ชีวเคมี (Biochemistry) ตั้งขึ้นเมื่อป ค.ศ

Total Page:16

File Type:pdf, Size:1020Kb

ชีวเคมี (Biochemistry) ตั้งขึ้นเมื่อป ค.ศ ดร.พัชราภรณ์ ไชยศรี สาขาวิชาวิทยาศาสตร์สุขภาพ คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยราชภัฏอุดรธานี บทปฏิบัติการ รายวิชาชีวเคมีในการสาธารณสุข ดร.พัชราภรณ ไชยศรี ชื่อ-สกุล…………………………………........รหัสนักศึกษา………………………… สาขาวิชาวิทยาศาสตรสุขภาพ คณะวิทยาศาสตร มหาวิทยาลัยราชภัฏอุดรธานี เอกสารประกอบการสอน รายวิชาชีวเคมีในการสาธารณสุข พัชราภรณ ไชยศรี ปร.ด. ชีวเคมี คณะวิทยาศาสตร มหาวิทยาลัยราชภัฏอุดรธานี 2558 ก คํานํา เอกสารประกอบการสอน รายวิชา ชีวเคมีในการสาธารณสุข รหัส PH01106 เปนวิชาในหลักสูตร ปรับปรุงใหม 2558 สําหรับนักศึกษาหลักสูตรสาธารณสุขศาสตรบัณฑิต ไดพัฒนาเนื้อหาจากรายวิชา ชีวเคมีในการสาธารณสุข รหัส PH01107 ในหลักสูตรเกา ใหมีเนื้อหาทันสมัย โดยการมุงเนนใหผูเรียนเกิด การเรียนรู ความเขาใจพื้นฐานดานชีวเคมี สามารถอธิบายสารเคมีที่มีในสิ่งมีชีวิต สารชีวโมเลกุล ปฏิกิริยา ทางเคมี กระบวนการเมแทบอลิซึมในสิ่งมีชีวิต มีความรู ความเขาใจการทํางานของเอนไซมและ โคเอนไซม ระบบของพลังงานในสิ่งมีชีวิต การสลายและการสังเคราะหสารชีวโมเลกุลในสิ่งมีชีวิต ซึ่งมีบทปฏิบัติการ สําหรับนักศึกษาเพื่อใหเขาใจในเนื้อหาเพิ่มขึ้น ซึ่งบทปฏิบัติการประกอบดวย 6 หัวขอ ไดแก ปฏิบัติการ คารโบไฮเดรต ปฏิบัติการไขมัน ปฏิบัติการโปรตีน ปฏิบัติการกรดนิวคลีอิก การตรวจสารตางๆ ในปสสาวะ การตรวจหมูเลือดและระดับน้ําตาลในเลือด ปฏิบัติการตรวจหาปริมาณวิตามินซีในอาหาร ซึ่งแตละหัวขอ ใชเวลาในการสอน 3 คาบ ผูสอนไดศึกษารายละเอียดแตละหัวขอเรื่องจากเอกสารหรือหนังสืออื่นๆ เพิ่มเติมอีก หากทานที่ นําไปใชมีขอเสนอแนะ ผูเขียนยินดีรับฟงและขอบคุณในความอนุเคราะหนั้นๆ ณ โอกาสนี้ดวย พัชราภรณ ไชยศรี มกราคม 2558 ก คํานํา เอกสารประกอบการสอน รายวิชา ชีวเคมีในการสาธารณสุข รหัส PH01106 เปนวิชาในหลักสูตร ปรับปรุงใหม 2558 สําหรับนักศึกษาหลักสูตรสาธารณสุขศาสตรบัณฑิต ไดพัฒนาเนื้อหาจากรายวิชา ชีวเคมีในการสาธารณสุข รหัส PH01107 ในหลักสูตรเกา ใหมีเนื้อหาทันสมัย โดยการมุงเนนใหผูเรียนเกิด การเรียนรู ความเขาใจพื้นฐานดานชีวเคมี สามารถอธิบายสารเคมีที่มีในสิ่งมีชีวิต สารชีวโมเลกุล ปฏิกิริยา ทางเคมี กระบวนการเมแทบอลิซึมในสิ่งมีชีวิต มีความรู ความเขาใจการทํางานของเอนไซมและ โคเอนไซม ระบบของพลังงานในสิ่งมีชีวิต การสลายและการสังเคราะหสารชีวโมเลกุลในสิ่งมีชีวิต ตลอดจนความ ผิดปกติและโรคที่เกิดจากเมแทบอลิซึม ไดแบงเนื้อหาในการเรียนการสอนไว 11 หัวขอ ซึ่งประกอบดวย ความรูพื้นฐานทางชีวเคมี คารโบไฮเดรต ไขมัน โปรตีน เอนไซมและโคเอนไซม กรดนิวคลีอิก เมแทบอลิซึม และชีวพลังงานของเซลล เมแทบอลิซึมของคารโบไฮเดรต เมแทบอลิซึมของไขมัน เมแทบอลิซึมของกรดอะ มิโน เมแทบอลิซึมของนิวคลีโอไทด ผูสอนไดศึกษารายละเอียดแตละหัวขอเรื่องจากเอกสารหรือหนังสืออื่นๆ เพิ่มเติมอีก หากทานที่ นําไปใชมีขอเสนอแนะ ผูเขียนยินดีรับฟงและขอบคุณในความอนุเคราะหนั้นๆ ณ โอกาสนี้ดวย พัชราภรณ ไชยศรี มกราคม 2558 ข สารบัญ หนา คํานํา…………………………………………………………………………………………………………………………. ก สารบัญ……………………………………………………………………………………………………………………… ข สารบัญภาพ……………………………………………………………………………………………………………….. ค แผนบริหารการสอนปฏิบัติการ…………………………………………………………………………………….. 1 แผนบริหารการสอนปฏิบัติการคารโบไฮเดรต………………………………………………………………… 3 ปฏิบัติการที่ 1 คารโบไฮเดรต……………………………………………………………………….. 5 แผนบริหารการสอนปฏิบัติการไขมัน…………………………………………………………………………….. 15 ปฏิบัติการที่ 2 ไขมัน……………………………………………………………………………………. 17 แผนบริหารการสอนปฏิบัติการโปรตีน………………………………………………………………………….. 27 ปฏิบัติการที่ 3 โปรตีน………………………………………………………………………………….. 29 แผนบริหารการสอนปฏิบัติการกรดนิวคลีอิก…………………………………………………………………. 