IDENTIFICATION AND CHARACTERISATION OF SPOILAGE MOULDS IN CHOCOLATE CONFECTIONERY AND PATULIN-PRODUCING MOULDS IN APPLES Nikki DE CLERCQ Promotors: Prof. dr. ir. Bruno De Meulenaer Prof. dr. ir. Frank Devlieghere Dr. ir. Els Van Coillie Dr. ir. Geertrui Vlaemynck Thesis submitted in fulfillment of the requirements for the degree of Doctor (Ph.D.) of Applied Biological Sciences Proefschrift voorgedragen tot het bekomen van de graad van Doctor in de Bio-ingenieurswetenschappen Members reading committee: Prof. dr. ir. Monica Höfte, Faculty of Bioscience Engineering, Ghent University, Belgium Dr. Simbarashe Samapundo, Faculty of Bioscience Engineering, Ghent University, Belgium Dr. François Van Hove, Mycothèque de l'Université catholique de Louvain (MUCL), Belgium Dr. Olivier Puel, French National Institute for Agricultural Research (INRA), France Members examination committee: Chairman: Prof. dr. ir. Patrick Van Damme, Faculty of Biosciences, Ghent University Prof. dr. ir. Bruno De Meulenaer, Faculty of Bioscience Engineering, Ghent University Prof. dr. ir. Frank Devlieghere, Faculty of Bioscience Engineering, Ghent University Dr. ir. Els Van Coillie, Institute for Agricultural and Fisheries Research (ILVO) Dr. ir. Geertrui Vlaemynck, Institute for Agricultural and Fisheries Research (ILVO) Prof. dr. ir. Monica Höfte, Faculty of Bioscience Engineering, Ghent University Dr. Simbarashe Samapundo, Faculty of Bioscience Engineering, Ghent University Dr. François Van Hove, Mycothèque de l'Université catholique de Louvain (MUCL) Dr. Olivier Puel, French National Institute for Agricultural Research (INRA) Dean: Prof. dr. ir. Marc VAN MEIRVENNE Rector: Prof. dr. Anne DE PAEPE IDENTIFICATION AND CHARACTERISATION OF SPOILAGE MOULDS IN CHOCOLATE CONFECTIONERY AND PATULIN-PRODUCING MOULDS IN APPLES Nikki DE CLERCQ Promotors: Prof. dr. ir. Bruno De Meulenaer Prof. dr. ir. Frank Devlieghere Dr. ir. Els Van Coillie Dr. ir. Geertrui Vlaemynck Thesis submitted in fulfillment of the requirements for the degree of Doctor (Ph.D.) of Applied Biological Sciences Proefschrift voorgedragen tot het bekomen van de graad van Doctor in de Bio-ingenieurswetenschappen Titel van het doctoraat in het Nederlands: Identificatie en karakterisering van schimmels die bederf veroorzaken van zoetwaren en van schimmels die patuline produceren in appels To refer to this thesis: De Clercq, N. (2016) Identification and characterisation of spoilage moulds in chocolate confectionery and patulin-producing moulds in apples. Thesis submitted in fulfillment of the requirements for the degree of Doctor (Ph.D.) of Applied Biological Sciences. Faculty of Bioscience Engineering, Ghent University. Cover illustrations: Brecht Demedts ISBN: The author and the promotors give the authorisation to consult and to copy parts of this work for personal use only. Any other use is subject to the restrictions of authors’ rights. Permission to reproduce any material contained in this work should be obtained from the author. This research was funded by the Belgian government agency for Innovation by Science and Technology, Flanders (IWT-Vlaanderen) (project TETRA 110193), and by the Belgian Federal Public Service (FPS) of Health, Food chain safety and Environment (project RF6198 PATULINE). WOORD VOORAF Hier zijn we dan, 4,5 jaar later en