Supplementary Table 4 - Patient P10 Heat maps of mutations and expression for patients with three or more tumor sample analyzed.

P10 SNV Allele frequency Log2(FPKM+1) GeneSymbol S1 S5 S8 S1 S5 S8 S1 S5 S8 Ref KDM6A* 1 1 1 0.82 0.87 0.64 2.36 2.28 2.22 3.01 UBAP2L 1 1 1 0.63 0.58 0.47 4.72 5.10 5.33 4.78 SLC12A5 1 1 1 0.60 0.32 0.29 0.05 0.01 0.00 0.02 KDM6A FMO1 1 1 1 0.59 0.56 0.41 0.23 0.04 0.40 0.14 MCC 1 1 1 0.58 0.46 0.49 4.33 5.29 4.99 4.54 3.50 MCAM 1 1 1 0.57 0.38 0.38 2.73 2.60 3.95 3.11 CCDC60 1 1 1 0.52 0.47 0.36 0.06 0.01 0.00 1.58 3.00 RALYL 1 1 1 0.52 0.25 0.24 0.03 0.03 0.00 0.15 2.50 AGXT 1 1 1 0.50 0.40 0.29 0.01 0.00 0.00 0.04 FAM209B 1 1 1 0.46 0.33 0.35 0.01 0.02 0.02 0.09 2.00 MYO7B 1 1 1 0.45 0.52 0.34 0.01 0.00 0.01 0.13 PPARG 1 1 1 0.45 0.48 0.34 5.55 5.93 5.70 5.92 1.50

MUC4 1 1 1 0.44 0.42 0.29 0.17 0.12 0.05 0.67 Log2(FPKM+1) HRAS** 1 1 1 0.44 0.39 0.20 4.32 4.75 4.55 3.28 1.00 MIA3 1 1 1 0.39 0.38 0.19 5.30 5.35 5.15 4.70 0.50 CLTC# 1 1 1 0.39 0.39 0.37 5.57 5.93 5.81 6.05 CEP152 1 1 1 0.38 0.43 0.17 3.28 2.78 3.25 2.14 0.00 DDC 1 1 1 0.38 0.34 0.29 0.01 0.01 0.00 0.12 S1 S5 S8 Ref HERC2 1 1 1 0.38 0.36 0.25 3.60 3.77 3.09 3.14 SEMA3D 1 1 1 0.37 0.51 0.26 0.38 0.60 0.53 2.83 ZNF320 1 1 1 0.34 0.41 0.22 4.14 4.25 4.08 4.07 HRAS ERBB3# 1 1 1 0.34 0.39 0.26 5.52 5.85 5.60 4.69 KSR2 1 1 1 0.33 0.39 0.27 0.75 1.17 0.65 0.97 5.00 TRERF1 1 1 1 0.32 0.42 0.27 2.10 2.45 2.25 2.63 4.50 COG4 1 1 1 0.31 0.36 0.27 3.78 4.06 4.12 3.58 4.00 LPAR5 1 1 1 0.31 0.43 0.24 0.92 1.03 0.47 1.17 3.50 PRTN3 1 1 1 0.30 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 BDP1 1 1 1 0.29 0.42 0.29 4.18 4.34 3.98 3.62 3.00 RYR2 1 1 1 0.29 0.26 0.19 0.80 0.24 0.90 1.08 2.50 SAFB 1 1 1 0.29 0.47 0.35 4.44 4.46 4.90 3.96 2.00

SEMA6D 1 1 1 0.26 0.40 0.29 1.17 0.85 1.51 2.25 Log2(FPKM+1) 1.50 CROCC 1 1 1 0.25 0.31 0.16 2.86 2.73 2.76 1.83 HECW1 1 1 1 0.21 0.37 0.34 0.07 0.08 0.04 0.63 1.00 ZBTB45 1 1 1 0.21 0.41 0.21 0.66 0.60 0.78 0.92 0.50 PLXNB2 1 1 1 0.17 0.13 0.02 4.99 5.31 5.39 4.57 0.00 MROH7 1 1 1 0.12 0.04 0.01 S1 S5 S8 Ref CCDC40 1 1 1 0.12 0.03 0.05 0.30 0.25 0.68 1.04 NIPAL4 1 1 1 0.09 0.02 0.02 3.23 3.79 3.37 2.75 CYP2A7 1 1 1 0.07 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 OR4N4 1 1 1 0.06 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 POU5F1B 1 1 1 0.05 0.05 0.03 0.19 0.26 0.28 0.19 ZNF585A 1 1 1 0.02 0.05 0.05 1.66 1.65 1.49 1.96 AGAP6 1 1 1 0.01 0.04 0.01 2.12 2.23 1.74 1.67 LYPLA2 1 1 0.45 0.32 1.54 1.73 1.80 2.01 COBL 1 1 0.44 0.24 0.03 0.02 0.06 0.76 NELFCD 1 1 0.44 0.26 ATP2B2 1 1 0.42 0.28 0.01 0.01 0.02 0.18 SLC18A1 1 1 0.42 0.31 0.02 0.01 0.00 0.07 HAND2 1 1 0.42 0.23 0.20 0.14 0.46 2.04 ADPRM 1 1 0.40 0.35 0.98 1.15 1.48 1.62 SQLE 1 1 0.35 0.19 2.81 2.81 2.74 2.93 SDF4 1 1 0.33 0.36 4.70 5.27 5.29 4.97 ZNF891 1 1 0.33 0.29 1.48 1.16 1.10 1.66 SSSCA1 1 1 0.31 0.30 1.85 2.44 2.40 2.31 KLHL40 1 1 0.27 0.29 CYP2D6 1 1 0.20 0.06 0.16 0.17 0.27 0.12 SLU7 1 1 0.16 0.21 4.54 4.59 4.82 4.42 TNRC18 1 1 0.12 0.04 4.29 4.58 4.14 3.82 GREB1 1 1 0.12 0.02 0.08 0.18 0.05 0.70 KNDC1 1 1 0.12 0.03 0.03 0.00 0.00 0.18 IL12RB1 1 1 0.09 0.01 0.03 0.07 0.13 0.61 PPEF2 1 1 0.06 0.02 5.55 0.19 1.72 1.84 MUC5B 1 1 0.05 0.01 0.07 0.03 0.00 0.01 KRI1 1 1 0.05 0.12 2.74 2.42 3.48 2.70 KIR3DL2 1 1 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 P10 SNV Allele frequency Log2(FPKM+1) GeneSymbol S1 S5 S8 S1 S5 S8 S1 S5 S8 Ref MSN 1 1 0.04 0.10 2.81 2.35 3.58 4.31 DMBT1 1 1 0.04 0.01 0.02 0.04 0.20 0.31 CHEK2# 1 1 0.03 0.00 2.23 2.61 1.79 2.39 NOP14 1 1 0.14 0.03 3.96 4.51 4.31 3.65 ELL2 1 0.28 3.74 4.34 4.56 2.97 C21orf58 1 1 0.17 0.14 1.09 1.53 1.16 0.32 TBC1D9B 1 1 0.07 0.09 3.66 4.17 3.86 3.56 OR4N4 1 1 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 INADL 1 1 0.06 0.06 5.43 6.24 5.22 5.01 CTBP2 1 1 0.06 0.09 3.91 3.58 3.79 2.83 PLIN4 1 1 0.05 0.06 1.89 2.09 1.73 1.42 IL12RB1 1 1 0.05 0.12 0.03 0.07 0.13 0.61 FBN3 1 1 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 ACSM5 1 1 0.05 0.05 0.12 0.03 0.30 0.41 PER3 1 1 0.04 0.06 1.84 1.83 2.05 2.64 OR8G2 1 1 0.04 0.06 ADAM32 1 0.33 0.50 0.45 0.87 1.39 CHD2 1 0.20 6.30 6.42 6.26 6.39 TCF3 1 0.18 3.06 3.19 2.94 3.06 ZNF99 1 0.17 0.12 0.04 0.11 0.08 PTCRA 1 0.17 0.01 0.00 0.00 0.03 ATP6V1B1 1 0.17 0.12 0.06 0.25 0.09 BARX2 1 0.16 0.17 0.47 0.52 0.09 MGAT5B 1 0.16 0.01 0.00 0.00 0.08 TMPRSS9 1 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 UMODL1 1 0.14 0.01 0.03 0.01 0.02 GABRA4 1 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 FAM179A 1 0.13 0.01 0.00 0.08 0.19 KLHDC4 1 0.10 2.51 2.48 2.43 2.43 SULT1A2 1 0.10 2.10 2.33 1.63 0.96 CXorf64 1 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 SLC38A10 1 0.10 2.81 3.32 3.31 3.01 SLC7A4 1 0.09 0.82 0.97 0.44 0.38 MYO7B 1 0.09 0.01 0.00 0.01 0.13 CYP2D6 1 0.09 0.16 0.17 0.27 0.12 RRP7A 1 0.09 3.46 3.33 3.37 3.33 FBN3 1 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 SPDYE5 1 0.08 DOCK8 1 0.07 4.01 4.26 3.43 3.41 PTPRH 1 0.06 1.02 1.21 1.25 0.51 SLC4A1 1 0.04 0.05 0.00 0.00 0.06 MUC5B 1 0.14 0.07 0.03 0.00 0.01 OPN1LW 1 0.11 0.00 0.00 0.12 0.01

* Tumor suppressor ** Oncogenes # Genes fron the IntOGen database Supplementary Table 4 - Patient P11 Heat maps of mutations and gene expression for patients with three or more tumor sample analyzed.