37 ปฏิบัติการที่ 4 กรดนิวคลีอิก………………………………………………………………………… 39 แผนบริหารการสอนปฏิบัติการตรวจสารตางๆ ในปสสาวะ……………………………………………… 47 ปฏิบัติการที่ 5 การตรวจสารตางๆ ในปสสาวะ………………………………………………. 51 แผนบริหารการสอนปฏิบัติการการตรวจหมูเลือด ระดับน้ําตาลในเลือด การตรวจวัดปริมาณ วิตามินซีในอาหาร……………………………………………………………………………………….. 55 ปฏิบัติการที่ 6 การตรวจหมูเลือด ระดับน้ําตาลในเลือด การตรวจวัดปริมาณ วิตามินซีในอาหาร……………………………………………………………………………………….. 61 บรรณานุกรม…………………………………………………………………………..…………………………………. 65 ข สารบัญ หนา คํานํา………………………………………………………………………………………….……………………………………… ก สารบัญ……………………………………………………………………………………….…………………………….….……. ข สารบัญภาพ……………………………………………………………………………….……………………….…….….……. ช สารบัญตาราง………………………………………………………………………………………………………………….…. ญ แผนบริหารการสอนประจําวิชา………………………………………………………..………………….……………….. ฐ แผนบริหารการสอนประจําบทที่ 1……………………………………………….……………………….…….……….. 1 บทที่ 1 พื้นฐานทางชีวเคมี ชีวเคมีคืออะไร…………………………………………………………….………………………………..……….. 3 ประวัติความเปนมาของวิชาชีวเคมี…………………………………….……………………………………… 3 ขอบขายของวิชาชีวเคมี…………………………………………………………………………………………… 5 หลักการของชีวเคมี…………………………………………………………….…………………………………… 5 ความสําคัญและประโยชนของชีวเคมี……………………………………..…………………………………. 6 บทสรุป…………………………………………………………………………….……………………………………. 7 แบบฝกหัด……………………………………………………………………………………………………………… 8 เอกสารอางอิง………………………………………………………………….…………………………………….. 8 แผนบริหารการสอนประจําบทที่ 2………………………………………………………………………………………… 9 บทที่ 2 คารโบไฮเดรต บทบาททางชีวภาพของคารโบไฮเดรต……………………………………….……………………………… 11 การจําแนกชนิดของคารโบไฮเดรต…………………………………….…….……………………………….. 12 สมบัติและปฏิกิริยาของคารโบไฮเดรต…………………………………….………………………………… 16 บทสรุป…………………………………………………………………………………………………………………. 18 แบบฝกหัด…………………………………………………………………………………………………………….. 19 เอกสารอางอิง………………………………………………………………….…………………………………….. 19 แผนบริหารการสอนประจําบทที่ 3…………………………………………………..……………………………………. 21 บทที่ 3 ไขมัน โครงสรางและสมบัติของไขมัน…………………………………………………………………………………. 23 หนาที่ทางชีวภาพของไขมัน…………………………………………………………………………………….. 24 การจําแนกชนิดของไขมันตามองคประกอบทางเคมี…………….…………………………………….. 24 อนุพันธของไขมัน…………………………………………………………………………………………………… 24 การเรียกชื่อกรดไขมัน…………………………………………………………………………………………….. 25 สมบัติของกรดไขมัน………………………………………………….…..……………………………………….. 27 เกร็ดความรูเกี่ยวกับไขมัน…………………………………………..…………………………….…………….. 29 บทสรุป…………………………………………………………………..…………………………….……………….. 31 แบบฝกหัด……………………………………………………………………………………………………………… 31 เอกสารอางอิง…………………………………………………………………………………………………………. 32 ค สารบัญ (ตอ) หนา แผนบริหารการสอนประจําบทที่ 4……………………………………………………………………………………….. 33 บทที่ 4 โปรตีน หนาที่ทางชีวภาพของโปรตีน……………………………………………………………………………………. 35 การจําแนกโปรตีนตามองคประกอบ…………….……………………………………………………………. 35 โครงรูป (Conformation) ของโปรตีน………………………………………………………………………. 35 โครงสรางของกรดอะมิโน………………………………………………………………………………………… 37 การจําแนกกรดอะมิโน…………………………………………………………………………………………….. 37 สมบัติทางฟสิกสและเคมีของกรดอะมิโน…………………………………………….……………………… 40 โครงสรางของโปรตีน……………………………………...………………………………………………………. 42 ปจจัยที่มีผลตอการแปลงสภาพโปรตีน………..…………………………………………………………….. 47 การนําความรูเกี่ยวกับการแปลงสภาพโปรตีนไปใชประโยชน………………………………………… 48 บทสรุป………………………………………………………………………………………………….………………. 48 แบบฝกหัด……………………………………………………………………………………………………………… 48 เอกสารอางอิง……………………………………………………………………………………….……………….. 49 แผนบริหารการสอนประจําบทที่ 5……………………………………………………………………………...