Effects of Caudal Autotomy on the Locomotor Performance of Micrablepharus Atticolus (Squamata, Gymnophthalmidae)
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Modeling and Partitioning the Nucleotide Evolutionary Process for Phylogenetic and Comparative Genomic Inference
University of Central Florida STARS Electronic Theses and Dissertations, 2004-2019 2007 Modeling And Partitioning The Nucleotide Evolutionary Process For Phylogenetic And Comparative Genomic Inference Todd Castoe University of Central Florida Part of the Biology Commons Find similar works at: https://stars.library.ucf.edu/etd University of Central Florida Libraries http://library.ucf.edu This Doctoral Dissertation (Open Access) is brought to you for free and open access by STARS. It has been accepted for inclusion in Electronic Theses and Dissertations, 2004-2019 by an authorized administrator of STARS. For more information, please contact [email protected]. STARS Citation Castoe, Todd, "Modeling And Partitioning The Nucleotide Evolutionary Process For Phylogenetic And Comparative Genomic Inference" (2007). Electronic Theses and Dissertations, 2004-2019. 3111. https://stars.library.ucf.edu/etd/3111 MODELING AND PARTITIONING THE NUCLEOTIDE EVOLUTIONARY PROCESS FOR PHYLOGENETIC AND COMPARATIVE GENOMIC INFERENCE by TODD A. CASTOE B.S. SUNY – College of Environmental Science and Forestry, 1999 M.S. The University of Texas at Arlington, 2001 A dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the degree of Doctor of Philosophy in Biomolecular Sciences in the Burnett College of Biomedical Sciences at the University of Central Florida Orlando, Florida Spring Term 2007 Major Professor: Christopher L. Parkinson © 2007 Todd A. Castoe ii ABSTRACT The transformation of genomic data into functionally relevant information about the composition of biological systems hinges critically on the field of computational genome biology, at the core of which lies comparative genomics. The aim of comparative genomics is to extract meaningful functional information from the differences and similarities observed across genomes of different organisms. -
Parque Estadual Carlos Botelho
PARQUE ESTADUAL CARLOS BOTELHO ANEXOS Fundação Florestal Imagens da Capa: Interior da floresta - Fabio Colombini Esquerda: Beija-flor-preto-e-branco - Fabio Colombini Centro: Bromélia - Fabio Colombini Direita: Cachoeira Água da Vaca - Rogério Zaglobinski Este Plano de Manejo foi elaborado com a Coordenação Executiva do Instituto EKOS Brasil como parte integrante do Termo de Compromisso de Compensação Ambiental (TCCA) pela ampliação da Mina Limeira em Ribeirão Grande, formalizado no Processo SMA 13.603/99 e detalhado no Plano de Trabalho dos Planos de Manejo (Processo 043.176/2005). ÍNDICE Anexo 1. Agenda e Lista de Presença das Oficinas de Planejamento Anexo 2. Bibliografia Anexo 3. Imagens das Unidades de Terreno e Relevo do PECB Anexo 4. Fichas Cadastrais dos Impactos Ambientais da Rodovia SP-139 Anexo 5. Sistema de Descrição da Vegetação Adotado para o Mapeamento Anexo 6. Espécies de Plantas Vasculares com Ocorrência Registrada Anexo 7. Espécies de Invertebrados com Ocorrência Registrada Anexo 8. Espécies de Peixes com Ocorrência Registrada Anexo 9. Espécies da Herpetofauna com Ocorrência Registrada Anexo 10. Espécies da Avifauna com Ocorrência Registrada Anexo 11. Espécies de Grandes Mamíferos com Ocorrência Registrada Anexo 12. Grandes e Médios Mamíferos do Vale do Ribeira e Alto Paranapanema Anexo 13. Espécies de Pequenos Mamíferos e Quirópteros com Ocorrência Registrada Anexo 14. Definição dos Grupos Faunísticos Estudados Anexo 15. Caracterização dos Bairros Localizados no Entorno do PECB Anexo 16. Sítios Arqueológicos Cadastrados no IPHAN Anexo 17. Evidências e Indicações do Patrimônio Cultural Anexo 18. Cenários Históricos Anexo 19. Matriz de Acessos ao Parque Estadual Carlos Botelho Anexo 20. Dados sobre a Passagem de Romeiros na Rodovia SP-139 Anexo 21. -