P11 SNV Allele frequency Log2(FPKM+1) GeneSymbol S2 S8 S15 S12 S14 S2 S8 S15 S12 S14 S2 S8 S15 S12 S14 Ref TCEB3B ND ND ND 1 1 ND ND ND 0.63 0.53 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 MBTPS2 1 1 1 1 1 0.97 0.79 0.80 0.86 0.79 0.87 1.08 1.50 1.11 1.45 1.68 DIAPH2 1 1 1 1 1 0.90 0.84 0.88 0.90 0.76 3.01 3.43 2.74 2.27 2.60 3.05 HRAS KDM6A* 1 1 1 1 1 0.85 0.92 0.91 0.90 0.82 3.07 3.61 2.52 2.20 2.44 3.00 4.00 ZNF630 1 1 1 1 1 0.78 1.00 1.00 0.88 0.81 1.36 1.93 1.58 1.09 1.38 1.27 CALML3 1 1 1 1 1 0.62 0.33 0.38 0.33 0.45 0.00 0.03 0.85 0.38 2.10 0.09 3.50 1 1 1 1 1 0.60 0.38 0.58 0.52 0.47 0.34 0.58 1.02 0.75 1.01 1.30 PLIN4 3.00 PLIN4 0 ND 1 1 1 ND 0.21 0.22 0.20 0.34 0.58 1.02 0.75 1.01 1.30 MTOR 1 1 1 1 1 0.58 0.48 0.54 0.50 0.39 2.30 2.57 3.49 3.28 3.65 3.21 2.50 RANBP2 1 1 1 1 1 0.56 0.37 0.43 0.47 0.43 3.93 4.09 4.35 4.01 4.65 4.25 2.00 FAM83E 1 1 1 1 1 0.55 0.44 0.40 0.26 0.15 1.55 2.18 1.14 1.41 1.60 0.70 ASB13 1 1 1 1 1 0.55 0.30 0.80 0.46 0.48 1.15 1.20 1.60 1.32 1.90 1.92 1.50 Log2(FPKM+1) UTRN 1 1 1 1 1 0.54 0.25 0.62 0.46 0.35 2.64 4.12 4.86 4.94 5.47 5.36 1.00 C11orf30 1 1 1 1 1 0.53 0.63 0.33 0.54 0.47 3.67 4.28 4.00 3.62 3.99 3.21 ARID4A 1 1 1 1 1 0.53 0.47 0.47 0.53 0.35 4.64 5.69 3.74 3.45 3.44 3.55 0.50 ARID1A* 1 1 1 1 1 0.53 0.37 0.50 0.51 0.37 3.49 4.48 4.19 3.80 3.90 3.28 0.00 PCDH7 1 1 1 1 1 0.53 0.31 0.53 0.48 0.39 0.12 0.35 0.13 0.13 0.33 3.27 S2 S8 S15 S12 S14 Ref ATP9A 1 1 1 1 1 0.52 0.33 0.33 0.36 0.27 2.38 3.31 2.70 2.97 3.05 3.58 CELSR2 1 1 1 1 1 0.52 0.56 0.48 0.29 0.40 0.99 1.67 1.38 1.12 1.29 0.78 SERTAD3 1 1 1 1 1 0.52 0.55 0.54 0.67 0.35 1.12 1.05 1.37 1.51 2.00 2.41 ACOT6 1 1 1 1 1 0.51 0.23 0.39 0.51 0.45 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 ARID1A MRPL52 1 1 1 1 1 0.51 0.45 0.46 0.36 0.26 2.95 3.72 3.68 3.63 3.95 3.78 5.00 MYO9B 1 1 1 1 1 0.50 0.57 0.41 0.52 0.39 3.43 4.61 3.63 3.42 4.04 3.68 4.50 MYH2 1 1 1 1 1 0.50 0.36 0.42 0.60 0.43 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 DHX37 1 1 1 1 1 0.50 0.33 0.50 0.45 0.30 1.92 2.73 2.00 1.99 1.96 1.80 4.00 BIRC6 1 1 1 1 1 0.49 0.35 0.44 0.46 0.39 5.63 5.87 5.59 4.87 5.03 5.02 3.50 ATP2B4 1 1 1 1 1 0.48 0.36 0.29 0.39 0.38 3.00 4.49 2.86 2.76 3.62 4.05 3.00 DNAH8 1 1 1 1 1 0.48 0.50 0.36 0.50 0.35 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 2.50 CCDC137 1 1 1 1 1 0.48 0.45 0.48 0.41 0.32 2.07 3.46 2.52 2.31 2.58 2.15 EXPH5 1 1 1 1 1 0.47 0.11 0.49 0.37 0.40 2.11 1.91 2.14 2.30 2.53 2.12 2.00 Log2(FPKM+1) CENPE 1 1 1 1 1 0.46 0.50 0.55 0.44 0.38 1.39 2.20 2.92 1.45 2.04 0.95 1.50 CLSPN 1 1 1 1 1 0.46 0.43 0.33 0.40 0.36 0.39 1.00 1.55 0.70 1.18 0.44 1.00 CACNA1C 1 1 1 1 1 0.46 0.50 0.59 0.50 0.49 1.14 2.01 0.76 1.28 1.83 1.25 0.50 AXDND1 1 1 1 1 1 0.45 0.52 0.41 0.44 0.37 0.24 1.02 2.03 1.33 0.98 1.51 0.00 ALS2CR8 1 1 1 1 1 0.45 0.56 0.43 0.43 0.38 1.78 2.04 1.14 1.10 1.06 2.47 S2 S8 S15 S12 S14 Ref PTPRK 1 1 1 1 1 0.44 0.59 0.63 0.37 0.37 AVEN 1 1 1 1 1 0.43 0.38 0.43 0.42 0.47 1.63 2.36 1.57 1.45 1.53 1.84 SLC16A14 1 1 1 1 1 0.43 0.27 0.33 0.49 0.39 0.17 0.45 1.19 0.85 1.32 1.39 CMYA5 1 1 1 1 1 0.43 0.21 0.41 0.37 0.35 3.38 4.50 2.99 2.94 2.69 3.19 SF3B1 STARD6 1 1 1 1 1 0.42 0.38 0.40 0.45 0.30 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 6.90 DENND4A 1 1 1 1 1 0.42 0.29 0.42 0.42 0.35 3.16 3.59 3.76 3.70 3.69 4.03 6.80 SF3B1** 1 1 1 1 1 0.42 0.45 0.53 0.44 0.47 6.62 6.71 6.50 6.28 6.83 6.49 TTC23L 1 1 1 1 1 0.41 0.48 0.43 0.43 0.32 0.25 0.32 0.19 0.14 0.63 1.18 6.70 1 1 1 1 1 0.41 0.48 0.70 0.45 0.43 1.27 1.38 0.50 1.12 1.18 2.23 GNE 6.60 TRAFD1 1 1 1 1 1 0.40 0.38 0.50 0.47 0.47 3.41 4.34 4.19 4.29 4.99 4.43 TRHR 1 1 1 1 1 0.40 0.40 0.47 0.46 0.36 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 6.50 HIST1H2AH 1 1 1 1 1 0.39 0.51 0.29 0.40 0.40 1.86 2.45 5.72 3.77 5.80 2.72 6.40 IGFN1 1 1 1 1 1 0.38 0.56 0.50 0.36 0.41 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 Log2(FPKM+1) 6.30 SCLY 1 1 1 1 1 0.38 0.36 0.33 0.58 0.31 1.68 1.63 1.46 1.75 1.73 1.65 STAB1 1 1 1 1 1 0.36 0.30 0.36 0.20 0.53 1.15 2.08 1.97 2.10 2.66 3.38 6.20 COL4A4 1 1 1 1 1 0.36 0.41 0.45 0.34 0.37 0.03 0.04 0.04 0.01 0.06 0.45 6.10 FAM217B 1 1 1 1 1 0.36 0.65 0.73 0.57 0.57 1.56 3.01 3.39 2.32 3.38 2.28 6.00 SALL2 1 1 1 1 1 0.36 0.54 0.24 0.33 0.38 0.82 0.81 1.25 0.85 0.77 1.17 S2 S8 S15 S12 S14 Ref PHACTR2 1 1 1 1 1 0.35 0.26 0.53 0.49 0.43 3.23 4.10 3.76 3.95 4.24 4.05 RPUSD2 1 1 1 1 1 0.35 0.42 0.22 0.37 0.33 0.39 0.49 0.96 0.74 1.16 1.13 IL11RA 1 1 ND 1 1 0.35 0.36 ND 0.50 0.51 0.57 1.57 0.19 0.31 0.54 1.59 APTX 1 1 1 1 1 0.34 0.49 0.33 0.42 0.41 3.22 3.91 2.47 2.94 3.47 3.16 SCARA3 1 1 1 1 1 0.34 0.25 0.31 0.39 0.35 0.21 0.35 0.36 0.30 1.27 2.51 KRT40 1 1 1 1 1 0.34 0.44 0.58 0.46 0.39 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 ZNF536 1 ND 1 1 1 0.33 ND 0.50 0.45 0.37 0.00 0.01 0.92 0.00 0.16 1.57 LOC730159 1 1 1 1 1 0.33 0.32 0.44 0.50 0.36 NCR3LG1 1 1 1 1 1 0.32 0.92 0.94 0.86 0.78 0.05 0.12 0.35 0.11 0.33 0.36 FRMD4B 1 1 1 1 1 0.31 0.25 0.36 0.36 0.45 2.14 2.30 1.82 2.53 2.91 2.60 FOXK2‡ 1 1 1 1 1 0.31 0.26 0.30 0.49 0.47 MED23 1 1 1 1 1 0.30 0.45 0.46 0.37 0.52 2.69 2.77 3.09 2.88 3.50 3.35 CDCP2 1 1 1 1 1 0.30 0.43 0.43 0.41 0.40 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 MEI1 1 1 1 1 1 0.26 0.33 0.25 0.39 0.48 0.28 0.18 0.28 0.30 0.01 1.15 UBE3B 1 1 1 1 1 0.23 0.32 0.38 0.39 0.36 2.84 3.80 3.34 2.86 3.33 3.31 CDH4 1 1 1 1 1 0.23 0.72 0.61 0.63 0.58 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.24 BEND3 1 ND 1 1 1 0.20 ND 0.42 0.27 0.46 0.38 0.35 0.96 0.88 1.09 0.45 IKZF4 1 1 1 1 1 0.20 0.38 0.57 0.31 0.41 1.20 1.81 0.78 1.27 0.84 0.84 CDH23 1 1 1 1 1 0.17 0.25 0.41 0.38 0.31 1.08 3.39 2.54 2.25 2.05 1.77 TTN 1 1 1 1 1 0.08 0.44 0.36 0.41 0.37 0.48 0.80 0.09 0.29 0.21 1.07 FREM3 1 1 1 1 1 0.06 0.38 0.44 0.41 0.38 0.02 0.05 0.04 0.02 0.02 0.02 CAMTA1 1 1 1 1 0.29 0.55 0.50 0.38 2.33 2.98 2.90 2.90 3.42 3.29 FBXL7 1 1 1 1 0.50 0.44 0.36 0.29 0.10 0.50 0.17 0.21 0.46 1.22 RAD54L2 1 1 1 1 0.48 0.38 0.36 0.48 2.02 2.69 2.23 2.21 2.31 2.26 RFX3 1 1 1 1 0.33 0.04 0.55 0.44 2.50 2.42 1.52 2.18 2.20 1.84 RNF123 1 1 1 1 0.44 0.50 0.34 0.46 1.40 2.48 1.97 1.66 1.85 1.65 ZNF862 1 1 1 1 0.32 0.44 0.26 0.32 3.47 4.88 2.49 2.24 2.19 2.17 P11 SNV Allele frequency Log2(FPKM+1) GeneSymbol S2 S8 S15 S12 S14 S2 S8 S15 S12 S14 S2 S8 S15 S12 S14 Ref PCDHA2 1 1 1 0.38 0.49 0.40 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 SLC9C2 1 1 1 0.40 0.33 0.32 0.01 0.01 0.25 0.40 0.05 0.03 C9orf131 1 1 1 1 0.36 0.33 0.56 0.38 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 MUC2 1 1 1 1 0.12 0.08 0.07 0.07 0.09 2.58 4.61 3.55 3.31 0.17 RASGRF1 ND 1 ND 1 ND 0.40 ND 0.38 0.01 0.14 0.19 0.22 0.53 0.16 PKHD1 1 1 0.41 0.35 0.08 0.04 0.02 0.02 0.19 1.15 DDX23 1 0.03 4.77 5.63 5.37 4.98 5.55 4.87 HNRNPU 1 0.07 6.39 6.82 7.01 6.37 6.89 6.45 KRT31 1 0.15 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 ZNF804B 1 0.08 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.04 DNTT 1 1 1 0.51 0.59 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 ABCC8 1 0.44 0.19 0.00 0.01 0.00 0.02 0.30 LDB2 1 0.44 0.90 2.10 2.06 3.06 3.94 4.23 MLL5‡ 1 0.26