…………. 51 บทที่ 5 เอ็นไซมและโคเอ็นไซม ความสําคัญของเอ็นไซม…………………………………………………………………………………..………. 53 หนาที่และลักษณะทั่วไปของเอ็นไซม…………………………………………………………….…………… 54 คุณสมบัติโดยทั่วไปของเอ็นไซม…………………………………………………………..……………………. 54 ลักษณะทั่วไปของเอ็นไซม………………………………………………………………………………………… 54 ลักษณะการเรงปฏิกิริยาของเอ็นไซม………………………………………………………..……………….. 55 ความจําเพาะและประสิทธิภาพ (Specificity and Efficiency).……………….………………….. 55 การจําแนกเอ็นไซม (Classification of enzyme) ……………………………………..……………… 56 อิทธิพลที่มีผลตอการทํางานของเอ็นไซม……………………………………………………………………. 57 ตัวยับยั้งปฏิกิริยาของเอ็นไซม…………………………………………………………………………………… 59 คําศัพทเกี่ยวกับเอ็นไซมที่ควรทราบ………………………………………………………………………….. 60 บทสรุป………………………………………………………………………………………………………………….. 62 แบบฝกหัด……………………………………………………………………………………………………………… 62 เอกสารอางอิง………………………………………………………………………………………………………… 63 แผนบริหารการสอนประจําบทที่ 6………………………………………………………………………………………… 65 บทที่ 6 กรดนิวคลิอิก (Nucleic acids) ลักษณะของกรดนิวคลิอิก (Nucleic acid)…………………………………………………………………. 67 โครงสรางทางกายภาพและทางเคมีของดีเอ็นเอ และอารเอ็นเอ (Physical and chemical structure of DNA and RNA)…………………………………………………………………………………. 68 ง สารบัญ (ตอ) หนา การเรียกชื่อนิวคลิโอไซดและนิวคลิโอไทด (Nucleoside and nucleotide)………………….. 71 โครงสรางและหนาที่ของดีเอ็นเอ (DNA structure)…………………………………………………….. 71 โครงสรางและหนาที่ของอารเอ็นเอ (RNA structure)………………………………………………….. 74 คุณสมบัติบางประการของกรดนิวคลิอิก…………………………………………………………………….. 75 การสลายกรดนิวคลิอิก (Hydrolysis of nucleic acid)………………………………………………. 76 การเสียธรรมชาติของกรดนิวคลิอิก…………………………………………………………………………… 76 นิวคลิโอโปรตีน (Nucleoprotein)…………………………………………………………………………… 77 หนาที่ของกรดนิวคลิอิก…………………………………………………………………………………………… 77 บทสรุป………………………………………………………………………………………………………………….. 77 แบบฝกหัด……………………………………………………………………………………………………………… 78 เอกสารอางอิง………………………………………………………………………………………………………… 78 แผนบริหารการสอนประจําบทที่ 7…………………………………………………………………………………………. 81 บทที่ 7 เมแทบอลิซึมและชีวพลังงานของเซลล การจําแนกเมแทบอลิซึม…………………………………………………………………………………………… 83 วิถีเมแทบอลิซึม………………………………………………………………………………………………………. 85 การเก็บพลังงานอิสระในรูป ATP………………………………………………………………………………. 86 การควบคูพลังงาน (Energy coupling)……………………………………………………………………… 87 การสราง ATP…………………………………………………………………………………………………………. 87 ระบบขนสงอิเล็กตรอน…………………………………………………………………………………………….. 88 บทสรุป…………………………………………………………………………………………………………………… 90 แบบฝกหัด………………………………………………………………………………………………………………. 91 เอกสารอางอิง………………………………………………………………………………………………………….. 91 แผนบริหารการสอนประจําบทที่ 8…………………………………………………………………………………………. 93 บทที่ 8 แมแทบอลิซึมของคารโบไฮเดรต (Carbohydrates metabolism) กระบวนการเมแทบอลิซึมของคารโบไฮเดรต………………………………………………………………. 95 ไกลโคไลซิส (Glycolysis) หรือ Emden Meyerholf Pathway……………………………………. 97 วัฎจักรเครบส (Krebs cycle)……………………………………………………………………………………. 98 วิถีเพนโทสฟอสเฟต (Pentoae Phosphate pathway)…………………………………………….. 101 กลูโคนีโอจินิซิส (Gluconeogenesis)………………………………………………………………………… 101 เมแทบอลิซึมของสารอื่นโดยวิถีไกลโคไลซิส………………………………………………………………… 103
Recommended publications
  • Human Metabolome Technologies
