Habilitation À Diriger Des Recherches Présentée Par Yannis-Nicolas FRANCOIS
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UNIVERSITÉ DE STRASBOURG ÉCOLE DOCTORALE DES SCIENCES CHIMIQUES Habilitation à Diriger des Recherches présentée par Yannis-Nicolas FRANCOIS Soutenue le : 30 novembre 2016 pour obtenir le grade de : Maître de Conférences HDR Discipline/ Spécialité : chimie analytique et spectrométrie de masse Développement du couplage électrophorèse capillaire – spectrométrie de masse: applications à la caractérisation fine de protéines Garant HDR : Dr. Emmanuelle LEIZE-WAGNER Directrice de recherche, Université de Strasbourg RAPPORTEURS : Dr. Valérie GABELICA Rapporteur externe, IECB Bordeaux Pr. Myriam TAVERNA Rapporteur externe, Institut Galien Paris-Sud Dr. Sarah CIANFERANI Rapporteur interne, Université de Strasbourg AUTRES MEMBRES DU JURY : Pr. Maurice MILLET Président du jury, Université de Strasbourg Dr. Alain BECK Examinateur, Centre d’immunologie Pierre Fabre Dr. Davy GUILLARME Examinateur, Université de Genève, Université de Lausanne « A garanty job for life only encourage the faculty to become complaisant » Dr. Sheldon Cooper 3 4 Remerciements Ahhh!!!!! Cette fameuse partie des remerciements ! Ce paragraphe si important dans un manuscrit de doctorat qu’il en est parfois le plus long à écrire. En effet, il ne faut oublier personne : de la rencontre d’un jour à l’amitié de toujours, de la famille et des amis « d’avant » aux collègues si précieux des trois dernières années. Surtout chaque anecdote symbolysant trois années de labeur, de rencontre et d’amitié doit être sanctifiée dans ces quelques pages post-introduction. Je me souviens le plaisir que m’a procuré la rédaction des remerciements de ma thèse, et l’émotion que j’ai eu en lisant ceux de mes deux premiers thésards et amis Michael et Rabah. Inoubliable !! Mais alors qu’en est-il de l’habilitation à diriger des recherches. Considérée parfois comme une seconde thèse, l’HDR est censée être l’âge de la maturité (censée seulement !!!). Alors, comme le 2 est toujours moins bon que le premier opus (cet adage n’est évidemment vrai que pour les remerciements !!), les remerciements pour mon HDR seront plus concis tout en conservant une extrême sincérité. Ce travail a été réalisé au sein de l’UMR Chimie de la Matière Complexe (CNRS-UMR 7140) dirigé par le Professeur Mir Wais HOSSEINI. Je lui suis très reconnaissant pour son accueil au sein de l’unité. Je tiens à remercier le Dr. Valérie GABELICA, le Pr. Myriam TAVERNA et le Dr. Sarah CIANFERANI pour avoir accepté d’évaluer les travaux présentés lors de mon HDR. Je remercie également le Dr. Davy GUILLARME d’avoir accepté de faire parti de mon jury d’HDR. Je souhaite également remercier le Pr. Maurice MILLET qui a accepté de présider le jury de mon HDR. Merci surtout pour la grande collaboration que nous avons en enseignement au sein de la faculté de Chimie. Je tiens particulièrement à remercier le Docteur Emmanuelle LEIZE-WAGNER pour s’être portée garant pour mon HDR. Je tiens surtout à te remercier pour le soutien que tu as porté pour ce projet et pour le développement du couplage CE-MS. Les nombreuses discussions scientifiques que nous avons régulièrement m’ont permis d’apprendre énormément et d’acquérir une expertise en spectrométrie de masse. J’espère que cette collaboration continuera longtemps avec la même réussite. Le Laboratoire occupe une place centrale dans la vie d’un chercheur. Le mien a eu différents noms (LDSM2, LSMIS) et différents endroits (ISIS, Tour de Chimie, Institut Lebel), mais malgré 5 des conditions souvent précaires, on y est bien. Je voulais par conséquent remercier l’ensemble des personnes permanentes composant le LSMIS. Que serait le service sans le labo et le labo sans le service ? La question reste posée, malheureusement la croisée des chemins est arrivée. En tout cas, merci au Dr. Hélène NIERENGARTEN, mais aussi à Romain CARRIERE, Mélanie LEBRETON et Stéphanie KOUAHO d’avoir été là toutes ces années. Deux collaborations académiques ont été au centre de ces recherches et ont permis la bonne tenue de cette HDR. Tout d’abord, je tiens à remercier la plateforme protéomique de l’IBMC dirigée par Philippe HAMMANN et composée de Lauriane KUHN, Johana CHICHER et Philippe WOLF. En plus d’être des personnes exeptionnelles humainement parlant, vous êtes mes références en protéomiques et ARNomiques. J’espère continuer à travailler encore longtemps avec vous. Je tiens à remercier l’équipe du Dr. Alain BECK au Centre d’Immunologie Pierre Fabre. Alain, il n’y a rien à rajouter tant cette collaboration académique a bouleversé le sens de mes recherches. Et en plus, il reste tant de choses à faire… Vivement