Sem´aforoEpidemiol´ogicode Quer´etaro al 24 de mayo de 2021.
Eduardo Javier Mendieta Lugo Supervisi´on: Ruth Corona Moreno, Mario Santana Cibrian y Jorge X. Velasco Hern´andez Nodo Multidisciplinario de Matem´aticasAplicadas Instituto de Matem´aticasUNAM Juriquilla. Responsable de la publicaci´on:Jorge X. Velasco Hern´andez 24 de mayo de 2021
ADVERTENCIA: Este documento resume resultados t´ecnicospreliminares para efectos de infor- maci´on´unicamente que no han sido certificados por la revisi´onde pares y, en seguimiento de los est´andaresacad´emicosinternacionales, no pueden usarse para guiar decisiones cl´ınicasni de salud. Asi mismo, estos resultados no deben ser reportados en los medios como informaci´onconfirmada.
1. Introducci´on
En este reporte se reproduce el c´alculodel sem´aforoepidemiol´ogicodefinido por la Secretar´ıa de Salud. Estos c´alculosest´anbasados en los datos abiertos federales y una aproximaci´ona la metodolog´ıausada por la DGE. Se usan los 10 indicadores establecidos por la Subsecretar´ıade Prevenci´ony Promoci´onde la Salud, presentados en el documento “Estimaci´onde riesgo epid´emico COVID-19 para el periodo del 31 de agosto al 13 de septiembre para Quer´etaro”.
2. Sem´aforo
A la fecha de elaboraci´onde este reporte (24 de mayo de 2021), el sem´aforodel estado de Quer´etaroestar´aen color AMARILLO del lunes 31 de mayo de 2021 al 13 de junio de 2021. Los resultados de este c´alculose encuentran en la Tabla 1. 2.1 Aclaraciones sobre el c´alculo:
Indicador Trend Valor Score N´umeroreproductivo efectivo Rt (*) ↑ 0.72 2 Tasa de incidencia de casos estimados activos por 100 mil habitantes (*) ↓ 10.52 0 Tasa de mortalidad por 100 mil habitantes ↓ 1.13 0 Tasa de casos hospitalizados por 100 mil habitantes (*) ↓ 2.15 1 Porcentaje de camas generales ocupadas Red IRAG ↓ 6.25 % 0 Porcentaje de camas con ventilador ocupadas Red IRAG ↓ 8.95 % 0 Porcentaje semanal de positividad al virus SARS-CoV-2 ↓ 22.81 % 2 Tendencia de casos hospitalizados por 100 mil habitantes (*) ↑ -0.014 2 Tendencia de casos de s´ındromeCOVID-19 por 100 mil habitantes (*) ↑ -0.123 1 Tendencia de la mortalidad por 100 mil habitantes (*) ↓ -0.007 1 Sem´aforo ↓ 9 (AMARILLO)
Cuadro 1: Indicadores del sem´aforoepidemiol´ogicopara el estado de Quer´etarode acuerdo a nuestra aproximaci´ona la nueva metodolog´ıa.Este sem´aforo entrar´ıaen vigor el 31 de mayo de 2021. Los indicadores con (*) son s´oloaproximaciones a los valores que posiblemente reportar´ala federaci´on. La columna Trend muestra si el indicador subi´o(flecha roja), baj´o(flecha verde) o se mantuvo (-) respecto al valor de la semana pasada.
2.1. Aclaraciones sobre el c´alculo: 1. Para calcular las tasas de incidencia, mortalidad, casos hospitalizados, porcentaje de posi- tividad y tendencias, se us´ola base de datos abierta que publica diariamente la Secretar´ıa de Salud [4], con datos actualizados el 24 de mayo de 2021. Estos c´alculosya consideran los cambios en la definici´onde caso positivo que se introdujo el 5 de octubre de 2020. En el caso de la tendencia de casos hospitalizados, tendencia de casos de s´ındromeCOVID y la tendencia de muertes se eliminan los registros de los ´ultimos 7, 14 y 3 d´ıas,respectivamente, para tomar en cuenta el subreportaje. Estos valores son diferentes a los se˜naladosen [2].