    Human Metabolome Human Metabolome Technologies Inc. (HMT) is a leading metabolomics service provider company established on July 2003 based on capillary electrophoresis mass spectrometry (CE-MS) technologies. Technologies The company was listed on the Mothers section of Tokyo Stock Exchange in December 2013. Our main Commissioned metabolome analysis services business is commissioned metabolomics analysis using capillary electrophoresis time-of-flight mass spectrometry (CE-TOFMS): We have a time-tested track record in a number of different fields including medical sciences, pharmaceuticals, food products, fermentation, and cosmetics. With an aim of contributing in a wide range of fields, we will now set our sights on untapped areas such as the environment, energy, and chemical industries. History Jul 2003 Founded in Suehiromachi in Tsuruoka, Yamagata Prefecture with capital of 10 million yen. Jun 2004 Concluded a joint research agreement with Ajinomoto Co., Inc. May 2009 Commenced the “HMT Research Grant for Young Leaders” Aug 2012 Launched a cancer research specialized package, “C-SCOPE.” Oct 2012 Established a sales subsidiary, “Human Metabolome Technologies America, Inc.” in Massachusetts, USA Sep 2013 Registered the patent “The biomarker for depression, the measuring method for the biomarker of depression, and the program and storage for the diagnostic method” (patent number 5372213) in Japan Dec 2013 Listed on the Mothers section of the Tokyo Stock Exchange Jan 2016 Established a biomarker business company “HMT Biomedical Co., Ltd.” in Yokohama, Kanagawa, Japan May 2017 Established a sales subsidiary, “Human Metabolome Technologies Europe B.V.” in Leiden, Netherlands Apr 2018 Launched functional lipidomics specialized package “Mediator Scan” Human Metabolome Technologies Inc.
    [Show full text]
  • Biological Chemistry Department
    MINISTRY OF HEALTH OF UKRAINE ZAPORIZHZHIA STATE MEDICAL UNIVERSITY Biological Chemistry Department Biological chemistry A manual for independent work at home and in class preparation for licensing examination “KROK 1” on semantic modules 6, 7 of module 2 for students of International Faculty (the second year of study) Zaporizhzhia 2017 UDC 577.1(075) BBC 28.902я73 B60 Ratified on meeting of the Central methodical committee of Zaporozhye State Medical University (protocol N 3 from 02_03_17) and it is recommended for the use in educational process for foreign students. Reviewers: Prihodko O. B., Head of Department of Medical Biology, Parasitology and Genetics. Dr. Hab, assoc. professor; Belenichev I. F., Head of Department of Pharmacology and Medicinal Preparations, Dr. Hab., professor Authors: Aleksandrova K. V., Romanenko M. I., Krisanova N. V., Ivanchenko D. G., Rudko N. P., Levich S. V. Biological chemistry : a manual for independent work at home and in class preparation for licensing examination "KROK 1" on semantic modules 6, 7 of module 2 for students of International Faculty (the second year of study) / K. V. Aleksandrova, М. І. Romanenko, N. V. Krisanova, D. G. Ivanchenko, N. P. Rudko, S. V. Levich. – Zaporizhzhia : ZSMU, 2017. – 213 p. This manual is recommended for II year students of International Faculty of specialty "General medicine" studying biological chemistry, as additional material to prepare for practical training semantic modules 6, 7 of module 2 and licensing exam "KROK 1: General medical training". Біологічна хімія : навч.-метод. посіб. для самостійної роботи при підготовці до ліцензійного іспиту "КРОК 1" змістових модулів 6, 7 модулю 2 для студентів 2 курсу міжнар.
