Yüksek Lisans Tezi Tezi Lisans Yüksek

T.C. Arife Merve KAHRAMAN Merve Arife ERCİYES ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI

AKKUYU NÜKLEER SANTRALİ (GÜLNAR, İÇEL) CİVARINDA YAYILIŞ GÖSTEREN BAZI LİKENLEŞMİŞ MANTAR TÜRLERİNİN MORFOLOJİK, ANATOMİK VE MOLEKÜLER MARKIRLAR İLE BELİRLENMESİ

BİYOLOJİ ANABİLİM DALI DALI ANABİLİM BİYOLOJİ Hazırlayan Arife Merve KAHRAMAN

Danışman Prof. Dr. Mehmet Gökhan HALICI

Yüksek Lisans Tezi

2017 HAZİRAN 2017

KAYSERİ

T.C. ERCİYES ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI

AKKUYU NÜKLEER SANTRALİ (GÜLNAR, İÇEL) CİVARINDA YAYILIŞ GÖSTEREN BAZI LİKENLEŞMİŞ MANTAR TÜRLERİNİN MORFOLOJİK, ANATOMİK VE MOLEKÜLER MARKIRLAR İLE BELİRLENMESİ

(Yüksek Lisans Tezi)

Hazırlayan Arife Merve KAHRAMAN

Danışman Prof. Dr. Mehmet Gökhan HALICI

Bu çalışma; Erciyes Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından FYL-2015- 6298 kodlu proje ile desteklenmiştir.

Haziran 2017 KAYSERİ ii iii

iv v

TEŞEKKÜR

Yüksek lisans öğrenimine giriş sebebim ve yüksek lisans öğrenimim boyunca beni her konuda yönlendiren ve hiçbir yardımını esirgemeyen, tezimin planlanması, yürütülmesi ve sonuçlarının değerlendirilmesi sırasında içten desteğini ve katkılarını aldığım, ayrıca bu yolda yürümemde büyük etkisi olan ve hayatımın köşe taşlarından olan danışman hocam sayın Prof. Dr. Mehmet Gökhan HALICI’ya sonsuz teşekkürlerimi ve minnettarlığımı sunarım ve ömrümün geri kalanında sunmayı borç bilirim.

Çalışmalarım boyunca kendisinden çok şey öğrendiğim, değerli desteğini ve katkılarını maddi ve manevi hiçbir alanda ve hiçbir zaman esirgemeyen arkadaşım, hocam, her şeyden öte “abim” Sayın Arş. Gör. Mithat GÜLLÜ’ye teşekkürlerimi sunarım.

Özellikle türlerin anatomik ve morfolojik teşhisi aşamasında ve diğer aşamalarda da yardımını ve desteğini gördüğüm çalışma arkadaşlarım Tuba ÜZÜM’e ve Tuba BUÇUKOĞLU’na ve katkılarından dolayı Arş. Gör. Emre KILIÇ’a teşekkürlerimi sunarım. Yüksek lisans öğrenimimin her aşamasında desteklerini gördüğüm hocalarım Arş. Gör. Ahmet CEYLAN ve Yrd. Doç. Dr. Zekiye KIRIŞ KOCAKAYA’ya teşekkür ederim. Psora taurensis türünün teşhis ve tanımlanmasında desteğini gördüğüm, yardımlarını esirgemeyen Einar TIMDAL ve Mika BENDIKSBY’e teşekkür ederim.

FYL-2015-6298 kodlu proje ile bu tez çalışmasını destekleyen Erciyes Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Proje Birimine teşekkürlerimi sunarım.

Hayatım boyunca her zaman yanımda olan en değerli varlığım Annem ve Babama çalışmam boyunca gösterdikleri maddi manevi her türlü destekleri ve hiç bitmeyen duaları için sonsuz teşekkürlerimi sunarım. Ayrıca hayatımda en değerli varlıklardan olan kız kardeşlerim Hatice ve Melike’ye, Abim Emre ve ablamdan farkı olmayan eşi Esra’ya ve son olarak yeğenim İlyas’a hayatın her alanında ve her daim beni maddi ve manevi destekledikleri ve bu yolculuktaki en büyük motivasyonum oldukları için teşekkür ederim. Son olarak hayır duasını hiçbir zaman esirgemeyen Osman Dedeme sonsuz teşekkürler. Arife Merve KAHRAMAN Kayseri, Haziran 2017 vi

AKKUYU NÜKLEER SANTRALİ (GÜLNAR,İÇEL) CİVARINDA YAYILIŞ GÖSTEREN BAZI MANTAR TÜRLERİNİN MORFOLOJİK , ANATOMİK VE MOLEKÜLER MARKIRLAR İLE BELİRLENMESİ

Arife Merve KAHRAMAN Erciyes Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Yüksek Lisans Tezi, Haziran 2017 Danışman: Prof. Dr. Mehmet Gökhan HALICI

ÖZET

Bu çalışmada; Türkiye'nin Akdeniz kıyı kesimindeki İçel İli'nin 150 km batısında bulunan Gülnar İlçesi'nin Akkuyu mevkiinde yayılış gösteren bazı likenleşmiş mantar türlerinin morfolojik, anatomik ve moleküler markırlar ile belirlenmesi hedeflenmiştir. Çalışmada Caloplaca erytrocarpha, Circinaria calcarea türleri ve Diplotomma venustım, Flavaploca havasii, Flavoplaca communis, Lecania rabenhorstii, Lobothallia radiosa, Megaspora verrucosa, Pertusaria rubefacta, Physcia stellaris, Psora taurensis, Roccella elisabethea ve Xanthocarpia marmorata türleri kullanılmıştır. Bu türlerden Roccella elisabethae ve likenikol mantar olan Arthonia follmaniana Türkiye için yeni kayıt iken, Psora taurensis bilim dünyası için tanımlanan yeni bir tür olmuştur. Moleküler markır olarak tüm örnekler için ITS ve bazı örnekler için ek olarak mtSSU primerleri kullanılmıştır ve bu sekanslar için filogenetik analizleri çalışılan örnekler ile gen bankasından alınan örnekler kullanılmıştır. Çalışılan örnekler arasındaki benzerliği belirlemek için ise Neighbour Joining ve Maksimum Likelihood yöntemleri kullanılmıştır.

Ayrıca bu çalışmanın Türkiye Likenleşmiş mantar biyoçeşitliliğine katkıda bulunmasının yanı sıra, Akkuyu'ya kurulacak olan Nükleer Santralin etkilerinin ortaya koyulmasına bir nevi katkıda bulunması hedeflenmiştir. Bu bölgede kurulacak olan nükleer enerji santralinin etkilerinde kullanılabilecek bir biyomonitor olarak bu likenleşmiş mantarların verileri yardımcı olacaktır.

Anahtar Kelimeler: Akkuyu, Nükleer Santral, Filogenetik analiz, ITS, PCR, Likenleşmiş mantar, Psora taurensis vii

DETERMINATION BY MORPHOLOGICAL, ANATOMICAL AND MOLECULAR MARKERS OF SOME LICHENIZED FUNGI SPECIES DISTRUBITED NEARBY AKKUYU NUCLEAR POWERPLANT (GULNAR, ICEL)

Arife Merve KAHRAMAN Erciyes University, Graduate School of Natural and Applied Sciences M.Sc.Thesis, June 2017 Supervisor: Prof. Dr. Mehmet Gökhan HALICI

ABSTRACT

In this study; we aimed to determine some lichenized fungi species distributed in Akkuyu region of Gülnar District 150 km west of İçel in the Mediterranean coast of Turkey by morphological and anatomical properties as well as by molecular markers. Arthonia follmaniana, Caloplaca erytrocarpia, Circinaria calcarea species and Diplotomma venustum, Flavaploca havasii, Flavoplaca communis, Lecania rabenhorstii, Lobothallia radiosa, Megaspora verrucosa, Pertusaria rubefacta, Physcia stellaris, Psora taurensis, Roccella elisabethea and Xanthocarpia marmorata species were determined in species level. Arthonia follmaniana and Roccella elisabethae has been a new record for Turkey, Psora taurensis has been a new species defined for the scientific world. ITS for all samples and mtSSU primers for some samples were used as molecular markers and the phylogenetic analyzes for these sequences and the samples taken from the gene bank were used. Neighbor Joining and Maximum Likelihood methods were used to determine the similarity between the studied samples.

And also this study has been made to aim some kind of effects of the Nuclear Powerplant which will be establish in Akkuyu soon, As well as contribute to lichenized fungal biodiversity in Turkey.

Keywords: Akkuyu, Nuclear Powerplant, Phylogenetic analysis, ITS, PCR, Lichenized fungi, Psora taurensis viii

İÇİNDEKİLER

AKKUYU NÜKLEER SANTRALİ (GÜLNAR, İÇEL) CİVARINDA YAYILIŞ GÖSTEREN BAZI MANTAR TÜRLERİNİN MORFOLOJİK , ANATOMİK VE MOLEKÜLER MARKIRLAR İLE BELİRLENMESİ

Sayfa BİLİMSEL ETİĞE UYGUNLUK SAYFASI ...... ii YÖNERGEYE UYGUNLUK SAYFASI ...... iii KABUL VE ONAY SAYFASI ...... iv TEŞEKKÜR ...... v ÖZET...... vi ABSTRACT ...... vii İÇİNDEKİLER ...... viii KISALTMA VE SİMGELER ...... xi TABLOLAR LİSTESİ ...... xiii ŞEKİLLER LİSTESİ ...... xiv

GİRİŞ ...... 1

1. BÖLÜM GENEL BİLGİLER 1.1. Mersin ve Civarında Tanımlanan Likenleşmiş Mantarlar ...... 7 1.2. Filogenetik Analiz ...... 11 1.2.1. Filogenetik Analiz ...... 12 1.2.2. Maksimum Likelihood Yöntemi ...... 13 1.3. Moleküler Markırlar ...... 14 1.3.1. ITS (Internal Transcribed Spacer) ...... 14 1.3.2. ITS Analizi ile Likenlerde Yapılan Çalışmalar...... 16 1.3.3. mtSSU (Mitochondrial Small Subunit DNA)...... 18 1.3.4. mtSSU Analizi ile Likenlerde Yapılan Çalışmalar...... 18 ix

2. BÖLÜM ARAŞTIRMA ALANI İLE İLGİLİ BİLGİLER 2.1. Araştırma Alanının Coğrafik Durumu ...... 21 2.2. Araştırma Alanının İklimi ...... 22 2.3. Araştırma Alanının Jeolojisi ...... 23 2.4. Araştırma Alanının Toprak Yapısı ...... 23 2.5. Araştırma Alanının Bitki Örtüsü ...... 24

3. BÖLÜM GEREÇ VE YÖNTEM 3.1. Gereç...... 25 3.1.1. Liken Materyali ...... 25 3.2. Yöntem ...... 25 3.2.1. Toplama Yöntemi ...... 25 3.2.2. Tayin Yöntemi ...... 26 3.2.3. DNA İzolasyonu ...... 27 3.2.4. PCR Analizleri ...... 29 3.2.5. Agaroz Jel Elektroforezi ...... 30 3.2.6. DNA Dizi Analizi ...... 31 3.2.7. Filogenetik Analiz ...... 31

4. BÖLÜM BULGULAR 4.1. Arthonia follmaniana Diederich ...... 32 4.2. Caloplaca erythrocarpa (Pers.) Zwackh...... 34 4.3. Circinaria calcarea (L.) A. Nordin, Savić & Tibell...... 38 4.4. Diplotomma venustum (Körb.) Körb ...... 43 4.5. Flavoplaca communis (Vondrák, Říha, Arup & Søchting) Arup, Søchting & Frödén...... 47 4.6. Flavoplaca havasii (H. Magn.) Arup, Frödén & Søchting...... 50 4.7. Lecania rabenhorstii (Hepp) Arnold...... 55 4.8. Lobothallia radiosa (Hoffm.) Hafellner...... 60 x

4.9. Megaspora verrucosa (Ach.) Arcadia & A. Nordin...... 64 4.10. Pertusaria rubefacta Erichsen...... 68 4.11. Physcia stellaris (L.) Nyl...... 76 4.12. Psora taurensis Timdal, Bendiksby, Kahraman & Halıcı sp. nov...... 80 4.13. Roccella elisabethae Tehler ...... 87 4.14. Sarcogyne regularis Körb...... 92 4.15. Xanthocarpia marmorata (Bagl.) Frödén, Arup & Søchting...... 95

TARTIŞMA VE SONUÇ ...... 101 KAYNAKLAR ...... 106 ÖZGEÇMİŞ ...... 125

xi

KISALTMALAR VE SİMGELER

% Yüzde °C Santigrat Derece ∞ Sonsuz işareti bç Baz çifti cm Santimetre DC De Candolle dH2O Distile Su DNA Deoksiribonükleik Asit E East I İyot ITS Internal Transcribed Spacer km Kilometre KOH Potasyum Hidroksit LSU Large SubUnit m Metre M. Ö. Milattan Önce MCM7 Mini Chromosome Maintenance Complex Component 7 ME Minimum Evolution

MgCl2 Magnezyum Klorür ML Maximum Likelihood mM Milimolar mm Milimetre mtLSU Mitochondrial Large SubUnit DNA mtSSU Mitochondrial Small SubUnit DNA N North nITS Nuclear Internal Transcribed Spacer NJ Neighbour Joining nLSU Nuclear Large SubUnit DNA NTNU Norwegian University of Science and Technology PCR Polimerase Chain Reaction Pd Parafenilendiamin xii

RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism RNA Ribonükleik Asit RPB2 RNA Polimeraz II Geni UPGMA Unweighted Pairgroup Method Using Arithmetic Averages μl Mikrolitre μm Mikrometre

xiii

TABLOLAR LİSTESİ

Tablo 1.1. Mersin ve civarında tanımlanan likenleşmiş mantarlar...... 7 Tablo 3.1. Primer sekans dizilimleri ...... 29 Tablo 3.2. PCR bileşenleri (ITS ve mtSSU için)...... 29 Tablo 3.3. ITS için PCR döngü şartları...... 30 Tablo 3.4. mtSSU için PCR döngü şartları...... 30 Tablo 4.1. P. pertusa, P. hymenea ve P. rubefacta türlerinin sekonder metabolit bakımından karşılaştırılması...... 69 Tablo 4.2. P. pertusa, P. hymenea, P. rubefacta türlerinin kimyasal çözeltilere tepkileri ...... 69 xiv

ŞEKİLLER LİSTESİ

Şekil 1.1. Primer ITS1 ve ITS4 lokalizasyonu ile rDNA bölgesinin şematik gösterimi ...... 15 Şekil 2.1. Şekil 2.1. mtSSU şematik gösterimi ...... 18 Şekil 2.2. Anamur iklim diyagramı...... 22 Şekil 4.1. Arthonia follmaniana’nın anatomik ve morfolojik görüntüsü A: Apotesyumlar B: Apotesyum kesiti C: Askuslar D: Sporlar ...... 33 Şekil 4.2. Caloplaca erytrocarpha’nın morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Tallus, B. Apotesyumlar, C. Apotesyum kesiti, D. Askus içindeki sporlar...... 35 Şekil 4.3. Caloplaca erytrocarpha türüne ait NJ dendogramı ...... 36 Şekil 4.4. Caloplaca erytrocarpha türüne ait ML dendogramı ...... 37 Şekil 4.5. Aspicilia calcarea morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Tallus, B. Apotesyumlar, C. Apotesyum kesiti, D. Sporlar...... 40 Şekil 4.6. Circinaria calcarea türüne ait NJ Dendogramı...... 41 Şekil 4.7. Circinaria calcarea türüne ait ML Dendogramı...... 42 Şekil 4.8. Diplotomma venustum’un morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Apotesyumlar, B. Tallus, C. Apotesyum kesiti, D. Askus içindeki sporlar ve parafizler ...... 45 Şekil 4.9. Diplotomma venustum türüne ait NJ Dendogramı...... 46 Şekil 4.10. Diplotomma venustum türüne ait ML Dendogramı...... 46 Şekil 4.11. Flavoplaca communis’in morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Tallus, B. Apotesyumlar, C. Apotesyum kesiti, D. Askus içindeki sporlar ve parafizler ...... 49 Şekil 4.12. Flavoplaca havasii’nin morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Tallus, B. Apotesyumlar...... 51 Şekil 4.13. Flavoplaca cinsine ait NJ Dendogramı...... 53 Şekil 4.14. Flavoplaca cinsine ait ML Dendogramı ...... 54 Şekil 4.15. Lecania rabenhorstii’nin morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Tallus, B. Apotesyumlar, C. Apotesyum kesiti, D. Sporlar...... 56 Şekil 4.16. Lecania rabenhorsti türüne ait NJ dendogramı ...... 58 Şekil 4.17. Lecania rabenhorsti türüne ait ML dendogramı ...... 59 Şekil 4.18. Lobothallia radiosa’nın morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Tallus, B. Loblar, C. Apotesyum , D. Apotesyum kesiti, E. Sporlar [57]...... 62 xv

Şekil 4.19. Lobothallia radiosa Neighbour Joining Dendogramı]...... 63 Şekil 4.20. Lobothallia radiosa Maksimum Likelihood Dendogramı...... 63 Şekil 4.21. Megaspora verrucosa morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Apotesyumlar ve tallus, B. Apotesyumlar, C. Askustan bir kesit, D. Askus içindeki sporlar ...... 66 Şekil 4.22. Megaspora verrucosa türüne ait NJ Dendogramı ...... 67 Şekil 4.23. Megaspora verrucosa türüne ait ML dendogramı ...... 67 Şekil 4.24. Pertusaria rubefacta’nın morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Apotesyumlar, B. Tallus, C. Spor, D. Askus içindeki gelişmemiş sporlar ... 70 Şekil 4.25. P. rubefacta türüne ait ITS NJ dendogramı ...... 71 Şekil 4.26. P. rubefacta türüne ait ITS ML dendogramı ...... 72 Şekil 4.27. P. rubefacta türüne ait mtSSU NJ dendogramı ...... 73 Şekil 4.28. P. rubefacta türüne ait mTSSU NJ dendogramı ...... 74 Şekil 4.29. Physcia stellaris morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Tallus, B. Apotesyumlar, C. Sporlar, D. Askus ...... 77 Şekil 4.30. Physcia stellaris Neighbour Joining Dendogramı ...... 78 Şekil 4.31. Physcia stellaris Maksimum Likelihood Dendogramı ...... 79 Şekil 4.32. Psora taurensis morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Tallus, B. Tallus ve Apotesyum, C. Askus, D. Spor ...... 82 Şekil 4.33. Psora taurensis türüne ait ITS NJ dendogramı ...... 83 Şekil 4.34. Psora taurensis türüne ait ITS ML dendogramı ...... 84 Şekil 4.35. Psora taurensis türüne ait mtSSU NJ dendogramı ...... 85 Şekil 4.36. Psora taurensis türüne ait mtSSU ML dendogramı ...... 85 Şekil 4.37. Roccella elisabethea’nin morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Tallus, B. Tallus, C. Tallus dalları D. Soralyum kümeleri ...... 88 Şekil 4.38. Roccella elisabethae türüne ait NJ Dendogramı...... 89 Şekil 4.39. Roccella elisabethae türüne ait ML Dendogramı...... 90 Şekil 4.40. Sarcogyne regularis’e ait morfolojik ve anatomik görüntüler A. Tallus, B. Apotesyum, C. Apotesyum kesiti ve polisporlu askus, D. Askus içindeki sporlar...... 93 Şekil 4.41. Sarcogyne regularis türüne ait NJ Dendogramı...... 94 Şekil 4.42. Sarcogyne regularis türüne ait ML dendogramı...... 94 xvi

Şekil 4.43. Xanthocarpia marmorata türünün morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Tallus, B. Apotesyumlar, C. Apotesyum kesiti, D. Sporlar...... 97 Şekil 4.44. Xanthocarpia marmorata türüne ait NJ Dendogramı...... 98 Şekil 4.45. Xanthocarpia marmorata türüne ait ML Dendogramı...... 99

GİRİŞ

Liken terimi latince “lichenes” şeklinde ilk kez M.Ö. 4. yy’da Yunan botanikçi Theophrastos tarafından kullanılmıştır. Ancak bu terim, “ciğer otları” için kullanılmıştır ve likenleşmiş mantarların şimdiki tanımına denk gelmemektedir. Günümüzde tanımını kısmen karşılayan ilk liken tanımlaması; İsveçli bir bilim insanı olan ve likenolojinin babası olarak kabul edilen Eric Archarius (1757-1819) tarafından yapılmıştır [1]. Ancak likenlerin ikili doğasının keşfi 1866 yılına kadar anlaşılamamıştır. Alman mikolog Anton de Bary, likenleşmiş mantarların tek bir organizma değil, birliktelik olduğunu söyleyen ilk bilim insanıdır, ancak bu durum 1867 yılında Botanist Schwendener tarafından kanıtlarla sunulmuştur [2].

Kozmopolit simbiyotik birliktelikler olan likenleşmiş mantarlar, veya Basidiomycota bölümünde sınıflandırılan mantarlar ile ile sıkı sıkıya ilişkide olan ökaryotik yeşil ve/veya prokaryotik siyanobakterilerin birlikteliğinden oluşan simbiyotik bir organizmadır [2]. Neredeyse 150 yıldır, liken birlikteliği tanımlarının birçoğu ikili doğayı vurgulamaktadır. Tek bir mantar ve tekli ya da birden fazla fotosentetik simbiyont ortaktan oluştuğu söylenmiştir. Ancak son zamanlarda yapılan birçok çalışma mikrobiyal organizmaların, özellikle bakterilerin de tam ve işlevsel bir liken tallusu oluşumunda oldukça önemli olduğunu öne sürmektedir [3, 4]. Ancak yapılan çalışmalardan hiçbirisi bakterilerin liken tallusunda bir bileşen olduğunu öne sürmemiş, sadece oluşumda rol oynacağını söylemiştir. Spribille ve ark., (2016), Science dergisinde yayınladığı çalışmaları ile bu çalışmalardan çok daha farklı bir şekilde, yıllardır görülmemiş ancak liken birlikteliğinin bir bileşeni olan Basidiomycota bölümü mayaları ortaya koymuştur. Bu çalışmaları sonunda liken tanımını köklü bir şekilde değiştirmiş ve ikili değil üçlü doğayı öne sürmüşlerdir. 2

Bu bilgiler ışığında liken tanımı yapılacak olursa, likenler, üç veya daha fazla organizmanın benzersiz ve kolayca tanınabilen vejetatif tallus yapılarını oluşturduğu simbiyotik ilişkinin etkileyici bir örneğidir. Birliktelik, küçük bir ekosistem olarak düşünülebilecek küçük bir biyotop sağlamaktadır ve bu birliktelikte bir fungal ortak (mikobiyont), yeşil ya da mavi-yeşil alg olan bir alg ortak (fotobiyont) ve bir maya ortak bulunmaktadır [5].

Likenler, mantarlar içinde sınıflandırılmaktadır. 17. yy’ın sonlarına kadar, likenler yosunların bir tipi olarak görülmüş ve isimlendirilmiştir. Fransız bilim insanı Tournefort 1694 yılında ilk defa “Lichenes” adı altında farklı bir grup altında likenleri toplamıştır. Bundan birkaç yıl sonra ise Oxford botanisti olan Robert Manson 1699 yılında mantar yapılarına vurgu yapan, “makro-mantar” adı altında likenleri gruplandırmıştır. Ancak likenlerin fungi alemine ait olduklarını savunan ve Lichenes grubunu ortadan kaldırarak sınıflandırılmasını Fungi olarak yapan isim, ikili doğayı keşfeden Schwendener’den başkası değildir [6].

Likenler, neredeyse tüm habitatlarda hayatta kalabilen fotosentetik olarak aktif simbiyotik organizmalardır. Bitkilerin aksine aşırı çevre koşullarıyla başa çıkmak için kök, sürgün ve yaprak gibi özel organları kullanmazlar. Bir liken genel olarak bir adet mantar ortak (mikobiyont) ihtiva ederken, birden fazla alg ortak (fotobiyont) ihtiva edebilmektedir [7]. Likenleşmiş mantarların mantar ortağı olan mikobiyontun neredeyse tamamı (%98) Ascomycetes üyesidir ve mikobiyont liken birlikteliğindeki nemi alarak daha fazla ışığın korteksten geçmesine izin verir ve barınak görevi görür [8, 9]. Fotosentetik ortak olan fotobiyont ise bir yeşil alg ya da siyanobakteri olarak da adlandırılan mavi-yeşil algtir. Bu ototrofik organizmalar fotosentez yaparak organizmaya fikse edilmiş karbon katkısında bulunurlar. Toplam 1600 cins alg bulunmaktadır ve bunlardan 40 tanesi likenleşmiş mantar yapısına katılabilmektedir [10]. Çoğu liken fotobiyontu ökaryotiktir. Yeşil algler bilinen tüm likenlerin %90’unda yer almaktadır. Bunlardan Trebouxia en yaygın cinstir ve likenlerin yaklaşık %40’ında fotobiyont ortağı oluşturmaktadır. Prokaryotik fotobiyontlar ise likenlerin %8-10’unda görülmektedir ve en yaygın olanı siyanobakteri fotobiyont Nostoc’dur [7].

Kantitatif zenginlik ve tür çeşitliliği açısından likenleşmiş mantarlar, dünyadaki karasal ekosistemin yaklaşık %8’ine hakimdir [10-12]. Aşırı çevre koşullarına dayanabildikleri 3

için, likenler, zorlu çevresel koşullar altında yüksek enlemlerde bitki örtüsünün hakim bir bileşenini oluşturmaktadırlar [13]. Likenler, tundra, zor koşullara maruz kalan kaya yüzeyleri, asbest, harç ve tropik yaprak gibi habitatlarda bulunabilmektedir ve her alanda hava kirliliğinin ölçülebilmesi için yararlı biyomonitor organizmalardır [14, 15]. Likenler, tropik bölgelerden çöllere, çöllerden kutuplara kadar hemen hemen tüm karasal habitatlar içerisinde bulunmaktadırlar [16]. Simbiyotik ilişkinin bir sonucu olarak, nispeten nemli ve ılımlı ortamlarda serbestçe dolaşan hem mantar hem de alg ortakları, ayrı olarak nadir bulunduğu ya da hiç bulunamadığı çok geniş habitatlara yayılma şansı bulabilmektedir [7]. Yapılan bazı araştırmalar sadece dünyada değil, likenlerin diğer gezegenlerde de yaşabileceğini göstermekte ve bu yönde çalışmalara devam edilmektedir. De Vera [17], 2017 yılında yaptığı bir çalışmada, uzay simülasyonunu kullanmış ve Xanthoria elegans, Rhizocarpon geographicum ve Circinaria fruticosa gibi liken türlerini Mars atmosferine maruz kalarak gelişmelerini takip etmiştir, deney sonunda ise bu likenlerin hayatta kalabildiğini kanıtlayan bir takım sonuçlar elde etmiştir. Bu çalışmadan önce Sancho vd. [18] 2005 yılında bazı liken türlerini uzay aracı ile uzaya göndermiş ve hayatta kalabildiklerini kanıtlamışlardır [18].

Habitatları ve yaşam alanlarına bağlı olarak likenler üç ana morfolojik gruba ayrılırlar; kabuksu, yapraksı ve dalsı. Bununla birlikte, bu sınıflandırma filogenetik olarak önemsizdir ve belirli bir cinsin üyesi diğer üyelerden farklı şekilde bu formlardan herhangi birine ait olabilmektedir. En iyi bilinen büyüme şekli, mikobiyontun oldukça organize olduğu ve çeşitli derecelerde dallanma göstererek sadece substrata kısmen bağlı yassı loblar oluşturan yaprak benzeri tallus, yapraksı tallustur. Mikobiyont, bitki yaprağına benzeten, üst korteks, medulla ve alt korteks gibi üç morfolojik farklı tabakaya ayrılır. Çoğunlukla bilinenin aksine, çoğu liken, daha az farklılaşmış olan, alt yüzeyinde korteks bulunmayan ve bulunduğu yüzeye sıkıca bağlanan kabuksu tallus formuna sahiptir. Dalsı likenler ise, saplar, küçük dallar ve üç boyutlu düzleme genişletilmiş yaprak benzeri yapılarla yüksek derecede farklılaşmış formlar göstermektedir [19].

Likenler, asırlarca ilaç, boyama, gıda, dekorasyon ve parfumeri alanlarında kullanılmıştır. İlaç olarak kullanmları çok eskilere dayanmakla birlikte günümüzde hala dekorasyon ve parfümeri de aktif olarak kullanımı devam etmektedir. Bunun yanında likenler, “liken asitleri” olarak da bilinen ve ilaç üretiminde kullanılan liken 4

birlikteliğine özgü inanılmaz bir grup sekonder bileşikler üretmektedirler. Bilinen 200’den fazla sekonder bileşiğin yaklaşık 60 kadarı likenleşmiş mantarlar tarafından üretilmektedir. Bu maddelerin büyük çoğunluğu asetat-malonat yolu ile türemektedir. Bu maddelere depsidler, depsidonlar, dibenzofuranlar dahildir. Bileşiklerin diğer bir grubu ise, metilflorosetofenon birimlerinin oksidatif bağlanmasıyla oluşmuş olan usnik asitlerdir. Antrakinonlar, ksantonlar ve kromonlar gibi pigmentli bileşikler de bu sekonder bileşikler arasındadır. Likenlerin ürettiği bu sekonder bileşiklerin birçok ekolojik rolü bulunmaktadır [6, 20].

