Análisis Demográfico Y Caracterización Seminal Del Caballo De Las Retuertas De Doñana

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Análisis Demográfico Y Caracterización Seminal Del Caballo De Las Retuertas De Doñana DEPARTAMENTO DE GENÉTICA DEPARTAMENTO DE PRODUCCIÓN ANIMAL UNIVERSIDAD DE CÓRDOBA ANÁLISIS DEMOGRÁFICO Y CARACTERIZACIÓN SEMINAL DEL CABALLO DE LAS RETUERTAS DE DOÑANA PRESENTADO POR MARÍA MIRÓ ARIAS Para optar al grado de Doctor por la Universidad de Córdoba Córdoba, 2015 TITULO: Análisis demográfico y caracterización seminal del caballo de las retuertas de doñana AUTOR: María Miro Arias © Edita: Servicio de Publicaciones de la Universidad de Córdoba. 2016 Campus de Rabanales Ctra. Nacional IV, Km. 396 A 14071 Córdoba www.uco.es/publicaciones [email protected] Dr. Jose Luis Vega Pla, Director del Laboratorio de Investigación Aplicada, Subdirección General de la administración Periférica, Ministerio de Defensa. Dr. Jose Manuel León Jurado, Investigador del Departamento de Genética de la Universidad de Córdoba. INFORMAN Que la tesis doctoral titulada ANÁLISIS DEMOGRÁFICO Y CARACTERIZACIÓN SEMINAL DEL CABALLO DE LAS RETUERTAS DE DOÑANA, realizada por Dña. María Miró Arias bajo nuestra dirección y asesoramiento, reúne las condiciones y calidad científica deseadas para la defensa por parte del doctorando con vistas a optar por el grado de doctor. Para que conste y a los efectos oportunos firmamos la presente en Córdoba (España), a 17 de noviembre de 2015. Firma de los directores Fdo.: Jose Luis Vega Pla Fdo.: Jose Manuel León Jurado DEDICATORIA A mis padres, por ser mi origen y mi camino; A mi hermana Trinidad, mi ejemplo a seguir A Rafa, mi compañero de viaje, Por hacer grande cada momento insignificante Y llenarlo de felicidad Esta tesis es por ellos y para ellos Trabajé mi suerte con delirio día a día, Tropecé mil veces y aprendí a volar. (Raphael) AGRADECIMIENTOS A Ángel Vallecillo, por ser mi hermano, amigo y maestro. A Jose Luis, por ser el mejor director que se pueda encontrar; Por su disciplina y su eterna paciencia; Por sus consejos y sus palabras de apoyo cuando más lo necesitaba; Por haber volcado toda su experiencia y profesionalidad. A Juanvi, por brindarme esa primera oportunidad de trabajar a su lado hace ya diez años; Por compartir su experiencia, vivencias, risas y buenos ratos, por compartir hasta su despacho; por confiar en mi tanto o más que yo misma. A Espe, por su energía positiva y por ser una mujer de bandera, un ejemplo a segur. A Águeda, Javi, Ander y Sergio, mis compañeros de batalla; Por estar siempre disponibles y dispuestos a colaborar. Esta es tan solo la primera de las cuatro tesis doctorales que vamos a sacar adelante. A todos los estudiantes, compañeros y amigos que han pasado por la sala de becarios y que han dejado mucho de ellos en mí. En especial a María Cruz, Judith, Montse, Saif y Abdoallah. A mis compañeros del Centro Agropecuario de la Diputación de Córdoba. En especial a Jose, Kiki, Alejandro, Paco, Nene… Por todo su apoyo logístico y personal. Por los buenos momentos que hemos pasado y los que quedan por llegar. Al equipo del Laboratorio de Investigación Aplicada del Ministerio de Defensa. A Rafa, Paco, Jose Manuel, Manolo, Pedro, Mª Carmen, Tino, Rafael, Santiago, Almudena, Lourdes y Meli, por tantas risas y horas y horas al lado de esos caballos. Por un trabajo bien hecho. A Fernando Peña, Cristiga Ortega y todo su equipo del Hospital Clínico Veterinario de la Universidad de Extremadura, por su calidad científica y humana. A Nuno, Inés y demás compañeros del INIAV (Santarem, Portugal), por acogerme en su institución y en su casa. A Juan Galisteo, Juanma López y toda la familia de Las Turquillas y del Centro de Cría y Remonta del Ministerio de Defensa (Écija); A Carlos Marín, esos maestros que me inculcaron la pasión por esta profesión. Aquellas primeras ecografías y visitas a explotaciones me marcaron tanto que fueron el motivo de mi especialización en reproducción animal. A Coco y Ana, mis mejores amigas; por esos cafés terapéuticos que regeneran cuerpo y mente CONTENIDO 1 Contenido 1. INTRODUCCION ............................................................................................................................. 11 1.1 ESTADO DEL PROBLEMA ................................................................................................................................. 11 1.2 OBJETIVOS .............................................................................................................................................................. 13 1.2.1 Objetivo general ............................................................................................................................................... 13 1.2.2 Objetivos específicos ..................................................................................................................................... 