    [Show full text]
  • List of 116 Targeted Metabolites
    [E-140169] Ver.1.5.0 Table II Target metabolites for CARCINOSCOPE No Annotation KEGG ID No Annotation KEGG ID 1 2,3-Diphosphoglyceric acid C01159 59 Guanosine C00387 2 2-Hydroxyglutaric acid C01087,C02630,C03196 60 Guanosine 5-diphosphate C00035 3 2-Oxoglutaric acid C00026 61 Guanosine 5-monophosphate C00144 4 2-Oxoisovaleric acid C00141 62 Guanosine 5-triphosphate C00044 5 2-Phosphoglyceric acid C00631 63 Histidine C00135,C00768,C06419 6 3-Phosphoglyceric acid C00197 64 Homocysteine C00155 7 6-Phosphogluconic acid C00345 65 Homoserine C00263 8 Acetoacetyl coenzyme A C00332 66 Hydroxymethylglutaroyl coenzyme A C00356 9 Acetyl coenzyme A C00024 67 Hydroxyproline C01015,C01157 10 Adenine C00147 68 Hypoxanthine C00262 11 Adenosine C00212 69 Inosine C00294 12 Adenosine 5-diphosphate C00008 70 Inosine 5-monophosphate C00130 13 Adenosine 5-monophosphate C00020 71 Isocitric acid C00311 14 Adenosine 5-triphosphate C00002 72 Isoleucine C00407,C06418,C16434 15 Adenylosuccinic acid C03794 73 Lactic acid C00186,C00256,C01432 16 ADP-ribose C00301 74 Leucine C00123,C01570,C16439 17 Alanine C00041,C00133,C01401 75 Lysine C00047,C00739,C16440 18 Arginine C00062,C00792 76 Malic acid C00149,C00497,C00711 19 Argininosuccinic acid C03406 77 Malonyl coenzyme A C00083 20 Asparagine C00152,C01905,C16438 78 Methionine C00073,C00855,C01733 21 Asparaginic acid C00049,C00402,C16433 79 Mevalonic acid C00418 22 Betaine C00719 80 N,N -Dimethylglycine C01026 23 Betaine aldehyde C00576 81 N-Acetylglutamic acid C00624 24 Carbamoyl aspartic acid C00438 82 Nicotineamide
    [Show full text]
  • Human Metabolome Technologies
    Human Metabolome Technologies メタ ボ ロ ーム 受 託 解 析 サ ービス ヒ ュー マ ン・メタ ボ ロ ー ム・テ クノ ロ ジ ー ズ 株 式 会 社 取扱店 本社研究所 〒997-0052 山形県鶴岡市覚岸寺水上246-2 東京事務所 〒104-0033 東京都中央区新川2丁目9-6 シュテルン中央ビル5階 TEL:03-3551-2180 FAX:03-3551-2181 MAIL:[email protected] 201710Ver.2 Who are We? What is CE-MS? ヒ ューマン・メタ ボ ロ ー ム・テ クノ ロ ジ ーズ 株 式 会 社(H M T )は、CE-MS法(次ページ参照)の HMTでは、生体内の代謝物質の多くがイオン性 CE-MS 水溶 性イオン性 物 質 技術をもとに2003年7月に設立された、メタボロミクス のリー ディン グ カン パ ニ ーで す 。 の低分子であることに着目し、イオン性低分子の 核酸 糖リン酸 リン酸 体 物 質 2013年12月には東証マザーズに上場いたし 測定に適したキャピラリー電気泳動(Capillary 糖代謝物 有機酸 アミノ酸 ました。 主な事業内容はCE-TOFMSを利用 Electrophoresis, CE)と質量分析計(Mass アミノ酸 分 解 物 ポリアミン したメタボロ ー ム 受 託 解 析 で 、医科 学・製 薬・ Spectromer, MS)を組み合わせた分析技術で 食 品・発 酵・化 粧 品 など 様 々な 分 野 に お い て あるCE-MS法を基盤 LC-MS 脂溶性中性物質 実績をあげています。今後は環境、エネル 技 術 と し 、分 析 お よ び 脂質 脂肪酸 アシルカルニチン ギ ー 、化 学 な ど の 分 野 も 視 野 に 入 れ 、幅 広 い 分 析 法 の 開 発 を行 って 胆汁酸 ポリフェノール ステロイド 分 野で の 貢 献を目 指しています 。 います。 Metabolome Analysis 製 薬 What is Metabolomics? 薬 理・薬 効 毒 性・安 全 性 コンパニオン診 断 生 体 内 に は 核 酸( D N A , R N A )や タ ン パ ク 質 の ほ か に 、糖 、有 機 酸 、ア ミ ノ 酸 な ど の 低 分 子 が マーカー (CDx) 発 酵・生 産 化粧品 農 学 存在しています。これらの物質の多くは、酵素などの代謝反応によって作り出された代謝 品種改良 生産効率向上 安全性評価 生産性向上 物質(メタボライト)です。メタボロミクスとは「代謝物質の種類や濃度を網羅的に分析・解 機能解明 成分効果評価 生態の解明 析する手法」のことです。 化 学 診 断 環 境 の 変 化 や 薬 物 摂 取 、食事 、様々な 疾 患 へ の 羅 患 など に より 、血液・尿・組 織・細 胞 など バイオ燃 料 診断薬開発 バイオリファイナリー 治療効果評価 に存在する代謝物質の種類や濃度に変化が起こります。その変化を分析することにより、 食 品 バイオマーカーの探索、薬剤や機能性成分の作用機序解明、遺伝子変異や発現の変化に 食品分析 機能性食品評価 伴 う 代 謝 へ の 影 響 など を 評 価・考 察 す る こと が 可 能 と な りま す 。 新規機能性成分の 探索 02 HMT HMT 03 極 限 のコストパ フォーマンスモ デル 解析対象 報告書例 CE-TOFMS 約900 定 量 Basic Scan
    [Show full text]
  • Fundamentals of Medicinal Chemistry
    Fundamentals of Medicinal Chemistry Gareth Thomas University of Portsmouth, UK Fundamentals of Medicinal Chemistry Fundamentals of Medicinal Chemistry Gareth Thomas University of Portsmouth, UK Copyright # 2003 by John Wiley & Sons Ltd, The Atrium, Southern Gate, Chichester, West Sussex PO19 8SQ, England National 01243 779777 International (þ44) 1243 779777 e-mail (for orders and customer service enquiries): [email protected] Visit our Home Page on http://www.wiley.co.uk or http://www.wiley.com All rights reserved. No part of this publication may be reproduced, stored in a retrieval system, or transmitted, in any form or by any means, electronic, mechanical, photocopying, recording, scanning or otherwise, except under the terms of the Copyright, Designs and Patents Act 1988 or under the terms of a licence issued by the Copyright Licensing Agency, 90 Tottenham Court Road, London, UK W1P 9 HE, without the permission in writing of the publisher. Other Wiley Editorial Offices John Wiley & Sons, Inc., 605 Third Avenue, New York, NY 10158–0012, USA Wiley-VCH Verlag GmbH, Pappelallee 3, D-69469 Weinheim, Germany John Wiley & Sons (Australia) Ltd, 33 Park Road, Milton, Queensland 4064, Australia John Wiley & Sons (Asia) Pte Ltd, 2 Clementi Loop #02–01, Jin Xing Distripark, Singapore 0512 John Wiley & Sons (Canada) Ltd, 22 Worcester Road, Rexdale, Ontario M9W 1L1, Canada Wiley also publishes its books in a variety of electronic formats. Some content that appears in print may not be available in electronic books Library of Congress Cataloging-in-Publication Data Thomas, Gareth, Dr. Fundamentals of medicinal chemistry / Gareth Thomas. p. cm.
