Survey on Milk Recording Systems in Cows Sheep and Goats 2016 2017
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Keep Garfagnina Alive. an Integrated Study on Patterns of Homozygosity, Genomic
bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/2020.04.16.044644; this version posted April 16, 2020. The copyright holder for this preprint (which was not certified by peer review) is the author/funder, who has granted bioRxiv a license to display the preprint in perpetuity. It is made available under aCC-BY 4.0 International license. 1 Keep Garfagnina alive. An integrated study on patterns of homozygosity, genomic 2 inbreeding, admixture and breed traceability of the Italian Garfagnina goat breed. 3 4 5 Christos Dadousis1,*, Francesca Cecchi2, Michela Ablondi1, Maria Chiara Fabbri3, 6 Alessandra Stella4,5, Riccardo Bozzi3 7 8 9 1 Dipartimento di Scienze Medico‐Veterinarie, Università di Parma, Parma, Italy. 10 2 Dipartimento di Scienze Veterinarie, Università di Pisa, Italy. 11 3 Dipartimento di Scienze e Tecnologie Agrarie, Alimentari, Ambientali e Forestali, 12 Università di Firenze, Firenze, 50144, Italy. 13 4 Istituto di Biologia e Biotecnologia Agraria, Consiglio Nazionale delle Ricerche, 14 Milano, Italy. 15 5 Fondazione Parco Tecnologico Padano, Lodi, Italy. 16 17 18 * Corresponding author: 19 Email: [email protected] (CD) 20 ORCID ID: https://orcid.org/0000-0002-7689-6443 21 1 bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/2020.04.16.044644; this version posted April 16, 2020. The copyright holder for this preprint (which was not certified by peer review) is the author/funder, who has granted bioRxiv a license to display the preprint in perpetuity. It is made available under aCC-BY 4.0 International license. 1 Abstract 2 The objective of this study was to investigate the genomic background of the 3 Garfagnina (GRF) goat breed that faces the risk of extinction. -
The Climatic and Genetic Heritage of Italian Goat Breeds with Genomic
www.nature.com/scientificreports OPEN The climatic and genetic heritage of Italian goat breeds with genomic SNP data Matteo Cortellari 1,16, Mario Barbato2,16, Andrea Talenti1,3*, Arianna Bionda1, Antonello Carta4, Roberta Ciampolini5, Elena Ciani6, Alessandra Crisà7, Stefano Frattini1, Emiliano Lasagna8, Donata Marletta9, Salvatore Mastrangelo10, Alessio Negro1, Ettore Randi11, Francesca M. Sarti8, Stefano Sartore12, Dominga Soglia12, Luigi Liotta13, Alessandra Stella14, Paolo Ajmone‑Marsan2, Fabio Pilla15, Licia Colli2 & Paola Crepaldi1 Local adaptation of animals to the environment can abruptly become a burden when faced with rapid climatic changes such as those foreseen for the Italian peninsula over the next 70 years. Our study investigates the genetic structure of the Italian goat populations and links it with the environment and how genetics might evolve over the next 50 years. We used one of the largest national datasets including > 1000 goats from 33 populations across the Italian peninsula collected by the Italian Goat Consortium and genotyped with over 50 k markers. Our results showed that Italian goats can be discriminated in three groups refective of the Italian geography and its geo‑political situation preceding the country unifcation around two centuries ago. We leveraged the remarkable genetic and geographical diversity of the Italian goat populations and performed landscape genomics analysis to disentangle the relationship between genotype and environment, fnding 64 SNPs intercepting genomic regions linked to growth, circadian rhythm, fertility, and infammatory response. Lastly, we calculated the hypothetical future genotypic frequencies of the most relevant SNPs identifed through landscape genomics to evaluate their long‑term efect on the genetic structure of the Italian goat populations. -
Local Adaptations of Mediterranean Sheep and Goats Through an Integrative Approach