Ekolojik roller seleksiyon yoluyla gelişmiştir ve likenlerin biyolojik başarısını belirlemede oldukça önemlidir. Gerek sekonder kimyaları, gerekse çok zorlu şartlarda bile hayatta kalabilmeleri likenleri ekolojik açıdan önemli kılmaktadır. Bu da likenlerle ilgili çalışmaların çoğaltılmasına ve hızlandırılmasına yol açmaktadır. Schwendener’in 1867 yılında likenleşmiş mantarları “fungi” alemi içinde sınıflandırması ve likenlerin mantar olduğunun keşfi ile, likenler üzerinde yapılan çalışmalar ilk olarak 1932 yılında Nannfeldt ve 1952 yılında Santesson tarafından yapılmaya başlanmıştır. O günlerden yakın zamanımıza kadar, taksonomik ve morfolojik karakterler likenlerin tanımlanmasında ve biyoçeşitliliklerinin belirlenmesinde oldukça önemli iken buna kimyasal veriler eklenmiş ve son olarak günümüzde likenleşmiş mantarlar moleküler açıdan da çalışılmaya başlanmıştır [21].

Likenler, ağır metaller ve radyonüklidler için nispeten yüksek birikim kapasitesi ve atmosferdeki besinlere bağımlı olmalarından ötürü atmosferik eser element kirliliğinin etkili toplayıcıları olarak rapor edilmiştir, çünkü bunlar, kök sistemi ya da vasküler bitkiler gibi kütikül içermemektedir [22-26]. Nükleer santrallerde enerji ısı ile sağlanmaktadır. Isının sağlanması içinse, uranyum atomu zincirleme reaksiyona sokulmaktadır. Bu süreçte ayrıca ağır metaller ve radyonükleidler doğaya salınmaktadır. Likenler bir süksesyonun ilk adımı olması ve atmosferik eser element kirliliğinin etkili toplayıcıları olarak kabul edilmesi ile nükleer santrallerin yarattığı bu etkinin ilk biyoindikatörleri olarak kullanılmaktadır.

Likenlerin tanımlanması yapılırken, morfolojik, anatomik, kimyasal ve moleküler özelliklerinden yararlanılmaktadır. Bir liken tanımlanırken kullanılan morfolojik ve anatomik özellikler özetlenecek olursa; tallusun formu, tallusun rengi, tallusun 5

uzunluğu, ana dalların kalınlığı, dalların şekli, tallusun bazal kısmının pigmentasyonu, korteks yapısı, korteks ve medulla yapısı ve kalınlığı, vejetatif propagüllerin varlığı ve yapıları, coğrafik dağılımı, örnekten alınan kesit ile belirlenecek olan epihimenyum, himenyum ve hipotesyum kalınlıkları ve renkleri, askus tipleri, sporların uzunluk ve genişlikleri, askusun kaç spor içerdiği, parafizlerin özellikleri, apotesyum, peritesyum ya da piknidyum çapları gibi birçok özellik sayılabilmektedir. Ancak bu özellikler likenlerin sınıflandırılmasında yeterli olmamaktadır. Bunun en güzel örneği, ikiz türler olarak da adlandırılan kriptik türlerdir. Kriptik teriminin tanımı, “Üreme yoluyla veya başka yollarla filogenetik açıdan farklılık gösteren ve kendilerini çoğaltabilen ancak makroskopik olarak aynı olduğu için, moleküler özelliklerine göre ayırt edilebilen popülasyonlar” şeklinde yapılmaktadır [27]. Yani morfolojik ve anatomik olarak birbirine çok benzeyen popülasyonlarının moleküler verileri ile birbirinden ayrılması gerçekleşebilmektedir.

Likenlerle ilgili yapılan taksonomik çalışmaların birçoğu morfolojik ve anatomik yöntemlere dayanmaktadır. Ancak yukarda da belirtildiği gibi bu taksonomik çalışmaların doğrulanması ve/veya iyileştirilmesi için moleküler ve filogenetik çalışmaların yapılması da günümüzde oldukça önemlidir [28]. Likenleşmiş mantarlardan moleküler verilerin toplanması için ilk adım genomik DNA’sının izole edilmesidir. Yapılan çalışmaların çoğunda görülmektedir ki, liken örneklerinden yüksek kaliteli DNA çıkarımı, birçok liken türü için oldukça zor olmaktadır [29]. Bunun nedeni ise, likenlerin bünyesindeki yüksek orandaki polifenol, protein ve polisakkaritlerin varlığıdır [30]. Farklı liken türleri için birçok farklı DNA izolasyon yöntemi bulunmaktadır. Manuel DNA yöntemleri olduğu gibi, ticari kitler ile uygulanan yöntemler de bulunmaktadır. Likenleşmiş mantarlarda DNA izolasyonu içeren çalışmalara bakıldığında en yoğun şekilde kullanılan ticari kitin QIAGEN Dneasy Bitki Mini kiti olduğu görülmektedir. Bizim çalışmamızda da bu kit kullanılmıştır. Bu kitin yanısıra, CTAB yöntemi olarak da adlandırılan manüel yöntem de yoğun olarak kullanılmaktadır. Bizim çalışmamızda bu yöntemde kullanılmış ancak elde edilen verilerin tamamı kit ile yapılan izolasyon sonucunda elde edilmiştir.

Moleküler olarak tanımlama içinse, DNA parmak izi tekniklerine dayalı polimeraz zincir reaksiyonları kullanılmaktadır. Bu yöntemde, eldeki DNA sekansları, Genbank ve diğer veritabanları ile karşılaştırılmakta ve yaygın kullanımda olan çeşitli filogenetik 6

yöntemlerle ağaçları yapılarak filogenetik analize tabi tutulmakta ve sınıflandırma yapılmaktadır [31-34].

Ülkemizde likenleşmiş mantarlar ile ilgili birçok biyoçeşitlilik çalışması yapılmaktadır [35-57]. Likenler yukarıda verilen birçok özelliğinden dolayı eşsiz birlikteliklerdir ve biyoçeşitliliklerinin belirlenmesi literatüre önemli katkılar sağlayacaktır.

Bu tez çalışmasında İçel, Gülnar, Akkuyu Nükleer Santrali civarındaki bazı likenikol ve likenleşmiş mantarların morfolojik, anatomik ve moleküler olarak sınıflandırılması yapılacaktır. 1. BÖLÜM

GENEL BİLGİLER

1.1. Mersin ve Civarında Tanımlanan Likenleşmiş Mantarlar

Mersin ve civarından günümüze kadar toplam 60 cinse dahil, 96 tür rapor edilmiştir. Bu cins ve türler, rapor eden araştırmacılar ile birlikte aşağıda verilen Tablo 1.1’deki gibidir.

Tablo 1.1. Mersin ve civarında Tanımlanan Likenleşmiş Mantarlar Abrothallus parmeliarum Kotschy, 1858 [58] Acarospora cervina John et al., 2000 [59] Acarospora umbilicata John et al., 2000 [59] Amygdalaria polebotyron Kotschy, 1858 [58] Krempelhuber, 1868 [60]; John et al., Anaptychia ciliaris 2000 [59]; Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Anaptychia setifera Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Aspicilia cinerea Kotschy, 1858 [58] Aspicilia cupreoglauca Bussmann, 1990 [62] John et al., 2000 [59], Dinçer ve Athallia holocarpa Özdemir Türk, 2001 [61] Bacidia rosella Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Bagliettoa marmorea John et al., 2000 [59] Haluwyn et al., 2009 [62]; van Herk ve Bryoria fuscescens Aptroot, 2004 [63]; Wirth, 1995 [64]; Wirth ve Kirschbaum, 2014 [65] 8

John et al., 2000 [59]; Dinçer ve Caloplaca cerina Özdemir Türk, 2001 [61] Caloplaca monacensis Halıcı et al., 2014 [66] Caloplaca xerica Halıcı et al., 2014 [66] Candelleriella aurella John et al., 2000 [59] Candelleriella plumbea Halıcı et al., 2012 [67] Candelleriella rosulans Halıcı et al., 2012 [67] Candelleriella vitellina Bussmann, 1990 [62] Catapyrenium daedaleum Krempelhuber, 1868 [60] Circinaria caesiocinerea Bussmann, 1990 [62] Circinaria calcarea John et al., 2000 [59] Circinaria contorta John et al., 2000 [59] Circinaria contorta subsp. John et al., 2000 [59] hoffmanniana Cladonia chlorophaea Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Cladonia fimbriata Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Clauzadea immersa John et al., 2000 [59] Collema flaccidum Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Dermatocarpon meiophyllizum Kotschy, 1858 [58] Diplothomma alboatrum Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Enchylium tenax John et al., 2000 [59] Evernia divaricata Kotschy, 1858 [58] Evernia prunastri Kotschy, 1858 [58] Flavoplaca havaasii Halıcı et al., 2014 [66] Gyalolechia flavorubescens Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Hypogymnia farinacea Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Hypogymnia laminisorediata Zeybek et al., 1993 [68] Hypogymnia tubulosa Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Lathagrium cristatum John et al., 2000 [59] Lecanora carpinea Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Lecanora chlarotera Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Lecanora crenulata John et al., 2000 [59] 9

Lecanora dispersa John et al., 2000 [59] Lecanora hagenii Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Lecidea atrobrunnea Kotschy, 1858 [58] Lecidella carpathica Kotschy, 1858 [58] Lecidella elaochroma Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Lepraria incana Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Leproplaca xantholyta John et al., 2000 [59] Letharia vulpina Schade, 1954 [69] John et al., 2000 [59]; Bussmann, 1990 Lobothallia radiosa [62]; Hafellner ve John, 2006 [70] Melanelixia subaurifera Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Melanohalea elegantula Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Melanohalea exasperatula Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Melanohalea infumata Bussmann, 1990 [62] deusta Bussmann, 1990 [62] Neocatapyrenium rhizinosum Breuss, 1998 [71] Ochrolechia pallescens Kotschy, 1858 [58] Ochrolechia turneri Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Parmelia saxatilis Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Parmelia sulcata Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61]; Parmelina tiliacea Kotschy, 1858 [58] Peltigera praetextata Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61]; Pertusaria albescens Kotschy, 1858 [58]; Krempelhuber, 1868 [60] Pertusaria amara Hanko, 1983 [72] Hanko, 1983 [72]; Krempelhuber 1868 Pertusaria caesioalba [60] Pertusaria pruinosa Krempelhuber 1868 [60] Phaeophyscia orbicularis Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Physcia adscendens Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] 10

Physcia aipolia John et al., 2000 [59] Physcia caesia John et al., 2000 [59] Physcia stellaris John et al., 2000 [59] Physconia distorta Krempelhuber 1868 [60] Placocarpus schaereri John et al., 2000 [59] Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61]; Pleurosticta acetabulum Kotschy, 1858 [58]; Krempelhuber 1868 [60] John, 1995 [75]; Kotschy, 1858 [58]; Protoparmeliopsis muralis John et al., 2000 [59] Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61]; Pseudovernia furfuracea Kotschy, 1858 [58]; Krempelhuber 1868 [60] Pyrenodesmia chalybea John et al., 2000 [59] Ramalina farinacea Dinçer ve Özdemir Türk, 2001 [61] Rhizocarpon viridiatrum Bussmann, 1990 [62] Rhizoplaca peltata Bussmann, 1990 [62] Rufoplaca arenaria Halıcı et al., 2014 [66] Rusavskia elegans John et al., 2000 [59] John et al., 2000 [59]; Dinçer ve Scytinium lichenoides Özdemir Türk, 2001 [61] Kotschy, 1858 [58]; John et al., 2000 Squamarina cartilaginea [59] Squamarina lentigera John et al., 2000 [59] Toninia candida John et al., 2000 [59] Toninia tristis John et al., 2000 [59] Variospora australis Halıcı et al., 2014 [68] Variospora dolomoticola John et al., 2000 [59] Variospora flavescens John et al., 2000 [59] Variospora glomerata* Halıcı et al., 2014 [68] Verrucaria nigrescens John et al., 2000 [59] Xanthocarpia lactea Halıcı et al., 2014 [68] 11

Xanthocarpia ochracea John et al., 2000 [59] Xanthoria parietina Özdemir Türk, 2001 [61] * Akkuyu bölgesinden bu çalışmaya kadar tanımlanan tek likenleşmiş mantar türüdür.

1.2. Filogenetik Analiz

Filogenetik, tüm biyolojik organizmaların tek bir atadan geldiğini, ancak bazı grupların birbiriyle daha yakından ilişkili olduğunu ve daha yeni bir ortak atayı paylaştığı ilkesini kullanarak çalışır [73]. Moleküler verilerin kladistik analizi için DNA, RNA veya protein sekansları analiz edilebilir ve morfoloji için karakter durumları veya tamsayıları kullanılır. Kaçınılmaz karakteristik durumların sürekli verilere dönüştürülmesi, filogenetik olarak bilgilendirici olmalarını sağlamaktadır [74]. Birden fazla tür ve özellik kullandığında, eşit derecede iyi desteklenen birkaç filogenetik ağaç üretilebilir, bu ağaçlardan hangisinin filogeniyi daha gerçekçi yansıtacağını seçmek içinse kullanılan birkaç yöntem bulunmaktadır. Parsimoni bunlar içinde en popüler yöntemdir ve en az evrimsel değişim gerektiren filogenetik ağları ayırabilmektedir [75]. Bu yönteme ek olarak maksimum olasılık ve Bayesian metodları olasılıkları da filogenetik hesaplamanın içine dahil eder ve ağları bu şekilde ayırt eder [76]. Maksimum olasılık yani Maximum Likelihood yöntemi, dal uzunluklarındaki farklılıkları ve nükleotid ikame oranlarını kullanan kısaltma yöntemlerinin bir uzantısıdır ve olasılığın gözlemlenen evrimsel ilişkiden ve olası ve evrimsel modelden elde edilen olasılığı değerlendirmesinde rol oynar [77].

En klasik yöntemlerden biri olan Maksimum Likelihood yöntemi belirli bir model altında gözlenen verilerin üretilme ihtimalini incelerken, Bayesian yaklaşım ise bir modelin gözlemlenen verilere göre doğru olma ihtimalini araştıran basit bir olasılık yaklaşımını benimser [78]. Bu yöntemlerin yanısıra mesafe tabanlı olarak adlandırılan önemli bir filogenetik yaklaşım grubu daha bulunmaktadır. Bu yöntemlerde iki basamak bulunmaktadır. Mesafe matrisinin depolanması ile birlikte gruplar arasındaki uzaklıkların hesaplanması ve bu mesafelerden filogeni oluşturulması basamakların içeren bu yöntemlerin en sık kullanılan ve en bilinenleri UPGMA (Unweighted Pairgroup Method Using Arithmetic Averages), ME (Minimum Evolution) ve Neighbor Joining yöntemleridir [75]. 12

1.2.1. Neighbour Joining (NJ) Yöntemi

Neighbour Joining [79], küme yöntemi ile ilgili olan ancak verilerin ultrametrik olmasını gerektirmeyen bir yöntemdir. Başka bir deyişle, tüm soyların eşit miktarlarda ayrılmasını gerektirmez. Yöntem, özellikle evrimin büyük oranda değişen soylarını içeren veri kümeleri için uygundur.

Neighbour joining yöntemi yıldız ayrıştırma yönteminin1 özel bir örneğidir. Kümelenme analizinin aksine neighbour joining, takson veya takson kümeleri yerine ağacın üzerindeki düğümlerin izini belirler. Ham veri, bir mesafe matrisi olarak sağlanır ve ilk ağaç, bir yıldız ağacı şeklinde yapılır. Ardından, her düğüm çifti arasındaki ayrımın diğer tüm düğümlerden ortalama sapması temelinde ayarlandığı değiştirilmiş bir mesafe matrisi oluşturulur. Ağaç, bu değiştirilmiş matristeki en uzaktaki çift düğümün bağlanmasıyla oluşturulmuştur. İki düğüm birbirine bağlandığında, ortak atalarının düğümü ağaca eklenir ve ilgili dalları olan terminal düğümleri ağaçtan kaldırılır. Bu budama işlemi, yeni eklenen ortak atayı, küçültülmüş bir ağaçta bir terminal düğümüne dönüştürür. İşlemin her aşamasında iki terminal düğümü bir yeni düğümle değiştirilir. Tek düğme ile ayrılmış iki düğüm kaldığında işlem tamamlanır. Yöntemin avantaj ve dezavantajları şu şekildedir [79, 80]:

• Avantajları o Hızlıdır, bu sebeple büyük veri setleri ve önyükleme analizleri için uygundur. o Büyük ölçüde farklı dal uzunluklarına sahip soylarla çalışılmasına izin vermektedir. o Birden fazla değiştirme için düzeltme yapılmasına izin vermektedir. • Dezavantajları o Dizi bilgilerini azaltarak ağacı oluşturur. o Verilen veri ne kadar çok ve karmaşık olursa olsun, tek bir ağaç verir. o Kullanılan evrim modeline bağlı olarak şekillendiği için, yanlış evrim modeli ile yanlış sonuç verebilmektedir.

1 Yıldız ayrıştırma yöntemi, ardışık bir kümeleme yöntemidir ve çok sayıda farklı algoritmayı kapsayan bir terimdir. Temel olarak algoritma, bir 'yıldız' topolojisi varsayarak ilerlemektedir. Yıldız topolojisi ise, Etkili bir şekilde soyların bölünmesini içermeyen, bunun yerine tüm soyların aynı anda bölündüğü ve tüm dış dalların merkezden yayıldığı tek bir kökene sahip bir topolojidir [81]. 13

Neighbour Joining yöntemi, özellikle büyük veri setlerini işleme uygunluğu ile yöntemin moleküler evrimciler tarafından yaygın olarak kullanılmasına neden olmuştur. Sekans veritabanlarının hızlı büyümesiyle, veritabanında bulunan tüm homolog dizilerin hızlı bir şekilde tek bir ağaçta yer almasına izin veren az sayıdaki yöntemden biridir. Mevcut tüm ribozomal RNA dizilerine dayanan bir yaşam ağacını muhafaza eden Ribozomal Veritabanı Projesinde iyi bir örnek olarak kullanılabilmektedir [79].

1.2.2. Maksimum Likelihood Yöntemi

Maksimum Likelihood, bir olasılık modelinin bilinmeyen parametrelerini tahmin etmek için kullanılan genel bir istatistiksel yöntemidir. Bir parametre modelin bazı tanımlayıcılarıdır. Bir tanıdık model, bir popülasyonun iki parametresiyle normal dağılıma sahip olabilir: ortalama ve varyans. Filogenetikte; oranlar, farklı dönüşüm maliyetleri ve en önemlisi ağaçların kendisi de dahil olmak üzere birçok parametre bulunmaktadır [82].

Veriler için, Maksimum Likelihood yöntemi ile bir filogenetik ağaç oluşturulurken, ilk önce bir ağaç, Neighbour Joining gibi hızlı ama optimal olmayan bir yöntem kullanılarak oluşturulur ve dal uzunluğu, istenilen evrim modeli altında bu ağaç topolojisi için veri kümesinin olasılığını en yükseğe çıkaracak şekilde ayarlanır. Sonra, topolojinin çeşitleri, verilere daha iyi uyan topolojileri belirlemek için çeşitli yöntemlerle oluşturulur. Maksimum Likelihood dal uzunlukları, bu varyant ağacı topolojileri için hesaplanır ve şimdiye kadar yapılmış en iyi seçim olarak en büyük olasılıkla korunmuş olan dalları gösterir. Bu arama, daha fazla ihtimal bulunana kadar devam eder. Bu yöntem hem nükleotid hem de protein verileri için kullanılabilmektedir [83]. Yöntemin avantaj ve dezavantajları şu şekildedir [82]:

• Avantajları o Basit verilere uygundur. o Diğer yöntemlere göre daha düşük varyansa sahiptir (örnekleme hatasından en az etkilenen yöntemdir.) o İstatistiksel olarak iyi anlaşılmış bir modeldir. o Mevcut evrim modeli ile verilerin uyumluluğu sağlanabilir ve NJ yöntemi ile yapılmış ağaç topolojilerini hesaplamalarına katabilir. 14

o Dal uzunluğu diğer yöntemlere göre daha gerçekçi hesaplanmaktadır. • Dezavantajları o Çok fazla hesaplama yaptığı için çok yavaştır. o Asimetrik verilerden etkilenmektedir. o Kullanılan modele göre sonucu değişebilmektedir. o Fizik açısından, özellikle olasılıkların uygulanabilirliği ve benzersiz tarihsel olayların istatistiksel önlemleri açısından daha az etki göstermektedir.

1.3. Moleküler Markırlar

Moleküler markırlar, moleküler çalışmalar sırasında yapılan uygulamaların sonucu olarak ortaya çıkmıştır. Günümüzde moleküler markırlar, yoğun şekilde kullanılmaktadır ancak, ülkemiz için moleküler markır kullanımı oldukça yenidir. Moleküler markırlar bütün genomda tanımlanabilen spesifik DNA parçalarıdır. Markır, ingilizce marker, yani belirteç anlamına gelmektedir ve markır isminin verilmesi, DNA’nın spesifik parçalarını ifade etmesinden kaynaklanmaktadır. Moleküler markırlar, bir popülasyondaki çeşitliliğin ya da genotipler arasındaki ilişkinin belirlenmesinde yüzde yüze yakın sonuçlar vermektedir. Likenlerin sınıflandırılmasında en yaygın kullanılan moleküler markır ITS ‘dir. ITS bölgesi mantarlar için evrensel gen bölgesi olarak kabul edilmektedir. Bunun yanında, B-tübülin, MCM7, mtLSU, mtSSU, RPB I ve RPB II gibi gen bölgeleri de likenleşmiş mantarların moleküler sınıflandırılmasında kullanılan moleküler belirteçlerdendir [84].

1.3.1. ITS (Internal Transcribed Spacer):

Ökaryotlarda, ribozomal RNA'ları kodlayan genler, 18S, 5.5S ve 23-28S rRNA'ları, iki ITS1 ve ITS2'yi ve iki ETS sekansını tekrarlayan transkripsiyonel birimleri içeren diziler halinde düzenlenirler. Bu birimler RNA polimeraz I tarafından kopyalanır ve Şekil 1.1'de temsil edildiği gibi transkribe edilmemiş intergenik aralayıcılar (IGS) ile ayrılırlar [86]. 15

Şekil 1.1. Primer ITS1 ve ITS4 lokalizasyonu ile rDNA bölgesinin şematik gösterimi [86]

Birçok organizma için ITS bölgeleri çoğu kez tamamen spesifik olarak korunur, ancak bunlar arasında bazı bölgeler spesifik olarak korunmazlar. Dolayısıyla ITS bölgelerindeki varyasyon, genellikle mantar türlerinin filogenetik analizi için kullanılmaktadır. ITS gen bölgelerinin filogenetik analizlerde çok tercih edilmelerinin bazı sebepleri bulunmaktadır. Bunlar şu şekilde sıralanabilmektedir [87, 88]:

• Oldukça korunaklı bitişik dizilerin mevcudiyeti ile ilişkili küçük boyutu sayesinde hızlı bir şekilde çoğaltılabilmektedir. • rRNA kümelerinin yüksek kopya sayısından dolayı, küçük miktardaki DNA’dan bile kolayca tespiti sağlanabilmektedir. • Eşit olmayan geçiş ve gen dönüşümü yoluyla hızlı bir evrim geçirmektedir. Bu durum tekrar eden iç genomik birimlerin homojenliğini korumasına neden olmakta ve yüksek verimli sekanslama ile türler arasında varyasyonların oluşması gerçekleşmektedir. • Yakından ilişkili türler arasında bile yüksek derecede varyasyon göstermektedir. Böylece türlerin ayrımı kolaylıkla yapılabilmektedir.

İkinci büyük alem olan Fungi alemi için ITS gen bölgesi evrensel bir gen bölgesidir. Gen bankta şu anda 172000 full-uzunlukta fungal ITS sekans verisi bulunmaktadır. Bunların çok küçük bir kısmı ITS ile LSU genlerinin kombine verileridir. Geriye kalan veriler ITS verileri olup, bu durum ITS geninin fungal filogeni ve sistematiğindeki önemini göstermektedir. 16

ITS bölgeleri rRNA prosesinde önemli biyolojik amaca sahiptir. Ayrılma bölgelerinin doğru tanımlanmasında spesifik ikincil yapılar oluştururlar ve ribozom olgunlaşması esnasında nükleolar protein ve RNA'lar için bağlanma bölgeleri sağlarlar. Ayrıca ITS gen bölgesi fungilerde sadece filogenetik ve taksonomide değil, tıp ve ekolojideki türlerin tanımı için teşhis stratejilerinde de işlevsel gen bölgesi olarak kullanılmaktadır. Medikal mikolojideki epidemiyolojik iz sürme ve türlerin tanımlanmasında da önemli bir rol oynamaktadır.

1.3.2. ITS Analizi ile Likenlerde Yapılan Çalışmalar

Frang vd. [89], Xanthoria calcicola ve X. parietina türlerinin ITS analizi sonucu her iki türün çok yakın akraba olduğunu ancak genetik olarak birbirinden tamamen farklı iki tür olduğunu ortaya koymuşlardır.

Thell [90], Parmeliaceae familyası içindeki cetrariorid likenler ile cetrarioid olmayan likenlerine homojen bir grup oluşturup oluşturmadığını incelemek için grup 1 intron ve ITS verilerini kullanmıştır. Yapılan çalışma sonucu, cetrarioid likenlerin Parmeliaceae familyası ile homojen olmayan bir grup oluşturduğu gözlenmiştir.

LaGreca [91], Ramalina america'nın morfolojik olarak aynı ve kemotipik olarak birbirinden farklı türlerinden elde ettiği ITS verileri ile bu türün en az iki cryptic(ikiz) tür olduğunu ve farklı kemotipik içeriğin farklı türler anlamına gelmediğini ortaya koymuştur.

Myllys vd. [92], Physcia aipolia (eşeyli) ve P. caesia (eşeysiz) likenleşmiş mantar çiftinin ITS ve B-tubulin kombine analizlerini inceleyerek her ikisinin monofiletik olduğu göstermişlerdir.

Lohtander vd. [93], Nephroma cinsinin filogenisi için ITS gen verilerini kullanmış ve çalışmaları sonucu Nephroma cinsinin monofiletik bir grup olduğunu ve Peltigera cinsi ile kardeş grup olduğunu göstermişlerdir.

De Los Angeles vd. [94], Mycocalicium subtile türünün morfolojik verilerle birbirinden ayrılması mümkün olmayan tür içi varyasyonlarının birbirinden ayırt edilmesi için ITS verilerini kullanmışlardır. Ve çalışmaları sonucunda varyasyonlardan birkaçının kriptik (ikiz) tür olduğunu bulmuşlardır. 17

Dye, vd. [95], Antarktika'nın belirli yerlerinden topladıkları Buellia frigida ve Xanthoria elegans türleri ile aynı türün farklı lokalitelerden toplanmış üyelerine ait ITS verilerini karşılaştırmış ve yapılan çalışmalar sonucu bu türlerin Antartika'da yaşayan akrabalarından birkaç baz da olsa değişik bir sekansa sahip olduğunu, Antartika' da ki zor şartlara uyum sağmalarının sebebinin bu sekans değişiklikleri olduğunu ortaya koymuşlardır.

Kärnefelt vd. [96], Cetrariella cinsine ait morfolojik olarak birbirinden tamamen ayrılan C.delisei ve C. fastigiata türlerinin moleküler ayrımı için ITS verilerini kullanmışlardır.

Schmitt vd. [97], Placopsis cinsine ait ITS ve diğer bazı gen bölgeleri verilerini kullanarak bu cinsin Bayesian metoduna göre filogenisini ortaya koymuşlardır.

Gaya vd. [98], Fulgensia, Caloplaca ve Xanthoria cinslerine ait üyelere yaptıkları ITS çalışmaları sonucu bu üç grubun da monofiletik olmadığını ortaya koymuşlardır.

Martín vd. [99], ITS gen bölgesi verilerini kullanarak Diploschistes cinsinin moleküler filogenisini ortaya koymuşlardır. Daha önceki verilerin aksine urseolat ve peritecoid askomatanın genetikten kaynaklı bir ayrım olmadığını ortaya koymuşlardır.

Guzow-Krzeminska [100], yaptığı çalışmada Protoparmeliopsis muralis türünün fotobiyont ortaklarını ve fotobiyont seçiciliğini elde ettiği ITS verilerini kullanarak incelemiş ve toplamda 39 farklı fotobiyont ile ortaklık kurabildiğini göstermiştir.

Ohmura vd. [101], Parmotrema tinctorum'un türünün vejetatif üreyen ve apotesyum üreten bireylerinin fotobiyontlarını ITS verilerine bakarak karşılaştırmış ve bu üreme yapısı değişikliklerinin fotobiyont ortağın türü ile alakalı olduğunu göstermişlerdir.

Cansaran vd. [102] ve Zeng vd. [103], geniş coğrafik yayılışa sahip Rhizoplaca cinsine ait bazı türlerin ITS genleri ile yaptıkları çalışmalar sonucunda bu cinsin bazı türlerine ait filo genetik analizleri ortaya koymuşlardır [102, 103].

Myllys vd. [104] çalışmalarında birbirinden üreme yapıları ile ayrılan Roccella canariensis ve Roccella tuberculata’da ITS verilerini kullanarak, bu iki türün 18

birbirinden farklı soydan gelmediğini, farklılıkların zaman içinde oluştuğunu ve ikisinin de kökeninde eşeyli üreyen ve soralli yapılara sahip olduklarını göstermişlerdir.

1.3.3. mtSSU (Mitochondrial Small Subunit DNA)

Mantarlarda mitokondriyal genomlar doğrusal ya da dairesel moleküller şeklinde bulunabilmektedir. Bu moleküllerin büyüklüğü, çoğunlukla opsiyonel intronların bulunması ya da bulunmaması ve intergenik bölgelerdeki büyüklük değişimleri ile belirlenmektedir. DNA dizilimi teknolojisindeki son gelişmeler tüm genomların olası karakterizasyonu için organel genomların kullanılmaya başlamasına da neden olmuştur. Çünkü mitokondriyal genomlar gibi organel genomları çekirdek genomlarından daha küçüktür ve çalışılması daha kolay olmaktadır. Şimdiye kadar sadece birkaç mantarın tüm mitokondriyal genomu ortaya konmuştur ancak yapılan araştırmalarda görülmüştür ki, mitokondriyal genom boyutları, yapısal özellikleri, intron ve plazmidlerin varlığı ve yokluğu gibi etkenler fungi alemi arasında oldukça değişken özellikler nedeniyle mitokondriyal genom parçaları moleküler sınıflandırılma çalışmalarında kullanılabilmektedir [105].