    [Show full text]
  • Combined Small Molecule and Loss-Of-Function Screen Uncovers Estrogen Receptor Alpha and CAD As Host Factors for HDV Infection A
    Hepatology ORIGINAL ARTICLE Combined small molecule and loss-of-function screen Gut: first published as 10.1136/gutjnl-2018-317065 on 4 March 2019. Downloaded from uncovers estrogen receptor alpha and CAD as host factors for HDV infection and antiviral targets Eloi R Verrier,1 Amélie Weiss,2 Charlotte Bach,1 Laura Heydmann,1 Vincent Turon-Lagot,1 Arnaud Kopp,2 Houssein El Saghire,1 Emilie Crouchet,1 Patrick Pessaux ,1,3 Thomas Garcia,4 Patrick Pale,4 Mirjam B Zeisel,1 Camille Sureau,5 Catherine Schuster,1 Laurent Brino,2 Thomas F Baumert 1,3,6 1Université de Strasbourg, ABSTRact Inserm, Institut de Recherche Objective Hepatitis D virus (HDV) is a circular RNA Significance of this study sur les Maladies Virales et virus coinfecting hepatocytes with hepatitis B virus. Hépatiques UMR_S1110, F- What is already known on this subject? 67000 Strasbourg, France Chronic hepatitis D results in severe liver disease and 2IG BMC, Plateforme de Criblage an increased risk of liver cancer. Efficient therapeutic ► Chronic hepatitis D is the most severe form of Haut-débit, UMR7104 CNRS approaches against HDV are absent. viral hepatitis. U1258 Inserm, Illkirch, France Design Here, we combined an RNAi loss-of-function ► Efficient therapeutic strategies are absent. 3Institut Hospitalo-universitaire, ► Hepatitis D virus is a small hepatitis B virus Pôle Hépato-digestif, Nouvel and small molecule screen to uncover host-dependency Hôpital Civil, Strasbourg, France factors for HDV infection. satellite virus. 4Laboratoire de Synthèse, Results Functional screening unravelled the hypoxia- ► Knowledge about HDV–hepatocyte interactions Réactivité Organiques et inducible factor (HIF)-signalling and insulin-resistance is limited.
    [Show full text]
  • Nucleotides, Nucleic Acids: General Information About Structure, Functions and Metabolism
    MINISTRY OF HEALTH OF UKRAINE ZAPORIZHZHIA STATE MEDICAL UNIVERSITY Biological Chemistry Department Nucleotides, Nucleic acids: General Information about Structure, Functions and Metabolism A manual for independent work at home and in class for students of second year study of international faculty Speciality “Medicine” Zaporizhzhia, 2016 1 UDC 577.1(075.8) BBC 28.902я73 N92 The manual was approved on the Central Methodological Council of ZSMU on «____» _______________2016, the protocol №________ Reviewers: Prykhodko O.B., Head of Medical Biology, Parasitology and Genetics Department of Zaporizhzhia State Medical University, doctor of biological science Voskoboynik O.Yu., associate professor of Organic and Bioorganic Chemistry Department of Zaporizhzhia State Medical University, PhD Editors: Dr. Hab., professor Aleksandrova K. V. PhD, assoc. professor Ivanchenko D. G. PhD, assoc. professor Krisanova N. V. Nucleotides, Nucleic acids : General Information about Structure, Functions and Metabolism : a manual for independent work at home and in class for students of second year study of international faculty, speciality ―Medicine‖/ ed. : K. V. Aleksandrova, D. G. Ivanchenko, N. V. Krisanova. – Zaporizhzhia : ZSMU, 2016.- 84 p. This manual is recommended to use for students of International Faculty (the second year of study) for independent work at home and in class. Нуклеотиди, нуклеїнові кислоти : загальне уявлення про структуру, функції та метаболізм : навч. посіб. для самостійної аудиторної та позааудиторної роботи студентів 2 курсу міжнар. ф-ту, спеціальність «Медицина» / ред.. : К. В. Александрова, Д. Г. Іванченко, Н. В. Крісанова. - Запоріжжя : ЗДМУ, 2016. – 84 с. UDC 577.1(075.8) BBC 28.902я73 ©Aleksandrova K.V., IvanchenkoD.G., Krisanova N.V., 2016 ©Zaporizhzhia State Medical University, 2016 2 INTRODUCTION A study of questions for this manual is the basis for learning of all metabolic pathways for nucleotides and nucleic acids.
