Yüksek L Isans Tezi Arife Merve K AHRAM an BİYOLOJİ a NABİL İM DAL I 2017 AKKUYU NÜKLEER SANTRALİ
Total Page:16
File Type:pdf, Size:1020Kb
Yüksek Lisans Tezi T.C. Arife Merve KAHRAMAN ERCİYES ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI AKKUYU NÜKLEER SANTRALİ (GÜLNAR, İÇEL) CİVARINDA YAYILIŞ GÖSTEREN BAZI LİKENLEŞMİŞ MANTAR TÜRLERİNİN MORFOLOJİK, ANATOMİK VE MOLEKÜLER MARKIRLAR İLE BELİRLENMESİ BİYOLOJİANABİLİM DALI Hazırlayan Arife Merve KAHRAMAN Danışman Prof. Dr. Mehmet Gökhan HALICI Yüksek Lisans Tezi 2017 HAZİRAN 2017 KAYSERİ T.C. ERCİYES ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI AKKUYU NÜKLEER SANTRALİ (GÜLNAR, İÇEL) CİVARINDA YAYILIŞ GÖSTEREN BAZI LİKENLEŞMİŞ MANTAR TÜRLERİNİN MORFOLOJİK, ANATOMİK VE MOLEKÜLER MARKIRLAR İLE BELİRLENMESİ (Yüksek Lisans Tezi) Hazırlayan Arife Merve KAHRAMAN Danışman Prof. Dr. Mehmet Gökhan HALICI Bu çalışma; Erciyes Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından FYL-2015- 6298 kodlu proje ile desteklenmiştir. Haziran 2017 KAYSERİ ii iii iv v TEŞEKKÜR Yüksek lisans öğrenimine giriş sebebim ve yüksek lisans öğrenimim boyunca beni her konuda yönlendiren ve hiçbir yardımını esirgemeyen, tezimin planlanması, yürütülmesi ve sonuçlarının değerlendirilmesi sırasında içten desteğini ve katkılarını aldığım, ayrıca bu yolda yürümemde büyük etkisi olan ve hayatımın köşe taşlarından olan danışman hocam sayın Prof. Dr. Mehmet Gökhan HALICI’ya sonsuz teşekkürlerimi ve minnettarlığımı sunarım ve ömrümün geri kalanında sunmayı borç bilirim. Çalışmalarım boyunca kendisinden çok şey öğrendiğim, değerli desteğini ve katkılarını maddi ve manevi hiçbir alanda ve hiçbir zaman esirgemeyen arkadaşım, hocam, her şeyden öte “abim” Sayın Arş. Gör. Mithat GÜLLÜ’ye teşekkürlerimi sunarım. Özellikle türlerin anatomik ve morfolojik teşhisi aşamasında ve diğer aşamalarda da yardımını ve desteğini gördüğüm çalışma arkadaşlarım Tuba ÜZÜM’e ve Tuba BUÇUKOĞLU’na ve katkılarından dolayı Arş. Gör. Emre KILIÇ’a teşekkürlerimi sunarım. Yüksek lisans öğrenimimin her aşamasında desteklerini gördüğüm hocalarım Arş. Gör. Ahmet CEYLAN ve Yrd. Doç. Dr. Zekiye KIRIŞ KOCAKAYA’ya teşekkür ederim. Psora taurensis türünün teşhis ve tanımlanmasında desteğini gördüğüm, yardımlarını esirgemeyen Einar TIMDAL ve Mika BENDIKSBY’e teşekkür ederim. FYL-2015-6298 kodlu proje ile bu tez çalışmasını destekleyen Erciyes Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Proje Birimine teşekkürlerimi sunarım. Hayatım boyunca her zaman yanımda olan en değerli varlığım Annem ve Babama çalışmam boyunca gösterdikleri maddi manevi her türlü destekleri ve hiç bitmeyen duaları için sonsuz teşekkürlerimi sunarım. Ayrıca hayatımda en değerli varlıklardan olan kız kardeşlerim Hatice ve Melike’ye, Abim Emre ve ablamdan farkı olmayan eşi Esra’ya ve son olarak yeğenim İlyas’a hayatın her alanında ve her daim beni maddi ve manevi destekledikleri ve bu yolculuktaki en büyük motivasyonum oldukları için teşekkür ederim. Son olarak hayır duasını hiçbir zaman esirgemeyen Osman Dedeme sonsuz teşekkürler. Arife Merve KAHRAMAN Kayseri, Haziran 2017 vi AKKUYU NÜKLEER SANTRALİ (GÜLNAR,İÇEL) CİVARINDA YAYILIŞ GÖSTEREN BAZI MANTAR TÜRLERİNİN MORFOLOJİK , ANATOMİK VE MOLEKÜLER MARKIRLAR İLE BELİRLENMESİ Arife Merve KAHRAMAN Erciyes Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Yüksek Lisans Tezi, Haziran 2017 Danışman: Prof. Dr. Mehmet Gökhan HALICI ÖZET Bu çalışmada; Türkiye'nin Akdeniz kıyı kesimindeki İçel İli'nin 150 km batısında bulunan Gülnar İlçesi'nin Akkuyu mevkiinde yayılış gösteren bazı likenleşmiş mantar türlerinin morfolojik, anatomik ve moleküler markırlar ile belirlenmesi hedeflenmiştir. Çalışmada Caloplaca erytrocarpha, Circinaria calcarea türleri ve Diplotomma venustım, Flavaploca havasii, Flavoplaca communis, Lecania rabenhorstii, Lobothallia radiosa, Megaspora verrucosa, Pertusaria rubefacta, Physcia stellaris, Psora taurensis, Roccella elisabethea ve Xanthocarpia marmorata türleri kullanılmıştır. Bu türlerden Roccella elisabethae ve likenikol mantar olan Arthonia follmaniana Türkiye için yeni kayıt iken, Psora taurensis bilim dünyası için tanımlanan yeni bir tür olmuştur. Moleküler markır olarak tüm örnekler için ITS ve bazı örnekler için ek olarak mtSSU primerleri kullanılmıştır ve bu sekanslar için filogenetik analizleri çalışılan örnekler ile gen bankasından alınan örnekler kullanılmıştır. Çalışılan örnekler arasındaki benzerliği belirlemek için ise Neighbour Joining ve Maksimum Likelihood yöntemleri kullanılmıştır. Ayrıca bu çalışmanın Türkiye Likenleşmiş mantar biyoçeşitliliğine katkıda bulunmasının yanı sıra, Akkuyu'ya kurulacak olan Nükleer Santralin etkilerinin ortaya koyulmasına bir nevi katkıda bulunması hedeflenmiştir. Bu bölgede kurulacak olan nükleer enerji santralinin etkilerinde kullanılabilecek bir biyomonitor olarak bu likenleşmiş mantarların verileri yardımcı olacaktır. Anahtar Kelimeler: Akkuyu, Nükleer Santral, Filogenetik analiz, ITS, PCR, Likenleşmiş mantar, Psora taurensis vii DETERMINATION BY MORPHOLOGICAL, ANATOMICAL AND MOLECULAR MARKERS OF SOME LICHENIZED FUNGI SPECIES DISTRUBITED NEARBY AKKUYU NUCLEAR POWERPLANT (GULNAR, ICEL) Arife Merve KAHRAMAN Erciyes University, Graduate School of Natural and Applied Sciences M.Sc.Thesis, June 2017 Supervisor: Prof. Dr. Mehmet Gökhan HALICI ABSTRACT In this study; we aimed to determine some lichenized fungi species distributed in Akkuyu region of Gülnar District 150 km west of İçel in the Mediterranean coast of Turkey by morphological and anatomical properties as well as by molecular markers. Arthonia follmaniana, Caloplaca erytrocarpia, Circinaria calcarea species and Diplotomma venustum, Flavaploca havasii, Flavoplaca communis, Lecania rabenhorstii, Lobothallia radiosa, Megaspora verrucosa, Pertusaria rubefacta, Physcia stellaris, Psora taurensis, Roccella elisabethea and Xanthocarpia marmorata species were determined in species level. Arthonia follmaniana and Roccella elisabethae has been a new record for Turkey, Psora taurensis has been a new species defined for the scientific world. ITS for all samples and mtSSU primers for some samples were used as molecular markers and the phylogenetic analyzes for these sequences and the samples taken from the gene bank were used. Neighbor Joining and Maximum Likelihood methods were used to determine the similarity between the studied samples. And also this study has been made to aim some kind of effects of the Nuclear Powerplant which will be establish in Akkuyu soon, As well as contribute to lichenized fungal biodiversity in Turkey. Keywords: Akkuyu, Nuclear Powerplant, Phylogenetic analysis, ITS, PCR, Lichenized fungi, Psora taurensis viii İÇİNDEKİLER AKKUYU NÜKLEER SANTRALİ (GÜLNAR, İÇEL) CİVARINDA YAYILIŞ GÖSTEREN BAZI MANTAR TÜRLERİNİN MORFOLOJİK , ANATOMİK VE MOLEKÜLER MARKIRLAR İLE BELİRLENMESİ Sayfa BİLİMSEL ETİĞE UYGUNLUK SAYFASI ................................................................... ii YÖNERGEYE UYGUNLUK SAYFASI .......................................................................... iii KABUL VE ONAY SAYFASI ......................................................................................... iv TEŞEKKÜR ....................................................................................................................... v ÖZET.................................................................................................................................. vi ABSTRACT ....................................................................................................................... vii İÇİNDEKİLER .................................................................................................................. viii KISALTMA VE SİMGELER ............................................................................................ xi TABLOLAR LİSTESİ ....................................................................................................... xiii ŞEKİLLER LİSTESİ ......................................................................................................... xiv GİRİŞ ................................................................................................................................ 1 1. BÖLÜM GENEL BİLGİLER 1.1. Mersin ve Civarında Tanımlanan Likenleşmiş Mantarlar ................................... 7 1.2. Filogenetik Analiz ..................................................................................................... 11 1.2.1. Filogenetik Analiz ....................................................................................... 12 1.2.2. Maksimum Likelihood Yöntemi ............................................................... 13 1.3. Moleküler Markırlar ................................................................................................ 14 1.3.1. ITS (Internal Transcribed Spacer) .......................................................... 14 1.3.2. ITS Analizi ile Likenlerde Yapılan Çalışmalar........................................16 1.3.3. mtSSU (Mitochondrial Small Subunit DNA)...........................................18 1.3.4. mtSSU Analizi ile Likenlerde Yapılan Çalışmalar..................................18 ix 2. BÖLÜM ARAŞTIRMA ALANI İLE İLGİLİ BİLGİLER 2.1. Araştırma Alanının Coğrafik Durumu .................................................................. 21 2.2. Araştırma Alanının İklimi ........................................................................................ 22 2.3. Araştırma Alanının Jeolojisi .................................................................................... 23 2.4. Araştırma Alanının Toprak Yapısı ......................................................................... 23 2.5. Araştırma Alanının Bitki Örtüsü ...........................................................................