Identification and Characterisation of Spoilage Moulds in Chocolate Confectionery and Patulin-Producing Moulds in Apples

Total Page:16

File Type:pdf, Size:1020Kb

Identification and Characterisation of Spoilage Moulds in Chocolate Confectionery and Patulin-Producing Moulds in Apples IDENTIFICATION AND CHARACTERISATION OF SPOILAGE MOULDS IN CHOCOLATE CONFECTIONERY AND PATULIN-PRODUCING MOULDS IN APPLES Nikki DE CLERCQ Promotors: Prof. dr. ir. Bruno De Meulenaer Prof. dr. ir. Frank Devlieghere Dr. ir. Els Van Coillie Dr. ir. Geertrui Vlaemynck Thesis submitted in fulfillment of the requirements for the degree of Doctor (Ph.D.) of Applied Biological Sciences Proefschrift voorgedragen tot het bekomen van de graad van Doctor in de Bio-ingenieurswetenschappen Members reading committee: Prof. dr. ir. Monica Höfte, Faculty of Bioscience Engineering, Ghent University, Belgium Dr. Simbarashe Samapundo, Faculty of Bioscience Engineering, Ghent University, Belgium Dr. François Van Hove, Mycothèque de l'Université catholique de Louvain (MUCL), Belgium Dr. Olivier Puel, French National Institute for Agricultural Research (INRA), France Members examination committee: Chairman: Prof. dr. ir. Patrick Van Damme, Faculty of Biosciences, Ghent University Prof. dr. ir. Bruno De Meulenaer, Faculty of Bioscience Engineering, Ghent University Prof. dr. ir. Frank Devlieghere, Faculty of Bioscience Engineering, Ghent University Dr. ir. Els Van Coillie, Institute for Agricultural and Fisheries Research (ILVO) Dr. ir. Geertrui Vlaemynck, Institute for Agricultural and Fisheries Research (ILVO) Prof. dr. ir. Monica Höfte, Faculty of Bioscience Engineering, Ghent University Dr. Simbarashe Samapundo, Faculty of Bioscience Engineering, Ghent University Dr. François Van Hove, Mycothèque de l'Université catholique de Louvain (MUCL) Dr. Olivier Puel, French National Institute for Agricultural Research (INRA) Dean: Prof. dr. ir. Marc VAN MEIRVENNE Rector: Prof. dr. Anne DE PAEPE IDENTIFICATION AND CHARACTERISATION OF SPOILAGE MOULDS IN CHOCOLATE CONFECTIONERY AND PATULIN-PRODUCING MOULDS IN APPLES Nikki DE CLERCQ Promotors: Prof. dr. ir. Bruno De Meulenaer Prof. dr. ir. Frank Devlieghere Dr. ir. Els Van Coillie Dr. ir. Geertrui Vlaemynck Thesis submitted in fulfillment of the requirements for the degree of Doctor (Ph.D.) of Applied Biological Sciences Proefschrift voorgedragen tot het bekomen van de graad van Doctor in de Bio-ingenieurswetenschappen Titel van het doctoraat in het Nederlands: Identificatie en karakterisering van schimmels die bederf veroorzaken van zoetwaren en van schimmels die patuline produceren in appels To refer to this thesis: De Clercq, N. (2016) Identification and characterisation of spoilage moulds in chocolate confectionery and patulin-producing moulds in apples. Thesis submitted in fulfillment of the requirements for the degree of Doctor (Ph.D.) of Applied Biological Sciences. Faculty of Bioscience Engineering, Ghent University. Cover illustrations: Brecht Demedts ISBN: The author and the promotors give the authorisation to consult and to copy parts of this work for personal use only. Any other use is subject to the restrictions of authors’ rights. Permission to reproduce any material contained in this work should be obtained from the author. This research was funded by the Belgian government agency for Innovation by Science and Technology, Flanders (IWT-Vlaanderen) (project TETRA 110193), and by the Belgian Federal Public Service (FPS) of Health, Food chain safety and Environment (project RF6198 PATULINE). WOORD VOORAF Hier zijn we dan, 4,5 jaar later en mijn PhD ‘rollercoaster’ houdt halt. Het was een leerrijke, boeiende, intense en helse rit. Op een rollercoaster stap je zelden alleen, en ook ik had het geluk dat er heel wat mensen klaar stonden om af en toe mee in het wagonnetje te springen. Het is nu dan ook hoog tijd om deze mensen even in de bloemetjes te zetten. Beginnende bij de leden van de examencommissie die er pas op de