“Relações Evolutivas Entre Ecologia E Morfologia Serpentiforme Em Espécies De Lagartos
UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO FFCLRP - DEPARTAMENTO DE BIOLOGIA PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOLOGIA COMPARADA “Relações evolutivas entre ecologia e morfologia serpentiforme em espécies de lagartos microteiídeos (Sauria: Gymnophthalmidae)”. Mariana Bortoletto Grizante Dissertação apresentada à Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto da USP, como parte das exigências para a obtenção do título de Mestre em Ciências, Área: Biologia Comparada. Ribeirão Preto 2009 UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO FFCLRP - DEPARTAMENTO DE BIOLOGIA PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOLOGIA COMPARADA “Relações evolutivas entre ecologia e morfologia serpentiforme em espécies de lagartos microteiídeos (Sauria: Gymnophthalmidae)”. Mariana Bortoletto Grizante Dissertação apresentada à Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto da USP, como parte das exigências para a obtenção do título de Mestre em Ciências, Área: Biologia Comparada. Orientadora: Profª. Drª. Tiana Kohlsdorf Ribeirão Preto 2009 “Relações evolutivas entre ecologia e morfologia serpentiforme em espécies de lagartos microteiídeos (Sauria: Gymnophthalmidae)”. Mariana Bortoletto Grizante Ribeirão Preto, _______________________________ de 2009. _________________________________ _________________________________ Prof(a). Dr(a). Prof(a). Dr(a). _________________________________ _________________________________ Prof(a). Dr(a). Prof(a). Dr(a). _________________________________ Prof ª. Drª. Tiana Kohlsdorf (Orientadora) Dedicado a Antonio Bortoletto e Vainer Grisante, exemplos de curiosidade e perseverança diante dos desafios. AGRADECIMENTOS Realizar esse trabalho só se tornou possível graças à colaboração e ao incentivo de muitas pessoas. A elas, agradeço e com elas, divido a alegria de concluir este trabalho. À Tiana, pela orientação, entusiasmo e confiança, pelas oportunidades, pela amizade, e pelo que ainda virá. Por fazer as histórias terem pé e cabeça! À FAPESP, pelo financiamento desse projeto (processo 2007/52204-8). -
A New Computing Environment for Modeling Species Distribution
EXPLORATORY RESEARCH RECOGNIZED WORLDWIDE Botany, ecology, zoology, plant and animal genetics. In these and other sub-areas of Biological Sciences, Brazilian scientists contributed with results recognized worldwide. FAPESP,São Paulo Research Foundation, is one of the main Brazilian agencies for the promotion of research.The foundation supports the training of human resources and the consolidation and expansion of research in the state of São Paulo. Thematic Projects are research projects that aim at world class results, usually gathering multidisciplinary teams around a major theme. Because of their exploratory nature, the projects can have a duration of up to five years. SCIENTIFIC OPPORTUNITIES IN SÃO PAULO,BRAZIL Brazil is one of the four main emerging nations. More than ten thousand doctorate level scientists are formed yearly and the country ranks 13th in the number of scientific papers published. The State of São Paulo, with 40 million people and 34% of Brazil’s GNP responds for 52% of the science created in Brazil.The state hosts important universities like the University of São Paulo (USP) and the State University of Campinas (Unicamp), the growing São Paulo State University (UNESP), Federal University of São Paulo (UNIFESP), Federal University of ABC (ABC is a metropolitan region in São Paulo), Federal University of São Carlos, the Aeronautics Technology Institute (ITA) and the National Space Research Institute (INPE). Universities in the state of São Paulo have strong graduate programs: the University of São Paulo forms two thousand doctorates every year, the State University of Campinas forms eight hundred and the University of the State of São Paulo six hundred. -