Supplemental Information for: Local adaptations of Mediterranean sheep and goats through an integrative approach Bruno Serranito 1,2# , Marco Cavalazzi 3# , Pablo Vidal 4, Dominique Taurisson-Mouret 5, Elena Ciani 6, Marie Bal 3, Eric Rouvellac 3, Bertrand Servin 7, Carole Moreno-Romieux 7, Gwenola Tosser-Klopp 7, Stephen J. G. Hall 8, Johannes A. Lenstra 9, François Pompanon 10 , Badr Benjelloun 10,11 , Anne Da Silva 1* #: Serranito B. and Cavalazzi M. should be considered joint first author * Correspondence: [email protected] Table of Contents: Supplementary Table 1. Initial list breeds for the constitution of the datasets. Page 1 Supplementary Figure 1. Synthetic schema of the main steps for the Page 2 proposed approach. Supplementary Figure 2. Goat and sheep cradles description as a function of Pages 3-4 environmental variables: Synthetic descriptions of cradles and some characteristic breed phenotypic traits. Supplementary Table 2. Description of the breeds included in the sheep and Pages 5 -16 goat datasets. Number of individuals considered, country of origin, information on the breed history, geographical definition of the cradle, description of the breed, use and status. Supplementary Figure 3. LD analyses for sheep and goats. Page 17 Supplementary Text 1. Genetic structure assessment: admixture analyses, Pages 18 -20 sNMF cross-entropies and Mantel tests. Supplementary Figure 4 . Mapping display for sheep and goats, of the Pages 21 -22 geographical cradles and the GPS coordinates of the sampled points; statistical comparisons for the variables Annual Mean Temperature, Annual Mean Precipitation and Altitude between the distributions obtained by the cradle method and the GPS area method, display of the results via boxplots. -
STRUTTURE ZOOTECNICHE I. Organismi Autorizzati O Riconosciuti
Dipartimento delle Politiche competitive del mondo rurale e della qualità Direzione generale della competitività per lo sviluppo rurale Ufficio COSVIR X - Produzioni Animali - Dirigente: Claudio Lorenzini Tel. 06 46655098-46655096 - 06 484459 Fax. 06 46655132 e-mail: [email protected] STRUTTURE ZOOTECNICHE (Dec. 2009/712/CE - Allegato 2 - Capitolo 2) I. Organismi autorizzati o riconosciuti ai fini della tenuta o dell’istituzione dei registri o dei libri genealogici a) Specie bovina e bufalina Versione Stato membro Elenco degli organismi di cui all'articolo 1, lettera b), della direttiva 77/504/CEE Ufficialmente abilitati a redigere o a conservare i registri genealogici Marzo 2012 ITALIA (List of bodies as referred to in Article 1(d) of Directive 77/504/EEC officially approved for maintaining registers) Data del Nome Indirizzi utili Nome della razza Osservazioni riconoscimento Località Ferlina, 204 37012 Bussolengo (VERONA) Associazione Nazionale Allevatori +39 045 6760111 Bovini della Razza Bruna Italiana 18/02/1981 BRUNA (ANARB) +39 045 7156655 (D.P.R. n. 598 del 27/4/1960) @ [email protected] www www.anarb.it Fraz. Favret, 5 11020 Gressan Associazione Nazionale Allevatori Bovini di Razza Valdostana +39 0165250984 PEZZATA ROSSA (ANABORAVA) 18/11/1982 PEZZATA NERA DUPLICE (D.P.R. n. 22/6/1987) CASTANA +39 0165251009 @ [email protected] www www.anaborava.it Data del Nome Indirizzi utili Nome della razza Osservazioni riconoscimento Via Masaccio,11 42124 Mancasale (REGGIO EMILIA) Associazione Nazionale Allevatori Bovini di Razza Reggiana +39 0522 271396 16/05/1962 REGGIANA (ANARARE) +39 0522 271396 (D.P.R. n. 997 del 16/11/1962) @ [email protected] www www.razzareggiana.it Strada del Vio Viscioloso, 21 06132 San Martino In Colle (PERUGIA) MARCHIGIANA Associazione Nazionale Allevatori CHIANINA Bovini Italiani da Carne +39 075 6070011 18/10/1969 ROMAGNOLA (ANABIC) +39 075 607598 MAREMMANA (D.P.R. -
PRNP Polymorphisms in Eight Local Goat Populations/Breeds from Central and Southern Italy
animals Article PRNP Polymorphisms in Eight Local Goat Populations/Breeds from Central and Southern Italy Martina Torricelli 1,† , Carla Sebastiani 1,† , Marcella Ciullo 1, Simone Ceccobelli 2, Barbara Chiappini 3, Gabriele Vaccari 3 , Antonio Capocefalo 3, Michela Conte 3, Samira Giovannini 4, Emiliano Lasagna 4 , Francesca Maria Sarti 4 and Massimo Biagetti 1,* 1 Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell’Umbria e delle Marche-Togo Rosati (IZSUM), Via Salvemini 1, 06126 Perugia, Italy; [email protected] (M.T.); [email protected] (C.S.); [email protected] (M.C.) 2 Dipartimento di Scienze Agrarie, Alimentari e Ambientali, Università Politecnica delle Marche, 60131 Ancona, Italy; [email protected] 3 Dipartimento di Sicurezza Alimentare, Nutrizione e Sanità Pubblica Veterinaria, Istituto Superiore di Sanità, 00161 Rome, Italy; [email protected] (B.C.); [email protected] (G.V.); [email protected] (A.C.); [email