laatste stijle helling zijn bijgesprongen. Prof. dr. ir. Monica Höfte, dr. ir. Simbarashe Samapundo, dr. Francois Van Hove en dr. Olivier Puel, hartelijk dank om allereerst de tijd vrij te maken in jullie ongetwijfeld drukke agenda’s, dank voor de interesse, het grondig nalezen, de kritische bemerkingen en tips. Jullie hebben er in deze laatste fase zonder twijfel een waardevoller werk van gemaakt. Mijn promotoren die mij gevolgd hebben van de start tot de aankomst. Beste Prof. dr. ir. Bruno De Meulenaer en Prof. dr. ir. Frank Devlieghere, met de afstand ertussen was het niet altijd gemakkelijk voor jullie om van nabij alles te volgen of voor mij om eventjes snel aan te kloppen bij een zoveelste vraag die in me opkwam. Via meetings en mails hebben jullie mij toch steeds bijgestaan in de besprekening en evaluatie van experimenten en het nalezen van teksten. Beste Bruno, voor de laatste chemische analyse was vooral jij mijn wegwijzer, zowel voor de praktische aanpak als om mij in de literatuur op weg te helpen. Je verbeteringen waren steeds zeer grondig en je deed me op tijd en stond eens stil staan. Dank jullie wel! Beste Geertrui V, jij hebt mij geïntroduceerd in de voor mij tot dan toe nog onbekende wereld van de schimmels. Jouw enthousiasme hierrond was aanstekelijk en de op jouw aanraden gevolgde CBS cursus “Food and indoor fungi” immens leerrijk. Dank u wel! Beste Els VC, waar begin ik … 4,5 jaar geleden contacteerde je mij om te komen solliciteren op het ILVO, en 2 weken later opnieuw met het heugelijke nieuws dat ik kon beginnen aan mijn nieuwe uitdaging. Sindsdien was jij heel nabij betrokken, op de werkvloer maar ook op persoonlijk vlak, jouw deur stond altijd open. Het moleculaire was ons ding, van RNA tot cDNA tot qPCR, met plezier deelde jij jouw kennis en ervaring. Verbeteren van verslagen, posters, publicaties, presentaties noem maar op, alles gebeurde direct en met uiterste precisie. Je immense vertrouwen in mijn werken gaf zelfvertrouwen. Bedankt voor alles Els! Vooraleer ik bij de collega’s beland, had ik graag eerst eventjes halt gehouden bij ons afdelingshoofd en directeur van ILVO-T&V. Beste Lieve en Marc, de afgelopen jaren hebben wij niet veel contact gehad, daarom had ik jullie graag via deze weg willen bedanken. Jullie hebben mij op het ILVO de kans en ruimte gegeven om mijzelf verder te ontplooien. En de rit loopt nog maar net op zijn einde, of de volgende piept al vol ongeduld van achter de hoek . Ik kijk er alvast naar uit! Liefste Els VP, ook jij was er bij van dag één. Altijd paraat voor zowel technische raad als taalkundige hulp, voor veel lachen en af en toe een traan. Zelf je zwangerschapsverlof hield je niet tegen op een zondagavond, eventjes een survival eetpakket binnensteken op ILVO, eventjes ondersteuning en ik kon er weer tegenaan. Hele dikke merci Els, je bent er ééntje uit de duizend! De huidige en oud-collega’s van de middagpauzes, de kelder en het landschapsbureau: Ann VH, Jessy, Geertrui R, Marijke V, Eva VM, Thomas, Kaat, Tina, Thijs, Laura, Xavier, Ruben, Bavo, Helder, Sharon, Joris, Lara, Thimothy, Inge, Katrien, Stefanie, Benjamin, Eline, Fien en Lien. Merci voor de leuke sfeer de afgelopen jaren! Ons Ann van ‘de kelder’, daar was je dan weeral met je wekelijkse kuis, het was me toch steeds een raadsel dat ik weeral naast mijn eigen ‘schimmellabo’ nog eens ‘bacteriënflows’ moest kuisen ook, maar je hield voet bij stuk, het waren de regeltjes . Maar naast die regeltjes ben je vooral een topmadam, één brok vol positieve energie, jij slaagt er als geen ander in iemands batterijtjes op te laden, merci Anneke! Het bureau “Geertrui R, Marijke V en Eva VM”, op tijd en stond een pitstop aan mijn bureau, “go go go” was een standaardje deze laatste maand, altijd klaar om te vragen of jullie iets konden doen, maar ook de leuke babbels en etentjes hier en daar ontbreekten niet! Merci meiden! Evaatje, daar vertrok je dan naar Engeland! Plots enkele landsgrenzen en een zee verwijderd, maar dat