Supplementary Figure 3. Hepatic expression profiles of drug-treated db/db and untreated db/+ compared to untreated db/db

fold changes estimate fold changes estimate

affy ID#genbank ID# symbol gene name RWT + RWT + db/db affy ID#genbank ID# symbol gene name RWT + RWT + db/db

145 Cellular Processes 4 chemotaxis 16 apoptosis 102938_atAB009687 Lect2 leukocyte cell-derived chemotaxin 2 -1,7-2,1 -1,5 -1,0 374 102016_atM61737 Fsp27 fat specific gene 27 5,43,1 3,6 -1,3 20 103448_atM83218 S100a8 S100 calcium binding A8 (calgranulin 1,1-1,0 1,8 -1,1 17 103029_atD86344 Pdcd4 programmed cell death 4 1,2-1,1 -1,4 1,6 174 97360_atAI841689 Cklfsf3 chemokine-like factor super family 3 1,11,1 1,6 1,0 11 93968_atAA870917 Pdcd5 programmed cell death 5 -1,01,5 1,0 -1,1 241 103240_f_atAF017258 Ear2 eosinophil-associated, , RNase A 1,2-1,0 1,9 1,0 35 93766_atU32170 Rgn regucalcin -1,2-1,3 -1,6 -1,0 1356 38 cytoskeleton 93869_s_atU23781 Bcl2a1d Bcl-2-related protein A1 (BFL-1 protein) 1,01,1 1,6 1,0 24 160065_s_atAI837625 Csrp1 cysteine and glycine-rich protein 1 1,21,2 1,7 1,0 21 161500_i_atAV102186 Bad Bcl-associated death promoter -1,1-1,1 -1,1 1,5 50 96298_f_atAF020185 Dnclc1 dynein, cytoplasmic, light chain 1 -1,6-1,1 1,2 -1,1 315 161980_f_atAV373612 Bag3 Bcl2-associated athanogene 3 1,1-1,3 1,7 1,2 30 99441_atAW123852 Gphn gephyrin 1,01,0 -1,5 1,5 85 93536_atL22472 Bax Bcl2-associated X protein 1,21,3 2,0 -1,1 64 93571_atM74773 Spnb2 spectrin beta 2 1,11,2 1,5 1,1 148 93697_atU63387 Cbx4 chromobox homolog 4 (Drosophila Pc class) -1,5-1,7 -1,9 -1,2 62 102043_atAF047704 Tuft1 tuftelin 1 -1,01,1 1,9 1,7 54 93093_atU35623 Mcl1 myeloid cell leukemia sequence 1 1,2-1,0 1,6 1,4 66 162379_r_atAV245272 Vim vimentin 1,1-1,0 1,0 1,6 20 97825_atAI854029 Perp-pen p53 apoptosis effector related to Pmp22 1,21,7 1,3 -1,3 196 160150_f_atAW125626 Cnn3 calponin 3, acidic -1,1-1,6 -1,2 1,2 261 99994_atAF041376 Cidea cell death-inducing DNA fragmentation factor, 5,49,5 2,0 1,0 28 101578_f_atM12481 Actb actin, beta, cytoplasmic 2,21,0 1,6 1,5 119 102114_f_atAI326963 Angptl4 angiopoietin-like 4 -1,11,5 -1,0 -1,3 108 96573_atM21495 Actg actin, gamma, cytoplasmic -1,21,1 1,6 -1,1 573 96119_s_atAA797604 Angptl4 angiopoietin-like 4 1,11,6 1,1 -1,5 156 103574_atAI841606 AbLIM1 actin-binding LIM protein 1 1,31,5 1,5 1,2 27 97890_atAW046181 Sgk serum/glucocorticoid regulated kinase -1,11,2 1,5 1,0 34 104578_f_atAI195392 Actn1 actinin, alpha 1 1,11,4 1,6 1,7 66 101521_atAB013819 Birc5 baculoviral IAP repeat-containing 5 -1,11,2 1,5 -1,1 16 93364_atX59990 Catna1 catenin alpha 1 1,11,1 1,6 1,1 102 40 cell adhesion 98107_atAW123801 Coro1c coronin, actin binding protein 1C 1,21,3 1,7 1,1 71 161996_f_atAV328452 Bcan brevican -1,6-1,2 -1,8 -1,6 25 96865_atM60474 Marcks myristoylated alanine rich protein kinase C 1,31,5 1,8 1,1 27 104083_atAI853217 Cdh5 cadherin 5 1,31,2 1,6 1,2 33 94991_atAW046661 Synpo synaptopodin 1,42,1 1,6 -1,0 16 92835_atAI840501 Cml1 camello-like 1 -2,4-3,1 -3,1 1,1 588 96426_atU38967 Tmsb4x thymosin, beta 4, X 1,31,0 2,7 1,3 109 95016_atD50086 Nrp neuropilin 1,01,7 1,1 2,0 74 93100_atX13297 Acta2 actin, alpha 2, smooth muscle, aorta 1,11,0 1,8 1,3 24 100120_atL17324 Nid1 nidogen 1 1,41,3 1,7 1,1 11 92608_atD88793 Csrp1 cysteine and glycine-rich protein 1 1,01,1 1,5 1,0 29 93318_atU91513 Ninj1 ninjurin 1 -1,2-1,5 -1,3 -1,2 203 103330_atAI838709 Strbp spermatid perinuclear RNA binding protein 1,11,6 1,4 1,1 30 96774_atAW047139 Plekhc1 pleckstrin homology domain containing, family -1,2-1,3 -1,5 1,8 78 100446_r_atX91825 Sprr1b small proline-rich protein 1B -1,11,1 1,6 -1,1 1204 92558_atM84487 Vcam1 vascular cell adhesion molecule 1 1,2-1,0 1,9 1,2 18 100554_atAF053367 Pdlim1 PDZ and LIM domain 1 (elfin) 1,01,0 1,8 1,2 109 161188_f_atAV238648 Lamb3 laminin, beta 3 1,12,2 -1,0 -1,1 51 160417_atU86090 Kif5b kinesin family member 5B -1,21,0 -1,0 1,6 25 92759_atU43298 Lamb3 laminin, beta 3 1,57,2 1,1 -1,3 39 98462_s_atAI322968 Klc8 kinesin-like protein 8 -1,3-1,3 -1,2 -1,6 41 102805_atM77196 Ceacam1 CEA-related cell adhesion molecule 1 -1,6-1,8 -2,1 -1,5 278 99458_i_atX70764 Mark2 MAP/microtubule affinity-regulating kinase 2 -1,21,1 1,5 1,1 104 102806_g_atM77196 Ceacam1 CEA-related cell adhesion molecule 1 -1,7-1,8 -2,1 -1,5 130 97447_atAI836718 Map1lc3a microtubule-associated protein 1 light chain 3 1,91,5 1,4 -1,1 106 101908_s_atAF101164 Ceacam2 CEA-related cell adhesion molecule 2 -1,4-1,5 -1,7 -1,5 135 100915_atAW125698 Myh9 myosin heavy chain IX 1,11,1 1,7 -1,0 155 93063_atU82624 App amyloid beta (A4) precursor protein 1,21,3 1,8 1,1 155 98409_atL00923 Myo1b myosin IB -1,4-2,9 -2,0 1,2 220 92593_atD13664 Osf2-pen osteoblast specific factor 2 (fasciclin I-like) 1,71,2 2,0 -1,2 20 92254_atM55253 Myo5b myosin Vb 1,31,6 1,5 -1,3 77 93353_atAF013262 Lum lumican -1,1-1,1 1,7 1,4 22 160532_atM22479 Tpm1 tropomyosin 1, alpha 1,31,4 2,5 1,1 75 160583_atAA880988 Xlkd1 extra cellular link domain-containing 1 1,41,3 1,9 -1,2 18 94270_atM22832 Krt1-18 keratin complex 1, acidic, gene 18 -1,01,3 2,7 1,0 209 104337_f_atAW208938 Pkp2 plakophilin 2 1,71,4 1,4 -1,1 116 101009_atX15662 Krt2-8 keratin complex 2, basic, gene 8 1,21,5 3,1 -1,1 377 102852_atM31131 Cdh2 cadherin 2 -1,2-1,1 -1,3 2,1 64 100342_i_atM28729 Tuba1 tubulin, alpha 1 1,21,0 1,6 1,2 82 98549_atM77123 Vtn vitronectin -1,5-2,0 -1,6 1,1 2239 100343_f_atM28729 Tuba1 tubulin, alpha 1 1,1-1,0 1,6 1,0 301 100990_g_atAJ001373 Itgb1bp1 integrin beta 1 binding protein 1 -1,2-1,1 1,6 -1,1 38 98759_f_atM28727 Tuba2 tubulin, alpha 2 1,11,1 1,7 1,1 540 94963_atAI462105 Vcl vinculin 1,11,6 1,6 1,3 63 94835_f_atM28739 Tubb2 tubulin, beta 2 4,22,8 6,4 -1,8 395 104257_g_atAI120844 Pscdbp pleckstrin homology, Sec7 and coiled-coil 1,21,1 1,3 1,5 24 160462_f_atAW050256 Tubb3 tubulin, beta 3 2,42,0 3,4 -1,3 150 92880_atM38337 Mfge8 milk fat globule-EGF factor 8 protein 1,11,6 1,7 1,1 170 94788_f_atX04663 Tubb5 tubulin, beta 5 1,71,8 2,5 1,0 256 95706_atX16834 Lgals3 lectin, galactose binding, soluble 3 1,11,2 5,3 1,0 22 160461_f_atAW215736 Tubb6 tubulin, beta 6 1,31,6 2,4 -1,2 67 160099_atAF026799 Lgals4 lectin, galactose binding, soluble 4 1,11,7 -1,1 -1,3 54 5 peroxisome organization and biogenesis 99669_atX15986 Lgals1 lectin, galactose binding, soluble 1 3,92,9 4,5 -2,0 107 98965_atAC002397 Grcc3f, gene rich cluster, C3f gene 1,33,0 1,9 -1,4 141 95566_atAF050666 Gpld1 glycosylphosphatidylinositol specific -1,4-4,6 -2,5 1,3 288 95074_atAW125309 Pxf peroxisomal farnesylated protein 1,51,5 1,2 -1,4 96 160179_atAW124122 Col12a1 collagen, type XII, alpha1 -1,11,0 -1,1 1,6 54 104098_atL28835 Pxmp2 peroxisomal membrane protein 2 -1,0-1,3 -1,7 -1,1 1281 103709_atAA763466 Col1a1 procollagen, type I, alpha 1 1,11,2 1,8 1,1 58 94491_atAW123194 Pex13 peroxisomal biogenesis factor 13 1,21,6 -1,1 1,0 35 94305_atU03419 Col1a1 procollagen, type I, alpha 1 1,41,8 6,1 1,1 39 99469_atAW121865 Pex6 peroxisomal biogenesis factor 6 1,51,1 -1,1 1,2 127 101130_atX58251 Col1a2 procollagen, type I, alpha 2 1,11,2 2,4 1,1 45 299 Environmental Information Processing 161984_f_atAV234303 Col3a1 procollagen, type III, alpha 1 1,01,1 1,5 -1,0 10 3 angiogenesis 98331_atX52046 Col3a1 procollagen, type III, alpha 1 -1,01,3 3,0 -1,1 34 94392_f_atU22516 Ang -1,8-1,4 -1,4 2,6 348 101093_atM15832 Col4a1 procollagen, type IV, alpha 1 1,61,5 2,6 1,2 47 101735_f_atU22519 Ang2 angiogenin, ribonuclease A family, member 2 -1,3-1,2 -1,1 1,8 50 101039_atX04647 Col4a2 procollagen, type IV, alpha 2 1,21,6 1,8 1,1 93 160484_atAI840118 Rtn4 reticulon 4 1,52,3 1,3 -2,0 185 92567_atL02918 Col5a2 procollagen, type V, alpha 2 1,21,2 2,3 1,1 17 17 blood coagulation 101110_atAF064749 Col6a3 procollagen, type VI, alpha 3 1,11,2 1,8 1,2 57 99638_atD17546 Col18a1 procollagen, type XVIII, alpha 1 -1,2-1,3 -1,6 -1,1 878 102291_atM23109 F9 coagulation factor IX -1,2-1,4 -1,8 1,1 335 93934_atAF072128 Cldn2 claudin 2 -1,2-1,3 -1,1 -1,6 195 97435_atD10071 F13b coagulation factor XIII, beta subunit -1,4-1,7 -1,7 -1,1 197 96868_atAI196896 Fgb fibrinogen, B beta polypeptide -1,3-1,4 -1,5 1,3 672 25 cell cycle 93096_atAA986050 FGG fibrinogen, gamma polypeptide -1,3-1,8 -1,6 1,4 1362 96146_atD83745 Btg3 B-cell translocation gene 3 -1,11,2 1,6 1,6 16 161458_atAV298640 F7 coagulation factor VII -1,4-1,5 -1,4 1,2 534 101906_atAA032310 Smc4l1 SMC4 structural maintenance of 1,01,8 1,6 1,0 23 92918_atU66079 F7 coagulation factor VII , serum prothrombin -1,5-2,6 -1,9 1,2 201 160623_atAI847045 Cdkl2 cyclin-dependent kinase-like 2 (CDC2-related 1,21,5 1,5 1,1 21 102748_atU52925 F5 coagulation factor V -1,7-2,0 -1,7 1,1 317 96319_atAW061324 Cdc20 cell division cycle 20 homolog (S. cerevisiae) 1,01,6 2,0 1,0 68 104344_atM58588 Klkb1 kallikrein B, plasma 1 -1,3-1,7 -2,3 1,4 141 94048_atAW120683 Cdc34 cell division cycle 34 homolog (S. cerevisiae) 1,51,2 1,6 -1,2 178 95585_atAF034569 Proc protein C -1,3-1,3 -1,6 1,1 976 103821_atAJ223087 Cdc06 cell division cycle 6 homolog (S. cerevisiae) 1,11,6 2,1 1,4 16 104519_atX70392 Itih2 inter-alpha trypsin inhibitor, heavy chain 2 -1,7-1,2 -1,4 -1,0 1777 94294_atX66032 Ccnb2 cyclin B2 1,01,5 2,0 1,3 48 160611_atAA212964 Klkb1 cytochrome P450, family 4, subfamily v, -1,3-1,2 -1,9 1,1 261 94232_atAI849928 Ccnd1 cyclin D1 1,12,9 4,7 1,7 30 100002_atX70393 Itih3 inter-alpha trypsin inhibitor, heavy chain 3 -2,4-1,3 -1,9 1,2 670 98478_atU95826 Ccng2 cyclin G2 1,21,5 -1,0 1,1 44 94383_atD50586 Tfpi2 tissue factor pathway inhibitor 2 1,31,8 -1,3 -1,0 186 102781_atU37351 Ccnl2 cyclin L2 1,0-1,0 -1,1 1,5 115 98014_atX70391 Itih1 inter-alpha trypsin inhibitor, heavy chain 1 -1,3-2,0 -1,9 1,2 385 101638_s_atD26137 Cdk8 cyclin-dependent kinase 8, cytochrome P450, 1,2-1,7 1,3 -1,8 3872 92858_atAF002719 Slpi secretory leukocyte protease inhibitor 1,21,1 3,3 -1,1 50 101639_r_atD26137 Cdk8 cyclin-dependent kinase 8, cytochrome P450, -1,0-1,4 1,2 -1,6 48 98467_atAF023919 Itih4 inter alpha-trypsin inhibitor, heavy chain 4 -1,7-5,6 -1,6 1,1 843 94881_atAW048937 Cdkn1a cyclin-dependent kinase inhibitor 1A (P21) 1,21,7 2,0 -1,0 58 103977_atAF087644 F10 coagulation factor X -1,3-1,7 -1,6 1,1 380 97411_atL11316 Ect2 ect2 oncogene -1,11,5 1,6 1,1 12 1 blood pressure regulation 103309_atAI853977 Frap1 FK506 binding protein 12-rapamycin 1,22,0 1,3 -1,2 92 94971_atAI317217 Cdkn3 Mus musculus cDNA clone MGC:58593 1,11,3 2,0 1,0 26 101887_atAF045887 Agt angiotensinogen -1,4-1,8 -2,1 -1,8 1987 160846_atAI846534 Nek6 NIMA (never in mitosis gene a)-related 1,41,3 1,7 1,2 54 10 immune defense 94024_atAA671429 Ris2 retroviral integration site 2 -1,01,4 1,6 1,0 78 101054_atX00496 Ii Ia-associated invariant chain 1,2-1,1 2,0 1,4 139 92770_atX66449 S100a6 S100 calcium binding protein A6 (calcyclin) 1,11,1 3,8 -1,1 19 99109_atM59821 Ier2 immediate early response 2 -1,1-1,2 -1,1 1,5 49 97531_atX95280 G0s2 G0/G1 switch gene 2 1,93,6 1,2 -2,9 352 92773_atAF079528 Ier5 immediate early response 5 1,11,4 1,1 1,8 17 94813_atX65128 Gas1 growth arrest specific 1 -1,2-1,4 -1,7 -1,3 93 98822_atX56602 G1p2 interferon, alpha-inducible protein -1,1-1,5 1,3 1,5 74 94338_g_atM21828 Gas2 growth arrest specific 2 -1,81,2 1,2 -1,8 129 160253_atAW125390 Ifitm3 interferon induced transmembrane protein 3 ; -2,1-4,4 -1,1 1,4 1105 99067_atX59846 Gas6 growth arrest specific 6 1,31,4 3,9 -1,3 64 97409_atU19119 Ifi1 interferon inducible protein 1 -1,3-1,2 -1,1 1,6 39 99632_atU83902 Mad2l1 MAD2 (mitotic arrest deficient, homolog)-like 1,11,8 1,9 -1,0 22 100981_atU43084 Ifit1 interferon-induced protein with -1,3-1,4 -1,0 1,8 17 98603_s_atU20857 Rangap1 RAN GTPase activating protein 1 -1,6-1,3 -1,4 -1,4 117 103639_atU43085 Ifit2 interferon-induced protein with 1,01,0 1,6 -1,0 16 10 cell growth 103963_f_atAA914345 Iigp-pendi interferon-inducible GTPase -1,5-1,2 -1,5 1,8 173 97426_atX98471 Emp1 epithelial membrane protein 1 1,01,2 1,8 1,0 21 96764_atAJ007971 Iigp-pendi interferon-inducible GTPase -1,61,0 -1,3 2,4 330 104646_atAJ011967 Gdf15 growth differentiation factor 15 1,21,8 2,0 -1,1 82 99452_atU49507 Lisch7-pe liver-specific bHLH-Zip transcription factor 1,1-1,1 1,5 1,1 334 100327_atM17015 Lta lymphotoxin alpha (TNF superfamily, member 1,21,0 1,1 1,6 45 160553_atX63782 Ly6d lymphocyte antigen 6 complex, locus D 2,24,0 7,7 -3,2 273 96632_atAB025049 Morf4l2 mortality factor 4 like 2 -1,0-1,0 1,5 1,1 241 94425_atAB007599 Ly86 lymphocyte antigen 86 1,01,0 1,6 1,0 24 94932_atM29464 Pdgfa platelet derived growth factor, alpha -1,01,1 1,6 1,0 93 99071_atL20315 Mpeg1 macrophage expressed gene 1 1,2-1,2 3,6 1,7 83 104533_atAA764261 Pim1 proviral integration site 1 1,2-1,1 1,0 1,5 193 95723_r_atAI841464 2610009E Parathymosin (zinc binding 11.5 kDA protein -1,2-1,6 -1,3 -1,1 818 100494_atM30641 Fgf1 fibroblast growth factor 1 -1,4-1,3 -1,9 -1,4 94 96038_atAI840339 Rnase4 ribonuclease, RNase A family 4 -2,3-1,6 -1,8 2,0 458 103001_atU43836 Vegfb vascular endothelial growth factor B 1,51,5 1,5 -1,0 81 103794_i_atAA986114 Timd2 T-cell immunoglobulin and mucin domain -1,7-1,5 -1,6 1,0 31 160292_atAW123987 Ecgf1 endothelial cell growth factor 1 1,11,1 -1,7 -1,2 490 97335_atAA795198 Timd2 T-cell immunoglobulin and mucin domain -1,5-2,0 -1,7 -1,2 224 161666_f_atAV138783 Gadd45b growth arrest and DNA-damage-inducible 45 1,43,0 2,2 -1,1 17 100397_atAF024637 Tyrobp TYRO protein tyrosine kinase binding protein 1,21,0 2,4 1,2 44 93661_atU04379 Zap70 zeta-chain (TCR) associated protein kinase -1,7-2,3 -2,2 -1,8 78 5 cell proliferation 93662_s_atAI386093 Zap70 zeta-chain (TCR) associated protein kinase -2,5-3,2 -3,6 -1,8 173 92471_i_atAF099973 Slfn2 schlafen 2 1,11,2 1,6 -1,0 53 103422_atM63695 Cd1d1 CD1d1 antigen 1,01,2 -1,6 -1,3 455 162014_i_atAV248951 Tax1bp3 Tax1 (human T-cell leukemia virus type I) -1,4-2,0 -1,9 -1,4 194 101897_g_atM63697 Cd1d2 CD1d2 antigen -1,01,4 -1,5 -1,7 945 93327_atAI842665 Tax1bp3 Tax1 (human T-cell leukemia virus type I) -1,1-1,1 1,6 -1,3 62 93445_atAF011428 Cd5l CD5 antigen-like 1,31,1 5,1 1,6 35 99191_atAI844939 Cri1 CREBBP/EP300 inhibitory protein 1 1,31,5 1,5 1,4 19 95661_atL08115 Cd9 CD9 antigen -1,11,9 2,2 -1,1 39 97228_atAI844417 Lzf leucine zipper domain protein 1,51,6 1,3 -1,1 137 98088_atX13333 Cd14 CD14 antigen 1,01,1 1,5 1,2 88 2 cell shape 100600_atM58661 Cd24a CD24a antigen 1,02,7 1,4 1,1 23 97160_atX04017 Sparc secreted acidic cysteine rich glycoprotein 1,71,7 4,0 1,1 27 93332_atL23108 Cd36 CD36 antigen 1,32,1 1,3 -1,4 33 98059_s_atD49733 Lmna lamin A 1,21,3 2,1 -1,1 142 94939_atX97227 Cd53 CD53 antigen 1,21,0 2,2 1,2 12 160493_atD16432 Cd63 Cd63 antigen 1,11,6 5,5 1,1 26