    [Show full text]
  • Integrated Proteomics and Metabolomics Reveals The
    www.nature.com/scientificreports OPEN Integrated proteomics and metabolomics reveals the comprehensive characterization of antitumor mechanism underlying Shikonin on colon cancer patient‑derived xenograft model Yang Chen1, Juan Ni2,3,4, Yun Gao2,3,4, Jinghui Zhang1, Xuesong Liu1, Yong Chen1, Zhongjian Chen2,3,4* & Yongjiang Wu1* Colorectal cancer (CRC) is a common malignancy occurring in the digestive system. Despite progress in surgery and therapy options, CRC is still a considerable cause of cancer mortality worldwide. In this study, a colon cancer patient‑derived xenograft model was established to evaluate the antitumor activity of Shikonin. The protective efect underlying Shikonin was determined through assessing serum levels of liver enzymes (ALT, AST) and kidney functions (BuN, Scr) in PDX mice. Proteomics and metabolomics profles were integrated to provide a systematic perspective in dynamic changes of proteins and global endogenous metabolites as well as their perturbed pathways. A total of 456 diferently expressed proteins (DEPs), 32 diferently expressed metabolites (DEMs) in tumor tissue, and 20 DEMs in mice serum were identifed. The perturbation of arginine biosynthesis, purine metabolism, and biosynthesis of amino acids may mainly account for therapeutic mechanism of Shikonin. Furthermore, the expression of mRNAs participating in arginine biosynthesis (CPS1, OTC, Arg1) and do novo purine synthesis (GART, PAICS, ATIC) were validated through RT-qPCR. Our study provides new insights into the drug therapeutic strategies and a better understanding of antitumor mechanisms that might be valuable for further studies on Shikonin in the clinical treatment of colorectal cancer. Colorectal cancer (CRC), a digestive system tumor, is currently the third most common malignant cancer worldwide1.
    [Show full text]
  • (Ser.) Baill at Altitude Gradient of the Tibetan Plateau by Physiologic
    Zhao et al. BMC Genomics (2019) 20:451 https://doi.org/10.1186/s12864-019-5778-y RESEARCHARTICLE Open Access The adaptation strategies of Herpetospermum pedunculosum (Ser.) Baill at altitude gradient of the Tibetan plateau by physiological and metabolomic methods Yong Zhao1†, Fuling Xu1†, Jia Liu2, Fachun Guan3,4, Hong Quan4 and Fanjuan Meng1* Abstract Background: Herpetospermum pedunculosum (Ser.) Baill is annual scandent herbs. They are used in the treatment of piles, inflammation of the stomach and the intestines. It can survive the extreme environment of the Tibetan Plateau (TP). However, the underlying mechanisms of this adaptation to H. pedunculosum from TP remain unclear. Here, we combined physiological and metabolomics methods to analyze H. pedunculosum response to altitude gradient differences. Results: At high altitude, increases in the activities of Ascorbate peroxidase (APX), Glutathione reductase (GR), Dehydroascorbate reductase (DHAR), Monodehydroascorbate reductase (MDHAR), Superoxide dismutase (SOD) have been observed in leaves. Total Glutathion content, total Ascorbate content and the ASA (ascorbic acid)/ docosahexaenoic acid (DHA) ration were highly elevated from low altitude to high altitude. In addition, high altitude induces decrease of the Anthocyanidin content (ANTH) and increase of abscisic acid content (ABA). The GC-MS analyses identified of 50 metabolites from leaves of H. pedunculosum. In addition, a metabolic network was constructed based on metabolomic datasets using a weighted correlation network analysis (WGCNA) approach. The network analysis uncovered 4 distinguished metabolic modules highly associated with I, II, III and IV respectively. Furthermore, the analysis successfully classified 50 samples into seven groups: carbohydrates, amino acids, organic acids, lipid components, polyamine, secondary metabolism and others.
