 37°35'33"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2009 035°16'44"E-917 m 327 Adana (I) 37°35'33"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2009 035°16'44"E-917 m 329 Adana (I) 37°35'33"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2009 035°16'44"E-917 m 330 Adana (I) 37°35'33"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2009 035°16'44"E-917 m 331 Adana (I) 37°35'30"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2009 035°16'48"E-886 m 332 Adana (I) 37°35'30"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2009 035°16'48"E-886 m 334 Adana (I) 37°35'30"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2009 035°16'48"E-886 m 335 Adana (I) 37°35'25"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2009 035°16'53"E-893 m 336 Adana (I) 37°35'25"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2009 035°16'53"E-893 m 337 Adana (I) 37°35'25"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2009 035°16'53"E-893 m 338 Adana (I) 37°35'25"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2009 035°16'53"E-893 m 339 Adana (I) 37°35'25"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2009 035°16'53"E-893 m 340 Adana (I) 37°35'25"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2009 035°16'53"E-893 m 341 Adana (I) 37°35'25"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2009 035°16'53"E-893 m 342 Adana (I) 37°35'30"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2009 035°16'48"E-883 m 343 Adana (I) 37°35'30"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2009 035°16'48"E-883 m 344 Adana (I) 37°35'30"N- Çam (Pb) Akdeniz, 2009 035°16'48"E-883 m 345 Samsun (O) Bilinmiyor Çam (Pn), Meşe Karadeniz, 2009 346 Samsun (O) Bilinmiyor Çam (Pn), Meşe Karadeniz, 2009 348 Samsun (O) Bilinmiyor Çam (Pn), Meşe Karadeniz, 2009 349 Samsun (O) Bilinmiyor Çam (Pn), Meşe Karadeniz, 2009

44 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.1’in devamı 350 Samsun (O) Bilinmiyor Çam (Pn), Meşe Karadeniz, 2009 351 Samsun (O) Bilinmiyor Çam (Pn), Meşe Karadeniz, 2009 352 Samsun (O) Bilinmiyor Çam (Pn), Meşe Karadeniz, 2009 353 Samsun (O) Bilinmiyor Çam (Pn), Meşe Karadeniz, 2009 354 Kastamonu (N) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2010 355 Samsun (O) Bilinmiyor Çam (Pn), Meşe Karadeniz, 2009 356 Samsun (O) Bilinmiyor Çam (Pn), Meşe Karadeniz, 2009 357 Samsun (O) Bilinmiyor Çam (Pn), Meşe Karadeniz, 2009 358 Samsun (O) Bilinmiyor Çam (Pn), Meşe Karadeniz, 2009 359 Samsun (O) Bilinmiyor Çam (Pn), Meşe Karadeniz, 2009 360 Samsun (O) Bilinmiyor Çam (Pn), Meşe Karadeniz, 2009 361 Samsun (O) Bilinmiyor Çam (Pn), Meşe Karadeniz, 2009 362 Samsun (O) Bilinmiyor Çam (Pn), Meşe Karadeniz, 2009 363 Samsun (O) Bilinmiyor Çam (Pn), Meşe Karadeniz, 2009 364 Samsun(O) Bilinmiyor Çam (Pn), Meşe Karadeniz, 2009 365 Samsun (O) Bilinmiyor Çam (Pn), Meşe Karadeniz, 2009 366 Samsun (O) 41°18'07"N- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 035°01'03"E-761 m 367 Samsun (O) 41°18'07"N- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 035°01'03"E-761 m 368 Samsun (O) 41°18'07"N- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 035°01'03"E-761 m 369 Samsun (O) Bilinmiyor Bilinmiyor Karadeniz, 2009 370 Samsun (O) 41°18'07"N- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 035°01'03"E-761 m 371 Samsun (O) 41°18'07"N- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 035°01'03"E-761 m 372 Samsun (O) 41°18'07"N- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 035°01'03"E-761 m 373 Samsun (O) 41°18'07"N- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 035°01'03"E-761 m

45 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.1’in devamı 374 Samsun (O) 41°18'07"N- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 035°01'03"E-761 m 375 Samsun (O) 41°18'07"N- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 035°01'03"E-761 m 376 Samsun (O) 41°18'07"N- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 035°01'03"E-761 m 377 Samsun (O) 41°18'07"N- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 035°01'03"E-761 m 378 Samsun (O) 41°18'07"N- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 035°01'03"E-761 m 379 Samsun (O) 41°18'07"N- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 035°01'03"E-761 m 380 Samsun (O) 41°18'07"N- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 035°01'03"E-761 m 381 Samsun (O) 41°18'07"N- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 035°01'03"E-761 m 382 Samsun (O) 41°18'07"N- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 035°01'03"E-761 m 383 Samsun (O) 41°18'07"N- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 035°01'03"E-761 m 384 Samsun (O) 41°18'07"N- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 035°01'03"E-761 m 385 Samsun (O) 41°18'07"N- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 035°01'03"E-761 m 386 Samsun (O) 41°18'07"N- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 035°01'03"E-761 m 387 Samsun (O) 41°18'07"N- Çam (Pn), Meşe (Yanmış alan) Karadeniz, 2009 035°01'03"E-761 m 388 Kahramanmaraş (J) 38°08'06''N- Sedir, Göknar, Ardıç Akdeniz, 2009 036°34'46''E-1560 m 389 Kahramanmaraş (J) 38°08'06''N- Sedir, Göknar, Ardıç Akdeniz, 2009 036°34'46''E-1560 m 390 Kahramanmaraş (J) 38°08'06''N- Çam (Pn), Göknar, Sedir Akdeniz, 2009 036°34'46''E-1560 m 392 Kahramanmaraş (J) 38°08'06''N- Çam (Pn), Göknar, Sedir Akdeniz, 2009 036°34'46''E-1560 m 393 Kahramanmaraş (J) 38°08'06''N- Çam (Pn), Göknar, Sedir Akdeniz, 2009 036°34'46''E-1560 m 394 Kahramanmaraş (J) 38°08'06''N- Sedir, Göknar, Ardıç Akdeniz, 2009 036°34'46''E-1560 m 395 Kahramanmaraş (J) 38°08'06''N- Çam (Pn), Göknar, Sedir Akdeniz, 2009 036°34'46''E-1560 m 396 Kahramanmaraş (J) 38°08'06''N- Sedir, Göknar, Ardıç Akdeniz, 2009 036°34'46''E-1560 m 397 Kahramanmaraş (J) 38°08'06''N- Çam (Pn), Göknar, Sedir Akdeniz, 2009 036°34'46''E-1560 m 398 Kahramanmaraş (J) 38°08'06''N- Çam (Pn), Göknar, Sedir Akdeniz, 2009 036°34'46''E-1560 m

46 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.1’in devamı 400 Kahramanmaraş (J) 38°08'06''N- Sedir, Göknar, Ardıç Akdeniz, 2009 036°34'46''E-1560 m 401 Yozgat (L) 37°37'54''N- Çam (Ps) İç Anadolu, 2010 035°30'35''E-1396 m 402 Yozgat (L) 37°37'54''N- Çam (Ps) İç Anadolu, 2010 035°30'35''E-1396 m 403 Yozgat (L) 37°37'54''N- Çam (Ps) İç Anadolu, 2010 035°30'35''E-1396 m 404 Yozgat (L) 37°37'54''N- Çam (Ps) İç Anadolu, 2010 035°30'35''E-1396 m 406 Bilinmiyor Bilinmiyor Bilinmiyor Doğu Anadolu, 2009 407 Bilinmiyor Bilinmiyor Bilinmiyor Doğu Anadolu, 2009 409 Bilinmiyor Bilinmiyor Bilinmiyor Doğu Anadolu, 2009 411 Bilinmiyor Bilinmiyor Bilinmiyor Doğu Anadolu, 2009 413 Van (R) Bilinmiyor Bilinmiyor Doğu Anadolu, 2010 414 Van (R) Bilinmiyor Bilinmiyor Doğu Anadolu, 2010 415 Van (R) Bilinmiyor Bilinmiyor Doğu Anadolu, 2010 416 Van (R) Bilinmiyor Bilinmiyor Doğu Anadolu, 2010 417 Van (R) Bilinmiyor Bilinmiyor Doğu Anadolu, 2010 419 Kars (S) Bilinmiyor Bilinmiyor Doğu Anadolu, 2009 420 Kars (S) Bilinmiyor Bilinmiyor Doğu Anadolu, 2009 423 Kars (S) Bilinmiyor Bilinmiyor Doğu Anadolu, 2009 424 Kars (S) Bilinmiyor Bilinmiyor Doğu Anadolu, 2009 425 Kars (S) Bilinmiyor Bilinmiyor Doğu Anadolu, 2009 426 Kars (S) Bilinmiyor Bilinmiyor Doğu Anadolu, 2009 427 Kars (S) Bilinmiyor Bilinmiyor Doğu Anadolu, 2009 428 Kars (S) Bilinmiyor Bilinmiyor Doğu Anadolu, 2009 429 Kars (S) Bilinmiyor Bilinmiyor Doğu Anadolu, 2009 430 Kars (S) Bilinmiyor Bilinmiyor Doğu Anadolu, 2009

47 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.1’in devamı 433 Kars (S) Bilinmiyor Bilinmiyor Doğu Anadolu, 2009 434 Kars (S) Bilinmiyor Bilinmiyor Doğu Anadolu, 2009 435 Yozgat (L) Bilinmiyor Çam (Ps) İç Anadolu, 2010 436 Yozgat (L) Bilinmiyor Çam (Ps) İç Anadol 2010 437 Yozgat (L) Bilinmiyor Çam (Ps) İç Anadolu, 2010 438 Yozgat (L) Bilinmiyor Çam (Ps) İç Anadolu, 2010 439 Yozgat (L) Bilinmiyor Çam (Ps) İç Anadolu, 2010 440 Yozgat (L) Bilinmiyor Çam (Ps) İç Anadolu, 2010 441 Yozgat (L) Bilinmiyor Çam (Ps) İç Anadolu, 2010 442 Yozgat (L) Bilinmiyor Çam (Ps) İç Anadolu, 2010 445 Yozgat (L) Bilinmiyor Çam (Ps) İç Anadolu, 2010 446 Yozgat (L) Bilinmiyor Çam (Ps) İç Anadolu, 2010 447 Konya (G) 37°37'36''N- Çam (Pn), Göknar, Sedir İç Anadolu, 2010 031°20'13''E-1665 m 448 Konya (G) 37°37'36''N- Çam (Pn), Göknar, Sedir İç Anadolu, 2010 031°20'13''E-1665 m 449 Konya (G) 37°37'36''N- Çam (Pn), Göknar, Sedir İç Anadolu, 2010 031°20'13''E-1665 m 450 Konya (G) 37°37'36''N- Çam (Pn), Göknar, Sedir İç Anadolu, 2010 031°20'13''E-1665 m 451 Konya (G) 37°37'36''N- Çam (Pn), Göknar, Sedir İç Anadolu, 2010 031°20'13''E-1665 m 452 Konya (G) 37°36'59''N- Çam (Pn), Göknar, Sedir İç Anadolu, 2010 031°21'46''E-1484 m 453 Konya (G) 37°36'59''N- Çam (Pn), Göknar, Sedir İç Anadolu, 2010 031°21'46''E-1484 m 454 Konya (G) 37°36'59''N- Çam (Pn), Göknar, Sedir İç Anadolu, 2010 031°21'46''E-1484 m 455 Konya (G) 37°36'59''N- Çam (Pn), Göknar, Sedir İç Anadolu, 2010 031°21'46''E-1484 m 456 Konya (G) 37°36'59''N- Çam (Pn), Göknar, Sedir İç Anadolu, 2010 031°21'46''E-1484 m 458 Kayseri (K) 38°20'29''N- Göknar İç Anadolu, 2010 036°04'04''E-1719 m 459 Uşak (E) 38°40'14''N-29°10'11''E- Çam (Pb) Ege, 2010 680 m

48 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.1’in devamı 460 Uşak (E) 38°40'27''N-29°10'10''E- Çam (Pb) Ege, 2010 584 m 461 Uşak (E) 38°40'2''N-29°10'10''E- Çam (Pb) Ege, 2010 581 m 462 Uşak (E) 38°45'44''N-29°09'59''E- Çam (Pb), Ardıç, Meşe Ege, 2010 696 m 463 Uşak (E) 38°40'39''N-29°09'27''E- Çam (Pb), Ardıç, Meşe Ege, 2010 563 m 464 Uşak (E) 38°40'37''N-29°09'28''E- Çam (Pb), Ardıç, Meşe Ege, 2010 571 m 465 Uşak (E) 38°40'38''N-29°09'29''E- Çam (Pb), Ardıç Ege, 2010 572 m 466 Uşak (E) 38°40'37''N-29°10'11''E- Çam (Pb), Ardıç Ege, 2010 574 m 467 Uşak (E) 38°40'37''N-29°10'11''E- Çam (Pb), Ardıç Ege, 2010 564 m 468 Uşak (E) 38°50'36'' N-29°45'54''E- Meşe Ege, 2010 1089 m 469 Uşak (E) 38°50'46''N-29°45'21''E- Çam (Pn) Ege, 2010 1211 m 470 Uşak (E) 38°50'49''N-29°45'19''E- Çam (Pn) Ege, 2010 1208 m 471 Uşak (E) 38°50'49'' N-29°45'18''E- Çam (Pn) Ege, 2010 1216 m 472 Uşak (E) 38°50'51''N-29°45'09''E- Çam (Pn) Ege, 2010 1223 m 473 Uşak (E) 38°50'51''N-29°45'08''E- Çam (Pn) Ege, 2010 1225 m 474 Kayseri (K) 37°48'08''N- Göknar, Kavak İç Anadolu, 2010 035°18'03''E-1618 m 476 Kayseri (K) 37°48'08''N- Kavak İç Anadolu, 2010 035°18'03''E-1618 m 477 Kayseri (K) 37°48'08''N- Göknar İç Anadolu, 2010 035°18'03''E-1618 m 478 Kayseri (K) 37°48'08''N- Göknar, Kavak İç Anadolu, 2010 035°18'03''E-1618 m 479 Kayseri (K) 37°48'08''N- Göknar İç Anadolu, 2010 035°18'03''E-1618 m 480 Kayseri (K) 37°48'08''N- Göknar İç Anadolu, 2010 035°18'03''E-1618 m 481 Kayseri (K) 37°48'08''N- Göknar, Kavak İç Anadolu, 2010 035°18'03''E-1618 m 483 Kayseri (K) 37°48'08''N- Göknar İç Anadolu, 2010 035°18'03''E-1618 m 484 Adana (I) 37°01'55''N- Serada Akdeniz, 2009 035°22'12''E-39 m 485 Adana (I) 37°01'55''N- Serada Akdeniz, 2009 035°22'12''E-39 m

49 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.1’in devamı 486 Çanakkale (A) 40°06'02''N- Çam (Pb) Marmara, 2010 026°26'44''E-406 m 487 Çanakkale (A) 40°06'03''N- Çam (Pb) Marmara, 2010 026°26'42''E-307 m 488 Çanakkale (A) 40°06'07''N- Çam (Pb) Marmara, 2010 026°26'47''E-303 m 489 Çanakkale (A) 40°06'09''N- Çam (Pb) Marmara, 2010 026°26'55''E-310 m 490 Çanakkale (A) 40°06'03''N- Çam (Pb) Marmara, 2010 026°26'42''E-307 m 491 Çanakkale (A) 40°05'55''N- Çam (Pb) Marmara, 2010 026°26'25''E-249 m 492 Çanakkale (A) 40°05'54''N- Çam (Pb) Marmara, 2010 026°26'24''E-245 m 493 Çanakkale (A) 40°06'03''N- Çam (Pb) Marmara, 2010 026°26'19''E-248 m 494 Çanakkale (A) 40°06'05''N- Çam (Pb) Marmara, 2010 026°26'19''E-251 m 495 Çanakkale (A) 40°06'06''N- Çam (Pb) Marmara, 2010 026°26'20''E-256 m 496 Çanakkale (A) 40°06'06''N- Çam (Pb) Marmara, 2010 026°26'19''E-241 m 497 Çanakkale (A) 40°06'13''N- Çam (Pb) Marmara, 2010 026°26'03''E-248 m 498 Çanakkale (A) 40°06'14''N- Çam (Pb) Marmara, 2010 026°26'03''E-277 m 499 Çanakkale (A) 40°06'15''N- Çam (Pb) Marmara, 2010 026°26'03''E-264 m 500 Çanakkale (A) 40°06'15''N- Çam (Pb) Marmara, 2010 026°26'03''E-272 m 501 Çanakkale (A) 40°06'13''N- Çam (Pb) Marmara, 2010 026°25'58''E-259 m 502 Çanakkale (A) 40°06'13''N- Çam (Pb) Marmara, 2010 026°25'59''E-251 m 503 Çanakkale (A) 40°06'12''N- Çam (Pb) Marmara, 2010 026°25'59''E-262 m 504 Çanakkale (A) 40°06'13''N- Çam (Pb) Marmara, 2010 026°25'58''E-256 m 505 Yozgat (L) 39°35'05''N- Çam (Ps) İç Anadolu, 2010 035°56'14''E-1449 m 506 Yozgat (L) 39°35'05''N- Çam (Ps) İç Anadolu, 2010 035°56'14''E-1449 m 507 Yozgat (L) 39°35'05''N- Çam (Ps) İç Anadolu, 2010 035°56'14''E-1449 m 508 Yozgat (L) 39°34'47''N- Çam (Ps) İç Anadolu, 2010 035°56'40''E-1593 m 509 Yozgat (L) 39°34'47''N- Çam (Ps) İç Anadolu, 2010 035°56'40''E-1593 m

50 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.1’in devamı 510 Yozgat (L) 39°34'47''N- Çam (Ps) İç Anadolu, 2010 035°56'40''E-1593 m 511 Kahramanmaraş (J) 38°08'19''N- Göknar, Ardıç (Je) Akdeniz, 2010 036°34'16''E-1481 m 512 Kahramanmaraş (J) 38°08'19''N- Göknar, Ardıç (Je) Akdeniz, 2010 036°34'16''E-1481 m 513 Kahramanmaraş (J) 38°08'19''N- Göknar, Ardıç (Je) Akdeniz, 2010 036°34'16''E-1481 m 514 Kahramanmaraş (J) 38°08'19''N- Göknar, Ardıç (Je) Akdeniz, 2010 036°34'16''E-1481 m 515 Kahramanmaraş (J) 38°08'20''N- Göknar, Ardıç (Je), Sedir, Meşe Akdeniz, 2010 036°34'15''E-1490 m 516 Kahramanmaraş (J) 38°08'19''N- Göknar, Ardıç (Je), Sedir, Meşe Akdeniz, 2010 036°34'16''E-1487 m 517 Kahramanmaraş (J) 38°08'19''N- Göknar, Ardıç (Je) Akdeniz, 2010 036°34'16''E-1481 m 518 Kahramanmaraş (J) 38°08'06''N- Göknar, Ardıç (Je), Sedir, Meşe Akdeniz, 2010 036°34'47''E-1550 m 519 Adana (I) 37°57'24''N- Çam (Pb, Pn), Sedir Akdeniz, 2010 035°48'25''E-1617 m 520 Adana (I) 37°57'18''N- Göknar, Sedir, Çam (Pn), Ardıç (Je) Akdeniz, 2010 035°48'12''E-1632 m (Jf) 521 Adana (I) 37°57'19''N- Göknar, Sedir, Çam (Pn), Ardıç (Je) Akdeniz, 2010 035°48'12''E-1606 m (Jf) 522 Adana (I) 37°57'19''N- Göknar, Sedir, Çam (Pn), Ardıç (Je) Akdeniz, 2010 035°48'12''E-1606 m (Jf) 523 Adana (I) 37°57'19''N- Göknar, Sedir, Çam (Pn), Ardıç (Je) Akdeniz, 2010 035°48'12''E-1594 m (Jf) 524 Adana (I) 37°57'19''N- Göknar, Sedir, Çam (Pn), Ardıç (Je) Akdeniz, 2010 035°48'12''E-1594 m (Jf) 525 Adana (I) 37°46'54''N- Göknar, Sedir Akdeniz, 2010 036°06'23''E-1604 m 526 Adana (I) 37°46'55''N- Göknar, Sedir Akdeniz, 2010 036°06'19''E-1624 m 527 Adana (I) 37°46'55''N- Göknar, Sedir Akdeniz, 2010 036°06'17''E-1665 m 528 Adana (I) 37°47’15’’N- Göknar, Sedir Akdeniz, 2010 036°04’48’’E-1575 m 529 Adana (I) 37°57'18''N- Göknar, Sedir, Çam (Pn), Ardıç (Je) Akdeniz, 2010 035°48'12''E-1632 m (Jf) 530 Adana (I) 37°29'22''N- Göknar, Sedir, Ardıç (Je) (Jf) Akdeniz, 2010 035°18'34''E-1472 m 531 Adana (I) 37°30'07''N- Göknar, Sedir, Ardıç (Je) (Jf) Akdeniz, 2010 035°19'51''E-1373 m 532 Adana (I) 37°30'07''N- Göknar, Sedir, Ardıç (Je) (Jf) Akdeniz, 2010 035°19'51''E-1373 m 533 Adana (I) 37°30'07''N- Bilinmiyor Akdeniz, 2010 035°19'51''E-1373 m

51 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.1’in devamı 534 Adana (I) 37°30'07''N- Göknar, Sedir, Ardıç (Je) (Jf) Akdeniz, 2010 035°19'51''E-1373 m 535 Adana (I) 37°29'22''N- Göknar, Sedir, Ardıç (Je) (Jf) Akdeniz, 2010 035°18'34''E-1472 m 536 Adana (I) 37°29'22''N- Göknar, Sedir, Ardıç (Je) (Jf) Akdeniz, 2010 035°18'34''E-1472 m 537 Adana (I) 37°29'22''N- Göknar, Sedir, Ardıç (Je) (Jf) Akdeniz, 2010 035°18'34''E-1472 m 538 Adana (I) 37°29'22''N- Göknar, Sedir, Ardıç (Je) (Jf) Akdeniz, 2010 035°18'34''E-1472 m 539 Mersin (H) 36°38'09''N- Çam (Pb) Akdeniz, 2010 034°20'33''E-18 m 540 Mersin (H) 36°38'09''N- Çam (Pb) Akdeniz, 2010 034°20'33''E-18 m 541 Mersin (H) 36°38'09''N- Çam (Pb) Akdeniz, 2010 034°20'33''E-18 m Ardıç, Juniperus sp., Je = Juniperus excels M. Bieb., Jf = Juniperus foetidissima Willd.; Çam, Pb = Pinus brutia Tenore, Pn = Pinus nigra J. F. Arnold, Ps = Pinus sylvestris L.; Kestane, Castanea sativa Mill.; Göknar, Abies cilicica subsp. cilicica; Meşe, Quercus coccifera L.; Phlomis sp.; Sandal ağacı, Arbutus andrachne L; Sedir, Cedrus libani A. Rich. İllerin yanında yazan harfler illerin Türkiye haritası üzerindeki yerini göstermektedir.

Çizelge 3.2. İsveç Müzesi (Swedish Museum of Natural History)’nden temin edilen kuzu göbeği mantarı örnekleri Tür No Ülke Yıl Morchella elata F13634 İsveç, Södermanland 2000 Morchella elata F99470 İsveç, Södermanland 1995 Morchella elata F46072 İsveç, Närke 2005 Morchella elata F27848 İsveç, Uppland 2003 Morchella semilibera F78749 İsveç, Öland 1989 Morchella esculenta F99475 İsveç, Södermanland 1995 F23174 İspanya,Va. 1991 Morchella conica F23127 İspanya, Va. 1996 Morchella esculenta F99481 Almanya, Bayern, 1991 Morchella semilibera F22131 İspanya, Va. 1989 Morchella esculenta F99472 İsveç, Uppland 1998 Morchella elata F13609 İsveç, Södermanland 2000 Mitrophora semilibera F78750 İsveç, Öland 1989 Morchella elata F99479 İsveç, Södermanland 1991 Morchella elata F60062 İsveç, Gästrikland 2006 Morchella semilibera F5453 İsveç, Småland 1997 Morchella esculenta F78699 İsveç, Uppland 1997 Morchella elata F13615 İsveç, Södermanland 2000

52 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.3. Çalışmada kullanılan ve global sörveyle elde edilen kuzu göbeği mantarı örnekleri (O’Donnell ve ark. 2011) Tür No Bölge Ülke Grup Mel-16 494 - Norveç Elata Altgrubu Mel-16 489 - Norveç Elata Altgrubu Mel-16 231 - İsveç Elata Altgrubu Mel-16 539 - Danimarka Elata Altgrubu Mel-15 409 Ohio ABD Elata Altgrubu Mel-15 407 Ohio ABD Elata Altgrubu Mel-15 65 Illinois ABD Elata Altgrubu Mel-15 37 Pennsylvania ABD Elata Altgrubu Mel-15 307 Virginia ABD Elata Altgrubu Mel-15 304 Virginia ABD Elata Altgrubu Mel-15 54 Illinois ABD Elata Altgrubu Mel-14 725 - Çin Elata Altgrubu Mel-14 728 - Çin Elata Altgrubu Mel-12 299 California ABD Elata Altgrubu Mel-12 432 California ABD Elata Altgrubu Mel-12 433 California ABD Elata Altgrubu Mel-12 699 Oregon ABD Elata Altgrubu Mel-13 184 - Hindistan Elata Altgrubu Mel-13 424-1 - Hindistan Elata Altgrubu Mel-13 815 - Çin Elata Altgrubu Mel-17 315 - Çin Elata Altgrubu Mel-20 474 - Tayvan Elata Altgrubu Mel-20 476 - Tayvan Elata Altgrubu Mel-20 214 - İsveç Elata Altgrubu Mel-20 487 - Norveç Elata Altgrubu Mel-20 492 - Norveç Elata Altgrubu Mel-20 551 - Danimarka Elata Altgrubu Mel-20 753 - Çin Elata Altgrubu Mel-20 814 - Çin Elata Altgrubu Mel-19 219 - İsveç Elata Altgrubu Mel-19 213 - İsveç Elata Altgrubu Mel-19 218 - İsveç Elata Altgrubu Mel-19 217 - İsveç Elata Altgrubu Mel-19 16 - Hollanda Elata Altgrubu Mel-19 510-31827 - İsveç Elata Altgrubu Mel-19 72 - Çin Elata Altgrubu Mel-19 735 - Çin Elata Altgrubu Mel-19 215 - İsveç Elata Altgrubu Mel-18 374 - Dominik Cumhuriyeti Elata Altgrubu Mel-24 9 Michigan ABD Elata Altgrubu Mel-23 495 - Norveç Elata Altgrubu Mel-23 209 - Finlandiya Elata Altgrubu Mel-23 542 - Danimarka Elata Altgrubu Mel-22 431 California ABD Elata Altgrubu Mel-22 698 Oregon ABD Elata Altgrubu Mel-22 35 - Kanada Elata Altgrubu

53 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.3’ün devamı Mel-22 36 - Kanada Elata Altgrubu Mel-22 839 Oregon ABD Elata Altgrubu Mel-21 222 - Japonya Elata Altgrubu Mel-22 225 - Japonya Elata Altgrubu Mel-11 288 - Kanarya Adaları Elata Altgrubu Mel-9 131 Oregon ABD Elata Grubu Mel-9 692 Oregon ABD Elata Grubu Mel-9 103 Oregon ABD Elata Grubu Mel-10 129 Oregon ABD Elata Grubu Mel-10 700 Oregon ABD Elata Grubu Mel-10 766 Washington ABD Elata Grubu Mel-10 836 Washington ABD Elata Grubu Mel-10 506-31823 Oregon ABD Elata Grubu Mel-7 137 Wyoming ABD Elata Grubu Mel-7 886 Montana ABD Elata Grubu Mel-7 879 - ABD Elata Grubu Mel-7 688 Oregon ABD Elata Grubu Mel-7 833 Oregon ABD Elata Grubu Mel-8 86 Oregon ABD Elata Grubu Mel-6 88 Washington ABD Elata Grubu Mel-6 809 Alaska ABD Elata Grubu Mel-6 120 NW ABD Elata Grubu Mel-6 45 NW ABD Elata Grubu Mel-6 690 Oregon ABD Elata Grubu Mel-6 696 Oregon ABD Elata Grubu Mel-6 889 Idaho ABD Elata Grubu Mel-6 444 Oregon ABD Elata Grubu Mel-3 162 - Çek Cumhuriyeti Elata Grubu Mel-3 144 - Hollanda Elata Grubu Mel-3 511-31828 - Almanya Elata Grubu Mel-4 28 Pennsylvania ABD Elata Grubu Mel-4 305 Virginia ABD Elata Grubu Mel-4 64 Illinois ABD Elata Grubu Mel-4 845 Pennsylvania ABD Elata Grubu Mel-4 13 Michigan ABD Elata Grubu Mel-4 772 Missouri ABD Elata Grubu Mel-4 837 Illinois ABD Elata Grubu Mel-5 89 Oregon ABD Elata Grubu Mel-5 903 Oregon ABD Elata Grubu Mel-5 133 California ABD Elata Grubu Mel-2 84 Idaho ABD Elata Grubu Mel-2 17 - Kanada Elata Grubu Mel-2 130 Oregon ABD Elata Grubu Mel-2 838 Oregon ABD Elata Grubu Mel-1 46 Alaska ABD Elata Grubu Mel-1 907 Montana ABD Elata Grubu Mel-1 105 Oregon ABD Elata Grubu Mel-1 132 Oregon ABD Elata Grubu