* Tumor suppressor genes ** Oncogenes # Genes fron the IntOGen database Supplementary Table 4 - Patient P19 Heat maps of mutations and gene expression for patients with three or more tumor sample analyzed.

P19 SNV Allele frequency Log2(FPKM+1) GeneSymbol S1 S2 S3 S1 S2 S3 S1 S2 S3 Ref RAPGEF1 1 1 1 0.92 0.96 0.88 2.97 1.55 3.12 3.15 RNF122 1 1 1 0.81 0.86 0.90 0.24 0.26 0.61 0.74 CD79A 1 1 1 0.75 0.38 0.62 0.14 0.65 1.33 1.03 MLL2 EPHX2 1 1 1 0.69 0.90 0.96 1.73 1.26 2.53 3.49 4.50 CENPL 1 1 1 0.62 0.53 0.33 1.02 0.59 2.09 1.15 4.00 MLL2* 1 1 1 0.58 0.60 0.40 4.14 3.37 3.85 3.42 NPY2R 1 1 1 0.55 0.40 0.31 0.00 0.00 0.01 0.02 3.50 NLRP3 1 1 1 0.55 0.68 0.36 0.09 0.14 0.95 0.87 3.00 POU4F1 1 1 1 0.53 0.55 0.45 0.07 0.06 0.02 0.03 2.50 ZNF700 1 1 1 0.51 0.46 0.58 3.00 2.40 2.89 2.97 HOXD12 1 1 1 0.50 0.42 0.63 0.00 0.16 0.08 0.00 2.00 KIAA0754 1 1 1 0.50 0.40 0.64 1.22 1.11 1.76 1.58 Log2(FPKM+1) 1.50 SP140L 1 1 1 0.50 0.46 0.25 2.43 3.03 3.27 2.85 ZNF99 1 1 1 0.49 0.47 0.51 0.03 0.00 0.01 0.08 1.00 DNAH5 1 1 1 0.49 0.43 0.48 0.55 0.02 0.63 1.09 0.50 ZNF560 1 1 1 0.48 0.48 0.32 0.09 0.01 0.00 0.02 0.00 1 1 1 0.48 0.44 0.39 4.31 2.72 4.45 4.59 DDX1 S1 S2 S3 Ref DSE 1 1 1 0.47 0.44 0.49 1.19 0.73 2.79 3.18 DYTN 1 1 1 0.46 0.50 0.22 0.04 0.00 0.00 0.03 IFT80 1 1 1 0.45 0.51 0.43 1.98 2.82 3.80 3.44 PIK3CA CDH19 1 1 1 0.44 0.33 0.47 0.12 0.01 0.01 1.17 PJA2 1 1 1 0.44 0.51 0.42 3.74 2.56 4.37 5.04 4.00 FAM63B 1 1 1 0.44 0.45 0.40 3.12 3.18 3.75 3.41 3.50 GABRA4 1 1 1 0.44 0.50 0.47 0.00 0.00 0.01 0.02 OR10A2 1 1 1 0.44 0.49 0.48 0.00 0.08 0.06 0.00 3.00 KIAA1109 1 1 1 0.44 0.36 0.47 4.60 3.89 5.01 4.96 2.50 FOXN4 1 1 1 0.44 0.40 0.54 0.05 0.08 0.01 0.05 PIK3CA** 1 1 1 0.44 0.52 0.46 3.16 2.08 2.96 3.43 2.00 PCDHA6 1 1 1 0.43 0.43 0.36 0.02 0.03 0.02 0.09 1.50 PRSS50 1 1 1 0.43 0.39 0.42 0.00 0.00 0.00 0.26 Log2(FPKM+1) RARG 1 1 1 0.43 0.44 0.35 3.07 2.40 3.39 3.26 1.00 TDRD12 1 1 1 0.42 0.47 0.58 0.19 0.11 0.05 0.19 USP8 1 1 1 0.42 0.43 0.45 6.04 3.59 4.69 4.87 0.50 LMAN2L 1 1 1 0.42 0.50 0.80 1.54 1.65 3.50 2.97 0.00 RAP1A 1 1 1 0.41 0.44 0.20 4.00 2.09 4.52 4.62 S1 S2 S3 Ref PARP12 1 1 1 0.40 0.30 0.32 2.84 3.19 4.69 3.68 CRYBG3 1 1 1 0.40 0.48 0.45 2.28 1.82 3.36 3.62 ITSN2 1 1 1 0.40 0.47 0.59 5.17 2.68 4.12 4.25 FGFR3 KRT33B 1 1 1 0.40 0.36 0.41 0.00 0.04 0.13 0.12 6.00 PAK2 1 1 1 0.39 0.51 0.45 5.13 2.90 5.22 4.75 ACTG1# 1 1 1 0.38 0.63 0.55 9.77 7.11 9.08 9.04 PDE6B 1 1 1 0.38 0.45 0.38 0.26 0.00 0.38 1.13 5.00 CHML 1 1 1 0.36 0.32 0.56 1.49 1.29 2.50 2.08 ASCL1 1 1 1 0.35 0.32 0.38 0.00 0.00 0.03 0.04 4.00 UGT2B10 1 1 1 0.34 0.42 0.46 0.00 0.00 0.00 0.00 IYD 1 1 1 0.34 0.48 0.51 0.41 0.47 0.66 0.57 3.00 PCDH17 1 1 1 0.32 0.24 0.35 0.65 0.73 2.18 0.64