Fungal mitokondriyal genom çalışmalarında mitokondriyal küçük alt ünite (mtSSU) ve mitokondriyal büyük alt ünite (mtLSU) kullanılmaktadır [106].

Şekil 2.1. mtSSU şematik gösterimi

1.3.4. mtSSU Kullanılarak Likenlerde Yapılan Çalışmalar

Wedin vd. [107], yaptıkları çalışmada, takımı üyesi olan Cladoniaceae, Sphaerophoraceae ve Stereocaulaceae liken familyalarının moleküler filogenisi ortaya koymak için mtSSU markırlarını kullanmış ve PAUP programı ile sekansları dizerek ağaçlar oluşturmuştur. Sonuçlara göre, Sphaerophoraceae ve Bacidiaceae aileleri, 19

Psora decipiens, Tephromela atra ve Scoliciosporum umbrinum ile birlikte bir sınıfta bulunurken, Cladoniaceae, Pilophorus'u içerecek şekilde gruplanmış ve Metus, Cladia ve cinsleri de bu gruba dahil olmuştur. Cladiaceae ve Heterodeaceae'nin bazı bilinen ailelerinin Cladoniaceae'den türetildiğini gösteren analizler ayrıca Lecanorineae ve Cladonineae'nin her ikisinin de parafiletik olduğunu ortaya koymuştur.

Lohtander vd. [108], Nephroma cinsinin filogenetik analizleri için yaptıkları çalışmada ITS ve mtSSU markırlarını kullanmışlar ve yaptıkları çalışma sonucunda bütün Nephroma türlerinin monofiletik olduğunu ve Peltigera cinsinin, Nephroma’ya kardeş grup olduğunu saptamışlardır.

Wiklund ve Wedin [109], Lecanorales takımının alttakımı olan Peltigerina mensubu siyanobakteri içeren likenlerin filogenetik akrabalıklarını incelemek için yaptıkları çalışmada mtSSU ve nLSU markırlarını kullanmışlar ve maksimum parsimoni ile elde ettikleri ağaçta alttakımın monofiletik bir grup oluşturduğunu ortaya koymuşlardır. Ayrıca çalışmalarında Lobariaceae ve Lobaria, nITS rDNA verilerine dayanan diğer araştırmaların sonuçlarının aksine monofiletik olarak kuvvetle desteklenmiştir.

Blanco vd. [110], Xanthoparmelia tipi liken içeren parmelioid likenlerinin yeniden sınıflandırılmasını ve moleküler filogenisini yaptıkları çalışmalarında ITS, nLSU ve mtSSU DNA markırları kullanmışlar ve maksimum parsimoni yöntemi ile elde ettikleri analizler sonucunda Xanthoparmelia tipi liken içeren parmelioid likenlerin monofiletik grup olduğunu ortaya koymuşlardır.

Wedin vd. [111], Lecanoramycetes’in filogenetik akrabalıklarını ortaya koymak için nükleer LSU ve mtSSU markırları ile yapılan analizleri kullanmış ve sonuç olarak Acarosporaceae, Candelariaceae, Phlyctis ve Pycnora'nın monofiletik Lecanorales'in üyesi olmadığını ve Timdalia ve Pleopsidyum'un monofılik Acarosporaceae'ye üye olduğunu saptamışlardır. Ayrıca Pycnora, Candelariaceae ve Acarosporaceae monofiletik bir grup oluştururken Umbilicariaceae,, H. friesii, Ophioparmaceae, Boreoplaca, Elixia ve Fuscidea’ya 'de bir bazal parafiletik topluluk ya da Lecanorales'e kardeş grup olan bir monofiletik grup ve Lecanoromycetes'in geri kalanını (Acarosporaceae hariç) oluşturmaktadır. Acarosporaceae, Lycanoromycetes'in dışında oluşan Pycnora ve Candelariaceae'li bir grup oluşturmaktadır. Ayrıca sonuçlara 20

göre Chaetothyriales, Verrucariales, Eurotiales, Lichinales ve Mycocaliciales monofiletik bir grup oluşturmaktadır ancak bu grup düşük desteğe sahiptir.

Fedorenko vd. [112], yaptıkları çalışmada Teloschistaceae familyası mensubu ksantorioid (xanthorioid) likenlerin filogenetik analizlerini ortaya koymak için ITS ve mtSSU markırlarını kullanmışlardır. Toplam 50 türden oluşan 201 örnek kullandıkları çalışmanın sonucunda iyi desteklenen 5 grup olduğunu ortaya koymuşlardır. Seirophora, Xanthoria s. str.- Xanthodactylon grup, Xanthoria candellaria grup, Rusavskia ve Xanthomendoza grup olan bu beş gruba ek olarak alt gruplar da saptamışlardır.

Halıcı vd. [113], yaptıkları çalışmada mtSSU kullanarak Pertusaria paramerae türünü, İspanya’daki örnekler ile moleküler olarak karşılaştırmış ve çalışmanın sonucunda Pertusarıa paramerae’nin Türkiye ve İspanya örneğinde %100 eşleştiğini ortaya koyarak, P. paramerae türünü Türkiye için yeni kayıt olarak vermişlerdir [113].

Kondratyuk vd. [114], Teloschistaceae familyasına ait 4 yeni cinsin moleküler filogenisini ortaya koymak için, ITS1, ITS2, mtSSU DNA sekanslarını kullanmışlardır ve çalışmanın sonucunda Brownliella, Filsoniana, Fulgogasparrea, Kaernefia cinslerini yeniden hayata döndürmüşlerdir.

Lumbsch vd. [115], Graphidaceae familyasının iskelet filogenisini güncellemek için yaptıkları çalışmada, mtSSU, nuLSU ve RPB2 markırlarını kullanmışlar ve yaptıkları çalışma sonucunda daha önce bilinen üç gruba ek olarak, Graphidoideae alt familyasında dört grup daha saptamışlardır: Acanthothecieae, Diploschisteae ,Leptotremateae ve Wirthiotremateae.

Timdal vd. [116], Çin’in Tibet bölgesi ve Nepal’de buldukları Psora altotibetica türünü, mtSSU filogenetik analizi kullanarak bulmuş ve yeni tür olarak dünyaya duyurmuşlardır.

2. BÖLÜM ARAŞTIRMA ALANI İLE İLGİLİ BİLGİLER

2.1 Araştırma Alanının Coğrafik Durumu

Akkuyu, ülkemizde Akdeniz’in kıyı kesiminde 150 km batısında bulunan, Gülnar İlçesi'nin Büyükeli Bucak Merkezi'ne bağlı bir mevkisidir. Akkuyu Mersin İli'nin 140 km batısında yer alırken, Silifke-Anamur Karayolu üzerinde bulunan Akkuyu'nun batısında Anamur İlçesi ve 37 km kuzeybatısında Gülnar İlçe merkezi bulunur. Akkuyu mevkisine en yakın köyler olan Yanışlı, Sipahili, Hacıisaklı, Kocaşlı, Işıklı ve Akdere’ de Anamur-Silifke Karayolu üzerinde yer alır.

Akkuyu'nun coğrafik konumu ise enlem: 36.145 ve boylam: 33.541 koordinatlarındadır. Ve bu alan Adaini sırtı (Doğu Akdeniz Bölgesi’nde en güneydeki mevki) ile bu sırtın kuzeybatısında bulunan inceburun tepesi arasındaki bölgede bulunan yamaç ve yamaç düzlüklerinden oluşmaktadır. Akkuyu mevkinin doğusunda bulunan Kızılın Tepesi, 20– 70 km ile alanın en yüksek noktasını oluşturmaktadır. Ayrıca alanda Zeytinçatağı Deresi'nin oluşturduğu vadide bulunan akarsuların yarattığı vadiler, hafif eğimli kesimler bulunur. Araştırma alanında yükselti denizden 750–1000 metre uzaklıktadır ve ortalama 200 metreye ulaşmaktadır.

Akkuyu mevkii çevresinde 3 çeşit su kaynağından bahsedilebilir. Bunlar Akdeniz, akarsular ve yeraltı sularıdır. Bölgenin akarsularından en önemlileri, yatağına nükleer santralin kurulması planlanan Zeytin çatağı akarsuyu ve Sarp ile Büyükeceli çaylarıdır. Bu akarsu ve çaylar, kısa boylu, dar yataklı ve düzensiz akıntılıdır. Yeraltı suyu seviyesi ise kışları %1 ile %2 eğimiyle denize yönlenmiş olup, deniz seviyesinden 8.5 m yüksekliğe kadar ulaşırken, yaz süresinde yeraltı suyu seviyesi sürekli değişmektedir [117, 118, 119]. 22

2.2.Araştırma Alanının İklimi

Mersin İli sınırları içinde yer alan Akkuyu mevkiinde Akdeniz iklimi görülmektedir. Akdeniz ikliminde sıcak ve kurak yaz ve ılık ve yağışlı kış görülür. Akdeniz iklimi etkisi altındaki kıyı kesimlerinde kışın kar yağışı ve don nadiren görülür [119, 120]. Bölge kış mevsiminde yıllık toplam yağışın yarısını, ilkbahar ve sonbaharda ise diğer yarısını almaktadır [119]. Yıllık toplam yağış içinde %2,6’lık pay yaz yağışlarına aittir. Geriye kalan yağış payı ise kış yağışlarına aittir [120].

Kıyıda yer alması sebebiyle bu alanın verilerini temsil edeceği düşünülen Anamur Meteoroloji İstasyonu'nda “1975–2010 yılları arasında kaydedilen meteorolojik verilere göre” yıllık ortalama sıcaklık 19,1 °C iken kaydedilen en yüksek sıcaklık 24.0 °C, en düşük sıcaklık ise 14.9 °C'dir [118].Mersin İli'nin 1950–2014 yılları arasında kaydedilen meteorolojik verilerine göre ise en düşük sıcaklık -6.2 °C iken, en yüksek sıcaklık 25.2 °C ' dir [6] Bu istasyondan alınan verilere ait iklim diyagramı gösterilmiştir (Şekil 2.1) [121].

Şekil 2.2. Anamur iklim diyagramı

“Mersin İl Çevre Durum Raporu” (2013)'na göre [122], bölgede genellikle deniz ve kara meltemi gündüzleri denizden karaya doğru 6 ay süreyle Nisan-Eylül arasında, geceleri ise denize doğru Toroslardan esmektedir ve serinletici özelliği sıcak olan yaz mevsimi için ferahlatıcı etki yapmaktadır. 2.2 m/sn ortalama rüzgar hızına sahiptir.

23

2.3. Araştırma Alanının Jeolojisi

Akkuyu mevkii, Orta Toros orojenik kuşağının güney-orta bölümünde bulunmaktadır. Toroslar esasen, Kambriyen ve Miyosen döneminden kalma tortul kayaç elemanlarından oluşmaktadır ve bunlar metamorfoza uğramamıştır. Ecemiş Fayı ile Hadim Napı arasında bulunan Orta Toros Kuşağı, allokton ve otokton birimlerden oluşmaktadır ve bunların her biri farklı stratigrafik özellikler taşımaktadır [117, 118].

Araştırma alanında özellikle karbonat içeren kayalarda oldukça fazla olan karbondioksitli sularla erime ve bu erimeden dolayı oluşan yer şekillerinin ortaya çıkmasına neden olan karstlaşmada bu gibi süreksizliklerin etkili olduğu görülmektedir. Ayrıca araştırma alanının bağlı olduğu Gülnar ilçesi ve çevresinde geniş alanlar kaplayan Miyosen kalkerleri kumtaşından oluşur. Bu kalkerlerin geçirimsiz marn ve kil gibi materyallerle birlikte bulunması buradaki yer şekillerinin oluşmasında etkili bir başka faktördür [117, 118, 123].

2.4. Araştırma Alanının Toprak Yapısı

Araştırma alanı ve çevresinde kireçsiz orman toprağı, klasik kiremit kırmızısı Akdeniz toprağı hakimdir [117, 118]. Akdeniz'in özellikle 500–1000 m yüksekliğe sahip alanlarında bulunan ve Terra rosa olarak adlandırılan bu kırmızı topraklar, kaolin adı verilen bir kil bakımından çok zengin olması sebebiyle geçirgenliği azdır ve bitkiler topraktaki suyu elverişli bir şekilde kullanamazlar [124]. Bu topraklar kireç taşı üzerinde oluşmuş bile olsa kireç bakımından fakirdir [125]. Kil ve demir oksit bakımından zengin bu topraklar 1000 m üstüne çıkıldığında daha koyu ve kahverengimsi bir renk almaktadır. Çünkü bu yükseklikte organik madde tutumu fazladır [126]. Alanın tamamı yedinci sınıf toprak özelliğindedir [117]. Bu toprağın özellikleri, çok meyilli olması, fazla erozyona uğramış olması, taş içermesi, arızalı olması, kuru ve bataklık gibi elverişsiz toprakları barındırmasıdır. Çok fazla özen gösterilmesi ve bakım yapılması koşuluyla orman ya da çayır olarak kullanılabilen bu toprağın üstündeki bitki örtüsü azalma gösterirse erozyon şiddeti çok artar [126]. Bu gibi topraklar üstünde genel olarak orman ağaçları ve maki bitkileri görülmektedir [117].

24

2.5. Araştırma Alanının Bitki Örtüsü

Dünyada biyoçeşitlilik bakımından zengin olan en sıcak 25 nokta bulunmaktadır ve araştırma alanı bu alanlardan 5 noktayı kapsayan Akdeniz noktalarından ikisini içine almaktadır [118,127]. Bu 2 bölgeden birisi olan Akdeniz Havzası orman ve makileri açısından dünya çapında büyük öneme sahiptir. Bölgenin Toros Dağları ile Akdeniz arasında uzanması eşsiz bir iklime sahip olmasına zemin hazırlamakta, bu da bölgenin kendine özgü biyolojik çeşitliliği şekillendirmektedir. Bölgenin bazı yerlerinde ani yükseltiler de bu çeşitliliğe katkıda bulunmaktadır [118].

Araştırma alanının kıyı kesimlerinde Akdeniz iklimi görülmektedir. Bu sebeple araştırma alanının bu kesimleri kızılcam orman ve her daim yeşil olan maki ile garig ve frigana vejetasyonlarının örneklerini sergiler. Yüksek yerlerde ise iğneyapraklı karaçam, sedir ve köknar ormanları hakimdir [117, 120]. Sekonder vejetasyon olarak ise maki vejetasyonu yer alır [117]. İç kesimlerde ise karasal iklim görülmektedir. Bu iklime bağlı olarak ise kısmen kurak bölgeler görülebilmektedir [120]. 3. BÖLÜM GEREÇ VE YÖNTEM

3.1. Gereç 3.1.1. Liken Materyali

Liken örnekleri Akkuyu mevkii ve çevresinden Prof. Dr. Mehmet Gökhan HALICI tarafından toplanmıştır. Örnekler toplanırken; örneklerin taşınması için sırt çantası, örneklerin sırt çantasına konarken korunması için pelür kağıttan yapılmış torbalar, arazinin durumu, konumu ve toplanan likenlerin diğer özelliklerinin not edilmesi için bir “arazi not defteri”, kalem, örneklerin pelür kağıda konmadan önce sarılması için yumuşak kağıtlar, örneklerin substratlarıyla toplanması için bıçak, keski ve çekiç gibi materyaller kullanılmıştır. Ayrıca örneklerin toplandığı lokalitelerin koordinatlarının tespiti için bir adet GPS cihazı da kullanılmıştır.

Likenlerin tayininde, OLYMPUS SZX7 marka stereo mikroskop, LEICA DM 1000 marka ışık mikroskobu, oküler mikrometre, tür ve tür altı kategorilerde teşhis için potasyum hidroksit (K), kalsiyum hipoklorit (C), parafenilendiamin (PD) ve iyot gibi bazı kimyasal reaktifler kullanılmıştır.

Moleküler çalışmalar esnasında, likenleşmiş mantarların toz haline getirilmesi aşamasında porselen havanlar kullanılmıştır. Yine bu çalışmalar esnasında ependorf tüpler, pipetler, pipet uçları, erlenmayerler, beherler, kapaklı şişeler benzeri cam eşyalar da kullanılmıştır.

3.2. Yöntem 3.2.1. Toplama Yöntemi

Liken örnekleri Akkuyu mevkii ve çevresinden alınmıştır. Liken örnekleri kaya, ağaç kabuğu, karayosunu, toprak gibi subsratlardan parçalar şeklinde toplanmıştır. Örnekler 26

alınırken likenlerin tam olarak, zarar görmeden alınmasına dikkat edilirken, örneğin alındığı subsrata zarar vermemeye de dikkat edilmiştir. Örneklerin morfolojik, anatomik ve moleküler teşhisleri için gereken özellikleri bozulmaması için kabuksu ve bazı yapraksı türlerin bu teşhislerde kullanılan kısımlarını korunmasına daha çok özen gösterilmiştir ve dikkat edilerek alınan bu örnekler yumuşak kağıda sarıldıktan sonra pelür kağıttan yapılmış torbaya alınmıştır. Bu torbaların üzerine toplandığı yer, subsrat özellikleri, yükseklik, tarih, ortamın özelliği (habitatı) kurşun kalemle yazılmıştır.

Herbaryuma getirilen materyaller, torbalardan çıkarılarak oda sıcaklığında belirli bir müddet kurumaya bırakılmıştır. Kurutulan örnekler özel liken zarflarına alınarak etiketlenmiştir.

3.2.2. Tayin Yöntemi

Araziden toplanan örnekler Erciyes Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Liken herbaryumuna getirilerek tür tayinleri gerçekleştirilmiştir. Tür tayinleri yapılırken çeşitli flora kitapları ve tayin anahtarlarından yararlanılmıştır [128-133]. Likenler tayin edilirken morfolojik, kimyasal ve moleküler yöntemler kullanılmıştır. Stereo mikroskop altında morfolojik incelemeler yapılırken, anatomik ve morfolojik incelemeler için jilet yardımı ile alınan kesitler doğrudan stereo mikroskop altında yapılmış ve incelenmeleri için ışık mikroskopları kullanılmıştır. Ayrıca örneklerin çoğunun ayrımı ve teşhis edilmesi aşamasında kimyasal reaktifler uygulanmıştır. Bu reaktifler ile sembolleri aşağıda verildiği gibidir [7]:

• K: Potasyum hidroksit çözeltisi. Yaklaşık %10’luk bir çözelti gereklidir ancak konsantrasyon çok kritik değildir. Bu çözelti kapalı bir kap içinde aylarca saklanabilecek durağan bir çözeltidir. o-hydroxyl aromatik aldehitlerin çoğu ile etkileşime girerek önce sarı sonra kırmızıya dönüşür. Antraquinon pigmenti ile etkileştiğinde ise parlak kırmızıdan koyu mora dönüşen bir renk verir. • C: Kalsiyum hipoklorit çözeltisi. Bu çözelti evlerde kullanılan birçok çamaşır suyunun ana bileşiğidir. Sadece birkaç ay boyunca işlevseldir, ancak ucuz olması sık aralıklarla değiştirilmesine olanak verir. Aynı zamanda sık aralıklarla test edilmelidir. Reaksiyon genellikle çabuk geçer ve sadece birkaç saniye

içinde sonlanabilir. -CHO veya -CO2H ile hidroksil grubu arasında bağ yapanlar 27

hariç m-dihidroksi fenollerle etkileşime girerek kırmızıya dönüştürürken, dihidroksi dibenzofuranlarla etkileşime girdiğinde sarı renk verir. • KC: K uygulandıktan yaklaşık 30 saniye sonra kurutma kâğıdı ile alınır. Daha sonra bir damla C damlatılır. Usnik asit varlığında sarı, dihidroksi dibenzofuran varlığında mavi, C depsid ve depsidonlar ile kırmızı renk verir. • CK: KC testinin tersidir. • P veya Pd: Para fenilendiamin. Bu çözelti durağan değildir ve kristal haldeki bir parçası alkol içinde çözülerek kullanılır. Daha sonra bu çözelti örneğe uygulanır, Steiner’ın çözeltisi (1 gr parafenilendiamin, 10 gr sodyum sülfit, iki veya üç damla ticari olarak satılan sıvı deterjan ve 100 ml su) çok daha durağan bir çözelti olarak bilinir. Bu çözelti 3 aya kadar dayanır ancak belirli aralıklar ile test edilmelidir. P reaksiyonunun gelişmesi iki veya üç dakika alır, bu yüzden negatif sonuç kararına varmadan önce birkaç defa test edilmelidir. P’nin karsinojen olduğu düşünülmektedir, bu nedenle kimyasalı kullanırken çok dikkatli davranılmalıdır. Aromatik aldehitler ile etkileşime girdiğinde sarı, turuncu ya da kırmızı renk verir. • I: İyot. İzolikenin (nişasta benzeri bir ürün) varlığının veya yokluğunun önemli olduğu durumlarda kullanılır. Varlığında mor renk verir.

Bu reaktiflerden tallus, medulla, apotesyum ve sorallere birer damla damlatıldığında reaksiyon veriyorsa, sembolün yanına (+) konmuş ve hangi rengi verdiği yazılmıştır. Reaksiyon vermiyorsa sembolün yanına (-) işareti konmuştur.

Mikroskobik preparasyonlar su ile yapılmıştır. Sınıflandırmalar askus ve askospor yapısı, üreme yapılarının ontogenik özellikleri, askustan türevlenen karakterler yanında askus ontogenisi, parafiz, perifiz ve diğer himenyal filamentlerin özellikleri, askosporların yapısı, piknidyum özellikleri, liken maddelerinin kimyası, tallus yapısı ve gelişme formları, ekolojik özellikler ve biyocoğrafik karakterler kullanılarak yapılmıştır.

3.2.3. DNA İzolasyonu

DNA izolasyonu için liken materyalinin bilhassa apotesyumlarından alınan örnekler ependorf tüplere konularak etiketlenmiştir. Herbaryumda etiketlenen materyaller Erciyes Üniversitesi Fen Fakültesi Biyokimya ve Moleküler Laboratuarında DNA 28

izolasyon çalışmalarına tabi tutulmuştur. DNA izolasyonu için, Dneasy DNA plant mini kit kullanılmıştır [134].

Kit içeriğinde renksiz Dneasy mini spin tüpleri, leylak renkli maksi spin tüpleri, 2 ml ve 50 ml’lik koleksiyon tüpleri, AP1 tamponu, P3 tamponu, AW1 tamponu, AW2 tamponu, AE tamponu ve RNAaz A (100mg/ml) hazır şekilde bulunmaktadır. Protokol gerçekleştirilirken tüm santrifüj adımları oda sıcaklığında gerçekleştirilmiş, protokol öncesinde ise AP1 ve AW1 tamponları çökelti oluşturmuşsa çözdürülmüş, AW1 ve AW2 tamponlarına gerekli görülen etanol eklenmiş ve su banyosu 65 °C’ye ısıtılmıştır. Protokol ise şu şekilde gerçekleştirilmiştir [135]:

1. Liken örneklerinden alınan 3-10 adet apotesyum, apotesyum olmayan örneklerden ise tallus parçaları, havan içerisinde ezildi. 2. Ezilen örnek parçaları üzerine 400 μl AP1 tamponu eklendi ve tampon içerisinde biraz daha ezilen örnek ependorf tüpüne alınarak üzerine 4 μl RnAaz A eklendi. 3. Ependorf tüpleri içindeki örnekler vortekslenerek 10-15 dakika (gerekli görüldüğünde 1 saate kadar), 65 °C’de inkübe edildi. İnkübe sürecinde örnekler 2-3 defa ters düz edildi. 4. İnkübasyondan alınan örnekler üzerine 130 μl P3 tamponu eklendi ve elde karıştırılan tüpler, 5-15 dakika (gerekli görüldüğünde 1 saate kadar) buz üzerinde bekletildi. 5. Buzdan alınan örnekler 20 000 g’de santrifüj edildi. 6. Örneklerin süpernatant kısımları pipetlenerek leylak renkli maksi spin tüplerine alındı ve 2 dk. 20.000 g’de santrifüj edildi. 7. Santrifüj sonrası pellet kısmına değmeden, süpernatant kısmı alınarak yeni bir ependorf tüpe aktarıldı ve üstüne 600 μl AW1 tamponu eklenerek, pipetle karıştırıldı. 8. Karışımdan 650 μl alınarak Dneasy mini spin içeren 2 ml’lik ependorf tüpüne aktarıldı ve 1 dk. 6000 g’de santrifüj edildi. 9. Santrifüj sonrası süpernatant kısmı atılarak, 8.ci basamak tekrar edildi. 10. Süpernatant atılarak, spin sütunu yeni bir 2 ml tüpe geçirildi ve üzerine 500 μl AW2 tamponu eklenerek 1 dk. 6000 g’de santrifüj edildi. 11. Süpernatant yine atıldı ve 500 μl AW2 tamponu eklenerek 2 dk. santrifüj edildi. 29

12. Dikkatlice ayrılan spin sütunu, yeni bir mikrosantrifüj tüpüne alındı ve 100 μl AE tamponu ya da 100 μl distile su ile seyreltilerek 1 dk. 6000 g’de santrifüj edildi.

3.2.4. PCR Analizleri

Bu tez çalışmasında PCR analizleri Mantar DNA’sına ait ITS ve mtSSU primerleri kullanılarak yapılmıştır. Bu primerler aşağıda verilen Tablo 3.1’deki gibidir [136, 137].

Tablo 3.1. Primer sekans dizilimleri

ITS F1 5’ CTT GGT CAT TTA GAG GAA GTA A 3’

ITS 4 5’ TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC 3’

ITS bölgesi

mSU1 F 5’ GAT GAT GGC TCT GAT TGA AC 3’

mrSSU3R 5’ ATG TGG CAC GTC TAT AGC CC 3’

bölgesi MtSSU MtSSU

PCR bileşenleri ise hem ITS hem de mtSSU için aynı oranlarda kullanılmıştır ve oranlar aşağıda verilen Tablo 3.2’de gösterildiği gibidir.

Tablo 3.2. PCR bileşenleri (ITS ve mtSSU için)

Bileşenler Miktarı (μl) PCR Tamponu 4 dNTP karışımı 2

MgCl2 4 Forward primer 0,5 Reverse primer 0,5 Taq Polimeraz 0,1 DNA 3

ddH2O (Steril) 35,9 Toplam 50

30

PCR döngü koşulları ise ITS ve mtSSU için farklı uygulanmıştır. Bunlar ise aşağıda verilen Tablo 3.3 ve Tablo 3.4’deki gibidir.

Tablo 3.3. ITS için PCR döngü şartları

Sıcaklık (oC) Süre Döngü Sayısı 94 5 dakika 1 94 1 dakika 56-50 1 dakika 1 72 2 dakika 94 1 dakika 55 1 dakika 20 72 2 dakika 72 5 dakika 1 4 ∞ -

Tablo 3.4. mtSSU için PCR döngü şartları

Sıcaklık (oC) Süre Döngü Sayısı 94 5 dakika 1 94 30 saniye 55 30 saniye 5 72 1 dakika 94 30 saniye 52 30 saniye 30 72 1 dakika 72 5 dakika 1 4 ∞ -

3.2.5. Agaroz Jel Elektroforezi

Elektroforetik ayrımlarının yapılması için amplifikasyon ürünleri, 0.6 μl /ml etidyum bromür katılarak boyanan %1’lik agaroz jelde yürütülmüştür. Yürütme işlemi için 20 kuyudan oluşan jel tepsisi ve yükleme tamponu kullanılmıştır. Yükleme tamponu ise, 40 31

mM tris asetat ve 2 mM Na2EDTA.2H2O kullanılarak hazırlanmış 50X konsantrasyonundaki stok solüsyonundan 1X’e seyreltilerek hazırlanmıştır. DNA ladder olarak ise Thermo SM0321 kullanılmış ve 100 bç moleküler ağırlık belirteci olan ladder, kuyulara 5 μl şeklinde yüklenmiştir. Elektroforez ise 90 voltta 60 dakika gerçekleştirilmiştir.

3.2.6. DNA Dizi Analizi

DNA dizi analizleri Ankara Üniversitesi bünyesinde çalışan REFGEN firması tarafından hizmet alımı şeklinde yapılmıştır.

ITS1F ve ITS4 primerleri ile küçük alt ünitenin sonu, ITS1, 5.8 geni, ITS2 ve büyük alt ünitenin ucunu içeren bölge çoğaltılıp dizi analizi gerçekleştirilmiştir. mtSSU’da durum bununla aynıdır. Olası okuma hataları Cluster X programı ile düzeltilmiştir. Akkuyu mevkii ve çevresinden elde edilen türlere ait örneklerin dizi analizi çıkartılmıştır ve en yakın zamanda Gen Bankasına sunulacaktır.

3.2.7. Filogenetik Analiz

Araştırma alanından elde edilen türlere ait diziler, Gen bankasından indirilmiş türlere ait diziler ve bazı HALICI herbaryum örneklerine ait dizilerin sıralanması ve Mega 5.1 ile analiz edilerek, NJ ve ML yöntemleri ile dendogramları elde edilmiştir. 4. BÖLÜM BULGULAR

4.1. Arthonia follmaniana Diederich

Kingdom: Fungi Division: Ascomycota Class: Arthoniomycetes Order: Arthoniales Family: Arthoniaceae Genus: Arthonia Ach. Species: Arthonia follmanniana Diederich.