hield je niet tegen minder aanwezig te zijn, mijn whatsapp stond niet stil ! Hoog tijd voor een tripje nu, Eva, Yves, ‘beestjes’ en Swanzie, dit najaar kom ik eraan! Labo QACL: Els D, Petra DN, Stijn, Sofie, Severine, Marijke H, en Niels, jullie zaten mee in mijn wagonnetje wanneer ik mijzelf doorheen de batchen patuline extracties worstelde. Allen steeds klaar om mij wegwijs te maken in het labo, om op tijd en stond eens te lachen of voor een leuke babbel. Els D, jouw aanpak: “snel en efficient” en je begeleiding doorheen deze analyses waren een ongelooflijke hulp, merci! Liefste Martine M, jij deelde met plezier al jouw kennis van werken met de HPLC-UV. ‘Jup jup jup’ was jouw slagzinnetje, meestal gevolgd door letterlijk al lopend door de gangen . Ons goed geplande agenda’s liepen vaak in het honderd, weer een onaangekondigd technische ‘defaultje’ … we werden bijna techniekers onszelf! Altijd zo geïnteresseerd en behulpzaam, als het mocht had je mijn werk voor mij gedaan! Merci Martine, je bent een schat! Labo QAAB: Wim, Sigrid, Katleen VDS, Veronique O, Veronique DP, Annelies, Martine, Christa, Eline en Anna. Twee jaar geleden hoorde ik plots een zeer opgewekt spaans in de wandelgangen, bleek dat afkomstig te zijn van jullie labo. Daar zette ik dan mijn eerste stappen bij jullie binnen, eens gaan piepen wie die spaanse furie was . Dit resulteerde al snel in dagelijkse bezoekjes, en al gauw een spaans tuinfeest of één of ander etentje, zo leuk en zo verwelkomd! Merci toffe madammen van labo QAAB! Tamara, te voy a meter aqui porque aunque eres de los de Valencia, eres una mas de QAAB! Que alegria de haberte conocido! Cuantos momentos buenos (y menores) ya hemos pasado desdel momento q entré por primera vez en tu lab. Y cuantos mas q todavia nos quedan para vivir y reirnos juntas. Gracias por tu apoyo y mas aun por ser como eres, un sol!! Wim, zoveel interesses en kennis, je werk maar ook reizen, cultuur, fotografie, bijtjes, … teveel om op te noemen! Voor het naar huis gaan stak je vaak eens je hoofd om de deur, eventjes ‘snel’ een boeiend verhaal of eens vragen hoe het vlotte. Merci voor de steun Wim! Voor de proeven in de foodpilot wil ik graag mijn grote dank uiten aan de medepassagiers van dienst: Katleen C, Jari, Hans B en Hans S.
Recommended publications
  • Method for Producing Methacrylic Acid And/Or Ester Thereof
    (19) TZZ _T (11) EP 2 894 224 A1 (12) EUROPEAN PATENT APPLICATION published in accordance with Art. 153(4) EPC (43) Date of publication: (51) Int Cl.: 15.07.2015 Bulletin 2015/29 C12P 7/62 (2006.01) C12N 15/09 (2006.01) (21) Application number: 13835104.4 (86) International application number: PCT/JP2013/005359 (22) Date of filing: 10.09.2013 (87) International publication number: WO 2014/038216 (13.03.2014 Gazette 2014/11) (84) Designated Contracting States: (72) Inventors: AL AT BE BG CH CY CZ DE DK EE ES FI FR GB • SATO, Eiji GR HR HU IE IS IT LI LT LU LV MC MK MT NL NO Yokohama-shi PL PT RO RS SE SI SK SM TR Kanagawa 227-8502 (JP) Designated Extension States: • YAMAZAKI, Michiko BA ME Yokohama-shi Kanagawa 227-8502 (JP) (30) Priority: 10.09.2012 JP 2012198840 • NAKAJIMA, Eiji 10.09.2012 JP 2012198841 Yokohama-shi 31.01.2013 JP 2013016947 Kanagawa 227-8502 (JP) 30.07.2013 JP 2013157306 • YU, Fujio 01.08.2013 JP 2013160301 Yokohama-shi 01.08.2013 JP 2013160300 Kanagawa 227-8502 (JP) 20.08.2013 JP 2013170404 • FUJITA, Toshio Yokohama-shi (83) Declaration under Rule 32(1) EPC (expert Kanagawa 227-8502 (JP) solution) • MIZUNASHI, Wataru Yokohama-shi (71) Applicant: Mitsubishi Rayon Co., Ltd. Kanagawa 227-8502 (JP) Tokyo 100-8253 (JP) (74) Representative: Hoffmann Eitle Patent- und Rechtsanwälte PartmbB Arabellastraße 30 81925 München (DE) (54) METHOD FOR PRODUCING METHACRYLIC ACID AND/OR ESTER THEREOF (57) To provide a method for directly and efficiently producing methacrylic acid in a single step from renew- able raw materials and/or biomass arising from the utili- zation of the renewable raw materials.