13 2. REVISIÓN BIBLIOGRÁFICA .............................................................................................................. 15 2.4.1 Polimorfismos bioquímicos ........................................................................................................................ 28 2.4.2 Marcadores microsatélites .......................................................................................................................... 28 2.4.3 Estructura y distancias entre poblaciones ........................................................................................... 32 2.5.1 Endogamia y tamaño efectivo .................................................................................................................... 44 2.5.2 Deriva genética................................................................................................................................................. 46 2.5.3 Depresión exogámica .................................................................................................................................... 46 2.5.4 Fragmentación de la población ................................................................................................................. 46 2.5.5 Coeficiente de relación promedio (AR) .................................................................................................. 46 2.5.6 Nivel de reconstrucción del pedigrí ........................................................................................................ 47 2.5.7 Selección de los ancestros ........................................................................................................................... 47 2.5.8 Indice de conservacion genética (GCI) ................................................................................................... 48 2.5.9 Intervalos generacionales ........................................................................................................................... 48 3. METODOLOGIA Y DISEÑO EXPERIMENTAL...................................................................................... 59 3.1 METODOLOGIA Y DISEÑO EXPERIMENTAL DEL ANÁLISIS DEMOGRÁFICO ........................ 59 3.1.1 Descripción de la población ........................................................................................................................ 59 3.1.2 Recogida de las muestras ............................................................................................................................. 61 3.1.3 Tipificación de las muestra ......................................................................................................................... 61 3.1.4 Análisis poblacional ....................................................................................................................................... 62 3.2 METODOLOGÍA Y DISEÑO EXPERIMENTAL DE LA CARACTERIZACIÓN SEMINAL ............ 63 3.2.1 Animales ............................................................................................................................................................. 63 3.2.2 Localización y periodo del experimento ............................................................................................... 65 3.2.3 Adaptación ......................................................................................................................................................... 65 3.2.4 Adiestramiento ................................................................................................................................................ 65 3.2.5 Recolección de semen ................................................................................................................................... 65 3.2.6 Análisis del semen .......................................................................................................................................... 66 3.2.7 Análisis unifactorial de efectos fijos y prueba a posteriori de homogeneidad de medias para las características seminales de Caballos de la Retuerta................................................................... 67 3.2.8 Criopreservación seminal con diversos diluyentes .......................................................................... 68 3.2.9 Estimación de la calidad del semen mediante sistema CASA ....................................................... 70 3.2.10 Evaluación de la vitalidad espermática y grado de apoptosis en el semen criopreservado mediante citometría de flujo. .................................................................................................. 71 4. RESULTADOS ................................................................................................................................. 73 4.1 RESULTADOS DEL ANÁLISIS DEMOGRÁFICO ........................................................................................
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