R ... Rosi vs untreated db/db ; W ... Wy vs untreated db/db ; T ... T09 vs untreated db/db ; + ... db/+ vs db/db Fold change page 1 <-5.0 <-2.0 <-1.5 >1.5 >2.0 >5.0 Supplementary Figure fold changes estimate fold changes estimate

affy ID#genbank ID# symbol gene name RWT + RWT + db/db affy ID#genbank ID# symbol gene name RWT + RWT + db/db

103016_s_atX68273 Cd68 CD68 antigen -1,0-1,0 1,8 1,2 34 99596_f_atM13963 Gnai2 guanine nucleotide binding protein, alpha 1,11,0 1,6 1,2 411 98129_atAI852553 Tmsb10 thymosin, beta 10 1,31,4 4,0 -1,2 68 99598_g_atAI841629 Gnai2 guanine nucleotide binding protein, alpha 1,11,1 1,6 1,1 290 99862_atAF025821 Ahsg alpha-2-HS-glycoprotein -1,6-2,3 -1,6 1,3 4606 101441_i_atAF031127 Itpr5 inositol 1,4,5-triphosphate receptor 5 -1,01,1 -1,2 1,9 32 161827_f_atAV105307 Hpxn hemopexin 1,2-1,5 2,0 1,6 1078 160530_atAW120976 Ghitm growth hormone inducible transmembrane 1,01,5 1,0 1,0 102 98116_atU89889 Hpxn hemopexin 1,2-1,5 1,9 1,4 1823 99107_atM31680 Ghr growth hormone receptor -1,7-1,7 -2,1 -1,2 214 102575_atS38219 Orm3 orosomucoid 3 1,5-1,8 1,7 -1,8 112 99108_s_atU15012 Ghr growth hormone receptor -1,7-2,3 -2,5 -1,0 496 96787_atAA880891 Serpina10 serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade -1,3-1,5 -1,1 1,4 441 104658_atD17444 Lifr leukemia inhibitory factor receptor -3,5-3,6 -4,0 3,4 330 160951_atAI645694 Serpina12 serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade -1,3-1,5 -1,4 8,2 47 104659_g_atD17444 Lifr leukemia inhibitory factor receptor -3,5-3,9 -4,1 3,2 197 101565_f_atM75720 Serpina1a serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade -1,3-1,7 -1,8 1,1 ? 99142_atAI834895 2310021 membrane progestin receptor alpha 1,91,9 1,2 1,0 96 101572_f_atM75721 Serpina1a serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade -1,4-2,0 -2,0 1,3 7060 104354_atX06368 Csf1r colony stimulating factor 1 receptor 1,2-1,0 1,5 1,2 50 101576_f_atM25529 Serpina1b serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade -1,2-1,7 -1,7 1,1 8856 160674_atAI596094 Trfr2 transferrin receptor 2 -1,2-1,4 -1,6 -1,3 547 100329_atX00945 Serpina1d serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade -1,4-2,2 -2,2 1,2 7106 92847_s_atX56831 M6pr mannose-6-phosphate receptor, cation 1,21,6 1,3 1,1 53 93109_f_atM75718 Serpina1d serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade -1,2-1,7 -1,8 1,1 8718 94828_atAF004927 Oprs1 opioid receptor, sigma 1 2,01,8 1,7 -1,3 428 101574_f_atM75717 Serpina1e serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade -1,3-1,9 -2,0 1,3 6961 97507_atX67809 Lgals3bp lectin, galactose binding, soluble, 3 binding 1,21,3 1,8 -1,0 84 102707_f_atX61597 Serpina3c serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade -1,7-3,0 -2,2 -1,1 700 94801_atAI607332 Pgrmc2 progesterone receptor membrane component 1,61,6 1,1 -1,1 35 92583_atD00725 Serpina3k serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade -1,9-3,0 -3,3 -1,1 64 96104_atAI047107 3732413I RIKEN cDNA 3732413I11 gene 1,31,6 3,2 1,2 30 102816_atX69832 Serpina3 serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade -2,8-3,6 -2,7 -1,8 696 96534_atAA408956 Vldlr very low density lipoprotein receptor 1,32,0 1,1 -1,0 11 104374_atM64086 Serpina3n serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade -1,6-1,5 -1,5 1,0 806 55 signal transduction 96227_atX70533 Serpina6 serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade -1,31,1 -1,8 -1,6 859 99106_atAF071315 Cops6 COP9 (constitutive photomorphogenic) 1,21,8 1,2 -1,3 448 96060_atU25844 Serpinb6a serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade 1,31,3 4,3 1,7 20 96592_atU50413 Pik3r1 phosphatidylinositol 3-kinase, regulatory -1,11,5 1,2 -1,4 54 100966_atU07425 Serpind1 serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade -1,6-1,5 -1,8 1,1 1025 102338_atAF031147 Pde9a 9A -1,2-1,6 -1,3 1,1 34 101928_atZ36774 Serpinf2 serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade -1,5-2,3 -1,9 1,3 590 100555_atAI846152 Dscr1 Down syndrome critical region homolog 1 -1,3-1,7 -1,1 -2,4 131 94817_atX60676 Serpinh1 serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade -1,11,1 1,7 -1,1 32 161610_atAV349686 Ndr2 N-myc downstream regulated 2 -1,4-1,8 -2,7 1,5 419 97444_atAI844520 Ifi30 interferon gamma inducible protein 30 1,21,2 2,3 1,0 39 96088_atAB033921 Ndr2 N-myc downstream regulated 2 -1,3-1,9 -2,4 1,1 1165 104407_atL25274 Alcam activated leukocyte cell adhesion molecule -1,1-1,0 1,2 1,8 17 104268_atX51975 Il6ra interleukin 6 receptor, alpha -1,5-1,9 -1,9 -1,0 92 93454_atAF081789 C1qr1 complement component 1, q subcomponent, 1,01,0 1,6 -1,1 31 102321_atM93422 Adcy6 adenylate cyclase 6 1,31,5 1,2 -1,0 54 102961_atAI118358 Hrg histidine-rich glycoprotein -1,7-2,7 -3,1 -1,0 1043 104412_atAI153412 Gnai1 guanine nucleotide binding protein, alpha 1,41,8 1,1 -1,1 27 100882_atAF003525 Defb1 defensin beta 1 1,22,2 1,2 -1,1 19 161609_atAV349152 Rgs16 regulator of G-protein signaling 16 1,0-2,8 -2,4 -2,1 83 92852_atM18194 Fn1 fibronectin 1 -1,5-1,3 -1,4 -1,1 408 93783_atM27347 Ela1 elastase 1, pancreatic 1,21,0 1,1 2,4 120 104388_atU49513 Syca9 chemokine (C-C motif) ligand 9 1,81,2 2,6 1,5 127 97227_atM63659 Gna12 guanine nucleotide binding protein, alpha 12 -1,11,0 -1,3 -1,8 43 99671_atX04673 Adn adipsin 13,5-1,0 -1,1 1,1 34 92647_atU35141 Rbbp4 retinoblastoma binding protein 4 -1,1-1,1 -1,1 1,8 52 104424_atX05475 C9 complement component 9 -2,4-5,4 -2,0 1,8 1044 93559_atD90374 Apex1 apurinic/apyrimidinic 1 1,11,5 1,4 1,1 105 101853_f_atM12660 Cfh complement component -1,3-1,5 -1,7 1,2 195 97458_atAI845935 Gnb1 guanine nucleotide binding protein, beta 1 1,51,0 1,4 1,2 114 94743_f_atM29009 Cfh complement component factor h -1,6-2,1 -2,1 1,2 300 93771_atX84215 Gjb1 gap junction membrane channel protein beta -1,4-1,3 -1,7 -1,1 1025 94994_atM29007 Cfh complement component factor h -1,8-1,8 -1,9 -1,2 62 102366_atAA718169 Retn resistin 3,7-1,2 -1,1 1,0 47 103458_atM35525 Hc hemolytic complement -1,5-1,9 -1,4 2,2 535 93212_atZ97207 AW74231 butyrate-induced transcript 1 1,02,1 1,0 -1,8 81 101468_atX12905 Pfc factor, complement 1,21,0 1,8 -1,0 23 160320_atU58883 Sorbs1 sorbin and SH3 domain containing 1 1,61,8 1,4 -1,3 114 98562_atX58861 C1qa complement component 1, q subcomponent, 1,2-1,1 2,1 1,2 80 97803_atU38196 Mpp1 membrane protein, palmitoylated 1,22,1 1,9 1,0 116 96020_atM22531 C1qb complement component 1, q subcomponent, 1,5-1,0 3,1 1,2 61 93747_atAW122599 Hspc121- butyrate-induced transcript 1 1,12,2 1,2 -1,0 644 92223_atX66295 C1qg complement component 1, q subcomponent, 1,1-1,0 1,9 1,0 140 97909_atAI838080 Stmn1 stathmin 1/oncoprotein 18 1,11,9 2,7 -1,2 54 103673_atM57891 C2 (within H-2S) -1,1-1,4 -1,1 1,7 109 103020_s_atAI317205 Map3k1 mitogen activated protein kinase kinase 1,21,1 1,4 1,6 26 102799_atM17122 C4bp binding protein -1,5-2,8 -1,7 -1,2 927 102195_atU88984 Map4k4 mitogen-activated protein kinase kinase 1,31,4 1,6 -1,0 17 103033_atX06454 C4 complement component 4 (within H-2S) 1,1-1,8 -1,1 1,5 1675 93285_atAI845584 Dusp6 dual specificity 6 1,21,2 2,0 -1,4 57 99927_atU47810 Cfi complement component factor i -1,3-1,5 -1,3 1,2 1132 161257_r_atAV321519 Snx17 sorting nexin 17 -1,2-1,3 -1,5 2,4 61 101474_atU09010 Mbl1 mannose binding lectin, liver (A) -1,3-1,6 -1,7 -1,2 235 96199_atAF073996 Mtm1 X-linked myotubular myopathy gene 1 1,11,8 1,2 1,0 23 97427_atU09016 Mbl2 mannose binding lectin, serum (C) -2,0-3,0 -2,1 1,0 306 98927_atAI851048 Rab6 RAB6, member RAS oncogene family -1,6-1,1 -1,1 1,1 142 99081_atAF010254 Serping1 serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade -1,7-1,6 -1,8 -1,0 2005 101254_atL32751 Ran RAN, member RAS oncogene family 1,01,5 1,4 -1,1 850 104726_atAA670737 C8G Complement component C8 gamma chain 1,0-1,6 -1,6 1,2 1187 162011_f_atAV246963 Arhu ras homolog gene family, member U 1,31,5 1,4 -1,1 115 92291_f_atM29008 Cfhl1 complement component factor h-like 1 -1,2-1,7 -1,8 1,3 188 96747_atAW121294 Arhu ras homolog gene family, member U 1,81,9 1,8 1,1 106 102736_atM19681 Ccl2 chemokine (C-C motif) ligand 2 = MCP-1 1,11,0 3,7 -1,0 12 97991_atX02452 Kras2 Kirsten rat sarcoma oncogene 2, expressed 1,11,3 1,6 1,0 19 95348_atJ04596 Cxcl1 chemokine (C-X-C motif) ligand 1 1,21,1 1,3 2,7 40 94394_atM21019 Rras Harvey rat sarcoma oncogene, subgroup R 1,31,2 1,9 -1,1 83 95349_g_atJ04596 Cxcl1 chemokine (C-X-C motif) ligand 1 1,21,0 1,2 2,6 41 103062_atAB004664 Rab33b RAB33B, member of RAS oncogene family -1,1-1,0 -1,0 1,6 38 100112_atL12030 Cxcl12 chemokine (C-X-C motif) ligand 12 -1,5-1,5 -1,8 -1,1 212 95516_atAB027290 Rab9 RAB9, member RAS oncogene family 1,12,3 1,3 -1,1 190 160511_atL12029 Cxcl12 chemokine (C-X-C motif) ligand 12 -1,1-1,3 -1,5 1,1 64 95547_atD89821 Rhod ras homolog gene family, member D 1,31,3 1,6 -1,1 98 162234_f_atAV139913 Cxcl12 chemokine (C-X-C motif) ligand 12 -1,2-1,4 -1,6 -1,1 60 94362_atAI843682 Nras neuroblastoma ras oncogene 1,11,5 1,6 1,6 54 97519_atX13986 Spp1 secreted phosphoprotein 1 -1,11,6 3,6 1,2 129 101030_atX99963 Arhb ras homolog gene family, member AB 1,01,4 1,8 1,2 58 101487_f_atU47737 Ly6e lymphocyte antigen 6 complex, locus E -1,2-1,9 1,8 2,1 1113 96056_atX80638 Arhc ras homolog gene family, member C 1,11,2 1,6 1,0 56 97312_atAB014464 Cd164 CD164 antigen -1,2-1,2 -1,1 1,5 262 93687_r_atU39904 Cit citron -1,3-1,4 -1,7 1,2 32 99624_atAW125517 Igk-V4 immunoglobulin kappa chain variable 4 (V4) 1,21,4 1,6 1,1 160 160840_atAI853706 Arhgef3 Rho guanine nucleotide exchange factor 1,21,8 1,2 1,0 24 104750_atM63630 Ifi47 interferon gamma inducible protein -1,1-1,2 1,0 2,4 44 160977_atAA726063 Arhgef5 Rho guanine nucleotide exchange factor 1,21,3 1,6 1,1 18 93775_atAI841894 D12Ertd6 DNA segment, Chr 12, ERATO Doi 647, -1,3-1,3 1,3 1,7 330 96360_atAW125498 Arhgdia Rho GDP dissociation inhibitor (GDI) alpha 1,41,5 2,0 1,2 204 100611_atM21050 Lyzs lysozyme 1,01,1 3,2 1,5 26 98485_atAI850288 Rhpn2 rhophilin, Rho GTPase binding protein 2 1,21,6 2,3 1,2 12 101078_atY16258 Bsg 1,71,7 1,5 -1,7 428 98545_atX78683 Bcap37 B-cell receptor-associated protein 37 1,31,8 1,0 -1,2 270 92866_atX52643 H2-Aa histocompatibility 2, class II antigen A, alpha 1,1-1,1 1,9 1,2 95 96033_atZ22532 Sdc1 syndecan 1 -1,3-1,6 -1,3 -1,7 202 102904_atV00833 H2-Ea histocompatibility 2, class II antigen E alpha 1,21,1 2,6 1,3 30 100561_atAW209098 Iqgap1 IQ motif containing GTPase activating protein 1,11,2 1,6 1,1 17 97541_f_atX00246 H2-D1 histocompatibility 2, D region locus 1 1,2-1,2 1,2 1,5 434 104432_atAF016482 Arhn ras homolog N (RhoN) 1,1-1,5 -1,0 -1,8 92 92837_f_atM65736 Mug1 murinoglobulin 1 -2,8-4,0 -4,5 1,2 1406 98084_atAI849834 Arl2bp ADP-ribosylation factor-like 2 binding protein 1,41,5 1,6 1,0 129 AFFX-MurIL4M25892 Il4 interleukin 4 1,81,1 -1,3 -1,4 565 99475_atU88327 Socs2 suppressor of cytokine signaling 2 -1,01,1 1,0 1,7 21 100325_atM65027 Gp49a glycoprotein 49A 1,01,1 1,5 1,1 9 160758_atAW124855 Sec13l-pe RIKEN cDNA 2610007A16 gene 1,21,6 1,2 1,3 27 94448_atAJ006289 Bcl10 B-cell leukemia/lymphoma 10 1,31,4 1,5 1,1 47 162206_f_atAV374868 Socs3 suppressor of cytokine signaling 3 -1,1-1,1 -1,0 1,6 26 100436_atM27008 Orm1 orosomucoid 1 -1,2-1,8 -1,0 1,2 995 96935_atAW011791 Map17-pe RIKEN cDNA 2700030M23 gene 1,51,6 1,9 1,2 72 100437_g_atM27008 Orm1 orosomucoid 1 -1,1-2,0 1,3 1,1 4717 93896_atD13903 Ptprd protein tyrosine phosphatase, receptor type, -1,3-1,4 -1,6 -1,1 74 94734_atM12566 Orm2 orosomucoid 2 -1,1-2,4 2,5 -3,7 507 162231_r_atAV309750 Mesdc2 mesoderm development candiate 2 -1,3-1,5 -1,3 -1,5 19 104606_atM55561 Cd52 CD52 antigen 1,0-1,0 1,8 1,0 35 11 stress response 96867_atD44593 Azgp1 alpha-2-glycoprotein 1, zinc -1,2-1,4 -1,7 -1,1 1070 96048_atU50631 Hrsp12 heat-responsive protein 12 -1,0-1,0 -1,7 -1,2 459 101516_atU60473 Cd59a CD59a antigen -1,2-2,4 -2,0 -1,5 418 95057_atAI846938 Herpud1 homocysteine-inducible, endoplasmic -1,4-1,7 -2,0 -1,1 475 95415_f_atAI132585 C1r complement component 1, r subcomponent -1,4-2,1 -1,3 1,7 183 96831_atAA755004 Pdir-pendi protein disulfide -related -1,5-2,0 -1,8 1,1 104 7 insulin-like growth factor 162220_r_atAV111954 Ucp2 uncoupling protein 2 (mitochondrial, proton -1,5-1,2 -1,7 -1,7 26 95117_atU04710 Igf2r insulin-like growth factor 2 receptor 1,21,2 1,6 1,2 64 94343_atAI604013 Dnajc3 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member -1,2-1,4 -1,3 1,5 80 98627_atX81580 Igfbp2 insulin-like growth factor binding protein 2 -1,32,3 1,7 5,7 173 101955_atAJ002387 Hspa5 heat shock 70kD protein 5 (glucose-regulated -1,3-1,8 -1,6 1,5 841 101571_g_atX76066 Igfbp4 insulin-like growth factor binding protein 4 -1,4-2,4 -2,4 -1,1 1209 95282_atJ04633 Hspca heat shock protein 1, alpha 1,11,7 1,7 1,2 181 100566_atL12447 Igfbp5 insulin-like growth factor binding protein 5 -2,4-2,4 -1,3 -2,3 75 93277_atX53584 Hspd1 heat shock protein 1 (chaperonin) 1,21,7 1,2 1,1 458 97987_atU66900 Igfals insulin-like growth factor binding protein, acid -1,8-1,8 -2,5 1,1 294 95654_atAF109905 Hspa1l heat shock protein 1-like 1,21,1 2,2 1,1 32 95545_atX04480 Igf1 insulin-like growth factor 1 -1,5-1,8 -2,0 -1,1 803 93875_atM12571 Hspa1a heat shock protein 1A -1,11,0 1,9 -1,1 30 95546_g_atX04480 Igf1 insulin-like growth factor 1 -2,0-2,9 -3,1 -1,3 801 95505_atAW060509 Tor1b torsin family 1, member B 1,11,6 1,5 1,2 36 1 protein amino acid phosphorylation 2 thyroid hormone 97429_atAW048113 Snrk SNF related kinase 1,72,0 1,3 1,0 57 95350_atD00073 Ttr transthyretin -1,2-2,3 -1,8 1,2 854 38 receptor 95552_atU49861 Dio1 deiodinase, iodothyronine, type I 1,7-1,5 -2,2 3,2 74 93433_s_atD13517 Asgr1 asialoglycoprotein receptor 1 -1,2-1,8 -1,6 -1,6 1360 40 transporter 96674_atAW123553 D6Ertd31 DNA segment, Chr 6, ERATO Doi 313, 1,21,2 1,2 1,5 48 94563_atAJ011080 Afm afamin -1,3-1,4 -1,8 1,4 189 92937_atX59927 Fgfr4 fibroblast growth factor receptor 4 -1,4-1,3 -1,5 -1,2 77 92531_atAI844545 Tloc1 translocation protein 1 -1,01,0 -1,1 1,6 21 93872_atAF014117 Gfra1 glial cell line derived neurotrophic factor family -2,1-2,5 -2,0 -1,3 77 160590_r_atAI853323 Vdac2 voltage-dependent anion channel 2 1,31,1 1,6 -1,4 164 99926_atAB001489 Pigr polymeric immunoglobulin receptor -1,4-4,6 -4,3 1,6 1838 102703_s_atU48398 Aqp4 aquaporin 4 1,2-1,2 -1,9 -2,6 49 93926_atM22957 Prlr prolactin receptor -2,0-2,2 -2,7 -2,6 236 102704_atU88623 Aqp4 aquaporin 4 1,3-1,2 -1,9 -3,0 73 95030_atD10214 Prlr prolactin receptor -1,2-1,2 -1,2 -1,6 94 102200_atAF018952 Aqp8 aquaporin 8 1,71,2 2,6 1,0 189 95586_atAF089751 P2rx4 purinergic receptor P2X, ligand-gated ion 1,21,2 1,6 1,6 99 103899_atAA690863 Atp11a ATPase, class VI, type 11A 1,21,1 1,4 1,6 11 93871_atL32838 Il1rn interleukin 1 receptor antagonist 1,22,7 1,4 -1,1 26 94255_g_atAI845237 Clic4 chloride intracellular channel 4 (mitochondrial) 1,21,3 1,5 1,4 56 93914_atM20658 Il1r1 interleukin 1 receptor, type I -1,11,0 -1,0 1,9 30 97288_atAW260404 Pdzk1 PDZ domain containing 1 1,1-1,3 1,2 1,9 49 99491_atU53696 Il10rb interleukin 10 receptor, beta 1,31,2 1,7 1,3 45 94464_atAF029347 Clcn3 chloride channel 3 1,51,6 1,2 1,4 40 101840_atL06864 Egfr epidermal growth factor receptor -1,7-1,8 -1,8 1,7 64 93573_atV00835 Mt1 metallothionein 1 -1,2-1,2 -1,1 -10,7 1422 101841_atAW049716 Egfr epidermal growth factor receptor -4,2-5,2 -4,7 2,5 136 101561_atK02236 Mt2 metallothionein 2 -1,4-1,6 -1,3 -11,1 1527 101842_g_atAW049716 Egfr epidermal growth factor receptor -3,1-3,4 -3,1 2,5 219 97473_atAW124470 Tm4sf7 transmembrane 4 superfamily member 7 -1,6-1,8 -1,2 -1,3 245 160172_atY13832 Lphn1 latrophilin 1 -1,7-1,9 -1,7 -1,4 188 97680_atM65237 Mug-ps1 murinoglobulin, pseudogene 1 -2,2-3,4 -3,4 1,2 4406 160173_atAI852838 Lphn1 latrophilin 1 -2,1-2,2 -2,4 -1,3 52 102973_f_atM65238 Mug2 murinoglobulin 2 -1,8-2,8 -3,1 1,3 448 95474_atAW123850 F2r coagulation factor II (thrombin) receptor 1,0-1,2 1,3 1,7 137 101566_f_atM17818 Mup1 major urinary protein 1 1,1-1,2 -2,1 1,6 3921 104135_atAW045474 Arl3 ADP-ribosylation factor-like 3 -1,3-1,7 -1,4 -1,1 43 101910_f_atM16359 Mup1 major urinary protein 1 -1,7-3,4 -5,5 1,4 6040 92340_atY12738 Adra1b adrenergic receptor, alpha 1b -1,1-1,4 -1,4 -1,6 105 102096_f_atAI255271 Mup2 major urinary protein 2 -1,2-1,8 -4,2 2,0 1318 161189_r_atAV240013 Avpr1a arginine vasopressin receptor 1A 1,0-1,0 -1,1 2,2 12 161815_f_atAV355798 Mup2 major urinary protein 2 1,0-1,3 -2,7 1,8 1799 92532_atD49730 Avpr1a arginine vasopressin receptor 1A -1,2-1,0 -1,3 1,6 33 101909_f_atM16357 Mup3 major urinary protein 3 -1,8-3,3 -4,6 1,4 7048

R ... Rosi vs untreated db/db ; W ... Wy vs untreated db/db ; T ... T09 vs untreated db/db ; + ... db/+ vs db/db Fold change page 2 <-5.0 <-2.0 <-1.5 >1.5 >2.0 >5.0 Supplementary Figure fold changes estimate fold changes estimate

affy ID#genbank ID# symbol gene name RWT + RWT + db/db affy ID#genbank ID# symbol gene name RWT + RWT + db/db