KIF5C 1 1 1 0.31 0.49 0.74 1.31 0.36 2.70 2.35 Log2(FPKM+1) 2.00 EPHA6 1 1 1 0.30 0.46 0.56 0.35 0.12 0.14 0.79 DPP3 1 1 1 0.20 0.71 0.71 3.79 2.41 3.50 2.75 1.00 PCDHB8 1 1 1 0.10 0.17 0.16 0.14 0.46 0.41 0.25 SMU1 1 1 1 0.08 0.38 0.34 2.81 1.47 3.57 4.13 0.00 TRPA1 1 1 1 0.07 0.25 0.25 0.52 0.43 1.83 4.41 S1 S2 S3 Ref BSCL2 1 1 1 0.07 0.46 0.46 0.90 0.59 1.40 1.85 ASH1L 1 1 1 0.06 0.30 0.58 4.65 4.26 4.34 4.80 TMEM67 1 1 1 0.01 0.35 0.33 2.70 3.22 3.30 3.34 FLT3 FGFR3** ND 1 1 ND 0.58 0.60 5.55 5.62 4.86 3.55 0.80 PLA2G3 ND 1 1 ND 0.50 0.47 0.00 0.00 0.68 0.01 DMRT3 0 1 1 0.53 0.60 0.21 0.00 0.03 0.01 0.70 OR56B1 0 1 1 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.60 ADRA2B ND 0 1 ND 0.18 0.04 0.00 0.05 0.12 BAIAP3 ND 0 1 ND 0.33 0.52 0.07 0.44 0.73 0.50 FLNB 1 0 1 0.02 0.26 4.17 3.69 4.83 4.86 0.40 GPR133 ND 0 1 ND 0.34 0.18 0.31 0.53 2.04 KCNS2 1 0 1 0.17 0.20 0.00 0.01 0.03 0.75 0.30 Log2(FPKM+1) LAYN 1 0 1 0.00 0.23 0.65 0.76 1.33 2.20 0.20 SSPO ND 0 1 ND 0.27 0.02 0.01 0.07 0.24 ZSWIM5 1 0 1 0.01 0.25 0.35 0.39 0.67 1.11 0.10 AMACR 0 0 1 0.24 3.06 1.13 4.00 2.84 ARHGAP28 0 0 1 0.19 0.22 0.40 1.79 3.32 0.00 S1 S2 S3 Ref ASCC3 0 0 1 0.20 5.43 3.64 4.99 4.34 P19 SNV Allele frequency Log2(FPKM+1) GeneSymbol S1 S2 S3 S1 S2 S3 S1 S2 S3 Ref ATXN2L 0 0 1 0.23 3.94 3.15 3.54 3.09 C10orf54 0 0 1 0.43 0.47 0.64 2.26 2.42 C2orf78 0 0 1 0.19 0.02 0.00 0.00 0.00 C7orf43 0 0 1 0.18 1.47 2.09 2.52 1.87 CD19 0 0 1 0.21 0.14 0.13 0.38 0.50 CDHR3 0 0 1 0.15 0.24 0.20 0.58 0.74 CEP350 0 0 1 0.20 4.22 3.10 4.27 4.68 CSNK1A1L 0 0 1 0.10 0.50 0.13 0.34 0.40 DOCK3 0 0 1 0.24 0.32 0.23 0.12 0.45 EMR1 0 0 1 0.15 0.00 0.06 0.48 0.19 EXTL3 0 0 1 0.04 1.98 0.93 2.65 2.62 FERMT2 0 0 1 0.20 1.97 1.82 2.79 3.57 FLT3** 0 0 1 0.13 0.06 0.11 0.71 0.69 GLS 0 0 1 0.22 4.39 4.12 5.81 5.28 GZMH 0 0 1 0.21 0.07 0.44 1.77 1.34 HDAC9 0 0 1 0.14 1.03 1.12 2.28 2.94 KIAA0195 0 0 1 0.11 4.48 2.97 4.00 3.69 LOC100130301 0 0 1 0.12 MMP14 0 0 1 0.32 3.56 2.18 4.39 4.10 MUC13 0 0 1 0.19 0.03 0.78 0.20 0.51 NLRP11 0 0 1 0.14 0.01 0.00 0.05 0.02 NOP56 0 0 1 0.13 5.06 3.88 5.53 5.05 NR2C1 0 0 1 0.17 3.75 3.61 3.43 3.25 ODF1 0 0 1 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 PAIP2B 0 0 1 0.19 0.82 0.31 0.75 1.73 PALM 0 0 1 0.14 0.35 0.15 0.73 1.32 PAX7 0 0 1 0.23 0.00 0.01 0.00 0.05 PDCD5 0 0 1 0.18 4.09 1.72 3.66 4.09 PIP5K1B 0 0 1 0.32 0.53 0.95 0.84 1.03 PKP1 0 0 1 0.07 2.05 0.29 1.22 1.93 PPP1R15B 0 0 1 0.17 2.62 1.85 3.24 3.47 PTPRS 0 0 1 0.16 1.85 3.02 3.57 4.15 RFX8 0 0 1 0.47 0.09 0.26 0.25 0.18 SKA3 0 0 1 0.16 1.78 0.52 1.95 0.42 TBC1D15 0 0 1 0.16 3.24 2.18 3.54 3.48 TLE2 0 0 1 0.14 3.53 3.09 2.12 3.55 TM9SF1 0 0 1 0.24 2.28 1.14 3.58 3.90 UBE2B 0 0 1 0.20 4.49 3.08 3.93 4.42 XKR5 0 0 1 0.37 0.00 0.00 0.03 0.10 ZC3HC1 0 0 1 0.14 0.57 0.87 1.76 1.71 ZNF221 0 0 1 0.15 1.43 1.04 1.67 1.65 ZNF226 0 0 1 0.13 2.98 3.46 3.80 3.77 ZNF780B 0 0 1 0.15 2.60 3.76 3.07 3.52 GGTLC2 ND 1 0 ND 0.13 0.29 0.05 0.23 0.25 OSMR 1 1 0 0.01 0.16 0.80 1.98 4.73 2.33 TSPAN6 1 1 0 0.02 0.20 3.30 2.03 5.16 5.15 BBS4 0 1 0 0.04 1.60 2.22 2.00 2.95 CD207 0 1 0 0.38 0.02 0.00 0.64 0.57 CD207 0 1 0 0.32 0.02 0.00 0.64 0.57 CDH11 0 1 0 0.04 1.24 0.96 3.02 4.65 COL6A3 0 1 0 0.21 2.44 1.29 4.70 4.88 EFCAB6 0 1 0 0.17 0.07 0.73 0.48 0.96 FBXO15 0 1 0 0.43 0.23 0.02 0.26 0.62 FRAS1 0 1 0 0.30 0.60 1.59 1.42 0.56 HIBCH 0 1 0 0.18 3.43 3.42 4.28 4.44 MYOCD 0 1 0 0.54 0.32 0.05 0.85 2.19 MYSM1 0 1 0 0.22 4.14 3.55 3.50 3.65 OLFML1 0 1 0 0.07 0.63 0.06 1.04 2.94 OR10A2 0 1 0 0.05 0.00 0.08 0.06 0.00 OR10J1 0 1 0 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 OR10X1 0 1 0 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 OR4C15 0 1 0 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 SMCHD1 0 1 0 0.07 5.49 4.53 5.74 5.66 TBX15 0 1 0 0.27 0.27 0.04 0.16 0.03 TPCN2 0 1 0 0.71 0.73 0.82 1.09 1.05 TRPM3 0 1 0 0.09 0.02 0.01 0.02 0.16 USP17L7 0 1 0 0.08 ZNF607 0 1 0 0.21 1.80 0.84 1.50 1.92 ACOX2 1 0 0 0.10 0.31 0.04 0.82 1.89 ARHGAP10 1 0 0 0.06 3.50 1.27 2.42 3.60 C10orf82 1 0 0 0.31 0.02 0.18 0.00 0.30 CHIA 1 0 0 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 COL5A2 1 0 0 0.04 1.67 1.15 3.69 2.95 DCST1 1 0 0 0.16 0.04 0.18 0.02 0.02 DLGAP1 1 0 0 0.11 0.03 0.01 0.09 1.23 P19 SNV Allele frequency Log2(FPKM+1) GeneSymbol S1 S2 S3 S1 S2 S3 S1 S2 S3 Ref FAM47A 1 0 0 0.33 0.01 0.00 0.00 0.00 FAM50A 1 0 0 0.24 3.91 1.88 4.31 3.19 FBN1 1 0 0 0.17 1.32 0.26 2.63 2.90 GALNT16 1 0 0 0.18 IGSF9 1 0 0 0.15 1.26 0.14 0.36 0.52 MRPS12 1 0 0 0.16 0.99 1.08 1.40 1.42 OR6M1 1 0 0 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 PLCG2 1 0 0 0.08 1.80 2.12 2.27 2.30 SPRYD3 1 0 0 0.19 1.88 1.23 2.36 2.67 STARD13 1 0 0 0.13 0.48 0.92 1.86 2.34 TENM1 1 0 0 0.06 0.01 1.72 0.13 0.26 TLN1 1 0 0 0.20 4.05 2.97 4.44 4.85 TMEM88 1 0 0 0.73 1.32 0.61 1.00 1.32 WDFY3 1 0 0 0.25 5.01 4.08 4.77 4.51 WDR6 1 0 0 0.35 3.15 3.38 3.95 4.17 XRRA1 1 0 0 0.10 2.58 2.50 2.98 2.59

* Tumor suppressor genes ** Oncogenes # Genes fron the IntOGen database Supplementary Table 4 - Patient P24 Heat maps of mutations and gene expression for patients with three or more tumor sample analyzed.