2. N´umeroreproductivo efectivo Rt. En este sem´aforo se calcula el Rt usando la metodolog´ıa del software Epiestim [1] que se basa en los casos reportados. Esta metodolog´ıaes la misma utilizada por el gobierno federal para el c´alculode este indicador. En el Reporte NoMMA- Q4-2021, se calcula el Rt con base en los casos infectados estimados totales y se comparan las estimaciones con los del software Epiestim.
3. Para el c´alculode Rt en este documento, se tom´oel promedio de las estimaciones de Rt del 16 de febrero de 2021 al 10 de mayo de 2021 para el estado de Quer´etaro,ya que la estimaci´onde Rt es suavizada aplicando media m´ovilde 7 d´ıas(MA(7)), siguiendo la metodolog´ıapresentada en [5]. Se consideran estas fechas ya que la base de datos federal, actualizada el 24 de mayo de 2021, se recort´ohasta el 10 de mayo para evitar sesgos debido a los posibles retrasos en la actualizaci´onde informaci´on.
4. Porcentajes de camas ocupadas: corresponden a los reportados el 23 de mayo dentro del Sistema de informaci´onde la red IRAQ (www.gits.igg.unam.mx/red-irag-dashboard/reviewHome). 5. Tasa de incidencia de casos estimados activos por 100 mil habitantes: no se conoce con detalle si este indicador incluye un porcentaje de los casos sospechosos de COVID-19; en este ejercicio se ha a˜nadido la proporci´onde sospechosos determinada por la tasa de positividad. 2.1 Aclaraciones sobre el c´alculo:
6. Tendencia de mortalidad por 100 mil habitantes: se aplica un suavizamiento mediante splines a los datos reportados de mortalidad, considerando que se tiene un retraso de 5 d´ıas en el registro de defunciones. Figura 3. 7. Porcentaje semanal de positividad al virus SARS-CoV-2: debido a la nueva clasifica- ci´onde casos positivos, negativos y sospechosos, implementada en la base de datos [4] a partir del 5 de octubre, se introdujo una modificaci´onen el c´alculodel porcentaje de positividad. Ahora se considera que el total de muestras positivas diarias est´adado por el n´umerode pruebas de laboratorio realizadas, cuya “Clasificaci´onfinal” corresponda a la confirmaci´on por asociaci´oncl´ınicaepidemiol´ogica,por confirmaci´ondel comit´ede dictaminaci´ono por confirmaci´onde laboratorio. Por otro lado, el total de pruebas diarias realizadas est´adado por el total de individuos reportados en la base de datos para los cuales se tiene un resul- tado. Los casos sospechosos no son tomados en cuenta para este c´alculo.De esta manera el porcentaje semanal de positividad es el cociente del total de pruebas positivas entre el total de pruebas realizadas durante la pen´ultimasemana epidemiol´ogica. 8. Nota t´ecnica:en las aproximaciones de las Figuras 1, 2 y 3 no se aplica ning´unsuavizamiento a los datos.
Figura 1: Hospitalizaciones COVID-19 diarias en el estado de Quer´etarohasta el 24 de mayo de 2021, por fecha de ingreso al sistema, seg´unla base de datos publicada el 24 de mayo de 2021 por la Secretar´ıade Salud. Tendencia calculada con un retraso de 7 d´ıas. 2.1 Aclaraciones sobre el c´alculo:
Figura 2: Casos diarios confirmados y sospechosos de COVID-19 en el estado de Quer´etarohasta el 24 de mayo de 2021, por fecha de inicio de s´ıntomas, seg´unla base de datos publicada el 24 de mayo de 2021 por la Secretar´ıade Salud; mostrando un ajuste de tendencia considerando un retraso de 14 d´ıasen el registro. 2.1 Aclaraciones sobre el c´alculo:
Figura 3: Muertes diarias por cada 100mil habitantes debido a COVID19 en el estado de Quer´etaro hasta el 24 de mayo de 2021, por fecha de defunci´on,seg´unla base de datos publicada el 24 de mayo de 2021 por la Secretar´ıade Salud. La curva de tendencia color roja considera 3 d´ıasde retraso en el registro de fallecimientos. Figura 4: Porcentaje de positividad en el estado de Quer´etaropor semana epidemiol´ogicadesde la semana del 1 de noviembre hasta la semana del 9 de mayo, para evitar sesgos en los datos.