101682_f_atM16358 Mup4 major urinary protein 4 -1,4-2,6 -3,7 1,8 2450 98956_atAI844979 Tram1 translocating chain-associating membrane -1,3-1,9 -1,2 1,4 260 101635_f_atM16360 Mup5 major urinary protein 5 -1,1-1,9 -2,5 1,6 2607 22 proteolysis & peptidolysis 161799_r_atAV350205 Kcnj9 potassium inwardly-rectifying channel, -1,7-1,2 -1,7 -1,9 89 100610_atAF058298 Capns1 calpain, small subunit 1 1,21,1 1,5 -1,1 194 96708_atAW120643 Tmed3 RIKEN cDNA 1200002G13 gene 1,0-1,2 1,1 1,5 48 104109_atAI853773 Fbxo21 F-box only protein 21 1,31,8 -1,4 1,5 75 97535_atD87661 Ywhah tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 1,21,4 1,9 -1,1 58 104182_atAI042655 Hgfac hepatocyte growth factor activator -1,1-1,8 -1,6 1,0 260 93070_atAI847564 Kpnb3 karyopherin (importin) beta 3 1,31,6 1,4 1,2 32 93261_atAJ000990 Lgmn legumain 1,1-1,1 2,3 1,1 39 160564_atX81627 Lcn2 lipocalin 2 1,2-1,3 4,4 -2,2 47 93025_atAI835257 Ndfip1 Nedd4 family interacting protein 1 -1,4-1,4 -1,5 1,0 550 101588_atAF058055 Slc16a1 solute carrier family 16 (monocarboxylic acid 1,31,7 1,3 -1,2 16 101985_atJ04766 Plg plasminogen -1,2-1,6 -1,9 1,1 2544 103065_atM73696 Slc20a1 solute carrier family 20, member 1 -1,11,3 2,1 1,2 54 92230_atAI642033 4930472 RIKEN cDNA 4930472G13 gene 1,52,1 1,4 -1,1 16 161149_r_atAV222871 Slc23a3 solute carrier family 23 (nucleobase -1,7-1,1 -1,5 -1,6 52 101040_atD38117 Capn2 calpain 2 1,52,0 1,6 1,1 68 102991_s_atAF100956 Slc39a7 solute carrier family 39 (zinc transporter), 1,51,1 -1,1 -1,1 147 103882_atAI182588 Cpn1 carboxypeptidase N, polypeptide 1 1,41,5 1,1 -1,1 323 103510_atM97632 Slc6a12 solute carrier family 6 (neurotransmitter 1,1-1,4 -1,7 -1,0 112 98481_atAB009459 Masp2 mannan-binding lectin serine protease 2 1,11,0 -1,5 -1,0 159 98322_atAB015800 Slc22a5 solute carrier family 22 (organic cation 1,34,8 1,3 -1,2 39 95338_s_atM82831 Mmp12 matrix metalloproteinase 12 -1,11,1 1,6 -1,0 17 95733_atAI838274 Slc29a1 solute carrier family 29 (nucleoside -1,3-1,9 -1,7 -1,0 488 95339_r_atM82831 Mmp12 matrix metalloproteinase 12 1,1-1,1 1,8 1,1 27 101877_atAI854432 Slc31a1 solute carrier family 31, member 1 -1,3-1,5 -1,8 -1,1 352 94831_atM65270 Ctsb cathepsin B 1,1-1,1 1,5 -1,2 1405 103845_atAI839005 Slc31a1 solute carrier family 31, member 1 -1,2-1,3 -1,5 -1,0 211 95608_atAI851255 Ctsb cathepsin B 1,11,3 1,9 -1,1 32 97320_atAI842734 Slc39a4 solute carrier family 39 (zinc transporter), 1,21,3 1,7 1,3 163 93810_atX68378 Ctsd cathepsin D 1,71,5 1,9 -1,2 535 104267_atAI844736 Slc23a2 solute carrier family 23 (nucleobase 1,21,7 1,1 1,1 51 104696_atAJ009840 Ctse cathepsin E 1,22,6 1,1 -1,1 16 98457_atAF020195 Slc4a4 solute carrier family 4 (anion exchanger), 1,31,8 1,2 -1,2 38 101963_atX06086 Ctsl cathepsin L -1,5-1,5 1,1 -1,0 606 96077_atX77241 Slc17a1 solute carrier family 17 (sodium phosphate), -1,3-1,7 -1,2 -1,4 21 98543_atAJ223208 Ctss cathepsin S 1,4-1,0 3,2 1,6 56 17 vesicle-mediated transport 92633_atAJ242663 Ctsz cathepsin Z 1,2-1,3 1,8 1,3 162 92220_s_atU60884 Bin1 bridging integrator 1 1,01,2 1,5 1,1 42 104036_atAI845447 Dpp7 dipeptidylpeptidase 7 1,31,6 1,8 1,3 76 95593_atAW125446 Golph2 golgi phosphoprotein 2 -1,01,9 1,2 1,0 58 161626_f_atAV028204 Plg plasminogen -1,2-1,3 -1,6 1,1 2925 99143_atAA614914 Tgoln1 trans-golgi network protein 1,41,7 1,2 -1,1 245 102284_atD16492 Masp1 mannan-binding lectin serine protease 1 -1,2-1,8 -1,7 1,4 80 99144_s_atD50031 Tgoln1 trans-golgi network protein 1,11,9 1,0 -1,2 164 59 regulation of transcription 93881_i_atD50032 Tgoln2 trans-golgi network protein 2 1,21,7 1,1 -1,3 32 98455_atU46026 Atf2 activating transcription factor 2 -1,2-1,2 -1,4 1,6 63 93882_f_atD50032 Tgoln2 trans-golgi network protein 2 1,62,2 1,3 -1,3 39 104155_f_atU19118 Atf3 activating transcription factor 3 1,11,4 1,9 1,2 23 160734_atAF084575 Ap3s1 adaptor-related protein complex 3, sigma 1 1,31,6 1,4 -1,2 74 160495_atM94623 Ahr aryl-hydrocarbon receptor -1,9-1,2 -1,2 1,3 35 93711_atD12713 Sec23a Sec23A (S. cerevisiae) -1,21,2 -1,1 -1,5 51 94466_f_atU19891 Cebpa-rs CCAAT/enhancer binding protein alpha 1,11,2 1,1 1,5 69 99847_atX73523 Siat4a sialyltransferase 4A (beta-galactoside -1,4-1,6 -1,3 -1,2 132 160502_atAF084524 Creg cellular repressor of E1A-stimulated -1,21,5 1,0 -1,9 352 104642_atD88577 Clecsf13 C-type (calcium dependent, carbohydrate 1,2-1,1 1,8 1,4 92 93546_s_atD14572 Cbfb core binding factor beta 1,01,3 1,4 1,6 106 98944_atAI848343 Sec23b Sec23B (S. cerevisiae) -1,1-1,5 -1,2 1,3 172 93547_atL03279 Cbfb core binding factor beta 1,11,2 1,4 1,5 258 95531_atAI854771 Amot angiomotin -1,21,3 1,5 -1,0 24 98083_atAW049031 Copeb core promoter element binding protein 1,11,5 1,8 -1,0 36 161406_atAV280754 Rnp24 Cop-coated vesicle membrane protein p24 -1,4-1,2 -1,6 -1,1 27 96023_atAI852472 D8Wsu15 DNA segment, Chr 8, Wayne State University 1,71,6 1,4 -1,3 21 160252_atAI840975 Cltc clathrin, heavy polypeptide (Hc) 1,01,4 1,5 1,0 333 94246_atJ04103 Ets2 E26 avian leukemia oncogene 2, 3' domain 1,11,3 1,8 -1,1 54 102208_atAI153959 Siat10 sialyltransferase 10 1,32,0 1,0 -1,0 17 98579_atM28845 Egr1 early growth response 1 1,31,9 1,5 2,3 40 99087_atAW060179 ZWINT ZW10 interactor (ZW interacting protein-1) 1,21,7 1,3 -1,1 273 103891_i_atAI197161 Ell2 elongation factor RNA polymerase II 2 -1,4-1,0 -1,6 1,7 101 96667_atAI851542 Vps41 vacuolar protein sorting 41 (yeast) 1,31,5 1,2 -1,0 87 98324_atX74938 Hnf-3g forkhead box A3 -1,2-1,2 1,1 2,0 56 155 Genetic Information Processing 92713_atD29015 Hnf4 hepatic nuclear factor 4 -1,4-1,4 -1,5 -1,3 233 19 DNA 100130_atX12761 Jun Jun oncogene 1,41,7 1,6 1,0 53 103460_atAI849939 Ddit4 DNA-damage-inducible transcript 4 -1,4-1,5 -1,4 -1,7 64 93753_atAI852632 Litaf LPS-induced TN factor 1,1-1,0 1,6 -1,1 80 97896_r_atAW125218 Hat1 histidine aminotransferase 1 1,11,5 1,6 1,2 16 100307_atAA002843 Lyl1 lymphoblastomic leukemia -1,3-1,5 -1,5 1,5 43 96806_atAI843802 Lpin2 lipin 2 1,82,1 1,7 -1,1 163 94289_r_atAI851574 Maged2 melanoma antigen, family D, 2 1,31,3 1,6 -1,0 49 100144_atX07699 Ncl nucleolin 1,11,6 1,5 1,0 306 96495_atU86338 Myt1l myelin transcription factor 1-like -1,3-1,2 -1,5 -1,1 140 98587_atX61449 Nap1l1 nucleosome assembly protein 1-like 1 1,42,0 1,4 -1,2 55 104712_atL00039 Myc myelocytomatosis oncogene 1,01,3 1,6 1,1 9 93987_f_atAW121568 Orc5l origin recognition complex, subunit 5-like 1,41,8 1,8 2,5 233 103654_atAB018374 Nsbp1 nucleosome binding protein 1 -1,5-1,3 -1,6 1,0 138 101065_atX57800 Pcna proliferating cell nuclear antigen -1,11,3 1,8 -1,0 80 102344_s_atAI132239 Tcea3 transcription elongation factor A (SII), 3 -1,8-1,3 -1,4 -1,3 98 103944_atU92068 Rad51l1 RAD51-like 1 (S. cerevisiae) 4,510,7 4,8 1,0 23 94821_atAW123880 Xbp1 X-box binding protein 1 -1,3-1,7 -1,4 1,9 272 99621_s_atAA690583 Sfpq splicing factor proline/glutamine rich 1,11,5 1,6 1,4 20 160617_atAW125783 Klf13 Kruppel-like factor 13 -1,6-1,6 -1,9 -1,1 113 98463_atAW124186 Smarca4 SWI/SNF related, matrix associated, actin 2,31,0 1,6 -1,2 111 160869_atAI849490 Sirt3 sirtuin 3 (silent mating type information -1,1-1,2 -1,9 -1,6 211 161077_f_atAV252495 Smarcd2 SWI/SNF related, matrix associated, actin -1,1-1,6 -1,4 -1,1 288 98038_atAF022465 Hmgb3 high mobility group box 3 1,42,5 1,9 1,3 64 99457_atX82786 Mki67 antigen identified by monoclonal antibody Ki 1,11,2 1,9 1,1 11 99158_atU58888 Sh3d3 SH3 domain protein 3 1,21,4 1,6 -1,3 110 162169_r_atAV047268 Hist1h2bp histone 1, H2bp -1,5-1,2 -1,5 -1,2 77 103553_atAA867646 Mcm10 minichromosome maintenance deficient 10 -1,1-1,3 -1,8 2,1 85 93068_r_atU62674 Hist2h2aa histone 2, H2aa1 -1,1-1,1 -1,5 -1,2 248 100062_atX62154 Mcm3 minichromosome maintenance deficient 3 (S. 1,01,5 1,7 -1,3 18 93019_atZ35401 H2afx H2A histone family, member X 1,11,2 1,7 1,1 74 160496_s_atAA929330 Mcm3 minichromosome maintenance deficient 3 (S. 1,01,7 1,8 -1,1 37 104230_atAI225445 Dclre1a DNA cross-link repair 1A, PSO2 homolog (S. -1,7-1,5 -2,0 -2,6 91 93041_atD26089 Mcm4 minichromosome maintenance deficient 4 -1,11,9 1,6 -1,1 31 93994_atAW212131 Sycp3 synaptonemal complex protein 3 1,41,2 -1,7 -2,4 343 100156_atD26090 Mcm5 minichromosome maintenance deficient 5, -1,11,8 1,7 -1,2 47 94897_atD87896 Gpx4 glutathione peroxidase 4 1,6-1,0 1,4 -1,5 247 96672_atAW123564 Hod homeobox only domain -1,01,0 -1,5 1,6 221 97421_atU42385 Smc2l1 SMC2 structural maintenance of 1,01,4 1,6 1,0 10 103671_atAF061972 Htatip2 HIV-1 tat interactive protein 2, homolog 1,31,6 1,7 -1,2 59 160182_atAI846595 Sfrs6 splicing factor, arginine/serine-rich 6 1,21,2 1,4 1,6 67 1 protein amino acid dephosphorylation 100050_atM31885 Idb1 inhibitor of DNA binding 1 1,42,6 1,9 -1,0 43 160862_atAF035645 Ptp4a3 protein tyrosine phosphatase 4a3 -1,01,5 1,2 -1,3 44 97334_atAW048812 Hes6 hairy and enhancer of split 6 (Drosophila) -1,0-1,8 -1,4 1,4 107 2 protein amino acid phosphorylation 96703_atAB029448 Maged1 melanoma antigen, family D, 1 1,21,3 1,5 1,2 187 93431_atZ38015 Dm15 dystrophia myotonica kinase, B15; -1,01,5 1,5 1,0 84 98465_f_atM31419 Ifi204 interferon activated gene 204 1,31,1 2,2 1,2 18 92310_atM96163 Snk serum-inducible kinase 1,21,5 1,6 1,0 81 94224_s_atM74123 Ifi205 interferon activated gene 205 1,11,1 2,3 1,4 17 11 protein biosynthesis 160215_atL12140 Aes amino-terminal enhancer of split -1,0-1,5 -1,4 -1,7 727 98149_s_atAW046496 1110033J RIKEN cDNA 1110033J19 gene -1,6-1,0 -1,4 -1,4 84 92440_atU73029 Irf6 interferon regulatory factor 6 -1,1-1,0 -1,3 1,6 44 95743_atAI846078 Paip2-pen RIKEN cDNA 2310050K10 gene -1,2-1,1 -1,5 1,1 72 95785_s_atY13361 Rab7 RAB7, member RAS oncogene family -1,2-1,1 1,0 -1,7 139 96016_atAW045665 Lamr1 Mus musculus cDNA clone MGC:67366 1,01,2 1,5 -1,1 164 92697_atU44752 Foxa1 forkhead box A1 -1,11,2 -1,1 1,6 28 95449_atAW049793 2310075 RIKEN cDNA 2310075G12 gene -1,3-1,4 -1,5 -1,2 343 92658_atAF010405 Foxq1 forkhead box Q1 1,0-1,2 -1,1 1,8 34 101007_atAI845732 Mknk2 MAP kinase-interacting serine/threonine 1,31,7 1,3 -1,3 209 160535_atX78709 Nfe2l1 nuclear factor, erythroid derived 2,-like 1 1,41,6 1,2 -1,1 201 102126_atX15962 Rps12 ribosomal protein S12 1,11,2 1,7 1,2 994 92562_atU70475 Nfe2l2 nuclear, factor, erythroid derived 2, like 2 1,01,7 2,1 -1,5 143 93270_atAI839918 Gars glycyl-tRNA synthetase 1,01,5 1,6 1,1 51 160859_s_atY07685 Nfib nuclear factor I/B -1,5-1,3 -1,7 -1,1 71 104144_atAW124369 Gtpbp2 GTP binding protein 2 1,11,3 1,5 1,2 97 99440_atY07686 Nfib nuclear factor I/B -1,6-1,2 -2,0 -1,2 109 93089_atX12507 Eif4a2 eukaryotic translation initiation factor 4A2 1,21,5 -1,1 1,3 197 101930_atY07688 Nfix nuclear factor I/X -1,5-1,7 -1,7 1,4 123 93859_atAI875598 Mtif2 mitochondrial translational initiation factor 2 -1,21,1 -1,7 1,1 79 102955_atU83148 Nfil3 nuclear factor, interleukin 3, regulated -1,2-1,6 -1,6 -1,1 27 94826_atY11460 Itgb4bp integrin beta 4 binding protein 1,1-1,0 1,8 -1,3 145 97123_atL76567 Nr0b2 nuclear receptor subfamily 0, group B, -1,2-1,4 -1,6 -1,2 173 16 protein catabolism 102171_r_atAI132241 Nr1i3 nuclear receptor subfamily 1, group I, -1,31,2 -2,0 -2,0 406 96890_atAW060971 1300002A RIKEN cDNA 1300002A08 gene 1,31,9 1,0 1,1 385 104507_g_atAF009328 Nr1i3 nuclear receptor subfamily 1, group I, -1,11,3 -1,9 -1,7 350 102052_atAA871791 1300003 RIKEN cDNA 1300003D03 gene 1,71,6 1,7 1,0 59 102668_atX57638 Ppara peroxisome proliferator activated receptor 1,11,5 -1,4 -1,3 300 97485_atAI850953 Pcl1-pend prenylcysteine oxidase 1 -1,01,6 1,5 -1,2 394 97926_s_atU10374 Pparg peroxisome proliferator activated receptor 1,41,0 1,5 -1,9 19 94833_atM91380 Fstl follistatin-like -1,01,1 1,6 -1,1 18 93264_atAI843895 Srebf1, sterol regulatory element binding factor 1 1,01,0 2,1 -1,1 733 100581_atU59807 Cstb cystatin B 1,11,4 2,2 -1,2 313 96192_atAF062567 Sp3 trans-acting transcription factor 3 1,42,0 1,4 1,5 31 94302_atAF013099 Psmd4 proteasome (prosome, macropain) 26S 1,31,9 1,3 -1,3 436 161595_atAV292586 Zfhx1a zinc finger homeobox 1a -1,4-1,6 -1,5 -1,1 23 98522_atAI839158 Psmd8 proteasome (prosome, macropain) 26S 1,21,5 2,1 -1,1 151 1 regulation of transcritpion 101510_atAB007136 Psme1 proteasome (prosome, macropain) 28 1,51,5 1,3 -1,1 227 101959_r_atX72310 Tfdp1 transcription factor Dp 1 1,11,7 1,5 1,0 29 94841_atAW048997 Psma5 proteasome (prosome, macropain) subunit, 1,21,5 1,1 -1,0 232 1 ribosome biogenesis 101558_s_atAB003304 Psmb5 proteasome (prosome, macropain) subunit, 1,41,5 1,4 -1,2 279 160531_atAC002397 Grcc2f gene rich cluster, C2f gene -1,3-1,7 -1,5 1,2 107 102791_atU22033 Psmb8 proteosome (prosome, macropain) subunit, -1,5-2,3 -1,3 1,3 154 8 RNA 92715_atAL078630 Ubd ubiquitin D 1,51,0 1,5 -1,0 19 97255_atAW061318 Cugbp2 CUG triplet repeat,RNA binding protein 2 1,41,5 1,2 1,1 15 161870_atAV359471 Usp15 ubiquitin specific protease 15 -1,0-1,3 -1,4 1,9 79 101634_atM33212 Npm1 nucleophosmin 1 1,01,5 1,2 1,3 227 95024_atAW047653 Usp18 ubiquitin specific protease 18 1,21,0 1,7 1,7 36 103888_atAA636171 Rbpms RNA binding protein gene with multiple 1,42,2 2,2 1,0 111 102776_atAI155095 Usp38 ubiquitin specific protease 38 1,21,5 -1,0 -1,0 63 98923_atAI852608 Rcl1 RNA cyclase homolog -1,2-1,3 -1,8 1,1 196 160247_atAW060527 Ube2v2 ubiquitin-conjugating E2 variant 2 1,21,3 1,5 -1,0 17 96041_atAB016424 Rbm3 RNA binding motif protein 3 1,61,2 1,9 -1,0 51 11 protein metabolism 93999_atAW060597 Snrpg small nuclear ribonucleoprotein polypeptide G 1,21,5 1,4 -1,0 115 97964_atAW122851 Fkbp11 FK506 binding protein 11 -1,1-1,1 1,6 1,9 67 98574_atAI835685 Prpf8 pre-mRNA processing factor 8 -1,4-1,1 -1,6 -1,2 201 92809_r_atX17069 Fkbp4 FK506 binding protein 4 -1,4-1,1 -1,6 1,0 97 103251_atAW125822 Cdadc1 RIKEN cDNA 2310010M10 gene -1,3-1,5 -1,5 1,0 58 102761_atAF041060 Grpel2 GrpE-like 2, mitochondrial 1,72,8 1,7 -1,2 50 1 RNP 94915_atX58990 Ppib peptidylprolyl isomerase B -1,2-1,5 -1,1 1,5 315 103793_atAI874858 Mvp major vault protein 1,31,4 1,7 -1,1 73 161400_f_atAV276050 Rpn1 ribophorin I -1,0-1,2 -1,1 1,6 61 97696_r_atM29015 Rpl7 ribosomal protein L7 1,31,1 1,6 1,6 1156 429 Metabolism 101966_s_atAF037206 Rnf13 ring finger protein 13 -1,3-1,1 -1,3 -1,5 353 100634_atAF056194 Rdh7 retinol dehydrogenase 7 -1,2-1,2 -1,6 1,1 1314 160257_atX60203 Fkbp1a FK506 binding protein 1a 1,31,7 2,2 1,3 114 93688_atD21826 Cmah cytidine monophospho-N-acetylneuraminic -1,4-1,7 -1,5 -1,2 39 94297_atU16959 Fkbp5 FK506 binding protein 5 -1,2-1,2 -1,3 -1,7 148 93542_atU28016 Pter phosphotriesterase related -1,5-1,3 -1,0 -1,1 123 101838_r_atAB007798 Ppm1b 1B, magnesium 1,11,1 -1,2 -1,7 86 1 acetyl-CoA biosynthesis 92850_atAI836446 Rrbp1 Mus musculus, clone IMAGE:4209489, 1,21,1 1,1 1,6 116 102049_atAJ001418 Pdk4 pyruvate dehydrogenase kinase, isoenzyme 4 1,812,5 2,3 1,1 25 3 protein targeting 2 acyl CoA metabolism 160291_atAI838624 Sec61a Sec61 alpha 1 subunit (S. cerevisiae) -1,3-1,6 -1,1 1,2 289 94850_atAJ238894 Acate3-pe acyl-Coenzyme A 3, 1,11,4 2,0 -1,2 18 160275_atAI840996 Sepr selenoprotein R -1,5-1,1 -1,6 -1,1 1831 160171_f_atAI854821 Acate2-pe RIKEN cDNA 0610041P13 gene 1,21,7 2,1 -1,1 27