Deskripsiyon: Askomata arthoniod, 0,1-0,3 mm çapında, siyah, bazen yüzeysel unsu yapı nedeniyle mavimsi renkte, başlangıçta tallusa biraz gömük, daha sonra sesil ve daha çok dalların üzerinde gibi, Epitesyum neredeyse siyah, koyu zeytin yeşili, Hipotesyum açık ya da koyu kahverengimsi, himenyum renksiz ve yaklaşık 25 μm uzunluğunda, himenyum ayrıca I (+) kırmızı, K/I (+) mavi renk vermekte. Askus 8 sporlu, askosporlar askus içinde sporlar tek sıra halinde dizilmiş, renksiz, dar soleiform, çoğunlukla üst hücreler geniş ve kısa, alt hücreler dar ve daha uzun, 2-3 septumlu, 10 − 12(−13,5) × 3−4,5(−5) μm. Kimyasal Testler: Himenyum I(+) kırmızı, K/I(+) mavi Ekolojisi: Roccella cinsleri üzerinde yayılış göstermektedir. Çalışma Alanında Yayılışı: Türkiye, Mersin, Akkuyu, Beş Parmak Adası, Silisli kaya üzerinde, 36°07'27.1"N 33°31'59.6"E koordinatlarında,32 m. Dünyada Yayılışı: Roccella cinsinin bulunduğu yerlerde yayılış göstermektedir: Azor, Madeira ve Kanarya Adaları ve Orta Avrupa [138]. 33

Türkiye’de Yayılışı: Mersin, Beş Parmak Adası: Türkiye için yeni kayıttır [139].

Arthonia follmaniana, Roccella elisabethae'nin dallarının uçlarında meydana gelmiştir. Arthonia follmanniana, Galapagos Adaları'ndaki R. galapagoensis üzerinde tanımlanmıştır [140] ancak Kanarya Adaları'nda R. canariensis ve R. fuciformis'de ortak olarak rapor edilmiştir [141]. Roccella elisabethae bu türe yeni ev sahipliği yapmaktadır ve doğu Akdeniz, türlerin bilinen üçüncü bölgesidir.

Bu örneğe ait görüntüler aşağıda Şekil 4.1’de verildiği gibidir.

Şekil 4.1. Arthonia follmaniana’nın anatomik ve morfolojik görüntüsü A: Apotesyumlar B: Apotesyum kesiti C: Askuslar D: Sporlar

Çalışılan Arthonia follmaniana türüne ait örnekler: Türkiye, Mersin, Akkuyu, Beş Parmak Adası, Silisli kaya üzerinde, 36°07'27.1"N 33°31'59.6"E koordinatlarında, 32 m. Toplayıcı: M. Gökhan HALICI, ERC AMEKA 0.104.

34

4.2. Caloplaca erythrocarpa (Pers.) Zwackh.

Regnum: Fungi Divisio: Ascomycota Subdivisio: Clasis: Lecanoramycetes Subclassis: Lecanoromycetidae Ordo: Teloschistales Familya: Teloschistaceae Genus: Caloplaca Th. Fr. Caloplaca erythrocarpa (Pers.) Zwackh.

Sinonimleri: =Lecidea erythrocarpia Ach., (1810) =Parmelia erythrocarpia (Ach.) Fr., (1831) =Gasparrinia erythrocarpia (Ach.) Tornab., (1849) =Zeora erythrocarpia (Ach.) Flot., (1849) =Blastenia erythrocarpa (Ach.) Körb. (1855) =Blastenia erythrocarpia (Ach.) Körb., (1855) =Blastenia erythrocarpea (Ach.) Körb., (1855) =Placodium erythrocarpum (Ach.) Anzi., (1862) =Placodium erythrocarpium (Ach.) Anzi.,(1862) Deskripsiyon: Tallus kabuksu, çatlak (kırık) areolat, beyaz, sınırlı, fertil. Areoller düzensiz. Apotesyum kırmızı, parlak, düz ve sesil olup (0,2–)0,29–0,38–0,47(–0,5) mm ölçülerinde. Askus 8 sporlu ve 65 × 20 µm ölçülerinde. Sporlar karakteristik olarak polaribilokular ve hiyalin, sporların uzunluğu (13,5–)14,4–15–15,2–(16) µm, genişliği (5,5–)7,25–8,45–9,6(–10) µm, tek septumlu ve septum (3–)3,5(–4,5) µm ölçülerinde. Epihimenyum kahverengi ve 33-49 µm ölçülerinde, himenyum hiyalin ve 80-90 µm ölçülerinde, hipotesyum ise hiyalin olup 60-88 µm ölçülerindedir. Kimyasal Testler: Apotesyum C (+) kırmızı. Ekolojisi: Genellikle kireçtaşı ve kalker şist üzerinde ve zayıf kalkerli katmanlar üzerinde yayılış göstermektedir. 35

Çalışma alanındaki yayılışı: Türkiye, Mersin, Gülnar, Sipahi deresi üstü, Kalkerli kaya üzerinde, 36°10'01.5"N 33°28'20.5"E koordinatlarında, 185–195 m. Kızılçam ve maki karışımı. Dünyada yayılışı: Orta Avrupa ve Akdeniz [142]. Türkiye’de yayılışı: Adana [143], Adıyaman [144], Afyon [145], Antalya [146], Batman [147], Bilecik [148], Bursa [149], Burdur [150], Denizli [151, 152], Kayseri [153], Kocaeli [154, 155], Manisa [156], Mardin [157], Muğla [158], Niğde [47].

Caloplaca erythrocarpa türü moleküler olarak Caloplaca teicholyta türüne benzerlik göstermektedir. Ancak belirgin şekilde vejetatif propagül içermesi ile C. teicholyta türünden ayrılmaktadır.

Bu türe ait görüntüler aşağıda Şekil 4.2’de verildiği gibidir.

Şekil 4.2. Caloplaca erytrocarpha’nın morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Tallus, B. Apotesyumlar, C. Apotesyum kesiti, D. Askus içindeki sporlar

36

Çalışılan Caloplaca erytrocarpha türüne ait örnekler: Türkiye, Mersin, Gülnar, Sipahi deresi üstü, Kalkerli kaya üzerinde, 36°10'01.5"N 33°28'20.5"E koordinatlarında, 185–195 m. Kızılçam ve maki karışımı. Toplayıcı: M. Gökhan HALICI, ERC AMEKA 0.041.

ERC AMEKA 0.041 numaralı örneğe ait ITS verilerinin NJ ve ML dendogramları aşağıda Şekil 4.3 ve Şekil 4.4’de verildiği gibidir.

Şekil 4.3. Caloplaca erytrocarpha türüne ait NJ dendogramı 37

Şekil 4.4. Caloplaca erytrocarpha türüne ait ML dendogramı

38

ERC AMEKA 0.041 numaralı Caloplaca erytrocarpha türüne ait ITS bölgesinin sıralanmış DNA sekansı ise şu şekildedir:

ACCACCCCCACAAAAGAAAGAGCCCCCCCTTTGTGTTGGCCTCTTATGGCTT CCGTTACAGCCCCCCCCTCTTTTTTTTTTATTTACTCTTCTTCCTTTCCTTTGG GTCCGCCCCTGATTTTCGGGCGCGCCATCCCGCTTTTTTTCTTTTTTTTTTATT CATTACCATTTTTTGCTTGAGGGGTGTAATGACCCTCGAACAGGCATGCCCC CCGGAATACCGAGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTTCGATGATTCCTGAA TTCTGCATTCCATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTCATCGATGCCCGAA CCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTGATTTTATTTTCGTACCCTCAACCAC ACTGGATAAACCGATTGATGATAGGCCTTCGGCGGGCGCTCGCCCGCCCTC AGAGGGACGGCGCCGGGAGGTGAACCCCCGGGGCCCGCCAAAGCATGGTG AAATACCATAGGTAAGAAAAGTGCGGGGCAAACCCCTGGGGCGCGTGACC CCCCTCTCGGGAATGATCCCTCCAGAGGTTCCCTACGGAACTAGGAATCAA GCTCTTCGG

4.3. Circinaria calcarea (L.) A. Nordin, Savić & Tibell

Kingdom: Fungi Division: Ascomycota Class: Lecanoromycetes Order: Lecanorales Family: Genus: Circinaria Link. Species: Circinaria calcarea (L.) A. Nordin, Savić & Tibell

Sinonimleri: = calcareus L., (1753) =Verrucaria calcarea (L.) Humb., =Urceolaria calcarea (L.) Ach., (1803) =Lecanora calcarea (L.) Sommerf., (1826) =Psora calcarea (L.) Hampe (1839) =Zeora calcarea (L.) Flot. (1849) =Circinaria calcarea (L.) A. Nordin, S. Savic & Tibell, (2010) 39

Deskripsiyon: Tallus kabuksu, çatlaklı, areolat. Yüzeyi tebeşir beyaz, beyazımsı, kahverengimsi beyaz renkte ve tallus kenarı belirgin. Protallus koyu gri, tallusu sınırlar biçimde. Areoller, oldukça kalın, özellikle tallusun kenar kısımlarında dışa doğru ışınsal dizilişli, tebeşir beyazı veya gri-beyaz renkte. Apotesyum aspisiloid, (0,3─)0,34─0,44─0,54(─0,65) mm çapında ve gömük. Apotesyum dış kenarı oldukça az kalkmış. Apotesyum diski siyah, genellikle unsu yapılara sahip değil. Epihimenyum 54 µm kalınlığında, siyah yeşil. Himenyum 72 µm kalınlığında ve hiyalin. Hipotesyum 72 µm kalınlığında ve kahverengi. Askus 4 sporlu ve askosporlar oldukça geniş elipsoid, hiyalin, basit, 20–23,5 × 13,5–21 µm ölçülerinde ve ince perisporla çevrili. Kimyasal testler: Korteks ve medulla P(-), K(-) Ekolojisi: Özellikle kireç taşı üzerinde, anıt taşları gibi kalkerli taşlar ve diğer kalkerli kayalar üzerinde çok yaygın. Çalışma alanında yayılışı: Türkiye, Mersin, Gülnar, Gülnar- Silifke Karayolu, Kayrak çıkışı, Kalkerli kaya üzerinde, 36°21'24.5"N 33°33'08.8"E koordinatlarında, 1000–1020 m. Bozuk orman ve kayalık. Dünyada yayılışı: Avustralya, Avrupa, Avrasya, Amerika, Arktik [159]. Türkiye’de yayılışı: Circinaria calcarea türü, Türkiye’de kalkerli kayalar üzerinde oldukça yaygın bir türdür. Yani özetle; Türkiye’nin genelinde yayılış göstermektedir.

Circinaria contorta türü ile anatomik ve morfolojik olarak benzerlik göstermekte olan bu tür, indirgenmiş veya dağınık tallusu ve unsu yüzeye sahip olan C. contorta türünden ayrılır. Ayrıca C. contorta türünün apotesyumu krater şeklinde ve sporlar küre şeklinde ve daha dardır. Moleküler olarak Circinaria calcarea türü, Circinaria fruticulosa türü ile aynı kladda yer almaktadır. İki tür birbiri ile yakın akrabadır. Ancak Circinaria fruticulosa yapraksı ve serbest bir likendir [160].

Bu türe ait görüntüler aşağıda Şekil 4.5’de verildiği gibidir. 40

Şekil 4.5. Aspicilia calcarea morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Tallus, B. Apotesyumlar, C. Apotesyum kesiti, D. Sporlar

Çalışılan Circinaria calcarea türüne ait örnekler:

Türkiye, Mersin, Gülnar, Gülnar- Silifke Karayolu, Kayrak çıkışı, Kalkerli kaya üzerinde, 36°21'24.5"N 33°33'08.8"E koordinatlarında, 1000–1020 m. Bozuk orman ve kayalık. Toplayıcı: M. Gökhan HALICI, ERC AMEKA 0.111

ERC AMEKA 0.111 numaralı örneğe ait ITS verilerinin NJ ve ML dendogramları aşağıda Şekil 4.6 ve Şekil 4.7’de verildiği gibidir 41

Şekil 4.6. Circinaria calcarea türüne ait NJ Dendogramı 42

Şekil 4.7. Circinaria calcarea türüne ait ML Dendogramı 43

ERC AMEKA 0.111 numaralı Circinaria calcarea türüne ait ITS bölgesinin sıralanmış DNA sekansı ise şu şekildedir:

TACTTTCTTTTCGTCAGGCGCATGACCCTTCTGCCGAGCCTTTACCGCAACG ACTCGAAATAATTGCGTAGTCGGTACCACTGTGTATCGGCCACACTGTCACT GCGCTGGAAGCCTCTCCTGGGGGTTACCAGCGACCTCGGTTCTTCTGGATCC GGGCTCACAGATCAAACGACAGTGGCCGCCTCCGGGCGGTTTAGATATGAC CGAATCTTAGAGGGTTTCCTTTAAGCAACCTTTTGTTCCGTAGGTGAACCTG CGGAAGGATCATTACCGAGATAGGGTCCTTTTTTGGGGATCCGACCCTCCCA CCCTTTGTGTATATACCTCTGTTGCTTCGGCGGCTCCCCGCAGCATACGGCG CTGCCTGCTTGGCACATCGTGTCTCGGCCCGCCAGAGGCCCTTTTAATTCTT GTTTATTCGTGATGTCTGAGCATACTTGCAAAAATCAATCAAAACTTTCAAC AACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAA GTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTG CGCCCTCTGGTACTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTTATTACACCTCTC AAGCTTCGCTTGGTATTGGGCTTTCGTCCCCTGTGGACGGGCCTGAAATTCA GTGGCGGTGCGGCCGGTACTCAAGCATAATAACATCATATCTCGCTTTGGA GTGACCGGGTGGACCCGCCAGATAACCCTATATTATTTCAATGGTTGACCTC GGATCAGGTAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATATCATAAAGCGGGAAGA AAAACCCAGAGCCCG

4.4. Diplotomma venustum (Körb.) Körb.

Kingdom: Fungi Division: Ascomycota Class: Lecanoromycetes Order: Teloschistales Family: Caliciaceae Genus: Diplotomma (Körb.) Körb. Species: Diplotomma venustum (Körb.) Körb.

Sinonimler: ≡Diplotomma alboatrum var. Venustum Körb.: no. 384 (1858) ≡Buellia alboatra var. venusta (Körb.) Th. Fr. (1874) 44

≡Buellia epipolia var. venusta (Körb.) Mong. (1900) ≡Buellia venusta (Körb.) Lettau, 244 (1913) ≡Buellia margaritacea var. venusta (Körb.) (1943) Deskripsiyon: Tallus kabuksu, rimoz, genellikle kalındır. Protallus bazen mevcut ve siyah renkte. Yüzeyi kireç beyazı veya gri renkte. Medulla beyaz ve kalsiyum okzalat kristalleri içermekte. Apotesyum lecidein, (0,35─)0,4─0,5─0,6(─0,7) mm çapında ve immersed. Apotesyum diski siyah, sıklıkla kalsiyum okzalat kristalleri içeren beyaz unsu, disk düzden konvekse doğru. Epihimenyum 8─12 µm kalınlığında. Himenyum 110 µm kalınlığında ve hiyalin. Hipotesyum 150─230 µm kalınlığında, K (-) ve N (-). Askus klavat, Bacidia tip, 8 sporlu ve 64×23 µm. Askosporlar kahverengi, 3 septumlu, submuriform, (15,5─)16─17,5─19(─22) µm uzunluğunda ve (7─)7,5─8,5─9(─10) µm genişliğinde. Parafizler 3,5─4,5 µm ölçülerinde ve kahverengi kapitat. Bazen piknidyum görülmekte. Kimyasal testler: K (+) kırmızı, C (-) , Pd (+) turuncu Ekolojisi: Epilitik, kalkerli kayalar, kumtaşı, şişt gibi kalsiyumlu subsratlar üzerinde. Erken evrelerinde bazen diğer likenler üzerinde parazitik olarak bulunmakta: Lecanora spp. gibi. Çalışma alanındaki yayılışı: Türkiye, Mersin, Gülnar, Gülnar- Silifke Karayolu, Kayrak çıkışı, Kalkerli kaya üzerinde, 36°21'24.5"N 33°33'08.8"E koordinatlarında, 1000─1020 m. Bozuk orman ve kayalık. Dünyada yayılışı: Güney Afrika, Avrupa, Kuzey Amerika ve Asya [161]. Türkiye’de Yayılışı: Adıyaman [144], Ankara [52], Burdur [162], Bursa [163], Çorum [164], Denizli [162, 165], Kastamonu [166], Kayseri [42, 47, 66], Niğde [47], Uşak [52].

Filogenik, anatomik ve morfolojik olarak Diplotomma epipolium türü ile çok benzerlik göstermekte olan bu tür, ikincil kimyası ile D. epipolium’dan ayrılmaktadır. D. venustum K (+) kırmızı ve Pd (+) turuncu reaksiyonları verirken, D. epipolium’un bütün kimyasal testleri negatif sonuç vermektedir [167, 168].

Bu türe ait görüntüler aşağıda Şekil 4.8’de verildiği gibidir.

45

Şekil 4.8. Diplotomma venustum’un morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Apotesyumlar, B. Tallus, C. Apotesyum kesiti, D. Askus içindeki sporlar ve parafizler

Çalışılan Diplotomma venustum türüne ait örnekler:

Türkiye, Mersin, Gülnar, Gülnar- Silifke Karayolu, Kayrak çıkışı, Kalkerli kaya üzerinde, 36°21'24.5"N 33°33'08.8"E koordinatlarında, 1000─1020 m. Bozuk orman ve kayalık. Toplayıcı: M. Gökhan HALICI, ERC AMEKA 0.014.

ERC AMEKA 0.014 numaralı örneğe ait ITS verilerinin NJ ve ML dendogramları aşağıda Şekil 4.9 ve Şekil 4.10’de verildiği gibidir.

46

Şekil 4.9. Diplotomma venustum türüne ait NJ Dendogramı

Şekil 4.10. Diplotomma venustum türüne ait ML Dendogramı

ERC AMEKA 0.014 numaralı Diplotomma venustum türüne ait ITS bölgesinin sıralanmış DNA sekansı ise şu şekildedir:

47

TTCGTAGGACGTTGAGAGGAAGTAAGGTATTCTTTTTTATTTAAAGAAGGGG GGGGGAATTTTTTTTTGGGGGAGGAAGGGGGGGGGGTTAGGGTGAGGGAA GGGGGGGTTGGGTGCTGGAAGGGAGGGAGCAAGCCTTCTACCACCAGCAG CCGAAGGCTCTCTTCGGTTCACAGATCAAGTGACGGTGACCCCTCTGCGGA GCTAAGATTTGACCGGCCGTACCTCCCGCCGGGGGCACGACGAGCGGAACC TGCGGAAGGATCATTACCGAGAGACGGGGTCTAACCGGCCCTCCCTCTTCA CCCGTGTATTTATACCTTTGTTGCTTTGGCGGGCCCTTGGCCTTGGTCGACGC TGATCGTCGGTGGAAACCTCCTCAGCGCGCGCCCGCCAGAGGCCCCATAAA TTCTGTTATCAGTGTAGTCCGAGTACTAAAATAATAAACTAAAACTTTCAAC AACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAA GTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTG CGCCCTCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTGCAACCCTC AAGCACTGCTTGGCTATGGGCGTCGCCTTCCCGGGCGTGCCTGAATTCCAGT GGCGGTCCAGTAGAGACTTTAAGCGTAGTAAGATTCTCAAATCCCGCTTGC AAATGTCTATTGCTGGGCCCGTCAGACAACCCCATCTCCACGATTGACCTCG GATCAGGTAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCCGGAGGAA TTAGCTGGTGTTGTGTGTGTGTTTTGTGTGCTTCGTGTTGTTGGTTACTCTGT AGAGTGAGACGAAAGACGATATGATAA

4.5. Flavoplaca communis (Vondrák, Říha, Arup & Søchting) Arup, Søchting & Frödén

Kingdom: Fungi Division: Ascomycota Class: Lecanoromycetes Order: Teloschistales Family: Teloschistaceae Genus: Flavoplaca Arup, Søchting & Frödén Species: Flavoplaca communis (Vondrák, Říha, Arup & Søchting) Arup, Søchting & Frödén

Sinonim: = Caloplaca communis Vondrák, P. Ríha, Arup & Søchting, (2009) 48

Deskripsiyon: Tallus kabuksu, sarı-turuncu, areolat. Areoller şişkin, bazen hafif pulsu, areoller üst üste binmiş, tallus iyi geliştiğinde yüzey kabaca granüllüdür. Apotesyum yaygın ve (0,25─)0.31─0,48─0.64(─0,85) mm çapında. Apotesyum diski olgun apotesyumlarda hafif konkav, kenar genellikle krenulat. Himenyum 78 µm, epihimenyum 63 µm kalınlığında, kahverengi. Askus 8 sporlu ve askosporlar hiyalin, polaribilokular 10–11,5 µm uzunluğunda ve 5,5–7 µm genişliğinde ve septum ölçüleri 4–5 µm [169]. Piknidyum gözlenmemiş. Kimyasal testler: Apotesyum K (+) kırmızı, C (-), Pd (-) Ekolojisi: Sert silisli kayalar üzerinde, Özellikle deniz kıyılarında yayılış göstermektedir. Çalışma alanında yayılışı: Türkiye, Mersin, Akkuyu, Beş Parmak Adası, Silisli kaya üzerinde, 36°07'27.1"N 33°31'59.6"E koordinatlarında, 32 m. Dünyada yayılışı: Karadeniz bölgesi Marmara bölgesi, Doğu Akdeniz, Bulgaristan, Yunanistan, Ukrayna [170]. Türkiye’de yayılışı: İstanbul , Kastamonu, Kırklareli, Ordu, Yalova, Zonguldak [170].

F. havaasii ve F.communis türünü morfolojik olarak birbirinden ayırmak güçtür. F. communis türü F. havaasii türünün aksine deniz kıyılarında silisli kayalar üzerinde bulunur. Tallusu daha az gelişmiştir ve hiçbir zaman kaba granüller ile kaplı değildir. Moleküler olarak ise F. maritima, F. communis ve F. havaasii aynı kladda yer almaktadır. Yani genetik olarak yakından ilişkilidirler. F. communis, F. havaasii türünün aksine silisli kayalar üzerinde yer almaktadır. F. maritima türü ise, sadece deniz kenarında veya deniz taşları üzerinde yayılış göstermektedir. Ayrıca F. havasii türünün aksine apotesyumları daha kırmızımsı turuncudur ve sporları daha küçük septumlara sahiptir [169, 171]. . Bu türe ait görüntüler aşağıda Şekil 4.11’de verildiği gibidir.

49

Şekil 4.11. Flavoplaca communis’in morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Tallus, B. Apotesyumlar, C. Apotesyum kesiti, D. Askus içindeki sporlar ve parafizler

Çalışılan Flavoplaca communis türüne ait örnekler: Türkiye, Mersin, Gülnar-Akkuyu, Limanın doğu ve kısımları, Kalkerli kaya üzerinde, 36°08'15.9"N 33°32'54.5"E koordinatlarında, 10 m. Kızılçam ve maki karışımı. Toplayıcı: M. Gökhan HALICI, ERC AMEKA 0.105.

ERC AMEKA 0.014 numaralı örneğe ait ITS verilerinin NJ ve ML dendogramları bir sonraki Flavoplaca havasii türünün dendogramları ile birlikte Şekil 4.13 ve Şekil 4.14’de verilmiştir.

ERC AMEKA 0.105 numaralı Flavoplaca communis türüne ait ITS bölgesinin sıralanmış DNA sekansı ise şu şekildedir:

TCGTTTGGATTATGCAGGTAGGAGGACCTGTGGTAGGATCATTACCGAGAG AGGGACGTGCGGTTGCTTGCGGCCCACGGCCCGGGGGGTTTCCCCTCGACT CTTCAAACCCTATGCGTACCAATCTCTGTTGCTTCGGCGAGCGCCGGGGGGC TCTATGCGCCCCGGCCCCGGCTTCGGTCGGTGAGTTCTCGCCGAAGACCCAA TTCCAATCTGTTTGCAGCCCCGTCCGAACGTATCGATAAATCCAATTAAAAC 50

TTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAAT GCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAAC GCACATTGCGCCCCCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTG CAACCCTCAAGCTTTGCTTGGTATTGGGCGTTCGCTGCCCCGCGTCGGGGGG GCGCGCCTGTAAATTAGTGGCGGCCCCGGGGGGATCTCAAGCGTAGTAGAA CCTTTTCGCTTGGGAGGTGCCACCCGGGGTTCGGACGACAAGCTCCCCATCC ATCAATGATTGACCTCGGATCAGGCAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATA TCAAAAGCCGGAGGAAACTTGAAAATTTTTTTTTTTTTGGGTA

4.6. Flavoplaca havasii (H. Magn.) Arup, Frödén & Søchting

Kingdom: Fungi Division: Ascomycota Class: Lecanoromycetes Order: Teloschistales Family: Teloschistaceae Genus: Flavoplaca Arup, Søchting & Frödén Species: Flavoplaca havasii (H. Magn.) Arup, Frödén & Søchting

Sinonim: =Caloplaca havaasii H. Magn., (1954) Deskripsiyon: Tallus kabuksu, verrukuloz, turuncumsu sarı veya sarımsı turuncu renginde, 0,1 ila 1 mm çapında ve 0,15–0,4 mm kalınlığında, tallus areol ya da pulsu form oluşturmaktadır ve 2,5 cm büyüklüğünde büyük yamalar şeklinde olabilmektedir. Protallus var veya yoktur. Apotesyum çok sayıda ve (0,25─)0,3─0,41─0,52(─0,6) mm çapında. Apotesyum diski zeorin, turuncu tonlarında, düz veya konveks. Epihimenyum 45–82 µm kalınlığında. Himenyum 110 µm kalınlığında ve kahverengi. Hipotesyum 150-230 µm kalınlığında, K- ve N-. Askus: 8 sporlu ve askosporlar hiyalin, polaribilokular, (11,5─)11,85─14,1─16,4(─17) µm uzunluğunda ve (6,5─)6,58─6,65─6,88(─7) µm genişliğinde ve septum ölçüleri (4,5─)4,77─5,65─6,48(─6,5) µm, bazı askosporlar çok romboid [169], parafizler basit, 2-2.5 µm ölçülerinde. Piknidyum gözlenmemiştir. Kimyasal testler: Apotesyum K (+) mor, C (-), Pd (-) 51

Ekolojisi: Genellikle deniz kıyısındaki kalkerli kayalar üzerinde yayılış göstermektedir. Ayrıca kalkerli yüzeylerin yatay ve dikey yüzeylerinde de tipik olarak görülen bir türdür. Türkiye’de Yayılışı: Çanakkale, Giresun [170], Mersin [169] Dünyada yayılışı: Türkiye, Norveç, Hollanda

Daha önce bahsedildiği üzere F. havaasii ve F.communis türlerini morfolojik olarak birbirinden ayırmak güçtür. F. communis türü F. havaasii türünün aksine deniz kıyılarında silisli kayalar üzerinde bulunur. Tallusu daha az gelişmiştir ve hiçbir zaman kaba granüller ile kaplı değildir. Moleküler olarak ise F. maritima, F. communis ve F. havaasii aynı kladda yer almaktadır. Yani genetik olarak yakından ilişkilidirler. F. communis, F. havaasii türünün aksine silisli kayalar üzerinde yer almaktadır. F. maritima türü ise, sadece deniz kenarında veya deniz taşları üzerinde yayılış göstermektedir. Ayrıca F. havasii türünün aksine apotesyumları daha kırmızımsı turuncudur ve sporları daha küçük septumlara sahiptir [169, 171].

Bu türe ait görüntüler aşağıda Şekil 4.14’de verildiği gibidir.

Şekil 4.12. Flavoplaca havasii’nin morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Tallus, B. Apotesyumlar

52

Çalışılan Flavoplaca havaasii türüne ait örnekler: Türkiye, Mersin, Gülnar-Akkuyu, Limanın doğu ve kısımları, Kalkerli kaya üzerinde, 36°08'15.9"N 33°32'54.5"E koordinatlarında, 10 m. Kızılçam ve maki karışımı. Toplayıcı: M. Gökhan HALICI, ERC AMEKA 0.105.

ERC AMEKA 0.110 numaralı Flavoplaca havasii türüne ait ITS bölgesinin sıralanmış DNA sekansı ise şu şekildedir:

TCGTTTGGATTATGCAGGTAGGAGGACCTGTGGTAGGATCATTACCGAGAG AGGGACGTGCGGTTGCTTGCGGCCCACGGCCCGGGGGGTTTCCCCTCGACT CTTCAAACCCTATGCGTACCAATCTCTGTTGCTTCGGCGAGCGCCGGGGGGC TCTATGCGCCCCGGCCCCGGCTTCGGTCGGTGAGTTCTCGCCGAAGACCCAA TTCCAATCTGTTTGCAGCCCCGTCCGAACGTATCGATAAATCCAATTAAAAC TTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAAT GCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAAC GCACATTGCGCCCCCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTG CAACCCTCAAGCTTTGCTTGGTATTGGGCGTTCGCTGCCCCGCGTCGGGGGG GCGCGCCTGTAAATTAGTGGCGGCCCCGGGGGGATCTCAAGCGTAGTAGAA CCTTTTCGCTTGGGAGGTGCCACCCGGGGTTCGGACGACAAGCTCCCCATCC ATCAATGATTGACCTCGGATCAGGCAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATA TCAAAAGCCGGAGGAAACTTGAAAATTTTTTTTTTTTTGGGTA

ERC AMEKA 0.110 ve ERC AMEKA 0.105 numaralı örneğe ait ITS verilerinin NJ ve ML dendogramları bir sonraki Flavoplaca havasii türünün dendogramları ile birlikte Şekil 4.13 ve Şekil 4.14’de verilmiştir.

53

Şekil 4.13. Flavoplaca cinsine ait NJ Dendogramı 54

Şekil 4.14. Flavoplaca cinsine ait ML Dendogramı

55

4.7. Lecania rabenhorstii (Hepp) Arnold.

Kingdom: Fungi Division: Ascomycota Class: Lecanoromycetes Order: Lecanorales Family: Ramalinaceae Genus: Lecania A. Massal. Species: Lecania rabenhorstii (Hepp) Arnold.

