A Study of Brucella Inner Lipopolysaccharide Sections
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A mis aitas A Joseba La vida es una obra de teatro que no permite ensayos; por eso canta, ríe, baila, llora y vive intensamente cada momento de tu vida antes que el telón baje y la obra termine sin aplausos. Charles Chaplin Agradecimientos He leído un proverbio Masai que dice que Si quieres ir rápido camina solo, si quieres llegar lejos ve acompañado. Nada de lo que he conseguido hubiera sido posible sin todos y cada uno de los que me habéis acompañado y ayudado a construir este camino. Por eso, quiero agradecer, en primer lugar, a todo el Departamento de Microbiología y Parasitología de la Universidad de Navarra por hacerme sentir como en casa. Sois una gran familia, gracias por acogerme con los brazos abiertos desde el día en que llegué. Gracias a las doctoras Maite Iriarte y Raquel Conde por la excelente dirección de este trabajo, el apoyo y el cariño que me habéis dado durante estos años. Raquel, gracias por estar en todo momento disponible para resolver mis dudas, por alegrarte de las buenas noticias (incluso a veces más que yo) y hacerme ver que las malas eran menos malas. Porque sin ti nada de esto hubiera sido posible. Por involucrarte siempre con ilusión y saber transmitirme ganas de aprender. Maite, por la paciencia, por enseñarme a escribir entendiendo el porqué de las cosas y hacer que las ideas cobrasen sentido; por tu implicación en esta recta final de la tesis. Gracias también al Doctor Ignacio Moriyón, por ser el alma del grupo Brucella, gracias por tus consejos y ayuda, por enseñarnos a mirar con otros ojos. Al Doctor Ignacio López-Goñi, por las correcciones de esta tesis; por valorar mi trabajo. Gracias también al resto de profesores y doctores del Departamento: Guillermo Martínez de Tejada, Carlos Gamazo, Paul Nguewa, Anabel Vitas y David González por el apoyo, el cariño y vuestra sonrisa. Gracias a la doctora Begoña Alonso, por tu gracia y salero, por enseñarnos a transmitir pasión en las explicaciones. A María Orbe, la esencia de Micro; por ser la principal responsable de que en este departamento se respire esa atmósfera tan especial que te hace sentir como en casa. Tu eficacia y eficiencia son asombrosas y es un gusto trabajar contigo. Por hacer las cosas de buen humor y siempre con la mejor sonrisa. Gracias a Rosario, por tu cariño, tu buen humor y por cuidar de nosotros como una madre. A mis compañeros de batallas durante el día a día. Gracias de corazón a Alberto, por tu buen humor, tu gusto por las cosas bien hechas, por tu PACIENCIA y tu disposición para ayudarme en todo momento, aun siendo una CANSINA con mayúsculas. A Amaia, gracias por enseñarme prácticamente todo lo que se. Por ayudarme a madurar tanto en el laboratorio como fuera de él. Por saber exactamente (a veces incluso mejor que yo) qué estoy pensando y como me siento en cada momento. Gracias porque juntas conseguimos uno de nuestros objetivos pendientes. De ti he heredado el gusto por las cosas bien hechas y he aprendido a quedarme con lo bueno de las cosas y saber valorar lo que tenemos. Gracias por dejarme compartir contigo las aventuras que están por venir. Celia, por tu buen humor y por traer la alegría a nuestras vidas junto con Olivia. A Leti, gracias por cederme un porcentaje de tu amistad (sea cual sea), por esas interesantes conversaciones que hacían que trabajar en el P3 fuera apetecible incluso los viernes por la tarde. Por tus “leticiadas”, por tu sentido del humor y por hacerme reír. A Miriam, los malos momentos son menos malos contigo aquí. Gracias por hacerme reír con tus nombres y exageraciones de maña. A Bea, por tu alegría, tu dulzura y por contagiar ganas de aprender y de hacer planes. Por hacerme ver que, si se quiere, se puede. Gracias por tu cariño cada día. A Yadira, porque siempre consigues sacarnos una sonrisa a todos. Por tu cariño, tu buen humor y por saber entenderme. A Lara, porque desde el día que llegaste supe que íbamos a llevarnos bien. Por compartir todos mis momentos como si fueran los tuyos propios. Porque sé que siempre puedo contar contigo. Tu cariño siempre me ha ayudado en los momentos más difíciles. Pepe, gracias por traer tu gracia malagueña a nuestras vidas. Eres un grande, gracias por haber nacido en viernes ;-). A Melibea, María Fernández y Maite Loperena, las nuevas generaciones que habéis sabido calar hondo en esta familia. Maite, nueva chica Brucella; Ezkaroz (y Garralda…) tienen una buena representante en la ciencia y en la música. Hawraa, thanks for coming, for your smile. I hope to try again lebanese food and dance. A los ya doctores Ana Camacho, Pedro, Raquel Ferrer, Estrella, Andrés y Sergio, quienes, cerca o lejos, seguís formando parte de esto. Ana, gracias por ser mi “abuela” favorita, por tus consejos y por cuidar siempre de mí. Pedro, por tu alegría y buen humor. Tenías razón; al final conseguí