54 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.3’ün devamı Mel-1 44 Alaska ABD Elata Grubu Mel-1 852 Colorado ABD Elata Grubu Mel-1 691 Oregon ABD Elata Grubu Mruf 14 California ABD M. rufobrunnea Mruf 447 - Meksika M. rufobrunnea Mruf 818 California ABD M. rufobrunnea Mes-5 454 - Danimarka Esculenta Grubu Mes-5 508 - Fransa Esculenta Grubu Mes-5 216 - Norveç Esculenta Grubu Mes-6 321 - Çin Esculenta Grubu Mes-6 751 - Çin Esculenta Grubu Mes-7 38 - Kanada Esculenta Grubu Mes-7 874 South Dakota ABD Esculenta Grubu Mes-7 910 Montana ABD Esculenta Grubu Mes-8 63 - Hollanda Esculenta Grubu Mes-8 419 - İsveç Esculenta Grubu Mes-8 420 - İsveç Esculenta Grubu Mes-8 226 - İsveç Esculenta Grubu Mes-8 493 - Norveç Esculenta Grubu Mes-8 19 - Çek Cumhuriyeti Esculenta Grubu Mes-8 505 - Almanya Esculenta Grubu Mes-11 239 Quebec Kanada Esculenta Grubu Mes-11 70 Illinois ABD Esculenta Grubu Mes-11 387 Virginia ABD Esculenta Grubu Mes-11 770 Pennsylvania ABD Esculenta Grubu Mes-11 810 - ABD Esculenta Grubu Mes-11 841 Illinois ABD Esculenta Grubu Mes-10 322 - Çin Esculenta Grubu Mes-16 685 - Java Esculenta Grubu Mes-16 310 - Havai Esculenta Grubu Mes-16 308 - Havai Esculenta Grubu Mes-15 730 - Çin Esculenta Grubu Mes-14 684 - Ekvator Esculenta Grubu Mes-14 330 - Venezuela Esculenta Grubu Mes-14 324 - Venezuela Esculenta Grubu Mes-13 320 - Çin Esculenta Grubu Mes-13 175 - Hindistan Esculenta Grubu Mes-12 50 - Japonya Esculenta Grubu Mes-4 806 Ontario Kanada Esculenta Grubu Mes-4 843 Missouri ABD Esculenta Grubu Mes-4 205 Oregon ABD Esculenta Grubu Mes-4 43 Utah ABD Esculenta Grubu Mes-4 896 Nebraska ABD Esculenta Grubu Mes-4 68 Illinois ABD Esculenta Grubu Mes-4 774 Illinois ABD Esculenta Grubu Mes-4 254 Tennessee ABD Esculenta Grubu Mes-4 78 Los Angeles ABD Esculenta Grubu Mes-4 842 Texas ABD Esculenta Grubu

55 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.3’ün devamı Mes-4 882 Minnesota ABD Esculenta Grubu Mes-4 893 Vermont ABD Esculenta Grubu Mes-4 895 New York ABD Esculenta Grubu Mes-4 900 South Carolina ABD Esculenta Grubu Mes-4 851 Kansas ABD Esculenta Grubu Mes-4 881 Massachusetts ABD Esculenta Grubu Mes-3 366 North Carolina ABD Esculenta Grubu Mes-3 368 North Carolina ABD Esculenta Grubu Mes-3 780 Mississippi ABD Esculenta Grubu Mes-3 846 South Carolina ABD Esculenta Grubu Mes-3 887 Virginia ABD Esculenta Grubu Mes-2 154 Michigan ABD Esculenta Grubu Mes-2 367 North Carolina ABD Esculenta Grubu Mes-2 278 Tennessee ABD Esculenta Grubu Mes-2 42 Virginia ABD Esculenta Grubu Mes-2 782 Illinois ABD Esculenta Grubu Mes-2 854 Tennessee ABD Esculenta Grubu Mes-2 856 Tennessee ABD Esculenta Grubu Mes-2 894 Virginia ABD Esculenta Grubu Mes-2 391 West Virginia ABD Esculenta Grubu Mes-2 816 Missouri ABD Esculenta Grubu Mes-2 828 Ohio ABD Esculenta Grubu Mes-1 512 - Macaristan Esculenta Grubu Mes-1 635 - Slovakya Esculenta Grubu Mel: Morchella elata, Mes: Morchella esculenta, Mruf:

3.2. Metod

3.2.1. Mantarların Toplanması ve Tanı Özelliklerinin Kaydedilmesi

Kuzu göbeği mantarlarının toplanması aşağıda belirtilen sırada yapılmıştır: - Mantarın bulunduğu bölgenin belirlenmesi (konu ile ilgili yayınlardan, internetten, kişisel görüşmelerden) - Mantarın bulunduğu bölgenin Orman ve Su İşleri Bakanlığı, Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı ile temasa geçilerek mantarın çıkış zamanının ve araziye ulaşılma koşullarının öğrenilmesi - Tespit edilen mantarların fotoğraflarının çekilmesi

56 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

- Bölgenin vejetasyon özelliklerinin kaydedilmesi (ağaç türleri ve orman yakın zamanda yangın geçirmiş mi vb. bilgiler) - Bölgede mantar toplayıcılarının görüşlerinin kaydedilmesi (mantarın çıkış zamanı, bölgede bulunan kuzu göbeği mantarlarının yakınında bulunan ağaçlar vb.) - Küresel konumlama sistemi (GPS) ile koordinatların belirlenmesi - Mantarın belirgin özellikleri varsa kaydedilmesi (sıradışı ölçülerde ve renkte ise ya da sıradışı bir zamanda ve yerde çıkmışsa) - Mantarların numaralandırılması - Bıçakla toprakla temasının olduğu yerden mantarın kesilerek örnek alınması (Şekil 3.2.) - Kağıt kese ya da alüminyum folyo içerisine konularak taşınması - En kısa sürede gıda kurutucularında 40°C’de kurutulması - Numarası ile birlikte kilitli plastik torbalar içerisine konularak muhafaza edilmesi - Kurutulmuş örneklerin moleküler analizlerin tamamlanmasının ardından herbaryum materyali olarak hazırlanması [-35°C’de 48 saat bekletilmesi, etiketlenmiş (tür adı, toplayıcı adı, nereden toplandığı, GPS koordinatları ve yüksekliği, örnek numarası ve herbaryum numarası) kağıt keselere yerleştirilmesi] ve Ankara Üniversitesi Herbaryumu (ANK)’nda saklanması Mantarların toplanılacağı bölgeler seçilirken birbirinden farklı bölgeler olmasına özellikle dikkat edilmiştir.

57 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Şekil 3.2. Doğada kuzu göbeği mantarının görünümü ve bıçakla toprakta temasın olduğu yerden kesilmesi

3.2.2. Sporların Elde Edilmesi ve Tek Spor İzolasyonu

Tek spor izolasyonu için apotesyumdaki himenyum tabakasının olduğu yerden bir parça alınarak ependorf tüplere konulmuştur. Üzerine 900 µl steril bidistile su eklenerek iyice karıştırılmıştır. Bu karışımdan 10 µl lam üzerine damlatılarak lamel kapatılmış ve mikroskopta incelenmiştir. Spor yoğunluğu kontrol edilerek uygun seyreltme dozu belirlenmeye çalışılmıştır. Belirlendikten sonra örnekler seyreltilerek petrilere damlatılmıştır. Bu yöntemle petrilere çok fazla sporun düşmesi önlenmiştir. Bu işlem mikroskop altında tek sporun alınmasını kolaylaştırmıştır ve sporların gelişimi daha rahat takip edilebilmiştir. Sporlar çimlendiğinde mikroskop altında sadece bir spor alınarak antibiotikli su-agar ortamı içeren yeni bir petriye konulmuştur. Böylece her mantar örneği için tek bir spordan elde edilmiş saf örnekler hazırlanabilmiştir. Antibiotikli su-agar ortamında, bu tek sporun gelişmesi mikroskopta takip edilmiştir. Sporun çimlenmesi ile oluşan miselden steril kabin içerisinde bistüri yardımı ile 1 cm’lik küçük bir parça alınarak içerisinde PDA ortamı bulunan yeni bir petriye aktarılmıştır. PDA ortamında gelişen miseller steril pastör pipet yardımı ile içerisinde sıvı maya malt ortamı bulunan erlenlere aktarılmıştır. Erlenler 25°C’lik sıcaklıktaki karanlık odada bulunan bir çalkalayıcıya yerleştirilmiştir. Miseller yeterli büyümeyi gösterdikten sonra erlenler steril kabinlere getirilerek içerisindeki sıvı ortam uzaklaştırılmıştır (Şekil 3.3).

58 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Misellerin bir kısmı içerisinde %10 yağı alınmış süt- % Dimethyl Sulfoxide (DMSO) bulunan küçük plastik tüpler içerisine konularak sıvı azotta genetik kaynak olarak muhafazaya alınmıştır. Misellerin diğer kısmı ise DNA analizleri için kurutularak ependorf tüpler içerisine yerleştirilmiştir (Şekil 3.4).

59 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Şekil 3.3. Kuzu göbeği mantarı misellerinin %10 yağı alınmış süt- %1 DMSO bulunan küçük plastik tüpler içerisine konularak sıvı azotta muhafaza edilmesi

60 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Şekil 3.4. Miselden DNA analizi için misellerin kurutularak saklanması

Sporların çimlendirilmesi için antibiyotik içeren su-agar ortamı kullanılmıştır. Su-agar ortamı hazırlamak için, 30 g agar 1 lt su içerisinde çözdürülmüştür. Misel gelişimi için PDA ortamı kullanılmıştır. PDA ortamı hazırlamak için, 39 g hazır

61 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

PDA’dan ve 20 g agar 1 litre su içinde çözdürülmüştür. Sıvı azotta muhafaza ve DNA analizleri için gerekli olan misel ise sıvı maya malt ortamında geliştirilmiştir. Bu ortamı hazırlamak içinde, 20 g glikoz, 5 g pepton, 3 g maya ekstraktı ve 3 g malt ekstraktı 1 litre su içerisinde çözdürülerek 500 ml’lik erlenmayerlere her birinin içerisinde 100 ml olacak şekilde doldurulmuştur. Besin ortamları otoklavda 121ºC sıcaklık ve 1.1 atm basınç altında 15 dakika sterilize edilmiştir.

3.2.3. Moleküler Karakterizasyon

Moleküler analiz çalışmaları 2 aşamada gerçekleştirilmiştir. 2007-2008 yılları arasında toplanan kuzu göbeği mantarlarının moleküler analizi 2008 yılında, 2009-2010 yıllarında toplanan kuzu göbeği mantarlarının moleküler analizleri de 2010 yılında yapılmıştır. Bu nedenle ilk aşamada uygulanan metotlar ve alınan sonuçlar ikinci aşamada kullanılan yöntemlere ışık tutmuştur.

3.2.3.1. Genomik DNA’ nın İzolasyonu

DNA izolasyonu kurutulmuş mantarlardan O’Donnell ve ark. (1998)’nın kullandığı yönteme göre yapılmıştır (Şekil 3.5). 1) Liyofilize edilmiş miseller ya da kurutulmuş mantarlar 1.5 ml lik ependorf tüpün konik kısmının yarısına kadar (~50-100 mg) konulmuştur. Tüp içerisinde toz haline gelinceye kadar parçalanmıştır. 2) 700 μl CTAB (hexadecyltrimethyl-ammonium bromide; Sigma Chemical Co, St. Louis, MO) buffer (100 mM Tris-Cl pH 8.4, 1.4 M NaCl, 25 mM EDTA, %2 CTAB) eklenerek karıştırılmıştır. 3) 1-24 saat arası 60ºC’lik etüvde bekletilmiştir. 4) Oda sıcaklığına soğutulduktan sonra 700 μl kloroform eklenerek 3-4 defa çalkalanmıştır. 5) 12 300 g’ da 10 dk mikrosantrifüjde (Savant, Holbrook, NY) santrifuj edilmiştir.

62 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

6) Üst faz (~350 μl) yeni 1.5 ml ependorf tüpe aktarılmıştır (bütün örnekler için aynı miktarda alınmasına çalışılmıştır). 7) DNA, 350 μl -20°C izopropanol ile muamele edilmiştir ve tüp birkaç kez tersyüz edilmiştir. 8) 12 300 g’ da 2 dk mikrosantrifüjde (Savant, Holbrook, NY) santrifuj edilmiştir. 9) %70 etanol ile sıvı ve pellet kısım ayrılmıştır. 10) 12 300 g’ da 2-3 dk mikrosantrifüjde (Savant, Holbrook, NY) santrifuj edilmiştir. 11) Sıvı kısım yavaşça dökülerek kalan etanolün uzaklaştırılması sağlanmıştır.

12) Tüp içinde kalan katı kısma 200 μl ddH2O eklenerek ve 10-60 dakika sıcak blok üzerinde bekletilmiştir. -20 ºC’de derin dondurucuda depolanmıştır.

Şekil 3.5. DNA izolasyonu için kurutulmuş mantarların yaklaşık 50-100 mg’lık kısmının kesilmesi, tüp içerisinde ezilmesi ve CTAB eklenmesi

63 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

3.2.3.2. PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) Analizi

DNA örneklerin seyreltilmesi: Uygun seyreltme oranının belirlenmesi için 3 farklı seyreltme oranı ile ön denemeler yapılmıştır. 1/10 seyreltme 1/25 Seyreltme 1/50 Seyreltme 180 µl su 192 µl su 200 µl su 20 µl gDNA 8 µl gDNA 4 µl gDNA

Ön deneme sonuçları incelenerek en uygun seyreltme oranı olarak 1/25 bulunmuştur. Çalışmalara bu oran ile devam edilmiştir. Stok primerlerin seyreltilmesi: Primerlerin üzerinde yazan nmol değerleri 10 ile çarpılarak elde edilen değer kadar primerlerin üzerine su eklenerek 100 pM olması sağlanmıştır. Bu stoktan 50 µl çekilerek üzerine 450 µl su eklenerek 10 pM olması sağlanmıştır. PCR karışımının hazırlanması ve PCR analizi: Bir örnek için PCR karışımı: 11.6 µl steril ddH2O 4 µl 10X PCR Buffer 2 µl MgSO4 (50 mM) 0.8 µl dNTP (10 mM) 1 µl İleri Primer (10 pM) 1 µl Geri Primer (10 pM) 0.16 µl Taq enzimi olacak şekilde hazırlanmıştır. Çalışılacak örnek sayısına göre PCR karışımı hazırlanmıştır ve kullanılacak tüplere 20 µl bu karışımdan 20 µl ise seyreltilmiş gDNA’dan eklenmiştir (Toplam hacim 40 µl: 1x yüksek verimlilikte PCR buffer (Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA), 1.25 mM MgSO4, 0.2 mM her bir deoksinükleozit trifosfat, her primerden 10 pmol, 0.5

64 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

U Platinum Taq DNA polimeraz Hi-Fi (Invitrogen Life Technologies, Carisbad, CA), yaklaşık 10 ng genomik DNA). Santrifujde kısa bir karışımdan sonra Applied Biosystems (ABI-9700 thermocycler-ABI, Foster Cityö CA) marka cihazda PCR işlemi yapılmıştır (Şekil 3.6). PCR analizi şu programa göre yapılmıştır: RNA polimeraz II (RPB2), Transkripsiyonu yapılamayan bölge (Internal transcribed spacer-ITS rDNA), Genler arası bölge (Intergenic Spacer-IGS) ve 28S rDNA (LSU rDNA) için: - 94°C’de 90 s süreyle bir döngü - 94°C’de 30 s, 52°C’de 90 s ve 68°C’de 2 dakika süreyle 40 döngü - 68°C’de 5 dakikalık bir döngü - 4°C’de bekletme RNA polimeraz I (RPB1) için: - 94°C’de 90 s süreyle bir döngü - 94°C’de 30 s, 48°C’de 90 s ve 68°C’de 2 dakika süreyle 40 döngü - 68°C’de 5 dakikalık bir döngü - 4°C’de bekletme Translasyon uzama faktörü (Translastion elongation factor 1-α -EF-1α) için: - 94°C’de 90 s süreyle bir döngü - 94°C’de 30 s, 52°C’de 90 s ve 68°C’de 3 dakika süreyle 40 döngü - 68°C’de 5 dakikalık bir döngü - 4°C’de bekletme RPB1 gen bölgesinin PCR aşaması için değişik yapışma (Annealing) sıcaklıkları denenmiştir: 46°C, 48°C ve 50°C. En iyi sonuç 48°C’den alınmıştır. Bu nedenle RPB1 gen bölgesinin PCR analizinde yapışma (Annealing) sıcaklığı için 48°C kullanılmıştır. PCR ürünleri 1xTAE buffer (Sambrook ve Russell, 2001) içerisindeki agoroz jel (%1.5-UltraPure TM Agarose Invitrogen)’de elektroforez yardımıyla yayıldıktan sonra etidium bromit ile boyanarak UV görüntüleme sistemi yardımıyla görüntülenmiştir.

65 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

(Şekil 3.6). Ürünler dizin belirlemeden önce Montage96 filtre kabı (Millipore Corp. Billerica, MA) kullanarak saflaştırılmıştır.

Montage96 filtre kabı (Millipore Corp. Billerica, Mass.) ile saflaştırma işleminde (Şekil 3.6): - PCR yapıldıktan sonra PCR ürünlerinin üzerine 100 µl steril su eklenmiştir.

- Otomatik pipet yardımı ile hepsi çekilerek Montage96 filtre kabı içerisine konulmuştur. - 10 dakika vakum da bekletilmiştir. - 150 µl su eklenmiştir. - 10 dakika vakumda bekletilmiştir. - 150 µl su eklenmiştir. - 10 dakika vakumda bekletilmiştir. - 45 µl su eklenmiştir. - 20 dakika 10 hızdaki çalkalayıcıda bekletilmiştir.

66 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Şekil 3.6. Çalışmada kullanılan Thermocycler, Elektroforez, Etidium Bromit Kabı, UV görüntüleme sistemi ve Vakum’un görüntüleri

Örnekler temizlendikten sonra DNA dizi analizi için ABI BigDye version 3.1 protokolü kullanılmıştır.

67 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

DNA sekans analizi yapılacak her bir örnek için PCR karışımı: 2 µl 5X Sekans Buffer 0.5 µl BigDye 1.0 µl Sekans primeri 4.5 Steril Milli-Q su olacak şekilde hazırlanmıştır. 8 µl hazırlanan karışımdan 2 µl de temizlenmiş PCR ürünlerinden tüplere eklenmiştir (Toplam hacim 10µl: 2 µl ABI BigDye version 3.1 terminatör reaksiyon karışımı, 2-4 pmol sekans primeri ve 50 ng temizlenmiş PCR ürünü). Kontrol olarak pGEM standardı kullanılmıştır. pGEM hazırlamak için:

6 µl H2O 1.0 µl primer (M13) 1.0 µl pGEM 2.0 µl BigDye kullanılmıştır. Santrifüjde kısa bir karışımdan sonra ABI 9700 marka cihazda PCR işlemi yapılmıştır. PCR analizi şu programa göre yapılmıştır: - 96°C’de 15 sn süreyle bir döngü - 96°C’de 15 sn, 50°C’de 10 sn ve 60°C’de 4 dakika süreyle 15 döngü - 96°C’de 10 sn, 50°C’de 5 sn ve 60°C’de 1.30 dakika süreyle 5 döngü - 4°C’de bekletme Dizi reaksiyonları ABI XTerminatör kullanılarak saflaştırılmıştır ve ABI 3730 Genetik Analizatörde koşturulmuştur. Çalışmada kullanılan primerler aşağıdaki tabloda verilmiştir (Çizelge 3.4). IGS bölgesi ikici aşamada denemeye eklenmiştir. Fakat ilk aşamada analizlenen örneklere de uygulanmıştır.

68 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Çizelge 3.4. Çalışmada kullanılan primer dizinleri RPB1 PCR Sekans RPB-C2 GMA GAA CMG TAA TCA CCA TCC X RPB-A2 TAA CCA TCC ACT CTG GTC TCG X RPB1A GAR TGY CCD GGD CAY TTY GG X RPB1C CCN GCD ATN TCR TTR TCC ATR TA X RPB1B AAA ACC GGT ATA TCA CGT YGG X X RPB1D AAG AGG GCC TCG AAT TCG TTG X X RPB2 RPB2-3r-ela GCA TYG GTA TGC AGG TTG TGG X RPB2-9f-ela CAA ATG GGC RAT TGT CAT ACG X RPB2-7cf ATG GGY AAR CAA GCY ATG GG X RPB2-3053r TGR ATY TTR TCR TCS ACC ATR TG X EF-1α EF-526F GTC GTY GTY ATY GGH CAY GT X EF-1567R ACH GTR CCR ATA CCA CCR ATC TT X EF-3AR GAA ACG RTC CTC RGA CCA C X EF-5AR CCA GCA ACR TTA CCA CGA CG X EF-2F AAC ATG ATS ACT GGT ACY TCC X X EF-2218R ATG ACA CCR ACR GCR ACR GTY TG X 28s r DNA NL1 GCA TAT CAA TAA GCG GAG G X X NL4 GGT CCG TGT TTC AAG ACG G X X ITS ITS4 TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC X X ITS5 GGA AGT AAA AGT CGT AAC AAG G X X IGS IGS-CNS1 GAG ACA AGC ATA TGA CTA C X X IGS-NL11 CTG AAC GCC TCT AAG TCA G X X IGS-CNS1B GAC TCC GGA AAG GCA TAT ACG X X IGS-CNS3B CCG CCC GAG GAG TTA ACC AAG X X

Yapılan bu çalışmada daha önce yapılan çalışmalar da göz önünde bulundurularak aşağıda sıralanan üç gen bölgesi seçilmiş ve başarılı bir şekilde kullanılmıştır: 1) Transkripsiyonu yapılamayan bölge (ITS rDNA; White ve ark. 1990) bölgesi ve 28S rDNA bölgesi (LSU, 597 bç; O’Donell ve ark. 1997)’nin D1 ve D2 domayni 2) Translasyon uzama faktörü 1-α (EF-1α, 1464 bç; Rehner ve Buckley, 2005) 3) RNA polimeraz II (RPB2, 873 bç; Liu ve ark. 1999; Reeb ve ark. 2004) ve RNA polimeraz I (RPB1, 744 bç; Matheny ve ark. 2002)

69 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

3.2.3.3. Filogenetik Analizler

2008 yılında 2007-2008 örnekleri için yapılan moleküler analizlerde öncelikle tüm örneklerin ITS+28S rDNA ve RPB1 bölgelerinin taraması yapılmıştır. Bu gen bölgelerinin filogenetik ağaçlarından seçilen daha küçük bir grupla diğer gen bölgelerinin analizlenmesine devam edilmiştir. Bu seçim, oluşan her bir tür grubundan 3 örneğin seçilmesi şeklinde yapılmıştır. 2010 yılında 2009-2010 örnekleri için yapılan moleküler analizlerde ise öncelikle RPB2 ve RPB1 bölgeleri taranmıştır. 2010 yılında yapılan analizlerden elde edilen sonuçlar değerlendirme yapılabilmesi amacıyla 2008 yılında yapılan analizlerde alınan sonuçlarla, İsveç Müzesi’nden temin edilen kuzu göbeği mantarlarının DNA dizi analizi sonuçlarıyla ve global bir sörvey çalışması ile elde edilen Dünya’nın farklı bölgelerinden toplanmış kuzu göbeği mantarlarının DNA dizi analizi sonuçları (O’Donnell ve ark. 2011) ile birleştirilmiştir. Böylece 2009-2010 yıllarında toplanan örnekler içerisinde 2007-2008 yılları arasında toplanan örneklerle aynı tür grubu içerisinde yer alanlar ve farklı olanlar belirlenmiştir. İlk moleküler analizlerde Sequencher version 4.1.2 (Gene Codes, Ann Arbor, MI) programı satırlardaki dizin verilerinin düzenlemesinde kullanılmıştır ve sonrasında dizilimler yeniden düzenlenmiştir (Şekil 3.7). İkinci yıl ise Sequencher version 4.9. (Gene Codes, Ann Arbor, MI) programı kullanılmıştır. Her bir gen bölgesinden elde edilen sekanslar tek bir Nexus dosyasında birleştirilmiştir ve PAUP* 4.0b10 (Phyogenetic Analaysis Using Parsimony, Swofford, 2002) programı ile bağlanmışlardır. Maksimum Parsimony Bootstrap’ın %70 ve üzerinde olması topolojik olarak benzerlikleri gösterir. Bu nedenle PAUP programında Maksimum Parsimony (MP) ve GARLI ver. 0.951 (Zwickl, 2006) programında Maximum Likelihood (ML) kullanılarak bireysel sekans sonuçları kombine olarak analiz edilmiştir.

70 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

Şekil 3.7. Sequencer programı ile satırlardaki dizin verilerinin düzenlenmesi

3.2.4. Mikroskobik Analizler

Moleküler analizlerin tamamlanmasının ardından elde edilen filogenetik ağaç yardımıyla her tür grubundan 2 tane örnek seçilerek mikroskobik ölçümler yapılmıştır. Mikroskobik ölçümlerde askospor eni (µm), askospor boyu (µm), askus boyu (µm) ve askus eni (µm) ölçümleri yapılmıştır. Askospor ölçümlerinde her örnekten 20 askosporda, askus ölçümlerinde ise her örnekte 15 askusda ölçüm yapılmıştır. Ölçümler Konya Selçuk Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü’nde yapılmıştır. Ölçümler esnasında Leica DM 750 marka mikroskop kullanılmıştır. Preparatlar, mantarların karpoforlardan jilet yardımıyla ince kesitler alınıp lam üzerine konulması, lama su damlatılarak lamelin kapatılması ve mantar parçalarının ezilmesi şeklinde hazırlanmıştır. Hazırlanan preparatların mikroskopta incelemeleri yapılmış ve fotoğrafları çekilmiştir.

3.2.5. Klonlama Yöntemiyle Dizi Analizlerinin Yapılması

IGS gen bölgesinin direk DNA dizi analizleri ile sonuç alınamadığı için klonlama yöntemiyle dizi analizi yapılmıştır. Bunun için aşağıdaki yöntem takip edilmiştir:

71 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

1. LB besin ortamının hazırlanması: 10 g/l Bacto-tryptone 5 g/l Maya ekstraktı 10 g/l NaCl 15-20 g/l Agar 1 litre su içerisinde çözdürülmüş ve 20 dakika 121°C sıcaklıkta ve 1.2 atm basınçtaki otoklavda sterilize edilmiştir. Otoklavdan çıkarılınca soğuması beklenmiştir. Soğuyunca 50 μg/l ampicillin eklenmiştir. Steril plastik petrilere her petriye 25 ml ortam gelecek şekilde doldurulmuştur. Ortamlar kullanıma kadar buzdolabında saklanmıştır. 2. Örnek seçimi: IGS gen bölgesinin NL11-CNS1 primerleri ile PCR analizi yapılmış ve saflaştırılmış örneklerin jel görüntülerine bakılarak iyi bant veren ve elde edilen filogenetik ağaçtaki tür grupları da incelenerek her grubu temsil edecek örnekler seçilmiştir. Seçilen örneklerden 4 μl PCR tüplerine aktarılmıştır. Örnekler kullanıma kadar derin dondurucuda saklanmıştır. 3. 4 μl PCR ürünü eklenen tüplerin üzerine çalışmada kullanılan klonlama kiti (TOPO TA Cloning Kit for Sequencing PCR 4-TOPO Vector-Invitrogen) içerisinde bulunan tuz solüsyonundan 1 μl ve yine 1 μl’de kit içerisinde yer alan TOPO vektör’den eklenmiştir ve toplam hacim 6 μl olmuştur. Örnekler 30 dakika oda sıcaklığında bekletilmiştir. 4. Örnekler bekletilirken çalışmada kullanılacak alet ve ortamlar hazırlanmıştır. Buzdolabında muhafaza edilen LB ortamları çıkarılarak 37°C’deki inkübatöre konulmuştur. Çalkalamalı inkübatörün sıcaklığı 37°C’ye ayarlanmıştır. Sıcak su banyosunun sıcaklığıda 42°C’ye ayarlanmıştır.Yine çalışmada kullanılacak olan S.O.C ortamı (Invitrogen-TOPO Cloning kit içerisinde) çıkarılarak oda sıcaklığına gelmesi sağlanmıştır. İnkübatördeki LB ortamları kontrol edilerek temiz olduklarından emin olunmuştur. Enfekteli petriler çalışmada kullanılmamışlardır. ™ R 5. Her örnek için bir tane tüp olacak şekilde Mach1 -T1 Escherichia coli ırkından çıkarılarak buz içerisine yerleştirilmiştir. 30 dakikalık bekleme süresi dolan ve 6 μl olacak şekilde hazırlanan karışımdan 2 μl alınarak bu tüplere eklenmiştir. Parmakla

72 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

hafifçe vurma şeklinde karıştırılmıştır. 30 dakika buz içerisinde bekletilmiştir. Sürenin dolması ile tüpler 30 saniye 42°C’deki sıcak su banyosunda bekletilip hızlı bir şekilde tekrar buz içerisine alınmıştır. Örnekler steril kabine taşınarak steril kabin içerisinde S.O.C ortamından 250 μl her bir tüpe eklenmiştir. Tüpler 200 d/d hızda ve 37°C sıcaklıktaki çalkalıyıcılı inkübatörde 1 saat bekletilmişlerdir. Sürenin dolumu ile tüpler ve inkübatördeki LB ortamları steril kabine taşınmışlardır. Her bir örnek için 2 tane LB ortamı kullanılmıştır. Kolonilerin gelişme yoğunluğu bilinmediği için bir LB ortamı 20 μl örnek damlatılması için, diğer LB ortamı 50 μl örnek damlatılması için kullanılmıştır. 20 μl damlatılan petrilere örnekten önce birkaç damla steril saf su damlatılarak örneğin petriye yayılması kolaylaştırılmıştır. Örnekler tekrar 37°C’deki inkübatöre alınarak en az 8 saat bekletilmişlerdir. 6. PCR karışımı daha önce DNA dizi analizlerinde kullanıldığı şekilde hazırlanmıştır. Primer seçiminde, primerlerden bir tanesi kullanılan örneklerin IGS gen bölgesinin dizi analizinde eklenen NL11 primeri iken diğeri M13-F-10P (bu çalışma için kullanılan özel bir primer) olmuştur. Primer karışımı her örnek için 10 tane olacak şekilde hazırlanmıştır. Bu şekilde en iyi bant veren örneği seçme olasılığı artırılmıştır. Her bir örnek için 20 μl bidistile su, 20 μl’de hazırlanan PCR karışımından eklenerek toplam hacmin 40 μl olması sağlanmıştır 7. PCR karışımının hazırlanmasını takiben, inkübatördeki LB ortamları, her örnek için 1 tane kullanılmamış LB ortamı ve PCR karışımı steril kabine taşınmışlardır. Temiz LB ortamları etiketlenmiştir ve her birinin üzerine 1’den 10’a kadar numaralar verilmiştir. İnkübatörden çıkarılan ve üzerinde koloniler gelişen petrilerden (Şekil 11); her örnek için 10 koloni seçilerek (birbiriyle temas halinde olan koloniler tercih edilmezler) pipet ucu ile numaralandırılmış petrilerdeki LB ortamlarına batırılıp, aynı pipet ucu sonrasında PCR karışımına batırılmıştır. Yeni hazırlanan örnekler yine 37°C’deki inkübatöre yerleştirilmiştir. PCR analizi için de, daha önce de IGS gen bölgesinin PCR analizinde kullanılan PCR koşulları kullanılmıştır.