Sinonimleri: =Patellaria rabenhorstii Hepp, (1853) [MB#399070] =Biatorina rabenhorstii (Hepp) A. Massal., (1855) =Sporoblastia rabenhorstii (Hepp) Trevis., (1856) =Biatorina proteiformis var. rabenhorstii (Hepp) A. Massal., (1856) =Lecania erysibe var. rabenhorstii (Hepp) Mudd, (1861) =Biatora rabenhorstii (Hepp) Rabenh., (1870) =Lecaniella rabenhorstii (Hepp) Jatta, (1889) =Lecanora rabenhorstii (Hepp) Stizenb., (1890) Deskripsiyon: Tallus kabuksu, areolat, areoller çoğunlukla keskin köşeli, geniş ve düzdür. Üst yüzey sarımsı kahverengi ve kahverengimsi gri renkte. Apotesyum genellikle geniş, çok sayıda ve areollerin yüzeyini kaplayan ve (0,35─)0,41─0,5─0,57(─0,6) mm çapında, kahverengimsi siyah renktedir. Epihimenyum kahverengi, 78 µm kalınlığında ve himenyum 100 µm uzunluğunda ve hiyalindir. Askus 8 sporlu, Bacidia tip ve 46,5 × 10,5 mm çapında. Sporlar 12–13,5 µm uzunluğunda, hiyalin ve 5 µm genişliğinde. Alg tabakası 158–178 µm. Parafizler basit ve genellikle 3–5 µm genişliğinde. Piknidyum tür için nadirken çalışılan türde de rastlanmamıştır. Kimyasal testler: Hepsi negatif Ekolojisi: Doğal kalkerli kayalardan eski duvarlar gibi yapay subsrat yüzeylerine kadar çeşitli kayaların üzerinde yayılış gösteren tür, nadiren kemik ya da yosun üzerinde de bulunmakta ve genelde nötral ya da alkalin kayalar üzerinde [172]. Çalışma alanında yayılışı: Türkiye, Mersin, Akkuyu, Beş Parmak Adası, Silisli kaya üzerinde, 36°07'27.1"N 33°31'59.6"E koordinatlarında, 32 m. Dünyada yayılışı: Orta Avrupa, Akdeniz’in Kuzeyi, Kuzey Afrika [130]. 56

Türkiye’de yayılışı: Ankara [52], Ardahan [173], Bilecik [148], Bolu [174, 175], Bursa [149], İstanbul [52], Kars [176], Kastamonu [41], Kayseri [39, 47], Niğde [42, 47], Ordu [52].

Lecania inundata türüne anatomik olarak oldukça benzeyen bu tür, areollerin daha papillat olması ile bu türden ayrılmaktadır. Ayrıca Lecania turicensis türü ile de morfolojik olarak karıştırılan bu tür, hiç unsu yapı içermemesi ve daha beyazımsı gri tallusu ile bu türden ayrılmaktadır [177]. Lecania inundata türü, Lecania fuscella türü ile genetik olarak yakından ilişkilidir. Ancak üç septuma sahip sporları ve sadece odun ve ağaç kabuğu üzerinde yayılış göstermesi ile L. inundata türünden bariz şekilde ayrılmaktadır [130].

Bu türe ait görüntüler aşağıda Şekil 4.15’de verildiği gibidir.

Şekil 4.15. Lecania rabenhorstii’nin morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Tallus, B. Apotesyumlar, C. Apotesyum kesiti, D. Sporlar.

57

Çalışılan Lecania rabenhorstii türüne ait örnekler: Türkiye, Mersin, Akkuyu, Beş Parmak Adası, Silisli kaya üzerinde, 36°07'27.1"N 33°31'59.6"E koordinatlarında, 32 m. Toplayıcı: M. Gökhan HALICI, ERC AMEKA 0.109.

ERC AMEKA 0.109 numaralı örneğe ait ITS verilerinin NJ ve ML dendogramları bir Şekil 4.16 ve Şekil 4.17’de aşağıda verilmiştir.

ERC AMEKA 0.109 numaralı Lecania rabenhorstii türüne ait ITS bölgesinin sıralanmış DNA sekansı ise şu şekildedir:

TACATTCTCTTCAGTCAGGTCGAGCTCCTGCGGTAGGATCATTACAGAGCGG GGTTTCACGACCTCGGGGGCTCGCGCCTCAAACTCTTCACCCTATGCTTACC TACCTTCCTGTTGCTTTGGCGGGCCGGAGGGCAATCCTGCCGAGTCGGCCAG TGCCCGTCAATAGCCCCTCTCAATACCTCTTATCAGTGACGTCTGAGTACAC ATACAATAATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGA AGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATC ATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGGTATTCCGGGGGGCATGCCT GTTCGAGCGTCATTGCACCCCTCAAGCGTAGCTTGGTATTGGGCCTCCGCTC CCCGGGGGCGCGCCCGAAAAGCATTGGCGGTCCGGTGCGACTTTAAGCGTA GTAAATTCTCTTTCGCTTTGAAAGTTCCCCCGTGGCTGCCAGACAACCCCCA CAATTGTATCAATGATTGACCTCGGATCAGGCAGGGATACCCGCTGAACTT AAGCATATCAATAAGCCGGAGGAA 58

Lecania erysibe AM504060.1 70 Lecania erysibe AM292682.1 99 Lecania erysibe AM504061.1 57 Lecania erysibe AM600966.1 Lecania cyrtella AM504055.1 36 100 Lecania cyrtella AM292680.1 Lecania proteiformis AM600968.1 100 Lecania proteiformis AM504071.1 29 92 Lecania prasinoides AM504069.1 100 Lecania prasinoides AM504068.1 Lecania prasinoides AM504070.1

56 100 Lecania dubitans AM504059.1 27 Lecania dubitans AM504058.1| 46 Lecania sambucina AM292696.1 13 100 Lecania sambucina AM292695.1 Lecania hutchinsiae AM292689.1 Lecania sylvestris AM292699.1 Lecania aipospila AM292674.1 17 35 Lecania cyrtellina AM504057.1 35 100 Lecania cyrtellina AM292681.1

100 ERC AMEKA109- ITS4 96 Lecania rabenhorstii AM292693.1 Lecania fuscella AM292685.1 100 Lecania fuscella AM292684.1

79 Lecania turicensis AM292700.1 16 100 Lecania atrynoides AM292675.1 Lecania inundata AM292690.1

90 Lecania gerlachei AM292687.1 67 Lecania gerlachei AM292686.1

100 Lecania racovitzae AM292694.1

77 Lecania brialmontii AM292677.1 68 Lecania brialmontii AM292676.1

100 Lecania naegelii KT695396.1 Lecania naegelii KT695323.1 50 Lecania croatica KT695393.1 100 Lecania croatica KT695350.1 Sphaerophorus globosus AY256780.1

0.02

Şekil 4.16. Lecania rabenhorstii türüne ait NJ dendogramı

59

Lecania erysibe AM504060.1

98 Lecania erysibe AM292682.1 Lecania erysibe AM504061.1 Lecania erysibe AM600966.1 39 Lecania cyrtella AM504055.1 100 Lecania cyrtella AM292680.1 20 Lecania proteiformis AM600968.1 96 Lecania proteiformis AM504071.1 Lecania hutchinsiae AM292689.1 51 81 Lecania prasinoides AM504069.1 100 Lecania prasinoides AM504068.1 Lecania prasinoides AM504070.1 Lecania dubitans AM504059.1 34 100 4 Lecania dubitans AM504058.1| 45 Lecania sambucina AM292696.1 100 Lecania sambucina AM292695.1

100 Lecania cyrtellina AM504057.1 6 Lecania cyrtellina AM292681.1 16 Lecania sylvestris AM292699.1 40 Lecania aipospila AM292674.1

100 ERC AMEKA 0.109-ITS4 Lecania rabenhorstii AM292693.1 76 Lecania fuscella AM292685.1 100 Lecania fuscella AM292684.1

80 Lecania turicensis AM292700.1 100 Lecania atrynoides AM292675.1 Lecania inundata AM292690.1

100 Lecania naegelii KT695396.1 52 Lecania naegelii KT695323.1 14 Lecania croatica KT695393.1 100 Lecania croatica KT695350.1

27 83 Lecania gerlachei AM292687.1 Lecania gerlachei AM292686.1

100 Lecania racovitzae AM292694.1 Lecania brialmontii AM292677.1 57 Lecania brialmontii AM292676.1 Sphaerophorus globosus AY256780.1

0.02

Şekil 4.17. Lecania rabenhorstii türüne ait ML dendogramı

60

4.8. Lobothallia radiosa (Hoffm.) Hafellner

Kingdom: Fungi Division: Ascomycota Class: Lecanoromycetes Order: Pertusariales Family: Megasporaceae Genus: Lobothallia (Clauzade & Cl. Roux) Hafellner Species: Lobothallia radiosa (Hoffm.) Hafellner

Sinonimleri: =Lichen radiosus Hoffm., (1784) =Placodium radiosum (Hoffm.) Ach. (1794) =Lobaria radiosa (Hoffm.) Hoffm., (1796) =Psora radiosa (Hoffm.) Hoffm., (1801) =Lecanora radiosa (Hoffm.) Schaer., (1850) =Parmelia radiosa (Hoffm.) Schaer., (1850) =Patellaria radiosa (Hoffm.) Trevis., (1852) =Squamaria radiosa (Hoffm.) Poetsch., (1872) =Psoroma radiosum (Hoffm.) Flagey., (1886) =Parmularia radiosa (Hoffm.) de Lesd., (1932) =Placolecanora radiosa (Hoffm.) Räsänen., (1944) =Aspicilia radiosa (Hoffm.) Poelt & Leuckert., (1973) =Protoplacodium radiosum (Hoffm.) Motyka., (1995) Deskripsiyon: Tallus plakoid, dairesel, en fazla 8 cm çapında, 0,25–0,5 mm kalınlığında, rimoz, areolat veya verrukuloz areolat. Areoller düz veya konveks gibi, bitişik, 0,5–1 mm çapında, genellikle ana hatta açılı şekilde. Loblar bitişik, birbiri ile birleşir görüntüde (confluent), sıkı adnat. Lob uzunluğu 2,5–4,5 µm, lob genişliği 0,8–1 µm. Üst yüzey genellikle koyu gri, yeşilimsi, zeytin yeşili, yeşilimsi gri ve grimsi kahverengi de olabilmekte. Apotesyum genellikle çok sayıda, merkezde yoğun olarak bulunmakta, sesil ve (0,25─)0,35─0,49─0,63(─0,7) mm çapında. Apotesyum diski kırmızı-kahve veya gri- kahverengi tonlarında, bazen siyah ya da kahverengimsi siyah da olabilmekte, başlangıçta konkav daha sonra düz ve genellikle unsu yüzeye sahip değil. Apotesyum kenarı 0,1 mm genişliğinde, tüm kenarda ya da düzensiz yayılmış, 61

Epihimenyum 10–15 µm kalınlığında, hiyalin ve himenyum: 70–80 µm uzunluğunda ve hiyalin. Hipotesyum 30 µm kalınlığında. Askus dikdörtgen-elips, 8 sporlu ve 64×23 µm ve askosporlar hiyalin, basit, elipsoid, (10,5─)10,8─12,25─13,7(─14,5) µm uzunluğunda ve (7,5─)8,23─9─9,47(─9,5) µm genişliğinde. Parafizler 2–3 µm ölçülerinde. Kimyasal testler: Tallus K (-) veya belli belirsiz K (+) kahverengi, C (-), KC (-), P(-). Medulla ve korteks P (+) sarı ve C (-). Ekolojisi: Sert silisli kayalar üzerinde (bazalt ve diğer organik kayalar, granit ve riyolit) veya silikat-karbonatlı kayalar üzerinde (Silika içeriği neredeyse kalsiyum veya magnezyumla eşdeğer olan kayalar) yayılış göstermektedir. Çalışma alanında yayılışı: Türkiye, Mersin, Aydıncık-Gülnar yolundan Yassıhan köyüne gidiş, Kalkerli kaya üzerinde, 36°16'06.5"N 33°19'23.3"E koordinatlarında, 750–760 m. Bozuk meşe ormanı ve kayalık. Dünyada yayılışı: Avrupa, Asya, Kuzey Amerika [178]. Türkiye’de yayılışı: Türkiye’nin genelinle sert silisli kayalar üzerinde oldukça yaygın bir yayılışa sahiptir.

Lobothallia radiosa türü morfolojik ve anatomik olarak Lobothallia praeradiosa ile benzerlik göstermektedir. Ancak L. radiosa türü daha ince, bitişik adnat tallus ve loblar içermektedir. Aynı zamanda medullada hif paketlerinin bulunmaması da bu türü L. praeradiosa türünden ayırmaktadır. Bu tür moleküler olarak en yakın akrabası olan Lobothallia recedens, L. radiosa türünden kalın tallusu, medulla K (-) ve Pd (-) olması ve daha nadir yayılışlı olması ile ayrılmaktadır [179].

Bu türe ait görüntüler aşağıda Şekil 4.18’de verildiği gibidir.

62

Şekil 4.18. Lobothallia radiosa’nın morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Tallus, B. Loblar, C. Apotesyum, D. Apotesyum kesiti, E. Sporlar

Çalışılan Lobothallia radiosa türüne ait örnekler: Türkiye, Mersin, Aydıncık-Gülnar yolundan Yassıhan köyüne gidiş, Kalkerli kaya üzerinde, 36°16'06.5"N 33°19'23.3"E koordinatlarında, 750–760 m. Bozuk meşe ormanı ve kayalık. Toplayıcı: M. Gökhan HALICI, ERC AMEKA 0.051.

ERC AMEKA 0.051 numaralı örneğe ait ITS verilerinin NJ ve ML dendogramları bir Şekil 4.19 ve Şekil 4.20’de aşağıda verilmiştir.

63

Şekil 4.19. Lobothallia radiosa Neighbour Joining Dendogramı

Şekil 4.20. Lobothallia radiosa Maksimum Likelihood Dendogramı

64

ERC AMEKA 0.109 numaralı Lobothallia radiosa türüne ait ITS bölgesinin sıralanmış DNA sekansı ise şu şekildedir:

AACAGGAATGGCCGCCGCCTCTTTATTGGCCCGCCACGGTTCTCCGGCGGGC CCAAACGGTGACTCCAAGCGGCGTTTGAAGTTCTACTACGCTTGAGCACCG GCTGCACTGCCACTGATTTTCAGGCCCGCCCCAGGGGGCGACGGCCCAATA CCAAGCTGAGCTTGAGTGGTGTAATGACGCTCGAACAGGCATGCCCCCCGG AATACCAGAGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGATTCACTGAATTC TGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTCATCGATGCCAGAG CCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTAGTTTATTCGAGCCACAGTCAGACGT CACTAATAACCAGTGTTTATGGGGCCTCCGGCAGACCGGGACACTGCAACG AGCGCCGGGTTAAGACACTCGCGCTCTGAGTTCCGGGCATCCACCGAAGCA ACAGAGGTACATACACAAAGGGTGGGAGGTCGGGCCCCGAAGGACCCTCTC TCGTTAATGATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGACTTTT ACTTCCTCTAATTGACCAAGAAATTAAAAAA

4.9. Megaspora verrucosa (Ach.) Arcadia & A. Nordin.

Kingdom: Fungi Division: Ascomycota Class: Lecanoromycetes Order: Pertusariales Family: Megasporaceae Genus: Megaspora (Clauzade & Cl. Roux) Hafellner & V. Wirth. Species: Megaspora verrucosa (Ach.) Arcadia & A. Nordin.

Sinonimler: ≡ Lecanora verrucosa Ach. (1810) ≡ Urceolaria verrucosa Ach.,339 (1810) ≡ Parmelia verrucosa (Ach.) Spreng. (1827) ≡ Parmelia verrucosa a. verrucosa (Ach.) Spreng. (1827) ≡ Pachyospora verrucosa (Ach.) A. Massal., (1852) ≡ Gussonea verrucosa (Ach.) Trevis., (1852) ≡ Aspicilia verrucosa (Ach.) Körb.,(1855) 65

≡ Amygdalaria verrucosa (Ach.) Körb. (1855) ≡ Megaspora verrucosa (Ach.) Hafellner & V. Wirth,(1987) Deskripsiyon: Tallus kabuksu, zeytin yeşili – beyazımsı yeşil, kısmen unsu yapıya sahip, sored ve izid yok, hipotallus belirsiz. Apotesyum areollere gömük, (0,3─)0,37─0,53─0,68(─0,7) mm çapında. Apotesyum diski siyah, derin konkav, başta ostiolat, sonra gittikçe darlaşan. Himenyum I (+) mavi, 200-250 µm kalınlığında ve hiyalin. Hipotesyum soluk sarımsı veya kahverengimsi, askus klavat, 8 sporlu ve 200- 230 × 45-50µm ölçülerinde. Askosporlar kalın duvarlı, sıklıkla yağ damlaları içermekte, apotesyum duvarı K (-), (38─)38,75─46,75─54,75(─60) µm uzunluğunda ve (20,5─)23,35─26,13─28,9(─30) µm genişliğinde. Kimyasal testler: Hepsi negatif Ekolojisi: Bu tür Arktik'te yosun, humus ve topraklarda yetişir; aynı zamanda ağaç gövdelerinde yetişebilmektedir. Çalışma alanındaki yayılışı: Türkiye, Mersin, Gülnar, Gülnar- Silifke Karayolu, Kayrak çıkışı, Kalkerli kaya üzerinde, 36°21'24.5"N 33°33'08.8"E koordinatlarında, 1000─1020 m. Bozuk orman ve kayalık. Dünyada yayılışı: Avrupa, Makaronezya Asya, Güney Amerika ve Kuzey Amerika [180, 181]

Moleküler ve anatomik olarak M. rimisorediata ile çok benzemektedir. Daha uzun bir himenyum (200-250 um), daha büyük askus (200-230 × 45-50 um) ve daha büyük askosporlara (30-60 × 21-42 um) sahip olmasıyla M. rimisorediata'dan ayrılmaktadır [182, 183].

Bu türe ait görüntüler aşağıda Şekil 4.21’de verildiği gibidir.

66

Şekil 4.21. Megaspora verrucosa morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Apotesyumlar ve tallus, B. Apotesyumlar, C. Askustan bir kesit, D. Askus içindeki sporlar

Çalışılan Megaspora verrucosa türüne ait örnekler: Türkiye, Mersin, Gülnar, Gülnar- Silifke Karayolu, Kayrak çıkışı, Kalkerli kaya üzerinde, 36°21'24.5"N 33°33'08.8"E koordinatlarında, 1000─1020 m. Bozuk orman ve kayalık. Toplayıcı: M. Gökhan HALICI, ERC AMEKA 0.091.

ERC AMEKA 0.091 numaralı örneğe ait ITS verilerinin NJ ve ML dendogramları bir Şekil 4.22 ve Şekil 4.23’de aşağıda verilmiştir.

67

Şekil 4.22. Megaspora verrucosa türüne ait NJ Dendogramı

Şekil 4.23. Megaspora verrucosa türüne ait ML dendogramı

ERC AMEKA 0.091 numaralı Megaspora verrucosa türüne ait ITS bölgesinin sıralanmış DNA sekansı ise şu şekildedir:

TACGCATAGTTTAATCAGCTCAGGTGGACCTGCGGAGGGATCATTACTGAG ATTCGGGTCCCTTTGGGGGCCTGACCCTCCCACCCTTTGTGTATATACCCTC GTTGCTTCGGCGCACCCCGCGGTCAACGGTGCTGCTCGACACGCCGGACCC GGGCCGTCAGTGGCCCCCATCAATTCTGAATGTATCGGTGACGTCTGAGCGT ACATGCAAAACGAACAAAATTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCCGGCATC ATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTG AACCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTCTGGTATTCCGGAGGGCAT GCCTGTCCGAGCGTCATTGCACCTCTCAAGCGCAGCTTGGTGTTGGGCCGTC GTCCCCCGGGGACGGGCCTGAAAAACAGTGGCGGTGCAGCCGGTACTCGAG 68

CGCAGTAGAATCACCGCTCCGGAGTCTCCGGCTGGACCCGCCAGACAACCC CCTTCGCGATTACACTGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCCGCTGAAC TTAAGCATATCAAAAGGGGGGAAGGGAAAATTTTAAGGGGCATGCATGTTT TTAGCGTCATTACCCCAGTCAAGCTCGGCTTGGTAATGGGTCTTCGCCCCCT GTCGTGCCTAAAATTAAGCGGCGGTGCCGCCTGGCTTCAAGCTTTTTATTCT TTTTCCTTTTGAAATGGGTTCTGACATCTGCCAAACCAAACCCCCAATTCAA TGTTGACCTCAGATGAGGGAGTGATACCGCTTAACTTAACTTAA

4.10. Pertusaria rubefacta Erichsen

Kingdom: Fungi Division: Ascomycota Class: Lecanoromycetes Order: Pertusariales Family: Pertusariaceae Genus: Pertusaria DC. Species: Pertusaria rubefacta Erichsen.ü

Deskripsiyon: Tallus kabuksu, ince veya kalın, Beyazımsı ya da soluk grimsi, çatlaklı. Protallus bazen sınırlı (distinct) soluk beyaz. Yüzey bariz şekilde siğilli ve her fertil siğil 0,8–3 mm çapında. Tallus alt kısmında uç kısmı düzleşmiş apotesyumlar var. Askus: Genellikle 2 sporlu. Sporlar: 89 x 29 µm çapında. Piknidyumlar: 40–48 µm çapında. Kimyasal testler: Tallus Pd(+) sarı, K(+) sarı-kırmızı, KC(-) sarı, C(+) turuncu Ekolojisi: Düz veya pürüzlü ağaç kabuğu ve geniş yapraklı ağaçların gövdeleri üzerinde. Çoğunlukla Quercus üzerinde. Özellikle eski duvarlar üzerinde nadiren kaya üzerinde bulunmaktadır. Çalışma alanında yayılışı: Türkiye, Mersin, Gülnar, Gülnar- Silifke Karayolu, Kayrak çıkışı, Kalkerli kaya üzerinde, 36°21'24.5"N 33°33'08.8"E koordinatlarında, 1000–1020 m. Bozuk orman ve kayalık. Dünyada yayılışı: Batı yarımküre, Kuzey Amerika’nın Kuzey ve Güney kısımları [184] Türkiye’de yayılışı: Bu çalışma ile birlikte Türkiye için yeni kayıt olarak saptanmıştır.

69

Pertusaria rubefacta türü, anatomik ve morfolojik olarak Pertusaria hymenea türü ve filogenetik olarak Pertusaria pertusa türü ile çok benzerlik göstermektedir. 3 tür arasındaki fark sekonder kimyalarından kaynaklanmaktadır. Pertusaria pertusa türü 4,5-dichlorlichexanthone ve stictic asit içerirken, P. hymenea thiophaninik asit ve giroforik asit içerir. Pertusaria rubefacta ise P. hymenea’da bulundan sekonder bileşiklere ek olarak norstistik asit ve constistik asit içermektedir. Sekonder metabolit bakımından türlerin karşılaştırılması ve spot test sonuçları aşağıda Tablo4.1ve 4.2 ‘de verilmiştir [184, 185].

Tablo 4.1. P. pertusa, P. hymenea ve P. rubefacta türlerinin sekonder metabolit bakımından karşılaştırılması

P. pertusa P. hymenea P. rubefacta 4,5-Dichlorlichexanthone Thiophaninik asit Thiophaninik asit Stistik asit Giroforik asit Giroforik asit Norstistik asit Konstistik asit

Tablo 4.2. P. pertusa, P. hymenea, P. rubefacta türlerinin kimyasal çözeltilere tepkileri

Çözeltiler P. P. P. pertusa hymenea rubefacta Pd (parafenilendiamin) (+) (-) (+) K (Potasyum hidroksit) (+) (+) veya (-) (+) KC (Potasyum hidroksit + Kalsiyum (+) (+) (-) hipoklorit) C (Kalsiyum hipoklorit) (-) (-) veya (+) (+)

Türe ait görüntüler aşağıda Şekil 4.24‘de verildiği gibidir. 70

Şekil 4.24. Pertusaria rubefacta’nın morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Apotesyumlar, B. Tallus, C. Spor, D. Askus içindeki gelişmemiş sporlar

Çalışılan P. rubefacta türüne ait örnekler: Türkiye, Mersin, Gülnar, Gülnar- Silifke Karayolu, Kayrak çıkışı, Kalkerli kaya üzerinde, 36°21'24.5"N 33°33'08.8"E koordinatlarında, 1000–1020 m. Bozuk orman ve kayalık. Toplayıcı: M. Gökhan HALICI, ERC AMEKA 0.088.

ERC AMEKA 0.088 numaralı örneğe ait ITS ve mtSSU verilerinin NJ ve ML dendogramları bir Şekil 4.25, Şekil 4.26, Şekil 4.27 ve Şekil 4.28’de aşağıda verilmiştir.

71

Şekil 4.25. P. rubefacta türüne ait ITS NJ dendogramı 72

Şekil 4.26. P. rubefacta türüne ait ITS ML dendogramı

73

Şekil 4.27. P. rubefacta türüne ait mtSSU NJ dendogramı 74

Şekil 4.28. P. rubefacta türüne ait mTSSU NJ dendogramı

75

ERC AMEKA 0.088 numaralı Pertusaria rubefacta türüne ait ITS bölgesinin sıralanmış DNA sekansı ise şu şekildedir:

CTTTTCTATCGATAAGTGTATCCGCCGTCTATTATTGGAGCGCTGCGGACGT CCGGCCGGCGTAACCCCTTTGATGTTGGGCACGCAATGTCCGTAGACACCGT GGCGGCGACGCCGTCCCTCGGAACCGAAAAGATTTCACTGCGGTTAGAGGT TCGACATCCACACCCTCGTTTTGAGGTCAATCGCGGAAACGATGTAGCCCAT CGTCGAGCACGAGGCTCGCGGCCAGCCAGTGGATGGCGGTTGTAACGACGC TCGGACAGGCATGCCCCCCGGAATACCGGAGGGCGCAATGTGCGTTCAAAG ATTCGATGACTCACTGAATTCTGCAATTCGCATTACTTATCGCATTTCGCTGC GTTCTTCATCGATGCCAGAACCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTATCAAT TATAATTTTCCTTAGACGACATGGAGATAGCGAGGTTTAGGGTAGCTGCCG GCGGGGTTACCCGCCTAAACAATCGGTTGCGTCGTACGACACAGGAGGGAG GTTCGGGGCCCCGAAGGTACCCTTCAATCTCGGTAATGATCCTTCCGCAGGT TCACCTACGGAAACCTTGTTACGACTTTTACTTCCTCAAAGGAACCCAAGAA AAAATTTTTTTTTG

ERC AMEKA 0.088 numaralı Pertusaria rubefacta türüne ait mtSSU bölgesinin sıralanmış DNA sekansı ise şu şekildedir:

ATGCTAGTAGACTGCACAGCCACATTCGAGGATGTATATCGACTCCTGTCCG AATAAAGTTCCTAGTTAAGTTATGATAATGACATTCTCTTAACTATGTGTCT TGACCAAATCACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTGGAAGACTAGTGTTA TTCATCTTTAACAGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGTAAATCAAGCCCCAAA AGGGGACTAATTTACTAGAGTTTAATAAGAGAGGGGGAGTACTGATGAGTG GAGCGATTAAATTTTATGATACCATTAGGAACAGACAAAGGCGAAAGCGAC CTTTTACATAAAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCTTTAGTAGTGAACAGGA TTAGATACCCAAGTAATTAAAGCAGACAATGATGAATGTCATAGATTAGTA CTTTTTTTTTGCTTGTATTGATAAAGCTTGTATTGATAAAATTCATAAAAATC AAAAAAGTGTACTATTAATCTATAAATGAAAGTGTAAGCATTCCACCTCAA GAGTAATGTGGCAACGCAGAAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCA GTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTAGATAATCCGCAAAAGACCTCACCACAAT TTGTATATTATTATTTTATAATAATACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTA 76

ATGTCGTGAGATTAGGTTAGTTCCATTAAATTAACGTAAACCCTTGCTTTAT TTATATTATAAAGTAGATCACCGCTATATTGGATGTGATAATAGGGACTAAG ACAAGTCATCATGGCCTGAATATTGTGGCATAAAGGGGCCCCAAATATAAA AAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGGAAAGGGGAGAAA

4.11. Physcia stellaris (L.) Nyl.

Kingdom: Fungi Division: Ascomycota Class: Lecanoromycetes Order: Teloschistales Family: Physciaceae Genus: Physcia (Schreb.) Michx. Species: Physcia stellaris (L.) Nyl.

Sinonimleri: = Lichen stellaris L., (1753) = Lobaria stellaris (L.) Hoffm., (1792) = Parmelia stellaris (L.) Ach., (1803) = Geissodea stellaris (L.), (1805) = Imbricaria stellaris (L.) DC., (1805) = Squamaria stellaris (L.) Frege., (1812) = Hagenia stellaris (L.), De Not (1846) = Anaptychia stellaris (L.) A. Massal., (1853) = Dimelaena stellaris (L.) Norman, (1853) = Borrera stellaris (L.) Mudd, (1861) = Xanthoria stellaris (L.) Horw., (1912) Deskripsiyon: Tallus yapraksı, dairemsi veya düzensiz, 4 cm’ye kadar çapa sahip. Tallus lobları genişliği 2 mm’ye kadar, düz veya konveks ve yüzeysel silika yok. Üst yüzey beyazımsı gri, nadiren kahverengimsi gri, genellikle unsu yapılara sahip değil. Sored veya izid yok. Medulla beyaz. Apotesyum, genellikle bulunmakta, (1─)1,19─1,53─1,86(─2,3) mm çapında ve disk şeklindedir. Apotesyum diski siyah, sıklıkla beyaz unsu yüzeye sahip. Himenyum 87 µm kalınlığında ve hiyalin. Askus 8 sporlu ve 59─65×21─23 µm. Askosporlar kahverengi, 1 septumlu, 77

(15,5─)16,23─17,44─18,65(─19) µm uzunluğunda ve (8,5─)8,65─9,25─9,85(─10) µm genişliğinde. Piknidyum yaygın ve gömük. Kimyasal testler: Korteks K (+) sarı, C (-), KC (-), Pd (+), medulla K (-), C (-), KC (-), P (-) Ekolojisi: Ağaçlar üzerinde gelişmektedir. Çalışma alanındaki yayılışı: Türkiye, Mersin, Gülnar, Gülnar- Silifke Karayolu, Kayrak çıkışı, Kalkerli kaya üzerinde, 36°21'24.5"N 33°33'08.8"E koordinatlarında, 1000–1020 m. Bozuk orman ve kayalık. Dünyada yayılışı: Kozmopolitan (Antartika hariç) [130]. Türkiye’de yayılışı: Türkiye’de ağaçlar üzerinde yaygın olarak yayılış göstermektedir.