Literature Cited in Lizards Natural History Database
Literature Cited in Lizards Natural History database Abdala, C. S., A. S. Quinteros, and R. E. Espinoza. 2008. Two new species of Liolaemus (Iguania: Liolaemidae) from the puna of northwestern Argentina. Herpetologica 64:458-471. Abdala, C. S., D. Baldo, R. A. Juárez, and R. E. Espinoza. 2016. The first parthenogenetic pleurodont Iguanian: a new all-female Liolaemus (Squamata: Liolaemidae) from western Argentina. Copeia 104:487-497. Abdala, C. S., J. C. Acosta, M. R. Cabrera, H. J. Villaviciencio, and J. Marinero. 2009. A new Andean Liolaemus of the L. montanus series (Squamata: Iguania: Liolaemidae) from western Argentina. South American Journal of Herpetology 4:91-102. Abdala, C. S., J. L. Acosta, J. C. Acosta, B. B. Alvarez, F. Arias, L. J. Avila, . S. M. Zalba. 2012. Categorización del estado de conservación de las lagartijas y anfisbenas de la República Argentina. Cuadernos de Herpetologia 26 (Suppl. 1):215-248. Abell, A. J. 1999. Male-female spacing patterns in the lizard, Sceloporus virgatus. Amphibia-Reptilia 20:185-194. Abts, M. L. 1987. Environment and variation in life history traits of the Chuckwalla, Sauromalus obesus. Ecological Monographs 57:215-232. Achaval, F., and A. Olmos. 2003. Anfibios y reptiles del Uruguay. Montevideo, Uruguay: Facultad de Ciencias. Achaval, F., and A. Olmos. 2007. Anfibio y reptiles del Uruguay, 3rd edn. Montevideo, Uruguay: Serie Fauna 1. Ackermann, T. 2006. Schreibers Glatkopfleguan Leiocephalus schreibersii. Munich, Germany: Natur und Tier. Ackley, J. W., P. J. Muelleman, R. E. Carter, R. W. Henderson, and R. Powell. 2009. A rapid assessment of herpetofaunal diversity in variously altered habitats on Dominica. -
Micrablepharus Atticolus (SQUAMATA, GYMNOPHTHALMIDAE)
Universidade do Estado de Mato Grosso Campus de Nova Xavantina Programa de Pós-Graduação em Ecologia e Conservação NAIANE ARANTES SILVA EFEITOS DA AUTOTOMIA CAUDAL NO DESEMPENHO LOCOMOTOR DE Micrablepharus atticolus (SQUAMATA, GYMNOPHTHALMIDAE) Nova Xavantina-MT Março de 2019 i Universidade do Estado de Mato Grosso Campus de Nova Xavantina Programa de Pós-Graduação em Ecologia e Conservação EFEITOS DA AUTOTOMIA CAUDAL NO DESEMPENHO LOCOMOTOR DE Micrablepharus atticolus (SQUAMATA, GYMNOPHTHALMIDAE NAIANE ARANTES SILVA Dissertação para exame final de Mestrado apresentada ao Programa de Pós-Graduação em Ecologia e Conservação da Universidade do Estado de Mato Grosso, Campus de Nova Xavantina, para obtenção do título de mestre. Orientador: Prof. Dr. Guarino Rinaldi Colli Nova Xavantina-MT Março de 2019 ii Ficha catalográfica iii EFEITOS DA AUTOTOMIA CAUDAL NO DESEMPENHO LOCOMOTOR DE Micrablepharus atticolus (SQUAMATA, GYMNOPHTHALMIDAE) NAIANE ARANTES SILVA DISSERTAÇÃO APRESENTADA AO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM ECOLOGIA E CONSERVAÇÃO DA UNIVERSIDADE DO ESTADO DE MATO GROSSO COMO REQUISITO PARCIAL À OBTENÇÃO DO TÍTULO DE “MESTRE”. APROVADA EM 15 DE MARÇO DE 2019, PELA BANCA EXAMINADORA: ____________________________________ GUARINO RINALDI COLLI UNIVERSIDADE DE BRASÍLIA (UNB) ORIENTADOR ___________________________________ EDDIE LENZA DE OLIVEIRA UNIVERSIDADE DO ESTADO DE MATO GROSSO (UNEMAT) MEMBRO TITULAR ___________________________________ RICARDO RODRIGUES DA SILVA FILHO UNIVERSIDADE FEDERAL DO RIO GRANDE DO NORTE (UFRN) MEMBRO TITULAR ___________________________________ -