P24 SNV Allele frequency Log2(FPKM+1) GeneSymbol S1 S3 S5 S1 S3 S5 S1 S3 S5 Ref TRRAP 1 1 1 0.44 0.58 0.55 3.62 3.52 3.56 2.69 PTPRCAP 1 1 1 0.36 0.38 0.30 1.94 1.14 1.66 2.14 ATRX ATRX* 1 1 1 0.32 0.44 0.27 4.51 4.56 4.49 4.20 KAT2B 1 1 1 0.32 0.43 0.38 2.72 2.76 3.20 3.33 4.60 HOXA2 1 1 1 0.30 0.39 0.23 0.65 0.62 0.55 0.65 NOTCH2* 1 1 1 0.30 0.39 0.31 3.08 3.00 3.30 3.72 4.50 HOXA2 1 1 1 0.30 0.39 0.23 0.65 0.62 0.55 0.65 ZNHIT2 1 1 1 0.29 0.35 0.17 0.72 1.58 2.46 1.09 4.40 RP1 1 1 1 0.29 0.38 0.28 0.05 0.10 0.03 0.02 SCN2A 1 1 1 0.28 0.23 0.24 0.14 0.12 0.10 0.23 4.30 KDM6A* 1 1 1 0.28 0.39 0.26 3.19 3.23 3.26 3.00

ANXA6 1 1 1 0.28 0.40 0.35 3.83 3.00 2.67 4.73 Log2(FPKM+1) 4.20 FANCD2 1 1 1 0.28 0.42 0.33 1.82 3.17 2.99 1.66 MTCH1 1 1 1 0.27 0.39 0.22 4.25 4.31 4.61 4.56 4.10 KDM6A* 1 1 1 0.27 0.40 0.38 3.19 3.23 3.26 3.00 BGN 1 1 1 0.26 0.27 0.31 3.49 3.10 2.41 2.00 4.00 XPO7 1 1 1 0.26 0.63 0.27 3.62 3.16 3.23 3.53 S1 S3 S5 Ref FFAR4 1 1 1 0.26 0.47 0.43 LRP5 1 1 1 0.25 0.31 0.24 2.73 4.06 4.86 2.90 KDM6A* 1 1 1 0.25 0.43 0.37 3.19 3.23 3.26 3.00 NOTCH2 LGI1 1 1 1 0.25 0.32 0.27 0.00 0.13 0.00 0.64 4.00 SLC12A2 1 1 1 0.24 0.52 0.26 3.06 3.93 3.86 3.48 HIPK4 1 1 1 0.24 0.45 0.06 0.02 0.02 0.01 0.03 3.50 CDH20 1 1 1 0.24 0.45 0.29 0.02 0.05 0.04 0.14 3.00 LIPA 1 1 1 0.23 0.34 0.32 3.17 3.37 3.72 3.95 CDH22 1 1 1 0.22 0.39 0.33 0.05 0.04 0.00 0.03 2.50 NYNRIN 1 1 1 0.20 0.55 0.42 2.55 2.52 2.91 2.29 CBLB 1 1 1 0.18 0.42 0.11 3.87 4.54 4.47 3.67 2.00 MUC4 1 1 1 0.18 0.14 0.17 0.23 0.09 0.16 0.76 1.50 Log2(FPKM+1) MUC4 1 1 1 0.11 0.07 0.09 0.23 0.09 0.16 0.76 UNC5C 1 1 1 0.02 0.48 0.25 0.66 0.76 0.56 1.22 1.00 GPR171 1 1 1 0.01 0.35 0.37 1.18 0.08 0.81 1.43 0.50 ZNF705G 1 1 1 0.01 0.47 0.32 0.04 0.05 0.00 0.03 RNASE3 1 1 1 0.01 0.44 0.30 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 MLL3* 1 1 1 0.00 0.11 0.11 4.71 4.90 4.68 4.02 S1 S3 S5 Ref ARHGAP31 1 1 0.20 0.01 1.83 1.46 1.17 1.89 IGFL1 1 1 0.19 0.03 1.48 2.13 2.98 1.14 TEC 1 1 0.18 0.01 0.80 0.82 0.92 1.21 KDM6A TRIM35 1 1 0.18 0.06 3.19 2.58 2.36 3.15 3.30 MAGEB18 1 1 0.16 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 3.25 TUSC3 1 1 0.16 0.01 5.35 5.45 5.48 5.15 NPR3 1 1 0.14 0.01 0.88 0.34 0.35 1.16 3.20 OR52N1 1 1 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 3.15 ANKRD36 1 1 0.08 0.01 3.35 1.71 1.91 3.89 TOP2A 1 1 0.02 0.36 3.86 5.99 5.88 1.49 3.10 HMGCR 1 1 0.01 0.14 3.69 4.35 4.42 3.38 3.05 BLZF1 1 1 0.01 0.30 3.63 3.87 4.03 3.41 Log2(FPKM+1) 3.00 NLRP8 1 1 0.01 0.08 0.00 0.03 0.00 0.01 C1QTNF5 1 0.33 1.73 2.38 1.75 2.25 2.95 ADAMTS18 1 0.28 0.29 0.22 0.01 0.07 2.90 C2orf48 1 0.28 0.12 0.21 0.13 0.05 2.85 RIMS1 1 0.27 0.07 0.04 0.00 0.98 S1 S3 S5 Ref HCRTR2 1 0.26 0.00 0.03 0.00 0.03 SETDB2 1 0.26 2.15 1.97 1.88 2.63 FUK 1 0.24 1.33 1.17 1.24 1.14 MKRN3 1 0.24 0.04 0.05 0.06 0.22 AGFG1 1 0.23 3.81 3.93 4.29 3.92 CD97 1 0.22 3.08 2.26 2.65 2.89 MKRN3 1 0.21 0.04 0.05 0.06 0.22 WNT1 1 ND 0.21 ND 0.01 0.01 0.00 0.01 CRYBG3 1 0.19 2.62 2.99 3.41 3.62 KIF20B 1 0.19 2.22 3.33 3.31 1.91 MLLT4 1 0.19 5.14 5.29 5.47 4.86 RIMBP2 1 0.16 0.02 0.04 0.01 0.36 ZNF20 1 0.16 1.18 1.17 1.70 1.13 SLC25A36 1 0.15 3.90 4.20 4.48 4.08 FAM83C 1 0.15 0.69 1.27 1.54 0.39 P24 SNV Allele frequency Log2(FPKM+1) GeneSymbol S1 S3 S5 S1 S3 S5 S1 S3 S5 Ref OR5D18 1 0.15 0.00 0.07 0.00 0.00 ZNF764 1 0.15 0.96 0.99 1.21 0.96 MLL3 C4orf47 1 0.15 0.65 0.17 0.31 0.21 CDKL3 1 0.15 0.89 0.76 0.86 1.47 6.00 MAP1B 1 0.14 2.90 2.23 1.78 3.02 HOMEZ 1 0.13 2.25 2.27 2.76 2.41 5.00 LAMB4 1 0.12 0.37 0.14 0.10 0.31 HSPA9 1 0.12 5.68 6.59 6.65 5.89 4.00 TTLL5 1 0.09 3.29 3.51 3.54 3.21 GLP1R 1 0.08 0.01 0.04 0.01 0.01 3.00 PCDHGA12 1 0.07 0.00 0.01 0.00 0.26

HIPK1 1 0.07 3.30 3.55 3.56 3.34 Log2(FPKM+1) 2.00 GEMIN5 1 1 0.77 0.44 1.80 1.80 1.91 2.06 SATB2 1 1 0.39 0.15 1.17 1.07 0.93 1.43 1.00 FBXW7* 1 1 0.37 0.39 3.37 3.36 3.64 3.70 MUC4 1 1 0.09 0.04 0.23 0.09 0.16 0.76 0.00 MED13 1 0.17 4.57 4.49 4.66 4.18 S1 S3 S5 Ref ASPM 1 0.14 2.15 3.96 3.94 0.48 ROCK2 1 0.12 4.31 4.50 4.51 4.56 NNT 1 0.08 4.54 5.49 5.49 4.50 FBXW7 SHPRH‡ 1 0.06 3.11 3.04 3.13 #I/T PDE1C 1 0.05 1.10 1.51 1.20 1.15 3.80 CCDC57 1 0.47 3.18 2.72 2.71 3.27 3.70 CYP2F1 1 0.40 0.07 0.04 0.00 0.08 REC8 1 0.39 2.01 1.05 1.58 1.30 3.60 CD69 1 0.36 1.81 0.45 0.68 1.89 AFF1 1 0.35 4.33 3.88 3.99 4.06 3.50 SCRIB 1 0.34 2.89 3.58 3.73 2.55 GPR56 1 0.34 3.80 4.14 4.03 3.44 3.40

VPS8 1 0.33 4.90 4.24 4.15 5.17 Log2(FPKM+1) 3.30 SCRIB 1 0.32 2.89 3.58 3.73 2.55 ATP2B3 1 0.32 0.02 0.05 0.02 0.09 3.20 C12orf56 1 0.32 0.24 1.10 1.85 0.31 TBC1D16 1 0.32 3.82 3.85 3.38 2.90 3.10 SLCO1B3 1 0.30 0.00 0.04 0.02 0.05 S1 S3 S5 Ref FFAR4 1 0.27 TBC1D8B 1 0.26 1.50 1.36 1.35 1.47 CORO7-PAM16 1 0.26 0.76 0.46 0.54 0.40 SHPRH LIMK2 1 0.25 3.76 3.30 3.65 3.35 3.50 UBC 1 0.25 8.10 8.77 9.11 8.35 LIMK2 1 0.25 3.76 3.30 3.65 3.35 3.00 PEX6 1 0.25 1.39 1.69 1.90 1.67 GPR56 1 0.25 3.80 4.14 4.03 3.44 2.50 POLG 1 0.23 2.92 2.91 3.42 2.70 UBE3C 1 0.22 5.31 5.60 5.65 4.39 2.00 STK31 1 0.21 1.49 1.70 1.92 0.44 1.50 KLHDC8A 1 0.21 0.17 0.24 0.06 0.04 Log2(FPKM+1) OR6K3 1 0.20 0.00 0.08 0.00 0.02 1.00 STRA8 1 0.20 0.00 0.03 0.00 0.01 ALDH3B1 1 0.19 0.59 0.57 0.61 1.49 0.50 FASN 1 0.18 3.75 4.85 4.82 2.67 SH3BP5L 1 0.18 2.43 2.68 3.44 2.08 0.00 S1 S3 S5 Ref FMO3 1 0.17 0.28 0.19 0.14 0.14 DLAT 1 0.14 2.92 4.25 4.37 3.30 GAL3ST2 1 0.10 0.01 0.03 0.00 0.03 CD207 1 0.10 0.61 0.16 0.02 0.58 PCDHA10 1 0.10 0.79 0.18 0.22 0.15 FAM20C 1 0.08 1.32 0.81 0.70 1.94 TMPRSS6 1 0.07 0.02 0.03 0.01 0.07 PCDHA10 1 0.05 0.79 0.18 0.22 0.15

* Tumor suppressor genes ** Oncogenes # Genes fron the IntOGen database Supplementary Table 4 - Patient P26 Heat maps of mutations and gene expression for patients with three or more tumor sample analyzed.