73 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

8. PCR analizi tamamlanan örnekler agaroz jelde koşturulmuştur. Jel görüntüsüne bakılarak her örnek için en iyi bant seçilerek o bant hangisi ise numaralandırılmış petrilerde o bandı veren numaradaki örnekle devam edilmiştir. 9. Agar içermeyen LB ortamı hazırlanmıştır ve inkübatördeki LB ortamları çıkarılmıştır (Şekil 3.8). Her örnek için en iyi DNA görüntüsünün alındığı numaradaki örnekten tüp içerisindeki ortamlara bulaştırma yapılmıştır. Tüpler bir gece için, 37°C’deki 100 d/d hızdaki çalkalamalı inkübatöre konulmuşlardır. 10. Ertesi gün inkübatörden çıkarılan tüpler Kit içerisinde (Pure Link HQ Mini Plasmid Purification Kit, Cat no: K2100-01-Invitrogen) bulunan 1.7 ml’lik ependorf tüpler içerisine ependorf tüp dolacak şekilde transfer edilmişlerdir. Transfer işleminden önce tüpler iyice çalkalanarak içerisinde bulunan örnekle ortamın iyice karışması sağlanmıştır. Ependorf tüpler, 1,500xg’de 15 dk santrifüj edilmiştir. Santrifüjden sonra tüplerde istenen örnek miktarı elde edilememiş ise tüplerdeki sıvı dökülerek yenisi eklenmiş ve tekrar 10 dakika aynı hızda santrifüj edilmiştir. Tüplerin içerisindeki ortam uzaklaştırılarak kit içerisinde yer alan Resuspension çözeltisinden 240 μl eklenmiştir. Eklenirken pipetle tüpün içerisinde dipte toplanmış olan çökeltinin de karışması sağlanmıştır. 240 μl’de yine kit içerisinde bulunan Lysis Buffer eklenmiştir. Tüpler birkaç defa ters yüz edilmiştir. 3-5 dakika oda sıcaklığında bekletilmiştir. 340 μl Neutralization/Binding Buffer eklenmiştir ve birkaç defa ters yüz edilmiştir. 10 dakika 12299 g (maksimum hız) d/d hızda santrifuj edilmiştir. Ependorf tüpler içerisindeki karışımlar kit içerisinde bulunan filtreli tüpler içerisine transfer edilmişlerdir. 14,000 g hızda 1 dakika santrifüj edilmiştir. Filtre kısmı çıkarılarak altta biriken sıvı dökülerek filtre tekrar yerleştirilmiştir. 650 μl Washing buffer eklenmiş 1 dakika aynı hızda santrifüj edilmiştir. Tekrar filtrenin altında biriken sıvı kısım uzaklaştırılmış ve tüm sıvının uzaklaştırıldığından emin olunması için tekrar 1 dk santrifüj edilmiştir. Tüplerdeki filtreli kısımlar alınarak kit içerisinde bulunan 1.7 ml’lik ependorf tüpler içerisine yerleştirilmiştir. 550 μl kit içerisinde bulunan Elution Buffer eklenmiştir. 1 dakika oda sıcaklığında bekletilmiştir. Maksimum hızda 1 dk santrifüj edilmiştir. Filtreler tüpler içerisinden çıkarılmıştır. Tüm bu işlemlerin bitirilmesiyle saf DNA dizi

74 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

analizleri için elde edilmiştir. PCR ve sekans karışımı daha önce anlatıldığı şekilde hazırlanmıştır ve PCR analizi şu programa göre yapılmıştır:

- 94°C’de 90 s süreyle bir döngü - 94°C’de 30 s, 52°C’de 90 s ve 68°C’de 2 dakika süreyle 40 döngü - 68°C’de 5 dakikalık bir döngü - 4°C’de bekletme Primer olarak IGS primeri olan NL11 ve M13 primerleri kullanılmıştır.

Şekil 3.8. LB ortamında kolonilerin gelişiminin görüntüsü

75 3. MATERYAL VE METOD Hatıra TAŞKIN

76 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

4. BULGULAR VE TARTIŞMA

Amaçlarından bir tanesi de Türkiye’de bulunan kuzu göbeği mantarı türlerini belirlemek ve bu türleri Dünya’da bulunan kuzu göbeği türleri ile karşılaştırmak olan bu çalışma 2 aşamada gerçekleştirilmiştir. Birinci aşamada, 2007 ve 2008 yıllarında Türkiye’nin değişik bölge ve illerinden (5 bölge ve 10 il) toplanan 247 adet kuzu göbeği mantarı koleksiyonu oluşturulmuş ve koleksiyonun DNA dizi analizleri 2008 yılında Amerika Birleşik Devletleri İllinois eyaleti Peoria ilindeki Amerika Birleşik Devletleri Tarım Bölümü (United States Department of Agriculture-USDA) Bakteriyel Kaynaklı Patojenler ve Mikoloji (Bacterial Foodborne Pathogens and Mycology-BFP) Bölümü laboratuvarında yapılmıştır. DNA dizi analizleri yapılırken öncelikle koleksiyonun tamamı ITS rDNA, 28S rDNA ve RPB1 gen bölgeleri ile taranmıştır. Çalışmalara bu ön taramadan seçilen ve oluşan her türü temsil eden örneklerle devam edilmiştir. Seçilen örneklerin RPB2 ve EF-1α gen bölgeleri ile de DNA dizi analizleri yapılmıştır. Çalışmanın ikinci aşamasında, 2009 ve 2010 yıllarında farklı bölge ve illerden 243 adet kuzu göbeği mantarı toplanarak yeni bir koleksiyon oluşturulmuştur. DNA dizi analizleri yine Amerika Birleşik Devletleri’nde aynı laboratuvarda yapılmıştır. Ön tarama için RPB2 ve RPB1 gen bölgeleri kullanılmıştır. Yine oluşan her türden seçilen kuzu göbeği mantarı örneklerinin diğer gen bölgeleri (ITS rDNA, 28S rDNA ve EF-1α ) ile de DNA dizi analizleri yapılmıştır. Çalışma kapsamında IGS gen bölgesi ile de denemeler yapılmıştır. Ancak düzgün DNA dataları elde edilememiştir. Ayrıca, İsveç Stockholm’da İsveç Müzesi’nde bulunan 18 adet kuzu göbeği mantarının DNA dizi analizleride bu çalışma kapsamında yapılmıştır. Türkiye’de bulunan kuzu göbeği türlerinin belirlenmesini takiben bu örneklerin Dünya örnekleri ile karşılaştırılması için Türkiye örneklerinin İsveç örnekleri ve global bir sörvey çalışmasında elde edilen Dünya’nın farklı ülkelerinin örnekleri (O’Donnell ve ark. 2011) ile birlikte değerlendirilmesi yapılmıştır.

77 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

4.1. Çalışmanın Birinci Aşaması ile İlgili Bulgular

2007 ve 2008 yıllarında Feke-Adana, Gülnar-Mersin, Erdemli-Mersin, Anamur-Mersin, Andırın-Kahramanmaraş, Göksun-Kahramanmaraş, Kaş-Antalya, İbradı-Antalya, Fethiye-Muğla, Bozdoğan-Aydın, Denizli, Koyulhisar-Sivas, Diyarbakır, Ağlı-Kastamonu’dan toplanan 247 örnekten oluşan bir koleksiyon oluşturulmuştur. Bu amaçla araziden toplanan örnekler, mümkün olan en kısa sürede 40°C’de gıda kurutucusunda kurutulmuşlardır. Ön tarama için, tüm örneklerin RPB1 ve 28S rDNA gen bölgeleri ile DNA dizi analizleri yapılmıştır. Bu gen bölgelerinin sonuçlarına göre 62 örnek seçilmiş (EK 1) ve diğer gen bölgeleri olan EF-1α ve RPB2 ile DNA dizi analizleri bu 62 örnekte yapılmıştır (25, 42, 45, 46, 50, 65, 82, 85, 92, 93, 95, 98, 106, 107, 114, 118, 120, 122, 123, 124, 130, 144, 147, 155, 156, 157, 165, 166, 168, 176, 179, 181, 182, 183, 184, 187, 188, 191, 193, 195, 197, 199, 200, 201, 202, 203, 207, 212, 213, 215, 216, 218, 225, 235, 238, 239, 240, 242, 244, 245, 251, 260). Örnekler seçilirken, oluşan tür gruplarının hepsini temsil edecek şekilde her tür grubundan 3 örnek seçilmiştir. Üçten daha az sayıda örnek içeren tür gruplarında örneklerin tamamı kullanılmıştır. Tür sayısına karar verilirken her gen bölgesinin ayrı ayrı ve kombinasyonu ile tür gruplarının aldıkları destekler incelenmiştir. Kombine analizlerde hem Maksimum Parsimony analizi hem de Maksimum Likelihood analizi ile belirlenen Bootstrap değerleri göz önünde bulundurulmuştur. Tüm bu değerlendirilmelerin tamamlanması ile 247 örnekten oluşan koleksiyon içerisinde 15 tür belirlenmiştir (Şekil 4.1). Bu türlerin 13 tanesi Elata (siyah) kuzu göbeği grubunda yer alırken, 2 tanesi Esculenta (sarı) kuzu göbeği grubu içerisinde yer almıştır.

78 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Çizelge 4.1. 247 adet kuzu göbeği mantarının filogenetik analizler sonucunda yer aldığı türler Tür Koleksiyon Örnek Numaraları Sayısı Mel-2 59 4, 6, 13, 14, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 41, 43, 47, 51, 53, 54, 91, 94, 96, 99, 102, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 150, 152, 154, 158, 159, 160, 161, 176, 177, 178, 179, 180, 194, 197, 199, 200, 217 Mel-3 5 76, 213, 214, 215, 216 Mel-7 11 93, 235, 237, 239, 240, 242, 243, 244, 245, 246, 247 Mel-9 1 166 Mel-10 17 85, 109, 112, 114, 221, 222, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 234, 236, 238, 241 Mel-20 55 1, 2, 3, 5, 7, 8, 9, 10, 12, 15, 24, 40, 42, 46, 48, 49, 52, 92, 103, 105, 115, 116, 119, 121, 123, 125, 165, 168, 181, 182, 183, 184, 185, 187, 190, 191, 192, 195, 208, 248, 250, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265 Mel-25 30 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 83, 84, 86, 87, 88, 90, 153, 157, 162, 186, 188, 196, 198, 220, 224 Mel-26 5 117, 120, 122, 124, 156 Mel-27 44 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 70, 71, 72, 73, 74, 78, 80, 104, 107, 113, 118, 126, 149, 163, 167, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 204, 205, 206, 207, 209, 210, 211 Mel-28 5 44, 50, 201, 249, 251 Mel-29 5 45, 77, 82, 155, 189 Mel-30 1 193 Mel-31 4 106, 202, 203, 212 Mes-8 1 218 Mes-17 4 95, 98, 223, 225

4.1.1. Filogenetik Analizlerle Oluşan Türler ve Özellikleri

Kullanılan 4 gen bölgesinin kombinasyonu ile 13 tanesi Elata grubunda, 2 tanesi ise Esculenta grubunda olmak üzere 15 adet tür (Şekil 4.1, Şekil 4.2) belirlenmiştir. Belirlenen tür grupları ile ilgili özellikler aşağıda ayrıntılı olarak sunulmuştur: Mel-31: Elata alt grubu içerisinde yer almıştır ve 4 örnekten oluşmuştur. Bu tür içerisinde yer alan 106 nolu örnek Ağlı-Kastamonu, 202, 203 ve 212 nolu örnekler Göksun-Kahramanmaraştan toplanmıştır. Örnekler Karadeniz ve Akdeniz Bölgelerinden toplanmıştır. Mel-31, 28S rDNA ve RPB1 gen bölgeleri için Bootstrap

79 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

alamazken, RPB2 gen bölgesi için 62, EF-1α gen bölgesi için 96, kombine analizler sonucu ise 92 Bootstrap almıştır. Mel-30: Elata alt grubu içerisinde yer almıştır. Bu tür tek örnekle temsil edilmiştir. Mel-30 içerisinde yer alan 193 nolu örnek Fethiye-Muğla’dan toplanmıştır. Mel-29: Elata alt grubu içerisinde yer almıştır. Mel-29, 5 örnekten oluşmuştur. Bu tür içerisinden seçilen 45 nolu örnek Feke-Adana’dan, 82 nolu örnek Gülnar- Mersin’den, 155 nolu örnek ise Bozdoğan-Aydın’dan toplanmıştır. Diğer örneklerden 1 tanesi Göksun-Kahramanmaraş, 1 tanesi de Fethiye-Muğla’dan toplanmıştır. Örnekler Akdeniz ve Ege Bölgelerinden temin edilmişlerdir. Mel-29, 28S rDNA ve RPB2 gen bölgeleri için Bootstrap alamazken, RPB1 gen bölgesi için 83, EF-1α gen bölgesi için 64, kombine analizler sonucu ise 94 Bootstrap almıştır. Mel-28: Elata alt grubu içerisinde yer almıştır. Bu tür koleksiyon içerisinde 5 örnekle temsil edilmiştir. Mel-28 içerisinden seçilen 50 nolu örnek Feke-Adana’dan, 201 nolu örnek Göksun-Kahramanmaraş’tan, 251 nolu örnek ise Koyulhisar-Sivas’tan toplanmıştır. Diğer örneklerden 1 tanesi Feke-Adana, 1 tanesi Koyulhisar-Sivas’tan toplanmıştır. Örnekler Akdeniz ve İç Anadolu Bölgelerinden toplanmıştır. Mel-28, 28S rDNA gen bölgesi için Bootstrap alamazken, RPB1 gen bölgesi için 88, RPB2 gen bölgesi için 92, EF-1α gen bölgesi için 57, kombine analizler sonucu ise 100 Bootstrap almıştır. Mel-20: Elata alt grubu içerisinde yer almıştır ve 55 örnekle temsil edilmiştir. Bu tür içerisinden seçilen 123 nolu örnek Ağlı-Kastamonu, 42, 46, 181, 182, 183, 184 nolu örnekler Feke-Adana, 260 nolu örnek Sivas-Koyulhisar, 165, 168 nolu örnekler Denizli, 187, 191, 195 nolu örnekler Fethiye-Muğla’dan toplanmıştır. 92 nolu örnek ticari bir firmadan (bilinmeyen) temin edilmiştir. Diğer örneklerden 10 tanesi Anamur-Mersin, 1 tanesi Erdemli-Mersin, 5 tanesi Feke-Adana, 7 tanesi Ağlı- Kastamonu, 2 tanesi Fethiye-Muğla, 15 tanesi Koyulhisar-Sivas, 1 tanesi Göksun- Kahramanmaraş’tan toplanmıştır. Örnekler Karadeniz, Akdeniz, İç Anadolu ve Ege Bölgelerinden toplanmıştır. Mel-20, 28S rDNA ve RPB1 gen bölgeleri için Bootstrap alamazken, RPB2 gen bölgesi için 73, EF-1α gen bölgesi için 90, kombine analizler sonucu ise 98 Bootstrap almıştır.

80 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Mel-27: Elata alt grubu içerisinde yer almıştır. Bu tür 44 örnekten oluşmuştur. Mel- 27 içerisinden seçilen 25 nolu örnek Erdemli-Mersin, 107, 118 nolu örnekler Ağlı- Kastamonu, 207 nolu örnek ise Göksun-Kahramanmaraş’tan toplanmıştır. Diğer 2 örnek Denizli, 3 örnek Ağlı-Kastamonu, 7 örnek Feke-Adana, 13 örnek Göksun- Kahramanmaraş, 1 örnek Andırın-Kahramanmaraş, 14 örnek Erdemli-Mersin’den toplanmıştır. Örnekler Akdeniz, Karadeniz ve Ege Bölgelerinden toplanmıştır. Mel- 27, 28S rDNA gen bölgesi için Bootstrap alamazken, RPB1 gen bölgesi için 100, RPB2 gen bölgesi için 96, EF-1α gen bölgesi için 97, kombine analizler sonucu ise 100 Bootstrap almıştır. Mel-26: Elata alt grubu içerisinde yer almıştır ve 5 örnekten oluşmuştur. Seçilen 120, 122, 124 nolu örnekler Ağlı-Kastamonu, 156 nolu örnek Bozdoğan-Aydın’dan toplanmıştır. Diğer 1 örnek Ağlı-Kastamonu’dan toplanmıştır. Örnekler Karadeniz ve Ege Bölgelerinden toplanmıştır. Mel-26, 28S rDNA gen bölgesi için Bootstrap alamazken, RPB1 gen bölgesi için 61, RPB2 gen bölgesi için 96, EF-1α gen bölgesi için 77, kombine analizler sonucu ise 100 Bootstrap almıştır. Mel-25: Elata grubu içerisinde yer almıştır. Bu tür 30 örnekten oluşmuştur. Seçilen 65 ve 188 nolu örnekler Fethiye-Muğla, 157 nolu örnek Bozdoğan-Aydın’dan toplanmıştır. Diğer örneklerden 1 tanesi Bozdoğan-Aydın, 1 tanesi Denizli, 17 tanesi Fethiye-Muğla, 2 tanesi İbradı-Antalya, 6 tanesi Gülnar-Mersin’den toplanmıştır. Örnekler Akdeniz ve Ege Bölgelerinden toplanmıştır. Mel-25, 28S rDNA gen bölgesi için 86, RPB1 gen bölgesi için 100, RPB2 gen bölgesi için 100, EF-1α gen bölgesi için 100, kombine analizler sonucu ise 100 Bootstrap almıştır. Mel-10: Elata grubu içerisinde yer almıştır ve 17 örnekten oluşmuştur. Seçilen 85 nolu örnek Gülnar-Mersin, 114 nolu örnek Ağlı-Kastamonu, 238 nolu örnek Kaş- Antalya (yanık alan)’dan toplanmıştır. Diğer örneklerden 2 tanesi Ağlı-Kastamonu, 2 tanesi İbradı-Antalya, 10 tanesi Kaş-Antalya’dan toplanmıştır. Örnekler Akdeniz ve Karadeniz Bölgelerinden toplanmıştır. Mel-10, 28S rDNA gen bölgesi için 93, RPB1 gen bölgesi için 100, RPB2 gen bölgesi için 100, EF-1α gen bölgesi için 100, kombine analizler sonucu ise 100 Bootstrap almıştır. Mel-9: Elata grubu içerisinde yer almıştır. Mel-9, tek örnekle temsil edilmiştir. 166 nolu örnek Denizli’den, Ege Bölgesinden temin edilmiştir.

81 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Mel-7: Elata grubu içerisinde yer almıştır ve 11 örnekle temsil edilmiştir. Seçilen 235, 239, 240, 242, 244, 245 nolu örnekler Kaş-Antalya (yanık alan)’dan toplanmıştır. 93 nolu örnek ticari bir firmadan (bilinmeyen) temin edilmiştir. Diğer örneklerden 4 tanesi Kaş-Antalya (yanık alan)’dan toplanmıştır. Örnekler Akdeniz Bölgesinden toplanmıştır ve sadece yanık alandan toplanan mantarlar bu tür içerisinde yer almıştır. Mel-7, 28S rDNA gen bölgesi için 61, RPB1 gen bölgesi için 97, RPB2 gen bölgesi için 100, EF-1α gen bölgesi için 100, kombine analizler sonucu ise 100 Bootstrap almıştır. Mel-3: Elata grubu içerisinde yer almıştır. Bu tür, 5 örnekle temsil edilmiştir. Seçilen 213, 215 ve 216 nolu örnekler İbradı-Antalya’dan toplanmıştır. Diğer örneklerden 1 tanesi İbradı-Antalya, 1 tanesi de Göksun-Kahramanmaraş’tan toplanmıştır. Örnekler Akdeniz Bölgesinden toplanmıştır. Mel-3, 28S rDNA gen bölgesi için 83, RPB1 gen bölgesi için 100, RPB2 gen bölgesi için 100, EF-1α gen bölgesi için 100, kombine analizler sonucu ise 100 Bootstrap almıştır. Mel-2: Elata grubu içerisinde yer almıştır ve 59 örnekle temsil edilmiştir. Seçilen 130, 144, 147 nolu örnekler Andırın-Kahramanmaraş, 197, 199, 200 nolu örnekler Fethiye-Muğla, 176, 179 nolu örnekler Feke-Adana’dan toplanmıştır. Diğer örneklerden 7 tanesi Bozdoğan-Aydın, 2 tanesi Fethiye-Muğla, 1 tanesi Ağlı- Kastamonu, 9 tanesi Feke-Adana, 1 tanesi İbradı-Antalya, 24 tanesi Andırın- Kahramanmaraş, 4 tanesi Anamur-Mersin’den toplanmıştır. 3 tanesi ticari bir firmadan (bilinmeyen) temin edilmiştir. Örnekler Akdeniz, Ege ve Karadeniz Bölgelerinden temin edilmiştir. Mel-2, 28S rDNA gen bölgesi için 83, RPB1 gen bölgesi için 100, RPB2 gen bölgesi için 100, EF-1α gen bölgesi için 100, kombine analizler sonucu ise 100 Bootstrap almıştır. Mes-8: Esculenta grubu içerisinde yer almıştır. 218 nolu örnek İbradı-Antalya’dan, Akdeniz Bölgesinden toplanmıştır. Mes-17: Esculenta grubu içerisinde yer almıştır ve 4 örnekle temsil edilmiştir. Seçilen 225 nolu örnek İbradı-Antalya, 98 nolu örnek Silvan-Diyarbakır’dan toplanmıştır. 95 nolu örnek ticari bir firmadan (bilinmeyen) temin edilmiştir. Diğer örnek, İbradı-Antalya’dan toplanmıştır. Örnekler Akdeniz ve Güneydoğu Anadolu Bölgesinden temin edilmiştir. Mes-17, 28S rDNA gen bölgesi için 96, RPB1 gen

82 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

bölgesi için 98, RPB2 gen bölgesi için 100, EF-1α gen bölgesi için 100, kombine analizler sonucu ise 100 Bootstrap almıştır.

Şekil 4.1. 62 örneğin kombine analizleriyle elde edilen filogenetik ağaç

83 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Şekil 4.2. Filogenetik analizler sonucu elde edilen 15 türden 12’sinin görünümleri

84 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

4.1.2. Filogenetik Analizlerde Oluşan Türlerin Aldıkları Bootstrap Değerleri

Çizelge 4.2‘de 247 örnekten oluşan koleksiyonun DNA dizi analizleri sonucu oluşan 15 türün her gen bölgesi için ayrı ayrı ve kombinasyonu ile aldıkları Bootstrap değerleri sunulmuştur. Oluşan 15 türün 13 tanesi Elata (siyah) kuzu göbeği grubu içerisinde yer alırken, 2 tanesi Esculenta (sarı) kuzu göbeği grubu içerisinde yer almıştır. Mel-9, Mel-30 ve Mes-8 türleri ise tek örnekten oluştukları için Bootstrap almamışlardır. Filogenetik analizlerde Bootstrap değerinin 70 ve üzerinde olması tür belirlenmesinde güvenilir olarak kabul edilir. Çizelgeden de görüldüğü gibi türlerin aldıkları değerler hem ayrı ayrı hem de kombine analizlerde 70’in üzerindedir. Mel- 7, 28S rDNA gen bölgesi için 61 Bootstrap almıştır. Fakat diğer gen bölgeleri ve kombine analizlerde aldığı değerler yüksektir. Aynı şekilde Mel-20, 28S rDNA ve RPB1 gen bölgeleri için Bootstrap alamamıştır. Fakat diğer gen bölgeleri ve kombine analizlerde yüksek değerler almıştır. Mel-26, 28S rDNA gen bölgesi için Bootstrap alamamış, RPB1 gen bölgesi için 61 Bootstrap almıştır. Diğer gen bölgeleri ve kombine analizlerde yüksek Bootstrap almıştır. Mel-28, 28S rDNA gen bölgesi için Bootstrap alamamış, EF-1α gen bölgesi için 57 Bootstrap almıştır. Diğer gen bölgeleri ve kombine analizler için yüksek Bootstrap almıştır. Yine Mel-29, 28S rDNA ve RPB2 gen bölgeleri için Bootstrap alamazken, EF-1α gen bölgesi için 64 Bootstrap almıştır. Fakat RPB1 gen bölgesi için 83, kombine analizler için ise 94 Bootstrap almıştır. Mel-31, 28S rDNA ve RPB1 gen bölgeleri için Bootstrap alamamış, RPB2 gen bölgesi için 62 Bootstrap almıştır. Fakat EF-1α gen bölgesi ve kombine analizler için yüksek Bootstrap almıştır. Tür grupları genellikle 28S rDNA gen bölgesi için Bootstrap alamamışlardır. Çalışmanın bu ilk aşamasının amaçlarından bir tanesi de kuzu göbeği mantarında farklı gen bölgelerinin dizi analizlerindeki başarılarının belirlenmesidir. Bu çalışmada da, 28S rDNA gen bölgesinin kuzu göbeği mantarında tür ayrımında tek başına yeterli olmadığı açıkça görülmektedir. Kuzu göbeği mantarında ve diğer bazı mantarlarda yapılan benzer çalışmalarda da benzer sonuçlar alınmıştır (Hansen ve ark. 2005, Hofstetter ve ark. 2007, Taşkın ve ark. 2010). Diğer gen bölgeleri birçok tür için yüksek Bootstrap

85 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

değerleri almıştır. Yine kombine analizler de tüm tür gruplarında 90’ın üzerinde Bootstrap sağlanmıştır.

Çizelge 4.2. 62 takson datasetinin bireysel ve kombine analizlerde aldıkları Bootstrap değerleri Türler 28S rDNA RPB1 RPB2 EF-1α Kombine Mel-2 83 100 100 100 100 Mel-3 83 100 100 100 100 Mel-7 61 97 100 100 100 Mel-9 BA BA BA BA BA Mel-10 93 100 100 100 100 Mel-20 — — 73 90 98 Mel-25 86 100 100 100 100 Mel-26 — 61 96 77 100 Mel-27 — 100 96 97 100 Mel-28 — 88 92 57 100 Mel-29 — 83 — 64 94 Mel-30 BA BA BA BA BA Mel-31 — — 62 96 92 Mes-8 BA BA BA BA BA Mes-17 96 98 100 100 100 BA: Bootstrap Almadı (Tek örnekle temsil edildikleri için)

4.1.3. Gen Bölgelerinin Bireysel ve Kombinasyonlarıyla Aldıkları İstatistik Değerleri

28S rDNA, RPB1, RPB2, EF-1α gen bölgelerinin ayrı ayrı ve kombine edilmesiyle yapılan istatistik analiz sonuçları Çizelge 4.3’de sunulmuştur. Yapılan DNA dizi analizlerinde 28S rDNA gen bölgesinin 535 bç uzunluğunda dizi analizi yapılmıştır. 894 adet parsimony ağaç oluşturulmuştur ve parsimony ağaç uzunluğu 44 olmuştur. RPB1 gen bölgesi için, 852 bç uzunluğunda dizi analizi yapılmıştır. Parsimony ağaç sayısı 108, uzunluğu 263 olmuştur. RPB2 gen bölgesinin 956 bç uzunluğunda dizi analizi yapılabilmiştir. Parsimony ağaç sayısı 8, uzunluğu 329 olmuştur. EF-1α gen bölgesinin 1299 bç uzunluğundaki kısmının dizi analizi yapılmıştır. Parsimony ağaç sayısı 511, uzunluğu ise 376 olmuştur. 4 gen bölgesinin kombinasyonunun analizi ile 3642 bç uzunluk elde edilmiştir. İstatistik analizler ile Parsimony ağaç sayısı 384, uzunluğu ise 1029 olmuştur.