Psychia aipolia türü ile çok benzerlik göstermekte olan bu tür, lob yüzeyinde marjinal silika olmaması ile P. aipolia türünden ayrılır. P. aipolia türünde korteks ve medulla potasyum hidroksit ile sarı renk verirken P. stellaris türünün korteksinin potasyum hidroksit (KOH) ile sarı renk vermesi ve medullanın KOH ile negatif sonuç vermesi ile de bu türden ayrılmaktadır. Moleküler olarak en yakın akrabası olan Physcia dubia’dan farklı olarak sored veya izid gibi vegetatif propagüller içermemektedir [132, 186-189].

Bu türe ait görüntüler aşağıda Şekil 4.29‘da verildiği gibidir.

Şekil 4.29. Physcia stellaris morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Tallus, B. Apotesyumlar, C. Sporlar, D. Askus 78

Çalışılan Physcia stellaris türüne ait örnekler: Türkiye, Mersin, Gülnar, Gülnar- Silifke Karayolu, Kayrak çıkışı, Kalkerli kaya üzerinde, 36°21'24.5"N 33°33'08.8"E koordinatlarında, 1000–1020 m. Bozuk orman ve kayalık. Toplayıcı: M. Gökhan HALICI, ERC AMEKA 0.020.

ERC AMEKA 0.020 numaralı örneğe ait ITS verilerinin NJ ve ML dendogramları bir Şekil 4.30 ve Şekil 4.31’de aşağıda verilmiştir.

Şekil 4.30. Physcia stellaris Neighbour Joining Dendogramı 79

Şekil 4.31. Physcia stellaris Maksimum Likelihood Dendogramı

80

ERC AMEKA 0.020 numaralı Physcia stellaris türüne ait mtSSU bölgesinin sıralanmış DNA sekansı ise şu şekildedir:

CCTATAGTAGAACGAAGAGCCATATCACGACGTCCTCCTTTGAGATTATAA GGGTTGTTTGGCCGGCACGCAGCGAGAGGCTTGCAAAGCGGGATGTAAAAA TCTTGCTACGCTTGAAGTCTCACTGGACCGCCACGATATTGCGGGCACGTCG CGGGGACGAAACCCAATACCAAGCAGTGCTTGAGGGTTGCAATGACGCTCG AACAGGCATGCCCTTCGGAATACCAAAGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATT CGATGATTCACGGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGT TCTTCATCGATGCCAGAACCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTAATTATTA TATGTTTACTCGGACGACACTGATAACAGGTTTTGTATGGGCCTTTGGCGGG CGAAGGAGCGTGAACTCCCCGGGACAAACCCGAGGCTCGCCAAAGCAACA TGAGTAAGTAGACACGGATGGAGTTGGGGCCGGTTAGACCCGTCTCTCGGT AATGATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGACTTTTACTTC CTCAAATGGACCCAAGAATCCCTCAATTATACTTTATGGAACTGTGGGAAT

4.12. Psora taurensis Timdal, Bendiksby, Kahraman & Halıcı sp. nov.

Kingdom: Fungi Division: Ascomycota Class: Lecanoromycetes Order: Lecanorales Family: Psoraceae Genus: Psora Hoffm. Species: Psora taurensis Timdal, Bendiksby, Kahraman & Halıcı sp. nov.

Deskripsiyon: Tallus pulsu, 8 mm’ye kadar genişliğe sahip, yuvarlak, yükselen kenardan imbrikata: adnat, derin loblu oluşum haline gelen, konkav. Üst yüzeyi kahverengi, soluk (dull-mat), lobların dış kısmı unsu yüzeye sahip, kortekste düzenli yarıklar bulunmakta. Kenar, ilk önce üst taraf ile aynı renkte, daha sonra pruinoz nedeniyle beyaza dönen, düz veya biraz yukarı doğru çevrilmiş. Üst korteks 130 μm kalınlığa kadar olup, 20 μm kalınlığa kadar epinekral bir kat içermekte; köşeli-yuvarlak 81

lümenli kalın duvarlı hiflerden oluşan, kristaller içermeyen, kenar boyunca alglerin (klor-çinko iyodin) kalıntılarını içermekte. algal tabaka 30-45 μm kalınlığında. Medulla, K (+) sarı, kırmızı kristaller ve kalsiyum oksalat içeren amiloid olmayan yapıda. Alt korteks az gelişmiş ve Alt yüzey beyaz ila soluk kahverengi renginde. Apotesyum: 1.5 mm çapa kadar, pulsu yapılar üzerinde laminal veya submarjinal, gençken hafifçe konveks ve belirsiz bir şekilde kenarlı, olgunlaştıkça çokça dışbükey ve immarjinatlaşmış, kahverengimsi siyah, unsu yapılara dönüşen biçimde. Apotesyum iç kenarı sarımtırak kahverengi, iç kısımda renksiz, kristaller içermeyen, yayılan, kalın duvarlı hiflerden oluşmuş, alt kısımda hipotesyum renksiz, üst kısmı soluk kahverengi, kalsiyum okzalat kristalleri içermektedir. Epihimenyum sarımsı kahverengi ve K içerisinde çözünen turuncu kristallere sahip ayrıca K(+) mor. Himenyum 70-90 μm kalınlığında, renksiz, amiloid. Parafizler düz, kalın duvarlı, Hafif derecede şişmiş apikal hücre ile orta derecede kaynaşmış, hafif dallı ve anastomozlaşmış. Askus klavat, Daha derin bir amiloid tüpü olan, oküler bir odadan (Porpidia tipi) yoksun, iyi gelişmiş bir amiloid tholus ile; Askosporlar elipsoid, septumsuz hyalin, 11-16 × 5.5-7 μm (n = 20). Konidiomata bilinmiyor. Kimyasal Testler: Norstiktik asit (TLC); Medulla K (+) sarı turuncu, C (-), KC (-), P (+) turuncu. Dünyada Yayılışı: Türkiye Türkiye’de Yayılışı: Bu çalışma ile bilim dünyasına tanıtılan tür, Mersin ilinde yayılış göstermektedir [190]. Etimolojisi: Adı Toros Dağlarındaki oluşumuna atıfta bulunmaktadır. Çalışma alanındaki yayılışı: Türkiye, Mersin, Gülnar, Gülnar- Silifke Karayolu, Kayrak çıkışı, Kalkerli kaya üzerinde, 36°21'24.5"N 33°33'08.8"E koordinatlarında, 1000─1020 m. Bozuk orman ve kayalık.

Moleküler veriler, Psora taurensis'i ayrı bir evrimsel birim olarak kuvvetle desteklemekte ve mevcut takson numunesi göz önüne alındığında P. tenuifolia ile kardeş olduğu görülmektedir. Psora tenuifolia, genellikle zeorin (ve çoğunlukla norstistik asit, P. taurensis) ihtiva eden kalın, daha fazla yükselen squamoloslara ve kalsiyum oksalat kristalleriyle sık sık kaplanan antiklinal esaslı hiflerden oluşan iyi geliştirilmiş bir alt kortekste sahip olmasından dolayı bu türden farklıdır [191]. Psora tenuifolia, Alaska ve Arktik Kanada, Himalayalar‘da kışın soğuk ve kurak bölgelerde 82

bilinmektedir [192, 193]. Ayrıca bu tür ile moleküler olarak yakınlık gösteren diğer bir tür, Psora altotibetica, eşit şekilde pruinoz tarafından kaplanmakta ve giroforik asit ihtiva ettiğinden kesinlikle süslü kabuklu olma özelliğine sahiptir. Psora altotibetica sadece 4230 ila 5000 m yükseklikteki Büyük Himalayalar'dan bilinmektedir ve bu şekilde bu türden ayrımı yapılmaktadır. Ayrıca moleküler olarak belirgin şekilde ayrılmış ancak anatomik ve morfolojik olarak P. vallesiaca ve P. himalayana türlerine benzerlik gösteren P. taurensis tallus kimyası ile diğer iki türden ayrılmaktadır. Onlardan farklı olarak norstistik asit içermektedir [192].

Bu türe ait görüntüler aşağıda Şekil 4.32’de verildiği gibidir.

Şekil 4.32. Psora taurensis morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Tallus, B. Tallus ve Apotesyum, C. Askus, D. Spor

Çalışılan Psora taurensis türüne ait örnekler: Türkiye, Mersin, Gülnar, Gülnar- Silifke Karayolu, Kayrak çıkışı, Kalkerli kaya üzerinde, 36°21'24.5"N 33°33'08.8"E koordinatlarında, 1000─1020 m. Bozuk orman ve kayalık. Toplayıcı: M. Gökhan HALICI, ERC AMEKA 0.101.

ERC AMEKA 0.101 numaralı örneğe ait ITS ve mtSSU verileri NJ ve ML dendogramları aşağıda Şekil 4.33, Şekil 4.34, Şekil 4.35 ve Şekil 4.36’da verilmiştir. 83

Şekil 4.33. Psora taurensis türüne ait ITS NJ dendogramı 84

Şekil 4.34. Psora taurensis türüne ait ITS ML dendogramı

85

Şekil 4.35. Psora taurensis türüne ait mtSSU NJ dendogramı

Şekil 4.36. Psora taurensis türüne ait mtSSU ML dendogramı 86

ERC AMEKA 0.101 numaralı Psora taurensis türüne ait ITS bölgesinin sıralanmış DNA sekansı ise şu şekildedir:

TAGGAAGATGCCGCCGTCTTCTTGAGATGTGGGGAGGGGGGTTGAACTGGA CCCGGCGAGATTCCAAGCGCATAAGATCGTTACTTCGCTTGACAATCCCTCC GGACCGTTCCTGCTTTTAAGGTCCGCCCAGGGGCGAAAACCCAAGACCAAG CTACGCTTGAGGGGTGCAATGACGCTCGAACAGGCATGCCCCCCGGGGTGC CAGGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGGTTCACTGAGTTCTGCAA TTCACATTATTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTCATCGATGCCGGAACCAAG AGATCCGTTGTTGAAAGTTTTGGTTTCTGGTTTAATATCCCTCGGACGTCCCC ATGAAAATCGGATTTTGGGGGGGCGATTGACGGGCGCTCTCCGGCGAACCG GCCTGGGTATTACCCCAAAGTCCCGCCTAAGCAACAGAAAAGTAGATGTTC ACGGGTGGAGGGACGGGGGCCGCAACCCCCTGGGACTCCAAGGCCCCCTCT CGGTAATGATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGACTTTTA CTTTAA

ERC AMEKA 0.101 numaralı Psora taurensis türüne ait mtSSU bölgesinin sıralanmış DNA sekansı ise şu şekildedir:

TTATAATCGCTGAGTGCACTATTAGAGGATGTATAGCGATAGCTAATTGCAT CGAAAATATGATGCAAGATCGATTTATTGAATAAAATTCTGGGTAGAATTA TGATTATGACATTATCTACCCATGTGTCTTGACCAAATTACGTGCCAGCAGT CGCGGTAATACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGGG TACCTAGACGGTAAATCAAGCCCTAGACGGGACTAATTTTCTAGAGTTACTT ATGAGGGGGTTTTAAAGTACTAATGGTGTAGAGATGAAATTTTGTAATACC ATTTTTCGAAAGAAAAGTAATGGCACAGGTATAGGCGAAAGCATCCCCTTA TGTGATAACTGACGTTGAAGGACGAAGGCTTTGAGTCGCGAACAGGATTAG ATACCCTGGTAGTCAAAGCAGAAAATAATGAGTGTCATAGATTAGATATTA AAGTTTATTCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTCAAGAGTAATTTGG CAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTA TGTTGTTTAATTTGATAATCCGCAAAAAACCTTACCACAATTTGAATATTTA TATCGTTGATATAATTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTG AGATTTTGGTTAGATCCATTAAATTAACGCAAGCCCTTACTTTATTTTAAAA 87

TAAAGTAGTTCCCCACTAGATTGGATAAGATAACAGGGATTAAGACAAGTC ATCATGGCCTGAATATTGTGGGCTTAAAAGGGGCCCACATATAAAAGAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAGGA

4.13. Roccella elisabethae Tehler.

Kingdom: Fungi Division: Ascomycota Class: Arthoniomycetes Order: Arthoniales Family: Roccellaceae Genus: Roccella DC. Species: Roccella elisabethae Tehler.

Deskripsiyon: Tallus saksikol, kahverengi, soredli, silindirik, ayrıca tallus dalsı ve dallar düz yuvarlak veya hafif basık. Tallus dallı, yoğun dallanmış ve dal genişliği (0,5– )0,14–0,63–0,18(–0,8) ölçülerinde. Hipomedulla beyaz etrafı kahverengi renkte. Piknidyum yok. Apotesyum yok. Soralyum yoğun ve kümeler halinde. İsid yok. Sekonder kimya: Lekanorik asit. Kimyasal testler: Korteks C (+) kırmızı, K (-), Pd (-), subkorteks C (-), medulla C (-), K (-), P (-), soraller C (+) kırmızı. Ekolojisi: Silisli kaya üzerinde. Suya yakın yerlerde daha yaygın. Çalışma alanında yayılışı: Türkiye, Mersin, Akkuyu, Beş Parmak Adası, Silisli kaya üzerinde, 36°07'27.1"N 33°31'59.6"E koordinatlarında, 32 m. Dünyada yayılışı: Azor, Madeira ve Kanarya Adaları, Orta Avrupa [104, 138, 194] Türkiye’de yayılışı: Bu çalışma ile Mersin Beşparmak Adaları’dan Türkiye için yeni kayıt olarak verilmiştir [139].

Roccella phycopsis türüne oldukça benzeyen bu tür, soralyumların C (+) kırmızı olması ile bu türden ayrılmaktadır. Soralyum kümelerinin C (+) ile kırmızı renk vermesi bu türün en karakteristik özelliğidir. Ayrıca hipomedulla denilen dip kısımdaki medullanın orta kısımda beyaz kenarlarda kahverengi olması ile de bu tür diğer Roccella türlerinden ayrılmaktadır [195]. 88

Bu örneğe ait görüntüler aşağıda Şekil 4.37’de verildiği gibidir.

Şekil 4.37. Roccella elisabethea’nin morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Tallus, B. Tallus, C. Tallus dalları D. Soralyum kümeleri

Çalışılan Roccella elisabethea türüne ait örnekler: Türkiye, Mersin, Akkuyu, Beş Parmak Adası, Silisli kaya üzerinde, 36°07'27.1"N 33°31'59.6"E koordinatlarında, 32 m. Toplayıcı: M. Gökhan HALICI, ERC AMEKA 0.077.

ERC AMEKA 0.077 türüne ait ITS verilerinin NJ ve ML dendogramları aşağıda Şekil 4.38 ve 4.39’da verilmiştir. 89

Şekil 4.38. Roccella elisabethae türüne ait NJ Dendogramı.

90

Şekil 4.39. Roccella elisabethae türüne ait ML Dendogramı.

91

ERC AMEKA 0.077 numaralı Roccella elisabethae türüne ait ITS bölgesinin sıralanmış DNA sekansı ise şu şekildedir:

TTTTCATTTCTTCGGTAGGCTTGGTTCTGTTTTTTTATTAAATAAAGGGGAAG GGGGGCCTGTCTAGGTCCGACCTCCACCCCCTGTTTACCTAACCCATTGTTG CTTTGGCGATGCGTCTGGTGCTCGCCGTTCGCGTTACGGCTAAGCACCGCCG GTGGCCCGGTGTACGCGGGGTCGCTGAGTCGTCGTCCAGGGGCTACTTCTA AATTCTCCGTACTAGCAAGTCGTCTTAAGAACAACTTTTTGAAATAATCGCC TCCAAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGGTCTGGCATCTATAAAGAACGC ATCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTTCATAATTCATTTGAATCATCCAAT CTTTGAACGCCTCTTTTCCCCTCCGGTACCCCAGTGGGCATTCCTTTTTAAAA CGTAATTTAAATCATTATATACCTCTTTAGTTTTTTGTCTAACATTTCTGACT TTCATAGGGGACTTACTTTTAGACTTTTGTTTACTTCTGTTTTGCGTTTTCATT AGACGTATATTTAAATTTTTTTCATTATTTTCTGGGACGCATGTTATTCAGTC CCTTTTGATTTTTATTTTTCTAACTTAACTTTTTCCTCGAATTTAGTTAAGGGT TTTTTCTTTTTTTTTATCTTATT

4.14. Sarcogyne regularis Körb.

Kingdom: Fungi Division: Ascomycota Class: Lecanoromycetes Order: Teloschistales Family: Acarosporaceae Genus: Sarcogyne Flot. Species: Sarcogyne regularis Körb.

Sinonimleri: ≡ Biatorella regularis (Körb.) Lettau, (1912) ≡ Sarcogyne pruinosa var. regularis (Körb.) H. Magn., (1935) ≡ Biatorella pruinosa var. regularis (Körb.) Zahlbr., (1939) Deskripsiyon: Tallus kabuksu, endolitik, bazen çok yoğun unsu. Yüzeyi kireç beyazı veya gri renkte. Apotesyum çok sayıda ve genellikle sesil, yuvarlak, (0,35–)0,41–0,5– 0,6(–0,65) ölçülerinde. Apotesyum diski siyah, düz veya konveks, genellikle beyaz ya 92

da mavimsi gri unsu yapılara sahip. Epihimenyum 27 µm kalınlığında, kahverengi tonlarında. Ve himenyum 108 µm kalınlığında ve hiyalin veya sarımsı renkte olup hipotesyum 10–12 µm kalınlığında. Askus klavat, 100–200 sporlu ve 60–62 × 16–21 µm ölçülerinde. Askosporlar hiyalin, basit, genellikle dar elipsoid ancak bazen küremsi, (15,5─)16─17,5─19(─22) µm uzunluğunda ve (7─)7,5─8,5─9(─10) µm genişliğinde. Parafizler 3–5 µm ölçülerinde ve uç kısımlarda şişmiş. Piknidyum görülmemiştir. Kimyasal testler: Hepsi negatif. Ekolojisi: Karbonlu kayalarda, nadiren kireç taşı veya asidik taşların dikey floş yüzeylerinde yayılış göstermektedir. Çalışma alanındaki yayılışı: Türkiye, Mersin, Aydıncık-Gülnar Yolu, Kalkerli kaya üzerinde, 36°11'20.6"N 33°21'46.0"E koordinatlarında, 145–150 m. Kızılçam ve maki karışımı. Dünyada yayılışı: Avrupa, Kuzey Amerika, Afrika ve Asya [130] Türkiye’de yayılışı: Adana, Adıyaman, Afyon, Ankara, Antalya, Ardahan, Bilecik, Bolu, Burdur, Bursa, Çorum, Denizli, Edirne, Erzincan, Eskişehir, Gaziantep, Giresun, Hatay, Iğdır, Isparta, Kahramanmaraş, Karabük, Kastamonu, Kayseri, Kırşehir, Kocaeli, Konya, Malatya, Mardin, Niğde, Ordu, Samsun, Sivas, Siirt, Sinop, Şanlıurfa, Trabzon, Yozgat, Zonguldak [43, 164, 196-199].

Sarcogyne privigna türü ile sıklıkla karıştırılan Sarcogyne regularis türü, turuncumsu himenyum ve karbonize olmuş apotesyum kenarı olan S. privigna’dan kahverengimsi himenyumu ile ayrılmaktadır. Sarcogyne bolleana türü ile de çok benzerlik gösteren bu tür, S. bolleana türünün yoğun unsu tallusu ile birbirinden ayrılmaktadır [200].

Bu türe ait görüntüler aşağıda verilen Şekil 4.40’daki gibidir. 93

Şekil 4.40. Sarcogyne regularis’e ait morfolojik ve anatomik görüntüler A. Tallus, B. Apotesyum, C. Apotesyum kesiti ve polisporlu askus, D. Askus içindeki sporlar

Çalışılan Sarcogyne regularis türüne ait örnekler: Türkiye, Mersin, Aydıncık-Gülnar Yolu, Kalkerli kaya üzerinde, 36°11'20.6"N 33°21'46.0"E koordinatlarında, 145-150 m. Kızılçam ve maki karışımı. Toplayıcı: M. Gökhan HALICI, ERC AMEKA 0.050.

ERC AMEKA 0.050 türüne ait ITS verilerinin NJ ve ML dendogramları aşağıda Şekil 4.41 ve 4.42’de verilmiştir.

94

Şekil 4.41. Sarcogyne regularis türüne ait NJ Dendogramı

Şekil 4.42. Sarcogyne regularis türüne ait ML dendogramı

95

ERC AMEKA 0.050 numaralı Sarcogyne regularis türüne ait ITS bölgesinin sıralanmış DNA sekansı ise şu şekildedir:

CGCCTAAAAGGAAAGAATGCCCCCCCCTTTGGGGTTTGGGGGGCTCCCCCC CCCCACCCGAAGCAACCCTCCCTTTTTTTTGTATGCTCTACTGCCCCCCCCCT TTTTTGCTTCCCCCCTGATTTCCGGGCACTCCCCATTCCCTCCTCGACCCTTT CCAAGCTGTACTTGTTTGGTGTTTGACTCTCGAACCTTCTGCTCCTCCGGAAT CCAGAGGGCCGGTGTGCCGTCGAGATTCCATGATTCACTGAATTCTGCAATT CACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTCATCGATGCCAGAACCAAGAG ATCCGTTGTTGAAAGTTTTAATAATTGTATTCGTACTCCGACATCACAATTT ACACGAGTTCAGTGAGTCTTTGACGGGCGCTCGACAGCCTGTGACCACCGG TGAGTTGCCTCCACGGGCCCGCCAAAGCAACAAAGGTGAATACGCATAGGG TTGGAGGTTGGGCCTGAAAGACCCCAACTCTGTAATGATCCTTCCGCAGGTT CACCTACGGAACGCATAATGTATCACCTATTTTTAGGTGACGGCCGGTCATA TTTTAACCTACAGACACGCAAAGTGTCTACCACATAGGCCACCAGTGTTTGA TCTGTGGACCGCAAACAAGCTGTGATGCGGCTGCTGATCTTCACGTGAAAG GTCTCTCACCGACTGGTGTTGCCTGATCGAGCAGACTGAAATGCAAAGCTTC AAGGTGAATGT

4.15. Xanthocarpia marmorata (Bagl.) Frödén, Arup & Søchting

Kingdom: Fungi Division: Ascomycota Class: Lecanoromycetes Order: Teloschistales Family: Teloschistaceae Genus: Xanthocarpia A. Massal. & De Not. Species: Xanthocarpia marmorata (Bagl.) Frödén, Arup & Søchting

Sinonimleri: = Callopisma marmoratum Bagl., (1879) = Caloplaca marmorata (Bagl.) Jatta, (1900) Deskripsiyon: Tallus kabuksu, gömük. Protallus bulunmamakta. Apotesyum adnat, (0,25─)0,26─0,39─0,53(─0,65) mm çapında ve apotesyum diski kırmızımsı kahve veya 96

koyu turuncu renkte, düz veya konveks, unsu yapılara sahip değil. Epihimenyum altın rengi, K (+) kırmızı ve 38 µm kalınlığında. Himenyum 61 µm kalınlığında ve hiyalin. Parafizler 1–2 µm, ucu hafif şişkin. Hipotesyum 53 µm kalınlığında. Askus silindirik, 8 sporlu ve 64×23 µm, askosporlar: hiyalin, polaribilokular (12─)13,1─14─15,1(─16) µm uzunluğunda ve (5,5─)6─6,95─7,8(─8) µm genişliğinde ve septum (2─)2,55─3,65─4,7(─5) ölçülerinde. Piknidyum görülmemiştir. Kimyasal testler: K (+) kırmızı. Ekolojisi: Kalkerli kayalar üzerinde. Yumuşak kalker ve deniz kabukları üzerinde de görülmektedir. Çalışma alanında yayılışı: Türkiye, Mersin, Gülnar, Sipahi Deresi üstü, Kalkerli kaya üzerinde, 36°10'01.5"N 33°28'20.5"E koordinatlarında, 185–190 m. Kızılçam ve maki karışımı. Dünyada yayılışı: Avrupa, Kuzey Amerika [130] Türkiye’de yayılışı: Bayburt [201], Bursa [163], Çanakkale [202], Hatay [158], Kayseri [66], Mersin, Konya [203]

Filogenik, anatomik ve morfolojik olarak Xanthocarpia diffusa ve X. crenulatella türleri ile çok benzerlik göstermekte olan bu tür koyu kırmızı renkli apotesyum disklerinin olması ve çok ince beyazımsı bir tallusa sahip olması ile ayrılır [169].

Bu türe ait görüntüler aşağıda verilen Şekil 4.43’deki gibidir. 97

Şekil 4.43. Xanthocarpia marmorata türünün morfolojik ve anatomik görüntüsü. A. Tallus, B. Apotesyumlar, C. Apotesyum kesiti, D. Sporlar

Çalışılan Xanthocarpia marmorata türüne ait örnekler: Türkiye, Mersin, Gülnar, Sipahi Deresi üstü, Kalkerli kaya üzerinde, 36°10'01.5"N 33°28'20.5"E koordinatlarında, 185–190 m. Kızılçam ve maki karışımı. Toplayıcı: M. Gökhan HALICI, ERC AMEKA 0.099.

Türkiye, Mersin, Gülnar’dan: Büyükeceli beldesine iniş, Delikkaya köyü, 36°17'18.4"N 33°35'32.5"E koordinatlarında, 740-750m, Kayalık ve bozuk maki, Toplayıcı: M. Gökhan HALICI, ERC AMEKA 0.081.

ERC AMEKA 0.099 ve 0.081 numaralı türlere ait ITS verilerinin NJ ve ML dendogramları aşağıda Şekil 4.44 ve 4.45’de verilmiştir.

98

Şekil 4.44. Xanthocarpia marmorata türüne ait NJ Dendogramı

99

Şekil 4.45. Xanthocarpia marmorata türüne ait ML Dendogramı

100

ERC AMEKA 0.099 numaralı Xanthocarpia marmorata türüne ait ITS bölgesinin sıralanmış DNA sekansı ise şu şekildedir:

TTCAACTACGTCTTCGTCAGGTCGGAGGTCCTGTGGAGGATCATTACTGAGA GAGGGACCTCGCGTCCCCCGGGGGGCTTCGGCCCTCCACCTCTTCAACCCGT GCTTATAAATCTCTGTTGCTTTGGCGAGCGCCGGGGTGCCTCCCGCCTCGGC CCCGACCCTAGGTCGGTGCGTTCTCGCCAGAGCCCCCAACCATTCTGTTTAT TCAGTGACGTCCGAGTATTACCCTAATGTAAATCAAAACTTTCAACAACGG ATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAAT GTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCC CTTGGTATTCCGAGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTGCAACCCTCAAGCT TTGCTTGGTATTGAGCCTTTCGCCGGAGACGGCCTGCTCGAAAATTAGTGGC GGTCCAGGGAGACTTCAAGCGCAGTAAAACTTCCCGCTTTCGAGGTTCTCGC CTGCGACCAGCCGTGAAACCCCCAAACTTTTCAATGATTGACCTCGGATCAG GTAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCTGGAGGAAAACATA TCAATAAGCCGGAGGAAAGTTTGTTTGGTGGGATTGGGGGG

ERC AMEKA 0.081 numaralı Xanthocarpia marmorata türüne ait ITS bölgesinin sıralanmış DNA sekansı ise şu şekildedir:

TCGGGGGCAAGGGGCGGCGGTTGCTCCCTTTTTTAAATAAAAAAAAGAGAG GAACCTTAAATCGAAAAAGGGGCGTCGGCCCTCCACCTCTTCAACCCGTGC TTATAAATCTCTGTTGCTTTGGCGAGCGCCGGGGTGCCTCCCGCCTCGGCCC CGACCCTAGGTCGGTGCGTTCTCGCCAGAGCCCCCAACCATTCTGTTTATTC AGTGACGTCCGAGTATTACCCTAATGTAAATCAAAACTTTCAACAACGGAT CTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGT GAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCT TGGTATTCCGAGGGGCATGCCTGTTCCAGCGTCATTGCAACCGTCAGGCTTT GCTTGGGTTGAGCCTTTCGCCGTGACGCCTGCTCAAAAATTACTTGGCGTTC CGGAAAGACTTCGACCGCATTAAAACTTCCCGCTTTCGAGGTTTTCCCCGAA ACCAAGCGTGAAAGCCCAGGGTGGGGGGTGGATGGGAATGGGGATCGGGG AGGGGTACCGGGGGGAGATTTGTCATATCGGA TARTIŞMA VE SONUÇ

Liken birlikteliği şu anda 18.000'in üzerinde liken oluşturan mantar türü [204] ve tahminen 28.000'den fazla türü ile [205] oldukça başarılı bir birlikteliktir. Bununla birlikte, türlerin sınırlandırılması ve likenleşmiş mantar türlerinin doğru tespiti günümüzde hala uğraştırıcı ve zahmetli bir iştir [206-209]. Birçok durumda, tanımlama için kullanılan karakterler, belirgin veya ayırt edilmesi zor olabilmekte, teşhis morfolojik ve kimyasal karakterlerle kesin olarak yapılamamakta ve likenleşmiş mantarlarda tür tanımlama geleneksel fenotip temelli yaklaşım içeren bazı durumlarda sonuca varamamaktadır [210-217].