R ... Rosi vs untreated db/db ; W ... Wy vs untreated db/db ; T ... T09 vs untreated db/db ; + ... db/+ vs db/db Fold change page 3 <-5.0 <-2.0 <-1.5 >1.5 >2.0 >5.0 Supplementary Figure fold changes estimate fold changes estimate

affy ID#genbank ID# symbol gene name RWT + RWT + db/db affy ID#genbank ID# symbol gene name RWT + RWT + db/db

1 amino acid activation 95066_atU67611 Taldo1 transaldolase 1 1,71,3 1,3 -1,4 327 100136_atM32017 Lamp2 lysosomal membrane glycoprotein 2 -1,3-1,3 -1,7 -1,1 315 101294_g_atZ84471 G6pd2 glucose-6-phosphate dehydrogenase 2 1,51,2 2,1 1,1 21 101964_atU05809 Tkt transketolase 1,51,3 1,5 -1,5 295 1 amino acid catabolism 95420_atAW120625 Pgd phosphogluconate dehydrogenase 1,31,4 2,0 -1,1 119 98966_atL42996 Dbt dihydrolipoamide branched chain -1,0-1,2 -1,6 1,1 75 97260_atAW121489 Arpp19-p cyclic AMP phosphoprotein -1,01,8 1,6 -1,1 36 53 amino acid metabolism 103982_s_atAJ245750 Adh4 alcohol dehydrogenase 4 (class II), pi -2,1-2,2 -2,1 -1,2 227 93625_atAA986718 Agxt alanine-glyoxylate aminotransferase -1,4-1,6 -3,7 1,3 274 103983_atAI046345 Adh4 alcohol dehydrogenase 4 (class II), pi -1,9-1,9 -2,0 -1,4 261 104286_atAA795541 Slc38a4 solute carrier family 38, member 4 -1,4-1,1 -1,5 -1,4 1991 161401_f_atAV276715 Aldh3a2 aldehyde dehydrogenase family 3, subfamily 1,52,5 1,4 -2,4 75 104007_atAA986782 Slc25a15 solute carrier family 25 (mitochondrial carrier -2,1-2,2 -2,3 -1,1 540 99559_atU14390 Aldh3a2 aldehyde dehydrogenase family 3, subfamily 2,04,1 2,1 -3,9 857 94433_atAW060684 Slc38a2 solute carrier family 38, member 2 -2,1-1,2 -2,0 1,1 51 97449_atAI835461 Aldh7a1 aldehyde dehydrogenase family 7, member -1,1-1,1 -1,5 -1,5 1293 92736_atL03290 Slc7a2 solute carrier family 7 (cationic amino acid -1,6-1,5 -1,7 -1,0 152 95084_f_atAI844995 Grhpr glyoxylate reductase/hydroxypyruvate 1,12,0 1,0 1,3 750 100323_atZ23077 Amd1 S-adenosylmethionine decarboxylase 1 -2,0-1,3 -1,1 1,0 82 100042_atAI837921 Hagh hydroxyacyl glutathione -1,4-1,1 -1,7 -1,0 635 101489_atD12780 Amd1 S-adenosylmethionine decarboxylase 1 -1,5-1,2 1,2 1,6 98 101082_atJ02652 Mod1 malic enzyme, supernatant 3,75,8 3,7 -2,0 239 96657_atL10244 Sat spermidine/spermine N1-acetyl 1 1,11,4 2,4 1,0 103 93308_s_atM97957 Pcx pyruvate carboxylase 1,91,0 -1,2 -1,5 253 96346_atAI854020 Cdo1 cysteine dioxygenase 1, cytosolic 1,1-2,6 -1,5 1,2 2018 100977_atAA691492 Pdk1 pyruvate dehydrogenase kinase, isoenzyme 1 1,31,3 -1,1 -1,7 163 103452_atAA675075 Prodh2 proline dehydrogenase (oxidase) 2 -1,3-1,1 -2,7 -1,4 453 101471_atD63764 Pklr pyruvate kinase liver and red blood cell -1,9-3,7 -1,4 -3,2 442 97385_atAJ242909 Nagk N-acetylglucosamine kinase 1,31,3 1,6 -1,0 60 101472_s_atAI195164 Pklr pyruvate kinase liver and red blood cell -1,5-2,3 -1,2 -1,9 233 99993_atU77083 Anpep alanyl (membrane) aminopeptidase -1,11,7 1,2 -1,0 98 95060_atAF058054 Slc16a7 solute carrier family 16 (monocarboxylic acid 1,51,6 1,0 -2,4 71 93015_atX65021 Gsta3 glutathione S-transferase, alpha 3 -1,4-1,4 -1,9 -1,2 900 100128_atM38724 Cdc2a cell division cycle 2 homolog A (S. pombe) -1,11,8 1,9 -1,3 39 96085_atL06047 Gsta4 glutathione S-transferase, alpha 4 -1,0-1,7 1,0 -1,3 154 100885_atAF013166 Nek2 NIMA (never in mitosis gene a)-related 1,01,4 1,5 -1,0 38 102094_f_atAI841270 Gstm1 glutathione S-transferase, mu 1 1,41,6 2,4 -1,0 782 101058_atJ00356 Amy1 amylase 1, salivary -1,3-1,9 -1,5 -1,4 307 93543_f_atJ03952 Gstm1 glutathione S-transferase, mu 1 1,41,7 3,1 -1,1 4522 103416_atAI844810 Mapk6 mitogen-activated protein kinase 6 1,51,5 2,0 1,5 76 93009_atJ04696 Gstm2 glutathione S-transferase, mu 2 1,2-1,4 4,8 -1,5 83 94481_atAI851321 Ugp2 UDP-glucose pyrophosphorylase 2 -1,7-2,1 -1,1 -1,3 167 97681_f_atJ03953 Gstm3 glutathione S-transferase, mu 3 1,52,4 7,9 -1,1 1062 4 catecholamine metabolism 97682_r_atJ03953 Gstm3 glutathione S-transferase, mu 3 1,42,3 15,6 -1,2 309 103597_atX63349 Dct dopachrome tautomerase -1,3-2,0 -2,5 -1,4 146 96258_atAI843448 Mgst3 microsomal glutathione S-transferase 3 6,83,4 2,6 -2,1 98 98920_g_atAA867773 Blp1-pend RIKEN cDNA 2410018G23 gene -1,3-1,2 -1,5 -1,3 90 95603_atAW123955 Gldc glycine decarboxylase -1,1-1,6 -1,7 -1,2 393 103421_atD50464 Sdfr2 stromal cell derived factor receptor 2 -1,21,3 1,6 1,4 32 104086_atAI787269 Dmgdh dimethylglycine dehydrogenase precursor -1,4-1,9 -2,2 -1,3 913 93749_atAI848045 Maoa monoamine oxidase A 1,01,3 1,7 -1,4 58 96828_atD89664 Gnmt glycine N-methyltransferase -1,5-3,7 -3,3 -1,5 5650 12 cofactors & vitamins 101844_atU94700 Pipox pipecolic acid oxidase -1,4-2,4 -2,4 -1,2 422 96763_atAI839995 Sardh sarcosine dehydrogenase -1,5-3,4 -3,6 -1,6 465 94241_atAI837229 Coasy-pe Coenzyme A synthase 1,91,6 1,3 -1,1 130 92833_atL07645 Hal histidine ammonia -1,3-3,5 -6,9 -1,1 638 93736_atAF090686 Tcn2 transcobalamin 2 1,1-1,1 1,1 -1,7 316 97424_atAW049647 Arl6ip5 ADP-ribosylation factor-like 6 interacting 1,1-1,1 1,8 -1,2 95 102313_atL09737 Gch GTP cyclohydrolase 1 -1,4-1,7 -1,2 -1,0 174 96295_atAW122030 Psat1 phosphoserine aminotransferase 1 1,11,8 1,5 1,2 15 160850_atU32197 Fpgs folylpolyglutamyl synthetase -1,01,1 -1,8 -1,0 407 96243_f_atAW120804 Aldh9a1 aldehyde dehydrogenase 9, subfamily A1 1,11,9 -1,2 -1,1 333 99009_atZ49204 Nnt nicotinamide nucleotide transhydrogenase 1,01,7 -1,2 -1,3 163 103389_atAJ224761 Aass aminoadipate-semialdehyde synthase -1,2-1,5 -1,9 -1,3 478 101473_atU86108 Nnmt nicotinamide N-methyltransferase -2,3-7,0 -4,7 -1,7 1084 94049_atAF033381 Bhmt betaine-homocysteine methyltransferase -1,1-1,7 -1,9 -1,0 5563 102013_atAF030513 Rdh6 retinol dehydrogenase 6 2,72,1 1,9 -3,1 154 97418_atAA986608 Bhmt2 betaine-homocysteine methyltransferase 2 -1,3-1,6 -1,7 -1,0 507 96678_atAW260761 Dhrs4 dehydrogenase/reductase (SDR family) 1,12,3 1,0 -1,7 427 96024_atL32836 Ahcy S-adenosylhomocysteine hydrolase -1,2-1,9 -2,1 -1,3 4843 95620_atAW120882 Dhrs7 dehydrogenase/reductase (SDR family) 1,01,1 -1,2 -1,6 172 96025_g_atL32836 Ahcy S-adenosylhomocysteine hydrolase -1,2-1,6 -2,0 -1,1 3119 98320_atY12657 Cyp26a1 cytochrome P450, family 26, subfamily a, -1,8-3,6 -4,3 -3,2 168 96026_atAA987153 Ahcy S-adenosylhomocysteine hydrolase -1,4-2,8 -3,3 -1,4 700 102649_s_atD64162 Raet1c retinoic acid early transcript gamma 1,32,0 -2,1 -5,0 641 98459_atAA913994 Shmt1 serine hydroxymethyl transferase 1 (soluble) -1,3-1,4 -1,6 -1,3 517 104716_atX60367 Rbp1 retinol binding protein 1, cellular 1,41,3 2,4 2,2 38 100620_atD29987 Hpd 4-hydroxyphenylpyruvic acid dioxygenase -1,4-1,5 -1,6 -1,3 148 18 detoxification 160350_atAW060750 Gstz1 glutathione transferase zeta 1 1,0-1,0 -1,5 -1,1 2066 101991_atD16215 Fmo1 flavin containing monooxygenase 1 -1,1-1,1 -1,4 -1,9 549 95407_atX51942 Pah phenylalanine hydroxylase -2,1-2,6 -2,8 1,2 1345 103087_atL02331 Sult1a1 sulfotransferase family 1A, phenol-preferring, -1,3-3,2 -2,0 -1,6 182 96326_atAI255353 Tat tyrosine aminotransferase -1,4-2,1 -2,4 -1,0 2325 93434_atAF026074 Sultx1-pe sulfotransferase related gene X1 -1,6-1,5 -1,8 1,9 32 104539_atAF022894 Sult1b1 sulfotransferase family 1B, member 1 -1,6-2,3 -2,4 -1,6 169 99941_atL11333 Es31 31 -1,2-2,0 -4,1 2,0 1982 92492_atAB020203 Ak3l adenylate kinase 3 alpha-like -1,1-1,5 -2,3 -1,9 109 100630_f_atAA241764 Gstm5 glutathione S-transferase, mu 5 -1,1-1,1 -1,2 1,7 335 93557_atU43285 Sps2 selenophosphate synthetase 2 1,2-1,8 -1,6 1,2 372 99583_atX53451 Gstp2 glutathione S-transferase, pi 2 -1,4-1,0 1,4 4,0 1853 92589_atAI846545 Psph phosphoserine phosphatase 1,21,2 1,6 -1,0 107 95019_atX98055 Gstt1 glutathione S-transferase, theta 1 1,81,1 -1,3 -1,3 750 99184_atAW120896 Csad cysteine sulfinic acid decarboxylase 2,43,6 3,8 1,3 134 104603_atX98056 Gstt2 glutathione S-transferase, theta 2 2,03,3 1,7 -1,2 293 93827_atU24493 Tdo2 tryptophan 2,3-dioxygenase -1,71,1 -3,0 1,2 518 101872_atJ03958 Gsta2 glutathione S-transferase, alpha 2 (Yc2) -1,7-2,0 -1,3 -2,9 769 99269_g_atAI194855 Tdo2 tryptophan 2,3-dioxygenase -1,51,1 -2,9 -1,3 2720 96670_atAI841295 Gstk1 glutathione S-transferase kappa 1 1,21,4 -1,5 -1,5 642 98582_atU58988 Hgd