86 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Çizelge 4.3. 62 takson datasetinin filogenetik analizlerinde elde edilen istatistiksel sonuçları Karakter MPT MPT PIC/bç Lokus Sayısı Sayısı Uzunluğu CI RI (%) 28S rDNA 535 894 44 0.818 0.962 5.98 RPB1 852 108 263 0.806 0.967 20.77 RPB2 956 8 329 0.745 0.953 21.77 EF-1α 1299 511 376 0.745 0.954 16.94 Kombine 3642 384 1029 0.751 0.971 17.43 MPT, most-parsimonious trees; CI, consistency index; RI, retention index; PIC/bç, Parsimony-bilgi verici karakterler /baz çifti

Mel-20’den Mel-31’e kadar (Mel-25 hariç) olan türleri içeren ve Elata grubu içerisinde tür yönünden zengin olan ve Elata tür kompleksi olarak adlandırılan alt grup birbirine çok yakın olan türlerden oluştuğu için bu alt gruba giren tüm örneklerin ITS rDNA gen bölgesi ile de DNA dizi analizleri yapılarak diğer gen bölgelerine eklenmiştir. Elata tür kompleksine giren 36 takson için tüm istatistik analizler tekrar yapılmıştır. Bu istatistik analizlerle, bu alt grup için ayrı filogenetik ağaç oluşturulmuştur (Şekil 4.3).

87 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Şekil 4.3. 36 taksonun kombine analizleriyle elde edilen filogenetik ağaç

4.1.4. Elata Alt Grubuna (Mel-20’den Mel-31) Giren Türlerin Aldıkları Bootstrap Değerleri

Elata alt grubuna giren türlerin (Mel-20’den Mel-31) her gen bölgesi ve tüm gen bölgelerinin kombinasyonu ile aldıkları Bootstrap değerleri Çizelge 4.4’de sunulmuştur. Mel-20, ITS rDNA ve RPB1 gen bölgeleri için Bootstrap alamazken,

88 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

28S rDNA gen bölgesi için 68, RPB2 gen bölgesi için 76, EF-1α gen bölgesi için 78, kombine analizlerde ise 99 Bootstrap almıştır. Mel-25, ITS rDNA, RPB1, RPB2, EF- 1α gen bölgeleri ve kombine analizlerde 100, 28S rDNA gen bölgesi için ise 98 Bootstrap almıştır. Mel-26, ITS rDNA gen bölgesi için 79, 28S rDNA için 64, RPB1 gen bölgesi için 62, RPB2 gen bölgesi için 97, EF-1α gen bölgesi için 81 ve kombine analizlerde 100 Bootstrap almıştır. Mel-27, 28S rDNA gen bölgesi için Bootstrap alamamıştır. ITS rDNA gen bölgesi için 96, RPB1 gen bölgesi için 100, RPB2 gen bölgesi için 97, EF-1α gen bölgesi için 95, kombine analizlerde ise 100 Bootstrap almıştır. Mel-28, ITS rDNA ve 28S rDNA gen bölgeleri için Bootstrap alamamıştır. RPB1 gen bölgesi için 86, RPB2 gen bölgesi için 95, EF-1α gen bölgesi için 66 ve kombine analizlerde 99 Bootstrap almıştır. Mel-29, ITS rDNA gen bölgesi için 64, RPB1 gen bölgesi için 81, RPB2 gen bölgesi için 82, EF-1α gen bölgesi için 63 ve kombine analizlerde 98 Bootstrap almıştır. 28S rDNA gen bölgesi için Bootstrap alamamıştır. Mel-30 tek bir örnekle temsil edildiği için Bootstrap almamıştır. Mel-31, ITS rDNA gen bölgesi için 69, RPB2 gen bölgesi için 60, EF-1α gen bölgesi için 98 ve kombine analizlerde 97 Bootstrap almıştır. 28S rDNA ve RPB1 gen bölgeleri için herhangi bir Bootstrap alamamıştır. Çizelge 4.4’de de görüldüğü gibi tüm türler için sağlanan Bootstrap değerleri 97 ve üzerinde olmuştur. Mel-20 için ITS rDNA ve RPB1 gen bölgeleri için Bootstrap alınamamıştır. Fakat diğer gen bölgelerinden 70’e yakın ya da 70 üzeri Bootstrap alınmıştır. Mel-25 için sağlanan tüm değerler 98 ve üzerinde olmuştur. Mel-26 için elde edilen tüm değerler yine 70’e yakın ve üzerinde olmuştur. Mel-27 için, 28S rDNA gen bölgesinden Bootstrap alınamamasına rağmen diğer gen bölgelerinden 95 ya da üzerinde Bootstrap alınabilmiştir. Mel-28 için, ITS rDNA ve 28S rDNA gen bölgeleri için Bootstrap alınamamasına rağmen diğer gen bölgelerinden 70’e yakın ve üzerinde Bootstrap alınabilmiştir. Mel-29 için, 28S rDNA gen bölgesi için Bootstrap alınamamıştır. Fakat diğer gen bölgeleri için yine 70’e yakın ve üzerinde Bootstrap alınabilmiştir. Mel-31 için, 28S rDNA ve RPB1 gen bölgeleri için Bootstrap alınamamasına rağmen diğer gen bölgelerinden yeterli Bootstrap sağlanabilmiştir.

89 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Çizelge 4.4. 36 takson datasetinin bireysel ve kombine analizlerde aldıkları Bootstrap değerleri Türler ITS rDNA 28S rDNA RPB1 RPB2 EF-1α Kombine Mel-20 — 68 — 76 78 99 Mel-25 100 98 100 100 100 100 Mel-26 79 64 62 97 81 100 Mel-27 96 — 100 97 95 100 Mel-28 — — 86 95 66 99 Mel-29 64 — 81 82 63 98 Mel-30 BA BA BA BA BA BA Mel-31 69 — — 60 98 97 BA: Bootstrap Almadı (Tek örnekle temsil edildikleri için)

4.1.5. Elata Alt Grubu (Mel-20’den Mel-31) İçin Yapılan İstatistik Analizlerde Gen Bölgelerinin Bireysel ve Kombinasyonlarıyla Aldıkları İstatistik Değerleri

Elata alt grubuna giren 36 takson datasetinin 28S rDNA, RPB1, RPB2, EF- 1α, ITS rDNA gen bölgelerinin ayrı ayrı ve kombine edilmesiyle yapılan istatistik analiz sonuçları Çizelge 4.5’de sunulmuştur. ITS rDNA gen bölgesinin 542 bç uzunluğunda dizi analizi yapılmıştır. Parsimony ağaç sayısı 16, uzunluğu ise 51 olmuştur. 28S rDNA gen bölgesinin 534 bç uzunluğunda dizi analizi yapılmıştır. 1 Parsimony ağaç oluşturulmuştur ve Parsimony ağaç uzunluğu 9 olmuştur. RPB1 gen bölgesi için 848 bç uzunluğunda dizi analizi yapılmıştır. Parsimony ağacı sayısı 61, uzunluğu 61 olmuştur. RPB2 gen bölgesinin 956 bç uzunluğunda dizi analizi yapılabilmiştir. Parsimony ağaç sayısı 4, uzunluğu 62 olmuştur. EF-1α gen bölgesinin 1283 bç uzunluğundaki kısmının dizi analizi yapılmıştır. Parsimony ağaç sayısı 8, uzunluğu ise 103 olmuştur. 4 gen bölgesinin kombinasyonunun analizi ile 3642 bç uzunluk elde edilmiştir. İstatistik analizler ile Parsimony ağaç sayısı 384, uzunluğu ise 1029 olmuştur.

90 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Çizelge 4.5. 36 takson datasetinin filogenetik analizlerinde elde edilen istatistiksel sonuçları Karakter MPT MPT Lokus Sayısı Sayısı Uzunluğu CI RI PIC/bç (%) ITS rDNA 542 16 51 0.9804 0.992 7.56 28S rDNA 534 1 9 1 1 0.19 RPB1 848 61 61 0.983 0.994 6.6 RPB2 956 4 62 0.984 0.994 5.96 EF-1α 1283 8 103 0.884 0.965 6.55 Kombine 4163 88 295 0.919 0.971 5.91 MPT, most-parsimonious trees; CI, consistency index; RI, retention index; PIC/bç, Parsimony-bilgi verici karakterler/baz çifit

4.1.6. Filogenetik Analizlerle Oluşan Türlerin Coğrafik Dağılımları

Gen bölgelerinin kombinasyonu ile elde edilen 15 türün coğrafik dağılımları Çizelge 4.6’de sunulmuştur. Analizi yapılan 247 örnekten 59 tanesi Mel-2 içerisinde yer almıştır. Örnekler, 3 farklı bölgenin 7 ilinden toplanmıştır. Bu 59 örneğin 12 tanesi Ege Bölgesinden, 1 tanesi Karadeniz Bölgesinden, 43 tanesi Akdeniz Bölgesinden, 3 tanesi ise ihracatcı firmalardan temin edilmiştir. Mel-3, 5 örnekle temsil edilmiştir. Mel-3, Akdeniz Bölgesinin 2 ilinden 5 örneği içermiştir. Mel-7, yine Akdeniz Bölgesinden tek bir ilden 11 örnekten oluşmuştur. Mel-9, Ege Bölgesinden toplanan tek bir örnekle temsil edilmiştir. Mel-10, 2 farklı bölgenin 3 ilinden toplanan 17 örnekten oluşmuştur. Örneklerin 3 tanesi Karadeniz Bölgesinden, 14 tanesi Akdeniz Bölgesinden toplanmıştır. 55 örnek, Mel-20 içerisinde yer almıştır. Ege Bölgesinden 7 örnek, Karadeniz Bölgesinden 8, İç Anadolu Bölgesinden 16, Akdeniz Bölgesinden 23, ihracatçı firmalardan da 1 örnek olmak üzere 4 bölgenin 7 ilinden toplanmıştır. Mel-25, Ege Bölgesinden 22, Akdeniz Bölgesinden 8 olmak üzere 30 örnekle 2 bölgenin 5 ilinden toplanmıştır. Mel-26, 2 bölgenin 2 ilinden toplanmıştır. 5 örneğin 4 tanesi Karadeniz Bölgesinden, 1 tanesi ise Ege Bölgesinden temin edilmiştir. 44 örnekten oluşan Mel-27’nin 37 örneği Akdeniz Bölgesinden, 5 tanesi Karadeniz Bölgesinden ve 2 tanesi Ege bölgesinden olmak üzere 3 bölgenin 5 ilinden toplanmıştır. Mel-28 ve Mel-29, 5’er örnekten oluşmuşlardır. Mel-28, 2 adet İç Anadolu, 3 adet Akdeniz Bölgesinden olmak üzere 2 bölgenin 3 ilinden; Mel-29 ise 2 bölgenin 5 ilinden, 3 adet Akdeniz Bölgesinden, 2 adet ise Ege Bölgesinden

91 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

toplanmıştır. Mel-30 Ege Bölgesinden, Mes-8 ise Akdeniz Bölgesinden sadece birer örnekle koleksiyonda yer almışlardır. Mel-31, 3 adet Akdeniz Bölgesinden ve 1 adet Karadeniz Bölgesinden, 2 bölgenin 2 ilinden toplanmıştır. Son olarak 4 örnekten oluşan Mes-17, 2 bölgenin 2 ilinden toplanmıştır. Örneklerin 2 tanesi Akdeniz Bölgesinden, 1 tanesi Güneydoğu Anadolu Bölgesinden, 1 tanesi ise ihracatçı firmadan temin edilmiştir.

Çizelge 4.6. 247 adet kuzu göbeği örneğinden oluşan Morchella koleksiyonunun coğrafik dağılımı Türler Koleksiyon Bölge/İl Sayısı Bölgeler Mel-2 59 3 ∕ 7 Ege (12), Karadeniz (1), Akdeniz (43), Bilinmeyen (3) Mel-3 5 1 ∕ 2 Akdeniz (5) Mel-7 11 1 ∕ 1 Akdeniz (11) Mel-9 1 1 ∕ 1 Ege (1) Mel-10 17 2 ∕ 3 Karadeniz (3), Akdeniz (14) Mel-20 55 4 ∕ 7 Ege (7), Karedeniz (8), İç anadolu (16), Akdeniz (23), Bilinmeyen (1) Mel-25 30 2 ∕ 5 Ege (22), Akdeniz (8) Mel-26 5 2 ∕ 2 Ege (1), Karadeniz (4) Mel-27 44 3 ∕ 5 Ege (2), Karadeniz (5), Akdeniz (37) Mel-28 5 2 ∕ 3 İç Anadolu (2), Akdeniz (3) Mel-29 5 2 ∕ 5 Ege (2), Akdeniz (3) Mel-30 1 1 ∕ 1 Ege (1) Mel-31 4 2 ∕ 2 Karadeniz (1), Akdeniz (3) Mes-8 1 1 ∕ 1 Akdeniz (1) Mes-17 4 2 ∕ 2 Akdeniz (2), Güneydoğu Anadolu (1) Bilinmeyen (1)

4.1.7. Mikroskobik Analizlerin İstatistiksel Değerlendirilmesi

Moleküler analizlerin tamamlanmasının ardından elde edilen filogenetik ağaç yardımıyla her tür grubundan 2 adet örnek seçilerek mikroskobik ölçümler yapılmıştır. Mikroskobik ölçümlerde askospor eni, askospor boyu, askus boyu ve askus eni ölçümleri yapılmıştır. Askospor boyu ve eni için 20 adet askosporda, askus boyu ve eni için de 15 adet askusda ölçümler yapılmıştır. Çizelge 4.7’da askospor boyu ve eni, Çizelge 4.8’de ise askus boyu ve eni ölçümleri verilmiştir. Kuzu göbeği mantarında morfolojik olarak tür belirlemesi yapılmasındaki en büyük problem, bu mantarın çevresel koşullardan çok fazla etkilenmesidir. Çevresel koşullara göre mantarın rengi, büyüklüğü ve şekli değişebilmektedir. Mikroskobik

92 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

yöntemlerle tanılama çalışmalarındaki en büyük problemlerden birisi de, kuzu göbeği mantarı sporlarının şekil ve ölçülerinin birbirine çok yakın olmasıdır. Bu çalışma kapsamında yapılan mikroskobik analiz çalışmalarında da herhangi bir belirleyici sonuç alınamamıştır. Mikroskobik analizlerin filogenetik analizlerden sonra yapılmasına, yani farklı türler olduğu belirlenmiş örneklerde yapılmalarına rağmen belirleyici sonuçlar alınamamıştır.

Çizelge 4.7. Askospor boyu ve eni ölçümlerinin istatistiksel analiz sonuçları Askospor Boyu (µm) Askospor Eni (µm) Yaklaşık Tür No Ort. SS Yaklaşık %95 Ci Not Ort SS %95 Ci Not Mel-2 99 20.7 1.5 (17.7, 23.6) Ab 11.6 1.0 (9.6, 13.6) Ab Mel-2 159 21.9 1.7 (18.6, 25.3) Ab 12.1 1.5 (9.0, 15.2) Ab Mel-3 213 22.7 1.7 (19.4, 26.1) Ab 12.5 1.3 (9.8, 15.1) Ab Mel-3 216 22.9 3.1 (16.6, 29.1) Ab 14.4 2.8 (8.8, 20.1) Ab Mel-7 242 21.0 1.4 (18.2, 23.8) Ab 11.9 1.4 (9.2, 14.6) Ab Mel-7 245 21.6 1.9 (17.9, 25.4) Ab 13.8 1.4 (10.9, 16.7) Ab Mel-9 166 20.9 2.5 (15.9, 25.9) Ab 13.3 1.3 (10.7, 15.9) Ab Mel-10 114 22.4 2.1 (18.2, 26.7) Ab 14.0 2.4 (9.2, 18.8) Ab Mel-10 221 22.8 0.9 (21.0, 24.6) A 13.4 1.0 (11.3, 15.4) Ab Mel-20 168 23.0 1.8 (19.3, 26.6) Ab 14.9 2.0 (10.9, 18.9) Ab Mel-20 248 23.4 1.8 (19.8, 27.0) Ab 16.6 1.9 (12.8, 20.5) A Mel-25 153 17.3 1.3 (14.7, 19.8) B 10.5 1.1 (8.4, 12.6) B Mel-25 196 21.7 1.0 (19.7, 23.8) Ab 12.8 1.2 (10.3, 15.2) Ab Mel-26 156 24.3 2.6 (19.1, 29.4) Ab 14.0 1.8 (10.4, 17.6) Ab Mel-27 171 23.0 1.3 (20.3, 25.6) A 13.1 1.2 (10.7, 15.6) Ab Mel-27 211 22.6 1.9 (18.8, 26.4) Ab 14.4 2.1 (10.2, 18.6) Ab Mel-28 201 22.5 1.0 (20.5, 24.4) A 13.7 1.3 (11.1, 16.4) Ab Mel-28 249 23.0 2.1 (18.8, 27.2) Ab 13.7 1.2 (11.3, 16.1) Ab Mel-29 77 21.0 1.0 (19.0, 23.0) Ab 12.2 1.0 (10.3, 14.1) Ab Mel-29 189 23.8 1.6 (20.6, 26.9) A 14.9 1.8 (11.3, 18.5) Ab Mel-30 193 22.8 1.5 (19.8, 25.9) Ab 13.1 1.2 (10.6, 15.5) Ab Mel-31 106 24.7 2.1 (20.5, 28.9) A 15.0 1.4 (12.2, 17.8) Ab Mel-31 212 22.2 1.7 (18.8, 25.7) Ab 13.2 1.6 (10.0, 16.4) Ab Mes-8 218 21.3 1.7 (18.0, 24.7) Ab 12.7 1.5 (9.6, 15.8) Ab Mes-17 98 20.5 1.9 (16.7, 24.2) Ab 14.1 1.4 (11.4, 16.9) Ab Mes-17 225 22.0 1.9 (18.1, 25.8) Ab 13.0 1.3 (10.5, 15.5) Ab Ort: Ortalama SS: Standart sapma Ci: ± 2 SD.ortalama ile elde edilen yaklaşık güven aralığı değerleridir.

93 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Çizelge 4.8. Askus boyu ve eni ölçümlerinin istatistiksel analiz sonuçları

Askus Boyu (µm) Askus Eni (µm) Yaklaşık %95 Tür No Ort. SS Yaklaşık %95 Ci Not Ort. SS Ci Not Mel-2 99 316.3 25.7 (264.8, 367.7) A 22.2 2.1 (18.1, 26.4) A Mel-2 159 314.6 19.7 (275.1, 354.0) A 22.2 2.6 (17.0, 27.3) A Mel-3 213 275.9 16.6 (242.8, 309.1) A 24.8 3.2 (18.3, 31.2) A Mel-3 216 228.0 37.4 (153.2, 302.9) A 21.2 3.5 (14.2, 28.2) A Mel-7 242 292.5 16.9 (258.7, 326.4) A 21.4 1.7 (18.1, 24.8) A Mel-7 245 285.1 14.9 (255.2, 315.0) A 22.5 2.2 (18.2, 26.8) A Mel-9 166 286.4 47.0 (192.5, 380.3) A 22.0 3.1 (15.8, 28.2) A Mel-10 114 277.6 21.7 (234.3, 320.9) A 22.2 2.5 (17.3, 27.2) A Mel-10 221 272.7 25.1 (222.5, 322.9) A 23.2 1.5 (20.2, 26.3) A Mel-20 168 296.9 8.3 (280.2, 313.6) A 17.7 2.2 (13.4, 22.0) A Mel-20 248 354.1 35.6 (283.0, 425.3) A 24.4 3.0 (18.4, 30.3) A Mel-25 153 315.5 16.1 (283.2, 347.7) A 19.9 1.9 (16.1, 23.7) A Mel-25 196 244.1 23.2 (197.6, 290.5) A 20.7 2.6 (15.5, 25.9) A Mel-26 156 299.5 24.7 (250.2, 348.9) A 22.0 1.9 (18.2, 25.8) A Mel-27 171 311.9 22.0 (267.9, 355.8) A 22.6 2.3 (18.0, 27.2) A Mel-27 211 292.2 23.2 (245.7, 338.7) A 22.4 3.1 (16.1, 28.6) A Mel-28 201 295.8 12.4 (271.0, 320.6) A 22.3 2.3 (17.7, 26.8) A Mel-28 249 244.7 32.3 (180.2, 309.3) A 25.8 2.9 (19.9, 31.6) A Mel-29 77 316.3 35.1 (246.1, 386.5) A 22.6 2.4 (17.9, 27.3) A Mel-29 189 253.2 30.1 (193.0, 313.4) A 21.6 3.1 (15.4, 27.9) A Mel-30 193 311.8 19.8 (272.1, 351.4) A 24.2 2.9 (18.4, 30.0) A Mel-31 106 265.5 18.2 (229.2, 301.9) A 21.0 2.0 (16.9, 25.1) A Mel-31 212 315.7 14.7 (286.3, 345.1) A 23.8 1.7 (20.3, 27.3) A Mes-8 218 315.7 18.9 (277.9, 353.4) A 22.8 2.7 (17.4, 28.2) A Mes-17 98 271.2 40.3 (190.6, 351.8) A 24.1 2.8 (18.6, 29.7) A Mes-17 225 319.8 16.7 (286.4, 353.2) A 21.1 1.5 (18.1, 24.2) A Ort: Ortalama SS: Standart sapma Ci: ± 2 SD.ortalama ile elde edilen yaklaşık güven aralığı değerleridir.

94 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

4.1.8. Çalışmanın Birinci Aşamasının Genel Değerlendirilmesi

Çalışmanın ilk aşamasında Türkiye’nin 5 bölgesinin 10 ilinden 2007-2008 yılları arasında toplanan 247 adet mantar örneğinden oluşan koleksiyon analizlenmiştir. Koleksiyonun %81’i Akdeniz (152 adet) ve Ege (48 adet) Bölgelerinden temin edilmiştir. Akdeniz ve Ege Bölgesi kadar yoğun olmamakla beraber Kastamonu (22 adet, Karadeniz Bölgesi), Sivas (18, İç Anadolu Bölgesi), Diyarbakır (1 adet, Güneydoğu Anadolu Bölgesi) illerinden de kuzu göbeği mantarları toplanmıştır. Toplayıcılardan alınan 57 örnek dışında tüm örnekler için GPS koordinatları sağlanmıştır. Yine satın alınan 30 örnek dışında tüm örnekler için dominant vejetasyon tipi kaydedilmiştir. Türkiye’deki Morchella genetik çeşitliliği ile ilgili ilk değerlendirmeler, tüm koleksiyonun RPB1 (852 bç) ve 28S rDNA (535 bç) gen bölgelerinin DNA dizi analizlerinin Maksimum Parsimony ile filogenetik analizlerinden elde edilmiştir. Bu taramalarla seçilen 62 taksonda ilave olarak RPB2 (956 bç) ve EF1-α (1299 bç) gen bölgeleri ile DNA dizi analizleri yapılmıştır. 956 bç uzunluğundaki RPB2 gen bölgesinin dizi analizi hiçbir intron içermemiştir. RPB1’in A-C bölgesi (852 bç) 2 küçük intron ile kesilmiştir (133 bç). Sadece 44 Parsimony bilgi verici karakterle tanımalanan RPB1 intronları eksonlardaki 134 karakterle karşılaştırılmıştır. Bununla birlikte 62 takson dataseti için EF-1α dizilimi toplamda 274 bç uzunluğundaki dizilimlere sahip 4 intron içermektedir. Bu da 110 Parsimony bilgi verici karaktere karşılık gelmektedir. Yani toplam 1025 bç uzunluğundaki 4 eksonla aynı sayıdadır. 28S rDNA, düşük filogenetik sinyal (%5.98 Parsimony bilgi verici karakter) ve destek göstermiştir. Protein kodlayan genler olan RPB1, RPB2 ve EF1-α %16.9- 21.8 Parsimony bilgi verici karakter içermişlerdir ve bu 3 gen bireysel olarak 2 ya da daha fazla örnekle temsil edilen 12 türün 9-10 tanesi için Bootstrap almıştır. Kombine datasetlerin analizi ile 12 tür için güçlü destek (%92) sağlanmıştır. Diğer 3 tür tek örnekle temsil edildikleri için herhangi bir Bootstrap almaları söz konusu olmamıştır. 70 ve üzeri Bootstrap değerinin eşik değer olarak değerlendirilmesiyle, 4 bireysel lokustan dizi dataları kombine edilmiş ve PAUP’da Maksimum Parsimony (MP) kullanımı (Swofford, 2002) ve GARLI’de (Zwickl, 2006) Maksimum

95 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Likelihood (ML) kullanımı ile analizlenmiştir. Kombine edilen 3642 bç uzunluğundaki datasetlerin %17.4’ü Parsimony bilgi verici olmuştur. Kombine datasetlerin MP analizleri, 0.971 RI ve 0.751 CI ile 1029 basamaklı 384 Parsimony ağaç olarak tanımlanmıştır. GTR+I+G (General Time Reversible + Gamma + Proportion Invariant) kullanımıyla ML bootstrap analizleri, MP bootstrap ile hemen hemen benzer sonuçlar vermiştir. MP ve ML analizleri ile 15 adet filogenetik olarak farklı tür çözdürülmüştür. 15 türün 14’ü için Latin isimlendirilmelerin olmaması nedeniyle, türler grup olarak tanımlanmıştır (Esculenta için Mes ve Elata için Mel) ve türleri ayırmak için numara ile takip edilmişlerdir. Latin adlandırma sistemi, sadece Mel-3 için güvenilir bir şekilde uygulanmıştır: Morchella semilibera. Mel-20 ve Mes- 8 Avrupa’da yaygın olan türlerdir ve muhtemelen isimlendirilmişlerdir. Fakat Avrupa’da çok fazla yayınlanmış sarı ve siyah kuzu göbekleri bulunduğu için isimleri bilinmemektedir. Bu türlere ulaşılabilse bile kullanılabilir moleküler sistematik dataları almak için çok yaşlıdırlar. Mel-9 ve Mel-10 hariç diğer 13 filogenetik olarak farklı türler arasındaki evrimsel ilişkiler neredeyse tamamen çözülmüştür. Elata grubu içerisindeki 5 türün 4’ü (Mel-2, Mel-7, Mel-9 ve Mel-10), koleksiyonun %35.6’sı (88/247), Kuzey Amerika için endemik olan türlerle (O’Donnell ve ark., 2011) eşleşmiştir. Bu 4 türden, Mel-2 koleksiyonda 3 bölge ve 8 il ile en yaygını (59 adet) olmuştur. Bunu 2 bölge ve 3 il ile Mel-10 (17 adet) izlemiştir. Mel-7, 11 örnekle Akdeniz Bölgesinin Antalya ili, Mel-9 ise 1 örnekle Ege Bölgesinin Denizli ilinden temin edilmiştir. Mel- 2 için, Ege Bölgesindeki vejetasyon Pinus brutia (Kızılçam), Pinus nigra (Karaçam) ve Quercus coccifera (Kermes meşesi) iken Akdeniz Bölgesinde Pinus brutia (Kızılçam), Pinus nigra (Karaçam) ile birlikte Abies cilicica (Sisilya göknarı) ve Cedrus libani (Lübnan sediri) olmuştur. Mel-7 ve Mel-10, P. brutia ve Q. coccifera bulunan Antalya’nın yanmış alanlarından toplanmıştır. Amerika içerisinde de yaygın olarak bulunan P. nigra dışında, diğer ağaç türleri Amerika da yaygın bulunmayan ağaç türleridir. Elata grubundan 7 tür ve Antalya ve Diyarbakır’dan toplanmış Mes-17 sadece Türkiye’de görülmüştür. Bu türlerin 6 tanesi (Mel-26’dan Mel-31’e) Elata alt grubunun üyesi olmuşlardır. Elata alt grubunun kardeş grubu Mel-25 ise dominant