3. Estimaci´onde Rt Para las estimaciones de n´umerosreproductivos se utiliza la metodolog´ıade [1] y [5], usando EpiEstim [3]. La estimaci´onse hace suponiendo un intervalo serial de 4.5 d´ıas, una desviaci´on est´andarde 1 d´ıay se suaviza con una media m´ovilde 7 d´ıas.Los datos son descargados de [4] y para cada localidad se extrae la base de datos de incidencia por inicio de s´ıntomas. En este reporte se muestran los ajustes usando la base de datos actualizada el 24 de mayo de 2021 y recortada hasta el 10 de mayo. Las gr´aficasde Rt presentadas en esta secci´onmuestran las estimaciones desde el 1 de junio, fecha en el que comenz´ola reactivaci´onecon´omicaen el pa´ıs. 3.1 Estado de Quer´etaro
3.1. Estado de Quer´etaro
Incidencia y número reproductivo instantáneo en QUERÉTARO = 4.5 y = 1 Rt al 2021-05-10: 0.726 1.4
600 1.3
500 1.2
400 1.1 Rt
300 1.0 Incidencia 0.9 200 0.8
100 0.7
0
Rt al 2021-05-03: 0.693 1.4 600 1.3
500 1.2
400 1.1
1.0 Rt 300 Incidencia 0.9 200 0.8
100 0.7
0 0.6
2020-07 2020-09 2020-11 2021-01 2021-03 2021-05
Figura 5: Estimaciones de Rt (con datos obtenidos en [4]) suavizados con una media m´ovilde 7 d´ıas. La primera gr´aficapresenta el Rt correspondiente a esta semana; la segunda gr´aficapresenta el Rt de la semana pasada, para efectos comparativos. Para la primera gr´afica,se usan datos reportados el 24 de mayo de 2021 y recortados hasta el 10 de mayo de 2021. Segunda gr´afica,se usan datos del 17 de mayo de 2021 recortados al 3 de mayo. 3.2 CADEREYTA DE MONTES
3.2. CADEREYTA DE MONTES
Incidencia y número reproductivo instantáneo en CADEREYTA DE MONTES = 4.5 y = 1 Rt al 2021-05-10: 1.360 16 12 14
10 12
8 10
8 Rt 6
Incidencia 6
4 4
2 2
0 0
Rt al 2021-05-03: 0.627 16 12 14 10 12
8 10
8 Rt 6
Incidencia 6 4 4
2 2
0 0
2020-07 2020-09 2020-11 2021-01 2021-03 2021-05
Figura 6: Estimaciones de Rt (con datos obtenidos en [4]) suavizados con una media m´ovilde 7 d´ıas. La primera gr´aficapresenta el Rt correspondiente a esta semana; la segunda gr´aficapresenta el Rt de la semana pasada, para efectos comparativos. Para la primera gr´afica,se usan datos reportados el 24 de mayo de 2021 y recortados hasta el 10 de mayo de 2021. Segunda gr´afica,se usan datos del 17 de mayo de 2021 recortados al 3 de mayo. 3.3 COLON´
3.3. COLON´
Incidencia y número reproductivo instantáneo en COLÓN = 4.5 y = 1 9 Rt al 2021-05-10: 1.364 25
8
7 20
6 15 5 Rt 4 10 Incidencia
3
2 5
1 0 0 9 Rt al 2021-05-03: 0.857 25 8
7 20
6 15 5 Rt 4 10 Incidencia 3
2 5
1 0 0
2020-07 2020-09 2020-11 2021-01 2021-03 2021-05
Figura 7: Estimaciones de Rt (con datos obtenidos en [4]) suavizados con una media m´ovilde 7 d´ıas. La primera gr´aficapresenta el Rt correspondiente a esta semana; la segunda gr´aficapresenta el Rt de la semana pasada, para efectos comparativos. Para la primera gr´afica,se usan datos reportados el 24 de mayo de 2021 y recortados hasta el 10 de mayo de 2021. Segunda gr´afica,se usan datos del 17 de mayo de 2021 recortados al 3 de mayo. 3.4 CORREGIDORA
3.4. CORREGIDORA