protected] (M.C.) 4 Dipartimento di Scienze Agrarie, Alimentari e Ambientali, University of Perugia, 06121 Perugia, Italy; [email protected] (S.G.); [email protected] (E.L.); [email protected] (F.M.S.) * Correspondence: [email protected] † These authors contributed equally. Simple Summary: Scrapie is a naturally occurring transmissible spongiform encephalopathy of sheep and goats. Polymorphisms in single nucleotides in the coding sequence of the prion protein gene play a major role in relative susceptibility or resistance to classical scrapie. The most recent Citation: Torricelli, M.; Sebastiani, C.; Ciullo, M.; Ceccobelli, S.; Chiappini, modification of European Union Regulation 999/2001 (Regulation EU 772/2020) deals with the B.; Vaccari, G.; Capocefalo, A.; Conte, possible use of genetics in goats for scrapie outbreak management. -
ISAG Programme Abs Am.Indd
30 S0001 – S0016 Invited Speaker Abstracts INVITED SPEAKERS S0001–S0016 31 S0001 The power of comparative genetics and genomics S0004 Finding the causal variant in selective sweeps Kerstin Linbald-Toh. Elinor Karlsson. Broad Institute, USA; Uppsala University, Sweden. Broad Institute, Cambridge, MA, USA. The human genome contains hundreds of regions with patterns of genetic variation that refl ect recent, positive natural selection, yet for most the underlying gene and S0002 Using intra-species variation to understanding basic the advantageous mutation remain unknown. We have developed a method, the biology Composite of Multiple Signals (CMS), that, by combining multiple different tests for natural selection, increases our resolution by up to 100-fold. By applying CMS to the International Haplotype Map, we localize hundred signals, reducing the candidate Ewan Birney. region for each to just ~50-100kb. In many cases, we can identify the precise gene EMBL Outstation – Hinxton, European Bioinformatics Institute, Welcome Trust Genome and polymorphism targeted by selection. This includes genes involved in infectious Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, United Kingdom. disease susceptibility, skin pigment, metabolism, and hair and sweat. Nearly half Quantitative genetics based on large, outbred populations has had a long history in of the ~200 regions we localized contain no genes at all, and 13 contain long, non- both animal breeding and human disease studies. It is one of the few techniques coding RNAs, which can regulate nearby genes. In several regions we signifi cantly which one can apply to understand a complex phenotype when nothing else is known associate variants under selection with the expression of nearby genes. -
Linee Guida Per La Conservazione E La
La Newsletter n.53 di R.A.R.E. Novembre 2016 Cari Soci, in questa Newsletter troverete un sunto delle relazioni presentate nel corso del Convegno annuale di RARE tenutosi a Guastalla (RE) nell’ambito della manifestazione “Piante e animali perduti” del Comune di Guastalla. Informazioni sulla nostra associazione sono reperibili sul nostro sito: o www.associazionerare.it Abbiamo di recente aperto anche un account di RARE (RARE - Associazione Italiana Razze Autoctone a Rischio di Estinzione) su FaceBook, vi invitiamo a cercarci, comunicare notizie, opinioni… o https://www.facebook.com/associazionerare/?fref=ts è possibile contattarci via mail al nostro indirizzo di posta elettronica: o [email protected] o telefonando al numero: 0968.51633 (Floro De Nardo) Ricordiamo che non verranno più spedite NL ai soci non in regola con il pagamento della quota associativa. Le quote associative sono: € 25 (socio sostenitore) o almeno € 10 (socio simpatizzante). Spero che, anche nel 2015, continuerai a sostenere R.A.R.E. rinnovando la tua adesione con un versamento su CCP n° 21786397 intestato a RARE – Via Nemo Sottili, 1 – 42123 Reggio Emilia. E’ possibile versare la quota di adesione tramite bonifico bancario utilizzando l’IBAN n. IT31Z0760101000000021786397 ma per l’invio delle Newsletter ed eventuali comunicazioni, si invita chi paga tramite bonifico ad inviare i propri dati, via mail all’indirizzo dell’associazione indicato sopra. In questo numero 14° convegno annuale di RARE …………………….…………………..……2 Riccardo Fortina - Università di Torino, RARE -
Enti Selezionatori Che Tengono Libri Genealogici Per Gli Animali Riproduttori Di Razza Pura