    [Show full text]
  • Gaseous Chlorine Dioxide
    Bacterial Endospores Mycobacteria Non-Enveloped Viruses Fungi Gram Negative Bacteria Gram Positive Bacteria Enveloped, Lipid Viruses Blakeslea trispora 28 E. coli O157:H7 G5303 1 Bordetella bronchiseptica 8 E. coli O157:H7 C7927 1 Brucella suis 30 Erwinia carotovora (soft rot) 21 Burkholderia mallei 36 Franscicella tularensis 30 Burkholderia pseudomallei 36 Fusarium sambucinum (dry rot) 21 Campylobacter jejuni 39 Fusarium solani var. coeruleum (dry rot) 21 Clostridium botulinum 32 Helicobacter pylori 8 Corynebacterium bovis 8 Helminthosporium solani (silver scurf) 21 Coxiella burneti (Q-fever) 35 Klebsiella pneumonia 3 E. coli ATCC 11229 3 Lactobacillus acidophilus NRRL B1910 1 E. coli ATCC 51739 1 Lactobacillus brevis 1 E. coli K12 1 Lactobacillus buchneri 1 E. coli O157:H7 13B88 1 Lactobacillus plantarum 5 E. coli O157:H7 204P 1 Legionella 38 E. coli O157:H7 ATCC 43895 1 Legionella pneumophila 42 E. coli O157:H7 EDL933 13 Leuconostoc citreum TPB85 1 The Ecosense Company (844) 437-6688 www.ecosensecompany.com Page 1 of 6 Leuconostoc mesenteroides 5 Yersinia pestis 30 Listeria innocua ATCC 33090 1 Yersinia ruckerii ATCC 29473 31 Listeria monocytogenes F4248 1 Listeria monocytogenes F5069 19 Adenovirus Type 40 6 Listeria monocytogenes LCDC-81-861 1 Calicivirus 42 Listeria monocytogenes LCDC-81-886 19 Canine Parvovirus 8 Listeria monocytogenes Scott A 1 Coronavirus 3 Methicillin-resistant Staphylococcus aureus 3 Feline Calici Virus 3 (MRSA) Foot and Mouth disease 8 Multiple Drug Resistant Salmonella 3 typhimurium (MDRS) Hantavirus 8 Mycobacterium bovis 8 Hepatitis A Virus 3 Mycobacterium fortuitum 42 Hepatitis B Virus 8 Pediococcus acidilactici PH3 1 Hepatitis C Virus 8 Pseudomonas aeruginosa 3 Human coronavirus 8 Pseudomonas aeruginosa 8 Human Immunodeficiency Virus 3 Salmonella 1 Human Rotavirus type 2 (HRV) 15 Salmonella spp.
    [Show full text]
  • Identification and Nomenclature of the Genus Penicillium
    Downloaded from orbit.dtu.dk on: Dec 20, 2017 Identification and nomenclature of the genus Penicillium Visagie, C.M.; Houbraken, J.; Frisvad, Jens Christian; Hong, S. B.; Klaassen, C.H.W.; Perrone, G.; Seifert, K.A.; Varga, J.; Yaguchi, T.; Samson, R.A. Published in: Studies in Mycology Link to article, DOI: 10.1016/j.simyco.2014.09.001 Publication date: 2014 Document Version Publisher's PDF, also known as Version of record Link back to DTU Orbit Citation (APA): Visagie, C. M., Houbraken, J., Frisvad, J. C., Hong, S. B., Klaassen, C. H. W., Perrone, G., ... Samson, R. A. (2014). Identification and nomenclature of the genus Penicillium. Studies in Mycology, 78, 343-371. DOI: 10.1016/j.simyco.2014.09.001 General rights Copyright and moral rights for the publications made accessible in the public portal are retained by the authors and/or other copyright owners and it is a condition of accessing publications that users recognise and abide by the legal requirements associated with these rights. • Users may download and print one copy of any publication from the public portal for the purpose of private study or research. • You may not further distribute the material or use it for any profit-making activity or commercial gain • You may freely distribute the URL identifying the publication in the public portal If you believe that this document breaches copyright please contact us providing details, and we will remove access to the work immediately and investigate your claim. available online at www.studiesinmycology.org STUDIES IN MYCOLOGY 78: 343–371. Identification and nomenclature of the genus Penicillium C.M.