Incidencia y número reproductivo instantáneo en CORREGIDORA = 4.5 y = 1 3.0 Rt al 2021-05-10: 0.631
50 2.5
40 2.0
30 Rt 1.5 Incidencia 20 1.0
10
0.5
0
Rt al 2021-05-03: 0.617 3.0
50 2.5
40 2.0 30 Rt 1.5 Incidencia 20 1.0 10
0.5 0
2020-07 2020-09 2020-11 2021-01 2021-03 2021-05
Figura 8: Estimaciones de Rt (con datos obtenidos en [4]) suavizados con una media m´ovilde 7 d´ıas. La primera gr´aficapresenta el Rt correspondiente a esta semana; la segunda gr´aficapresenta el Rt de la semana pasada, para efectos comparativos. Para la primera gr´afica,se usan datos reportados el 24 de mayo de 2021 y recortados hasta el 10 de mayo de 2021. Segunda gr´afica,se usan datos del 17 de mayo de 2021 recortados al 3 de mayo. 3.5 EL MARQUES´
3.5. EL MARQUES´
Incidencia y número reproductivo instantáneo en EL MARQUÉS = 4.5 y = 1 Rt al 2021-05-10: 0.709 40 2.00 35 1.75 30
25 1.50 Rt 20 1.25 Incidencia 15 1.00
10 0.75
5 0.50 0
Rt al 2021-05-03: 0.875 40 2.00 35 1.75 30
25 1.50
20 1.25 Rt Incidencia 15 1.00 10 0.75 5 0.50 0
2020-07 2020-09 2020-11 2021-01 2021-03 2021-05
Figura 9: Estimaciones de Rt (con datos obtenidos en [4]) suavizados con una media m´ovilde 7 d´ıas. La primera gr´aficapresenta el Rt correspondiente a esta semana; la segunda gr´aficapresenta el Rt de la semana pasada, para efectos comparativos. Para la primera gr´afica,se usan datos reportados el 24 de mayo de 2021 y recortados hasta el 10 de mayo de 2021. Segunda gr´afica,se usan datos del 17 de mayo de 2021 recortados al 3 de mayo. 3.6 EZEQUIEL MONTES
3.6. EZEQUIEL MONTES
Incidencia y número reproductivo instantáneo en EZEQUIEL MONTES = 4.5 y = 1 Rt al 2021-05-10: 3.637 10 10
8 8
6 6 Rt
Incidencia 4 4
2 2
0 0
Rt al 2021-05-03: 0.733 10 10
8 8
6 6 Rt Incidencia 4 4
2 2
0 0
2020-08 2020-09 2020-10 2020-11 2020-12 2021-01 2021-02 2021-03 2021-04 2021-05
Figura 10: Estimaciones de Rt (con datos obtenidos en [4]) suavizados con una media m´ovilde 7 d´ıas. La primera gr´aficapresenta el Rt correspondiente a esta semana; la segunda gr´aficapresenta el Rt de la semana pasada, para efectos comparativos. Para la primera gr´afica,se usan datos reportados el 24 de mayo de 2021 y recortados hasta el 10 de mayo de 2021. Segunda gr´afica,se usan datos del 17 de mayo de 2021 recortados al 3 de mayo. 3.7 HUIMILPAN
3.7. HUIMILPAN
Incidencia y número reproductivo instantáneo en HUIMILPAN = 4.5 y = 1 5 Rt al 2021-05-10: 2.163 25
4 20
3 15 Rt
2 10 Incidencia
1 5
0 0 5 Rt al 2021-05-03: 1.230 25
4 20
3 15 Rt
Incidencia 2 10
5 1
0 0
2020-07 2020-09 2020-11 2021-01 2021-03 2021-05
Figura 11: Estimaciones de Rt (con datos obtenidos en [4]) suavizados con una media m´ovilde 7 d´ıas. La primera gr´aficapresenta el Rt correspondiente a esta semana; la segunda gr´aficapresenta el Rt de la semana pasada, para efectos comparativos. Para la primera gr´afica,se usan datos reportados el 24 de mayo de 2021 y recortados hasta el 10 de mayo de 2021. Segunda gr´afica,se usan datos del 17 de mayo de 2021 recortados al 3 de mayo. 3.8 JALPAN DE SERRA
3.8. JALPAN DE SERRA