Diet of the Lizard Ecpleopus Gaudichaudii (Gymnophthalmidae) in Atlantic Rainforest, State of Rio De Janeiro, Brazil
ZOOLOGIA 28 (5): 587–592, October, 2011 doi: 10.1590/S1984-46702011000500006 Diet of the lizard Ecpleopus gaudichaudii (Gymnophthalmidae) in Atlantic Rainforest, state of Rio de Janeiro, Brazil Thiago Maia1, 5; Mauricio Almeida-Gomes1; Carla C. Siqueira2; Davor Vrcibradic3; Mara C. Kiefer4 & Carlos Frederico D. Rocha1 1 Departamento de Ecologia, Universidade do Estado do Rio de Janeiro. Rua São Francisco Xavier 524, 20550-019 Rio de Janeiro, RJ, Brazil. 2 Programa de Pós-Graduação em Ecologia, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro. Avenida Carlos Chagas Filho 373, Bloco A, Cidade Universitária, 21941-902 Rio de Janeiro, RJ, Brazil. 3 Departamento de Zoologia, Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro. Avenida Pasteur 458, Urca, 22240-290 Rio de Janeiro, RJ, Brazil. 4 Departamento de Biologia Geral, Instituto de Biologia, Universidade Federal Fluminense. Caixa Postal 100436, Centro, 24020-971 Niterói, RJ, Brazil. 5 Corresponding author. E-mail: [email protected] ABSTRACT. In this study we analyzed the diet of the gymnophthalmid lizard Ecpleopus gaudichaudii Duméril & Bibron, 1839, a typical inhabitant of the forest-floor leaf litter, in an Atlantic Forest area in the state of Rio de Janeiro, southeast- ern Brazil. The 26 individuals sampled during the study had a mean snout-vent length (SVL) of 36.2 ± 4.2 mm and a mean jaw width (JW) of 4.1 ± 0.5 mm. We did not find differences in SVL between males and females, though the sexes differed in JW when the effect of body size was factored out, with females presenting higher values. The diet of the lizards was composed exclusively of arthropods, especially isopods and orthopterans. -
Effects of Abandoned Eucalyptus Plantations on Lizard Communities in the Brazilian Cerrado
Biodivers Conserv (2014) 23:3155–3170 DOI 10.1007/s10531-014-0771-x ORIGINAL PAPER Effects of abandoned Eucalyptus plantations on lizard communities in the Brazilian Cerrado Alison M. Gainsbury • Guarino R. Colli Received: 4 November 2013 / Revised: 11 July 2014 / Accepted: 29 July 2014 / Published online: 8 August 2014 Ó Springer Science+Business Media Dordrecht 2014 Abstract The rapid expansion of human altered landscapes affects biodiversity on every continent. A fundamental goal of conservation biologists is to understand why certain species are at risk of extinction while others are able to persist in human altered landscapes. Afforestation, the conversion of unforested lands to planted forest, is rapidly altering many natural landscapes worldwide. In the Cerrado (Brazilian savanna), a global biodiversity hotspot, a shortage of government incentives has the landscape riddled with abandoned plantation forests that are not subject to active restoration projects. Studies investigating the impacts of abandoned plantations on biodiversity are strikingly limited. We examine the effects of abandoned Eucalyptus plantations on the structure of Cerrado lizard com- munities. We assessed changes in lizard capture, richness and equitability along cerrado sensu stricto—Eucalyptus transects. Our results indicate abandoned Eucalyptus plantations have subsets of Cerrado species persisting with a great loss of endemic species. The cerrado sensu stricto—Eucalyptus linear transect analysis demonstrated distance from native habitat is positively correlated with loss of biodiversity. We performed corre- spondence analyses to summarize the variation in species captures across different sites, habitats and pitfall array positions. These analyses depicted strong species associations between habitats and their pitfall array positions. This study is the first to show the negative impacts of abandoned Eucalyptus plantations on Cerrado lizard communities, serving as a cautionary tale of Cerrado biodiversity non-resilience in abandoned Eucalyptus planta- tions. -