    [Show full text]
  • Diversity and Bioprospection of Fungal Community Present in Oligotrophic Soil of Continental Antarctica
    Extremophiles (2015) 19:585–596 DOI 10.1007/s00792-015-0741-6 ORIGINAL PAPER Diversity and bioprospection of fungal community present in oligotrophic soil of continental Antarctica Valéria M. Godinho · Vívian N. Gonçalves · Iara F. Santiago · Hebert M. Figueredo · Gislaine A. Vitoreli · Carlos E. G. R. Schaefer · Emerson C. Barbosa · Jaquelline G. Oliveira · Tânia M. A. Alves · Carlos L. Zani · Policarpo A. S. Junior · Silvane M. F. Murta · Alvaro J. Romanha · Erna Geessien Kroon · Charles L. Cantrell · David E. Wedge · Stephen O. Duke · Abbas Ali · Carlos A. Rosa · Luiz H. Rosa Received: 20 November 2014 / Accepted: 16 February 2015 / Published online: 26 March 2015 © Springer Japan 2015 Abstract We surveyed the diversity and capability of understanding eukaryotic survival in cold-arid oligotrophic producing bioactive compounds from a cultivable fungal soils. We hypothesize that detailed further investigations community isolated from oligotrophic soil of continen- may provide a greater understanding of the evolution of tal Antarctica. A total of 115 fungal isolates were obtained Antarctic fungi and their relationships with other organisms and identified in 11 taxa of Aspergillus, Debaryomyces, described in that region. Additionally, different wild pristine Cladosporium, Pseudogymnoascus, Penicillium and Hypo- bioactive fungal isolates found in continental Antarctic soil creales. The fungal community showed low diversity and may represent a unique source to discover prototype mol- richness, and high dominance indices. The extracts of ecules for use in drug and biopesticide discovery studies. Aspergillus sydowii, Penicillium allii-sativi, Penicillium brevicompactum, Penicillium chrysogenum and Penicil- Keywords Antarctica · Drug discovery · Ecology · lium rubens possess antiviral, antibacterial, antifungal, Fungi · Taxonomy antitumoral, herbicidal and antiprotozoal activities.
    [Show full text]
  • AR TICLE a Plant Pathology Perspective of Fungal Genome Sequencing
    IMA FUNGUS · 8(1): 1–15 (2017) doi:10.5598/imafungus.2017.08.01.01 A plant pathology perspective of fungal genome sequencing ARTICLE Janneke Aylward1, Emma T. Steenkamp2, Léanne L. Dreyer1, Francois Roets3, Brenda D. Wingfield4, and Michael J. Wingfield2 1Department of Botany and Zoology, Stellenbosch University, Private Bag X1, Matieland 7602, South Africa; corresponding author e-mail: [email protected] 2Department of Microbiology and Plant Pathology, University of Pretoria, Pretoria 0002, South Africa 3Department of Conservation Ecology and Entomology, Stellenbosch University, Private Bag X1, Matieland 7602, South Africa 4Department of Genetics, University of Pretoria, Pretoria 0002, South Africa Abstract: The majority of plant pathogens are fungi and many of these adversely affect food security. This mini- Key words: review aims to provide an analysis of the plant pathogenic fungi for which genome sequences are publically genome size available, to assess their general genome characteristics, and to consider how genomics has impacted plant pathogen evolution pathology. A list of sequenced fungal species was assembled, the taxonomy of all species verified, and the potential pathogen lifestyle reason for sequencing each of the species considered. The genomes of 1090 fungal species are currently (October plant pathology 2016) in the public domain and this number is rapidly rising. Pathogenic species comprised the largest category FORTHCOMING MEETINGS FORTHCOMING (35.5 %) and, amongst these, plant pathogens are predominant. Of the 191 plant pathogenic fungal species with available genomes, 61.3 % cause diseases on food crops, more than half of which are staple crops. The genomes of plant pathogens are slightly larger than those of other fungal species sequenced to date and they contain fewer coding sequences in relation to their genome size.