Incidencia y número reproductivo instantáneo en JALPAN DE SERRA = 4.5 y = 1 40 Rt al 2021-05-10: 1.283 12 35
10 30
8 25
20 Rt 6
Incidencia 15
4 10
2 5
0 0
Rt al 2021-05-03: 0.352 12 35
10 30
25 8 20 6 Rt
Incidencia 15
4 10
2 5
0 0
2020-07 2020-09 2020-11 2021-01 2021-03 2021-05
Figura 12: Estimaciones de Rt (con datos obtenidos en [4]) suavizados con una media m´ovilde 7 d´ıas. La primera gr´aficapresenta el Rt correspondiente a esta semana; la segunda gr´aficapresenta el Rt de la semana pasada, para efectos comparativos. Para la primera gr´afica,se usan datos reportados el 24 de mayo de 2021 y recortados hasta el 10 de mayo de 2021. Segunda gr´afica,se usan datos del 17 de mayo de 2021 recortados al 3 de mayo. 3.9 PEDRO ESCOBEDO
3.9. PEDRO ESCOBEDO
Incidencia y número reproductivo instantáneo en PEDRO ESCOBEDO = 4.5 y = 1 18 Rt al 2021-05-10: 0.656
16 3.5
14 3.0
12 2.5
10 2.0 Rt 8
Incidencia 1.5 6 1.0 4
2 0.5
0 0.0 18 Rt al 2021-05-03: 0.518 16 3.5
14 3.0
12 2.5 10 2.0 Rt 8 Incidencia 1.5 6 1.0 4
2 0.5
0
2020-07 2020-09 2020-11 2021-01 2021-03 2021-05
Figura 13: Estimaciones de Rt (con datos obtenidos en [4]) suavizados con una media m´ovilde 7 d´ıas. La primera gr´aficapresenta el Rt correspondiente a esta semana; la segunda gr´aficapresenta el Rt de la semana pasada, para efectos comparativos. Para la primera gr´afica,se usan datos reportados el 24 de mayo de 2021 y recortados hasta el 10 de mayo de 2021. Segunda gr´afica,se usan datos del 17 de mayo de 2021 recortados al 3 de mayo. 3.10 QUERETARO´ CAPITAL
3.10. QUERETARO´ CAPITAL
Incidencia y número reproductivo instantáneo en QUERÉTARO CAP = 4.5 y = 1
500 Rt al 2021-05-10: 0.720
1.4 400
1.2 300 Rt 1.0
Incidencia 200
0.8 100
0.6 0
500 Rt al 2021-05-03: 0.695
1.4 400
1.2 300 Rt 1.0 Incidencia 200
0.8 100
0 0.6
2020-07 2020-09 2020-11 2021-01 2021-03 2021-05
Figura 14: Estimaciones de Rt (con datos obtenidos en [4]) suavizados con una media m´ovilde 7 d´ıas. La primera gr´aficapresenta el Rt correspondiente a esta semana; la segunda gr´aficapresenta el Rt de la semana pasada, para efectos comparativos. Para la primera gr´afica,se usan datos reportados el 24 de mayo de 2021 y recortados hasta el 10 de mayo de 2021. Segunda gr´afica,se usan datos del 17 de mayo de 2021 recortados al 3 de mayo. 3.11 SAN JOAQUIN
3.11. SAN JOAQUIN
Incidencia y número reproductivo instantáneo en SAN JOAQUÍN = 4.5 y = 1 5 Rt al 2021-05-10: 3.502 12
4 10
8 3
6 Rt
2 Incidencia 4
1 2
0 0 5 Rt al 2021-05-03: 1.058 12
4 10
8 3
6 Rt
Incidencia 2 4
1 2
0 0
2020-12 2021-01 2021-02 2021-03 2021-04 2021-05
Figura 15: Estimaciones de Rt (con datos obtenidos en [4]) suavizados con una media m´ovilde 7 d´ıas. La primera gr´aficapresenta el Rt correspondiente a esta semana; la segunda gr´aficapresenta el Rt de la semana pasada, para efectos comparativos. Para la primera gr´afica,se usan datos reportados el 24 de mayo de 2021 y recortados hasta el 10 de mayo de 2021. Segunda gr´afica,se usan datos del 17 de mayo de 2021 recortados al 3 de mayo. 3.12 SAN JUAN DEL R´IO
3.12. SAN JUAN DEL R´IO