Mantarların diğer gruplarında olduğu gibi, likenleşmiş mantarlarda moleküler verilerin kullanılması, türlerin evrimi ve türlerin sınırlandırılması konusunda oldukça önemli gelişmelere neden olmuştur [206-209]. Moleküler verilerin kullanılması ile likenleşmiş mantar türlerinin tanımlanması, günümüzde anatomik ve morfolojik tanımlamaya bir alternatif sağlamakta ve bununla birlikte DNA’nın teşhislerde kullanımı anatomik ve morfolojik olarak tanımı ve ayrımı yapılamayan türler için kullanılmakta ve liken çalışmalarına katkıda bulunulmaktadır [218-220].

Günümüzde likenleşmiş mantarların teşhisi için yapılan moleküler çalışmalarda, genel olarak nükleer ribozomal RNA sistronunun iç transkripsiyon aralık bölgesi fragmanları (ITS: ITS1-5.8S-ITS2) kullanılmakta ve sekans benzerliğini karşılaştırarak türlerin doğru bir şekilde tespiti yapılmaktadır [212, 219]. ITS 1 ve ITS 2 bölgelerinin yanı sıra, likenleşmiş mantarların moleküler teşhisi için mitokondriyal küçük alt ünite (mtSSU), mitokondriyal büyük alt ünite (mtLSU), RNA polimeraz II alt ünite genleri (RPB I ve II), DNA kopyalama lisans faktörü MCM7, beta tübülin proteinini kodlayan beta tübülin geni ve RFLP gibi bölgeler de kullanılmaktadır [85-87, 137, 221-223]. 102

Bu tez çalışmasında, bu gen bölgelerinden ITS, bütün örnekler için kullanılmış, mtSSU gen bölgesi ise, ITS1 ve ITS2 gen bölgesi ile kesin olarak teşhis edilememiş türlere uygulanmıştır. Tez kapsamında, Prof. Dr. Mehmet Gökhan HALICI tarafından toplanan 122 örnek, anatomik ve morfolojik olarak tanımlanmış, ancak bunlardan sadece 16 tanesinin moleküler teşhisi yapılmıştır. Toplam 14 farklı cinse mensup 16 tür, ITS bölgesi sekans dizileri kullanılarak moleküler olarak tanımlanmış (Arthonia follmaniana hariç) ve bunlardan 3 tanesi kesin olarak ayrılmadığı için mtSSU gen bölgesi sekans dizileri ile tanımlamaya destek verilmiştir.

Çalışma alanından toplanan ve moleküler olarak teşhisi yapılan (Arthonia follmaniana hariç) 16 tür sırasıyla, Arthonia follmaniana, Caloplaca erytrocarpia, Circinaria calcarea, Diplotomma venustum, Flavaploca havasii, Flavoplaca communis, Lecania rabenhorstii, Lobothallia radiosa, Megaspora verrucosa, Pertusaria rubefacta, Physcia stellaris, Psora taurensis, Roccella elisabethea ve Xanthocarpia marmorata (2) şeklindedir.

Türler anatomik, morfolojik ve moleküler olarak başka türler ile benzerlik göstermektedir. Bu bağlamda Caloplaca erytrocarpia, C. teicholyta türü ile vejetatif propagüllerin varlığı ile; Circirnaria calcarea türü, C. contorta türü ile daha dağınık olmayan tallusu ve unsu yapıları olmayan tallusu ile; Diplotomma venustum, D. epipolium ile sekonder kimyası ile; Flavaploca havasii ve F. communis birbirlerinden silis ve kalkerli kayalar üzerinde olmaları ve F. maritima türünden ise deniz kenarında yayılış göstermemeleri ile; Lecania rabenhorstii, L. inundata türünden areollerin papillat olması ve L. turicensis türünden onun aksine tek septumlu sporlara sahip olması ile; Lobothallia radiosa türü, L. praeradiosa türünden tallus ve loblarının daha adnat olması ile; Megaspora verrucosa, M. rimisorediata türünden daha uzun askus, himenyum ve sporları ile; Pertusaria rubefacta türü, Pertusaria pertusa ve P. hymenea türlerinden spor sayısı ve sekonder kimyası ile; Physcia stellaris, P. aipolia ve P. dubia türlerinden marjinal silika ve vejetatif propagül içermemesi ile; Psora taurensis türü, P. vallesiaca, P. himalayana, P. tenuifolia ve P. altotibetica türlerinden sekonder kimyası ve bulunduğu yükseklik ile; Roccella elisabethae türü, R. pycopsis türünden soralyumlarının C(+) kırmızı vermesi ile ve son olarak Xanthocarpia marmorata türü, 103

X. diffusa ve X. crenulatella türlerinden daha kırmızımsı apotesyum ve neredeyse endolitik tallusu ile ayrılmaktadır.

Psora taurensis Timdal, Bendiksy, Kahraman & Halıcı yeni bir likenleşmiş mantar türü olarak bilim dünyasına tanıtılmıştır. Ayrıca çalışmada teşhisi yapılan 16 türden ikisi de Türkiye için yeni kayıt durumundadır. Bu taksonlar, Roccella elisabethea Tehler. ve Arthonia follmanniana Diederich. türleridir.

Çalışma alanından raporlanan Flavoplaca havasii türü, Akkuyu bölgesi’nden daha önce raporlanmış tek tür olup, Caloplaca erytrocarpia, Circinaria calcarea, Diplotomma venustum, Flavoplaca communis, Lecania rabenhorstii, Lobothallia radiosa, Megaspora verrucosa ve Xanthocarpia marmorata taksonları Mersin ili ve civarından ilk defa rapor edilirken, sadece Physcia stellaris [59] taksonu Mersin ili ve civarından daha önce rapor edilmiştir

Çalışma alanından toplanan ve bilim dünyasına yeni bir tür olarak tanıtılan Psora taurensis taksonu, Oslo Üniversitesi Mikoloji Bilim Dalı’nda yardımcı doçent olarak görev yapan Einar Timdal ve NTNU Üniversite Müzesi’nde Yardımçı Doçent olarak görev yapan Mika Bendiksby ile birlikte çalışılmış, aynı taksona ait başka bir örnekle karşılaştırılmış ve HPLC analizleri de yapılmıştır. Türün tanımlanmasında, ITS verilerine dayanarak hazırlanan dendogramlar baz alınmıştır. Psora taurensis taksonundan alınan örnek ile yapılan DNA analizleri sonucu elde edilen sekanslar, Genbank’ta bulunan Psora cinsi taksonlarının sekansları ile NJ ve ML yöntemleri kullanılarak dendogram yapılmıştır. Elde edilen dendogramda Psora taurensis türü, P. altotibetica türü ile %99 eşleşme göstermiş ancak yapılan anatomik ve morfolojik özellikler sonucu P. taurensis türünün, P. altotibetica’dan farklı olduğu ortaya koyulmuştur. P. altotibetica’nın P. taurensis’den diğer bir farklı ise oldukça yüksek alanlarla yayılış göstermesidir.

Roccella elisabethae ve Arthonia follmaniana taksonları, Türkiye için yeni kayıt olarak verilmiştir. Yeni kayıt olarak verilme sürecinde Roccella cinsine ait örneğin ITS sekans dizileri ile genbankta bulunan Roccella cinsi mensuplarının ITS sekans dizileri karşılaştırılmıştır. Yapılan dendogram’da Roccella elisabethae hiçbir tür ile eşleşme göstermemiştir (Genbank’ta bu türün ITS verisi bulunmamaktadır). Teşhis için 104

anatomik, morfolojik ve kimyasal yöntemler üzerinde durulmuş ve kimyasal analizler sonucunda örneğin soralyumlarının C(+) kırmızı vermesi ile türün R. elisabethae olduğu kesinleştirilmiştir. Roccella elisabethae türü incelenirken, dalların uç kısımlarında siyah apotesyumlara rastlanmıştır, R. elisabethae türünün apotesyumları bulunmamaktadır. Yapılan incelemeler sonucunda, apotesyumların, bir likenikol mantar türü olan ve daha önce Roccella galapagoensis taksonu üzerinde saptanan [139], Arthonia follmaniana taksonuna ait olduğu belirlenmiş ve Roccella elisabethae türü üzerinde likenikol olarak Türkiye için yeni kayıt olarak verilmiştir.

Çalışma alanından toplanan Caloplaca erythrocarpa, Circinaria calcarea, Diplotomma venustum, Flavoplaca communis, Flavoplaca havasii, Lecania rabenhorstii, Lobothallia radiosa, Megaspora verrucosa, Physcia stellaris ve Xanthocarpia marmorata taksonları, anatomik ve morfolojik olarak şüphe içermeksizin teşhis edilmiş ve teşhisler ITS verileri ile doğrulanmıştır.

Pertusaria rubefacta türü, örnekten elde edilen ITS verileri ile Genbank verilerinin karşılaştırılması ile tanımlanmıştır. Bu karşılaştırmada P. rubefacta’nın genbankta bulunan sekans dizisi ile eşleşen örnek, anatomik ve morfolojik olarak da P. rubefacta ile eşleşmektedir. ITS verileri sonucunda P. rubefacta olduğu düşünülen örneğin, P. hymenea ile arasındaki tek fark, P. rubefacta’nın norstistik asit içermesi ve spot test sonucunda Pd ve C (+) sonuç vermesidir ve örnek testlerde bu sonuçları doğrulamaktadır. Pertusaria rubefacta türüne diğer benzer tür ise, Pertusaria pertusa’dır, türün teşhisi yapılırken bu tür ile ayrılmasında bazı sıkıntılar yaşanmıştır. İki tür arasındaki fark birinin 8, diğerinin 4 sporlu olmasıdır ancak örnekte spor gelişimi görülmemiştir. Pertusaria pertusa olmadığı teyit edilmek istenen örneğin mtSSU sekans dizileri, genbankta bulunan diğer örneklerle karşılaştırılmıştır. Karşılaştırma sonucunda örnek P. hymenea ile %88 eşleşmiş (genbankta P. rubefacta’ya ait mtSSU verisi bulunmamaktadır) ve buradan örneğin P. hymenea gibi 8 sporlu olduğu anlaşılmıştır. Sonuç olarak, P. rubefacta türü, ITS, mtSSU verileri ve anatomik, morfolojik, kimyasal analizlerine dayanarak Türkiye için yeni kayıt olarak bulunmuştur. Bu türün Türkiye için yeni kayıt olarak bilim dünyasına tanıtılması, tez bitiminde yapılacaktır.

105

Yapılan çalışmada, toplanan ve anatomik, morfolojik, moleküler teşhisleri yapılan 16 türden yalnızca bir tanesi likenikol mantardır. İki adet takson, silisli kaya üzerinde, üç adet takson ağaç kabuğu üzerinde (ikisi Quercus ve biri Juniperus), ve diğerleri kalkerli kaya üzerinde yayılış göstermektedir. Çalışmanın yapıldığı alan göz önüne alındığında, toprakta yayılış gösteren liken türlerinin görülmesi de beklenmektedir. Bu türlerden olan bazı Collema cinsi taksonları çalışma alanından toplanmış ancak moleküler verilerde başarılı olunamadığı için tezde kullanılmamıştır. Ayrıca toplanan örnekler arasında karayosunu üzerinde bulunan Toninia sedifolia taksonu da bulunmaktadır. Ancak defalarca denenmesine rağmen, içerdiği sekonder metabolitler nedeniyle DNA analizlerinden sonuç elde edilememiş ve teze dahil edilmemiştir.

Ülkemizde likenleşmiş mantarlar ile ilgili birçok biyoçeşitlilik çalışması yapılmaktadır [35-57]. Likenler birçok özelliğinden dolayı eşsiz birlikteliklerdir ve biyoçeşitliliklerinin belirlenmesi literatüre önemli katkılar sağlayacaktır. Bu tez çalışması da liken biyoçeşitliliğinin literatürüne katkıda bulunmak amacıyla yapılmıştır. Bu çalışmanın, çalışma alanının önemi bakımından bir diğer önemi daha bulunmaktadır. Çalışma, Mersin İl’inde Nükleer Santral kurulması planlanan Akkuyu mevkiinde yayılış gösteren likenler üzerinde yapılmıştır. Likenlerin, ağır metaller ve radyonüklidler için nispeten yüksek birikim kapasitesi ve atmosferdeki besinlere bağımlı olmalarından ötürü atmosferik eser element kirliliğinin etkili toplayıcıları olarak kullanıldığı bilinmektedir [30-34]. Nükleer santrallerde enerji elde edilirken ağır metaller ve radyonükleidler doğaya salınmaktadır. Likenler bir süksesyonun ilk adımı olması ve atmosferik eser element kirliliğinin etkili toplayıcıları olarak kabul edilmesi ile nükleer santrallerin yarattığı bu etkinin ilk biyoindikatörleri olarak kullanılmaktadır. Dolayısıyla bu çalışmanın, ilerde aynı alanda yapılacak olan liken biyoçeşitlilik çalışmaları için bir başlangıç noktası niteliği taşıyacağı ve gelecek çalışmalara ışık tutacağı düşünülmektedir.

106

KAYNAKLAR

1. Hazin, Ş., Aksoy, A., Çobanoğlu, G., Selvi, S. 2014. Natural dyeing works on some species distributed in Ayvacık (Çanakkale) and İvrindi (Balıkesir/Turkey). Biological Diversity and Conversation, 7(3): 184-189. 2. Stephenson, S. L. 2010. The kingdom fungi: The biology of mushrooms, molds, and lichens. Timber Press. 3. Aschenbrenner, I. A., Cernava, T., Berg, G., Grube, M. 2016. Understanding microbial multi-species symbioses. Frontiers in microbiology, 7. 4. Bates, S. T., Donna, B. L., Lauber, C. L., Walters, W. A., Knight, R., Fierer, N. 2012. A preliminary survey of lichen associated eukaryotes using pyrosequencing. The Lichenologist, 44(01): 137-146. 5. Spribille, T., Tuovinen, V., Resl, P., Vanderpool, D., Wolinski, H., Aime, M. C., Schneider, K., Stabentheiner, E., Toome-Heller, M., Thor, G., Mayrhofer, H., Johannesson, H., McCutcheon, J. P. 2016. Basidiomycete yeasts in the cortex of ascomycete macrolichens. Science, 353(6298): 488-492. 6. Gilbert, O. L. 2000. Lichens (Vol. 86). Harpercollins Pub Ltd. 7. Nash, T. H. 2008. Lichen biology 2nd edition. Cambridge University Press. 8. Honegger, R. 1993. Developmental biology of lichens. New Phytologist, 125(4): 659-677. 9. Gauslaa, Y., & Solhaug, K. A. 2001. Fungal melanins as a sun screen for symbiotic green algae in the lichen Lobaria pulmonaria. Oecologia, 126(4): 462-471. 10. Friedl, T., Büdel, B. 1996. Photobionts. In Nash III, T. (ed.) Lichen Biology, pp: 8-23. Cambridge: Cambridge University Press. 11. Anonim, 2014. Likenler, çevre kirliliği hakkında işaret veriyor. (Web Sayfası: http://www.haberler.com/likenler-cevre-kirliligi-hakkinda-isaret-veriyor- 6204523-haberi/), (Erişim tarihi: Şubat 2017). 12. Larson, D. W. 1987. The absorption and release of water by lichens. Bibliotheca Lichenologica, 25(35): 1-360 13. Longton, R. E. 1988. Biology of polar bryophytes and lichens. CUP Archive. 14. Skye, E. 1979. Lichens as biological indicators of air pollution. Annual Review of Phytopathology, 17(1): 325-341. 107

15. Szczepaniak, K., & Biziuk, M. (2003). Aspects of the biomonitoring studies using mosses and lichens as indicators of metal pollution. Environmental Research, 93(3): 221-230. 16. Galloway, D. J. 2008. Lichen Biogeography. In Nash III, T. (2. ed.) Lichen Biology, pp. 316-36. Cambridge: Cambridge University Press 17. De Vera, J. P. 2012. Lichens as survivors in space and on Mars. Fungal Ecology, 5(4): 472-479. 18. Sancho, L. G., De la Torre, R., Horneck, G., Ascaso, C., de los Rios, A., Pintado, A., Schuster, M. 2007. Lichens survive in space: results from the 2005 LICHENS experiment. Astrobiology, 7(3): 443-454. 19. Büdel, B. Scheidegger, C. 2008. Tallus morphology and anatomy. In Nash III, T. (2. ed.) Lichen Biology, pp. 40-69. Cambridge: Cambridge University Press. 20. Rundel, P. W. 1978. The ecological role of secondary lichen substances. Biochemical Systematics and Ecology, 6(3): 157-170. 21. Ahmadjian, V. 1993. The lichen symbiosis. John Wiley & Sons. 22. Tuominen, Y., Jaakkola, T. 1973. Absorption and accumulation of the mineral elements and radioactive nuclides. In The Lichens. ed. V. Ah madjian & M. E. Hale, Academic Press, New York. pp. 185-223. 23. Rao, D. N., Robitaiile, G., LeBianc, F. 1977. Influence of heavy metal pollution on lichens and bryophytes. Journal of Hattori Botanical Laboratory, 42: 213- 39. 24. Eckl, P., TtlrL R., Hofmann, W. 1984. Natural and man-made radionuclide concentrations in lichens at several locations in Austria. Nord, 4: 521-4. 25. Kwapulinski, J., Seaward, M. R. D., Bylinska, E. A. 1985. t37Caesium content of Umbilicaria species, with particular reference to altitude. Science of the Total Environment, 41: 125-33. 26. Papastefanou, C., Manolopoulou, M., Sawidis, T. 1989. Lichens and mosses: Biological monitors of radioactive fallout from the Chernobyl reactor accident. Journal of Environmental Radioactivity, 9: 199-207. 27. Hawksworth, D. L. 2010. Cryptic speciation: how common is it and how should it be handled taxonomically.(Web Page: imc9.info/prog_sig3_detail_hawksworth.htm). (Date accessed: February 2017). 108

28. Wirtz, N., Printzen, C., Lumbsch, H. T. 2008. The delimitation of Antarctic and bipolar species of neuropogonoid Usnea (Ascomycota, Lecanorales): a cohesion approach of species recognition for the Usnea perpusilla complex. Mycological research, 112(4): 472-484. 29. Armaleo, D., Clerc, P. 1995. A rapid and inexpensive method for the purification of DNA from lichens and their symbionts. The Lichenologist, 27, 207-213. 30. Cubero, O. F., and Crespo, A. 2002. Isolation of nucleic acids from lichens. In "Protocols in lichenology", pp. 381-391. Springer. 31. Larena, I., Salazar, O., González, V., Julián, M. C., Rubio, V. 1999. Design of a primer for ribosomal DNA internal transcribed spacer with enhanced specificity for ascomycetes. Journal of Biotechnology, 75(2): 187-194. 32. Lumbsch, H. T., and Schmitt, I. 2002. RAPD-PCR of Lichens. In "Protocols in Lichenology" (I. Kranner, R. Beckett and A. Varma, eds.), pp. 412-421. Springer Berlin Heidelberg. 33. Orock, E. A., Leavitt, S. D., Fonge, B. A., CLAIR, L. L. S., Lumbsch, H. T. 2012. DNA-based identification of lichen-forming fungi: can publicly available sequence databases aid in lichen diversity inventories of Mount Cameroon (West Africa)?. The Lichenologist, 44(06): 833-839. 34. Schmull, M., Miadlikowska, J., Pelzer, M., Stocker-Wörgötter, E., Hofstetter, V., Fraker, E., Kauff, F. 2011. Phylogenetic affiliations of members of the heterogeneous lichen-forming fungi of the genus Lecidea sensu Zahlbruckner (Lecanoromycetes, Ascomycota). Mycologia, 103(5): 983-1003. 35. Tuominen, Y., Jaakkola, T. 1973. Absorption and accumulation of the mineral elements and radioactive nuclides. In The Lichens. ed. V. Ah madjian & M. E. Hale, Academic Press, New York. pp. 185-223. 36. Öztürk, Ş., Güvenç, Ş. 2003. Lichens from the western part of the Black Sea Region of Turkey. Acta Botanica Hungarica, 45: 170–182. 37. Breuss, O., John, V. 2004. New and interesting records of lichens from Turkey, Österreichische Zeitschrift für Pilzkunde, 13, 281–294. 38. John, V., Breuss, O. 2004. Flechten der östlichen Schwarzmeer-Region in der Türkei (BLAMExkursion 1997), Herzogia, 17: 137–156. 109

39. Halıcı, M. G., John, V., Aksoy, A. 2005. Lichens of Erciyes Mountain (Kayseri, Turkey), Flora Mediterranea, 15: 567–580. 40. Tufan, Ö., Sümbül, H., Özdemir, Türk, A. 2005. The lichen flora of the Termessos National Park in Southwestern Turkey. Mycotaxon, 94: 43–46. 41. Güvenç, Ş., Özturk, S., Aydin, S. 2006. Contributions to the lichen flora of Kastamonu and Sinop Provinces in Turkey. Nova Hedwigia, 83: 67–98. 42. Halıcı, M. G., Aksoy, A. 2006. Saxicolous and terricolous lichens of Şirvan Mountain (Pınarbaşı, Kayseri). Turkish Journal of Botany, 30: 477–481. 43. Halıcı, M. G., Aksoy, A., Kocakaya, M. (2007). Some lichens from Gaziantep, Kahramanmaraş, Kırşehir and Yozgat Provinces (Turkey). Turkish Journal of Botany, 31: 161–170. 44. Candan, M., Türk, A. 2008. Lichens of Malatya, Elazığ and Adıyaman provinces (Turkey). Mycotaxon, 105: 19–22. 45. Yazıcı, K., Aptroot, A., Etayo, J., Aslan, A., Guttova, A. 2008. Lichens from the Batman, Mardin, Osmaniye, and Sivas regions of Turkey. Mycotaxon, 103: 141–144. 46. Halıcı, M. G., Güvenç, Ş. 2008. Lichens from Mediterranean Region of Turkey. Cryptogamiae Mycologiae, 29: 95–106. 47. Halıcı, M. G., Aksoy, A. 2009. Lichenized and lichenicolous fungi of Aladağlar National Park (Niğde, Kayseri, Adana) in Turkey. Turkish Journal of Botany, 33: 169–189. 48. Kocakaya, M., Halıcı, M. G., Aksoy, A. 2009. Lichens and lichenicolous fungi of Kızıldağ (Derebucak, Konya). Turkish Journal of Botany, 33: 105–112. 49. Kınalıoğlu, K. 2009. Lichens from the Amasya, Çorum, and Tokat regions of Turkey. Mycotaxon, 109: 181–184. 50. Kınalıoğlu, K. 2009. Additional lichen records from Giresun Province, Turkey. Mycotaxon, 109: 137–140. 51. Halıcı, M. G., Akata, I., Kocakaya, M. 2010. New records of lichenized and lichenicolous fungi from Turkey. Mycotaxon, 114: 311–314. 52. Yazıcı, K., Aptroot, A., Aslan, A., Etayo, J., Spier, L., Karagöz, Y. 2010. Lichenized and lichenicolous fungi from nine different areas in Turkey. Mycotaxon, 111: 113–116. 110

53. Kınalıoğlu, K., Aptroot, A. 2011. Carbonea, Gregorella, Porpidia, Protomicarea, Rinodina, Solenopsora and Thelenella lichen species new to Turkey. Mycotaxon, 115: 125–129. 54. Karagöz, Y., Aslan, A. 2012. Floristic lichen records from Kemaliye District (Erzincan) and Van Province. Turkish Journal of Botanic, 36: 558–565. 55. Oran, S., Öztürk, Ş. 2012. Epiphytic lichen diversity on Quercus cerris and Q. frainettoin the Marmara region (Turkey). Turkish Journal of Botanic, 36: 175– 190. 56. Çobanoğlu, G., Açıkgöz, B., Baloniu, L. 2013. Contributions to lichen diversity of Turkey from the Sarısu area (Kocaeli). Turkish Journal of Botanic, 37: 964–969. 57. Halıcı, M. G., Kocakaya, M., Kılıç, E. 2013. New Candelariella records for Turkey. Mycotaxon, 121: 313–318. 58. Kotschy, T. (1858). Reise in den cilicischen Taurus über Tarsus. J. Perthes. 59. John, V. 2000. A neglected lichen collection from Turkey: Berkhamsted School Expedition 1971. Turkish Journal of Botany, 24(4): 239-248. 60. Krempelhuber, A. V. 1868. Exotische Flechten aus dem Herbar des kk botanischen Hofkabinetes in Wien. Verhandlungen der Kaiserlich Königlichen Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien, 18: 303-330. 61. Dinçer, İ., Özdemir Türk, A. (2001). Lichens of Turkey In Turkish Lichen Flora from John Volker 2012. 62. Bussmann, W. 1990. Zur Entstehung und Überlieferung der Hoßbach- Niederschrift. Vierteljahrshefte für Zeitgeschichte, 16(4. H): 373-384. 63. Aptroot, A., Van Herk, C. M. 2004. Checklist van de Nederlandse korstmossen en korstmosparasieten. Buxbaumiella, 69: 17-55. 64. Wirth, V. 1995. Die Flechten baden-württembergs (Vol. 2, pp. 1-2). Stuttgart: Ulmer. 65. Wirth, V., Kirschbaum, U. 2014. Flechten einfach bestimmen. Wiebelsheim: Quelle & Meyer. 66. Halıcı, M.G., Vondrák, J., Demirel, R., Ceylan, A., Candan, M. 2014. Teloschistaceae (lichenized ascomycetes) on Turkey II. – Some poorly known taxa, supported by molecular data. Nova Hedwigia 98: 449–458. 111

67. Halici, M. G., Kocakaya, M., Ondrakova, O. V. 2012. Teloschistaceae (lichenized Ascomycetes) in Turkey. 1.–Some records from Turkey. Nova Hedwigia, 94(3-4): 385-396. 68. Zeybek, U., Lumbsch, H. T., Feige, G. B., Elix, J. A., John, V. (1993). Chemosyndromic variation in Hypogymnia species, mainly from Turkey (lichenized Ascomycotina). Cryptogamic botany. 69. Schade, A. 1954. über Letharia vulpina (L.) Vain. und ihre Vorkommen in der Alten Welt. 70. Hafellner, J., John, V. 2006. Über Funde lichenicoler nicht-lichenisierter Pilze in der Türkei, mit einer Synopsis der bisher im Land nachgewiesenen Taxa. Herzogia, 19: 155-176. 71. Breuss, O. 1998. Catapyrenium und verwandte Gattungen (lichenisierte Ascomyceten, Verrucariaceae) in Asien-ein erster Überblick. Annalen des Naturhistorischen Museums in Wien. Serie B für Botanik und Zoologie, 657- 669. 72. Hanko, B. 1983. Chemotypen der Flechtengattung Pertusaria in Europa. J. Cramer. 73. Futuyma, D. J. 2005. Evolution. Sundreland, MA, Sinauer Associates 74. Caumal, R., Polly, P. D. 2005. Phylogenetic and environmental components of morphological variation: Skull, mandible, and molar shape in marmots (Marmota, Rodentia). Evolution, 59 2460-2472. 75. Felsenstein, J. 2004. Inferring Phylogenies. Sunderland, MA, Sinauer Associates, Inc. 76. Nei, M. and Kumar, S. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford, Oxford University Press 77. Yang, Z. 2006. Computational Molecular Evolution. Oxford, Oxford University Press. 78. Ronquist, F., van der Mark, P., Huelsenbeck, J. P. 2009. Bayesian phylogenetic analysis using MrBayes. In The Phylogenetic Handbook: A Practical Approach to Phylogenetic Analysis & Hypothesis Testing (2. ed.). Lemey, P., Salemi, M., Vandamme, A. Cambridge, Cambridge University Press. 79. Anonim. 2006. (Web Adresi: http://rfdz.phnoe.ac.at/fileadmin/Mathematik_Uploads/ACDCA/DESTIME 112

2006/DES_contribs/Leinbach/Biology%20Workshop/Neighbor_joining.htm l) (Erişim tarihi: Mart 2017). 80. Pasupathy, K. 2015. Neighbour Joining Method. (Web adresi: http://www.srmuniv.ac.in/sites/default/files/files/3(5).pdf). (Erişim Tarihi: Mart 2017). 81. (Web adresi: http://www.dbbm.fiocruz.br/james/GlossaryS.html). (Erişim tarihi: Mart 2017). 82. Kipling, W. 2012. Principles of Phylogenetics. University of California, Interactive Biology 200A, Lecture notes. 83. MEGA Software. 2015. (Web adresi: http://www.megasoftware.net/webhelp/contexthelp_hc/hc_maximum_likeli hood_ml_.htm) (Erişim tarihi: Mart 2017). 84. White, T. J., Bruns, T., Lee, S. J. W. T., & Taylor, J. W. 1990. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. PCR protocols: a guide to methods and applications, 18(1), 315-322. 85. Salazar, O., Julian, M.C., Rubia, V., 2000. Primers based on specific rDNA-ITS sequences for PCR detection of Rhizoctonia solani, R. solani AG 2 subgroups and ecological types, and binucleate Rhizoctonia. Mycological Research, 104: 281-285. 86. Korabecna, M. 2007. The variability in the fungal ribosomal DNA (ITS1, ITS2, and 5.8 S rRNA gene): its biological meaning and application in medical mycology. Communicating current research and educational topics and trends in applied microbiology, 2: 783-787. 87. Baldwin, B. G., Sanderson, M. J., Porter, J. M., Wojciechowski, M. F., Campbell, C. S., & Donoghue, M. J. 1995. The ITS region of nuclear ribosomal DNA: a valuable source of evidence on angiosperm phylogeny. Annals of the Missouri Botanical Garden, 247-277. 88. Song, J., Shi, L., Li, D., Sun, Y., Niu, Y., Chen, Z., Lv, A. 2012. Extensive pyrosequencing reveals frequent intra-genomic variations of internal transcribed spacer regions of nuclear ribosomal DNA. PloS one, 7(8): e43971. 89. Franc, N., Kärnefelt, I. 1998. Phylogeny of Xanthoria calcicola and X. parietina, based on rDNA ITS sequences. Graphis Scripta, 9(2): 49-54 113