    [Show full text]
  • Identification and Nomenclature of the Genus Penicillium
    available online at www.studiesinmycology.org STUDIES IN MYCOLOGY 78: 343–371. Identification and nomenclature of the genus Penicillium C.M. Visagie1, J. Houbraken1*, J.C. Frisvad2*, S.-B. Hong3, C.H.W. Klaassen4, G. Perrone5, K.A. Seifert6, J. Varga7, T. Yaguchi8, and R.A. Samson1 1CBS-KNAW Fungal Biodiversity Centre, Uppsalalaan 8, NL-3584 CT Utrecht, The Netherlands; 2Department of Systems Biology, Building 221, Technical University of Denmark, DK-2800 Kgs. Lyngby, Denmark; 3Korean Agricultural Culture Collection, National Academy of Agricultural Science, RDA, Suwon, Korea; 4Medical Microbiology & Infectious Diseases, C70 Canisius Wilhelmina Hospital, 532 SZ Nijmegen, The Netherlands; 5Institute of Sciences of Food Production, National Research Council, Via Amendola 122/O, 70126 Bari, Italy; 6Biodiversity (Mycology), Agriculture and Agri-Food Canada, Ottawa, ON K1A0C6, Canada; 7Department of Microbiology, Faculty of Science and Informatics, University of Szeged, H-6726 Szeged, Közep fasor 52, Hungary; 8Medical Mycology Research Center, Chiba University, 1-8-1 Inohana, Chuo-ku, Chiba 260-8673, Japan *Correspondence: J. Houbraken, [email protected]; J.C. Frisvad, [email protected] Abstract: Penicillium is a diverse genus occurring worldwide and its species play important roles as decomposers of organic materials and cause destructive rots in the food industry where they produce a wide range of mycotoxins. Other species are considered enzyme factories or are common indoor air allergens. Although DNA sequences are essential for robust identification of Penicillium species, there is currently no comprehensive, verified reference database for the genus. To coincide with the move to one fungus one name in the International Code of Nomenclature for algae, fungi and plants, the generic concept of Penicillium was re-defined to accommodate species from other genera, such as Chromocleista, Eladia, Eupenicillium, Torulomyces and Thysanophora, which together comprise a large monophyletic clade.
    [Show full text]
  • Sniper Disinfectant Comparison.Xlsx
    Distributed by FULL CIRCLE ENTERPRISES, LLC 4334 E Washington Blvd Commerce CA 90023 N O N C O R R O S I V E S C OR R O S I V ES Tel: 877-572-4725 Buffered Name Brands Causes Skin Burns. Breathing Masks Required. Email: [email protected] Chlorine Dioxide Amazing what's Those that can be used on hard surfaces, The Disinfectant that "Mild enough to wash your hands in" still living Wipe Off REQUIRED. Can NOT be left on Surface "Kills like a 'corrosive' but mild No Clean Up Necessary AAFTER Treatment enough to wash your hands in" If it's important to kill the germs then why not More than kill them all? 300 MILLION & See our "WATCH THE 9's" Article some are very scary! Bacteria Acinetobacter Calcoaceticus Blakeslea trispora Bordetella bronchiseptica Brucella suis Burkholderia mallei Burkholderia cepacia Burkholderia pseudomallei Campylobacter jejuni Clostridium botulinum Clostridium difficile Corynebacterium bovis Corynebacterium diphtheriae Coxiella burneti (Q-fever) Enterococcus faecalius Enterobacter Aerogenes E. coli ATCC 11229 E. coli ATCC 51739 E. coli K12 E. coli O157:H7 13B88 E. coli O157:H7 204P E. coli O157:H7 ATCC 43895 E. coli O157:H7 EDL933 E. coli O157:H7 G5303 E. coli O157:H7 C7927 Erwinia carotovora (soft rot) Franscicella tularensis Fusarium sambucinum (dry rot) Fusarium solani var. coeruleum (dry rot) Helicobacter pylori Helminthosporium solani (silver scurf) Klebsiella pneumonia Klebsiella pneumonia NDM 1 Positive Klebsiella pneumonia Carbapenem Resistant Lactobacillus acidophilus NRRL B1910 Lactobacillus brevis Lactobacillus
    [Show full text]
  • Bases Moléculaires De La Voie De Biosynthèse De La Patuline, Mycotoxine Produite Par Byssochlamys Nivea Et Penicillium Griseofulvum… …………………………………………………………………………
    View metadata, citation and similar papers at core.ac.uk brought to you by CORE provided by Open Archive Toulouse Archive Ouverte N° d’ordre :……………… THESE présentée pour obtenir LE TITRE DE DOCTEUR DE L’INSTITUT NATIONAL POLYTECHNIQUE DE TOULOUSE École doctorale : …SEVAB…………………………………………………….. Spécialité : …Microbiologie et Biocatalyse industrielles…………………… Par M…PUEL Olivier……………………………………………………………… Titre de la thèse …Bases moléculaires de la voie de biosynthèse de la patuline, mycotoxine produite par Byssochlamys nivea et Penicillium griseofulvum… …………………………………………………………………………. ………………………………………………………………………………. …………………………………………………….………………………… Soutenue le …9 Janvier 2007 devant le jury composé de : M. Le Professeur. Jean Paul Roustan Président M. Le Professeur Ahmed Lebrihi. Directeur de thèse M. Le Professeur Patrick Boiron Rapporteur M ; Dr Christian Barreau Rapporteur M. Dr Marcel Delaforge Membre M Dr Pierre Galtier Membre TITRE : Bases moléculaires de la voie de biosynthèse de la patuline, mycotoxine produite par Byssochlamys nivea et Penicillium griseofulvum RESUME : La patuline constitue un contaminant chimique toxique fréquemment rencontré dans les produits issus de la transformation des fruits, notamment des pommes. Cette toxine essentiellement produite par Penicillium expansum et Byssochlamys nivea fait l’objet d’une réglementation européenne récente (N°1425/2003). Contrairement à certaines mycotoxines règlementées telles que les aflatoxines, les trichothécènes ou les fumonisines, la génétique de la voie de biosynthèse de la patuline est fort mal connue, bien que cette voie ait été relativement bien caractérisée du point de vue chimique. Deux espèces toxinogènes, Byssochlamys nivea et Penicillium griseofulvum ont été étudiées en tant qu’espèces modèles. Trois gènes impliqués dans la synthèse de la patuline ont été isolés de B. nivea, et entièrement séquencés lors de ce travail.