    [Show full text]
  • Effects of Exogenous Spermidine on Root Metabolism of Cucumber
    agronomy Article Effects of Exogenous Spermidine on Root Metabolism of Cucumber Seedlings under Salt Stress by GC-MS 1,2, 3, 1 1 1, Bing Liu y, Xujian Peng y, Lingjuan Han , Leiping Hou and Bin Li * 1 Collaborative Innovation Center for Improving Quality and Increase Profits of Protected Vegetables in Shanxi, College of Horticulture, Shanxi Agricultural University, Taigu 030801, China; [email protected] (B.L.); [email protected] (L.H.); [email protected] (L.H.) 2 Collaborative Innovation Center of Sustainable Forestry in Southern China, College of Forestry, Nanjing Forestry University, Nanjing 210037, China 3 Department of Public Order, Nanjing Forest Police College, Nanjing 210023, China; [email protected] * Correspondence: [email protected]; Tel.: +86-183-3548-0758 These authors contributed equally to this work. y Received: 20 February 2020; Accepted: 23 March 2020; Published: 26 March 2020 Abstract: To investigate the effects of exogenous spermidine (Spd) on metabolism changes under salt stress in cucumber roots, a gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS) was performed. The results showed that most of the 142 metabolites responded to salt stress or exogenous Spd treatment. Salt stress reduced carbon consumption, resulted in the transformation of glycolysis and the tricarboxylic acid (TCA) cycle to the pentose phosphate pathway (PPP), and meanwhile increased salicylic acid (SA) and ethylene synthesis, and, thus, inhibited the growth of seedlings. However, exogenous Spd further improved the utilization of carbon, the energy-saving pattern of amino acid accumulation, and the control of hydroxyl radicals. In conclusion, Spd could promote energy metabolism and inhibit SA and ethylene synthesis in favor of root growth that contributes to higher salt tolerance.
    [Show full text]
  • CDG Therapies: from Bench to Bedside
    International Journal of Molecular Sciences Review CDG Therapies: From Bench to Bedside Sandra Brasil 1,2 ID , Carlota Pascoal 1,2,3, Rita Francisco 1,2,3 ID , Dorinda Marques-da-Silva 1,2,3, Giuseppina Andreotti 4 ID , Paula A. Videira 1,2,3 ID , Eva Morava 2,5, Jaak Jaeken 2,6,* and Vanessa dos Reis Ferreira 1,2,* 1 Portuguese Association for Congenital Disorders of Glycosylation (CDG), Departamento Ciências da Vida, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade NOVA de Lisboa, 2820-287 Lisboa, Portugal; [email protected] (S.B.); [email protected] (C.P.); [email protected] (R.F.); [email protected] (D.M.-d.-S.); [email protected] (P.A.V.) 2 Professionals and Patient Associations International Network (CDG & Allies—PPAIN), Departamento Ciências da Vida, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade NOVA de Lisboa, 2820-287 Lisboa, Portugal; [email protected] 3 Research Unit on Applied Molecular Biosciences (UCIBIO), Departamento Ciências da Vida, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade NOVA de Lisboa, 2829-516 Lisboa, Portugal 4 Istituto di Chimica Biomolecolare-Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR), 80078 Pozzuoli, Italy; [email protected] 5 Department of Clinical Genomics, Mayo Clinic, Rochester, MN 55905, USA 6 Center for Metabolic Diseases, Universitaire Ziekenhuizen (UZ) and Katholieke Universiteit (KU) Leuven, 3000 Leuven, Belgium * Correspondence: [email protected] (J.J.); [email protected] (V.d.R.F.); Tel.: +351-91-425-0544 (V.d.R.F.) Received: 28 February 2018; Accepted: 21 April 2018; Published: 27 April 2018 Abstract: Congenital disorders of glycosylation (CDG) are a group of genetic disorders that affect protein and lipid glycosylation and glycosylphosphatidylinositol synthesis.
    [Show full text]
  • Fundamentals of Medicinal Chemistry
    Fundamentals of Medicinal Chemistry Gareth Thomas University of Portsmouth, UK Copyright # 2003 by John Wiley & Sons Ltd, The Atrium, Southern Gate, Chichester, West Sussex PO19 8SQ, England National 01243 779777 International (þ44) 1243 779777 e-mail (for orders and customer service enquiries): [email protected] Visit our Home Page on http://www.wiley.co.uk or http://www.wiley.com All rights reserved. No part of this publication may be reproduced, stored in a retrieval system, or transmitted, in any form or by any means, electronic, mechanical, photocopying, recording, scanning or otherwise, except under the terms of the Copyright, Designs and Patents Act 1988 or under the terms of a licence issued by the Copyright Licensing Agency, 90 Tottenham Court Road, London, UK W1P 9 HE, without the permission in writing of the publisher. Other Wiley Editorial Offices John Wiley & Sons, Inc., 605 Third Avenue, New York, NY 10158–0012, USA Wiley-VCH Verlag GmbH, Pappelallee 3, D-69469 Weinheim, Germany John Wiley & Sons (Australia) Ltd, 33 Park Road, Milton, Queensland 4064, Australia John Wiley & Sons (Asia) Pte Ltd, 2 Clementi Loop #02–01, Jin Xing Distripark, Singapore 0512 John Wiley & Sons (Canada) Ltd, 22 Worcester Road, Rexdale, Ontario M9W 1L1, Canada Wiley also publishes its books in a variety of electronic formats. Some content that appears in print may not be available in electronic books Library of Congress Cataloging-in-Publication Data Thomas, Gareth, Dr. Fundamentals of medicinal chemistry / Gareth Thomas. p. cm. Includes bibliographical references and index. ISBN 0-470-84306-3 (cloth : alk. paper) ISBN 0-470-84307-1 (paper : alk.
    [Show full text]