96 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

vejetasyonu P. brutia ve Q. coccifera olan Akdeniz ve Ege Bölgelerinden toplanmıştır. Bu tür, 4 gen bölgesinin bireysel ve kombine datasetlerinin analizlerine göre Elata alt grubundan yüksek oranda farklı olmuştur. Tüm analizlerde Mel-25, bu alt gruba kardeş grup olarak çözdürülmüştür. Mel-27 (44 adet) ve Mel-20 (55 adet), Mel-2’den sonra bu çalışmada 5 bölgenin 3 ili ve 4 bölgenin 7 ili ile ikinci ve üçüncü en yaygın türler olmuşlardır. Tek örnekle sunulan 3 türün dışında (Mel-9, Mel-30 ve Mes-8), 12 türün 10’u 2 veya daha fazla bölgeden toplanmıştır. Dominant vejetasyonu Castanea sativa (Kestane) olan Mel-3 (5 adet) ve P. brutia ve Q. coccifera türlerini içeren yanmış alandan toplanan Mel-7 (11 adet) sadece Akdeniz Bölgesinden toplanmıştır. Elata alt grubu içerisindeki filogenetik çözülümü artırmak için 4 lokus datasetine ITS rDNA’nın 542 bç uzunluğundaki dizi analizleri de eklenmiştir. Bu 36 takson dataseti 4163 bç uzunluğunda olmuş ve %5.9’u Parsimony bilgi verici karakter içermiştir. 36 takson datasetin analizi, ITS rDNA bölgesi %7.56 Parsimony bilgi verici karakterle ile en fazla, 28S rDNA bölgesi %0.19 ile en düşük filogenetik sinyal sağlamışlardır. 4 lokus datasetine ITS rDNA’nında eklenmesiyle bu alt grup içerisindeki filogenetik çözülüm artırılmıştır. RPB2, 7 türün 6’sı için sağlanan destekle en iyi performansı göstermiştir. Fakat 7 türün hepsi için güçlü Bootstrap (%97) sadece kombine datasetinin analizi ile sağlanmıştır. Yapılan bu çalışmanın ilk kısmının en önemli amacı, 2007-2008 yıllarında Türkiye’nin 5 farklı bölgesinin 10 ilinden toplanan, 247 kuzu göbeği örneği arasındaki evrimsel ilişkileri ve tür sayısını araştırmak olmuştur. Öncelikle RPB1 ve 28S rDNA gen bölgelerinin DNA dizi analizleri yapılmıştır ve Türkiye’deki tür çeşitliliğinin ilk tahminlerinin yapılabilmesi için filogenetik analizler yapılmıştır. Tüm DNA dizi verileri, kuru örneklerden direk genomik DNA’nın izolasyonu ile elde edilmiştir. RPB1 gen bölgesi, Matheny ve ark. (2002) tarafından Inocybe (Agaricales) için dizayn edilen RPB1 primerleri 0.9 kb A-C bölgesinin, tüm örneklerde çoğaltılması ile kullanılmıştır. Bu bölge, örneklerin toplandıktan sonra en kısa sürede kurutulması ve örneklerin genç olması (3-15 ay) nedeniyle başarılı bir şekilde çoğaltılmıştır. Kuzu göbeği için spesifik olarak dizayn edilen primerlerin kullanılması ile RPB1 bölgesi DNA dizi data kalitesi yükseltilmiştir. GCPSR

97 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

kullanımıyla daha ileri düzeyde tür tanımlamaları için, iki ekstra protein kodlayan gen olan RPB2 ve EF1-α, Mucorales (O’Donnell ve ark., 2001), Basidiomycota (Frøslev ve ark., 2005; Matheny, 2005), Ascomycota (Hansen ve ark., 2005; Hofstetter ve ark., 2007) gibi farklı fungal gruplarda düşük taksonomik seviyelerde kullanımını bildiren son çalışmalara göre filogenetik çözülümü artırmak için seçilmişlerdir. Liu ve ark. (1999) tarafından dizayn edilen ileri primer ve Reeb ve ark. (2004) tarafından dizayn edilen geri primer RPB2’nin 1 kb 7-11 bölgesi için başarılı bir şekilde çoğaltılmıştır. EF1-α gen dizi analizi için, Beauveria için Rehner ve Buckley (2005) tarafından dizayn edilen 2 çift primer, 2 örtüşen fragment olarak çoğalmıştır. Aynı strateji, RPB1 içinde kullanılmıştır. RPB2 ve EF1-α için içsel primerler dizayn edilerek, bu 2 genin DNA dizi datalarının kalitesi yükseltilmiştir. EF1-α PCR primerleri EF-2, EF-4AF ve EF-5AR içsel sekans primeri olarak iyi çalışmışlardır. Bu 3 primer, 62 takson dataseti için 1.3 kb uzunluğunda oluşturulmuştur. Protein kodlayan genlerin aksine rDNA PCR primerleri genellikle DNA dizi analizleri için iyi çalışmışlardır (White ve ark., 1990, O’Donnell, 1996). Farklı fungal grupların çok lokuslu fılogenetik analizlerinin sonuçları ile uyumlu olarak (O’Donnell ve ark., 1998, Frøslev ve ark., 2005, Hofstetter ve ark., 2007, Matheny, 2005) 28S rDNA gen bölgesinden kısmi DNA dizi analizi dataları, RPB1, RPB2 ve EF1-α protein kodlayan genlere düşük filogenetik sinyal ve nodal destekle katkı sağlamıştır. 28S rDNA gen bölgesinin DNA dizi analizi ile Parsminoy bilgi verici karakter sayısının düşük olması, Bunyard ve ark. 1994 ve 1995’nın çalışmalarında da benzer şekilde sonuçlandığı için sürpriz olmamıştır. Aynı zamanda bu analizler, kardeş familya olan Discinaceae içerisinde bulunan Gyromitra ile de ayrım sağlamamıştır (Hansen ve Pfister, 2006; O’Donnell ve ark., 1997). Bugüne kadar kuzu göbeği mantarındaki DNA dizi analizlerine dayalı filogenetik analizler, ITS rDNA bölgesi ile sınırlı olmuştur (Kellner ve ark., 2005; Wipf ve ark., 1999). Ancak bu lokusun dizi analizi, Esculenta ve Elata grubu içerisindeki tüm taksonların dizi analizlerinde kullanılamamıştır. Bu çalışmada bu lokusun kullanımı Elata alt grubu ile sınırlandırılmıştır. Çalışmanın en önemli bulgusu, birbirini takip eden 2 yıl içerisinde Türkiye’nin 5 bölgesinden morfolojik olarak ayrımı zor olan Morchella türlerinde 15

98 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

filogenetik farklılığın tespit edilmesi olmuştur. Bölgesel rehberler tarafından, Kuzey Amerika’da 3-7 tür (Miller, 1972; Arora, 1979; Weber, 1995), Japonya’da 8 tür (Imazeki ve ark., 1988), Avrupa’da ise 4 (Breitanbach ve Kränzlin, 1984)-30 tür (Jacquetant, 1984) bildirilmiştir. Farklı bir çalışmada, Avrupa’da Morchella’nın moleküler filogenetik değerlendirilmesiyle 8 tür tespit edilmiştir (O’Donnell ve ark., 2011). Solak ve ark., (2007) tarafından yapılan Türkiye’nin Makrofungusları ile ilgili bir çalışmada, Türkiye de 21 adet Morchella türü bildirilmesine rağmen, bu çalışmada sunulan isimlendirmeler morfolojik ve mikroskobik tanılama yöntemleri ile Avrupa’lı sistematikçilerin tanılama rehberleri ile yapılmıştır. Kuzu göbeği mantarını çevresel etkilere çok hassas olması, çevresel değişimlerin ve ekolojinin morfolojisini etkilemesi ve mikroskobik özelliklerinin birbirine çok yakın olması göz önünde bulundurulacak olursa bu mantarın tür belirlemesi çalışmalarında moleküler analizler kaçınılmaz hale gelmektedir. Bu çalışma ile 4 gen bölgesinin hatta Elata alt grubu için 5 gen bölgesinin birlikte değerlendirilmesi ile Türkiye içerisinde 15 adet tür belirlenmiştir. Bu çalışmada alınan ilginç sonuçlarından bir tanesi de, 247 örnek içerisinden sadece 2 Esculenta türünün bulunması ve 2 türün toplamda 5 örnekle temsil edilmesi olmuştur. Bu sonuç, bu grubun üyelerinin kuzey ılıman çevrelere daha iyi adaptasyon sağladığını göstermiştir. Elata alt grubunun ve kardeş grubu Mel-25’in Türkiye’ye endemizmi, bu 8 türün Akdeniz Bölgesi içerisindeki biyolojik evrimi ile alakalı olarak yeni adaptasyonları göstermektedir. Çalışmanın ilk sonuçları aynı zamanda örneklenen Morchella türlerinin çoğunun bölgesellik göstermediğini açığa çıkarmıştır. 2 veya daha fazla örnekle temsil edilen 12 türün 10 tanesi 2 veya daha fazla bölgede bulunmuştur. Ancak bu hipotez bu çalışmada sunulmayan bölgelerle de test edilmelidir. Diğer bir ilginç sonuç ise, Latin isimlendirme sisteminin güvenli bir şekilde uygulandığı tek tür olan Mel-3 (M. semilibera)’ün Türkiye’de az olmasıdır. Bu türün bazı yazarlar tarafından farklı bir cins olan Mitrophora olarak ele alınmasına rağmen (Breitanbach ve Kränzlin, 1984; Wipf ve ark. 1999), bu çalışmada Elata grubu içerisinde yer aldığı açıkça görülmüştür. Bu çalışmada sunulan M. semilibera, Avrupa da ki bu türün üyeleri ile (O’Donnell ve ark. 2000 tarafından tanımlanan) eşleşmiştir. M. semilibera şimdiye kadar Avrupa’da bulunan

99 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

tek yarı boş (half-free) kuzu göbeği mantarı olmuştur. Tipin 195 yaşında olması nedeniyle DNA dataları elde edilememiştir. Fakat bu bağlantı morfolojisinin açık bir şekilde farklı olması nedeni ile DNA dataları olmadan da yapılabilir. Çalışmada tanılanan 12 türün isimlendirilmesi resmi olarak yapılmamıştır. Kalan 2 tür (Mel-20, Elata grubu ve Mes-8, Esculenta grubu) Avrupa’da yaygın olmaları nedeniyle isimlendirilmişlerdir. Fakat siyah ve sarı kuzu göbeği mantarları için Avrupa da çok fazla yayınlanmış isim bulunduğu için hangisi olduğunu bilmek çok zordur. Çalışmada kullanılan koleksiyonun neredeyse tamamen çözülmesi, ekonomik olarak önemli olan bu cins içerisindeki tür çeşitliliği ve geleneksel morfolojik temelli sınıflama şemasının değerlendirilmesi için ilk tahminleri sağlamıştır. Ayrıca hızla gelişen endüstriye sürdürülebilir kuzu göbeği hasatları sağlamaya yardım ve bozulmamış sağlam koruma politikaları için temel oluşturmuştur. Ekoloji ve sistematikteki gelişmeler, morfolojik tanılamadaki eksiklikler, tür tanımlaması için GCPSR (Genealogical Concordance Phylogenetic Species Recognition) kullanımıyla çokgenli moleküler filogenetik sonuçlarına bağımlılığı gerektirecektir (Taylor ve ark. 2000). Bu yolla biyotropik ya da fakültatif mikorizal türler varsa belirlenebilecektir (Buscot, 1994; Hobbie ve ark., 2002). Yine yanmış alan türleri ve bunun zorunlu olup olmadıkları belirlenebilir. Bu çalışmada Mel-10’un 14 örnekle temsil edilip, bu örneklerden 11 tanesinin yanmış alandan olması, 3 tanesinin ise P.brutia bulunan yanmamış alandan toplanması bu türün zorunlu yanmış alan türü olmadığını göstermiştir. Kuzu göbeği mantarının yanmış alanla olan ilişkisinin daha detaylı bir şekilde anlaşılabilmesi için, kuzu göbeği mantarının saprofit mi ya da mikorizal mı olduğu ve eğer her iki özelliği de gösteren türler varsa yanmış alan mantarlarının hangi özelliğe sahip olduğu ile ilgili daha fazla bilgiye ihtiyaç duyulmaktadır (Fujimura ve ark. 2005). Çalışmada elde edilen sonuçlardan bir tanesi de, koleksiyonun üçte birinin Kuzey Amerika’ya endemik olan 4 tür içerisine girmesi olmuştur. Bu türlerin, Pseudotsuga menzisei (Douglas köknarı) veya Türk ormanlarında bulunan çam türleri gibi ekzotik orman türlerinin kökleriyle veya toprakla girdiği düşünülmektedir (Vellinga ve ark., 2009). Fakat bu türlerin nasıl girdiği 2 nedenle tam olarak açıklığa kavuşmamıştır. İlki Mel-2, Mel-7, Mel-9 ve Mel-10 türlerinin toplandığı bölgelerde

100 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

ekzotik ağaç türlerinin olmadığı görülmüştür. İkinci neden, Mel-2 ve Mel-7’nin Türkiye ve Kuzey Batı Amerika’da benzer bir şekilde farklılık göstermesidir. Bu sonuç giriş yaptığı Kuzey Amerika populasyonuna göre kendi doğal tabiatı olan Avrupa’da daha fazla genetik çeşitlilik gösteren Amanita phalloides ile tamamen farklı olmuştur (Pringle ve ark. 2009). Bu 4 ekzotik türün ormancılık uygulamaları ile Türkiye’ye girmiş olabileceği düşünülmektedir. İlginç bir şekilde, 4 ekzotik tür, Mel-7, Mel-10, Mel-2 ve Mel-9 Türkiye de ve Kuzey Batı Amerika’da sırayla yangın ve yangın olmayan bölgelerden alınmışlardır. Bu durum, üreme stratejileri ve ekolojik rollerin her iki ülkede de benzer olduğunu göstermiştir. Bu bulgular ışığında gelecekte yapılacak olan çalışmalarda ekzotik türlerin, yerli türler üzerindeki etkisi incelenebilecektir. Yerli türlerin oldukları yerlere yayılacaklar mı ve yayılırlarsa dominant yerli türlerin yerine geçip geçemeyecekleri araştırılmalıdır. Yine bu çalışma, Hibbett ve Donoghue’s (1996) tarafından Lentinula edodes’ de öncü olarak başlatılmış mantar genetiğinin korunması çalışmalarına eklenebilir. Shiitake için bu yazarlar tarafından geliştirildiği gibi, bu çalışmada Morchella biyoçeşitliliğini tanımlamak için genelojik korumaya dayanan filogenetik tür kompleksinin kullanımı savunulmuştur. Böyle bir konsept, Türkiye de veya herhangi bir yerde sağlam yönetim pratikleri ve koruma politikalarının geliştirilmesiyle ekonomik olarak önemli bu mantarın sürdürülebilir hasadının devam ettirilmesine yardım edecektir (Pilz ve ark., 2007).

4.2. Çalışmanın İkinci Aşaması ile İlgili Bulgular

2007 ve 2008 yıllarında toplanan 247 adet kuzu göbeği mantarlarının EF-1α, RPB1, RPB2 ve 28S rDNA gen bölgelerinin DNA dizi analizlerinin yapılmasıyla Türkiye’de 15 adet kuzu göbeği mantarı türü tespit edilmiştir. 2009 ve 2010 yıllarında daha önce toplama yapılmayan bölge ve illerden de (Feke-Adana, Aladağ- Adana, Balcalı-Adana, Göksun-Kahramanmaraş, Alata-Mersin, Taşağıl-Antalya, Yahyalı-Kayseri, Beyşehir-Konya, Akdağmadeni-Yozgat, Akbulak-Uşak, Çanakkale, Vezirköprü-Samsun, Kastamonu, Sarıkamış-Kars, Tatvan-Van) 243 adet kuzu göbeği mantarı toplanarak analizlenmiştir. Aynı zamanda Stockholm’da

101 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

bulunan İsveç Müzesi’nde yer alan 18 adet kuzu göbeği mantarı örneklerininde DNA dizi analizleri çalışma kapsamında yapılmıştır. Bu 18 adet örneğin 3 tanesinden DNA dizi analizleri sonucu kaliteli datalar elde edilememiştir (Çizelge 4.9). Ön tarama için RPB1 ve RPB2 gen bölgeleri kullanılmıştır. Bu gen bölgelerinin sonuçlarına göre 86 örnek seçilmiş (F13609, F13615, F13634, F60062, F27848, F23174, F23127, F99479, F46072, F22131, F5453, F78749, F78750, F78699, F99472, F99470, F99481, 270, 277, 278, 297, 324, 327, 337, 338, 350, 354, 366, 368, 371, 372, 373, 376, 377, 378, 380, 382, 384, 386, 396, 401, 414, 415, 416, 417, 426, 428, 436, 445, 448, 453, 454, 456, 458, 459, 464, 470, 471, 472, 473, 477, 478, 479, 483, 484, 485, 488, 490, 493, 495, 496, 500, 502, 503, 504, 505, 507, 508, 509, 510, 511, 519, 520, 539, 540, 541) ve EF-1α ve 28S rDNA ile DNA dizi analizleri yapılmıştır. Örnekler seçilirken oluşan tür gruplarının hepsini temsil edecek şekilde her tür grubundan üçten fazla olanlardan 3 örnek, üçten az olanlarda ise örnek sayısı kadar seçilmiştir (EK 2). Elde edilen DNA dizi analiz dataları, çalışmanın ilk aşamasında seçilen 62 örneğin DNA dizi analiz dataları ve Türkiye örneklerinin Dünya örnekleri ile karşılaştırılabilmesi için global sörveyle elde edilmiş DNA dizi analizleri dataları (O’Donnell ve ark. 2011) ile birleştirilerek değerlendirilmiştir. Bu değerelendirilme sonucu 8 adet çalışmanın ilk aşamasından, 60 adet de çalışmanın ikinci aşamasından seçilen Türkiye örnekleri ile 20 adet kuzu göbeği türü belirlenmiştir (Çizelge 4.10) ve Esculenta (Sarı) kuzu göbeği grubu için ayrı, Elata (siyah) kuzu göbeği için ayrı ve Elata alt grubu için ayrı filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur. Ayrıca çalışmanın bu ikinci kısmında IGS bölgesi ile de DNA dizi analizleri yapılmıştır. Düzgün datalar elde edilemediği için klonlama yöntemiye DNA dizi analizleri yapılmaya çalışılmıştır. Bu yöntemle de düzgün sonuçlar alınamamıştır. IGS bölgesinin kuzu göbeği mantarında kullanılabilir hale getirilmesiyle ilgili çalışmalar devam etmektedir.

102 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Çizelge 4.9. İsveç Müzesi’nden temin edilen kuzu göbeği mantarlarının filogenetik analizler sonucunda yer aldığı türler Tür Koleksiyon Örnek Numaraları Sayısı (Adet) Mel-3 4 F78749, F22131, F78750, F5453 Mel-9 2 F13615, F13609 Mel-16 2 F13634, F60062 Mel-19 2 F46072, F99479 Mel-26 1 F27848 Mes-4 1 F99481 Mes-8 3 F99472, F99475, F78699 Data Alınamadı 3 F23174, F23127, F99470

Çizelge 4.10. 490 adet kuzu göbeği mantarının filogenetik analizler sonucunda yer aldığı türler Tür Koleksiyon Örnek Numaraları Sayısı (Adet) Mel-2 96 4, 6, 13, 14, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 41, 43, 47, 51, 53, 54, 91, 94, 96, 99, 102, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 150, 152, 154, 158, 159, 160, 161, 176, 177, 178, 179, 180, 194, 197, 199, 200, 217, 345, 349, 351, 352, 353, 355, 356, 357, 360, 363, 365, 369, 450, 452, 454, 455, 459, 464, 465, 466, 467, 468, 486, 487, 490, 492, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 533, 458? Mel-3 5 76, 213, 214, 215, 216 Mel-7 28 93, 235, 237, 239, 240, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 278, 320, 366, 367, 368, 370, 371, 372, 374, 375, 376, 377, 378, 379, 380, 381, 385 Mel-9 6 166, 373, 382, 383, 384, 387 Mel-10 50 85, 109, 112, 114, 221, 222, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 234, 236, 238, 241, 267, 268, 271, 272, 274, 276, 277, 282, 283, 284, 289, 290, 295, 303, 305, 306, 307, 309, 312, 313, 314, 316, 322, 326, 329, 334, 386, 403, 404, 474, 505, 506, 324 Mel-13 1 426 Mel-20 73 1, 2, 3, 5, 7, 8, 9, 10, 12, 15, 24, 40, 42, 46, 48, 49, 52, 92, 103, 105, 115, 116, 119, 121, 123, 125, 165, 168, 181, 182, 183, 184, 185, 187, 190, 191, 192, 195, 208, 248, 250, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 297, 330, 331, 332, 346, 348, 358, 359, 364, 390, 392, 393, 395, 398, 427, 451, 453, 456 Mel-25 76 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 83, 84, 86, 87, 88, 90, 153, 157, 162, 186, 188, 196, 198, 220, 224, 266, 269, 270, 273, 279, 280, 285, 288, 291, 292, 298, 299, 300, 301, 302, 304, 315, 319, 323, 361, 362, 420, 425, 429, 433, 435, 436, 437, 438, 439, 440, 441, 442, 445, 446, 460, 461, 488, 489, 491, 494, 495, 539, 540, 541, 327? Mel-26 9 117, 120, 122, 124, 156, 419, 423, 508, 509

103 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Çizelge 4.10’un devamı Mel-27 83 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 70, 71, 72, 73, 74, 78, 80, 104, 107, 113, 118, 126, 149, 163, 167, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 204, 205, 206, 207, 209, 210, 211, 388, 389, 394, 400, 406, 407, 409, 411, 447, 448, 449, 478, 481, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 520, 521, 522, 523, 524, 525, 526, 527, 528, 529, 530, 531, 532, 534, 535, 536, 537, 538 Mel-28 9 44, 50, 201, 249, 251, 401, 402, 507, 510 Mel-29 9 45, 77, 82, 155, 189, 469, 470, 471, 473 Mel-30 1 193 Mel-31 14 202, 203, 212, 354, 396, 424, 430, 434, 462, 463, 472, 476, 480, 397 Mel-32 5 397, 106, 428, 477, 479 Mes-4 5 413, 414, 415, 416, 417 Mes-8 3 218, 350, 483 Mes-16 2 484, 485 Mes-17 14 98, 223, 225, 335, 336, 337, 338, 339, 340, 341, 342, 343, 344, 493 Mes-18 1 519

4.2.1. Esculenta Grubunun Filogenetik Değerlendirilmesi

Kombine analizlerle Esculenta grubu içerisinde 18 tür tanımlanmıştır (Şekil 4.4): Mes-1: Mes-1 türü Macaristan ve Slovakya örneklerinden oluşmuştur ve Avrupa için endemiktir. Mes-2: Missouri, North Carolina ve Michigan’dan toplanan ABD örnekleri Mes-2 türü içerisinde yer almıştır ve bu tür ABD için endemiktir. Mes-3: North Carolina ve Mississippi’den toplanan ABD örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Mes-3, ABD için endemik bir tür olmuştur. Mes-4: Tatvan-Van’dan toplanan 414, 416 ve 417 numaralı Türkiye örnekleri, Ontario’dan toplanan Kanada örneği ve Los Angeles, Oregon ve Massachusetts’dan toplanan ABD örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Mes-4 türü, tüm Türkiye koleksiyonu içerisinde 5 örnekle temsil edilmiştir (Şekil 4.7). Mes-5: Danimarka, Fransa ve Norveç örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır ve bu tür Avrupa için endemiktir. Mes-6: Çin’den toplanan örneklerden oluşmuştur ve Çin için endemik bir türdür.

104 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Mes-7: Kanada ve Sauth Dakota’dan toplanmış ABD örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Mes-8: Vezirköprü-Samsun’dan toplanan 350 numaralı, Yahyalı-Kayseri’den toplanan 483 numaralı ve İbradı-Antalya’dan toplanan 218 numaralı Türkiye örnekleri, DNA dizi analizleri bu çalışma kapsamında yapılan F99472, F99475 ve F78699 numaralı İsveç ve Almanya örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Mes-8 türü Türkiye koleksiyonu içerisinde 3 örnekle temsil edilmiştir (Şekil 4.7). Mes-9: Japonya’dan toplanan örnekler bu tür içerisinde yer almıştır. Bu tür, Japonya için endemik olmuştur. Mes-10: Çin’den toplanan örnekler bu tür içerisinde yer almıştır. Mes-10 türü Çin için endemik olmuştur. Mes-11: Kanada ve Virginia’dan toplanan ABD örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Mes-12: Japonya örnekleri Mes-12 içerisinde yer almıştır ve bu tür Japonya için endemik olmuştur. Mes-13: Çin ve Hindistan’dan toplanan örnekler bu tür içerisinde yer almıştır. Mes-14: Ekvator ve Venezuela örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Mes-15: Çin örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Mes-15 türü Çin için endemik olmuştur. Mes-16: Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümü Araştırma ve Uygulama Alanı Seralarından Ekim ayı içerisinde toplanan 484 ve 485 numaralı Türkiye örnekleri, Java ve Havai’den toplanan örnekler bu tür içerisinde yer almıştır. Mes-16 türü Türkiye koleksiyonu içerisinde sadece 2 örnekle temsil edilmiştir (Şekil 4.7). Mes-17: Çanakkale’den toplanan 493 numaralı örnek, Diyarbakır’dan toplanan 98 numaralı örnek, İbradı-Antalya’dan toplanan 225 numaralı örnek ve Feke-Adana’dan toplanan 337 ve 338 numaralı örnekler bu tür içerisinde yer almıştır. Mes-17 türü Türkiye için endemik olmuştur. Bu tür Türkiye koleksiyonu içerisinde 15 adet örnekle temsil edilmiştir (Şekil 4.7).

105 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Mes-18: Feke-Adana’dan toplanan 519 numaralı örnek bu tür içerisinde yer almıştır ve Mes-18 türü Türkiye için endemik olmuştur. Bu tür koleksiyon içerisinde sadece 1 örnekle temsil edilmiştir (Şekil 4.7). Tanımlanan 18 tür içerisinden 2 adedi (Mes-17 ve Mes-18) sadece Türkiye örneklerinden oluşmuştur ve Türkiye için endemik olarak kabul edilmiştir. Yine 3 tür içerisinde de (Mes-4, Mes-8 ve Mes-16) Türkiye örnekleri de yer almıştır.

106 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Şekil 4.4. Esculenta grubunun kombine analizlerle elde edilen filogenetik ağacı

107 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

4.2.2. Elata Grubunun Filogenetik Değerlendirilmesi

Kombine analizlerle Elata grubu içerisinde 11 tür tanımlanmıştır (Şekil 4.5): Mel-1: Alaska ve Colorado’dan toplanmış olan ABD örneklerinden oluşmuştur. Bu tür ABD için endemik olmuştur. Mel-2: Beyşehir-Konya’dan toplanan 454 nolu, Akbulak-Uşak’dan toplanan 459 ve 464 nolu, Çanakkale’den toplanan 490, 496, 500, 502, 503 ve 504 nolu Türkiye örnekleri ve Oregon ve Ideho’dan toplanan ABD örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Bu tür, Türkiye koleksiyonu içerisinde 96 örnekle temsil edilmiştir. Mel-3: İbradı-Antalya’dan toplanan 213 ve 215 nolu Türkiye örnekleri, DNA dizi analizleri bu çalışma kapsamında yapılan F22131, F5453, F78749 ve F78750 numaralı İsveç, Çek Cumhuriyeti ve Hollanda örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Bu tür, Türkiye koleksiyonu içerisinde 5 örnekle temsil edilmiştir. Mel-4: Pennsylvania ve Missouri’den toplanan ABD örneklerinden oluşmuştur. Mel-5: California ve Oregon’dan toplanmış olan ABD örneklerinden oluşmuştur. Mel-6: Oregon ve Washington’dan toplanmış ABD örneklerinden oluşmuştur. Mel-7: Vezirköprü-Samsun’dan toplanan 366, 368, 371, 376, 377, 378 ve 372 numaralı Türkiye örnekleri ve ABD örnekleri bu grup içerisinde yer almıştır. Bu tür, Türkiye koleksiyonu içerisinde 28 örnekle temsil edilmiştir. Mel-8: Oregon’dan toplanan ABD örneğinden oluşmuştur. Mel-9: Vezirköprü-Samsun’dan toplanan 373, 382 ve 384 numaralı Türkiye örneklerinden, Oregon’dan toplanan ABD ve DNA dizi analizleri bu çalışma kapsamında yapılan F13609 ve F13615 numaralı İsveç örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Bu tür Türkiye koleksiyonu içerisinde 6 örnekle temsil edilmiştir. Mel-10: Akdağmadeni-Yozgat’dan toplanan 505, Vezirköprü-Samsun’dan toplanan 386 ve Taşağıl-Antalya’dan toplanan 277 numaralı Türkiye örnekleri, Oregon ve Washington’dan toplanan ABD örnekleri tür içerisinde yer almıştır. Bu tür, Türkiye koleksiyonu içerisinde 50 örnekle temsil edilmiştir. Mel-11: Kanarya Adaları’ndan toplanan örnek bu tür içerisinde yer almıştır.

108 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Elata grubu içerisinde 5 adet tür içerisinde (Mel-2, Mel-3, Mel-7, Mel-9 ve Mel-10) Türkiye örnekleri yer almıştır.