    [Show full text]
  • Lists of Names in Aspergillus and Teleomorphs As Proposed by Pitt and Taylor, Mycologia, 106: 1051-1062, 2014 (Doi: 10.3852/14-0
    Lists of names in Aspergillus and teleomorphs as proposed by Pitt and Taylor, Mycologia, 106: 1051-1062, 2014 (doi: 10.3852/14-060), based on retypification of Aspergillus with A. niger as type species John I. Pitt and John W. Taylor, CSIRO Food and Nutrition, North Ryde, NSW 2113, Australia and Dept of Plant and Microbial Biology, University of California, Berkeley, CA 94720-3102, USA Preamble The lists below set out the nomenclature of Aspergillus and its teleomorphs as they would become on acceptance of a proposal published by Pitt and Taylor (2014) to change the type species of Aspergillus from A. glaucus to A. niger. The central points of the proposal by Pitt and Taylor (2014) are that retypification of Aspergillus on A. niger will make the classification of fungi with Aspergillus anamorphs: i) reflect the great phenotypic diversity in sexual morphology, physiology and ecology of the clades whose species have Aspergillus anamorphs; ii) respect the phylogenetic relationship of these clades to each other and to Penicillium; and iii) preserve the name Aspergillus for the clade that contains the greatest number of economically important species. Specifically, of the 11 teleomorph genera associated with Aspergillus anamorphs, the proposal of Pitt and Taylor (2014) maintains the three major teleomorph genera – Eurotium, Neosartorya and Emericella – together with Chaetosartorya, Hemicarpenteles, Sclerocleista and Warcupiella. Aspergillus is maintained for the important species used industrially and for manufacture of fermented foods, together with all species producing major mycotoxins. The teleomorph genera Fennellia, Petromyces, Neocarpenteles and Neopetromyces are synonymised with Aspergillus. The lists below are based on the List of “Names in Current Use” developed by Pitt and Samson (1993) and those listed in MycoBank (www.MycoBank.org), plus extensive scrutiny of papers publishing new species of Aspergillus and associated teleomorph genera as collected in Index of Fungi (1992-2104).
    [Show full text]
  • Phylogenetic Analysis of Penicillium Subgenus Penicillium Using Partial Β-Tubulin Sequences
    STUDIES IN MYCOLOGY 49: 175-200, 2004 Phylogenetic analysis of Penicillium subgenus Penicillium using partial β-tubulin sequences Keith A. Seifert2, Angelina F.A. Kuijpers1, Jos A.M.P. Houbraken1, and Jens C. Frisvad3 ,٭Robert A. Samson1 1Centraalbureau voor Schimmelcultures, P.O. Box 85167, 3508 AD Utrecht, the Netherlands, 2Biodiversity Theme (Mycology & Botany), Environmental Sciences Team, Agriculture and Agri-Food Canada, 960 Carling Ave., Ottawa, K1A 0C6, Canada and 3Center for Microbial Biotechnology, Biocentrum-DTU, Technical University of Denmark, DK-2800 Kgs. Lyngby, Denmark. Abstract Partial β-tubulin sequences were determined for 180 strains representing all accepted species of Penicillium subgenus Penicillium. The overall phylogenetic structure of the subgenus was determined by a parsimony analysis with each species represented by its type (or other reliably identified) strain. Eight subsequent analyses explored the relationships of three or four strains per species for clades identified from the initial analysis. β-tubulin sequences were excellent species markers, correlating well with phenotypic characters. The phylogeny correlated in general terms with the classification into sections and series proposed in the accompanying monograph. There was good strict consensus support for much of the gene tree, and good bootstrap support for some parts. The phylogenetic analyses suggested that sect. Viridicata, the largest section in the subgenus, is divided into three clades. Section Viridicata ser. Viridicata formed a monophyletic group divided into three subclades supported by strict consensus, with strong bootstrap support for P. tricolor (100%), P. melanoconidium (99%), P. polonicum (87%) and P. cyclopium (99%) and moderate support for P. aurantiogriseum (79%). The three strains each of Penicillium freii and P.