mijn PhD ‘rollercoaster’ houdt halt. Het was een leerrijke, boeiende, intense en helse rit. Op een rollercoaster stap je zelden alleen, en ook ik had het geluk dat er heel wat mensen klaar stonden om af en toe mee in het wagonnetje te springen. Het is nu dan ook hoog tijd om deze mensen even in de bloemetjes te zetten. Beginnende bij de leden van de examencommissie die er pas op de laatste stijle helling zijn bijgesprongen. Prof. dr. ir. Monica Höfte, dr. ir. Simbarashe Samapundo, dr. Francois Van Hove en dr. Olivier Puel, hartelijk dank om allereerst de tijd vrij te maken in jullie ongetwijfeld drukke agenda’s, dank voor de interesse, het grondig nalezen, de kritische bemerkingen en tips. Jullie hebben er in deze laatste fase zonder twijfel een waardevoller werk van gemaakt. Mijn promotoren die mij gevolgd hebben van de start tot de aankomst. Beste Prof. dr. ir. Bruno De Meulenaer en Prof. dr. ir. Frank Devlieghere, met de afstand ertussen was het niet altijd gemakkelijk voor jullie om van nabij alles te volgen of voor mij om eventjes snel aan te kloppen bij een zoveelste vraag die in me opkwam. Via meetings en mails hebben jullie mij toch steeds bijgestaan in de besprekening en evaluatie van experimenten en het nalezen van teksten. Beste Bruno, voor de laatste chemische analyse was vooral jij mijn wegwijzer, zowel voor de praktische aanpak als om mij in de literatuur op weg te helpen. Je verbeteringen waren steeds zeer grondig en je deed me op tijd en stond eens stil staan. Dank jullie wel! Beste Geertrui V, jij hebt mij geïntroduceerd in de voor mij tot dan toe nog onbekende wereld van de schimmels. Jouw enthousiasme hierrond was aanstekelijk en de op jouw aanraden gevolgde CBS cursus “Food and indoor fungi” immens leerrijk. Dank u wel! Beste Els VC, waar begin ik … 4,5 jaar geleden contacteerde je mij om te komen solliciteren op het ILVO, en 2 weken later opnieuw met het heugelijke nieuws dat ik kon beginnen aan mijn nieuwe uitdaging. Sindsdien was jij heel nabij betrokken, op de werkvloer maar ook op persoonlijk vlak, jouw deur stond altijd open. Het moleculaire was ons ding, van RNA tot cDNA tot qPCR, met plezier deelde jij jouw kennis en ervaring. Verbeteren van verslagen, posters, publicaties, presentaties noem maar op, alles gebeurde direct en met uiterste precisie. Je immense vertrouwen in mijn werken gaf zelfvertrouwen. Bedankt voor alles Els! Vooraleer ik bij de collega’s beland, had ik graag eerst eventjes halt gehouden bij ons afdelingshoofd en directeur van ILVO-T&V. Beste Lieve en Marc, de afgelopen jaren hebben wij niet veel contact gehad, daarom had ik jullie graag via deze weg willen bedanken. Jullie hebben mij op het ILVO de kans en ruimte gegeven om mijzelf verder te ontplooien. En de rit loopt nog maar net op zijn einde, of de volgende piept al vol ongeduld van achter de hoek . Ik kijk er alvast naar uit! Liefste Els VP, ook jij was er bij van dag één. Altijd paraat voor zowel technische raad als taalkundige hulp, voor veel lachen en af en toe een traan. Zelf je zwangerschapsverlof hield je niet tegen op een zondagavond, eventjes een survival eetpakket binnensteken op ILVO, eventjes ondersteuning en ik kon er weer tegenaan. Hele dikke merci Els, je bent er ééntje uit de duizend! De huidige en oud-collega’s van de middagpauzes, de kelder en het