P26 SNV Allele frequency Log2(FPKM+1) GeneSymbol S4 S6 S9 S4 S6 S9 S4 S6 S9 Ref AKAP14 1 1 1 0.54 0.32 0.33 0.01 0.22 0.03 0.04 TICRR 1 1 1 0.50 0.63 0.64 0.81 1.01 1.51 0.11 ACYP1 1 1 1 0.50 0.30 0.25 1.01 2.32 3.43 2.55 AR URB1 1 1 1 0.44 0.35 0.19 1.16 2.30 2.81 1.82 4.00 ORC1 1 1 1 0.44 0.54 0.44 0.89 0.99 1.85 0.32 ZNF594 1 1 1 0.42 0.44 0.64 0.88 1.54 1.76 1.94 3.50 SPATA31D3 1 1 1 0.42 0.33 0.46 3.00 INADL 1 1 1 0.41 0.44 0.50 5.24 5.47 5.14 5.01 TMC5 1 1 1 0.41 0.34 0.32 0.49 2.50 4.34 0.83 2.50 MTUS1 1 1 1 0.41 0.26 0.23 2.87 4.83 5.53 5.02 2.00 SLC12A1 1 1 1 0.41 0.35 0.38 0.01 0.00 0.01 0.03 C14orf119 1 1 1 0.39 0.31 0.53 1.22 2.49 4.26 3.46 1.50 Log2(FPKM+1) NEFH 1 1 1 0.39 0.23 0.24 0.00 0.06 0.03 0.12 KRT6C 1 1 1 0.38 0.38 0.10 0.60 2.94 2.92 0.14 1.00 AR** 1 1 1 0.37 0.39 0.37 2.40 3.39 3.01 2.16 0.50 KDM6A* 1 1 1 0.36 0.26 0.25 2.17 2.94 3.07 3.01 TDRD9 1 1 1 0.35 0.24 0.41 0.02 0.13 0.05 0.52 0.00 S4 S6 S9 Ref REV3L 1 1 1 0.35 0.49 0.38 0.85 3.32 4.11 4.61 GYPB 1 1 1 0.34 0.31 0.49 0.02 0.01 0.02 0.07 POTEF 1 1 1 0.34 0.26 0.29 0.25 1.07 1.45 0.14 KIAA0586 1 1 1 0.34 0.46 0.40 1.50 2.76 3.78 2.96 KDM6A DHX34 1 1 1 0.33 0.33 0.39 1.74 1.88 1.69 1.23 3.50 DDX3X# 1 1 1 0.33 0.36 0.13 4.12 6.15 6.79 5.77 RRP15 1 1 1 0.32 0.46 0.18 2.83 3.58 5.00 3.61 3.00 SCN5A 1 1 1 0.31 0.26 0.37 0.49 0.20 0.71 0.63 ADAMTS9 1 1 1 0.30 0.36 0.37 1.09 1.66 3.07 2.09 2.50 MDM1 1 1 1 0.29 0.42 0.52 1.81 2.51 3.24 2.65 2.00 CEACAM8 1 1 1 0.29 0.31 0.22 0.02 1.70 2.69 0.47 1 1 1 0.29 0.27 0.34 0.00 0.00 0.00 0.01 GJA10 1.50 CDK5RAP2 1 1 1 0.29 0.49 0.48 3.19 2.98 3.23 3.14 Log2(FPKM+1) RYR3 1 1 1 0.29 0.38 0.32 0.01 0.12 0.01 0.85 1.00 IL1A 1 1 1 0.28 0.25 0.20 0.22 0.50 0.40 1.24 ZMYM6 1 1 1 0.28 0.24 0.25 1.50 3.26 4.67 3.58 0.50 DRGX 1 1 1 0.28 0.19 0.57 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 PIK3CA** 1 1 1 0.28 0.27 0.18 0.93 3.70 3.92 3.43 S4 S6 S9 Ref ADAMTS20 1 1 1 0.27 0.34 0.30 0.03 0.94 0.47 0.01 FGA 1 1 1 0.27 0.38 0.46 0.00 0.00 0.00 0.01 ORC1 1 1 1 0.25 0.43 0.39 0.89 0.99 1.85 0.32 HAL 1 1 1 0.24 0.37 0.38 0.29 0.43 0.83 0.45 PIK3CA PCDHA8 1 1 1 0.23 0.26 0.38 0.00 0.03 0.01 0.00 4.50 CRNKL1 1 1 1 0.23 0.35 0.31 2.37 3.03 3.74 3.82 4.00 CAPN2 1 1 1 0.22 0.25 0.31 3.62 6.00 6.31 5.38 COL2A1 1 1 1 0.22 0.32 0.53 0.01 0.02 0.00 0.02 3.50 COL6A6 1 1 1 0.22 0.25 0.46 0.03 0.06 0.03 0.03 3.00 ADRA2B 1 1 1 0.20 0.22 0.23 0.09 0.08 0.00 0.12 2.50 UNC79 1 1 1 0.18 0.28 0.32 0.03 0.01 0.10 0.05 WNK1 1 1 1 0.18 0.26 0.21 4.06 5.82 5.58 5.13 2.00 GABPB1 1 1 1 0.16 0.20 0.10 0.81 2.55 3.83 3.15 Log2(FPKM+1) 1.50 CHD7 1 1 1 0.16 0.47 0.17 3.04 3.25 3.02 2.76 SPHKAP 1 1 1 0.14 0.29 0.29 0.02 0.01 0.01 0.01 1.00 TPTE 1 1 1 0.10 0.11 0.13 0.33 0.21 0.19 0.24 0.50 COL4A2 1 1 1 0.10 0.41 0.55 2.40 5.22 6.47 3.38 0.00 1 1 1 0.08 0.13 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 OR4C3 S4 S6 S9 Ref ARHGAP22 ND 1 1 ND 0.35 0.50 0.05 0.48 0.67 0.99 TSEN54 ND 1 1 ND 0.60 0.58 1.64 1.71 2.00 1.84 ZNF768 ND 1 1 ND 0.52 0.18 1.04 3.06 3.00 2.18 SNCB ND 1 1 ND 0.40 0.50 0.01 0.00 0.00 0.03 RTEL1 1 1 0.38 0.25 2.36 2.78 2.68 2.15 HMGB1 1 1 0.33 0.27 2.94 4.81 5.89 4.95 MLANA 1 1 0.32 0.20 0.02 0.02 0.06 0.05 SET 1 1 0.32 0.25 3.32 5.69 6.99 6.06 RLTPR ND 1 1 ND 0.29 0.40 0.04 0.27 0.35 0.56 P26 SNV Allele frequency Log2(FPKM+1) GeneSymbol S4 S6 S9 S4 S6 S9 S4 S6 S9 Ref ARRDC3 1 1 0.25 0.21 2.45 4.53 5.19 4.44 PSD 1 1 0.23 0.18 0.09 0.45 0.31 1.29 ICAM5 ND 1 1 ND 0.22 0.16 0.07 0.10 0.16 0.16 KIAA1324 1 1 0.21 0.16 0.35 0.56 2.96 0.33 KLRC2 1 1 0.21 0.19 0.07 0.09 0.26 0.38 NOP56 1 1 0.18 0.14 5.54 6.07 6.35 5.05 RAD9A ND 1 1 ND 0.18 0.22 1.11 1.76 1.98 1.27 MSH2 LXN 1 1 0.15 0.14 1.05 5.93 5.65 3.46 MSH2* 1 1 0.15 0.25 0.97 2.70 4.00 2.98 4.50 KIRREL 1 1 0.14 0.16 0.60 1.53 2.19 1.86 4.00 TRRAP 1 1 0.14 0.14 3.17 3.36 2.89 2.73 3.50 HK1 1 1 0.14 0.18 3.16 5.73 6.09 4.76 FBXW12 1 1 0.12 0.27 0.09 0.00 0.01 0.02 3.00 SUV420H2 1 1 0.12 0.11 2.08 1.64 1.08 1.31 2.50 TMTC4 1 1 0.12 0.16 1.09 1.70 3.03 3.22 2.00 SLC29A4 1 1 0.12 0.23 0.04 0.13 0.00 0.22