    [Show full text]
  • Talaromyces Systylus, a New Synnematous Species from Argentinean Semi-Arid Soil
    Nova Hedwigia Vol. 102 (2016) Issue 1–2, 241–256 Article Cpublished online October 6, 2015; published in print February 2016 Talaromyces systylus, a new synnematous species from Argentinean semi-arid soil Stella Maris Romero1*, Andrea Irene Romero1, Viviana Barrera2 and Ricardo Comerio2 1 Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Tecnológicas (PROPLAME- PRHIDEB-CONICET). Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires. Pab. II. Ciudad Universitaria (1428). Ciudad Autónoma de Buenos Aires, Argentina. 2 Instituto de Microbiología y Zoología Agrícola, Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. N. Repetto y De los Reseros, CC25 (1712), Castelar, Buenos Aires, Argentina. With 18 figures and 2 tables Abstract: The discovery of an interesting new synnematous Talaromyces species from Argentinean semi-arid soil has enlarged the number of synnema-producing species. Talaromyces systylus sp. nov. is characterized by the production of indeterminate synnemata on Malt Extract Agar and coarsely rough- walled, globose conidia and conidial chains arranged in columns. The optimal growing temperature was 30°C. Talaromyces systylus was compared with other related species phylogenetically based on ITS, BenA and CaM markers. Key words: Ascomycetes, Eurotiales, Penicillium subgenus Biverticillium, synnemata. Introduction In his work of 1979 Pitt accepted the subgenus Biverticillium Dierckx apud Biourge to accommodate species that present penicilli with metulae of approximately equal length to phialides in symmetrical adpressed or divergent verticils, phialides typically acerose or ampulliform-acerose in few species, and conidia ellipsoidal to fusiform or spheroidal in species with ampulliform-acerose phialides. This author transferred to Biverticillium several taxa previously placed by Raper & Thom (1949) in the section Biverticillata- Symmetrica Thom.
    [Show full text]
  • Diversity of Microbial Endophytes from Warburgia Ugandensis
    Christina Tröls DIVERSITY OF MICROBIAL ENDOPHYTES FROM WARBURGIA UGANDENSIS Masterarbeit Zur Erlangung des akademischen Grades einer Magistra an der Naturwissenschaftlichen Fakultät der Karl-Franzens-Universität Graz Priv.-Doz. DI Dr. Angela Sessitsch AIT Austrian Institute of Technology A-2444 Seibersdorf 2009 Danksagung Diese Masterarbeit ist am AIT Austrian Institue of Technology in Seibersdorf entstanden. Besonders möchte ich mich für die freundliche Arbeitsatmosphäre in der Abteilung für Bioresources, vor allem im „Dissertantenzimmer“, bedanken. Claudia Fenzl, Melanie Kuffner, Patrick Domnanich, Valerie Hubalek, Kuheli Das Gupta, Tanja Garcia-Liberos und nicht zuletzt Marlies Czetina standen mir immer mit Rat und Tat zur Seite. Ich werde euch sehr vermissen! Danke für eure Unterstützung und Motivation während dieser Arbeit und nicht zu vergessen für unsere interessanten Gespräche in den Kaffeepausen. Außerdem möchte ich mich bei meinen Betreuerinnen Priv.-Doz. DI Dr. Angela Sessitsch und Mag. Dr. Birgit Mitter bedanken, die mir engagiert zur Seite standen und ohne die diese Arbeit nicht möglich gewesen wäre. Besonderer Dank gilt meinen Eltern, Annegret und Werner Tröls und meinen drei Schwestern und ihren Familien, denen ich sehr verbunden bin. Vor allem ist es mir auch ein Anliegen, mich für die liebevolle Unterstützung von meinem Freund Kurt Matoy, meiner Zwillingsschwester Martina Tröls und meinen guten Freundinnen Andrea Schuster und Ursula Lemmerer zu bedanken. 1 CONTENTS 1 AIM OF THE THESIS ................................................................................3
    [Show full text]