homogentisate 1, 2-dioxygenase -1,3-2,1 -1,5 -1,5 1399 93780_atAW060827 Them2 thioesterase superfamily member 2 1,91,6 1,3 -1,4 130 104566_atAI845009 Asl argininosuccinate lyase -2,3-4,7 -3,1 -2,1 226 100596_atM32032 Selenbp1 selenium binding protein 1 1,2-1,1 -1,4 3,0 828 92848_atX64837 Oat ornithine aminotransferase -1,5-5,4 -2,6 -2,6 2268 162030_r_atAV366872 Selenbp1 selenium binding protein 1 -1,5-1,0 -1,5 -1,7 47 101408_atAF010499 Gamt guanidinoacetate methyltransferase -1,3-1,7 -1,4 -1,2 466 101587_atU89491 Ephx1 epoxide hydrolase 1, microsomal -1,71,5 1,3 -2,4 1430 94414_atX07092 Otc ornithine transcarbamylase -1,1-2,9 -2,4 1,2 1098 93051_atZ37107 Ephx2 epoxide hydrolase 2, cytoplasmic 1,92,6 1,0 -1,3 279 104153_atAW047743 Ivd isovaleryl coenzyme A dehydrogenase 1,31,1 -1,5 1,1 153 93021_atAA790008 Drpla dentatorubral pallidoluysian atrophy 1,1-1,5 -1,5 -2,7 53 73 carbohydrate metabolism 99854_atAF026075 Sult3a1 sulfotransferase related gene X2 1,9-7,4 -3,3 -6,7 141 102807_atAW048054 9230112 RIKEN cDNA 9230112O05 gene 1,11,7 1,5 -1,4 145 160088_atU90535 Fmo5 flavin containing monooxygenase 5 -1,4-1,1 1,1 -1,8 906 100565_atAW123396 Gnpda1 glucosamine-6-phosphate deaminase 1 -1,6-1,6 -1,4 -1,5 64 31 energy metabolism 97924_atAJ132236 Uae1 UDP-N-acetylglucosamine-2-epimerase/N-ac -1,2-1,3 -1,6 1,1 366 95660_atAI851815 Ethe1 ethylmalonic encephalopathy 1 -1,7-2,6 -1,9 -1,6 634 96115_atU28168 Dp1 deleted in polyposis 1 1,51,5 2,1 1,2 107 160637_atAW060325 Mocs2 molybdenum synthesis 2 -1,6-1,4 -1,8 -1,5 328 103781_atU76832 Stx4a syntaxin 4A (placental) 1,51,4 1,5 1,5 70 160537_atAF026073 Sultn N-sulfotransferase -1,6-1,7 -1,9 1,1 114 96870_atAI836740 Aco2 aconitase 2, mitochondrial 1,51,9 1,4 -1,2 758 94797_atAI120514 Slc26a1 solute carrier family 26 (sulfate transporter), -1,8-2,0 -1,5 -1,2 109 160207_atAW121639 Acly ATP citrate lyase 1,4-1,0 1,6 1,0 443 94540_atAI595772 Cyp2d26 cytochrome P450, family 2, subfamily d, -1,2-1,2 -2,2 -1,3 2863 99666_atAW125431 Cs citrate synthase 1,51,8 2,0 1,1 147 100069_atM77497 Cyp2f2 cytochrome P450, family 2, subfamily f, -1,3-1,2 -2,1 -1,1 1341 160289_s_atAI849904 Dlst dihydrolipoamide S-succinyltransferase (E2 1,31,5 -1,1 -1,7 249 92814_atAI114881 Cyp2j5 cytochrome P450, family 2, subfamily j, -1,31,1 -1,8 1,2 28 99148_atAI852862 Fh1 fumarate hydratase 1 -1,2-1,1 -1,4 -1,8 918 100892_atAI850186 Ndufaf1 NADH dehydrogenase (ubiquinone) 1 alpha -1,1-1,1 -1,6 -1,1 92 160571_atAF020039 Idh1 isocitrate dehydrogenase 1 (NADP+), soluble 1,11,5 -1,1 -1,0 375 92807_atX77585 Txn1 thioredoxin 1 (ATL-derived factor) (ADF) 1,21,3 1,6 1,2 898 95693_atU51167 Idh2 isocitrate dehydrogenase 2 (NADP+), 1,51,4 1,4 -1,6 199 94207_atAI842377 Txndc7 thioredoxin domain containing 7 -1,2-1,6 -1,1 1,8 79 93991_atX07295 Mor1 malate dehydrogenase, mitochondrial 1,31,6 1,3 -1,1 694 94209_g_atAW045202 Txndc7 thioredoxin domain containing 7 -1,3-1,8 -1,2 1,2 220 96268_atAI840979 Suclg1 succinate-CoA , GDP-forming, alpha 1,41,7 1,0 -1,1 375 97869_atAI844043 Etfdh electron transferring flavoprotein, 1,12,0 -1,2 -1,7 216 93501_f_atAF058955 Sucla2 succinate-Coenzyme A ligase, ADP-forming, -1,1-1,1 -1,5 1,1 338 96909_atAI849803 Ndufab1 NADH dehydrogenase (ubiquinone) 1, 1,22,0 -1,0 -1,2 256 102092_s_atC86340 Ovgp1 oviductal glycoprotein 1 precursor -1,2-1,2 -1,3 -1,5 22 96878_atAW048566 Cyb5m RIKEN cDNA 1810044O22 gene 1,61,4 1,2 -1,0 130 93360_atAF007267 Pmm1 phosphomannomutase 1 1,73,3 1,3 -1,1 51 100059_atM31775 Cyba cytochrome b-245, alpha polypeptide 1,1-1,0 1,6 1,1 85 94375_atY11666 Hk2 hexokinase 2 1,51,1 1,4 1,1 36 93500_atM63245 Alas1 aminolevulinic acid synthase 1 -1,51,4 -1,1 -2,6 1844 100573_f_atM14220 Gpi1 glucose phosphate isomerase 1 1,51,1 1,9 -1,5 107 92642_atM25944 Car2 carbonic anhydrase 2 2,12,5 1,5 -1,4 56 161524_r_atAV295044 Gpi1 glucose phosphate isomerase 1 -1,0-1,1 -1,1 1,7 24 160375_atAJ006474 Car3 carbonic anhydrase 3 1,3-1,7 -3,1 1,1 2338 97820_atAB027012 Galk1 galactokinase 1 2,51,6 2,0 -1,6 99 98137_atX51971 Car5a carbonic anhydrase 5a, mitochondrial -1,2-2,8 -2,3 -1,3 303 96918_atAI790931 Fbp1 fructose bisphosphatase 1 -1,7-2,2 -2,5 -1,6 3975 102773_atX61397 Car8 carbonic anhydrase 8 -1,6-1,5 -1,8 1,1 51 97379_atD42083 Fbp2 fructose bisphosphatase 2 -1,22,4 1,0 -1,2 29 160135_atAW122914 D16Ertd5 DNA segment, Chr 16, ERATO Doi 502, -1,4-1,4 -1,9 -1,2 241 96789_i_atAW125222 Galm galactose mutarotase (aldose 1-epimerase) -1,3-1,3 -1,7 -1,7 282 104165_atAJ132098 Vnn1 vanin 1 3,16,0 1,5 -4,7 202 103333_atU00445 G6pc glucose-6-phosphatase, catalytic -2,7-2,9 -3,4 -2,9 2329 104181_atAJ132103 Vnn3 vanin 3 1,91,6 1,3 -1,9 128 97430_atAF080469 G6pt1 glucose-6-phosphatase, transport protein 1 -1,9-3,8 -2,7 -1,6 901 98098_atM32452 Car1 carbonic anhydrase 1 -1,5-1,4 -1,9 -1,2 66 160481_atAF009605 Pck1 phosphoenolpyruvate carboxykinase 1, -2,1-2,2 -7,8 -1,2 1009 98079_atAB005450 Car14 carbonic anhydrase 14 -1,4-2,7 -3,0 -1,6 233 100574_f_atL09104 Gpi1 glucose phosphate isomerase 1 1,21,0 1,6 -1,0 481 160124_r_atU13839 Atp6v1c1 ATPase, H+ transporting, V1 subunit C, 1,41,4 1,6 1,5 36 103357_atX15684 Slc2a2 solute carrier family 2 (facilitated glucose -1,3-1,9 -1,7 -1,3 850 96610_atAW046442 Atp6v1h ATPase, H+ transporting, lysosomal 1,51,2 1,4 1,0 160 98942_r_atAW125284 2310032 RIKEN cDNA 2310032D16 gene -1,11,1 -1,4 1,9 13 94301_atAI843269 Atp6v0e ATPase, H+ transporting, V0 subunit 1,01,0 1,5 -1,3 177 162262_f_atAV357306 Gyg1 glycogenin 1 1,11,6 1,4 -1,0 20 97402_atM88694 Temt thioether S-methyltransferase 1,11,0 1,5 -1,9 2389 103297_atX98848 Pfkfb1 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphos 1,71,1 1,0 -1,2 89 93084_atU27315 Slc25a4 solute carrier family 25 (mitochondrial carrier 1,76,5 3,9 1,8 30 93560_atAI845882 Acyp1 acylphosphatase 1, erythrocyte (common) -1,3-1,2 -1,5 -1,2 127 99112_atAA683883 Slc25a10 solute carrier family 25 (mitochondrial carrier 2,11,6 1,2 -1,9 556 104258_atAA881576 Acyp2 acylphosphatase 2, muscle type 2,42,3 1,9 -1,1 24 1 glutathione metabolism 160090_f_atY00516 Aldo1 aldolase 1, A isoform 1,41,6 1,8 1,2 176 160646_atAI851983 Gsr glutathione reductase 1 1,21,3 1,7 -1,0 167 161889_f_atAV102160 Aldo1 aldolase 1, A isoform 1,31,3 1,6 1,3 77 1 heme biosynthesis 101532_g_atAI527354 Aldo2 aldolase 2, B isoform -1,4-1,8 -1,2 -1,6 2117 92768_s_atM15268 Alas2 aminolevulinic acid synthase 2, erythroid -1,6-2,0 -1,4 1,2 160 160546_atAW121134 Aldo3 aldolase 3, C isoform -1,2-1,1 -1,5 -1,2 77 2 heme metabolism 96746_atAW124813 Dlat dihydrolipoamide S-acetyltransferase (E2 1,61,6 1,9 -1,0 58 160568_atAI841389 Eno1 enolase 1, alpha non-neuron 1,0-1,3 1,0 -1,8 951 103085_atAB013095 Hebp1 heme binding protein 1 -1,1-1,8 -1,4 -1,3 604 102651_atL41631 Gck glucokinase 1,41,2 1,8 1,4 200 160573_atAA645537 Hccs holocytochrome c synthetase 1,11,5 1,2 1,3 37 101214_f_atM32599 Gapd glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase -1,1-1,5 1,1 -1,7 3365 1 hemoglobin AFFX-GapdhM32599 Gapd glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1,31,1 1,6 1,3 181 162457_f_atAV003378 Hba-a1 hemoglobin alpha, adult chain 1 1,11,2 2,2 1,4 241 96066_s_atX97047 Pkm2 pyruvate kinase, muscle 1,11,0 1,9 1,0 66 1 lipid catabolism 101753_s_atX51547 Lzp-s Lysozyme C, type P precursor (EC 3.2.1.17) 1,01,1 3,6 1,3 39 97965_atU88624 Pla2g6 A2, group VI 1,72,8 1,5 1,0 114 94840_atU05837 Hexa hexosaminidase A 1,41,2 1,7 -1,3 131 20 lipid metabolism 102322_atAF061017 Ugdh UDP-glucose dehydrogenase 1,52,2 1,9 1,0 339 102381_atAA619207 Acsl4 acyl-CoA synthetase long-chain family 1,72,3 2,4 1,9 50 102826_atJ05663 Akr1b7 aldo-keto reductase family 1, member B7 -1,01,0 2,0 1,1 28 94354_atAI845514 Abca1 ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), 1,31,3 1,9 1,8 125 103322_atL35034 Rpia ribose 5-phosphate isomerase A 1,31,4 1,8 1,0 96 104630_atAA914114 BC02161 cDNA sequence BC021611 1,61,7 1,2 -1,2 65 94966_atZ11911 G6pdx glucose-6-phosphate dehydrogenase X-linked 1,31,1 1,9 1,0 27 95043_atAI047331 Cyp2c70 cytochrome P450, family 2, subfamily c, -1,3-2,5 1,0 4,3 316