BAALC 1 1 0.11 0.25 1.95 1.36 1.36 2.14 Log2(FPKM+1) 1.50 1 1 0.11 0.15 1.06 2.96 3.87 3.10 TTC27 1.00 CD163L1 1 1 0.10 0.21 0.49 2.43 3.67 2.32 MAP4K4 1 1 0.08 0.39 1.90 4.11 4.23 3.51 0.50 FCGBP 1 1 0.08 0.13 0.43 0.92 3.16 1.06 0.00 TC2N 1 1 0.06 0.13 2.20 5.22 4.69 4.82 S4 S6 S9 Ref NFKB2 1 1 0.05 0.19 1.74 3.70 3.70 2.70 SERINC4 1 1 0.32 0.11 0.03 0.02 0.00 0.14 OR4A47 1 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 NFE2L2 CCDC176 1 0.26 0.56 1.82 2.52 2.05 7.00 CCDC176 1 0.24 0.56 1.82 2.52 2.05 ABCA9 1 0.21 0.54 0.46 0.71 1.58 6.00 OSBPL11 1 0.20 0.77 2.26 3.31 2.39 SMARCD1 1 0.20 2.81 4.10 4.09 3.40 5.00 FRAS1 1 0.18 0.43 0.74 0.36 0.56 DGKI 1 0.17 0.49 0.34 0.45 0.44 4.00 NCKAP5 1 0.15 1.87 3.57 2.22 1.27 3.00 MAP3K14 1 0.13 0.68 0.88 0.92 1.10 Log2(FPKM+1) RIMBP3 1 0.10 0.04 0.08 0.08 0.10 2.00 ADORA1 1 0.10 0.03 0.07 0.24 0.21 GLUD2 1 1 ND 0.55 0.52 ND 0.91 2.30 4.16 3.03 1.00 ESPL1 ND 1 ND 0.29 1.34 1.26 2.13 0.32 TMPRSS13 1 0.27 0.00 0.80 0.91 0.25 0.00 TMPRSS13 1 0.27 0.00 0.80 0.91 0.25 S4 S6 S9 Ref BMPR2# 1 0.25 1.24 3.73 3.99 3.50 PSD2 1 0.19 0.01 0.02 0.02 0.07 STK39 1 0.13 1.71 2.84 2.67 3.88 NF1 F8 1 0.12 0.60 1.34 1.90 1.59 4.50 FRAS1 1 0.11 0.43 0.74 0.36 0.56 4.00 NFE2L2** 1 0.11 3.47 6.27 6.07 5.78 TMPRSS7 1 0.09 0.01 0.02 0.02 0.07 3.50 1 0.92 3.87 4.13 3.69 4.24 POLR2A 3.00 KLC2 1 0.60 2.32 2.72 2.36 1.44 ZFHX2 1 0.41 0.51 0.69 0.54 0.27 2.50 HDAC6 1 0.37 4.13 4.79 4.96 4.40 2.00 NF1* 1 0.29 2.16 3.57 3.66 3.95 Log2(FPKM+1) 1.50 PTPN3 1 0.23 1.06 2.17 2.60 2.65 TRIM16 1 0.23 2.00 4.60 4.36 3.88 1.00 MUC16 1 0.23 0.02 0.01 0.08 0.01 0.50 WDR61 1 0.21 1.72 3.28 4.84 4.30 0.00 ZNF789 1 0.20 0.61 1.36 1.86 1.84 S4 S6 S9 Ref LIPK 1 0.20 0.05 0.36 0.09 0.13 SAMD7 1 0.19 0.03 0.01 0.06 0.01 ULBP1 1 0.19 0.09 0.28 0.47 0.05 RBMX 1 0.18 2.87 4.58 5.50 5.35 NCOA2 1 0.17 1.94 3.69 3.69 3.68 MYBPC1 1 0.17 0.86 0.55 0.75 0.48 C8orf44 1 0.17 0.67 1.33 1.61 1.55 OAS3 1 0.16 1.89 2.77 2.87 2.47 PRICKLE1 1 0.16 0.20 1.06 1.01 2.82 P26 SNV Allele frequency Log2(FPKM+1) GeneSymbol S4 S6 S9 S4 S6 S9 S4 S6 S9 Ref DSEL 1 0.16 0.06 0.21 0.43 1.60 PAFAH2 1 0.14 2.05 1.30 2.39 2.05 MS4A4A 1 0.14 0.32 0.63 2.79 2.24 PLA2G4F 1 0.13 2.24 3.09 2.53 1.85 GBP7 1 0.13 0.02 0.01 0.01 0.00 CENPQ 1 0.13 0.38 1.47 2.96 1.63 SMAD2 MAP2K6 1 0.12 0.59 1.00 2.03 1.96 TENM1 1 0.12 0.02 0.07 0.16 0.26 7.00 PIK3C3 1 0.11 2.58 3.90 4.82 4.97 6.00 KCNU1 1 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 TAF7L 1 0.11 0.02 0.03 0.01 0.13 5.00 OVGP1 1 0.10 0.40 0.81 0.73 1.46 STK31 1 0.10 0.45 2.15 2.18 0.43 4.00 ANKRD30A 1 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01 SMAD2* 1 0.10 3.86 5.06 5.75 5.54 3.00

MTERFD2 1 0.10 1.67 2.55 3.13 3.16 Log2(FPKM+1) 2.00 GLO1 1 0.09 1.12 3.47 5.05 4.43 1 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 PRAMEF17 1.00 LTN1 1 0.09 1.46 2.83 3.62 3.22 ADAMTSL3 1 0.09 0.41 0.69 0.64 2.45 0.00 ZNF160 1 0.09 2.77 3.66 3.20 3.77 S4 S6 S9 Ref DOCK9 1 0.08 3.01 4.86 4.67 4.89 CLLU1OS 1 0.08 0.02 0.01 0.51 0.12 KIF26B 1 0.08 0.48 1.38 0.64 0.71 TSHR SCN2A 1 0.08 0.03 1.62 0.37 0.24 0.50 ZNF831 1 0.08 0.06 0.37 0.52 0.45 PSG3 1 0.08 0.01 0.03 0.02 0.02 0.45 GTF2E2 1 0.08 1.68 3.25 5.08 3.38 0.40 TCF12 1 0.07 2.32 3.92 4.52 4.64 0.35 MPDZ 1 0.07 1.23 2.63 2.99 3.22 0.30 MXRA5 1 0.07 0.39 2.19 2.71 4.43 SCP2 1 0.07 2.96 5.37 7.06 6.20 0.25 TSHR** 1 0.07 0.03 0.17 0.44 0.13 0.20 Log2(FPKM+1) ZBTB33 1 0.07 0.66 3.15 3.73 2.97 0.15 LTN1 1 0.07 1.46 2.83 3.62 3.22 0.10 USP9X 1 0.06 2.56 5.44 5.82 4.74 CLCN5 1 0.06 0.66 1.66 1.83 0.91 0.05 BMPR1A 1 0.06 0.64 2.53 3.44 3.17 0.00 ZNF552 1 0.06 2.77 2.96 2.44 3.70 S4 S6 S9 Ref MUC15 1 0.06 0.14 0.29 0.18 2.59 PDE4B 1 0.05 0.20 1.59 2.12 2.31 KDM6A* 1 0.05 2.17 2.94 3.07 3.01 VPS13D 1 0.05 2.72 3.07 3.59 3.27 PDLIM5 1 0.05 1.92 3.96 3.80 4.48 TMOD4 1 0.05 0.04 0.27 0.00 0.19 GCC2 1 0.04 2.92 5.53 5.13 5.45 ZNF799 1 0.04 0.16 0.55 0.82 1.40

* Tumor suppressor genes ** Oncogenes # Genes fron the IntOGen database Supplementary Table 4 - Patient P35 Heat maps of mutations and gene expression for patients with three or more tumor sample analyzed.