REGOLAMENTO DI ESECUZIONE (UE) 2017/716 DELLA COMMISSIONE del 10 aprile 2017 recante modalità di applicazione del regolamento (UE) 2016/1012 del Parlamento europeo e del Consiglio per quanto riguarda i modelli di formulari da utilizzare per le informazioni da includere negli elenchi degli enti selezionatori e degli enti ibridatori riconosciuti. Gazzetta ufficiale dell’Unione europea L 109/1. DIPEISR - Dipartimento delle politiche europee e internazionali e dello sviluppo rurale DISR - Direzione generale dello sviluppo rurale DISR VII - Produzioni animali Dirigente: dott. Francesco BONGIOVANNI Via XX Settembre, 20 - 00187 Roma Piano 3, Stanza 96 Telefono: +39 06 4665 5096 E-Mail: [email protected] PEC: [email protected] WWW: https://www.politicheagricole.it/ ____________________________________________________________________ Enti selezionatori che tengono libri genealogici per gli animali riproduttori di razza pura Enti ibridatori che tengono registri suini ibridi per i suini ibridi riproduttori 1 REGOLAMENTO DI ESECUZIONE (UE) 2017/716 DELLA COMMISSIONE del 10 aprile 2017 recante modalità di applicazione del regolamento (UE) 2016/1012 del Parlamento europeo e del Consiglio per quanto riguarda i modelli di formulari da utilizzare per le informazioni da includere negli elenchi degli enti selezionatori e degli enti ibridatori riconosciuti. Gazzetta ufficiale dell’Unione europea L 109/1. I. Enti selezionatori che tengono libri genealogici per gli animali riproduttori di razza pura a) Animali riproduttori di razza -
The Hungarian Grey Cattle Breed
THE HUNGARIAN GREY CATTLE BREED THE HUNGARIAN GREY CATTLE BREED A technical publication Second revised edition Subsidised by Ministry of Agriculture and Rural Development FVM BU DA PEST 2004 LIMITED EDITION This book is the No. Authors: Imre BODO´ , István GERA and Gábor KOPPÁ´ NY Translation: Béla BORSOS Lector: György KOVA´ CS Puplished by: ASSOCIATION OF THE HUNGARIAN GREY CATTLE BREEDERS (A Ma gyar Szür ke Szar vas mar hát Te nyész tôk Egye sü le te) Budapest, 2004 Printing: PASSZER LTD, Budapest Book design & tipography: Katalin GYULAI The Hungarian Grey cattle breed CONTENTS Introduction 1. page 7 History of the Hungarian Grey cattle 2. page 9 2. 1. The origin of the breed..........................................................................................page 9 2. 2. The age of prosperity..............................................................................................page 10 2. 3. Turkish times...............................................................................................................page 11 2. 4. Decline.............................................................................................................................page 11 2. 5. The breed issue...........................................................................................................page 12 2. 6. Breed districts .............................................................................................................page 14 2. 7. The years after World War I.............................................................................page -
Intervento Battaglini
Allevamenti pastorali sulle Alpi: prodotti, opportunità e servizi Luca Battaglini DISAFA - Università degli Studi di Torino Rete Nazionale della Pastorizia [email protected] 30 maggio 2017 Museo Paul Russotto Palazzo Caporale 1. Allevamento degli ovini e dei caprini : una reale «necessità» per territori «meno favoriti» 2. I servizi ecosistemici e la pastorizia sulle Alpi occidentali 3. Nuove esigenze e prospettive anche culturali per lo sviluppo della pastorizia 1. Allevamento degli ovini e dei caprini Problemi di ordine generale • Riduzioni delle superfici a pascolo • Aumento delle dimensioni medie di greggi (e mandrie) • Perdita di caratteristiche di determinati ambienti • Riduzione della variabilità delle risorse genetiche (biodiversità zootecnica) • Perdita delle produzioni locali (e tipiche) Alpine livestock farming systems in the Alps: abandonment and intensification Abandonment 1980-2000 in the Alps (Streifeneder et al., 2005; mod.) 0 -10 % -20 -30 -40 -50 Abandonment Abandonment -60 -70 aziendefarms UBALivestock units Allevamenti alpini in Italia (Battaglini et al., 2014) Variation Year 1990 2000 2010 1990-2010 (%) Meadows and pastures (ha) 1,109,367 1,016,180 812,236 -26.6 Cattle (n.): Farms 43,774 26,949 21,221 -51.5 Heads 578,484 492,701 446,531 -22.8 Heads/farm 13.2 18.3 21.0 +59.2 Dairy cows 275,605 223,115 194,440 -29.4 Dairy farms 37,803 20,924 15,157 -59.9 Dairy cows/dairy farm 7.3 10.7 12.8 +76.0 Sheep (n.): Farms 7,901 6,279 4,402 -44.3 Heads 175,274 176,054 191,713 +9.4 Heads/farm 22.2 28.0 43.6 +96.3 Goats (n.): Farms 7,221 6,258 4,442 -38.5 Heads 84,455 95,872 89,625 +6.1 Heads/farm 11.7 15.3 20.2 +72.5 Variazioni superfici pastorali (Reg. -