Digit Evolution in Gymnophthalmid Lizards JULIANA G
Int. J. Dev. Biol. 58: 895-908 (2014) doi: 10.1387/ijdb.140255jg www.intjdevbiol.com Digit evolution in gymnophthalmid lizards JULIANA G. ROSCITO*,1, PEDRO M.S. NUNES2 and MIGUEL T. RODRIGUES1 1Departamento de Zoologia, Instituto de Biociências, Universidade de São Paulo-SP and 2Departamento de Zoologia, Centro de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Pernambuco, Brazil ABSTRACT The tetrapod limb is a highly diverse structure, and reduction or loss of this structure accounts for many of the limb phenotypes observed within species. Squamate reptiles are one of the many tetrapod lineages in which the limbs have been greatly modified from the pentadactyl generalized pattern, including different degrees of reduction in the number of limb elements to complete limblessness. Even though limb reduction is widespread, the evolutionary and develop- mental mechanisms involved in the formation of reduced limb morphologies remains unclear. In this study, we present an overview of limb morphology within the microteiid lizard group Gymn- ophthalmidae, focusing on digit arrangement. We show that there are two major groups of limb- reduced gymnophthalmids. The first group is formed by lizard-like (and frequently pentadactyl) species, in which minor reductions (such as the loss of 1-2 phalanges mainly in digits I and V) are the rule; these morphologies generally correspond to those seen in other squamates. The second group is formed by species showing more drastic losses, which can include the absence of an ex- ternally distinct limb in adults. We also present the expression patterns of Sonic Hedgehog (Shh) in the greatly reduced fore and hindlimb of a serpentiform gymnophthalmid. -
Instituto Amigos Da Reserva Da Biosfera Da Mata Atlântica
INSTITUTO AMIGOS DA RESERVA DA BIOSFERA DA MATA ATLÂNTICA Realização Execução Apoio INSTITUTO AMIGOS DA RESERVA DA BIOSFERA DA MATA ATLÂNTICA PROJETO TCCA/FF MOSAICO PARANAPIACABA 5.1.2. Estudo técnico especializado com indicação de proposta para ampliação, adequação ou criação de áreas naturais protegidas Gleba Lageado - Jeremias Produto II – Relatório Consolidado e Proposta IA-RBMA Março 2014 Realização Execução Apoio INSTITUTO AMIGOS DA RESERVA DA BIOSFERA DA MATA ATLÂNTICA Realização: Fundação para a Conservação e a Produção Florestal do Estado de São Paulo – Fundação Florestal Secretaria de Meio Ambiente do Estado de São Paulo - SMA Execução: Instituto Amigos da Reserva da Biosfera da Mata Atlântica – IA-RBMA Coordenação Geral: Fundação Florestal Jeannette Vieira Geenen – coordenação Kátia Regina Pisciotta Ivaldo José Santos Braz Maria Aparecida Resende Gestores das UC´s do Mosaico de Paranapiacaba: PEI, PETAR, PECB, PENAP, EE Xituê e APA dos Quilombos do Médio Ribeira IA - RBMA Clayton Ferreira Lino – Presidente e Coordenação Geral Nelson Antônio Calil Filho – Coordenação Técnica Nilson Máximo de Oliveira – Coordenação Executiva Realização Execução Apoio INSTITUTO AMIGOS DA RESERVA DA BIOSFERA DA MATA ATLÂNTICA Consultorias Técnicas Especializadas envolvidas nos Projetos: PROJETO MOSAICO PARANAPIACABA – TCCA/FF: Coordenação Geral: Clayton Ferreira Lino – Presidente IA-RBMA Coordenação Técnica: Nelson Antonio Calil Filho Coordenação Temática: Kátia Carolino – Sistema Fundiário José Antonio Basso Scaleante – Uso Público Kátia Mazzei - Geoprocessamento Marcos Melo – Ocupação Antrópica Nelson Antonio Calil Filho – Meio Biótico Nilson Máximo de Oliveira – Mosaicos Sérgio Serafini Júnior – Meio Físico Carlos Eduardo Martins - Meio Físico - Aspectos do Carste Equipe executora: Meio Biótico - Meio Ambiente Consult Msc. Nelson Antônio Calil Filho – coordenador Dr. -