sacarle más punta al núcleo del LPS. Raquel, por los viejos tiempos, los momentos compartidos en campana, y porque con buena música y buena compañía todo sale mejor. A Andrés, por tu humor irónico que siempre me ha hecho reír. Gracias por tu ayuda y tus consejos. GRACIAS a Estrella, por ser mi mejor mitad. Una “mijilla” de mí se fue contigo a Granada (o a Málaga), y siempre voy a echarte de menos, a ti y a tus abrazos. Sé que allí donde vayas todo te va a ir bien. Todos necesitamos una Estrella en nuestras vidas, y yo tuve esa suerte. Juntas los experimentos siempre fueron más amenos, aunque no siempre saliesen como queríamos… A Sergio, por compartir conmigo esta experiencia de principio a fin. Gracias por derrochar simpatía y por estar siempre a mi lado (literalmente). Gracias también a Marijo, por saber escuchar, por tu creatividad y tu paciencia. A Mammar, por tu buen humor, venir siempre con una sonrisa en la cara y tu buena disposición para aprender. Da gusto trabajar contigo. Gaby, la “tica”; por enseñarme que los experimentos, cuando se resisten, es porque la naturaleza no quiere revelar sus más profundos secretos. Ahora en Marsella estoy segura de que será más fácil irnos de pintxos alguna tarde… A todos los integrantes del Departamento de Histología, por cederme con cariño un sitio luminoso y tranquilo donde escribir la tesis. A mis amigas, Oihane, Raquel, Leyre, Mayte, Cris y Raquel, por estar SIEMPRE y en todos los momentos a mi lado. Por los viernes desestresantes, los viajes, y por todo lo que nos queda por vivir juntas. Por conseguir restar importancia a los problemas y que las alegrías se multipliquen cuando estoy con vosotras. A la Pampis, mejor ejemplo de hermana. Gracias por animarme desde el principio, por compartir alegrías y penas; por los sueños que aún nos quedan... A Rosa, gracias por tu alegría, por ser tan “como yo” y María, por tu risa, por nuestros planes, “asante”. Gracias a las dos por formar parte de mis primeros recuerdos. A las biólogas, Maite, Mirian, Teresa, Bea, Ruth y Raquel, gracias por los maravillosos años de carrera. Sin vosotras todo hubiera sido mucho más difícil. Nunca pensé que contar palomas a -5ºC pudiese ser tan divertido. En especial a Miren, gracias por aparecer y por quedarte. Por tu sentido del humor y tus ganas de aprender. Aunque siempre te lo digo… de mayor quiero ser como tú. A mis aitas, porque sin vosotros nada de esto hubiera sido posible. Gracias por estar siempre conmigo, por creer y confiar en mí; por animarme y apoyarme en todas mis decisiones. A Joseba, por cuidarme, entender y escuchar con paciencia; por ayudarme a llevar con buen humor los malos momentos. Por sacar lo mejor de mí y hacerme el camino más fácil. Por el pasado, el presente y el futuro. Al resto de mi familia, por el cariño y vuestro apoyo en todo momento. Y por último, quiero agradecer a la Asociación de Amigos de la Universidad de Navarra la beca otorgada para la realización de esta tesis. CONTENTS Abstract … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … 1 Resumen … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … 3 General introduction … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … 7 Brucella and brucellosis … … … … … … … … … … … … … … … … … … … 9 Diagnosis and treatment … … … … … … … … … … … … … … … … … … … 12 Vaccination … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … 13 Brucella virulence … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … 14 Brucella outer membrane and innate immunity … … … … … … … … … … … 15 Brucella lipopolysaccaride … … … … … … … … … … … … … … … … … … 17 References … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … 21 Objectives and approach … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … 31 Capítulo 1. Identificación de dos genes potencialmente implicados en la síntesis de diaminoglucosa, un componente esencial del lípido A de Brucella … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … 37 Abreviaturas … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … 39 Resumen … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … 41 Introducción … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … 43 Material y Métodos … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … 49 Resultados … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … 57 Discusión … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … 71 Referencias … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … 75 Material suplementario … … … … … … … … … … … … … … … … … … … 81 Chapter 2. WadD, a new Brucella lipopolysaccharide core glycosyltranfserase identified by genomic search and phenotypic characterization … … … … … … … … … … … … … … … … … … 91 Abbreviations … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … 93 Abstract … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … 97 Introduction … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … … 99 Experimental procedures