P35 SNV Allele frequency Log2(FPKM+1) Gene S1 S2 S4 S1 S2 S4 S1 S2 S4 Ref MAGEB5 1 1 1 0.73 0.65 0.57 0.00 0.00 0.05 0.00 SCN3A 1 1 1 0.51 0.38 0.13 0.45 0.09 0.59 0.83 MOCS3 1 1 1 0.48 0.24 0.45 1.51 0.85 1.00 1.83 NF1 1 1 1 0.44 0.19 0.22 MROH5 4.50 LY75 1 1 1 0.43 0.35 0.18 2.54 1.80 1.91 3.20 KISS1R 1 1 ND 0.40 0.43 ND 0.02 0.02 0.04 0.02 4.00 FAM179A 1 1 1 0.39 0.32 0.14 0.26 0.09 0.38 0.19 3.50 RNF212 1 1 1 0.37 0.58 0.29 0.32 0.04 0.11 0.81 3.00 UTRN 1 1 1 0.37 0.21 0.29 4.68 4.11 4.05 5.38 CEP57L1 1 1 1 0.36 0.29 0.09 2.16 1.02 1.26 2.11 2.50 CCDC135 1 1 1 0.36 0.19 0.10 0.00 0.13 0.08 0.03 2.00 SLC6A3 1 1 1 0.36 0.11 0.17 0.03 0.04 0.07 0.05 Log2(FPKM+1) 1.50 SUPT16H 1 1 1 0.35 0.35 0.32 4.37 5.10 3.59 4.26 NF1* 1 1 1 0.34 0.33 0.16 3.68 2.99 2.67 3.95 1.00 1 1 1 0.34 0.31 0.22 4.59 3.92 3.18 4.33 RANBP9 0.50 NDUFAF7 1 1 1 0.34 0.36 0.43 2.62 2.04 2.26 2.75 SUPT16H 1 1 1 0.33 0.59 0.37 4.37 5.10 3.59 4.26 0.00 S1 S2 S4 Ref RANBP9 1 1 1 0.32 0.23 0.22 4.59 3.92 3.18 4.33 UNC13C 1 1 1 0.32 0.38 0.27 0.37 0.59 2.16 0.19 BCOR* 1 1 1 0.32 0.64 0.50 2.66 2.64 1.87 2.64 FAT1# 1 1 1 0.32 0.46 0.22 5.62 4.58 4.23 5.18 SF3B1 AP1AR 1 1 1 0.31 0.27 0.22 4.54 3.91 3.33 3.68 7.00 LMCD1 1 1 1 0.31 0.16 0.12 2.20 2.48 2.11 3.28 FADS1 1 1 1 0.30 0.24 0.33 2.41 1.59 2.28 2.19 6.00 POMT1 1 1 1 0.30 0.61 0.50 1.40 1.28 1.17 2.22 SF3B1** 1 1 1 0.30 0.37 0.18 6.49 5.90 5.25 6.53 5.00 FMNL2 1 1 1 0.30 0.35 0.33 1.47 1.54 1.72 3.06 4.00 RTTN 1 1 1 0.30 0.23 0.29 1.69 1.24 1.04 1.82 1 1 1 0.29 0.17 0.08 4.43 4.00 3.84 4.26 ZNF148 3.00 BBX 1 1 1 0.29 0.25 0.19 4.77 4.75 3.74 4.54 Log2(FPKM+1) KIAA1755 1 1 1 0.29 0.25 0.08 0.05 0.35 0.28 0.35 2.00 TNFRSF11B 1 1 1 0.28 0.47 0.21 0.45 0.35 0.76 0.57 LCT 1 1 1 0.28 0.26 0.30 0.01 0.05 0.08 0.01 1.00 CCDC168 1 1 1 0.28 0.16 0.09 0.02 0.01 0.22 0.01 0.00 NF1* 1 1 1 0.28 0.30 0.12 3.68 2.99 2.67 3.95 S1 S2 S4 Ref NOL7 1 ND 1 0.27 ND 0.31 5.01 5.42 4.35 4.38 MCM9 1 1 1 0.26 0.49 0.42 3.22 3.02 2.54 3.12 DNAH9 1 1 1 0.25 0.30 0.17 0.16 0.04 0.20 0.19 ADM 1 1 1 0.25 0.47 0.29 2.65 0.96 0.75 1.56 BCOR TRIM23 1 1 1 0.25 0.38 0.40 2.00 1.81 1.32 2.82 3.00 SSPO 1 1 1 0.25 0.35 0.38 0.09 0.09 0.27 0.24 CARD16 1 1 1 0.24 0.41 0.26 2.30 2.72 2.80 3.41 2.50 TTC17 1 1 1 0.24 0.26 0.43 4.80 4.97 4.11 5.09 1 1 1 0.23 0.44 0.48 3.46 4.71 3.72 3.21 PDIA5 2.00 IRF2BP1 1 1 1 0.23 0.34 0.11 1.24 1.15 1.04 1.31 WDR75 1 1 1 0.23 0.32 0.19 3.76 3.38 2.79 3.65 1.50 PPM1D 1 1 1 0.23 0.72 0.26 1.68 2.34 1.87 1.84 ISYNA1 1 1 1 0.23 0.44 0.11 3.53 3.96 3.24 2.65 Log2(FPKM+1) 1.00 FIBP 1 1 1 0.22 0.41 0.39 2.86 3.13 2.36 3.30 GRIN2B 1 1 1 0.21 0.38 0.32 1.69 1.79 1.12 0.01 0.50 FADD 1 1 1 0.21 0.33 0.24 1.88 1.71 1.44 2.50 SGK1 1 1 1 0.21 0.32 0.36 3.57 2.17 2.50 3.39 0.00 CPEB4 1 1 1 0.19 0.77 0.42 2.66 2.45 2.54 3.17 S1 S2 S4 Ref MFSD11 1 1 1 0.19 0.28 0.29 2.26 1.80 1.59 3.11 ARHGAP23 1 1 1 0.19 0.22 0.36 5.82 6.42 6.30 4.83 OBSCN 1 1 1 0.18 0.42 0.30 1.58 1.78 1.75 2.33 MUC2 1 1 1 0.18 0.09 0.16 0.05 0.15 0.75 0.17 DNAH2 1 1 1 0.18 0.22 0.15 0.14 0.14 0.13 0.17 SLA2 1 1 1 0.18 0.21 0.25 0.33 0.10 0.51 0.70 MACF1 1 1 1 0.18 0.27 0.09 5.94 5.78 4.92 5.66 C6orf118 1 1 1 0.17 0.22 0.33 0.02 0.03 0.11 0.02 CDK8 1 1 1 0.17 0.56 0.49 3.12 2.61 2.64 3.37 IQCA1 1 1 1 0.16 0.43 0.21 0.45 0.33 0.44 1.84 NSMCE4A 1 1 1 0.16 0.30 0.13 3.46 3.20 2.93 4.46 DNTTIP2 1 1 1 0.16 0.30 0.11 4.62 4.86 3.27 4.39 P35 SNV Allele frequency Log2(FPKM+1) Gene S1 S2 S4 S1 S2 S4 S1 S2 S4 Ref MMRN1 1 1 1 0.15 0.30 0.13 0.97 0.24 0.77 2.07 MOXD1 1 1 1 0.15 0.39 0.32 1.44 2.21 2.62 4.69 PRDM15 1 1 1 0.14 0.30 0.28 2.13 3.11 2.63 1.90 ARID4B 1 1 1 0.14 0.31 0.26 4.40 4.10 3.58 4.39 UAP1 1 1 1 0.13 0.28 0.40 3.56 2.79 2.97 3.66 MUC2 1 1 1 0.12 0.03 0.08 0.05 0.15 0.75 0.17 GPBP1L1 1 1 1 0.11 0.24 0.18 4.72 4.78 3.81 5.09 TARM1 1 1 1 0.10 0.73 0.33 0.01 0.02 0.04 0.01 DNAH11 1 1 1 0.10 0.25 0.13 0.26 0.11 0.21 0.08 PXDN 1 1 1 0.09 0.40 0.27 2.30 2.03 2.24 2.75 TPTE 1 1 1 0.08 0.05 0.06 2.52 2.81 2.86 0.24 PCDH1 1 1 1 0.08 0.18 0.12 3.98 3.79 2.70 3.17 MUC4 1 1 1 0.07 0.05 0.10 0.08 0.95 0.22 0.67 CLIP4 1 1 1 0.07 0.35 0.30 2.01 2.43 2.62 3.82 SMEK1 1 1 1 0.05 0.32 0.27 4.96 4.09 3.75 4.68 MYOM2 1 1 1 0.05 0.14 0.12 0.22 0.39 0.26 1.40 STAG3 1 1 1 0.03 0.11 0.04 2.26 2.14 0.63 1.74 SLC4A10 1 1 0.33 0.03 0.13 0.20 0.14 0.19 RBMXL1 1 1 0.24 0.05 4.10 4.47 3.00 4.30 SNED1 1 1 0.23 0.10 0.72 0.98 0.57 1.28 GPRIN2 1 1 0.18 0.15 0.46 0.30 0.43 0.37 OR4C46 1 1 0.17 0.02 0.00 0.00 0.10 0.00 GRIP2 1 1 0.05 0.17 0.37 0.28 0.50 0.31 TMEM43 1 1 0.03 0.16 3.94 4.05 3.99 3.71 RMDN2 1 0.32 SP140 1 0.30 1.24 1.55 2.05 2.09 RBM10 1 0.30 2.62 3.15 2.55 2.78 AGL 1 0.30 2.56 2.02 1.39 3.29 FUBP3 1 0.28 2.96 3.07 2.60 3.43 GSS 1 0.25 3.12 3.79 2.66 3.58 LRPPRC 1 0.24 5.00 4.78 4.17 5.18 VIPR1 1 0.19 2.71 2.50 1.84 3.26 VPS13C 1 0.19 3.94 3.02 3.47 5.05 ABCC9 1 0.19 1.32 1.47 1.25 2.23 WDR48 1 0.18 4.87 4.50 3.62 4.86 ESF1 1 0.18 3.51 3.99 2.64 2.96 KLHL6 1 0.16 0.70 0.50 1.13 1.34 VPS54 1 0.16 3.33 2.79 2.48 3.51 RNF111 1 0.16 4.46 4.15 3.19 3.74 HEPHL1 1 0.16 0.08 0.13 0.19 0.02 ADAMTS20 1 0.15 1.48 0.77 0.64 0.01 ECE1 1 0.15 3.12 3.50 3.11 3.79 ZNF585A 1 0.14 1.64 1.29 1.05 1.96 MYO3A 1 0.13 0.07 0.07 0.59 0.27 PRR14L 1 0.13 3.96 3.70 3.23 3.80 YBX1 1 0.12 5.74 6.58 5.83 5.50 PRR14L 1 0.12 3.96 3.70 3.23 3.80 CD2BP2 1 0.12 3.62 3.00 2.75 3.90 MAP4K4 1 0.11 4.00 3.72 3.50 3.51 RNMT 1 0.11 3.71 3.69 2.83 3.49 CNTNAP4 1 0.10 0.05 0.53 0.11 0.03 C17orf78 1 0.10 0.01 0.02 0.15 0.01 PIEZO2 1 0.10 1.77 1.42 1.80 1.99 PRR14L 1 0.10 3.96 3.70 3.23 3.80 PRR14L 1 0.09 3.96 3.70 3.23 3.80 KCTD8 1 0.09 0.20 0.05 0.15 0.03 ZNF860 1 0.07 1.61 1.20 1.00 1.38 CLCN7 1 1 0.63 0.33 1.98 2.27 1.86 2.84 NMBR 1 1 0.40 0.37 0.02 0.09 0.16 0.09 HTR1A 1 ND 0.38 ND 0.00 0.00 0.00 0.03 VCAN 1 1 0.21 0.16 3.51 3.85 4.57 2.81 RNF213 1 1 0.16 0.22 4.99 4.79 5.14 5.17 PEX6 1 0.25 1.13 1.44 1.22 1.74 SORCS2 1 0.24 0.36 1.23 0.18 1.52 EMP2 1 0.23 4.18 3.20 2.59 4.43 PKD2 1 0.17 2.89 2.48 2.53 3.66 CNBP 1 0.14 6.74 6.43 5.49 6.88 C21orf58 1 0.13 0.89 0.30 0.49 0.32 P35 SNV Allele frequency Log2(FPKM+1) Gene S1 S2 S4 S1 S2 S4 S1 S2 S4 Ref DNAH7 1 0.16 0.20 0.47 0.20 0.27

* Tumor suppressor genes ** Oncogenes # Genes fron the IntOGen database