R ... Rosi vs untreated db/db ; W ... Wy vs untreated db/db ; T ... T09 vs untreated db/db ; + ... db/+ vs db/db Fold change page 4 <-5.0 <-2.0 <-1.5 >1.5 >2.0 >5.0 Supplementary Figure fold changes estimate fold changes estimate

affy ID#genbank ID# symbol gene name RWT + RWT + db/db affy ID#genbank ID# symbol gene name RWT + RWT + db/db

101307_atY10221 Cyp4a12 cytochrome P450, family 4, subfamily a, -1,01,3 -1,2 -2,1 2749 160544_atAJ223066 Fabp5 fatty acid binding protein 5, epidermal 1,61,5 2,0 1,4 72 101103_atY11638 Cyp4a14 cytochrome P450, family 4, subfamily a, 1,52,9 1,3 -9,2 1418 98967_atU04827 Fabp7 fatty acid binding protein 7, brain 1,3-1,0 2,2 1,0 22 104129_atAI462001 Cyp4f13 cytochrome P450, family 4, subfamily f, -1,5-1,6 -1,9 -1,1 182 93486_atU15976 Slc27a1 solute carrier family 27 (fatty acid transporter), 1,22,9 1,1 -1,0 94 100996_atAF015811 AU04170 expressed sequence AU041707 1,51,2 -1,0 -1,3 32 100967_atAF072757 Slc27a2 solute carrier family 27 (fatty acid transporter), 1,41,6 -1,1 -1,0 659 104325_atAI461631 Falp Fat cell-specific low molecular weight protein 2,12,1 1,7 -1,6 198 97957_atAF072759 Slc27a4 solute carrier family 27 (fatty acid transporter), 1,72,0 1,4 -1,1 46 99592_f_atAB030505 Rdh11 retinol dehydrogenase 11 1,31,5 1,0 -1,0 402 96231_atAW123780 Bphl Valacyclovir hydrolase precursor (Biphenyl -1,3-1,0 -2,3 -1,4 366 103465_f_atU60438 Saa2 serum amyloid A 2 1,1-1,5 7,3 3,6 177 98984_f_atD50430 Gpd2 glycerol phosphate dehydrogenase 2, 1,62,4 1,9 -1,2 169 100333_atM13521 Saa2 serum amyloid A 2 1,11,0 2,6 2,1 87 92796_atJ02980 Akp2 2, liver 1,01,6 1,4 -1,5 101 102712_atX03505 Saa3 serum amyloid A 3 -1,0-1,1 1,7 2,0 32 102026_s_atAB011000 Chkl choline kinase-like 1,42,3 1,2 1,0 32 92242_atU65403 Saa4 serum amyloid A 4 -2,1-2,6 -3,3 1,6 227 102027_s_atAA204010 Chkl choline kinase-like 1,52,2 1,3 -1,0 311 104072_atM23552 Apcs serum amyloid P-component 2,71,2 1,7 1,8 172 104371_atAF078752 Dgat1 diacylglycerol O-acyltransferase 1 1,61,5 1,1 -1,1 82 103386_atAW046123 Pte1 peroxisomal acyl-CoA thioesterase 1 1,31,8 1,2 -1,1 76 97525_atU48403 Gyk glycerol kinase -1,11,9 1,1 1,2 243 103646_atX85983 Crat carnitine acetyltransferase 3,06,6 2,8 -1,6 106 161753_f_atAV290060 Gpd1 glycerol-3-phosphate dehydrogenase 1 1,71,1 -1,1 -1,1 40 161989_f_atAV238359 Crat carnitine acetyltransferase 1,73,5 1,7 -1,2 38 92592_atM25558 Gpd1 glycerol-3-phosphate dehydrogenase 1 2,11,3 -1,1 -1,3 541 95695_atAB017112 Slc25a20 solute carrier family 25 (mitochondrial 1,62,7 1,2 -1,8 418 97511_atAI846600 Mgll monoglyceride 1,53,5 1,2 -1,2 155 100931_atX73230 Arsa A 1,71,8 1,6 -1,3 110 101867_atU11680 Gpam glycerol-3-phosphate acyltransferase, 3,22,5 3,1 -1,3 701 101891_atY09517 Hsd17b2 hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 2 1,1-1,3 -1,6 1,9 142 104343_f_atAI845798 Pla2g12a , group XII 1,81,6 2,4 1,7 90 97515_atX89998 Hsd17b4 hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 4 1,52,3 1,4 -1,6 936 98596_s_atY15003 Siat9 sialyltransferase 9 1,22,0 1,3 -1,4 404 102123_atZ31689 Lip1 lysosomal acid lipase 1 1,41,7 1,6 -1,3 95 161970_f_atAV371169 Hmgcl 3-hydroxy-3-methylglutaryl-Coenzyme A lyase 1,51,8 1,2 -1,4 123 104273_atU95215 Baat bile acid-Coenzyme A: amino acid -1,3-1,7 -1,7 -1,1 375 94324_f_atU49878 Hmgcl 3-hydroxy-3-methylglutaryl-Coenzyme A lyase 1,72,2 1,2 -1,6 484 95283_atAI173996 Abcc2 ATP-binding cassette, sub-family C 1,11,6 1,9 -1,1 157 92590_atU12791 Hmgcs2 3-hydroxy-3-methylglutaryl-Coenzyme A -1,31,2 -2,4 -2,4 395 103689_atAA833514 Abcc3 ATP-binding cassette, sub-family C 1,91,3 1,2 -2,0 388 93066_atD16195 Grn granulin -1,01,5 1,7 -1,6 300 93407_atAB028737 Abcc6 ATP-binding cassette, sub-family C -1,3-1,5 -1,6 1,1 70 102839_atD78354 Plscr1 phospholipid scramblase 1 1,41,6 2,0 1,2 41 99404_atL23754 Cyp7a1 cytochrome P450, family 7, subfamily a, -3,0-1,9 -1,3 -1,5 119 98589_atM93275 Adrp adipose differentiation related protein 2,34,1 2,8 -1,6 812 161345_f_atAV141027 Cyp7b1 cytochrome P450, family 7, subfamily b, -2,1-2,0 -2,6 12,8 65 102763_atAF064748 S3-12 plasma membrane associated protein, S3-12 3,91,4 1,4 -1,2 30 92898_atU36993 Cyp7b1 cytochrome P450, family 7, subfamily b, -2,6-2,7 -3,6 12,8 108 104448_atL47970 Mttp microsomal triglyceride transfer protein 1,11,6 1,1 -1,2 56 103284_atAF090317 Cyp8b1 cytochrome P450, family 8, subfamily b, -1,8-2,9 -5,4 -1,5 1063 101173_atZ50024 Pctp phosphatidylcholine transfer protein 1,92,8 1,2 -2,6 79 161668_f_atAV140072 Por P450 (cytochrome) -1,11,1 1,0 -1,5 145 100927_atU28960 Pltp phospholipid transfer protein 8,27,6 4,6 -1,7 128 99019_atD17571 Por P450 (cytochrome) oxidoreductase -1,11,4 1,2 -2,1 485 102696_s_atAI747899 Pitpnb phosphotidylinositol transfer protein, beta -1,6-1,3 -1,6 -1,6 35 100339_atU95131 Slc10a1 solute carrier family 10 (sodium/bile acid -1,7-2,5 -4,0 -1,4 1965 92612_atAJ223959 Slc27a5 solute carrier family 27 (fatty acid transporter), -1,4-2,1 -2,2 -1,3 1444 100341_g_atU95132 Slc10a1 solute carrier family 10 (sodium/bile acid -1,8-2,5 -4,2 -1,7 1414 100095_atU37799 Scarb1 scavenger receptor class B, member 1 -1,4-1,8 -1,5 1,3 302 94325_atAW124932 Hmgcs1 3-hydroxy-3-methylglutaryl-Coenzyme A 1,33,0 -2,0 -1,1 230 96094_atU79573 Apoa1 apolipoprotein A-I 1,41,6 1,9 1,9 5607 102416_atM64863 Cyp17a1 cytochrome P450, family 17, subfamily a, -1,1-1,4 -1,7 -2,2 376 100078_atM64248 Apoa4 apolipoprotein A-IV -2,0-2,5 7,0 -3,8 583 101659_atM75886 Hsd3b2 hydroxysteroid dehydrogenase-2, -5,5-5,6 -7,3 5,4 115 95727_atAI785422 Apoa5 apolipoprotein A-V -2,0-2,1 -2,2 -1,4 2470 98401_atM77015 Hsd3b3 hydroxysteroid dehydrogenase-3, -1,3-1,4 -1,6 1,0 84 95728_g_atAI785422 Apoa5 apolipoprotein A-V -2,0-2,1 -1,9 -1,3 2444 94795_atL41519 Hsd3b5 hydroxysteroid dehydrogenase-5, -1,4-1,3 -1,7 44,5 23 95729_atAA674450 Apoa5 apolipoprotein A-V -1,8-2,2 -1,8 -1,4 964 160104_atAA824102 Hsd3b7 hydroxy-delta-5-steroid dehydrogenase, 3 -1,0-1,0 -1,4 1,5 654 97887_atZ22216 Apoc2 apolipoprotein C-II 1,5-1,3 1,9 -1,3 984 102729_f_atAF031170 Hsd3b6 hydroxysteroid dehydrogenase-6, -1,2-1,6 -1,5 1,3 102 96074_atAI528149 Apof apolipoprotein F -2,1-2,2 -1,6 1,1 956 95453_f_atAF087687 S100a1 S100 calcium binding protein A1 1,6-1,2 -1,0 -1,4 354 94318_atY11356 Apoh apolipoprotein H -1,3-1,6 -1,8 -1,3 4081 94284_atAW122731 Dia1 diaphorase 1 (NADH) 1,51,1 1,4 1,0 640 93840_atAA655303 Apom apolipoprotein M -1,5-1,7 -1,8 2,3 160 160344_atAB021289 Npc2 Niemann Pick type C2 1,31,2 1,7 1,0 264 100332_s_atAF093853 Prdx6 peroxiredoxin 6 -1,4-1,5 -1,6 -1,6 555 97132_atAA189890 Soat2 sterol O-acyltransferase 2 1,21,5 1,5 1,1 155 102820_atM60358 Cyp2b13 cytochrome P450, family 2, subfamily b, 2,93,0 -1,2 -2,1 78 94177_atY15733 Hsd17b7 hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 7 -1,11,7 -1,5 -1,3 47 103023_atJ05154 Lcat lecithin cholesterol acyltransferase 1,0-1,3 -1,8 -1,4 741 96895_atU32684 Pon1 paraoxonase 1 -1,4-2,1 -2,9 -1,5 1739 161703_f_atAV003419 Anxa1 annexin A1 1,21,3 2,1 1,1 14 98600_atU41341 S100a11 S100 calcium binding protein A11 (calizzarin) 2,32,4 7,7 -1,2 29 93038_f_atM69260 Anxa1 annexin A1 1,31,1 2,3 -1,0 21 93042_atD21207 Bzrp benzodiazepine receptor, peripheral 1,71,4 1,5 1,1 591 100569_atM14044 Anxa2 annexin A2 4,44,4 9,1 -1,4 112 97248_atX61431 Dbi diazepam binding inhibitor 1,72,2 1,6 -1,3 1771 101393_atAJ001633 Anxa3 annexin A3 1,01,1 1,7 1,0 16 101923_atU34277 Pla2g7 phospholipase A2, group VII 1,611,3 1,9 1,1 20 93083_atD63423 Anxa5 annexin A5 1,91,4 2,9 -2,0 518 102370_atAA822174 Dhrs8 retinal short-chain dehydrogenase/reductase 1,96,5 1,9 -1,2 409 92539_atM16465 S100a10 S100 calcium binding protein A10 (calpactin) 1,31,1 2,0 -1,8 495 96035_atL47335 Bckdha branched chain ketoacid dehydrogenase E1, 1,51,1 -1,0 -1,2 311 160373_i_atAI839175 Sdpr serum deprivation response 2,61,6 1,5 -1,0 15 160083_atM63335 Lpl 2,611,1 7,2 1,9 18 104627_atAW121668 Cds2 CDP-diacylglycerol synthase (phosphatidate -1,01,1 1,6 -1,2 55 95611_atAA726364 Lpl lipoprotein lipase 3,817,1 11,2 2,3 31 160577_atAF011336 Atp9a ATPase, class II, type 9A 1,41,6 1,3 -1,1 214 161779_r_atAV360058 Cryl1 crystallin, lamda 1 -1,51,0 -1,5 -1,4 56 101944_atU89352 Lypla1 lysophospholipase 1 -1,2-1,1 -1,5 -1,7 645 101006_atM35797 Acat2 acetyl-Coenzyme A acetyltransferase 2 1,51,8 1,1 -1,1 64 101945_g_atU89352 Lypla1 lysophospholipase 1 -1,3-1,1 -1,5 -1,6 47 95425_atU21489 Acadl acetyl-Coenzyme A dehydrogenase, 1,42,5 1,3 -1,2 57 101946_atAA840463 Lypla1 lysophospholipase 1 -1,5-1,2 -2,1 -1,8 229 92913_atZ48670 Abcd2 ATP-binding cassette, sub-family D (ALD), 1,62,6 1,1 -1,3 17 160807_atAW124201 Agpat3 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase 1,21,6 1,2 -1,4 153 