Selection Signatures Scan in Several Italian Sheep Breeds Identifies Genes Influencing Micronutrient Metabolism S
Selection signatures scan in several Italian sheep breeds identifies genes influencing micronutrient metabolism S. Sorbolini1, C. Dimauro1, M. Cellesi1, F. Pilla2, N.P.P. Macciotta1 and the BIOVITA Consortium. 1Università di Sassari, Dipartimento di Agraria, Viale Italia 39, 07100 Sassari, Italy. 1Università del Studi del Molise, Dipartimento Agricoltura Ambiente Alimenti, Via F. de Sanctis s.n.c. 86100 Campobasso, Italy. [email protected] (Corresponding author) Summary Animal physiological functions involve enzymes and cofactors. Many of these substances can not be synthesized by the body, but derive from the diet. An example are micronutrients, that strongly affect production performance, whose requirements are often met by the farmers by adding supplements to the diet. The aim of this study was to investigate the genetic variability of Italian sheep breeds searching for possible selective sweeps that harbor genes involved in the metabolism of micronutrients in. SNP A sample of 496 sheep belonging to 20 breeds farmed in Italy were genotyped with the Illumina Ovine 50K beadchip. Data were analysed by canonical discriminant analysis (CDA). Forty SNP located in regions of the genome containing loci involved in the metabolism of vitamins and minerals were detected. in particular, genes linked to the metabolism of vitamins and minerals such as Selenocysteine Lyase (SCLY), calcium sensing receptor (CASR), Solute Carrier Family 23 Member 1 (SLC23A1) and Thiamine Triphosphatase (THTPA) were highlighted. Keywords: selection signatures, micronutrients, sheep, Canonical Discriminant Analysis Introduction Nutritional status is of particular importance for productive performances in livestock. Growth, milk production, reproduction depend on a wide range of essential nutrients such as amino acids, fatty acids, vitamins and minerals. -
Rapporto Sullo Stato Delle Risorse Genetiche Animali in Italia
▪▪▪cbfmdn{vs~qruxop|z ▪▪▪ Rapporto sullo Stato delle Risorse Genetiche Animali in Italia Luglio 2005 ▪▪▪cbfmdn{vs~qruxop|z ▪▪▪ ▪▪▪cbfmdn{vs~qruxop|z ▪▪▪ Introduzione L’autorizzazione per la stesura di questo Primo Rapporto Sullo Stato Delle Risorse Genetiche Animale del Paese è stata concessa nel marzo 2001 a seguito di una comunicazione pervenuta dal Direttore Generale dell’Organizzazione Nazionale per l’Alimentazione e Agricoltura – FAO - invitando l’Italia a partecipare alla stesura di un rapporto che dovrà chiarificare lo stato delle risorse genetiche del Paese. Il Ministero delle Politiche Agricole e Forestali (MiPAF) ha assegnato il compito della stesura del 1º Rapporto al ConSDABI, nella persona del prof. Donato Matassino. Questo 1. Rapporto del Paese, sinteticamente, descrive l’attuale situazione delle risorse genetiche animali per l’alimentazione e per l’agricoltura e identifica i bisogni per consentirne la tutela, la conservazione e l’utilizzazione; inoltre, riferisce sullo stato delle risorse genetiche animali, sullo stato e sull’andamento delle risorse, nonché sul loro potenziale contributo all’agricoltura, all’alimentazione e allo sviluppo della ruralità multifunzionale sostenibile; in piú, analizza l’attuale capacità del paese per la gestione di queste risorse ed evidenzia le priorità che potrebbero risultare utili per la cooperazione internazionale. 3 ▪▪▪cbfmdn{vs~qruxop|z ▪▪▪ CAPITOLO 1 RESOCONTO DELLO STATO DELLA BIODIVERSITÀ NEL SETTORE DEGLI ANIMALI IN ITALIA. 1.1. Punto di vista dell’agricoltura italiana sistemi di produzione animale e relativa biodiversità. 1.1.1. Il Paese L’Italia confina a ovest con la Francia, a nord con la Svizzera e l’Austria, a est con la Slovenia, e nel suo interno si trovano lo Stato Vaticano e quello di San Marino.