Materialsuplementario
Total Page:16
File Type:pdf, Size:1020Kb
MATERIAL SUPLEMENTARIO Figura suplementaria 1. Alineamiento de la secuencia nucleotídica del primer exón de Catsper1. Las regiones que contienen inserciones o deleciones (indels) son indicadas. Cricetulus griseus se incluye en el alineamiento porque fue utilizado como linaje externo en los análisis evolutivos. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 Figura suplementaria 2. Diagnósticos de regresión entre la longitud de Catsper1 y la masa relativa de testículo. El punto número 4 se corresponde con la especie Mastomys natalensis, la cual se consideró un outlier por mostrar una alta desviación respecto a la distribución de los datos. Aunque aquí no se muestra, se observaron los mismos resultados cuando se utilizaron los parámetros de velocidad como variables predictoras. Residuales vs Ajustados Normal Q-Q Residuales Residuales estandarizados Residuales Valores ajustados Cuantiles teóricos Escala - localización Diagrama de dispersión terminal de de Catsper1 terminal - Raíz cuadrada de los los de Raíz cuadrada Residuales estandarizados Residuales Tamaño de la región Tamaño la de región N Valores ajustados Masa relativa de testículos Rectitud (%) Velocidad curvilinea (μm/s) espermática. espermática. N región la de longitud la entre asociación la representando Gráficas 3. suplementaria Figura Longitud Longitud del N Longitud Longitud del N - - terminal Catsper1 terminal de terminal Catsper1 terminal de Amplitud del desplazamiento lateral de la cabeza (%) Velocidad rectilinea (μm/s) Longitud Longitud del N Longitud Longitud del N - terminal Catsper1 terminal de - terminal Catsper1 terminal de Velocidad de la trayectoria Frecuencia de batido (Hz) media (μm/s) Longitud Longitud del N Longitud del N - terminal de CatSper1 y los parámet losy CatSper1 de terminal - - terminal Catsper1 terminal de Catsper1 terminal de Linearidad (%) Longitud Longitud del N ros de velocidad velocidad de ros - terminal Catsper1 terminal de Figura suplementaria 4. Alineamiento de la secuencia nucleotídica de Pkdrej. En la primera página se muestra el alineamiento para las especies de múridos, y en la segunda página el alineamiento de las especies de cricétidos. Figura suplementaria 5. Los cladogramas de roedores que se usaron para los análisis evolutivos. Los análisis se llevaron a cabo considerando las dos posibles topologías derivadas de la politomía de las subespecies de Mus musculus. Muridae Cricetidae Figura suplementaria 6. Alineamiento de la secuencia nucleotídica de Izumo1 en roedores múridos. Figura suplementaria 7. Alineamiento de la secuencia nucleotídica de Cd9 en roedores múridos. Figura suplementaria 8. Distribución de los valores de APEX para las tres especies analizadas. Densidad Valor de APEX Figura suplementaria 9. Análisis de robustez para péptidos con detección exclusiva en las espcies. Número de casos Especie Mus musculus Mus spretus Compartidos Exclusivos Péptidos No significativos Significativos Total No significativos Significativos Total TOTAL Compartidos 44149 3940 48089 54406 3970 58376 106465 Densidad Exclusivos 3570 666 4236 4546 561 5107 9343 TOTAL 47719 4606 52325 58952 4531 63483 115808 Número de casos Número de casos Compartidos Especie Mus musculus Mus spicilegus Exclusivos Péptidos No significativos Significativos Total No significativos Significativos Total TOTAL Compartidos 43344 4887 48231 49811 1860 51671 99902 Densidad Exclusivos 3424 497 3921 4860 621 5481 9402 TOTAL 46768 5384 52152 54671 2481 57152 109304 Número de casos Número de casos Compartidos Exclusivos Especie Mus spretus Mus spicilegus Péptidos No significativos Significativos Total No significativos Significativos Total TOTAL Compartidos 72158 8333 80491 38004 4567 42571 123062 Densidad Exclusivos 3941 262 4203 3808 299 4107 8310 TOTAL 76099 8595 84694 41812 4866 46678 131372 Número de casos Tabla suplementaria 1. Lista de proteínas analizadas y procesos reproductivos a los que se asocian. Proteína Nombre de la proteína Proceso reproductivo Acrbp Acrosin binding protein Reacción acrosómica Afaf Acrosome formation- associated factor Reacción acrosómica Akt1 RAC-alpha serine/threonine-protein kinase Reacción acrosómica Cacna1h Voltage-dependent T-type calcium channel subunit alpha-1H Reacción acrosómica Cd46 CD46 antigen, complement regulatory protein Reacción acrosómica Enkur Enkurin Reacción acrosómica Glra1 Glycine receptor subunit alpha 1 Reacción acrosómica Itpr1 Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1 Reacción acrosómica Pdpk1 3-phosphoinositide dependent protein kinase 1 Reacción acrosómica Pik3c3 Phosphoinositide-3-kinase, class 3 Reacción acrosómica Pik3r3 Phosphatidil inositol 3 kinasa regulatory subunit 3 Reacción acrosómica Pla2g1b Phospholipase A2 Reacción acrosómica Plcd4 Phospholipase C delta 4 Reacción acrosómica