95646_atU01170 Cpt2 carnitine palmitoyltransferase 2 -1,12,0 -1,0 -1,3 849 96110_atU31966 Cbr1 carbonyl reductase 1 1,01,0 1,6 -1,8 145 102998_atX04283 Cyp1a2 cytochrome P450, family 1, subfamily a, -1,9-1,6 -1,2 2,5 1070 93585_atD17674 Cyp2c29 cytochrome P450, family 2, subfamily c, -1,5-1,7 1,1 -1,2 103 102847_s_atM19319 Cyp2a4 cytochrome P450, family 2, subfamily a, -2,0-1,6 1,6 -1,1 2082 99083_atAF047542 Cyp2c37 cytochrome P450, family 2. subfamily c, -2,9? -4,0 -1,4 3481 102701_atM21856 Cyp2b10 cytochrome P450, family 2, subfamily b, 1,3-1,1 1,1 -2,6 125 102084_f_atAF047725 Cyp2c38 cytochrome P450, family 2, subfamily c, -1,3-2,1 -1,5 -1,8 1226 101862_atM21855 Cyp2b9 cytochrome P450, family 2, subfamily b, 1,62,2 -1,7 -12,5 693 96334_f_atAF047727 Cyp2c40 cytochrome P450, family 2, subfamily c, -1,9-3,0 -2,3 -1,3 2046 101287_s_atM24264 Cyp2d10 cytochrome P450, family 2, subfamily d, -1,7-2,1 -2,4 -1,3 3909 93351_atU44389 Hpgd hydroxyprostaglandin dehydrogenase 15 -1,6-1,1 -2,1 -2,1 227 98612_atM24263 Cyp2d10 cytochrome P450, family 2, subfamily d, -1,8-2,5 -2,4 -1,0 2429 103660_atAF093669 Pex11a peroxisomal biogenesis factor 11a 2,75,5 2,2 -1,7 386 162174_atAV003830 Cyp2d9 cytochrome P450, family 2, subfamily d, -1,6-1,7 -1,8 1,1 249 97114_atU57999 Psap prosaposin 1,51,5 1,5 -1,1 454 94539_f_atM27168 Cyp2d9 cytochrome P450, family 2, subfamily d, -1,9-2,3 -2,8 -1,0 3846 100893_atU27455 Sptlc2 serine palmitoyltransferase, long chain base 1,41,5 2,0 1,1 64 99463_atX63023 Cyp3a13 cytochrome P450, family 3, subfamily a, -1,5-1,0 -1,6 -1,3 356 96623_atAI853172 Ugcg UDP-glucose ceramide glucosyltransferase 1,41,3 1,9 1,6 17 100539_atAI841279 Bach Cytosolic acyl CoA thioester hydrolase (Long 1,21,6 1,4 -1,1 58 92556_atD45850 Akr1c6 aldo-keto reductase family 1, member C6 -1,7-2,3 -1,7 1,4 3513 93754_atAF030343 Ech1 enoyl-Coenzyme A hydratase 1, peroxisomal 1,42,7 1,2 -1,8 1147 94276_atAF064635 Hsd17b12 hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 12 2,42,8 1,4 1,2 262 94507_atU15977 Facl2 fatty acid Coenzyme A ligase, long chain 2 1,63,0 -1,3 -1,2 378 92437_atAW047445 Tm7sf2 transmembrane 7 superfamily member 2 1,0-1,0 -1,6 -1,3 311 104017_atAB033887 Facl4 fatty acid-Coenzyme A ligase, long chain 4 1,31,7 2,0 1,1 15 97867_atX83202 Hsd11b1 hydroxysteroid 11-beta dehydrogenase 1 -1,8-5,9 -4,0 -1,6 1624 103649_atAI648067 Hao3 hydroxyacid oxidase (glycolate oxidase) 3 -1,05,3 -1,2 -1,5 12 93316_atAB017026 Osbpl1a oxysterol binding protein-like 1A -1,11,0 -1,4 1,5 95 94485_atAI840013 Peci peroxisomal delta3, delta2-enoyl-Coenzyme A 1,33,1 1,1 -1,8 336 104484_atL27121 Sth2 sulfotransferase, hydroxysteroid preferring 2 -1,2-2,7 1,1 -8,6 188 96605_atAI787183 Keg2 RIKEN cDNA 0610011I04 gene 1,3-1,1 2,0 -1,1 290 94916_atAW122260 Cyp51 cytochrome P450, 51 -1,11,7 -1,7 1,2 66 160388_atAI848668 Sc4mol sterol-C4-methyl oxidase-like -1,61,0 -3,5 -1,2 393 97518_atD29016 Fdft1 farnesyl diphosphate farnesyl transferase 1 -1,11,6 -2,1 -1,2 332 160711_atAI844846 Decr1 2,4-dienoyl CoA reductase 1, mitochondrial 2,13,3 1,7 -1,4 169 96095_i_atAI648018 Hsdl2 hydroxysteroid dehydrogenase like 2 1,33,3 1,3 -1,8 53 99571_atAW012588 Acaa1 3-ketoacyl-CoA thiolase B 2,52,8 2,0 -2,5 4993 96096_f_atAI648018 Hsdl2 hydroxysteroid dehydrogenase like 2 1,42,9 1,5 -1,5 127 102004_atAI530403 Acaa1 3-ketoacyl-CoA thiolase B, acetyl-Coenzyme 4,24,0 2,6 -2,7 836 96269_atAA716963 Idi1 isopentenyl-diphosphate delta isomerase -1,02,4 -2,3 1,2 512 160482_atAI841705 Acaa1 3-ketoacyl-CoA thiolase B, acetyl-Coenzyme 2,42,2 1,5 -1,4 1663 160737_atAW060927 Lss lanosterol synthase 1,42,1 1,0 -1,1 95 92581_atU07159 Acadm acetyl-Coenzyme A dehydrogenase, medium 2,23,0 1,4 -1,5 837 95632_f_atAW122653 Mvk mevalonate kinase -1,31,0 -1,7 1,0 101 103401_atL11163 Acads acyl-Coenzyme A dehydrogenase, short chain 1,71,3 1,1 -1,2 163 93868_atAL021127 Nsdhl NAD(P) dependent steroid -1,21,6 -2,0 -1,1 250 101515_atAF006688 Acox1 acyl-Coenzyme A oxidase 1, palmitoyl 2,53,9 1,4 -1,8 888 98631_g_atAW106745 Nsdhl NAD(P) dependent steroid -1,41,4 -1,9 -1,2 487 95588_atU89906 Amacr alpha-methylacyl-CoA racemase -1,4-1,0 -1,6 -1,1 285 102768_i_atAB016248 Sc5d sterol-C5-desaturase (fungal ERG3, 1,41,5 1,0 1,2 189 93045_atL28836 Abcd3 ATP-binding cassette, sub-family D (ALD), 1,42,6 1,2 -1,2 1654 102769_f_atAB016248 Sc5d sterol-C5-desaturase (fungal ERG3, 1,31,7 -1,0 1,2 236 93320_atAF017175 Cpt1a carnitine palmitoyltransferase 1, liver -1,31,7 1,0 -1,3 897 98989_atAF057368 Dhcr7 7-dehydrocholesterol reductase 1,81,7 1,2 -1,3 86 92600_f_atAB018421 Cyp4a10 cytochrome P450, family 4, subfamily a, 1,52,8 -1,1 -9,5 656 160217_atAI842715 Apmap Adipocyte plasma membrane-associated 1,32,1 1,0 -1,5 56 98353_atAI647548 Cyp4a10 cytochrome P450, family 4, subfamily a, 1,22,4 -1,0 -2,3 231 160306_atX95279 Thrsp thyroid hormone responsive SPOT14 1,7-2,1 1,3 -1,8 1975 98527_atZ14050 Dci dodecenoyl-Coenzyme A delta isomerase 1,63,7 1,6 -1,9 449 93626_atAF103875 Abcg2 ATP-binding cassette, sub-family G (WHITE), 1,21,7 1,2 -1,1 142 97316_atAJ011864 Ehhadh enoyl-Coenzyme A hydratase/ 3-hydroxyacyl 4,022,1 6,9 -1,7 76 98962_atX58426 Lipc lipase, hepatic -2,1-2,1 -2,3 -1,2 330 97456_atAI838021 Facl5 fatty acid Coenzyme A ligase, long chain 5 1,93,4 2,1 -1,3 415 101539_f_atAW226939 Ces3 3 1,72,1 1,1 -2,0 1527 101045_atU96116 Hadh2 hydroxyacyl-Coenzyme A dehydrogenase 1,6-1,0 -2,1 -2,1 1042 101538_i_atAW226939 Ces3 carboxylesterase 3 1,52,0 -1,1 -2,8 1533 96913_atAW122615 Hadhb hydroxyacyl-Coenzyme A 1,43,5 1,7 -1,4 657 18 nucleotide metabolism 95485_atD29639 Hadhsc L-3-hydroxyacyl-Coenzyme A dehydrogenase, 1,31,6 -1,1 -1,7 642 102373_atM29961 Enpep glutamyl aminopeptidase -2,7-3,5 -2,5 -2,0 260 96608_atAF023463 Phyh phytanoyl-CoA hydroxylase -1,1-1,4 -1,9 -1,0 2062 102001_atM14223 Rrm2 ribonucleotide reductase M2 1,11,5 2,2 -1,0 16 103581_atY14004 Cte1 cytosolic acyl-CoA thioesterase 1 2,220,0 4,6 -4,1 145 104213_atAI266885 Upp2 uridine phosphorylase 2 -1,8-2,0 -2,0 1,3 1091 94393_r_atAI317360 Elovl2 elongation of very long chain fatty acids -1,41,5 1,2 2,0 43 95722_atAB013137 Glrx1 glutaredoxin 1 (thioltransferase) -1,3-1,1 -1,1 -1,6 200 93496_atAI852098 Elovl5, ELOVL family member 5, elongation of long 2,12,5 2,1 -1,0 1006 161161_r_atAV216468 Nme1 expressed in non-metastatic cells 1, protein -1,0-1,2 -1,4 1,8 44 103665_atAW122523 Elovl6 ELOVL family member 6, elongation of long 1,0-1,2 2,4 -2,7 271 97317_atAW122933 Enpp2 ectonucleotide 1,1-1,3 -1,5 1,7 132 94418_atAI839004 Elovl6 ELOVL family member 6, elongation of long -1,1-1,3 2,4 -2,7 205 101196_atD50060 Pace4 paired basic amino acid cleaving system 4 1,11,1 -1,1 -1,6 183 160391_atAI853364 Fads1 fatty acid desaturase 1 1,52,3 1,6 1,0 476 93202_atL12059 Nt5e 5' , ecto 1,21,7 1,4 -1,6 30 98575_atX13135 Fasn fatty acid synthase 2,31,4 2,8 -1,8 1192 99521_atAB020239 Ak4 adenylate kinase 4 -1,2-1,3 -1,6 -1,4 72 103622_atAW050255 Mlycd malonyl-CoA decarboxylase 1,51,6 1,2 1,0 240 99959_atAW061337 Ak4 adenylate kinase 4 -1,3-1,4 -2,0 -1,3 129 94056_atM21285 Scd1 stearoyl-Coenzyme A desaturase 1 2,22,0 2,2 -1,0 3441 99039_g_atL24554 Adss2 adenylosuccinate synthetase 2, non muscle 1,21,5 1,5 -1,0 109 94057_g_atM21285 Scd1 stearoyl-Coenzyme A desaturase 1 2,72,4 2,6 -1,1 1946 98071_f_atX77731 Dck deoxycytidine kinase 1,11,6 1,5 1,1 87 94058_r_atAW047819 Scd1 stearoyl-Coenzyme A desaturase 1 -1,6-1,3 -1,6 -1,8 42 92561_atAJ238636 Entpd5 ectonucleoside triphosphate 1,31,6 1,2 -1,7 227 95758_atM26270 Scd2, stearoyl-Coenzyme A desaturase 2 2,38,8 14,8 -1,1 41 160107_atK01515 Hprt hypoxanthine guanine phosphoribosyl 1,51,7 1,2 -1,5 318 162077_f_atAV327760 Scd2, stearoyl-Coenzyme A desaturase 2 1,72,9 5,1 1,2 39 160652_atU49385 Ctps2 cytidine 5'-triphosphate synthase 2 1,01,5 1,2 -1,3 26 94075_atY14660 Fabp1 fatty acid binding protein 1, liver 1,21,7 1,2 1,1 3706 99985_atAB027565 Txnrd1 thioredoxin reductase 1 1,11,2 1,6 1,1 191 97889_atM65034 Fabp2 fatty acid binding protein 2, intestinal 1,84,7 2,7 -1,2 151 94381_atL31783 Umpk uridine monophosphate kinase 1,41,3 1,0 -1,5 270 94214_atX14961 Fabp3 fatty acid binding protein 3, muscle and heart 1,435,4 2,5 1,4 17 103341_atU49350 Ctps cytidine 5'-triphosphate synthase 1,31,7 1,7 -1,1 108 100567_atM20497 Fabp4 fatty acid binding protein 4, adipocyte 2,12,6 1,9 1,0 25

R ... Rosi vs untreated db/db ; W ... Wy vs untreated db/db ; T ... T09 vs untreated db/db ; + ... db/+ vs db/db Fold change page 5 <-5.0 <-2.0 <-1.5 >1.5 >2.0 >5.0 Supplementary Figure fold changes estimate fold changes estimate

affy ID#genbank ID# symbol gene name RWT + RWT + db/db affy ID#genbank ID# symbol gene name RWT + RWT + db/db