Şekil 4.5. Elata grubunun filogenetik analizlerle elde edilen filogenetik ağacı

109 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

4.2.3. Elata Alt Grubunun Filogenetik Değerlendirilmesi

Kombine analizlerle Elata alt grubu içerisinde 20 tür tanımlanmıştır (Şekil 4.6): Mel-12: California ve Oregon’dan toplanan ABD örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Mel-13: Sarıkamış-Kars’dan toplanan Türkiye örneği, Hindistan ve Çin örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Mel-13 türü, Türkiye koleksiyonu içerisinde sadece bir örnekle temsil edilmiştir (Şekil 4.7). Mel-14: Sadece Çin örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Mel-15: Ohio ve Virginia’dan toplanan ABD örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Mel-16: DNA dizi analizleri bu çalışmada yapılan F13634 ve F60062 numaralı İsveç, Norveç ve Danimarka kuzu göbeği mantarı örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Bu tür Avrupa için endemik bir tür olmuştur. Mel-17: Çin’den toplanan kuzu göbeği mantarı bu tür içerisinde yer almıştır. Mel-18: Dominik Cumhuriyeti’ne ait kuzu göbeği örneği bu tür içerisinde yer almıştır. Mel-19: DNA dizi analizleri bu çalışmada yapılan F46072, F99479 numaralı ve global bir sörvey çalışmasından alınan İsveç örnekleri ve Çin örneği bu tür içerisinde yer almıştır. Mel-20: Beyşehir-Konya’dan toplanan 453 ve 456 numaralı örnekler ve Taşağıl- Antalya’dan toplanan Türkiye örnekleri, Tayvan, İsveç ve Çin örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Mel-20 türü, Türkiye koleksiyonu içerisinde 73 örnekle temsil edilmiştir. Mel-21: Japonya’dan toplanan örnekler bu tür içerisinde yer almıştır. Mel-22: California ve Oregon’dan toplanan ABD örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Mel-23: Norveç ve Danimarka örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Bu tür, Avrupa için endemik bir tür olmuştur. Mel-24: Michigan’dan toplanmış olan ABD örneği bu tür içerisinde yer almıştır.

110 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Mel-25: Çanakkale’den toplanan 488, 495 numaralı örnekler, Erdemli-Mersin’den toplanan 539, 540 numaralı örnekler ve Akmaden-Yozgat’dan toplanan 436 numaralı Türkiye örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Mel-25 türü Türkiye için endemik bir tür olmuştur. Bu tür, Türkiye koleksiyonu içerisinde 76 örnekle temsil edilmiştir (Şekil 4.7). Mel-26: Akdağmadeni-Yozgat’dan toplanan 508 ve 509 numaralı Türkiye örnekleri ve DNA analizleri bu çalışmada yapılan F27848 numaralı İsveç örneği bu tür içerisinde yer almıştır. Mel-26 türü Türkiye koleksiyonu içerisinde 9 örnekle temsil edilmiştir. Mel-27: Beyşehir-Konya’dan toplanan 448 numaralı, Yahyalı-Kayseri’den toplanan 478 numaralı, Göksun-Kahramanmaraş’dan toplanan 511 ve Adana’dan toplanan 520 numaralı Türkiye örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Mel-27 türü Türkiye için endemik olmuştur. Bu tür Türkiye koleksiyonunda 83 örnekle temsil edilmiştir. Mel-28: Akdağmadeni-Yozgat’dan toplanan 401, 507 ve 510 numaralı Türkiye örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Mel-28 türü Türkiye için endemik olmuştur. Bu tür Türkiye koleksiyonu içerisinde 9 örnekle temsil edilmiştir. Mel-29: Akbulak-Uşak’dan toplanan 470 ve 471 numaralı Türkiye örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Mel-29 türü Türkiye için endemik olmuştur. Bu tür Türkiye koleksiyonu içerisinde 9 örnekle temsil edilmiştir. Mel-30: Fethiye-Muğla’dan toplanan Türkiye örneği bu tür içerisinde yer almıştır. Mel-30 türü Türkiye için endemik olmuştur. Bu tür Türkiye koleksiyonunda sadece bir örnekle temsil edilmiştir. Mel-31: Akbulak-Uşak’dan toplanan 472 numaralı, Kahramanmaraş’dan toplanan 396 numaralı ve Kastamonu’dan toplanan 354 numaralı Türkiye örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Mel-31 türü Türkiye için endemik olmuştur. Bu tür Türkiye koleksiyonu içerisinde 15 örnekle temsil edilmiştir. Mel-32: Yahyalı-Kayseri’den toplanan 477, 479 numaralı örnekler, Sarıkamış- Kars’dan toplanan 428 numaralı örnek ve Ağlı-Kastamonu’dan toplanan 106 numaralı Türkiye örnekleri bu tür içerisinde yer almıştır. Mel-32 türü Türkiye için endemik olmuştur. Bu tür Türkiye koleksiyonu içerisinde 3 örnekle temsil edilmiştir (Şekil 4.7).

111 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Elata alt grubu içerisinde 20 tür içerisinde 7 tanesi (Mel-25, Mel-27, Mel-28, Mel-29, Mel-30, Mel-31 ve Mel-32) sadece Türkiye örneklerinden oluşmuştur ve bu türler Türkiye için endemik olarak değerlendirilmiştir. Ayrıca 3 tür içerisinde de (Mel-13, Mel-20 ve Mel-26) Türkiye örnekleri yer almıştır.

Şekil 4.6. Elata alt grubunun kombine analizlerle elde edilen filogenetik ağacı

112 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Şekil 4.7. Endemizm ve coğrafik dağılım açısından ilginç olan türlerin görünümü

4.2.4. Esculenta Grubu Türlerinin Filogenetik Analizlerde Aldıkları Bootstrap Değerleri

Çizelge 4.11‘de Esculenta grubu içerisinde yer alan 53 taksonun istatistik analizleri sonucu elde edilen 18 türün her gen bölgesi için ayrı ayrı ve kombinasyonu ile aldıkları Bootstrap değerleri sunulmuştur. Mes-10, Mes-12, Mes-15 ve Mes-18 türleri tek örnekten oluştukları için Bootstrap almamışlardır. Mes-17, 28S rDNA gen bölgesi için 84, EF-1α gen bölgesi için 95 Bootstrap alırken RPB1 ve RPB2 gen bölgeleri için Bootstrap alamamıştır. Kombine analizlerde ise hem Maksimum Parsimony hem de Maximum Likelihood analizlerinde 100 Bootstrap almıştır. Mes- 16, 28S rDNA ve RPB2 gen bölgeleri için Bootstrap alamazken, EF-1α gen bölgesi için 64, RPB1 gen bölgesi için 80, kombine analizler için ise 96 Bootstrap almıştır. Mes-14, kombine analizlerde 100, 28S rDNA gen bölgesi için 96, RPB2 gen bölgesi için 87, EF-1α gen bölgesi için 99 Bootstrap alırken, RPB1 gen bölgesi için

113 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Bootstrap alamamıştır. Mes-13, 28S rDNA gen bölgesi için 76, kombine analizlerde ise Maksimum Parsimony analizinde 77, Maksimum Likelihood analizinde ise 76 Bootstrap almıştır. Diğer gen bölgelerinden Bootstrap alamamıştır. Mes-11, 28S rDNA gen bölgesi için 63, RPB1 gen bölgesi için 84, RPB2 gen bölgesi için 87, EF- 1α gen bölgesi için 98, kombine analizlerde ise 100 Bootstrap almıştır. Mes-9, RPB1 gen bölgesi için 92, RPB2 gen bölgesi için 63, EF-1α gen bölgesi için 96 ve kombine analizlerde 100 Bootstrap alırken, 28S rDNA gen bölgesi için Bootstrap alamamıştır. Mes-8, RPB2 gen bölgesi için 63, kombine analizlerde Maksimum Parsimony analizinde 94, Maksimum Likelihood analizinde ise 93 Bootstrap alırken, diğer gen bölgelerinden Bootstrap alamamıştır. Mes-7, RPB1 gen bölgesi için 83, kombine analizlerde Maksimum Parsimony analizinde 86, Maksimum Likelihood analizinde ise 96 Bootstrap almıştır. Diğer gen bölgelerinden Bootstrap alamamıştır. Mes-6, yine sadece RPB1 gen bölgesi için 62 Bootstrap almıştır. Kombine analizlerde ise Maksimum Parsimony analizi için 86, Maksimum Likelihood analizi için ise 93 Bootstrap almıştır. Mes-5, RPB1 gen bölgesi için 60, kombine analizlerde Maksimum Parsimony analizi için 69, Maksimum Likelihood analizi için 83 Bootstrap almıştır. Mes-4, kombine analizlerde 100, 28S rDNA gen bölgesi için 69, RPB2 gen bölgesi için 98, EF-1α gen bölgesi için 97 Bootstrap alırken, RPB1 gen bölgesi için Bootstrap alamamıştır. Mes-3, 28S rDNA gen bölgesi için 67, RPB1 gen bölgesi için 97, RPB2 ve EF-1α gen bölgeleri için 100, kombine analizlerde ise 100 Bootstrap almıştır. Mes-2, RPB1 gen bölgesi için 93, RPB2 ve EF-1α gen bölgeleri için 100, kombine analizlerde ise 100 Bootstrap almıştır. 28S rDNA gen bölgesi için Bootstrap alamamıştır. Mes-1, 28S rDNA, RPB2 ve EF-1α gen bölgeleri ve kombine analizlerde 100 Bootstrap alırken, RPB1 gen bölgesi için 97 Bootstrap almıştır. Türlerin tamamı kombine analizlerde 70’in üzerinde Bootstrap almışlardır.

114 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Çizelge 4.11. Esculenta grubu için bireysel ve kombine analizlerde elde edilen Bootstrap değerleri Türler 28S rDNA RPB1 RPB2 EF-1α Kombine Mes-1 100 97 100 100 100/100 Mes-2 — 93 100 100 100/100 Mes-3 67 97 100 100 100/100 Mes-4 69 — 98 97 100/100 Mes-5 — 60 — — 69/83 Mes-6 — 62 — — 86/93 Mes-7 — 83 — — 86/96 Mes-8 — — 63 — 94/93 Mes-9 — 92 63 96 100/100 Mes-10 BA BA BA BA BA Mes-11 63 84 87 98 100/100 Mes-12 BA BA BA BA BA Mes-13 76 — — — 77/76 Mes-14 96 — 87 99 100/100 Mes-15 BA BA BA BA BA Mes-16 — 80 — 64 96/96 Mes-17 84 — — 95 100/100 Mes-18 BA BA BA BA BA BA: Bootstrap Almadı (Tek örnekle temsil edildikleri için)

4.2.5. Elata Grubu Türlerinin Filogenetik Analizlerde Aldıkları Bootstrap Değerleri

Elata grubu içerisinde yer alan 55 taksonun istatistik analizleri ile oluşan 11 türün her gen bölgesi için ayrı ayrı ve kombinasyonu ile aldıkları Bootstrap değerleri Çizelge 4.12’de sunulmuştur. Mel-8 ve Mel-11 tek örnek içerdikleri için Bootstrap almamışlardır. Mel-1, kombine analizlerde, 28S rDNA ve RPB2 gen bölgeleri için 100, RPB1 ve EF-1α gen bölgeleri için ise 98 Bootstrap almıştır. Mel-2, RPB2 gen bölgesi ve kombine analizlerde 100, EF-1α gen bölgesi için 81, 28S rDNA gen bölgesi için 84 ve RPB1 gen bölgesi için 80 Bootstrap almıştır. Mel-3, RPB2 gen bölgesi için ve kombine analizlerde 100, RPB1 gen bölgesi için 86, EF-1α gen bölgesi için 85 Bootstrap alırken, 28S rDNA için ise Bootstrap alamamıştır. Mel-4, 28S rDNA için 73, RPB1 gen bölgesi için 61, RPB2 gen bölgesi için 85, EF-1α gen bölgesi için 97 ve kombine analizlerinde ise 100 Bootstrap almıştır. Mel-5, 28S rDNA, RPB1 ve EF-1α gen bölgeleri için 98, RPB2 gen bölgesi ve kombine analizlerinde 100 Bootstrap almıştır. Mel-6, RPB2 gen bölgesi ve kombine analizlerinde 100 Bootstrap alırken, 28S rDNA gen bölgesi için 90, RPB1 gen bölgesi için 95 ve EF-1α gen bölgesi için ise 97 Bootstrap almıştır. Mel-7, RPB2 gen

115 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

bölgesi için 99, EF-1α gen bölgesi için 74 Bootstrap alırken, diğer gen bölgeleri için Bootstrap alamamıştır. Kombine analizlerde Maksimum Parsimony analizinde 100, Maksimum Likelihood analizinde ise 99 Bootstrap almıştır. Mel-9, RPB2 gen bölgesi ve kombine analizlerde 100, 28S rDNA gen bölgesi için 76, EF-1α gen bölgesi için 89 Bootstrap alırken, RPB1 gen bölgesi için Bootstrap alamamıştır. Mel-10, 28S rDNA gen bölgesi için 83, RPB1 gen bölgesi için 91, EF-1α gen bölgesi için 92, RPB2 gen bölgesi ve kombine analizlerde 100 Bootstrap almıştır. Türlerin tamamı kombine analizlerde 100 Bootstrap almışlardır.

Çizelge 4.12. Elata grubu için bireysel ve kombine analizlerde elde edilen Bootstrap değerleri Türler 28S rDNA RPB1 RPB2 EF-1α Kombine Mel-1 100 98 100 98 100/100 Mel-2 84 80 100 81 100/100 Mel-3 — 86 100 85 100/100 Mel-4 73 61 85 97 100/100 Mel-5 98 98 100 98 100/100 Mel-6 90 95 100 97 100/100 Mel-7 — — 99 74 100/99 Mel-8 BA BA BA BA BA Mel-9 76 — 100 89 100/100 Mel-10 83 91 100 92 100/100 Mel-11 BA BA BA BA BA BA: Bootstrap Almadı (Tek örnekle temsil edildikleri için)

4.2.6. Elata Alt Grubu Türlerinin Filogenetik Analizlerde Aldıkları Bootstrap Değerleri

Elata alt grubu içerisinde yer alan 60 taksonun istatistik analizleri ile oluşan 11 türün her gen bölgesi için ayrı ayrı ve kombinasyonu ile aldıkları Bootstrap değerleri Çizelge 4.13’de sunulmuştur. Mel-17, Mel-18, Mel-24 ve Mel-30 tek örnek içerdikleri için Bootstrap almamışlardır. Mel-12, 28S rDNA gen bölgesi için 82, EF- 1α gen bölgesi için 83 ve kombine analizlerde 100 Bootstrap alırken, RPB1 ve RPB2 gen bölgeleri için Bootstrap alamamıştır. Mel-13, hiçbir gen bölgesi için Bootstrap alamamıştır. Mel-14, kombine analizlerde 100, 28S rDNA gen bölgesi için 97, RPB2 gen bölgesi için 85, EF-1α gen bölgesi için 99 Bootstrap alırken, RPB1 gen bölgesi

116 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

için Bootstrap alamamıştır. Mel-15, EF-1α gen bölgesi için ve kombine analizlerde 100, 28S rDNA gen bölgesi için 62 Bootstrap almıştır. RPB1 ve RPB2 gen bölgeleri için ise Bootstrap alamamıştır. Mel-16, RPB2 gen bölgesi için 94, EF-1α gen bölgesi için 100, kombine analizlerde Maksimum Parsimony analizinde 69, Maksimum Likelihood analizinde 83 Bootstrap almıştır. 28S rDNA ve RPB1 gen bölgeleri için ise Bootstrap alınamamıştır. Mel-19, EF-1α gen bölgesi için 96, kombine analizlerde ise 99 Bootstrap alırken, diğer gen bölgeleri için Bootstrap alamamıştır. Mel-20, EF- 1α gen bölgesi için 64, kombine analizlerde Maksimum Parsimony için 72, Maksimum Likelihood için 69 Bootstrap alırken, diğer gen bölgeleri için Bootstrap alamamıştır. Mel-21, 28S rDNA gen bölgesi için 96, RPB1 gen bölgesi için 64, RPB2 gen bölgesi için 62, EF-1α gen bölgesi ve kombine analizlerde 100 Bootstrap almıştır. Mel-22, EF-1α gen bölgesi için 91, kombine analizlerde Maksimum Parsimony analizinde 95, Maksimum Likelihood analizinde ise 97 Bootstrap almıştır. Diğer gen bölgeleri için Bootstrap alamamıştır. Mel-23, sadece kombine analizlerde Maksimum Parsimony için 54, Maksimum Likelihood analizi için ise 88 Bootstrap almıştır. Mel-25, 28S rDNA gen bölgesi için 96, RPB2 gen bölgesi için 87, EF-1α gen bölgesi için 99 ve kombine analizlerde 100 Bootstrap almıştır. Mel-26, RPB2 gen bölgesi için 61, EF-1α gen bölgesi için 69 Bootstrap alırken, 28S rDNA ve RPB1 gen bölgesi için Bootstrap alamamıştır. Kombine analizlerde ise Maksimum Parsimony analizi için 92, Maksimum Likelihood analizi için ise 94 Bootstrap almıştır. Mel-27, 28S rDNA gen bölgesi için 66, EF-1α gen bölgesi için 94, kombine analizlerde Maksimum Parsimony analizinde 98, Maksimum Likelihood analizinde ise 100 Bootstrap almıştır. Mel-28, RPB2 gen bölgesi için 85, EF-1α gen bölgesi için 88, kombine analizlerde Maksimum Parsimony analizi için 97, Maksimum Likelihood analizi için 99 Bootstrap almıştır. Mel-29, 28S rDNA gen bölgesi için 62, RPB1 gen bölgesi için 86, EF-1α gen bölgesi için 94 Bootstrap alırken RPB2 gen bölgesi için Bootstrap alamamıştır. Kombine analizlerde ise 100 Bootstrap almıştır. Mel-31 ve Mel-32, sadece kombine analizlerde Bootstrap alabilmişlerdir. Mel-31, kombine analizlerde Maksimum Parsimony analizinde 61, Maksimum Likelihood analizinde 70 Bootstrap almıştır. Mel-32, Maksimum Parsimony analizinde 59, Maksimum Likelihood analizinde ise 56 Bootstrap almıştır.

117 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Çizelge 4.13. Elata alt grubu için bireysel ve kombine analizlerde elde edilen Bootstrap değerleri Türler 28S rDNA RPB1 RPB2 EF-1α Kombine Mel-12 82 — — 83 100/100 Mel-13 — — — — — Mel-14 97 — 87 99 100/100 Mel-15 62 — — 100 100/100 Mel-16 — — 94 100 69/83 Mel-17 BA BA BA BA BA Mel-18 BA BA BA BA BA Mel-19 — — — 96 99/99 Mel-20 — — — 64 72/69 Mel-21 96 64 62 100 100/100 Mel-22 — — — 91 95/97 Mel-23 — — — — 54/88 Mel-24 BA BA BA BA BA Mel-25 96 — 87 99 100/100 Mel-26 — — 61 69 92/94 Mel-27 66 — — 94 98/100 Mel-28 — — 85 88 97/99 Mel-29 62 86 — 94 100/100 Mel-30 BA BA BA BA BA Mel-31 — — — — 61/70 Mel-32 — — — — 59/56 BA: Bootstrap Almadı (Tek örnekle temsil edildikleri için)

4.2.7. Esculenta Grubu İçin Gen Bölgelerinin Bireysel ve Kombinasyonlarıyla Aldıkları İstatistik Değerleri

28S rDNA, RPB1, RPB2, EF-1α gen bölgelerinin ayrı ayrı ve kombine edilmesiyle yapılan istatistik analiz sonuçları Çizelge 4.14’de sunulmuştur. Yapılan DNA dizi analizlerinde 28S rDNA gen bölgesinin 595 bç uzunluğunda dizi analizi yapılmıştır. 10.000’den fazla Parsimony ağaç oluşturulmuştur ve Parsimony ağaç uzunluğu 77 olmuştur. RPB1 gen bölgesi için 789 bç uzunluğunda dizi analizi yapılmıştır. Parsimony ağaç sayısı yine 10.000’den fazla olurken, Parsimony ağaç uzunluğu 234 olmuştur. RPB2 gen bölgesi için 880 bç uzunluğunda dizi analizi yapılmıştır. Parsimony ağaç sayısı 1, uzunluğu ise 228 olmuştur. EF-1α gen bölgesi için 1516 bç uzunluğunda dizi analizi yapılmıştır. Yine Parsimony ağaç sayısı 10 000’den fazla, uzunluğu ise 433 olmuştur. Kombine analizlerde ise 3780 bç

118 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

uzunluğunda bir bölge elde edilmiştir. Parsimony ağaç sayısı 4678, uzunluğu ise 983 olmuştur.

Çizelge 4.14. Esculenta grubu için filogenetik analizlerle elde edilen istatistiksel sonuçlar Karakter MPT MPT Lokus Sayısı Sayısı Uzunluğu CI RI PIC/bç (%) 28S rDNA 595 >10,000 77 0.79 0.91 5.5 RPB1 789 >10,000 234 0.79 0.88 15.1 RPB2 880 1 228 0.84 0.93 16.0 EF-1α 1516 >10,000 433 0.77 0.90 14.0 Kombine 3780 4678 983 0.79 0.90 13.4 MPT, most-parsimonious trees; CI, consistency index; RI, retention index; PIC/bç, Parsimony-bilgi verici karakterler/baz çifti

4.2.8. Elata Grubu İçin Gen Bölgelerinin Bireysel ve Kombinasyonlarıyla Aldıkları İstatistik Değerleri

Elata grubu için yine 28S rDNA, RPB1, RPB2 ve EF-1α gen bölgelerinin ayrı ayrı ve kombinasyonlarıyla istatistik analizleri yapılmıştır (Çizelge 4.15). 28S rDNA için 598 bç uzunluğunda bir bölgenin DNA dizi analizi yapılmıştır. Parsimony ağaç sayısı 652, uzunluğu ise 80 olmuştur. RPB1 gen bölgesi için 789 bç uzunluğundaki bölge analizlenmiş, Parsimony ağaç sayısı 8848, uzunluğu ise 323 olmuştur. RPB2 gen bölgesi için 877 bç uzunluğunda bir bölgenin DNA dizi analizi yapılmıştır. Parsimony ağaç sayısı 2172, uzunluğu ise 2172 olmuştur. EF-1α gen bölgesi için 1523 bç uzunluğunda bir bölge çoğaltılmıştır. Parsimony ağaç sayısı 5178 olurken, uzunluğu 604 olmuştur. Tüm gen bölgelerinin kombinasyonunda ise 3787 bç uzunluğunda bir bölgenin analizi yapılmıştır. Parsimony ağaç sayısı 208, uzunluğu ise 1403 olmuştur.

Çizelge 4.15. Elata grubu için filogenetik analizlerle elde edilen istatistiksel sonuçlar Karakter MPT MPT Lokus Sayısı Sayısı Uzunluğu CI RI PIC/bç (%) 28S rDNA 598 652 80 0.72 0.91 7.9 RPB1 789 8848 323 0.72 0.94 23.4 RPB2 877 732 373 0.65 0.93 21.7 EF-1α 1523 5178 604 0.70 0.93 18.2 Kombine 3787 190 1402 0.65 0.93 18.4 MPT, most-parsimonious trees; CI, consistency index; RI, retention index; PIC/bç, Parsimony-bilgi verici karakterler/baz çifti

119 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

4.2.9. Elata Alt Grubu İçin Gen Bölgelerinin Bireysel ve Kombinasyonlarıyla Aldıkları İstatistik Değerleri

Elata alt grubu için 28S rDNA, RPB1, RPB2 ve EF-1α gen bölgelerine ITS rDNA gen bölgeside eklenerek, gen bölgelerinin ayrı ayrı ve kombinasyonlarıyla istatistik analizleri yapılmıştır (Çizelge 4.16). rDNA için 1345 bç uzunluğunda bir bölge analizlenmiştir. Parsimony ağaç sayısı 1620, uzunluğu ise 190 olmuştur. RPB1 gen bölgesi için 785 bç uzunluğunda bir bölgenin DNA dizi analizi yapılmıştır. 10.000 den fazla Parsimony ağaç elde edilirken, uzunluk ise 76 olmuştur. RPB2 gen bölgesi için, 889 bç uzunluğunda bir bölgenin analizlenmesiyle yine 10.000’den fazla Parsimony ağaç elde edilmiş ve uzunluk 87 olmuştur. EF-1α gen bölgesininin 1497 bç’lik kısmının DNA dizi analizi yapılmış, Parsimony ağaç sayısı 10.000’den fazla, uzunluğu ise 637 olmuştur. Tüm gen bölgelerinin kombinasyonu ile 4516 bç uzunluğunda bir bölgenin analizi yapılmıştır. Parsimony ağaç sayısı 3168 olurken, uzunluk 637 olmuştur.

Çizelge 4.16. Elata alt grubu için filogenetik analizlerle elde edilen istatistiksel sonuçlar Karakter MPT MPT Lokus Sayısı Sayısı Uzunluğu CI RI PIC/bç (%) rDNA 1345 1620 190 0.80 0.95 7.4 RPB1 785 >10,000 76 0.89 0.98 7.5 RPB2 889 >10,000 87 0.90 0.97 6.7 EF-1α 1497 >10,000 211 0.81 0.96 9.1 Kombine 4516 3168 637 0.74 0.93 7.8 MPT, most-parsimonious trees; CI, consistency index; RI, retention index; PIC/bç, Parsimony-bilgi verici karakterler/baz çifti

4.2.10. Filogenetik Analizlerle Oluşan Türlerin Coğrafik Dağılımları

2007-2010 yılları arasında Türkiye’nin farklı bölge ve illerinden toplanan 490 adet kuzu göbeği mantarı örneklerinin filogenetik analizleri sonucu oluşan 20 türün coğrafik dağılımları Çizelge 4.17 ve Şekil 4.8’de sunulmuştur. Analizi yapılan 490 örnekten 96 tanesi Mel-2 içerisinde yer almıştır. Örnekler 5 farklı bölgenin 12 ilinden toplanmıştır. 96 adet örneğin 44 tanesi Akdeniz Bölgesinden, 13 tanesi Karadeniz Bölgesinden, 18 tanesi Ege Bölgesinden, 5 tanesi İç Anadolu Bölgesinden, 13 tanesi

120 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Marmara Bölgesinden ve 3 tanesi ise ihracatcı firmalardan temin edilmiştir. Mel-3, Akdeniz Bölgesinin 2 ilinden toplanmış 5 örnekle temsil edilmiştir. Mel-7, 2 farklı bölgenin 2 ilinden toplanmış 28 örneği içermiştir. Akdeniz Bölgesinden 13, Karadeniz Bölgesinden ise 15 örnekten oluşmuştur. Mel-9, 6 örnekle temsil edilmiştir. Bu örnekler 2 bölgenin 2 ilinden toplanmıştır. Karadeniz Bölgesinden 5, Ege Bölgesinden ise 1 örnek bu tür içerisinde yer almıştır. Mel-10, 3 coğrafik bölgenin 7 ilinden toplanmış 50 örnekten oluşmuştur. Örneklerin 39 tanesi Akdeniz, 6 tanesi Karadeniz ve 5 taneside İç Anadolu Bölgesinden toplanmıştır. Mel-13, Doğu Anadolu Bölgesinden toplanmış sadece 1 örnekle temsil edilmiştir. Mel-20, 5 bölgenin 10 ilinden toplanmış 73 örneği içermiştir. Örneklerin 31 tanesi Akdeniz, 1 tanesi Doğu Anadolu, 20 tanesi İç Anadolu, 13 tanesi Karadeniz, 7 tanesi Ege Bölgesinden ve 1 tanesi ise ihracatcı firmadan temin edilmiştir. Mel-25, kolekiyon içerisinde 6 bölgenin 11 ilinden toplanmış 76 örnekle temsil edilmiştir. Akdeniz Bölgesinden 31, Marmara Bölgesinden 5, Doğu Anadolu Bölgesinden 4, İç Anadolu Bölgesinden 10, Karadeniz Bölgesinden 2 ve Ege Bölgesinden 24 örnek bu tür içerisinde yer almıştır. Mel-26, 1 tanesi Ege, 4 tanesi Karadeniz, 2 tanesi İç Anadolu ve 2 tanesi ise Doğu Anadolu’dan olmak üzere 4 farklı bölgenin 4 ilinden toplanmış 9 örnekle temsil edilmiştir. Mel-27, 83 örnekten oluşmuştur. Örnekler Türkiye’nin 5 bölgesinin 8 ilinden toplanmıştır. Coğrafik dağılım, Akdeniz Bölgesinden 67, Doğu Anadolu Bölgesinden 4, İç Anadolu Bölgesinden 5, Karadeniz Bölgesinden 5 ve Ege Bölgesinden 2 örnek şeklinde olmuştur. Mel-28, İç Anadolu’dan 6 ve Akdeniz’den 3 örnek olmak üzere 2 bölgenin 4 ilinden toplanmış 9 örnekten oluşmuştur. Mel-29, 2 bölgenin 6 ilinden toplanmış 9 örnekle temsil edilmiştir. Örneklerin 6 tanesi Ege, 3 tanesi ise Akdeniz Bölgesindendir. Mel-30, Ege Bölgesinden toplanmış sadece 1 örnekle temsil edilmiştir. Mel-31, 3 tanesi Ege, 2 tanesi Karadeniz, 2 tanesi İç Anadolu, 3 tanesi Doğu Anadolu ve 5 tanesi ise Akdeniz Bölgesinden toplanmış 15 adet örnekten oluşmuştur. Örnekler 5 farklı coğrafik bölgenin 5 ilinden toplanmıştır. Mel-32, 2 coğrafik bölgenin 2 ilinden toplanmış 3 örnekten oluşmuştur. Örneklerin 1 tanesi Doğu Anadolu, 2 tanesi ise İç Anadolu Bölgesinden toplanmıştır. Mes-4, Doğu Anadolu’dan toplanmış 5 örnekten oluşmuştur. Mes-8, 1 tanesi Karadeniz, 1 tanesi İç Anadolu, 1 taneside Akdeniz Bölgesinden toplanmış 3 örnekle temsil edilmiştir.