A Phylogeny and Revised Classification of Squamata, Including 4161 Species of Lizards and Snakes
BMC Evolutionary Biology This Provisional PDF corresponds to the article as it appeared upon acceptance. Fully formatted PDF and full text (HTML) versions will be made available soon. A phylogeny and revised classification of Squamata, including 4161 species of lizards and snakes BMC Evolutionary Biology 2013, 13:93 doi:10.1186/1471-2148-13-93 Robert Alexander Pyron ([email protected]) Frank T Burbrink ([email protected]) John J Wiens ([email protected]) ISSN 1471-2148 Article type Research article Submission date 30 January 2013 Acceptance date 19 March 2013 Publication date 29 April 2013 Article URL http://www.biomedcentral.com/1471-2148/13/93 Like all articles in BMC journals, this peer-reviewed article can be downloaded, printed and distributed freely for any purposes (see copyright notice below). Articles in BMC journals are listed in PubMed and archived at PubMed Central. For information about publishing your research in BMC journals or any BioMed Central journal, go to http://www.biomedcentral.com/info/authors/ © 2013 Pyron et al. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/licenses/by/2.0), which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited. A phylogeny and revised classification of Squamata, including 4161 species of lizards and snakes Robert Alexander Pyron 1* * Corresponding author Email: [email protected] Frank T Burbrink 2,3 Email: [email protected] John J Wiens 4 Email: [email protected] 1 Department of Biological Sciences, The George Washington University, 2023 G St. -
Vol II Pnunes.Pdf
ii Pedro Murilo Sales Nunes Morfologia hemipeniana dos lagartos microteídeos e suas implicações nas relações filogenéticas da família Gymnophthalmidae (Teiioidea: Squamata) Volume II (Pranchas e Apêndices) São Paulo 2011 iii Nunes, Pedro Murilo Sales Morfologia hemipeniana dos lagartos microteídeos e suas implicações nas relações filogenéticas da família Gymnophthalmidae (Teiioidea: Squamata). Vol. 2 – Pranchas e Apêndices. 184 pp. Tese (Doutorado) – Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo. Departamento de Zoologia. 1. Gymnophthalmidae 2. Morfologia 3. Hemipênis I. Universidade de São Paulo. Instituto de Biociências. Departamento de Zoologia. Comissão Julgadora: _______________________ _____________________ Prof. Dr. Prof. Dr. _______________________ _____________________ Prof. Dr. Prof. Dr. ________________________ Prof. Dr. Miguel Trefaut Rodrigues Orientador iv INDICE – VOLUME II 1- PRANCHAS...................................................................................................... 1 2- APÊNDICE 1 – MATERIAL EXAMINADO............................................................. 82 3- APÊNDICE 2 – RODRIGUES ET AL., 2008. A NEW SPECIES OF THE LIZARD GENUS BACHIA (SQUAMATA: GYMNOPHTHALMIDAE) FROM THE CERRADOS OF CENTRAL BRAZIL. ZOOTAXA 1875: 39-50 4- APÊNDICE 3 – RIVAS ET AL., NO PRELO. TAXONOMY, HEMIPENIAL MORPHOLOGY AND NATURAL HISTORY OF TWO POORLY KNOWN SPECIES OF ANADIA (GYMNOPHTHALMIDAE) FROM NORTHERN SOUTH AMERICA. JOURNAL OF HERPETOLOGY, NO PRELO 5- APENDICE 4 – SANCHEZ-PACHECO ET AL. 2011. A NEW SPECIES