2 retinol metabolism 102863_atAI550530 9130423L RIKEN cDNA 9130423L19 gene -1,4-1,3 -1,5 1,1 45 101431_atAF033195 Rdh5 retinol dehydrogenase 5 -1,3-1,6 -1,4 -1,1 155 94995_atAI854331 A030007L RIKEN cDNA A030007L17 gene 1,92,1 1,9 1,0 24 102797_atX95281 Dhrs3 retinal short-chain dehydrogenase/reductase -1,0-1,5 -1,7 -1,2 238 103744_atAI852760 A930014 RIKEN cDNA A930014C21 gene 1,81,6 1,2 -1,1 27 99451_atAW060510 C230093 RIKEN cDNA C230093N12 gene 1,21,7 1,2 -1,4 129 178 unknown 95910_f_atAI844780 C330008I RIKEN cDNA C330008I15 gene 1,21,7 1,2 -1,3 78 17 unknown 97710_f_atAI425990 C530046 RIKEN cDNA C530046L02 gene 1,5-1,0 1,2 1,2 23 92718_at AI158810 1,11,1 1,6 1,0 42 103257_atAA690483 C730036 RIKEN cDNA C730036B01 gene 1,21,9 -1,0 -1,2 283 104761_atAA612450 Antxr2 anthrax toxin receptor 2 -1,5-1,6 -1,5 -1,4 62 103702_i_atAI647632 C730048 RIKEN cDNA C730048C13 gene -2,3-3,6 -4,4 2,1 251 95749_atAW122364 Armet arginine-rich, mutated in early stage tumors -1,2-2,3 -1,3 1,4 347 103703_f_atAI647632 C730048 RIKEN cDNA C730048C13 gene -1,8-2,7 -2,7 1,7 312 93984_atAF002718 Atpi ATPase inhibitor 1,01,5 1,4 -1,2 136 99366_atAI553536 E030024 RIKEN cDNA E030024M05 gene -1,11,4 1,8 -1,0 11 162349_i_atAV173028 C1qtnf1 C1q and tumor necrosis factor related protein -1,2-1,4 -1,6 -1,1 20 93627_atAI852287 E430019 RIKEN cDNA E430019N21 gene -1,2-1,2 -1,5 -1,1 112 160769_atAW120606 Flana-pen carcinoma related gene -1,1-1,6 -1,2 1,2 131 104621_atAW046060 F830029L RIKEN cDNA F830029L24 gene -1,1-1,1 -1,6 1,1 426 103817_atAJ006469 Crtap cartilage associated protein -1,11,5 1,6 -1,1 66 103675_atY17793 Robo1 roundabout homolog 1 (Drosophila) 1,11,1 1,1 -1,7 22 93908_f_atX16670 Ccrn4l CCR4 carbon catabolite repression 4-like (S. 1,0-1,1 -1,4 -1,5 53 96237_atAI118905 Smaf1 small adipocyte factor 1 1,91,0 1,1 1,1 15 103391_atAI988033 C430041 cDNA sequence BC037135 1,11,1 -1,8 -1,2 124 97817_atAW121136 Spec1-pe small protein effector 1 of Cdc42 1,21,2 1,6 -1,1 68 97928_atAW045278 Cln6 ceroid-lipofuscinosis, neuronal 6 1,21,2 1,7 1,0 47 99127_atX61506 Sca10 spinocerebellar ataxia 10 homolog (human) 1,22,0 1,2 -1,0 185 94061_atM13018 Crip1 cysteine-rich protein 1 (intestinal) 1,11,2 2,5 -1,0 32 94515_atAW208628 Sqrdl sulfide quinone reductase-like (yeast) -1,0-1,5 -1,5 -1,3 153 96134_atAA755260 Dp1l1 deleted in polyposis 1-like 1 1,21,4 -1,3 -1,8 2246 95104_atU00674 Sdc2 syndecan 2, PRECURSOR (FIBROGLYCAN) -1,5-1,9 -1,8 1,1 171 96882_atAI842936 Ga17 dendritic cell protein GA17 -1,11,5 -1,1 1,1 130 102315_atAW124570 Tex292 testis expressed gene 292 -1,6-1,1 -1,2 1,2 45 94967_atAI851365 D19Wsu1 DNA segment, Chr 19, Wayne State 2,41,9 1,6 -1,3 47 96773_atAW125408 Txndc4 thioredoxin domain containing 4 (endoplasmic -1,3-1,6 -1,5 1,1 113 104116_atAW124049 D5Ertd59 DNA segment, Chr 5, ERATO Doi 593, 1,11,7 1,4 1,2 137 104755_atAJ242778 Tnip1 TNFAIP3 interacting protein 1 1,31,3 1,5 -1,0 73 97770_s_atAA733372 D6Wsu17 DNA segment, Chr 6, Wayne State University -1,01,1 1,2 2,0 30 93538_atAW228036 Ttrap Traf and Tnf receptor associated protein 1,81,8 1,4 -1,3 37 95709_atAW012491 D7Wsu86 DNA segment, Chr 7, Wayne State University -1,2-1,5 -1,4 1,0 910 160162_atAI852545 Tagln2 transgelin 2 1,01,1 2,1 -1,0 131 98503_atU53586 Evi5 ecotropic viral integration site 5 -1,3-1,2 -1,6 1,0 116 95431_atAA623426 Tomm70a of outer mitochondrial membrane -1,01,6 1,1 1,3 38 103531_f_atAI049144 endoplasmic oxidoreductase 1 beta -1,7-1,9 -1,6 1,3 96 95542_atAI835858 Tpm4 tropomyosin 4 1,01,3 2,1 1,1 53 95386_atAI847050 AA40811 EST AA408112 1,41,7 1,2 -1,1 81 104177_atAA204579 Vig1-pend viral hemorrhagic septicemia virus(VHSV) 1,1-1,0 1,5 1,7 29 98948_atAI785289 Ns-pendin EST C77032 -1,01,2 1,5 -1,1 41 100522_s_atU92454 Wbp5 WW domain binding protein 5 -1,4-1,0 2,2 2,1 50 97918_atAA623587 AA53674 expressed sequence AA536743 1,41,4 2,2 1,3 20 104583_atAI227492 Zdhhc6 zinc finger, DHHC domain containing 6 -1,3-1,3 -1,6 1,2 56 94359_atAI849556 AA96055 expressed sequence AA960558 1,21,3 1,7 -1,1 65 104588_atAI255961 Hamp RIKEN cDNA 1810073K19 gene -1,8-2,8 -4,0 -1,1 1183 103400_atD50523 D50523 expressed sequence AI316828 -1,01,1 1,0 1,7 27 96122_atAW049373 2310016A RIKEN cDNA 2310016A09 gene 1,21,5 -1,4 -1,6 1002 99849_atC85523 AI553587 expressed sequence AI553587 1,51,8 1,9 -1,0 1491 100516_atAB030621 Chk choline kinase 1,11,1 1,5 1,1 64 93963_atAA200748 AI661017 expressed sequence AI661017 1,41,5 1,6 -1,0 17 160909_atAF057156 Sprr1a small proline-rich protein 1A 1,11,8 10,6 1,0 54 103227_atAI788959 AI788959 expressed sequence AI788959 1,21,6 1,4 1,3 402 95701_atAW124069 4930415K RIKEN cDNA 4930415K17 gene -1,6-1,7 -2,0 1,0 75 104413_atAI834976 AI834976 expressed sequence AI834976 1,01,5 1,2 1,2 311 103714_atAI265638 0610009A RIKEN cDNA 0610009A07 gene -1,6-1,8 -1,7 -1,3 149 103429_i_atAW125330 AL024210 expressed sequence AL024210 -1,2-1,3 -1,5 -1,1 157 161122_f_atAV032952 NADH dehydrogenase (ubiquinone) 1, 1,12,1 -1,1 -1,0 217 104333_atU69488 G7e-pend G7e protein 1,12,1 3,8 1,0 18 160648_atAI047076 Fignl1 fidgetin-like 1 1,02,1 1,9 1,1 23 101444_atU83176 Gt(ROSA) gene trap ROSA 26 antisense, Philippe -1,11,5 1,2 1,0 68 101537_atAF034435 Es1 esterase 1 -2,0-3,8 -2,0 1,3 670 93028_atX58196 H19 H19 fetal liver mRNAH19, imprinted 1,11,2 1,6 1,4 21 93534_atX53929 Dcn decorin -1,5-1,5 1,0 -1,2 567 93276_atU90123 Hn1 hematological and neurological expressed 1,31,1 1,6 1,1 48 103704_atAW047625 2010305K RIKEN cDNA 2010305K11 gene 1,31,9 1,1 -1,3 53 96117_r_atAI843732 H13 histocompatibility 13 -1,0-1,6 -1,1 1,2 200 100586_i_atAI843959 5730403B RIKEN cDNA 5730403B10 gene -1,3-1,4 -1,6 1,1 47 93824_atAI182073 4732433 hypothetical protein 4732433M03 -1,4-2,1 -1,4 1,3 3295 95621_atAA606367 9030623 RIKEN cDNA 9030623C06 gene 1,11,8 1,5 1,0 24 161214_r_atAV265258 MGC4743 hypothetical protein MGC47434 -1,1-1,2 1,1 1,7 17 103407_atAA895838 1300017J RIKEN cDNA 1300017J02 gene -1,2-1,6 -2,1 1,3 878 94428_atAI842668 Ilvbl ilvB (bacterial acetolactate synthase)-like 1,11,6 1,2 -1,4 60 98915_atAI849082 RNF149 ring finger protein 149 -1,6-1,5 -1,6 -1,4 133 95622_atAW123907 Klhdc2 kelch domain containing 2 1,11,7 1,6 1,6 20 102035_atAF037044 Tpmt thiopurine S-methyltransferase 1,1-1,2 -1,5 -1,3 444 96938_atAB028071 Keg1 kidney expressed gene 1 -2,2-2,1 -4,0 1,4 158 94536_s_atAI843417 2900073 RIKEN cDNA 2900073G15 gene 1,11,0 1,7 -1,5 691 98123_atAW226961 Kat2 kynurenine aminotransferase II -1,2-1,0 -1,9 1,3 63 95417_atAI117848 Mgat2 mannoside acetylglucosaminyltransferase 2 -1,5-1,7 -1,6 1,2 39 98440_atAA596710 Ltb4dh leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase -1,2-1,1 2,1 -1,5 28 97351_i_atAW123567 cytochrome c oxidase subunit VIb, 1,03,7 1,3 -1,2 13 96012_f_atAI835367 Matr3 matrin 3 -1,21,1 -1,1 1,7 101 97352_f_atAW123567 cytochrome c oxidase subunit VIb, 1,28,2 1,6 1,0 28 160119_atAI845538 LOC2238 matrix gamma-carboxyglutamate (gla) protein 1,1-1,2 -1,0 1,6 58 103442_atAI843399 LOC2168 cDNA sequence BC003479 1,91,7 1,2 -1,0 123 93974_atAW212475 Mig6 mitogen-inducible gene 6 protein homolog -2,2-1,9 -2,6 1,0 768 96643_atAW121336 Wfdc2 WAP four-disulfide core domain protein 2 1,91,2 1,6 -1,2 39 93975_atAI853531 Mig6 mitogen-inducible gene 6 protein homolog -2,2-1,6 -2,6 1,3 1831 93251_atAJ001260 Nipsnap1 4-nitrophenylphosphatase domain and 1,1-1,3 -1,7 -1,2 502 104300_atAI117936 Mus musculus 11 days embryo head cDNA, 1,11,1 1,7 -1,0 34 160455_s_atAW123786 ZWINT ZW10 interactor (ZW interacting protein-1) 1,21,6 1,3 -1,1 237 104661_atAF031164 Mus musculus 12 days embryo spinal 1,31,8 1,2 -1,1 30 97013_f_atAW046124 cytochrome b-245, alpha polypeptide 1,2-1,0 1,9 1,1 36 160273_atAA960603 Mus musculus Brf2 gene, 3' UTR 1,21,6 1,2 -1,0 100 93541_atZ68618 Tagln transgelin 1,11,1 1,5 1,1 43 104032_atAI850087 Mus musculus cDNA clone MGC:37981 -1,4-1,5 -1,6 -1,2 87 102111_f_at C81361 -1,21,0 1,0 1,6 23 103100_atAI788543 Mus musculus, clone IMAGE:5372338, 1,51,6 1,2 -1,1 27 93909_f_at X04120 -1,1-1,1 -1,3 -1,8 129 100880_atAA816121 Mdnr1 Mus musculus diabetic nephropathy-related 1,1-1,1 1,0 1,6 22 161504_i_atAV127302 D10Ertd2 DNA segment, Chr 10, ERATO Doi 214, 1,11,1 1,1 1,5 16 103203_f_atAW259499 Mus musculus transcribed sequence with 1,11,7 1,5 1,2 11 94440_atAI173533 AI876593 expressed sequence AI876593 -1,1-1,0 -1,3 -1,6 1178 103204_r_atAW259499 Mus musculus transcribed sequence with 1,11,9 1,2 1,1 21 104617_atAI042964 0610005 RIKEN cDNA 0610005C13 gene -1,8-2,5 -2,9 -1,5 795 96556_atC81463 Mus musculus transcribed sequence with -1,4-1,3 -1,6 -1,2 28 95026_atAW047688 0610039 RIKEN cDNA 0610039N19 gene 1,86,3 1,5 -3,5 414 100944_atAA958903 Mus musculus transcribed sequences -1,0-1,9 -1,4 1,1 169 97514_atAW046438 1810063B RIKEN cDNA 1810063B05 gene 1,0-1,1 -1,2 -1,5 131 95901_f_atAI662099 Mus musculus transcribed sequences -1,5-2,1 -1,6 -1,1 36 103403_atAW060833 2310007 RIKEN cDNA 2310007H09 gene -1,0-1,2 -1,3 -1,5 77 102780_atZ31362 Npn3 neoplastic progression 3 1,62,2 4,1 -1,2 41 103529_atAW125505 2600017J RIKEN cDNA 2600017J23 gene -1,4-1,5 -1,5 1,6 47 161090_i_atAV374584 Npn3 neoplastic progression 3 -1,5-1,7 -1,8 1,5 98 162424_f_atAV291989 2610007K RIKEN cDNA 2610007K22 gene 1,21,2 1,0 1,8 46 92500_atAB025412 Odz3 odd Oz/ten-m homolog 3 (Drosophila) 1,21,8 1,2 -1,1 23 95134_atAW124483 3110038L RIKEN cDNA 3110038L01 gene -1,1-1,3 1,1 -1,5 111 93495_atU96746 Prdx4 peroxiredoxin 4 -1,7-1,3 -1,3 1,2 169 104445_atAW046694 4631408 RIKEN cDNA 4631408O11 gene -1,1-1,3 1,1 1,6 32 98092_atAA790307 Plac8 placenta-specific 8 -1,11,0 3,0 -1,0 53 96089_atAI255972 4931406 RIKEN cDNA 4931406C07 gene 1,61,5 1,0 -1,8 247 93389_atAF039663 Prom1 prominin 1 1,11,4 2,3 1,1 27 96091_atAW060190 4931406 RIKEN cDNA 4931406C07 gene 1,51,4 1,1 -1,9 131 93390_g_atAF039663 Prom1 prominin 1 1,11,1 1,7 1,1 12 160661_atAI840615 5730472 RIKEN cDNA 5730472N09 gene 1,21,2 1,0 -1,5 116 94208_atAW045202 P5-pendin protein disulfide isomerase-related protein -1,5-1,9 -1,3 1,1 335 94415_atAA710439 6230421P RIKEN cDNA 6230421P05 gene 1,11,2 1,2 1,8 38 94085_atM34603 Prg proteoglycan, secretory granule 1,21,2 1,5 -1,1 15 95395_atAI225869 9130022A RIKEN cDNA 9130022A11 gene -1,11,0 -1,4 1,6 20 97835_atAI842828 RIKEN cDNA 0610007L05 gene -1,1-1,7 -1,9 -1,1 1894 103697_atAW061234 A230075 RIKEN cDNA A230075M04 gene -1,5-1,4 -1,6 2,6 61 104206_atAA815845 0610012A RIKEN cDNA 0610012A05 gene -1,5-1,6 -1,6 1,3 41 96545_s_atAI447510 A730042J RIKEN cDNA A730042J05 gene -1,0-1,6 -1,3 1,5 22 96348_atAW121217 0610039 RIKEN cDNA 0610039C21 gene 1,52,0 1,2 -1,0 296 160682_at AI851770 1,41,6 1,1 -1,0 98 101912_atAI019679 1100001 RIKEN cDNA 1100001G20 gene 1,3-1,8 1,1 1,3 1838 160255_atAA657044 1110004P RIKEN cDNA 1110004P15 gene 1,0-1,0 1,8 1,2 46 97908_atAW120676 1110007A RIKEN cDNA 1110007A06 gene 1,1-1,2 -1,5 -1,3 433 102922_atAI851387 5830436L RIKEN cDNA 1110020B03 gene -1,3-1,8 -1,4 1,0 56 160376_atAW125508 1110029F RIKEN cDNA 1110029F20 gene -1,31,7 -1,1 1,3 242 95690_atAW047363 1110030L 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R ... Rosi vs untreated db/db ; W ... Wy vs untreated db/db ; T ... T09 vs untreated db/db ; + ... db/+ vs db/db Fold change page 6 <-5.0 <-2.0 <-1.5 >1.5 >2.0 >5.0