Prkcz Protein kinase C zeta type Reacción acrosómica Ptpn1 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1 Reacción acrosómica Syt6 Synaptotagmin-6 Reacción acrosómica Syt8 Synaptotagmin-8 Reacción acrosómica Trim36 E3 ubiquitin-protein ligase Trim36 Reacción acrosómica Trpc2 Short transient receptor potential channel 2 Reacción acrosómica Vcp Transitional endoplasmic reticulum ATPase Reacción acrosómica Adcy2 Adenylate cyclase type 2 Capacitación Adcy8 Adenylate cyclase type 8 Capacitación Cabyr Calcium-binding tyrosine phosphorilation-regulated protein Capacitación Cacna1c Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C Capacitación Calca Calcitonin-related polypeptide, alpha Capacitación Calm1 Calmodulin Capacitación Dld Dihydrolipoamide dehydrogenase Capacitación Fsip2 Fibrous sheath-interacting protein 2 Capacitación Pcsk4 Proprotein convertase subtilisin/kexin type 4 Capacitación Pde4d Phospodiesterase 4d Capacitación Plscr2 Phospholipid scramblase 2 Capacitación Ppp3r2 Calcineurin subunit B type 2 Capacitación Prkaca Sperm -specific protein kinase A catalytic subunit Capacitación Pyk2 Protein-tyrosine kinase 2-beta Capacitación Rab14 Ras-related protein Rab-14 Capacitación Sacy Soluble adenylate cyclase Capacitación Slo3 Potassium channel subfamily U member 1 Capacitación Tex101 Testis-expressed protein 101 Capacitación Trpc3 Short transient receptor potential channel 3 Capacitación Pebp1 Phosphatidylethanolamine-binding protein 1 Capacitación Svs2 Semenogelin-1 Capacitación Aldoa1 Fructosa bisphosphate aldolase Metabolismo Atp5b ATP synthetase beta subunit, mitochondrial Metabolismo Cox6b2 Cytochrome c oxidase subunit 6B2 Metabolismo Csl Cytrate synthase-like gene Metabolismo Cyct Cytochrome c, testis-specific Metabolismo Dbil5 Diazepam-binding inhibitor-like 5 Metabolismo Dlat Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase Metabolismo Eno1 Enolase 1 Metabolismo G6pd2 Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase 2 Metabolismo Gapdhs Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, spermatogenic Metabolismo Glut3 Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 3 Metabolismo Gpd2 Glycerol phospate deshydrogenase 2 Metabolismo Gpi1 Glucose phosphate isomerase Metabolismo Hk1s Hexokinase-1, spermatogenic cell-specific Metabolismo Idh1 Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic Metabolismo Ldhc L-lactate dehydrogenase C chain Metabolismo Mpi Mannose-6-phosphate isomerase Metabolismo Oxct2a Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 2A, mitochondrial Metabolismo Pdha2 Piruvate dehydrogenase A2 Metabolismo Pfkfb4 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphosphatase 4 Metabolismo Pgam2 Phosphoglycerate mutase 2 Metabolismo Proteína Nombre de la proteína Proceso reproductivo Pgk2 Phosphoglycerate kinase 2 Metabolismo Pkm2 Pyruvate kinase isozymes M1/M2 Metabolismo Ak1 Adenylate kinase 1 Motilidad Akap110 A- kinase anchor protein 3 Motilidad Akap82 A- kinase anchor protein 82 Motilidad Atp1a4 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-4 Motilidad Car4 Carbonic anhydrase-4 Motilidad Catsper1 Cation channel sperm associated protein 1 Motilidad CatSper2 Cation channel sperm associated protein 2 Motilidad Catsper3 Cation channel sperm associated protein 3 Motilidad Catsper4 Cation channel sperm associated protein 4 Motilidad CatsperG Cation channel sperm associated protein G Motilidad Chdh Choline dehydrogenase Motilidad Chrna7 Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7 Motilidad Dnah12 Dynein heavy chain 12 Motilidad Gas8 Growth arrest-specific protein 8 Motilidad Ift88 Intraflagellar transport protein 88 homolog Motilidad Neurl1a Neuralized-like protein 1A Motilidad Nhe1 Sodium/hydrogen exchanger 1 Motilidad Nhe10 Sodium/hydrogen exchanger 10 Motilidad Nhe5 Sodium/hydrogen exchanger 5 Motilidad Odf4 Outer dense fiber protein-4 Motilidad Pmca4 Plasma membrane calcium/calmodulin-dependent calcium ATPase, isoform 4 Motilidad Rhpn1 Rhophilin-1 Motilidad Ropn1 Ropporin-1 Motilidad Slc25a1 Solute carrier family 25 member 1 Motilidad Smcp Sperm mitochondria-associated cysteine-rich protein. Motilidad Smky Sperm motility Kinase Y Motilidad Smok2a Sperm motility kinase 2A Motilidad Smok2b Sperm motility kinase 2B Motilidad Smok4a Sperm motility kinase 4A Motilidad Spag6 Sperm associated antigen 6 Motilidad Tctex1 Dynein light chain Tctex-type 1 Motilidad Tctex5 Dynein light chain Tctex-type 5 Motilidad Tekt3 Tektin-3 Motilidad Tekt4 Tektin-4 Motilidad Boll Boule-like protein Espermatogénesis Ccna1 Cyclin A1 Espermatogénesis Celf3 CUGBP Elav-like family member 3 Espermatogénesis Cttn Cotractine Espermatogénesis Dazla Deleted in azoospermia-like Espermatogénesis Ddx4 Probable ATP-dependent RNA helicase Espermatogénesis Dnmt3l DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like Espermatogénesis