landschapsbureau: Ann VH, Jessy, Geertrui R, Marijke V, Eva VM, Thomas, Kaat, Tina, Thijs, Laura, Xavier, Ruben, Bavo, Helder, Sharon, Joris, Lara, Thimothy, Inge, Katrien, Stefanie, Benjamin, Eline, Fien en Lien. Merci voor de leuke sfeer de afgelopen jaren! Ons Ann van ‘de kelder’, daar was je dan weeral met je wekelijkse kuis, het was me toch steeds een raadsel dat ik weeral naast mijn eigen ‘schimmellabo’ nog eens ‘bacteriënflows’ moest kuisen ook, maar je hield voet bij stuk, het waren de regeltjes . Maar naast die regeltjes ben je vooral een topmadam, één brok vol positieve energie, jij slaagt er als geen ander in iemands batterijtjes op te laden, merci Anneke! Het bureau “Geertrui R, Marijke V en Eva VM”, op tijd en stond een pitstop aan mijn bureau, “go go go” was een standaardje deze laatste maand, altijd klaar om te vragen of jullie iets konden doen, maar ook de leuke babbels en etentjes hier en daar ontbreekten niet! Merci meiden! Evaatje, daar vertrok je dan naar Engeland! Plots enkele landsgrenzen en een zee verwijderd, maar dat hield je niet tegen minder aanwezig te zijn, mijn whatsapp stond niet stil ! Hoog tijd voor een tripje nu, Eva, Yves, ‘beestjes’ en Swanzie, dit najaar kom ik eraan! Labo QACL: Els D, Petra DN, Stijn, Sofie, Severine, Marijke H, en Niels, jullie zaten mee in mijn wagonnetje wanneer ik mijzelf doorheen de batchen patuline extracties worstelde. Allen steeds klaar om mij wegwijs te maken in het labo, om op tijd en stond eens te lachen of voor een leuke babbel. Els D, jouw aanpak: “snel en efficient” en je begeleiding doorheen deze analyses waren een ongelooflijke hulp, merci! Liefste Martine M, jij deelde met plezier al jouw kennis van werken met de HPLC-UV. ‘Jup jup jup’ was jouw slagzinnetje, meestal gevolgd door letterlijk al lopend door de gangen . Ons goed geplande agenda’s liepen vaak in het honderd, weer een onaangekondigd technische ‘defaultje’ … we werden bijna techniekers onszelf! Altijd zo geïnteresseerd en behulpzaam, als het mocht had je mijn werk voor mij gedaan! Merci Martine, je bent een schat! Labo QAAB: Wim, Sigrid, Katleen VDS, Veronique O, Veronique DP, Annelies, Martine, Christa, Eline en Anna. Twee jaar geleden hoorde ik plots een zeer opgewekt spaans in de wandelgangen, bleek dat afkomstig te zijn van jullie labo. Daar zette ik dan mijn eerste stappen bij jullie binnen, eens gaan piepen wie die spaanse furie was . Dit resulteerde al snel in dagelijkse bezoekjes, en al gauw een spaans tuinfeest of één of ander etentje, zo leuk en zo verwelkomd! Merci toffe madammen van labo QAAB! Tamara, te voy a meter aqui porque aunque eres de los de Valencia, eres una mas de QAAB! Que alegria de haberte conocido! Cuantos momentos buenos (y menores) ya hemos pasado desdel momento q entré por primera vez en tu lab. Y cuantos mas q todavia nos quedan para vivir y reirnos juntas. Gracias por tu apoyo y mas aun por ser como eres, un sol!! Wim, zoveel interesses en kennis, je werk maar ook reizen, cultuur, fotografie, bijtjes, … teveel om op te noemen! Voor het naar huis gaan stak je vaak eens je hoofd om de deur, eventjes ‘snel’ een boeiend verhaal of eens vragen hoe het vlotte. Merci voor de steun Wim! Voor de proeven in de foodpilot wil ik graag mijn grote dank uiten aan de medepassagiers van dienst: Katleen C, Jari, Hans B en Hans S.