Incidencia y número reproductivo instantáneo en SAN JUAN DEL RÍO = 4.5 y = 1
60 Rt al 2021-05-10: 0.840 2.00
50 1.75
40 1.50
1.25 Rt 30
Incidencia 1.00 20 0.75
10 0.50
0
60 Rt al 2021-05-03: 0.774 2.00
50 1.75
40 1.50
1.25 Rt 30
Incidencia 1.00 20 0.75 10 0.50 0
2020-07 2020-09 2020-11 2021-01 2021-03 2021-05
Figura 16: Estimaciones de Rt (con datos obtenidos en [4]) suavizados con una media m´ovilde 7 d´ıas. La primera gr´aficapresenta el Rt correspondiente a esta semana; la segunda gr´aficapresenta el Rt de la semana pasada, para efectos comparativos. Para la primera gr´afica,se usan datos reportados el 24 de mayo de 2021 y recortados hasta el 10 de mayo de 2021. Segunda gr´afica,se usan datos del 17 de mayo de 2021 recortados al 3 de mayo. 3.13 TEQUISQUIAPAN
3.13. TEQUISQUIAPAN
Incidencia y número reproductivo instantáneo en TEQUISQUIAPAN = 4.5 y = 1 Rt al 2021-05-10: 1.096 10 14
12
8 10
6 8 Rt 6 Incidencia 4 4
2 2
0 0
Rt al 2021-05-03: 0.822 14 10
12 8 10
6 8 Rt 6 Incidencia 4 4
2 2
0 0
2020-07 2020-09 2020-11 2021-01 2021-03 2021-05
Figura 17: Estimaciones de Rt (con datos obtenidos en [4]) suavizados con una media m´ovilde 7 d´ıas. La primera gr´aficapresenta el Rt correspondiente a esta semana; la segunda gr´aficapresenta el Rt de la semana pasada, para efectos comparativos. Para la primera gr´afica,se usan datos reportados el 24 de mayo de 2021 y recortados hasta el 10 de mayo de 2021. Segunda gr´afica,se usan datos del 17 de mayo de 2021 recortados al 3 de mayo. 3.14 TOLIMAN
3.14. TOLIMAN
Incidencia y número reproductivo instantáneo en TOLIMÁN = 4.5 y = 1 7 Rt al 2021-05-10: 1.245
6 20
5 15 4 Rt
3 10 Incidencia
2 5
1
0 0 7 Rt al 2021-05-03: 0.843
6 20
5 15 4 Rt 3 10 Incidencia
2 5 1 0 0
2020-08 2020-09 2020-10 2020-11 2020-12 2021-01 2021-02 2021-03 2021-04 2021-05
Figura 18: Estimaciones de Rt (con datos obtenidos en [4]) suavizados con una media m´ovilde 7 d´ıas. La primera gr´aficapresenta el Rt correspondiente a esta semana; la segunda gr´aficapresenta el Rt de la semana pasada, para efectos comparativos. Para la primera gr´afica,se usan datos reportados el 24 de mayo de 2021 y recortados hasta el 10 de mayo de 2021. Segunda gr´afica,se usan datos del 17 de mayo de 2021 recortados al 3 de mayo. 3.15 Comparaci´onde Rts
3.15. Comparaci´onde Rts
Comparación de números reproductivos instantáneos en Querétaro
QUERETARO CORREGIDORA EL_MARQUES 2.0 QUERETARO_CAP SAN_JUAN_DEL_RIO
1.8
1.6
1.4 Rt
1.2
1.0
0.8
0.6
Jun Jul Aug Sep Oct Nov Dec Jan Feb Mar Apr May 2021 dates
Figura 19: Comparaci´onde Rt obtenidos esta semana, para el estado de Quer´etaroy sus municipios con mayor incidencia aplicando media m´ovilde 7 d´ıasMA(5). Datos obtenidos de [4], actualizados el 24 de mayo de 2021 y recortados hasta el 10 de mayo de 2021.
Agradecimientos
La elaboraci´onde este reporte se hizo con el apoyo de los proyectos DGAPA-PAPIIT IV100220, IN115720 UNAM y de los recursos del Laboratorio Nacional de Visualizaci´onCient´ıfica UNAM Juriquilla.
Referencias
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