90. Thell, A. 1999. Group I intron versus ITS sequences in phylogeny of cetrarioid lichens. The Lichenologist, 31(05): 441-449. 91. LaGreca, S. 1999. A phylogenetic evaluation of the Ramalina americana chemotype complex (lichenized Ascomycota, Ramalinaceae) based on rDNA ITS sequence data. Bryologist, 602-618 92. Myllys, L., Lohtander, K., Tehler, A. 2001. β-tubulin, ITS and group I intron sequences challenge the species pair concept in Physcia aipolia and P. caesia. Mycologia, 335-343. 93. Lohtander, K., Oksanen, I., Rikkinen, J. 2002. A phylogenetic study of Nephroma (lichen-forming Ascomycota). Mycological Research, 106(07): 777-787 94. de Los Angeles Vinuesa, M., Sanches-Puelles, J. M., Tibell, L. 2001. Intraspecific variation in Mycocalicium subtile (Mycocaliciaceae) elucidated by morphology and the sequences of the ITS1-5.8 S-ITS2 region of rDNA.Mycological Research, 105(03): 323-330. 95. Dyer, P. S., Murtagh, G. J. 2001. Variation in the ribosomal ITS-sequence of the lichens Buellia frigida and Xanthoria elegans from the Vestfold Hills, eastern Antarctica. The Lichenologist, 33(02): 151-159. 96. Kärnefelt, I., Thell, A. 2000. On the systematic position of the genus Cetrariella (Parmeliaceae: Ascomycotina) indicated by ITS rDNA data. Bibliotheca Lichenologica, 1(75). 97. Schmitt, I., Lumbsch, H. T., Søchting, U. 2003. Phylogeny of the lichen genus Placopsis and its allies based on Bayesian analyses of nuclear and mitochondrial sequences. Mycologia, 95(5): 827-835 98. Gaya, E., Lutzoni, F., Zoller, S., Navarro-Rosinés, P. 2003. Phylogenetic study of Fulgensia and allied Caloplaca and Xanthoria species (Teloschistaceae, lichen-forming Ascomycota). American Journal of Botany, 90(7): 1095-1103. 99. Martín, M. P., LaGreca, S., Lumbsch, H. T. 2003. Molecular phylogeny of Diploschistes inferred from ITS sequence data. The Lichenologist, 35(01): 27- 32 100. Guzow-Krzeminska, B. 2006. Photobiont flexibility in the lichen Protoparmeliopsis muralis as revealed by ITS rDNA analyses. The Lichenologist, 38(05): 469-476. 114

101. Ohmura, Y., Kawachi, M., Kasai, F., Watanabe, M. M., Takeshita, S. 2006. Genetic combinations of symbionts in a vegetatively reproducing lichen, Parmotrema tinctorum, based on ITS rDNA sequences. The Bryologist, 109(1): 43-59. 102. Cansaran, D., Aras, S., Kandemir, İ., Halıcı, G. 2006. Phylogenetic relations of Rhizoplaca Zopf. from anatolia inferred from ITS sequence data. Zeitschrift für Naturforschung C, 61(5-6): 405-412. 103. Zheng, X. L., Sheng, H. M., An, L. Z. 2007. Phylogenetic analysis of lichen- forming fungi Rhizoplaca Zopf from China based on ITS data and morphology. Zeitschrift für Naturforschung C, 62(9-10): 757-764. 104. Myllys, L., Lohtander, K., Källersjö, M., Tehler, A. 1999. Sequence insertions and ITS data provide congruent information on Roccella canariensis and R. tuberculata (Arthoniales, Euascomycetes) phylogeny. Molecular Phylogenetics and Evolution, 12(3): 295-309 105. Michel, F., Kazuhiko, U., Haruo, O. 1989. Comparative and functional anatomy of group II catalytic introns—a review. Gene, 82(1): 5-30. 106. Google. 2015. (Web adresi: https://sites.google.com/site/mpnelsen/primer- maps). (Erişim Tarihi: Mart 2017). 107. Wedin, M., Döring, H., Ekman, S. 2000. Molecular phylogeny of the Lichen families Cladoniaceae, Sphaerophoraceae and Stereocaulaceae (Lecanorales, Acomycotina). The Lichenologist, 32(2): 171-187. 108. Lohtander, K., Oksanen, I., Rikkinen, J. 2002. A phylogenetic study of Nephroma (lichen-forming Ascomycota). Mycological Research, 106(7): 777- 787. 109. Wiklund, E., Wedin, M. 2003. The phylogenetic relationships of the cyanobacterial lichens in the Lecanorales suborder Peltigerineae. Cladistics, 19(5): 419-431. 110. Blanco, O., Crespo, A., Elix, J. A., Hawksworth, D. L., Thorsten Lumbsch, H. 2004. A molecular phylogeny and a new classification of parmelioid lichens containing Xanthoparmelia-type lichenan (Ascomycota: Lecanorales). Taxon, 53(4): 959-975. 111. Wedin, M., Wiklund, E., Crewe, A., Döring, H., Ekman, S., Nyberg, Å., Lumbsch, H. T. 2005. Phylogenetic relationships of Lecanoromycetes 115

(Ascomycota) as revealed by analyses of mtSSU and nLSU rDNA sequence data. Mycological research, 109(2): 159-172. 112. Fedorenko, N., Stenroos, S., Thell, A., Kärnefelt, I., Kondratyuk, S. 2009. A phylogenetic analysis of xanthorioid lichens (Teloschistaceae, Ascomycota) based on ITS and mtSSU sequences. Bibliotheca Lichenologica. Diversity of Lichenology-Anniversary Volume, 100: 49-84. 113. Halici, M. G., Kocakaya, M., Sweeney, K., Fankhauser, J. D., Schmitt, I. 2010. Pertusaria paramerae (Pertusariales, Ascomycota), a species with variable secondary chemistry, and a new lichen record for Turkey. Nova Hedwigia, 91(1-2): 223-230. 114. Kondratyuk, S. Y., Jeong, M.-H., Yu, N.-H., Kärnefelt, I., Thell, A., Elix, J. A., Kim, J., Kondratiuk, A. S., Hur, J.-S. 2013. Four new genera of teloschistoid lichens (Teloschistaceae, Ascomycota) based on molecular phylogeny. Acta Botanica Hungarica 55(3–4): 251–274. 115. Lücking, R., Mangold, A., Rivas Plata, E., Parnmen, S., Kraichak, E., Lumbsch, H. T. 2015. Morphology‐ based phylogenetic binning to assess a taxonomic challenge: a case study in Graphidaceae (Ascomycota) requires a new generic name for the widespread Leptotrema wightii. Botanical Journal of the Linnean Society, 179(3): 436-443. 116. Timdal, E., Obermayer, W., Bendiksby, M. 2016. Psora altotibetica (Psoraceae, Lecanorales), a new lichen species from the Tibetan part of the Himalayas. MycoKeys, 13:35. 117. Küçük, A. G. R., Güngör, U. 1996. Nükleer Santran Kurulması Planlanan Akkuyu’nun Doğal Özellikleri. TMMOB 1. Enerji Sempozyumu, 12-14 Kasım, Ankara. 118. CBS. 2011. Akkuyu nükleer güç santrali projesi, Çevresel etki değerlendirme başvuru dosyası. (Web Adresi: http://www.csb.gov.tr/turkce/dosya/ced/AKKUYU_NGS_CBD.pdf). (Erişim, Haziran 2016). 119. Harita-TR. 2016. (Web adresi: http://www.haritatr.com/harita/Akkuyu/54232). (Erişim tarihi: Haziran 2016). 116

120. Sensoy, S. Demircan, M., Ulupınar, U., Balta, İ. 2008. Türkiye iklimi. Turkish State Meteorological Service (DMİ), Ankara 121. MGM (Meteoroloji Genel Müdürlüğü). 2015. Anamur iklimi (Web adresi: http://www.mgm.gov.tr/iklim/iklim-siniflandirmalari.aspx?m= ANAMUR). (Erişim tarihi: Kasım 2015). 122. ÇSB (Çevre ve Şehircilik Bakanlığı). 2013. Mersin İli 2013 yılı çevre durum raporu. Çed ve Çevre İzin Şube Müdürlüğü. 123. Doğu, A. F., Çiçek, İ., Gürgen, G. 1994. Orta Toroslarda (Seydişehir-Gülnar) Karstlaşma Tipleri. Ankara Üniversitesi Türkiye Coğrafya Araştırma ve Uygulama Merkezi Dergisi, 3: 129-139. 124. Aksoy, E., Panagos, P., Montanarella, L., Jones, A. 2010. Integration of the Soil Database of Turkey into European Soil Database 1: 1.000. 000. 125. Anonim. 2015. Toprak özellikleri. (Web adresi: http://solucangubresi.web.tr/toprak-ve-gubre/toprak-ozellikleri.html). (Erişim tarihi: Kasım 2015). 126. Anonim. (Web adresi: http://geograpy.blogcu.com/turkiyede-gorulen- toprak-tipleri-ve-ozellikleri/309009). (Erişim tarihi: Aralık 2015). 127. Myers, N., Mittermeier, R. A., Mittermeier, C. G., Da Fonseca, G. A., & Kent, J. 2000. Biodiversity hotspots for conservation priorities. Nature, 403(6772):853- 858. 128. Wirth, V., Flechten flora, Ulmer, Stuttgart, 1980. 129. Clauzade, G., Roux, C. 1985. Likenoj de Occidenta Europo. Bulletin de la Societe Botanique du Centre Quest Nouvelle Serie- Numero Special, 7. 130. Purvis, O.W.1992. The Lichen Flora of Great Britain and Ireland. London. 131. Ozenda, P., Clauzade, G. 1970. Les Lichens, Mason et C, Paris. 132. Brodo, I. M., Sharnoff, S. D., Sharnoff, S. 2001. Lichens of north America. Yale University Press. 133. Nimis, P. L., Martellos, S. 2002. ITALIC-The information system on Italian lichens. Bibliotheca Lichenologica, 82: 271-284. 134. Martín, M. P., Winka, K. 2000. Alternative methods of extracting and amplifying DNA from lichens. The Lichenologist, 32(02), 189-196 117

135. Dneasy Plant Mini Kit, cat nos. 69104 and 69106. Quick-Start Protocol. (Web adresi: https://www.qiagen.com/us/resources/resourcedetail?id=6b9bcd96- d7d4-48a1-9838-58dbfb0e57d0&lang=en). (Erişim tarihi: Mart 2017). 136. White, T. J., Bruns, T., Lee, S. J. W. T., Taylor, J. W. 1990. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. PCR protocols: a guide to methods and applications, 18(1): 315-322. 137. Zoller, S., C. Scheidegger., C. Sperisen. 1999. PCR primers for th eamplification of mitochondrial small subunit ribosomal DNA of lichen-forming ascomycetes. Lichenologist, 31: 511-516. 138. Aptroot, A., Schumm, F. 2011. Fruticose Roccellaceae: An Anatomical- microscopical Atlas and Guide with a Worldwide Key and Further Notes on Some Crustose Roccellaceae Or Similar Lichens. BoD–Books on Demand. 139. Halici, M. G., & Kahraman, A. M. 2016. Roccella elisabethae with lichenicolous Arthonia follmanniana in Turkey. Mycotaxon, 131(3): 639-643. 140. Diederich P. 1995. New or interesting lichenicolous fungi VI. Arthonia follmanniana, a new species from the Galapagos Islands. 179–182, in: FJA Daniels et al. (eds). Flechten Follmann: contributions to lichenology in honour of Gerhard Follmann. Botanical Institute, University of Cologne. 141. Hafellner J. 1996. Bemerkenswerte Funde von Flechten und lichenicolen Pilzen auf makaronesischen Inseln V. Über einige Neufunde und zwei neue Arten. Herzogia 12: 133–145. 142. Halıcı, M. G. 2008. Aladağlar Milli Parkı (Niğde, Kayseri, Adana) Liken Florası. Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji Anabilim Dalı, Doktora Tezi, Kayseri. 143. Halıcı, M. G., Güvenç, Ş. 2008. Lichens from Mediterranean Region of Turkey. Cryptogamiae Mycology, 29: 95-106. 144. Candan, M., Özdemir Türk, A. 2008. Lichens of Malatya, Elazığ and Adıyaman provinces (Turkey). Mycotaxon, 105: 19-22. 145. Çobanoğlu, G., Yavuz, M. 2007. Lichen records from Afyonkarahisar and Isparta provinces. Turkish Journal of Botany, 30(6): 467-476. 146. Tufan, O., Sumbul, H., Turk, A. O. 2005. The lichen flora of the Termessos National Park in southwestern Turkey. Mycotaxon, 94: 43-46. 118

147. Oran, S., Uğur, A., Öztürk, Ş. 2007. Some lichen records from Quercus vulcanica forests around Yukarı Gökdere (Isparta, Turkey). Journal of Biological and Environmental Sciences, 1(3). 148. Öztürk, Ş., Güvenç, Ş. 2010. Additional lichen records from the western Black Sea region of Turkey. Acta Botanica Hungarica, 52(1-2): 159-175. 149. Oran, S., Öztürk, Ş. 2006. Lichens of Gemlik, İznik, Mudanya and Orhangazi districts in Bursa Province (Turkey). Turkish Journal of Botany, 30(4): 231- 250. 150. Yazıcı, K. Aptroot, A., Aslan, A., Sipman, H., Piercey-Normore, M. D. The lichen biota of Burdur province (Turkey). Mycotaxon, 130: 926. 151. Pisut, I. 1970. Interessante flechtenfunde aus der Türkei. Preslia (Praha), 42: 380. 152. Yavuz, M., Çobanoğlu, G. 2007. Lichen Flora of Pamukkale (Hierapolis), Turkey. Pakistan Journal of Biological Sciences, 10(17): 2998-3001. 153. Halici, M. G., Aksoy, A. 2009. Lichenised and Lichenicolous Fungi of Aladağlar National Park (Niğde, Kayseri and Adana Provinces) in Turkey. Turkish Journal of Botany, 33(3): 169-189. 154. Szatala, Ö. 1927. Lichenes in Asia minore ab directore Dre Stefano Györffy de Szigeth (Budapest) et Dre Andrasovszky collecti. Folia Cryptog, 1: 272-278. 155. Çobanoğlu, G., Açıkgöz, B., Baloniu, L. 2013. Contributions to lichen diversity of Turkey from the Sarısu area (Kocaeli). Turkish Journal of Botany, 37(5): 964-969. 156. John, V. 1999. Lichenes anatolici exsiccati. Fasc. 1–3 (no. 1–75). – Arnoldia 16: 1–44. 157. Yazici, K., Aptroot, A., Etayo, J., Aslan, A., & Guttova, A. 2008. Lichens from the Batman, Mardin, Osmaniye, and Sivas regions of Turkey. Mycotaxon, 103: 141-144. 158. Nimis, P. L., John, V. 1998. A contribution to the lichen flora of Mediterranean Turkey. Cryptogamie Bryologie lichénologie, 19(1): 35-58. 159. Lichenportal. (Web adresi: http://lichenportal.org/portal/taxa/index.php?taxon=53645). (Erişim Tarihi: Mart 2017). 119

160. Sánchez, F. J., De la Torre, R., Sancho, L., Mateo-Martí, E., Martínez-Frías, J., Horneck, G. 2010. Aspicilia fruticulosa: One of the Most Resistant Organisms to Outer Space Conditions and Mars Simulated Environment.Origins of Life and Evolution of Biospheres, 40(6), 546 161. Elix. J. S. Diplotomma. (Web page: https://www.anbg.gov.au/abrs/lichenlist/Diplotomma.pdf). (Date accessed: March 2017). 162. Pišút, I., Guttová, A. 2008. Contribution to the lichen flora of Anatolia, Turkey. 163. Yazici, K., Aslan, A. 2006. Lichen taxonomic composition from MustafaKemalpaşa, Bursa district (Turkey). Acta Botanica Croatica, 65(1): 25- 39. 164. John, V. Türkiye Liken ve Likenikol Mantarlarının Listesi, Yayımlanmamış Derleme. 165. Şenkardeşler A., Sukatar, A. 2006. Lichens of Denizli Province. Journal of Forest Science, 29:52-56. 166. Yildiz, A., John, V. 2002. Additional lichen records from Kastamonu province (Turkey). Flora Mediterranea, 12: 315-322. 167. Anonim. (Web page: http://fschumm.bplaced.net/Schumm_Flechtenbilder/Diplotomma%20venu stum%2014942.pdf). (Date accessed: February 2017). 168. Checklist of Great Britain Lichens. (Web page: http://www.fieldmycology.net/GBCHKLST/key.asp?KeyID=60). (Date accessed: February 2017). 169. Halici. M. G. 2014. Türkiye’de Yayılış Gösteren Caloplaca Türlerinin Morfo- Anatomik Karakterleri ve Multilokus Moleküler Sekans Analizleri ile Modern Revizyonu. Ankara. 170. Vondrák, J., Pavel, Ř., Ulf, A. Søchting, U. 2009. The of the Caloplaca citrina group (Teloschistaceae) in the Black Sea region; with contributions to the cryptic species concept in lichenology. The Lichenologist, 41(06): 571-604. 171. Arup, U. 1997. Caloplaca maritima, a misunderstood species in western Europe. The Lichenologist, 29(06): 503-512 120

172. Lichen maritimes. (Web page: http://www.lichensmaritimes.org/index.php?task=fiche&lichen=198&lang= en). (Date accessed: January 2017). 173. Yazici, K., Aptroot, A., Aslan, A., Vitikainen, O., Piercey-Normore, M. D. 2011. Lichen biota of Ardahan province (Turkey). Mycotaxon, 116: 480. 174. Cobanoglu, G., Akdemir, B. 2004. Contribution to the lichen diversity of Nature Parks in Bolu and Çorum, Anatolia, Turkey. Herzogia, 17: 129-136. 175. Cobanoglu, G., Akdemir, B. 2000. New records for Turkish lichen flora. In The fourth IAL Symposium Progress and Problems in Lichenology at the Turn of the Millenium, Barcelona (pp. 3-8). 176. Steiner J. 1899. Flechten aus Armenien und dem Kaukasus. Österr Bot Z, 49: 248-254. 177. Lichen portal. (Web page: http://lichenportal.org/portal/taxa/index.php?taxon=53227). (Date accessed: February 2017). 178. Nash, T.H., Ryan, B.D., Gries, C., Bungartz, F. 2004. Lichen Flora of the Greater Sonoran Desert Region. Volume 2. 179. Megasporaceae Key. (Web page: http://fungi.myspecies.info/content/megasporaceae-key-aspicilia-circinaria- lobothallia-megaspora-and-sagedia). (Date accessed: February 2017). 180. EOL. (Web page: http://eol.org/pages/1031553/overview). (Date accessed: February 2017). 181. Thompson, J., 1997. American Arctic Lichens: The Microlichens 182. Valadbeigi, T., Nordin, A., Tibell, L. 2011. Megaspora rimisorediata (Pertusariales, Megasporaceae), a new sorediate species from Iran and its affinities with Aspicilia sensu lato. The Lichenologist, 43(04): 285-291. 183. James, P. W. Fletcher, A. 2009. Megaspora. In The Lichens of Great Britain and Ireland (C. W. Smith, A. Aptroot, B. J. Coppins, A. Fletcher, O. L. Gilbert, P. W. James & P. A. Wolseley, eds): 568–569. London: British Lichen Society. 184. Lichenportal. (Web page: http://lichenportal.org/portal/taxa/index.php?taxon=54886). (Date accessed: February 2017). 121

185. Schmitt, I., Martín, M. P., Kautz, S., Lumbsch, H. T. 2005. Diversity of non- reducing polyketide synthase genes in the Pertusariales (lichenized Ascomycota): a phylogenetic perspective. Phytochemistry, 66(11): 1241–1253. 186. Lichenportal. (Web page: http://lichenportal.org/portal/taxa/index.php?taxon=55109). (Date accessed: February 2017). 187. Lichenportal. (Web page: http://lichenportal.org/portal/taxa/index.php?taxon=55121). (Date accessed: February 2017). 188. Anonim. Physcia stellaris. (Web page: http://www.lichens.lastdragon.org/Physcia_stellaris.html). (Date accessed: February 2017). 189. Nimis. L. P. 2009. A key to common lichens on trees in England. Key to Nature. Natural History Museum. 190. Timdal, E., Bendiksby, M., Kahraman, A.M., Halıcı, M. G. 2017. Psora taurensis (Psoraceae, Lecanorales), a new lichen species from Turkey. Mycokeys, 21:1-12. 191. Timdal, E. 1986. A revision of Psora (Lecideaceae) in North America. The Bryologist, 89: 253–275. 192. Timdal, E., Obermayer, W., Bendiksby, M. 2016. Psora altotibetica (Psoraceae, Lecanorales), a new lichen species from the Tibetan part of the Himalayas. MycoKeys, 13: 35–48. 193. Zhurbenko, M. P. 2003. New and rare lichen species (Lichenes) from Sakha- Yakutiya Republic and Magadan region. Botanicheskii Zhurnal, 88: 111–118. 194. Anonim. Roccella elisabethae. (Web page: http://www.lichens.uni- hamburg.de/lichens_descriptions/roccella/roccella_elisabethae.htm). (Date accessed: February 2017). 195. Tehler, A., Dahlkild, Å., Eldenäs, P., Peige, G. B. 2004. The phylogeny and taxonomy of Macaronesian, European and Mediterranean Roccella (Roccellaceae, Arthoniales). Symbolae Botanicae Upsalienses, 34: 405-428. 196. Halıcı, M. G. 2016. Çat Ormanları’ndan (Gemerek, Sivas) bazı liken kayıtları. Erciyes Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 24(1-2). 122

197. Kinalioğlu, K. 2007. The lichen flora of Kocadağ Mountains and its environs (Samsun, Turkey). Acta Botanica Hungarica, 49(1-2): 95-104. 198. Karabulut, F., Türk, A. Ö. 1998. Lichens of the Akşehir District (Konya). Turkish Journal of Botany, 22(3): 191-198. 199. Yazıcı, K.., Aptroot, A., Aslan, A. The lichen biota of Iğdır province (Turkey). 200. Lichenportal. (Web page: http://lichenportal.org/portal/taxa/index.php?taxon=53070). (Date accessed: February 2017). 201. Yazici, K., Aslan, A. 2007. Lichens and lichenicolous fungi from Bayburt province (Turkey). Acta Botanica Hungarica, 49(1-2): 199-213. 202. Vondrák, J., Halici, M. G., Kocakaya, M., Ondrakova, O. V. 2012. Teloschistaceae (lichenized Ascomycetes) in Turkey. 1.–Some records from Turkey. Nova Hedwigia, 94(3-4): 385-396. 203. Kocakaya, M., Halici, M. G., Aksoy, A. (2014). Lichenized and lichenicolous fungi of Gevne valley (Konya, Antalya). Turkish Journal of Botany, 38(2): 358-369 204. Lücking, R., Rivas, P. E., Chaves, J. L., Umana, L., Sipman, H. J. M. 2009. How many tropical lichens are there... really?. Bibliotheca Lichenologica, 100: 399- 418. 205. Crespo, A., Pérez-Ortega, S. 2009. Cryptic species and species pairs in lichens: a discussion on the relationship between molecular phylogenies and morphological characters. Anales del Jardín Botanico de Madrid, 66(S1): 71– 81 206. Crespo, A., Lumbsch, H. T. 2010). Cryptic species in lichen-forming fungi. IMA Fungus, 1: 167-170 207. Printzen, C. 2010. Lichen systematics: The role of morphological and molecular data to reconstruct phylogenetic relationships. Progress in Botany, 71: 33–275 208. Lumbsch, H. T., Leavitt, S. D. 2011. Goodbye morphology? A paradigm shift in the delimitation of species in lichenized fungi. Fungal Diversity, 50: 59-72. 209. Taylor, J., Jacobson, D., Kroken, S., Kasuga, T., Geiser, D., Hibbett, D., Fisher, M. 2000. Phylogenetic species recognition and species concepts in fungi. Fungal Genetics and Biology, 31: 21-32. 123

210. Divakar, P. K., Figueras, G., Hladun, N., Crespo, A. 2010. Molecular phylogenetic studies reveal an undescribed species within the North American concept of Melanelixia glabra (Parmeliaceae). Fungal Diversity, 42: 47-55 211. Kelly, L. J., Hollingsworth, P. M., Coppins, B. J., Ellis, C. J., Harrold, P., Tosh, J., Yahr, R. 2011. DNA barcoding of lichenized fungi demonstrates high identification success in a floristic context. New Phytologist, 191: 288-300. 212. Leavitt, S. D., Fankhauser, J. D., Leavitt, D. H., Porter, L. D., Johnson, L. A., StClair, L. L. 2011.Complex patterns of speciation in cosmopolitan ‘‘rock posy’’ lichens – Discovering and delimiting cryptic fungal species in the lichen- forming Rhizoplaca melanophthalma species-complex (Lecanoraceae, Ascomycota). Molecular Phylogenetics and Evolution, 59: 587-602 213. Leavitt, S. D, Johnson, L., StClair, L. L. 2011. Species delimitation and evolution in morphologically and chemically diverse communities of the lichen- forming genus Xanthoparmelia (Parmeliaceae, Ascomycota) in western North America. American Journal of Botany, 98: 175-188. 214. Molina, M., Del-Prado, R., Divakar, P., Sánchez-Mata, D., Crespo, A. 2011. Another example of cryptic diversity in lichen-forming fungi: the new species Parmelia mayi (Ascomycota: Parmeliaceae). Organisms Diversity & Evolution, 11: 331-342. 215. Schmul, M., Miadlikowska, J., Pelzer, M., Stocker-Wörgötter, E., Hofstetter, V., Fraker, E., Hodkinson, B. P., Reeb, V., Kukwa, M., Lumbsch, H. T., Kauff, F., Lutzoni, F. 2011. Phylogenetic affiliations of members of the heterogeneous lichen-forming fungi of the genus Lecidea sensu Zahlbruckner (Lecanoromycetes, Ascomycota). Mycologia, 103: 983-1003. 216. Pino-Bodas, R., Burgaz, A. R., Martin, M. P., Lumbsch, H. T. 2012. Species delimitations in the Cladonia cariosa group (Cladoniaceae, Ascomycota). The Lichenologist, 44: 121-135. 217. Kelly, L. J., Hollingsworth, P. M., Coppins, B. J., Ellis, C. J., Harrold, P., Tosh, J., Yahr, R. 2011. DNA barcoding of lichenized fungi demonstrates high identification success in a floristic context. New Phytologist, 191: 288-300 218. Schoch, C. L., Seifert, K. A., Huhndorf, S., Robert, V., Spouge, J. L., Levesque, C. A., Chen, W., Bolchacova, E., Voigt, K., Crous, P. W., Miller, A. N., Wingfield, M. J., Aime, M. C., An, K. D., Bai, F. Y., Barreto, R. W., Begerow, 124

D., Bergeron, M. J., Blackwell, M., Boekhout, T., Bogale, M., Boonyuen, N., Burgaz, A. R., Buyck, B., Cai, L., Cai, Q., Cardinali, G., Chaverri, P., Coppins, B. J., Crespo, A., Cubas, P., Cummings, C., Damm, U., de Beer, Z. W., de Hoog, G. S., Del-Prado, R., Dentinger, B., Dieguez-Uribeondo, J., Divakar, P. K., Douglas, B., Duenas, M., Duong, T. A., Eberhardt, U., Edwards, J. E., Elshahed, M. S., Fliegerova, K., Furtado, M., Garcia, M. A., Ge, Z. W., Griffith, G. W., Griffiths, K., Groenewald, J. Z., Groenewald, M., Grube, M., Gryzenhout, M., Guo, L. D., Hagen, F., Hambleton, S., Hamelin, R. C., Hansen, K., Harrold, P., Heller, G., Herrera, G., Hirayama, K., Hirooka, Y., Ho, H. M., Hoffmann, K., Hofstetter, V., Hognabba, F., Hollingsworth, P. M., Hong, S. B., Hosaka, K., Houbraken, J., Zhang, N., Zhuang, W. Y., Schindel, D. 2012. Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 109: 6241-6246. 219. Orock, E. A., Leavitt, S. D., Fonge, B. A., StClair, L. L., Lumbsch, H. T. 2012. DNA-based identification of lichen-forming fungi: Can publicly available Sequence databases aid in lichen diversity inventories of Mount Cameroon (West Africa) ? The Lichenologist, 44: 833–839 220. Walker, D. M., Castlebury, L. A., Rossman, A. Y., White, J. F. 2012. New molecular markers for fungal phylogenetics: two genes for species-level systematics in the Sordariomycetes (Ascomycota). Molecular phylogenetics and evolution, 64(3): 500-512. 221. Michelmore, R. W., Hulbert, S. H. 1987. Molecular markers for genetic analysis of phytopathogenic fungi. Annual Review of Phytopathology, 25(1), 383-404. 222. Printzen, C. 2002. Fungal specific primers for PCR‐ amplification of mitochondrial LSU in lichens. Molecular Ecology Notes, 2(2): 130-132.

125

ÖZGEÇMİŞ

KİŞİSEL BİLGİLER

Adı, Soyadı: Arife Merve Kahraman Uyruğu: Türkiye (TC) Doğum Tarihi ve Yeri: 4 Nisan 1990, Kayseri Medeni Durumu: Bekâr Tel: +90 542 891 59 41 Email: [email protected]

EĞİTİM

Derece Kurum Mezuniyet Tarihi Yüksek Lisans EÜ Fen Bilimleri Enstitüsü 2017 Lisans EÜ Fen Fakültesi Biyoloji 2014 Lise Hisarcıklıoğlu Fen Lisesi, Kayseri 2008

YABANCI DİL

İngilizce

YAYINLAR

1. Halici, M. G., & Kahraman, A. M. 2016. Roccella elisabethae with lichenicolous Arthonia follmanniana in Turkey. Mycotaxon, 131(3): 639-643. 2. Timdal, E., Bendiksby, M., Kahraman, A.M., Halıcı, M. G. 2017. Psora taurensis (Psoraceae, Lecanorales), a new lichen species from Turkey. Mycokeys, 21:1-12.