121 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Mes-16, Akdeniz Bölgesinden toplanmış 2 örnekten oluşmuştur. Mes-17, Türkiye’nin 3 bölgesinin 4 ilinden toplanan 15 örneği içermiştir. Örneklerin 1 tanesi Marmara, 12 tanesi Akdeniz, 1 tanesi Güney Doğu Anadolu Bölgesinden toplanırken, 1 tanesi ihracatçı firmadan temin edilmiştir. Mes-18, Akdeniz Bölgesinden toplanmış sadece 1 örnekle temsil edilmiştir.

Çizelge 4.17. 490 adet kuzu göbeği örneğinden oluşan Morchella koleksiyonunun coğrafik dağılımı Koleksiyon Bölge/İl Tür Sayısı Sayısı Bölgeler (Koleksiyon Sayısı) Mel-2 96 5 ∕ 12 Akdeniz (44), Karadeniz (13), Ege (18), İç Anadolu (5), Marmara (13), Bilinmeyen (3) Mel-3 5 1 ∕ 2 Akdeniz (5) Mel-7 28 2 ∕ 2 Karadeniz (15), Akdeniz (13) Mel-9 6 2 ∕ 2 Ege (1), Karadeniz (5) Mel-10 50 3 ∕ 7 Karadeniz (6), İç Anadolu (5), Akdeniz (39) Mel-13 1 1 ∕ 1 Doğu Anadolu (1) Mel-20 73 5 ∕ 10 Ege (7), Karadeniz (13), İç Anadolu (20), Doğu Anadolu (1), Akdeniz (31), Bilinmeyen (1) Mel-25 76 6∕ 11 Ege (24), Karadeniz (2), İç Anadolu (10), Doğu Anadolu (4), Marmara (5), Akdeniz (31) Mel-26 9 4∕ 4 Ege (1), Karadeniz (4), İç Anadolu (2), Doğu Anadolu (2) Mel-27 83 5 ∕ 8 Ege (2), Karadeniz (5), İç Anadolu (5), Doğu Anadolu (4), Akdeniz (67) Mel-28 9 2∕ 4 İç Anadolu (6), Akdeniz (3) Mel-29 9 2∕ 6 Ege (6), Akdeniz (3) Mel-30 1 1∕ 1 Ege (1) Mel-31 15 5 ∕ 5 Ege (3), Karadeniz (2), İç Anadolu (2), Doğu Anadolu (3), Akdeniz (5) Mel-32 3 2 ∕ 2 İç Anadolu (2), Doğu Anadolu (1) Mes-4 5 1∕ 1 Doğu Anadolu (5) Mes-8 3 3∕ 3 Karadeniz (1), İç Anadolu (1), Akdeniz (1) Mes-16 2 1 ∕ 1 Akdeniz (2) Mes-17 15 3∕ 4 Marmara (1), Akdeniz (12), Güneydoğu Anadolu (1), Bilinmeyen (1) Mes-18 1 1/1 Akdeniz (1)

122 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

Şekil 4.8. Türkiye kuzu göbeği mantarı türlerinin coğrafik dağılımı

4.3. Çalışmanın Genel Değerlendirilmesi

Kuzu göbeği mantarının genetik çeşitliliği ile ilgili bilgilerimizi artırmaya amaçlayan bu çalışmanın ilk hedeflerinden bir tanesi de Türkiye’de tanımlanan kuzu göbeği mantarlarının diğer Avrupa ülkeleri ve Dünya’da tanımlanan mantarlar ile ilişkilerini belirlemek olmuştur. Bu amaçla çalışmanın ilk kısmında 2007 ve 2008 yıllarının ilkbahar aylarında Türkiye’nin 5 bölgesinin 10 ilinden kuzu göbeği örnekleri toplanmıştır. 2009 ve 2010 yıllarında da 7 bölgenin 8 ilide çalışmaya eklenmiş ve 243 örnekten oluşan Türkiye koleksiyonun ve 15 örnekten oluşan İsveç Müzesi’nden gelen örneklerin ilk tahminlerini almak için RPB2 ve RPB1 gen sekansları ile DNA sekans analizleri yapılmıştır. Dejenere primerler RPB-1A x RPB- 1C (Matheny ve ark., 2002) ve RPB2-7cf x RPB2-3053r (Liu ve ark., 1999; Reeb ve ark., 2004) PCR primer çiftleri başarılı bir şekilde RPB1 için 0.9 kb A-C bölgesi ve RPB2 için 1 kb 7-11 bölgesi çoğaltılmıştır. Tam 4 gen analizleri için, 1.5 kb protein kodlayan gen EF-1α’nın 1.5 kb bölgesi ve 28S rDNA’nın 5’ ucunda 0.6 kb fragmenti GCPSR (Taylor ve ark., 2000) analizleri için örneklenmiştir. RPB1 ve RPB2 dizileri için elde edilen DNA dizi datalarının kalitesi ve EF-1α geninin (Rehner ve Buckley, 2005) büyük bir kısmını kapsayan örtüşen fragmentler için Elata ve Esculenta grubu üyelerinin bazılarının dizi sıralamasına bağlı olarak içsel sekans primerlerinin dizaynı yapılmıştır (Taşkın ve ark., 2010). NL1 x NL4 ve ITS5 x NL4 primerleri

123 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

(28S rDNA ve ITS + 28S rDNA) çekirdek ribozom dizi analizleri için iyi çalışmıştır. Günümüze kadar ITS rDNA bölgesinin DNA dizi analizi Morchella’nın moleküler sistematik çalışmalarında yoğun bir şekilde kullanılmıştır (Degreef ve ark., 2009, Kanwal ve ark., 2011, Kellner ve ark., 2005, Stefani ve ark., 2010, Wipf ve ark., 1999). Ancak ITS rDNA bölgesinin kullanımında bazen sorunlarla karşılaşılmaktadır. Bunun nedenlerinden bir tanesi, ITS rDNA bölgesinin Esculenta ve Elata grubu arasındaki pozisyonel homolojiyi doğru şekilde yansıtmak açısından dizilim için çok değişken olmasıdır. Bu çalışma ile, protein kodlayan genlerin, RPB1, RPB2 ve EF-1α’nın tür belirleme çalışmalarında çekirdek ribozom DNA’sından daha bilgi verici olduğunu (Frøslev ve ark. 2005, Hansen ve ark. 2005, Hofstetter ve ark. 2007, Matheny 2005) ispatlayan bir çalışma daha eklemiştir. Örneğin bu çalışmada, bu 3 protein kodlayan genin, Esculenta ve Elata grupları içerisinde bireysel ve kombine analizlere dayalı olarak, 28S rDNA’nın D1 ve D2 domainlerinden her bir baz çifti için yaklaşık olarak 2.3-3 kez daha fazla filogenetik olarak bilgi verici karakter içerdiği bulunmuştur. Ancak, ITS + 28S rDNA, Elata alt grubu için protein kodlayan genlerle aynı parsimony bilgi verici karakterler/bç değerini içermiştir. Parsimony Bootstrap değeri, EF-1α gen bölgesinin Elata alt grubu dataseti ve Esculenta grubu dataseti içinde türler için en güçlü desteği sağladığını göstermiştir. Elata grubu içerisinde EF-1α ve RPB2 gen bölgeleri benzer Bootstrap değerleri sağlamışlardır. Esculenta grubunun değerlendirilmesi: RPB1 ve RPB2 gen bölgelerinin Maksimum Parsimony filogenetik analizlerine göre 490 adet kuzu göbeği mantarından oluşan koleksiyonun sadece 26 tanesi (%5.3’ü) Esculenta grubu içerisinde yer almıştır. Esculenta grubu türlerinden sadece 1 tanesi (Mes-17) 5’den fazla örnekle temsil edilmiştir. Sarı kuzu göbeği mantarlarından 2 tanesi, Mes-17 ve Mes-18 sadece Türkiye’de kaydedilmiş ve Türkiye için endemik olmuştur. Mes-17, 3 bölgenin 4 ilinden 15 örnekle temsil edilirken; Mes-18, Akdeniz Bölgesinin Adana ilinden tek örnekle temsil edilmiştir. Mes-17, İç ve Kuzey Avrupa’dan toplanan Mes- 5, Çin’den toplanan Mes-6 ve Kuzey Amerika’dan Mes-7 ile birlikte uç grup içerisine yerleşmiştir (Bootstrap=%100). Ancak bu grup içerisindeki evrimsel ilişkiler tam olarak çözülememiştir. Mes-18, Japonya’dan toplanan Mes-9 ve diğer

124 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

bazı Avrupa Ülkeleri ve Türkiye’den toplanan örneklerden oluşan Mes-8’i kapsayan grup içerisinde farklılık göstererek %100 Bootstrap almıştır ve Adana ilinden tek bir örnekle temsil edilmiştir. Kalan 2 tür olan; Doğu Anadolu Bölgesinin Van ilinden toplanan Mes-4 ve Akdeniz Bölgesinin Adana ilinden toplanan Mes-16’nın Türkiye’ye insanlarla girmiş olabileceği düşünülmüştür. Çünkü bu türlerin Türkiye içerisinde toplandığı alanlardaki ağaç türleri ile diğer ülkelerde bulunan ağaç türleri arasında hiçbir ortak nokta belirlenememiştir. Bu durum bu türlerin bir ülkeden diğerine ağaçlarla taşınmış olma ihtimalini ortadan kaldırmıştır. Ancak iklimsel koşullar incelendiğinde ortak noktalar mevcuttur. Mesela Mes-4, Kuzeybatı Amerika içinde en yaygın olan Esculenta türlerindendir. Bu türün Kuzeybatı Amerika’ya özgü olduğu O’Donnell ve ark. 2011 tarafından bildirilmiştir. Ama aynı zamanda Fransa ve Almanya’ dan toplandığı bilinmektedir (Kellner ve ark. 2005) ve bu çalışmada Almanya’dan toplanan F99481 numaralı örnekte bu tür içerisinde yer almıştır. Bu tür Türkiye içerisinde de Doğu Anadolu Bölgesi’nin Van ilinden toplanmıştır. Kuzey Amerika, Almanya, Fransa ve Doğu Anadolu Bölgesi iklim olarak benzerlikler göstermektedir. Yine Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümü Uygulama Alanı seralarında bulunan 2 örneğin içerisinde yer aldığı Mes-16, Havai ve Endonezya’nın bozulmuş alanlarından toplanmış kuzu göbekleri ile aynı tür içerisinde olmuştur. Sıcak bir iklime sahip Adana ili ile Havai ve Endonezya’nın iklimi arasında da ortak noktalar mevcuttur. Elata grubunun değerlendirilmesi: RPB1 ve RPB2 gen bölgelerinin Maksimum Parsimony filogenetik analizlerine göre bu çalışma kapsamında toplanan kuzu göbeği mantarlarının %94.7 (464/490)’si Elata grubu içerisinde yer almıştır. Elata grubu içerisinde tür çeşitliliğinin fazla olduğu kısım Elata alt grubu olarak dizayn edilmiştir. Elata alt grubu değerlendirilirken diğer gen bölgelerine ITS rDNA gen bölgesi de eklenmiştir. ITS rDNA dizi verileri, indellerin sayısı ve karışıklığı nedeniyle Elata ve Esculenta gruplarını ayırmada başarılı olmamasına rağmen, Elata alt grubunda türlerin ayrılmasında kullanışlı ve bilgi vericidir. Elata grubu (55 takson, 4 gen bölgesi, 3787 bç uzunluğunda) ve Elata alt grubunun (60 takson, 4 gen bölgesi, 4516 bç uzunluğunda) GCPSR analizi Türkiye’de siyah kuzu göbeğinin 15 türünün bulunduğunu göstermiştir. Bu türlerden 7 tanesi Türkiye için endemik

125 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

olmuştur (Mel-25, Mel-27, Mel-28, Mel-29, Mel-30, Mel-31, Mel-32). Avrupa içerisinde belirlenen 7 adet Elata grubu türlerinin ise sadece 2 tanesi (Mel-16 ve Mel- 23) endemik olmuştur. 4 adet Elata grubu türü (Mel-3, Mel-9, Mel-20 ve Mel-26) hem Türkiye hem de Avrupa’da belirlenmişlerdir. Mel-19, Çin ve İsveç’de de bulunmuştur. O’Donnell ve ark. (2011) tarafından yapılan bir çalışmada; Mel-2, Mel- 7, Mel-9 ve Mel-10 türlerinin Kuzeybatı Amerika’ya özgü olduğu bildirilmiştir. Ancak bu çalışmada bu 4 tür Türkiye’de de tespit edilmiştir. Bu türlerden Mel-2, Türkiye’nin 5 bölgesinin 12 ilinden 96 örnekle Türkiye’de en yaygın görülen siyah kuzu göbeği türü olmuştur. Diğer 3 Elata grubu türleri yanmış alanlarda görülen türler olmuşlardır. Sonuçlar, Mel-7 ve Mel-9’un zorunlu yanmış alan türleri olduğunu, Mel-10’un ise 26 örnekten 10 tanesinin yanmış alandan olmaması nedeni ile fakültatif olarak yangına dayanıklı olduğunu göstermiştir. Yine İsveç’ten (F13609 ve F13615) toplanan ve Mel-9 içerisinde yer alan 2 örneğin Södermanland’dan Mayıs 2000’de yanmış alandan toplandığı belirlenmiştir. Esculenta grubunun tersine, 15 Elata grubu türlerinin 5 tanesi (Mel-2, Mel-10, Mel-20, Mel-25, Mel-27) 3-6 bölgenin 7-12 ilinden toplanan 50 veya daha fazla örnekle temsil edilmiştir. Kalan 10 Elata grubu türleri de 2 ya da daha fazla bölgeden toplanmışlardır. Bu çalışma ile Türkiye’nin farklı bölge ve illerinden toplanmış olan kuzu göbeği mantarlarının (2007 ve 2008 yıllarında toplanmış olan 247 örnek ile 2009 ve 2010 yılları arasında toplanmış 259 adet örnek) İsveç Müzesi’nden temin edilmiş olan 18 adet takson ve global surveyle elde edilmiş 562 takson ile (O’Donnell ve ark. 2011) karşılaştırılması yapılmıştır. O’Donnell ve ark. (2011) tarafından yapılan birçok ülkeden toplanmış olan kuzu göbeği mantarlarını içeren bir koleksiyon ile yapılan çalışmada Esculenta grubu içerisinde 18, Elata grubu içerisinde de 32 filogenetik olarak farklı tür belirlenmiştir. Çalışmanın ilk kısmında Türkiye’de 2 farklı Esculenta grubu tür belirlenirken, çalışmanın tamamlanması ile bu sayı 5’e çıkmış, aynı şekilde Elata grubu için 13 tür 15’e çıkmıştır. Yeni eklenen bu türler; Doğu Anadolu Bölgesinin Van ilinden Mes-4, Akdeniz Bölgesinin Adana ilinden Mes-16 ve Mes-18 ve Doğu Anadolu Bölgesinin Kars ilinden, İç Anadolu Bölgesinin Kayseri ilinden ve Karadeniz Bölgesinin Kastamonu ilinden toplanmış olan Mel-32 olmuştur. 2 sarı kuzu göbeği türünün Türkiye’ye insanlarla girmiş olabileceği

126 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

ihtimali üzerinde durulmuştur. Çünkü Mes-4, Kuzeydoğu Amerika’da dominant Esculenta grubu türüdür ve geniş bir yayılım göstermektedir. Türkiye’de ise sadece Doğu Anadolu Bölgesi’nin Van ilinde belirlenmiştir. Mes-16 yine Endonezya ve Havai’de bozulmuş alanlarda görülmüştür (O’Donnell ve ark. 2011). Türkiye’de ise ilginç bir şekilde Adana ilinde bir serada ve kuzu göbeği mantarının çıkış zamanı olan ilkbahar aylarında değil de sonbaharda Ekim-Kasım aylarında görülmektedir. Türkiye’nin toplam koleksiyonunun 1/3’ünü içeren 4 tür olan Mel-2, Mel-7, Mel-9 ve Mel-10 yine Kuzeybatı Amerika’da yaygın olan türlerdir. İlginç olarak bu türlerin 3 tanesi (Mel-7, Mel-9 ve Mel-10) Kuzeybatı Amerika’nın yanmış alanlarından toplanan Mel-6 ve ve Mel-8 ile beraber moleküler filogenide yangın kuzu göbeği grupları olarak yerleşmişlerdir. Türkiye’de de Mel-7 ve Mel-9 türleri yanmış alandan toplanmışlardır. Mel-10 türünün bir kısmı yanmış alanlardan toplanırken bir kısmı da yangın alanı olmayan bölgelerden toplanmıştır. Bu durum iki şekilde açıklanabilmektedir. Birincisi, bu türlerin misellerinin diğer türlerden daha derinde olması nedeni ile yangından zarar görmüyor olabileceğidir. İkincisi ise yangına dayanıklı türlerin saprofit olabileceği ve bu nedenle yangından sonra çıkabilmeleridir. Çalışma ile elde edilen ilginç bir sonuçta, Türkiye’de Avrupa’nın örnek alınan kısımlarının 2 katı kadar fazla tür sayısının bulunması olmuştur. Bu durum, buzul çağındaki buzlanmanın sonucu olarak İç ve Kuzey Avrupa içerisinde bazı taksonların kaybıyla ya da çalışmada kullanılan Türkiye koleksiyonunun daha yoğun olmasıyla ilişkilendirilebilir.

127 4. BULGULAR VE TARTIŞMA Hatıra TAŞKIN

128 5. SONUÇLAR VE ÖNERİLER Hatıra TAŞKIN

5. SONUÇLAR VE ÖNERİLER

2007-2010 yılları arasında iki aşamada tamamlanan bu çalışma kapsamında 490 adet kuzu göbeği mantarının DNA dizi analizleri yapılmıştır. Filogenetik ağaçlar RPB1, RPB2 ve EF-1α protein gen bölgeleri ile 28S rDNA ve ITS rDNA gen bölgelerinin kombinasyonu ile oluşturulmuştur. Ayrıca, Stockholm’da bulunan İsveç Müzesi’nden temin edilen 18 adet kuzu göbeği mantarı türünün de DNA dizi analizleri bu çalışma kapsamında yapılmıştır. Global bir sörvey çalışması ile elde edilmiş ve O’Donnell ve ark. (2011) tarafından filogenetik analizleri yapılmış olan farklı kuzu göbeği mantar türleri Türkiye türlerinin farklı ülkelerin türleri ile karşılaştırılmasında kullanılmıştır. Araştırmanın tamamlanması ile elde edilen sonuçlar aşağıda özetlenmiştir: 1. 2007-2010 yılları arasında Türkiye’nin farklı bölgelerinin 18 ilinden toplanmış olan 490 adet örnekten oluşan kuzu göbeği mantarı koleksiyonundan 20 adet kuzu göbeği mantarı türü belirlenmiştir. Bu 20 adet türün 15 tanesi Elata (siyah) kuzu göbeği mantarı grubu içerisinde yer alırken, 5 tanesi Esculenta (sarı) kuzu göbeği mantarı grubu içerisinde yer almıştır. 490 adet örnekten oluşan koleksiyonun 26 tanesi Esculenta grubu içerisinde yer alırken, 464 adet örnek Elata grubu içerisinde yer almıştır. 4 sene süresince yürütülen bu çalışmada 20 adet kuzu göbeği mantarının tespit edilmesi bu çalışmadaki en önemli sonuçlardan bir tanesidir. O’Donnell ve ark. (2011) tarafından farklı ülkelerden toplanmış olan kuzu göbeği mantarı örneklerinden oluşan bir koleksiyonun analizlenmesi ile 50 adet kuzu göbeği mantarı türü belirlenmiştir. Sadece Türkiye’nin 18 ilinden toplanmış örneklerden oluşan ve 4 sene süren bu çalışma ile 20 türün belirlenmesi ülkemizin kuzu göbeği mantarı yönünden zengin olduğunun ve birçok türü barındırdığının en büyük göstergesidir. Türkiye’nin birçok il ve ilçesinde bu mantarın var olduğu göz önünde bulundurulacak olursa ilerleyen yıllarda devam ettirilecek çalışmalar ile ülkemizde bulunan tür sayısının artacağı şüphesizdir. 2. Çalışma sonuçları incelendiğinde koleksiyonun büyük bir kısmı Elata (siyah) kuzu göbeği mantarı grubu içerisinde yer almıştır. Esculenta (sarı) kuzu göbeği mantarı grubunda sadece 5 tür belirlenmiştir ve bu 5 tür içerisine 26 adet kuzu göbeği

129 5. SONUÇLAR VE ÖNERİLER Hatıra TAŞKIN

mantarı girmiştir. Bu sonuçlar Esculenta grubu türlerinin Türkiye’de çok yaygın bulunmadığını göstermiştir. Esculenta grubu türlerinin yaygın bir şekilde Kuzey Amerika’da bulunması, bu çalışmada da Esculenta grubu türlerinin büyük bir kısmının Doğu Anadolu, Güney Doğu Anadolu Bölgeleri’nden ya da Akdeniz Bölgesi’nin iç kısımlarından toplanması, Esculenta grubu türlerinin iklim isteğiyle açıklanabilir. Ancak bu teori daha fazla örnekle ve farklı bölgelerden toplanmış olan örneklerle çalışılmaya ihtiyaç duymaktadır. Daha sonra yürütülecek olan projelerde Doğu Anadolu ve Güney Doğu Anadolu Bölgeleri’nin farklı il ve ilçelerinden toplanacak örneklerin analizlenmesi ile daha kesin sonuçlara ulaşılacağı düşünülmektedir. 3. Çalışmada elde edilen 20 adet kuzu göbeği mantarı türlerinin 9 tanesi sadece Türkiye’de belirlenmiş ve Türkiye için endemik olmuştur. Bu endemik türlerden 7 tanesi Elata grubu içerisinde yer alırken, 2 adedi Esculenta grubu içerisinde yer almıştır. Son zamanlarda bilimsel çalışmalar ülkelerin endemik türlerinin belirlemesi ve ortak türler için ülkeler arası taşınımların nasıl olduğunun ortaya çıkarılması yönüne doğru kaymıştır. Bu çalışma ile 9 adet endemik kuzu göbeği mantarı türünün belirlenmesi Türkiye açısından önemli olduğu kadar Dünya için de önemlidir. Bu endemik türlerin DNA dizi analizleri diğer türlerle beraber gen bankasında depolanmıştır. Daha sonraki projelerde bu endemik türlerin, mikroskobik özelliklerinin de kapsamlı mikroskoplarla belirlenmesi düşünülmektedir. Ayrıca bu endemik türlerin Türkiye adına Tarım Bakanlığı’nca kaydedilmesi gerekmektedir. Bu amaçla Tohumculuk Tescil ve Sertifikasyon Merkezi Müdürlüğü’ne başvurulmak istenmiş, ancak mantarla ilgili uygun prosedürlerin olmayışı nedeniyle kayıt altına alınamamıştır. Bu konudaki sıkıntılar konu ile ilgili toplantılarda yetkililere iletilmiştir. Ancak toplanan ve moleküler analizleri yapılan örnekler uluslar arası bir herbaryum olan Ankara Üniversitesi Herbaryumu’nda (ANK) saklanmaktadır. 4. Bu çalışma ile Türkiye’de sadece bir tane Morchella semilibera (Mel-3) türü belirlenmiştir. Çalışma, bu türün Türkiye’de çok yaygın olmadığını gösterse de, bu konuda daha kesin yorumların yapılabilmesi için daha farklı toplama bölgelerinden daha fazla örnekle çalışmalara devam edilmesi gerekmektedir. Morchella semilibera,

130 5. SONUÇLAR VE ÖNERİLER Hatıra TAŞKIN

bazı araştırıcılar tarafından Mitrophora olarak değerlendirilse de (Breitanbach ve Kränzlin, 1984; Wipf ve ark. 1999), bu çalışmada Elata grubu içerisine yerleşmiştir. 5. Kuzu göbeği mantarı genellikle ilkbaharda yağışlardan sonra Mart-Haziran ayları arasında çıkmaktadır. Bu çalışmada Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümü Uygulama Arazisinde bulunan bir serada tespit edilen Mes-16 türü sonbaharda Ekim ayı içerisinde çıkmıştır. Filogenetik analizlerde bu tür, Havai ve Java’dan toplanmış olan kuzu göbeği mantarları ile aynı tür grubu içerisinde yer almıştır. Bu durum Mes-16’nın ekzotik bir tür olduğunu göstermiştir. Bu ekzotik türün Türkiye’ye nasıl girdiği ve neden sonbaharda çıktığı yeni bir araştırma konusu olabilir. 6. Kuzu göbeği mantarı yangından sonra birkaç yıl üst üste bol miktarda çıkabilmektedir. Bu nedenle bazı bölgelerde yangın mantarı olarak da bilinmektedir. Bu mantarın yangından sonra bol miktarda çıkabilmesiyle ile ilgili 2 görüş bulunmaktadır. Bu görüşlerden bir tanesi, yangından sonra kuzu göbeği mantarı için gerekli olan besin elementlerinin açığa çıkması ve mantarın kolaylıkla çıkabilmesi (bu görüş kuzu göbeği mantarının saprofit olması ile ilişkilendirilebilir); diğeri, yangın ile toprakta bulunan birçok canlının ölmesi ve rekabetçilerin azalması ile daha fazla kuzu göbeği mantarının çıkabilmesidir (Pilz ve ark. 2007). Yapılan bu çalışma da yangın bölgelerinden toplanmış olan kuzu göbeği mantarları belli tür gruplarında yer almıştır (Mel-7, Mel-9 ve Mel-10). Bu durum diğer ülkelerin yangın geçirmiş bölgelerinden toplanan kuzu göbeği mantarlarının da aynı tür gruplarına girmesi ile kuvvetlenmiştir. Bu durum bu türlerin misellerinin daha derinde olabileceği ve böylece yangından etkilenmedikleri ya da bu türlerin saprofit olmaları nedeni ile yangından sonra çıkabilmeleri ile açıklanabilir. Ancak bu teorilerden emin olunabilmesi için yangın bölgelerinde daha ayrıntılı çalışmaların yapılması gerekmektedir. Mesela yangın alanında çıkan türlerin misel derinlikleri tespit edilip, diğer türlerin misel derinlikleriyle karşılaştırılabilir. 7. Yine çalışmada elde edilen ilginç bir sonuç, Kuzey Amerika’da bulunan ve bu bölge için endemik olarak bildirilen 4 adet kuzu göbeği mantarı türünün (Mel-2, Mel- 7, Mel-9 ve Mel-10) Türkiye’de de tespit edilmesi olmuştur. Bu sonuçların alınmasını takiben ilk önce mantarların toplandığı bölgenin dominant vejetasyonu

131 5. SONUÇLAR VE ÖNERİLER Hatıra TAŞKIN

incelenmiştir. Kuzey Amerika’da örnek toplanan alanlardaki dominant ağaç tipi Pseudotsuga menziesii (Douglas göknarı) iken, Türkiye’de örnek toplanan alanlardaki dominant ağaç tipleri Pinus brutia (Kızılçam), Pinus nigra (Karaçam), Quercus coccifera (Kermes meşesi), Cedrus libani (Lübnan sediri) olmuştur. Kuzey Amerika’da bulunan ağaç tipleri Türkiye’de bulunmamıştır. Aynı şekilde Türkiye’de bulunan ağaç tipleride Kuzey Amerika’da bulunmamıştır. Bu durum, bu türlerin ağaçlarla birlikte taşınmadığını açıkça göstermiştir. Kuzey Amerika ile Türkiye arasında ortak olan bu dört türün insanlarla iki ülke arasında taşınmış olabileceği ihtimali üzerinde durulmuştur. 8. Türkiye genelinde yürütülen bu çalışma da kuzu göbeği mantarının bölgesellik göstermediği görülmüştür. Mel-13, Mel-30, Mes-18 türleri koleksiyonda sadece birer örnekle temsil edildikleri için sadece tek bir bölgeden toplanmıştır. Mel-3, Akdeniz Bölgesinden (5 adet örnek) ve Mes-4 ise Doğu Anadolu Bölgesinden (5 adet örnek) toplanmıştır. Bu türler tek bir bölgeden toplandıkları için bölgesel gibi görünseler de bu karara varılabilmesi için daha fazla örnekle çalışılması gerekmektedir. Kalan 15 tür 2 ya da daha fazla bölgeden toplanmışlardır. Bu da kuzu göbeği mantarının bölgesel endemizm göstermediğini ortaya çıkarmıştır. 9. Çalışmada değişik gen bölgelerinin DNA dizi analizleri yapılarak bireysel ve kombine olarak değerlendirilmiştir. Bireysel değerlendirilmeler yapılırken değişik gen bölgelerinin kuzu göbeği mantarında türlerin belirlenmesindeki başarıları da incelenmiştir. Çalışmada RPB1, RPB2 ve EF-1α protein gen bölgeleri ile 28S rDNA ve ITS rDNA gen bölgeleri kullanılmıştır. Çıkan sonuçlar incelendiğinde protein kodlayan genlerin kuzu göbeği mantarında türleri ayırmada 28S rDNA gen bölgesinden daha kullanışlı olduğu görülmüştür. ITS rDNA gen bölgesi Elata (siyah) kuzu göbeği mantarı grubunun filogenetik çözülümünde başarılı bir şekilde kullanılabilmiştir. Türlerin en başarılı bir şekilde ayırımı tüm gen bölgelerinin kombine edilmesiyle sağlanmıştır. Çalışma kapsamında IGS gen bölgesi de denenmiştir. Ancak kullanılan primerlerle başarılı bir DNA dizi analizi sağlanamamıştır. IGS bölgesinin kuzu göbeği mantarının kullanılabilir hale getirilmesi ile ilgili çalışmalara devam edilmektedir.