la suite !! Deux collaborations industrielles m’ont aussi permis de réaliser ces recherches. Je tiens à remercier la société Sciex (anciennement Beckman Coulter) pour m’avoir fait confiance en me prêtant le couplage CESI-MS. Merci particulièrement à Michel ANSELME pour qui j’ai une très grande amitié. Je tiens à remercier la société Bruker Daltonics et plus particulièrement Pierre-Olivier SCHMIT et Yann HEBERT pour leur soutien tout au long de ces années. Il ne faut jamais oublier ceux qui permettent le bon fonctionnement des systèmes et qui ont une très grande connaissance des machines. Merci à Dominique MELLON, Jean-Michel BILLMANN, Claude TROESCH, Philippe KORDEK et Patrick SCHMIDT pour leur patience, leur humour et leur gentillesse. Enfin, l’HDR ne pourrait pas être soutenu sans ceux qui font la science, ceux qui ont la fraîcheur et l’insouciance de la jeunesse : « les étudiants ». Sans eux, rien n’est possible. Parfois simple, parfois compliqué, un encadrement est toujours riche en enseignement. Sur ce point, j’ai eu la chance de « tomber » sur des étudiants exceptionnels. Je dois commencer par Michael et Rabah. Sans eux deux, rien de tout cela n’aurait été possible. Tout ce qui est dans ce manuscrit vous appartient aussi, donc merci pour tout. Je 6 copie dans ces remerciements le commentaire que j’ai fait à vos thèses respectives. Je n’en changerai pas une ligne. Michael BIACCHI : Alors évidemment tu t’en doute, je ne vais pas poser de questions sur ton travail Michael. Je vais juste essayer de faire un retour et un petit bilan sur ce projet un peu fou qu’a été ta thèse. 5 ans aujourd’hui que tu nous as dit « OK » à Emmanuelle et à Moi à la question « Mais pourquoi tu ne ferais pas une thèse chez nous ??? » « Franchement, tu en es capable… » « En plus tu vas voir, on a un super sujet CE-MS à te proposer. Bon y a pas de CE au labo, niveau MS, faut voir avec le service pour avoir du temps machine, pour le financement, faut voir avec ta formation continu et en gros si tout va bien, tu viendras une semaine tous les deux mois pendant quatre ans… »… « Mais ce serai génial quand même… » Ce projet Michael, je crois qu’aujourd’hui on peut te dire la vérité avec Mannue, c’était quand même de la folie pure… Mais on s’est basée sur une intuition, Ta capacité hors du commun à chercher, à creuser, à créer, à fouiner bref ta très grande curiosité. Et il ne nous a pas fallu longtemps pour le savoir puisqu’on s’est uniquement basé tes trois semaines de présence au laboratoire pour ton Master. Donc c’était un pari. Et aujourd’hui on peut dire que le pari a été gagnant et que c’est une grande réussite. Alors je ne vais pas détailler toute ta thèse, l’organisation totalement anarchique, la formation de la CE que j’ai été faire à Thionville dans ton laboratoire (où j’ai toujours été très bien reçu d’ailleurs), le développement instrumental en partant de zéro c’est-à-dire de machine commerciale, les heures passées au labo devant ta CE quasiment à lui parlée. Parce que si, il y a une chose que je peux attester, c’est le sérieux avec lequel tu as menés ton projet. Tout au long de ta thèse, lorsque tu étais au labo, tu n’as jamais compté tes heures jusqu’à des soirées très tardives et musicales avec Rabah et des instants chocolats avec Marianne. Et tu as même été jusqu’à prendre toutes tes vacances au laboratoire. Bref, il m’arrivait de t’appeler à minuit au labo pour faire un point manip et évidemment tu y étais. Et ben, aujourd’hui tu peux être fier du résultat. Ah oui j’oubliai, parce que tu aimes te faciliter la tâche (ou bien la thèse), tu as décidé de construire ta maison de tes mains, d’organiser ton très beau mariage et même comme dernier challenge d’obliger ta fille à naitre 5 jours après la fin du l’écriture du manuscrit de ta thèse. Bref, je fini juste par te dire que ta thèse est évidemment exceptionnelle dans son déroulement et comme tu l’as dit « un thésard comme toi c’est unique et j’en aurais plu », mais je pense surtout que ta thèse est exceptionnelle par la qualité de tes résultats et par l’excellence des recherches que tu as menées au laboratoire. Et c’est très important que tu t’en convainques. Donc, je pense réellement qu’aujourd’hui tu allies parfaitement la bonne équation entre la technique (qui est l’un de tes atouts majeurs, quoi que tu en penses) et la création scientifique. J’espère que tes expériences avenir te permettront de t’épanouir car je crois que maintenant que tu as ouvert la boite de Pandore, tu ne pourras pas t’arrêter là. Plus personnellement, tu as été mon premier encadrement de thèse et franchement je n’aurais pas pu rêver mieux. J’ai appris énormément sur moi et sur mon travail en suivant ton doctorat.