132 5. SONUÇLAR VE ÖNERİLER Hatıra TAŞKIN

Bu çalışma ile 4 yıl süresince Türkiye’nin farklı bölge ve illerinden toplanmış olan kuzu göbeği mantarı örneklerinin DNA düzeyinde analizlenmesi ile Türkiye florasında bulunan kuzu göbeği mantarı türleri belirlenmeye çalışılmıştır. Sadece 4 yıl sürdürülen çalışmalarla Türkiye florasında 20 adet kuzu göbeği mantarı türü belirlenmiştir. Bu çalışma, ülkemizin kuzu göbeği mantarı yönünden ne kadar zengin olduğunun bir kanıtıdır. Bu nedenle çalışmanın bu noktada bırakılmaması, toplama yapılmayan bölge ve illerden de kuzu göbeği mantarlarının toplanarak DNA düzeyinde analizlerinin yapılması yolu ile çalışmalara devam edilmesi gerekmektedir. Son zamanlarda genetik kaynaklarla ilgili çalışmalar daha çok coğrafik taşınım ve endemizm üzerine yoğunlaşmıştır. Türkiye’nin komşu ülkeleri başta olmak üzere diğer ülkelerle de ortak çalışmalara gidilerek ülkelerin ortak ve endemik türleri belirlenmelidir. Bu tür çalışmalarda Anadolu’nun tarihi önemi açısından Türkiye bilim adamlarına büyük görev düşmektedir. Çünkü Anadolu tarihin çok eski yıllarından itibaren birçok medeniyete ev sahipliği yapmıştır. Aynı zamanda Asya ve Avrupa arasında bir geçit noktasında bulunan Anadolu tarihte birçok ticaret yolunu da bünyesinde barındırmıştır. Bütün bu nedenlerle, sporla çoğaldıkları için çok çabuk yayılabilen ve taşınabilen mantarların Türkiye’de çeşitliliğinin fazla olması sürpriz değildir. Bu yüzden çalışmalar artırılmalı ve ülkemizin zenginliği ortaya çıkarılmalıdır.

133 5. SONUÇLAR VE ÖNERİLER Hatıra TAŞKIN

134 KAYNAKLAR

ARORA, D., 1979. Mushrooms demystified. Ten Speed Press, Berkeley. AFYON, A., YAGIZ, D., 2004. Macrofungi of Sinop province. Turk J Bot. 28: 351- 360. AMBROSE, S.E. 1996. Undaunted courage. New York: Touchstone. 372 p. BOA, E., 2004. Wild edible fungi: a global overview of their use and importance to people. Rome, Italy: Food and Agriculture Organization of the United Nations.147p.http://www.fao.org/documents/show_cdr.asp?url_file=//docrep/ 007/y5489e/y5489e00.htm. BOOM, M., 1995. Fungal lust. Berkeley, CA: East Bay Express. May 12: 10-18. BÖTTİCHER, W., 1974. Technologie der Pilz-Verwertung Eugen, Ulmer, Stuttgart, Germany. BREİTANBACH, J., KRÄNZLİN, F., 1984. Fungi of Switzerland. Ascomycetes, Vol. 1. Mycologia. Luzern. BUNYARD, B.A., NİCHOLSON, M.S., ROYSE, D.J., 1994. A systematic assessment of Morchella using RFLP analysis of the 28S ribosomal RNA gene. Mycologia. 86: 762-772. BUNYARD, B.A., NİCHOLSON, M.S., ROYSE, D.J., 1995. Phylogenetic resolution of Morchella, Verpa, and Disciotis (Pezizales: Morchellaceae) based on restriction enzyme analysis of the 28S ribosomal RNA gene. Experimental Mycology. 19: 223-233. BUSCOT, F., 1994. Ectomycorrhizal types and endobacteria associated with ectomycorrhizas of Morchella elata (Fr.) Boudier with Picea abies (L.) Karst. Mycorrhiza. 4: 223–232. BUSCOT, F., WİPF, D., BATTİSTA, C.D., MUNCH, J.C., BOTTON, B., MARTİN, F., 1996. DNA polymorphism in morels: PCR/RFLP analysis of the ribosomal DNA spacers and microsatellite-primed PCR. Mycology Res. 100: 43-71. CASEY, K. 1995. Those magnificent morels. Seattle Post-Intelligencer. May 17: Sect. C:1,4.

135 CRİSAN, E.V., SANDS, A., 1978. Nutritional value. In: Chang, S.T., Hayes, W.A., eds. The biology and cultivation of edible mushrooms. New York: Academic Pres. 137-168. ÇELIK, A., UŞAK, M., GEZER, K., TÜRKOĞLU, A., 2007. Macrofungi of Tavas (Denizli) District in Turkey. Pakistan Journal of Biological Sciences. 10 (22): 4087-4091. DALGLEİSH, H.J., JACOBSON, K.M., 2005. A first assesment of genetic variation among Morchella esculenta (Morel) populations. Journal of Heredity. 96(4): 396-403. DEGREEF, J., FİSCHER, E., SHARP, C., RASPÉ, O., 2009. African Morchella crassipes (Ascomycota, Pezizales) revealed by analysis of nrDNA ITS. Nova Hedwigia 88: 11–22. FRØSLEV, T.G., MATHENY, P.B., HİBBETT, D.S., 2005. Lower level relationships in the mushroom Cortinarius (Basidiomycota, Agaricales): A comparison of RPB1, RPB2 and ITS phylogenies. Molecular Phylogenetics and Evolution. 37: 602-618. FUJİMURA, K.E., SMİTH, J.E., HORTON, T.R., WEBER, N.S., SPATAFORA, J.W., 2005. Pezizalean mycorrhizas and sporocarps in ponderosa pine (Pinus ponderosa) after prescribed fires in eastern Oregon, USA. Mycorrhiza 15: 79–86. GESSNER, R.V., 1995. Genetics and systematics of North American populations of Morchella. J. Bot. 73 (Suppl. 1): 967-972. GEZER, K., EKİCİ, F.T., EKİCİ, E., UŞAK, M., 2001. Çivril Yöresi Makrofungusları. Geçmişten Günümüze Çivril Sempozyumu, Çivril-Denizli. GİLMORE, M.R., 1919. Uses of plants by the Indians of the Missouri River region. Thirty-third annual report of the bureau of American ethnology to the secretary of the smithsonian institution. 1911-1912. Washington, DC: Government Printing Office. Online at the Southwest School of Botanical Medicine. http://www.swsbm.com/Ethnobotany/ Missouri Valley-Gilmore- 1.pdf.

136 GRACE, B.C. 2005. Outside jokes: cartoons about nature and the outdoors. 2nd ed. Albany, MO: Panther Creek Publishing. 116 p. GUZMÁN, G., TAPİA, F., 1998. The known morels in Mexico, a description of a new blushing species, Morchella rufobrunnea, and new data on M. guatemalensis. Mycologia. 90(4): 705-714. GÜLER, P., 1993. Morchella conica Pers. ve Morchella esculenta Pers. ex St. Amans’nın Fruktifikasyon Oluşumunda Bazı Kültürel Parametrelerin İncelenmesi. Hacettepe Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü. Doktora Tezi. 87 s. HALLEN, H., VOLK, T., ADAMS, G., 2001. May is morel month in Michigan. East Lansing, MI: Michigan State University Extension. 35 p. HAMAYUN, M., KHAN, M.A., 2005. Studies on collection and marketing of Morchella (Morels) of Utror-Gabral Valleys, District Swat, Pakistan. Ethnobotanical Leaflets. Vol 2005. İssue:1, Article 37 (http://opensiuc.lib.siu.edu/ebl/vol2005/iss1/37). HANSEN, K., LOBUGLİO, K.F., PFİSTER, D.H., 2005. Evolutionary relationships of the cup-fungus genus Peziza and Pezizaceae inferred from multiple nuclear genes:RPB2, ß-tubulin and LSU rDNA. Molecular Phylogenetics and Evolution. 36: 1-23. HANSEN, K., PFİSTER, D.H., 2006. Systematics of the Pezizomycetes-the operculate discomycetes.Mycologia. 98(6): 1029-1040. HENRION, B.H., CHEVALIER, G., MARTIN, F., 1994. Typing species by PCR amplification of the ribosomal DNA spacers. Mycol. Res. 98(1):37-43. HİBBETT, D.S., DONOGHUE, M.J., 1996. Implications of phylogenetic studies forconservation of genetic diversity in shiitake mushrooms. Conserv. Biol. 10: 1321–1327. HOBBİE, E.A., WEBER, N.S., TRAPPE, J.M., VAN KLİNKEN, G.J., 2002. Using radiocarbon to determine the mycorrhizal status of fungi. New Phytol. 156: 129–136.

137 HOFSTETTER, V., MIADLIKOWSKA, J., KAUFF, F., LUTZONI, F., 2007. Phylogenetic comparison of protein-coding versus ribosomal RNA-coding sequence data: A case study of the Lecanoromycetes (Ascomycota). Molecular Phylogenetics and Evolution. 44: 412-426. HONG, S., MINGJIE, C., YONGCHANG, Z., YINGJIE, P., 2007. Classification of Morchella species from Yunnan and Zhejiang Provinces Based on rDNA ITS Sequences. Acta Edulis Fungi. 14(2): 19-22. IMAZEKİ, R., OTANİ, Y., HONGO, T., 1988. Fungi of Japan. Yama-Kei Publishers Co., Ltd., Tokyo (in Japanese). IQBAL, M., 1993. International trade in non-wood forest products: an overview. Working Paper Misc/93/11. Rome, Italy: Food and Agriculture Organization of the United Nations. Sec. 7.1 http://www.fao.org/documents/show_cdr.asp?url_file=/docrep /x5326e/x5326e00.htm. IŞİLOĞLU, M., ALLİ, H., SPOONER, B.M., SOLAK, M.H., 2010. Morchella anatolica (Ascomycota), a new species from southwestern Anatolia, Turkey. Mycologia. 102: 455-458. JACQUETANT, E., 1984. Les Morilles. Plantanida, Lausanne. KANWAL, H.K., ACHARYA, K., RAMESH, G., REDDY, M.S., 2011. Molecular characterization of Morchella species from the Western Himalayan region of India. Curr Microbiol. DOI 10.1007/s00284-010-9849-1. KARABOZ, İ., ÖNER, M., 1988. Batık kültürde üretilen Morchella conica var. costata miselyumunun kimyasal yapısı ve tek hücre protein (THP) olarak değerlendirilmesi: Doğa TU. Biyol (Genetik, Mikrobiyoloji, Moleküler Biyoloji, Sitoloji) D. 12(3): 190-196. KAŞIK, G., ÖZTÜRK, C., DOĞAN, H.H., 2000. Ermenek (Karaman) Yöresinin Makrofungusları. Selçuk Ünv-Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi. 1: 61-65. KAYA, A., AKAN, Z., DEMİREL, K., 2004. A Checklist of Macrofungi of Besni (Adiyaman) District. Turk J Bot. 28: 247-251. KAYA, A., 2009. Macromycetes of Kahramanmaras Province (Turkey). Mycotaxon. 108: 31-34.

138 KAYA, A., 2010. Macrofungal diversity of Adiyaman Province (Turkey). Mycotaxon. 110: 43-46. KELLNER, H., RENKER, C., BUSCOT, F., 2005. Species diversity within the Morchella esculenta group (Ascomycota: Morchellaceae) in Germany and France. Organism Diversity&Evolution. 5: 101-107. KILIÇOĞLU, M., ÖZKOÇ, İ., 2008. Fungal sistematikteki moleküler gelişmeler. OMÜ Zir. Fak. Dergisi. 23(1): 65-72. KUO, M., 2005. Morels. 1st ed. Ann Arbor, MI: University of Michigan Press. 230 p. KUO, M., 2006. North American Morels in the morel data collection project. http://mushroomexpert.com/morels/index.htlm. LİU, Y.J., WHELEN, S., HALL, B.D., 1999. Phlogenetic relationships among ascomycetes: evidence from an RNA polymerase II subunit. Mol. Biol. Evol. 16:1799-1808. LONİK, L., 2002. Basically morels:cooking, lore&advice. Chelsa, MI:RKT Publishing. 144 p. MASAPHY, S., ZABARİ, L., GOLDBERG, D., JANDER-SHAGUG, G., 2010. The comlexity of Morchella systematics: A case of the yellow morel from Israel. FUNGI. 3: 2 Spring. MATHENY, P.B., LİU, Y.J., AMMİRATİ, J.F., HALL, B.D., 2002. Using RPB1 sequences to improve phylogenetic inference among mushrooms (Inocybe, Agaricales). Am. J. Bot. 89: 688-698. MATHENY, P.B., 2005. Improving phylogenetic inference of mushrooms with RPB1 and RPB2 nucleotide sequences (Inocybe; Agaricales). Molecular Phylogenetics and Evolution. 35: 1-20.

139 MATHENY, P.B., WANG, Z., BİNDER, M., CURTİS, J.M., LİM, Y.W., NİLSSON, R.H., HUGHES, K.W., HOFSTETTER, V., AMMİRATİ, J.F., SCHOCH, C.L., LANGER, E., LANGER, G., MCLAUGHLİN, D.J., WİLSON, A.W., FRØSLEV, T., GE, Z.W., KERRİGAN, R.W., SLOT, J.C., YANG, Z.L., BARONİ, T.J., FİSCHER, M., HOSAKA, K., MATSUURA, K., SEİDL, M.T., VAURAS, J., HİBBETT, D.S., 2007. Contributions of rpb2 and tef1 to the phylogeny of mushrooms and allies (Basidiomycota, Fungi). Molecular Phylogenetics and Evolution. 43: 430-451. MİLLER, O.K., 1972. Mushrooms of North America. E.P. Dutton and Co., Inc., New York. MOERMAN, D.E., 1998. Native American ethnobotany. Portland, OR: Timber Press. 927 p. MONTOYA, A., HERNÁNDEZ-TOTOMOCH O., ESTRADA-TORRES A., KONG A., 2003. Traditional knowledge about mushrooms in a Nahua community in the state of Tlaxcala, México. Mycologia. 95(5): 793–806. O’DONNELL, K.O., WEBER, N.S., REHNER, S. (AND OTHERS) 1993. Molecular systematics and phylogenetics of Morchellaceae (Abstract). Inoculum. 44(2): 51. O’DONNELL, K., 1996. Progress towards a phylogenetic classification of Fusarium. Sydowia. 48: 57–70. O’DONNELL, K.O, CİGELNİK, E., WEBER, N.S. (AND OTHERS) 1997. Phylogenetic relationships among ascomycetous and true and false morels from 18S and 28S ribosomal DNA sequence analyses. Mycologia. 89(1): 48-65. O’DONNELL, K., CİGELNİK, E., NİRENBERG, H., 1998. Molecular systematics and phylogeography of the Gibberella fujikuroi species complex. Mycologia. 90: 465-493. O’DONNELL, K., KİSTLER, H.C., TACKE, B.K., CASPER, H.H., 2000. Gene genealogies reveal global phylogeographic structure and reproductive isolation among lineages of Fusarium graminearum, the fungus causing wheat scab. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97: 7905–7910.

140 O’DONNELL, K., LUTZONİ, F.M., WARD, T.J., BENNY, G.L., 2001. Evolutionary relationships among mucoralean fungi (Zygomycota): evidence for family polyphyly on a large scale. Mycologia. 93: 286–296. O’DONNELL, K., WEBER, N.S., REHNER, S. (AND OTHERS) 2003. Phylogeny and biogeography of Morchella. The 22nd Fungal Genetics Conference. Kansas City, MO:Fungal Genetics Stock Center. Fungal Genetics Newsletter. 50 (Supplement):Abstract 443. O’DONNELL, K., ROONEY, A.P., MİLLS, G.L., KUO, M., WEBER, N.S., REHNER, S.A., 2011. Phylogeny and historical biogeography of true morels (Morchella) reveals an early cretaceous origin and high continental endemism and provincialism in the Holarctic. Fungal Genetics and Biology. 48(3):252- 265. OSKAY, M., KALYONCU, F., 2006. Contribution to the Macrofungi Flora of Sultan Mountain, Turkey. International Journal of Science & Technology. 1: 7-10. PAGLIACCIA, D., DOUHAN, G.W., DOUHAN, L., PEEVER, T.L., CARRIS, L.M., KERRIGAN, J.L., 2011. Development of molecular markers and preliminary investigation of the population structure and mating system in one lineage of black Morel (Morchella elata) in the Pacific Northwestern USA. Mycologia, 103(5). PEKSEN, A., KARACA, G., 2003. Macrofungi of Samsun Province. Turk J Bot. 27: 173-184. PİLZ, D., WEBER, N.S., CARTER, M.C. (AND OTHERS) 2004. Productivity and diversity of morel mushrooms in healthy, burned and insect-damaged forests of northeastern Oregon. Forest Ecology and Management. 198: 367-386. PİLZ, D., MCLAİN, R., ALEXANDER, S., VİLLARREAL-RUİZ, S.B., WURTZ, PARKS, C.G., MCFARLANE, E., BAKER, B., MOLİNA, R., SMİTH, J.E., 2007. Ecology and management of Morels harvested from the forests of Western North America. United States Department of Agriculture Forest Service Pacific Nortwest Research Station. General Technical Report, PNW- GTR-710.

141 PRİNGLE, A., ADAMS, R.I., CROSS, H.B., BRUNS, T.D., 2009. The ectomycorrhizal fungus Amanita phalloides was introduced and is expanding its range on the west coast of North America. Mol. Ecol. 18: 817–833. REEB, V., LUTZONİ, F., ROUX, C., 2004. Contribution of RPB2 to multilocus phylogenetic studies of the euascomycetes (Pezizomycotina, Fungi) with species emphasis on the lichen-forming Acarosporaceae and evolution of polyspory. Mol. Phylogenet. Evol. 32: 1036-1060. REHNER, S.A., BUCKLEY, E., 2005. A Beauveria phylogeny inferred from nuclear ITS and EF1-sequences: evidence for cryptic diversification and links to Cordyceps teleomorphs. Mycologia. 97: 84-98. RODRİGUEZ ESTRADA, A.E., JİMENEZ-GASCO, M.J., ROYSE, D.J., 2010. Pleurotus eryngii species complex: Sequence analysis and phylogeny based on partial EF1-α and RPB2 genes. Fungal Biology. 114: 421-428. ROYSE, J.R., MAY, B., 1990. Interspecific allozyme variation among Morchella spp. and its Inferences for systematics within the genus. Biochemical Systematics and Ecology. 18, 7/8: 475-479. SAİTO, T., TANAKA, N., SHİNOZAWA, T., 2002. Characterization of subrepeat regions within rDNA intergenic spacers of the edible Basidiomycete Lentinula edodes. Biosci. Biotechnol. Biochem. 66(10): 2125-2133. SAMBROOK, J., RUSSELL, D., 2001. Molecular cloning: A laboratory manual. Cold Spring Harbor Press. SİNGH, S.K., KAMAL, S., TİWARİ, M., YADAV, M.C., UPADHYAY, R.C., 2004. J. Plant Biochemistry&Biotechnology, Vol. 13. SOLAK, M.H., IŞILOĞLU, M., GÜCIN, F., GÖKLER, İ., 1999. Macrofungi of Izmir Province. Tr. J. of Botany. 23:383-390. SOLAK, M.H., YILMAZ, F., 2002. Manisa Yöresi Makrofungus Florasına Katkılar. ÇEV KOR, Cilt:10.43:30-32. SOLAK, M.H., YİLMAZ ERSEL, F., KALMİS, E., KALYONCU, F., 2005. Morphological and Anatomical Characterization of Morchella eximia f. schizocostata Jct. recorded for the First Time in Turkey. Acta Edulis Fungi. Volume 12, 91-94.

142 SOLAK, M.H., IŞILOĞLU, M., KALMIŞ, E., ALLI, H., 2007. Macrofungi of Turkey. Checklist. Volume I. İzmir. STABENOW, D. 1995. Play with fire: a Kate Shugak mystery. New York: Berkley Prime Crime. 282 p. STEFANİ, F.O.P., SOKOLSKİ, S., WURTZ, T.L., PİCHÉ, Y., HAMELİN, R,C., FORTİN, J,A,, BÉRUBÉ, J.A., 2010. : a unique belowground structure and a new clade of morels. Mycologia. 102: 1082– 1088. SWOFFORD, D.L., 2002. PAUP. Phylogenetic analysis using parsimony (and other methods), version 4. Sinauer Associates, Sunderland, Mass. TAŞKIN, H., BÜYÜKALACA, S., DOĞAN, H.H., REHNER, S.A., O’DONELL, K., 2010. A multigene molecular phylogenetic assesment of true morels (Morchella) in Turkey. Fungal Genetics and Biology. 47: 672-682. TAYLOR, J. W., JACOBSON, D.J., KROKEN, S., KASUGA, T.,GEİSER, D. M., HİBBETT, D. S., FİSHER, M. C., 2000. Phylogenetic species recognition and species concept in fungi. Fungal Genetic and Biology. 31: 21-32. TRAPPE, M.J., TRAPPE, J.M., BONİTO, G.M., 2010. Kalapuya brunnea gen.& sp. Nov. And its relationship to the other sequestrate genera in Morchellaceae. Mycologia. 102(5): 1058-1065. TÜRKOĞLU, A., GEZER, K., 2006. Hacer Ormanı (Kayseri)’nın makrofungusları. Pamukkale Üniversitesi, Eğitim Fakültesi, Fen Bilgisi Bölümü, 20020. ÇEV KOR, 15, 59: 43-48. TÜZEL, Y., BOZTOK, K., 1987. Morchella türlerinin tanımı ve başlıca özellikleri. Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, Cilt:24, Sayı: 2. VEHLİNG, J.D., ED AND TRANSL. 1977. Apicius cookery and dining in imperial Rome: a biography, critical review and translation of the ancient book known as Apicius de re Coquinaria. New York: Dover Publications. 301 p. VELLİNGA, E.C., WOLFE, B.E., PRİNGLE, A., 2009. Global patterns of ectomycorrhizal introductions. New Phytol. 181: 960–973. WEBER, N.S., 1988. A morel hunter’s companion: a quide to the true and false morels of Michigan. Lansing, MI: TwoPeninsula Press. 209 p.

143 WEBER, N.S., 1995. A Morel hunter’s companion: A guide to the true and false Morels of Michigan. Thunder Bay Press, Lansing. WHİTE, T. J., BRUNS, T., LEE, S., TAYLOR. J., 1990.Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. Academic Press, San Diego: 315-322. WİNDER, R. 2006. Cultural studies of Morchella elata (Fries) Fries. Mycological Research. 110: 612–623. WİPF, D., BEDEL, J.P., MUNCH, J.C., BUTTON,B., BUSCOT, B., 1996. Polymorphism in morels: isozyme electrophoretic analysis. Canadian Journal of Microbiology. 42: 819-827. WİPF, D., FRİBOURG, A., MUNCH, J.C., BOTTON, B., BUSCOT, F.,1999. Diversity of the internal transcribed spacer of rDNA in Morels. Can. J. Microbiol. 45: 769-778. YEŞİL, Ö.F., YILDIZ, A., 2004. Contributions to the Macrofungi Flora of Batman Province. F.Ü. Fen ve Mühendislik Bilimleri Dergisi. 16(1): 11-16. YEŞİL, Ö.F., YILDIZ, A., YAVUZ, Ö., 2004. Level of heavy metals in some edible and poisonous macrofungi from Batman of South East Anatolia, Turkey. Journal of Environmental Biology. 25(3): 263-268. YILDIZ, A., ERTEKİN, A.Ş., 1997. Contributions to the macrofungi flora of Diyarbakır. Tr. J. of Botany. 21: 119-122. YILDIZ, A., YEŞİL, Ö.F., YAVUZ, Ö., KARAKAPLAN, M., 2005. Organic elements and protein in some macrofungi of south east Anatolia in Turkey. Food Chemistry. 89: 605-609. ZWİCKLE, D.J., 2006. Genetic algorithm approaches for the phylogenetic analysis of large biological sequence datasets under the maximum likelihood criterion. PH.D. Dissertation. The University of Texas at Austin.

144 ÖZGEÇMİŞ

1979 yılında Adana’da doğdu. İlk öğrenimini Hidayet İlkokulu’nda, orta öğrenimini Atatürk Ortaokulu’nda ve lise öğrenimini Atatürk Kız Lisesi’nde tamamladı. 1997 yılında Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümü’nde lisans eğitimine başlayıp 2001 yılında Ziraat Mühendisi olarak mezun oldu. Aynı yıl içerisinde Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Fen Bilimleri Enstitüsü Bahçe Bitkileri Anabilim Dalı’nda yüksek lisans eğitimine başladı. Aralık 2002’de Çukurova Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Bahçe Bitkileri Anabilim Dalı’nda Araştırma Görevlisi olarak atandı. 2005 yılında yüksek lisans eğitimini tamamladı ve aynı yıl Çukurova Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Bahçe Bitkileri Anabilim Dalı’nda doktora öğrenimine başladı. Hala Bahçe Bitkileri Bölümü’nde çalışmalarına devam etmektedir.

145

EKLER

146 Ek 1. 247 adet kuzu göbeği mantarının RPB1 gen bölgesi ile analizlenmesi ile oluşan filogenetik ağaç ve oluşan tür gruplarından seçilen örnekler

147 103: 46, 123, 260

165: 92, 165, 195

1: 168, 187, 191

181: 181, 183, 184

212: 202, 203, 212

50: 50, 201, 251

82: 45, 82, 155

104: 25, 118, 207

117: 120, 122, 156

153: 65, 157, 187

247: 239, 240, 242

93: 93, 235, 244

85: 85, 114, 238

213: 213, 215, 216

130: 130, 144, 176

147: 147, 179, 200

197: 197, 199

223: 95, 98, 225

Grup oluşturmayan örnekler (Tek örnekler): 182, 106, 193, 42, 107, 124, 166, 245, 218

148 Ek 2. 243 adet kuzu göbeği mantarının RPB2 gen bölgesi ile analizlenmesi ile oluşan filogenetik ağaç ve oluşan tür gruplarından seçilen örnekler

149 454: F13609 (İsveç), F13615 (İsveç) 456: F60062 (İsveç), F13634 (İsveç) 457: F22131 (İsveç), F5453 (İsveç), F78749 (İsveç), F78750 (İsveç) 458: F23127 (İsveç) 459: F23174 (İsveç), 511 460: 539, 435, 433, 488, 429, 269, 439, 436, 319, 446, 442, 441, 491, 495, 494, 440, 420, 315, 273, 279, 299, 266, 292, 298, 460, 300, 301, 291, 280, 285, 323, 489, 461, 437, 288, 302, 362, 304, 361 461: 505, 277, 267, 326, 506, 309, 329, 295, 290, 272, 289, 403, 322, 313, 314, 474, 306, 305, 284, 282, 274, 268, 307, 312, 271, 386, 404, 303, 276, 334, 283, 316 464: 270, 438 471: 278, 376, 377 472: F27848 (İsveç) 485: 427, 390, 392, 393, 364, 359, 346, 456, 358, 330, 398, 297, 331, 348, 332, 451, 395, 453 503: 320, 374, 380, 370 512: 337, 338, 340, 493, 342, 343, 335, 339, 336, 344, 341 522: 468, 365, 455, 452, 363, 487, 467, 349, 450, 486, 360, 345, 352, 496, 466 526: 350 527: 357, 356, 454, 351, 353, 490, 355, 459 530: 354, 479, 428, 397 542: 366, 385 543: 367, 372 544: 381, 368 545: 369, 533 547: 371 548: 372, 378 549: 373, 384, 382, 383, 387 551: 377, 375, 376 553: 378, 379

150 554: 379, 385 562: 515, 520, 537, 538, 536, 394, 449, 448, 388, 522, 529, 521, 532, 528, 478, 511, 514, 530, 534, 535, 407, 513, 411, 389, 481, 512, 523, 518, 516, 517, 406, 526, 527, 447, 409, 525 569: 476, 480, 396, 424 572: 400, 524, 525 573: 507, 401, 402, 510 581: 414, 416, 417, 413 584: 509, 419, 423 588: 426 592: 430 594: 434 617: F46072 (İsveç) 619: 462, 463 620: 464, 465 625: 469, 470 627: 471 628: 472, 477 629: 473 637: 483, F78699 (İsveç),F 99472 (İsveç),F 99475 (İsveç) 638: 484, 485 646: 492 651: 497, 498, 500, 501, 499 656: 502, 503, 504 662: 508 673: 519 685: 531, 532 691: 539, 540, 541 700: F99479 (İsveç) 701: 327 702: 458

151